2H9BA

Crystal structure of the effector binding domain of a benm variant (benm r156h/t157s)
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
EKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHSLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
publication title Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1.
pubmed doi rcsb
source organism Acinetobacter sp.
total genus 69
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h9bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h9bA02
2GH9A 1NNTA 5AA1A 2ANJA 5I2NA 1B52A 1Y20A 2XXTA 1EZOA 3FVKA 3PPOA 5I2KB 1I6AA 1ELJA 4O3BA 4RNSA 3I5OA 4X1DA 2ZNSA 5AA2B 3ZKKA 4K3FA 3VXCA 2H99A 3R26A 3MVXA 4QFPA 4NE4A 1GV8A 2V3UA 3RT8A 4NF4B 4O3CA 4LZ7A 4YICA 1FTJA 4I9DA 5H8FB 1MG1A 4TQUQ 5FHNA 4GF8A 4OZ9A 2ZXTA 4DDDA 1YCJA 3LC8A 4NWDA 5DVFA 2AL5A 4ZEDA 3W9VA 3LR1A 1MQJA 2A5SA 1IEJA 3FXQA 3KG2A 3G3IA 3V5AA 4LZ5A 2RC9A 4FEDA 3KOSA 2XXXA 2QMWA 4QFOA 1YTVA 5I59B 2P1SA 1NL5A 1ZIUA 3MVYA 1MQIA 3ZSFA 3GXAA 2UVJA 3R7XA 3OEMA 5JK4A 3FXUA 4Q8RA 4FEBA 4NF6B 3N94A 1TFDA 3SETA 5B7DA 1DPEA 4POXA 3TODA 4G68B 4DCXA 4F3BA 2RCBA 3IJOB 4RK9A 4H8JA 3MP1A 1QKBA 3OELA 4F3GA 3IX1A 1QVSA 4YMBA 1IITA 3MP8A 3N6UA 1P1WA 3T66A 4F1UA 3TDJA 3C33A 2XX7A 4QSDA 3IL1B 1FQCA 3QSLA 4U4SA 1IIWA 2D5WA 2GRVA 3C35A 1A99A 2I4CA 5I2KA 4MFIA 5AA2A 4YMAA 2XX9A 4NEDA 1XVXA 5M2VA 3D4GA 4KYEA 4NF4A 2OWSA 2DSFA 4ECFA 5KCJB 2NUVA 3I3VA 5H8FA 4AQ4A 1PB9A 1UTBB 4NF8B 3U94A 3C31A 3S2VA 3MWBA 4FAJA 2ONSA 1JW1A 4BDMA 1Y3PA 5HM4B 2RINA 1M5CA 4QSCA 1A40A 1A55A 3L6HA 3S9EA 3E3KA 2F6PA 4C0RA 4MH5A 1CE2A 2E1SA 4YAHX 1N3XA 2O7UA 3CVGA 4F22A 1A8FA 4RA1A 3QIMA 5I59A 4GXSB 1FTMA 4OEVA 2D3IA 1IQ7A 1PB7A 2HQ0A 4X48A 4LONB 1FQFA 5I57B 1P1UA 