3IB0A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with diclofenac
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Metal binding protein
total genus 121
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib0A02
2Z8DA 3RTWB 4TQUQ 2O7IA 3SDFA 4F3PA 3KN7A 3U92A 3KG2A 3K1NA 3RY3A 4H1XA 3HHFA 4F18A 3RPWA 4H0WA 1LAGE 3ECRA 3TFLA 4F1UA 4NMYA 4X1DA 3MWBA 4ONYA 4OZ9A 2UVJA 3CI8A 5AA2D 4Q8RA 3I6VA 5DTBA 5M2VA 1US4A 1SQYA 4ZEDA 5JTYA 1QW0A 4DXBA 2DYXA 4QFLA 5I2NB 3THIA 3BKIB 3PUWE 5I2KB 2IA4A 4R75A 1M5FA 2DWAA 1LBBA 3IOUA 1QJMA 3FJ7A 4XTCQ 4WEDA 1DTGA 3PUYE 4FEBA 5FTHA 1LFGA 1Q1KA 4UACA 2VP1A 4OFOA 1IXGA 2XXUA 1FCKA 1R9LA 1TFDA 1JEUA 3OOAA 4JWOA 4DLDA 3KGCA 3MW0A 3HO7A 4NF6A 1OLAA 2ONSA 3PD9A 4LONB 4JBZA 1VE4A 2ANJA 3OENA 1FQDA 3OMBA 1SI0A 3RQTA 2PBWA 4OEVA 1I6QA 2XXXA 4DIGA 3M3FA 3GXAA 3M8UA 4G4PA 1EZ9A 4IGRA 2M8CA 3TPAA 4EXLA 3FUZA 4ESXA 2Q2CA 3IX1A 4RNSA 1M5BA 5KZTA 4XXUA 2R6GE 2Y7IA 4FATA 4ZEFA 2X26A 4OFJA 4FECA 1A55A 4FIMA 1DMBA 1GVCA 3ZKKA 4ELRA 2V3QA 3PMXA 2F7CA 1B46A 1UQWA 4R72A 1FTOA 4G68B 4F3GA 1BKAA 2F34A 2QS2A 4LZ5A 3PPNA 1MQIA 2XX8A 5DYHA 3LSXA 4EUOA 1P1UA 3FATA 3DM0A 3QSLA 2PX1A 4QSCA 2CZLA 1PB9A 3I3VA 3TKDA 2O51A 2PYYA 3USDA 4IO5A 2GHBA 4EQ9A 3MVZA 1ZIUA 5J1DA 2XD2A 2F7AA 2NOOA 3MBPA 3OEKA 4BLAA 1JETA 1MS7A 3MP6A 2F35A 4K3FA 4DXCA 4KYSA 1GGGA 3PGFA 4X1BA 3FGSA 4GOTA 4N07A 1Y4CA 4IY6A 2HQ0A 5TP9A 3PPRA 4Z7EA 1IITA 3T9XB 1URGA 2VD2A 1B32A 3IO4A 3FVOA 2O6AA 4Q30B 1GV8A 5CI5A 1POTA 3PUVE 4LUBA 1P1NA 3HV1A 1USYH 4DCYA 1MH3A 3LSLA 1POY1 4ND9A 1A54A 1B3LA 2I3VA 2RKMA 2V25A 4H5FA 2PT2A 3H6WA 4F29A 1B3EA 1TFAA 1ATGA 3OEMA 3PUZE 1J1NA 4AB5A 4OWDA 2DWJA 1BIYA 1MY2A 4HCYA 3IJOB 2NUVA 1QULA 2W7YA 2RC9A 1T0KA 3V89B 2QL3A 4GFRA 1B4HA 3TMGA 4XIGQ 4TOZA 1P1OA 2REGA 3MVXA 1Y3NA 3PD8A 4HTGA 2V93A 1D9YA 2ONRA 2DXRA 1QVSA 4ZEKA 3MP8A 4ZEIA 3HPIA 4WXJA 1ZU0A 2HXWA 1B5JA 3FZVA 5H8FA 1ANFA 1XOCA 5LOMA 1P1QA 3Q26A 3A09A 1SW4A 5BUUA 1BTJA 3FJGA 2YLNA 3SESA 1I69A 2XX7A 3OO9A 4PFWA 3FV1A 2G29A 2ZNUA 1JW4A 4BDNA 3KN3A 2ZNSA 1MY3A 4JSDA 1R6ZA 5HPQA 2DXYA 4MLQA 3IB0A 3CIJA 3O2AA 1MG1A 