4GQOA

2.1 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from listeria monocytogenes egd-e
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
KTKVTFWAAPNPTQVKYWDEMAKAYEKENPDVTIEVSQMKESPSSEATIQSAIASKTAPTMSENINRSFAAQLADSKAIVPLNDVKGLDDVVKERNMSETMDSWKFSDGNQYVLPVYSNPILFAWRLDTLKELGYDAPPKTYSEALEVGKKLKAKYPDKVLWAKGDLSDPTAWMRWFDFFPLYDAASKGNAFVEDGKLVADDKAGTELLTFMSELQKNKLLLASKATDPFETGTSIMADNGPWTFPNWDEKFPELKYNENYAITAPLVPDSMVNEENVATYADSKGVVMYAQATDKEKEAAMDFLKFVYNDDKNDLKFLETTNLIPARDDATENETFTAFFKENPELEVYAANVPYSIPAMDDAKYNDIQQIIGEEAWNPIVRGEKKPTKAWSDMKKAEDGVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from Listeria monocytogenes EGD-e
rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Listeria monocytogenes
molecule keywords Lmo0859 protein
total genus 136
structure length 404
sequence length 404
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA02
4G8MA 4OFJA 3A3UA 4JWYA 1I6BA 3PUVE 5TP9A 3QXMA 1DOTA 2I4BA 2QS4A 2ZMBA 2DQVA 5HM4B 1P1UA 1KWHA 3B7DA 3QIMA 1ANFA 4NTLA 1I69A 1II5A 5I58B 3MWBA 4Q0CA 4X1DA 3TUSA 1Q1KA 1LCFA 1N3WA 1ZMGA 5I58A 3Q28A 1LAGE 3QYTA 4YB7A 4MBPA 2FA7A 1MQHA 3F11A 1EH3A 1SBPA 1B5HA 4F22A 1IITA 1VFEA 5HBCA 3HHGA 4IO3A 1GGGA 2VD3A 3SETA 1Y20A 4FJPA 4BDRA 3U92A 1JVXA 3G3KA 3TTLA 5AA3A 4KCCA 2HZKA 3ILUB 1Y4CA 3KSXA 1CE2A 5IAIA 1MXVA 3EQ1A 1MQIA 3K0VA 5H8FB 4X48A 3W15C 3OENA 3OOAA 2BJJX 3MP8A 1YPNA 1MY2A 3BBRA 3MC2A 3N5LA 4YMBA 4HCYA 3TCHA 5H8FA 4E0WA 3IB1A 3S9MC 3TCGA 5EYFA 1TFAA 3FXQA 4EF1A 3IR1A 2OJTA 3MPKA 5CI5A 3SESA 2B3FA 1MY0A 4R9GA 1H43A 4DXUA 2H99A 4U4SA 4GQOA 4YZZA 1HSEA 1Y1MA 1ZTYA 4NF8A 2I3WA 2F8DA 4ELOA 3THIA 1JEUA 1NMUA 3TAJA 3RY3A 2GHAA 3SEWA 1RYOA 3SEYA 2RCBA 1N04A 4WEDA 4IO7A 3VV5A 1TT1A 4UACA 2Y84A 2QSXA 2GH9A 1NL5A 3MW0A 1BKAA 4WEPA 2GFEA 1LAFE 2QS1A 3SDFA 4MH5A 