1B51A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with ksk
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 191
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b51A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b51A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b51A02
4QFKA 3LBSA 4OENA 3PMWA 3FXRA 1NMUA 3VFJA 2M8CA 5AA2B 1Y4TA 1DMBA 4R2FA 3P7IA 4C1TA 1QUKA 4LUBA 3LSXA 1YCJA 3OEMA 4BLAA 3GLBA 3G3IA 4FATA 3DRHA 1OLAA 2Y7WA 4ONYA 3N26A 3DRGA 4E0XA 1MH3A 3OMBA 3O29A 1B6HA 4XKQA 1JW5A 1F9BA 5CM6A 3ECRA 1HSLA 1RYXA 1FTKA 4ZZEA 3TTRA 1P1UA 4BDQA 4EF1A 3B6QA 1VSOA 3Q29A 1ZU0A 3RYBA 3CSBA 2DE3A 2Z8DA 3KSXA 1L5TA 1M5DA 1I69A 1URSA 1P99A 3K6VA 3DRFA 3IK6B 3DM0A 5I84A 4O3AA 1UQWA 5I2NB 3HSTA 1FQDA 1Y3NA 1VFEA 2Y7RA 3TTLA 1B3EA 5I56A 2OLBA 3PMVA 4P0IA 4ZE8A 4H65A 2A5SA 3B6TA 1Y20A 5DEXB 3SERA 5FTHA 3VVDA 4RPOA 2FYIA 4MFIA 5B7DA 2HQ0A 1XVYA 3GXAA 3WAEA 5A5XA 4KI0E 5L9OA 3I3VA 3UORA 3UGWA 1ATGA 1EZOA 4QFPA 2ALUA 4YKIA 3KG2A 4U22A 2DP8A 2UVJA 4K3FA 1MY1A 4OERA 4OMBA 2WOPA 4G8MA 4FEBA 4R2BA 1Z7ME 3R6UA 2HXWA 2V3TA 2XX8A 1B58A 2Y7IA 4H5GA 4IO4A 1B5IA 2XX7A 3ZKKA 3MP8A 3T93B 1Y3QA 3FVOA 4R74A 3BFUA 4U23A 3CSGA 1A7LA 1IIWA 3FTOA 2Y7KA 1LCFA 3G3KA 3JYRA 2FNCA 3V83A 4UA8A 2I3VA 3K1NA 3PMXA 1QW0A 5TPAB 1LFHA 4ZEFA 4FE8A 3ZSFA 3FVKA 4WKMA 3WAFA 1CE2A 3CI8A 2X7PA 3OD7A 4DIGA 4GL8A 2UVGA 5H8QA 3T9XB 4FEDA 3CFXA 4DZ1A 3G3HA 1MH4A 3EHUA 4GVOA 4GD5A 3KFMA 1B32A 5H8HB 2A5TA 3ZKLA 1LBBA 4U2RA 4QFNA 2HEUA 2PYYA 5TP9A 4OQOA 4WEDA 2NOOA 5LOMA 3HO7A 3IR1A 4JXIA 2I58A 4ZEKA 4IY5A 1IZ1A 2V93A 3FJMA 3D4CA 3O6HA 4JWYA 1M5BA 2PX1A 1DPEA 3FV1A 5JTYB 3TCGA 1B5JA 2WOKA 3RN8A 3PGFA 4KD5A 1S50A 1A99A 4LQ2A 2XX9A 5I58A 1RKMA 3MPKA 3RTFB 1S9TA 1WODA 4F39A 2O84X 5KCJA 3RTWB 3TUSA 3GBAA 3K0VA 1OIBA 5DVIA 2Z8EA 1JW1A 4NE4A 4G68B 2QS3A 3C36A 4JSOA 4THIA 3U93A 3H03A 3Q28A 2XXYA 2RINA 1PDAA 4POWA 3E13X 2NWJA 1SQYA 4BDRA 3VDFA 4DE8A 4EF2A 