2V25A

Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
GKLESIKSKGQLIVGVKNDVPHYALLDQATGEIKGFEVDVAKLLAKSILGDDKKIKLVAVNAKTRGPLLDNGSVDAVIATFTITPERKRIYNFSEPYYQDAIGLLVLKEKKYKSLADMKGANIGVAQAATTKKAIGEAAKKIGIDVKFSEFPDYPSIKAALDAKRVDAFSVDKSILLGYVDDKSEILPDSFEPQSYGIVTKKDDPAFAKYVDDFVKEHKNEIDALAKKWGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A Bacterial Virulence Factor with a Dual Role as an Adhesin and a Solute Binding-Protein: The Crystal Structure at 1.5 A Resolution of the Peb1A Protein from the Food-Borne Human Pathogen Campylobacter Jejuni
pubmed doi rcsb
source organism Campylobacter jejuni
molecule tags Receptor
molecule keywords MAJOR CELL-BINDING FACTOR
total genus 79
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A02
4QSEA 4WKMA 3THIA 1ZTYA 4KR5A 3S2VA 2B65A 4YKPA 4OESA 4F2OA 1R6ZA 3BFUA 3F11A 3FV1A 2O7UA 4R9FA 4DZ1A 5DEXA 5IKBA 1URGA 2NUVA 4OFLA 2H99A 4PFYA 4OXVA 1N76A 4XKNA 5JEIA 4RNSA 1CB6A 4Z7EA 1VSOA 1BIYA 3PPNA 3SEYA 3PV0E 1D3KA 3A3CA 4N6PA 1B0HA 2F6PA 5A5XB 2XXIA 3TCHA 3B6TA 2ZXTA 4H67A 1B4HA 4NWCA 3TUSA 5TU0A 3KOSA 4RY1A 1FQFA 1Y3PA 4ZZAA 1B46A 1LGBC 2H98A 5F7VA 3QK6A 2QRYA 4R73A 4PFTA 5F1QA 5H8HA 3S9MC 3SEXA 1EZ9A 3FIRA 4JB7A 4P0GA 2XX9A 5TP9B 4NEDA 2P1SA 1IXGA 2DWAA 1NNPA 3HSTA 2ZYKA 2PT2A 4POXA 2AIXA 4RK9A 4U1ZA 1O64A 3IAZA 3W15C 1B9JA 4LQ5A 5ITOA 2REGA 4KYEA 2XXPA 3ZKKA 2F7AA 2XX7A 5KZTA 1SBPA 2DE2A 4H8JA 2XXYA 2UYFA 3MVWA 4ZZEA 1FW0A 3RTWB 1IITA 2O68A 1I69A 1UQWA 2O1MA 3LC8A 5ICQA 4GL0A 2V3TA 2I3VA 5IAIA 4R2BA 1DPEA 2Q2AA 3TTKA 1WVJA 2UVIA 3CFXA 1MG1A 1IZ1A 2LAOA 1YAEA 1Y9UA 2O6AA 3FVGA 1A55A 1B7HA 1BP5A 2UYEA 3KSJA 4PFUA 2D21A 1B3LA 4RXLA 3S4UA 1GTKA 2X7PA 4U2RA 2Z8EA 1TFDA 1SQYA 2ONRA 4TLMB 3SETA 3MP1A 1A7LA 1MY4A 4OVJA 2D3IA 3C33A 3O6IA 5TPAB 3BBRA 