The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
113
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sequence length |
324
|
structure length |
321
|
Chain Sequence |
MRRELAIEFSRVTESAALAGYKWLGRGDKNTADGAAVNAMRIMLNQVNIDGTIVIGEGEIAEAPMLYIGEKVGTGRGDAVDIAVDPIEGTRMTAMGQANALAVLAVGDKGCFLNAPDMYMEKLIVGPGAKGTIDLNLPLADNLRNVAAALGKPLSELTVTILAKPRHDAVIAEMQQLGVRVFAIPDGDVAASILTCMPDSEVDVLYGIGGAPEGVVSAAVIRALDGDMNGRLLARHDVKNEENRRIGEQELARCKAMGIEAGKVLRLGDMARSDNVIFSATGITKGDLLEGISRKGNIATTETLLIRGKSTIRRIQSIHYL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Biochemical Characterization of the Type II Fructose-1,6-bisphosphatase GlpX from Escherichia coli.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Fructose-1,6-bisphosphatase class II glpX
|
| total genus |
113
|
| structure length |
321
|
| sequence length |
324
|
| ec nomenclature |
ec
3.1.3.11: Fructose-bisphosphatase. |
| pdb deposition date | 2007-11-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03320 | FBPase_glpX | Bacterial fructose-1,6-bisphosphatase, glpX-encoded |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Fructose-1,6-Bisphosphatase; Chain A, domain 1 | Fructose-1,6-Bisphosphatase, subunit A, domain 1 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DW8 A; 1NUZ A; 1FBC A; 1YZ0 A; 1NV0 A; 1FBF A; 1NV3 A; 4AS5 A; 1EYI A; 1LBZ A; 5A5L A; 2R8T A; 1FPD A; 1RDY A; 1FBH A; 1FPG A; 1QGX A; 1NI9 A; 1NV5 A; 2Q74 A; 5ET6 A; 3RPL B; 1DBZ A; 1LBW A; 2PCR A; 1FPJ A; 5EYH A; 2OX3 A; 1VDW A; 4G61 A; 4QXD A; 2FIX A; 1NUY A; 2WBB A; 1FRP A; 4IR8 A; 4HE0 A; 4GX4 A; 2CZH A; 2HHM A; 5J16 A; 1IMA A; 1INP A; 2OWZ A; 5ET5 A; 5IZ3 B; 2WBD A; 4GWX A; 3LUZ A; 5EQ8 A; 2JJK A; 3B8B A; 2CZI A; 1LEV A; 3IFC A; 1IMD A; 2Q8M A; 4GWW A; 5ET7 A; 4AS4 A; 4O7I A; 2F3D A; 2GQ1 A; 1IMC A; 2P3N A; 4H45 A; 5ESY A; 3D1R A; 1NV2 A; 1FBE A; 4PTK A; 2CZK A; 1SPI A; 2Y5K A; 1CNQ A; 1EYK A; 4GBW A; 1FJ6 A; 2WEF A; 5EQA A; 3RPL A; 3FBP A; 1FJ9 A; 4MJO A; 5F24 A; 2FIE A; 3BIH A; 2Y5L A; 1K9Y A; 4HE2 A; 1RDX A; 2FHY A; 3QMF A; 5EQ9 A; 2FVZ A; 3RYD A; 1FPF A; 5LDZ A; 1FPK A; 2P3V A; 2QFL A; 1FBG