2V25A

Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
GKLESIKSKGQLIVGVKNDVPHYALLDQATGEIKGFEVDVAKLLAKSILGDDKKIKLVAVNAKTRGPLLDNGSVDAVIATFTITPERKRIYNFSEPYYQDAIGLLVLKEKKYKSLADMKGANIGVAQAATTKKAIGEAAKKIGIDVKFSEFPDYPSIKAALDAKRVDAFSVDKSILLGYVDDKSEILPDSFEPQSYGIVTKKDDPAFAKYVDDFVKEHKNEIDALAKKWGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Receptor
molecule keywords MAJOR CELL-BINDING FACTOR
publication title A Bacterial Virulence Factor with a Dual Role as an Adhesin and a Solute Binding-Protein: The Crystal Structure at 1.5 A Resolution of the Peb1A Protein from the Food-Borne Human Pathogen Campylobacter Jejuni
pubmed doi rcsb
source organism Campylobacter jejuni
total genus 79
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A02
1RYOA 2XX9A 3K4UA 2DE4A 1Y20A 2DVCA 3WAFA 4ZZEA 4LATA 4LONB 3KN7A 3V5AA 2OBGA 1LAFE 5ELVA 3KEIA 1II5A 3PGFA 3GBBA 3FGSA 4DZ1A 4F22A 4Q5TA 1XVXA 2A5TB 1PB7A 4X48A 5I57A 2F34A 1JW1A 4IGRA 4NF4A 2O68A 3MVWA 3LSXA 5JK4A 4O3BA 1AIVA 2HEUA 3U93A 3RLFE 4BLAA 5DVFA 1IZ1A 3TPAA 4BDLA 5CC2A 4ZEFA 2UVIA 3QUFA 4X1BA 4EDPA 3G3KA 3VXBA 4DCXA 1ZIUA 3LBSA 3F11A 2Q89A 3MVYA 4H5FA 1VFDA 1D9YA 1M5EA 3K00A 3HN0A 1R1NA 1M5FA 4YICA 2FA7A 4KYDA 4XTCQ 3ZKLA 3MP6A 3SEYA 2H98A 3MQ9A 2THIA 4GVOA 4N07A 3H6UA 1FQDA 5IKBA 3P7IA 1PDAA 4P0GA 4LZ8A 3GBAA 1MXXA 2XXXA 5J1DA 3MW0A 2KLFA 4POWA 2REJA 3IOTA 1B7ZA 1HSJA 3TAJA 4YMAA 4XKNA 1FW0A 1ZBMA 4HCYA 2DE3A 1A40A 3DLNA 4NWCA 1OVTA 2F8DA 3E13X 2HQ0A 3HCQA 1B40A 1KWHA 2ZYNA 1MDQA 2B3BA 1S50A 5CMBA 4IO2A 4WEDA 4ELPA 1XC1A 3DELB 1B52A 3A09A 2HZKA 5I2KA 5CRYA 4U4XA 4H67A 1N3WA 1PB8A 4PFTA 3M8UA 4LZ7A 1O64A 1MM6A 2QS3A 3SKPA 4OFJA 4ELRA 4X9TA 4F1UA 1FQEA 3C31A 2XD3A 4H65A 3Q29A 4JB7A 1B7HA 4G68A 2Y7PA 4OVJA 3U8QA 3O66A 4YU0A 1LB8A 3ZSFA 2REGA 4DXUA 1DTZA 3EN3A 4F19A 4ZDMA 4AB6A 4F3SA 5HM4B 1FQBA 4GWOA 1GGGA 5AE4A 1DMBA 3UN6A 4NTLA 3SEXA 1UIVA 2QSXA 1NL5A 4HCWA 5TPAB 2Y84A 3O29A 2I0BA 5I58B 5M2VA 2NWJA 3QUJA 2O1MA 3MP1A 4OEUA 3K6UA 5I57B 2OWSA 