2Q88A

Crystal structure of ehub in complex with ectoine
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
RDENKLEELKEQGFARIAIANEPPFTAVGADGKVSGAAPDVAREIFKRLGVADVVASISEYGAMIPGLQAGRHDAITAGLFMKPERCAAVAYSQPILCDAEAFALKKGNPLGLKSYKDIADNPDAKIGAPGGGTEEKLALEAGVPRDRVIVVPDGQSGLKMLQDGRIDVYSLPVLSINDLVSKANDPNVEVLAPVEGAPVYCDGAAFRKGDEALRDAFDVELAKLKESGEFAKIIEPYGFSAKAAMSTTREKLCAAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the ligand-binding protein EhuB from Sinorhizobium meliloti reveals substrate recognition of the compatible solutes ectoine and hydroxyectoine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative ABC transporter amino acid-binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Sinorhizobium meliloti
total genus 81
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A02
4TLMB 1OLCA 3MAMA 1SDXA 4GVOA 3T9HB 3HV1A 4FEBA 5FHMA 2BJJX 4U2RA 1AL3A 1NMUA 3FXUA 4NF4B 1MY1A 1B7HA 1FCKA 1FTLA 2GRVA 2DYXA 1UIVA 4G68C 4GIZA 2RC9A 2ONSA 3S9EA 1MQJA 1IXCA 1IXGA 3T9VA 3OO6A 4OYVA 4EXLA 3A3UA 2ZNTA 3MWBA 3C9HA 2FYIA 4TQUQ 2O69A 5DVFA 3U72A 3OOAA 4ESWA 3V89B 3THIA 3IOVA 1XT8A 3IX1A 3RPWA 1N7WA 2ZYKA 3S4UA 1P1NA 4QSDA 1ANFA 1S50A 3G3IA 1IIWA 4LZ5A 2XXHA 1HSEA 3LSLA 1UIUA 4U4SA 3DP6A 1CB6A 3A3CA 4TOZA 3FJMA 2QS4A 3G3KA 2XXRA 4IY5A 3MW0A 3LSWA 3RUMA 3EHTA 3B6QA 5AE4A 1SI1A 4TLLB 4RK9A 3IK6B 4KCCA 1T0KA 5I2NA 4IO3A 1USYH 2XXIA 5I2KB 2IEEA 5DVJA 4YICA 1B46A 1D9YA 4AB6A 4QF9A 4OETA 3O9PA 3O6HA 2FNCA 4RXLA 2ABHA 2YPNA 3OO8A 1Y1ZA 4YB7A 4ECFA 2CMOA 1MXWA 4GRKA 2AYSA 4PQJA 1Y3PA 2GHAA 2H25A 3H6TA 4NF8A 4IY6A 5ICQA 3EN3A 1AIVA 2B3FA 1NH7A 2H98A 4LUBA 3E9XA 4IB2A 4I8CA 5FHNA 1B05A 4H8IA 2FA7A 2NUVA 4IO5A 1B3FA 3OD7A 2YJPA 1DPPA 1SI0A 1MH3A 3O28A 1MQIA 1OLAA 1B3HA 2E1SA 4LONB 3IOUA 3OO9A 3KSXA 1SVXB 