4GQOA

2.1 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from listeria monocytogenes egd-e
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
KTKVTFWAAPNPTQVKYWDEMAKAYEKENPDVTIEVSQMKESPSSEATIQSAIASKTAPTMSENINRSFAAQLADSKAIVPLNDVKGLDDVVKERNMSETMDSWKFSDGNQYVLPVYSNPILFAWRLDTLKELGYDAPPKTYSEALEVGKKLKAKYPDKVLWAKGDLSDPTAWMRWFDFFPLYDAASKGNAFVEDGKLVADDKAGTELLTFMSELQKNKLLLASKATDPFETGTSIMADNGPWTFPNWDEKFPELKYNENYAITAPLVPDSMVNEENVATYADSKGVVMYAQATDKEKEAAMDFLKFVYNDDKNDLKFLETTNLIPARDDATENETFTAFFKENPELEVYAANVPYSIPAMDDAKYNDIQQIIGEEAWNPIVRGEKKPTKAWSDMKKAEDGVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from Listeria monocytogenes EGD-e
rcsb
source organism Listeria monocytogenes
molecule tags Unknown function
molecule keywords Lmo0859 protein
total genus 136
structure length 404
sequence length 404
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA02
2RC7A 2Z8FA 3H3GA 3SESA 1QUIA 3O66A 5CBRA 1GGGA 1SYIA 4G68A 2VGQA 2O84X 3FXRA 3PMVA 4IY5A 1A54A 2RCBA 1D9YA 4RJZA 5H8FB 3FGSA 3MJNA 4EDPA 4DCXA 5HM4B 3EF7A 4NF6A 3VLWA 2ZYNA 5I2NB 1SW2A 4RPNA 1JW1A 3M8UA 1MY2A 3EQ1A 1N04A 3U8QA 4KYDA 4F29A 4OERA 4F1UA 1XOCA 4G68B 1M5BA 4KPTA 2YLNA 3MPKA 3TAJA 1LLSA 3IK6B 1URDA 3FXUA 4EUOA 4MLQA 3VE1B 4U4XA 1N3WA 5K2XA 4HCYA 2I48A 1LFGA 2ONRA 3KOTA 1SI0A 3HCQA 4F3GA 3L6GA 3VXCA 1QKBA 2OLBA 4GXAA 4ZE9A 4O3BA 3UORA 2V3UA 4NF8A 3T9UA 1N3XA 3PPRA 4H8JA 4C1TA 3OOAA 5BWJA 4LUBA 2QS2A 1H45A 1N84A 3U93A 3W9WA 2QJEA 4KD5A 2D5WA 4X1BA 3MP1A 2XXRA 3JV9A 3JYRA 1P1NA 4IO3A 4PETA 1Y20A 2O6AA 1MPBA 3ILUB 1WODA 3T9VA 3H6VA 4XIGQ 3LSXA 2OCUA 3Q27A 3K6VA 1JVYA 1FTJA 1JQFA 2GH9A 3KFMA 4JWXA 3RQTA 4ELPA 4OEVA 1PDAA 2B3BA 2HQ0A 5F7VA 3CRBA 3SDFA 1FQBA 1OVTA 3CFZA 5B7DA 1AIVA 1H3DA 4DXUA 4TLMB 4ZECA 1B0LA 2F7CA 4IO2A 5KCJB 2O1LA 3FV2A 3IORA 4OWDA 3U94A 2R71A 1B0HA 3O28A 3PMXA 3FVKA 4WKMA 5ITPA 1POY1 3HO7A 3FIRA 5HPQA 4WEPA 4F2QA 1GVCA 1LAXA 2DWJA 4NF5A 1FQDA 2VOZA 4AQ4A 5KCJA 1LBBA 4IGTA 2R6GE 3VDFA 1MPDA 4EXKA 3IAZA 3EHTA 3N26A 1USYH 4Q8RA 3C31A 2Y7RA 