3M3FA 1PB7A 3TYHA 2H25A 1LFHA 2AL5A 2Y7WA 3PGFA 1IXHA 3K1MA 4GD5A 4H67A 1EZOA 2ZYMA 1JQFA 2ZXTA 1M5DA 5LOMA 4RPOA 3FV1A 4F2OA 3K00A 2VOZA 4ISUA 1B40A 4OMBA 4DE8A 1ZU0A 1WVJA 2UXAA 3OEMA 2Q88A 4QSEA 2R9JA 3AXFA 1MXYA 1SI0A 3IB0A 4R74A 3TODA 1A99A 5DYHA 5AA2B 2ABHA 3FGSA 4G4PA 5DVJA 1IUDA 1MY3A 4WKMA 4JDFA 3TPAA 2ONRA 2O7UA 1UIUA 4JSDA 5AA2A 3MVWA 3C9HA 3FJGA 3K6XA 4JWOA 4F3PA 3R26A 4UA8A 4MLVA 4F31B 3WAEA 2XXHA 3RTWB 3OD7A 3PUWE 3FVNA 3TELA 4MLQA 1MXXA 4FORA 2OCUA 3UA8A 4U2RA 1B58A 2P2AA 1NNPA 2XXQA 5B70A 4L17A 2DVCA 3IJXB 1LFGA 2H5YA 3RUMA 1URDA 2VP1A 1LBBA 3PPOA 1BLFA 4LZ8A 3UP9A 3RLFE 5CMKA 3CIJA 4LQ2A 2A5TA 4KFQA 3O66A 4I8CA 3PPQA 4C1UA 4U23A 4R6YA 2NOOA 5FHOA 5CRYA 4U1OA 4QFLA 4ZDMA 2O69A 2E0SA 1IXGA 3G3IA 1B7ZA 3D4CA 4RYAA 4DDDA 2IEEA 4ZS9A 3KJ7A 1RYXA 2QMXA 3HSTA 1MXUA 3KBRA 2QS2A 4YKKA 4NWCA 4BLAA 4C1TA 2ANJA 2Q2AA 5ITPA 2PT2A 1CB6A 1IQ7A 2I48A 4QFKA 3KN7A 1MDQA 4KI0E 1XVXA 2R71A 2XD3A 4AB5A 3C31A 4LVQA 2OWSA 1US5A 3VDFA 3W9VA 4DCYA 3QUFA 2GHBA 1P1OA 3WAFA 1LAXA 4GXSB 3T66A 3G3HA 3ILTB 1QUIA 3TTKA 1SW4A 2DXRA 3CG3A 3ONMA 1B6HA 3ZSFA 1S9TA 2CMOA 2I0CA 1PB9A 4KPTA 4AB6A 2I6EA 2PMSA 4F3BA 2PYYA 4C0RA 1JEVA 3MVZA 1PEBA 4XXUA 4THIA 5DVFA 4YKPA 1QUKA 4XTCQ 5HPQA 2P1SA 4QRZA 1US4A 1LSTA 1TXFA 3B6TA 3C33A 1SDXA 4RK2A 3UORA 2GRVA 2RC7A 2H9BA 2UVGA 4IY6A 1MS7A 3SERA 4TOZA 1B0HA 1B5JA 2O7IA 3TQLA 3UIFA 4BDMA 1UTBA 2P0SA 3KZGA 3Q29A 2I3VA 3R6UA 5I57B 2Z23A 2AL4A 2F97A 3MBPA 4DLDA 4OESA 2F6GA 3CSGA 5BWJA 1P1NA 2NVUB 1JW1A 4PE5B 3N94A 4Q30B 3MAMA 1SD3A 4F2QA 2Y7RA 2I58A 1FTLA 4EQ9A 1ZLQA 5BUUA 1XS5A 1P99A 1AL3A 2XXIA 3H06B 1UIVA 2THIA 1DPPA 4ELPA 2XXWA 1P1QA 4KYSA 3OSQA 5CC2A 3R7XA 2ALUA 3T9UA 1B9JA 2Z8EA 4M1VA 3W9WA 3BFTA 1MQJA 1H44A 3O9PA 1B46A 4LATA 3T9XB 1B4HA 1O63A 4Q8RA 5KCJA 1A55A 3VE1B 4QSDA 2XXTA 4RPNA 