4GQOA

2.1 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from listeria monocytogenes egd-e
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
KTKVTFWAAPNPTQVKYWDEMAKAYEKENPDVTIEVSQMKESPSSEATIQSAIASKTAPTMSENINRSFAAQLADSKAIVPLNDVKGLDDVVKERNMSETMDSWKFSDGNQYVLPVYSNPILFAWRLDTLKELGYDAPPKTYSEALEVGKKLKAKYPDKVLWAKGDLSDPTAWMRWFDFFPLYDAASKGNAFVEDGKLVADDKAGTELLTFMSELQKNKLLLASKATDPFETGTSIMADNGPWTFPNWDEKFPELKYNENYAITAPLVPDSMVNEENVATYADSKGVVMYAQATDKEKEAAMDFLKFVYNDDKNDLKFLETTNLIPARDDATENETFTAFFKENPELEVYAANVPYSIPAMDDAKYNDIQQIIGEEAWNPIVRGEKKPTKAWSDMKKAEDGVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Unknown function
molecule keywords Lmo0859 protein
publication title 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from Listeria monocytogenes EGD-e
rcsb
source organism Listeria monocytogenes
total genus 136
structure length 404
sequence length 404
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA02
1FTKA 3PPQA 4R6KA 2P0SA 2D21A 4KQPA 4QFOA 3JZJA 3VLUA 4ISUA 4OENA 1SD3A 2QMWA 3K01A 3FASA 1S50A 3MVWA 3QSLA 3LUYA 4F19A 3TPAA 2Z22A 1WDNA 1JVXA 3T96B 1MY0A 4BDLA 5ICQA 1R6ZA 3SEUA 2XHDA 2Z8FA 3ILUB 1USYH 3QXMA 4QFNA 2QSXA 1R1NA 4KYDA 4YKPA 4F2QA 3FJ7A 4RPNA 1JW1A 4QFLA 3QYTA 1A8EA 3OXNA 3SEYA 2XXYA 1H45A 1MG1A 2NOOA 3FVOA 3ILTB 1NNKA 1B58A 4NF4A 3DLNA 2BJJX 2AL5A 5I58A 5DYHA 3K4UA 2PT2A 4PFTA 3EF7A 4PFWA 3FVNA 3PUZE 4ZEFA 1MQJA 3N6UA 1M5DA 3I3VA 1UTBA 1B3LA 1NNPA 3B7DA 1FQAA 3O2AA 3ONMA 1QJMA 4IO5A 4FEDA 1RYOA 2QRYA 3KOSA 2P1SA 3IOTA 3M3FA 2HZLA 4QSCA 4P0GA 2I4CA 3PD9A 4RYAA 4IO4A 3IOVA 5FTIA 4LA9A 4U1OA 5EHSA 3H06B 2QS2A 3M3KA 4KYSA 4R75A 3T93B 2QPQA 3G3FA 4KCDA 3T9VA 4GL0A 4BLAA 1LBCA 3EHTA 4GWOA 1Q1KA 1TT1A 5HBCA 4EUOA 1Y20A 3C34A 4GXAA 4OFLA 5ITOA 1D9YA 2XXIA 3O66A 1B9JA 3CI8A 2DXYA 2HXWA 3PPNA 3C9HA 1SVXB 1LGBC 4I62A 1I6BA 3MP1A 4F2OA 4ELQA 3O6GA 1ZMGA 1HSLA 4OFJA 5K2YA 2PVUA 1B40A 2F97A 4H8JA 1Y3QA 1BLFA 1SYIA 4BDNA 2XX8A 3VE1B 2RINA 3I5OA 3MVXA 1N7XA 2Y7WA 1FQFA 1N0TA 5EHMA 3KOTA 5F7VA 3OO8A 3SEWA 3KBRA 4NTLA 