4EXLA

Crystal structure of phosphate abc transporter, periplasmic phosphate-binding protein psts 1 (pbp1) from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
261
structure length
261
Chain Sequence
GESITAVGSTALQPLVEVAADEFGTIHVGKTVNVQGGGSGTGLSQVQSGAVDIGNSDVFAEEKDGIDASALVDHKVAVAGLALIVNKEVDVDNLTTEQLRQIFIGEVTNWKEVGGKDLPISVINRAAGSGSRATFDTVIMEGQSAMQSQEQDSNGAVKSIVSKSPGAISYLSLTYIDDSVKSMKLNGYDLSPENISSNNWPLWSYEHMYTLGQPNELAAEFLNFVLSDETQEGIVKGLKYIPIKEMKVEKDAAGTVTVLEG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of phosphate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein PstS 1 (PBP1) from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A
rcsb
molecule keywords Phosphate-binding protein pstS 1
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 84
structure length 261
sequence length 261
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4exlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4exlA02
1MXWA 2HAVA 3ODBA 4OENA 4M4GA 4F3GA 1S50A 4TLLB 3VE1B 5H8FB 3DELB 1IUDA 2XX8A 4H67A 1A8FA 1I69A 1FQCA 2ONSA 3OO9A 4LZ8A 1FQAA 1SW1A 2P2AA 3FUZA 1XVYA 1FQFA 4IO2A 3LSXA 4ISUA 4QF9A 1XOCA 2V3TA 4I62A 4YB6A 1YPNA 4N07A 1OLCA 3C4MA 1UTBB 2CZLA 1OVTA 2Y84A 1JVXA 3BKIB 3L6HA 1Y4CA 5HM4B 3CFLA 4R75A 4EDPA 4P11A 1URDA 3IB2A 5K2XA 4ZDMA 4QFPA 1SYHA 4POWA 5BUUA 4BDNA 4JDFA 2I3VA 4WEPA 2Y7PA 1RYXA 3U93A 1B2HA 3N6UA 2HZLA 5ICTA 3EN3A 5FHOA 2XX9A 4RPNA 5JK4A 4C0RA 1QW0A 3BBRA 4U23A 5H8HA 3V8XB 4PFWA 3S4UA 5JTYA 3KSJA 3PUYE 1OIBA 5BWJA 1DMBA 1N04A 2O68A 1LAGE 5EHMA 3ZKKA 1NH8A 1M5EA 2DE2A 1VFEA 1IXIA 4R6KA 3TZAA 4O3BA 1M5BA 1R9LA 1NKXA 3MVXA 1JW1A 1N3XA 3TODA 3M3FA 3TCFA 3S2VA 1XVXA 1FTKA 4G8HA 1ELJA 2QPQA 1LBBA 4HCWA 3KN3A 3CR9A 4IO7A 5EYFA 3SEXA 1UTHB 3FJGA 1A8EA 1ZKBA 3OO6A 1MXZA 1N0TA 3TDJA 3PUWE 3LR1A 3C36A 