3IAZA 1TXFA 2ALUA 1MPBA 1MH4A 3EPEA 4KCCA 4I9DA 4EQ7A 1US5A 2ABHA 3QAXA 1FTKA 3IO6A 2F78A 1OVBA 1ZJLA 1R1NA 3KOSA 5H8NB 1B3FA 2P2AA 3IORA 4DCXA 3KOTA 1BP5A 1QKBA 3G3HA 3DELB 3VVFA 5I59B 4HCWA 2DP8A 3H03A 4LZ8A 2PT1A 3VVEA 4LQ2A 1ELJA 3SEXA 4QFPA 5AE4A 4OFLA 4OMBA 1CE2A 4F2OA 1NNTA 2FNCA 4MF3A 4PE5B 1SYIA 1Y1ZA 5KDTB 2O7UA 5I58B 2UVIA 4GVOA 5L9OA 3IK6B 2O84X 3FVKA 2P0SA 1MXWA 3OSRA 4R2BA 4U23A 1LAHE 1LSTA 1MQGA 1Y3QA 5DEXA 1EH3A 3B6QA 3VVDA 4U1ZA 1MRPA 4UA8A 3O28A 3O9PA 3AXFA 1N7XA 3UK4A 3E3KA 2PMSA 3PPQA 5AA2B 1XVYA 3K2DA 2Q9TA 1Z7ME 3O66A 3UGWA 1JQFA 1IXIA 4WKMA 1A40A 2THIA 3TELA 3JV9A 3K1PA 4NWCA 2QMWA 5KDTA 4ECFA 4M1VA 4O3AA 2B65A 2FYIA 2XD3A 2GH9A 3K6WA 1SYHA 1N04A 3ZS6A 1RYXA 3JZJA 3O6GA 4PETA 3ONMA 5CC2A 3FV2A 1A99A 4R74A 1OVTA 1PC3A 1MY0A 1EU8A 5AA4B 3ZKLA 4ISUA 1II5A 1MDQA 4H8JA 3FD3A 4MLVA 3UA8A 1DOTA 3N6UA 1D4NA 2AIXA 2DWIA 3TTMA 2Z8EA 1KWHA 2OK2A 4F2QA 4BDOA 4U4SA 3WAEA 3PV0E 2ZNTA 4EF2A 1IEJA 2H99A 3VXCA 3N94A 2VOZA 5AA3A 2XHDA 3SKPA 3EQ1A 2DWHA 4I62A 3K02A 2DS9A 3CR9A 4F1YA 4YMAA 1OLCA 2H9BA 4NF8A 5CBSA 3H6TA 2ZYKA 2GFEA 4ZECA 3VE1B 3H6UA 5DT6A 2Z22A 1Y4TA 1FW0A 3SEVA 4ZZEA 3JYRA 2R9JA 2XXVA 4F1VA 3G3JA 2F7BA 2ZYOA 1N7WA 3U72A 4EDPA 2A5TA 4GXSB 2ZYMA 4H65A 4PFTA 4YKIA 1WODA 4ELOA 1D3KA 2QPQA 1BLFA 3H7MA 2B3FA 3A3UA 3T9UA 1SI1A 4GL0A 4FORA 1EZPA 1H43A 3Q25A 2IEEA 1NL5A 1UIVA 3TCHA 4POXA 3T66A 3CG3A 3IB1A 3QUFA 3EF7A 3G3IA 1UIUA 1O63A 4F3BA 4QF9A 2FA7A 4ZE8A 1FQEA 1ZTYA 5I2NA 3Q29A 2RCBA 4R6HA 1S7YA 3MQ9A 4IB2A 3IB2A 1NH7A 4G68C 4RYAA 1FQBA 5I2KA 4G77A 3TTKA 3MP1A 5DVFA 4QFNA 1H44A 4U22A 5FHMA 1GR2A 1SVXB 4FJPA 1XHYA 2Q88A 3DP6A 4OXVA 4U4XA 4IO2A 4IY5A 3TAJA 3VLVA 4BDMA 4G2ZA 4OETA 3B6TA 1URDA 5ITPA 2ZMBA 2XXHA 4EQBA 2HZLA 2DE4A 3KN8A 2UYFA 3PPOA 3TUSA 4OTEA 1UTHB 1XS5A 3IJXB 2AL5A 3IL1B 1Z7NE 1JEVA 4RA1A 2QJEA 5ITOA 1B58A 2DVCA 3H4ZA 4MH5A 3O29A 3C33A 4R6KA 4YICA 3MC2A 3CVGA 4C0RA 3CSGA 1N3XA 1PEBA 5K2YA 4DXUA 4QRZA 1JW1A 3FVGA 4Q0CA 5IAIA 4TLMB 4XKPA 3CFLA 2RINA 1B0LA 3EHSA 4N13A 2XXTA 3FASA 1SD3A 3C9HA 4NF4B 1O7TA 3MUQA 2DE3A 4G68A 4R9FA 1IUDA 1MQDA 1FTMA 