3VXBA

Crystal structure of bxle from streptomyces thermoviolaceus opc-520
Total Genus 148
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
148
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
TITAMVYGDDAVKVQDKAASRFNASAEAKKANAKVKMERIPASDYPAKLRTAMGSPNAPDIFFNWGGGSIKAYKEAGQLVDLTDVIKSDEVLSTGFLPSVVAAGSLDGHEYGIPMRGMQPVLLFYNKSVFAEHKLTPPTTWDQLLDNVAKLKKAGVTPFALGGVEIWPELMWLEYLVDRIGGPQVFDKIRNGDASGWGDPAVLKAAQTVKQLVDEGAFGKGFSSVSYNNGGAPALLAKGKAGMHLMGSWEYSTQLGKFPDFAKKDLGWCAFPSFEGGAGDIRNVVGNPCNYWSVNARTGNKDGAIAFLRDCASEAYTKDLIDNGDVPTTTIAENMLDSSPNPEFAKFQYQLVQKAPNFTLSWDQAVDPDWQQPMLTEINKLFVGKSSPEQFVSALKGLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
source organism Streptomyces thermoviolaceus
publication title Crystal Structure of Xylooligosaccharide-Binding Protein from Streptomyces thermoviolaceus OPC-520: Dramatic Conformational Change with Ligand binding
rcsb
molecule keywords Putative sugar-binding lipoprotein
total genus 148
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vxbA02
3C36A 4R2FA 2V3UA 1USYE 2I3VA 3KZGA 1B2HA 3VLUA 4IY5A 2LAOA 3V89B 1B3GA 1H3DA 2B3FA 3TTNA 3B6WA 1FQCA 2XHDA 3U93A 2F7CA 3N26A 1XVXA 2I0BA 2RCAA 3QSLA 4KCDA 3E4RA 3CFZA 5I2NB 4PP0A 1PBQA 3MUQA 4ZE9A 4NF6B 4XKNA 4U1OA 2UVHA 1MY1A 1LFGA 2UYFA 1IXGA 2ZYNA 4HTGA 4XXUA 3IB2A 1PC3A 2FYIA 1MXXA 3TUSA 4NF4A 3I3VA 3IB1A 3PMWA 1P1NA 4KI0E 1QKAA 1Y3QA 4YKKA 4M4GA 1MPCA 3EQ1A 1QW0A 4YZZA 3U92A 3OXNA 2ZNUA 4QFOA 4G8NA 2QPQA 5FHOA 4IO6A 5H8FA 3G3GA 1N0TA 1P1WA 3KSXA 1BP5A 3ZSFA 3MVWA 2UVIA 3U72A 2IEEA 3K00A 2DE2A 2AL5A 5DVIA 4X1BA 2QS3A 5ELVA 3KOTA 1B3HA 1POY1 1Q35A 3IOWA 5CMKA 4PQJA 1Y9UA 2RCBA 1MDQA 1SW1A 1UQWA 1MM6A 1SI0A 2Q89A 4YAHX 1H43A 4ZEDA 5AA2B 4U4SA 1JW4A 4F22A 4ZZEA 2F7BA 2A5TA 2HZKA 1SYHA 5B7DA 3C34A 2PT2A 1R9LA 3Q29A 1JEUA 4BLAA 3AXFA 2XXIA 3LC8A 3LSWA 1US5A 1A8EA 2UXAA 2DVCA 3B6TA 3G3IA 3MZBA 4QSEA 1M5FA 3PPRA 3UP9A 4YU0A 1Y3NA 2QS1A 4WEPA 2VHAA 3D4GA 3TCFA 1A7LA 5H8HB 4GFRA 1N7XA 3LBSA 3I6VA 1B51A 4N6PA 4BDNA 1WODA 1I6QA 4G77A 2M8CA 4Q5TA 3Q27A 2I4BA 