2V3QA 2OBGA 3JYRA 3PMVA 2UVHA 4NF6A 2UVGA 1SDXA 5DYHA 4X9TA 4ONYA 2WKYA 1JEUA 3VFJA 4G68A 4BDOA 1XVYA 3TELA 1NNKA 2Q9TA 2Y7RA 3PD9A 2FNCA 1B7HA 3O6HA 3T9XB 5K2XA 3CG1A 2XX8A 3QK6A 2O6AA 4UACA 2YPNA 4GL0A 1LFGA 2QS4A 1F9BA 5CRYA 4GOTA 3O97A 4F19A 3T93B 4BLAA 3DM0A 1DOTA 3T9HB 1CB6A 3KSXA 1M5DA 4MBPA 2Y84A 4F29A 5KCJA 4XKPA 4P11A 4G2ZA 3S9NC 4H67A 2P2AA 1IUDA 3RTFB 1MH3A 5JTYB 3MUQA 1UTBA 4NF8A 3EPEA 2NVUB 5IKBA 3BKIB 3SEVA 3V8XB 1N7XA 1PC3A 1B58A 2F34A 3EN3A 3USDA 3K6VA 2V93A 1QUIA 4DXUA 3IB0A 5EHSA 2I58A 3HPIA 3E9XA 5ICQA 2H98A 2ZYNA 3C34A 1AH5A 1TWYA 2HCAA 1PEBA 2RCAA 3H6VA 2O69A 3SEWA 5I57A 1B3EA 4LVQA 2REJA 1LB9A 4LQ5A 3SKPA 5EHMA 5FHOA 2O51A 1Z7ME 3C32A 3LSXA 4XKQA 3E13X 1JVXA 3MZ9A 4TOZA 3EQ1A 3LBSA 4HTGA 1JNFA 1OQHA 1B32A 2UYFA 3TTNA 1SW1A 2QS3A 5CMMA 4FIMA 1SQYA 4YKPA 2I4BA 4G68C 3K6WA 3HN0A 3TZAA 1P1NA 3KGCA 5I56B 5DEXB 2X7QA 3ECRA 3FXRA 3TMGA 3OO6A 1URSA 1QUKA 1ZMGA 3O9PA 2GHBA 2FYIA 3TCFA 1GVCA 4QRZA 4F2OA 4LA9A 3ILTB 1MY0A 4THIA 5JEIA 5JTYA 3ONMA 3SESA 1B5IA 4YB7A 1IXCA 1MQHA 4R6YA 3F11A 3PUYE 5J1DA 1BKAA 1MDQA 2XXPA 1FTKA 1B1HA 2DYXA 4ESXA 3PD8A 1Y1ZA 4LUBA 1LSTA 1ANFA 2DWHA 4ZE8A 3CFLA 1MPCA 1TFAA 3RNNA 3DP6A 4KYSA 4ZEKA 1J1NA 1OLCA 2W7YA 1VE4A 4I8CA 4EQBA 1USYH 3W9WA 4U1OA 4RPOA 1VSOA 1QUJA 4Q5TA 1OVTA 2RF1A 2ESNA 2OJTA 5CC2A 3V83A 2H25A 1KWHA 3G3JA 3VVDA 4F2QA 4ND9A 1FQEA 4XIGQ 5BUUA 4U23A 4QFLA 4E0XA 3B6WA 2OLBA 2NWJA 1Y9UA 4X1BA 1Y4TA 4BDNA 1B6HA 1Y4CA 1SW2A 3K1PA 2Z8FA 5TU0A 3TTRA 2FA7A 1B51A 1N76A 5AA2D 4XKRA 4KFQA 3OMBA 4ZEBA 5I56A 4IO3A 5DEXA 2E0SA 1A7LA 3FJ7A 4N07A 2Q8JA 4MLQA 1USYE 4ZDMA 1XC1A 1N0TA 3TQLA 4QFKA 5DVJA 2UYEA 1DTGA 4ELRA 4YKIA 3EF7A 1MDP1 4YU0A 1B0LA 4PFWA 4U22A 4ESWA 1MRPA 3D4CA 3UK4A 3A3UA 2PVUA 