4KCDA 5CBRA 2ANJA 3C32A 2F34A 1N84A 4PP0A 3K1PA 2VOZA 5CI5A 3LR1A 2ZNSA 1Y4CA 2O69A 4QRZA 1FTLA 2PBWA 3KZGA 3K00A 4PFWA 1B5HA 1EZPA 3DRJA 2O1LA 4KQPA 1B52A 4RA1A 2I4CA 1FQCA 1TT1A 1YAEA 3TYHA 1Q35A 1LAFE 1LLSA 3MWBA 2RKMA 3IX1A 1QUIA 2DXRA 3CIJA 3PPQA 4OXVA 4JWXA 2QMWA 3SEVA 1MM7A 1O64A 3TEPA 4NF8A 5AE4A 1B9JA 3OSQA 1P1QA 5FHOA 5DTBA 1CB6A 3VLWA 3RLFE 4GXSB 1NNTA 3W9WA 1XVXA 1JEUA 2X26A 4HW8A 4YKPA 1SVXB 3M3FA 1B05A 1JQFA 3PUYE 3ZS6A 2ONKE 4C1UA 3H06B 1XS5A 1MXZA 3K6WA 1FTJA 2X7QA 3TMGA 1PBPA 4F3GA 5CBSA 2F7CA 1QJMA 3N6TA 2PT1A 1NFTA 2RC9A 1LAXA 1SYHA 2P2AA 4ECFA 3DRKA 4YZZA 3SEUA 4F1YA 4YB7A 1NH7A 1OVBA 4PQJA 2F6GA 4G68C 3N6UA 5EHSA 1M5EA 4YAHX 2FA7A 1OQHA 1XC1A 4I9DA 4LVQA 1PB9A 4H8IA 4OWDA 1NKXA 2QSXA 3EQ1A 3OO7A 4YB5A 3VE1B 1MRPA 3S4UA 4OESA 2ONSA 1II5A 3MVXA 2AL4A 3MAMA 3IB1A 2PVUA 4RPNA 2O51A 5I56B 4QSDA 1HSJA 1O7TA 3HCQA 3MPLA 1QULA 1B4HA 2HAVA 3LSLA 2V3UA 3FV2A 2I48A 1VE4A 2F78A 1WVJA 5HPQA 2V84A 5A5XB 5B70A 4U1OA 4L17A 2WKYA 1JVYA 4O3CA 4NMYA 4IO3A 3T9VA 2HZKA 3OO6A 3IOTA 2XD2A 3RNNA 2RCBA 1KWHA 4GXAA 3RQTA 2RC8A 4N07A 4PETA 2RC7A 4Q8RA 5ISUA 5KZTA 1B3LA 3QK6A 3GZGA 1MS7A 1GVCA 4JB7A 4DDDA 3C33A 1IEJA 3K4UA 1M5FA 1MQDA 3QSLA 3VLUA 2QS1A 1IQ7A 1J1NA 3CG3A 3FVNA 2B4MA 1ZMGA 3HPIA 1B3HA 4F3PA 4OETA 3PPPA 1Z7NE 1N3XA 3N94A 3DP6A 3R26A 3K02A 2R71A 1SW4A 5F7VA 1UTBA 4HCWA 3QUFA 2XXPA 3TQLA 3TPAA 2DE4A 4LATA 3RGYA 1GGGA 3TELA 4NF6A 3FVGA 3PUWE 2DYXA 5H8QB 2Y84A 1AIVA 1IUDA 3O6PA 4HS7A 3UK4A 3BBRA 2Q88A 2A5TB 1ZIUA 5TP9B 2OCUA 5ITOA 3S9EA 1N7XA 3O28A 4F1UA 4YMAA 5DT6A 4I1DA 3RT8A 4H6DA 1PC3A 1YPNA 3PUVE 4R9FA 3TFLA 1FTOA 2ZMBA 2XXRA 3T66A 4BDMA 3EHSA 3MZ9A 4LZ8A 2I4BA 3IL1B 1FCKA 4QFOA 4BDNA 4GRKA 4FJPA 1US5A 1AMFA 2IEEA 4EDPA 5I58B 3ILTB 5ICQA 1JVXA 3QAXA 1A8EA 5KCJB 4KR5A 1PB8A 2D3IA 4GF8A 4LP2B 1LFGA 2IA4A 1LAGE 5H8NA 1VR5A 4IB2A 5IAIA 3HN0A 2REGA 1MY2A 3RUMA 3KN7A 3KGCA 4JWOA 5TU0A 3M3KA 3SKPA 3IO4A 2PMSA 4ESXA 2DE2A 