3V89B 3KSJA 3Q27A 3PD8A 1AOVA 2RC8A 1FQEA 5H8HB 5TPAA 2X7PA 2HAVA 5TU0A 3VVFA 1MXUA 2I6EA 4DXCA 1JW4A 3RTFB 4OTEA 3CFLA 3SEVA 1VR5A 2AL4A 2Z8EA 4FORA 4KFQA 1B5HA 3R7XA 3VDFA 2ZNSA 1MM7A 4Q5TA 1Y1MA 2CZLA 1QULA 2W7YA 2DOJA 3UP9A 3FVKA 5JTYB 3C35A 4OZ9A 5DVJA 2Q8JA 1UQWA 3RY3A 1VSOA 5KDTA 4NF6A 4ZEIA 5L8DA 4TQUQ 5CMBA 1MQHA 3DP6A 3OEKA 3E13X 4IO2A 4IO3A 1OLAA 4F31B 4C1TA 3S9LC 2OLBA 3H6UA 3BFTA 2YJPA 4X48A 1BIYA 3JYRA 2Q9TA 5I84A 3AXFA 5CI5A 1D9VA 1DOTA 3UGWA 3PMWA 2V3TA 4G68A 1IXGA 4ESXA 4HW8A 1TFDA 4QSEA 4DXBA 4M1VA 3HV1A 3TDJA 1URSA 1NH7A 4JSDA 4MF3A 3O6IA 2F7AA 1Y3NA 5BWJA 3UIFA 5I2KA 5I59A 1B51A 1FW0A 4O3CA 4OHNA 2FNCA 3TCHA 2GRVA 1ATGA 4EDPA 3T9UA 4XKNA 1USYE 1MQGA 3VLVA 3T66A 2XXQA 3H4ZA 3K0VA 4KCCA 4THIA 3T22A 1B3GA 3TMGA 2M8CA 4LUBA 3DM0A 4TLLB 5A5XA 1OQHA 1PB8A 2ZYMA 3MPKA 1GTKA 4OXVA 2Q2CA 4F3BA 2E0SA 1SBPA 4R72A 4NEDA 1FQBA 3FV1A 4OVJA 3KN8A 1LAHE 3L6HA 1QKBA 3E4RA 3TCFA 4NF4B 2F78A 3SESA 5H8QA 5H8NA 3QUJA 5H8HA 5I58B 1B4HA 3PPOA 2Z23A 4GOTA 2XX9A 4YZZA 4BDMA 3HCQA 4GVOA 2OBGA 4EXKA 2XXTA 4LZ5A 4ESWA 2F5XA 3PUWE 3ZKLA 4DCYA 3RNNA 2FYIA 4YB5A 3GLBA 3IB0A 3LBSA 3H6TA 1JW5A 2V3UA 1HSEA 4LVQA 2DQVA 4F1YA 2H5YA 4ELRA 5EYFA 2DE3A 2UXAA 3H7MA 2A5SA 4Q30B 2REJA 3MQ9A 2G93A 3PUYE 3K1PA 4RY1A 2HAUA 2DP8A 1LCFA 3K1MA 4DDDA 2RKMA 1II5A 3FVGA 2VD2A 1XVXA 4G77A 4IO6A 3BFUA 3OENA 1P1OA 4OYVA 4QHQA 2G29A 2A5TA 2I0CA 5J1DA 4L17A 3L6GA 1CE2A 3EHUA 2FA7A 1H44A 4NF5A 1IXCA 2E1SA 4DLDA 4H0WA 3G3JA 1DPEA 4R2BA 5DT6A 1B7HA 3D4GA 1PB9A 4Z7EA 3KGCA 3K6XA 3EHSA 3RT6B 3USDA 1EZPA 2D3IA 3A09A 4QF9A 2PMSA 2O68A 2XXRA 4FECA 1AL3A 1TXFA 1N3WA 1US5A 2F34A 5JK4A 4YB6A 3RGYA 4R74A 4POWA 4AQ4A 1Y4CA 1GV8A 4N6PA 5CM6A 3TKDA 4NWCA 3S9EA 4C0RA 5TPAB 4R9FA 1UTHA 5ICTA 2AYSA 3GZGA 3CFXA 4DCXA 2Y7RA 4ONYA 5L9MA 1MH3A 4GF8A 2P2AA 2V25A 1POTA 4PETA 3H03A 3CG1A 3C31A 1Y3PA 3VVDA 4XTCQ 1SQYA 1AH5A 2I3VA 4G68C 4ZS9A 2O6AA 4F1UA 3TODA 4EF1A 2F36A 1LAFE 1PDAA 4PE5B 3MVYA 3LC8A 4GL8A 1B32A 1FTJA 1KWHA 1FQDA 5KDTB 4F29A 1OVBA 1LFGA 4NF6B 4P11A 1IZ1A 4KD5A 