1B51A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with ksk
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 191
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b51A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b51A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b51A02
4X9TA 5TPAA 3FVKA 3CR9A 5I84A 4YICA 3K1NA 3T9XB 1PBPA 3TCGA 1A40A 4DCXA 4R6YA 2HZKA 1PC3A 2Q2CA 4LUBA 1R1NA 3FD3A 1B2HA 3DP4A 3TAJA 2I0BA 1SI0A 2V25A 4GF8A 2F7BA 3WAEA 2ONSA 3B6QA 5EYFA 1AMFA 3TEPA 4GFRA 4MLVA 3MAMA 2A5TA 3QUJA 4WEPA 2FNCA 1TWYA 4H67A 3U1OA 4RA1A 1MXVA 3G7WA 2PBWA 2XXHA 3B6TA 4EXKA 1FQBA 2F36A 5DVFA 5I56A 3I3VA 1SBPA 4F1UA 2Q89A 5EHMA 4OEUA 3FTOA 1WDNA 1WVJA 2O1MA 1IXHA 1NNPA 4MFIA 3KZGA 5DVIA 5I57B 3H06B 4ELOA 2Q2AA 3K2DA 4XKRA 2Q88A 1ZLQA 2ESNA 3MUQA 1YCJA 4LZ8A 4TLMB 3OEMA 4AB6A 4WKMA 3LC8A 1LFIA 1XC1A 5DEXA 3HN0A 3Q25A 4G8NA 2Z23A 3OMBA 2DWJA 1I69A 2HFBA 1TFDA 4F2OA 3RT6B 3V83A 3FATA 4F22A 1N0TA 4TQUQ 3FJ7A 3S4UA 3N94A 3CFZA 3EQ1A 2P0SA 2XXQA 4QSCA 5I2KB 1FTJA 1SD3A 1EZ9A 3MBPA 1QUIA 3Q26A 4BDOA 1II5A 1QULA 5L8DA 2XXXA 3RGYA 3PPNA 4R74A 1IUDA 1HSLA 3U93A 4G2ZA 3S2VA 4IY6A 3LSWA 1LBCA 3MPLA 3SEWA 1J1NA 1JW1A 3FVOA 3PU5A 1TFAA 2CZLA 4HS7A 4OESA 2QS4A 4JWOA 4NTLA 1MQHA 5TP9A 1LAGE 1URSA 5KCJA 2M8CA 4MBPA 4F3PA 1A8FA 3RT8A 1N84A 3N5LA 5H8QB 3LSLA 5KDTB 4EXLA 2O6AA 2B3FA 3CFLA 4OTEA 3E4RA 4NMYA 2OBGA 1B5JA 3IO4A 4MH5A 2H4IA 5H8NA 1IQ7A 3FUZA 4LONB 1RYXA 5FTHA 1QW0A 1JNFA 4FIMA 3LVUA 1I6AA 1A8EA 1LBBA 1Q1KA 3VV5A 4HTGA 4NF5A 1O64A 1POTA 2GHAA 1HSEA 1D9YA 1Y9UA 4H8JA 4K3FA 4ZZAA 4JB7A 4QF9A 2Q8JA 3HO7A 3BFUA 2XXIA 3A3CA 4ND9A 5CMKA 1OMPA 3L6GA 1B3GA 2Q9TA 4ESWA 2ZYMA 1M5FA 3KFMA 3PUZE 1MQJA 4ZEIA 2O1LA 2DS9A 1GTKA 1FQFA 3T22A 4XKNA 5HPQA 1YAEA 4QFOA 3JYRA 3W9WA 1CB6A 3UA8A 5IKBA 1JVYA 3BKIB 3F11A 2Y84A 2QS3A 4OMBA 4QHQA 4Z0IA 4I8CA 3VLWA 4KPTA 3MQ9A 4THIA 2ZNUA 1YTVA 4DE8A 2XXTA 1FW0A 4EQBA 1JQFA 2O84X 4OZ9A 