2H9BA

Crystal structure of the effector binding domain of a benm variant (benm r156h/t157s)
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
EKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHSLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
publication title Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 69
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h9bA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h9bA02
4HCWA 1P1WA 4F19A 3UORA 1IEJA 4RPOA 3HO7A 2GHAA 5AA4B 5TPAA 2RINA 2DOJA 3RY3A 4QHQA 1B5JA 3H6VA 4F1VA 5DVIA 3TCFA 4PFWA 1UTHA 3FVGA 3TKDA 4BDNA 4OTEA 3THIA 2DE3A 4RYAA 3F11A 2Y84A 3G3KA 1R9LA 4X9TA 1OVBA 1TFAA 4U4SA 3K4UA 4NF4B 2XXVA 1LFIA 1SI0A 1EZPA 4FORA 3FXUA 3IOVA 1LFGA 2CMOA 4ZZEA 1Z7ME 4QRZA 1LAHE 2ONSA 1USYH 3VVEA 3PPNA 3MZ9A 3MP8A 2DWHA 2E0SA 4ELOA 3O2AA 1URGA 2F36A 4BDOA 3H3GA 1FQDA 2I58A 1D4NA 5CRYA 4R9GA 4OERA 1QULA 4F29A 3HSTA 3RUMA 1MXWA 4LZ5A 2QS4A 1AL3A 2O7IA 3KG2A 1MRPA 1FTLA 1DMBA 4F18A 2ZYMA 5JK4A 3GBBA 3D4CA 3OSRA 1YAEA 4GFRA 2QJEA 1LGBC 3UA8A 3S2VA 3TQLA 2Z8DA 1GVCA 1P99A 1KWHA 1MY0A 2OJTA 4I1DA 1SDXA 4PE5B 3SDFA 4PP0A 3S9MC 2VOZA 2Z8FA 2XXXA 4TQUQ 3Q28A 1HSEA 2F8DA 4U21A 2QPQA 4AQ4A 2D5WA 2I3VA 4GWOA 1DOTA 4OESA 2DP8A 1CE2A 3OENA 4IO2A 4X48A 5KDTB 3BFTA 3PPRA 5TU0A 4MH5A 4GL0A 4IY5A 4OFOA 5KZTA 3TDJA 1AOVA 3QK6A 3Q29A 1PEBA 2HCAA 1WVJA 3C34A 3FJMA 3FVNA 4OVJA 1Q1KA 3Q26A 4Q0CA 4O3AA 3EPEA 4P11A 4YAHX 3O9PA 4KYDA 1SW4A 1MDQA 4KFQA 4ZEIA 2HAVA 5IKBA 4ELQA 2VP1A 3QAXA 1MQGA 2B3FA 3VLVA 2RKMA 5ISUA 2UVGA 5I2KB 1NNFA 3CFXA 4BLAA 4ONYA 2DYXA 3M8UA 5DEXA 2UXAA 1FCKA 1UTBA 1SW5A 4EF1A 3H6UA 4OETA 3IB1A 2FA7A 3T96B 3N5LA 3ONMA 5EHSA 4C1TA 5A5XB 3O29A 4XKNA 4R6HA 3TAJA 