3IB0A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with diclofenac
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
total genus 121
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib0A02
3TTKA 3FIRA 3I6VA 4BLAA 5A5XB 4JSOA 3Q25A 4NWDA 3H3GA 1TXFA 4EUOA 3CFXA 3TFLA 4JB7A 3OO8A 2P2AA 1BIYA 4Z0IA 1FTLA 2ALUA 4GXAA 1L5TA 2FNCA 2YJPA 3ILTB 1A8FA 1Y3PA 2GFEA 5ISUA 2I48A 4H0WA 2X7PA 1DPPA 1ZTYA 1B46A 4F1VA 3TODA 4KCDA 1MH4A 3MVXA 4IO4A 2F8DA 4G68B 1US5A 3MPLA 4H8JA 5B70A 5H8FA 3S9NC 1POTA 4PE5B 4YB5A 1N84A 2PT1A 3DP6A 1TFAA 1MXWA 5L9OA 3VLUA 3RTFB 4OESA 2DWJA 4F3BA 2KLFA 3BFUA 3THIA 3LC8A 4EQBA 1ATGA 3Q28A 3HHFA 1JW1A 2H5YA 1XVYA 3RT8A 2Q89A 1P99A 4R6HA 5HM4B 2F7BA 3KG2A 5AA4A 4IY5A 2XXUA 3FVNA 2XX8A 2Y7KA 5TU0A 4RNSA 4F3GA 3IB0A 3T9UA 5H8QA 3I3VA 3H7MA 4OVJA 4JDFA 1P1WA 4O3BA 4NEDA 3N6TA 3IOVA 4F3PA 4UACA 3W15C 4F29A 5I2KB 3RN8A 2RC7A 1WVJA 1OMPA 1MRPA 4TLLB 4DIGA 1A7LA 1PBPA 1US4A 3T96B 4YICA 2DVCA 5H8HA 4OZ9A 1B40A 5EYFA 4DXUA 2QPQA 2ZNUA 3EPEA 3U93A 5I56A 3FVKA 1NNTA 2Y7PA 3V5AA 3H06B 4ZE8A 2QSXA 2F6PA 1D3KA 3K00A 3MPKA 3OELA 4MBPA 3PUYE 4X1DA 1SI0A 1OVTA 2M8CA 3BKIB 1MDP1 3M3FA 2QMWA 1UQWA 1B7ZA 3ECRA 2Y7WA 1B6HA 2ZYMA 5BUUA 2D5WA 3T66A 1H3DA 5JEIA 4LATA 4LUBA 3DP8A 4EQ9A 4LZ5A 4RJZA 1UIUA 4G68A 3PU5A 2DYXA 4YKIA 3G7WA 2Z23A 3CIJA 4EQ7A 4GF8A 3EN3A 3K6UA 3OO6A 1B5HA 4NE4A 3JV9A 1VFEA 2QS1A 1R9LA 2XX7A 1LFHA 4BDNA 3OD7A 4P0GA 3GBBA 3V8XB 4KHZE 3TDJA 3UK4A 1UIVA 2YLNA 4ND9A 3G3IA 4RA1A 5DYHA 2I58A 4MH5A 3O9PA 1MQIA 3OOAA 4HS7A 3O6HA 4Q0CA 2UYEA 3BBRA 4LVQA 1ZBMA 4YZZA 1B4HA 3K6XA 4R9FA 3CI8A 2UVHA 3E9XA 3O66A 1URDA 3IB1A 4AQ4A 3HO7A 5CBRA 1ZJLA 3LBSA 4U22A 3KN7A 5I2KA 2WKYA 4H5FA 4NF5B 3B6QA 5CMCA 4IO7A 5AA2D 1JEVA 4IGRA 4WEPA 3PUZE 3FJ7A 3PUVE 3RLFE 3PUWE 1MY3A 1P1QA 2V3QA 1NKXA 1HSLA 3USDA 4UA8A 2F5XA 1PEBA 4RK2A 1B1HA 1LAGE 1NNPA 3MWBA 4WXJA 2OCUA 4OMBA 2RCBA 