4PQJA 4ZE9A 4NEDA 3LR1A 3O9PA 3PPPA 5TP9A 1XHYA 3GZGA 1YCJA 5F7VA 3Q25A 3H4ZA 2XXWA 1I69A 4FEDA 1IXHA 1US5A 1ZTYA 2XXTA 1OQHA 3D4CA 3O28A 1I6QA 3FJMA 3PPNA 4NF5A 5DYHA 1I6BA 3MP8A 3IL1B 4DXCA 3I6VA 1MM7A 4C1UA 3RT8A 1LFGA 4YKPA 1UTBB 3OENA 1IXIA 2O1LA 4TQUQ 4C0RA 4IO6A 4WKMA 4ZS9A 2I49A 1R9QA 4KYEA 1PBPA 1MH3A 2XXYA 4GFRA 3EQ1A 3C9HA 1TT1A 3CG1A 3QK6A 3EHTA 5EHSA 1MPBA 4GD5A 4OMBA 3K2DA 2XHDA 1OIBA 1LGBC 3BFUA 3T9VA 2NOOA 4EQ7A 1Y3PA 1S9TA 2F7BA 3EHSA 4UACA 1A7LA 1LCTA 4BDQA 2A5SA 4FECA 3TCGA 2I48A 4QFKA 1LAGE 1BTJA 3H6TA 4RK2A 2CZLA 1SVXB 2GFEA 4BDRA 5KCJB 2ZYKA 4GRKA 3W9WA 5FHOA 2GHAA 2HAVA 1ATGA 2ZNUA 2PVUA 3G3JA 2ANJA 3TEPA 3K6XA 3PPRA 2XXVA 4FORA 2GH9A 4PE5B 3G3IA 3K6VA 4G2ZA 3ODBA 1M5DA 5L9OA 2VD3A 2A5TA 3VV5A 3PPOA 1QW0A 2Z23A 3IB1A 3C32A 2ZXTA 5EHMA 4QRZA 5K2XA 1MXVA 4ELOA 2O51A 2GRVA 3H03A 3IJXB 3SEUA 1MXWA 4FAJA 5FHMA 1B05A 1OVBA 2R9JA 4GL0A 4OQOA 4KPTA 3W9VA 2FNCA 2NUVA 2G93A 5I84A 1MQGA 3DM0A 1NNPA 4H5GA 2RF1A 3B6QA 3QSLA 1QUIA 3K1MA 1SW4A 1Q1KA 5K2YA 5CBRA 3OO9A 4QFNA 2AIXA 2Y7RA 3PMXA 3OMBA 3CFLA 3FV1A 3VXCA 3MPLA 2DWIA 4IY6A 1USYH 1EH3A 5H8FB 4ND9A 2PT1A 3MVZA 2ONKE 5ICTA 1LCFA 4G8NA 4NF5B 2DXRA 2XXIA 2ZNSA 3OO6A 4M1VA 1B5JA 2D21A 1T0KA 3MZ1A 2P2AA 2Y7IA 2ONRA 4UA8A 4XXUA 3IR1A 2V25A 1R6ZA 1Y1ZA 3E3KA 2I4BA 1UIUA 1Y3NA 3U92A 3KOTA 1Y9UA 1TFDA 1LBBA 3Q28A 3I5OA 1PEBA 1VFEA 2UVJA 1FCKA 2QS4A 3TCFA 3Q26A 4I9DA 4DXBA 4U23A 2CMOA 3VDFA 1SI0A 2Q8JA 2QJEA 3TTKA 1DPPA 4R75A 2PYYA 4RY1A 3B7DA 3PUZE 4QSDA 5H8NA 4QFPA 2HZLA 3LSLA 4K3FA 4JWYA 2OK2A 1NNTA 2Z8EA 3VVFA 4JXIA 3K02A 1WVJA 3FV2A 4ZZAA 3C4MA 4RJZA 4QHQA 1P1QA 3TTLA 1POY1 4TLLB 4ZEBA 5CM6A 2UVGA 3UK4A 1SYIA 3C33A 1MRPA 1CE2A 1NNKA 3N6TA 5L9MA 5TPAA 2ALUA 2X26A 5I58A 1A8EA 4TLMB 1L5TA 3FATA 2ZYOA 1B3FA 2VOZA 1IEJA 1WDNA 3M3FA 1MH4A 3DP8A 2F7AA 4RK9A 1JQFA 3BBRA 3H7MA 1A55A 1B3EA 4OTEA 3S9EA 2R71A 2UXAA 1Z7NE 4R2BA 4R2FA 3EHUA 4MF3A 4QSEA 5I59B 3MPKA 2DVZA 3OO7A 1H45A 3TQLA 3S4UA 2F97A 2HXWA 4KHZE 5HBCA 2I58A 4EXLA 4EQBA 