3IO4A 4O3BA 3SEWA 4U1OA 1F9BA 5F7VA 3K1NA 4EQ7A 5A5XA 5A5XB 1EZ9A 4GXSB 4YB6A 3QXMA 5K2XA 1JVXA 3MVWA 2PMSA 4NF5A 2XD3A 1P1WA 4PFYA 2A5SA 1B0LA 3G7WA 3K1MA 4JDFA 4KI0E 4U1ZA 4G68B 4ESXA 1B7UA 2QS1A 2DOJA 1LAGE 5KDTA 3H4ZA 2H9BA 4QSEA 5KDTB 2D21A 2M8CA 4DIGA 2P2AA 4LATA 2ZXTA 2V25A 4F31B 3FATA 4IO2A 4YB5A 5ITOA 1B52A 4JSDA 3SKPA 3ILUB 2DSFA 3HN0A 5KCJA 1MQHA 3EF7A 5KCJB 4NE4A 3QUFA 2O84X 2HZKA 3VE1B 4H5FA 1TXFA 1LSTA 2P1SA 4P0GA 5FHOA 3OSQA 1UTBB 2OK2A 3MQ9A 3K02A 1MG1A 3JV9A 4LVQA 1SW2A 1P1UA 3PUZE 1FW0A 1XVXA 3G3JA 2DWJA 1POTA 4F18A 2XXTA 2HZLA 1US4A 1B1HA 4RPOA 2F97A 1D4NA 2UYFA 1LGBC 3Q27A 3SEUA 1VE4A 3MJNA 3HCQA 2F35A 2ESNA 4OENA 4FORA 3MZBA 5KZTA 5M2VA 4OTEA 4RYAA 1XS5A 1JEVA 4KYDA 1EZPA 3R6UA 4IO7A 3MVZA 3H6WA 3C31A 1Z7NE 2CZLA 4R9FA 5CRYA 3TTMA 3RT6B 2NXOA 3U92A 5HPQA 2W7YA 4G4PA 3U8QA 3BKIB 4R6HA 1US5A 4R2BA 1YTVA 2Z8EA 3LSFB 5DVIA 3FASA 1MY0A 1H45A 3IL1B 1LBBA 5HBCA 4F19A 2F36A 2V3TA 3K6XA 2F7BA 3TQLA 1MY3A 2OJTA 5K2YA 4RPNA 1Y3QA 4F2QA 3ODBA 3E13X 2XD2A 2LAOA 1UTHA 1MXXA 3CFLA 4DLDA 1UTHB 4AQ4A 3VLUA 1B0HA 5HM4B 3W9WA 5L9MA 4HS7A 3SEXA 1YAEA 3CRBA 2GFEA 1O63A 2HAVA 3ONMA 3U93A 3VVDA 5I57A 4POXA 3IJOB 3FJ7A 2RCBA 5I57B 2O51A 3TDJA 3TCHA 2XX9A 1B58A 3SEYA 5EYFA 1FQDA 3CG3A 2XX8A 2P0SA 3O6IA 4R73A 3CG1A 5TU0A 3OENA 2YLNA 3OXNA 1LFGA 3TCFA 4LZ7A 4ELPA 2VGQA 3V5AA 4FEDA 1GV8A 1FTKA 4OMBA 2R9JA 5H8SA 5CI5A 4JWOA 3KJ7A 1D3KA 4JWYA 1H76A 1QJMA 3MZ1A 2X7QA 2VD3A 3UP9A 1NNKA 3TODA 2QMXA 1NNPA 1N04A 4ZZEA 4OEVA 2I3WA 4PFUA 2O68A 4E0XA 3TEPA 1LAFE 2AL4A 3UA8A 4F29A 1S9TA 4GWOA 1MQDA 3T9XB 2DP8A 2QJEA 4ZEFA 4ZE8A 3IB2A 4Z7EA 4F3SA 4R6YA 3K0VA 4YKIA 3PGFA 3RN8A 4C1UA 2DWAA 1JW4A 2QRYA 3HHFA 4BDRA 2NOOA 1WVJA 1MXUA 2Z8DA 4IGTA 4EUOA 4UA8A 5LOMA 1B3GA 3C34A 3LC8A 1PEBA 2GHBA 4U23A 3DM0A 2Q89A 2XX7A 