3USDA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with imidazol (1,2 a) pyridine3-yl-acitic acid at 2.4 a resolution
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Imidazol (1,2 a) pyridine3-yl-acitic acid at 2.4 A Resolution
rcsb
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3usdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3usdA02
4JB7A 1N04A 4YMAA 1Y4TA 5TPAA 2F8DA 5DVIA 1FTJA 3FATA 5H8QA 4QSDA 3KG2A 2B3FA 3VE1B 1MDQA 3U94A 2XXVA 3M8UA 1NH7A 4R2BA 2Z8FA 1LBBA 1FQEA 4BLAA 1B4ZA 1GR2A 3K0VA 4EDPA 4XXUA 4GFRA 1XC1A 2VD3A 3L6GA 2PX1A 4F1VA 3OXNA 3DP8A 2XXIA 4F3BA 4YAHX 2OZZA 1DTGA 2V3TA 3MP6A 2NXOA 3SERA 2ZXTA 3IAZA 5F7VA 1I6QA 5EHMA 1IXCA 3MZ1A 4OFJA 3PGFA 3L6HA 5A5XB 3PD8A 1HSLA 3Q28A 1A54A 1MY2A 3G3KA 2B3BA 3RQTA 1IXHA 4QRZA 1JQFA 3QUJA 4F39A 1AH5A 1TXFA 3RGYA 4EXKA 1LAGE 1EZPA 1TFAA 3TEPA 2D5WA 4H6DA 1JW1A 1B3GA 4TLMB 3O9PA 3E9XA 1PB9A 2RF1A 2O6AA 4IO2A 3LUYA 2VD2A 4QFKA 1UTBA 1DMBA 3MVZA 3UA8A 5AA2D 3U72A 1MXVA 1A7LA 1GTKA 2M8CA 4NF4A 1AMFA 3R26A 4IY6A 3U93A 3SEXA 3MPLA 1O63A 3T9XB 3O2AA 3PPPA 1VR5A 4E0XA 1LB8A 3S9EA 1QVSA 4RPNA 3MZBA 4H5GA 2LAOA 3CFZA 4DXUA 2V3QA 1JNFA 4AQ4A 3ECRA 2H99A 2I4CA 4U4XA 2H25A 1Y9UA 5AA4B 1P99A 2DVCA 4R73A 1Y4CA 3IK6B 4OYVA 4OFOA 2Z23A 3RUMA 4DDDA 3BBRA 2X26A 4F3PA 1Y1ZA 2HAVA 1Y1MA 2F6PA 4F22A 5I58B 4THIA 3HHFA 2QMXA 3VXCA 4ZEBA 3C9HA 2WKYA 4JWXA 2IA4A 4F18A 1URDA 1OLCA 4Z0IA 1ZBMA 2XXTA 1B40A 1US5A 1B1HA 4ZZAA 2OJTA 4BDNA 4U22A 1M5FA 1DPEA 2F78A 4OQOA 1O64A 4LZ8A 1POTA 1N76A 3IB0A 2I58A 2F35A 4JSOA 1S50A 1CB6A 4U23A 4F31B 5AA1A 1BP5A 3FJ7A 4YKKA 5J1DA 2DXYA 1R6ZA 3ZKLA 5H8NB 3S9MC 4X1BA 3Q27A 2XXXA 4GRKA 1H45A 4OVJA 1BIYA 3UK4A 5AA2A 3U1OA 