1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
source organism Cupriavidus necator
publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
molecule keywords LysR-type regulatory protein
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
2GQQA 3Q9SA 1R1VA 1SBPA 4ELRA 2BYVE 5H8NB 4EQ7A 1S29A 4NF4B 5ICCA 1MXUA 4YFXF 3BFTA 3VEPA 1FYMA 3KOTA 3HIFA 2A5TB 5A5XA 3QSLA 3OOAA 2XIGA 3I0TA 2DPDA 3PMVA 4LUBA 5IT3A 3G3FA 2KJBA 3N94A 1R5GA 1ZIUA 2MBFA 5AE4A 1B4HA 2KIMA 3H7MA 4IO4A 3M3FA 2E7XA 1QZZA 4HV5A 4EMSA 4F39A 1L5TA 2BBYA 2DQRA 2W24A 4H5GA 4WCGA 3VVFA 3CDHA 1RUNA 4U21A 1NFTA 4F3BA 3O6IA 1ZU0A 3S2VA 4GGGA 1US5A 3MWBA 3MVWA 1F1ZA 2Z3YA 5L3GA 1JW4A 3O29A 3PU5A 3ZS6A 4DXCA 2HWVA 1TQPA 3KFWX 3VV5A 4LQ2A 5I58A 4OHNA 4XKQA 1H0MA 3KETA 5I59A 5J8FA 4A12A 5TJJA 2L4AA 4F22A 2MH9A 4OU0A 5BPIA 2VONA 4OMBA 4R73A 3E6CC 3E3KA 3VFZA 5ERIA 2THIA 5F1QA 1N7XA 4QHQA 3WU1B 2OK2A 1KU9A 2F5FA 5FTHA 2COMA 4I62A 5ITPA 3L6HA 1XGMA 4QWQA 2KIUA 1S7YA 2VGQA 2G93A 1S9TA 3W9WA 2Y7KA 4RPOA 3N97A 2O3FA 3SZPA 5I2KA 2IP2A 1N3XA 3I5OA 5EEGA 1OYWA 1LQ1A 2K4JA 1F4KA 4MH5A 3TTMA 3ZMZA 4BHPA 1ZGJA 2IT0A 3K69A 3QUJA 3QIMA 4P9UA 2VE8A 3GO5A 3C36A 3HHHA 2TDXA 1P4XA 3TCFA 5H20A 4OYVA 1B4ZA 2D2WA 3HOSA 5ICQA 3WAEA 3MC2A 3RGYA 2XVCA 2DS9A 3MJNA 1DPEA 1PBPA 3NEUA 1SI0A 4HDUA 2D1VA 3F11A 1IQ7A 4R72A 1B3LA 3VLWA 3MVXA 3WTVC 2ZNTA 2GIVA 2FA7A 3THIA 2NVUB 1TLHB 1TTYA 3KJ7A 3N5LA 4R75A 3WTXC 4ESXA 5DCMA 1MGTA 1AL3A 4MFIA 2Q8JA 1PUEE 5EHMA 2PQ8A 2EFNA 5HDGA 1B3GA 3UP9A 1IXGA 1SD3A 3BWGA 4YFKF 3DFGA 3DM0A 5ED4A 4LMYA 3DF8A 3TO9A 3V7CA 5HLHA 5FTIA 3T93B 5ILUA 2A5YB 3ECRA 3P9KA 1QZYA 4YKIA 2D21A 1ZAOA 1ZTYA 3PPNA 2D5WA 1YW8A 2Z8EA 1LDDA 4HBLA 3HHFA 4IRIA 5H6QA 3MFKA 5LGNA 3PMXA 1KQ9A 3ML6A 1T0FA 2RC9A 2P5VA 4KI0E 4EQQA 5AA2B 3FXQA 4RPNA 3KJTA 2I0BA 3LC8A 4ELPA 1JEUA 3M8EA 3ECOA 2IW5A 4ZZEA 4M71A 3G3HA 2UYFA 5LEKA 4F3GA 2UXXA 1FYLA 1XGSA 1ZJLA 4EQBA 1NNKA 