4TOZA

Mppa periplasmic murein tripeptide binding protein, unliganded open form
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
515
structure length
515
Chain Sequence
AEVPSGTVLAEKQELVRHIKDEPASLDPAKAVGLPEIQVIRDLFEGLVNQNEKGEIVPGVATQWKSNDNRIWTFTLRDNAKWADGTPVTAQDFVYSWQRLVDPKTLSPFAWFAALAGINNAQAIIDGKATPDQLGVTAVDAHTLKIQLDKPLPWFVNLTANFAFFPVQKANVESGKEWTKPGNLIGNGAYVLKERVVNEKLVVVPNTHYWDNAKTVLQKVTFLPINQESAATKRYLAGDIDITESFPKNMYQKLLKDIPGQVYTPPQLGTYYYAFNTQKGPTADQRVRLALSMTIDRRLMTEKVLGTGEKPAWHFTPDVTAGFTPEPSPFEQMSQEDLNAQAKTLLSAAGYGPQKPLKLTLLYNTSENHQKIAIAVASMWKKNLGVDVKLQNQEWKTYIDSRNTGNFDVIRASWVGDYNEPSTFLTLLTSTHSGNISRFNNPAYDKVLAQASTENTVKARNADYNAAEKILMEQAPIAPIYQYTNGRLIKPWLKGYPINNPEDVAYSRTMYIVKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Periplasmic murein peptide-binding protein
publication title Open Conformation of the E. coli Periplasmic Murein Tripeptide Binding Protein, MppA, at High Resolution
rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule tags Peptide binding protein
total genus 162
structure length 515
sequence length 515
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-06-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4tozA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4tozA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4tozA02
2GHBA 3TTKA 3FGSA 1P1WA 3MQ9A 4P0IA 3K01A 1MQIA 4KYDA 3U72A 4NF8B 1IEJA 3DELB 1Y4TA 2G93A 3PD9A 3C35A 3BFTA 1B1XA 3FIRA 3T93B 3CFXA 3K00A 5I2NB 3HPIA 1ZU0A 2F35A 3ILUB 1QUKA 1JVXA 4MFIA 5KDTB 3EHUA 2DYXA 4MBPA 4NF5A 4KHZE 4UA8A 3THIA 4LP2B 3U1OA 3KZGA 4RPOA 4KYEA 4X48A 2B4LA 4PFTA 3DLNA 3TFLA 1B5JA 1WVJA 3Q25A 5I56A 5I84A 4XIGQ 1AH5A 1IITA 1TFDA 4OMBA 2B4MA 1Z7NE 3S9EA 2THIA 3RT8A 4H6DA 1B6HA 4F19A 1VSOA 