3QK6A 2DWJA 2F97A 2QS2A 1JW4A 2HZKA 3RN8A 4LP2B 1EH3A 3FD3A 5I2NA 5A5XA 5I58A 1OMPA 2IA4A 3T66A 4H8IA 2DOJA 3M3LA 3G3HA 4QRZA 4GVOA 1O63A 2D21A 2UYFA 4YICA 1FTLA 2OWSA 1H3DA 4QFNA 3V5AA 4BDOA 3KN7A 3VV5A 2OCUA 2HQ0A 4Z0IA 1JETA 2I3WA 4NF8A 5DYHA 1JNFA 3PMWA 3LUYA 2A5SA 4IGTA 3MUQA 5I57B 3E3KA 1MXXA 3U1OA 1NNTA 2RKMA 1Q35A 4DXUA 3PPNA 2QJEA 1H43A 4ZEFA 1PBQA 2Q9TA 3I6VA 3Q25A 3K4UA 1LFGA 3A3UA 5H8QB 3UP9A 1LFHA 1B7ZA 3VXCA 3RTFB 4YAHX 4K3FA 2I0CA 1FQEA 2GRVA 3TQLA 1B4HA 5KDTA 1UIVA 4ZEDA 1N76A 4MLQA 4U1OA 4THIA 2VHAA 3O9PA 2AIXA 1MPCA 3OSQA 2RINA 4U4XA 5TU0A 3H6WA 1LAXA 3HHGA 3G3KA 4BDRA 1B40A 3JV9A 2GHBA 1Y9UA 4HS7A 3IJXB 3GBAA 3OSRA 5LOMA 1MXVA 1OLAA 4F1VA 1LB9A 3VFJA 1ZJLA 3Q27A 4PFTA 4TQUQ 3PPRA 1OVBA 4NF5A 3TQWA 4FE8A 4U2RA 3VVDA 2UVJA 4F2OA 2R71A 1WVJA 3K1MA 2REJA 4QFKA 4OFJA 4OFLA 3TCGA 4YU0A 5HBCA 4OETA 2O1MA 5I2KB 3KSXA 4WXJA 1BTJA 3Q26A 1MM7A 2PVUA 3SEUA 4LZ5A 2REGA 4ZZEA 2QSXA 2DS9A 4F29A 1POTA 3TAJA 5B70A 2XXPA 1I6AA 3FATA 3PD8A 2V3UA 5I59A 3RT8A 5DTBA 2UVHA 1GVCA 3IOTA 3UIFA 4GXSB 2AL5A 2XXXA 3MAMA 5CRYA 2FYIA 4IO4A 5TP9A 4ZECA 3N5LA 1N7XA 4JWOA 1MY3A 1R9QA 3D4GA 3EHTA 4WEDA 4O3AA 1SW2A 2Z22A 2O84X 3TMGA 4GXAA 3G3FA 4GD5A 3IB1A 1RYOA 1S7YA 2Y7IA 4JSOA 4OVJA 4LZ7A 1QKAA 2ALUA 4Q0CA 2RCBA 2AL4A 2ZYNA 2H4IA 1AMFA 5M2VA 5AA2D 4LUBA 4PFYA 2PMSA 4YKPA 1SW5A 4G68B 1B1HA 3KGCA 4TLMB 1AH5A 3G3GA 2ESNA 1OQHA 2O7UA 4DZ1A 3O28A 4Q5TA 1JW5A 2XD3A 1EZPA 3C35A 1VFDA 4NF6B 4G8MA 3O97A 2UVIA 3K2DA 3S9MC 2DE3A 4DCYA 5H8FA 3MC2A 1VR5A 4OYVA 5I84A 4KQPA 4OEUA 3C9HA 3L6GA 5K2YA 2UYEA 2QS1A 1H45A 4GIZA 4XKQA 4FECA 3KG2A 4R9GA 4FAJA 4KCCA 1YCJA 4OTEA 3K01A 2VD3A 3FIRA 1P1QA 1B4ZA 1B3EA 3FXQA 1O64A 1UTBA 3V83A 1PB7A 3T22A 3TCHA 2RC7A 1N3WA 4KHZE 4YZZA 1MS7A 2O7IA 2OZZA 2PT2A 3TTMA 2NOOA 2KLFA 2UVGA 2XD2A 5L9OA 3VLVA 3RUMA 4OESA 