2QJEA

Crystal structure of the complex of bovine c-lobe with amygdalin at 2.3a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of Bovine C-lobe with Amygdalin at 2.3A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 109
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA02
1LAFE 3RLFE 3SEWA 3FXUA 5AA1A 2Y7PA 2DSFA 1NKXA 1SVXB 3PUWE 1VR5A 2RINA 3FGSA 4JWOA 1AIVA 1UIUA 1P1QA 4PE5B 3TQLA 4IY5A 2O1LA 2GH9A 4YMBA 1A40A 3MVXA 1FW0A 1H44A 5H8FA 2DWJA 4G68B 4GFRA 2QS3A 2B3BA 2B3FA 3C31A 5I2KA 2ALUA 1B0HA 1SQYA 3IB0A 4F29A 1SW1A 5BUUA 5KCJA 5EHSA 1S7YA 2F5XA 5H8NB 1P99A 4XKNA 5H8QA 1MQGA 4R72A 4IO2A 4OWDA 3TFLA 2QS2A 3I3VA 1SW2A 3T66A 3VVDA 1FQBA 2OK2A 4YB5A 3IX1A 3B6TA 2UVHA 3LBSA 3H3GA 3OENA 1NNFA 3OSRA 1TT1A 2QPQA 3OO6A 1IXIA 4KR5A 3S4UA 4KPTA 3U1OA 2P2AA 4Z0IA 3PUVE 1NH7A 1TFDA 3TTMA 4EQ9A 3H7MA 5B7DA 4HS7A 2Z8DA 4EXKA 3ECRA 4NF4A 1CE2A 2I49A 5FHMA 4JDFA 1ZMGA 4DDDA 4KCDA 4KI0E 1ZJLA 4DE8A 1UTBA 1OQHA 1LBBA 1TXFA 2Z23A 1MY3A 2PT1A 2F78A 2HZLA 1S50A 3MW0A 3PUZE 4JXIA 3LSXA 3Q27A 1JVXA 4OEVA 3CFXA 3UGWA 3FVKA 4OHNA 1EZPA 3FATA 3TMGA 3Q25A 4DXBA 2NXOA 3U92A 2XXYA 2Y7RA 1MDP1 3KZGA 3RGYA 1FTMA 1BTJA 3SEUA 3TZAA 3EPEA 1SD3A 4NEDA 4HW8A 1IUDA 1MY0A 3N94A 4THIA 3O9PA 4Q5TA 4M4GA 2OBGA 5I56B 3C35A 4H65A 1VFDA 3G3JA 1MXZA 5CI5A 1H43A 2O69A 1IXHA 2QSXA 4WKMA 4MLVA 4KD5A 3GXAA 5CMKA 3HO7A 3KOSA 2XXQA 3TQWA 4FORA 4R9FA 5FHNA 3MBPA 3GBBA 5I58B 4LZ7A 4IO6A 5CMMA 1R9LA 1N84A 4PETA 2DE4A 1JQFA 5HPQA 2VD3A 1MM6A 1D9VA 2QS4A 1I69A 4TLLB 2XX7A 4YZZA 3PGFA 3MVWA 2ZNSA 1FTLA 4NF5B 4BDRA 4F3BA 2UVIA 2Y7WA 3FV1A 3DELB 1NFTA 3VE1B 1I6QA 3MZ9A 3IOTA 1UTHB 3W15C 4N13A 3OEKA 4F1VA 2O6AA 1IQ7A 2QRYA 1Y4TA 3G3KA 