2NWJA 3MC2A 3CIJA 2DSFA 3K1PA 1KWHA 2A5TB 3T9HB 4GLIA 2NOOA 3H6UA 3OEKA 4KHZE 4YB5A 3S9NC 3PPOA 1SI1A 2OBGA 3V8XB 3FATA 4F19A 3L6GA 4OYVA 2ZYMA 3R6UA 5DT6A 4C1TA 1IQ7A 2A5SA 4DDDA 1VFDA 3UIFA 1B1HA 3VDFA 5I56B 2F5XA 1TFAA 2CMOA 1B7ZA 3PUVE 1PB9A 4FEBA 2UVGA 2VGQA 2R6GE 1UIUA 4X1DA 4G77A 1H76A 3MZ1A 4LUBA 1B05A 1MQGA 1B40A 5AA2A 1EU8A 3G3HA 3MVZA 1ZMGA 3KGCA 4NMYA 5H8NA 5K2YA 3VVEA 4YKKA 1MXWA 4HCYA 4XTCQ 1MRPA 1B5IA 1ATGA 3PD8A 4BDLA 4X1BA 4H8IA 3CFLA 3LSLA 2XXXA 4H1XA 4M1VA 2RKMA 5H8QB 1EZOA 4PQJA 1JW5A 2DVCA 3DM0A 2I4BA 2YJPA 3KN3A 3TTMA 2H5YA 3U93A 4C0RA 3IJXB 5AA3A 1EZPA 1Y1ZA 1MXVA 5CM6A 4G8NA 3HPIA 3H06B 3QIMA 3OENA 3SDFA 4H65A 1NNTA 2XXQA 2QL3A 3EHUA 2Y7WA 1CE2A 3IOTA 3MJNA 4H5GA 4QFLA 3C32A 3O6GA 3RLFE 1IEJA 2DYXA 3OSQA 1GGGA 3IOVA 1ZU0A 2PYYA 4NF8B 1S50A 4OENA 4N07A 5CRYA 3VFJA 4OFJA 4OMBA 4BDQA 1NNFA 1Q35A 2AL5A 1YPNA 1FQAA 1N7WA 3OMBA 2G93A 1P1WA 1N04A 1P1UA 4OEVA 4OTEA 4G8HA 4YMAA 5L9OA 3UP9A 2RC9A 1MXXA 3IX1A 2V3UA 3UK4A 3B7DA 3QUFA 1MY1A 2NXOA 1PB7A 2I0BA 4IO3A 4FEDA 4ZE9A 5DVJA 3VLVA 4F3SA 3K6WA 4KCCA 2RC7A 4GIZA 4LONB 2GRVA 1QUIA 2DOJA 1XC1A 2X26A 3N5LA 2RF1A 4GXAA 4I62A 2RC8A 3ECRA 4Q0CA 3Q26A 2OK2A 3CG3A 5DEXB 1B1XA 1NFTA 4ESXA 3O29A 2E0SA 3GLBA 3ZS6A 3TODA 3TDJA 2ZYOA 3OO6A 4BDMA 4FE8A 5J1DA 3IB1A 3FGSA 3QSLA 1RKMA 1SD3A 2ANJA 4FECA 1XOCA 1O7TA 4R9GA 4MBPA 5CMCA 1AL3A 3C36A 1HSEA 1N7XA 1YCJA 4IY5A 4O3BA 3TCGA 4IO2A 4DIGA 2DQVA 2M8CA 1JW1A 4R2FA 1I6BA 2DVZA 3C34A 4WEPA 1H45A 1FTMA 2I49A 4E0WA 1LB8A 4H5FA 3LUYA 1R9LA 3PMVA 1ZIUA 1P1OA 1B3FA 2V3QA 3TFLA 4DXUA 3RQTA 5BUUA 1US4A 4I9DA 3M8UA 4HTGA 1XHYA 2F35A 3R7XA 3IR1A 3PPQA 4HCWA 4PETA 4ZECA 1LSTA 1POY1 1NH7A 3R26A 3RTFB 3HHGA 2HEUA 1IXHA 4KD5A 4H6DA 1I6AA 1LAHE 1SW4A 4F31B 2UXAA 2I58A 2Z8DA 4UA8A 3A3UA 2ZNTA 