1R9QA 4G8MA 4JWYA 1QUJA 1MXYA 3QUJA 2HXWA 4O3CA 4F2QA 1PDAA 2HAVA 5JK4A 1VE4A 4KPTA 3G7WA 2OBGA 2O1MA 1OQHA 5HPQA 1BLFA 3VXBA 3FVNA 3CIJA 4OWDA 4JSDA 2HCAA 3UORA 5TP9A 3RPWA 1MQDA 1FTKA 3TKDA 2VHAA 3EHSA 4P11A 3R7XA 1FQFA 3HO7A 1N3WA 1TT1A 4ZEKA 1B5IA 1H45A 2G29A 1YTVA 4G2ZA 4FJPA 5F7VA 1H43A 2ZNUA 3IK6B 2RC7A 1JW4A 3Q27A 4YICA 2YLNA 3ZKKA 4WKMA 4F18A 4NF4B 1P1QA 2CZLA 2QS4A 1T0KA 1A40A 5H8QB 2B3BA 4H1XA 4U4XA 3MBPA 4R2FA 2BJJX 4GVOA 3TTLA 1Y3NA 3Q28A 3K1MA 2DXYA 1UTBA 1LAGE 1SW1A 3D4GA 3VE1B 1CE2A 4F22A 4QFPA 2H5YA 2H9BA 5H8FA 1PBPA 1B7ZA 4L17A 4QF9A 2E0SA 2AIXA 4ZDMA 4NEDA 1O64A 2DXRA 3ONMA 1MQJA 1IXGA 3EHTA 4F3BA 3Q26A 3W9VA 2R6GE 2VOZA 2I0BA 4G68A 5F1QA 4RPNA 3GBAA 4OTEA 4ONYA 2ABHA 3PUYE 3V5AA 2I6EA 2RKMA 3PUVE 1M5FA 5I56B 1M5CA 5K2YA 1IXHA 3RYBA 2V3QA 1LAXA 4PP0A 2RC9A 2DVZA 3MP1A 3PU5A 1EZPA 2Y84A 5L9MA 1OIBA 4G68C 2QMWA 4YAHX 1O7TA 3GLBA 5CMMA 4HCYA 5M2VA 2XXWA 4DXUA 1QKBA 3FUZA 4MLVA 1DSNA 1IXIA 5TP9B 2WOPA 4YKJA 1IUDA 4OEUA 4THIA 1PB9A 3CFZA 3H03A 4LONB 4BDMA 2XX7A 2R71A 2O7UA 4EF1A 3K1PA 4DCXA 3SEXA 3BKIB 1KWHA 2ONRA 4O3AA 3FZVA 2PVUA 3KG2A 4QFOA 1DTGA 2Z22A 3IX1A 1M5DA 1FCKA 3QYTA 4G8NA 3TTMA 1ZJLA 3JZJA 3ZS6A 4U1OA 3MUQA 1B3EA 1UTBB 1S9TA 4U2RA 1FTMA 2Z8EA 4H0WA 4KD5A 2ZMBA 1R1NA 3FTOA 5H8FB 2XX9A 4POXA 2DS9A 5IKBA 4HTGA 4GLIA 3E4RA 3T96B 3C34A 4GWOA 3TQLA 4YU0A 5L9SA 2CMOA 1EU8A 3RY3A 1B3HA 3USDA 3VXCA 4NF8A 3H6UA 2O7IA 4ZEBA 4TQUQ 1SDXA 1B51A 3N5LA 4JDFA 1VFDA 3IORA 2ZNTA 4FE8A 3B6QA 3O9PA 3W9WA 3SKPA 4XXUA 5I2NA 4OERA 2WKYA 1LB8A 3SEWA 3OO7A 3L6GA 1MPDA 5ICTA 1FW0A 1GGGA 4OESA 1USYE 4I62A 1D3KA 1XC1A 1B7HA 1MRPA 3G3FA 3V89B 4ELOA 2YPNA 1Y4CA 4OHNA 2QRYA 2YJPA 3K2DA 3H4ZA 3RLFE 4ZEIA 1US5A 2Z23A 2DWHA 4LZ8A 3JV9A 4ND9A 2ALUA 1CB6A 3PMVA 2DWJA 4YMAA 