3USDA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with imidazol (1,2 a) pyridine3-yl-acitic acid at 2.4 a resolution
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Imidazol (1,2 a) pyridine3-yl-acitic acid at 2.4 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3usdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3usdA02
1FQBA 3IO6A 3LR1A 5JEIA 1A99A 3RT6B 4ZECA 4LUBA 2AIXA 4QFKA 3UA8A 2HAUA 3KJ7A 3I3VA 3TTMA 2VHAA 4YICA 4DXUA 3S9NC 5ISUA 4MH5A 4ZEBA 3PPQA 3LSLA 3K4UA 5KDTB 3TQLA 4I62A 5KCJB 4F1VA 1JVXA 4NWCA 1SW2A 4TQUQ 4RA1A 1RYXA 4QSDA 3KOTA 4EQ9A 3SEUA 4PFUA 4ZS9A 2H25A 3QIMA 5B7DA 2Z22A 2AL4A 2XXPA 4PP0A 5CRYA 1FW0A 3TCHA 4IY5A 2DWAA 2O1LA 4G4PA 4ELPA 5ICQA 5IKBA 2XD3A 4QFOA 1H43A 3C4MA 2DXRA 3TZAA 5TP9A 4H5FA 3E3KA 3V5AA 4RY1A 2XXYA 3C32A 3RTWB 4NF6A 3TYHA 2H98A 5DVJA 2F7AA 3T93B 2A5TB 4F2OA 5CM6A 4KI0E 2ZXTA 3UIFA 2DYXA 1H76A 2F78A 5H8SA 3RPWA 3MVZA 3VV5A 2V3QA 2VOZA 1MS7A 3IORA 1AH5A 1DTGA 1Y1ZA 1MQHA 4KHZE 3T22A 3OO8A 3MVYA 5DTBA 3H6VA 1MY3A 2QS1A 2ZNUA 4EXKA 4Q5TA 5H8QA 1ANFA 3BFTA 2I48A 3G3FA 3B6WA 5H8HA 3DLNA 2UYEA 4F29A 1NFTA 1USYE 2XX8A 1OQHA 1N0TA 3QAXA 5FHNA 1B1XA 4DXCA 4P11A 1XC1A 4GOTA 1LB8A 2ONRA 1MDP1 4R6HA 4BDNA 4OEVA 3FV2A 3W15C 2HQ0A 4OXVA 2NVUB 3OEMA 1XS5A 1WVJA 4RPNA 4MLQA 1DPEA 4O3CA 4IGTA 3CI8A 3SEWA 4EUOA 4F31B 4R2BA 4F1YA 1MPCA 1N04A 4OETA 1XVYA 3KN3A 2P2AA 3S2VA 4N07A 3JYRA 1MM7A 4R9FA 4K3FA 3TPAA 5CMCA 4EF2A 3IK6B 1SD3A 3TTLA 1LFIA 3SESA 1OVBA 2E0SA 3FVGA 2HXWA 3K6VA 3PPRA 1NH7A 1B3GA 4F39A 4I9DA 3KOSA 3OSRA 4R6YA 1HSLA 1II5A 2B3BA 1YPNA 3OEKA 1US5A 1VSOA 3N6UA 4QRZA 1P99A 2XXHA 3PU5A 4EF1A 1Y3PA 3N26A 1FTKA 4QFPA 5L9SA 1P1QA 3VXBA 3LC8A 3TFLA 1JVYA 