2Q88A

Crystal structure of ehub in complex with ectoine
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
RDENKLEELKEQGFARIAIANEPPFTAVGADGKVSGAAPDVAREIFKRLGVADVVASISEYGAMIPGLQAGRHDAITAGLFMKPERCAAVAYSQPILCDAEAFALKKGNPLGLKSYKDIADNPDAKIGAPGGGTEEKLALEAGVPRDRVIVVPDGQSGLKMLQDGRIDVYSLPVLSINDLVSKANDPNVEVLAPVEGAPVYCDGAAFRKGDEALRDAFDVELAKLKESGEFAKIIEPYGFSAKAAMSTTREKLCAAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Sinorhizobium meliloti
publication title Crystal structure of the ligand-binding protein EhuB from Sinorhizobium meliloti reveals substrate recognition of the compatible solutes ectoine and hydroxyectoine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative ABC transporter amino acid-binding protein
total genus 81
structure length 257
sequence length 257
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2q88A02
4KD5A 5A5XB 4PETA 1XVYA 2Y84A 1QUIA 5CBSA 4LUBA 4O3BA 2Z8EA 1R1NA 4R9GA 4WKMA 5F7VA 1D4NA 5L8DA 3EQ1A 4H8IA 2H98A 4ND9A 3VLUA 2Q2CA 4OQOA 1B58A 4PFTA 1FQCA 3WAFA 4U4XA 3JYRA 3KBRA 4ESWA 4M1VA 5HM4B 2GRVA 2R6GE 4KYEA 4F29A 3B7DA 3O9PA 1FTKA 2F8DA 5AE4A 1F9BA 2I4BA 3BFUA 1NH8A 2XXVA 1DTZA 3G3GA 1Y9UA 5TP9A 1IIWA 3KJTA 4BLAA 2QS2A 5IAIA 3H7MA 1DTGA 3LSLA 3K00A 4ZEIA 4Z0IA 5M2VA 1A7LA 1SYIA 2F36A 3V83A 4JBZA 3TDJA 1HSEA 4X9TA 3FVKA 2B3FA 2H25A 1S50A 3PPNA 4I8CA 4FORA 4KCCA 1M5BA 5HBCA 3C35A 5CMKA 2I48A 3MPLA 3TTNA 5I2NA 3QUJA 3SDFA 3E9XA 1XVXA 1Q1KA 3N94A 3DP6A 4YMBA 5CMBA 3USDA 1WDNA 4H67A 4E0XA 4K3FA 4NEDA 2PX1A 3HN0A 1IITA 3W9WA 5CBRA 4PP0A 4ZS9A 2OWSA 4FEBA 1IXGA 2XXPA 3IJXB 3S9LC 2D21A 5JK4A 3PD8A 3TTKA 4WEDA 4JB7A 3D4GA 4X1DA 1ZKBA 2VOZA 1OVBA 1EZOA 3U1OA 4C1TA 1PBPA 2HAVA 2ZYNA 4HW8A 3V5AA 3TKDA 1B9JA 3CIJA 3TPAA 4DXUA 2A5SA 4Q0CA 1DOTA 1QW0A 1MXUA 1Z7ME 5EHSA 3S9NC 