4GQOA

2.1 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from listeria monocytogenes egd-e
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
KTKVTFWAAPNPTQVKYWDEMAKAYEKENPDVTIEVSQMKESPSSEATIQSAIASKTAPTMSENINRSFAAQLADSKAIVPLNDVKGLDDVVKERNMSETMDSWKFSDGNQYVLPVYSNPILFAWRLDTLKELGYDAPPKTYSEALEVGKKLKAKYPDKVLWAKGDLSDPTAWMRWFDFFPLYDAASKGNAFVEDGKLVADDKAGTELLTFMSELQKNKLLLASKATDPFETGTSIMADNGPWTFPNWDEKFPELKYNENYAITAPLVPDSMVNEENVATYADSKGVVMYAQATDKEKEAAMDFLKFVYNDDKNDLKFLETTNLIPARDDATENETFTAFFKENPELEVYAANVPYSIPAMDDAKYNDIQQIIGEEAWNPIVRGEKKPTKAWSDMKKAEDGVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from Listeria monocytogenes EGD-e
rcsb
molecule keywords Lmo0859 protein
molecule tags Unknown function
source organism Listeria monocytogenes
total genus 136
structure length 404
sequence length 404
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA02
3KSJA 5L9MA 2P2AA 3BFUA 2REGA 3RT8A 2F5XA 1Z7NE 3VXCA 4NF5A 1MQHA 5A5XB 1SI0A 3MAMA 5F7VA 1O64A 1IXHA 3TPAA 1EU8A 3H6UA 2XXPA 3HHGA 4PE5B 1B05A 2DVCA 1M5FA 5K2XA 4RJZA 5BWJA 4IO4A 1UQWA 2I6EA 2IA4A 2Z8FA 5TP9B 3G3KA 1ZJLA 2YPNA 1N0TA 3TAJA 3H6WA 1JW4A 3FJ7A 3FXQA 4NWCA 5EHSA 4R9FA 4F2OA 4KD5A 4FEBA 1O63A 1XT8A 1N7WA 3FASA 4OFLA 5DEXB 5H8HA 3FZVA 3GBAA 1FTMA 2O1LA 2F7BA 3QK6A 4QHQA 1MH3A 1NL5A 2I48A 5EYFA 2QJEA 3SDFA 2I3WA 2O69A 4X1DA 2PT2A 1F9BA 4U4XA 2B65A 3U72A 2LAOA 4TLLB 3GZGA 4HCWA 4EQBA 3RPWA 2F8DA 1M5CA 4NF8A 2OZZA 2X7QA 1P1OA 2B3FA 2D21A 5TPAA 2I0CA 1SI1A 1B0LA 3G3HA 1Y3PA 4YB7A 4QSCA 4OETA 1GTKA 2XXWA 4U22A 1XOCA 3N6UA 2ZYOA 4FATA 1JEVA 1B1XA 3LSLA 2ZNSA 4ELQA 5CMBA 2HFBA 4TLMB 3TZAA 1SW5A 3MPKA 1UTBA 1DOTA 5AA2D 3G3JA 3FD3A 4WEPA 3VV5A 4THIA 3IORA 1MPCA 2ONSA 4YMAA 3TELA 3RTFB 3IOUA 1VFEA 1MY1A 5AA3A 2DP8A 3LSFB 2NUVA 2DYXA 3U92A 2M8CA 3QYTA 4OTEA 2Q88A 3B6QA 1PEBA 3FVGA 2ONRA 3JV9A 2DVZA 3QUJA 1WODA 3H03A 3KJ7A 3ODBA 2DQVA 1B6HA 1MQDA 4F31B 4R6YA 3B6TA 3MVWA 5H8FA 3W15C 4YICA 2OK2A 1DTGA 3EQ1A 1MXYA 1UTHA 2F78A 5HBCA 1BIYA 4NTLA 1B5JA 2F34A 4F3PA 4MH5A 