1VE4A 4I62A 4IO5A 3G3IA 4AB5A 1MH4A 2OBGA 1B7HA 1O64A 4YKJA 2HFBA 2XXIA 1WDNA 5HM4B 3R7XA 3G3HA 4FEBA 4R72A 4U1ZA 3OOAA 2A5TB 3MBPA 1XOCA 3KEIA 3BKIB 1XHYA 3OXNA 4IB2A 1PB8A 3U1OA 4KCDA 4KI0E 2IA4A 3WAEA 4FIMA 3UN6A 1Y4TA 3K6XA 1PC3A 3HV1A 3Q27A 4R73A 3FXQA 5IAIA 5AA2D 4DXUA 1IXIA 5I84A 1MY2A 4GL8A 1UQWA 2F6GA 1TWYA 2UVHA 2O69A 4G8MA 3FD3A 1B3GA 1YTVA 4FE8A 1MQHA 3USDA 3A3CA 3TTRA 4F39A 2PT1A 2UVIA 1POY1 3PMVA 3LSLA 2AYSA 4OENA 1R9QA 3TCHA 4GD5A 4HW8A 3RTWB 1SW1A 3KOTA 2DE4A 3C4MA 4TOZA 1MXVA 4G68C 4LVQA 3SETA 3L6GA 2ZYOA 5AE4A 4U2RA 4ZECA 3V5AA 2E1SA 1MQDA 1N3WA 4LUBA 3L6HA 1M5FA 1MQJA 2V25A 3K02A 4DE8A 4NF8B 1EZOA 4H8JA 3KN8A 1MQIA 1US5A 3C32A 3C36A 1SBPA 1Q35A 4G8HA 2Q2AA 3MVWA 1IUDA 4H5FA 3SEWA 1ZU0A 2NUVA 1FTOA 3S4UA 2IEEA 5ITPA 3VXBA 1QJMA 3D4GA 1TFDA 5AA3A 3FIRA 3T9XB 4EXKA 5TPAB 2R6GE 3MZ1A 1DTZA 3KJTA 1P1NA 2OCUA 5K2XA 4MF3A 4R2BA 3TZAA 1JW5A 4RA1A 3MP1A 1D9YA 4H0WA 1B1HA 1VFDA 3QUJA 1Y20A 5CBRA 1B7ZA 2ALUA 2HZKA 3EN3A 2PBWA 3IB0A 4POWA 2HAUA 3MVXA 1MM6A 4WEPA 1HSJA 4P0IA 1IIWA 2YLNA 4KHZE 4RY1A 5F1QA 2DVZA 4DCXA 5I59A 2DXYA 3K1NA 1N04A 4G68B 5H8NA 3DLNA 3LR1A 3K6WA 3S9NC 2F78A 2RC9A 1BP5A 5I56A 3IR1A 3MW0A 3TCGA 1IXHA 5I2NA 4DXCA 5L8DA 3GZGA 4OMBA 1ATGA 3OD7A 1AMFA 5H8HA 1B1XA 1B6HA 1H76A 4QFKA 4JB7A 4RNSA 3RLFE 4F3SA 4RK9A 3H7MA 5M2VA 2RC7A 1LB8A 3OELA 2Z22A 4R6KA 4Q8RA 2DWJA 2PVUA 1N76A 3I6VA 3MZBA 2V3UA 1JNFA 4U22A 3IAZA 1QKAA 3U93A 3VLUA 4K3FA 2F35A 2FNCA 3U8QA 3U92A 2H4IA 4YKKA 4H67A 1L5TA 1VSOA 2ZNTA 3Q25A 2NOOA 4KD5A 4BDRA 1ZLQA 1DSNA 2UVJA 1B0LA 1B3HA 4MLVA 3MPLA 1Y3QA 5FHNA 5DVFA 4M1VA 1Y9UA 1B3EA 3TTNA 3OEMA 3ILTB 4XKQA 1OQHA 4OFLA 3ILUB 4LONB 4XXUA 2OK2A 2FYIA 3CG3A 2ZNSA 4F3GA 3C35A 2GRVA 4DZ1A 3RTFB 