1B51A

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with ksk
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
molecule tags Peptide binding protein
total genus 191
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b51A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b51A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b51A02
1MG1A 3FGSA 3SERA 3K6VA 3B7DA 2DXYA 4ISUA 4EDPA 4M4GA 3K0VA 4BDNA 3TZAA 3PUYE 3IL1B 3RT8A 1MY2A 4ND9A 1B46A 3M3KA 3U92A 1RYOA 5F7VA 4L17A 3S9NC 2QS3A 4JB7A 4N13A 5CMMA 3KN8A 3VVFA 3IR1A 2Q89A 1QJMA 4YAHX 4PETA 1PBQA 4R2FA 2Z8FA 1NKXA 3LC8A 1ZU0A 3QAXA 4IGTA 1OIBA 3IOTA 3M3LA 2Z23A 3UP9A 2P0SA 2DS9A 2DE2A 3O6PA 1IXGA 4K3FA 4U23A 3N6UA 2GRVA 2UVGA 3JV9A 5CMKA 4F3SA 1SI0A 1ZTYA 3UORA 4BDQA 3BFUA 5KDTA 1FCKA 4O3AA 3JZJA 3UK4A 4G8HA 1JQFA 1OQGA 3PUWE 2DVZA 3B6WA 2YPNA 4GL8A 3KGCA 4Q30B 3GLBA 3LSLA 1J1NA 2LAOA 1LLSA 1H44A 3JYRA 1MXYA 4P0GA 3ILUB 3QYTA 3O6IA 1AL3A 4G68A 1XOCA 2YJPA 1B5JA 4FIMA 4KR5A 5CRYA 4BDMA 1M5CA 5I56B 4OERA 5FHNA 1D9VA 4NWDA 3UIFA 2XXWA 3MVXA 4EF1A 4LZ7A 5JTYA 4O3CA 4AQ4A 4RPOA 2I0BA 1IIWA 1BKAA 4F3PA 3SEWA 1OLAA 4E0WA 2H98A 1JEVA 1XHYA 5H8NB 2PMSA 1GTKA 5I58A 2ZXTA 5KZTA 2F6GA 5AA2D 1ATGA 1NNPA 2D5WA 4H8IA 4R9GA 4QHQA 4I62A 2I3VA 3RT6B 3RGYA 2ZYMA 5H8QB 1QW0A 1B3HA 3OMBA 2Z8EA 4DDDA 4YU0A 2OBGA 4XKRA 3VFJA 4R6HA 4G77A 4U1OA 1US5A 2ABHA 1B0LA 3KN7A 4LATA 1S9TA 4NEDA 2DE4A 4F22A 3ZS6A 1B7UA 3LSFB 4IO5A 3VLUA 2QPQA 4LUBA 3P7IA 2X7PA 1B7HA 2OWTA 1ZIUA 1POTA 4FEDA 4EQ9A 4H1XA 4OHNA 1MDP1 1IITA 3H06B 3M3FA 3CHGA 1Y3NA 1UIUA 3IO6A 3G3GA 1MY4A 1JVYA 4Q8RA 2DQVA 4ZECA 1SYIA 2G29A 2G93A 3DLNA 3TCHA 4OETA 1H43A 4HW8A 4YICA 4FAJA 1XVXA 1VSOA 4X1BA 1USYH 5CMBA 1JVXA 5L9MA 1FTJA 5TPAB 1ZBMA 5H8SA 4IB2A 1D9YA 4Q5TA 4XXUA 3UN6A 3ZSFA 1LFGA 1SVXB 1AOVA 4H8JA 2RC9A 3ILTB 3EPEA 4IO2A 3TYHA 4OZ9A 1MRPA 2XXUA 4BDRA 3SKPA 4GVOA 5AE4A 4JWOA 1ELJA 3EF7A 3CI8A 3K6WA 2IEEA 1UTBB 3DP4A 1A40A 