4P0IA 2XXTA 2F8DA 5J1DA 1MY4A 3ONMA 4F18A 4XKRA 1TWYA 4H5FA 3CSBA 1B9JA 1PC3A 1B3LA 4OXVA 4RK9A 1NNPA 3B7DA 3SETA 3N94A 1FTJA 4QSCA 3HO7A 3VXBA 2Q89A 3D4CA 4H0WA 4RPOA 4AB6A 2FNCA 3CG3A 1Y20A 4DCXA 2VP1A 3OENA 3E9XA 3OELA 3IOWA 3PPOA 4YB5A 3DM0A 2F34A 3IK6B 3K02A 4XTCQ 4DXCA 1XS5A 3K6VA 4R9FA 2V25A 1I6BA 4POXA 1UTHA 3IOUA 1R6ZA 4FJPA 3QAXA 2DWAA 4BLAA 3H06B 4F3PA 2ZYKA 2PBWA 2ZXTA 1DPEA 2ZNSA 2XXHA 5H8NB 4MLVA 2ZNUA 3OMBA 4WKMA 5DEXB 3RQTA 4EXKA 3THIA 4IY5A 1LBCA 1AL3A 4HTGA 3QIMA 1TFDA 1L5TA 1ZMGA 4PP0A 5CMKA 3C34A 2LAOA 3HN0A 3T9XB 2GHAA 4UACA 4ELOA 2NVUB 1XT8A 3ILTB 5TPAB 1TFAA 2Q88A 3H7MA 3PUVE 1H76A 1TXFA 4NEDA 1SDXA 4N13A 1A7LA 5I57A 4JBZA 3USDA 1LCTA 3KBRA 4YKJA 3DP4A 4GOTA 5FTIA 4ZE8A 1GV8A 3BFTA 2RC9A 4KCDA 3KFMA 3FV1A 2ABHA 3PUXE 1MY2A 4R73A 2X26A 5H8QA 2A5TB 3MPKA 2F35A 2XXYA 1MY1A 2I6EA 3QSLA 1QUKA 3EHUA 1Z7ME 4MFIA 2O1LA 4F3SA 5L9MA 2H9BA 4JB7A 5CI5A 4G68C 1ANFA 3VDFA 1WDNA 4H6DA 3KJ7A 4QSDA 1NMUA 1A40A 4BDMA 1US5A 4HCYA 4RYAA 1DTGA 3MWBA 1IXGA 2NXOA 1A99A 3PMXA 3CSGA 3TTNA 4R74A 3UGWA 1DTZA 1URSA 2RF1A 1Q1KA 1B5JA 4ESWA 3SDFA 1UIUA 3LSLA 1DPPA 4JWYA 3W9VA 2W7YA 2PT1A 3TTLA 3B6WA 1Y3PA 3K6WA 1MQJA 4NF4B 3H4ZA 3PPQA 4FEDA 3WAFA 2F7CA 5I2KA 3U92A 2ZMBA 1USYE 2B3BA 4GL8A 3LSFB 4AQ4A 3KN8A 3O29A 4X1BA 3G3IA 1P1NA 1USYH 1PDAA 2BJJX 5FHMA 1D9VA 4YB7A 2VD2A 4LQ5A 3HSTA 4G2ZA 5ITOA 4GRKA 1Z7NE 1SW4A 3RLFE 3GLBA 3EPEA 3Q29A 2VGQA 4KYSA 2PX1A 3QYTA 3ZS6A 1F9BA 4RY1A 4X1DA 3H6VA 2DVZA 3PGFA 4F39A 2DQVA 2E0SA 5DT6A 2QMXA 2F7BA 2XXWA 1P1UA 3H03A 4H8JA 4GFRA 4ND9A 4ZS9A 5CBRA 1HSEA 1B5IA 2Y7WA 4RJZA 2O69A 3UN6A 5F1QA 1CE2A 4Q30B 1GGGA 1SI0A 2P0SA 2V93A 1FTOA 4IO6A 4NF8B 1QVSA 3RT6B 1MDP1 1UQWA 3OEKA 4XKNA 2E1SA 4G68A 4PQJA 3C31A 1JQFA 1T0KA 3CIJA 3MBPA 1I6QA 1B58A 3HPIA 4G4PA 4NF6A 2O6AA 2Q2CA 3WAEA 3K1PA 1MRPA 3MZ9A 