2H9BA

Crystal structure of the effector binding domain of a benm variant (benm r156h/t157s)
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
EKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHSLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
publication title Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1.
pubmed doi rcsb
source organism Acinetobacter sp.
molecule tags Transcription
total genus 69
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h9bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h9bA02
4ZE8A 4YMBA 3U72A 2O69A 3FVNA 3PUVE 3MZBA 3PU5A 4O3BA 3VFJA 2D5WA 1NNKA 1DSNA 4JDFA 3C32A 3CIJA 1D3KA 2YPNA 4F1UA 3SEYA 4JXIA 3E4RA 4U4SA 5K2YA 3CSBA 1WVJA 4MF3A 3S9MC 1BLFA 1DPPA 3VE1B 4DXCA 3MVZA 4RPNA 3VVEA 4GLIA 2X7PA 3O6HA 4MLQA 2B3FA 1O7TA 1MH4A 2UYEA 5CMCA 4O3AA 2F78A 1B1XA 3MJNA 2M8CA 5L9SA 4ELPA 4ND9A 4QHQA 3MQ9A 1MY2A 4GL8A 1LCTA 4YKIA 3AXFA 4QSDA 3G3FA 3ONMA 5F1QA 5JEIA 3Q26A 1B58A 2ZYNA 3MZ1A 3UP9A 3PPRA 5AA2B 2F7CA 4KPTA 1P1NA 2Y7IA 3PV0E 1Y3PA 4PETA 3R26A 5H8QB 5H8NB 4NE4A 1MQDA 2OK2A 2A5SA 4DXUA 3K6WA 4OWDA 4ZECA 4NF4A 3VXCA 3KN7A 4FEDA 4OERA 2ZNSA 2I49A 1IXHA 1T0KA 3K6XA 1A7LA 2OWSA 3IOTA 4HCWA 4NMYA 5B70A 4F2OA 1B0HA 4LZ5A 3N6UA 1TFAA 2QMXA 1MXZA 4JWYA 1OIBA 1IIWA 3D4GA 4EUOA 3TTLA 3SESA 4RY1A 1XVXA 1R1NA 4OZ9A 3H4ZA 3UN6A 1IXIA 1CE2A 4LZ7A 2NVUB 4EF2A 4JWXA 1PDAA 3KOSA 4G4PA 1PB7A 3K0VA 5KDTB 2ZYKA 1JEVA 4LATA 4NF6B 3S9LC 2A5TB 3FV2A 3A3UA 4BDRA 1FTMA 3FXUA 2XXRA 4LONB 5ITOA 2LAOA 2BJJX 4Q5TA 4NWCA 2D3IA 3VLWA 2D21A 3SEUA 2ZMBA 3WAEA 3T22A 2HAUA 5I2KB 3IOUA 2GH9A 1SW1A 1QJMA 1B52A 1TWYA 1Q1KA 3PPPA 2HCAA 2XX8A 1OMPA 1A40A 2DWJA 3I3VA 4P0IA 2HAVA 2O1MA 3DELB 3JZJA 3UK4A 3TDJA 2WKYA 2DWIA 4EXKA 