3IB0A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with diclofenac
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 121
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib0A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib0A02
2XHDA 3B6WA 4G2ZA 2R71A 3PUVE 1M5BA 4JWOA 4ESXA 3C33A 3C31A 3OO7A 5CM6A 1MY2A 3T9VA 1I6QA 4F1VA 4KFQA 3ECRA 3OEMA 4NE4A 2ONKE 1GV8A 1Y1ZA 3TUSA 1R9QA 3B6TA 2F6GA 3H4ZA 4O3CA 4F1YA 2Q2AA 5FTHA 2QRYA 2ZMBA 3FUZA 4ECFA 1DTGA 5AA3A 4BLAA 4PE5B 4THIA 4RPOA 4WEDA 3FVOA 1GVCA 4U4XA 1Y20A 3UK4A 5HM4B 5TPAB 1URDA 5L9SA 3EN3A 4U1ZA 1NNKA 2XXRA 3C4MA 4EQ9A 4GLIA 1B7HA 4NF6B 1MH4A 3IB0A 2H99A 4QF9A 2XX7A 1MS7A 1N3WA 4ZEBA 3H03A 3IK6B 2DE3A 4G8NA 4GQOA 4GWOA 4KI0E 1MXXA 4FATA 5I2NB 1FTLA 4I8CA 1SDXA 4IO7A 4YU0A 1H45A 5EHMA 3RGYA 3FJMA 3MAMA 1N04A 2ZYNA 3DP6A 1MY4A 3G3IA 5CMKA 1MM7A 3V89B 1TXFA 4BDNA 1SD3A 4U1OA 1QUKA 2RCAA 1TWYA 2OLBA 3GBAA 4YZZA 4F19A 2GHBA 2RINA 4F3BA 4GXSB 4G68B 3G3KA 1B7ZA 3O29A 3KBRA 1BLFA 3IO4A 4JSDA 1UQWA 3K6XA 3MZ9A 5F1QA 5KDTB 3N6TA 3PMWA 1RYXA 2UVHA 1N0TA 4KCDA 1O64A 2OK2A 1WVJA 4JWYA 3M8UA 3MVZA 4NF4B 4PFUA 2O1LA 2XXVA 1MXWA 1ATGA 3PGFA 2ANJA 2OJTA 3PMVA 3FATA 3K6WA 1O7TA 3RTWB 3OO6A 4F3SA 4IO4A 3K1MA 2UVJA 4ZEKA 1I6BA 1JW4A 2Z8FA 1UTBB 3JV9A 1LFHA 2KLFA 2QMXA 1S9TA 3HHGA 3CVGA 1PDAA 2E1SA 2V3QA 4ONYA 4KYEA 4H1XA 4IY6A 3L6HA 3RUMA 3IX1A 3S2VA 3H6UA 4ELPA 2QPQA 4LVQA 3PPNA 5AA4A 4OENA 1B2HA 5CMMA 4XKRA 1USYH 2X7PA 1Q35A 4RXLA 2ZYOA 1SQYA 1B0HA 1IXIA 3B7DA 3MC2A 5I2KB 2DWJA 4QFKA 5H8HB 1PBQA 2OBGA 3D4CA 3OOAA 5FHOA 1B7UA 1M5DA 4HCWA 2NWJA 5TPAA 4PFTA 1N3XA 4ELOA 4RY1A 3C32A 2I4BA 2ZNTA 3BKIB 3N94A 4N07A 3T22A 1EZPA 1PC3A 1Y4CA 3VVEA 2F8DA 4RJZA 1B5JA 1A54A 5IKBA 3E4RA 2YLNA 4G77A 4OTEA 3MWBA 2ABHA 3MZBA 3JYRA 3TTMA 1DOTA 4H65A 1OMPA 1IITA 3SEUA 3SDFA 4EQBA 1USYE 4EUOA 1SW2A 1B3LA 3K02A 1MH3A 1P1NA 3GBBA 4JB7A 4JDFA 4RYAA 2OWSA 5FHNA 4BDOA 2H25A 1JEUA 1NFTA 3C35A 4DXUA 2D3IA 2FNCA 4LONB 5CBRA 4F31B 5CRYA 2R9JA 1I6AA 4NF8B 1MG1A 4ND9A 4HW8A 2NXOA 4OETA 4UA8A 4YMAA 2F7CA 3O6IA 1BTJA 1FQEA 1UIVA 2PX1A 3H6TA 3MVYA 3HO7A 3OO9A 