2QJEA

Crystal structure of the complex of bovine c-lobe with amygdalin at 2.3a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal structure of the complex of Bovine C-lobe with Amygdalin at 2.3A resolution
rcsb
total genus 109
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA02
4QRZA 4O3AA 5B70A 3RGYA 3F11A 1HSEA 4HTGA 4POWA 2XXUA 1R1NA 1B7UA 5HM4B 3K6WA 2Z8DA 4EQ9A 4ONYA 1LGBC 1N7WA 2B65A 4GD5A 2DS9A 4F3BA 4G2ZA 1UQWA 2DWAA 5CBRA 2O84X 3EN3A 1SDXA 3H03A 3N6TA 3Q26A 1H45A 4H6DA 4OZ9A 3GBAA 2X26A 3LSWA 4GLIA 1Y3PA 3H4ZA 4ISUA 5DEXA 3DLNA 1DPPA 5H8QA 3RTFB 4RK9A 4KI0E 3ZKLA 4X1DA 4IGTA 2D5WA 4QF9A 1B3LA 2ZYMA 2THIA 3T22A 4FECA 1B6HA 2F36A 1B2HA 1A8EA 4NEDA 3K0VA 1MM6A 4IO4A 4ND9A 3MPKA 5FHMA 3Q29A 4OFLA 1XS5A 4NF5A 1N3WA 1FW0A 4JB7A 4Q0CA 3IJXB 3K6UA 4QFKA 3FJ7A 4H0WA 4ESXA 4Z7EA 2Z8EA 2VOZA 1M5CA 2OWSA 1IXIA 5DEXB 2QPQA 2ZXTA 5DVIA 3H7MA 3LBSA 1N7XA 5H8QB 4BDRA 1B3HA 1BKAA 3MVWA 3HPIA 2XX9A 1WVJA 4M4GA 3ODBA 3O6IA 4ZZAA 5I59A 2ONKE 3PPOA 1EU8A 3FASA 3ZSFA 3OSQA 1MY4A 2CZLA 3G3JA 4EUOA 3V83A 2P2AA 4NF5B 1US5A 3PMVA 3SERA 3FVKA 4BDMA 1YAEA 1FTOA 2V25A 3CRBA 4Q8RA 1MQDA 3TDJA 2DQVA 3GZGA 1PBPA 3LC8A 3U1OA 1H76A 2QRYA 3TEPA 1L5TA 4DZ1A 5K2XA 2VP1A 3UP9A 5I56A 4KCDA 3M3KA 1ZBMA 1AH5A 4ZE9A 3H6UA 1ZU0A 2GHBA 3MP6A 3KN3A 3PUWE 4F22A 5I59B 2YJPA 2F34A 4QSCA 4OETA 1LAXA 4OESA 4OVJA 4MH5A 2ANJA 1MPBA 3QYTA 4BLAA 1M5FA 3IOUA 4ZDMA 4GOTA 2I49A 1LSTA 4DIGA 1S9TA 3K2DA 1S50A 1LFHA 2R6GE 4H67A 2UXAA 3OO6A 1MPCA 1B5IA 1MH4A 3IB2A 3O2AA 3IAZA 3IB1A 2V3UA 2HEUA 4FORA 2F8DA 3G3HA 5I56B 4PFWA 5KCJA 1SW2A 3M3LA 4FAJA 4WEPA 4JWXA 1DPEA 4F31B 2I48A 3DM0A 5CM6A 2GHAA 1RYOA 5BUUA 5I84A 1H43A 2QS2A 1MM7A 