5I56B 1UTHA 1SW2A 3C35A 5I57B 3K4UA 2UXAA 4F22A 1DTZA 4KYEA 4YZZA 3R26A 3TCGA 4NTLA 5DVJA 1MM7A 3OO7A 2OZZA 4QHQA 1MXVA 4NWDA 2ONKE 4KQPA 3VV5A 4H8IA 2Y7RA 5A5XB 4DZ1A 1USYE 2XXWA 4OQOA 3BBRA 1N84A 3SEUA 2OCUA 3K6XA 2UYEA 1JVYA 1QUIA 3OD7A 4P11A 1NNFA 3G7WA 3CG1A 4Q5TA 2I3WA 4XKQA 3PPPA 3PMWA 4RPNA 5H8QB 1LB8A 2P1SA 1MY4A 1YAEA 1LGBC 1ZKBA 4GXAA 1B1HA 4H5GA 1AIVA 2D5WA 1A7LA 2HFBA 4P0IA 5CMCA 4M4GA 4QSEA 5TPAB 5CMMA 1EZOA 4NF5B 3FJMA 1FTJA 1OQGA 4H6DA 4YB5A 2XXQA 2VD3A 3FXUA 3B7DA 3HN0A 1B3HA 1NMUA 3G3GA 1P1WA 2B3BA 2H98A 4THIA 2O1LA 3HCQA 1VFEA 1MXYA 4PP0A 1I6BA 1SDXA 4PFYA 3IOTA 4TLLB 1R9QA 3B6WA 2X7QA 3IOVA 3W9VA 4GD5A 3MPKA 5F7VA 4G8NA 1B5HA 1F9BA 1IXHA 4Z0IA 4N6PA 1MY1A 2NVUB 1SBPA 4E0XA 2RCAA 5TPAA 3FIRA 3O97A 3DP4A 4GRKA 3C4MA 4HS7A 2G93A 4NF5A 3LC8A 1QUKA 4OYVA 1MM6A 4AQ4A 3TZAA 1B05A 5H8HB 2H5YA 3C31A 2OWSA 4KCDA 2OBGA 4HW8A 3EHTA 2R71A 5H8SA 2Y7KA 4C1UA 3N6TA 4ZDMA 2I49A 2AL4A 1H3DA 1B5IA 2UVHA 4QFOA 1LB9A 3SERA 4BDQA 1B40A 4JDFA 2Z23A 3I5OA 4GF8A 1LAFE 5H8NA 1H76A 1IQ7A 5HBCA 3GBBA 5I59A 3GZGA 4C1TA 3OXNA 3U1OA 3PMVA 1LFHA 4GL8A 1N76A 4LATA 4ESWA 4GIZA 2Y84A 2AYSA 5CM6A 1MXXA 2O1MA 2WKYA 4QSDA 3KZGA 1I6AA 2F6GA 5I58A 2Q8JA 2H25A 1NNKA 2E1SA 4DE8A 3QYTA 2OJTA 3ILUB 3TQLA 3CSBA 1B7ZA 2I0BA 1B0HA 3VFJA 5JTYB 4L17A 2ZYNA 2D21A 3FVNA 1RYOA 1S9TA 1JVXA 3LSWA 1MPDA 3FXQA 3QUJA 2I4BA 3SEYA 1B7UA 5L9SA 3S9LC 3IOWA 4FAJA 5IKBA 2RC8A 1AL3A 5AA2A 1VFDA 4YU0A 2BJJX 2VGQA 4YKPA 3EN3A 3K0VA 1B51A 1OIBA 1NKXA 1CB6A 4DDDA 1NH8A 2HEUA 4YAHX 1WVJA 3RT6B 4XKNA 2HZKA 1FQFA 3VXBA 2DVZA 4U21A 3T93B 3DLNA 5EHMA 3BFUA 3M3KA 4IGTA 2Z8FA 3QXMA 2NWJA 4NF6B 3KBRA 4R6YA 4YB6A 2QRYA 3T9HB 3S9MC 1VSOA 4ZEBA 2Q89A 1AMFA 4KFQA 3K01A 2X7PA 2KLFA 2F97A 4GLIA 5ELVA 5AA4A 3L6HA 3N26A 3V5AA 2HAUA 3MZBA 3V83A 3RGYA 2UVGA 1MPCA 4I8CA 4F39A 1D9VA 4NEDA 3VDFA 4OEUA 2F6PA 3RN8A 3D4GA 1NFTA 1UTBB 3H6VA 1AH5A 4U2RA 5KCJB 4O3BA 4YKKA 4OHNA 4F3SA 3F11A 5CRYA 2V84A 3M3LA 5DVIA 1XC1A 3OO8A 4I1DA 2CMOA 3MVYA 3T22A 4ELPA 5AA1A 1FQAA 3H06B 3VLWA 3IR1A 4JB7A 5B7DA 1H45A 1DPPA 4LA9A 4X9TA 3E13X 1YTVA 5FTIA 3K6VA 