3PU5A

The crystal structure of a putative extracellular solute-binding protein from bordetella parapertussis
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
LADDHIYVTSSGGSFLENVRKHMAEPFEKQSGVKVTLVPGTNPAHALKILSSRGTPPYDVAAFGGNDMYRLIRAKKLAQVDEKSVPSLADVPEKFKADWEGCGSLYDYSSVGIAYRPDKIQGGVKSWKEFVERTVAGEFGKQVFFNNLSSNVRGAEVLSMFGKIYGSGYGDIEASIATLERMKPHIFKFFTAFNDPVVLLTSGEGAIGPGWDGRTFIAEDSTKGMVKWVDPTEGAVSSGPVMAVVKGGKEDLAKAFMNYALGEEAQKAFCEAMYYGAVNRKVQYSEKLKHRLPSIDSVQLVDTALLIKNMSALLDLWNKRIA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of aa putative extracellular solute-binding protein from Bordetella parapertussis
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella parapertussis
molecule keywords extracellular solute-binding protein
total genus 99
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pu5A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3pu5A01
3VVFA 1JW5A 5F7VA 3IB2A 5I58A 1SBPA 1B1HA 3RNNA 4QFPA 5FHOA 3N26A 5CMCA 5I56A 1UIVA 1MPBA 4BDNA 2DP8A 1MM7A 4AB6A 1S50A 2WKYA 2D21A 1LFHA 3FVNA 4OESA 4G68A 2V3UA 1B1XA 1PB8A 3V8XB 1OQGA 1MDP1 2R71A 1ZTYA 3PPRA 2XXRA 4WEDA 4WKMA 3OSQA 1QKBA 1ZBMA 2Z8FA 4XKRA 4JWXA 3O6GA 2XXVA 3RTFB 1GR2A 3K1MA 1D9YA 1CB6A 3U1OA 3DP6A 4M4GA 1ANFA 3L6HA 4F2QA 3GBBA 1B5IA 3KOTA 4XXUA 3T66A 4XTCQ 3OD7A 1NH7A 2LAOA 4MH5A 2GRVA 3T9VA 1LGBC 4PE5B 1B0LA 3FJ7A 5ISUA 3FXRA 3ZS6A 1US4A 3IR1A 2O6AA 1BKAA 4K3FA 4ZZEA 3SERA 4FIMA 5CC2A 3N94A 1A8FA 2RCBA 1POTA 4YICA 4ZE9A 1VE4A 1ELJA 1FQAA 3IO6A 4LA9A 5CM6A 3W9VA 4NTLA 3K6UA 2PYYA 4BDOA 1M5DA 3PPPA 4YMBA 4OEVA 3O9PA 3VFJA 5I59A 4QFLA 1P1QA 4HCWA 3UA8A 4R6KA 1TFAA 3GXAA 1UTBB 2PT1A 4QSCA 3SEXA 3KBRA 4KPTA 3K4UA 3MJNA 3MP1A 4I9DA 4NF6B 2DE4A 4OFJA 5AA2D 5BWJA 1OVTA 3OELA 1XC1A 2HEUA 1SW5A 3CG1A 4MF3A 2B3FA 5ICTA 2F7BA 1ZLQA 