2QJEA

Crystal structure of the complex of bovine c-lobe with amygdalin at 2.3a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Crystal structure of the complex of Bovine C-lobe with Amygdalin at 2.3A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 109
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA02
1P1UA 4U23A 1LBBA 3A3CA 1H43A 1N3WA 1B7HA 3IK6B 1TFAA 4YKPA 1POTA 3QK6A 1LB8A 1LAHE 4ELOA 4KPTA 3RGYA 3IOTA 5H8FA 3IOUA 3FATA 3I6VA 2FYIA 4RK2A 4Q8RA 3FVNA 2F36A 4XIGQ 4PQJA 2Y84A 3TTRA 4KCDA 5B70A 4R74A 4JSDA 1LFHA 4NTLA 5H8NB 1O64A 1LFIA 3RTFB 1WDNA 3MQ9A 5CMCA 2R6GE 1UIVA 2A5TB 4IGTA 2O6AA 5AA2A 4H5FA 4NF4B 1AOVA 2O7UA 2Y7KA 5H8HA 1IXHA 3SESA 2VD3A 3BKIB 4QFPA 3EN3A 3Q25A 2HFBA 5ICTA 4U2RA 2ESNA 2DE3A 2AIXA 1M5EA 4IO7A 4R72A 3HSTA 1P1QA 2ZXTA 4I8CA 5JTYB 1MQIA 4LATA 5ICQA 1MM6A 3U92A 1MY1A 3MVZA 3ONMA 3H03A 4QFNA 3THIA 4GIZA 5I57B 3TQWA 1AL3A 1DSNA 5L9OA 4QSCA 2OLBA 2CMOA 3MP1A 4IO4A 4AB6A 4FEDA 4ESXA 3JV9A 2W7YA 3CFLA 5CBSA 2NWJA 1M5DA 1LGBC 3CG1A 4H6DA 3VFJA 1B5HA 5BUUA 2GHAA 4QFOA 1ANFA 2O1LA 4MH5A 5CI5A 4JWYA 4L17A 4YAHX 4MF3A 3PUXE 1SYHA 2WKYA 3FD3A 2H5YA 1JETA 4U1OA 3OOAA 3SEXA 3IOVA 1O63A 3O6GA 3V8XB 4G8MA 3UGWA 4FORA 5AA4A 1PB8A 4KFQA 2OZZA 1FQAA 2HXWA 4H5GA 3EF7A 4WEDA 4UACA 1IZ1A 2RC8A 3N6TA 3DP6A 1R1NA 3IJXB 4F3PA 3FVOA 3OENA 5J1DA 3IO6A 3FVGA 4FJPA 3MC2A 4GRKA 3E3KA 3CFZA 3KJ7A 3ZKKA 5I59A 3MZ1A 3U93A 4EF2A 2ONSA 1FTJA 2QSXA 4G68A 4GOTA 1MPDA 2Z8EA 3MZ9A 2O69A 4F1VA 3VVEA 1D4NA 4NF5A 3LSXA 5M2VA 4KI0E 3PPQA 1B3GA 3U72A 4YICA 3QAXA 1TFDA 1MXXA 3PMWA 4PFYA 4OFOA 4EF1A 1IXIA 1SBPA 4OFJA 4LZ8A 4YB6A 1MRPA 3T93B 3K0VA 1POY1 2H25A 3IR1A 2XHDA 1ZLQA 3A3UA 3K1MA 3PPPA 5FTHA 