1FQEA 1USYH 3VLVA 2F35A 4ZS9A 2UVGA 4XIGQ 1MQHA 2F5XA 2I6EA 3FVKA 1CB6A 2XXPA 1OQGA 3IORA 1IXHA 1Z7NE 4ELQA 3C4MA 4FECA 4F1UA 1R1NA 1RYXA 2HXWA 2Y7PA 5ISUA 5A5XA 2ESNA 4ND9A 1B4HA 4DZ1A 4C1UA 1B58A 3V5AA 1FTJA 4F2QA 5AA3A 4RPNA 1NNFA 4YMBA 1I6AA 2B65A 2ZYKA 4H0WA 5I59A 1IEJA 4F29A 3SEVA 1N76A 2KLFA 3O97A 1NL5A 4YKPA 4ZEFA 2GHBA 4UA8A 1LFHA 1ATGA 1D4NA 3TQWA 4RK2A 3H7MA 4ELPA 5ICTA 3CIJA 4F31B 1SDXA 1OLCA 1VFEA 2FNCA 3OO7A 3DP8A 3A3UA 1B5JA 3V83A 3E9XA 1FQDA 1NNTA 3GBBA 2RC9A 4R73A 5KDTA 5TP9A 2O84X 1XC1A 2AL4A 2ZNSA 3LSLA 4ISUA 1ELJA 3K0VA 3OEKA 5KCJB 1BKAA 1J1NA 2PMSA 1B52A 2VOZA 1CE2A 5FTHA 3FZVA 4ONYA 4IO7A 1L5TA 1O63A 3R7XA 3CFLA 1NKXA 2P1SA 1LSTA 4RK9A 1WVJA 1N3WA 3FJGA 4OEVA 1MXYA 1MXZA 1OVBA 3I5OA 4ZE8A 4IB2A 4LQ2A 4NF8B 4EQ7A 2W7YA 4BDLA 3L6GA 2O1MA 1B7HA 3S9LC 2O6AA 3K6UA 4I62A 4EXKA 3IJXB 1LGBC 4G2ZA 3O29A 4ESXA 2GRVA 3O2AA 3CG3A 3TTMA 3PPOA 1OLAA 1GGGA 2PVUA 3THIA 3T9HB 4G68B 1SW2A 3EN3A 3GLBA 3HSTA 3PUWE 3M8UA 2XX7A 5CMBA 2RC8A 1DSNA 5H8NB 3K6VA 3G3FA 3A3CA 3K01A 3LSXA 3ILTB 1B32A 3QAXA 1FCKA 1LCTA 3Q26A 1MY4A 3MP6A 3BBRA 3CRBA 5DT6A 1LAGE 4R6YA 2DWAA 1FQAA 4QFPA 4F3GA 1AH5A 4G68C 4MF3A 1D9VA 1MXWA 1MY0A 1WDNA 4F19A 5ITOA 1P1QA 3T93B 3KBRA 4N13A 4H5GA 5CMMA 2H4IA 3KFMA 3FATA 4PFYA 2D3IA 4GVOA 1MPDA 1DTZA 1ZBMA 3JYRA 3USDA 3N94A 3B7DA 2Z8DA 3N6TA 3OMBA 4X9TA 4OTEA 5IKBA 2PT1A 1QUKA 4DDDA 2XXRA 2REGA 1OMPA 1VR5A 1IZ1A 4R74A 3K1NA 2I48A 3ZS6A 3DELB 2RC7A 1NH8A 1LLSA 3FD3A 4JBZA 4BDMA 5ITPA 4QSCA 4RA1A 4IO2A 1N7WA 1R6ZA 2Z22A 3MWBA 5I57B 3FVNA 3W15C 3EPEA 5JTYB 1PBPA 3K4UA 1XS5A 3H6VA 1LBBA 5DTBA 3W9VA 5H8QB 1BTJA 3EHSA 4OHNA 3RT6B 3MQ9A 4XKQA 4XKPA 3SEYA 3SEWA 4R72A 2UVJA 1A40A 3PMXA 1URSA 3VFJA 4YMAA 1TFAA 5L9SA 5DEXB 3O6IA 1UIUA 2FA7A 4FEBA 4G8HA 3IOTA 1LAHE 2I58A 2XD2A 1NNKA 5K2YA 3H6TA 3Q28A 4DXCA 3IO6A 1JVXA 1RYOA 4X1DA 2NVUB 2ZNTA 4OERA 2IA4A 4NWDA 1Y3PA 4EXLA 1S50A 3H06B 5AA4A 3IR1A 1P1UA 4O3BA 1JQFA 4U23A 1IITA 4POWA 5KZTA 2YLNA 3OO8A 3MPLA 3IK6B 1DPEA 4OWDA 3DP4A 2XXVA 4MFIA 1B46A 5HM4B 2F7AA 4N07A 2XXWA 2R9JA 2YJPA 