2V25A

Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
GKLESIKSKGQLIVGVKNDVPHYALLDQATGEIKGFEVDVAKLLAKSILGDDKKIKLVAVNAKTRGPLLDNGSVDAVIATFTITPERKRIYNFSEPYYQDAIGLLVLKEKKYKSLADMKGANIGVAQAATTKKAIGEAAKKIGIDVKFSEFPDYPSIKAALDAKRVDAFSVDKSILLGYVDDKSEILPDSFEPQSYGIVTKKDDPAFAKYVDDFVKEHKNEIDALAKKWGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A Bacterial Virulence Factor with a Dual Role as an Adhesin and a Solute Binding-Protein: The Crystal Structure at 1.5 A Resolution of the Peb1A Protein from the Food-Borne Human Pathogen Campylobacter Jejuni
pubmed doi rcsb
molecule keywords MAJOR CELL-BINDING FACTOR
molecule tags Receptor
source organism Campylobacter jejuni
total genus 79
structure length 231
sequence length 231
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v25A02
3PD8A 4JBZA 4JSDA 2UVGA 4DLDA 3EPEA 3ZKKA 3SDFA 3M8UA 3BFUA 3UA8A 1TFAA 4G8MA 4IY6A 3RT6B 1B4HA 1A55A 4N13A 4IO2A 5H8FA 5L9MA 1S9TA 2DSFA 5DTBA 4GL8A 1LFGA 2HQ0A 3IJXB 4NTLA 1IXIA 1MPDA 4H6DA 1AOVA 3MVYA 3OXNA 1ZIUA 4IO3A 1N3XA 2R71A 2B3FA 5H8FB 5B7DA 4EQ7A 4NWDA 4C1UA 1UTBA 1T0KA 3CIJA 5H8SA 4RPNA 3K6UA 2O7IA 4IGRA 1MXVA 4FE8A 1BKAA 1FQBA 4YMAA 1YPNA 3RLFE 1B7UA 2IA4A 1BIYA 1USYE 2KLFA 1UQWA 5DT6A 2ESNA 2ONKE 1UTBB 4HS7A 1B32A 3VXCA 2G29A 1EZ9A 5J1DA 1TWYA 2OWSA 5F7VA 3MW0A 3LC8A 1URGA 3CFZA 2PT2A 3LSLA 4GOTA 1VSOA 3K0VA 4YKKA 1VFDA 3IAZA 3LBSA 1SYHA 1CB6A 2XX8A 4RXLA 2PYYA 1FCKA 3PMXA 1LLSA 2OCUA 4GRKA 4KFQA 2HAVA 5FHNA 5TPAA 3RN8A 4F39A 2P2AA 1YCJA 4MBPA 2O1MA 2F7CA 2ZYOA 1JEVA 4ESWA 4C0RA 3SEXA 1B6HA 3MP8A 3DP6A 4HTGA 3SEWA 4YICA 1MH3A 3OO6A 2F6GA 5TPAB 5CRYA 4ZE8A 3RTWB 1B2HA 1JW5A 4EUOA 4XXUA 3HV1A 1Y20A 1GGGA 2HEUA 2PT1A 3O29A 5H8NA 4OZ9A 4OVJA 2G93A 2RC7A 2RC9A 1QJMA 1BLFA 2XX9A 4IO7A 3O97A 2P1SA 2XXYA 1URSA 