5AA2D 2I48A 3DLNA 3G3KA 3Q27A 3SDFA 2ONKE 2Q9TA 3M3LA 4ONYA 3QSLA 4DCYA 4IGRA 3ECRA 1B3HA 3HCQA 4IY6A 5HM4B 2NOOA 3VVFA 2FA7A 2I0BA 1OLAA 3PMXA 2QS3A 1MG1A 4P0IA 1NMUA 1VFEA 3DM0A 1UTBB 4X48A 4BDQA 4TOZA 2DE4A 4I62A 3PPNA 1SVXB 1VR5A 3PMVA 1FTLA 1MY2A 1NH8A 4DZ1A 2YJPA 5DEXA 2HCAA 3W9WA 4H67A 2QPQA 2QJEA 2B65A 4RYAA 3KOTA 4GWOA 4F22A 1A55A 4U4SA 3B6WA 3VDFA 1AIVA 3KOSA 3C34A 3QXMA 2RC9A 3GBBA 2UXAA 4GXAA 3OMBA 4R9FA 4XKNA 1MXZA 3G3JA 1TWYA 1N7XA 4R75A 3D4GA 3SEUA 3G7WA 2XXUA 3DP8A 4OENA 4RXLA 1OQHA 3OEKA 1P1OA 2G29A 3SEWA 2XD2A 2HZKA 1M5FA 2P0SA 4XKPA 5KDTA 3N26A 4KD5A 4I9DA 1B1XA 4OEUA 3O6IA 1GV8A 4YB7A 2RKMA 4HTGA 3E9XA 1B5JA 3T9UA 1SW2A 4ZZAA 1NH7A 4F2QA 3AXFA 4BDOA 4KQPA 3U94A 1NKXA 3PU5A 5FHNA 1BIYA 3OO8A 2DQVA 1B1HA 2HEUA 1FCKA 3PUVE 2NXOA 3CG3A 4EXLA 4H1XA 3RT6B 1IXGA 5DVJA 5ITPA 2O51A 4Q0CA 4QRZA 3MP6A 5I2NB 3RUMA 1PB7A 2Y7IA 2A5TA 5IKBA 4BDRA 2DXRA 4NF4A 4HCWA 3MVWA 2Q8JA 1L5TA 4JSOA 2IA4A 3MBPA 3TYHA 4NF8B 4N6PA 1EH3A 1URSA 3IL1B 5DT6A 1ZU0A 1PB9A 5FHOA 4LONB 3HV1A 4Q30B 3F11A 1A7LA 1MY3A 5JTYA 3K00A 4ZEFA 4OXVA 4KYSA 5HPQA 3VXBA 4MFIA 4ND9A 4NWCA 2VP1A 3IOWA 1UTHB 5AE4A 1PBQA 5L8DA 4QFKA 1CE2A 3UP9A 4EXKA 3CIJA 3O2AA 3FXRA 3IB2A 2XX8A 2Y7WA 3TTMA 5CC2A 4OHNA 3PD9A 4IO6A 3H6WA 4EQ9A 1DPPA 3V5AA 3TMGA 3KFMA 2DWHA 1IITA 1WODA 2Y7PA 1IUDA 3TTNA 3EHUA 4X1BA 3O97A 1B46A 2Y7RA 1B5IA 2XXTA 3RTWB 1SQYA 4THIA 2F34A 2DOJA 4RJZA 3TODA 1R9LA 3FJMA 1XT8A 1NFTA 3FV2A 4E0WA 4OZ9A 1LBCA 4PFUA 3HO7A 2ZNSA 4YMAA 4FAJA 4F2OA 4DDDA 4GL0A 3C31A 3MZBA 5TP9B 3C35A 1MXVA 1YCJA 2DWIA 4ZZEA 2QS4A 4QSDA 2PX1A 1YTVA 1US5A 4N13A 1A54A 2B3BA 3S9NC 3FUZA 3G3IA 1UIUA 4XXUA 4OYVA 4YKJA 3S9EA 1FTKA 4G8NA 1B3FA 3PUZE 5K2XA 