3UP9A 1MXZA 4ESXA 1JVYA 1UIVA 2XD3A 1GV8A 3RPWA 1L5TA 3AXFA 4F1UA 1NFTA 2QMWA 3PMXA 1USYE 1P1OA 2XXRA 4EQ9A 3PMVA 4O3BA 4X9TA 2DWIA 2W7YA 4P11A 4XTCQ 3V89B 1UTHB 1OQGA 1JEUA 1N7XA 3O97A 2FYIA 2O68A 2QS4A 4BDOA 2REGA 1D9VA 3U8QA 3QSLA 1SBPA 3QYTA 3Q26A 4JDFA 4NF6B 5DTBA 1IZ1A 1OQHA 1B1XA 3SEWA 3KOTA 4OEUA 4DZ1A 3T66A 2XX9A 3MAMA 5ITOA 5CC2A 3MJNA 4YU0A 3PPQA 1EH3A 4ZDMA 2ZYNA 4TLLB 1GGGA 4KQPA 2O69A 4UA8A 2XXWA 2A5SA 1II5A 2D3IA 3B6QA 4ELRA 1LB9A 1VFEA 3N6UA 3K4UA 4MBPA 1QW0A 3TMGA 4ELPA 2RINA 1A40A 1B46A 2VHAA 5F1QA 4MF3A 1WDNA 4NF5A 4KFQA 5JK4A 1A8FA 4F1YA 4RXLA 1WVJA 4IY5A 4PP0A 5I58A 1DOTA 2GRVA 3MWBA 2RC8A 5I59B 1PBQA 3O6GA 3KBRA 3LR1A 1MY1A 3FV2A 4R6KA 1PDAA 2F7BA 3G3JA 4G68C 3A3CA 2I0CA 1LLSA 2HEUA 2ABHA 4KYSA 3KGCA 4WKMA 3PUVE 1B3FA 5KDTB 1IQ7A 1MQHA 1I6AA 3HCQA 1SI1A 3CFXA 1YTVA 4NF8B 4OFLA 1N0TA 4FATA 1ELJA 1HSJA 4R72A 4NE4A 1B0LA 2HFBA 4ZEFA 2GHBA 2RC7A 3K6VA 2ESNA 4OWDA 4M1VA 1MPBA 4U4SA 1RKMA 5H8HA 2R9JA 2UVIA 4IGRA 1ZLQA 2I3WA 1NNTA 2H9BA 4IB2A 4O3AA 4OMBA 3DM0A 3T93B 5ISUA 1FQCA 1B9JA 4EUOA 2DWHA 1S9TA 3KJTA 3OEMA 4YICA 3IB1A 2DE2A 3IB2A 3D4CA 4NEDA 3M3LA 4RK2A 2H98A 3OD7A 1B5JA 5H8FA 4ZS9A 2V3UA 3GXAA 4OESA 2XHDA 1UTHA 4QFNA 1N84A 4DLDA 3FVGA 3IOTA 5TP9B 1ZMGA 3H7MA 3B6WA 1SYHA 4YKJA 3TTKA 5LOMA 4YB5A 3SKPA 3FIRA 1LCFA 4NF6A 4PFYA 1MY3A 1EZOA 3PPRA 2P0SA 5JTYA 1JETA 2DWJA 3TODA 4FJPA 3CSBA 3VDFA 1URSA 1XT8A 4GOTA 2Q8JA 4AB6A 1Y3QA 1EU8A 4PFTA 1B3EA 3G3GA 3UIFA 3OO9A 2Z8EA 4HCWA 2CMOA 2CZLA 2I49A 3TCGA 4XKNA 4G8HA 3JYRA 5CMKA 1IIWA 4R75A 3V83A 3FXUA 3TCFA 4GD5A 3MUQA 5HM4B 2HXWA 3G7WA 3IOUA 4EQ7A 2F5XA 1ZTYA 4N07A 2PMSA 4U2RA 2ZMBA 3K02A 3G3HA 1FTMA 1N3WA 3QXMA 3SDFA 3UGWA 5KCJB 1GVCA 1TFDA 