1GVCA

18kda n-ii domain fragment of duck ovotransferrin + nta
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
157
structure length
157
Chain Sequence
SYYAVAVVKKGTDFMIKDLRGKTSCHTGLGRSAGWNIPIGTLIHRGDIEWEGIESGSVEQAVAKFFSASCVPGATTEQKLCRQCKGDAKTKCLRNAPYSGYSGAFQCLKDGKGDVAFVKHTTVQENAPEEKDEYELLCLDGTRQPVDSYKTCNWARV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Iron transport
publication title The Mechanism of Iron Uptake by Transferrins: The X-Ray Structures of the 18 kDa Nii Domain Fragment of Duck Ovotransferrin and its Nitrilotriacetate Complex
pubmed doi rcsb
molecule keywords OVOTRANSFERRIN
total genus 43
structure length 157
sequence length 157
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-02-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1gvcA00
4YKKA 4DXBA 3MC2A 5A5XB 5ITOA 4P0IA 3S9LC 2XXIA 5B7DA 3K6XA 4PFYA 1I6AA 2H99A 1MXUA 5TP9B 2O68A 4ZECA 1SYIA 1IITA 4HW8A 4G68C 1MPCA 3V5AA 3TAJA 1A40A 3IO6A 3K6VA 4OTEA 5CI5A 5EYFA 4PFWA 3DLNA 3OEKA 3T96B 4F2QA 3SEXA 1H44A 1GTKA 4C1TA 2RC8A 3GBAA 3JYRA 4OEUA 4X9TA 2ZYMA 1SI0A 3DP8A 5H8SA 4OZ9A 3U93A 3QXMA 1MPBA 3R26A 4FJPA 4POWA 2OLBA 4XXUA 5JTYA 3TCFA 1GR2A 4OWDA 3VLWA 4RPOA 2ABHA 3PPOA 1B9JA 4E0XA 4ZZEA 3SEWA 1RYOA 4KD5A 4R74A 2BJJX 2HCAA 1PB9A 1XVXA 4ONYA 1M5EA 2ONKE 3V83A 1J1NA 2ANJA 2OCUA 3EF7A 2I49A 3RN8A 3Q28A 3KN7A 1MXWA 1N0TA 3B7DA 3CFXA 3BKIB 3MJNA 5H8HB 3CVGA 3U92A 1A55A 2D21A 1B3HA 4NMYA 4G68A 2A5SA 5J1DA 1ZIUA 1PBQA 3I3VA 4OFOA 2PVUA 4ESXA 5I56B 3KOTA 1Y20A 1P1WA 4G8HA 2XXTA 1ATGA 4NF6B 1UTHB 2ZMBA 1FTLA 2F34A 1N04A 3TQLA 2V84A 2O1LA 1ZKBA 2F5XA 3BFTA 4U1ZA 3N26A 2O69A 3HSTA 4FAJA 3K6WA 2F97A 5I2KB 4F19A 4JBZA 4N07A 2NXOA 5BUUA 4FATA 4OXVA 3PU5A 1YPNA 1OIBA 4GLIA 1YAEA 3K1PA 4LONB 1MY0A 4RY1A 4GOTA 3OO7A 1OVBA 