3MP6A 2ONSA 4ZZAA 3LSXA 4Z0IA 4NMYA 3PD8A 3U1OA 4YMAA 1LCTA 4P11A 1TWYA 1Y3PA 2F35A 4QFPA 1IEJA 3HHFA 2XHDA 1VSOA 1SQYA 3SEUA 3K2DA 3S4UA 4HW8A 2HZLA 2M8CA 2VGQA 4FEBA 5J1DA 4F1UA 1N0TA 1OMPA 1B05A 2O1MA 2D5WA 3T9HB 4Z7EA 3IOTA 1F9BA 5AA1A 5JK4A 2PT1A 3CFXA 3O6HA 1B52A 3MQ9A 3S2VA 2O68A 1SW1A 2RCAA 1Y9UA 4NF8B 1MQGA 4N07A 4LZ7A 3T9VA 4QHQA 4O3CA 5EHMA 1YTVA 2NUVA 5AA4B 3U93A 4H6DA 4NEDA 2O1LA 2HQ0A 3Q25A 1MPCA 2XXXA 1D3KA 1LB8A 2XXVA 2UVHA 3O28A 3S9NC 5AA4A 2D21A 2Q2CA 3FJMA 3MZ9A 4GVOA 4N13A 2R6GE 3TZAA 3VVEA 3FVOA 3IOVA 3DLNA 5CMBA 2Q8JA 3DP4A 1TFDA 3LC8A 5EHSA 4GRKA 4X1BA 3M8UA 3O6IA 3C4MA 2FNCA 4GXAA 3TKDA 1J1NA 2DYXA 3EHSA 3MZBA 3KN3A 2AYSA 4XKNA 3E3KA 1MH3A 1FW0A 1P1WA 3C32A 2OBGA 4KYDA 5ICTA 4RK9A 3S9LC 3K6WA 4G68C 1JW5A 2Y7IA 4OXVA 4GF8A 4M4GA 4I9DA 3FUZA 3QAXA 5DT6A 5FTIA 3H6VA 1OLCA 1Q35A 3I5OA 5AE4A 1MY1A 4U4XA 4XIGQ 2XXPA 3TFLA 5FHMA 3IX1A 3K6VA 1PDAA 4JB7A 2I4CA 4JXIA 3CG1A 1VR5A 2OZZA 4ZEFA 2Q9TA 2I49A 1LLSA 1D9YA 5ITOA 1M5BA 4H1XA 3UN6A 2B3BA 1IIWA 2V93A 4F19A 3RGYA 1A8FA 3VLWA 5L9SA 2OK2A 4R2FA 4ZEBA 3L6GA 1R1NA 2DWAA 2YPNA 3V8XB 3O2AA 4PFYA 4H8IA 4G77A 2UVIA 4BDLA 1FQCA 4N6PA 2DWIA 4ZECA 5ICQA 1B7UA 1OQGA 4E0XA 1Z7ME 1A54A 3ZKLA 1LBCA 1JETA 2XXUA 3PD9A 2A5TB 2RF1A 2V3QA 4FE8A 3CFZA 4GWOA 4WXJA 3RTFB 4YB6A 1B3HA 1DMBA 3N6TA 4R6HA 4DXBA 1WDNA 3ECRA 1UTHB 3ZKKA 3K1PA 1B1XA 5FTHA 5H8NA 5L9OA 1UTHA 4Q5TA 2XD2A 3TTMA 1M5FA 4R6KA 2XX7A 3PU5A 3PMVA 5F7VA 4EQ7A 3GBBA 3HPIA 4IGRA 4LZ5A 3KOTA 1OIBA 3IO6A 3GBAA 1Y3QA 1HSLA 2RC8A 2YLNA 3EF7A 3HCQA 3GXAA 3FASA 3H6WA 4NF4B 1A8EA 2RKMA 1SW2A 2OLBA 1B3GA 3CSBA 4PETA 3VXCA 3BFUA 3B6WA 4NF4A 3VLVA 4NF5B 2D3IA 3I3VA 3HN0A 3Q27A 1MXZA 4ONYA 4IO2A 1OVBA 4NF5A 3FD3A 4IO6A 3E13X 3VVFA 2AIXA 5TU0A 1SVXB 1O7TA 2F34A 2Z8FA 1PBQA 4O3BA 4RXLA 1R6ZA 4XKRA 4ZEKA 1MG1A 