1ZTYA 2Y7KA 1WDNA 2RINA 4YICA 2V25A 1MXYA 3O6IA 1QUJA 4IO6A 1TXFA 1IEJA 4BDOA 2XXUA 2Z8EA 3IORA 3MP8A 5H8QA 1EZOA 2OJTA 5IAIA 1OVTA 4PFWA 4EDPA 1MY0A 4DCXA 4AB5A 3O97A 2RCBA 4IO2A 1AMFA 3LSFB 3CRBA 3FVOA 3KEIA 4ZEIA 4RK9A 1Y1ZA 4E0WA 1A99A 2QMWA 3PPQA 4GD5A 2F7BA 4U4XA 3VLVA 3PUYE 3C4MA 1MDP1 3QXMA 4DXBA 2I3VA 5ICQA 1IXCA 3VVFA 1LB8A 2CZLA 2AL4A 1MDQA 4JWOA 1ZU0A 3OEKA 1S7YA 4H67A 1LFHA 4U1OA 1MQJA 3EHUA 4NF6A 2A5TA 2XXQA 5EHSA 3K1PA 1ANFA 3SETA 5TPAB 2E0SA 1JQFA 3V89B 3T9XB 1US4A 3ZS6A 4OMBA 4OFOA 1N04A 3ZKLA 3KSXA 5CRYA 2IEEA 2GFEA 3TTMA 1H76A 1BKAA 1MPBA 3T9UA 5I2KA 3GZGA 2I4BA 3SKPA 5H8SA 2Q88A 3BFUA 1FQBA 3CI8A 4GXAA 3G3HA 5ELVA 2F8DA 4F39A 2GRVA 3FV1A 1OLCA 1QULA 4NF8B 1GR2A 5ITPA 3RUMA 3FATA 1EZ9A 2ZNUA 2DQVA 4R72A 1TFDA 3CFZA 4OTEA 2QPQA 4LP2B 4QFKA 2HZKA 4PP0A 4C0RA 1MM7A 5CMBA 2V84A 2DXYA 4OQOA 2O7IA 3ILUB 2GHBA 5KCJB 3UORA 3G3GA 3K6UA 1ZJLA 3S9NC 1SDXA 4QSCA 1DOTA 3EPEA 3MUQA 4F1YA 1QKBA 2OLBA 1B6HA 1QKAA 4OFLA 3G3KA 4YKJA 3HV1A 4NTLA 5J1DA 4Z0IA 1B3GA 3BFTA 3P7IA 2DE2A 3OSQA 4R75A 1TT1A 4ZEKA 2ONRA 3Q29A 2O51A 3IOVA 3R6UA 4GRKA 1I6BA 1NKXA 4YB6A 3FJGA 3LC8A 2OBGA 1UTBB 2QL3A 3IX1A 1B7HA 1H44A 5M2VA 2CMOA 4ELOA 3M3FA 3O9PA 4KR5A 5I58B 1ATGA 2Q2CA 1MXUA 5TPAA 5FHMA 3IJOB 2XD3A 1FQAA 4ZEBA 3VDFA 3B6TA 4XKNA 2UVJA 3PD8A 2NUVA 2H5YA 2Q8JA 1N3WA 4X1BA 2Z8DA 2F35A 1NH7A 1SYIA 2F97A 3CVGA 2QS3A 4C1UA 1NL5A 3MP6A 3UGWA 4NF8A 1A8FA 5I56B 5K2XA 3V8XB 3C31A 5TP9A 1Y20A 1XT8A 5DYHA 5FTHA 4YKKA 3LBSA 4FJPA 2QS1A 1EU8A 1YPNA 4QFPA 3U8QA 4FE8A 1MQGA 3EHSA 1B40A 2XD2A 4OEUA 3V5AA 4G68C 1OQGA 4LQ5A 5AA2D 3RLFE 4PFUA 1UTHB 2QSXA 1B3FA 1NFTA 2QRYA 2XHDA 2GHAA 4XTCQ 1HSJA 3TEPA 4DCYA 4WEPA 1YTVA 4IGTA 3GLBA 4QF9A 1LAFE 2P2AA 4R6HA 1OQHA 4R9GA 1B3LA 