3PPOA 3MW0A 1B7UA 3HCQA 4NTLA 2RCAA 2XXRA 2OZZA 3PPRA 4R74A 4R75A 3UIFA 2O6AA 4WXJA 1MXVA 3DP6A 4KQPA 1FQDA 3TODA 2Q88A 4XKQA 4QFNA 3VVFA 1POTA 1B5HA 1SYIA 4OEVA 3PGFA 3O29A 3K6XA 2Q9TA 3IO6A 1M5EA 2E1SA 1UTHB 4P0GA 3RTWB 4E0XA 3N6TA 2GRVA 4ISUA 1QULA 3A09A 3MP8A 3OD7A 3O28A 1II5A 4AB5A 3K6WA 4HS7A 1HSLA 3TPAA 5DYHA 3TDJA 3DP4A 2OJTA 5HBCA 4XKNA 1MM7A 1Y1ZA 2ANJA 4PE5B 5HM4B 3VLWA 1QW0A 4C0RA 4IGRA 3FJMA 1A8EA 2R9JA 5CMKA 2DSFA 1MM6A 3A3UA 1SW4A 4YKKA 3MZ9A 2XXXA 4Z0IA 1XVXA 5BUUA 4QSDA 4EQ9A 4JWXA 2REGA 2NVUB 3PPNA 2P0SA 1OLCA 5AE4A 4F31B 4GF8A 2VD2A 2OK2A 3MJNA 1SQYA 1R9LA 3DRJA 4ECFA 5EHMA 5ELVA 2F34A 4RA1A 3PD8A 1XS5A 3SESA 3IOVA 4WEPA 3LSFB 1B3GA 3I5OA 5ITOA 3RNNA 1A99A 1JETA 1DMBA 4K3FA 1MY1A 2OCUA 1RKMA 1XT8A 1PC3A 4HCWA 5EYFA 3PV0E 1GR2A 2KLFA 3JYRA 1YCJA 3C4MA 4R2BA 3OOAA 4FATA 3G3GA 2PBWA 3QAXA 4HW8A 3FJ7A 4GXAA 5L9OA 1L5TA 3KFMA 3TAJA 3FXUA 1D9VA 2V3TA 5ISUA 2ONSA 3G3HA 3K0VA 3T9UA 1Y9UA 2OWSA 1B0LA 2F5XA 3V8XB 4GQOA 5DEXA 2XXUA 3O6PA 2XX8A 2ONKE 3ODBA 4F1UA 3KSXA 2VGQA 1ZBMA 3B6WA 4X9TA 2I0CA 2P1SA 3PMXA 2AYSA 2X7QA 2F36A 2O84X 2QPQA 2PX1A 1QVSA 1MG1A 1MXUA 4M4GA 2F7BA 3VLVA 2I4CA 2DVCA 1LB9A 2Q2AA 1WDNA 1N7WA 1Y3QA 2DE3A 4FIMA 1I6AA 3A3CA 3FXQA 4QFKA 3UN6A 3F11A 1AL3A 1FTJA 2A5TA 4NWDA 4IO4A 3IR1A 5JEIA 2O68A 3TTRA 3WAEA 3IOTA 2QS1A 3VLUA 4H8IA 3FASA 3O2AA 1PEBA 4DXBA 4F39A 1SBPA 5AA2D 2VP1A 3HHFA 4QSCA 1IZ1A 3FD3A 1GTKA 3S4UA 4R9GA 3BFUA 2REJA 2Y7KA 4LUBA 2UYEA 1NFTA 4DCYA 1ELJA 4AQ4A 2RINA 4ZEFA 1MXXA 3MP6A 4BDOA 1MDQA 1PB8A 4DLDA 4PFUA 2DP8A 4GFRA 1I69A 1US4A 1RYOA 5FTHA 1GV8A 4KCDA 4OQOA 3IOWA 4F2OA 3T22A 3CSGA 2HAUA 1MY0A 2UVIA 4LZ5A 1XOCA 3C33A 1BP5A 3O6HA 5CMCA 4EXKA 3TCHA 2F8DA 4IO2A 3HSTA 3O66A 4H5GA 4F1VA 1UIVA 1PB7A 1RYXA 3MZ1A 5I57B 5DEXB 