3K4UA 3R7XA 1MXXA 2NOOA 3OO6A 2Y7KA 3G3FA 4OFOA 3Q27A 1MY2A 2I4BA 5ITOA 4JBZA 3MZBA 2XXQA 3FIRA 2V93A 1DTZA 1NH7A 1XVYA 2OWTA 5H8NA 3A3UA 2XHDA 1P99A 5KDTB 4H67A 3IO6A 1B4ZA 4NF5B 3SEYA 3MP8A 4KCDA 2UVGA 1MPDA 2Z8DA 5I2NB 3T9VA 4BDOA 3K1NA 3TCFA 1JW5A 3BKIB 3RGYA 1QUJA 3SERA 2DE3A 2H99A 1P1UA 1JVXA 1QKAA 3IJOB 5DVIA 1UIUA 3E3KA 2AYSA 3PPNA 3E13X 2PT1A 2ESNA 4XTCQ 4H8JA 3L6GA 2GHAA 2QMWA 4ZZEA 4ESXA 3TCHA 4G68B 2RC7A 4WEDA 1OMPA 5TP9A 5H8SA 4IY6A 1NKXA 5ISUA 1USYH 1VSOA 3K1MA 1QULA 2XX7A 1NNPA 3P7IA 4GXAA 4RK9A 3LC8A 1MM6A 4LP2B 1TFAA 5DEXA 3JYRA 4AB5A 4KI0E 2ZNUA 5ICQA 4ISUA 3KN8A 1FQDA 5HPQA 1MDP1 4OQOA 4QFNA 3MP6A 4EUOA 2I3VA 4POXA 4KYDA 4NF8B 1AIVA 1VR5A 1LBCA 1TT1A 4GVOA 1R6ZA 3T9XB 3O6HA 4ZECA 1EZOA 2Y7WA 4H0WA 3TTMA 4TOZA 3KOSA 5DTBA 3USDA 3PUZE 3G7WA 2P0SA 1GR2A 1NMUA 2F97A 4R74A 3KGCA 4GL8A 1NFTA 1TXFA 2XXYA 3KG2A 3S2VA 3K1PA 4ZEIA 2E0SA 3DP4A 4UA8A 2XXIA 5I2KB 2WKYA 4XKPA 3Q25A 1IITA 4U1ZA 3Q29A 2F7CA 4OERA 2DE4A 1HSLA 4FAJA 4KQPA 3MWBA 1O7TA 2F7AA 3K02A 3KJTA 1MRPA 3FVKA 3FXUA 3N6TA 4IO2A 1A99A 4Q0CA 3H4ZA 4YU0A 3VVDA 3RTWB 3C33A 2PYYA 4DDDA 3SKPA 4ZEFA 4NF4A 4GD5A 4XKNA 4O3BA 5H8FB 4JXIA 1IXGA 2ABHA 3TDJA 4P11A 4AQ4A 3C9HA 4YZZA 4QRZA 3TTLA 4GWOA 3K6WA 3IOVA 1UTHB 2FA7A 4RY1A 4XKRA 1B40A 4I9DA 3K01A 2H5YA 1MXVA 1GGGA 1A40A 1SYIA 1B3FA 3OO8A 5L8DA 3H3GA 2RINA 3QAXA 1OQHA 1IXCA 3DLNA 1B3HA 3OELA 5H8NB 1QKBA 4MBPA 4E0WA 1MDQA 4OEUA 3RT6B 1LB8A 4ZE9A 1R9QA 1TFDA 5KDTA 3CG1A 1OQGA 3IR1A 3K0VA 1CB6A 1NNKA 3UA8A 3OO9A 4QFPA 1FTOA 2AL4A 4H8IA 2FYIA 3FUZA 1QUIA 1QW0A 4Q30B 5I2NA 5ELVA 4H5GA 3IB1A 4BDRA 2F6PA 1M5EA 4NWDA 1A55A 2HXWA 4F39A 3KOTA 5ITPA 4EF1A 3KN7A 2VOZA 4N6PA 1SDXA 1FQEA 2GRVA 4PQJA 2QL3A 4G68A 5J1DA 2O68A 3TKDA 5AA2B 1PB9A 4ZZAA 3FJMA 1A8FA 4LZ8A 3B6WA 4F3BA 2OBGA 4H1XA 2A5TB 2UVIA 1DPEA 2PX1A 3A09A 2I4CA 1NH8A 4N07A 3FVNA 3TQWA 1Y4CA 3MJNA 3OD7A 3ILTB 2CMOA 1SD3A 3S9EA 3SESA 1FQFA 4K3FA 3K00A 2P1SA 3SETA 4LUBA 4DXCA 1P1QA 1LB9A 2V84A 3KZGA 1LAHE 1EZPA 2GH9A 3PMVA 1AOVA 3I5OA 4DZ1A 2QS4A 