4KR5A 1LAXA 1URSA 1Y9UA 3L6GA 4ZE9A 1MXZA 3KEIA 4YMBA 4BDLA 4OENA 1LFIA 2V3UA 3U93A 1B2HA 3P7IA 2D3IA 5L8DA 3Q28A 3RLFE 1OQHA 1XVXA 1QKAA 4O3CA 3UIFA 3GBAA 2HCAA 1QUJA 1UTBA 5KCJA 1LCTA 3W15C 3MZ9A 1A8EA 2YJPA 2F5XA 4RJZA 3SETA 4G8HA 1Y1MA 3CFXA 5TP9B 1WDNA 1M5CA 3ILTB 3MJNA 1JW5A 3O6IA 3TYHA 1MDP1 4BDRA 2ESNA 1LLSA 3D4CA 3E4RA 3G3KA 3KJTA 4LQ5A 3TEPA 3C32A 3LBSA 2QS1A 1Y3PA 3N5LA 3PU5A 4PFUA 4JXIA 1Y20A 2DQVA 1MQJA 2F8DA 2DOJA 1VR5A 1B4ZA 1MXUA 1M5EA 2O68A 3T9VA 4WEPA 5B70A 3ZSFA 4FEDA 2VHAA 3QIMA 1FQCA 1ZBMA 3ODBA 2QMXA 4IO7A 3FXRA 3MZ1A 1SW1A 1RKMA 3C36A 2GRVA 2RC7A 5TU0A 3UP9A 3MVWA 4OESA 5JEIA 5H8FB 1B6HA 2A5SA 1OMPA 3G3FA 3CFZA 4H67A 3E9XA 1N3WA 4R9GA 3V8XB 3EHUA 4NF4A 4XKRA 5K2XA 2I6EA 1B52A 2NXOA 2HAVA 4RXLA 3BFTA 1Q35A 3TTLA 5I56A 4PQJA 1IXCA 3U94A 2QS4A 3R6UA 4OVJA 1IZ1A 4GWOA 5I57A 4LP2B 5HM4B 3K1MA 4RY1A 3LR1A 2I0CA 3TQWA 1HSEA 4KD5A 3HSTA 1S50A 2XXRA 4F19A 4G8MA 3S2VA 4POWA 4JWXA 1O64A 4IO3A 1P99A 4RK9A 1GTKA 3PUXE 3TDJA 5I84A 5A5XA 3S9NC 2O69A 2REJA 3RUMA 3T96B 2YPNA 3OELA 3MPLA 1NNPA 3Q27A 3C34A 1YPNA 1JNFA 2QSXA 4NE4A 2F36A 4ZZAA 3TCFA 1IIWA 5H8QA 5CMKA 2I4CA 3LUYA 2GHAA 1PB8A 3H3GA 4IO4A 1AOVA 4EF1A 5BWJA 4JSOA 3VLUA 2H4IA 5DEXB 4IO6A 1TWYA 2XXPA 1ZLQA 4MFIA 1YCJA 1FTLA 5FHOA 3TTRA 4AB6A 5L9MA 1DSNA 2V3TA 4P0GA 2E0SA 2Q2AA 4U1OA 1PDAA 2Y7WA 2ZXTA 3S4UA 1MQHA 4F31B 3DP8A 5F1QA 3KSJA 1PB7A 1LBCA 5EHSA 3LSFB 3RNNA 3GLBA 5ICQA 2OLBA 4JWYA 4R2FA 4ZS9A 1DPEA 4LVQA 3R7XA 2OWTA 1SW5A 5FHNA 3KSXA 1PBPA 1PBQA 4EXKA 4FE8A 1TT1A 2RF1A 3RTFB 4R73A 3WAFA 4KPTA 4KI0E 3RT8A 2I58A 3U8QA 3S9EA 1XT8A 2XX9A 2XXYA 3HHGA 4MBPA 4GQOA 3K6UA 5CMBA 5H8HA 1M5DA 2XXIA 2I48A 1B7HA 5ISUA 2Y7PA 4RPOA 1N0TA 2DE2A 4LZ7A 4OERA 3UN6A 4RK2A 4X48A 3OO6A 3K00A 1B9JA 4KHZE 4E0WA 3UORA 4NF8B 1B3GA 2LAOA 1HSJA 4ELQA 3QK6A 2PVUA 3W9WA 4YB7A 3MAMA 1L5TA 3KFMA 2QS3A 1ZMGA 3A3CA 5EYFA 5ICTA 3KJ7A 1B1XA 3CRBA 4KYDA 2A5TB 5CBRA 4YKJA 4QFKA 1LCFA 2DSFA 3TTNA 3O6HA 3SEWA 5JK4A 1A8FA 3TODA 3OSQA 1HSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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