5JEIA 1Z7NE 3MPKA 3OSRA 3Q25A 1B32A 3IOWA 3K6UA 5BWJA 5L8DA 5I56B 4DCYA 3UORA 5ICTA 3LSFB 3IORA 4LA9A 1OMPA 2OWSA 1ATGA 1TT1A 4HW8A 2F7CA 3O6HA 1ZJLA 4R6HA 3RNNA 1R9QA 2DYXA 3H6UA 4ZE9A 3FXRA 1US4A 1MQDA 3PPOA 5DEXB 1XVXA 3SESA 2F34A 1LSTA 2I48A 5FTHA 2DXRA 1QJMA 3EHSA 5ELVA 1MQGA 1ZKBA 3EHUA 1FQBA 1IXIA 2V93A 1LCTA 2XX7A 1M5CA 4C1UA 1SQYA 5H8SA 2QRYA 4XKPA 4MLQA 1LFGA 3OO7A 3OMBA 3TTNA 4GWOA 5I2KB 3IJOB 2DP8A 2XXPA 3E13X 1FTKA 3LSXA 1PC3A 4GQOA 1H43A 1YCJA 5BUUA 1AIVA 3IO6A 4PETA 3EF7A 4XKRA 1LBCA 1B52A 2X7PA 1PEBA 3HSTA 3VV5A 3TELA 4PFUA 2QS3A 4PFWA 4POWA 4JXIA 2O1LA 3MVYA 1SW2A 4P0IA 1A55A 5I84A 3TZAA 4OETA 3MQ9A 3VLWA 1IUDA 4UACA 3RTWB 1J1NA 3RT6B 2B65A 2XXYA 4IGTA 4R9FA 4FORA 2P1SA 2A5TB 2Q88A 4ZE8A 3E4RA 3PV0E 1WODA 2O7UA 4EXLA 1Q1KA 4H65A 3K00A 1SYIA 2HZKA 5EYFA 4F2QA 1OVTA 2ZNTA 4M4GA 2DS9A 1FQDA 5A5XA 1VSOA 1YPNA 3G3IA 2QPQA 3N26A 1B05A 3C33A 5K2YA 4EQBA 4YMBA 4KR5A 2E0SA 4U21A 2REJA 4G4PA 3C4MA 5TPAB 1NMUA 1Y3NA 5H8QB 3RN8A 3KFMA 1MH3A 4NTLA 5AA3A 1FCKA 3K1PA 4TOZA 1LGBC 1RYXA 4YB7A 3PUZE 5ICQA 2O1MA 1T0KA 3TTMA 1NNFA 3C36A 2E1SA 1SDXA 4ELOA 3VVFA 4WEDA 4GIZA 3S2VA 1QUIA 4ISUA 4RYAA 3RT8A 3H06B 4F29A 1MY4A 4BDRA 3EN3A 1D9YA 2R71A 2PT1A 2VGQA 4MH5A 4LUBA 2BJJX 3H3GA 4OHNA 1JEVA 4G8NA 2OCUA 2THIA 3C34A 3OENA 2AL4A 1FTOA 4IO3A 3T9HB 3V8XB 3M3FA 2F97A 5AA4A 2Q89A 1UIUA 3VVDA 2O7IA 3KEIA 3SEYA 5B70A 1I69A 1D4NA 4ECFA 2DE3A 3OELA 2QS1A 2Y7IA 3H6VA 4YKPA 4FEDA 3CI8A 1MXUA 4KHZE 3K1NA 2HZLA 3CFLA 1SD3A 3C31A 2FA7A 4QFOA 4HTGA 1LFIA 3KN8A 4HS7A 1UTBB 4YB6A 1IXGA 3CSGA 4I1DA 1Y3PA 1A8EA 4KYDA 3GBBA 1TWYA 4DXCA 2RKMA 2ALUA 3TPAA 4GXAA 3RY3A 4KD5A 4ZEDA 4BDQA 3HO7A 3TCHA 2G29A 3O28A 3ONMA 4R2FA 2YLNA 3K6WA 