A; 2F3B A; 3KC1 A; 3BIG A; 1NV1 A; 2QVU A; 1AWB A; 5I3S A; 1DCU A; 1FPB A; 5EYG A; 1FPE A; 3T0J A; 1FTA A; 2QVR A; 4I40 A; 1XI6 A; 1FPI A; 4GWZ A; 4I3E A; 1KA1 A; 1IME A; 1FPL A; 3LV0 A; 4HE1 A; 5ET8 A; 1JP4 A; 5IZ3 A; 3ROJ A; 1NV7 A; 2BJI A; 3KC0 A; 1LBX A; 4FBP A; 1KZ8 A; 1YYZ A; 1BK4 A; 1NUX A; 1NV6 A; 4GWU A; 1LBV A; 4H46 A; 4HXV A; 2DDK A; 1G0H A; 4GBV A; 1FBP A; 5T3J A; 1IMB A; 1FBD A; 4GX3 A; 1NUW A; 1IMF A; 2VT5 A; 3IFA A; 1DK4 A; 3A29 A; 1YXI A; 1EYJ A; 1NV4 A; 4GX6 A; 4KXP A; 1D9Q A; 5FBP A; 4GWS A; 4I3Y A; 3KBZ A; 5IZ1 A; 1FSA A; 1LBY A; 1Q9D A; 2QVV A; 4N81 A; 1G0I A; 1KA0 A; 1K9Z A; 2FBP A; 5EQ7 A; 4GWY A; 1RDZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SW2 A; 2Q88 A; 5AE4 A; 2I0B A; 4NF6 B; 4TLM B; 3USD A; 2GHA A; 4NN3 A; 2VD2 A; 1XHY A; 4IGR A; 3VVF A; 3IB1 A; 1RDY A; 3KJ7 A; 1NI9 A; 2XXK A; 4N13 A; 3RGY A; 5LTC A; 4DCX A; 3ZSF A; 3C36 A; 1NUY A; 1IZ1 A; 2UVI A; 4MNC A; 1WVJ A; 3TCF A; 5CRY A; 5H8F A; 5ET5 A; 5CMB A; 4ZS9 A; 1EU8 A; 4PGP A; 2R6G E; 2M8C A; 3DM0 A; 4N17 A; 1IMC A; 2B65 A; 1LFG A; 3MAM A; 3BBR A; 4N91 A; 3MJN A; 4GBW A; 4HCY A; 3KN7 A; 3A09 A; 2P2A A; 5DEX A; 4RK2 A; 5ICT A; 4OES A; 2FHY A; 1FQB A; 1FPK A; 4BDR A; 4ZE8 A; 1FQA A; 4G2Z A; 2PT1 A; 4IO3 A; 1B32 A; 1NMU A; 3O6G A; 1FTA A; 1TFD A; 3BFU A; 1Y9U A; 4LQ2 A; 1IEJ A; 2CMO A; 4PFB A; 4F3P A; 4KYS A; 4PET A; 2Q9T A; 4IGT A; 3LC8 A; 3T93 B; 3OO9 A; 1NV4 A; 4ZEF A; 4OVQ A; 3IR1 A; 4I3Y A; 4RY1 A; 4FJP A; 3TKD A; 3QK6 A; 4YKJ A; 2O84 X; 4WED A; 4ESX A; 2ZNT A; 1JEV A; 3O66 A; 4N07 A; 4GLI A; 4YB6 A; 5TP9 A; 3IAZ A; 3A3U A; 2XWO A; 1UTB B; 1LFH A; 4OA4 A; 4X04 A; 3QIM A; 4G68 B; 4PBQ A; 3GLB A; 1I6Q A; 2QL3 A; 4OVR A; 4XF5 A; 4GRK A; 3K2D A; 3VFJ A; 5I58 B; 3M3L A; 5I7I A; 3OXN A; 4G4P A; 4OZ9 A; 2Z8D A; 3IFC A; 3NOH A; 4LZ8 A; 1M5E A; 2NOO A; 1B4H A; 3EQ1 A; 5CM6 A; 3CSG A; 2GRV A; 4RXL A; 1D9Y A; 3W9V A; 3CFX A; 1B6H A; 3LR1 A; 3CG1 A; 2ZYN A; 1YCJ A; 1P1W A; 1MY3 A; 3KFM A; 3TCH A; 2AYS A; 1SW1 A; 2R71 A; 4NWC A; 3THI A; 1OLA A; 2XXH A; 2GHB A; 2V3U A; 4FIM A; 3OSQ A; 4I8C A; 1LGB C; 1BLF A; 2R9J A; 4IO5 A; 2PMS A; 4DE8 A; 3ZS6 A; 