4X48A 3SEYA 3TYHA 1ZU0A 1PB9A 4I9DA 1IITA 3R7XA 4YMBA 4QFLA 4MBPA 2R6GE 2XHDA 1DOTA 3MZ1A 2Z8DA 3GXAA 1B3HA 5CM6A 1J1NA 4FIMA 4MF3A 2X7QA 2OLBA 1MH3A 3OD7A 2QS4A 1CB6A 1QULA 1EU8A 3U8QA 4I8CA 5CMMA 3W9WA 1B05A 1ZBMA 1B7UA 3A3CA 4OQOA 3QXMA 1YTVA 1MY0A 3CI8A 5AA4B 1VE4A 3HHFA 4ZZAA 3FGSA 2NWJA 4KYDA 4ELRA 3ECRA 4ZE9A 3K0VA 1LB8A 2ZYOA 3PMVA 5JEIA 3VLUA 3DLNA 4OEVA 2OJTA 5FTHA 1Y3QA 4U21A 2XXQA 2I48A 3FXRA 4YKIA 1NNKA 3EQ1A 3MQ9A 3CG1A 1FTMA 2OBGA 3N26A 1LLSA 1IEJA 4GL0A 3SEVA 3SKPA 4EQBA 3S9NC 2M8CA 2XXRA 2H98A 4BDLA 3FJMA 2Z8FA 2XXIA 1B5HA 1Y4TA 3T9UA 3OEMA 1B3GA 3TKDA 4DDDA 3MW0A 1MPBA 1PEBA 2NUVA 2CMOA 4IGRA 4GF8A 4EF2A 5DEXA 1B7HA 1IXHA 4GWOA 3P7IA 3T9VA 2B3FA 3OO8A 1LAFE 4ONYA 4OFOA 3FV2A 2DXRA 3FXUA 3HV1A 1R1NA 3JYRA 1Y1MA 4HW8A 3I5OA 4Q8RA 3K6XA 4TOZA 1FW0A 3VVEA 3FVGA 4LONB 3MPLA 2HFBA 3SESA 3M3KA 5L9SA 5AA2B 1ZIUA 3MVWA 5KCJB 5I56B 3FVOA 1Y3NA 2P1SA 4IB2A 5TPAA 4F3BA 1MXUA 3H3GA 5DVFA 2RC8A 1B46A 2D5WA 4NWCA 4ELQA 3O6GA 1Y1ZA 5ITPA 3SERA 4EQ9A 3AXFA 3FJ7A 4IY6A 4BDQA 3H6UA 1PBPA 2ZNTA 4KPTA 2ZYMA 2QMWA 2I58A 1ZLQA 1D4NA 4Z7EA 4F1UA 4FATA 4FEBA 1B3FA 1XHYA 5CMCA 3N6TA 3GBBA 1URGA 2QS3A 4XKPA 2A5TA 4R6HA 1FQDA 3RPWA 4H5GA 3T96B 1HSJA 1AOVA 3C33A 4OHNA 4U22A 4MH5A 3O66A 5FHNA 2RCAA 1LAHE 3K6UA 3M8UA 1IQ7A 2I0BA 2B65A 2DXYA 4NTLA 4G77A 2Y7KA 1B0LA 1PB8A 5IAIA 3PD9A 3IO4A 4R72A 2YLNA 2DP8A 3TTKA 1B51A 1QKBA 1FCKA 3MVZA 3F11A 1MH4A 2OWTA 3IORA 3KOSA 3PU5A 1OQGA 4C1TA 4F19A 2XXVA 1RKMA 4XXUA 2O51A 5ICQA 5AA1A 1NH7A 4F1YA 1BP5A 2DSFA 4LA9A 3HCQA 3K1NA 1BKAA 1B52A 4NF4A 1A54A 3IOVA 3G7WA 3R6UA 4IO3A 1M5FA 1N7WA 2Q2AA 4P0GA 1MM6A 4RK2A 1YAEA 4F2QA 2R9JA 5HPQA 3B6TA 3TTRA 3SEWA 3KEIA 3C32A 1IIWA 3TPAA 2DVCA 3OO7A 4DLDA 3RTWB 4PFUA 4GLIA 5DVIA 3DP6A 1NFTA 4QSEA 5H8HB 3IAZA 5JTYB 3MP8A 4EUOA 2X7PA 1SYIA 4PE5B 4OERA 1D9YA 