2OLBA

Oligopeptide binding protein (oppa) complexed with tri-lysine
Total Genus 190
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
190
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structures of the oligopeptide-binding protein OppA complexed with tripeptide and tetrapeptide ligands.
pubmed doi rcsb
molecule tags Complex (binding protein/peptide)
molecule keywords OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN
total genus 190
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1995-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2olbA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2olbA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2olbA02
4MLVA 4TOZA 4JDFA 3T66A 3MW0A 3M3KA 1US4A 2RINA 3HHGA 5EYFA 5AE4A 3IL1B 1FTMA 1VFDA 1IUDA 1SI1A 4K3FA 1R9LA 2DWHA 2DE3A 1MPBA 1YTVA 2DYXA 4QFNA 3F11A 4R72A 2REJA 1LLSA 3K6XA 3DELB 1HSJA 3QXMA 3FJ7A 1JW4A 4MF3A 3TZAA 1IZ1A 4QSCA 3FJMA 3LSLA 1URGA 3IOVA 2VP1A 1MG1A 3FXQA 4YICA 3QSLA 1B3HA 3RGYA 4HCWA 2ABHA 1FTLA 4FECA 1BKAA 5ISUA 3C32A 4HW8A 2E0SA 1IITA 1IXCA 2F34A 2OJTA 4MFIA 2AL5A 3IB0A 4FATA 2QS4A 3OSRA 3DP6A 4OTEA 4NWCA 4IO4A 5AA1A 2XXQA 5I57A 2IA4A 4P11A 3O6GA 4UACA 3SESA 5F1QA 4YB7A 1O64A 2YPNA 1OMPA 2AL4A 3GBAA 1WVJA 5FHNA 3PAMA 3SEVA 4RPOA 3H7MA 4DIGA 1IIWA 4E0WA 3N5LA 2O7IA 4ZS9A 2QJEA 4GD5A 4OHNA 2O51A 1VE4A 4GL0A 1Q1KA 4NTLA 1II5A 1P1NA 1TT1A 4I8CA 1DOTA 3GLBA 4F39A 3K01A 1LFGA 3PPNA 1QKAA 5KDTA 4MH5A 1PB8A 4KR5A 4H8IA 3IORA 1MM6A 3FGSA 5H8NB 1DPEA 3KJ7A 3N6TA 3SKPA 2ZNUA 1JEUA 3H6TA 4H65A 3EPEA 2XD2A 5HPQA 2V84A 4H8JA 4OWDA 5ICQA 2V3UA 3VDFA 2OWSA 3WAFA 1AMFA 4OZ9A 2PX1A 4EDPA 3CRBA 3MZ9A 1HSEA 3K6VA 2R9JA 1VSOA 2O69A 3KN3A 4OERA 1EZPA 4PE5B 1H3DA 3IOTA 4C1TA 2ZYMA 4X48A 4FAJA 4LONB 2QRYA 1IEJA 4R74A 4OFJA 2F8DA 4U2RA 5H8NA 3C33A 1FQAA 3QUJA 4EXLA 5I59A 3G3JA 2XXYA 3E13X 1LBCA 3SEXA 3ILTB 4ZEKA 2AYSA 4RYAA 5AA4B 3TODA 1OIBA 4N6PA 3VXBA 1DMBA 3HCQA 5ITPA 3MVWA 4ESWA 2O1LA 2THIA 2DE4A 4Q0CA 4GFRA 1LB8A 3RNNA 