2PX1A 3Q26A 1L5TA 3OELA 4H5FA 3OXNA 2RC9A 2DE2A 5H8QB 1N7XA 1FQAA 3TEPA 2ZNSA 1MQDA 3RPWA 3HO7A 4FEDA 1S50A 1FCKA 1MM6A 4EQBA 2QPQA 3KFMA 4OTEA 5H8QA 1Y4TA 1T0KA 2Y7KA 4ELRA 4PP0A 2UYFA 3KSJA 5CBSA 4LONB 1USYE 3IL1B 3PPNA 1OVTA 1LAHE 3M3KA 3KG2A 2REJA 1XT8A 3LSWA 4G2ZA 3O97A 4POXA 2ESNA 4LUBA 1UTBB 3JZJA 3L6HA 5I56B 2IA4A 4IO5A 3HV1A 3GZGA 1EU8A 1GVCA 2DSFA 2I0BA 1A40A 4F1YA 5JTYB 1ZIUA 5I56A 3RQTA 2Z8DA 1B0LA 1XOCA 1ELJA 2DXYA 3FATA 1QKBA 1NH8A 4XKPA 5JTYA 3OO8A 2H98A 3PPRA 4HTGA 1OQHA 1O64A 1DTZA 4FIMA 4RA1A 4F29A 5ISUA 4QFNA 3C36A 2UVJA 3N6UA 4OETA 3K1NA 3T93B 2X7QA 1URSA 1MPDA 3PMWA 1S7YA 1MDP1 1PC3A 4PFUA 3IJOB 1FTKA 2V3UA 4K3FA 5F1QA 1NNKA 2HAUA 4GLIA 4JSOA 1MPBA 3H4ZA 2DP8A 4OWDA 3FVGA 1R9QA 2HXWA 2Z22A 4YICA 4RY1A 3DM0A 1M5EA 3U94A 3TCFA 2QS3A 3DP6A 1QKAA 3JYRA 5KCJB 3OO6A 2Q89A 1GV8A 1XC1A 5B7DA 1QW0A 4F18A 3N26A 2CZLA 3TTNA 3EHTA 2X7PA 4KQPA 1LFIA 3TDJA 4EF2A 3FZVA 3TMGA 5K2YA 3LBSA 3SEXA 1JVYA 1N7WA 4IO4A 4OEUA 2UYEA 4I62A 4F1VA 3TTRA 3E4RA 2O51A 1IXIA 2Y7PA 3G3JA 5IKBA 3T96B 3RN8A 1M5CA 1POY1 2QRYA 4GIZA 3LR1A 1PB8A 3FXRA 1DPEA 1LB9A 1WODA 1D4NA 3EPEA 4ND9A 4OYVA 3IO4A 2DWHA 4OENA 2HAVA 4AQ4A 3VXBA 4DCXA 3E9XA 3CI8A 3G3FA 1AIVA 4EUOA 4OFOA 2HEUA 3LUYA 4LQ5A 1GTKA 3PUXE 4OZ9A 3IB2A 4ZEIA 1FTMA 1HSJA 4YU0A 3KEIA 3EHUA 4NWDA 4BDNA 2DS9A 5L8DA 2RINA 5M2VA 2NXOA 2NWJA 1XVYA 1DSNA 4EXKA 3OO9A 4H65A 1SI1A 2HFBA 1H45A 2VD2A 4RNSA 1ATGA 1R9LA 3IAZA 3ZS6A 3CVGA 3I6VA 4H0WA 4R75A 3D4GA 1B1HA 4PFTA 3KOSA 3P7IA 3FIRA 1B51A 3MJNA 3U72A 3MZ1A 1LGBC 4QFOA 1QJMA 1POTA 1AMFA 1XHYA 3JV9A 1JNFA 3VLUA 3H03A 4POWA 2PBWA 4ESXA 4G8NA 3FVKA 1QVSA 4KCDA 2ZYKA 1NNFA 1MXWA 3G7WA 5I59B 2DWJA 1DTGA 1USYH 5CM6A 5KDTB 3KN8A 4LP2B 2DE3A 5I59A 1BP5A 5DEXB 1QUJA 3RT8A 3DELB 1FTJA 5KDTA 4H5GA 3MPLA 4LA9A 2QMWA 5DEXA 1OLAA 4R2BA 