3USDA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with imidazol (1,2 a) pyridine3-yl-acitic acid at 2.4 a resolution
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Imidazol (1,2 a) pyridine3-yl-acitic acid at 2.4 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3usdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3usdA02
1ZKBA 3PPPA 2F7AA 4BDNA 3HSTA 3LSLA 4O3AA 1YCJA 4R75A 1OQHA 4YZZA 3FATA 5FHNA 4Q30B 2ZMBA 3OELA 2DXYA 1M5EA 2B65A 1YPNA 4BDMA 1L5TA 3DELB 1JVXA 1LLSA 1JVYA 3MVXA 3LUYA 3IB1A 3BKIB 2PVUA 1R1NA 4FEDA 4KQPA 1ZLQA 1H44A 4K3FA 4PFYA 4TLMB 5H8HB 4OMBA 1JEUA 3QUFA 5ICTA 1B6HA 4KPTA 1FTJA 3AXFA 2Z8FA 5AE4A 1VE4A 1DPEA 4IO2A 1MH4A 2ESNA 3VFJA 4ESWA 5TP9A 1TT1A 1VFDA 1B4ZA 2V3QA 3HV1A 2LAOA 3MVWA 1UQWA 2QS4A 5CMCA 4GXSB 2V3UA 5ITPA 3UN6A 4OEUA 4ZEBA 2IEEA 1SI1A 2QS2A 3WAEA 4GXAA 4XKPA 3G3IA 2QMWA 4M1VA 1ANFA 3DLNA 4N07A 1QKAA 4LZ5A 4U4XA 1MH3A 2QPQA 1IEJA 3FV2A 3FXRA 2O69A 3HHGA 2FA7A 4GLIA 1BIYA 2R9JA 1LFIA 5B70A 5F1QA 1B0HA 3PV0E 1Y4CA 1QUKA 1FQFA 3LBSA 4L17A 1ATGA 1BTJA 1TFAA 3QYTA 3ZKKA 3S9NC 2PMSA 4EUOA 1AL3A 3HO7A 3H6VA 3Q25A 1B1HA 1NNTA 1LGBC 4MFIA 2YLNA 1MPBA 1TFDA 5K2YA 2IA4A 4IY6A 5DVIA 1OLCA 3PUYE 2DQVA 2ONRA 2P0SA 3LC8A 3H6TA 2NVUB 1SW4A 4GFRA 2RF1A 1IXCA 3PPRA 1F9BA 5H8NB 3OEKA 4DLDA 4MH5A 3CIJA 4JWXA 3IK6B 4FATA 2UYFA 4PQJA 3TPAA 1EZOA 3E3KA 3TEPA 5I59A 3TDJA 4JXIA 4NEDA 4WKMA 4XIGQ 2QS1A 4G68B 4U1ZA 1URSA 2RC8A 1YTVA 2GH9A 4KFQA 2I4CA 4NWDA 4G2ZA 1H45A 2DP8A 4G4PA 3W9WA 3THIA 1UTBA 5HPQA 3VXCA 1DPPA 5ITOA 4XKNA 4YMBA 4NF8A 3K00A 2ZNSA 1HSJA 1IXIA 3C33A 3OOAA 4YAHX 4P0IA 2D5WA 4I1DA 4F3BA 4X1DA 4G77A 4RPOA 4U23A 2O1LA 1VFEA 3W9VA 1MDQA 2I6EA 2Q88A 3OSQA 4NE4A 2PYYA 4F39A 2DWJA 4KHZE 2R71A 3K02A 1B58A 2DWHA 2VOZA 1B2HA 3RQTA 4AB5A 1MY2A 1N3WA 5CBRA 1MQHA 4JB7A 1UIVA 1OQGA 4ZEDA 4Q5TA 4LUBA 1I69A 3PD8A 3H3GA 4EDPA 5B7DA 3KOSA 4UA8A 4YB5A 1UIUA 4OVJA 5HBCA 5I56B 3KG2A 