1GGGA 1TWYA 4F29A 3VV5A 5IAIA 4MBPA 4ZDMA 4HCWA 1SQYA 3VLVA 3QK6A 3EPEA 3LSFB 3EHUA 4LZ8A 4DCXA 4H0WA 2ONRA 2ZYOA 4GWOA 4YMBA 4QFPA 3SDFA 4G8NA 1B5JA 4IO4A 1WDNA 1Y4TA 4H67A 4I1DA 3CI8A 1B4HA 3Q27A 3MQ9A 4BDMA 3UP9A 2NOOA 3KJTA 4ZS9A 2QS4A 2B65A 4NF8B 1POTA 2X7PA 3V8XB 1LB9A 2PT1A 5CBRA 4F1UA 4WEDA 1BIYA 3PPRA 1QVSA 3KSXA 1MXVA 5ITPA 3S4UA 5CMMA 1MH3A 2XHDA 3JV9A 2F78A 3ECRA 1N7WA 5H8FB 5CC2A 4GXSB 1N7XA 1YTVA 4ELQA 1JQFA 3IB0A 1MQGA 4H5FA 5JTYB 3C32A 2UYFA 1BP5A 1LAFE 4F3BA 4POXA 3N6UA 3PV0E 3S9MC 5DVFA 3S9NC 3D4GA 3RTFB 4R75A 3K01A 2YPNA 1SW2A 2H5YA 1JW5A 3IJOB 1XHYA 3RGYA 1OQHA 2D3IA 5CRYA 1B7UA 1XC1A 4L17A 2VD2A 2I3VA 2PYYA 3W9VA 3TTMA 1DSNA 4LUBA 2VOZA 3M3LA 3MP6A 2ZNTA 3VVDA 1TT1A 5AA4A 1H45A 1NKXA 3IR1A 3EHTA 1MQIA 1B7ZA 4JXIA 3EHSA 5L8DA 5I58A 1IXCA 4IO3A 5KCJB 1QKAA 2XXPA 3KBRA 1LBCA 4UACA 3UN6A 4EUOA 4YICA 3DM0A 1PBPA 4R9FA 4X1BA 3MZ1A 3O6HA 2Y7WA 2VHAA 1VR5A 1CE2A 2QSXA 3C34A 2F36A 3MVZA 4GVOA 1LAGE 2F7BA 4Q30B 1NNKA 4LP2B 3G7WA 4OQOA 3C31A 2CZLA 3C9HA 3TYHA 4QF9A 4IGTA 5ICQA 1SDXA 1B3FA 1MY4A 5DVJA 3IO4A 4X1DA 4EQBA 4QRZA 3MVWA 1AIVA 3FV2A 1FW0A 4IO2A 4OVJA 1JETA 1B5IA 5M2VA 1OMPA 4EF1A 1CB6A 3QUJA 2Z8DA 1FQDA 1VE4A 4KHZE 4NF5B 1LCFA 1P1QA 3OO8A 5TU0A 4IY5A 3IK6B 5AE4A 3W15C 3K00A 2OWSA 1USYE 3EN3A 3ZS6A 1QJMA 3TMGA 3W9WA 3TCGA 4U4XA 2QJEA 4OERA 4H65A 3TZAA 4O3BA 1QUKA 4OFJA 2O1MA 3IJXB 2QPQA 4C0RA 5I59B 4MLVA 5ELVA 1LAHE 3HO7A 1YCJA 4EF2A 5AA2A 3TODA 4RNSA 1HSLA 4LVQA 1FTOA 3OSRA 2I4BA 2XXHA 1BTJA 2VP1A 1MRPA 1I6BA 4Q8RA 3FGSA 4R6HA 3O97A 4F3GA 2HAUA 2IEEA 2DXRA 2DWAA 4H6DA 3FIRA 1VFEA 2H9BA 2GHAA 2RCAA 4LQ2A 2XXRA 1PDAA 4DCYA 3WAEA 2UVJA 3LR1A 3E4RA 3PMWA 4F18A 4F1YA 2F7AA 2W7YA 3FVNA 5FTHA 4YKPA 1OLAA 3MPKA 1B32A 1D9YA 4M4GA 3H06B 3IX1A 4OHNA 5I57A 4PETA 1BKAA 2HQ0A 5I58B 