1FTOA 1A40A 3QUJA 4YKJA 2VHAA 3RTWB 4ELRA 2O68A 4OXVA 2ONKE 3T9HB 5AA3A 1CB6A 1LFIA 3KFMA 4YB7A 3PMVA 4GLIA 4EXKA 5DEXB 1Q35A 5I58B 3UORA 1MXZA 2REJA 1AIVA 1EZ9A 2FYIA 1KWHA 5CM6A 4DDDA 4HTGA 1HSEA 3MZ9A 4GQOA 2I4BA 4KD5A 1IQ7A 2X7QA 3K01A 1OQHA 3K1MA 4MF3A 4ELPA 1A54A 3N5LA 3R6UA 3GZGA 3G3KA 1B3EA 2XD3A 4QRZA 1LB9A 5K2YA 2DWAA 5CC2A 4G8HA 1B58A 2CZLA 2I3VA 3H4ZA 1IZ1A 4IGTA 5DVIA 4ZEKA 3RQTA 1MM6A 3E13X 3VV5A 3RNNA 1MPDA 1WODA 3T93B 3HSTA 1MQGA 3T9VA 5LOMA 1WDNA 3F11A 3FV1A 2XXQA 2A5TA 3MVYA 2OBGA 1OIBA 4N13A 4OENA 5KZTA 2V93A 2HAUA 4RXLA 2O1MA 1DTGA 1PB8A 1IEJA 4MLQA 4RYAA 4JXIA 4YB6A 2DE4A 2PBWA 4EF2A 3VXCA 3EHSA 3C31A 3HV1A 1Y4TA 5I59B 3SERA 4C1TA 2DXYA 1A8EA 4RY1A 5TP9B 1D4NA 1VE4A 3A09A 1SQYA 4KQPA 1SBPA 3SESA 1GV8A 3ILUB 2OJTA 4OYVA 4JSDA 2Q2CA 3CSGA 1VSOA 3VVDA 1S50A 2RC9A 5I2NB 3LR1A 2DWIA 2O69A 1MPCA 3K6WA 4ZZEA 1T0KA 1GTKA 5CRYA 2ZYOA 2R71A 1H45A 2QMXA 1B3LA 2F6GA 3O6IA 2I0CA 2XXRA 2H99A 1GGGA 1LBBA 3EQ1A 1QVSA 4LQ5A 1B9JA 1MG1A 1Y9UA 1YPNA 2ONRA 3QAXA 2F97A 5KCJB 4ELQA 1HSJA 5JTYA 3FD3A 4Q30B 4U2RA 4QSDA 3K1NA 2V25A 2LAOA 3K2DA 4DZ1A 1URSA 1UTHB 1MXUA 5L9MA 4I8CA 1NNFA 4FORA 1EU8A 5ICTA 4XXUA 2PT2A 4Z7EA 4IY6A 1N0TA 1YAEA 4R74A 4H8IA 5KDTB 2VD2A 5CMKA 4U1ZA 4OFOA 3LUYA 4F39A 2XXTA 3H6TA 5H8NB 1UTBB 2UVGA 3OO7A 1EZOA 4BDQA 4M4GA 2QS3A 4P0IA 3MQ9A 1OVBA 1SVXB 2UYFA 2I4CA 1VR5A 4F2QA 3SETA 4NWCA 5I57B 4DCYA 3MVZA 2DE2A 2GRVA 2ONSA 3ONMA 4E0WA 4XKRA 2DE3A 4HCYA 1SW2A 3R26A 4LZ8A 1F9BA 3KSJA 1N7XA 1IXCA 4PFYA 3A3CA 3SEYA 1M5FA 3QIMA 1MDQA 4ZDMA 4PQJA 4JWYA 3PPQA 1RYXA 1SYHA 3TTRA 5FHNA 4U1OA 3VDFA 4QF9A 4OWDA 4DXCA 3TYHA 1SW5A 4ZEIA 3ZSFA 3KGCA 4F31B 4R73A 3OEMA 2Q88A 4IO6A 1IUDA 1OLAA 3FVOA 5J1DA 2THIA 4X9TA 4G4PA 5I59A 2QL3A 1N76A 2I6EA 1EZPA 4ESWA 1IIWA 1FTKA 4F19A 1B5JA 2DSFA 3U8QA 3PPOA 3VLWA 3TUSA 4LP2B 5I2NA 2VOZA 1QUIA 1FCKA 3FJMA 1J1NA 3R7XA 2I49A 3FV2A 5EHMA 1MQDA 