1A8FA 3S4UA 1N84A 1I6AA 3VVDA 1A40A 1MPCA 1O63A 2GFEA 4ELOA 2OZZA 1FW0A 3B6WA 4FJPA 1I6QA 2R6GE 1NNPA 4RK2A 3U93A 1IXHA 4YMAA 4F29A 2HZKA 4YKPA 3IOUA 2G29A 5H8FA 2V3TA 3L6HA 4ZECA 1MQIA 3UA8A 4EXLA 1AH5A 3H06B 1WODA 5FHMA 1JETA 2YJPA 2E1SA 4DXBA 3QIMA 2F35A 1LAXA 1R9LA 4GL8A 4NMYA 4EF1A 3CG1A 3ILTB 1XHYA 3TELA 4F1VA 5I2KB 4YB7A 3MZBA 1JNFA 3TZAA 4DZ1A 5H8QB 3MAMA 2DS9A 2KLFA 1VSOA 2HXWA 2A5TB 3O9PA 2XXYA 3MW0A 4JWOA 1DMBA 3VXBA 2XXTA 2I3VA 1MY4A 4RY1A 2P2AA 3IR1A 1BP5A 3FVNA 5AA4B 5AA2A 5EHMA 4RNSA 4KR5A 3G3KA 4MLQA 1B9JA 2XHDA 4H67A 2ZNTA 3HCQA 2G93A 2P1SA 3DM0A 2XXWA 5CC2A 3Q26A 4MF3A 1LB9A 1B7ZA 2XX9A 1POY1 5AA3A 1MM6A 4R6YA 4FECA 3I3VA 5TPAA 3T9HB 2V25A 1UTHA 4X1BA 2ZYNA 2RC7A 3FXQA 3E9XA 1ZU0A 4Z0IA 5IAIA 5L9OA 3BFTA 1B5HA 1ZTYA 2Q89A 4IO5A 2VP1A 5L8DA 1OVBA 2PT1A 2UVGA 4FIMA 3F11A 5KCJA 4H8JA 5FHOA 3MWBA 1ZIUA 2THIA 2AIXA 3MZ1A 2ANJA 1A7LA 2O84X 3PUXE 2XXVA 1R9QA 5TP9B 3PMWA 1H3DA 5FTHA 3LSXA 3E4RA 3PUWE 1WVJA 2F36A 2QS3A 2DVCA 1Y20A 5I57A 4YICA 3C31A 3FJGA 2ABHA 1MY3A 4LQ2A 4E0WA 3HHFA 3M3LA 4F3SA 3O2AA 4R2FA 2PX1A 1JW1A 2HZLA 2XXQA 4HS7A 4YU0A 4I9DA 2I3WA 3KSJA 3RUMA 4X48A 1O7TA 3M8UA 2XXPA 4JWYA 1ZMGA 2XD3A 2OBGA 3TTKA 4ELRA 3OSRA 2ZYKA 3CFZA 3GXAA 1OIBA 4ONYA 5F7VA 1GVCA 4LVQA 4N13A 1MDP1 2UXAA 5JEIA 3H7MA 3ECRA 4N6PA 2Q9TA 2YPNA 1MM7A 2XX8A 1B7UA 2AL4A 1P99A 3TQLA 3RTFB 1P1QA 1B1XA 2RC9A 5ELVA 3RPWA 2QMXA 4P11A 4MBPA 1DSNA 1N3XA 1NL5A 4LONB 1MXZA 4FORA 1SD3A 4DE8A 3CSBA 1CE2A 1QULA 1DTGA 5J1DA 5H8HA 1SI0A 1M5CA 1WDNA 2ZNUA 1MXXA 3I5OA 1NH8A 2ONKE 3IO6A 5KDTA 4IO3A 2O7IA 2CMOA 3V89B 4GRKA 3V8XB 5CMKA 1B0LA 4U1OA 2W7YA 3VV5A 4RK9A 4R73A 3G3HA 4RYAA 3JZJA 3QSLA 5ICQA 1MXWA 5FTIA 3SESA 2B3BA 3EQ1A 1M5BA 1UTBB 4PFTA 3VVFA 3TFLA 3S9MC 2F6PA 4PE5B 3R26A 3TKDA 4NF8B 1NFTA 2VD3A 4OHNA 3GZGA 4GOTA 3FUZA 1JW5A 2F78A 2F97A 5I2NA 3FVGA 2F5XA 3SEVA 3CFXA 4KI0E 1PC3A 3U1OA 3K4UA 3LR1A 3OENA 1M5DA 3UGWA 5AA1A 