2XXVA 4H5FA 4G8HA 1I6AA 4TQUQ 2WOLA 1TXFA 4YU0A 1MQHA 4KYDA 4EQBA 3USDA 1O63A 1P1OA 4MBPA 2OZZA 2UVHA 2UYEA 2DS9A 3FUZA 3RT6B 1B46A 1USYE 2V25A 1B7HA 4F31B 3H3GA 4H1XA 4ZZAA 4F3BA 4U4SA 3T96B 2Q8JA 2AL5A 4PFYA 1FQEA 2I6EA 2XD3A 3DRIA 3IJXB 2UYFA 4UACA 4MH5A 3OEKA 3UIFA 3BFTA 2GHAA 2P1SA 5H8FA 5EYFA 3B7DA 2AYSA 3TTNA 3DELB 5L9SA 1IXIA 3MP1A 4NF8B 3FZVA 4YMBA 5I57A 3DP8A 2ZXTA 1UTHA 3HV1A 4E0WA 5F1QA 4ZEDA 2ABHA 1XOCA 4G2ZA 5K2YA 3PUXE 2V3QA 4ZDMA 3B6WA 4EQ7A 5CMMA 2QS2A 3CFLA 5AA1A 3TCHA 1AH5A 4IO7A 3TDJA 1N3WA 3OSRA 4P11A 3O6GA 4I62A 4KHZE 2G93A 1DSNA 3KN8A 1UIUA 4U1ZA 1DPPA 1OQGA 4FECA 3MP6A 5FTIA 1QKAA 2HAUA 2H5YA 5JEIA 2O7UA 2GHBA 3MC2A 3Q27A 3PAMA 4ISUA 1JETA 2GFEA 3H4ZA 4PFTA 3E9XA 3SEXA 2VD2A 2BJJX 1H3DA 2F35A 4ZS9A 4ZEBA 2I0CA 3CHGA 3MVWA 3S2VA 1IXHA 1N7WA 4DLDA 4NWDA 2Q2CA 2CMOA 3ODBA 4GL0A 4KYEA 3K1MA 2Z8FA 4AB5A 3LVUA 2DWHA 4RXLA 4DXCA 3OO9A 4MLQA 1XHYA 2ZYOA 4NF5A 1OVTA 4F19A 1BLFA 1AL3A 3KN3A 2QRYA 2H25A 5AA3A 1BTJA 3SESA 2GRVA 3LSFB 2VP1A 3A3UA 3PD8A 1SI1A 5ELVA 1D3KA 2E1SA 4TLLB 2QS4A 4DXBA 4PE5B 3DLNA 4RK2A 4ELRA 3Q25A 2HFBA 3JV9A 3FXQA 4YKJA 4XTCQ 4H0WA 3PPRA 3OENA 4IGTA 4NEDA 2RF1A 4KFQA 2F97A 1EZ9A 1MY3A 1ZLQA 3L6GA 3RYAA 2W7YA 1H76A 4KCCA 2REJA 3K6UA 1AOVA 2I3WA 1TFDA 3OXNA 1DTZA 1H43A 3K2DA 1A40A 4OHNA 1PBQA 4F2OA 3S9NC 2ONRA 1YTVA 4TLMB 4N6PA 4XIGQ 4TOZA 3L6HA 1ZJLA 2H4IA 1UTBB 1TFAA 2THIA 4OEUA 4M4GA 1B51A 3IO6A 5I2KA 1B0LA 1US4A 3KJ7A 4NF6B 1Y1ZA 1P1WA 2UXAA 3FD3A 2ZYKA 1NNPA 3ONMA 4Q30B 3T22A 5J1DA 2VGQA 3VVFA 1MDQA 3HHGA 4ELPA 2OJTA 3G3FA 1JEVA 2Q2AA 3FJ7A 4OFOA 3OOAA 3AXFA 3RPWA 1Y3PA 3UN6A 5AA4A 3TQWA 1LCTA 2QJEA 5ICTA 1IXGA 5JK4A 2KLFA 4F29A 4F18A 4QSEA 4FORA 5H8SA 1NNFA 3MVYA 2XHDA 1MPCA 2OK2A 4XXUA 5I59A 4ND9A 2Z23A 4AQ4A 2E0SA 3V8XB 5KDTA 1Q1KA 3N5LA 1NL5A 3SEYA 4GFRA 2F7AA 2O7IA 2B4LA 4GOTA 4Z7EA 4OFJA 5HBCA 2AIXA 3C34A 4M1VA 5H8NB 3I5OA 3C35A 3O66A 3IAZA 3FASA 1T0KA 3FATA 2ZYMA 1MM6A 