4KCCA 3K1NA 2DVZA 1JVYA 1M5FA 3BFTA 5H8HA 3QSLA 1POTA 2Y7KA 1OLAA 5CMCA 3O97A 1MY4A 2PYYA 4BDMA 2OWTA 3B6WA 2XXRA 5FTHA 4ZS9A 3IJXB 1Y3QA 1WODA 3KSJA 1FQFA 1LFIA 2RF1A 5CRYA 4JWXA 3A3UA 4LQ2A 2E1SA 1MY2A 2RC8A 1HSEA 1SYHA 3D4CA 3R26A 5CMBA 3EQ1A 2QJEA 5FTIA 1N7WA 4FE8A 4GXSB 2I4CA 4EDPA 4OESA 1IITA 3MUQA 1FQAA 4U22A 2I3VA 4EXLA 2R6GE 2ZYOA 2Q2AA 3TCHA 3PPNA 1ATGA 3K6VA 3VDFA 5EYFA 2XD3A 1BKAA 1B7ZA 4RPOA 1PB8A 1B2HA 2V93A 1NH8A 2OZZA 5IAIA 2H9BA 1LLSA 2DWHA 3PPOA 1B3FA 1IIWA 1SI0A 3SESA 2X7PA 1BLFA 3A09A 3FIRA 4MFIA 1DPPA 1B5IA 4R6HA 3PD8A 2V84A 4GD5A 4X1BA 4GIZA 1FTKA 2HZKA 3K1MA 3CRBA 1B3EA 5BWJA 3RT8A 1PB7A 1LAGE 5CBSA 2UVGA 3KN7A 1LAXA 1B0LA 3ZS6A 3FJ7A 1R6ZA 3RTWB 3M3FA 1F9BA 4BLAA 5AA2A 5ELVA 4NF6A 4ND9A 3T9XB 4QRZA 4ESXA 4TOZA 5ICQA 5DEXB 1P1NA 4XKQA 1R9QA 4BDOA 3ZKKA 2IA4A 1HSLA 2ONSA 2NUVA 5I2NB 1QUJA 3MP1A 5AA4A 4OXVA 1QULA 1B1XA 2UYEA 3IJOB 3CI8A 1Q1KA 4JWYA 4IB2A 1CB6A 3HHFA 2Z8FA 2OJTA 3U93A 4RK2A 4KYEA 3IL1B 2HAUA 3KJ7A 4F1UA 4JB7A 1UQWA 4Z7EA 3C32A 2AL4A 3CR9A 5TU0A 1N76A 2FYIA 1AH5A 3O29A 3QIMA 1MS7A 5L8DA 2D5WA 2X7QA 4LVQA 2V3TA 3MAMA 1L5TA 4O3AA 3I6VA 4FIMA 3QK6A 1XVYA 4FATA 4YKKA 1B6HA 1PEBA 2RC9A 4N07A 1DTZA 1DTGA 2OLBA 2QMXA 3C33A 1M5CA 3U94A 3SDFA 2A5TB 2DE2A 3I5OA 4ZECA 1YPNA 3U72A 1A7LA 1LCFA 2PVUA 3WAFA 2HQ0A 1B7HA 1US4A 4AB6A 5HBCA 5HM4B 4UA8A 1GTKA 1FQCA 3PMWA 4OZ9A 4GOTA 3OMBA 3VVFA 5B70A 3HPIA 3ILUB 2F7BA 4R6KA 4LQ5A 4IGRA 5KDTB 4U4XA 1SYIA 1LBCA 5JTYA 3P7IA 4F3PA 2F36A 5A5XA 4KYDA 1RYOA 4XTCQ 5L9MA 4QFKA 3HSTA 4RJZA 1H76A 4GF8A 1NL5A 5KZTA 2QMWA 2I0CA 3FVGA 4EUOA 3TUSA 3OELA 3EN3A 4H67A 4U1OA 2OWSA 3USDA 1XS5A 1I6BA 2W7YA 2XHDA 3K6UA 4H8IA 5CC2A 1URGA 2P1SA 