3EHTA 1H3DA 1MXYA 1XS5A 5EHSA 4DXBA 3FD3A 5H8NA 1P1WA 3LSLA 1IITA 2GH9A 1SW5A 3PPNA 1M5DA 4H8IA 3VXBA 2X7QA 3MVXA 4MLVA 2NWJA 1MXWA 2AL5A 1MS7A 4LP2B 1A99A 3O66A 3PUWE 3SEVA 3HPIA 4N6PA 2Q9TA 4QF9A 1QULA 2O51A 1B2HA 1B0HA 4NWCA 3GBAA 3QUFA 4RY1A 2OWTA 1P1UA 3C32A 2ONSA 3CR9A 2DQVA 4LVQA 1BTJA 5I2NB 4YKIA 1ZIUA 3FASA 1P1NA 2UVHA 2AYSA 1B3HA 5I57B 4LATA 1FTLA 3T22A 4BDMA 4GVOA 4N13A 2RC9A 2I4BA 2Y7WA 4RK9A 3HN0A 3OO6A 5CBRA 4F3GA 3B7DA 4NWDA 4C0RA 1NKXA 1R9LA 2XXQA 2DWAA 3FVNA 3TTLA 1SW1A 1DTZA 3MZ9A 5AA2B 3CRBA 4E0WA 4LZ7A 3KSXA 4PQJA 1B3LA 1SW4A 3E3KA 4KCCA 1R1NA 3FZVA 2HAUA 4FAJA 3T9VA 4G68B 4WXJA 3MBPA 1O7TA 4POXA 3TFLA 4H1XA 4H67A 2Y7RA 3HV1A 5L9OA 2VOZA 1QUKA 5DVFA 2ZNSA 3GZGA 3I5OA 3TYHA 1I6BA 1FQFA 1RYOA 1DSNA 4H0WA 3ILUB 3VVEA 5FHOA 2H5YA 3TUSA 1OLAA 1LFHA 2Z8DA 1H44A 4F2OA 2GHAA 2F7AA 5M2VA 1ANFA 3VLVA 2ONRA 3N94A 2Y7PA 4BDLA 2OBGA 3LSWA 3H6TA 3MC2A 4IO7A 1B6HA 4QSEA 3THIA 3TTRA 5I59A 4RNSA 2V25A 1IEJA 4PE5B 5L9MA 3LC8A 3T96B 3A3UA 1YAEA 1Z7ME 3CVGA 4QHQA 3I6VA 1PBPA 4FE8A 3CG1A 4LZ5A 4RPOA 2UYFA 2RCAA 4ZZEA 5CI5A 5CMMA 5KDTA 3WAEA 2Z22A 5B7DA 4NF8A 3FJMA 3FJGA 4ZEIA 4C1TA 1MXXA 4XIGQ 1MPDA 3VFJA 1B7UA 3MP8A 3FVKA 4U1OA 1JW5A 2FNCA 2G93A 4OXVA 4MFIA 3KN3A 3PUYE 2Y7KA 4HCYA 4FECA 1NH8A 2QJEA 4KYEA 5CRYA 2R6GE 2NUVA 3Q29A 4KPTA 2F36A 1POY1 3IX1A 1MDP1 4R6YA 4NF5B 1QUJA 1NNKA 3A09A 4OENA 3KN7A 4DE8A 1MQJA 1FW0A 1MH4A 1D3KA 2V84A 2AIXA 2VP1A 3OSQA 3C35A 3H4ZA 4GL8A 4DCXA 4ZECA 2GFEA 3T9UA 2ZYOA 4LQ2A 4I62A 5CMCA 5I2NA 4JWOA 2UVJA 1XHYA 3IO4A 4KCDA 2YJPA 5TP9A 3KSJA 4I9DA 2XD2A 4OERA 2O84X 4P0GA 3KZGA 3ODBA 1VFDA 2H4IA 2PVUA 1EZ9A 5I57A 3MP1A 2QS2A 3ILTB 1H76A 1MM7A 1Y20A 3S9NC 5ITPA 1OVBA 2PT2A 3V5AA 