3FASA 1HSJA 3H06B 1RYOA 1OLCA 3G3FA 3W9VA 1Y3NA 1HSEA 4OEVA 3KG2A 1Y3QA 1N7WA 5I84A 3IO4A 5FTIA 4G68C 4ESWA 2F35A 1QVSA 4F31B 2PYYA 1MY0A 4Z7EA 4Q5TA 1B4HA 1OVBA 2XXPA 3VLVA 4POWA 1SW5A 2O7IA 5A5XB 1US4A 1ELJA 1MH3A 4Z0IA 1FQBA 2B3FA 4BDMA 2ZMBA 1IEJA 4ELRA 3RY3A 3MPLA 1OMPA 3BFUA 1LAFE 4F19A 2M8CA 4GLIA 3KJTA 4LA9A 3PD8A 2VOZA 1XC1A 5CMKA 1JEVA 3TDJA 5JK4A 4GVOA 2RCBA 3O28A 4F1YA 4ELQA 1XVYA 4JWXA 3TAJA 1IXCA 4O3BA 3OSQA 4JBZA 2X7QA 1DPEA 1N84A 2OJTA 4IO3A 1DTGA 2Z8DA 1B0LA 2XXYA 2Z8FA 4ZEIA 3U8QA 3IX1A 2AL5A 5H8FB 4RY1A 1QUIA 1UTBA 2DP8A 3O9PA 3H6UA 3N6UA 1A40A 1QW0A 2I3VA 4R73A 3A09A 1MPBA 1S50A 2PT1A 2DXYA 1MQJA 1USYH 2DWJA 1Y9UA 3N5LA 3BBRA 1D9YA 4EDPA 1M5BA 4DXUA 2DVCA 4IY5A 4XKRA 1JQFA 3K01A 5EHMA 4HCYA 1SW4A 1BLFA 2X26A 2I4BA 4OWDA 3QUFA 1S9TA 4IO5A 3EPEA 5H8QB 3L6HA 4NF6B 3WAEA 2F6PA 4OMBA 3FIRA 4G77A 3OXNA 5I58B 3OD7A 2DE2A 5I2KA 1MM7A 4U21A 4F39A 4DXBA 3U1OA 3S4UA 3T9HB 1MXWA 5ELVA 1B52A 1N76A 3SETA 2AYSA 4JB7A 4P0GA 2XXWA 3IB0A 4AQ4A 3EHSA 2VD2A 1RYXA 3DP4A 2OBGA 1A8FA 3FXUA 2GFEA 5ISUA 2QS1A 3OO9A 4KYDA 2F7CA 3T22A 4R2FA 4YB5A 3OSRA 1GGGA 2I0CA 3QUJA 1FTOA 2HQ0A 2R71A 5I2NA 2IEEA 1Q1KA 1DMBA 1B32A 1MQGA 2XXXA 3MVXA 3SKPA 2V84A 2XX9A 4NF8A 1SW1A 3HN0A 5TPAB 3E13X 3MWBA 1LCTA 3K4UA 1LLSA 4BDNA 1VFDA 2PMSA 2Z23A 5I56B 2KLFA 4K3FA 1VSOA 4M1VA 4RNSA 1I6QA 3WAFA 1S7YA 3MVYA 5AA4B 3CSBA 3RN8A 1N0TA 1UTHA 2XXIA 2REJA 4RA1A 4EUOA 4C0RA 3O29A 3GBAA 2CZLA 4ELPA 5L9MA 4ZEDA 4LQ2A 4EQBA 4YU0A 3LSFB 3RPWA 1ZIUA 4RPNA 1OVTA 1ATGA 3UN6A 3V83A 4OETA 1MDQA 5KZTA 1QUKA 2HAUA 2E1SA 3UIFA 2XXVA 4U22A 4FIMA 3TCHA 4AB5A 2VGQA 1BKAA 5F7VA 4QF9A 4IB2A 2H4IA 1SD3A 1SYIA 2NVUB 2PVUA 2F97A 3TELA 1I6AA 1XHYA 