1UTBA 4Q30B 1JVXA 2QPQA 1NKXA 3KG2A 1H76A 1B9JA 4PFYA 4MLVA 3O2AA 2E1SA 1IQ7A 4GOTA 3VLUA 4EQ9A 3T9XB 5B70A 4IO4A 5AA2D 5FHNA 3OXNA 4Q0CA 1MQHA 4R73A 3FD3A 3LC8A 2Q2CA 3K1NA 1NNFA 4GXAA 1XS5A 3N26A 5FTIA 5CBSA 2ZNTA 4PFUA 4U1ZA 1SYHA 2X7QA 4P11A 4G68C 1QKBA 1B51A 1NMUA 4ZEKA 4LQ2A 1SD3A 4DLDA 1O63A 3U72A 1TWYA 1N7XA 4OESA 5KCJA 5KZTA 3TTRA 4AQ4A 1EZPA 3JZJA 5DVJA 4OEVA 1UTHA 2M8CA 5CI5A 1EU8A 3BFTA 5H8HB 3RTFB 2YJPA 4NF8B 2B3FA 1OLAA 5H8NB 1Q35A 3G7WA 4GQOA 1QUJA 1VE4A 4XKQA 2HCAA 2BJJX 4Q8RA 3FXQA 3DP6A 4R74A 4F18A 4H1XA 1DOTA 1LFIA 4RA1A 3MAMA 1B1XA 3VFJA 1MY0A 3LSFB 2PMSA 3TMGA 1GTKA 4LA9A 1MDP1 2FYIA 3TUSA 1P1OA 4THIA 1SQYA 5CMCA 2Z8DA 5F1QA 4ZEIA 3LSWA 4FIMA 2W7YA 1JEUA 1D3KA 4GXSB 4IO5A 3HV1A 4IO7A 3UIFA 2RC8A 4KI0E 1SW2A 4WEPA 4U22A 3UORA 4F29A 3CSGA 3S2VA 3USDA 5H8FA 2Q9TA 3O6GA 1N7WA 5CMKA 1I6AA 3GLBA 1QKAA 4DIGA 4P0IA 1LB9A 2XXPA 2OWTA 4MLQA 2OZZA 2ZMBA 4Z7EA 2RINA 5DEXB 4O3CA 3R26A 1F9BA 2P0SA 1MPCA 1B0HA 2VP1A 1N04A 3TCHA 1IIWA 2P1SA 3QIMA 1FTOA 4GLIA 4YAHX 1CB6A 3C34A 4JWOA 4NWDA 3THIA 4IB2A 4GIZA 4ZE8A 3KBRA 3KZGA 5AA1A 3TFLA 4DCYA 1FTKA 5ICQA 3KGCA 5DVIA 3WAEA 3S9LC 2F6PA 4JDFA 3RUMA 3SERA 1DTGA 3RT6B 3PUWE 1XOCA 1QULA 2F35A 2Y7WA 1SBPA 1UTHB 1MQJA 1FTLA 4U4SA 4F39A 3MVXA 1JW5A 3VVDA 5JTYB 3SEWA 1RYXA 3ZS6A 3K6WA 3T93B 3N94A 4KD5A 1EZ9A 1YAEA 1XVYA 1A8FA 4LQ5A 4KFQA 1EZOA 3TTMA 1LFHA 3SESA 2PBWA 3FJGA 4XKRA 3PPQA 3MZBA 4F1YA 2DOJA 3HHGA 4R6YA 4OWDA 5I59A 3E4RA 1S7YA 1NH8A 5DT6A 3JV9A 3OEMA 1B5HA 3M3KA 3CVGA 3KSXA 4JSDA 4F3BA 3SETA 1P99A 3OSQA 1FQFA 3IO4A 1UQWA 3IX1A 1WODA 2VD2A 1MY3A 4ESXA 3KJ7A 3FVNA 2X7PA 4FE8A 2QS2A 3AXFA 3V8XB 2RC9A 4I62A 5L9SA 1NH7A 4F31B 2UYFA 4QF9A 1US4A 3KFMA 5B7DA 1USYE 3O97A 2GHBA 1A54A 2I3WA 1BP5A 4YB6A 2PX1A 1BLFA 3T9UA 3H6WA 4EXKA 3O6IA 2H25A 3ILTB 1ZU0A 1Y3QA 2V3UA 2F6GA 4YZZA 4LVQA 3IOVA 3VE1B 1B3LA 5ITPA 3KN3A 1LLSA 4R9GA 5LOMA 2Y7KA 4BDNA 4N6PA 1VSOA 2DSFA 3M3LA 4QSCA 3BKIB 1AOVA 1N76A 2OCUA 4ZEDA 3MUQA 1JETA 1B2HA 5H8HA 1FQAA 4NF8A 2F78A 