3VXCA 2Z23A 2ANJA 1JW5A 1H43A 1MDQA 4WKMA 5EHSA 1LCFA 3MBPA 4H6DA 1Y1MA 3E4RA 3C4MA 3UORA 2O7IA 2I0BA 3UK4A 3BFTA 1BKAA 1TWYA 1DSNA 2DE4A 4XKQA 5DTBA 5IKBA 1M5BA 2ZYNA 4GQOA 2DVCA 2UVGA 4GOTA 4H5GA 4Q8RA 3CFZA 3QUJA 1M5EA 3Q26A 2QS3A 3PUYE 4ZS9A 4H8JA 4X9TA 4FE8A 3WAFA 1D9VA 4DCYA 4DXBA 1SQYA 3BBRA 4KHZE 2VD2A 2I58A 1VSOA 4Q30B 3FVNA 4QRZA 5BWJA 2F34A 4GL8A 1BLFA 4G8HA 3H06B 5ITPA 2X26A 4XKRA 1Y4CA 5I2NB 4F22A 3ZS6A 3WAEA 1LAHE 2OWTA 4OFJA 3M8UA 4ZECA 1PBQA 3PMXA 3K6VA 2OBGA 4IO4A 1IXHA 4KPTA 1IQ7A 4ELOA 1A99A 4KYSA 3MPKA 1DOTA 4G77A 1DPEA 3TTNA 3GBAA 3QYTA 4OZ9A 1I6AA 4R75A 2OLBA 3KEIA 4LZ8A 3V8XB 3CI8A 4G2ZA 1SYHA 4NF8B 3RTFB 2DXRA 3HO7A 4POWA 5DYHA 4XTCQ 4R74A 1R6ZA 3MP1A 1OQHA 4X1DA 1DMBA 3H6VA 3PV0E 4X1BA 4K3FA 5ISUA 4L17A 4YAHX 3CSBA 3G3GA 4G8MA 2XXVA 3PD9A 3RT8A 3HSTA 3L6HA 2XXWA 2Q88A 3C36A 4F1UA 4H67A 2ZYMA 4M4GA 4YMBA 1XOCA 5CMCA 2O6AA 2Y84A 3D4CA 4OQOA 3I6VA 1ZJLA 2QPQA 2DE2A 1B51A 4NF5B 3MP6A 3T66A 3F11A 3DELB 3HPIA 3FVKA 4PFWA 4BDQA 2RF1A 2RINA 1LFHA 4E0WA 1EU8A 3Q29A 5H8HA 4X48A 1R9LA 5H8HB 4R2FA 1MPDA 1PB9A 1JQFA 5JK4A 2OCUA 1H3DA 1TFDA 2ZMBA 1Q35A 3SEVA 3C35A 3RTWB 5ICTA 3TUSA 1B4ZA 2O1MA 2PX1A 3EPEA 4LA9A 1MPBA 1YPNA 2NWJA 5J1DA 3FZVA 3Q28A 1YCJA 1PBPA 3KZGA 4OFLA 2HAUA 1SD3A 3PPOA 4GFRA 2Q2AA 1N76A 4I1DA 4BDNA 4EQBA 4GD5A 4DCXA 4C0RA 1MXYA 3IB0A 3FGSA 4ND9A 1B4HA 5FTHA 3I5OA 3GXAA 4H0WA 5CBSA 2ZNSA 4P0IA 4OERA 3PUVE 2B65A 3KOSA 1L5TA 4FIMA 3FD3A 3CR9A 3VLVA 1N84A 4OEUA 4NF6A 3TTLA 4NF6B 3OEKA 3QK6A 3VVFA 4EF2A 3IO6A 4F1YA 5BUUA 1JVYA 4DDDA 2ALUA 1IZ1A 1MS7A 4U22A 2I4CA 3T96B 4F3GA 2PBWA 2Q9TA 2HFBA 4WXJA 2F8DA 3PUXE 4H65A 4MBPA 4QSCA 5B70A 3T22A 1KWHA 2DVZA 3GLBA 3T93B 1ATGA 2XXUA 3O6GA 2G93A 3FV2A 3KSJA 4GL0A 1H44A 3OO7A 5TPAA 1B5IA 2RKMA 1A8FA 4OVJA 3SDFA 5DT6A 2I6EA 