2B3BA 3BFTA 1Y1ZA 2XXIA 2UYFA 2LAOA 1XC1A 3OSQA 4NF8B 2UVIA 2ONRA 1TXFA 3OELA 4ZECA 4AB6A 2R9JA 3G3IA 2HCAA 4KR5A 4YKJA 4ELPA 3PV0E 2ZNTA 2QJEA 2Q2AA 5L9MA 4F18A 3R6UA 4EXLA 1SD3A 2YJPA 5I58B 1UIVA 1SW2A 4H5FA 1UQWA 3VXBA 3O29A 4H1XA 3PUWE 1TT1A 4I9DA 3O97A 4WXJA 1WODA 3PU5A 5K2XA 4Q8RA 3D4CA 2VGQA 1R9QA 3FVGA 3K1PA 1B5HA 2XXQA 4ELRA 2ALUA 3IB0A 1B40A 1BKAA 4F2OA 3K1MA 3ONMA 3S9MC 4TOZA 5I57B 1AH5A 2CMOA 2HZKA 3RQTA 3FXQA 4ZE8A 4G68B 3HHGA 1Z7NE 4NTLA 1B6HA 3QAXA 3RTWB 1P1QA 1N0TA 4OETA 4AB5A 1HSJA 2I49A 2XD2A 4PFUA 2XX7A 2UVGA 4XKNA 4F2QA 4EF2A 1MXZA 3MBPA 2GHBA 3TQLA 1LLSA 4N07A 1MXWA 5KCJA 2PBWA 1MDQA 4F3GA 3VVFA 1DSNA 5LOMA 3T66A 4ZE9A 4MH5A 4F3SA 3PMWA 3GZGA 1Y1MA 2OJTA 3DM0A 1Y3QA 3IL1B 1B5IA 4DXBA 1M5CA 4QSDA 2GH9A 1IUDA 3Q28A 2V84A 1IXIA 1DMBA 2H5YA 2X7PA 1OVTA 1QJMA 2Y7IA 5I59A 5CMCA 2VHAA 3DP4A 1LFGA 3IAZA 3RUMA 1MG1A 3UK4A 1QULA 1FCKA 2XX9A 1LAGE 4EUOA 4GL0A 1TWYA 2UVJA 3LSWA 4OENA 2F97A 3VLWA 1KWHA 4RA1A 5TP9B 3C4MA 1SVXB 3B6TA 4EQBA 4QFKA 3G3KA 3O2AA 4OEUA 1A8EA 3QSLA 3ILTB 3HPIA 4JSDA 2UVHA 3HO7A 3FJGA 1FTOA 1M5EA 2FA7A 5L9SA 1N84A 4NF8A 1US5A 3C34A 4KHZE 4R72A 2ZYMA 4IO6A 3RGYA 2I6EA 1MRPA 1MY4A 3U92A 5FHOA 1S9TA 3FXRA 4YAHX 2AL5A 2D5WA 1JW1A 3CG3A 5F1QA 3VV5A 3GBAA 5I2NB 1LBCA 1M5DA 3K6WA 3AXFA 3FJ7A 2O1LA 1B3LA 2DWIA 4ELOA 1B52A 2I0CA 4IO7A 3SEXA 4BDNA 2NWJA 4BDMA 1ZLQA 1POTA 1OQGA 4H0WA 4LVQA 1OLCA 5H8NA 1SDXA 4THIA 2AYSA 2DVZA 1UTHA 4U1OA 4X1BA 3E3KA 4NF4A 3DELB 4DXCA 1B3FA 2F6PA 4YB5A 4ZZAA 3GXAA 2IA4A 3RT8A 2HXWA 2PT2A 2ONSA 4HCWA 3TYHA 4YMAA 2F7AA 3H06B 4YKKA 2DVCA 1MQJA 3PPPA 3OOAA 2F6GA 4G8NA 3O6GA 1XOCA 1L5TA 3S2VA 1S7YA 3MW0A 4LZ7A 2VD3A 4RJZA 2I0BA 3LR1A 1TFDA 3IOWA 1B1HA 1MQGA 4FATA 4P0IA 3QK6A 3PUZE 1A40A 3LSFB 2RKMA 4MLVA 3N6UA 3RTFB 3IOVA 4KCDA 3M3FA 4R2BA 2NOOA 5DVFA 