3DEL B; 4P56 A; 3H6T A; 2BJI A; 1LBX A; 1ZJL A; 3G3F A; 3ODB A; 4KPT A; 3A3C A; 3G3I A; 4R73 A; 4MF3 A; 4HW8 A; 1IMF A; 1MY0 A; 3KN8 A; 4MBP A; 1YXI A; 4GX6 A; 4HCW A; 1BTJ A; 3FJM A; 2DWA A; 3DP4 A; 4ELR A; 1K9Z A; 1Z7M E; 3CVG A; 1A8F A; 4PFR A; 4QSC A; 3MVX A; 4PBH A; 4F31 B; 4FAT A; 2P0S A; 3HHF A; 2Y7W A; 4PF8 A; 5KCJ A; 2REJ A; 4O3B A; 2XD2 A; 4F3B A; 4EF2 A; 1IXC A; 3FXB A; 1SI1 A; 5K2Y A; 2OBG A; 4THI A; 3S9E A; 4P1E A; 2WBB A; 1FRP A; 4KHZ E; 3PU5 A; 1QUJ A; 3I5O A; 3OO7 A; 1GR2 A; 4MEV A; 5EQ8 A; 3B8B A; 1N0T A; 1FTJ A; 4LZ5 A; 2AIX A; 2DWJ A; 1M5C A; 5B70 A; 4AS4 A; 1FQF A; 4H45 A; 1FCK A; 2CZL A; 3R26 A; 1UIU A; 2A5T A; 4MLV A; 5HPQ A; 3IOV A; 2WEF A; 4LQ5 A; 4DZ1 A; 4OER A; 3H6W A; 1GV8 A; 4EF1 A; 2XXP A; 4F19 A; 4HE2 A; 2I3V A; 1B9J A; 2FVZ A; 2XX9 A; 2V93 A; 4NF8 B; 5KDT A; 2F3B A; 1B7U A; 4YB7 A; 3N6U A; 1NNK A; 3KG2 A; 3U65 A; 4BDO A; 2V25 A; 1AL3 A; 1QVS A; 5ITP A; 3B6W A; 4P1L A; 2AL4 A; 1MQD A; 2UVG A; 3R7X A; 1RYX A; 3Q25 A; 3IJX B; 4I3E A; 5DVI A; 4RA1 A; 4JWY A; 4QFK A; 1NV7 A; 1P1Q A; 1LBV A; 4LZ7 A; 3HN0 A; 1FBP A; 2Z8F A; 2UVH A; 2NWJ A; 3RPW A; 1JET A; 4KD5 A; 3CI8 A; 4UAC A; 2OLB A; 4GXS B; 4NF4 A; 2O7I A; 1G0I A; 4PAK A; 3OEN A; 3JZJ A; 5DW8 A; 2F35 A; 1N7X A; 5ELV A; 2V3Q A; 2O1M A; 3L6H A; 2KQZ A; 2F6G A; 3H3G A; 1Y1M A; 2UYE A; 2CEX A; 1SI0 A; 1FTK A; 3O29 A; 4QXD A; 3RUM A; 3VLW A; 2DS9 A; 1LBB A; 3TTN A; 4O94 A; 4POW A; 2H9B A; 4QRZ A; 5EYF A; 3PUY E; 1A7L A; 1IXI A; 4H1X A; 1Q1K A; 4NED A; 4H6D A; 3QYT A; 5CMM A; 5ESY A; 4BDQ A; 3H03 A; 1MPD A; 1H3D A; 2W7Y A; 5F24 A; 4XKR A; 4N6D A; 3D4C A; 3IO4 A; 1XVX A; 3C4M A; 4PDH A; 4WEP A; 2D3I A; 4PFU A; 3OOA A; 3KEI A; 4QBA A; 3FIR A; 4F1U A; 1SW4 A; 5I59 A; 2Z8E A; 3E3K A; 3TEL A; 4I40 A; 2ESN A; 3UK4 A; 2I4C A; 4I62 A; 2XXX A; 3T9V A; 3FVG A; 4GBV A; 5T3J A; 1URG A; 3S2V A; 3FJ7 A; 1A8E A; 3MST A; 1O63 A; 1VSO A; 1MQJ A; 1FSA A; 2DWH A; 5TPA A; 2E1S A; 4G8N A; 2PYY A; 4RK9 A; 4OVT A; 3JYR A; 1JVY A; 1NV3 A; 1MQG A; 2OCU A; 2XXI A; 3MQ9 A; 1QGX A; 2QPQ A; 3SZP A; 3K1P A; 3HV1 A; 1MH4 A; 4O8M A; 1ZBM A; 1EZP A; 1MDP 1; 1RYO A; 1B4Z A; 4JWX A; 3FAS A; 