2PMSA 5A5XA 4QFOA 3OSRA 1MY0A 4O3AA 3O29A 3D4GA 3PGFA 1P1OA 1ZU0A 1Y4CA 3IJOB 1OLCA 3ODBA 3O6GA 1PB7A 3TCHA 4ONYA 1S7YA 1B52A 1UTHA 3MW0A 4BDLA 1DPEA 4TLMB 4ZZAA 3QUFA 5FHMA 1B4ZA 5TPAB 4YMAA 3PD9A 3CR9A 3H03A 4FATA 3LSFB 4XKPA 1I69A 2VP1A 2ZNSA 3TPAA 2O7IA 2BJJX 1JETA 5DVFA 4PETA 1LCTA 1MQHA 2F35A 3UN6A 1BLFA 1H76A 3KSXA 1BTJA 3K4UA 2Y7IA 5JK4A 1POY1 1XC1A 1JVXA 1ZLQA 3E3KA 1BP5A 4YKPA 4LA9A 3EHTA 3N26A 1FTJA 1ELJA 1N3XA 1FTMA 4QHQA 1B0LA 1AOVA 4GD5A 4GL8A 4GXSB 3MZ1A 4ELOA 1MPBA 1LLSA 1Y3NA 4G8NA 1USYE 2NWJA 2P0SA 1FQFA 2AYSA 3RT6B 3PV0E 3IL1B 1NL5A 1B0HA 3HPIA 4XTCQ 2RINA 4ECFA 1SI1A 3FUZA 2E1SA 4DXBA 3ZKLA 2A5SA 1MXVA 2OWSA 4ZEFA 2ZMBA 2E0SA 1ZIUA 1B7HA 4QFKA 2HXWA 4IO3A 2O7UA 1URGA 3G3FA 1LAHE 1B51A 3LSXA 4NF4B 3SEWA 4OTEA 4RK9A 3QYTA 4OETA 1LSTA 4AB6A 4I62A 1A55A 2RF1A 3IX1A 1RKMA 1CE2A 4U4XA 5CBSA 3PPNA 1MM7A 4G2ZA 4KYSA 5AA2B 1XT8A 4ZEDA 4DE8A 4X48A 4G77A 1JQFA 1GVCA 3KJ7A 1JEUA 3VLVA 4QFLA 4JWXA 1I6AA 3K02A 4YU0A 2Z8DA 2F36A 3RUMA 4U21A 3TTLA 2HCAA 2Z8FA 1AMFA 3HHGA 4F3SA 1RYOA 2X26A 3TAJA 4HCWA 2G29A 1SW4A 1M5DA 2V3UA 2H25A 1MS7A 3G3GA 4WEDA 4MFIA 2Q2AA 4K3FA 3IORA 3FGSA 4I1DA 2HZLA 1PDAA 5TPAA 3H6UA 4NMYA 5M2VA 2OZZA 3GLBA 1IITA 2RCAA 4QFPA 4GOTA 2XXXA 4XKQA 1YTVA 4C1UA 1Z7NE 3VE1B 1II5A 3AXFA 3I5OA 3KN3A 3QSLA 4H67A 4WKMA 2HAVA 1N04A 4FE8A 3PPPA 1O64A 1FQAA 2AIXA 3SEUA 3QK6A 2O51A 3DP4A 3Q29A 3DM0A 1NH8A 3C32A 4PP0A 1Y20A 1YCJA 4GIZA 2QS2A 3W9VA 4KI0E 1EH3A 3FZVA 2V3TA 3SEVA 4NTLA 3PMWA 3O97A 4ISUA 1MQJA 3KEIA 2OLBA 3UP9A 3IO4A 1FQEA 3H6WA 3IOTA 3VFJA 3C34A 3OXNA 2VGQA 1JVYA 1BKAA 4PFTA 3SEXA 5AA4B 2B3BA 3TZAA 5HBCA 1ZKBA 4FJPA 4I9DA 3DELB 4OHNA 1B32A 2Q8JA 3CVGA 3M3KA 4R2FA 5H8QB 4F2OA 3UA8A 2H4IA 4NF5A 3CFZA 1H43A 1LCFA 3IJXB 3TEPA 5F7VA 4GL0A 4R6KA 1DSNA 2F78A 4NF8B 1MXXA 1SD3A 1R9QA 2OK2A 5H8SA 5DVJA 3O2AA 1B2HA 1VFDA 4Q5TA 4YAHX 3CG1A 4PFUA 1I6BA 3U1OA 2B3FA 