2OK2A 2XXXA 3A3CA 2W7YA 2XX8A 4DDDA 3HCQA 4DLDA 1O64A 3OXNA 1H3DA 1LB9A 1USYE 3I6VA 4F1UA 2Z8DA 1N3XA 4ONYA 1ELJA 3MZBA 3DP8A 4OFJA 3IOUA 3UN6A 3OSRA 1USYH 3G3JA 3CFXA 2XD3A 3O6HA 4QF9A 5H8QA 2I58A 2DWJA 2HQ0A 3K6XA 1RYXA 1PB7A 3RNNA 3KGCA 4OWDA 1GR2A 3PUVE 4PFYA 4YZZA 5FHMA 4DIGA 2VP1A 3DLNA 4OXVA 3TZAA 1YCJA 5H8HB 4F39A 2QS4A 5KCJB 1H76A 4H6DA 3U8QA 4PQJA 5JTYA 1B5JA 3PGFA 3IO6A 3FV2A 4G2ZA 1PEBA 1A99A 3B6WA 4GD5A 1GV8A 1N3WA 3M3KA 2O68A 3QYTA 1Y3PA 1A54A 1HSLA 2FNCA 1MQIA 2RC9A 4XTCQ 5AA4A 2ZNUA 2OBGA 2DQVA 4WEPA 3F11A 5I59B 4QHQA 4U2RA 2XXHA 3SESA 2DE2A 3TODA 5I56A 4YB6A 3LBSA 3SEYA 1JVYA 2DE3A 1DPPA 2ESNA 3T96B 4F3PA 1MPDA 4NE4A 4XKRA 4I62A 3OO8A 1FTLA 3KSJA 3K01A 3ZKLA 1CE2A 4G77A 4U23A 1FQBA 4L17A 1Q35A 1MPCA 3C32A 4BDRA 3KOSA 3KOTA 1N04A 4LZ8A 3TFLA 4I1DA 2O7IA 5DYHA 2XXWA 4YKPA 5AA3A 1LFIA 3FUZA 3LSXA 4NMYA 5DT6A 1NKXA 3FGSA 3OD7A 1H44A 3QUFA 4QSCA 2D3IA 4PFWA 1O7TA 3S4UA 3HHFA 1VSOA 2P0SA 1URGA 2NVUB 4EQ9A 1UIUA 4RPNA 1NNTA 1SYHA 2UXAA 1EZ9A 4IO4A 5CMMA 3C31A 3K2DA 3C33A 3MVZA 1SW4A 3TCGA 2HAUA 5H8NB 2REJA 3W15C 1UTHB 1B32A 4Q5TA 2RINA 4GLIA 2E1SA 3T22A 2Z23A 4JSOA 2Z22A 4NF4B 2HEUA 3MVWA 5KDTA 1OIBA 2PVUA 5CC2A 2QS1A 3L6HA 1QUJA 3MP8A 1SI0A 3KJ7A 4R75A 3MC2A 1PDAA 1RYOA 5TPAA 4NF6B 2RCAA 5FHNA 4ZEKA 1A55A 2Y7PA 4U4SA 2XXUA 5H8FA 3PPRA 4KQPA 1ANFA 4F22A 1US4A 1LBBA 3OMBA 1ATGA 5ISUA 3CFLA 3G3HA 2V3TA 5H8HA 1I6AA 2OCUA 1GTKA 5ITOA 1PBQA 1B51A 1PB9A 1FQAA 4GRKA 4OESA 4XKQA 4ECFA 2BJJX 4O3AA 2CZLA 2ZXTA 1LAXA 4ZEBA 3OEMA 2DWAA 5AA2D 2F78A 3KN3A 3IJOB 1VE4A 4QFPA 2ABHA 1P99A 2ANJA 3PMXA 3MZ9A 2NXOA 5IKBA 4ISUA 4LQ2A 1D9VA 1LAHE 2F7CA 3FASA 3FATA 4ZZEA 4IB2A 3UP9A 3E4RA 4GIZA 1WVJA 1URSA 2NUVA 4GXSB 4YU0A 1Y4CA 5EHMA 2H4IA 5CRYA 3Q29A 2XXYA 1QKAA 3H6WA 1DPEA 4GFRA 3KFMA 3C9HA 4R74A 1A8FA 4NF5A 