2RC8A 4E0XA 4JWXA 3LBSA 1UIVA 2V93A 2BJJX 1URSA 1POTA 2W7YA 2ANJA 3LSWA 2Q2CA 5JEIA 3C33A 4ELRA 1OLAA 4IGTA 1MPCA 4XKPA 1B3LA 3CFLA 4O3BA 3DP6A 2Q8JA 4AB6A 3B6QA 2X7PA 2G93A 2P1SA 2XXRA 3FXRA 4ESWA 1JEVA 3N94A 3R26A 3LC8A 4QF9A 3P7IA 1H45A 1OIBA 2Y7IA 1TT1A 5KCJA 2Y7KA 2XXWA 1JVXA 1S9TA 1XVYA 3CSBA 1XVXA 1M5DA 3A09A 4MFIA 1XT8A 3TFLA 1QUJA 1A8FA 1LCFA 3PD9A 2Z23A 1P1QA 3IO4A 1OQGA 2A5SA 1IXGA 5HPQA 2KLFA 3FVOA 4YKIA 4EXLA 4H8IA 2H5YA 2I4BA 3T22A 3K0VA 3MPKA 3UGWA 5TP9A 4G77A 4POXA 2XXTA 2AIXA 4NWDA 1FTJA 1MPDA 3UK4A 3MQ9A 4BDQA 4RK2A 1FQBA 1SI1A 4F22A 1M5BA 1BIYA 4X1DA 4NMYA 5CI5A 4R2FA 5LOMA 4LATA 2XXUA 4DXBA 1RYXA 1Y1ZA 3CR9A 2ZMBA 1NNKA 3G3FA 3O6GA 2R9JA 3DP8A 1QKBA 1ZMGA 4YMBA 3UP9A 5AA2B 2YPNA 1T0KA 3K2DA 1FQEA 1B5IA 4GXAA 1HSLA 3M3KA 4R9FA 3KBRA 4OXVA 2DWIA 4FECA 3HN0A 4WXJA 3BFUA 1QUIA 4ZE8A 3H6WA 3RNNA 2ZYKA 4ESXA 1MXYA 2Y7RA 4XKRA 4DLDA 2THIA 4LP2B 2M8CA 2GHBA 1MY3A 2B3BA 1PDAA 4OWDA 3PUXE 3IORA 4H6DA 5L9MA 1MXUA 3PPOA 4M4GA 3PUZE 5ITOA 4IO3A 2O6AA 1BKAA 3V83A 1A55A 3VXCA 1O7TA 2ZNUA 3T9UA 4WKMA 2F7BA 1B46A 3RN8A 1LBBA 4ZEBA 1JVYA 2REJA 1MDP1 4NE4A 3N26A 4JWYA 1N0TA 3AXFA 3T66A 5JTYA 4N07A 4GIZA 4EQ7A 4IO7A 3TYHA 4LZ8A 1B0HA 2OWSA 3G3GA 1ZIUA 3EHSA 1FTKA 2XX7A 4R74A 5CC2A 1RYOA 2XXQA 3V89B 4F3BA 2I3WA 5K2YA 4HCYA 4RPNA 5ICTA 5CM6A 1B40A 2X7QA 1PBPA 1N7WA 3HHGA 1URDA 3TUSA 2QMWA 4DIGA 4NF6A 5I2KA 3KGCA 3EF7A 4N13A 4TLLB 3O6IA 2ABHA 2XD3A 4NTLA 4C0RA 2DS9A 3ZKLA 4GLIA 1LAXA 4JBZA 2DVCA 4YB5A 1ZKBA 1VR5A 1IITA 5H8NB 3PMWA 1IXCA 2X26A 3MVYA 5BWJA 1Y3PA 5I56B 5A5XA 1ANFA 1D9VA 5I2NB 2RCBA 3C9HA 3TTMA 1ZBMA 5H8HB 2R71A 3HHFA 2H25A 4LQ2A 4YKPA 3IOWA 2GH9A 4F3PA 1NNPA 5DVJA 4BDLA 4RJZA 4YZZA 1MY1A 4ZEKA 3B6WA 2VD3A 4QSDA 