3JZJA 1WDNA 1GV8A 1SW1A 1ZBMA 1LB8A 1TWYA 4DCXA 4RJZA 1GR2A 3KEIA 4F2QA 3E3KA 1JNFA 4OFLA 4X1DA 3FIRA 3O2AA 1SYIA 3V5AA 1D9VA 2QL3A 3TODA 1QUJA 1EU8A 5CMBA 4IO6A 2DSFA 4P0GA 1DOTA 4OEVA 5FHNA 1R9QA 3EHTA 3H6TA 4R75A 5BUUA 3C9HA 4RK9A 3MVZA 2NUVA 4R73A 4GIZA 1D9YA 4MF3A 1R9LA 3PV0E 1LB9A 4R6YA 2YPNA 1POY1 4RYAA 5H8FB 2OBGA 1UIVA 3EPEA 3VLVA 2Q9TA 4FIMA 3KJTA 3Q26A 1MQGA 4R72A 1SW5A 5I57B 4GWOA 1MDP1 4WXJA 4H8JA 4Q5TA 1UTHB 4LZ5A 2XXWA 3TTMA 5DYHA 4EXLA 2DQVA 2ZYNA 2F7BA 4RNSA 4QSCA 1SI0A 1LGBC 2P0SA 1QVSA 4ZECA 4IY6A 1BP5A 3UA8A 2R6GE 4O3BA 4NF4A 2B3BA 1Y9UA 2VHAA 1A8FA 3SETA 1B4ZA 2F8DA 4G8NA 2RCAA 4MLVA 3PU5A 2D21A 1QKBA 3O6IA 1MXYA 4H67A 1USYH 1I6QA 1B2HA 1BKAA 3I6VA 5DVJA 3IOUA 4YKKA 2H9BA 3HHFA 1NNKA 2XXHA 1SDXA 3SDFA 4FAJA 3TCFA 3T9HB 4QF9A 5AA2A 5L8DA 3M3LA 3TKDA 3QIMA 3UP9A 1N0TA 3TAJA 1P1NA 2R9JA 4JDFA 4XKPA 1IXCA 1I6BA 1N76A 4NF5B 1MXXA 4QFLA 1OLCA 4ESWA 3TTKA 1DTGA 3BKIB 2DWIA 4JSDA 2O68A 2DWJA 2VD3A 3S9LC 3W9VA 5ITPA 4KYSA 3CG1A 2ZNTA 3A3CA 2XXUA 2F5XA 4AB6A 1URDA 3IOVA 2HCAA 2O1MA 5AA2D 1PEBA 1FTMA 3IJOB 2Y7PA 2XXQA 4JBZA 4R6KA 4HTGA 3G3JA 2UVIA 1MG1A 1MY0A 5I2NA 1B1XA 2QMXA 1LAHE 1URGA 4HCYA 1A55A 3LSWA 3H6WA 4GLIA 3IORA 4X1BA 3T9UA 2GH9A 4QHQA 3KBRA 1LSTA 3D4GA 3FJGA 1MXWA 3TZAA 4EQ9A 1B3FA 1PB7A 3V89B 1SD3A 4DXUA 1MQIA 5DEXA 4LONB 3G3GA 2H99A 5I2KB 2QPQA 2Q89A 1HSEA 3QXMA 3U1OA 4R6HA 1FQAA 3H6UA 5CRYA 3W15C 1VFDA 3ILUB 1B0HA 4DCYA 4OVJA 4YB6A 3O9PA 4X9TA 4PFUA 3GBBA 3VV5A 2DWAA 3CFZA 1H44A 3K6XA 1B1HA 5AA4B 3O97A 3PPOA 1B7ZA 3MQ9A 1NH8A 4F22A 4G4PA 5FHMA 1LBCA 4XKRA 4X48A 4ZEIA 4F1VA 1MPDA 3VXBA 3RY3A 3PUZE 1R1NA 1B40A 4BDLA 4EXKA 5DVFA 3MUQA 3H6VA 1N04A 1BIYA 2F6PA 1A54A 4OZ9A 5M2VA 3IB2A 2B3FA 5I59B 3U94A 3U92A 2DVZA 4N13A 1RYOA 4WEPA 5TPAA 3FXUA 4RY1A 5KDTB 1MPBA 1OMPA 1M5CA 3A09A 3EN3A 5HM4B 1LFIA 2YJPA 1R6ZA 4LA9A 1IITA 2F36A 5CC2A 3EF7A 3IB0A 4ELOA 3DP4A 4IO5A 4ZE9A 3PD9A 1B3GA 5H8HA 4POXA 1FW0A 