4GQOA

2.1 angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from listeria monocytogenes egd-e
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
KTKVTFWAAPNPTQVKYWDEMAKAYEKENPDVTIEVSQMKESPSSEATIQSAIASKTAPTMSENINRSFAAQLADSKAIVPLNDVKGLDDVVKERNMSETMDSWKFSDGNQYVLPVYSNPILFAWRLDTLKELGYDAPPKTYSEALEVGKKLKAKYPDKVLWAKGDLSDPTAWMRWFDFFPLYDAASKGNAFVEDGKLVADDKAGTELLTFMSELQKNKLLLASKATDPFETGTSIMADNGPWTFPNWDEKFPELKYNENYAITAPLVPDSMVNEENVATYADSKGVVMYAQATDKEKEAAMDFLKFVYNDDKNDLKFLETTNLIPARDDATENETFTAFFKENPELEVYAANVPYSIPAMDDAKYNDIQQIIGEEAWNPIVRGEKKPTKAWSDMKKAEDGVLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Lmo0859 protein
publication title 2.1 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo0859 from Listeria monocytogenes EGD-e
rcsb
source organism Listeria monocytogenes
molecule tags Unknown function
total genus 136
structure length 404
sequence length 404
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4gqoA02
3VVDA 2RC7A 1SI1A 1T0KA 4G68B 2B3BA 4ELOA 1H76A 1A40A 3ZS6A 1QKBA 5I56A 3MJNA 3R26A 4OXVA 5ITOA 2Z8DA 3V83A 3RUMA 2XXHA 2DYXA 5F7VA 4R6KA 1ATGA 4ZEFA 1MQIA 1XVXA 1A8EA 3C9HA 1Q1KA 4FORA 1B9JA 1MDP1 1WODA 4H8JA 1P1UA 2AIXA 4JSDA 1IXCA 1DMBA 1QKAA 4N6PA 2H25A 3MP6A 3T96B 2RC9A 1EZOA 3RTWB 1MY0A 3H7MA 1B0LA 4ONYA 1RYXA 1D4NA 1URSA 3BKIB 5H8NA 1S9TA 5HM4B 4YB6A 5BUUA 1UTBA 2XX7A 1I6BA 3BFUA 4WEDA 2NXOA 4KQPA 2RINA 1JW5A 4IGTA 5DTBA 5DVFA 1B3LA 1FQDA 1IXIA 1NL5A 3THIA 3IB0A 1I6QA 5B70A 3PUVE 2HEUA 2D5WA 2XXVA 3S4UA 4X1BA 1YCJA 1ZBMA 2ANJA 2AL5A 3IO4A 2NWJA 4KYSA 1AOVA 2HZLA 1US5A 2R6GE 2F78A 2ABHA 3MVYA 1IXHA 4E0XA 3IOVA 3FGSA 3TMGA 3O6IA 1KWHA 4JXIA 2I3VA 4OFJA 1B1HA 1XC1A 3PD9A 4RPNA 2E0SA 1OLAA 3PUYE 1B4ZA 1MXVA 3UP9A 4EXKA 2AL4A 3VE1B 3IOUA 5K2XA 1A8FA 4R74A 2XX8A 3OO6A 2DS9A 3O97A 3E3KA 1MPDA 1PDAA 