3PPQA 1Y1MA 4G4PA 2Y7WA 1MDQA 1S50A 1OVTA 2Y84A 4JBZA 5B7DA 1MY0A 3QYTA 2ZYNA 4C1UA 2NWJA 2DQVA 1BLFA 4ELOA 3T9XB 1TWYA 4KYSA 3S2VA 2H9BA 5H8QA 2P1SA 3M3FA 2XXVA 3A09A 5AA4A 3IK6B 2WOPA 3RTFB 4XIGQ 3N26A 2D3IA 2DP8A 2NOOA 1OQGA 3KEIA 3FXRA 2UVHA 1L5TA 4HS7A 1RKMA 1CE2A 5JK4A 3PPPA 1SW2A 1A8EA 1PDAA 4TLLB 5CM6A 3CG3A 4ND9A 2XXPA 3B7DA 4NMYA 1KWHA 1CB6A 4EF2A 3DRKA 1J1NA 1SDXA 3H06B 3RT6B 3Q27A 4BDQA 4LA9A 3DP8A 4FIMA 3PD9A 3VVEA 1EZ9A 1IQ7A 4IY6A 2UXAA 4IO6A 2RKMA 3E4RA 4ESXA 1JW1A 3EHSA 3R26A 3PMWA 1LSTA 1URSA 5H8FA 4PP0A 2NVUB 2X26A 4NF4B 3SEWA 3OXNA 3H3GA 5I2KA 2GRVA 3IJXB 3RQTA 4QFKA 1A55A 3H03A 2O7UA 3P7IA 3Q28A 2NUVA 5DVFA 1N3WA 4ELPA 2IEEA 1B5IA 2I49A 3FVNA 1UTBB 4GL8A 3LSXA 5CMCA 3THIA 4R6YA 4PETA 3GXAA 2QPQA 3RY3A 2UVJA 2W7YA 3FVKA 3OEMA 4YB5A 3DLNA 4G68C 4ZDMA 1Q35A 1BTJA 4IB2A 2AIXA 3ZSFA 3IB1A 1POY1 1ZKBA 5H8SA 5EHSA 4R2BA 1B0LA 3PUZE 3TKDA 1SQYA 1D9YA 3VXCA 5IKBA 3G3HA 2XXIA 4LP2B 1JW5A 2PBWA 1EU8A 4IGTA 3VLUA 3VVFA 1PEBA 3HPIA 3O28A 4JWYA 4F1UA 4F2OA 5TPAA 2V93A 1F9BA 1O7TA 2WKYA 3O6PA 3MP6A 1UTBA 3MPLA 5FTIA 1Y3PA 1LCFA 3CHGA 2ZXTA 1B3FA 2I4BA 3TFLA 3OD7A 2O84X 3DM0A 4KCDA 3FATA 3KN7A 4U23A 4NEDA 1MXUA 1ELJA 4DXUA 1DTZA 3W9VA 1R6ZA 4KI0E 3OO8A 2FNCA 4F2QA 4XTCQ 4H0WA 2GH9A 3VVDA 2ZYOA 5TP9A 3KZGA 4XKNA 1FQEA 2PMSA 1M5DA 4RNSA 4HTGA 1LFIA 1JEVA 1USYE 2XX8A 1Y4CA 2ALUA 4POWA 3IAZA 4FORA 1MY3A 1B5JA 3HSTA 2PVUA 2RC7A 3U1OA 5FHOA 3KOTA 4F3GA 2VHAA 1BP5A 3G3IA 1AL3A 2Z23A 2P0SA 1MQHA 1QULA 3C9HA 1ZMGA 3K6WA 2OZZA 4FEBA 1M5EA 1B46A 1UIVA 4GXSB 2OBGA 4OMBA 1USYH 1HSLA 1D3KA 3E9XA 1B7UA 1YPNA 5DVJA 3K1NA 2O6AA 1IXGA 5DTBA 4AB5A 4E0XA 1NKXA 4ISUA 4AB6A 2LAOA 3EQ1A 1XHYA 4OQOA 4XXUA 1N0TA 5I57B 1A7LA 1URDA 4U1ZA 3U92A 1MXXA 4YKJA 3D4GA 2BJJX 4KHZE 1XOCA 2UYEA 3VFJA 4WKMA 1B3EA 1FQFA 1T0KA 1M5BA 2Q2CA 3FTOA 5AA3A 1JVXA 3LBSA 4XKQA 1H45A 5K2YA 5HM4B 2Q8JA 1MY2A 4OENA 4EQ9A 4Q8RA 1H76A 3FIRA 4H5GA 5KDTB 4M4GA 2QL3A 4XKPA 3TCHA 3OOAA 1DTGA 4H6DA 5FHMA 1AH5A 1QKBA 1B0HA 3C36A 3T9HB 3KG2A 3PU5A 2QS2A 