1G3SA 2O8XA 3R26A 3H03A 4MBPA 2OQRA 1IN7A 3OO9A 1OLAA 1DOTA 2V93A 5BWJA 1M5CA 3BROA 5FD5A 4BQAA 1X3UA 1IN6A 1ZBMA 4FATA 1EH6A 4WXHA 3FXUA 3GLBA 1AOVA 4EM1A 3QUFA 3O66A 3BZ6A 2FNCA 1HSTA 1I6BA 4CO8A 3FASA 1Z1DA 5CI5A 1BJAA 3BY6A 4ONYA 4OEUA 3IL2A 5E1WA 1ZMGA 4R9GA 1MJ9A 1N7WA 2XRNA 3R0JA 5L3CA 1SI1A 2P0SA 1JEVA 2VD2A 1B05A 3I71A 3TO6A 1P92A 3E97A 1OVBA 3IO6A 3O97A 1N3WA 2P5KA 4UNOA 4XTCQ 3IKVA 2DLLA 3I6VA 4GYGA 1ZN2A 4L17A 3P9CA 3TQNA 4L9TA 4IGTA 3QPTA 2PI0A 2VD3A 4MHGA 4L9VA 2QS2A 5L3EA 1IIWA 2ADUA 1I6AA 2JPBA 2EFWA 1HSJA 5L8DA 4BDMA 5J8CA 1XVXA 1MQDA 1SVXB 3HTUA 1IZ1A 2H98A 5FHOA 5HVQC 2O6GE 4EJUA 3UORA 1BI2A 3G7WA 3REOA 3PUVE 1LB2A 1UIUA 1UQWA 3EUHA 2QPQA 4A5MA 3PD8A 3K1NA 1ZRFA 2UVIA 3K2ZA 1MDQA 2G7UA 4FX4A 5KDTA 1MY4A 3CFXA 4EJOA 5DT6A 1L3LA 2R3SA 1VR5A 1REPC 4OFLA 1J7KA 1NMUA 3ZMVA 4HOBA 1B58A 2ABHA 1IUDA 4N13A 4GXOA 2NWJA 4GCVA 3MZHA 3IOTA 1WDNA 3RLFE 1T38A 3MP1A 4GIZA 4RYAA 3K6WA 1T0KA 4IXAA 2ZNYA 1Y3QA 4JQFA 2Q0OA 4GRKA 2VODA 2FXAA 1KU2A 4FX0A 5CMCA 1XHYA 1FTKA 2OCUA 4XLPF 1GTKA 2YX4A 4XIGQ 1J9IA 1YTYA 2WV0A 2XD3A 4LQ5A 1EH3A 3GWZA 3V8LA 1FBQA 4LONB 2Q8KA 1VE4A 5JTYB 1Z7UA 4KA4A 3FJGA 4OIQF 5CMBA 5DYMA 3KP2A 1RUOA 1LB8A 1RIOH 2ZXJA 3IWZA 3V8JA 1RZ4A 4BH9A 2P7CB 1HKSA 3F22A 1H45A 3KZGA 4H8JA 2UXAA 1V3FA 1B5JA 2QMXA 3O6BB 2H99A 3KG2A 3RN8A 1PEBA 4RAZA 1P99A 4HYEA 4AIJA 1QUIA 4JSOA 3ZMSA 3B6QA 1FZPB 3BPVA 4QFLA 1NHAA 2GXBA 2EWNA 1S7AA 2YJPA 5JI6A 1ZG5A 2Y7PA 5CMKA 2BGCA 3S2WA 2XAGA 2NRAC 1YLFA 2XGXA 4HQMA 1FY7A 2VBXA 5DUKA 4HZFA 1H76A 1TT1A 4Z7EA 2UZKA 2Z99A 4P96A 3MZBA 4KYEA 2DXYA 1MH3A 3ZP5A 1MQIA 1R22A 1HSEA 5ISUA 3C35A 4ETSA 3T1BA 3FHZA 1QGPA 2FA5A 2FBIA 3I64A 2PX1A 4R6KA 2RF1A 1KU3A 1OLCA 4LLLA 1LBBA 5K5RA 3E5QA 1XSDA 3M3KA 4YMBA 3MBPA 2PMUA 4YKKA 2ZNZA 1GXPA 5J1DA 4C0RA 5E20A 5LOMA 5IKBA 4ESFA 4G68B 1ZRDA 2ZBKA 4F31B 2HGCA 1R9LA 1XB4A 2EFOA 4RA1A 2KIFA 3HSTA 1ZLQA 5CVUA 1G3YA 3BDDA 4GYIA 