3PPPA 4ECFA 3O2AA 3FVNA 4R2BA 4JSDA 2ANJA 4RA1A 3G3JA 2F7AA 1ZTYA 3IL1B 3KZGA 4L17A 3DP8A 3TEPA 4RXLA 2ONKE 5CMBA 1ATGA 4NMYA 1HSLA 2IEEA 1WODA 1EZOA 3MP1A 4X9TA 4KI0E 3W15C 1H44A 1LCFA 1B0HA 5L8DA 3K00A 1QUIA 4E0XA 3JZJA 2ONRA 3QUJA 3U94A 4EF1A 4PETA 4KR5A 2I49A 3FZVA 3CFXA 1IZ1A 1JEVA 4UA8A 3OOAA 3S9LC 3ZSFA 2G93A 3H6TA 2Z23A 1P1OA 4R2FA 1A55A 4O3CA 2F6PA 4OZ9A 3PUZE 5I2NB 4LATA 5A5XB 5I58B 2H99A 4KD5A 4KYEA 2H5YA 1LFIA 4JXIA 2HXWA 2XX7A 1QUJA 1MQHA 3OXNA 3IJOB 1B6HA 3S9EA 3MVYA 3VLWA 4OMBA 3B6QA 4LVQA 4ZEKA 1MQDA 2Y7RA 3Q28A 2YJPA 1DSNA 3RGYA 1MDQA 5IKBA 5AA4A 4I1DA 3IR1A 3LBSA 1SVXB 3RNNA 1SQYA 2D3IA 5AE4A 2HAUA 1SD3A 1BIYA 3ILUB 2H25A 2GFEA 4E0WA 3A09A 3VVFA 2DE4A 4C1UA 2Q8JA 2VOZA 3E13X 4R6YA 1QJMA 2Z8EA 4OWDA 1IXCA 2F6GA 5KZTA 1SBPA 3MP6A 1JEUA 2OK2A 3O6HA 3V89B 5KDTB 2F5XA 3O6IA 1M5CA 4LQ2A 1D3KA 1US4A 1JVYA 1XC1A 2FA7A 3T93B 2F36A 2WKYA 2V84A 3I3VA 5EHSA 4F31B 5B7DA 2XXUA 1NNFA 3IO6A 4DXBA 2AYSA 2DWIA 1B32A 3EF7A 1II5A 4DIGA 1M5DA 3UK4A 1BLFA 5DVJA 2GH9A 3MJNA 3CRBA 3UA8A 1MQIA 1O7TA 2HEUA 3UORA 2QL3A 4NF5B 1MG1A 1VSOA 4ZEBA 5ISUA 4F22A 4GQOA 4YKKA 4DE8A 1LGBC 3IB0A 2F78A 4N6PA 1AIVA 4FORA 4H1XA 4NE4A 3FASA 3LSWA 3LC8A 5H8SA 3CVGA 4G8NA 4KFQA 1NL5A 4M1VA 1TT1A 1P99A 3BFUA 2HCAA 1POY1 4XIGQ 4QHQA 2I4CA 3KOTA 4H65A 3U72A 5F7VA 4QFOA 2THIA 4EXLA 4RNSA 5I59B 5AA2A 3R26A 1P1WA 5KCJA 5I56A 2DWHA 2DYXA 3PV0E 1SI1A 1LSTA 5AA3A 3MZBA 4NWDA 3TELA 1GR2A 4U1ZA 3RY3A 5ELVA 5CBSA 5TP9B 2V3QA 2I4BA 2UXAA 4U4SA 3ZKLA 3E4RA 3GZGA 1B1XA 2QRYA 3CFZA 1MQGA 2G29A 1N84A 3IX1A 4YMAA 1GTKA 1EZ9A 4JWXA 5H8NA 1MPDA 1FQBA 4ESXA 3TUSA 3KJTA 3EHSA 5CC2A 1MXYA 1S9TA 1KWHA 2YPNA 3T9HB 4EQ7A 4ZEIA 4IO5A 2PYYA 3QUFA 4ELPA 4AB5A 3TFLA 3FVKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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