3MP1A 1NNTA 2F7AA 4OFLA 5CBRA 1MRPA 5AA2D 4MFIA 1ZBMA 2QL3A 4U22A 4JBZA 2A5SA 4MF3A 4DZ1A 2ZYNA 3IOUA 2F7CA 4FAJA 5I84A 4ZE9A 1B2HA 1N76A 4R9FA 4HCWA 4O3AA 4OEVA 3SEVA 5K2XA 4OHNA 2XXRA 4ZE8A 4OERA 4OQOA 4I1DA 1B7HA 4X9TA 4F39A 3OO7A 3OSRA 4TLMB 2G93A 1VE4A 1B4ZA 3KJTA 3VVDA 3FV2A 5FHNA 2E1SA 1Y1ZA 1YAEA 3PPPA 1FQEA 2LAOA 1PBPA 4BDOA 2PVUA 1ZJLA 1H76A 3ODBA 4TLLB 4GL0A 5I2KB 4RJZA 5L9MA 1B3EA 3TQWA 4R73A 3V5AA 5I2KA 4FATA 1IXCA 5H8NB 1MY4A 4IB2A 3S9EA 3LSLA 4ESWA 4G68B 3UK4A 2V84A 4TQUQ 3LSFB 4KD5A 4IY5A 1B3LA 2F36A 4G68A 4NE4A 3OMBA 1B5IA 2ZNTA 1ZKBA 1NH7A 5A5XB 2YJPA 3H6UA 2ONKE 5I2NB 2F6PA 3MUQA 1GR2A 2B65A 5A5XA 3A3CA 3CFLA 5I2NA 5TPAB 1URGA 1SYHA 5CMCA 1UQWA 3G3GA 4PQJA 3EN3A 5TPAA 2DOJA 1MM7A 1I6AA 1I6QA 2XXYA 4BDQA 4IGTA 1JW4A 5CMMA 2V25A 4U1ZA 3M3LA 2XX8A 4GFRA 4QF9A 3KGCA 1VFDA 1SYIA 4ELQA 2DE4A 1EZPA 3T22A 1D9VA 4F3SA 4GOTA 4YKIA 2F78A 4ZZEA 3RNNA 3QSLA 3FJ7A 3H7MA 2VHAA 3V89B 2ZNUA 4KYEA 3MVXA 4P0GA 3H6TA 3DP8A 4YKJA 2F7BA 3QUJA 2O84X 4EXLA 3CRBA 1YCJA 5ELVA 3K6UA 4ZEDA 1FQDA 3CR9A 3C34A 2V3TA 3SKPA 1BIYA 1EZ9A 1B3FA 4DIGA 3RT6B 2ZYOA 1N84A 2OWTA 1NFTA 2HCAA 4YB5A 2O6AA 2WKYA 4G8HA 1RKMA 2DVZA 3A09A 3K02A 2KLFA 3PUZE 4U21A 4FECA 3K01A 1Y3NA 4YAHX 5DTBA 4KHZE 3VFJA 2H4IA 1AH5A 3FXUA 3PV0E 3U8QA 3K4UA 1MH4A 1A7LA 4JWXA 3UGWA 4EDPA 3PUYE 5DVIA 5KZTA 1QULA 4OVJA 5H8HB 4R72A 1FQFA 3IORA 1SW5A 2F5XA 1NKXA 4P0IA 4PFWA 1B32A 1IZ1A 4HS7A 1N3XA 3MVYA 2X26A 2XX9A 3H3GA 5H8SA 1H3DA 3C35A 5H8HA 1FTOA 4ECFA 4GL8A 3B6QA 3GLBA 5JEIA 3USDA 4DXCA 3BKIB 4XKQA 1Z7NE 4KR5A 4NF6B 2REGA 5I57A 1BTJA 3OEKA 4F3GA 3QK6A 3V83A 1FQBA 2FYIA 3IK6B 2W7YA 4H8JA 4NF6A 4QSCA 3IOWA 1AOVA 2G29A 3PMXA 5TP9B 3O29A 2QJEA 3O6GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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