5I58B 2H5YA 3B6QA 1MM7A 1SYHA 2R6GE 4KPTA 2RKMA 3CG3A 4QSEA 3OD7A 3RT6B 1R9LA 4IO4A 3CIJA 3UN6A 1NNFA 3KOTA 2ONKE 3PU5A 3MVWA 2LAOA 2DWIA 4AB6A 5F7VA 4YKKA 3TQWA 3TKDA 3O28A 4DIGA 4GIZA 4GL8A 2F5XA 2Y7IA 3P7IA 2ZYKA 2Z23A 3TCGA 4LP2B 4EF1A 3H6TA 3PGFA 3MP6A 3DELB 2Q2AA 1H76A 1LFHA 1VR5A 4PETA 1AIVA 1JW5A 1B4ZA 2I0BA 1NKXA 3RPWA 4ELQA 5CM6A 2M8CA 1HSJA 1O64A 1PBPA 2A5TB 2Y7KA 4EXLA 3M3FA 3MQ9A 3KJ7A 4FE8A 4JSDA 4YB5A 1A8EA 4PE5B 3M8UA 2PX1A 2DWAA 3DP8A 1OVBA 3Q28A 4KHZE 5CMCA 1D9YA 3WAEA 4JSOA 2DXYA 1HSLA 1FQDA 2XHDA 2F97A 2PT1A 2V3TA 1EH3A 1SVXB 2P0SA 3PV0E 4QF9A 5I58A 4RXLA 4KCDA 3MPLA 1M5FA 4EDPA 4F39A 2IA4A 3H4ZA 4DCYA 1WODA 1LGBC 1LB8A 4ZE9A 3FZVA 3VLWA 3MBPA 3N5LA 3KN8A 1Q1KA 4Q30B 2XXRA 3RN8A 3IJXB 4F3PA 2BJJX 1HSEA 3SEXA 2Y7PA 3KJTA 5F1QA 3PUWE 4HW8A 1XOCA 3TYHA 4M1VA 3WAFA 1PDAA 1SI0A 1LAGE 3R6UA 1NNPA 4M4GA 4R72A 5L8DA 4DXCA 2DVZA 4DE8A 2QS2A 4H1XA 3FATA 3M3LA 5ICTA 1RYOA 2UVIA 4GVOA 3MPKA 2QJEA 3TTMA 4PFTA 2AL4A 2QMXA 2A5TA 3O66A 1II5A 1LFIA 1MPBA 4IGTA 3QXMA 5B70A 4KD5A 2RC8A 5FTHA 4DXBA 2H9BA 3G3FA 3FJMA 5IAIA 1N7WA 4E0WA 3VVEA 4H5FA 4HCYA 2XXUA 3E4RA 1URGA 3VE1B 4JWXA 3K1MA 2ABHA 3FVOA 1I69A 4JDFA 4OTEA 4IO6A 1SI1A 4H8IA 1LAXA 4RY1A 3GBBA 3RY3A 3SDFA 2QPQA 4ISUA 5CMKA 3UA8A 1MY1A 4HS7A 4NWCA 1N3WA 4F31B 2O84X 2YJPA 1ZU0A 5HPQA 1WDNA 1VFEA 3OXNA 5H8SA 1OLAA 3TAJA 3MVZA 4OFJA 2F7CA 3H7MA 1US4A 3ODBA 1B2HA 4MLVA 1B46A 3HSTA 5L9MA 2I6EA 1SW4A 3IORA 4KYDA 4C1TA 3FV1A 4H65A 3K6XA 4QFNA 1B05A 1B40A 3K4UA 2OCUA 1B5JA 4IO5A 3TFLA 1B4HA 5FHMA 3KFMA 2R9JA 3KBRA 2O1MA 4G8MA 1LBBA 1VFDA 4C1UA 4KI0E 3VVFA 2ZYOA 4IB2A 1Y3QA 1FTLA 2HXWA 3PPNA 2PBWA 4GXAA 3UGWA 5CBSA 3G3HA 2GFEA 3CRBA 5ITPA 2CMOA 2PMSA 2REGA 4PP0A 5ELVA 4LQ2A 3FVGA 3EHUA 