3HV1A 3EHSA 5TPAB 4O3BA 1B05A 3G3FA 3RT6B 3K0VA 4XKRA 1P1OA 1URSA 5I57B 3S9MC 3T9VA 4H5FA 2QL3A 1EZOA 1URDA 4GLIA 3PD9A 4NF8B 3OEMA 4F1YA 2DYXA 4U21A 5I59A 1XVXA 4HTGA 4F3GA 3BBRA 3EHTA 1MDQA 5AA2D 2AYSA 2HXWA 4P11A 3E3KA 3B6QA 4MLQA 4Q30B 4EF1A 5DTBA 2I0BA 1T0KA 3H6UA 2DE3A 1MG1A 5L9OA 2ESNA 1OQGA 2Q2CA 3IORA 4RK9A 3CSBA 4R6YA 4DCXA 2H5YA 1NNKA 1B32A 4IO7A 4RY1A 1DPEA 1FQEA 3G3GA 3FJGA 3O2AA 3HHGA 3G3HA 3O6HA 4TLMB 3K1PA 1ELJA 3DLNA 4ZEIA 3MP8A 1Y3NA 1ZIUA 2I48A 1SI1A 1SW5A 1Y1MA 4OENA 3PUXE 4DIGA 1M5DA 4Q8RA 2ZNTA 2DVCA 4YICA 2XXHA 4ZEFA 2F6GA 2UYFA 4RNSA 3PPQA 3T9UA 3EHUA 4BDQA 1N3WA 2H4IA 4FECA 2XX9A 2Y7IA 4OFOA 4EQ7A 2REJA 4ELQA 3MC2A 4IO3A 2A5SA 3LUYA 1A55A 5TP9A 1VFEA 3Q29A 4OQOA 4R74A 5CBRA 4R2FA 1ZLQA 1ZU0A 2M8CA 4YB7A 1XOCA 4P0IA 5ITOA 4GL0A 1B5JA 1O64A 2PBWA 3VLUA 3S9EA 1N04A 1LB9A 2VD2A 4N6PA 1QKBA 3D4GA 4QFOA 3IOWA 4G68A 2Z22A 5LOMA 3LR1A 1LGBC 3M8UA 3L6HA 2YPNA 1TWYA 4OETA 4QFLA 4DXCA 3Q26A 3FD3A 3RN8A 1ANFA 3FJMA 2B65A 5H8NA 3C36A 4DXUA 3SETA 2THIA 4HCYA 1AL3A 2UVJA 2R71A 5DVJA 4ZZAA 4WXJA 5H8FB 4ZEKA 3T96B 4EQBA 5I2KB 4ISUA 4OFJA 2F97A 2ZYMA 1N3XA 5KCJB 4POWA 3V8XB 4U23A 1Y20A 4FAJA 1UIVA 3SEXA 5ICTA 3TCGA 1OVTA 1MPCA 3LSWA 4K3FA 5H8QB 1MH4A 2O51A 1H45A 4R9GA 4X1DA 3TKDA 2ONRA 3S9NC 2ZMBA 1OIBA 5DT6A 4XXUA 4KHZE 4F39A 4LZ8A 2ZYNA 3CG1A 2G29A 3TTLA 4F2QA 3H4ZA 1R1NA 2KLFA 1A54A 2NOOA 2DQVA 2Z8EA 3KFMA 3ODBA 4G8HA 1JNFA 3SERA 4BDNA 3E9XA 4POXA 2ABHA 2I3WA 3HN0A 1JEUA 1KWHA 1JW5A 3MVZA 2F7CA 2RCAA 3MZBA 5L9SA 1B7UA 1VE4A 1N0TA 4YKPA 5J1DA 1NNTA 4HCWA 3S2VA 3WAEA 4F2OA 5K2XA 4NF4B 1PDAA 4F3SA 3Q28A 2I4BA 4PFUA 3TDJA 3DP8A 2CZLA 4YKJA 4EF2A 4R75A 1UTBB 3R6UA 1B9JA 2DXRA 1S9TA 