3CG3A 3KGCA 3QYTA 2I48A 4F3PA 3S9MC 3T66A 3TQWA 3ZKLA 1JVXA 3RT8A 5DYHA 4ESWA 4ISUA 1MS7A 4F39A 2YLNA 4Z7EA 1EU8A 4LUBA 1DPEA 1PBQA 3N94A 2XXQA 2F5XA 1HSLA 1M5DA 4G4PA 4QFKA 3HN0A 2BJJX 4H5FA 3OELA 1PC3A 3MVZA 1IXGA 3HHGA 2P1SA 3W15C 3VDFA 5EYFA 3MBPA 4LATA 3F11A 1GV8A 4NEDA 3I5OA 3SEWA 1MH3A 1DOTA 3H06B 1B2HA 1GGGA 1FW0A 4IGRA 3TQLA 3ONMA 1QUKA 4NF6B 5H8FB 4QSDA 1NFTA 1B3HA 1N7XA 5I59A 1JVYA 1OQHA 3H03A 4TLLB 5H8NB 4YKPA 3VXCA 2HFBA 1UIVA 1UTBB 1SW4A 3KBRA 1MM6A 3RN8A 2UYEA 4LQ2A 1VFDA 4GD5A 1Y1ZA 1LBCA 4FIMA 3A3CA 2QSXA 2DWIA 4U23A 4R6YA 2DOJA 1UTHA 3RLFE 1FTOA 3K1PA 5DVIA 2DXYA 4QF9A 3TTLA 3LSXA 4RK9A 3G7WA 3K1MA 5IKBA 2H98A 4MF3A 3PV0E 4DCYA 1MRPA 5ISUA 4UA8A 2X26A 3RQTA 3TAJA 2VD2A 1I6AA 1NNTA 3OO9A 4RPOA 1B1XA 3EHSA 3KSJA 2GHBA 2PYYA 3K02A 1CB6A 1OVTA 4PFYA 4QFOA 2LAOA 3KSXA 5B7DA 4YMAA 3C32A 3RNNA 3ZSFA 1Y3PA 2F7CA 5TP9A 4F2OA 2FNCA 4ECFA 4U4XA 2DQVA 2HAUA 3ECRA 4OZ9A 2DSFA 4BDLA 2XHDA 4PFTA 3DP6A 3JV9A 3PGFA 4F3GA 5DVJA 2R9JA 3PUZE 2XD2A 3LUYA 3LSLA 3TTRA 4GXSB 2O51A 4L17A 3IL1B 5KCJA 4M1VA 1CE2A 3IOWA 4ZZEA 4GQOA 4IO4A 1ZJLA 3DELB 2AYSA 2PVUA 4Q8RA 4F31B 4FATA 2RCAA 3QUJA 4GL8A 3PPRA 4N07A 1IITA 4QFNA 4QRZA 2F7AA 4LP2B 1LAHE 1WDNA 1TXFA 3FIRA 2Z22A 2F35A 1FTJA 3IR1A 5HBCA 4OEUA 5DEXA 1NNFA 5I59B 2O69A 3CFLA 4H6DA 4N13A 3KJ7A 2XXWA 2FA7A 1L5TA 1MQHA 3OO8A 4OENA 4K3FA 2QPQA 1DPPA 2Q88A 5I58B 4IO2A 4OQOA 3MVWA 3MPLA 4R9FA 3DP4A 1B7ZA 5AA2B 1AL3A 1MXXA 3MC2A 4NF5A 3IK6B 5FHNA 4RXLA 2OZZA 3O66A 5I57A 2G29A 3PUWE 1MXYA 2RC8A 2CMOA 3TDJA 1MXWA 3S9EA 5CMBA 3CVGA 2PT1A 3U8QA 3VLUA 3KOSA 2ALUA 2VGQA 3BFTA 3SEUA 2X7PA 3SESA 4GVOA 3FD3A 1F9BA 5CC2A 3SEVA 4F2QA 2THIA 4Q5TA 1LBBA 4O3BA 4NTLA 5AA1A 1M5CA 1A55A 3TTKA 4ELRA 1LFIA 4QSCA 2PMSA 3M3LA 1YAEA 4HCYA 4LONB 5KZTA 1A7LA 4I1DA 3U94A 3G3JA 4NWCA 5TP9B 3TCFA 4THIA 3S9LC 