3K4UA 2O84X 4E0WA 2QS3A 4RK9A 1OLAA 5H8QB 5FTHA 5CM6A 4POWA 1ZIUA 1XHYA 4GXAA 3MPKA 3ECRA 1PB8A 3K0VA 1FQEA 5AA1A 1P1OA 1Y3NA 1LAFE 3TTLA 3H6UA 1N7XA 5JTYB 3IR1A 3UIFA 3E13X 4XXUA 3M3LA 1M5FA 2I3VA 4RYAA 3SERA 4P11A 4RY1A 2KLFA 4HTGA 1VFEA 1ZBMA 3EHUA 5H8SA 2M8CA 3FD3A 4F3BA 3U94A 3TELA 5AA4B 3U72A 1FQFA 2Y7WA 1MPBA 3IK6B 3L6GA 3MP6A 4X48A 4JXIA 1MDP1 4R6HA 3UA8A 2GHAA 2RC8A 3O6IA 2DYXA 5I56B 3SEWA 4MLQA 3T93B 3MVXA 2F5XA 5BUUA 4MFIA 1JW4A 1R6ZA 1AIVA 1LFHA 4Q30B 2XXRA 3K1NA 3RLFE 1POY1 3VFJA 4NF6A 4OFOA 1MY2A 2QL3A 4OVJA 3TEPA 4R73A 1JNFA 4QFLA 1IXCA 3SEUA 3VE1B 3T9XB 3T9UA 4LA9A 3FVNA 3RT6B 1I6BA 2DE4A 4GVOA 3R26A 4NWCA 4C1UA 3Q25A 4QSEA 1NMUA 1MXYA 1OQHA 3TQWA 3ILUB 2V25A 4LP2B 1N7WA 1MM6A 1CB6A 2QMXA 2A5TA 4YB7A 3PUXE 4DE8A 2ZYOA 3N5LA 4IGTA 1OMPA 3MWBA 5ICTA 3TUSA 2DOJA 4MBPA 3MAMA 2H9BA 5L9OA 1PC3A 2E0SA 1JEVA 3T9VA 4POXA 3CSBA 3IB1A 3WAEA 5DTBA 2I3WA 2RC7A 4F1VA 1NH7A 2DWHA 3KEIA 3OO7A 3V89B 4IO5A 3MP1A 4KYDA 2DP8A 4RNSA 2THIA 4UA8A 5AA2A 5KDTB 2ONKE 5BWJA 4R2FA 4M4GA 4NWDA 3P7IA 1MY0A 3S9EA 5TPAB 2ZNSA 1AL3A 3W9VA 3EPEA 3H6VA 1FTMA 1XT8A 4FE8A 3ZSFA 1JETA 5H8FB 4DZ1A 5FTIA 4ELQA 4G8HA 4FEDA 1J1NA 1SW5A 1B7UA 3ZKKA 1H45A 3FXUA 2DXRA 1B0LA 4ZEFA 3SEVA 3G3FA 3PUYE 4IY5A 1MQDA 2HFBA 1TFAA 4AQ4A 4R6YA 2O1MA 4JDFA 3RPWA 5B70A 4KYSA 1UTBA 2RF1A 1II5A 1YTVA 1IEJA 3UGWA 3KSXA 5K2YA 1NNPA 3Q27A 3V8XB 2ZMBA 4KPTA 3FZVA 3T9HB 2P2AA 3OEKA 3K6VA 5DEXA 1N76A 3QIMA 1URDA 2XHDA 2FYIA 2O6AA 4UACA 4NF5B 2WKYA 2OZZA 1SBPA 1B46A 3PPOA 1BP5A 2QMWA 4R6KA 1I6QA 3RY3A 4IO3A 2AIXA 1AOVA 5I2KA 2Y7KA 2RCBA 3K02A 1QKBA 4OHNA 1ZMGA 4H65A 4DCXA 2YLNA 1AMFA 1ZU0A 4OYVA 1B05A 4OFLA 4FJPA 1B3GA 5HPQA 5DVIA 4QRZA 1GVCA 4OTEA 4OERA 1IZ1A 3MQ9A 3B6QA 1SW1A 4IO2A 3HV1A 1MH3A 4RXLA 1MY1A 2DS9A 2UYEA 4U1ZA 3H03A 2PT1A 1YAEA 4OZ9A 