4OVJA 3M3LA 4H0WA 4JBZA 4L17A 1MXXA 4H6DA 5I56A 4LA9A 3TTNA 1PBQA 3R7XA 3PUYE 1B5HA 1SBPA 1MXUA 3SKPA 3KSXA 1YCJA 2F7AA 4G8MA 3DP6A 5CM6A 3KG2A 3VXBA 1MH3A 4ECFA 2O7UA 4OYVA 3MP6A 2NWJA 2RC7A 5I58A 2VOZA 1H3DA 1O7TA 5H8SA 1QVSA 3G7WA 2BJJX 5ISUA 1O63A 3N5LA 1P1WA 2Q9TA 1VSOA 3TAJA 2HEUA 4XKPA 3S9LC 1OVBA 1US5A 1B51A 2QS1A 3KJTA 1M5EA 4NF5A 4I8CA 4LATA 4QFNA 3IO4A 1N7XA 1UTHA 3RY3A 1J1NA 1MM7A 3ILTB 3MQ9A 3QUJA 3TELA 3CFLA 2XXXA 3HCQA 4DLDA 2REGA 4LP2B 4H1XA 4MF3A 4ONYA 4WEPA 4C1UA 3UA8A 3CSGA 1FQDA 3RUMA 1MPDA 3K02A 5FHOA 4KYSA 4RA1A 2GHBA 2F6PA 3IOVA 1GVCA 3PU5A 2R9JA 4RXLA 3BFUA 4ZEDA 5DVFA 1XHYA 1D4NA 3VV5A 4FEBA 2IEEA 4AB5A 4OEUA 3PPRA 1I6AA 5H8HB 1B1HA 3F11A 2DWIA 4BDLA 1Y1ZA 4ZE9A 4U1ZA 1A99A 4P0GA 4O3CA 3QUFA 4G77A 4PQJA 3FXQA 3FUZA 2DOJA 1LFGA 3IB1A 5ITPA 4E0XA 2DS9A 2YJPA 3C34A 2UXAA 4ZDMA 5F1QA 1B58A 4JSOA 1D3KA 1SDXA 2GRVA 3RNNA 3T93B 2XXTA 3SEVA 3TYHA 2AL5A 3C9HA 4C1TA 3JYRA 2V25A 5JK4A 1EZ9A 3TODA 2O7IA 3PMXA 4Q0CA 4QSEA 4G2ZA 4TQUQ 1B4ZA 2RKMA 3FVNA 3PPPA 2I6EA 2RCBA 4ZE8A 4YB6A 2HAVA 3IR1A 3CVGA 4G68C 1LB8A 2F8DA 3QXMA 2I58A 4GVOA 3UK4A 3U8QA 5JEIA 3G3IA 1B40A 1JEVA 1TFAA 3K6WA 3PV0E 2LAOA 3T22A 2DXYA 4OERA 4G4PA 3ZSFA 1MXWA 3IO6A 1MXVA 4DZ1A 4ZEBA 2H98A 2XXIA 1SW4A 3IOUA 3KOTA 4QFPA 2Q88A 4KFQA 4PP0A 4PFYA 1IEJA 1B46A 3RTFB 1AOVA 3PMVA 4GQOA 1FCKA 1MQHA 3MZ1A 1GR2A 3VFJA 5DEXA 1B3GA 1B3HA 4QSDA 4F18A 2HCAA 1QKAA 3O6GA 5I2NA 4YU0A 3OXNA 1EH3A 4F22A 3KGCA 3TTRA 3GZGA 3KN3A 3O6IA 3OO8A 4OTEA 1Q35A 5AA2B 1USYH 3LSFB 2GFEA 4H5GA 3O28A 4NF6B 4IO5A 4QHQA 2YLNA 4GRKA 1IXGA 4F19A 4E0WA 4X48A 1MXYA 1POY1 3IB2A 5AA4B 1B4HA 1PB9A 5DVIA 1Y9UA 1A8EA 2O84X 2GHAA 3JV9A 3MJNA 3T9HB 1B3LA 1WVJA 