1MQIA 3FXQA 1Z7NE 3FD3A 1UTHA 5CI5A 4YKJA 4RXLA 4Z0IA 3PD9A 1JW1A 2O68A 1LB8A 4RY1A 4F31B 1M5DA 3FASA 4OFOA 1MXUA 4LZ8A 2CMOA 4OFJA 2V3UA 4KQPA 3IAZA 1WVJA 3TTKA 2R71A 4ZS9A 2QS1A 1B5IA 1N3WA 3MZ1A 2XXVA 3MPKA 5H8FB 4PP0A 3TEPA 1FQEA 3OENA 4OYVA 2H4IA 4UACA 1BP5A 2UXAA 3V83A 3R7XA 2XXYA 2HQ0A 2RKMA 4FEBA 3PPOA 5TU0A 1BTJA 3EHTA 4JDFA 4DXBA 1L5TA 3Q28A 2QS2A 1EZ9A 2WKYA 1N7XA 5B7DA 4MLQA 5TPAA 1II5A 1B4ZA 1BLFA 4DXCA 3O28A 5ICQA 3FZVA 4OEVA 3LVUA 1QUJA 1PC3A 2OJTA 1T0KA 4N6PA 4LQ5A 4QSDA 3TTRA 2IA4A 1IXHA 2DWJA 5DYHA 2BJJX 2HXWA 5AA1A 5HPQA 4TLLB 4U21A 1S7YA 2XX9A 2DWIA 1UTBA 3FJMA 3TMGA 2H9BA 3KJTA 1MQDA 4X9TA 1MY3A 3LSWA 4ZE8A 2ZMBA 3H6WA 3CFXA 1SDXA 1AIVA 4ZE9A 2D21A 3OSRA 1LFIA 3KJ7A 2F78A 3SEYA 4ZZAA 2ZNUA 1TWYA 3G3IA 1WODA 4JWXA 3GZGA 5TP9B 3RYAA 5HM4B 1QKAA 1B3LA 1LCFA 3N5LA 5H8FA 3FV2A 1AMFA 1Y1ZA 2ZNSA 1DPEA 3IB0A 2O51A 3D4GA 3C9HA 1M5FA 5IKBA 2PVUA 5HBCA 3B6QA 4YKIA 1FTLA 2P1SA 4DXUA 1M5BA 3PD8A 3DM0A 2RINA 3PPRA 4KYEA 3LBSA 1WDNA 1N04A 1B51A 4ONYA 1MXXA 4C1UA 3S2VA 2DE3A 3RNNA 5DEXA 1SQYA 2QJEA 4H5GA 3F11A 2HAVA 4NF5B 4R73A 3GBBA 3RTWB 3N6TA 3WAFA 1R9QA 3FVOA 1IXIA 2AIXA 1I6BA 4EF2A 4X1DA 2CZLA 1FQDA 2HZKA 2OK2A 3MAMA 1QUIA 3I6VA 2QSXA 1A55A 4F3BA 3EQ1A 1TXFA 2V3QA 1YTVA 3FJGA 2DWAA 4GXAA 2ANJA 4GLIA 2YLNA 5I2NB 3K1NA 3CG3A 3KEIA 3UA8A 1PB7A 3TUSA 4U22A 4U1ZA 4KI0E 1Y9UA 3IJXB 5TP9A 1I6QA 3LUYA 1MM7A 1LAGE 4RYAA 4G4PA 3MZ9A 1F9BA 4XKQA 1QKBA 1P1WA 1URSA 3C4MA 4XKNA 4U4SA 4TOZA 4IO4A 4FORA 4LP2B 1I6AA 1B05A 3KG2A 4JSOA 1VFEA 2THIA 3PMVA 4IO6A 1A54A 1QUKA 3SDFA 3HCQA 3TPAA 2Y7IA 3MVWA 4NMYA 4EQ7A 3DRIA 1IEJA 2UVIA 1SW5A 4QF9A 4X48A 1PBPA 4QFNA 1N76A 2F6PA 1M5EA 3PUVE 1I69A 4OQOA 2Y7KA 3G7WA 4NF5A 4NF6B 5JEIA 3U94A 4Q0CA 3MP6A 1SW1A 5BWJA 1NNFA 1FQCA 3TELA 1TFDA 3OD7A 4I1DA 4R74A 3KN3A 1Y4CA 2F97A 2XXPA 4EUOA 5B70A 3Q25A 2X7QA 2ZYNA 3KOSA 4ELPA 3PU5A 3K6XA 2Y7WA 5ISUA 2GHAA 4KYDA 3G3JA 3IOWA 4ZZEA 5H8HB 1MQHA 2UVJA 1P1UA 