1FTJA 4DCXA 1MDQA 4F3PA 1B1HA 1WODA 2H98A 3IO6A 4OHNA 3SESA 2ZMBA 1B1XA 3FIRA 1H3DA 5ISUA 1UTHA 3RNNA 5ICQA 3MZBA 4U4XA 1QUKA 1MXXA 2QSXA 2V3QA 3TQLA 2NWJA 1YPNA 2PT2A 4LQ2A 2DWJA 2X7PA 2VGQA 3IK6B 5KCJB 4LP2B 4PQJA 3V5AA 2AYSA 1N04A 3FUZA 1NNPA 4ZEIA 5L9OA 4YU0A 4KQPA 4ZS9A 2P0SA 3H6TA 1F9BA 2XD3A 4ESWA 4LUBA 1EZPA 4AB6A 4TOZA 4YMBA 2I0BA 3TAJA 5L9SA 1UTHB 1JNFA 3W15C 1IXCA 3HN0A 4JDFA 4POXA 2DE2A 3P7IA 3TCGA 5CMBA 2KLFA 3I5OA 5FHOA 3ZKKA 3CFXA 3VLWA 1P99A 1B7HA 3GLBA 1QJMA 2AIXA 4GL8A 5HBCA 2QS1A 1OMPA 5A5XA 4FE8A 2Q8JA 1MQGA 3C33A 4HW8A 3EHTA 3FVGA 1FQBA 4F3GA 2F7AA 2UYEA 3MBPA 5TPAA 4F1UA 1JQFA 3T9HB 1PB8A 1NFTA 5DTBA 4C1UA 1VFEA 3HHFA 3TELA 4IY6A 5AA3A 3OEKA 4F29A 3W9VA 3UA8A 4PFUA 3D4GA 3U94A 3B6QA 3C31A 3FZVA 2ALUA 3FXUA 3V89B 1AMFA 4U1ZA 2AL4A 1N0TA 2V84A 4I9DA 1I6BA 2PBWA 5A5XB 1NKXA 4AB5A 4C1TA 2ONRA 1P1QA 3HSTA 2DVCA 5EYFA 4WXJA 3FGSA 4EQ7A 5AA4A 4OXVA 4GXAA 5TPAB 1MY3A 1B5HA 4RA1A 1B46A 3E3KA 3T66A 4YB6A 1B9JA 3SDFA 1B0LA 4ECFA 1UIVA 2F7BA 2HQ0A 3PU5A 3Q25A 1PB9A 4KR5A 4O3BA 1P1UA 3PUYE 3C36A 3W9WA 3ZS6A 3SETA 4U23A 3HHGA 4P11A 3CG1A 3RTWB 3KOTA 1SD3A 3OO8A 4L17A 1UIUA 4RYAA 3ECRA 3QK6A 4IO2A 3K4UA 4IO5A 3MW0A 1TT1A 3TTNA 5AA4B 4DXBA 2O51A 4F19A 2FA7A 4QFPA 3VLVA 1GV8A 1B32A 3U72A 4ZEDA 5H8HA 3S9LC 4DCYA 3TODA 2O1MA 3PUZE 3SKPA 1FQEA 2OCUA 4PFYA 5M2VA 3G3KA 3V8XB 4QSEA 1HSLA 4U4SA 3PUXE 4EQBA 4LZ7A 3RPWA 4KYEA 3GXAA 3PPRA 3T93B 2YLNA 5I58A 2XXYA 4PE5B 1MXUA 1OLCA 3G3IA 2B3BA 4GWOA 1US4A 3U92A 1BP5A 1M5BA 2I4BA 1B7ZA 4R9GA 1M5EA 2I4CA 4F1YA 4G4PA 5IAIA 1NNTA 3WAEA 2GFEA 1IIWA 3FV2A 4XKQA 1QUJA 2I3VA 4H1XA 4OEVA 1QKBA 4JWOA 3OOAA 1QULA 2VHAA 3R6UA 3O66A 4U1OA 4DXCA 4KYSA 4TLLB 4EF1A 