1GTKA 1Y3PA 5FTIA 3H03A 4JXIA 4GVOA 2Z8EA 4F31B 1MPCA 3RT8A 3V83A 5H8NB 1JEUA 2XD3A 1DTZA 1QUKA 2H4IA 2M8CA 2XXTA 1IITA 4FEDA 3PV0E 1II5A 2GHBA 3TKDA 1B3EA 2X7PA 3KN8A 3BBRA 1ZBMA 2Y7RA 4H0WA 4GF8A 4AB6A 4LZ5A 3KOSA 1EZPA 4GXAA 4X1BA 1TT1A 4U1ZA 3QK6A 1LCTA 1IUDA 2RCBA 2AYSA 3BFTA 1Z7ME 4Q0CA 4PFUA 4KCCA 1Z7NE 1Y4CA 4OERA 3R26A 4YKPA 2F6PA 3OD7A 4NMYA 2O51A 5F1QA 3CVGA 3RGYA 4BDQA 1FTOA 1PBQA 3T9VA 3IORA 3MC2A 3S9NC 4PFYA 2DS9A 3I6VA 4PFWA 2YPNA 1ZJLA 1WDNA 1MQIA 3MP1A 3U1OA 4H5GA 3JYRA 1MY0A 4F22A 3Q27A 4ZEIA 1N7WA 4TOZA 4Z7EA 1EZOA 1JVYA 5A5XA 4R6YA 4TQUQ 2HFBA 4LATA 4F1UA 2ANJA 2FNCA 1B7HA 4GXSB 3O28A 4HCYA 3UIFA 2H9BA 5AA3A 4KHZE 4L17A 4BLAA 2QS3A 5A5XB 1FTLA 1MXUA 1Y1MA 2H5YA 4GWOA 4OETA 5CBRA 3KFMA 2VGQA 4BDOA 4OWDA 1MQJA 3T96B 1USYH 2AL4A 4IO5A 4F3PA 1LAFE 2Y7WA 1JQFA 5I84A 3EHSA 3B7DA 1DMBA 3H3GA 3FVKA 4F3GA 1O7TA 1LCFA 3T93B 5EHSA 2QS2A 4KPTA 3RPWA 2V3UA 3CFLA 2UVJA 4JDFA 1B3HA 1AMFA 3GZGA 4ZZAA 4ECFA 3HHFA 2XD2A 3MQ9A 1R9LA 3PD9A 4IY5A 3VDFA 5TU0A 1FQDA 3MZ1A 3U8QA 3PUVE 3B6WA 2ZNUA 3T66A 4TLMB 4F2OA 3S9LC 2VHAA 1US5A 1WVJA 4YKJA 2D3IA 4N6PA 1XOCA 4F3BA 2Z8DA 3IK6B 1A8FA 1ZLQA 4G2ZA 3ZSFA 5I59A 1MY2A 1B0HA 4QFPA 1PB8A 4OESA 3SERA 1I6AA 2UYFA 3IOTA 1IIWA 1XVYA 1NL5A 3FVNA 4R2BA 5DYHA 2I3VA 2WKYA 4THIA 2DE4A 5KDTA 3IO6A 5I59B 1B1XA 1Q1KA 3KGCA 3K02A 3HO7A 3N94A 4U4SA 5DVFA 1M5FA 5FTHA 2E0SA 4KD5A 4ZEFA 1FTJA 3QUJA 1LSTA 4NF8A 3KJTA 1B51A 1YAEA 3TELA 1S50A 2O1LA 1ZKBA 1EU8A 2NXOA 4OENA 5CMCA 4ZEBA 3KJ7A 4POXA 3L6HA 4QSCA 2YLNA 1MXWA 4OQOA 3CG3A 4RYAA 3VFJA 1DSNA 1B40A 4NF8B 1SI1A 4U1OA 3O2AA 3C4MA 4R9GA 4OEVA 4R2FA 4Q8RA 3H6VA 1KWHA 3HSTA 3CG1A 5DEXA 1H3DA 4H8IA 3S9MC 5I56A 3MWBA 4O3CA 4LUBA 3IB1A 1IEJA 1LB8A 4WKMA 1FTMA 3H7MA 3ILTB 2V3QA 3A09A 5ELVA 3IL1B 3Q29A 5CMBA 4RY1A 5DEXB 