4R9GA 1R1NA 5H8HB 3OENA 1NNKA 1P1NA 4POWA 1S9TA 1LB8A 1H44A 1TWYA 5ITOA 2I3WA 3CFLA 4N07A 3FXQA 4KFQA 3TELA 4JBZA 4R6YA 2DXRA 1TT1A 5DEXA 4PFWA 1QKAA 5I58A 4U4SA 3TCGA 5L8DA 2D21A 3FXUA 4KPTA 4GWOA 1AH5A 1DMBA 2ABHA 2O1LA 3TKDA 3MAMA 4C0RA 3N94A 2ZXTA 2PYYA 2XXVA 1FW0A 4H1XA 1FQBA 2P1SA 3LSLA 1SW1A 1ZMGA 2XXPA 1B5IA 2Y7RA 5K2XA 1Z7ME 2XXHA 1MY1A 3MP8A 2IEEA 3SDFA 2O84X 3U94A 3PD8A 2QS4A 4GVOA 5CMBA 3H6VA 1QJMA 3C35A 4H65A 3U72A 3M8UA 1LBCA 1Y1ZA 2ZYKA 2NXOA 4XIGQ 4ESXA 3MBPA 4F22A 2XHDA 3HCQA 3DLNA 4ZE9A 3FATA 2RKMA 3C36A 3OEKA 3K0VA 2XXIA 4FEDA 5TP9A 3VVEA 3FXRA 3FJGA 5HPQA 3TQWA 4F18A 3S9MC 1PBQA 3TQLA 3CSBA 4NF8A 4QSEA 1XS5A 4EXLA 5BWJA 3G3HA 1QULA 3IAZA 4GFRA 1IXGA 4R2BA 2V84A 2NOOA 1PB9A 4NF6B 2G93A 2H9BA 2XD2A 3W9WA 1XHYA 3GBAA 1JNFA 5FTHA 1D9YA 2I0BA 3QXMA 2GHAA 3KBRA 4YKKA 3KJTA 3CG3A 1DTZA 3IOWA 4LONB 5DTBA 1P1UA 5KCJA 4FEBA 3RPWA 1N3WA 4OQOA 2FA7A 1NMUA 1JW5A 1JW4A 2ZNTA 1USYH 1XVXA 5CI5A 2PX1A 4LZ7A 4G68C 2UXAA 1FQDA 4KYEA 3Q26A 3TTMA 4X1BA 4G8MA 3OO9A 2ESNA 5KDTA 1OQGA 3MC2A 4IB2A 5H8NA 1UTBA 3MJNA 1Y3QA 4P11A 4JWOA 3BFTA 4KR5A 2DWHA 3B6TA 4FECA 4ZEBA 5FTIA 3GXAA 3B7DA 2QRYA 4FIMA 4F1YA 3IK6B 1DOTA 2DS9A 2ZYNA 5I57A 2CMOA 2OWTA 3KZGA 2F7AA 3A3UA 3MZBA 3MVWA 4R72A 3Q27A 4GRKA 1B3GA 4F1UA 4Q8RA 3KN8A 2UVJA 4QFNA 2GHBA 1D9VA 4OFJA 1NFTA 3O28A 3SKPA 3EHUA 3ZKKA 2HEUA 2Z8EA 3S9LC 3IR1A 2A5TB 3TMGA 4EDPA 4IO2A 4H6DA 4MLVA 2XXWA 3M3LA 1QW0A 3C33A 2VD3A 3IB2A 2GH9A 1LGBC 2R9JA 2RC8A 3JZJA 2AL5A 2YPNA 1A99A 1R6ZA 5ITPA 3S9EA 3WAEA 3C9HA 4TQUQ 3ZS6A 2W7YA 4OERA 3K6VA 1IXHA 4NF6A 4O3CA 5AE4A 4M1VA 4QSCA 2HFBA 3UGWA 3L6HA 4DLDA 1B3FA 4BDMA 3LSWA 1O63A 1TFDA 1XOCA 1SDXA 3JYRA 3RY3A 3IOUA 3T9XB 1B3HA 2AL4A 1MY2A 4EF1A 4RPOA 5DT6A 5JTYB 2PVUA 3S4UA 3U92A 3FVGA 3OMBA 4XKNA 2D3IA 3C4MA 4THIA 3WAFA 1NH7A 1LAFE 2HQ0A 3MP6A 4LQ2A 4N6PA 2O6AA 1O7TA 1B1XA 4FAJA 5F1QA 5IKBA 3L6GA 4U23A 5ELVA 