4QSEA 3KJ7A 4JDFA 4HTGA 3VE1B 2GHBA 3KN8A 3CFLA 2VD2A 3T22A 3PPQA 2O1MA 2O6AA 1B32A 1URGA 4F1UA 4U22A 3H6WA 1MXYA 3S2VA 4O3BA 3KOTA 1GGGA 4KCDA 5DVJA 4EQ9A 4C1TA 3ZS6A 2Y7RA 4NF6A 3MBPA 2E0SA 2DE3A 2XXIA 1PB9A 3DP4A 4G8NA 4OESA 3VDFA 5DEXA 1N04A 1B52A 3OD7A 4H5FA 3N94A 3KN3A 2Y84A 3KZGA 2HFBA 3VVEA 3KFMA 3W15C 3U92A 4NF5B 1Y1ZA 4G8HA 1P1WA 3IO4A 4LQ5A 1S50A 5JTYA 3K1MA 3VLWA 3SERA 4ESXA 1LBCA 1USYE 3FIRA 3V5AA 4OETA 4PETA 2RCBA 1LFHA 4POXA 3G3GA 1XT8A 1MXUA 1LB8A 3MVZA 4PFWA 4QRZA 1OLAA 5H8FB 4DCYA 1PBQA 1II5A 1I6BA 4R2BA 4NTLA 5EYFA 3PPNA 4R6HA 4OFJA 5CM6A 2H5YA 5H8SA 3TCFA 4BDOA 1J1NA 2HAVA 4NF4B 4QFKA 1SW5A 4BDLA 4G8MA 3QXMA 4ZS9A 4WEPA 4RXLA 4DDDA 1JW4A 3GBAA 4WXJA 2F7BA 2OCUA 4FAJA 3N5LA 1FTKA 2Y7PA 2OLBA 3MVYA 4WEDA 4TOZA 4NWCA 3MP8A 1US5A 3PGFA 3H03A 3IOTA 3JYRA 1B5IA 3K6WA 2V84A 3Q28A 3TAJA 4ZZEA 3H4ZA 1T0KA 4GIZA 3ILUB 1EH3A 4QSDA 5AA2B 4IGRA 1EU8A 1Z7ME 3USDA 4AQ4A 3BFUA 4LATA 2ONSA 3T96B 3MPKA 3UK4A 3LSFB 2D3IA 4DXCA 3GLBA 4POWA 1HSLA 4LZ8A 3T9XB 2H25A 2AL5A 2VGQA 1LAFE 3ZSFA 5I56A 3N6UA 3C36A 4EXKA 2UVJA 5DVFA 2M8CA 2H9BA 3CR9A 3B6TA 3CI8A 5TPAB 5ISUA 2Z8DA 1IUDA 3N26A 1UTHB 3A3CA 3RLFE 1Q35A 1XVYA 4OENA 4HW8A 3G3FA 2DWIA 2UVHA 3R6UA 3D4GA 1SW2A 3OO7A 4QFNA 4U2RA 4ELPA 3KBRA 4X9TA 1FQDA 5I58B 2O7UA 2Z8EA 2QL3A 4ZE8A 4GL0A 3VLUA 4F3GA 3CSGA 4F2QA 4JSOA 1JQFA 1Q1KA 1B40A 5I57B 3O29A 4F3PA 4BDRA 4IO6A 5CRYA 4GD5A 1IQ7A 4DCXA 5LOMA 5I2KA 2Y7WA 1NNKA 1URDA 1Y9UA 2NXOA 3IOWA 4KYSA 3SEXA 4OFOA 1MPDA 4DXUA 3Q27A 2ZXTA 4XTCQ 3K1PA 2I0CA 2RINA 2H4IA 4RPNA 5AA2D 3O6IA 4ISUA 1Y4TA 1EZ9A 1FQBA 1OMPA 1FQEA 1B3LA 1B3FA 1D9VA 1P1OA 1EZPA 1FTOA 4I8CA 5BWJA 1GTKA 2I58A 4ND9A 3SEYA 3DP8A 1Y3QA 2I49A 2WKYA 2DWAA 3KEIA 1MY0A 3CVGA 1IZ1A 2RKMA 5L9SA 2B3FA 3GBBA 3U94A 4R9FA 1QKBA 1B3EA 1SQYA 3HPIA 4GWOA 2ZYOA 3N6TA 5A5XA 3D4CA 2HQ0A 1RYOA 5HM4B 2A5SA 3C35A 3IB0A 1N76A 2F7CA 3H6UA 3RTWB 3G7WA 3PUZE 3TQWA 3SDFA 2ALUA 