5ISUA 1UTHB 3G3HA 2ZYKA 2UXAA 2B65A 3H06B 4PFTA 4PE5B 3TZAA 5H8FA 3QIMA 4GRKA 3O97A 3DELB 1JETA 1ATGA 3N5LA 3OO8A 4JWOA 4OVJA 1HSLA 1NH7A 1GV8A 4MLVA 1PB9A 1MH3A 4X9TA 5JTYA 3KBRA 3PUXE 2ESNA 4IO4A 2A5TB 2P2AA 5I2KA 1PB7A 1S9TA 4OXVA 2DXYA 4QFKA 2Y7IA 4KYEA 2UVHA 2WKYA 3IJOB 2Q2CA 3MAMA 4I62A 4QFNA 3ONMA 4Q30B 5KZTA 3HHFA 1Z7NE 4WEDA 1MQIA 4X1DA 3RT8A 3TCFA 3GXAA 3UP9A 2DVCA 1TXFA 4POXA 4ZZEA 4BLAA 4PFUA 4GVOA 1XVXA 4Q5TA 4ZEKA 4P0IA 4BDMA 3G3IA 4UA8A 3OSQA 2Z22A 2HFBA 5AA2A 4M1VA 1NNKA 1VSOA 2DE3A 4LATA 4OEUA 2XX9A 3EN3A 2F36A 1WVJA 3MVZA 5AA4B 3TEPA 2HZKA 3PPNA 3T66A 3RPWA 5BUUA 1B5JA 3B6WA 1NNTA 4EQ9A 1B5HA 1AL3A 1GTKA 3ILTB 4IO5A 4YB6A 4F1YA 3VLVA 1BKAA 1ZU0A 1NKXA 2Q89A 4GIZA 4OYVA 3FUZA 4NEDA 4H67A 4YZZA 5FHNA 1MXWA 1Y3QA 4KCCA 2UVJA 1OQGA 3SETA 3VFJA 3I3VA 3CIJA 3IOUA 2F35A 3PMWA 4IO7A 1B40A 1MY4A 1AH5A 1SW4A 2X26A 4P0GA 4XKRA 4AB5A 5JTYB 1LGBC 1N76A 1MQGA 3DP6A 5ITOA 3S9EA 4OHNA 3O2AA 2M8CA 4XXUA 3K1NA 1II5A 4G4PA 3C33A 1Y4CA 1ZKBA 4POWA 3SEVA 4RXLA 1QUKA 2ONKE 4C0RA 4FEBA 1D9VA 2PBWA 3MC2A 1SQYA 3T9XB 5I2NA 3FVNA 2Y7WA 1AMFA 1ZIUA 2V25A 3I5OA 4OTEA 1MS7A 4Q0CA 5AA3A 2THIA 3Q25A 4XKPA 1B3EA 3MPLA 4YKIA 2ZMBA 3FD3A 3D4CA 3FXQA 2UVGA 3E13X 3N6UA 1NNPA 5K2YA 4LQ2A 2QMWA 1P99A 2Q88A 1YAEA 4QF9A 2RCAA 1XC1A 1B3FA 4HTGA 3SEWA 3HSTA 1DPEA 3K02A 3O6IA 1ZTYA 4NWDA 3W9VA 5TP9A 3RLFE 5L9MA 1MH4A 2DE4A 1N7WA 4OMBA 4R75A 4Z0IA 2PVUA 4YB7A 3KGCA 1B2HA 4IO6A 3SEXA 2OJTA 3VXBA 1B4HA 1Y1ZA 2PT2A 1LAHE 2Z23A 4JXIA 4THIA 5ICTA 2FYIA 1UIUA 1FTLA 4N07A 1SW1A 3K1PA 3PUWE 2AL4A 4JWYA 4GFRA 4OQOA 3UN6A 5TPAB 2Q2AA 3E9XA 3K4UA 3V89B 1FTMA 1POTA 3CFXA 4H5GA 2DWIA 2XXTA 1R9QA 3KSXA 2H98A 4MFIA 4ZEFA 4DXBA 5KDTB 5CM6A 3BKIB 3CFLA 2B3FA 1DOTA 2CZLA 1S50A 3GBAA 2V3TA 1B32A 3UGWA 1NMUA 2HXWA 2P0SA 4ZE8A 3RN8A 3ZKKA 4F3SA 1XS5A 2F6PA 3QYTA 1SD3A 3H6WA 4RNSA 3IOWA 2O1MA 4LONB 3K2DA 4OFLA 3O29A 3THIA 1XHYA 2RKMA 1S7YA 4R6KA 3S2VA 1IXIA 5DYHA 3TTNA 4NF5B 4PP0A 4FECA 2ANJA 2F5XA 2ALUA 4OZ9A 4LZ8A 3HHGA 1B3GA 4UACA 1B7ZA 3TTMA 4LZ7A 