3D4CA 3N6UA 5H8FB 2Q9TA 4TOZA 4KYDA 2F34A 1Q1KA 1PC3A 3B6WA 1MH3A 4OFLA 1M5EA 1MY4A 3IO6A 4YMBA 1LFGA 4HW8A 2QJEA 2NVUB 1M5BA 2DQVA 2Z22A 1FQCA 5B7DA 3KOTA 1MXYA 3G3JA 2XXYA 3HN0A 2DVZA 2XX9A 5I84A 2NUVA 2H98A 3CRBA 1N7WA 3P7IA 3EF7A 3S2VA 4POXA 4AB5A 3V89B 3K1PA 2Y84A 1SYIA 3UIFA 4OEUA 4R75A 4BDRA 4L17A 1I6QA 2UVIA 4BDOA 1Y1MA 5FHOA 2ANJA 4E0XA 1QKBA 3PPRA 4NF4A 3TCFA 1GR2A 2DP8A 3FASA 4ZS9A 4KCCA 4OEVA 1QUJA 5ICQA 3PMXA 5L9SA 2IA4A 1ANFA 3PUXE 3RGYA 2R6GE 3E4RA 1QUKA 3V83A 4ZECA 3MUQA 5IAIA 3TTNA 4RPNA 2F7CA 2DOJA 1AL3A 5EHSA 2HZKA 1M5CA 5AA2A 3T22A 5AA1A 2B65A 3MP1A 3VXBA 5I56B 1LAXA 1B7UA 3OSQA 4DCXA 3VVFA 2REGA 1B05A 4H5GA 4IO5A 1IXIA 3KOSA 5CMMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TTKA 3FIRA 3I6VA 4BLAA 5A5XB 4JSOA 3Q25A 4NWDA 3H3GA 1TXFA 4EUOA 3CFXA 4GBWA 3TFLA 1EYKA 4JB7A 3MSTA 3OO8A 2P2AA 1BIYA 4Z0IA 1FTLA 2ALUA 4GXAA 1L5TA 2FNCA 2YJPA 3ILTB 1A8FA 1Y3PA 2GFEA 5ISUA 2I48A 4H0WA 2X7PA 1DPPA 1ZTYA 1B46A 4N8GA 4F1VA 4PC9A 3TODA 4KCDA 1MH4A 2GQ1A 3MVXA 4PDHA 4IO4A 2F8DA 4G68B 1US5A 3MPLA 4H8JA 5B70A 5H8FA 3S9NC 1POTA 4PE5B 4YB5A 1N84A 4N6KA 2PT1A 3DP6A 4GWWA 1NUZA 1TFAA 1QGXA 1MXWA 5L9OA 3VLUA 3RTFB 4OESA 2DWJA 4F3BA 4IR8A 4O7MA 2KLFA 3BFUA 3THIA 3LC8A 4EQBA 1ATGA 3Q28A 4X04A 4XEQA 4N4UA 3HHFA 1JW1A 2H5YA 1XVYA 3RT8A 4P8BA 1RDXA 2Q89A 1P99A 3EKIA 4R6HA 5HM4B 2VPNA 2F7BA 1NV5A 3KG2A 3KBZA 5AA4A 4IY5A 1NV3A 2XXUA 3FVNA 2XX8A 2Y7KA 1BK4A 4I3EA 5TU0A 1FRPA 4RNSA 4F3GA 3IB0A 3T9UA 5H8QA 3I3VA 3H7MA 4OVJA 2OWZA 4JDFA 1P1WA 4O3BA 4NEDA 3N6TA 3IOVA 4F3PA 4UACA 3W15C 4F29A 5I2KB 3RN8A 2RC7A 1WVJA 3NOHA 1OMPA 1MRPA 4LN5A 4TLLB 4DIGA 1A7LA 3PTYA 1PBPA 1US4A 3T96B 4YICA 2DVCA 5H8HA 4OZ9A 1IMBA 2P3VA 1B40A 5EYFA 4DXUA 1FPDA 2QPQA 2ZNUA 3EPEA 3U93A 5I56A 3FVKA 1NNTA 2Y7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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