4C1UA 4LP2B 1IQ7A 4F1UA 5TP9A 3HHGA 2UYEA 1LB9A 4OERA 5H8NA 1D9VA 4KHZE 2V3QA 1FQDA 2XD3A 4OTEA 5DYHA 3H7MA 4U4XA 1B58A 4DCXA 2I6EA 2ZYOA 1A8EA 3MP8A 2QMWA 1Z7NE 3TPAA 1N04A 2H99A 4G2ZA 1SI1A 2I49A 1ZMGA 2QL3A 5CM6A 1H44A 1EZOA 4PP0A 2GRVA 1Q35A 5A5XA 3G3GA 2HZLA 3T9XB 1JVXA 1DTZA 4EQ7A 3BFTA 1GTKA 1B7UA 1DOTA 1FQCA 4MBPA 5I57A 3K6WA 4GF8A 2D21A 3OEMA 3UA8A 4PETA 4PFTA 1I69A 4H0WA 3IB1A 3M8UA 1Y4CA 4TQUQ 3C9HA 1Y1MA 3KSXA 4H65A 2RC7A 3B7DA 4F18A 4JXIA 4OVJA 1EU8A 3OO6A 4ZE9A 1B7ZA 2H9BA 3JYRA 3PUWE 1OIBA 2P2AA 3FJ7A 4YMBA 3C36A 4OESA 3K6VA 4DLDA 1FQFA 1GVCA 1J1NA 4ZE8A 3C32A 2I3WA 3IJOB 1H3DA 1QULA 1R9QA 4LZ7A 5KDTB 1JVYA 2F8DA 1QKAA 4DIGA 3M3FA 4LQ5A 1MS7A 3GZGA 1MY4A 4N07A 3MAMA 3LR1A 2P1SA 2H98A 3KN3A 5DVFA 4F3BA 3K02A 4YZZA 4X9TA 1VE4A 3PPOA 3QYTA 2QRYA 1TT1A 1P99A 4HS7A 2X7PA 4P11A 1BP5A 2DWAA 2ZNTA 3KEIA 1M5CA 5L9SA 1B6HA 3T9VA 2Q2AA 1FW0A 3K1PA 3DELB 4QSEA 3SEVA 3VLUA 1LSTA 3FJGA 3VVDA 2YLNA 3M3KA 3KBRA 4BDLA 3GLBA 1LAGE 3FVKA 3P7IA 5KCJB 1QUJA 2V25A 4O3CA 2ZYMA 5H8QA 1HSLA 3IAZA 3ZSFA 4NF6A 3K2DA 4POXA 4ZDMA 1EZPA 3CRBA 1MXYA 5I58A 3C33A 1Y1ZA 2A5SA 2XXRA 4TLLB 1I6BA 3ILUB 2GHBA 4QFLA 1B05A 3E4RA 3FZVA 4NE4A 1XVXA 4TLMB 1OQGA 1UQWA 4FEBA 2ABHA 2V3TA 2AL4A 5IAIA 2RINA 1WVJA 3PGFA 3CFXA 1RKMA 1JW1A 1Z7ME 2XXQA 2V3UA 2REGA 3C4MA 5FHMA 1MQHA 2F6GA 3O66A 5CMMA 1PC3A 3VLWA 2BJJX 2D3IA 3MUQA 3Q29A 3EHTA 3W15C 3O6HA 2VHAA 1YAEA 1USYE 1JNFA 2NUVA 3CR9A 2UVJA 3RT8A 3KN7A 3PPRA 3TFLA 3SEYA 3B6QA 5TPAA 1IIWA 2DYXA 5I56A 1YPNA 1ZTYA 3TUSA 2YPNA 5AA3A 3LBSA 2UYFA 1GR2A 2ZYKA 5CRYA 2D5WA 5EYFA 4HW8A 2F78A 5LOMA 4E0XA 4YKIA 4G8HA 1ZKBA 1Y3PA 1B40A 3LC8A 3V89B 4GQOA 3Q28A 3MPKA 2V93A 2O84X 1PEBA 3CI8A 1NNPA 