4N13A 3DLNA 4BDOA 1MY0A 1MXYA 2H25A 2ZYMA 1L5TA 1A40A 2XXPA 3GBBA 3PD9A 5DVJA 2GHBA 3PPOA 4YMBA 1QKAA 2VHAA 3PV0E 4H65A 4ESXA 1JEVA 1FQCA 1MQHA 1PBQA 1US4A 2I3WA 2VD2A 2Y84A 1OVBA 3C32A 3KEIA 3MW0A 2PT1A 2V3QA 3DM0A 4KHZE 1ELJA 4QSCA 4X48A 5EHMA 1OLAA 3C36A 3ODBA 5H8QB 4R6YA 4R2BA 2I49A 4E0XA 1IQ7A 3N6TA 3MBPA 2A5TA 4AB6A 2REGA 3EHUA 1UQWA 2O51A 4ZEBA 2F97A 4QFPA 1QJMA 3I6VA 1MQDA 1RKMA 4RA1A 5M2VA 4F19A 1IIWA 5AA2D 4WXJA 1H43A 3B7DA 1BLFA 1B3LA 2OK2A 5EHSA 3JZJA 4K3FA 4KQPA 3KZGA 4IY6A 4H8IA 2ONSA 4H0WA 3H4ZA 2NXOA 2XXXA 3HV1A 2QS1A 4XKNA 1DSNA 1EZPA 3IR1A 3MZ1A 4H1XA 5FTHA 3KN3A 2LAOA 1Y1MA 3QXMA 3PU5A 2Z8EA 3RY3A 1JW5A 1P1UA 4RPOA 1Q35A 4NF4B 2Q8JA 1MM6A 2F7AA 5I59A 3V83A 3VVDA 2GHAA 3PPPA 5DVIA 4R9FA 3MP8A 3LSLA 1BIYA 3OSRA 4I8CA 4QFOA 4YICA 4GD5A 3BBRA 1B4ZA 5DEXA 3EHSA 4EQ7A 3WAEA 4DIGA 3K6WA 2O7UA 2XXVA 4JBZA 4F31B 3IJXB 3IB1A 1Z7ME 1VFDA 3D4GA 3M3KA 3N94A 3QK6A 3OENA 4ND9A 4R2FA 2NOOA 4HS7A 3RGYA 5H8QA 3C34A 1EZ9A 3T96B 2BJJX 3SEUA 4ZS9A 4NWCA 2QS4A 4JDFA 3IOTA 3MVWA 3S9NC 1IXCA 1SDXA 3UA8A 3TQWA 2OBGA 3FVOA 1MDQA 3M3LA 4F1VA 4XTCQ 5FHOA 5I58B 2DQVA 4G8HA 4LVQA 3VVEA 1LB9A 2XD2A 4MBPA 3TQLA 3KSJA 3VVFA 3WAFA 2ZYOA 1B7HA 1OMPA 2O68A 3MUQA 2Z8DA 4YAHX 1JVXA 4BDRA 4EF2A 3EPEA 3G3JA 2RINA 2W7YA 2ZNSA 3FJGA 3KOSA 2AL5A 1OLCA 3BFUA 1WDNA 4OFJA 4DLDA 3QSLA 4YMAA 4G8NA 3T93B 5I84A 2DP8A 1T0KA 3OD7A 1R9LA 2I3VA 4R74A 5LOMA 3MWBA 1YPNA 4JSOA 2GFEA 3LBSA 3TDJA 3TCHA 4ESWA 1CB6A 1NL5A 1Y3NA 3H03A 3IO6A 4OETA 3FZVA 2O7IA 1JEUA 1F9BA 1NNFA 3CSGA 1LCFA 4QHQA 5CRYA 3G7WA 4ONYA 5AA2B 2I0CA 3S9MC 1RYOA 1O7TA 3MZBA 1XT8A 1IXGA 2PYYA 2F34A 2DSFA 3R26A 4I1DA 1TFDA 3SERA 2HZLA 4BDLA 4DE8A 4NMYA 1JNFA 1HSJA 5J1DA 4DZ1A 1J1NA 3ECRA 2AYSA 4G8MA 3U92A 2QMXA 4U1OA 3FJ7A 4F2OA 4MF3A 4DCYA 4JB7A 2X7QA 2DE2A 3K01A 3LUYA 4FE8A 4HCWA 4R9GA 4ZEDA 3FATA 5KDTA 5IAIA 3GZGA 1VE4A 5I59B 1A55A 2QL3A 3IB2A 5FTIA 3TTRA 4L17A 1SI1A 3IOVA 2UYFA 4EF1A 4F22A 1H76A 4IGRA 1DTZA 1N7XA 1PBPA 2V93A 3QAXA 1ANFA 3TYHA 3B6QA 3E3KA 2F78A 4RY1A 1IXHA 1M5DA 