4TOZA 3KN8A 4H67A 4YMAA 4YKIA 3HHGA 3PPPA 4JDFA 4OVJA 5L8DA 1PB8A 2RKMA 3KSJA 4OMBA 4Z7EA 4GL8A 4FEBA 3R6UA 2OBGA 1SI1A 3MUQA 1EU8A 2OCUA 2QMWA 5H8NA 1MQIA 4BDRA 1M5BA 3Q25A 4OQOA 4LZ5A 1DTZA 2P1SA 4O3BA 3A3UA 3TELA 1H3DA 4GL0A 3UORA 3PUYE 3RUMA 5TP9B 2DSFA 3M3FA 4NF6B 1ZLQA 3K1MA 3L6HA 4RJZA 2ZYKA 4JWXA 3ECRA 4R75A 3RNNA 4H8IA 4QHQA 2PT2A 3S9LC 3Q26A 3H4ZA 2PYYA 4C0RA 2DE2A 3I6VA 2REGA 3C35A 4U22A 1TT1A 1TFAA 1B3HA 2DP8A 1UTBA 1LCTA 4OFOA 5I56A 4EQBA 2I4BA 4GRKA 3F11A 3FVKA 4N13A 4ONYA 1OQGA 5H8QB 1FQDA 2A5SA 2OZZA 4XKQA 3RN8A 4GQOA 5I84A 1B3EA 3ILTB 4HS7A 2Y7IA 1MXWA 2YPNA 1MXZA 1UTHA 3EHTA 1UQWA 1WODA 3CFZA 3N6TA 1MXUA 2Y7WA 1JW1A 2HEUA 4F3PA 1DOTA 1B7UA 2O68A 4U4SA 3KJTA 3ODBA 2XD2A 1B4HA 3FUZA 4LQ2A 5AA1A 1GVCA 3OENA 3MPLA 4ELQA 2XXIA 4KR5A 3HHFA 1Y1MA 3LUYA 4F19A 3KFMA 3C34A 1IITA 2QS4A 1GTKA 2UYFA 1EZPA 3C9HA 4MBPA 3T96B 2D3IA 4WEDA 2QMXA 1I6QA 2Z8DA 1USYH 3FXRA 4DE8A 5JK4A 1Y3QA 1H45A 2DE3A 3K0VA 1MH3A 4QFNA 3VVFA 4DIGA 4KPTA 3FVNA 3ZKLA 3K02A 5F7VA 1MQJA 3H6WA 3KG2A 4G8MA 4P0IA 2AYSA 3VFJA 1N3WA 5L9MA 1LGBC 5K2YA 3G3GA 5B70A 1Y9UA 3U94A 3G7WA 3MP6A 3SERA 4ND9A 1KWHA 1NNFA 4F22A 2UVHA 4NF4B 3G3KA 3QYTA 5TPAB 1OMPA 1ZU0A 1MRPA 1SW4A 2PX1A 1P1NA 3BFUA 1D9VA 2V25A 5A5XA 5F1QA 1Y4TA 1ZKBA 2I0CA 2I0BA 3SEYA 1LLSA 1DPPA 2NOOA 2XXXA 1N3XA 5BUUA 1YAEA 1A40A 1SYIA 2UVGA 3W9WA 1POY1 4X9TA 2DWIA 2H5YA 1JQFA 3HN0A 4NF8A 5I58B 3HSTA 5CC2A 3E9XA 3IR1A 3RGYA 3FJ7A 1IQ7A 3MP8A 1URSA 2YJPA 5AA2A 4GFRA 3T9UA 1JNFA 4NEDA 3OSQA 1YTVA 1OIBA 4PFTA 4UACA 3P7IA 3MQ9A 3IB2A 4OERA 2V93A 1MY1A 1GR2A 4DZ1A 2Q2AA 1IUDA 2O51A 2OWTA 3CVGA 1AIVA 3KBRA 2Y7RA 4Q0CA 3R26A 4EXLA 4FECA 3HO7A 5I56B 4GXSB 2I49A 5JTYB 3DP6A 1IEJA 