2RCAA 2O84X 4F31B 2XD2A 1N84A 4DDDA 3FZVA 1UTHB 1QUKA 4GOTA 4U23A 3PD8A 5CMBA 1YPNA 4LA9A 3H4ZA 4KPTA 3GLBA 2Z8EA 3E4RA 3H03A 3I5OA 3KZGA 3W9WA 2F34A 3QXMA 3C31A 5I57A 2DQVA 4I8CA 3M3FA 3UIFA 1J1NA 4FATA 1WODA 4NEDA 3RT6B 1DTGA 1LSTA 1GGGA 3VE1B 1NH7A 1SW2A 3B6TA 4PQJA 3RT8A 2NWJA 1UIUA 1AIVA 4Q5TA 1SVXB 4QFPA 1OVTA 3A3UA 4F2QA 3FJGA 1MM7A 2F7CA 3MP6A 4Z0IA 2QMXA 2F6PA 4U4XA 2Q88A 2XX8A 4G4PA 3SEVA 1R1NA 4GQOA 3SEXA 1M5CA 3S9EA 2OLBA 5EHMA 2NXOA 2H98A 2PYYA 4U1OA 3O97A 4MBPA 2V3TA 4EUOA 4HS7A 4ELPA 3JZJA 1JETA 1GTKA 2QSXA 2OWTA 1GR2A 2O51A 4NWCA 4LQ5A 4EQ9A 1LLSA 2HQ0A 1IQ7A 2PMSA 4NF5A 4ZEFA 1MS7A 1B32A 4Q30B 4P0GA 2Q9TA 2ZYNA 3FVKA 3K6UA 1LCTA 5H8FA 5BUUA 1EZ9A 1NNTA 2D3IA 3TTLA 4R75A 2QS2A 1B58A 3GBAA 5DYHA 1PBQA 1CB6A 3U72A 3ZS6A 3H6TA 4YMAA 5TP9B 4H1XA 1P1OA 2O7UA 1NL5A 3FJ7A 4ECFA 2I6EA 3JV9A 1Z7NE 4ZZAA 4F2OA 4Z7EA 5CBSA 3HPIA 3K1PA 3DM0A 4KCCA 1USYE 4F1YA 4OFJA 3OO7A 3PUWE 1DPPA 5J1DA 1DPEA 3ODBA 5H8QA 2O1LA 3CIJA 1JW1A 3G7WA 3KSJA 4EDPA 3CRBA 5B70A 3TQWA 1S50A 3PPQA 5I58A 4G68A 1B9JA 4RXLA 3T9VA 2REGA 5DEXB 2ZXTA 1UTBB 3LSFB 1D3KA 1QVSA 4FJPA 1B7UA 2LAOA 4G8NA 4JSDA 1MH3A 3VLWA 2Q89A 3K6VA 3ZSFA 4QFNA 1B4HA 2ONRA 5CMCA 3FUZA 1H43A 4YICA 3MJNA 2Y7PA 4EQBA 1B52A 3OO8A 3QSLA 5H8SA 2UYFA 3CVGA 2I0CA 4LZ7A 3MAMA 2F5XA 5CMKA 1R6ZA 2QS3A 3N6TA 3B7DA 3T9HB 1OMPA 4WEDA 2V3QA 5AA4A 1FW0A 4H5GA 2HEUA 3TMGA 3E13X 1I6QA 2UYEA 4XIGQ 3K01A 1N3XA 3E3KA 2XXHA 5EYFA 3BBRA 1TXFA 5CMMA 2F97A 4O3CA 5AA1A 1SQYA 1FTMA 3KFMA 3G3JA 3PGFA 1H3DA 4NF4A 1LAGE 4GF8A 3SESA 5JTYB 1A40A 4X1BA 4JXIA 4UA8A 3QYTA 2G29A 3IOTA 1LFHA 3E9XA 2DSFA 5FTIA 3PUVE 2QRYA 4JSOA 1JQFA 2CZLA 1VFEA 3QIMA 1SYHA 5L9SA 1IZ1A 4I9DA 4IO4A 4NF6B 5FHMA 3CFZA 1OLCA 