2XXYA 4RK9A 4U1ZA 2RF1A 1UTHA 5EYFA 1NH8A 1DPPA 3OXNA 4F3PA 5H8HA 2IA4A 1OQHA 1N0TA 3CVGA 4R6HA 3KN8A 4XKQA 1MY1A 2ABHA 5AA1A 4ELRA 5A5XB 3IO4A 3K1MA 4FJPA 2PMSA 1P1QA 4DXCA 2DOJA 1H44A 1O64A 2DWAA 2HAVA 1FW0A 4GWOA 2CMOA 2F7BA 5I57A 2R9JA 3DP8A 2HCAA 3U72A 4ZEIA 3OO9A 3O6HA 4GL0A 1CE2A 3O9PA 1B52A 3TODA 1B1XA 1M5FA 1Q1KA 4H6DA 3RTFB 5B70A 1URSA 3KG2A 4U4SA 4LQ5A 3FV1A 4GXSB 1MPCA 3H6UA 3K0VA 1XVYA 4G77A 3VV5A 1I6AA 4YKJA 1FCKA 4YKKA 2Q9TA 3QUJA 4ELOA 3IB0A 4U2RA 4GOTA 1I69A 3PGFA 5I2KB 2I4BA 4QSDA 4YB5A 1LAFE 4YU0A 4ZDMA 5I56A 1P1WA 3C9HA 3IL1B 3SKPA 1JW4A 4QRZA 5JK4A 2P1SA 5L8DA 1A7LA 4FIMA 5CI5A 5HBCA 1KWHA 1QW0A 4I9DA 3H6TA 3MP6A 3OO6A 4OFOA 2H4IA 5TU0A 5JEIA 2XD3A 1UTBB 1SYHA 4O3AA 2XXQA 5L9OA 2G29A 3OO7A 3KJTA 1LBCA 1YTVA 2G93A 3U1OA 3RT6B 3TPAA 2H99A 3MVYA 2FNCA 3SEYA 1B1HA 1A99A 1LAGE 2OWTA 2DWHA 1A8EA 1MXZA 3MQ9A 3LC8A 5AA4A 1I6QA 3TELA 2I0BA 3TFLA 3USDA 1GR2A 3G3GA 3A3CA 3RUMA 1TFAA 2NVUB 3TCGA 5I57B 1LSTA 2DXRA 4MH5A 2REJA 4PFYA 1M5EA 2HEUA 4ECFA 5AE4A 1TWYA 3AXFA 3OEMA 3PPQA 3T9HB 3HN0A 1QVSA 3A09A 3G3FA 1B58A 3RTWB 1Y3PA 2E0SA 3K6UA 3ZSFA 5CBSA 2Y7KA 3S4UA 1AOVA 1UIVA 1SBPA 1ZMGA 2Y7PA 2IEEA 3TMGA 4NE4A 1D3KA 3RNNA 3ZS6A 5I58A 4HW8A 1Y9UA 2QRYA 4R73A 4LZ5A 3TTLA 3W15C 4RYAA 1B05A 4GLIA 3K6XA 2H9BA 3GLBA 3UIFA 2KLFA 1MM7A 4R72A 5CC2A 1EZOA 1FQAA 1DMBA 3MVXA 1MXUA 4P11A 1US5A 2I58A 1B9JA 1TT1A 3MZ9A 3Q26A 2XXUA 2D21A 3F11A 1A8FA 2AIXA 1ZBMA 2HAUA 2ZXTA 1FTOA 5CMBA 4LA9A 4IB2A 1MRPA 1HSEA 2VP1A 4N6PA 4U23A 5DTBA 1O63A 2ZNUA 3A3UA 4FATA 5I56B 3Q28A 2XX8A 2UYEA 4TQUQ 3UK4A 2XX7A 4QFLA 4OENA 3PUYE 3E4RA 4KYSA 4G68C 5L9SA 1ZLQA 3BFTA 3R6UA 1R6ZA 1SVXB 3M3FA 4GQOA 3V8XB 1QUJA 1D4NA 3VLUA 2RC8A 1UTBA 4ELQA 5H8NB 5IKBA 5F1QA 2O69A 3TUSA 4PFWA 1FQFA 3CI8A 3V5AA 4EQBA 1MDP1 1QULA 5CMKA 1PC3A 3QUFA 4BDQA 3C35A 2QPQA 4NTLA 1LFHA 2XHDA 1P1OA 4YKPA 2X7PA 1MY3A 4TLLB 1LFIA 4KFQA 4ISUA 4JSDA 4C1UA 2QSXA 5H8HB 1Y4TA 1MG1A 3TTKA 2FA7A 3LSWA 4ZZAA 4E0WA 4Z7EA 5ELVA 5ICQA 4KCDA 1FQEA 3DP4A 3C4MA 5A5XA 1VFEA 1RYXA 