1OVTA 1XHYA 2ONKE 1B1XA 3RLFE 1MXVA 1OVBA 2V93A 3E3KA 2ONRA 4GLIA 3Q25A 1QKAA 1MDP1 3PUWE 4XKNA 1LAXA 2Z8FA 2QL3A 1XC1A 5CC2A 1NNFA 4FAJA 2F7CA 1ZTYA 1OIBA 3KBRA 2G29A 2RC7A 5B7DA 3MPLA 1ZU0A 1FQBA 3H03A 1FQAA 3USDA 3T9UA 5CM6A 3MVYA 2KLFA 3O29A 4OHNA 1QVSA 2I48A 4EF1A 3TELA 2I0CA 3JZJA 2HQ0A 4H1XA 3N94A 3UN6A 3FXRA 3VDFA 3EHUA 3PPRA 4WEPA 3ECRA 3W15C 3FUZA 3UIFA 3LSXA 1I69A 1A55A 4KR5A 1R1NA 2F5XA 3N6UA 4LQ5A 1M5FA 3QSLA 5ELVA 3KGCA 3PU5A 3K01A 3FJGA 3M3LA 1MH4A 4YMAA 2ZYOA 5DEXA 2XHDA 3TTRA 3I3VA 1RYOA 3B7DA 4ZEBA 4ZE9A 2O1LA 3OELA 3A09A 3GBBA 4NWDA 3M3FA 3QIMA 1MRPA 2I4BA 1B3EA 4BDMA 4R6KA 4QHQA 3SESA 4EXKA 4RY1A 3PPPA 3RY3A 5I58A 5JTYA 1IUDA 5I58B 4NEDA 4ONYA 1MXZA 1PB8A 3OMBA 4PP0A 1MQGA 3AXFA 3K6UA 4IO6A 4FATA 4F2OA 4JXIA 4QFKA 4DZ1A 4AB5A 1HSJA 2UVHA 4BLAA 3IB1A 3TYHA 4RK2A 1B7ZA 2ZNUA 2V3QA 4NF4A 5AA2A 4IGRA 5AA2B 3JYRA 4Q5TA 4OESA 1GVCA 1SW4A 2THIA 4F1VA 4YZZA 4YU0A 4F3PA 1JEUA 1DTGA 1M5CA 4M1VA 3TPAA 3OEMA 1QUJA 4NWCA 1M5DA 1NKXA 1Y9UA 3VFJA 2PT2A 3R7XA 1B9JA 4U21A 1FTOA 1RKMA 3H6UA 4RNSA 1MM7A 4YKPA 3CIJA 2HXWA 2QSXA 1LCTA 1SYIA 4FECA 2F7AA 1Y20A 4OXVA 1R9QA 4KQPA 1IEJA 3K00A 3O97A 3O2AA 1I6BA 4DE8A 2OZZA 3KOTA 4NMYA 5CBRA 4EQ9A 2H99A 2RC8A 3DLNA 1P99A 1B5HA 2H4IA 4N13A 1N0TA 3RNNA 1N3WA 4JWXA 3KN7A 1B3LA 1GR2A 3K4UA 1USYE 3PPNA 1GGGA 3PMVA 5I2KA 3G3HA 3DP8A 1FQEA 1DTZA 4F39A 4O3AA 1CE2A 4OFOA 5H8QA 2PYYA 5H8QB 5L8DA 5JEIA 3EHSA 2GH9A 3HHGA 3C33A 1VFEA 1NNTA 3TTKA 3W9VA 3OSRA 1FTJA 2DQVA 3ZSFA 3K1PA 3PD8A 2WKYA 1ZMGA 2Y7IA 3SETA 2OWSA 1MPCA 3N5LA 1MM6A 2R6GE 3MVXA 1FQFA 3TAJA 5L9SA 5CMKA 4N6PA 3B6TA 3S9MC 2O7UA 1WODA 1LBCA 1URSA 3TQWA 1IITA 1MY4A 1VFDA 4KYEA 4G8NA 4JBZA 2V84A 1FTMA 1TT1A 1ZBMA 3FV1A 4PETA 1Z7ME 4BDOA 3ILTB 3B6WA 3ZKKA 1TFAA 3H3GA 1O64A 2Q2CA 3CVGA 2VP1A 2PVUA 2UYEA 