3FD3A 3LR1A 2ONRA 4DXCA 2Y7PA 3LSFB 3IO4A 3MZ1A 4YMBA 3U8QA 3K2DA 3UGWA 2B65A 4U4SA 3K02A 2WOLA 5L9MA 1R9QA 1QVSA 3Q26A 1B52A 2X7PA 3JZJA 4FE8A 1FTKA 4X1DA 3I6VA 3S9EA 4ZZEA 1MPCA 3EHTA 2D21A 4WEPA 2I48A 4DXBA 3H6WA 4QFLA 2E1SA 2DXRA 4TLMB 1SYIA 1M5FA 1MQGA 4RK2A 2RC8A 1A40A 5I59B 1NNPA 1P99A 1FCKA 4KYDA 1FTJA 4F29A 2P2AA 3BFUA 4JWOA 3TQLA 1A8FA 1QJMA 4OFLA 1MQIA 2D5WA 4JWXA 4EQ7A 1PBQA 2ONSA 4GF8A 3PD8A 3B6QA 4G2ZA 2V25A 3M3LA 3QUFA 1B40A 4LZ7A 2R6GE 4YKPA 2A5SA 1JVYA 5F7VA 4X1BA 3IOUA 5I58A 2I3VA 4G68B 1S7YA 4R6KA 3OSQA 4L17A 4NF6A 3FZVA 4F18A 4EQBA 2RC9A 3TCFA 2ZNTA 2DOJA 1FW0A 5H8QB 4ELQA 1XT8A 3SDFA 4POXA 1Y20A 3MPKA 5B70A 4YZZA 3G7WA 5JTYA 4YKIA 1XC1A 4BDRA 1ZJLA 1H43A 3LUYA 5CI5A 1B7HA 3FUZA 3VE1B 4ZEDA 1RYOA 3O97A 4EUOA 4IO7A 3MVYA 1DSNA 2XD3A 3V83A 1N04A 5I2NB 2F35A 4G8HA 2DS9A 5CRYA 1H44A 3DRIA 3MZBA 2CZLA 1YCJA 2GFEA 4P0GA 1OLAA 4RXLA 4G68A 3UA8A 2OWTA 4MLQA 2I4CA 3USDA 4I9DA 1GR2A 1I69A 1TFAA 3DP4A 4OVJA 1ZLQA 1B58A 1MH4A 5L9SA 3PPRA 3Q25A 1MH3A 3JYRA 3ZS6A 4U4XA 5H8FB 1IXIA 1XS5A 4ELRA 2RCBA 5I2KB 1VR5A 5I84A 3U94A 5CMMA 4R2FA 2ESNA 3R7XA 1PBPA 3VLVA 3I3VA 4QRZA 5ELVA 3K1MA 5I2NA 4LVQA 3T9VA 3OELA 4BDNA 2F78A 3SETA 2XXXA 2V3TA 1MDP1 5DEXB 1FTOA 2XX9A 4Z0IA 2XXWA 3H6UA 4JXIA 3MWBA 1NNTA 3CFXA 1MPDA 3E3KA 3TTRA 4ZE8A 4PFWA 4YU0A 4O3CA 5L9OA 1B1XA 3LVUA 1MQJA 1OLCA 1JNFA 4NF8B 1B4HA 3JV9A 3HO7A 2CMOA 4XKRA 1NNKA 5TPAB 2GHAA 4F3BA 4U21A 2M8CA 3DRJA 2X7QA 4LZ8A 3TCGA 3MVZA 4RY1A 5DEXA 1LCTA 3UORA 5ITOA 3TYHA 2HZKA 3BFTA 3TTLA 1P1QA 3RLFE 2Q89A 3FV1A 1MQDA 2Q88A 3KSJA 5CMKA 3CSBA 4KFQA 1N84A 4JSDA 4IO5A 4LUBA 3ILUB 2YJPA 5TP9B 1ZBMA 4NF8A 1M5CA 3SEUA 2DVZA 1B1HA 2H4IA 3ODBA 2QS3A 3KJTA 3TAJA 1DPPA 4G8MA 4THIA 3IJOB 4ZEBA 5DVIA 3TELA 1ZU0A 3I5OA 5EHMA 3KFMA 2O1MA 4BDLA 2I0BA 1FQCA 1FQBA 1B7ZA 2ONKE 3FXUA 4NE4A 3C4MA 2HQ0A 5KZTA 1QW0A 3PMVA 1S9TA 1P1OA 1NL5A 3TTMA 3PUXE 4Z7EA 4GLIA 4R6HA 1D9VA 3HV1A 4KQPA 4BDOA 3VV5A 1NH8A 3L6GA 1ATGA 3G3FA 1ZTYA 3O66A 1I6QA 2I0CA 1N3XA 3UN6A 3CFZA 4GWOA 