1EU8A 3LSFB 5DEXB 3CR9A 2OZZA 5DT6A 4BDNA 4GL8A 2V84A 3OMBA 1MXVA 4M4GA 1B7UA 2D3IA 2VD3A 4RK2A 1EH3A 4KR5A 2UVIA 1MQJA 5FHMA 2QS3A 3CSBA 1FTKA 1PB8A 3TKDA 3FJMA 3K00A 3G3KA 4F18A 2NUVA 3T22A 4NF6B 4EXLA 1LCTA 4O3CA 1MXXA 1SW5A 1USYE 1B5IA 2PX1A 4FORA 5TP9B 4TOZA 1URGA 4LP2B 4OESA 4GF8A 3HPIA 1IEJA 1OIBA 3Q29A 1IUDA 4NF4A 1PEBA 5DVFA 4DDDA 2I6EA 2GRVA 4H5FA 1VR5A 3FVGA 5H8SA 3CG1A 3KJ7A 1IITA 3ZKLA 4PQJA 4F3BA 2E1SA 3PUVE 4KI0E 2I4CA 2YJPA 4U21A 5TPAA 1NFTA 2DVZA 3LR1A 1YCJA 5CMCA 3OELA 5H8NA 2NWJA 1M5CA 3CG3A 3KN7A 1B6HA 2YPNA 4NF8B 4QSEA 1ZJLA 4F39A 3OEKA 2F8DA 4U22A 3R7XA 1B3HA 2DYXA 2F6GA 1IZ1A 2RC9A 2XXHA 3FASA 3IX1A 2A5SA 2DS9A 3B6TA 2H5YA 1B46A 3PD8A 4FEDA 3O6GA 1I6BA 5CMMA 3S9LC 3L6HA 1BP5A 3H7MA 2XXIA 4G2ZA 1BTJA 1LB8A 2OWSA 4FAJA 3PUZE 3P7IA 1DTGA 2XXWA 1B51A 2ZNTA 1R1NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Z8FA 3H3GA 3RTFB 3FXRA 1A54A 4RJZA 1D9YA 3VLWA 1SW2A 3BIHA 4GX3A 4OERA 4F1UA 4KPTA 2YLNA 3MPKA 4MLQA 4U4XA 5K2XA 3L6GA 4GXAA 4NF8A 1H45A 3W9WA 2QJEA 2CZIA 4KD5A 4IO3A 4PETA 2ZZVA 1WODA 3Q27A 3K6VA 1JVYA 2HQ0A 5F7VA 1AIVA 3CFZA 5B7DA 4DXUA 4ZECA 4OWDA 4WKMA 5ITPA 4DI3D 5HPQA 4WEPA 4AQ4A 1MPDA 3IAZA 3EHTA 3N26A 1UTHB 2ZYKA 1NV7A 4I3EA 4HE1A 2B65A 3H06B 4PFTA 3O97A 1JETA 1ATGA 1NV2A 3N5LA 4JWOA 4OVJA 4MLVA 4IO4A 2P2AA 3IFAA 5I2KA 1S9TA 4OXVA 4QFKA 2WKYA 4I62A 4Q30B 3GXAA 4POXA 4BDMA 5AA2A 1NNKA 2P3VA 2HZKA 5BUUA 4EQ9A 1B5HA 1GTKA 4YB6A 4F1YA 1BKAA 2Q89A 4PFRA 5FHNA 4H67A 2UVJA 3VFJA 3IOUA 2F35A 3PMWA 4IO7A 4XKRA 5JTYB 2M8CA 3K1NA 4HXVA 1Y4CA 4RXLA 3I5OA 1MS7A 3MPLA 3FD3A 3N6UA 5K2YA 2RCAA 4HTGA 1ZTYA 1FPBA 4OMBA 4Z0IA 3SEXA 1B2HA 4IO6A 3VXBA 2PT2A 1LAHE 5ICTA 3UN6A 2H98A 5CM6A 2B3FA 4G61A 3RN8A 5LDZA 3QYTA 3BIGA 1SD3A 3K2DA 2PCRA 3THIA 1IXIA 4FECA 4BDOA 1XI6A 1MXYA 4O94A 2R8TA 2ZYMA 1L5TA 1A40A 2VHAA 1K9YA 1JEVA 2VD2A 1US4A 3MW0A 3KEIA 3IFCA 4KHZE 2V3QA 5H8QB 4E0XA 1FBCA 2ZZWA 1UQWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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