3PAMA 2D3IA 2DP8A 2P2AA 3TQWA 4NWCA 3CI8A 3R6UA 2VD2A 4ELRA 4BDMA 3O6PA 2F34A 1BKAA 3DLNA 4Q0CA 2F5XA 1MY1A 5LOMA 3Q28A 2ZNTA 4O3BA 4P0IA 1FQCA 1SDXA 5EHSA 4HCYA 1MPDA 4PFUA 2O68A 1O7TA 2X7PA 2H9BA 4IO4A 3G3JA 2I4BA 2YJPA 1DOTA 4YKPA 4DZ1A 3OENA 4G8HA 2I3WA 4H65A 1MQIA 3N6UA 3CFXA 5K2XA 4NF6A 3EHUA 4POXA 1OQGA 3CG1A 4R73A 3MZ9A 1QUJA 4HW8A 1CE2A 3K0VA 1LB9A 3ILTB 3MJNA 1UTBA 3MP1A 2I0CA 4DCYA 4QFNA 2F35A 3ILUB 3THIA 4RXLA 4MF3A 3O2AA 5I56B 1ZKBA 3DP8A 3BFTA 3KN8A 4O3AA 1TXFA 3IB1A 1IZ1A 3MZ1A 3K01A 1MS7A 5BUUA 3LBSA 3KN3A 3KOSA 1B7HA 2RINA 1B1HA 1EZPA 3W9VA 3LR1A 1LFHA 5ITPA 3RN8A 3CVGA 4NWDA 2HEUA 1B9JA 1FCKA 1FTKA 2Z22A 1LGBC 3LSXA 2Y7PA 1MXZA 4U1ZA 3FXQA 1NMUA 1US5A 3PV0E 1N04A 3DM0A 5HBCA 4F3GA 4N13A 2VGQA 2OLBA 5AA2D 2ZYKA 2I48A 4EF1A 1SVXB 1VR5A 2ZXTA 2XD2A 4GQOA 3BBRA 1Y3PA 1Y3NA 1URDA 2F7AA 3RLFE 1MRPA 5IAIA 4YKJA 4PFWA 3TKDA 1P1UA 1DTGA 2KLFA 3HHFA 4F3BA 4ZEBA 4BDQA 4MLQA 5FHNA 2PYYA 3GXAA 4EQ7A 3C31A 5CC2A 3RTFB 3VXCA 3HSTA 1S7YA 4FECA 4BDNA 3U72A 5JK4A 1JEUA 4QFLA 5H8NB 4YKIA 4U21A 1TT1A 3C33A 3H6UA 1QKBA 1ZBMA 2VOZA 2E1SA 3M3LA 3N6TA 4F18A 2QPQA 5I59A 3DRHA 2REJA 4R75A 5H8SA 5I2NB 5L9MA 2REGA 3KOTA 4IO5A 1LB8A 4G68C 1B6HA 3EHSA 3KBRA 3SEYA 5B7DA 4ELPA 1MY3A 1SYHA 3MVXA 4U2RA 2OWTA 3OXNA 1N76A 2HZLA 4U22A 1M5CA 1SQYA 1L5TA 4H5FA 1MM6A 4UACA 4RYAA 2RCBA 4TLLB 3PMXA 3QYTA 3IOWA 3C32A 5KZTA 1R9LA 2ONRA 3VE1B 2DWHA 1IXGA 3IOVA 3TCFA 4PE5B 4KD5A 2WOKA 2HCAA 4AB5A 2VHAA 4RJZA 1P1WA 3OELA 3K6VA 3O6HA 4OFOA 4ESXA 2AIXA 3TTMA 2QS1A 2QMXA 4FE8A 3MVYA 2D5WA 2XHDA 3PD8A 2GHBA 5AA4B 2Y7IA 4GRKA 1S9TA 3SEUA 1MM7A 2XXWA 4RK9A 4YMBA 1KWHA 3W15C 3KJ7A 1JW4A 1B40A 2UVJA 3RQTA 2ZMBA 3IAZA 5JTYA 3TFLA 4OEVA 2YPNA 2ALUA 3RUMA 4NF4B 4DLDA 3JV9A 4P11A 2VD3A 1ZIUA 3U8QA 3N26A 5A5XB 2THIA 1SW2A 4G68A 2V3QA 4R6HA 4GXAA 2UYEA 4NF6B 3PUWE 3RYBA 4R6KA 1F9BA 3TDJA 3IK6B 2HXWA 3KJTA 4DXCA 4JWYA 4OENA 3SERA 2DSFA 1UTBB 2V3TA 4IY5A 3SEVA 3I5OA 