5BWJA 3PUYE 1MQDA 3RGYA 5H8SA 3I3VA 3T9HB 4IO3A 1SW5A 3T22A 3L6GA 3RTWB 5AA2A 1MY2A 4H0WA 1HSEA 1N0TA 1ANFA 1HSLA 1AH5A 2OLBA 3K01A 2ONSA 2AL4A 3IB0A 1M5CA 2XXHA 3Q27A 3FVGA 3A3UA 3FIRA 2Z22A 4BDOA 3MJNA 1M5BA 3SEVA 2DQVA 2D3IA 4XIGQ 3SDFA 2XD2A 3IOWA 4H6DA 4RYAA 3B6TA 4DDDA 4ELQA 3JYRA 2V3QA 1LSTA 3TKDA 5H8QB 3ILUB 2HAUA 3RNNA 3CFZA 3QXMA 4OENA 3V89B 2XXUA 3OEKA 1IUDA 1FQCA 2DS9A 1R9LA 1B6HA 1P1UA 4EUOA 4F1VA 3V83A 1SI1A 5A5XB 3IK6B 3FZVA 3IORA 2R6GE 3CRBA 1H43A 3RQTA 3DP4A 1QVSA 3OSRA 5DEXA 1MY1A 4LUBA 2DXYA 1XT8A 4X1DA 1DPEA 5ISUA 4NF6A 4TOZA 4R6KA 2LAOA 2VGQA 4JWXA 2AL5A 4R9FA 1URSA 3VLWA 3C35A 2F7CA 2H5YA 4YB5A 3PMWA 3FVOA 5KDTA 3H06B 4G4PA 3FJ7A 2AYSA 2B65A 1ZJLA 3PV0E 3HO7A 5AA3A 2DP8A 4R6HA 4I8CA 1B4HA 1Y4TA 2V93A 1H44A 3LUYA 3S9MC 1Y1MA 4PETA 3OELA 4JSOA 3G3FA 2QL3A 4H8IA 4I1DA 1LBCA 5AA4A 4EF2A 4YB7A 3OO8A 3UP9A 2UYEA 1AL3A 3QYTA 2RC7A 3RN8A 1YPNA 5JTYA 4ECFA 2XXQA 3HPIA 1MG1A 4FJPA 5AA2B 1B58A 2E0SA 4HS7A 4POXA 4PFWA 3FXUA 2NVUB 4E0WA 1J1NA 3TDJA 4RNSA 4ISUA 3CR9A 2YPNA 3EF7A 2XX8A 5IAIA 3IO6A 4FEBA 3FXRA 4QFOA 5JEIA 2I6EA 3PMVA 1MXZA 4QFLA 4RXLA 3A3CA 3FASA 4MFIA 4BDMA 5TU0A 1JNFA 5I56A 3KJTA 1GVCA 4ESWA 3GXAA 4F3GA 1ELJA 3TYHA 4F2OA 4OETA 2QS1A 3MBPA 3EPEA 3FVKA 4NF4B 3QAXA 3ONMA 1BIYA 2DWAA 4IY5A 1MXUA 2V84A 2O6AA 3VLVA 2DWHA 3K0VA 3KSJA 2O7IA 2IA4A 3PUXE 1B3HA 2ZYMA 4MH5A 2DYXA 1SDXA 2F36A 1PBQA 3UGWA 2ABHA 4LZ5A 1MPDA 4JBZA 2XXRA 2DWJA 1MXYA 4NF6B 2RKMA 3MZ9A 1B0LA 2O84X 5I2NA 2UVHA 4U1OA 5ITOA 4U2RA 4ONYA 3KN8A 3CIJA 3PUVE 2I4CA 1JEVA 1N84A 2V3TA 1POTA 1H3DA 1B32A 4E0XA 3H3GA 3C36A 2RCAA 2QMXA 3VVEA 5KDTB 4ZECA 3TZAA 3OOAA 1TFAA 1B5IA 4KCCA 2H99A 5L8DA 4LP2B 3K1PA 1SW1A 2Q88A 3W15C 1ZKBA 2HFBA 1DSNA 3R7XA 4RPNA 2NXOA 3TTNA 1QJMA 1MY4A 4C1TA 2QRYA 2O7UA 5AA4B 3U94A 4MBPA 4GL8A 4F3PA 2O69A 1A99A 5FTHA 4U21A 2G29A 5I2KB 4YKIA 3UA8A 3TODA 2YLNA 4NMYA 3O6HA 2QMWA 3PD9A 3ECRA 2D5WA 2OJTA 3S9NC 3R6UA 1LAXA 1B4ZA 3RY3A 1FTMA 4H8JA 5H8QA 4OXVA 1JVYA 1OQGA 4KCDA 3L6HA 4YKJA 4G68B 