3T93B 3GZGA 4R72A 2UYFA 4PFTA 4LONB 3M3KA 3C36A 2QS1A 1XHYA 2F6GA 3CR9A 4GD5A 1H3DA 2QL3A 2F7AA 4OENA 4IO3A 4F3SA 3K6XA 3KGCA 4ZS9A 4DE8A 3CSBA 2NOOA 5CRYA 3T9UA 3MUQA 4QFOA 2Y84A 3TCHA 2A5TB 4THIA 2B3BA 4DIGA 2Y7KA 1Y4CA 4TLMB 5DYHA 3I5OA 3M3FA 1WODA 1S7YA 3QAXA 4KYSA 3LBSA 4GL8A 2Y7WA 4Q5TA 1ZIUA 3LC8A 1TFDA 1IUDA 1PB7A 3JV9A 2Y7IA 2QS4A 3G7WA 1A8EA 1B0HA 3O6HA 4RNSA 3CG3A 3T9XB 5KCJB 2QJEA 2O84X 2XXYA 3PUWE 1DPEA 1IXGA 1SYHA 2ABHA 2Q8JA 5K2XA 2ONSA 2Q2CA 3VV5A 5CBRA 2OLBA 1MY2A 1FQDA 1Y20A 3C35A 2OWTA 4PFYA 1URGA 4QFKA 5AA4B 5I84A 5H8HB 3HPIA 3RN8A 3OENA 3T96B 3Q28A 2YLNA 3SEWA 3ZSFA 4U23A 1M5CA 1O63A 4JSDA 1Z7NE 4JXIA 4KFQA 3S9MC 3O29A 3DLNA 4RJZA 4E0XA 3QYTA 4EQBA 3DM0A 3OEKA 1H45A 3ZKKA 1SW2A 1PBQA 3KSXA 3FVOA 3MBPA 4GWOA 5DVFA 3RY3A 1JNFA 4DXBA 4OVJA 4IO7A 3OSRA 1NNPA 4M1VA 1I69A 1B3EA 4XIGQ 1Y1MA 2H99A 4OZ9A 1M5BA 3DP8A 1MDQA 5EHMA 1TXFA 4ELRA 1XS5A 3MVXA 4IO2A 4BDRA 4OEUA 1SVXB 5H8SA 4YZZA 4L17A 3IB1A 3PD8A 4X1BA 1PB9A 1Y3NA 2Q9TA 4H1XA 1I6QA 3ECRA 2REGA 2DWJA 2V3TA 4U4XA 2XXWA 4IY6A 3QK6A 4DDDA 3UK4A 1NKXA 4Z0IA 2VP1A 4RYAA 1ZU0A 1B52A 2PT2A 5DEXA 2ESNA 2RKMA 3MZ1A 1Y4TA 2W7YA 3TTMA 3TMGA 1WDNA 2UVGA 4XKPA 1GGGA 1MH3A 5EYFA 4NF5B 1JQFA 4PFUA 1JVYA 3F11A 5H8NA 4O3CA 3W9WA 1R6ZA 1NFTA 4OWDA 3G3FA 3GBAA 2XXIA 3IB0A 4GXAA 3FZVA 1OLAA 3SEVA 3UIFA 3UN6A 3O6IA 2DWIA 1PBPA 1FTLA 5CI5A 4R9FA 5FHMA 1DPPA 4H6DA 3E4RA 4G2ZA 4OERA 3IOVA 1LB9A 4LZ7A 4KYEA 4G8NA 4OMBA 4RK9A 3IJXB 2QRYA 1B51A 4GLIA 2VD2A 1QVSA 1EU8A 3KSJA 3PMVA 1B3GA 2QMXA 2V3QA 4N13A 4KCCA 2DVZA 4JDFA 3HV1A 3BBRA 4WXJA 3TFLA 4PQJA 4ECFA 4YKJA 2VOZA 4HS7A 2E1SA 4ND9A 2ONRA 1GV8A 4AB5A 4ELQA 3IL1B 1B46A 4E0WA 4RK2A 4FORA 1RYOA 3K1PA 3S9LC 5DT6A 2Q88A 4JWYA 1P99A 4AQ4A 5I57B 4MLVA 1DSNA 4KD5A 3S9EA 2ZNUA 1MPDA 4EUOA 1IXCA 1B3LA 3WAEA 4TQUQ 2ZNTA 3FJGA 