4C1T A; 2X26 A; 4NF5 A; 2VD3 A; 4Q0C A; 4GWX A; 3WAF A; 2L5V A; 4E0X A; 2H98 A; 1B5H A; 2Q8M A; 4F1Y A; 1NNP A; 1TXF A; 3T22 A; 3K6W A; 2I0C A; 3G3G A; 3KJT A; 2QJE A; 1BKA A; 2Y5L A; 1Y20 A; 4EXL A; 3ONM A; 4OEN A; 4JXI A; 5EQ9 A; 1RKM A; 4NQ8 A; 1LB8 A; 2QFL A; 5TPA B; 1FBG A; 1ANF A; 2ZYM A; 3PPO A; 1M5F A; 5I58 A; 3Q28 A; 4ONY A; 3F11 A; 3MYU A; 4G8H A; 5BWJ A; 1KA1 A; 3ECR A; 3KC0 A; 1S9T A; 1ELJ A; 1NUX A; 3FV2 A; 4HXV A; 2HEU A; 4K3F A; 3B6T A; 2H5Y A; 5CMC A; 2Y7K A; 2O6A A; 5DYH A; 1SYI A; 3KBZ A; 3QXM A; 2D21 A; 3H6U A; 3QSL A; 1IXH A; 2QS1 A; 4KI0 E; 3K02 A; 4QSD A; 1LBZ A; 2PT2 A; 4H65 A; 4OTE A; 3PPQ A; 3HHG A; 4QHQ A; 1H76 A; 4JWO A; 4MHF A; 3CHG A; 4UAB A; 4H67 A; 3RTW B; 4DCY A; 4NF4 B; 3RN8 A; 2NUV A; 4FEB A; 5J16 A; 1IMA A; 3WAE A; 4NF0 A; 2ZYK A; 5H8Q A; 4XKN A; 3O28 A; 5IZZ A; 1LB9 A; 4LA9 A; 1IMD A; 4PFI A; 3RLF E; 2ZZX A; 1FBE A; 1R9Q A; 4X1D A; 1PBQ A; 4Q5T A; 3KGC A; 3I3V A; 4MJO A; 2ZMB A; 4YKI A; 2Y7I A; 5DVJ A; 4ZEI A; 1NH7 A; 5H8H A; 1SYH A; 2OZZ A; 1KWH A; 3FVK A; 1J1N A; 4F22 A; 2KR0 A; 3LSL A; 4QFO A; 1DPE A; 1LFI A; 2YJP A; 2Y7R A; 1Y3Q A; 5EHS A; 2VP1 A; 4XKQ A; 3KSX A; 2KLF A; 1FPL A; 1WOD A; 1S50 A; 3TQL A; 3B50 A; 1G0H A; 3MVZ A; 2ZZV A; 5H8F B; 3K6V A; 1NUW A; 4GVO A; 4ZDM A; 3PV0 E; 2RKM A; 1MRP A; 5CBR A; 4N8Y A; 3K1M A; 5I56 B; 1FTM A; 2XXT A; 3RT6 B; 4GWY A; 2F8D A; 1ZLQ A; 3HCQ A; 1NUZ A; 3OO8 A; 4IB2 A; 3HFU A; 4AS5 A; 1POY 1; 3VDF A; 1N7W A; 3O97 A; 5A5L A; 3UP9 A; 3IOU A; 1FPD A; 2OJT A; 2H25 A; 3CFZ A; 2Q74 A; 2DVC A; 2Q89 A; 5I57 A; 2B3F A; 2I49 A; 1OVB A; 5AA2 B; 3FVO A; 3QUF A; 4GX4 A; 3TCG A; 3SEU A; 3AXF A; 3MVY A; 2RCB A; 3HPI A; 5JEI A; 4GF8 A; 4O3A A; 1LAX A; 3Q26 A; 1LBC A; 3C33 A; 1SPI A; 1ZIU A; 4PFT A; 3I6V A; 1QJM A; 3IK6 B; 2A5S A; 1M5D A; 2WKY A; 3ILT B; 4ELP A; 1B0H A; 4F39 A; 2CEY A; 2XXY A; 1MQH A; 3PMX A; 4GL0 A; 2QVU A; 1DCU A; 4YMA A; 4FEC A; 1FPI A; 4O3C A; 4ZEK A; 3Q27 A; 1JP4 A; 2ONK E; 3DP8 A; 1B0L A; 1MG1 A; 1A54 A; 4MX6 A; 1EYJ A; 3G3J A; 1D4N A; 4OVJ A; 1B3F A; 1LBY A; 3FGS A; 1GGG A; 3H06 B; 4IY5 A; 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