2XXQA 1M5FA 1VSOA 1NNFA 1B1XA 5K2YA 2DS9A 3ZSFA 3E13X 3PD8A 2QS2A 2A5TA 1JVXA 2ZYKA 2DE3A 3FJGA 3G3IA 3R7XA 3I5OA 3RTWB 1LAXA 1UTBA 2H4IA 3IAZA 1N3XA 4ZEDA 3QUFA 3Q25A 3PMVA 4QFNA 3M3KA 2Q88A 1SD3A 3MP1A 1Y1MA 1A99A 1AOVA 1N76A 3H4ZA 5CBSA 3TELA 4DXUA 4GRKA 1Z7ME 1AMFA 3MZ9A 1DPEA 3VVFA 4U22A 4OMBA 4XTCQ 5HPQA 1MH4A 5DEXB 1ZTYA 2OJTA 3MWBA 2P0SA 2YJPA 2XXUA 3FVKA 4F31B 1MM7A 1IIWA 5HM4B 5B70A 2HEUA 4LA9A 2XXYA 4H5GA 5DYHA 2QL3A 2I6EA 3RQTA 1B1HA 3KSJA 3T9HB 2Q9TA 3TTNA 1LCTA 4BDRA 3PD9A 3O66A 5H8NB 1B46A 4AQ4A 3VXCA 3KN3A 3HN0A 4M1VA 4TQUQ 5H8QB 2FYIA 4ZEIA 1URDA 4EDPA 1D4NA 4RPNA 1O63A 4G77A 2NVUB 4IO7A 3U72A 1LLSA 1R6ZA 2REJA 3O2AA 3FXQA 3PUVE 2NWJA 3N94A 3THIA 4BDOA 3E3KA 5L9MA 1PEBA 1O7TA 4NF4A 1QKBA 4KR5A 4Q0CA 3CG3A 3S9EA 2I4CA 3V89B 4ZZAA 3B6QA 1EZ9A 2VD3A 3M3FA 1US4A 1UIVA 3VFJA 4JWXA 1N84A 3LSXA 4F22A 1B4ZA 1II5A 4F2OA 1AL3A 4P11A 3U1OA 3PUWE 3LSWA 3FXRA 3FASA 1I69A 3TPAA 5I2NA 3CSGA 2H25A 3FJMA 4YB7A 3OMBA 3OXNA 4DE8A 2A5TB 4AB6A 4H1XA 1WVJA 1LB8A 2QS3A 3QAXA 1MQDA 3N5LA 5JK4A 4FORA 1QUIA 2Z8FA 1JW4A 1ANFA 1L5TA 4GD5A 2Y84A 4EXKA 4R73A 3IB1A 1ZLQA 4IGRA 2X7QA 2F8DA 1Y3NA 1JNFA 1UIUA 4GIZA 1NH7A 4LQ5A 1Y3PA 1ZMGA 1XVYA 2THIA 4KYDA 3KJ7A 3M8UA 4YB6A 4KQPA 3N6TA 5AA2D 1B0LA 4PP0A 1B58A 1R9LA 1H3DA 1LFIA 2Q2AA 5KZTA 2DQVA 3ZKLA 4RA1A 2GH9A 4KYEA 2DE4A 5ISUA 4LZ7A 4DDDA 1FQBA 2OBGA 2OWTA 4FECA 3SEYA 3R6UA 3O6IA 3G3JA 5AA3A 4O3AA 3IOTA 4XKNA 1SYHA 4YU0A 2P1SA 4EQ9A 4G68B 4GXAA 1US5A 5A5XA 1AH5A 4BLAA 3OSQA 3FATA 4QFKA 3T9XB 3USDA 2RKMA 3OENA 4U1OA 2XX8A 2Z23A 4QSDA 4BDNA 5TP9A 4MH5A 2ESNA 2HZLA 3LC8A 4ND9A 4ZEBA 3L6HA 1QUJA 1S50A 4YZZA 1I6QA 1MM6A 2HZKA 2Y7RA 3KGCA 4GL8A 5EHMA 1T0KA 1IUDA 2F7CA 5ICTA 3TKDA 1Q35A 4GFRA 2FNCA 1NMUA 4KFQA 1B3LA 1R1NA 1FTJA 1M5DA 3E9XA 3P7IA 3FXUA 3AXFA 