1B4ZA 3IJXB 1XC1A 3IOUA 4QFOA 2HZLA 1JW4A 1FQAA 2GFEA 1Y4CA 1N7XA 2PX1A 2YJPA 3W9VA 2H99A 4YB6A 2XHDA 4JDFA 2I48A 5B7DA 3LUYA 5FHOA 1I69A 2VD2A 2Y7WA 3H06B 4MLQA 4R6YA 2XX9A 1NFTA 3PPPA 1P1UA 4ISUA 2VHAA 2XXPA 3FV1A 3PV0E 4QSEA 1SYIA 3VV5A 3VVDA 1MXZA 2B65A 4L17A 4ZEDA 3EHTA 2WKYA 4OQOA 3KN7A 1MG1A 4N6PA 3ZKKA 4HTGA 3IB2A 3I3VA 4GVOA 1BTJA 3IL1B 2HXWA 3LSXA 5KDTA 3O66A 1ELJA 1SD3A 2O68A 3SERA 3IK6B 4PETA 3PUYE 2ESNA 3VVFA 3CSGA 3WAFA 3EQ1A 1B5HA 3FASA 1B2HA 2QL3A 3CI8A 3KN3A 3PMXA 3QUFA 1Y3NA 3HCQA 1MPBA 1FQCA 1M5EA 1YCJA 4KQPA 5I57B 4H65A 4OYVA 3DP4A 1A8EA 2H9BA 1BLFA 5HBCA 3M3LA 1QW0A 4C1UA 3FGSA 3FV2A 3S9LC 4JWOA 4ZE9A 5AA2A 3KOSA 5I59B 3OSQA 4KYSA 2XXYA 3O6HA 1EH3A 3IX1A 2I0BA 4GRKA 3TELA 1GV8A 4OEVA 3MUQA 4ND9A 3OEKA 1A7LA 3EHUA 1ZTYA 1US4A 5ELVA 3MC2A 4E0WA 2DXRA 3CG1A 3TPAA 5ICQA 3KSXA 1B3FA 4FEDA 4UACA 2AL4A 4GXSB 3JYRA 4PFTA 3IO6A 4IGRA 4BDMA 3V8XB 4YB7A 1H44A 5F7VA 4NF5B 3SEUA 3TODA 1LAFE 3R6UA 3GXAA 3RPWA 4QSCA 5FTHA 3SEYA 3KJ7A 2NVUB 1RKMA 4PFUA 4THIA 2A5TA 1LBCA 5H8FB 2P2AA 1O63A 4FAJA 1PB7A 4KYEA 1AH5A 1NH8A 2O1MA 3MWBA 2I4CA 5DTBA 2P0SA 2AL5A 4EF2A 3TEPA 3T93B 4DCYA 3PU5A 2PT2A 4PFYA 1S7YA 3SKPA 5DT6A 4TLMB 3OO9A 4G2ZA 4ZDMA 1XS5A 5L9OA 2D21A 2F7AA 2OZZA 2ONKE 4ZS9A 4KR5A 1FQFA 1ZJLA 2RF1A 4F1UA 3DELB 1NKXA 2VGQA 4IO6A 4OHNA 1PB9A 1MY4A 2DE2A 3MVZA 4OZ9A 1LB9A 4IY6A 5H8QB 1Y1MA 3FATA 3TTKA 1F9BA 3IJOB 3VFJA 5I58B 1II5A 3U94A 4QFLA 1MXXA 4XTCQ 2V84A 1I6AA 3RQTA 1A54A 1JEUA 1A99A 2QS1A 3VDFA 5KCJB 2DWAA 1B51A 3OMBA 2I49A 4OEUA 4NF8A 3O28A 3ECRA 3K1MA 3OO6A 3N6UA 1NMUA 1I6BA 1EU8A 4YU0A 3W15C 3K00A 1B05A 3RGYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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