5FHOA 3W9WA 3R26A 2ESNA 1B4ZA 4RK2A 2I48A 5TP9A 1YTVA 1DSNA 2VHAA 1ZLQA 3RQTA 5HM4B 3FZVA 4RNSA 1M5BA 1LFHA 3Q28A 4N13A 2NVUB 3ECRA 3IOUA 1NNTA 3HPIA 2Y7KA 2O7IA 3PMXA 4OWDA 3TTRA 1SW2A 3IO6A 3TAJA 2RCAA 3FIRA 1B2HA 4DXUA 3FATA 3G3IA 3OO6A 3IX1A 4EXLA 4G8NA 4G68B 3RUMA 3HN0A 3MZBA 5FHMA 1L5TA 3VXCA 2CMOA 4R6YA 1GVCA 4G8HA 1B3EA 2UYEA 5I2KB 3TQWA 4R9GA 5I59B 3HHGA 4ZECA 3EN3A 5IKBA 2F35A 4GRKA 2I3WA 1EU8A 2NXOA 4H67A 3LSWA 1NMUA 2Y7IA 3CR9A 3O28A 4YICA 3OO9A 3MBPA 1NFTA 2OWTA 3PUVE 4XIGQ 3SDFA 3IJOB 3DP4A 3B6WA 5A5XB 3G3GA 3TZAA 3B6TA 4ELPA 2D5WA 1XOCA 4WEPA 2PBWA 3U94A 1IUDA 3WAEA 1ANFA 3OMBA 5FTHA 2O1MA 3N6TA 3ODBA 5I56A 3K02A 1SW4A 3KEIA 2ZNTA 1DMBA 4UA8A 2ZYNA 1MY3A 5H8QB 3KSXA 5H8NB 2OK2A 3PV0E 1B3FA 2X26A 3FD3A 2LAOA 3PMVA 2O51A 2DE4A 1A8FA 2YLNA 5H8SA 3M3LA 2THIA 1OLCA 2O1LA 1Q35A 5CMMA 4GLIA 3QK6A 1BKAA 4U23A 3G7WA 2DWAA 3S9MC 2UYFA 1FTLA 1YAEA 4NF8A 1PB7A 1B6HA 2DWJA 4NMYA 5ISUA 4TLMB 4FJPA 1B0HA 3GXAA 1PBPA 1R9QA 2F6PA 1IIWA 4R6HA 4P0IA 3K6UA 1A7LA 3CRBA 3O9PA 3LSFB 4U21A 2DWHA 4ZDMA 1JVYA 3A3UA 4IY6A 3U72A 1UIUA 4F1VA 4MFIA 2A5TB 1DTGA 4ZEDA 4LZ7A 2RC7A 1WODA 5ELVA 1YPNA 1P1WA 2ONRA 4NF5B 3VVEA 4PFUA 3TELA 3FXUA 3FXQA 3DELB 1H3DA 5CBRA 1OVTA 3C36A 1VE4A 4LP2B 2NUVA 2YPNA 4OFOA 4OQOA 5KCJA 2GFEA 1GR2A 3OSRA 2I49A 1LBBA 2XXUA 1N04A 4H5GA 3VFJA 1ELJA 2XD3A 3Q29A 3IO4A 4IGTA 2OWSA 4QRZA 4Q8RA 2Y84A 1FTOA 1URGA 2Q88A 1QKAA 2XXWA 2HEUA 1UTHB 1DPPA 2ONKE 2VOZA 2X7QA 1N76A 3DP8A 3IB1A 4GQOA 4OEVA 3RN8A 2VP1A 3MP8A 3PUXE 3GBAA 3FV2A 4DE8A 3QAXA 2UVIA 5CC2A 4H1XA 2XD2A 1QW0A 1MPCA 5DEXA 4KYEA 4Q0CA 1B3HA 3U93A 4BDQA 2F7CA 2DSFA 1YCJA 1Y1ZA 3LSLA 3ZSFA 2DE2A 1LCTA 3TYHA 4IY5A 1P1QA 2F7BA 3SETA 2QMXA 3I6VA 1XS5A 2UVGA 1MPDA 4KPTA 2F8DA 4XKPA 3HSTA 5TP9B 1VFDA 3IJXB 3TTKA 1LSTA 4R73A 3K6VA 4G2ZA 3OO7A 3C4MA 2UVHA 4F22A 2RC9A 1P99A 1D3KA 1I69A 1O64A 3SKPA 1MY2A 4OESA 2XX7A 4JWYA 4AB5A 4ND9A 4PFYA 3VLWA 1LAXA 5I2NB 5AA2D 3IK6B 4XKQA 4X1DA 1IITA 2H98A 2DXRA 3GBBA 1MH4A 5AA4A 1D4NA 4BDOA 4U22A 3FUZA 4ZZEA 1MXVA 3TTNA 4YMBA 3U1OA 