2G93A 1PBQA 3LSWA 2DE2A 3EHTA 1MQDA 3U8QA 2Q2CA 5I84A 3BBRA 1QKAA 1B0HA 3G3GA 3G3KA 1XS5A 5TPAB 1MH4A 5BWJA 1BTJA 4P0IA 1MPDA 3O6GA 1DPPA 3OO8A 3BFUA 3SEYA 3Q26A 3CFXA 5L9OA 2OK2A 1LCFA 1OQGA 3TUSA 1MXUA 1H3DA 3VV5A 2XXIA 4EF2A 1ATGA 3K0VA 2I48A 2HZKA 2Q89A 2VD3A 4PQJA 4OERA 4WKMA 3IK6B 1OMPA 1QJMA 4I1DA 1T0KA 2B3FA 4RPNA 1XT8A 1R9QA 1MY3A 3OENA 1DMBA 1MXXA 1I6BA 3TTKA 1NH8A 5CI5A 4WEPA 5H8HB 3FJGA 4OVJA 4OHNA 4R9GA 5KDTB 4OFLA 3PPQA 4L17A 1R1NA 1Q35A 2DOJA 1YAEA 3QYTA 2QSXA 4O3AA 4WXJA 3T96B 1DSNA 3U93A 3KEIA 3T9VA 1D3KA 1B9JA 1MY2A 3G7WA 1EZ9A 3RLFE 1SYIA 3B6TA 4U2RA 1FQBA 3H6WA 2VD2A 4AB5A 2I49A 3IB2A 4OQOA 1IXIA 1AMFA 4R2FA 2RC7A 1P1OA 5ISUA 4Q0CA 2ZNTA 5TPAA 4WEDA 4OEUA 1TT1A 1URDA 4RK2A 1GTKA 1QULA 1XHYA 4BDQA 2V25A 5K2YA 3IR1A 1DTZA 4N6PA 3IOVA 4GFRA 1B7ZA 2DP8A 5HBCA 1MM6A 5EYFA 1B3HA 1IXHA 4RJZA 3CFZA 4IO2A 2O7IA 4OENA 3FD3A 2VP1A 3FIRA 3MJNA 1IXGA 1D4NA 3JZJA 4F3SA 4EXKA 4JWOA 2ZNUA 2YLNA 3LUYA 1MS7A 3QAXA 1POTA 4H6DA 2XD2A 4OMBA 3T9UA 3H6UA 3VLVA 4OWDA 1EZPA 2DQVA 2CZLA 1LAFE 4IY5A 4FJPA 5AE4A 1UIUA 2F36A 3M3KA 3N6TA 5H8HA 2VHAA 3OO7A 3OSQA 4R9FA 3CSGA 3H03A 5A5XB 5KZTA 1IZ1A 2Z22A 4ELOA 1D9VA 2ZYMA 1SD3A 3VXBA 1FQAA 3FV2A 2G29A 5KDTA 3IOWA 3PPPA 1MXZA 1LBCA 3GLBA 2XXQA 3V89B 3SEUA 2HFBA 4PFUA 5AA3A 4EQ7A 4R6HA 4GWOA 1Y3NA 3N26A 2VGQA 3FUZA 2Y7WA 3U72A 3CI8A 5DT6A 4MF3A 3PUVE 1O63A 3UORA 5ITOA 1ZLQA 1UIVA 3RQTA 2NOOA 2XXWA 3IB1A 1FCKA 5TP9B 4GQOA 3VLUA 2D21A 4F1YA 2F6GA 1B5HA 3MAMA 2IEEA 3K02A 3UP9A 1GGGA 2F78A 1P1QA 4KR5A 4LATA 1PB8A 1ZTYA 1I6QA 1MY4A 3H06B 4OFOA 2DVCA 3H3GA 1UTHB 2DE4A 3L6GA 1P99A 1S50A 3QUFA 4G8HA 2XXVA 2PYYA 1AOVA 4YKJA 4ZEFA 2B65A 4OXVA 5AA4B 1MXWA 3C9HA 1B7UA 2B3BA 5FTIA 3PMXA 4R2BA 4R6KA 4PFYA 4ZS9A 