3HV1A 1FTOA 2RC9A 2HAVA 1Y4CA 2AYSA 1N3WA 3V89B 1EZOA 3IOTA 3RYAA 1MXXA 3PPRA 4F1YA 3ECRA 2X26A 3TUSA 4NF8B 2I58A 4XTCQ 4GL0A 5CI5A 1FTMA 2V3UA 5FHOA 3V5AA 2QS2A 1ZMGA 1LAHE 4KQPA 4IO3A 3K6UA 5L9SA 4OXVA 3RPWA 5AA2A 4L17A 4H8IA 1GGGA 1A99A 3IB0A 4KHZE 1A54A 3VVEA 5H8HA 1B0LA 4H6DA 4LA9A 1MXYA 1B3FA 5DVJA 4LZ7A 3H6VA 5DYHA 3RNNA 3SDFA 4AQ4A 2DWIA 5CM6A 1FTLA 2F6GA 1H44A 3B6WA 3QUFA 1NH7A 4JXIA 3ZS6A 4QFPA 3TELA 3Q27A 4U23A 3T9VA 1RKMA 3O9PA 3CSGA 1FQDA 1H45A 2OCUA 2H25A 1B46A 3HHGA 3PPPA 1OQHA 2O7IA 4RY1A 2LAOA 2XXYA 3T93B 1Y1MA 2H99A 4DXBA 2NOOA 1P1OA 1OVBA 3K00A 1H3DA 1MXWA 4H0WA 3OOAA 3JZJA 4ZEKA 3IJOB 3KSXA 4ECFA 1T0KA 3R26A 2IA4A 3OO9A 1AOVA 1Y3QA 3FIRA 3U92A 2IEEA 5H8FB 3CIJA 4IGTA 3DP6A 5TPAB 1BTJA 3VVFA 2QMWA 5I58A 4IGRA 3FASA 5DT6A 3VVDA 3I6VA 1WODA 3S9MC 3DRIA 2OK2A 3FZVA 1US4A 1UQWA 1DSNA 3HPIA 1JW5A 4I9DA 3FJGA 1PEBA 4F19A 1FQEA 2ANJA 2G29A 4F29A 2B65A 1IEJA 4OFJA 1JETA 1PBQA 1H43A 4N07A 3EN3A 1B0HA 3ZKKA 5TU0A 5I2KA 4FJPA 2A5TB 3SETA 4F39A 3FV1A 4ELQA 4OERA 1XT8A 2DOJA 2XX7A 4QRZA 4LVQA 1OIBA 4H5GA 1QUKA 5CMCA 3Q29A 3GLBA 1ATGA 2XX9A 4YB7A 3O6GA 1R9QA 3HCQA 1NNTA 3CG3A 2OZZA 4PQJA 3A09A 5CBRA 2Z8EA 2I3VA 3FV2A 1A55A 2UVGA 2Y7RA 1PB7A 1NFTA 1BIYA 4OYVA 3K1PA 2E0SA 1B4ZA 4KYDA 3FXUA 2Z8FA 4KYSA 1PB8A 4GXSB 1MDQA 1IIWA 1MY2A 1ZU0A 5DEXB 1UTHA 1R6ZA 5CRYA 5L9OA 1Z7NE 3PMVA 1LCFA 3LUYA 1JVXA 1USYH 4ONYA 1MQDA 1D4NA 1B3LA 3CSBA 4JDFA 1SW5A 4YB6A 3VXBA 2WOPA 3PGFA 1GVCA 2O7UA 2CMOA 2X7QA 4GL8A 2GFEA 1AL3A 4O3CA 2BJJX 1NL5A 3MC2A 4BDLA 3IB2A 3OSQA 2R9JA 3O29A 3QIMA 4YZZA 4GLIA 1OVTA 3MPKA 2G93A 3V8XB 2XXUA 3O66A 5TP9B 5KCJB 4ZZEA 5ELVA 3TPAA 2R6GE 2RF1A 2DE2A 2GRVA 2V84A 1N7XA 1M5BA 1OLAA 4WEDA 3SKPA 4PP0A 1BP5A 2UVIA 1EU8A 3H4ZA 2DE3A 5J1DA 2DQVA 3MZBA 1VFEA 4C1TA 4KR5A 5ICQA 3DRJA 4OHNA 3C35A 3PMWA 3OD7A 1POY1 3TODA 4OQOA 4TOZA 4NF5B 5AA2B 4YMAA 2RC8A 2NVUB 5M2VA 2DE4A 4R9GA 2R71A 1B1XA 3R7XA 3H7MA 3O6IA 1AIVA 