3PGFA 4ZEFA 1MY4A 4ZEKA 1UIVA 3LSXA 4NTLA 4YMBA 3K1NA 3T9HB 3EQ1A 3FATA 2Z23A 2RCAA 1B52A 2I58A 4ISUA 3HPIA 5H8FB 5M2VA 3PUVE 3GBBA 3T9XB 4IO6A 4U21A 4KCCA 1IIWA 1OVTA 2DOJA 3KSXA 1PB9A 1QUIA 2ANJA 4ZE9A 1IXGA 2GFEA 2ALUA 1LAGE 3KEIA 4OHNA 3FJGA 2B3FA 1F9BA 4FE8A 2KLFA 2P0SA 2X7PA 2XXTA 3O66A 4OYVA 3U1OA 3B6TA 3DP8A 5ITPA 1L5TA 1LAHE 2HZLA 2DWJA 3DM0A 1Z7ME 4LATA 4AB6A 1VR5A 1LBBA 3PPOA 1SW5A 1T0KA 5I2NA 1I69A 3O6GA 1URDA 3I5OA 1GV8A 2XXRA 3KGCA 4XKPA 4GF8A 1Q35A 4OWDA 2ZNTA 1M5EA 2V84A 3EN3A 2QRYA 3ZS6A 1R1NA 4ZEDA 3PD9A 4UA8A 2I3WA 3A09A 3N94A 5A5XB 4LA9A 1QKBA 4NF5B 3MBPA 3GLBA 3H03A 1MY2A 3OO6A 2Z8FA 1RYOA 2XHDA 1MPBA 3O6HA 4BDOA 4X1DA 1LFGA 3BKIB 3G3IA 3IOVA 4NF8B 3JZJA 1ZIUA 3TTRA 2XX9A 4Q8RA 1SI0A 2I4CA 3SEXA 2QS2A 1POTA 3VLVA 4F2QA 1AOVA 1B6HA 1FTMA 2HZKA 3QSLA 3K00A 5AA2B 3Q27A 3TCFA 3T66A 4R6KA 1D9YA 3FGSA 3PUXE 2XXWA 1B32A 2DQVA 2Z8EA 4OEUA 5I2KA 1RKMA 1HSEA 3W9VA 2ABHA 3WAEA 3G3JA 1XHYA 2QJEA 2PVUA 1LAFE 2HCAA 3TTNA 4YU0A 4ZZEA 1A8EA 5HM4B 3G3HA 2THIA 1TWYA 3O6IA 5FTHA 1LFHA 1CE2A 2QSXA 5DEXA 3O29A 4FATA 1MY0A 3S4UA 1B3FA 4DXBA 1JW4A 4U1ZA 4GVOA 3N5LA 3UGWA 1O7TA 2X7QA 1VFDA 4G8HA 1BIYA 4QF9A 3U93A 3H3GA 3D4CA 4FORA 4QSEA 2PBWA 5EYFA 1SVXB 1NMUA 3B7DA 1IZ1A 4HTGA 5KDTA 2F6PA 3C33A 2M8CA 3KN7A 1NKXA 2DXYA 1O63A 1ELJA 1IXCA 2RC7A 3VXCA 3TDJA 2VP1A 4LP2B 5CI5A 2H4IA 2O84X 2ZYOA 2F8DA 4U4XA 3C31A 3SETA 4GWOA 1ZTYA 2F7BA 2O7UA 3MAMA 4H8JA 5IAIA 3O9PA 3CSGA 4GD5A 1EZ9A 5H8HB 3PUZE 4QFLA 2CZLA 2DE4A 2CMOA 5K2XA 1Y3NA 1TFDA 3B6QA 4IO4A 2F34A 2UVJA 3RTFB 4H6DA 4Z0IA 1AL3A 2H9BA 3CIJA 2Q89A 1I6BA 1Y20A 2PT1A 4NWDA 2A5TA 3EPEA 1PB7A 4ZEIA 3TAJA 1JEUA 2DS9A 1XOCA 3TTKA 2FA7A 4KFQA 1FTJA 1MXXA 3VDFA 