1M5BA 5KZTA 3IAZA 2BJJX 4GXSB 3T9HB 4PFYA 3LBSA 1PB8A 3V89B 3QIMA 1LFIA 3PD9A 3U8QA 2G29A 5B70A 3UN6A 2FNCA 3O28A 4R72A 2XXXA 1LFHA 3G3GA 2HAVA 3PU5A 1SBPA 4KYSA 1A8EA 1B46A 5CMMA 4R6KA 4U4SA 3TCGA 1BTJA 4FE8A 1FTLA 1FCKA 4G8NA 5I2KA 4R75A 3LSWA 1YPNA 3IJXB 4C0RA 3EHSA 2XXTA 4X9TA 3PUXE 4OXVA 3IB0A 2Y84A 3OOAA 4OWDA 4ZEBA 4Q8RA 2QPQA 2DS9A 3OSRA 4QSEA 3IX1A 4NF4B 4R2FA 3HN0A 2DWIA 3CVGA 1B9JA 3MVYA 1PBQA 3MPLA 2R9JA 4NF6A 2Y7RA 1HSEA 4LONB 1MQJA 2OLBA 5CC2A 2RC8A 3G3IA 1SW1A 3UGWA 1MG1A 2HAUA 4MLQA 1JNFA 3N5LA 1Q35A 4DCYA 5BUUA 3GXAA 4GLIA 4BDQA 1D9YA 4YB6A 1B3GA 3CI8A 4POWA 1N7XA 4JSOA 4R73A 2UYFA 5CRYA 3S9NC 4M4GA 4DXUA 2UXAA 3KSXA 4P0GA 1L5TA 4KCCA 2V3UA 4F29A 4FIMA 1ZMGA 4YAHX 4F3GA 4LZ7A 3K6UA 3RY3A 2Q9TA 1RKMA 1OLCA 4GIZA 3HO7A 1Q1KA 1I6BA 3O6GA 2OJTA 5CBRA 3RNNA 1P1WA 3LSXA 4E0XA 1QJMA 2GFEA 3N94A 5IKBA 2V25A 4BDLA 4MF3A 4YKIA 4IGRA 2ZYNA 4GL0A 4YB5A 2E1SA 2D3IA 2QSXA 2OWSA 1XHYA 1PB7A 2O7UA 2HZLA 3FATA 5AA2A 4OYVA 4LATA 1OVBA 5I59A 2R71A 2XX9A 3H7MA 2A5TA 4C1UA 3DP6A 1XS5A 4ECFA 4OHNA 3D4CA 2Y7IA 1NNFA 4YKJA 3TEPA 2AIXA 2F35A 3Q26A 1LGBC 1N84A 1H45A 4HS7A 1KWHA 2UVJA 3V83A 2X26A 1IEJA 1M5DA 3V5AA 1D4NA 4F19A 2GHBA 3FJGA 4R9GA 5CM6A 4EXKA 2PBWA 3C4MA 4G4PA 2QMXA 3FV2A 1B7HA 1JEUA 4EQ9A 4M1VA 5IAIA 2KLFA 2ALUA 1N3WA 4BDNA 2ONKE 5DT6A 3SEVA 4QFLA 4F1UA 3IL1B 5I57A 2PVUA 1SW4A 3EPEA 4OVJA 1UIVA 5H8QA 1VFDA 4ELPA 2RF1A 3VVFA 4JWYA 3RUMA 5KCJB 1I69A 1MS7A 3PPRA 2OCUA 3QUFA 4ZE8A 1AH5A 2O1MA 5DVJA 3MBPA 4LVQA 1POY1 1B58A 3MP1A 4GFRA 1T0KA 4GF8A 3VXBA 1D9VA 1B5HA 2Q2CA 2A5SA 2DWAA 3TTKA 4I8CA 4DCXA 4RPNA 3VE1B 1JQFA 1B1HA 4ZS9A 3THIA 1AL3A 5AA4B 3SEUA 3VLWA 4NF6B 1TWYA 3LUYA 1SYHA 1Y1MA 1Y1ZA 3HV1A 2DWJA 4LQ2A 3HHFA 3PUWE 2XXRA 1ANFA 1P1NA 3W9VA 3IOTA 3TODA 2F36A 4HCYA 5I58B 4O3AA 1DPPA 4X1BA 5JK4A 1H44A 1H3DA 3RN8A 2Z8EA 1YCJA 2DE2A 3KBRA 2H9BA 1ATGA 1N76A 4Q5TA 2DXYA 3B7DA 3OEKA 1MQIA 5FHMA 4MLVA 2HCAA 1DSNA 3S4UA 2X7PA 3IK6B 2QS3A 2V3TA 4GQOA 1WVJA 4YMBA 2QRYA 3CSBA 3ONMA 3PPPA 1S9TA 1B3LA 3ZSFA 3LR1A 3ECRA 