2A5SA 3VDFA 1FTMA 1FQFA 2Y7RA 1SVXB 1VE4A 3TCFA 5I58B 3USDA 4H5FA 3EPEA 1SW5A 2E1SA 3DELB 1SYHA 4WKMA 3CSGA 1PDAA 3VFJA 2Q88A 4Z0IA 4E0XA 3N94A 2F6PA 4JXIA 1FTLA 3FXRA 3FJMA 2D3IA 2Z23A 2F6GA 5JTYA 1TWYA 3MP8A 3HV1A 1MY0A 1VFDA 5TU0A 2O68A 3RUMA 3A09A 4DDDA 2A5TA 3K02A 5H8FA 1MXWA 3N5LA 3PMXA 4JWYA 1DTGA 1FQAA 1USYE 4G8MA 4YKPA 3JV9A 3SEXA 5KZTA 5DYHA 4HS7A 1S7YA 3D4CA 3QUFA 2Y84A 4R74A 4FEBA 3U93A 2VD2A 1BIYA 1B52A 4H5GA 4HCWA 5JEIA 1FTKA 2M8CA 2QJEA 3OELA 5CC2A 3B6WA 3PGFA 5JTYB 3MVYA 3IOVA 2REJA 3MUQA 4U22A 1B51A 4YKJA 4MF3A 2H4IA 2NOOA 2A5TB 5H8FB 3FATA 4R72A 3FVNA 3OENA 4JSDA 3PPPA 2XD2A 3RLFE 4ELRA 2DXRA 2OK2A 3CVGA 4ZEBA 4H8JA 1SW4A 3KBRA 2P1SA 1IUDA 5FTHA 5H8NA 4OWDA 2PX1A 1QKAA 3H06B 1OLAA 1LLSA 2ONSA 4NMYA 1URDA 1XOCA 1LCFA 2VD3A 4QSDA 2OBGA 3MZ1A 1QVSA 3VVEA 4BDQA 1I69A 2ZYKA 2DYXA 3LUYA 4H65A 2HXWA 3MP1A 4NF4A 5I2KA 1D3KA 3QXMA 3O6HA 3THIA 1B4ZA 5HPQA 1XVYA 2XXWA 2WKYA 3PV0E 1B4HA 1OVTA 3A3CA 3O97A 1B40A 5H8NB 1WDNA 2D21A 4N6PA 3IL1B 4THIA 3UK4A 3IR1A 3RY3A 3R7XA 4O3CA 3O6GA 2PT1A 3KZGA 2G29A 4NF8A 1IITA 3VXBA 4U2RA 4P0IA 2I6EA 3FVOA 3TQWA 4NF4B 2PVUA 5I2KB 2DOJA 2IEEA 1JEUA 3HO7A 3L6GA 1SI0A 4XKRA 5CRYA 1N84A 1ATGA 2Z8FA 1Y3NA 4IO7A 2UVHA 1RYXA 1SBPA 5ITPA 1NH7A 4GL0A 4FATA 3K1NA 3TYHA 4RY1A 1N76A 2RF1A 1USYH 4EXLA 4DE8A 4YB5A 3H3GA 1LAGE 1SI1A 4LA9A 1IEJA 3PD8A 4YZZA 1OVBA 2E0SA 2DSFA 5CI5A 3LSFB 3IOTA 1B0HA 5L8DA 1IZ1A 3BBRA 3MVZA 5TP9A 1R6ZA 2OJTA 4NF8B 4R6HA 4GFRA 2ZNSA 3KSXA 3FV1A 3K01A 4LZ5A 3T96B 2Y7PA 5H8SA 4GIZA 2FYIA 3C34A 1ELJA 1PEBA 1LFIA 2HAUA 4LATA 2DVZA 1EH3A 2V93A 4R6YA 4FIMA 4ELQA 5CBSA 3TTLA 2ABHA 4I8CA 1XT8A 3AXFA 4N07A 3OMBA 4G77A 3A3UA 5I2NA 1MQIA 2ESNA 