3MW0A 2UVHA 3CRBA 5K2XA 1TFAA 2UYEA 1MXVA 5A5XB 1EZOA 1ZKBA 5I59B 3D4CA 3KSJA 4BLAA 4DE8A 2XX8A 4ZEKA 1GV8A 3SEVA 3USDA 1A7LA 1MY1A 2VHAA 1SW4A 1MY0A 3TTLA 3DRHA 2V93A 1IXCA 3TCGA 1B32A 2PT1A 1JNFA 3G3KA 3C36A 5I84A 1LCTA 3U72A 3RQTA 4QSEA 5FHMA 3C35A 4U2RA 1R6ZA 2XD3A 1SBPA 3G3HA 5CM6A 2F7BA 4OMBA 4NF6A 5FTHA 3MVZA 1PEBA 4Z7EA 2H99A 1VE4A 4H0WA 1B40A 3VLWA 1VR5A 2I49A 3EN3A 1LAHE 4ESXA 3ODBA 4UA8A 1FQBA 5I56A 4DCXA 3G3FA 2OCUA 1B52A 4KPTA 1O63A 3MPLA 1MPCA 2H5YA 1Y20A 1S50A 3HPIA 4PFTA 2W7YA 2O6AA 5H8NA 4QFOA 1P1QA 3PV0E 1NL5A 4RNSA 1SW2A 3VXCA 4RK2A 5A5XA 2Y84A 1D3KA 4WEDA 3OO7A 2NUVA 4FECA 2XXTA 3FUZA 3K00A 5I59A 2RC7A 3PPNA 3HO7A 3QXMA 3PAMA 3TDJA 4OFLA 2O1LA 2UYFA 2A5TB 4AB5A 5CMCA 5H8QA 1LBCA 1B1HA 3FATA 3R6UA 4POXA 3PUXE 3U8QA 2QRYA 1A99A 4LA9A 3K4UA 3VVDA 1H76A 4JBZA 2DOJA 3IB1A 4RK9A 3VLVA 2RF1A 1FTOA 1XVYA 1RKMA 4F1YA 5AA4B 3KSXA 2Q9TA 5LOMA 4P0IA 1GVCA 3L6HA 4H67A 3A3UA 2PYYA 1EU8A 4LVQA 1HSJA 1NH8A 1LB9A 3OXNA 2OWSA 2GH9A 4IGRA 3H6TA 2O7UA 2DWHA 3K01A 4RA1A 4MFIA 4OENA 1UIVA 2NXOA 3U1OA 3GXAA 3BKIB 2V25A 4FATA 4YMAA 1FQFA 5L9SA 2XX7A 3PPQA 1GGGA 4NF8B 3TTNA 3RTFB 4QFLA 3IX1A 3VXBA 1VFDA 4IY6A 3EHSA 1OQHA 3ZKLA 5KCJB 5ITOA 3B6TA 2OLBA 3OELA 3FV1A 1NH7A 1B1XA 5ICTA 3H6UA 3RN8A 1OVTA 2DYXA 4DLDA 2NVUB 4JWYA 3OO6A 1NNTA 4GRKA 4MF3A 3HHGA 1Y3PA 4YKKA 1IZ1A 3MZBA 2VD2A 3A3CA 4G2ZA 4R6YA 4EQBA 1LSTA 3TQWA 4KYSA 2P2AA 4ZEDA 3E4RA 1XS5A 3OO9A 4OESA 2F5XA 3H3GA 2NOOA 1R9LA 1TT1A 5ITPA 4HTGA 3E3KA 2F7CA 2XXRA 1KWHA 3V5AA 2GFEA 1IQ7A 4THIA 5DVFA 3O6HA 2ZNTA 4G8NA 1URDA 3IB2A 3TODA 2H25A 2B3FA 2Y7RA 4R72A 1N84A 4F39A 5KDTB 2Y7PA 4RPNA 4OEUA 4R9FA 4C1TA 4QSCA 3IOUA 4GL0A 1QVSA 3W9VA 1P1OA 3TKDA 3UGWA 4LZ5A 2O84X 3FVNA 4NE4A 2Q88A 3T9HB 3SETA 4ZEFA 5CBSA 1LAFE 4I9DA 2V3TA 1A8FA 1PDAA 4P11A 2XXIA 4RJZA 3MP1A 2REJA 4DCYA 1B6HA 4G68B 5K2YA 3HHFA 3N94A 3DELB 3W9WA 4GFRA 3K6UA 4TLMB 3C33A 4OXVA 3SEXA 1FW0A 4F29A 5JTYB 1H3DA 3T96B 1GR2A 