4IGRA 3ILUB 4NF5B 3UIFA 5A5XA 3MW0A 3MZ1A 4ZZEA 3O2AA 4LZ8A 2VOZA 4FORA 2HAUA 3U1OA 4G8NA 1US5A 3JV9A 1H43A 4R73A 4BDLA 1FW0A 3EHSA 3OEKA 2KLFA 1M5EA 3C4MA 2F35A 4F1VA 3Q27A 4OESA 4R74A 3C36A 3K2DA 2F7AA 1A54A 3SERA 2QS1A 3S9LC 2HEUA 4TLLB 2XD3A 1YPNA 2XXHA 3TCHA 1RYXA 1S9TA 5TP9A 2XXYA 1GR2A 3IO4A 1POY1 2GHAA 4QHQA 2Z8EA 4XKNA 3THIA 2QRYA 1BLFA 2QL3A 3S9MC 1N04A 5H8QB 4U21A 2HZLA 3HHFA 1ZBMA 1NH7A 1NFTA 2DS9A 4FATA 1H45A 3KZGA 1ZKBA 5H8NB 4JXIA 4U4XA 4Z7EA 1UTHA 2F7BA 3HHGA 2R71A 2X7PA 1JEVA 3FGSA 4IO7A 3OSRA 4JBZA 3RTWB 2I0CA 3KSJA 3S4UA 4ZECA 3DLNA 5AA4A 1MXVA 4YB6A 3GBAA 3TEPA 1O7TA 3LSLA 4NF5A 4HCWA 2ALUA 3HV1A 3IOUA 3IOTA 4N13A 4DZ1A 1BP5A 3HO7A 3AXFA 2NXOA 4YZZA 3HCQA 2OWTA 4IY6A 3O29A 2AYSA 2DE3A 3Q29A 4ZEIA 5CBRA 4DLDA 2V84A 1B3FA 2I3WA 1LLSA 2Q88A 1L5TA 4BDRA 2HAVA 1JETA 3A09A 1BIYA 3MZBA 1H44A 3IO6A 2ONRA 4R75A 3CR9A 2DWJA 4OETA 4I62A 3O6IA 3TTLA 3PMWA 4FECA 4EUOA 5CMBA 2I3VA 3FVNA 2O1LA 1SW5A 5H8QA 4Z0IA 5DTBA 3U92A 1N84A 3PPRA 1WVJA 2PT2A 4G77A 1LAHE 3Q25A 5H8NA 3K00A 5I2NB 2H4IA 1MQGA 4GRKA 1NMUA 1AL3A 1B3LA 4OYVA 3K1NA 1LCTA 3PUZE 3FASA 1TXFA 1SBPA 2ZMBA 1OIBA 3ZS6A 4NTLA 1B3GA 1JW4A 4P0GA 1MXYA 1Z7NE 5LOMA 1ZJLA 3CSBA 4KCCA 3K6UA 4JB7A 1QW0A 3KN7A 3LSFB 3OO9A 2UXAA 3IAZA 1Y1MA 1M5BA 4ELPA 3OOAA 1JQFA 3TPAA 2F8DA 4U1ZA 3ZKLA 1B1XA 3VDFA 3B7DA 4POWA 3RUMA 4ZZAA 1RKMA 2OZZA 4H5GA 2THIA 3I6VA 4GD5A 4JWYA 5DVIA 2X26A 3A3CA 3DP4A 3W15C 4EQ9A 3GZGA 4XXUA 2Z8DA 3BFTA 4H0WA 1R6ZA 4NMYA 3MC2A 4TLMB 3KN3A 4F18A 2O68A 5L9SA 4KQPA 4GLIA 4G4PA 3T22A 4RYAA 1S7YA 3PUXE 4XTCQ 1FTOA 4UA8A 2AIXA 1UQWA 1JVYA 2DXRA 3RGYA 3QUJA 1EU8A 3K01A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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