3K6WA 3UA8A 2VD3A 3FIRA 4NF4B 3T9UA 2Q2AA 3HN0A 1EZPA 1QVSA 3SERA 3BFUA 2O51A 3KN7A 2DP8A 1OQHA 1PEBA 3OELA 2ZYOA 3TEPA 3FXQA 2O7UA 1AMFA 3VV5A 4KYSA 4YKJA 5H8FB 3PGFA 5DVFA 3VXCA 2Z23A 1SBPA 2H99A 2ONSA 1S9TA 2QL3A 4ZEKA 2AIXA 2DWJA 3C35A 4U21A 2DOJA 3PV0E 3UN6A 2Z8EA 1O7TA 3CSBA 3RY3A 4F39A 2QMWA 1JVYA 3PPQA 2PX1A 2XXHA 3RPWA 3HV1A 2REJA 1NMUA 3SEXA 4P0GA 2XX8A 4LQ5A 3RLFE 1OIBA 3RTWB 1QKBA 2P0SA 2ANJA 5I84A 2A5TB 4KYDA 3TYHA 3MC2A 2ONKE 4OFJA 2F6PA 5JEIA 1B05A 4GRKA 4DLDA 3MP8A 3K6XA 3HO7A 2ZMBA 5J1DA 3FUZA 3CFXA 4KYEA 5K2XA 3QXMA 1B5IA 3W9WA 2Q9TA 4PETA 4WXJA 4IO4A 4OZ9A 1DMBA 3O28A 2HAUA 3G3JA 1LB8A 1ZKBA 2DSFA 1MQJA 3VLWA 1MQIA 3FJ7A 3ZKKA 3JZJA 2X7PA 4RXLA 4TLMB 3K02A 2VD2A 5HBCA 3C9HA 4F3SA 3IOUA 3OSQA 3TELA 1HSLA 4FATA 5M2VA 4H67A 5IAIA 1MH4A 1A55A 1B7ZA 3EF7A 4R6KA 1UTHA 4NF5B 3DLNA 1LBCA 3SDFA 4YB6A 4Q8RA 2Y7WA 3D4CA 1VFDA 3KGCA 3EHTA 2A5SA 2VGQA 4U2RA 1I69A 1MQDA 3S9NC 1Y1ZA 1FQFA 4NMYA 5I59B 1MM7A 1QUIA 5DYHA 4GLIA 3RTFB 4FAJA 3O9PA 1FQBA 4GXSB 3G3KA 3KG2A 3N5LA 2OCUA 2OZZA 1D3KA 5DVJA 2ABHA 4UACA 4C1TA 2HEUA 3KN3A 1AOVA 3TMGA 2GHAA 2V84A 2DS9A 3IX1A 1QJMA 5KDTB 3QK6A 5TP9B 2V93A 2QJEA 5CMCA 5CBSA 1B6HA 5I56A 4F1YA 2WKYA 1AL3A 1XHYA 5EHSA 1YAEA 1II5A 2H98A 2HCAA 1JEVA 3LUYA 4OYVA 3R6UA 3TZAA 1MDP1 1O64A 2HAVA 1SVXB 3GZGA 4THIA 1SYIA 3MVXA 3CR9A 2OK2A 4DE8A 3FV2A 2R71A 1P1OA 3T9VA 1MY3A 1Y1MA 3SEUA 5I2KA 3RT8A 4E0WA 2DWIA 4GF8A 1I6BA 4IGTA 2NOOA 3MVYA 3OEMA 3ONMA 3E3KA 3T9XB 2P2AA 4E0XA 3MAMA 4OXVA 4MLVA 1SQYA 4HW8A 2DWHA 4JXIA 3SETA 2QS4A 3RN8A 1H76A 4OVJA 5FHNA 4DCXA 3FJMA 4EF2A 4FE8A 3UIFA 1ANFA 1GR2A 2DE4A 2NWJA 3IL1B 5TPAA 3MBPA 3BFTA 4ELRA 3OENA 1XT8A 3MJNA 3TAJA 4F3PA 5I58A 3FXRA 3P7IA 1M5DA 4R6HA 2HFBA 1B1HA 3TKDA 3VXBA 1TT1A 1F9BA 3O66A 2H25A 1MQGA 3MZ1A 3IO4A 4GD5A 3PU5A 1Y4TA 4QFNA 4KD5A 5F1QA 4BDRA 2Y7RA 5L9OA 3V8XB 4JWXA 1B3FA 3TFLA 1YPNA 3WAFA 4MBPA 2Q8JA 4KHZE 4LONB 1MS7A 3HPIA 1POTA 2V25A 5ICQA 3L6HA 1TFDA 1Y20A 2DE3A 1A8FA 4AB5A 4JB7A 2I3WA 1P99A 4P11A 1LCFA 1LB9A 4ZEIA 4QSDA 1NH7A 2Y7KA 4IO5A 1H44A 1UIVA 