3EF7A 2V3QA 4BDLA 3BKIB 3U93A 1EU8A 4IY6A 2R71A 3VLVA 2DXYA 1Y4TA 3H6TA 4EDPA 1BTJA 5A5XA 2AL4A 1GGGA 3IX1A 5I84A 4TLMB 5ICQA 4G68C 2QRYA 4MF3A 1MH4A 2OWTA 2XXTA 3O66A 3LUYA 3MZ1A 3CI8A 3H4ZA 2F7BA 1JVXA 1ZTYA 3JV9A 3SKPA 1Y20A 4N13A 5J1DA 1JEUA 1QUKA 2V3UA 1MXVA 4PE5B 2HZLA 5ITPA 4H5GA 5ELVA 3GLBA 2V93A 1B2HA 3FJMA 1B7ZA 1LGBC 5B7DA 4LATA 2Q89A 3VDFA 3IB2A 1IXHA 4G8MA 1EH3A 1NNFA 3PMVA 1NFTA 4EF1A 1FTJA 5DVJA 2O7UA 3JZJA 1B4HA 2A5TB 1JQFA 4F1YA 3KG2A 1VR5A 1SI1A 1FQDA 3THIA 3N6TA 3CR9A 4GOTA 3CRBA 5EYFA 2PYYA 4XKPA 3EN3A 4Z7EA 4H8JA 1B0HA 4BDQA 2B65A 4F19A 3N26A 2OLBA 3CSGA 3PD9A 3QXMA 4GL8A 4P0GA 3TTRA 3ODBA 2PMSA 4OMBA 4LZ5A 4JWXA 1P1NA 1MQHA 3HSTA 3FVOA 1IQ7A 1B1XA 1MS7A 4HS7A 1MM7A 5AA2B 1BLFA 3TAJA 3IO4A 4DCYA 1LB8A 2I4CA 2X26A 4GQOA 4N6PA 3CVGA 2O69A 3BBRA 1D9YA 3CFZA 3SETA 1P1UA 3CG1A 3MJNA 2H99A 4U22A 3OENA 1XS5A 3MUQA 2G29A 3KZGA 4F31B 3R7XA 2VD2A 3ZS6A 3IORA 3A3UA 2YPNA 1I69A 3OO6A 3M8UA 2Q88A 4C0RA 1H43A 4YICA 4KI0E 2GFEA 2F35A 3UORA 2QPQA 3FIRA 3IOTA 4HCYA 2QSXA 4KFQA 4TLLB 2Z8FA 1D3KA 5KZTA 2Q9TA 1B3HA 4FAJA 2Y7RA 1UTBB 3VXCA 1RKMA 2P1SA 1JW5A 4GWOA 4U21A 3EHTA 3TTMA 3RN8A 3LC8A 1VFDA 3MVYA 4ZDMA 4OEVA 1MXXA 1QVSA 5I58A 1NL5A 4EXKA 4JWYA 4JWOA 4QFNA 4GF8A 5DEXB 3PPQA 4YKIA 1LSTA 4QFOA 4TQUQ 1NNKA 1T0KA 4BDOA 3EHSA 3C36A 4EQ7A 3TMGA 3A09A 3OO9A 5TU0A 3I5OA 5I57A 2DSFA 4RPOA 1R9LA 4ZEDA 1LCFA 5I2KB 4G68A 5CI5A 2X7QA 3G7WA 3Q26A 4XIGQ 3FV1A 1BIYA 1O63A 1SQYA 4IGRA 2ZYKA 4LQ5A 1FW0A 3TCFA 1MY3A 2O51A 4G4PA 1B7HA 3VVEA 3KN7A 1B4ZA 3O28A 1B3EA 1P1WA 2Q8JA 3K6UA 5JEIA 4RK2A 1LCTA 3GBBA 1ZJLA 2REGA 3KN8A 1EZPA 3I3VA 4R9FA 2F34A 4O3CA 3TCHA 4ESXA 2G93A 4FECA 3H3GA 2IEEA 4LONB 1YPNA 4FIMA 3VVDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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