3FV1A 5K2YA 4G8MA 1GV8A 3I6VA 4LA9A 3K6XA 2QS1A 4XXUA 3O9PA 1D3KA 4KYEA 1A54A 2AL5A 5FHOA 4P0IA 1DMBA 3KN3A 1EZ9A 2THIA 4G77A 3ZKKA 3MZ9A 3QSLA 3EHTA 5I84A 3OMBA 3EN3A 3N26A 4ELRA 2H25A 3PMXA 2Z23A 2DXRA 2CZLA 1IXIA 3VLVA 5FHNA 4UACA 1MY3A 2ZYKA 4EDPA 5FTHA 4ZEDA 1S50A 2Q2AA 4AB6A 3IOWA 4QF9A 5I59B 1MY4A 2DSFA 3IB2A 2NVUB 3WAEA 4IB2A 2O84X 3RQTA 3CSGA 1BLFA 4R2BA 3PPOA 5M2VA 4G8HA 1XC1A 1B0HA 2RCAA 1RYXA 1B4HA 1FQBA 1FQAA 1Y3QA 2RC9A 2H4IA 3VVEA 1NNTA 1RYOA 4X48A 3T9UA 1B52A 3C36A 3T22A 3MC2A 2ZYMA 3K6VA 4NEDA 3U1OA 5B7DA 4RPOA 4U1OA 4LQ5A 4MFIA 3VFJA 2ZNTA 1FW0A 4GRKA 4L17A 1A7LA 1B2HA 4I1DA 3PUYE 4OMBA 5DYHA 3ILUB 4G2ZA 2DWHA 4HTGA 5I57B 1XVXA 4JDFA 3PUVE 1OLAA 3OO7A 5JEIA 5H8QB 2W7YA 4F18A 1Z7ME 1URGA 1Y20A 2D5WA 3SEWA 1H76A 4JWOA 5KCJA 4O3CA 1IZ1A 3OXNA 1LAFE 2VGQA 5JTYA 1OVTA 5CI5A 1FTKA 3UIFA 1US4A 5DVFA 1IIWA 4QSDA 3TFLA 1MH4A 4EQ7A 5HM4B 4BLAA 1LSTA 4IY5A 2Q8JA 1EH3A 4ELOA 4QFKA 3TYHA 2RKMA 5AE4A 3OSQA 3DM0A 3GLBA 2VP1A 2R6GE 4DXBA 3CRBA 4H65A 1LAGE 3C35A 4ONYA 5AA4A 1Y4TA 4EXLA 2Q89A 5CMCA 4PP0A 4OFJA 4DLDA 4IO6A 4FEDA 1B5IA 4NE4A 4ZEKA 3F11A 4BDMA 4WXJA 3FGSA 5I58A 1PBPA 2H98A 1B3EA 2B3BA 4HW8A 3I3VA 3TMGA 1N3XA 2IEEA 4NMYA 3C31A 2QS2A 4IO7A 1MPBA 4F22A 3EHUA 4Z0IA 2XXVA 4U2RA 3VLUA 3T93B 3MQ9A 4JSDA 5I56A 4H5FA 4OEVA 1YTVA 3SEXA 4RYAA 4YKKA 4FECA 2Z22A 2UYEA 1JVYA 1YAEA 1GVCA 4TQUQ 4DE8A 4F3SA 2VHAA 2HQ0A 3JZJA 3FVOA 2O7IA 4KHZE 2HZKA 3CFXA 3PV0E 1SW2A 2ZMBA 1SVXB 3U93A 3KFMA 4KR5A 1AMFA 4KFQA 3IO4A 4PETA 2UVHA 4F1YA 2G93A 2NXOA 3PD8A 2ZXTA 5A5XA 3OENA 3QXMA 3O2AA 3HPIA 1BP5A 1H43A 3TTRA 2Y7PA 3BBRA 4H6DA 1I6AA 3E4RA 3H06B 4GOTA 3O6IA 1PC3A 3PGFA 1S7YA 1ZLQA 2O6AA 3MVZA 1LAXA 5CMKA 3FXRA 3M3LA 3MUQA 2NWJA 3M3KA 2YJPA 1MY0A 3S9MC 3CIJA 4ZDMA 4PFUA 4EF2A 1MXUA 1LLSA 1WDNA 1JETA 3L6HA 4KPTA 1LCTA 1USYE 3KEIA 5ICTA 4R6HA 1IUDA 4XKQA 3D4GA 5H8HB 2XD3A 4JB7A 4I62A 1MQGA 1PDAA 3TQLA 4C1TA 1LFGA 1B51A 2VD2A 1HSJA 4Z7EA 4XIGQ 3T66A 4QFOA 3CG3A 2I58A 5L9SA 3HCQA 1ZKBA 5AA1A 1QUKA 1CE2A 3WAFA 2YLNA 5FTIA 