4Q30B 2H4IA 4RPNA 1N7WA 1NL5A 4X48A 5KZTA 3Q27A 3G3HA 1OVBA 4FECA 5B70A 3VLUA 2NVUB 1QJMA 1MPCA 4QSDA 1Y9UA 1FTOA 4FEBA 2I0BA 2R6GE 3A3CA 1QUIA 4OETA 1MXVA 1EZPA 5BUUA 3CFLA 3N6UA 2HCAA 3PGFA 5L8DA 5H8FB 4ZEFA 3FVKA 3FGSA 3IK6B 3VE1B 4YB6A 1B05A 4F1YA 1QUKA 2RC9A 3B6WA 4RA1A 3RGYA 2DXRA 3U93A 2ZYMA 4LZ8A 3A3UA 3CI8A 4R6HA 3RLFE 5I2NB 2XX7A 2F7CA 3K2DA 3TAJA 5AA2B 3MVWA 3DELB 5CBSA 4ISUA 3MPKA 4GL0A 2XXXA 1JVXA 1RKMA 2I3VA 1BTJA 4Q8RA 4BDLA 5ELVA 5TP9A 1AH5A 4F3GA 2DXYA 4NF8A 1B9JA 5DVJA 4ZE8A 2F78A 4ELPA 3FIRA 2Z8EA 2Z22A 2DE2A 4IGRA 1N76A 3Q29A 4MBPA 3IJOB 1NNFA 1Z7ME 4FEDA 2QPQA 4R9GA 5KDTB 3FXUA 2AIXA 4RPOA 2ZYNA 2FNCA 3JZJA 3KZGA 4H8JA 1BLFA 4YB5A 3RTWB 4TOZA 2ANJA 5F1QA 2VGQA 2ZMBA 3C32A 4HW8A 4U21A 4ZECA 1MQDA 1XVYA 2GHBA 1MQIA 1MY3A 3FVGA 1MQJA 2I0CA 4KCDA 1MY0A 4ZEDA 1XT8A 3H6UA 5JK4A 4XKNA 5I2KB 3TELA 4LP2B 2DVCA 3G3KA 4GOTA 3PPQA 3KG2A 3DP4A 3LSLA 3OMBA 4R2BA 3OXNA 3A09A 4LQ5A 1PEBA 3CFZA 2F6PA 3RPWA 3KEIA 2X26A 2I6EA 3RT8A 4LATA 5DVIA 4YB7A 2F5XA 4H0WA 3K6VA 1T0KA 3C31A 5ITOA 3D4GA 3TTRA 2GHAA 5JTYB 5H8QB 3T22A 1US5A 4MLQA 2G29A 5I2NA 4QF9A 4ZZAA 2E0SA 2REJA 3HN0A 2F36A 2F35A 2O68A 2AYSA 3B6QA 2X7PA 1JEUA 3I3VA 2I4BA 4OQOA 2XX9A 3MQ9A 2UYEA 4EF2A 3VLVA 3KFMA 2RCAA 1UTBA 1B5HA 5A5XB 2I4CA 2GH9A 4G8MA 4IO4A 3ZKLA 1QKAA 1B58A 1NNKA 1OQHA 1MM6A 3SEUA 5TPAB 1B7HA 4NF6A 3S9NC 3WAFA 2PX1A 3I6VA 4OYVA 4YKPA 1URDA 2OJTA 1ZJLA 3ODBA 3PD9A 3KJTA 2OWSA 5DTBA 5B7DA 2OK2A 1LCTA 3TCFA 3OO9A 2FA7A 4IY5A 1MRPA 3LUYA 3EHUA 3MC2A 1LSTA 4R75A 2NUVA 2ZYOA 2H5YA 1SQYA 3P7IA 4R2FA 3C4MA 2HAVA 1VR5A 1O7TA 2I49A 5M2VA 4ZEBA 2IA4A 3EQ1A 2FYIA 1GVCA 2F8DA 3SESA 1FQBA 2OZZA 1GTKA 3K6WA 2UXAA 3TQLA 1VSOA 4DCXA 4NE4A 4F1UA 1B3HA 3TQWA 1MY1A 1YCJA 3MWBA 4X1DA 2A5TA 3USDA 4POXA 4FJPA 2XXTA 3PMXA 4ONYA 1A40A 1XVXA 1N3XA 1A55A 