5H8HB 4GWOA 5B70A 2OWSA 3TMGA 3KSJA 3QAXA 1D9VA 1B7ZA 2UVHA 3PUXE 4FEBA 4IB2A 1NNKA 2PX1A 3G3IA 2DXRA 1GR2A 4JSOA 4NEDA 4G77A 1XVXA 3RTWB 1QJMA 3UP9A 3PUVE 3KGCA 1S50A 1UIUA 3H6WA 2D21A 1Q35A 3TQLA 4Q30B 3EHTA 3GZGA 3PPOA 1XS5A 3H3GA 3QXMA 2QRYA 3OO7A 4Q5TA 3ODBA 3C36A 3C4MA 2ZNSA 3L6HA 1SW1A 1N7WA 2WOLA 3TTNA 3IL1B 1VFDA 2DYXA 2O51A 1ELJA 4GD5A 2XXVA 3T66A 5I58B 4DDDA 3QK6A 1B05A 4LQ2A 4F3SA 4X48A 4BLAA 4M1VA 4IO2A 4Z7EA 5AE4A 1Y1ZA 5BWJA 3D4CA 2AL5A 2UYFA 4XKPA 3C9HA 4X1DA 4RPOA 1VSOA 5K2YA 1USYE 2FYIA 3PD9A 4KI0E 2NXOA 4YB5A 3K6WA 3EPEA 2NWJA 1B32A 3C34A 2OJTA 2DVZA 2RKMA 4LQ5A 1SW4A 3ONMA 1B5IA 1P1QA 4OWDA 4F1VA 1XHYA 5ITOA 3O28A 3GBAA 4IO6A 2VP1A 4QFKA 3TTLA 3IORA 1IXCA 3PUYE 3B7DA 3K4UA 1DPPA 4H1XA 3MW0A 5F1QA 1B51A 1B3EA 1IXIA 2H5YA 1NH8A 1LAFE 3H03A 3IO6A 3U94A 1MPBA 4OFLA 2QL3A 3M3FA 2W7YA 1QVSA 4DIGA 2PT1A 3FGSA 1UTHB 2I4CA 2ZYOA 3FVNA 3UN6A 3A3UA 1I6QA 4XKQA 3UK4A 1UIVA 4I1DA 4EUOA 1MXUA 4KCCA 1ANFA 4ZE9A 3O97A 1LSTA 1ZJLA 2H98A 4G8MA 4GVOA 1M5DA 1DTZA 1PDAA 4R2BA 5I2NA 2QJEA 3OO6A 4FATA 3VFJA 1O63A 2HQ0A 2PT2A 2ABHA 2GH9A 4R2FA 3M3KA 1B58A 1DMBA 1Y4TA 1MDP1 2XD3A 1MG1A 1MPCA 3QSLA 1B3HA 4EDPA 1P1NA 4XIGQ 1MY4A 1Z7ME 1PB9A 1MH4A 2RC7A 4ZEDA 1FQAA 3FXRA 4C0RA 2B3BA 1EH3A 2F6PA 3RY3A 3K6XA 3IR1A 5HM4B 4GIZA 4UA8A 2DVCA 4QSEA 3DRFA 3G3FA 4KYEA 5AA1A 1ZTYA 4I62A 3UGWA 5I57A 3VDFA 4FEDA 3OEKA 5I59B 1NKXA 2DWAA 2ZYNA 3G3GA 5DTBA 4U4XA 3K1MA 5CMBA 3K02A 5AA4A 4KFQA 4LATA 4BDRA 4JBZA 4E0WA 1M5EA 3AXFA 1LLSA 1GV8A 4ZDMA 2A5SA 4YKKA 3GBBA 3WAFA 3LSFB 3CHGA 3T96B 2Z8DA 3UORA 3PPQA 4F2QA 2F8DA 3TTKA 4NF4A 4ISUA 5A5XA 4WXJA 5AA3A 1D3KA 3D4GA 2WKYA 3FVGA 2I6EA 4C1UA 4ZECA 2PVUA 3E3KA 4POWA 4RK2A 1JEVA 4DXUA 4U4SA 3VLVA 3TYHA 3MP6A 1XVYA 2HAUA 3IOUA 1XOCA 1HSJA 4ZS9A 1Y20A 2Y7WA 2O69A 2I49A 1B7UA 5H8QA 3SEXA 1QKAA 4YU0A 1I6BA 4Q8RA 3S9NC 4IO7A 5KDTA 3OSRA 4P0GA 1MH3A 3P7IA 4NE4A 1BLFA 2AL4A 1LFGA 4HCWA 5JEIA 4G4PA 3MVZA 