2O6AA 1LFGA 3SEVA 4DLDA 3K6XA 1LB8A 5TP9B 1Q1KA 4YAHX 1O7TA 4F18A 3WAFA 1ZIUA 3I3VA 3O29A 3TTKA 4U21A 4UACA 1SQYA 1NMUA 3BFUA 3IO4A 3SEYA 2PYYA 2NXOA 1DMBA 1NNFA 5BWJA 3UIFA 5AA2A 3ILUB 4EXKA 1MH3A 1BLFA 4G8HA 2ZYNA 2QS3A 4P0GA 1A7LA 5I2NB 4MBPA 1A55A 3Q28A 3VVDA 4F2QA 4I1DA 3QAXA 3IJOB 3MQ9A 4MLVA 3CSBA 3FJGA 4ZE8A 1DOTA 4OQOA 4OYVA 2IA4A 3DP6A 1FQCA 3B7DA 4EDPA 4PETA 5K2YA 4OENA 4F3SA 3PD9A 1SW1A 3RQTA 4F39A 4EF2A 3TCHA 4PP0A 3JZJA 4AQ4A 3CI8A 2F35A 2V3TA 1JVYA 2O1LA 1POY1 2RINA 1SYIA 2HAVA 3MC2A 2Y7WA 2NUVA 1MS7A 4KD5A 1VR5A 2QMXA 1B3EA 2G93A 4KYDA 1B5JA 2Q2AA 4NE4A 2HZLA 1Z7ME 3KN8A 3C9HA 3UORA 5DT6A 3C35A 3E4RA 3CFLA 4LZ8A 2Q89A 2DWIA 2OZZA 1B3GA 4WEDA 3TUSA 3CFZA 1ANFA 3EQ1A 1GVCA 1T0KA 1JW5A 4R2FA 4RJZA 1MXVA 1IXGA 2Q2CA 4MFIA 1EZ9A 2XXQA 2XXPA 1B05A 4Q30B 3E13X 2F97A 5ELVA 4UA8A 4NF6A 2O7UA 5AA2D 3KN7A 1LAHE 4H8IA 3S9EA 3VLUA 3EF7A 2Q9TA 1MG1A 1P1OA 1NL5A 5H8HB 1FCKA 3PPQA 1GR2A 3R26A 1A99A 4ELOA 1Y1MA 4OTEA 3VXCA 3BFTA 2F78A 2ZNUA 2REGA 4QFOA 1XC1A 1TXFA 4K3FA 4KPTA 1NH8A 3B6TA 4BDNA 5LOMA 2GH9A 2RCBA 3VVFA 3JYRA 1PB7A 2RC8A 1OQHA 1TFAA 4ZZEA 1MPDA 1N3XA 4NF6B 1ZTYA 3H6VA 4XKNA 5ICTA 4RK2A 4RPNA 4KCCA 1P1NA 3OO9A 3TTMA 4IB2A 4IO6A 3E9XA 4JSOA 5JK4A 1Q35A 1MY2A 3S9MC 1YTVA 3BKIB 3RT8A 3C4MA 3S2VA 4BDLA 1LCTA 3TFLA 1D9VA 1P1WA 4XTCQ 3UN6A 2QS4A 3QIMA 3ILTB 4IGRA 1POTA 2F7CA 4G8NA 2XXXA 4LVQA 2CMOA 1JW4A 5ITOA 3OO7A 1Y3QA 1DSNA 3QSLA 1RKMA 1AIVA 2XHDA 4R6KA 3O28A 4R2BA 2DXYA 3T9XB 4GF8A 1IXHA 1MRPA 1MQJA 4IY5A 1Y4CA 1IQ7A 4OFJA 2Y7KA 1I6QA 2LAOA 1NNKA 2YPNA 2XXRA 2BJJX 3SEUA 3OXNA 4QFNA 2XXHA 3LR1A 1J1NA 3K1PA 4NWDA 5EHSA 3EHUA 1CB6A 4DXUA 3RT6B 1Y1ZA 2W7YA 4GXSB 4GVOA 4FEDA 4R75A 3N26A 