1FQCA 4ELRA 1XVYA 5CMMA 2DE3A 2XXXA 1JNFA 5H8FA 5EHMA 1A7LA 3M3KA 3LR1A 4ZEIA 5H8FB 1II5A 1PDAA 1P1OA 3MUQA 4ZEDA 4GF8A 2Y7WA 1AOVA 4G68A 1WDNA 4Z0IA 4NTLA 1S7YA 5L9OA 3PMWA 3DP4A 5F1QA 5AA1A 2HEUA 3RQTA 1Y3NA 3IJXB 3KN8A 1SBPA 2IA4A 1BIYA 1IXIA 1NH8A 3KFMA 4XIGQ 3IOWA 1Y4TA 5H8NA 1QW0A 1URDA 2QS2A 5H8NB 3CSGA 4QFNA 4THIA 4BDLA 3S9LC 1URGA 3KJTA 1P1QA 3MP8A 4EDPA 4YKKA 1UTBA 2Y7KA 4R72A 2XXQA 4JSOA 4R9GA 4U4XA 3G3FA 3TZAA 1OMPA 1ZKBA 2F6GA 1B32A 1N3XA 3N6TA 1VR5A 1N7XA 1NL5A 4MFIA 5AA3A 3EQ1A 3VLWA 1PC3A 4GXAA 3VXBA 4DXUA 4I62A 1NFTA 4YKJA 3FXQA 5TP9A 2PT1A 4MF3A 4P11A 5TP9B 4MLVA 5I59A 2XXYA 5I59B 4XXUA 3ZKLA 4F3BA 3MC2A 1LFIA 3TMGA 1AH5A 5I56A 3K6WA 5I56B 2VHAA 2Z22A 2VOZA 3VV5A 2B3BA 1ZLQA 3LUYA 1B2HA 4PE5B 1B6HA 1A40A 1A54A 1B40A 1EH3A 1Q1KA 4MLQA 1BP5A 2R71A 3L6GA 3CFXA 4ZDMA 4KD5A 4I9DA 3U1OA 5TPAB 3TKDA 3K2DA 4LQ2A 2X7PA 1J1NA 3FIRA 4HTGA 2H5YA 1PB7A 4ELQA 1LB9A 3N26A 1HSLA 2AIXA 4OWDA 4MH5A 1BTJA 2D3IA 2DWIA 4ZZAA 1GTKA 2E0SA 1POY1 3PPQA 2UXAA 2RCAA 2UVJA 1SW1A 1ZIUA 3R26A 4LP2B 3KG2A 3MZ9A 3QAXA 1QUKA 3LBSA 1OQGA 4FJPA 4PFTA 2Q8JA 4Q0CA 3IOTA 3IAZA 4ISUA 3VVEA 1RYXA 2F78A 5AA2D 3KN3A 4QFLA 2DXYA 2V3UA 2AL5A 2REJA 2Y7PA 2DWHA 2DS9A 3FVGA 1QULA 1B5JA 1QUIA 4C1TA 5AA4A 5AA4B 4WEDA 3FVOA 3S2VA 5CMBA 3SERA 3V83A 3IR1A 5FTIA 3H7MA 4N07A 3D4GA 3UGWA 4HW8A 4JB7A 4QFOA 2I3VA 4KCDA 1ELJA 5DEXB 2XXPA 3U94A 3GZGA 2HCAA 1JETA 1LB8A 4XKPA 2UVIA 4RJZA 3O66A 2NVUB 4HCYA 2D5WA 2Y7RA 2REGA 1AMFA 2I49A 1QKBA 3IORA 4O3CA 3S9NC 3TFLA 1EZOA 1MY2A 1O7TA 1LLSA 4QFPA 4ZEKA 1I6QA 4HCWA 3RGYA 4DXCA 5JTYB 5IAIA 1SW5A 1JW1A 1A8EA 2A5TA 4UACA 2A5TB 4KFQA 3TCGA 5I84A 2QMWA 1UQWA 3C32A 2F6PA 4RA1A 3P7IA 3BFUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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