3N26A 3EN3A 1RYOA 2OLBA 3UN6A 3KJTA 3VLVA 4OHNA 4TOZA 1QUIA 2QS1A 3MW0A 3T9UA 1B46A 2UVGA 3QXMA 1B6HA 3FVOA 1B05A 2DE4A 1OVBA 3OSQA 2CZLA 3H6UA 1SYIA 1B51A 1AIVA 3OMBA 3TCGA 1NNKA 1B7UA 4YB7A 4TLMB 2IA4A 1ANFA 5IAIA 4MLVA 2UYFA 3HSTA 1MY1A 3SKPA 2Q89A 1S7YA 3O2AA 1D3KA 2DP8A 4MBPA 2PX1A 4F1UA 4YU0A 1POY1 1QUJA 1UIUA 1O7TA 3HO7A 4R72A 1FCKA 3ILUB 2DVCA 4NE4A 5DEXB 1IIWA 3PD8A 1Y1MA 3C33A 4XKQA 2QS2A 3TYHA 3Q27A 3CSBA 2XXUA 3QK6A 3QSLA 2OBGA 4DE8A 4RY1A 1NH7A 4YKIA 3G3KA 4JB7A 4ZZAA 1B4HA 4FJPA 4PP0A 1SDXA 4KHZE 3OOAA 2PBWA 4ZE8A 1EZPA 2R71A 5H8QB 5I2KA 1MY4A 1ZIUA 5CRYA 2ZYMA 1B5JA 3FXUA 2Q8JA 2VP1A 4XXUA 2QS4A 4EF2A 4NF5B 3OEKA 3PPPA 4Q0CA 5I57B 4KCCA 1IEJA 1GR2A 3FVNA 1RKMA 5J1DA 1MPCA 3H3GA 4H5GA 3QUFA 4ESXA 3IAZA 5A5XB 1JW4A 2VOZA 1XS5A 2VHAA 1ZTYA 2DWAA 5H8HB 1QW0A 1LAXA 4WEPA 2A5TB 1SQYA 1B7HA 1FQCA 1VE4A 1P1WA 5ELVA 1QJMA 5KDTA 2W7YA 4NWDA 4IY6A 1LCFA 4OEVA 3IOTA 2Z8EA 4LZ5A 3KN8A 4ELQA 1N3WA 4GF8A 2V93A 2E1SA 3B7DA 5I56B 4KCDA 2HZKA 1QVSA 4Z0IA 2RKMA 4F22A 2I0CA 3EQ1A 2YJPA 4PQJA 4EQBA 4GWOA 2I58A 3OD7A 1M5BA 3WAFA 1J1NA 3N5LA 4U2RA 3MWBA 3TCHA 5JTYA 1NMUA 1TFAA 3TELA 4LVQA 3U1OA 2OWSA 4X48A 2X7QA 3FV2A 2H9BA 4FECA 4FAJA 3V5AA 2GFEA 2VD3A 1AH5A 5CMMA 3W9WA 3Q26A 1HSEA 3K0VA 3O6HA 1XVYA 3TODA 4LQ5A 4OTEA 3MVXA 3FATA 4NF4A 4RYAA 4IY5A 3TTMA 1USYH 3P7IA 2OK2A 2KLFA 1SYHA 5JEIA 3K1NA 2F6PA 1B5IA 4O3AA 4OWDA 5L8DA 4RNSA 3FUZA 3QAXA 4H67A 3AXFA 4F18A 3A09A 3VVEA 4JBZA 2Y7KA 5ICQA 3N6UA 3EF7A 3U92A 3FJGA 3V8XB 1N3XA 1OMPA 3FJMA 3C36A 3L6HA 4ND9A 4PE5B 1B0HA 2OJTA 3HHFA 4KD5A 3FJ7A 2O1LA 3C31A 4F3SA 4KR5A 5FTIA 1PB8A 1NH8A 3S2VA 5L9OA 3JZJA 1N7WA 2WKYA 3MP1A 4R73A 1LFGA 3C4MA 3T9HB 2QJEA 4KYDA 2Y7WA 1I69A 2QRYA 4M4GA 4U1OA 3K6XA 3D4GA 2OWTA 3K00A 3B6TA 3KN7A 4BDNA 1R6ZA 1DSNA 1R9LA 4UACA 1LB9A 4ZEIA 1IUDA 2IEEA 3L6GA 