4YZZA 3P7IA 3MVYA 3OELA 1JETA 4LA9A 4F3BA 4NF6B 1Y1MA 1A99A 1LB9A 1A54A 2ONKE 1JW4A 2THIA 3PPRA 3FJMA 5CBSA 2R71A 4E0XA 5FHMA 3VVFA 4EQ7A 5HPQA 3DLNA 1J1NA 3CSGA 4LP2B 4G2ZA 5CMKA 1LBBA 1B4ZA 1SVXB 2Q2CA 3Q27A 1Z7NE 2I48A 3FXRA 3M3LA 4ZS9A 2QS3A 5JTYB 4DXBA 1IIWA 2H4IA 1SW2A 3ILTB 4NF8A 5KCJB 1AOVA 3D4GA 5I56A 4KYSA 1BLFA 1TT1A 2O84X 1B7UA 1NMUA 3H7MA 3QXMA 4FJPA 3V83A 1DTGA 2P2AA 2XX8A 3WAFA 3PGFA 3RN8A 3CR9A 2KLFA 4JXIA 2HCAA 2PBWA 4L17A 1USYE 2RCBA 1M5CA 4YICA 2ZNSA 3E4RA 4OHNA 2DP8A 3TYHA 5ICTA 2DS9A 5I84A 1JVYA 4KI0E 4EF2A 1MQHA 3L6HA 1P1QA 4KQPA 3KN8A 4ZDMA 2OWTA 3GZGA 4U21A 5I2NA 3MQ9A 2XXHA 3IOWA 1B2HA 1FQDA 3KEIA 3M3KA 4JBZA 1FQBA 1B32A 4R6HA 3TCFA 1SW1A 3USDA 1JNFA 4YMBA 4XKPA 5AA4A 1D9VA 1FTLA 2GH9A 4GWOA 4HW8A 3CSBA 4WEDA 1MXZA 3M3FA 2F36A 1OVBA 2R9JA 1H3DA 3K2DA 3LBSA 4IGRA 2B3BA 3VV5A 1MQDA 2I3WA 4QFKA 3FD3A 3N94A 1IUDA 4AB5A 2OWSA 1QKAA 3H3GA 5FHOA 2ZYNA 4TOZA 5CMMA 3PMWA 1UTHA 2RINA 2GHBA 4KCDA 4R75A 5CMBA 4OZ9A 4QRZA 1NKXA 2P0SA 3OO8A 4JWXA 3MAMA 3T22A 3TELA 5FHNA 4BLAA 3OOAA 2CZLA 1ZKBA 2QPQA 4PP0A 4MH5A 4ZEKA 1LFGA 4EF1A 1UTBA 1MY3A 3N6UA 3IJOB 3MPLA 3G3JA 5I58A 1QKBA 4NTLA 1DOTA 4M4GA 3TMGA 3U1OA 4UACA 3E3KA 3HV1A 1PDAA 4LATA 4RPNA 2QMXA 4ELPA 5I2NB 3N6TA 1L5TA 4LZ8A 3GBAA 4TLLB 2Z22A 2ZNUA 1LAFE 2RCAA 2YLNA 1AMFA 2IA4A 4JWOA 4MLQA 4EXKA 3FXQA 2V25A 2F78A 2I4CA 2XXRA 3KZGA 3PU5A 3G3IA 3IB2A 1VR5A 1QULA 4PE5B 4R74A 1IXCA 4ZEIA 3S9EA 1I6QA 2H9BA 3BKIB 2HXWA 1BKAA 4F18A 5KDTB 5FTHA 5L8DA 4OERA 5KDTA 3RGYA 2Q89A 4BDRA 3FVOA 3I6VA 3O2AA 3PMXA 5ELVA 3MWBA 4NE4A 1LAGE 3KJ7A 1ZLQA 3W9VA 3ZKLA 1FCKA 1NNKA 2GHAA 4XXUA 1USYH 5H8HB 5AA2B 5KCJA 1B3EA 5H8FB 4GRKA 1VE4A 4U1OA 3O28A 4EUOA 5I2KA 3KG2A 1LLSA 2PMSA 3QAXA 4X48A 5I2KB 1MS7A 2AYSA 3C31A 3TPAA 3B6WA 3HHFA 4QFOA 3O6HA 