3MZ1A 2I49A 1ZTYA 2RCBA 2XX8A 3O97A 3BFTA 4U21A 2PMSA 3A3CA 3O66A 5TPAB 1OIBA 5L9OA 4WKMA 2REJA 4PFWA 3W9WA 4OESA 3C34A 3CFZA 2XXHA 2F6GA 3UK4A 1LBBA 4IGTA 3Q28A 1VE4A 3V8XB 3UP9A 5JTYB 5TU0A 4F1VA 1ZIUA 1ZU0A 1ZBMA 1US5A 1IQ7A 1UTBB 1J1NA 3RLFE 3DELB 1POTA 2O51A 4RNSA 5LOMA 3UORA 1LCFA 2ANJA 3TTNA 1QVSA 3DP8A 2VD3A 3PPQA 4IO5A 4ESWA 4YKPA 2XXUA 1BKAA 1ELJA 3VDFA 3HSTA 3CR9A 4RA1A 3EF7A 1R9LA 3H6TA 1B7ZA 4FJPA 3R26A 3TUSA 4DIGA 4G68C 1Y9UA 3ZKLA 5F1QA 1MXWA 4ND9A 4F2QA 1B7UA 2I0BA 4RXLA 1I6QA 1N04A 4PFTA 3ZS6A 2HEUA 4IO3A 1Y3NA 5CBSA 1MM7A 4FORA 4OENA 2V3QA 4N13A 3U94A 3OEMA 1URDA 3M3FA 4JWXA 4OZ9A 3K2DA 3PMWA 4RK2A 1SQYA 1MXZA 5EHMA 3T96B 1FTJA 2XD2A 5I56B 1JW1A 3S9LC 1B32A 1FQCA 3O29A 3M8UA 1II5A 3E9XA 3MW0A 3AXFA 1R1NA 3GBBA 2DOJA 3CFLA 3C32A 3MVXA 4U23A 3R6UA 1URSA 4LZ5A 3H6VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KSJA 5L9MA 2P2AA 3BFUA 2REGA 3RT8A 2F5XA 1Z7NE 3VXCA 4MIJA 4NF5A 1MQHA 5A5XB 1SI0A 3MAMA 4JVDA 5F7VA 1O64A 1IXHA 2ZZWA 1NV4A 3TPAA 1EU8A 3H6UA 2XXPA 3HHGA 4PE5B 1B05A 1K9ZA 2DVCA 1M5FA 1RDYA 4PBHA 5K2XA 1FJ9A 4RJZA 5BWJA 4IO4A 1UQWA 2I6EA 2IA4A 2Z8FA 5TP9B 3G3KA 1ZJLA 2YPNA 1FPDA 1N0TA 3TAJA 4MX6A 1NV7A 3H6WA 1JW4A 4P47A 3FJ7A 3FXQA 4NWCA 5EHSA 4R9FA 5EQ7A 4F2OA 2HHMA 4KD5A 4FEBA 1O63A 1XT8A 1N7WA 3FASA 5J16A 4OFLA 5DEXB 5H8HA 3FZVA 3GBAA 4AS4A 1FTMA 2O1LA 2F7BA 2VPNA 3QK6A 4QHQA 1MH3A 1NL5A 1FPKA 2I48A 5EYFA 2QJEA 3SDFA 2I3WA 2O69A 4X1DA 2PT2A 4NX1A 1F9BA 4U4XA 2B65A 3U72A 2LAOA 4TLLB 3GZGA 4HCWA 4EQBA 3RPWA 2F8DA 1M5CA 4NF8A 2OZZA 2X7QA 1P1OA 2B3FA 2D21A 5TPAA 2I0CA 1SI1A 1B0LA 3G3HA 1Y3PA 4YB7A 2F3DA 1YYZA 4QSCA 4OETA 1GTKA 2QFLA 2XXWA 4U22A 1XOCA 3N6UA 2ZYOA 4FATA 1JEVA 1B1XA 3LSLA 2ZNSA 4ELQA 1D9QA 5CMBA 2HFBA 4TLMB 3TZAA 1SW5A 3MPKA 4MMPA 1UTBA 1DOTA 5AA2D 3G3JA 3FD3A 4WEPA 3VV5A 4THIA 3IORA 1MPCA 2ONSA 4YMAA 3TELA 3RTFB 3IOUA 1VFEA 1MY1A 5AA3A 2DP8A 3LSFB 2NUVA 2DYXA 3U92A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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