4I62A 5JEIA 1IXGA 5I56B 5IAIA 2AIXA 1AH5A 3GLBA 3RQTA 3P7IA 4F29A 1N04A 3UORA 1MS7A 4G4PA 5ITOA 3CR9A 4H65A 4P0GA 1MY3A 3K00A 2Y7KA 4DXUA 4FJPA 4M4GA 1P1QA 2I4CA 2QJEA 3M3KA 3VV5A 3Q26A 2PMSA 3JV9A 4NF4A 1SVXB 3E3KA 3OMBA 2UVIA 1UIVA 3HCQA 3ZS6A 2CMOA 2H98A 3B6TA 5KZTA 1F9BA 5AE4A 1VE4A 4F1YA 2I58A 1I69A 1SI0A 3K4UA 2Q2AA 4NF4B 4LZ7A 3TCGA 2GHAA 1LAGE 4MFIA 3FJGA 4OXVA 1GR2A 2Q88A 1S7YA 3TZAA 2QRYA 1DTGA 1MRPA 4I9DA 3FZVA 1RYOA 2QMWA 1P1WA 1A54A 3TTRA 3K1NA 2B3BA 3FASA 4F18A 1OLAA 1M5DA 2XXRA 1PEBA 3EHTA 2I6EA 1D4NA 4H8JA 3QIMA 3DM0A 3PPNA 1JW4A 1N84A 4U4XA 5CC2A 4EF2A 2VP1A 3FUZA 3PMVA 2XHDA 1AIVA 5M2VA 4G8NA 3THIA 4O3AA 3OENA 3WAEA 3M3LA 3OSRA 4KI0E 3IOVA 3VXBA 3OO7A 3C31A 1B0LA 4QRZA 4R74A 5K2YA 4KR5A 5EHMA 4FIMA 3N6TA 1XHYA 1SQYA 3KEIA 3V8XB 3KBRA 4OMBA 1AL3A 3QAXA 2A5SA 3FVGA 3V89B 2UVHA 1A40A 3PPOA 4YB6A 4DCXA 4G68A 4QF9A 1B3LA 5H8HA 4Q5TA 3UN6A 2Y7IA 4C1TA 4KCDA 4YKIA 3T9UA 4BDLA 2V84A 1QULA 2Z8FA 3ECRA 1Q35A 2ALUA 4JB7A 1SBPA 2LAOA 3CFXA 3RNNA 4G68B 3QSLA 3UP9A 3RTFB 4TLLB 1LAHE 4IO6A 2ZYMA 4G68C 3FV2A 4F3SA 1A8EA 1Y4TA 3AXFA 4QFNA 2DE2A 1P99A 3L6GA 1LB9A 3TYHA 1RKMA 1B9JA 4JWYA 4N07A 5AA2A 3KSJA 3PUZE 3T9HB 1FW0A 1M5EA 3O6GA 3TDJA 2I4BA 3EQ1A 2F7AA 2UXAA 4EDPA 1H45A 1TXFA 2RC8A 2V3TA 3MZBA 5AA4A 3IOWA 1UTHA 3WAFA 1MQGA 5AA2B 4YMBA 5HPQA 1LFHA 1WODA 2I49A 2NWJA 3TTMA 4YB7A 5CM6A 5L9OA 3G3JA 2AL5A 5BWJA 5L8DA 4OTEA 2Q2CA 3Q25A 1IXCA 3I3VA 5CMMA 2I3WA 3PUWE 5AA4B 4Z0IA 1QUIA 1UTHB 1D9YA 4R6HA 4ZDMA 1B3FA 3CSGA 4JWOA 1GV8A 3QUFA 1NFTA 3DP8A 3VE1B 2HAUA 2H99A 1B3GA 2Y7PA 3FXRA 2DXYA 2XX7A 2REGA 4QFKA 1Y1ZA 4XKNA 3OSQA 5I58A 4UACA 2DVZA 3PU5A 5AA2D 4ELRA 1NH7A 4X9TA 3TCFA 1HSEA 1NH8A 1D9VA 2DP8A 3G3KA 4YAHX 3O6HA 3H06B 1A99A 2ZXTA 2PBWA 3S9EA 3RY3A 5I58B 2R9JA 4MF3A 5I2KA 5EYFA 1N3WA 