3FXQA 4PFYA 3FXUA 1D4NA 1N76A 1OLCA 3EF7A 2O7IA 1Z7NE 1IXIA 1S7YA 1D3KA 3DP4A 3FJMA 4IB2A 2OLBA 1ZMGA 4YB5A 3FASA 2ZYNA 1FQFA 4G68A 3CR9A 1R9QA 4POXA 2PMSA 1EZOA 5DT6A 3SDFA 1B3LA 1VE4A 2Q88A 3OOAA 3PMWA 1FQEA 3M8UA 4IO5A 3SKPA 4OTEA 4ZE8A 4X48A 4MLVA 4M1VA 4IO2A 4OZ9A 4G68C 1B0LA 1B0HA 4POWA 1P1WA 3RQTA 3CFLA 1B1HA 1B7HA 4KYEA 4BDMA 3O28A 2GRVA 2I6EA 4GIZA 3HV1A 4JSOA 4R72A 1MQGA 5I57A 2G93A 2XXQA 2R9JA 1PBPA 2V3UA 1B4ZA 3R7XA 4H65A 5H8NB 1A7LA 2FYIA 2F35A 4Q30B 1MXYA 4KQPA 3VE1B 1NNTA 5AA3A 4JWYA 4OFLA 3O97A 3U72A 4OENA 2X26A 1I6AA 2H99A 4C1UA 4U1OA 5CMMA 5I59A 1BTJA 4WXJA 1BKAA 3CSBA 4O3AA 2I3VA 3MP1A 3DELB 3ZSFA 3A3CA 4FJPA 4XKRA 3IOWA 3UN6A 2VGQA 4E0WA 3E4RA 1LB9A 2UVIA 5J1DA 2ESNA 1MPDA 4HCWA 3MZ1A 3QXMA 5CMKA 4YB7A 1LSTA 2DVCA 1B51A 4OESA 1UTBB 3K1PA 4RPOA 3C36A 2QPQA 3OO9A 1US4A 4BDQA 2Y7PA 4NMYA 5DYHA 3FD3A 2O1MA 1B7ZA 1SDXA 1A55A 4LZ8A 1QW0A 2QS3A 3S9EA 1UTHB 4KYSA 3IO4A 3THIA 3GZGA 4RK9A 5FTIA 4NE4A 1B58A 3RLFE 3WAFA 4RK2A 3M3KA 3IOUA 2XX7A 1URGA 2Q9TA 1M5FA 2GH9A 3MZ9A 5AA4A 4WKMA 1IXHA 4EQ7A 2V3TA 1SYHA 4PETA 4XKNA 3LSFB 1QUKA 2VD2A 2F6GA 2HAVA 2Y84A 4THIA 2G29A 4FIMA 5ELVA 1B5JA 2NWJA 4KYDA 3MPKA 2Q8JA 3CG3A 3H7MA 5L9OA 3BBRA 3JV9A 2RCBA 1MXVA 2ONKE 3QUFA 1EH3A 1SQYA 2O6AA 3H6UA 5CBRA 3K2DA 2RC8A 4M4GA 4JSDA 1NL5A 3OMBA 4G68B 1OLAA 3K01A 4R74A 4ESWA 1QVSA 4JWOA 2F36A 4F18A 3USDA 4PQJA 4G77A 4IY6A 2RF1A 3TUSA 5EHSA 2D21A 1N7WA 1SW1A 4BLAA 3MVWA 3S9MC 3GBAA 2B65A 4HCYA 4ZZAA 1R9LA 2QL3A 1PDAA 1A8FA 4JB7A 2IA4A 3IL1B 1B46A 1B40A 1B2HA 1H44A 5LOMA 4YAHX 3OD7A 1HSJA 4U23A 4R73A 3U92A 1B5HA 4N6PA 3CRBA 4LONB 3L6GA 4AQ4A 4TLMB 4F3GA 1QUJA 5I57B 4IGRA 4ELOA 2GHBA 4XTCQ 3M3LA 5FHMA 2R6GE 3TQWA 1B9JA 