4G2ZA 3KJ7A 1N3XA 1VFDA 3GXAA 2FA7A 1P1WA 4GF8A 3CFLA 3MVYA 1MG1A 5DVFA 2YJPA 1Z7NE 3HSTA 1J1NA 1UTBA 4JSOA 4F3SA 3QIMA 1D9YA 2THIA 1OLAA 1Z7ME 5I58A 1MM6A 4LQ2A 1R9QA 4ZE9A 3T93B 1B1HA 1IQ7A 2VD2A 4RA1A 3OD7A 1B7UA 3G3IA 4YAHX 3TQWA 2V3QA 3RT6B 4F3PA 1N0TA 2QS4A 3U93A 4PFYA 1Y3NA 2XXHA 1FTJA 2AIXA 3OOAA 4POXA 3KJTA 2XX9A 1LAHE 3PUZE 2RC7A 5A5XB 2FNCA 1MH3A 1ZIUA 1ZLQA 5I56A 4FAJA 3IB1A 4LA9A 2F36A 2QS2A 1LAGE 3TCFA 4G8HA 3VLUA 4TOZA 2R6GE 1MPCA 2H99A 4YU0A 3Q28A 3HHGA 1B05A 4NF5B 4F19A 1Y4CA 1D9VA 4QFNA 2OCUA 1MPDA 4IO4A 3R7XA 2Q9TA 3TCHA 3H06B 1DTZA 5H8HB 3LR1A 3Q27A 3RTFB 4EF1A 2FYIA 4ONYA 3T96B 4THIA 3G7WA 1B32A 1MY4A 4H0WA 4OXVA 3UA8A 2VD3A 2XXWA 3FUZA 4LZ8A 4ZS9A 5F7VA 1KWHA 5CBSA 3MPKA 5AA1A 1POY1 1US5A 1N84A 2F7AA 4HS7A 1YAEA 3ZSFA 2UVGA 3K1NA 1LLSA 4WEDA 3IOWA 1AH5A 2B3BA 1A54A 1N7WA 4BDNA 1B9JA 1MQHA 3FASA 5AA2A 3IAZA 1LFGA 2Z8FA 1P1OA 3T9HB 3PMVA 1Y1MA 2O1LA 3BBRA 4IGRA 3TUSA 5H8NA 4Z7EA 2ANJA 3KN8A 4KI0E 1H43A 5HM4B 1LFIA 2REGA 4QRZA 1USYE 2PYYA 4RPOA 2DWAA 1FCKA 5TU0A 2P1SA 3MPLA 4X1DA 3TTNA 3QUJA 1EH3A 4EXLA 3ILTB 3E3KA 4P11A 4FORA 2I0BA 3OEMA 4RNSA 2HFBA 2ONSA 4N07A 1WODA 3MBPA 5ISUA 5JK4A 4R2FA 4AQ4A 4FATA 2I48A 4H5GA 2PBWA 4KCDA 5CC2A 2F6PA 4PE5B 3QAXA 3E9XA 5I2NB 5L8DA 1B3HA 4NF5A 3LSXA 2VOZA 4ESWA 3CFXA 2PT1A 1MY3A 2NWJA 5B7DA 1QVSA 2DYXA 2ALUA 4R9FA 5DEXB 3IO4A 5KDTA 1Q35A 2ZYOA 1SW4A 2ZYMA 3HHFA 1M5CA 2H4IA 2O7UA 4ESXA 3KZGA 5DTBA 4XKRA 1AIVA 3CG1A 2XXIA 1SW2A 1FQDA 3C35A 1JW5A 2X26A 4GIZA 1FQFA 1QUKA 1USYH 1JVYA 4C1TA 3VVDA 4RYAA 3CR9A 3UIFA 4NWDA 3FVGA 5FHNA 3JYRA 4PQJA 1MY1A 3OELA 1LBBA 1M5FA 4OESA 1BIYA 2E1SA 1POTA 4KHZE 3H6TA 5IKBA 1DMBA 3K2DA 3ODBA 1M5BA 1LCFA 5L9OA 2Q2AA 4IY5A 3L6GA 3RY3A 2AYSA 4GL0A 1LAXA 