2I48A 1AMFA 4DZ1A 2THIA 3PUXE 1H76A 3E3KA 1D3KA 1UTHB 4H8IA 4ZEKA 1N84A 1SW1A 5FTIA 1H43A 1LAHE 3BKIB 4G8HA 1P1OA 1HSLA 2VD3A 2CZLA 2KLFA 4LUBA 3H06B 4DXUA 2DQVA 2QMWA 4FATA 5KCJA 2RC7A 1YPNA 5I56B 4KQPA 4P11A 3PPOA 1O64A 1B32A 1S9TA 3CRBA 3H3GA 3LSFB 1I6BA 4HTGA 3IO4A 1LLSA 3FUZA 4G68B 1XOCA 4IO6A 3G3GA 4NF4B 1BIYA 1JW1A 1OLCA 1B2HA 3H03A 4C1UA 5A5XA 3RT6B 3MP8A 1MS7A 1USYE 4NWDA 5AA4A 1MH4A 4NEDA 1VFDA 1MXZA 3FJMA 4RXLA 3QUJA 5H8HA 3TKDA 4JSOA 1Q1KA 4IB2A 3FXQA 4QSEA 3OO6A 2HQ0A 3BFUA 4LVQA 3PU5A 1NMUA 1B5JA 4H67A 3U94A 1B4HA 1N3WA 1YTVA 2P1SA 3BFTA 3VVDA 3Q26A 1YAEA 1R9LA 2O51A 3VDFA 4TLLB 1MY4A 2D3IA 2PVUA 5HM4B 3E13X 3TODA 4EDPA 3R26A 2HFBA 4F18A 1BP5A 4N07A 5HBCA 1D9VA 5ITPA 4OFLA 5L9OA 4O3BA 1QULA 2HZKA 2QS2A 4U4SA 3THIA 4YKKA 1WVJA 3K00A 3L6GA 5I59B 4ESXA 2UVJA 1P1WA 1LFGA 2O7IA 3SEYA 3MZ9A 1F9BA 4YU0A 1SI1A 4KHZE 3K02A 1UTHA 2H9BA 1ATGA 3MVZA 3MVYA 1LCFA 4QRZA 4U22A 3EHSA 3U8QA 2HZLA 4I8CA 5JEIA 3PUVE 4IO5A 4NMYA 1IITA 5TU0A 1FTMA 4ELOA 4R73A 5AE4A 1SW4A 2AL4A 1Y3QA 3TUSA 1IXIA 3LR1A 4R74A 3JYRA 3VXBA 3HHGA 2BJJX 1LBCA 2PMSA 5CMKA 2R9JA 1IIWA 3HCQA 2ONKE 4KI0E 1MXYA 1FQCA 4NF5A 4NF4A 1PDAA 3R7XA 5FHNA 2GFEA 4JBZA 2ZXTA 4DLDA 4F2OA 3KJ7A 1B4ZA 3HHFA 2RF1A 1JETA 1HSJA 2O69A 3RQTA 1D4NA 2D5WA 3VLWA 3EPEA 1Y3PA 4PP0A 3MP6A 2XHDA 3KOSA 4P0GA 1KWHA 4ZEIA 4FE8A 3W15C 1LAXA 3PV0E 4U2RA 1OIBA 3B6TA 2RINA 3H6VA 3ONMA 5LOMA 4C1TA 3ILTB 3N6TA 2Y7PA 3O2AA 1FTKA 3ILUB 2IEEA 1FW0A 3GLBA 4RY1A 4DCYA 3IX1A 5ICQA 3TEPA 3IORA 4KYDA 4YKIA 1SYIA 4C0RA 3MAMA 4HCYA 3UP9A 2XXPA 3AXFA 3EN3A 1MXUA 4G77A 1MXWA 1AIVA 1N7XA 1QUJA 5IAIA 2O1LA 3VVEA 3M8UA 1Q35A 1LBBA 1IQ7A 2H25A 1II5A 3H6TA 1DOTA 3TDJA 5I57A 3K1NA 4JWOA 4WEPA 4F31B 4GVOA 2NXOA 2XXHA 3H7MA 4U1OA 3FD3A 2Z23A 3FATA 4OXVA 1LFIA 4G68C 1B7ZA 3TZAA 2DYXA 1EZOA 4IGTA 