4JDFA 5CMKA 1Z7NE 2DE2A 1XS5A 5I84A 2P2AA 2QRYA 4ZE8A 3OOAA 1B3EA 4I9DA 2DWIA 3MP8A 3B6WA 3RUMA 3IOVA 4R72A 2XXVA 4AB5A 3K6UA 1WODA 3B6TA 4R2FA 1DTZA 3FZVA 4NWCA 3KZGA 3PUZE 1FQFA 3VVEA 1ZU0A 1A7LA 4H8JA 4EXLA 1JVYA 1URSA 3SKPA 1P1OA 4GQOA 3FVOA 3C35A 3SEVA 4DXCA 2ZXTA 2V3TA 5I56A 2I0BA 2AIXA 1NNPA 1B05A 3G3KA 1M5BA 3K1MA 4NF6A 2NUVA 3ILUB 2OZZA 3H6TA 4F3PA 2RF1A 3TCHA 2Y7PA 3I6VA 4XKRA 4GF8A 5L9OA 3MAMA 1A8EA 2OK2A 2HFBA 4DIGA 2FA7A 2AYSA 3FD3A 3RLFE 5I2KA 4KI0E 2UVHA 2DP8A 4KPTA 2M8CA 5EHSA 3VDFA 3G3GA 1PC3A 4RK2A 1B51A 4E0WA 3BBRA 2PT2A 5TPAA 2XX9A 1IEJA 3RY3A 4QSCA 2O51A 4PFUA 3U94A 2HAVA 2R9JA 4JSOA 4RYAA 5AA4B 3H6VA 3IB2A 3BFUA 4YKJA 3LSLA 3Q26A 1POY1 1B2HA 5LOMA 1DPPA 2VGQA 4BDLA 1A54A 4K3FA 4F39A 1HSJA 4ZE9A 2GFEA 1RKMA 3CFLA 2UVIA 1ZJLA 2REGA 4G4PA 3CIJA 4IO5A 4XKQA 2ALUA 2RINA 3PPQA 1FQCA 1OVTA 1MY3A 1D9VA 3HHFA 3Q29A 3ILTB 5IKBA 1B40A 4NF8A 4I8CA 4YKIA 2GRVA 3H6UA 4PQJA 4QHQA 4WEPA 3H3GA 1JEUA 3ODBA 1NFTA 3DP4A 2ZNUA 4FIMA 3GLBA 2ONSA 3S2VA 1D3KA 3C36A 1MXYA 2AL4A 3OEMA 1BLFA 1H76A 3CSBA 3L6GA 3O9PA 3ZKKA 5H8FA 5KDTA 2QMWA 4N13A 4R6KA 1JW1A 3HCQA 1LFGA 4Q5TA 4NEDA 3JZJA 1EU8A 1FTMA 4HS7A 3D4CA 1B6HA 4EQ7A 3KEIA 1TFAA 2Z22A 3KN8A 3C4MA 1NL5A 3HV1A 3VXBA 3ONMA 3UK4A 3TQWA 2Q2CA 1FQEA 2UYEA 4NTLA 4XKPA 3A09A 3EQ1A 4YAHX 4ELRA 1OQGA 3QYTA 2IA4A 1SVXB 3UIFA 4TLLB 3MW0A 4JWOA 2DVZA 1URGA 1P99A 4MLQA 1PB7A 4RXLA 1R9QA 5KCJA 1B3GA 3T9UA 2PBWA 3FVGA 3FV1A 1SW1A 2Q89A 2DWHA 3SESA 5DT6A 3DELB 2DOJA 1IQ7A 4BDQA 3MUQA 1FCKA 3KG2A 1S7YA 5AA2B 2V3QA 4WXJA 2XXXA 1S9TA 1TFDA 3A3CA 2O7UA 3TUSA 4Z7EA 1DTGA 4R6YA 1FQAA 2ZYNA 3VE1B 2G29A 3MVYA 3T93B 4UA8A 1LBBA 2KLFA 1Y1ZA 3TEPA 1LSTA 1OLCA 4NWDA 1MXXA 4F3SA 4QFOA 5CMCA 1MPDA 4OEVA 1EZOA 1QW0A 4NE4A 1F9BA 4OESA 4MF3A 5TPAB 1ELJA 4DZ1A 3OO6A 