4JWYA 3FXQA 1ZU0A 4HS7A 2I4BA 3O6GA 1FQBA 1BKAA 4JWXA 1LFHA 5CBSA 1B58A 2B65A 1O64A 1JNFA 4EQ9A 1P1OA 4KYEA 4F29A 3G3IA 2QMXA 5TU0A 3BBRA 2REJA 4KPTA 3H6WA 3USDA 3IX1A 3LR1A 4EQ7A 4G8MA 1LAFE 2YPNA 1TWYA 4HTGA 3T93B 4MFIA 1SW5A 1JEUA 3K4UA 1B3EA 1P1QA 1VR5A 1SBPA 3K01A 2I49A 3E4RA 3RY3A 2ONKE 4OERA 1FQEA 4OFOA 1P1NA 4BDOA 3PU5A 3CSGA 4R6HA 4R75A 1AMFA 3GXAA 4PFWA 5CI5A 4G2ZA 4IO3A 3CI8A 3ILTB 3MPKA 1UTHB 3PMWA 1B32A 1BLFA 5BWJA 2D21A 5CMCA 4HW8A 3KN3A 1JW1A 1O63A 3HV1A 1M5FA 3D4CA 1POTA 3R7XA 1WVJA 3FV1A 1OLCA 4EF1A 4AB6A 5CMKA 4PETA 3UORA 4BDMA 2QMWA 3IO6A 4P0IA 4DXUA 3ZKKA 1MPBA 2ONSA 1MDQA 1N04A 1LGBC 1N0TA 2QL3A 2UVIA 1EH3A 3KOTA 4H1XA 3RGYA 1MQGA 3PPOA 4RK2A 5K2YA 1N76A 2H4IA 3HPIA 3OXNA 1P99A 3LC8A 1PB9A 1Y3QA 5HPQA 3OO7A 2O6AA 1A99A 1B40A 1EZ9A 1HSJA 4XTCQ 3E13X 4IO7A 1ELJA 2V25A 4GFRA 3MZBA 4RJZA 2DWJA 4F3BA 2F7BA 3IJOB 2P0SA 3M3FA 1PB7A 4QHQA 2XXXA 3V89B 3SEYA 5KCJB 1Y4TA 3T9XB 3UA8A 3UIFA 3HCQA 3QIMA 1ZLQA 2FYIA 3W9VA 4EUOA 4ZEBA 3FVGA 3VFJA 3MUQA 4P0GA 4IO5A 3VV5A 4AQ4A 3I6VA 3SEXA 2H99A 3U72A 4TQUQ 4KI0E 1BTJA 3T22A 1Q35A 4NF6A 5H8FA 4MLQA 3KEIA 3IB2A 1SVXB 3JYRA 2ZYOA 2Q2AA 4DIGA 4U21A 1II5A 3KG2A 1Y4CA 4H0WA 3IB1A 4BLAA 4JDFA 3G3GA 3SERA 4H65A 1R1NA 1R9QA 2UVJA 2NUVA 3S9NC 5TPAA 3RPWA 1JEVA 3IORA 5AA3A 1B3GA 4GXAA 3M3KA 2M8CA 2NVUB 2DVZA 1SD3A 2ZNUA 3M8UA 1YPNA 4XKPA 3LSFB 2QS3A 5AA4A 2ZYKA 1XT8A 4I9DA 1SW2A 2XXYA 3G3FA 4R2FA 2I0BA 4DCXA 4GLIA 3MP8A 4I62A 4OMBA 1IZ1A 3CFZA 2V84A 5DT6A 4EDPA 4IO6A 4NMYA 4MH5A 1GVCA 1FTKA 1LSTA 2V3QA 5L9MA 3H4ZA 2F97A 4GIZA 2DWHA 1VFEA 3MZ1A 4Q30B 3DLNA 3TTNA 2XXIA 3EPEA 2GH9A 4XIGQ 2GHAA 3GBAA 3ODBA 2DE2A 4R9GA 3GLBA 1SI0A 3C35A 5L9SA 3Q29A 4ZEKA 1MQJA 2PT2A 1Z7NE 3TFLA 1H3DA 4JSOA 2HCAA 4E0WA 3OENA 4C1UA 2XXPA 5I2NA 2ZXTA 3FZVA 4HCWA 3A3UA 1MH4A 1H45A 5ITPA 2A5SA 5JK4A 1PEBA 