4EDPA 3T93B 1IXIA 1MXUA 4IY6A 4DE8A 1ANFA 3S9LC 4GOTA 4AB6A 4FORA 1XT8A 1S9TA 2F34A 2XD2A 1SW5A 3B6QA 3G3GA 1Z7ME 3TTRA 1B5HA 3LSWA 3CVGA 4IO5A 4KFQA 4FAJA 4U23A 4XKRA 2QS2A 4G8MA 1LCFA 2W7YA 2YPNA 3DP6A 4OWDA 3TZAA 2NVUB 1B0LA 1Y3QA 5K2XA 3SESA 1MH3A 1JQFA 4QF9A 3MZ9A 3E9XA 3VXCA 3CFZA 3GXAA 3N26A 1B6HA 1OIBA 4JWYA 4QHQA 4F2QA 3O66A 3VLUA 4OETA 1HSLA 4NF5A 3PUXE 4WXJA 2ESNA 5EHSA 1GV8A 5ITPA 1LFHA 2G29A 1H43A 2OZZA 4YU0A 3VXBA 3MUQA 4MFIA 4GVOA 3VLWA 4F1VA 3Q25A 3FVKA 3SEVA 5AA2D 3LR1A 4QFNA 4NF4B 4PFWA 4ELRA 4Z0IA 4ZE8A 3EHTA 1ZBMA 4POWA 1PEBA 4R6KA 4YKJA 3UORA 4C1UA 3WAEA 2PVUA 4EQ9A 3FJGA 1DSNA 1Y3NA 3T66A 5AE4A 5EYFA 2OCUA 1R1NA 3TQWA 3TTNA 2ZMBA 2ONSA 4ZEDA 1OLAA 2Y7KA 3MBPA 1M5EA 3RNNA 1MPCA 2X7QA 3H6VA 1URDA 4AQ4A 3FASA 2PT1A 4ISUA 3EF7A 1SDXA 1WDNA 3C4MA 4Q5TA 4X9TA 3K6UA 3EN3A 1MDQA 5B70A 4ESWA 3KSXA 4EQBA 2HAUA 1S7YA 3MPKA 4GFRA 1NL5A 1PBQA 1FTJA 3IO4A 1MPBA 4O3CA 2V84A 1N3WA 1MH4A 1SI0A 2UVJA 3C35A 1JEUA 1FQCA 4LQ2A 3HCQA 2GFEA 1ZJLA 4YB6A 2F7CA 4KPTA 1B3HA 2VOZA 3IO6A 4F22A 4DLDA 4BDOA 3EPEA 5DVFA 1Y4TA 3DELB 2QSXA 2VP1A 4YAHX 5CBRA 4FATA 2I6EA 3VE1B 4F1YA 4RJZA 4F3GA 2VHAA 1RYXA 3CG1A 4LVQA 1XS5A 1AIVA 2ABHA 3VVDA 3SEUA 2Q88A 2E1SA 3K1MA 3FJ7A 2VD2A 1ELJA 1JVXA 2BJJX 1HSJA 2O1LA 2OJTA 1QVSA 2FYIA 2Z23A 3EHSA 3PUWE 2O69A 1F9BA 3FUZA 3MP6A 5DVIA 5HBCA 3RPWA 2Z8FA 3T9UA 4DXCA 1YTVA 3IORA 3I3VA 1A40A 4F29A 1XVXA 5H8SA 3HN0A 5I59B 1XVYA 2O51A 3V89B 3K6XA 2D5WA 1TWYA 1MQIA 1LFIA 2HZKA 2QJEA 2Y7PA 3H4ZA 1D9YA 3PD9A 4XIGQ 3SEWA 4ECFA 1DMBA 1OLCA 3K0VA 4N13A 4NWDA 1DPPA 5A5XA 4MF3A 2FA7A 1MY2A 4NF6A 3IB0A 3H6WA 4IO4A 4JSDA 4LZ7A 4RYAA 3ILUB 1OQHA 2UVHA 1D4NA 4QSCA 5I57B 3OO7A 4EXLA 3TAJA 3CI8A 5ISUA 1UTHB 5HM4B 5L9SA 3H6TA 4F39A 1URSA 3H03A 1WODA 1H44A 2I0CA 3TKDA 1MM7A 1P1NA 