5BUUA 3O6HA 4TOZA 2R6GE 3PD8A 4OESA 5L8DA 5B70A 1N3XA 1TWYA 3WAEA 4H5FA 4FORA 2H9BA 4LVQA 1XOCA 2ZXTA 3ODBA 2HQ0A 1UTBA 4GXAA 5F7VA 1Z7ME 3KN8A 3JV9A 1FTKA 2Q2CA 3H3GA 2CMOA 3KSJA 5L9MA 1MRPA 1M5EA 4KPTA 3PMVA 1IQ7A 2F34A 4Z7EA 1PB9A 5CBRA 1B40A 1HSEA 1S7YA 4F3BA 4I9DA 1NFTA 4GIZA 4H8JA 1B9JA 1EZ9A 4DIGA 2DYXA 3VVEA 2XXTA 1LAFE 4U1ZA 3UORA 3LSFB 5I2NA 4QF9A 4NF6A 4H1XA 3TTLA 1XVYA 4KFQA 4GL8A 4OFOA 3CG1A 3E13X 2O1LA 1LAXA 4H65A 1FW0A 3TODA 3PUVE 5AA4B 1SD3A 1AIVA 2YPNA 4RJZA 3QUFA 4F18A 2GH9A 3O6GA 4QHQA 3M3LA 3TQLA 1YTVA 2D21A 4RY1A 2ZYMA 2OBGA 2QS2A 3G3HA 4LZ7A 4LUBA 1GTKA 1B1XA 4JWOA 1YCJA 4WKMA 4Q0CA 4ZDMA 4HS7A 1BIYA 1MXUA 4F1VA 3FXUA 5EYFA 1QUJA 4RNSA 1GVCA 4R9FA 3VVFA 4LATA 4FJPA 3IAZA 3ECRA 1PB8A 2B3BA 2BJJX 1M5CA 3C32A 3TCGA 2X7QA 3U8QA 2DXYA 3DM0A 1SI1A 1B0HA 3HHGA 2PYYA 4IY6A 4JDFA 4JWYA 1Q1KA 2F8DA 2DVZA 5FTIA 5AA2A 3QIMA 4TQUQ 5AE4A 3FVGA 1EU8A 3RGYA 2G29A 4NWCA 1FTMA 2F97A 3PD9A 3OSRA 3F11A 2OJTA 3B6QA 3VDFA 2NUVA 2RINA 4M1VA 4Z0IA 4C0RA 2O68A 3QYTA 3TDJA 3S2VA 3VVDA 3CVGA 3H4ZA 3CSGA 4H6DA 4I8CA 3K2DA 3S9MC 4ESWA 3A09A 1B5HA 3OOAA 5CRYA 3U1OA 5CI5A 1LFIA 3KJ7A 3K1PA 3S9EA 5H8HA 3FVOA 1DTGA 4PE5B 3H6UA 4YB7A 3TTKA 3BKIB 3MZ9A 5H8SA 4R9GA 1PDAA 3IOVA 3FV1A 2OWTA 3OO9A 5FHMA 1B0LA 5CM6A 1HSJA 2XD3A 2X26A 3TCHA 5EHMA 2QRYA 4HCWA 4OMBA 3UGWA 2F6GA 1BLFA 2THIA 5CC2A 2OWSA 3TPAA 4P0IA 4JSDA 2OLBA 3T66A 1ZMGA 3C31A 2DXRA 1B7UA 2HZLA 3RQTA 4X48A 4OEUA 4TLLB 3RUMA 2E1SA 3T96B 3ZKLA 4GOTA 4NF5A 3RNNA 1KWHA 4QRZA 4LP2B 1RKMA 4QFLA 4AB6A 5A5XB 1UTHB 4LZ5A 1MG1A 4XKRA 4RPOA 1EH3A 2ONRA 3C33A 2I49A 2XXYA 1URGA 1TXFA 3K1MA 4EF1A 1SW5A 4LZ8A 3N6UA 2QMXA 3Q25A 3PUZE 4DXUA 1IXIA 3S4UA 1PB7A 4GWOA 5JK4A 4O3CA 4YICA 1A99A 2DQVA 4EQ9A 1M5BA 4ELOA 4ZEBA 4YKIA 3EHUA 5KCJA 1JW5A 2RKMA 4GL0A 1GV8A 4MLQA 1N04A 4EDPA 3H03A 1Y4CA 3QUJA 4ZZAA 3SESA 2V3QA 3MP1A 2UYEA 4HCYA 5I56B 3KOSA 3CI8A 4L17A 4KCCA 4XTCQ 3KJTA 1IIWA 1A54A 4NEDA 3HHFA 4DXBA 4BDOA 2AYSA 4Q30B 1N84A 4AQ4A 4NF8A 1QULA 4H8IA 2D5WA 1MPBA 4LA9A 3IB0A 1R9QA 2Y84A 5I2KB 3ILUB 2O7IA 2Q88A 5LOMA 