3QIMA 1P99A 2DXRA 2M8CA 5L9OA 4OVJA 4KCCA 3FIRA 4QFKA 3Q26A 4KD5A 1ZMGA 1OMPA 5EHMA 1MPDA 5I58B 2QL3A 1MPBA 2XXHA 5M2VA 4ZEBA 2E0SA 1FQAA 5J1DA 4YZZA 1B2HA 1R1NA 3QSLA 2DVCA 3DRGA 3S4UA 2F36A 1CB6A 1MXZA 2I4BA 3PPPA 3VVEA 3CG1A 2NWJA 1BIYA 1LAXA 4C0RA 1B0HA 4F18A 2FYIA 1YCJA 2B3BA 3MVYA 3C34A 3HN0A 2B4MA 4XKPA 5EYFA 5I57B 4XTCQ 2AL5A 2ALUA 3FVGA 4GD5A 4F3GA 2PT2A 1Y1MA 2I3WA 2REGA 4H5FA 2RCBA 3TCFA 1H45A 3HV1A 3OOAA 4JXIA 1SYHA 1B3GA 3QUFA 1P1NA 1MDQA 4H65A 3C31A 4PFUA 4E0XA 3N26A 3T9XB 1N3XA 2QMWA 5I2KB 3CR9A 1SI1A 2Q2CA 5I2NA 4HCWA 3RY3A 4ECFA 1SD3A 4TQUQ 2AL4A 3IO4A 3OEKA 2Q8JA 3VDFA 3CSGA 1A8EA 3K1PA 2V84A 2O7IA 3CFZA 2QS4A 4GF8A 3LR1A 3MQ9A 4POWA 1D4NA 3WAEA 1Y4TA 4LQ2A 1N7WA 2QMXA 3TQLA 2WOKA 2PX1A 2I58A 4OWDA 4LONB 3PGFA 4F19A 1N0TA 1QULA 2VD3A 3I5OA 3ZKKA 2ONRA 3O2AA 3MWBA 4WKMA 1UQWA 1UTHB 3Q27A 2E1SA 1B4HA 2VOZA 3RYBA 1MS7A 4F1UA 2PBWA 1US4A 5IAIA 4HS7A 1ZLQA 3C32A 5I57A 3DRFA 1DMBA 3KZGA 3DP6A 5F1QA 3MUQA 3HSTA 2ONSA 3TFLA 1LGBC 3T93B 4YMBA 1IUDA 1Q35A 2RC8A 1B9JA 3MP8A 2VGQA 4JSDA 2AYSA 2X26A 2DP8A 4H6DA 2Q2AA 3K1MA 3O29A 5DVIA 4ZEIA 5JK4A 3IORA 3VV5A 1NNKA 1HSLA 2GHBA 5I2KA 4ELRA 3DP8A 5DVJA 3PMXA 5BUUA 2WOPA 3S9EA 2HFBA 2I0CA 4YB5A 2F8DA 3H6VA 3KBRA 3RPWA 4ELOA 5DTBA 1B7ZA 5EHSA 3MBPA 1CE2A 2I48A 5L8DA 4R2BA 5H8HA 2R9JA 1B3FA 3THIA 4MBPA 3PMWA 3QUJA 3R26A 4NWCA 2ZYKA 4O3BA 5AA3A 3RUMA 3W15C 3DRJA 3RLFE 3VE1B 4R6KA 5FTIA 4M1VA 1NMUA 3FXUA 1JETA 4GWOA 1XC1A 4QRZA 1DTZA 1ANFA 3FJ7A 3EHUA 4F1VA 1URGA 1EH3A 3IJOB 4GIZA 3SESA 5ELVA 5CBRA 4HCYA 3A09A 3L6GA 3CFLA 1MH3A 3T9UA 2XXXA 4BDLA 2B65A 1DOTA 3OEMA 2O69A 2F34A 2HEUA 3FXRA 4NF4B 3KFMA 3O97A 1JW5A 2OZZA 3V89B 5FHOA 4FJPA 2RCAA 4NTLA 3FTOA 4YB7A 2ESNA 2F7AA 1USYE 1HSEA 1JW4A 4F2QA 3O9PA 3K02A 2O1MA 1NFTA 4IO3A 4KHZE 4I8CA 4XIGQ 3IOVA 4PQJA 4AB6A 1AH5A 4BDOA 1B58A 3I3VA 1Y3QA 3K2DA 1PB9A 2FA7A 3MJNA 1OVBA 1OLCA 4IO7A 3O6GA 4ZDMA 5AA2B 4WEPA 4QFPA 4MLVA 3KOTA 4F2OA 1B5HA 