1DPEA 4NF8A 3KG2A 4PETA 2RCAA 3IJXB 1B5HA 5JTYB 4X1BA 2XXPA 3OO8A 4F31B 3S9LC 3MWBA 4GOTA 2P1SA 4U1OA 2UXAA 3ZKLA 4R72A 3USDA 4EQ9A 4FAJA 4G68B 3CRBA 3FJMA 1RYOA 2DXYA 2PMSA 2Y7KA 4R9FA 3TCHA 3S9EA 2ONKE 1SI1A 4RNSA 1N3XA 2F97A 3UIFA 4ZE8A 4JSDA 1IITA 1NNFA 4OETA 3MVWA 4PFTA 1MQGA 3M8UA 4M4GA 4EF2A 3MP8A 3KN7A 2XX8A 1YPNA 1AH5A 2F7CA 1OLCA 1A7LA 3G3HA 2QSXA 1VE4A 1P99A 2YLNA 5ISUA 4FORA 3SESA 3T9UA 4PFYA 3DELB 3IX1A 3DRKA 2B4LA 1MY0A 2NUVA 2XXRA 5CMMA 3TZAA 4QSDA 4RPNA 5F7VA 2B4MA 3T9HB 4JWXA 1URGA 5FHMA 5ICTA 1B52A 4ZEFA 3EF7A 3TTRA 4KCDA 2FA7A 3G3KA 4XXUA 1LAXA 4N6PA 2V93A 1B4HA 3DRGA 3H6TA 3E13X 4E0XA 3KEIA 1LCTA 3ZSFA 5FTIA 3E9XA 1SYIA 4YAHX 1H76A 4OVJA 5CBSA 4LP2B 3VLUA 2F78A 4LZ5A 5H8FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X9TA 2WBBA 5TPAA 3FVKA 3CR9A 5I84A 4YICA 4LN5A 3K1NA 4I3YA 3T9XB 1PBPA 2ZZXA 3TCGA 1A40A 5ET8A 4OA4A 4DCXA 4R6YA 2P3NA 1EYJA 1FBGA 2HZKA 1PC3A 2Q2CA 4LUBA 1R1NA 3FD3A 1B2HA 3DP4A 3TAJA 2I0BA 1KA1A 1SI0A 2V25A 2XXKA 4GF8A 2F7BA 4MEVA 3WAEA 2ONSA 3B6QA 5EYFA 1AMFA 3TEPA 4GFRA 4MLVA 3MAMA 2A5TA 3QUJA 4WEPA 1AWBA 2FNCA 1TWYA 4H67A 3U1OA 4RA1A 1MXVA 3G7WA 3KC1A 2PBWA 2XXHA 3B6TA 4EXKA 1FQBA 2F36A 5DVFA 5I56A 3I3VA 1SBPA 4F1UA 2Q89A 5EHMA 4OEUA 3FTOA 1WDNA 1WVJA 4QBAA 2O1MA 4N6KA 1IXHA 1NNPA 4NHBA 4MFIA 4P9KA 4MCOA 3KZGA 5DVIA 5I57B 3H06B 4ELOA 2Q2AA 3K2DA 4XKRA 2Q88A 1ZLQA 2ESNA 3MUQA 1YCJA 4NAPA 4LZ8A 4TLMB 3OEMA 4AB6A 4WKMA 3ISPA 2QVVA 3LC8A 4PAKA 1LFIA 1XC1A 5DEXA 1EYIA 3HN0A 3Q25A 4G8NA 1LBVA 2Z23A 3OMBA 3BIGA 2DWJA 1I69A 2HFBA 1TFDA 4F2OA 3RT6B 3V83A 3FATA 4F22A 1N0TA 4TQUQ 5LDZA 3FJ7A 3S4UA 3N94A 3CFZA 3EQ1A 2P0SA 2XXQA 2VPOA 4QSCA 5I2KB 1FTJA 1SD3A 1EZ9A 3MBPA 1QUIA 3Q26A 4BDOA 1II5A 1QULA 5L8DA 2XXXA 3RGYA 3FBPA 3PPNA 4R74A 1IUDA 1HSLA 4MIJA 3U93A 4G2ZA 3S2VA 4IY6A 3LSWA 1LBCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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