1SDXA 4PFWA 2XD3A 1SD3A 5J1DA 1IXHA 3CVGA 3MW0A 4F22A 1Y1ZA 2UVIA 1HSEA 2X7QA 4X9TA 1A7LA 4F3BA 4I62A 3M3LA 2F97A 4OHNA 3TTKA 3OEMA 2QSXA 1ZKBA 5EHSA 3S4UA 1B7UA 2DOJA 2F34A 1NH8A 4GFRA 2UVHA 4PETA 1IZ1A 3CIJA 3PUZE 4H5GA 2PBWA 5H8FA 4DXCA 1FQEA 3OOAA 4O3AA 4LZ5A 1MQHA 4KR5A 3G3IA 4QHQA 4FAJA 2NWJA 2ALUA 5CMMA 5FTHA 1MG1A 1VFEA 4QFNA 1M5EA 3CFXA 1N04A 4NWCA 3SDFA 5AA2A 1TT1A 4BDMA 5CMBA 1IEJA 3FASA 2V25A 2I58A 3EF7A 3IOTA 2HXWA 3V89B 2RC8A 1CE2A 3V83A 4YMAA 4R6YA 1DTZA 5DEXB 1DMBA 2YJPA 1A54A 3TPAA 4GRKA 3VXCA 1QW0A 3C34A 3G3JA 3HO7A 4GIZA 5H8NB 4G4PA 5KDTA 2B65A 3B7DA 3MPLA 1R9QA 3TCGA 3MZBA 4BLAA 3IOWA 2CMOA 2Q2AA 3H6WA 3K01A 5HPQA 3S2VA 5IKBA 4GXSB 3FV1A 4GF8A 3H4ZA 2QS3A 2ZNSA 3O97A 3OO7A 3UORA 3UGWA 4N6PA 4MFIA 3U92A 3KN7A 5I2KA 5AA1A 3QUFA 3LSWA 3V5AA 3Q25A 1B6HA 3O28A 2HAUA 1A99A 2I3WA 4Z7EA 4XKQA 1SI0A 3QSLA 4GQOA 1J1NA 1UQWA 4UA8A 3OO8A 2O7UA 3PPNA 3TTLA 3C9HA 1FQFA 3O66A 2P2AA 4EQ9A 4U1ZA 2G93A 3SETA 2DSFA 5JTYA 5I58B 2V93A 5H8QA 4EXLA 5AA3A 2H98A 3E9XA 2Y7RA 4EF1A 1JW4A 4F1VA 4ESWA 3KN3A 2DWHA 1N0TA 2V84A 3D4CA 1FTJA 1P1UA 4F39A 1EZ9A 2OCUA 3HSTA 1I6AA 2XD2A 1B3FA 1RYXA 2DWAA 3IAZA 4YAHX 1FCKA 1B40A 4JB7A 5TPAA 4F19A 4Q0CA 1LAGE 1AL3A 1ZMGA 2O1MA 1URSA 1UIUA 3PUYE 4EQ7A 3RUMA 4LQ2A 1PC3A 2DE3A 1TWYA 1EH3A 3N5LA 1LB8A 1DTGA 4BDQA 3TYHA 3R6UA 3IOUA 1MXXA 3PMWA 1L5TA 3T9HB 3CSGA 4POWA 3U72A 4UACA 4I1DA 4OTEA 5L9SA 2ZYKA 3EHTA 1MQGA 3K0VA 4OFOA 2YPNA 4P0IA 1JEVA 1H44A 3TTNA 2Z8DA 4F3PA 1M5FA 3LSXA 2XXQA 5K2YA 4H5FA 2P0SA 2OBGA 3FV2A 2XXUA 1LAFE 1OMPA 1POY1 1AOVA 3SKPA 2XX8A 5TP9B 4NF8B 2A5SA 3QXMA 4F29A 1NNTA 5L9MA 4EXKA 4H65A 3C33A 1P1NA 3QIMA 1R1NA 4ZDMA 2DS9A 2AL5A 1USYH 3KN8A 2M8CA 2VHAA 2Q89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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