3TFLA 1Z7ME 4H6DA 3TUSA 1ZIUA 3IR1A 1QUIA 3HHFA 1SDXA 5L9OA 1FTMA 2DVCA 4H65A 4RXLA 2DYXA 1JQFA 1OMPA 1LB8A 1TWYA 4KI0E 1QUKA 2DWIA 2O84X 1FQCA 2O7UA 2QS3A 4C1UA 2O69A 1B0LA 4UACA 4U4XA 3G3HA 3PPPA 4YKKA 1SYHA 3KJ7A 2RF1A 3Q26A 3T9XB 3SERA 3H3GA 3C32A 4M4GA 4OERA 4O3AA 3TTMA 3W15C 3OD7A 4Z0IA 5I56B 1T0KA 3RT8A 1B52A 3TCGA 1MY1A 4OEUA 4FEBA 2QL3A 3MZ9A 3V8XB 4U1ZA 5CMCA 4POXA 3IOWA 3B6QA 3S2VA 3KG2A 1HSJA 4X1BA 1B7UA 4NF8B 1B46A 1MXWA 1QVSA 4JSOA 5H8FA 3V83A 1AIVA 1NKXA 3IL1B 3IB2A 1XVYA 5AA1A 1ZBMA 3MW0A 3VXBA 5AA3A 1ZJLA 5K2XA 5AA2A 4MBPA 3RTWB 1XT8A 1ZU0A 5ITPA 1MDQA 1A54A 2QJEA 3E9XA 1ZKBA 4BDRA 1S7YA 5I57A 2Y7PA 2XXPA 4MH5A 3R6UA 4F3SA 4K3FA 1MDP1 3W9VA 3UORA 3C33A 4GD5A 5M2VA 3CG3A 4IGRA 4LZ8A 4FATA 5I2NA 1IXHA 2IEEA 2H4IA 4WEDA 1LB9A 2VD3A 5KZTA 5KCJB 2HFBA 3OOAA 1MPBA 1MQDA 1Y9UA 2OCUA 4F18A 3ZS6A 2F6GA 5CMKA 4IB2A 4QSDA 4MLQA 3BBRA 4JWXA 1B5JA 3LR1A 3O6HA 4GIZA 4KR5A 1CB6A 3FXRA 3N5LA 3S9NC 3H6WA 2I58A 4LATA 2GH9A 4I8CA 3KN7A 3MAMA 4PP0A 3KZGA 5CRYA 4ZEKA 3UN6A 1JNFA 5L9SA 1Y4TA 4LQ2A 4EQBA 4WXJA 3O29A 3LSXA 5DEXB 4RK9A 4ZE8A 4EF2A 1IEJA 1O63A 5DVFA 3PPRA 2QS4A 1LLSA 3U92A 4NE4A 3OELA 4GXSB 1H43A 3ZKKA 5BUUA 2Z8DA 2REGA 1N7WA 1H76A 4F3GA 3QUFA 3MP6A 2ZYKA 3Q25A 3TTLA 1IXIA 2XXHA 3CSGA 3K00A 4AB6A 4EQ7A 1IQ7A 3U8QA 3UA8A 1URDA 3PGFA 2ZXTA 1B7ZA 3PU5A 1DTZA 3OSQA 1B5IA 4KHZE 1NH8A 2PX1A 4TOZA 1A55A 1J1NA 3S4UA 4ELOA 4YKIA 1M5CA 2OZZA 2ZMBA 3MUQA 3KFMA 1OQGA 1SI1A 2QS1A 1MXXA 2H9BA 5AA4B 2ANJA 3V5AA 3KJTA 1PC3A 3D4CA 5FHNA 3EPEA 3N94A 4X9TA 4LQ5A 1RYXA 1F9BA 4R2FA 4PQJA 1MM6A 3E3KA 3EQ1A 2R71A 3FGSA 2B3FA 2Q89A 1VFEA 3G3KA 4JBZA 1JETA 4F3PA 5LOMA 2WKYA 1N3XA 2DVZA 2HCAA 1OIBA 1MQIA 3FJGA 2ABHA 1A99A 2B3BA 4MLVA 2ZYOA 3TQLA 3MZ1A 2RCBA 1B1XA 1MXZA 2VGQA 3H6VA 1XC1A 4ZZAA 3K6WA 3CVGA 4O3BA 4G8MA 4JWOA 3T9HB 1LFIA 4JB7A 1SW5A 5B7DA 1FCKA 2ONSA 2R6GE 2IA4A 4DIGA 3MC2A 1LAGE 1O7TA 1XHYA 2V93A 1POY1 3K1NA 3KN3A 3BKIB 3IAZA 1ZTYA 3HO7A 4HS7A 1R9LA 2I0BA 3K2DA 1SW1A 2HQ0A 2GHAA 4EQ9A 3P7IA 3MWBA 1TFAA 1B05A 2ZNUA 2NWJA 