4R73A 4KFQA 4HW8A 4KYEA 4ZZEA 1A8EA 1ZKBA 3DLNA 2KLFA 2XXVA 3KSJA 1GGGA 2DE3A 5HPQA 5BWJA 4O3CA 4KCCA 3TODA 2W7YA 3N6TA 4IO5A 3FXRA 5I57B 5LOMA 1ELJA 3SERA 3EN3A 3QK6A 4M4GA 4G68B 2I0CA 1EZPA 2ONKE 2X7QA 2QJEA 3F11A 4XKQA 4ZDMA 1QW0A 3M3KA 3KN3A 3K4UA 4M1VA 4IY6A 5FTIA 4X9TA 1JNFA 3K01A 3O28A 3KGCA 1O64A 3OENA 4GWOA 1NH8A 5I2NA 4LVQA 4MH5A 3EHTA 1URSA 3TAJA 3G3JA 2PX1A 5DT6A 1XHYA 5DEXA 4R74A 3C36A 1GV8A 4IB2A 4ZZAA 5ICTA 1FQCA 3T66A 3FJ7A 1B7ZA 5AE4A 1SQYA 4QFLA 1B3EA 3TTRA 4GFRA 2R71A 1CB6A 3TMGA 1RYOA 1RYXA 3MWBA 1B2HA 2DOJA 4DE8A 1SVXB 1BTJA 1N76A 3SEXA 2XXPA 3FGSA 1QUIA 2H9BA 3TELA 4FIMA 3EF7A 1AL3A 2DE4A 5I59B 3TQLA 3THIA 4ELQA 4ELRA 3IJXB 1M5EA 3RQTA 1Y3QA 3D4CA 1YCJA 4P0GA 5FHOA 2UXAA 4IO3A 1MXWA 1OVBA 3EQ1A 1I6AA 3GBBA 2HZLA 2O68A 3H6VA 5EHMA 2XX7A 4MLVA 4JB7A 4YB5A 3FZVA 2R9JA 4F22A 1DTGA 3ZKKA 1UQWA 3RNNA 2UVIA 3DM0A 2NOOA 3PMWA 3PUWE 4OEVA 5KCJA 4OFJA 3MVWA 1B0LA 1LSTA 3PGFA 3GBAA 1B5IA 5I57A 4DIGA 1S9TA 3MVXA 2XXYA 4G68A 3I5OA 1IZ1A 1M5DA 3IL1B 2ZXTA 2DSFA 2H98A 2V3TA 4KYDA 4KYSA 4N13A 1B5JA 1PB9A 2HEUA 3HN0A 4YZZA 4F29A 3OSRA 1HSEA 1SI0A 4BDQA 5L9MA 1RKMA 3O2AA 1PC3A 3TPAA 4OVJA 3O29A 2DP8A 3IO6A 3SDFA 3OO6A 1P1QA 1D4NA 2RC9A 1LBCA 2I6EA 1XVYA 3U1OA 3QUFA 5CI5A 2UYFA 4U21A 4MBPA 4AB6A 4F18A 3K02A 1I69A 4N6PA 4H8IA 4F3BA 2ZNTA 3TYHA 5BUUA 3MC2A 2H25A 3LSLA 1NNFA 3S9EA 1VFEA 3Q25A 1VSOA 3MAMA 3HPIA 3JV9A 4KQPA 4U1ZA 4YB7A 1URGA 2Q89A 4Q0CA 4RJZA 3K6VA 3C34A 3LUYA 3DP8A 2Z23A 4H5FA 5I59A 4GOTA 3N5LA 4Q8RA 4U23A 5JTYB 2Y7RA 4FECA 4RXLA 2XXXA 5CM6A 1SW5A 5CBRA 4F2QA 5AA4B 4G8NA 1B5HA 2Y7WA 1FTOA 1H3DA 4TLLB 1MRPA 2Z22A 2O84X 5HBCA 1UTHA 3HO7A 4U2RA 3C33A 2VP1A 4OETA 4I9DA 4QFOA 4I1DA 2DWHA 3MZ9A 2O6AA 1IITA 1FTLA 3VXBA 3TCGA 4I8CA 