3Q29A 3PD8A 3PMVA 3UP9A 1JETA 1ZBMA 3H6TA 2O69A 1S9TA 4LZ7A 3V89B 5I59B 1WDNA 4F1UA 3ZKKA 1BP5A 4AB5A 3RT8A 2RINA 2HFBA 2W7YA 3TEPA 4DDDA 3IOTA 3K6XA 3GXAA 4FAJA 1PC3A 3IB0A 5HBCA 1XVXA 3Q28A 3IX1A 4ZDMA 3OO7A 3MWBA 4FEDA 4I1DA 3TMGA 3PMXA 1FQAA 2FNCA 3TCGA 2ZYMA 3HCQA 4NF4A 5TPAA 4LQ5A 4DCYA 3MW0A 2OK2A 4XIGQ 3MVXA 4RXLA 4TLLB 4IO7A 4L17A 1FTOA 3EHUA 4C1TA 5BWJA 3V83A 4DLDA 3V8XB 4ELRA 3T9VA 4ECFA 4HW8A 3KZGA 4RYAA 3FVOA 4H0WA 4OFJA 1SBPA 1Q1KA 5DVIA 1S50A 1VFEA 3E13X 3O2AA 5I58A 2GHAA 2ZMBA 4WEPA 3TODA 4F3SA 4GXAA 2YLNA 3VVEA 1P1UA 3MZBA 1CB6A 5CMBA 5DVFA 5KCJA 3FV1A 5AA4B 2UXAA 1FTLA 1BLFA 3OELA 1O64A 3IJOB 1Y4CA 4PE5B 2VD3A 4BDLA 5KZTA 5AA2D 1FQCA 3AXFA 2XXVA 4U2RA 4DCXA 3VVDA 3IAZA 2AL5A 3VLUA 1PBQA 1M5CA 4YB6A 3QK6A 1LAXA 2E1SA 3PUWE 3K6UA 1TXFA 4YKPA 3EHSA 5JTYA 3TKDA 5FHOA 1FCKA 1MG1A 5I2NB 2NUVA 1LBCA 2DWHA 3K6WA 1LCFA 2BJJX 4JBZA 4G8NA 1R6ZA 4MF3A 3LSWA 1JEVA 2F97A 2RC9A 2Y7KA 3ONMA 5H8FA 1QJMA 1QULA 3U8QA 4KD5A 1XT8A 4XXUA 3QUJA 2ONSA 1B05A 3ILUB 3RY3A 3VLWA 3SEVA 3OXNA 5ITOA 2OWSA 3PV0E 1ATGA 1N84A 1NNPA 2LAOA 3IJXB 4H5GA 4F3BA 1A54A 4EDPA 2DVZA 4H1XA 1N7XA 4IO3A 5CBSA 4YZZA 3LBSA 4JXIA 1MQDA 5HPQA 5ICTA 1M5DA 2NXOA 2IEEA 2XXUA 1QKAA 1P1OA 4R2FA 4KCDA 4P0GA 1MDQA 1AMFA 3IB1A 2Q2CA 2F7CA 1UIUA 1DMBA 1JW5A 4YKJA 2WKYA 4I8CA 3FZVA 3D4GA 4G2ZA 1J1NA 5TU0A 4RNSA 4E0XA 3FIRA 4QSCA 4MFIA 1B5IA 5I2KB 1PEBA 2OJTA 1MM6A 3CFXA 4PFWA 3MC2A 1NH8A 3CG1A 5EHMA 2D5WA 2ZNSA 4YKKA 5AE4A 1NNKA 2REJA 1YCJA 4GLIA 1GGGA 1ZJLA 2R71A 4R9GA 2F5XA 3H06B 4NF5A 3MJNA 5DEXB 3PPNA 4ESXA 1DSNA 3UK4A 4X1BA 4LVQA 1MH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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