4NF4A 1SD7A 2IPQX 2O1MA 3Q29A 4A2UA 4LB5A 2A5TA 3NQOA 4YKPA 2CWEA 3DQVC 3C32A 4G8NA 3TUSA 3J7AO 1YYVA 5ILVA 4BDNA 2I4BA 4QLCU 5DD4A 4WWCA 3IB1A 4BNCA 3JSPA 2OWSA 3O6GA 3QU3A 3RKYA 4EM0B 4AVPA 5F6FA 3TTLA 5A2QZ 2FU4A 4Y13A 3OD7A 2FNPA 3KBRA 3TFLA 4G4PA 2B3FA 4I0BA 5E18F 4DIGA 4DXBA 3FVNA 4XBFA 2WC2A 1RYOA 3MPKA 1KYZA 1MXYA 4O6JA 3S4UA 3CG1A 2ZYKA 4FORA 4LZ7A 4PFWA 2VOOA 4M9ZA 5HOOA 3D4GA 3QYTA 1B5HA 2NXOA 3RT6B 4IRHA 3GZ6A 1HKTA 3DELB 2ZMBA 1BC8C 3N26A 4GQOA 1LLSA 2VT3A 1USYH 2UWMA 5CLSA 3CLOA 4F2QA 2HYGD 3GFMA 3WTZA 1ZGAA 3QOPA 1DMBA 2Z5UA 5I2NB 4NF5A 5FB2A 4XSZF 1FTMA 2GA1A 1WSUA 5J6XA 4CGZA 4L18B 4MTDA 1CE2A 5DVIA 2M5WA 3SEWA 1FBSA 4ECFA 2P2AA 1DUXC 4OMYA 3JYRA 3T96B 3LSXA 4WXJA 4OESA 3RKXA 3LA7A 3B73A 5DDGA 4H0WA 5ICGA 1LAGE 3FF5A 4Y17A 3WGHA 1P6RA 3SEXA 1LAXA 3SETA 4LK1F 2ANJA 2HXWA 2Q9TA 3FIRA 2L02A 1LDKB 3SXYA 3G3GA 4PFTA 3IRQA 3KEOA 3KSJA 2FSWA 2HR3A 5FHNA 4ZH4F 3OSRA 2QENA 4M74A 1HW1A 3HO7A 3U92A 3KN7A 4R79A 4PP0A 5TP9B 1O3SA 5K2XA 2AS5F 5L9SA 4EJWA 5A2QK 5CM6A 4E70A 4EUOA 3GYHX 1T98A 5ICEA 3IOUA 2ZFWA 4DDDA 2HZLA 1AWCA 3IL1B 2QM3A 4ZZDA 4GOTA 3T22A 2QUFA 4OIOF 3O2AA 4L0ZB 2Y75A 1PB9A 4UUVA 4X9TA 1OYYA 1W7PB 4RB3C 3CG3A 4I01A 3HV1A 1NH7A 2MH2A 1JGSA 5L3BA 1QUKA 2A5SA 3KSXA 1M5FA 4N9HA 4UVCA 3E3VA 1B6AA 1EH7A 3EQLF 3R60A 1Z7ME 1SD5A 3UIFA 1JVYA 3L7WA 1BI3A 1R23A 3GFLA 3GFJA 1MDMA 4M9SA 1DTZA 1UTBA 4FEBA 3M9AA 1B9MA 2ESHA 3U1DA 3TODA 1R7JA 3OENA 2RKMA 1S6LA 2EV6A 3G3KA 1SYHA 4P9FA 4HLYA 2GHAA 1NNTA 3GZGA 5H8SA 4P0IA 5AA2A 4LJZF 2XXYA 3O6HA 4M4GA 2QVOA 4AIKA 2DWJA 3WE3A 1MH4A 1YAEA 2HAUA 2OBGA 3MAJA 2VE9A 1IXCA 2L54A 1BC7C 1TFAA 4QSEA 1LFGA 2EA2A 2V3TA 3ULQB 2XAFA 4H65A 1VFDA 1U5TB 2QZ8A 3FV1A 3K00A 2PT2A 3VXBA 3DLNA 4UA8A 4HA8A 1FOKA 5ELVA 1U2WA 1H9TA 1DDNA 4U1OA 5E17F 1LGBC 2G29A 1YG2A 4U4SA 5EYFA 3KE2A 2OU2A 1PB7A 1URGA 3D4CA 3T66A 4R6HA 4BDQA 2XXVA 1BI0A 4RY1A 4KUMA 3SDFA 4DQ2A 1MY1A 4F1UA 