2HEUA 2Z8FA 1AIVA 1SD3A 1OQHA 5BUUA 3ECRA 3AXFA 3PUWE 5A5XB 4RA1A 1Y1ZA 2B4MA 2REGA 1TXFA 4LQ2A 2NXOA 4H67A 1US5A 4KYEA 4JB7A 4ZECA 3PUVE 4ECFA 5AA2D 4OETA 2DWJA 1I6BA 3C35A 1SBPA 3U93A 5I56A 3CIJA 3RT8A 3FJGA 3O2AA 4TQUQ 3RYAA 3C34A 4DCYA 1R1NA 3TTNA 3G3KA 2G29A 1GGGA 4I1DA 3ZKKA 3TTKA 1PC3A 4G8NA 4AQ4A 3LSWA 3MAMA 3FV2A 5A5XA 4IY5A 1B4ZA 3HN0A 2XX7A 2H98A 5AA2A 4F1YA 3TUSA 1B9JA 3RYBA 1UTHA 3W15C 2A5TA 4X9TA 2R71A 1WODA 1JETA 1Y9UA 3TMGA 3R6UA 2ZNSA 1MY4A 3KSXA 5J1DA 3WAEA 2Y7RA 5H8HB 3GBBA 4PQJA 3QIMA 4WXJA 3QK6A 5M2VA 3RUMA 4PFYA 3W9WA 5L8DA 2YLNA 2F5XA 3MUQA 3S9MC 3PMXA 2H99A 2DVCA 1NFTA 1MXWA 5CC2A 1ANFA 1EH3A 3K00A 3D4CA 4FJPA 1SW5A 4BDMA 1N76A 3ZKLA 1A54A 5I58B 4OEUA 4NF5B 1LAXA 4NF6B 4LATA 3U72A 1LAFE 5IAIA 4GVOA 1PB7A 1XVXA 3L6HA 1FQDA 3OMBA 4GOTA 5H8HA 1O63A 2F36A 1D4NA 1POTA 5JTYB 1EZOA 1Y4TA 4IO2A 1N7XA 3UK4A 4OYVA 2Q9TA 2KLFA 4ZEIA 4F3SA 1B51A 4NWDA 1MXYA 3TPAA 2UVIA 3IX1A 3GZGA 3S4UA 2G93A 2HAUA 1B3LA 1AOVA 4HCYA 4PFUA 4OESA 1QUIA 4QFPA 4QFOA 1MS7A 4H5FA 4NF5A 2F7BA 1SW4A 2DSFA 1P1UA 2DE2A 3FASA 1NMUA 3PPOA 4QSDA 1QUKA 2VGQA 4C0RA 1B5HA 3CG1A 5CBSA 4GIZA 2HCAA 2DWIA 3O29A 4Q5TA 5LOMA 2OCUA 3CI8A 4YAHX 3A3CA 1B3GA 3EHUA 3O6HA 3MVXA 3TDJA 5DYHA 3DRFA 4KCCA 3FVOA 4MBPA 1GV8A 1WDNA 2OK2A 3PV0E 4QHQA 3DRGA 2Z8DA 2PYYA 3MBPA 2HFBA 4BLAA 5TU0A 4GQOA 5K2XA 2F7AA 4UA8A 1Z7ME 2HXWA 1B32A 5CMBA 4ONYA 3O6IA 3KBRA 4OEVA 3Q29A 2B3FA 3K4UA 1B6HA 4DCXA 4GRKA 2FA7A 4RPNA 2GHBA 1TFDA 4F31B 3CR9A 4OFOA 2O68A 2RF1A 3TEPA 4DLDA 4QSEA 2V3QA 2XXHA 1LFHA 4IGRA 3K0VA 5HBCA 3O9PA 1LAGE 4FEDA 1GVCA 2DWAA 5CBRA 4R73A 4PFTA 3MJNA 1UIUA 2ZMBA 4YKKA 3KN8A 4GXAA 1Z7NE 1IXHA 3MQ9A 2Q2AA 4LQ5A 2QMWA 1NH7A 1LAHE 3OEKA 3PGFA 4Q30B 4YMAA 4RJZA 3IR1A 1SI0A 4QF9A 3MP8A 2I3WA 2XXTA 3BKIB 2Z22A 2F6GA 2B4LA 2UVGA 4R9FA 3B6WA 4OXVA 1SVXB 1ZIUA 3T93B 3MP1A 3DRHA 2ANJA 3EF7A 2VD2A 4F3PA 4JSOA 2FYIA 2XXRA 4KPTA 3RPWA 4WEDA 2XXUA 3B6TA 2QMXA 4F1VA 3IOWA 1YAEA 3H6VA 3KGCA 1B2HA 2PT1A 2H25A 2PT2A 1NNFA 1UQWA 2HZLA 3ONMA 2OLBA 