4LZ7A 1QVSA 4TOZA 5H8QA 3VXCA 4DXCA 2DSFA 1D3KA 3RLFE 4U21A 3K2DA 2PMSA 1S50A 1P1WA 3QYTA 5AA4B 5JTYB 4IY5A 3HCQA 2O51A 2REGA 2O69A 2XX8A 5I2KA 2Y7KA 4KD5A 3TCGA 3LBSA 3H3GA 4MFIA 1B5IA 1Y3QA 5FTIA 1IIWA 1FTJA 1LAFE 4MLQA 3G3JA 4U4SA 1II5A 3USDA 1FQAA 3RTFB 3GXAA 4ZEFA 3KG2A 2PT1A 2DWAA 3CR9A 3CG3A 4NWCA 1UIUA 3IR1A 3TAJA 5EYFA 3T93B 4LATA 3QXMA 3V8XB 3FVKA 4FAJA 3PD8A 2VGQA 5DVIA 3CFXA 1XVYA 2GRVA 2I0CA 3ILTB 3M3KA 4GXAA 3RY3A 4PFWA 3C9HA 1DSNA 4Q5TA 4EF2A 1MQDA 4ZE8A 3VXBA 2XXHA 4KYSA 1JETA 5DTBA 2OZZA 4XIGQ 3PPPA 1FQDA 2DWIA 5BWJA 3BBRA 4R73A 3U94A 1LBCA 3FGSA 1A8FA 4GRKA 2CZLA 4JSOA 1SW4A 1B58A 4PP0A 4DE8A 1ELJA 2Q2CA 4GL8A 5HBCA 2XXXA 1JVXA 3PMXA 4HCYA 4Z7EA 1NKXA 4LUBA 4NF5A 2F35A 3PUWE 1SW5A 4WKMA 3RPWA 1AH5A 3T9HB 3PUXE 1LAGE 1QW0A 1JVYA 2XX9A 1DTZA 1OLAA 1POY1 4O3BA 3OXNA 2THIA 4I9DA 4F22A 3CG1A 2F7BA 2VOZA 1XS5A 5DVFA 3SESA 2G29A 5JK4A 1P1UA 4G4PA 4U23A 1MQIA 2PYYA 4N6PA 4BDRA 4OERA 2ZNSA 2RC8A 1ZLQA 5DVJA 1DPEA 4OQOA 4LA9A 4MH5A 4YICA 5K2XA 2PVUA 1B3HA 4YB5A 3O6GA 1ZU0A 4R6YA 1P1QA 1ZJLA 3MQ9A 3SEXA 3HV1A 1XVXA 5ITPA 3EPEA 4R72A 4YKPA 4R75A 5K2YA 4P11A 2B3BA 2NOOA 3KN7A 4EXLA 1XHYA 4PQJA 4QFNA 2Q88A 3LUYA 2DYXA 2P1SA 1MPDA 1B5HA 4KHZE 4TQUQ 4ZEDA 3E13X 4H6DA 1O63A 4FEDA 4NMYA 3RT6B 3VLUA 3DP4A 4F3PA 2HQ0A 3EHTA 4XKQA 5H8QB 3U92A 1YAEA 5CI5A 2Q9TA 1PB9A 2AL4A 2F97A 1XT8A 1R6ZA 2DE2A 4F1UA 4ZE9A 4GFRA 1SI1A 2I3WA 4QFOA 3W15C 3RNNA 2HZLA 2Y84A 3K00A 4OMBA 2O6AA 3K1PA 4GL0A 4L17A 3E3KA 3MP1A 2DQVA 1B1HA 1URSA 4QHQA 1MDP1 1TT1A 2IEEA 2AL5A 4F29A 3KEIA 3H7MA 4ZEIA 1A99A 1LCTA 1ZIUA 2I4CA 4LQ2A 5KCJA 1B51A 3VVDA 1AMFA 1QULA 3H6VA 3ONMA 1P1OA 3PPRA 1ZKBA 2Q8JA 3FVGA 1T0KA 5I58A 1MY3A 3TQLA 3R7XA 3KN3A 1SVXB 1A7LA 3LSWA 2QS1A 3KOTA 3T9XB 2HAVA 3OD7A 3R6UA 3KFMA 1HSEA 1B4ZA 1OQGA 5TP9A 3TQWA 3TTLA 3FJGA 3TEPA 4QSCA 1PBPA 1WODA 3D4GA 3CSBA 3IJOB 3MUQA 4OFOA 4R2BA 4X48A 3WAEA 1M5CA 3IOTA 3IOUA 3A09A 2XXYA 4IO2A 1URGA 2GHAA 2RCBA 2ESNA 1VSOA 3ODBA 4OWDA 3SERA 2V3TA 3SEVA 3I5OA 2DE4A 2G93A 2V93A 3U72A 2P2AA 3G7WA 3MVWA 4ESWA 2HXWA 3VVFA 1UTBA 3JZJA 3PUZE 3LC8A 3ILUB 4GD5A 4H8IA 