1IXCA 3G7WA 4NE4A 3SKPA 1B4ZA 3KEIA 4I1DA 4MH5A 1VE4A 3U94A 4OQOA 4EQBA 4G68A 4RYAA 1FTLA 2XXXA 3OD7A 1T0KA 2G93A 2PBWA 1D9YA 4PFWA 5H8NA 3H6WA 1IUDA 3R26A 4YB5A 3HCQA 3GXAA 4PFTA 4F2OA 1FTOA 5AA2D 3M3FA 3MVZA 4OENA 3M3KA 5TPAB 1SW4A 1US4A 5HPQA 1B3EA 1ZTYA 3PPPA 4OETA 3MW0A 4U22A 2CZLA 2O69A 5BWJA 5I58B 1JETA 2GFEA 4R2BA 5AA1A 4WEDA 4O3AA 1URDA 3LR1A 2E0SA 4ZECA 3UK4A 4G4PA 4FIMA 1ZU0A 4IO3A 2I0CA 4K3FA 3IJOB 3GBAA 3PUXE 2V3TA 1MY2A 2I4CA 2QSXA 5TU0A 1B3LA 1ZIUA 4BDQA 4OFLA 3T22A 4FEDA 4DCYA 4JSOA 2Y7IA 4GQOA 2XX9A 4QFKA 2XXQA 2RF1A 2F78A 4POXA 3TTRA 1VSOA 2XXUA 1JNFA 1ZLQA 3OO6A 1ZJLA 4R75A 2F36A 5I57A 3VE1B 5JTYA 4EUOA 2H5YA 4KQPA 3PPNA 3PUYE 4PFUA 1OVTA 5H8QA 2ALUA 1JW1A 1UTBB 1EZOA 4U4XA 3MPKA 2NXOA 1MH3A 1DPPA 4IGRA 1DOTA 2VP1A 4KR5A 3DP6A 3FASA 3FGSA 4ECFA 1NNPA 4G8MA 1MXVA 5DEXA 2Z8FA 4NTLA 1H45A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C36A 4R2FA 2V3UA 1USYE 2I3VA 3KZGA 1B2HA 3VLUA 4IY5A 5ET5A 2LAOA 3V89B 1B3GA 4NAPA 1H3DA 2B3FA 3TTNA 3B6WA 1FQCA 2XHDA 3U93A 2F7CA 3N26A 4PDDA 4N4UA 1XVXA 2I0BA 2RCAA 2F3DA 3QSLA 2FHYA 4KCDA 3E4RA 1RDZA 3CFZA 4OVQA 5I2NB 4PP0A 1PBQA 3MUQA 4ZE9A 4NF6B 1YZ0A 4XKNA 4PDHA 1CNQA 4U1OA 2UVHA 1MY1A 1LFGA 2UYFA 1IXGA 2ZYNA 4HTGA 4XXUA 1FJ6A 3SZPA 3IB2A 1PC3A 2FYIA 1MXXA 3TUSA 4NF4A 3I3VA 1NUXA 3IB1A 3PMWA 1P1NA 4KI0E 1QKAA 1Y3QA 4YKKA 4M4GA 1MPCA 3EQ1A 1QW0A 4YZZA 5EQ8A 3U92A 1FBCA 3OXNA 4DI3D 2ZNUA 4QFOA 4G8NA 2QPQA 5FHOA 4IO6A 5H8FA 3G3GA 1N0TA 1P1WA 3FBPA 3KSXA 1BP5A 5ESYA 3ZSFA 3MVWA 2UVIA 3U72A 2WBBA 2OX3A 2IEEA 3K00A 2DE2A 1EYKA 2AL5A 3RPLB 5DVIA 4X1BA 2QS3A 5ELVA 3KOTA 3B50A 1B3HA 1POY1 1Q35A 3IOWA 5CMKA 3NOHA 4PQJA 1Y9UA 2RCBA 4AS5A 2ZZWA 1MDQA 1SW1A 1UQWA 1MM6A 1SI0A 4O7MA 2Q89A 4YAHX 1H43A 4PF8A 4ZEDA 5AA2B 4U4SA 1JW4A 4F22A 4ZZEA 2F7BA 2A5TA 4MX6A 2HZKA 1SYHA 5B7DA 3C34A 1NV6A 4JVIA 2PT2A 1R9LA 3KBZA 3Q29A 1JEUA 4BLAA 3AXFA 3D1RA 2XXIA 3LC8A 3LSWA 1FPEA 1US5A 4GWWA 2FBPA 1A8EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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