2I58A 3T96B 4U1OA 1BIYA 1OVBA 3RTWB 3G3GA 3T22A 3BBRA 4P0IA 4ZE9A 4G77A 4O3AA 3VLWA 3UP9A 3N94A 4ZEFA 5BWJA 3SEYA 2XHDA 3H4ZA 5KCJB 1P1WA 1MM7A 1XVYA 3TQWA 1RYXA 1LGBC 3S9NC 2Y7IA 1PB9A 4N07A 2QSXA 3OO7A 3QAXA 3IO6A 1MXVA 2B3BA 3V5AA 1A99A 3LC8A 1LBBA 1B05A 1SYHA 4NF4A 3K1PA 4F22A 1LB9A 3CSGA 3K6UA 4DDDA 1VFEA 1MRPA 4R75A 4R9GA 3SERA 2DXYA 5DT6A 4RK9A 4DE8A 2F97A 5FTHA 3OO9A 1Y3NA 2F7CA 1JQFA 2ZYKA 5JEIA 3OENA 4I62A 3EN3A 1N7WA 4EXKA 5ICTA 3HHFA 2H5YA 3MC2A 3PUYE 5I56B 3UIFA 3M8UA 1I6AA 5KCJA 2F6PA 4M1VA 3KOSA 4U22A 4N13A 4F19A 1Y3QA 3IB2A 2VD3A 3OO6A 1MXZA 2I6EA 4DZ1A 1QUJA 4EF1A 2UYFA 2HAVA 3T9UA 3V89B 4LZ5A 1GTKA 3N6UA 1MY1A 3C31A 3FVGA 2RCAA 1SW1A 2Y7KA 3S9LC 4O3BA 4KD5A 5AA2B 4YB6A 3V8XB 2VOZA 3A3UA 2WOKA 4H1XA 1UTHB 2A5TB 3RN8A 2Z8EA 3CFLA 3CVGA 2QS1A 4ZZAA 4IO3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MLVA 1QGXA 4TOZA 1K9YA 4JDFA 3T66A 2BJIA 3MW0A 3M3KA 1US4A 2P3NA 2RINA 3HHGA 5EYFA 5AE4A 3IL1B 5ESYA 1FTMA 1VFDA 1IUDA 1SI1A 4K3FA 4MNCA 1R9LA 2DWHA 4PF6A 4I40A 2DE3A 1MPBA 1YTVA 2DYXA 4QFNA 3EKIA 3F11A 4FBPA 4R72A 2REJA 1LLSA 3K6XA 5J16A 3DELB 1HSJA 3QXMA 3FJ7A 1JW4A 4MF3A 3TZAA 1IZ1A 4QSCA 1NUXA 2WEFA 3FJMA 3LSLA 4PBQA 1URGA 3IOVA 2VP1A 1MG1A 3FXQA 4YICA 3QSLA 1B3HA 3RGYA 4HCWA 2ABHA 1FTLA 4FECA 1BKAA 5ISUA 2XA5A 3C32A 4HW8A 1NV4A 2E0SA 1IITA 3B50A 1IXCA 2F34A 2OJTA 4MFIA 2AL5A 3IB0A 4FATA 2QS4A 3OSRA 3DP6A 4OTEA 4NWCA 4IO4A 5AA1A 1KA0A 2XXQA 5I57A 2IA4A 4P11A 3O6GA 4UACA 3SESA 5F1QA 4YB7A 1O64A 2YPNA 1OMPA 2AL4A 3GBAA 1WVJA 5FHNA 3PAMA 3SEVA 4RPOA 3H7MA 4DIGA 1IIWA 4E0WA 3N5LA 2O7IA 4ZS9A 2QJEA 4GD5A 4OHNA 2O51A 1VE4A 4GL0A 1Q1KA 4NTLA 1II5A 4I3EA 1P1NA 1TT1A 4I8CA 1DOTA 3GLBA 4F39A 3K01A 5I7IA 1LFGA 3PPNA 1QKAA 5KDTA 4PTKA 4MH5A 1PB8A 4KR5A 4PDDA 4H8IA 3IORA 1NV0A 1MM6A 3FGSA 5H8NB 1DPEA 3KJ7A 3N6TA 4OVSA 5EQ9A 3SKPA 2ZNUA 1JEUA 3H6TA 4H65A 3EPEA 2XD2A 5HPQA 1NUYA 2V84A 4H8JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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