3JZJA 1II5A 2DVZA 5DTBA 5AA1A 1JEUA 5AA2B 3KSJA 1N3XA 5H8HB 2OCUA 3I3VA 1AH5A 1URDA 3PUYE 4R6KA 2XXHA 3T96B 1URGA 1PBPA 3TCFA 2F7AA 3TZAA 4KYEA 2OK2A 1MDP1 2UVIA 1ZJLA 4MLVA 3K6UA 4F29A 5BWJA 2Q88A 4RPOA 3VE1B 3H6TA 1TXFA 4OFLA 3LUYA 3TTKA 4WKMA 5JEIA 1P1WA 1NNKA 3ILTB 5F1QA 1R6ZA 1JW5A 4R2BA 3MW0A 2I58A 3H3GA 4NWDA 4G4PA 2OWTA 3R26A 1B2HA 1KWHA 1FQEA 4OQOA 3RLFE 4FECA 4GD5A 4R9GA 3K1NA 4GXSB 1MH4A 1LCFA 1BTJA 4ECFA 3GXAA 1EZ9A 3CSGA 4LUBA 3S2VA 4ZEBA 3LSWA 4RK9A 1XOCA 1Y20A 4WXJA 1H45A 3KN8A 4DXCA 1CB6A 4GL8A 1JW4A 3T66A 2Z22A 5ITOA 1LAXA 2DS9A 2ZNUA 2HAVA 1B3EA 1MPCA 1LFGA 4H8IA 1QJMA 3G3HA 4BLAA 3H4ZA 3EQ1A 1H76A 1FTMA 1B3LA 1Y4TA 4KCCA 3B6TA 3K6XA 2UVGA 5TU0A 3S9MC 4NMYA 4F3SA 2QMXA 1O7TA 4U1ZA 2LAOA 5I59B 4M4GA 2R9JA 3OO7A 5HBCA 4G68B 4X1DA 3TCGA 5DVIA 4NF5B 3TEPA 3R7XA 4H8JA 1ZBMA 2QS2A 4IO2A 4ZECA 2THIA 3N94A 3H6VA 3R6UA 4FE8A 5I2KB 3ZKLA 4F3GA 4LZ5A 1QKBA 4GFRA 3ZS6A 3UK4A 2ALUA 2RCAA 2I4CA 3TTLA 2ONRA 4KR5A 2Q2CA 2UVHA 4JDFA 2XX7A 4PE5B 3CVGA 2GH9A 4JWOA 4FATA 1T0KA 4C1TA 4XTCQ 4PFWA 2G93A 5CMBA 1B0HA 1B9JA 4QHQA 3QIMA 3KGCA 3TQLA 2RF1A 3FGSA 3S9LC 3USDA 3L6GA 4ZS9A 1F9BA 1PDAA 1MQDA 5CBRA 3PV0E 4XKQA 2ZYNA 3LSLA 2F5XA 2E0SA 4ISUA 2PBWA 3HHFA 5KCJA 3I5OA 1B51A 4DE8A 1SDXA 2F7BA 3SERA 3OELA 5H8SA 5K2YA 1P1NA 3KZGA 4UA8A 3RNNA 4YKKA 3HPIA 2Q89A 2OWSA 4R6HA 1MXUA 2O1MA 5DEXB 5B7DA 1B4ZA 5EHSA 4I1DA 1XS5A 2FNCA 3VV5A 1NNFA 1A99A 3TKDA 3D4CA 1D3KA 1AMFA 4NEDA 1NL5A 3FV1A 4WEPA 3FXQA 3Q26A 3VXCA 4R6YA 3UORA 2PT2A 4LVQA 4MLQA 4ZEKA 2O68A 1NNTA 3MJNA 2ANJA 2DSFA 3RQTA 3ODBA 3IORA 4O3AA 1SI0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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