4L17A 4PP0A 4OERA 3G3HA 3T96B 3OD7A 4OFOA 1P1NA 4RPOA 4AB5A 1IXCA 5A5XA 1URDA 1N3XA 4NE4A 3KOSA 1O7TA 4HW8A 1P1WA 4WXJA 1IITA 3G3GA 2XX7A 2PT2A 1PC3A 5I56B 1GV8A 1BKAA 1JW4A 1MQIA 3B6WA 3CSBA 4KR5A 3PU5A 2H9BA 3PD8A 3HHFA 4HTGA 5CMMA 1VR5A 5TP9B 5BUUA 1D4NA 4OHNA 3IAZA 2VHAA 5DTBA 3IOUA 4Z0IA 3U1OA 3ZKKA 4OFLA 2H4IA 3CI8A 3HSTA 1TXFA 3E9XA 4G77A 4XKPA 4OYVA 1B1HA 3H6VA 3TELA 4O3AA 3MWBA 2I0CA 1Y4CA 4G8MA 2Q2AA 5I2NB 4YMBA 4KYSA 1URGA 1ZMGA 1OLCA 4M4GA 1B7UA 1D9VA 4GF8A 3N5LA 3N6UA 5EYFA 2Z8FA 1NFTA 1OMPA 4EF1A 4G8HA 1MS7A 3CFXA 1B3GA 4N13A 1RKMA 1Z7ME 4DE8A 4R72A 3IB2A 3CG3A 3T66A 5HPQA 1ZLQA 1LAHE 3RPWA 4KQPA 2DE2A 3IJOB 4OZ9A 2RCBA 1AMFA 4IGTA 1YTVA 1B46A 3TQWA 4FATA 2I3VA 3FUZA 3D4GA 4YKKA 4F2QA 1QUKA 2IEEA 1PB9A 1IXGA 2WKYA 1FTJA 2ESNA 1GR2A 2F5XA 3MC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SZPA 1RYOA 2XX9A 3K4UA 2DE4A 1Y20A 2DVCA 3WAFA 4ZZEA 4LATA 4LONB 3KN7A 3V5AA 2OBGA 1LAFE 1LBYA 5ELVA 3KEIA 1II5A 4MAGA 3PGFA 3GBBA 3FGSA 4DZ1A 4F22A 4Q5TA 1XVXA 2A5TB 1PB7A 4MNCA 4X48A 1EYKA 5I57A 2F34A 1JW1A 4G61A 4IGRA 4NF4A 2O68A 3MVWA 3LSXA 5JK4A 4O3BA 2QVUA 1FJ6A 1AIVA 2HEUA 3U93A 3RLFE 4BLAA 5DVFA 1IZ1A 3TPAA 1KZ8A 4BDLA 5CC2A 4ZEFA 2UVIA 3QUFA 4X1BA 4EDPA 3G3KA 3VXBA 4DCXA 1ZIUA 3LBSA 3F11A 2Q89A 3MVYA 4H5FA 1VFDA 1D9YA 1M5EA 3K00A 3HN0A 1R1NA 1RDYA 1M5FA 4YICA 2FA7A 4KYDA 4XTCQ 3ZKLA 3MP6A 3SEYA 2GQ1A 4NG7A 2H98A 3MQ9A 2THIA 4GVOA 4N07A 3H6UA 1FQDA 5EYHA 5IKBA 3P7IA 1LBZA 1PDAA 4P0GA 4LZ8A 3GBAA 1MXXA 5EYGA 2XXXA 4DI3D 5J1DA 3MW0A 2KLFA 4POWA 4P8BA 2REJA 1IMBA 3IOTA 1B7ZA 1HSJA 3TAJA 4YMAA 4XKNA 1FW0A 1ZBMA 4HCYA 2DE3A 1A40A 3DLNA 4NWCA 1OVTA 2F8DA 3E13X 2HQ0A 3HCQA 1B40A 1KWHA 2ZYNA 1MDQA 2B3BA 1S50A 5CMBA 4IO2A 4WEDA 4ELPA 1XC1A 3DELB 1B52A 3A09A 2HZKA 4P3LA 5IZ3A 5I2KA 5CRYA 4U4XA 4H67A 4PFRA 1N3WA 1PB8A 4PFTA 3ROJA 3M8UA 4LZ7A 1O64A 1MM6A 2QS3A 3SKPA 5EQ9A 4O94A 4OFJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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