2GHAA 2HCAA 3EF7A 3RT8A 2X7QA 2XXHA 1S9TA 1MXVA 1IIWA 4FE8A 1LAGE 2H99A 5KDTB 1KWHA 4OERA 4H8IA 3O97A 3KN7A 3FXUA 1B3HA 2GRVA 3PUVE 4PP0A 3U72A 2Z22A 1US4A 4EQBA 4OXVA 3P7IA 4C0RA 3MZ9A 1SDXA 4R9GA 3MJNA 1BLFA 3IB2A 5CMMA 4U21A 1PBPA 4HCWA 3K6XA 3FZVA 1A8EA 3U8QA 2I0BA 1MY1A 5BUUA 5I2NB 3TUSA 4E0XA 3T93B 3TODA 1NKXA 1H76A 3EPEA 4GQOA 2CZLA 5I59B 1QUJA 3FASA 2NUVA 3SKPA 1GV8A 4H5GA 3OO8A 1IXGA 4TQUQ 3PD9A 4I62A 3K1NA 2OK2A 4OTEA 1MRPA 4LP2B 2X26A 3PPOA 1AMFA 4KCCA 1FQCA 2F6GA 3T9UA 1LCTA 3K2DA 4RA1A 2XD2A 4RJZA 5DTBA 4NF6B 2F8DA 3SEUA 1YAEA 4DIGA 1D3KA 2VHAA 3OMBA 5DEXB 3K6UA 4IB2A 3A3UA 4GVOA 1BKAA 1XVXA 3VLVA 1MQDA 4ZDMA 4OZ9A 1LAHE 1OVTA 4U4SA 1RKMA 1MQGA 3HN0A 1M5FA 3FGSA 4OYVA 1POTA 4H65A 2X7PA 3I6VA 4KD5A 5JTYB 3MQ9A 3FVOA 1USYH 2QRYA 2HAUA 2I48A 3TTNA 3FJ7A 3TCHA 2DYXA 3MP6A 4YKJA 3KJTA 3LSWA 4QFPA 4F19A 4XKQA 3RY3A 1RYXA 4R74A 3IORA 2QSXA 4IY5A 1TWYA 4AB6A 3SEWA 1B4HA 3C9HA 1Y3NA 3K01A 1DTZA 4H0WA 3UIFA 1A54A 1A99A 1Y3PA 2Z23A 3QAXA 3PMXA 1PB8A 3M3KA 2OWTA 3M3FA 3RT6B 2Q8JA 1P1UA 3TTRA 3G3JA 3QK6A 2FNCA 1MQJA 4HCYA 3L6GA 3JV9A 3T9VA 2D21A 5H8NA 3O6HA 1R6ZA 3R7XA 4H1XA 3IL1B 4ZE9A 1IITA 3KGCA 1FTLA 2Y7KA 4XKRA 1B3GA 1QW0A 1H43A 2UYEA 4YB6A 2RCAA 1JEVA 3A09A 3FV1A 3C32A 5CI5A 4H6DA 1SVXB 1SYIA 4QSCA 3PU5A 1A55A 2REGA 2F34A 3QUJA 4G68A 2HEUA 3TCGA 3ODBA 1N0TA 1N7WA 1Z7NE 1LCFA 2Q2CA 4ZZAA 1DOTA 1LBBA 4R6KA 2DE4A 3KSXA 1O64A 1NH7A 1ZJLA 4R72A 2UVIA 3OEMA 1QUIA 2FYIA 1ELJA 1MS7A 1PEBA 2BJJX 1LSTA 5CBSA 4BLAA 3OXNA 3EHTA 4PFUA 3BBRA 1SBPA 3IX1A 4ZEIA 3O66A 3RGYA 1S7YA 2H98A 3B7DA 2NWJA 4NF5A 1B7HA 5KZTA 3DP6A 1B5JA 3B6QA 3Q29A 1PB7A 1NNFA 2DE2A 2DXRA 2DVZA 4IO4A 4G68C 4QFOA 3FVKA 4UACA 4ZEKA 4EF2A 3FJMA 2V93A 3O28A 4C1UA 3EHSA 4XXUA 2XXXA 2PT2A 5M2VA 4F18A 1AIVA 3IAZA 4JBZA 4JSDA 3MP1A 1FCKA 4OEVA 4ELQA 2I4BA 4MLVA 2XXUA 1SW1A 2Y7IA 3EHUA 4IO7A 4KYDA 1N7XA 2PBWA 3K0VA 4NF4A 1XS5A 4F22A 4YKKA 2OWSA 3TYHA 