4E0XA 3W9VA 2AL5A 3OO7A 3SEWA 2I58A 4R6YA 3IK6B 1N7XA 1NNTA 1Y4TA 1A55A 4OYVA 2V93A 5H8FB 2RF1A 4U22A 4F3GA 5DVIA 3OMBA 3FD3A 2Y84A 2PT2A 2OZZA 1O63A 4ECFA 4BDMA 3QSLA 2ESNA 4KD5A 3MP1A 1GVCA 3RTWB 5EYFA 3KFMA 3KOTA 2F5XA 2RC8A 2XXTA 3A3CA 4OHNA 4UA8A 1BP5A 1XOCA 3O6GA 2F34A 2I4CA 4TLMB 2DXRA 4JSDA 4WKMA 3USDA 3B6QA 1NNPA 3VV5A 3H6UA 5A5XA 3RPWA 1H45A 3A09A 1MXVA 4G8MA 3TZAA 3FVKA 2UVHA 5JTYA 2G93A 1P99A 3FJMA 4IO7A 3IB2A 1FW0A 4GXSB 3PUXE 4HCYA 4LUBA 4WXJA 3E13X 1DPEA 3LSWA 1LB9A 3WAFA 4MFIA 5AA4A 1PB8A 4L17A 3HCQA 3TFLA 4EQBA 4YMAA 3K1MA 2P0SA 1JEUA 3KG2A 4EQ9A 4I62A 1ZMGA 3IB0A 4DDDA 5H8HA 3OXNA 4X48A 4G77A 3DP6A 1AOVA 3N94A 2B65A 3PPNA 1HSLA 1IXGA 4PFTA 4H6DA 1UIVA 3FXQA 3RGYA 4ISUA 3PD9A 2NXOA 3BKIB 1JW1A 5H8FA 1VR5A 1LGBC 4UACA 1L5TA 1PEBA 3OO9A 5AA3A 1II5A 3L6HA 4OENA 3M3LA 5CMKA 3PPOA 2OWTA 4DLDA 1URDA 3W15C 1FQEA 1B4HA 5CMMA 2G29A 4FEBA 4BDLA 1B51A 3CSGA 2V3UA 4BLAA 3PMXA 2RCAA 1B4ZA 5TP9B 1FTKA 1S50A 3IR1A 3B6WA 4QSEA 4R2BA 1I6QA 1PBPA 3N26A 2DVCA 1IUDA 1VE4A 1JETA 1MS7A 4XKPA 2DVZA 4ZEFA 3RN8A 1SI1A 3H3GA 4YKPA 3OO8A 3S2VA 1XS5A 2IA4A 3I6VA 1F9BA 2PVUA 4XXUA 3C9HA 3O66A 4HTGA 1R9LA 3H7MA 3S4UA 4Q30B 3RT8A 3DP4A 1SYHA 3H6WA 3KBRA 4EQ7A 4TQUQ 4H8JA 2I3WA 5KZTA 3V83A 2PMSA 3W9WA 1UIUA 2HQ0A 1NMUA 1SBPA 4NEDA 2REJA 1P1UA 1JW4A 3MW0A 3TTKA 2ABHA 4RK2A 1Y9UA 2DS9A 4R6KA 4F31B 4H1XA 2RKMA 4XIGQ 1MXXA 1ZBMA 3ECRA 3K00A 3U92A 3M8UA 1GTKA 2Y7PA 1XC1A 4JBZA 4GVOA 2YLNA 2HXWA 1SD3A 2VGQA 4K3FA 3SEVA 4DZ1A 4F1VA 3TKDA 4GQOA 1JVXA 1PBQA 1MQIA 5I84A 2VHAA 3B7DA 3CG3A 4POWA 4NF4B 2F6GA 1R6ZA 3H03A 3QYTA 3U94A 3FIRA 4H65A 3T9VA 1B46A 5DVJA 4ZEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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