5H8FB 2PYYA 1BP5A 3IORA 4OETA 4JDFA 3UK4A 2I4BA 3F11A 3MJNA 4ZEBA 4H5FA 3RPWA 4HCYA 3MVZA 5AA2B 2DS9A 2PT1A 3VV5A 1M5EA 5I57B 4FE8A 4I9DA 3CSBA 4RA1A 2KLFA 4XXUA 2UVJA 4YAHX 1S9TA 1I6QA 1SI0A 1WVJA 4FIMA 4ECFA 3JV9A 4G4PA 5DVIA 4I1DA 4JXIA 4U2RA 4QFPA 5IAIA 4RPOA 1PBQA 4YMAA 1BTJA 1P1UA 4F39A 4IO7A 1AMFA 1UTBB 1MS7A 1EZOA 2V3QA 5DTBA 3RLFE 4OMBA 3THIA 1MY4A 1RKMA 1B1HA 5CBSA 2R9JA 3CIJA 4HTGA 1UIVA 3SEXA 5B70A 1N84A 3A3CA 3M8UA 5JTYA 4QFKA 5AE4A 4ZE9A 1MXYA 1M5FA 2V84A 3MPLA 4YB7A 2XXXA 3OEMA 4DZ1A 4NWDA 1US4A 1NNFA 5F1QA 5HPQA 3FJMA 4HCWA 2H99A 4XKRA 4E0XA 4LONB 4FAJA 1A40A 1JEUA 1NL5A 3N26A 1P1NA 2HZKA 4YU0A 2Q2AA 3CFZA 4WKMA 4YKJA 1QUJA 4E0WA 1I6AA 3O97A 3QIMA 4GFRA 2XXVA 1Z7NE 4N07A 2GHBA 3WAFA 4U4SA 2H25A 1MRPA 1GGGA 4H8IA 5JEIA 1EH3A 2B65A 2AIXA 4RJZA 1JEVA 2OJTA 1EZ9A 2ALUA 1PEBA 3TEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FTKA 3PPQA 4N15A 2P0SA 4R6KA 2D21A 4KQPA 4QFOA 3JZJA 1IMDA 3VLUA 4ISUA 5ET8A 4OENA 4MAGA 1SD3A 2QMWA 2L5VA 3K01A 3FASA 2CEYA 1NUZA 1S50A 4P1EA 3MVWA 3QSLA 3LUYA 4F19A 3TPAA 2Z22A 1WDNA 4O8MA 1JVXA 3T96B 1MY0A 4BDLA 5ICQA 1R6ZA 3SEUA 2XHDA 2Z8FA 3ILUB 1USYH 3QXMA 4QFNA 2QSXA 4PE3A 1R1NA 4KYDA 4YKPA 3FXBA 4HE0A 4F2QA 3FJ7A 3E79A 4RPNA 1JW1A 4QFLA 3QYTA 1A8EA 3OXNA 3SEYA 2XXYA 1H45A 1MG1A 2NOOA 3FVOA 3ILTB 1NNKA 1B58A 4NF4A 3DLNA 2BJJX 2AL5A 5I58A 5DYHA 3K4UA 2PT2A 4PFTA 3EF7A 4PFWA 3FVNA 3PUZE 4ZEFA 1MQJA 3N6UA 1M5DA 4NF0A 3I3VA 3HFUA 1UTBA 1B3LA 1NNPA 3B7DA 1FQAA 3O2AA 1FPKA 1QJMA 3ONMA 5I7IA 4IO5A 4FEDA 1RYOA 2QRYA 3KOSA 2P1SA 1FPBA 4OVRA 3IOTA 3M3FA 2HZLA 4QSCA 4P0GA 2I4CA 1D9QA 3PD9A 4RYAA 4IO4A 3IOVA 5FTIA 1LBVA 4LA9A 4GBWA 4U1OA 5EHSA 3H06B 2QS2A 3M3KA 4KYSA 4R75A 3T93B 2QPQA 3G3FA 4KCDA 3T9VA 4GL0A 1NV4A 2R8TA 1LBCA 3EHTA 4BLAA 4GWOA 1Q1KA 1TT1A 5HBCA 4EUOA 1Y20A 3C34A 4GXAA 4OFLA 5ITOA 1D9YA 5DW8A 2XXIA 3O66A 1B9JA 4MHFA 3CI8A 2DXYA 4NHBA 2HXWA 3PPNA 4IR8A 4PAFA 3C9HA 1SVXB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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