1QUJA 2O1MA 4NEDA 4OZ9A 3CRBA 5J1DA 2HCAA 4OEUA 1OVBA 4X1BA 5L9OA 1FW0A 1POTA 1SW1A 1ZTYA 4ISUA 3VLWA 1WDNA 1MM6A 2H4IA 4NF4A 2V3UA 1EU8A 3KJ7A 4QRZA 3TYHA 4OEVA 4EDPA 2VD3A 1AOVA 1EZ9A 4R2FA 1B3EA 4WEPA 3E9XA 2F5XA 5CBSA 2Z8EA 1MPBA 2IA4A 3F11A 3FJ7A 2HAUA 1UTHA 2H5YA 3MPKA 4HTGA 4LZ5A 4MBPA 2ALUA 2DXYA 4POXA 4KCCA 3BFTA 3W9VA 2YJPA 5L9MA 4R74A 1A55A 5JEIA 1YPNA 3S9MC 1LSTA 1LAXA 2BJJX 4MLVA 1MDQA 1CB6A 4TLMB 3TFLA 4AB5A 1LB9A 2XXIA 3MP6A 3MVXA 2Z8DA 1B4HA 3THIA 1Y9UA 1NH8A 1B9JA 5DEXA 3TODA 2I6EA 3IB2A 3FIRA 3K6VA 1QKBA 5AA2D 3A3CA 4BDLA 1S7YA 4U22A 3KGCA 3O66A 4F39A 1NL5A 5HPQA 1MY1A 5I56A 1B46A 2LAOA 2NUVA 3K6UA 4R9GA 3ZKKA 3WAFA 4F3GA 2I3VA 2P0SA 1IXHA 4H67A 1FQCA 3I3VA 3VE1B 1ZBMA 2OWTA 4NF5B 3PUYE 4F2QA 3CIJA 3GZGA 2I49A 2RC7A 2I0BA 1LFIA 5FHMA 1N7XA 2WKYA 2QMWA 2HFBA 3EHUA 2QJEA 1B0LA 2M8CA 1MPCA 3M3LA 3UN6A 5ITOA 1GGGA 2I48A 3TTRA 2DWHA 1H3DA 2O7UA 4H0WA 4H5GA 3K01A 3KJTA 1US5A 2H9BA 3W9WA 1N76A 2RC9A 1Y3NA 2Z23A 1XC1A 1GR2A 2QSXA 3IL1B 5ISUA 5H8FB 1Y3PA 3FV2A 3KSJA 3RN8A 3U1OA 2ZNUA 4IGRA 4NF8A 4NWDA 1Q1KA 2DP8A 2UVGA 3G3HA 1PB8A 3O2AA 5TU0A 2NVUB 1SBPA 4ZECA 2ZYKA 4K3FA 4R6HA 4LP2B 1LGBC 4QSDA 4BDQA 1H76A 5KZTA 1GTKA 1I69A 2XXTA 3EF7A 1A40A 1KWHA 3OELA 4IO3A 4NTLA 4OHNA 1LLSA 4G8MA 3O9PA 5LOMA 1ZMGA 3O97A 5CMCA 1LBBA 2DXRA 1US4A 1OQHA 5IAIA 2VHAA 4XKNA 4M4GA 4FECA 1MXUA 2Z22A 1JQFA 4R6KA 3S9LC 4IB2A 1L5TA 4ZZEA 2UYEA 3PPOA 4BDMA 4ELRA 3HSTA 3PV0E 2W7YA 4QFPA 3T66A 3TDJA 1N7WA 2UYFA 3AXFA 2ZXTA 1NH7A 1JNFA 4GIZA 4NF6A 3T96B 2QL3A 2Y7PA 4AQ4A 4OESA 1PB7A 1D9YA 3O6HA 1RYOA 5H8NA 1SYHA 5I57A 1BKAA 1IXCA 1JW5A 2REJA 1M5FA 3H06B 4HS7A 2AIXA 4P0IA 1QJMA 1MQJA 3A3UA 3DM0A 3ZS6A 1FCKA 2RF1A 2QS3A 1B6HA 2D5WA 3C36A 1QUIA 3MP8A 5TP9B 2F34A 1IZ1A 3CFLA 3KOSA 5KCJB 3LSXA 1Y1MA 3EHSA 3TCFA 1TFAA 3HPIA 2A5TA 4XXUA 5B7DA 1EZOA 3TTNA 4DLDA 1NNTA 3R26A 4LQ5A 3EQ1A 3OEKA 3QUFA 4YAHX 3K1NA 5I84A 1R1NA 1J1NA 1DMBA 3I6VA 3QUJA 5A5XB 1RKMA 3OO8A 5AA1A 3TKDA 3FVNA 3N6UA 3SKPA 2H98A 1BP5A 2R6GE 4FJPA 4G8HA 1B05A 3TZAA 3Q26A 4YB7A 3T9UA 2CMOA 4XKPA 2XD2A 4P0GA 1JW1A 4RNSA 4RK2A 4IO5A 2XXWA 