1MM6A 1R9QA 4FORA 3TTNA 3TMGA 5ISUA 1HSLA 3FXUA 2D21A 4QSDA 2F97A 2R6GE 3G3HA 1B5HA 2O7UA 1CE2A 1ZMGA 1XVXA 1MPBA 3PUYE 5I2KB 1NNKA 1O63A 3SEUA 3U92A 4HW8A 2ZNSA 4DXBA 1URDA 3KN7A 2XXWA 3PPQA 4BDMA 4XIGQ 5CI5A 5CMKA 4MLQA 4QSEA 4WEDA 3MVXA 1I6BA 2XXHA 3VLVA 4DIGA 1PB9A 3A3CA 4LVQA 2ZYNA 2OJTA 1LBBA 1TFDA 2RINA 3HHGA 2HZKA 1B46A 3TEPA 4DZ1A 3KZGA 4H5FA 3VVFA 4X1DA 5IKBA 4R6KA 3HPIA 1MDQA 1Y3QA 3R7XA 3A3UA 4NEDA 2OWTA 2HZLA 4I1DA 3C35A 1SW2A 3C32A 1UIUA 1H76A 1NNPA 3MP6A 2ZYKA 5KDTB 4RPOA 4PE5B 3D4GA 3ONMA 3ZKLA 3W9WA 3K6VA 1L5TA 3UGWA 4ELPA 4WEPA 4F19A 1FTKA 4OEUA 3G7WA 1ATGA 4IB2A 3M3FA 2QS4A 4YZZA 5ITPA 2IEEA 3O66A 2Z22A 1OVBA 4FECA 4UA8A 3MPKA 1B5IA 3K01A 4NF6A 3BKIB 1B52A 1N7XA 1MXZA 4GD5A 2F7BA 2QL3A 4ZE9A 2F36A 2F34A 3IJOB 5FHMA 1JETA 4LP2B 4U21A 1J1NA 3MBPA 4QFOA 3E13X 3TODA 4NF6B 1JNFA 3N26A 3SKPA 3PGFA 5JK4A 3TTKA 4ND9A 4XKQA 4OFJA 1VFEA 2DE3A 4ZS9A 3O6IA 4RK9A 4GLIA 3EF7A 2V25A 3D4CA 4DDDA 1POY1 1FQCA 3MVZA 1OLCA 4RJZA 2XXPA 3CI8A 3H6TA 3SEVA 4IO4A 2O6AA 2H25A 4LZ8A 1ZTYA 3G3GA 1XT8A 5CBSA 2NVUB 4ZECA 3PUXE 1IXHA 2GFEA 1FQFA 3VLUA 3OO9A 3QYTA 3C33A 1B1HA 4JWXA 4E0WA 4H1XA 1OVTA 2I48A 5TP9A 3TQLA 2GRVA 1PC3A 4YU0A 3FJ7A 3V5AA 3U72A 4ELOA 3IB0A 3QXMA 3FD3A 4PFTA 2XXIA 1US4A 4K3FA 2ZMBA 1NNFA 4U22A 1MY1A 2RF1A 2DXRA 3S2VA 4QFLA 2RKMA 2XXXA 1SD3A 1N76A 5TP9B 3Q28A 3F11A 1P1UA 2UYEA 2VD3A 1QVSA 4R73A 5BUUA 2ZNTA 2DYXA 1ANFA 3C36A 3TUSA 1QKAA 3R6UA 2ONSA 3UK4A 2DWHA 1M5CA 3T9XB 3G3FA 3GBAA 3ILUB 1R1NA 2DVCA 3OEKA 3LUYA 2Q89A 2X26A 2GH9A 3HN0A 3VLWA 1NMUA 1PBPA 2OK2A 3MPLA 4EQ9A 2QMXA 1MY4A 3IOUA 4U2RA 5ICQA 4KQPA 3LR1A 3FIRA 4PQJA 1SW5A 3LSWA 4AB5A 4LONB 1MM7A 3CRBA 2O84X 3U93A 3MVWA 3MZ9A 4P0IA 1DPEA 1DOTA 2YJPA 3KN3A 2QS1A 3MJNA 4NE4A 3VVDA 5H8QA 4PP0A 1MXYA 4YB5A 4I8CA 4RNSA 4GFRA 