1VSOA 2X7QA 1LBBA 2H99A 2XXTA 5KDTA 3I6VA 4RPOA 3GBBA 3KSJA 1UTBA 1AOVA 4KHZE 2OWTA 5FHNA 4R73A 2RKMA 5AE4A 2HFBA 2UVGA 4KFQA 3L6HA 1Y20A 3OSRA 3MPLA 1XHYA 1A8FA 4F2OA 5F1QA 5I57A 2FNCA 4ZECA 3T9VA 4X9TA 2R71A 2O69A 4N13A 5DVFA 1AL3A 5L9MA 4LQ5A 4RNSA 3C32A 1ZJLA 1LB9A 4F1VA 3PPNA 4RXLA 1H44A 2B3FA 3CR9A 2AL5A 4QHQA 3M3FA 1OQGA 5KDTB 2Y7IA 3MWBA 1YCJA 1MXZA 3U8QA 1UTBB 1O64A 2OLBA 1ZMGA 1HSJA 3HCQA 4X48A 2I3WA 5J1DA 2XXIA 3H6WA 3OD7A 4ELPA 4FJPA 4BDOA 1EZOA 4XKPA 2RC9A 3S4UA 3FD3A 1PC3A 1Y9UA 5I57B 3EHSA 4YICA 3TPAA 5CMCA 3ONMA 1R9LA 3TKDA 5FTIA 1I6AA 1ZLQA 2DE4A 3OEMA 3TZAA 3KEIA 5F7VA 1QUIA 2UVIA 3FXQA 4I62A 4YB7A 1A40A 4G68A 3PUVE 3IB0A 4GQOA 1MDP1 2UYFA 2ZYOA 4IO3A 1LAFE 2QL3A 3KJTA 3PMWA 4JBZA 3CIJA 1XVXA 3K6VA 1ZKBA 1URSA 4ZEFA 1M5DA 1CE2A 4OERA 2RCAA 1O63A 4E0WA 4TLMB 3KFMA 2NVUB 2UVJA 1TFDA 2XXVA 4Q5TA 3G3GA 3QUJA 2O7IA 4LONB 4R9FA 2RC7A 5AA1A 2Z22A 1R9QA 4YKKA 2H5YA 3DP4A 4HCYA 4OEUA 3IOWA 3S9NC 3G3FA 3KJ7A 1JVXA 5CMKA 2DWHA 4G68B 4XXUA 1D9YA 3N6UA 3VE1B 2HCAA 2PMSA 3SEWA 4M1VA 5CMMA 3IORA 2R9JA 2H25A 3KOSA 2XX7A 4PFTA 1PBQA 1Y4TA 3IX1A 4ZEKA 3K1MA 3UGWA 1GTKA 1D4NA 1JW1A 3LSLA 1B58A 3T9UA 4OFOA 2QMWA 3MVXA 2GRVA 3DP8A 3TMGA 4NWCA 5EHMA 5DVJA 1GGGA 5B7DA 2DP8A 3CG3A 1DTZA 4TQUQ 2F5XA 4GRKA 3TTRA 3KG2A 1A54A 4G68C 1URGA 3K00A 2H9BA 3G7WA 4YMAA 1QW0A 1BTJA 2DE3A 3LSXA 4X1BA 3VV5A 1FQDA 3M8UA 2HZKA 1II5A 4NTLA 3O9PA 1JETA 3MJNA 1MQHA 2I0CA 5AA2B 4MLQA 3MZ9A 2XX8A 1Z7NE 3Q27A 4C0RA 1B3FA 4OMBA 1KWHA 1JEVA 3RN8A 3MAMA 1OIBA 1MY1A 4XIGQ 2ZNTA 2I58A 5IKBA 1LBCA 1MXYA 3KGCA 4YKIA 4QFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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