4F2OA 3SETA 4GF8A 1CB6A 1QJMA 3IJXB 4Z7EA 4ECFA 4OFLA 1QVSA 1AOVA 1GR2A 3MUQA 3MC2A 1SYHA 5DYHA 1XC1A 4KYEA 4P0GA 5IKBA 4TLLB 3PMVA 5EHSA 4ZEFA 1FQAA 3C4MA 4Q8RA 5KCJB 5L9MA 1P1NA 4OQOA 3IJOB 1VR5A 2OJTA 3V83A 4THIA 1FTMA 3OO9A 5K2XA 1PDAA 4F1YA 5CMBA 3K6VA 3ZKLA 1TXFA 3EN3A 1NMUA 2XXRA 1B46A 4IGTA 4FEBA 3O6GA 5TU0A 2DOJA 2Q2AA 2AYSA 3CG3A 4BDQA 4LA9A 1ZBMA 2REJA 3UP9A 3S9LC 2XX7A 1D9YA 3UORA 5JK4A 3MPLA 3TTMA 4M4GA 5H8QA 2NOOA 1B51A 3OO6A 2A5TA 3E13X 4LZ7A 3TTLA 1B05A 3RNNA 4QFLA 3FD3A 1MG1A 1Y1MA 4QHQA 3T66A 4F31B 1HSEA 2ZYMA 3CRBA 5A5XB 3TMGA 4EQ7A 1D4NA 3ONMA 4QF9A 3RN8A 1XOCA 4Q0CA 4O3CA 2DSFA 5AA4A 2O68A 3C34A 4YKIA 4OWDA 3WAFA 1LFGA 2O51A 2QJEA 3S9EA 5DT6A 3IOVA 5I58A 5I84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZKBA 1IMBA 3PPPA 2F7AA 4BDNA 3HSTA 2PCRA 3LSLA 4O3AA 1YCJA 1FBPA 2FHYA 1NUWA 4R75A 1OQHA 4YZZA 3FATA 5FHNA 4Q30B 4PTKA 2ZMBA 3OELA 2DXYA 1M5EA 3GYYA 2B65A 1YPNA 4BDMA 1L5TA 5EYHA 3DELB 1JVXA 1LLSA 2VPOA 1JVYA 3MVXA 3LUYA 3IB1A 3BKIB 4PF8A 2PVUA 1R1NA 4FEDA 4P9KA 4KQPA 1ZLQA 1H44A 4K3FA 4PFYA 4TLMB 5H8HB 4OMBA 4X8RA 1JEUA 3QUFA 4PCDA 1CNQA 5ICTA 1B6HA 4KPTA 4PAIA 1FTJA 3AXFA 3ROJA 2OX3A 2Z8FA 5AE4A 1VE4A 1DPEA 1LBXA 4IO2A 1MH4A 2ESNA 3VFJA 4ESWA 2KQZA 5TP9A 1FPLA 4I3YA 4GWUA 1TT1A 1VFDA 1B4ZA 2V3QA 3HV1A 2LAOA 3MVWA 1UQWA 2QS4A 5CMCA 4GXSB 2V3UA 5ITPA 3UN6A 4OEUA 4ZEBA 2IEEA 4X04A 1SI1A 2QS2A 3WAEA 4GXAA 4XKPA 3G3IA 2QMWA 4M1VA 1ANFA 3DLNA 2XXKA 4N07A 1QKAA 4LZ5A 1RDZA 4U4XA 1MH3A 2PFZA 2QPQA 1VDWA 1IEJA 3FV2A 3FXRA 1JP4A 3HFUA 3U65A 2O69A 3HHGA 2FA7A 4GLIA 1BIYA 5J16A 4PDHA 2R9JA 2B4LA 1LFIA 5B70A 5F1QA 1B0HA 3PV0E 2F3DA 1Y4CA 1QUKA 1IMEA 1FQFA 3LBSA 4L17A 1ATGA 1BTJA 1TFAA 3QYTA 3ZKKA 3S9NC 2PMSA 4EUOA 1AL3A 3HO7A 3H6VA 3Q25A 1B1HA 1NNTA 1RDXA 1LGBC 4MFIA 3IFAA 5LDZA 2YLNA 1MPBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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