4RA1A 3DLNA 4OEVA 3RTFB 5H8HB 2PYYA 4ONYA 3O29A 3CIJA 4JWYA 3DP6A 3JZJA 5KZTA 1XOCA 2NVUB 1PB7A 2HQ0A 3OEKA 1NL5A 4DIGA 1USYH 2ZYKA 4IO6A 2DE4A 3FGSA 4G68A 3KJ7A 1B58A 3BKIB 1B7HA 4TQUQ 3TQWA 4GL0A 4FEBA 4YZZA 2Q2CA 3EQ1A 4Q8RA 3K01A 2I3VA 4AB5A 1B5IA 4X1DA 2XXUA 4JBZA 4L17A 2UXAA 3ZS6A 2I6EA 3W15C 1MPCA 5H8FB 4Q0CA 4H8JA 4G2ZA 1MRPA 1MY0A 3K2DA 4IO4A 1ZU0A 3BFUA 2DVZA 2RCBA 3H6WA 5KCJA 1N7WA 5HPQA 3K1MA 1MG1A 2Q2AA 3S9LC 5DVJA 1MM6A 5CM6A 4G8MA 5I56A 3IL1B 3JV9A 1BLFA 3IR1A 3TKDA 4LQ5A 1HSEA 3OO8A 3B6TA 1XVYA 3HHGA 2QSXA 5FHNA 5FHMA 1DPPA 4U1ZA 3SETA 3CG3A 5JTYB 2ONKE 3DP4A 4ESWA 1URGA 4R74A 1P1QA 3W9WA 3QAXA 4EF1A 3K6XA 4ND9A 4JSDA 2OLBA 2ANJA 4I8CA 5DEXA 3FV1A 4Q30B 4GLIA 1AOVA 4QFLA 3DELB 3TQLA 3KOSA 4NMYA 1B5HA 1QKBA 1AL3A 3QK6A 3TAJA 2XXHA 5L9SA 1LAFE 4Q5TA 3W9VA 5HBCA 4H5FA 3EPEA 5CMBA 5I2KA 3UN6A 3OOAA 3PMWA 2IEEA 3VLUA 3FVOA 4F3SA 3PUXE 3WAFA 3I3VA 5DYHA 3TDJA 1CE2A 2ZYMA 2PBWA 2UYEA 4OZ9A 3N5LA 4QSCA 4R9GA 2P2AA 4X48A 2XX8A 3ZKKA 3F11A 3GLBA 5FTIA 1S7YA 3H03A 3D4GA 4RJZA 4GXSB 2QL3A 5CBSA 4XKQA 3USDA 2KLFA 4QFPA 4ELQA 2I0BA 4NF4B 3PD9A 1B7ZA 1KWHA 3SEUA 4EF2A 3P7IA 2OK2A 1LAHE 1FQAA 2D21A 2Y84A 4Z7EA 4K3FA 1M5BA 1Q35A 2DOJA 3IOVA 1LAXA 3U92A 1MQIA 4FIMA 2F6GA 2UVGA 1BKAA 4IO5A 3MVWA 4O3CA 3BFTA 1QKAA 3QIMA 1PB8A 2NOOA 3G3FA 4F19A 3O6IA 2A5TA 3ZSFA 1SI0A 4GF8A 2YPNA 4OTEA 1B4HA 1JW4A 5IKBA 1F9BA 4G77A 4KI0E 3RLFE 5DT6A 4ZEKA 3M3KA 1VE4A 3FXQA 3MW0A 4WEPA 3R7XA 5TU0A 3S4UA 1M5EA 3PU5A 3IJXB 2HCAA 3N6TA 1UQWA 1B51A 1SVXB 1NNPA 5K2XA 3FUZA 5AE4A 3R6UA 5IAIA 1N3XA 1OIBA 3LBSA 2ZNUA 1JVXA 4LONB 2DSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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