5FTHA 3U93A 1GTKA 4QFLA 4YB5A 4ZS9A 4OESA 5LOMA 1NKXA 2XD3A 3TEPA 3UGWA 5I84A 4ZECA 3TZAA 3VLWA 3PUXE 3LBSA 1N84A 5F1QA 4F1VA 4GOTA 4PFUA 4XKRA 2UXAA 4YKJA 1MY2A 4FEBA 3Q25A 1IQ7A 3OSRA 4R2BA 2B3FA 1MQDA 3N6TA 4ZEDA 2F34A 4JWOA 4WXJA 2O7UA 3SETA 4O3CA 4OFLA 5M2VA 1SW1A 3K6UA 2Q9TA 1B52A 2F36A 5EHMA 4DZ1A 3O9PA 4C0RA 4G68C 1FTMA 4FE8A 4F1YA 5TPAB 2ESNA 3MQ9A 5I58A 2GRVA 1URGA 1H43A 2G93A 5FHOA 5AA2A 1VSOA 2I4CA 4X1DA 2O84X 3TUSA 3O28A 3T9VA 4G8NA 5AA4B 3R6UA 4XKNA 5I2KB 4OVJA 2O7IA 4DXBA 1PBPA 3G3HA 3B6QA 1OIBA 2ZYNA 2HAVA 4NF8A 1USYE 2P2AA 3C34A 1XOCA 2HQ0A 2OCUA 3VVFA 4WKMA 1US4A 4F19A 1TT1A 2I3WA 1MM7A 4BDRA 4BDQA 4U22A 4ZE9A 2HXWA 2D3IA 3DM0A 1OQGA 3TPAA 3DP8A 4YMBA 3EHTA 2O1MA 1DTZA 1Y3NA 4G68A 3EHUA 3O29A 2V3TA 4RA1A 4DXCA 4U4SA 1A54A 5KDTB 3LSWA 3UK4A 2Q2CA 2XXTA 1ZMGA 4YAHX 1UQWA 4GL0A 4AB5A 1BIYA 4POXA 3PPNA 3FVKA 1TFDA 4GRKA 4G77A 3K6VA 1D9VA 3E9XA 3FXRA 5CBRA 2Y7RA 1BP5A 1Y20A 4FEDA 2ONRA 2Z23A 5FHMA 3B6WA 4LA9A 4P11A 3RTFB 3RT6B 5I2NB 2Y7IA 1B3FA 1FQAA 4IB2A 2F6GA 4H8IA 3Q28A 2ZNSA 5JTYB 2DXRA 4QFPA 4YKKA 3WAEA 1LLSA 1XHYA 1FTLA 1Y9UA 1NNPA 2XXRA 2REGA 3MZ9A 2UVHA 4YICA 3CR9A 4OYVA 5ICTA 2I6EA 4OETA 1LCTA 5EHSA 1B5HA 2Y7PA 4U1ZA 4NF4B 3MAMA 1MG1A 4LZ7A 5AA2D 3CG1A 3OEMA 2RF1A 4KFQA 4QSEA 5CM6A 2F8DA 3KZGA 4DDDA 1MXUA 4LZ8A 3VXBA 1DTGA 2ZMBA 3IJXB 2Y84A 3CFXA 2XX9A 1FQFA 1H44A 2NOOA 5H8QA 1JETA 2H5YA 2Z8FA 5AE4A 1YTVA 1MY3A 3GZGA 3CIJA 4ELPA 3PMVA 1ZKBA 5H8SA 1S50A 1QULA 2RCBA 4DLDA 4POWA 4C1TA 4ZDMA 3TKDA 4X9TA 4YZZA 3K6WA 2DE3A 4I8CA 2ZNTA 1D9YA 3KFMA 1M5EA 2V3UA 1LB8A 3PPQA 4NF8B 3SDFA 3K2DA 1URDA 1LAGE 5A5XA 3GBBA 3H6VA 2O68A 4G8HA 3I3VA 3H6TA 4EXLA 3PMXA 5H8HA 2A5TA 3CRBA 3FASA 1JQFA 1MXZA 1Z7ME
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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