3FV2A 4IY5A 3T66A 1B2HA 3SEYA 4F29A 1H3DA 4XTCQ 1LLSA 2XD2A 3LR1A 4FAJA 4BDQA 1QUIA 1OLAA 3O6IA 3MAMA 4R72A 3RN8A 3UA8A 5CM6A 1SYHA 3PAMA 1PBQA 1IXCA 1LBCA 3L6HA 5AA3A 3ECRA 2ESNA 4EUOA 4EF2A 3S2VA 3TTNA 1FTLA 1AIVA 2XXYA 4ZE9A 1SI1A 4RXLA 3OELA 3H7MA 3D4CA 3WAFA 1TXFA 1FQEA 1LFHA 3OSQA 1S50A 2Q89A 1OQGA 3H06B 3MWBA 2A5TB 1UTHA 3VFJA 4LA9A 4UACA 2H99A 4H67A 4GL8A 4KFQA 1B0HA 3RYAA 5FHOA 3KN7A 5TU0A 4C1TA 3ZSFA 4R6YA 3T9HB 3U93A 5ITPA 5LOMA 1B46A 4GXSB 2ZYKA 1B05A 1XVYA 4GIZA 3N6UA 4F1YA 3G3JA 3M3LA 3KN8A 1EZ9A 1MPBA 1B32A 3KBRA 5FTIA 4OFOA 4ZZAA 5CBSA 1DPEA 5L8DA 2DE2A 2ZYMA 3MVYA 3S9LC 1NMUA 4AB6A 1MPCA 1JNFA 2AL5A 3N94A 4OENA 4QFLA 5DTBA 5A5XA 3TUSA 3RUMA 3LC8A 1ZLQA 1OMPA 5TPAA 1SW2A 4NMYA 4WEDA 2DWAA 4TOZA 3C32A 2QS2A 5H8HB 2A5SA 1NH7A 4Q8RA 2GH9A 3GBBA 1R6ZA 5KZTA 4LATA 4O3BA 4DE8A 1JVYA 3VVDA 1LCTA 3FVOA 1MS7A 3PPPA 4ZECA 3TZAA 2FNCA 4YKPA 1SI0A 3P7IA 4OFLA 2XXQA 2PMSA 1MQHA 4RYAA 3R26A 4R73A 1UIUA 1SW5A 4U21A 4QRZA 4ESWA 4YKIA 2UVJA 3FJGA 2DQVA 2I58A 4KR5A 4F3GA 1SD3A 1JW1A 5AA4A 3T9VA 3GZGA 4KYSA 3IAZA 2W7YA 1POY1 2XXIA 4NF6B 1WODA 5H8NA 1P99A 4X1DA 2ZNSA 1ZMGA 2F97A 2H4IA 2F6PA 3DRGA 1NL5A 2F78A 3UK4A 3MPKA 4R6HA 2RF1A 1O63A 1S7YA 1NH8A 5EHSA 4OETA 3OO9A 3MVXA 3QIMA 4DDDA 3GXAA 4LVQA 2Z8DA 3E13X 5CBRA 4YB5A 3FATA 1B4ZA 5AA1A 2XXHA 2IEEA 4TLMB 2V3UA 4ZE8A 5DT6A 4ZZEA 5B7DA 3SETA 3I6VA 4H5FA 2QL3A 3SDFA 4RK9A 1DTZA 3IOUA 4PFYA 4I9DA 3HN0A 1H76A 4U22A 4MH5A 5KCJB 5FHNA 4NE4A 5A5XB 3OSRA 3TCFA 1M5BA 1ZKBA 1B9JA 1SVXB 2F7AA 3BBRA 2OLBA 4Z7EA 5TPAB 4G8HA 3KJTA 3S9MC 5AA2A 1NNKA 5K2XA 3G3IA 3KOSA 5I59A 2FYIA 2D5WA 4N07A 3IB1A 1Y20A 4Q5TA 1MH4A 5JTYA 3CI8A 3IO4A 2I3VA 3EF7A 2H25A 4MF3A 1LGBC 1ATGA 1Q35A 3HHGA 3OENA 3EQ1A 2NOOA 3CRBA 2HQ0A 3MPLA 3U8QA 2PT2A 3S9NC 