5CC2A 3CIJA 1O7TA 3CVGA 1LBBA 3LSXA 4FE8A 1Q1KA 2HAUA 1YPNA 5DEXB 4IY5A 5DT6A 1DTGA 1DSNA 4GXSB 1EZPA 4DZ1A 1MH4A 2A5TA 3S9MC 4EXLA 1ZJLA 3IK6B 3ECRA 3TAJA 1O64A 2ONKE 2ZYOA 4GOTA 4OTEA 1MXWA 2VP1A 1MQJA 1FTMA 1DPPA 1XT8A 1B3EA 3CSBA 4U4XA 5AA4A 3AXFA 4ESWA 4WXJA 3S9LC 4PFWA 3T66A 4G68C 4NF4A 3OSQA 1LFHA 1MM6A 4G8MA 2XD2A 4PFYA 3DRKA 2I4CA 2FNCA 3PUZE 1JEUA 1FTKA 2B4LA 3T22A 3O66A 4N07A 2HZLA 4DIGA 4R75A 3FVKA 2KLFA 3H03A 2R6GE 4YKPA 1PB8A 3BBRA 1RYXA 3Q29A 2XHDA 3E9XA 4PE5B 2WOLA 1POY1 1Z7ME 4ELQA 1MQGA 3T9VA 2Z8DA 4NF8A 5AA2A 3M8UA 4GQOA 3OO8A 1YAEA 2F35A 2A5SA 3H4ZA 3U93A 2HCAA 4KCDA 3ONMA 5KCJA 3BFTA 4MH5A 3TTMA 4EXKA 3SEUA 2Z22A 3V8XB 3QK6A 2DSFA 4KFQA 3GBAA 2XXQA 2D3IA 3H7MA 3E13X 2I6EA 3MC2A 4YB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MG1A 3FGSA 3SERA 3K6VA 3B7DA 2ZZWA 4OVTA 2DXYA 4ISUA 4MEVA 4EDPA 4P47A 4M4GA 3K0VA 3RPLA 4BDNA 3TZAA 3PUYE 5ET5A 3IL1B 3RT8A 1MY2A 4ND9A 1B46A 3M3KA 3U92A 1RYOA 4NHBA 5F7VA 4L17A 3S9NC 2QS3A 4JB7A 4N13A 5CMMA 3KN8A 3VVFA 3IR1A 2Q89A 1QJMA 4YAHX 4PETA 1PBQA 4R2FA 2Z8FA 4P8BA 1NKXA 3LC8A 4MJOA 3RYDA 1ZU0A 3QAXA 4IGTA 1OIBA 3IOTA 3M3LA 2Z23A 3ISPA 3UP9A 2P0SA 2DS9A 2DE2A 3O6PA 1IXGA 4K3FA 4U23A 3N6UA 2GRVA 2UVGA 3JV9A 5CMKA 4F3SA 1SI0A 1ZTYA 3UORA 4BDQA 3BFUA 5KDTA 1FCKA 4O3AA 2KQZA 3JZJA 5I3SA 1FPFA 3UK4A 4G8HA 1JQFA 1OQGA 3PUWE 2DVZA 3B6WA 1RDYA 2YPNA 4N6KA 4GL8A 3KGCA 4Q30B 5ET6A 3GLBA 3LSLA 1J1NA 2LAOA 1IMBA 1LLSA 4PGPA 4PAKA 1H44A 1FPLA 3JYRA 1LEVA 1MXYA 4P0GA 1QGXA 5LTCA 3ILUB 3QYTA 1NI9A 3O6IA 2CZHA 1AL3A 4G68A 1XOCA 2YJPA 1B5JA 4FIMA 4KR5A 5CRYA 4BDMA 1M5CA 5I56B 4OERA 5FHNA 1D9VA 4H46A 3U65A 2L5VA 4NWDA 3UIFA 2XXWA 3MVXA 4LZ7A 4EF1A 1FPGA 5JTYA 4O3CA 4AQ4A 4RPOA 2GQ1A 2I0BA 1IIWA 1BKAA 4F3PA 1LBYA 3SEWA 1OLAA 4E0WA 2H98A 2Y5KA 1JEVA 1XHYA 5H8NB 1NUWA 2PMSA 4N6DA 1GTKA 1FJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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