2HZLA 1AH5A 1Q1KA 3K02A 3O9PA 1US5A 2Q9TA 2F6GA 1TXFA 2HQ0A 2IEEA 3KFMA 4P11A 4OFOA 4U4SA 4QFPA 3Q29A 5JK4A 5LOMA 4NF4A 1T0KA 4K3FA 2B3FA 2XXTA 3UA8A 1MQJA 4GF8A 3UGWA 3MVXA 3K01A 5I58B 3CRBA 3RY3A 3U72A 4P0IA 3BFTA 3PPPA 4GQOA 3T96B 1O63A 1B58A 3MP8A 2AL4A 4I8CA 1PBPA 1RYOA 5DYHA 4ONYA 1NH8A 2DWHA 5BWJA 2DE4A 2Y7IA 4Q8RA 4F1UA 4GL8A 2A5TA 1B51A 5L9MA 4HS7A 1Y4CA 4ND9A 4OQOA 5CC2A 1POTA 5FTIA 1MDP1 2Y84A 3RT8A 4BDNA 3PUZE 3ODBA 2XXWA 1SYHA 2DWJA 3FV2A 3SKPA 2DXYA 2F97A 1MY0A 1OQGA 3OXNA 5I59A 2QS1A 2DXRA 4G4PA 2PX1A 4IB2A 4Q30B 1II5A 2Y7RA 4YKIA 3V5AA 1LCTA 2HFBA 5H8NB 1N84A 2Q8JA 1QUJA 3IL1B 1OMPA 3TQLA 3TEPA 3OD7A 3W9WA 3AXFA 3DP4A 3JV9A 3C9HA 4RA1A 4U22A 5EHMA 4THIA 3OO9A 2XHDA 3U92A 2OLBA 2XXUA 5CI5A 1UTBB 4RK2A 1QUKA 1UIVA 4IGTA 1M5FA 1B52A 3A09A 3MW0A 2QMWA 3MZBA 3U94A 4KYDA 3EQ1A 3TTLA 4DCYA 4F3PA 4G68A 1PB8A 2DWIA 2DE3A 2HAVA 1DTZA 1VFEA 4G68B 4ZEBA 3KN7A 3LSXA 1SYIA 5I57A 4JDFA 2XXVA 5TP9A 1GVCA 3IOUA 4FIMA 5AA4B 5B7DA 3SERA 3G7WA 1OVTA 1LAXA 2F8DA 1B5JA 1QJMA 2H25A 3KBRA 4RPOA 4DCXA 4ELQA 4TQUQ 1B3GA 3DP8A 4GXSB 1R9QA 2O7IA 3LSFB 3PUYE 3QUJA 3D4CA 4H0WA 4NF5B 5H8FA 1P99A 1JEVA 3OSRA 4QSDA 4R6YA 2QS4A 3E13X 3I5OA 3OEMA 1N0TA 1N3XA 2ALUA 3G3FA 3IK6B 2XD3A 3T9VA 4ZEFA 5DTBA 5AA1A 1QW0A 4I1DA 4R72A 3K4UA 4O3AA 4JSOA 1FTKA 1M5BA 3U8QA 3GBBA 4ELOA 3G3KA 3T9XB 3KJTA 3FVNA 4MLVA 5TPAA 5M2VA 3QYTA 2F7BA 1M5DA 1FQEA 4OEUA 4XKQA 2REJA 4IO6A 4IO7A 5H8QA 3ONMA 2V93A 3FZVA 1Y20A 3ZSFA 3RT6B 4LZ5A 3KOTA 1BTJA 1MXYA 1PC3A 5JTYA 1FTOA 1A8FA 3K6VA 3FXUA 3JYRA 2VD3A 3K1NA 3UN6A 1LBCA 3JZJA 3RUMA 1MPDA 1MM6A 1GR2A 3HO7A 3K00A 1EH3A 3O97A 3Q28A 4GD5A 2WKYA 4YB7A 4U4XA 2FNCA 1A8EA 4G68C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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