4QFLA 3P7IA 1QKAA 1NNPA 4YKIA 3CFZA 3MJNA 2RKMA 4WXJA 3C34A 4LZ8A 4X1DA 3DLNA 4ZS9A 2PT2A 1IXGA 3FASA 4JBZA 3FZVA 3OENA 5ICTA 2GFEA 1FQBA 1LAHE 1HSJA 1NMUA 1Z7NE 4EQ7A 3ZKLA 3MZ1A 3HN0A 4M1VA 4C1TA 3IOVA 3V5AA 5H8SA 3TCHA 5I59B 3LSLA 5ICQA 3OMBA 4H8JA 4F18A 5I57B 4IO6A 3QAXA 1VR5A 2DVCA 4F2OA 5H8FA 4KYDA 3Q25A 3TMGA 1PEBA 3LSFB 2PBWA 3VV5A 2X7QA 4R9FA 1LCFA 1LFGA 3KN8A 2V84A 1Z7ME 3MW0A 3GLBA 4UACA 5L8DA 5BUUA 3UGWA 4OFJA 5CMBA 5AE4A 3PD9A 3QSLA 2FA7A 3RQTA 4Z0IA 1M5EA 1SI0A 1LB8A 2A5SA 2XXUA 4DCYA 4DXBA 3FXRA 1MY0A 2D21A 4DDDA 2DS9A 4Q8RA 3VFJA 2FYIA 4RA1A 4YKJA 1MXVA 2I58A 1SYIA 5CC2A 4G68A 1EH3A 1R9LA 4FEBA 1MXZA 4OXVA 3B6QA 3SEYA 1TFDA 1NNFA 5DEXB 3UIFA 2ZYMA 5I2NA 1ANFA 4MF3A 5ELVA 3U8QA 1N84A 3QIMA 1CE2A 2ONSA 2Y7RA 4ZZAA 2Q89A 3S9NC 1BIYA 2OCUA 4Q30B 3IOWA 1OLCA 5B70A 1P99A 1B1XA 3IO6A 5KDTA 4FE8A 1H44A 3FXUA 2QS2A 1MQGA 4TLLB 5DYHA 2O68A 4EXKA 3VDFA 4FIMA 1Y4TA 3TELA 3ZSFA 4RK9A 1IUDA 1VFEA 4I62A 4KR5A 4YB6A 3UP9A 1OVTA 2VD2A 4JWXA 4DCXA 1FQFA 4IGTA 3VLVA 4E0XA 3L6GA 1VFDA 3S9EA 2XD3A 2VP1A 1HSLA 4N13A 2DVZA 2F36A 2QS4A 1B3GA 4G68C 2UXAA 4Q0CA 3MPLA 4XTCQ 4OFLA 4PFYA 5JTYA 5DT6A 2X26A 3K4UA 3TTKA 3CSGA 4QSEA 1JEVA 3Q29A 3TPAA 4KPTA 4JXIA 3DP8A 2Y7IA 1B40A 3U93A 2O84X 1B52A 3IORA 3SETA 4AB6A 4X9TA 4C0RA 2XXQA 1UTHB 1F9BA 3OSRA 2UVIA 4GF8A 3KSXA 4OYVA 3S4UA 1YCJA 3PU5A 5H8HA 1MRPA 3UORA 3G3GA 4PETA 1MXYA 2GH9A 4ZDMA 5H8NB 4OVJA 4C1UA 1B32A 4GOTA 3N5LA 5F7VA 3KZGA 2F78A 3PPQA 1AIVA 3N26A 3OSQA 1FTMA 3RT8A 3FV1A 3IJXB 5I59A 3H6WA 3LR1A 2XXPA 1OIBA 2HZKA 3G3FA 4KQPA 4YMBA 1FTOA 3SEWA 1B3FA 4EF1A 2DOJA 2YPNA 5I58B 2O7IA 3Q28A 5I56B 3HHFA 3V83A 3K0VA 2Y7WA 4DIGA 2F7AA 4ELQA 3CI8A 1VE4A 3IB1A 1AL3A 1D4NA 2A5TB 2ONRA 4E0WA 3FD3A 1A8EA 3BFUA 2B3FA 4GVOA 5A5XA 2HEUA 4U2RA 1DPPA 3FXQA 3IAZA 1D9VA 1XOCA 4H5FA 4FORA 3MBPA 1IQ7A 4O3AA 3DELB 4RPNA 1MQHA 2AYSA 5EHSA 3O28A 4I1DA 5M2VA 2E0SA 1FTKA 5AA2A 3UA8A 3QK6A 4YKKA 3M3FA 4POWA 1IEJA 5AA2B 1H43A 2F6PA 2V25A 3Q27A 1YTVA 2B65A 4DZ1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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