4GL0A 4OFLA 3GXAA 3LBSA 2UVGA 4C1UA 1LGBC 1EZPA 2UXAA 4NF5A 3T22A 2O6AA 4PE5B 3WAFA 5AA1A 5L9SA 4TOZA 1P1NA 4RJZA 1MQJA 1A8FA 5I57B 4Z0IA 3K02A 3RT8A 1RYXA 2E1SA 3PPPA 4U2RA 4O3CA 3H6WA 2XXWA 3IORA 1GVCA 2DVCA 2F6GA 4LATA 4KCCA 1DMBA 5I59A 1NNTA 3K1NA 3PMXA 1UTBB 2I58A 3CG1A 3PPNA 4THIA 3VLUA 5F7VA 2GHBA 3T66A 3O28A 3SERA 4ISUA 5DVIA 2F35A 1TXFA 5CM6A 4N6PA 1MS7A 5KDTB 3PUXE 4H8IA 2X26A 3QSLA 3CRBA 4ELPA 2O7IA 3K2DA 4OETA 5CMBA 1JEVA 3TTKA 2I48A 4WKMA 3CFZA 3UA8A 3IOWA 4G2ZA 3O6GA 3IOUA 2QMXA 1H43A 5HBCA 1SI1A 2B3BA 3RT6B 1O64A 3H03A 3RNNA 3TTLA 5K2XA 1B0HA 1SBPA 4X48A 4TLMB 1UQWA 3GBBA 4HCYA 1VFDA 4KYSA 4IO6A 4IY6A 3TTRA 3K4UA 4PFTA 1HSEA 5JEIA 2V93A 3OO9A 4R2BA 1SW5A 2O84X 4ESWA 1P1UA 4QSEA 3GZGA 3UGWA 1NH8A 1USYH 2V25A 3TFLA 2XD2A 3SETA 3IL1B 2V3UA 3OELA 1Y4CA 1IXIA 2G93A 2RCBA 2F6PA 4ECFA 4FE8A 5FHOA 1MDP1 3RPWA 4U23A 2E0SA 3C33A 3MPLA 3MZBA 4I62A 2ZNSA 3DP6A 2QS1A 2Q8JA 2CMOA 3FJ7A 1GV8A 1MXZA 4LZ5A 4P0GA 4RK9A 1IXGA 1EH3A 1MQHA 4NF4B 3LUYA 2DYXA 4OENA 3U8QA 4F1VA 1FTKA 2R71A 3TDJA 4ZEFA 2H98A 3G3FA 4R9GA 1PB8A 5DEXA 2PMSA 2I3WA 3HHGA 2Y7IA 4FEDA 3OD7A 3FUZA 3MVXA 1MDQA 2DWJA 1MG1A 1QULA 3KOSA 4ZEKA 1B5HA 1B7HA 1SW4A 5FHNA 2XD3A 3SEUA 2DXYA 5H8HA 1N3WA 3HPIA 5F1QA 4JWYA 5I2NB 4XIGQ 5BWJA 2Y7KA 2Z8EA 3G3HA 5H8NA 1B52A 1KWHA 3QIMA 3K0VA 2DSFA 1UTHA 2WKYA 2B3FA 1IXHA 3F11A 2HXWA 2RC7A 4QFLA 1ZBMA 4JB7A 5H8QA 1MY2A 4MFIA 3A3UA 1Y9UA 2D5WA 2I0CA 1XT8A 3KFMA 2RC9A 5FTIA 3T9VA 3MBPA 4DLDA 4YB5A 1M5CA 4U21A 3PUYE 2YLNA 4FEBA 1IZ1A 4OYVA 2LAOA 4HTGA 1LFHA 4IB2A 2R6GE 4ELOA 3UORA 1DOTA 2AL5A 3H7MA 5FHMA 4G8MA 4U4SA 2XX7A 3CR9A 3O29A 4KCDA 2PX1A 3PGFA 5DTBA 1Y3QA 4JSDA 1XOCA 4YMAA 1MY1A 1Q1KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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