4KPTA 1MXVA 2I0BA 1ELJA 3VXCA 3MZ1A 4U21A 3M8UA 3QUJA 5EHMA 3MW0A 3CRBA 3LUYA 3KOTA 5CMCA 4IGRA 2ESNA 1POTA 2D5WA 2NVUB 1D4NA 5JTYA 4G77A 3PPNA 1Y1MA 2DOJA 3THIA 5BWJA 4LQ5A 4OTEA 3E4RA 3U72A 2ZNUA 4Q0CA 4I8CA 2CZLA 2O6AA 1MY4A 3OO8A 4BDOA 1GTKA 4G68A 3VVEA 1SW2A 3MZBA 1ZKBA 4U4XA 1S7YA 4XKNA 2NXOA 3C31A 3H7MA 4NTLA 3MBPA 1XT8A 5K2XA 3S9MC 2DVCA 1JW4A 2PT2A 3G7WA 1MQJA 4R9GA 3CR9A 1ANFA 3IOWA 2I49A 5L9MA 1SBPA 2DXYA 3F11A 1FQBA 1H45A 2HZLA 1MXUA 3CVGA 2G29A 4ELQA 1EH3A 2B65A 3K01A 2OWTA 3U8QA 4Z0IA 4IO2A 3SEWA 4NF4B 3OELA 4GQOA 3QYTA 4OYVA 3C4MA 2YLNA 2H98A 2XXIA 3LC8A 3KOSA 3KSJA 2Z22A 4LZ7A 1B7UA 5CMKA 2OWSA 1FQFA 2LAOA 1ZTYA 4EUOA 4YICA 4C0RA 2XXTA 3FGSA 4NWCA 4F3SA 3MJNA 5IKBA 3R7XA 2XXXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QFKA 3LBSA 4OENA 3PMWA 3FXRA 1NMUA 3VFJA 4NN3A 2M8CA 5AA2B 1Y4TA 1DMBA 4R2FA 3P7IA 4C1TA 4N91A 1QUKA 4LUBA 3LSXA 2QVVA 1YCJA 3OEMA 4BLAA 3GLBA 3G3IA 4FATA 3DRHA 4OVRA 1OLAA 2Y7WA 4ONYA 3N26A 3DRGA 5EQ7A 4E0XA 1MH3A 4G61A 3OMBA 3MYUA 3O29A 1B6HA 4XKQA 1JW5A 1F9BA 5CM6A 2FIEA 3ECRA 1HSLA 1RYXA 1FTKA 4ZZEA 2Q8MA 3TTRA 1IMCA 1P1UA 4BDQA 4EF1A 3B6QA 1VSOA 3Q29A 1ZU0A 1LBVA 2WEFA 3RYBA 3CSBA 2DE3A 2Z8DA 3KSXA 1L5TA 1M5DA 1I69A 1URSA 1P99A 3K6VA 3DRFA 3IK6B 3DM0A 5I84A 4O3AA 1UQWA 5I2NB 3HSTA 1FQDA 1Y3NA 4MEVA 1VFEA 2Y7RA 1D9QA 3TTLA 1B3EA 5I56A 2OLBA 3PMVA 4P0IA 4ZE8A 4PF6A 4H65A 2FVZA 2A5SA 3B6TA 4AS5A 1Y20A 5DEXB 3SERA 5FTHA 3VVDA 4RPOA 2FYIA 4MFIA 5B7DA 2HQ0A 1XVYA 3GXAA 3WAEA 5A5XA 4KI0E 5L9OA 3I3VA 2WYPA 3UORA 3UGWA 1ATGA 1EZOA 4QFPA 2ALUA 4YKIA 3KG2A 4U22A 1XI6A 4GWWA 2DP8A 2UVJA 1SPIA 4K3FA 1MY1A 4OERA 4OMBA 2WOPA 4G8MA 4FEBA 5ET7A 4R2BA 1Z7ME 3R6UA 2HXWA 2V3TA 2XX8A 1B58A 2Y7IA 4H5GA 4IO4A 1B5IA 2XX7A 3ZKKA 3MP8A 3T93B 1Y3QA 3FVOA 4R74A 3BFUA 4U23A 4XFEA 3CSGA 1A7LA 1IIWA 3FTOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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