1EZPA 5BQTA 4IF4A 4ZEDA 4PCQA 1O3QA 2DWAA 2F8DA 1A04A 2V9VA 1VFEA 1XCVA 2R71A 2DI3A 1XMKA 2UVJA 3FMRA 1PDAA 3P7IA 1LSTA 1XSXA 2DE3A 3LWFA 1Y3PA 1G3TA 2CFXA 2JPCA 1BTJA 4LB6B 5D5WB 3H3GA 2DBBA 3DP4A 2L01A 3WU0A 2BJJX 3R6SA 3O9PA 3I5UA 4PQJA 4IGRA 1SD4A 2P5LC 2DPUA 2RCBA 5ILSA 5H8FB 1JNFA 1MPBA 3CSBA 3MPLA 2PFBA 2QWWA 2ZO4A 1RI7A 3BP8A 3D0SA 3QP6A 3COAC 3C7JA 4KFCA 4EV0A 2GAUA 4NHJA 4BLAA 4HF2A 4ESBA 1D8KA 3Q27A 5H8HB 2E1SA 4LGWA 5HPQA 2QBYA 4MLQA 2V3UA 1QULA 4HQEA 2XXHA 2Z9OA 3OO8A 2RN7A 1O3RA 1B4AA 2O61A 5BS6A 2RC4A 4WK8F 3C9HA 2P7VB 4K3FA 1MQJA 2DTRA 1IW7F 2XAJA 4UHTA 2O69A 2M1BA 3WGGA 3O2PE 2F36A 3QAXA 1O64A 3LAPA 3RJPA 3D5LA 2EJRA 4X1BA 1IN5A 4WXDA 3ZMDA 1WWXA 4CZZA 3U94A 4XKNA 1A54A 5FD6A 4ND9A 2F5CA 3K0LA 1MQGA 3QXMA 3F8BA 2O03A 5BPDA 1Y9UA 4MQ9F 3CSGA 4OINF 3ILTB 1Q1KA 1G6NA 2QS4A 2XV4S 1KQ8A 1IITA 1OYIA 1RNLA 5L9MA 3LSLA 5IAIA 5LHGA 5KK1A 1JHHA 3E5XA 1U78A 2PJPA 1TNTA 3K6UA 1B6HA 1Y4TA 5D5VB 1FC3A 4EF1A 2X7PA 3U93A 3ABUA 3LFKA 2CSOA 4IO7A 4JWXA 5D4SA 3K9TA 4NQWA 1II5A 1B7HA 4YIIA 3ZQ7A 4OZ9A 4WEPA 1ZYRF 3CRBA 2HCAA 4U1ZA 3JZJA 5JEIA 2CO5A 4FECA 3U9GA 1W5TA 3PMWA 3HSEA 3DP8A 4ZECA 3EHSA 4FE8A 3LAJA 4DZ1A 1P2FA 1H9GA 1Y1ZA 5HDKA 1ZRCA 1SAXA 4ON0A 3WTSC 4JDFA 1GXQA 3QP5A 1CGPA 2M45A 2FYIA 1XVYA 1LCTA 2XXUA 4ZYHA 4WX9A 2H25A 1S3JA 4UVBA 4P5OA 1K79A 2ZYNA 2RGVA 3F23A 4RJZA 3PPRA 4ENNA 3DXJF 3N6UA 3ELKA 5L3FA 1I6QA 1R1UA 4EGYA 4GO1A 2K86A 4KR5A 3OV8A 1QW0A 2HOEA 2Z23A 1USSA 4AD9A 3TCGA 3TDJA 1G3WA 3IOWA 3I4PA 3WG9A 2NAZA 4OWDA 2DQVA 5CMMA 1HW2A 1Z9CA 1WKMA 4AB6A 2F34A 4U22A 1D5VA 3C33A 2JT1A 4LZ5A 5HS8A 1Y20A 2HAVA 2DWHA 2GH9A 3OXNA 5LGUA 2RC8A 4N07A 3U8QA 1FLIA 1B9JA 2O6AA 1Y1MA 3F8NA 3A3UA 1PP7U 4XLNF 2ZYOA 3SQNA 2ALUA 4KYSA 5AA3A 2DQLA 2BV6A 4Z2YA 3O3KA 3ODBA 1LB9A 3RQTA 4Q47A 2VHAA 1H3DA 4N6PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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