4G8NA 2O1MA 2ONKE 1GGGA 1MY1A 3SEYA 3FV2A 5DYHA 3K6XA 3RPWA 4QSCA 4MBPA 3V89B 4AQ4A 3A3CA 2XX8A 3EF7A 3LC8A 4ZZEA 2V3QA 4GXAA 3OSQA 2FNCA 2VHAA 3QAXA 1D9YA 2AIXA 5I84A 1ZKBA 3KEIA 4FEDA 1BP5A 1DMBA 1A8FA 3UIFA 2A5TA 1OLCA 1XC1A 3H6TA 1QUIA 2PX1A 3LSLA 4C0RA 4UACA 3UN6A 4ELRA 1QUKA 3V5AA 4I9DA 4GL8A 3MWBA 2H25A 3C4MA 2F34A 2ZNUA 3OD7A 4U2RA 3FZVA 1Z7ME 3CFZA 5KDTA 1II5A 3M3KA 5IKBA 5EHMA 1JW4A 4NTLA 1LCTA 1Z7NE 3QYTA 3KBRA 3H06B 3O66A 3H6WA 3H03A 2H99A 3V83A 3AXFA 2DP8A 3L6GA 2O68A 3DM0A 3B7DA 4QF9A 3K2DA 1LAHE 3JZJA 2Q8JA 4JSDA 4U4SA 5JTYB 1BIYA 2XD2A 4NWCA 5A5XB 1HSJA 3VLVA 1Y3PA 4DCYA 1MQDA 1Y4CA 1IZ1A 3TTKA 3VVEA 3N6TA 1MPBA 1YTVA 5TPAA 4LONB 2XXPA 5K2YA 2VGQA 2G93A 3IAZA 1QJMA 3GLBA 1XT8A 4IY6A 3THIA 5I57A 4NMYA 5F7VA 1AMFA 3CIJA 3OO9A 2PT2A 3N26A 4ELOA 5M2VA 4ELPA 4NWDA 1FTOA 2ZYKA 2E0SA 3ZKLA 1EU8A 4NF8A 3OO7A 1LSTA 1QW0A 4R73A 2HFBA 2FA7A 1WDNA 4I62A 4LZ5A 5AA3A 1GV8A 1DOTA 3TEPA 1DSNA 3FXRA 3OOAA 3W9WA 3DP4A 2D3IA 3GBAA 1FTJA 1ZTYA 2OCUA 3TPAA 2X26A 3MPLA 4RYAA 3MVYA 3KN8A 4ESWA 1YAEA 1P1UA 1JETA 1MQJA 1JW1A 5I59B 4XIGQ 1RYXA 4R2BA 2F35A 4YKIA 1RKMA 4LUBA 2VP1A 2Q89A 4M1VA 3ONMA 4RPNA 3E4RA 4X9TA 4PFTA 3E13X 1MRPA 1PBPA 4IGTA 3K4UA 2ZXTA 3VXCA 3MPKA 5AE4A 3BKIB 3CG3A 4KQPA 1IXCA 2D21A 4NE4A 2CMOA 4F31B 2WKYA 3IK6B 4IO4A 2DWAA 4PFWA 2NVUB 4YMAA 1USYE 2XXUA 4OFLA 1NMUA 2PMSA 1M5BA 3UP9A 3FVOA 1B52A 2XXVA 1ZBMA 3FASA 1NNPA 2ANJA 3H6VA 4WEDA 2Y84A 4GWOA 1OMPA 1MQIA 2P0SA 4OMBA 4I1DA 4FJPA 2XXWA 4H8JA 1LFHA 3K00A 3W9VA 3N6UA 3TCFA 3VLWA 3K01A 5TP9B 4MH5A 3RQTA 4YAHX 3UORA 2V3UA 1PC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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