2F78A 2HCAA 2QSXA 1LAXA 1N0TA 3ODBA 5DVJA 2A5TA 3PMWA 3LSFB 2THIA 2Z23A 1MG1A 5I57A 3OEMA 4FAJA 4R75A 2XXVA 5B70A 3H6WA 5H8QB 3TFLA 5H8HB 1M5BA 4LQ5A 3C34A 1OMPA 4U23A 3SETA 4OFOA 5ICTA 4OFLA 2OLBA 3FJMA 2A5TB 1NNTA 2DQVA 1GVCA 5HM4B 4DCYA 1QW0A 2OZZA 5I57B 3KG2A 3DELB 4EXKA 4Q30B 4ZEDA 2I0CA 4NF5A 1B58A 5DVIA 3IB2A 2VD2A 4HCWA 3DLNA 1IZ1A 3DP4A 1YTVA 2DWJA 3USDA 3JZJA 1IQ7A 1B05A 3GBBA 3K6WA 4XTCQ 4POWA 4MLVA 3G3IA 4NF5B 5AA1A 4O3BA 4H67A 1LGBC 2F8DA 1RYXA 2B65A 4E0XA 2DWIA 3VVEA 2XXUA 2PX1A 1POTA 1Y9UA 1MH4A 1OIBA 4DXCA 4ONYA 2FYIA 1SW1A 4KYDA 3N6UA 3FATA 2DWAA 4BDNA 4EF1A 2V93A 1H43A 4ZZEA 4MH5A 3H4ZA 3FGSA 2Y84A 1ZU0A 2D5WA 3FV1A 4G8HA 3CSBA 4RA1A 3K1MA 2ABHA 2DOJA 1VR5A 1SW4A 1MDP1 5FHOA 3S4UA 1ELJA 1JW1A 2RCAA 1H44A 4P11A 3GXAA 4GQOA 1EH3A 1BP5A 4PETA 1LFIA 1PDAA 2QPQA 3TCHA 4GL0A 2I0BA 4AQ4A 2ONRA 5KCJA 2X7QA 3K1PA 2CZLA 3MAMA 3K6XA 3LSXA 3RUMA 2P0SA 1QKBA 4ZEKA 4X48A 5K2XA 3B6QA 4FATA 5KCJB 1FQEA 1B7ZA 4BDRA 1DPPA 1A7LA 4ESXA 5HBCA 1MXXA 2REJA 4KYSA 2W7YA 1MQHA 3U94A 4EQBA 2F5XA 3OO8A 4RK2A 1I6QA 1B4ZA 1QUJA 3PPRA 1Y3NA 4LQ2A 5I2NA 3E4RA 1P1OA 3IO4A 1MQDA 1XS5A 2FA7A 3OOAA 3EHUA 3EN3A 2E1SA 4G77A 4FEBA 4KYEA 4NWCA 3C9HA 5I2NB 1JVXA 1D3KA 4WXJA 4EXLA 1OQHA 3TAJA 3MUQA 4QHQA 4JSOA 4DE8A 4F1VA 1OQGA 3SESA 4OYVA 4F2QA 3KSXA 1PB7A 4GIZA 2NOOA 2HXWA 2OBGA 3IX1A 3K2DA 4XKRA 3W15C 3FVOA 3SEYA 1XC1A 4R72A 1NKXA 2O69A 4IGTA 5LOMA 3TTLA 1LBCA 1O64A 4OHNA 3KOTA 4M1VA 2Q8JA 3IR1A 3TPAA 1SYIA 4ISUA 5JTYA 3PPPA 3W9VA 4R9FA 3E9XA 2PVUA 1HSJA 3O9PA 3I5OA 2Q9TA 1BTJA 3N5LA 3H6UA 4LA9A 2O68A 1R6ZA 2F35A 2BJJX 1SDXA 4XKPA 3TQWA 4ELQA 1P1NA 2NUVA 3T22A 5L9SA 5JTYB 2XXQA 2VOZA 1B5JA 1FQAA 3OELA 3FXQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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