3K6VA 1B3LA 1TWYA 4FEDA 2O51A 2ZYOA 5I57A 4JB7A 1LBBA 4PETA 4N13A 4YB7A 3CR9A 5I2KA 4PFWA 1NNTA 5AA4B 4XKRA 3T9XB 4FORA 2D21A 4OXVA 3LBSA 2X7PA 4G77A 3M3KA 4F3SA 4FEBA 4BDLA 4DIGA 1HSEA 4XKPA 1N7XA 5H8NB 2UYFA 4IO6A 3H3GA 1F9BA 4JWOA 1BTJA 3DM0A 1LAFE 1TFAA 2ZYNA 4RNSA 3N26A 2DWIA 3CG3A 3QXMA 1B1HA 4YMBA 1B4HA 2HZKA 3CHGA 1N3XA 4IO5A 2XHDA 2NUVA 4BLAA 3FVKA 4JBZA 3MVWA 1Z7ME 1ANFA 1FQAA 2V93A 1A55A 3OO8A 1UQWA 1D4NA 3PUWE 4ZS9A 1A8FA 3TELA 4NWCA 4IY6A 4M1VA 4U23A 2Z8FA 4EQBA 3R6UA 4YB6A 1I6BA 4ELPA 3VVEA 1AOVA 1P1OA 3QUFA 5I58A 1N76A 3G3KA 4R6KA 3KEIA 2O1LA 3H6VA 3V83A 4H8JA 2I3WA 1FTOA 4QHQA 3OXNA 2UVGA 2QS3A 5H8SA 3CVGA 5AA2B 5I59B 3QSLA 5BWJA 3EN3A 3IB2A 1LAHE 4G4PA 1VFEA 3C36A 1Y1MA 4NF5B 5JTYB 3QK6A 4JXIA 4C1UA 1MXWA 2B3FA 3SEUA 2X26A 2RC8A 1IQ7A 4QSEA 3TMGA 3C31A 3M8UA 5H8HA 1P1UA 3PUXE 4ZEDA 4PQJA 3IB0A 1LFIA 3E9XA 5I2KB 3KSJA 4ELQA 3RGYA 3TQWA 1VR5A 2ZXTA 2VD3A 2GHAA 1P1NA 3AXFA 3KJ7A 4IO3A 2B65A 1FQBA 1H44A 3IJXB 4BDRA 1LFGA 1MY4A 2UXAA 2I48A 1HSJA 2XXVA 1Y3PA 1B40A 2I49A 4Q30B 1URDA 3SEVA 1J1NA 4IO7A 2XXTA 3SERA 3H6TA 4DXCA 3KOTA 2O69A 3O97A 1JEVA 4NF6A 1URSA 3K4UA 2Y7IA 1URGA 4GOTA 4RJZA 3LSXA 2RCBA 1DPPA 1MXZA 4U4SA 2Y7RA 3H6WA 5ICQA 2GFEA 3U92A 1YAEA 2Q2CA 2QSXA 3OEMA 1DOTA 4RK2A 4FECA 4Q0CA 4GD5A 4N6PA 3B7DA 3OO6A 3CSBA 4X1BA 2M8CA 1MQGA 5I58B 4I8CA 2V84A 3PMWA 4MLQA 1YPNA 4LQ5A 4EQ7A 5IAIA 5DVFA 3K6UA 2I4BA 3MZBA 5B70A 3HV1A 2Q8JA 2HFBA 4LZ7A 3TYHA 3DRKA 4H65A 3RT6B 4ELRA 1A7LA 2DOJA 3E3KA 4YZZA 3DRHA 4G68B 1USYH 3I3VA 3RQTA 3DP8A 3CG1A 1MH3A 3O6GA 5KCJA 3K1NA 1D9YA 2H98A 5CRYA 3MVZA 4I1DA 2HZLA 3TEPA 1JQFA 1NNPA 4LQ2A 4POWA 1IIWA 4E0WA 1QJMA 3RTFB 4TLLB 1B3FA 4JSOA 1FQCA 3Q29A 2UVHA 2F7CA 5KDTA 3LVUA 4OFJA 3M3FA 3TCGA 4OZ9A 3W15C 2HEUA 3OMBA 4EDPA 2DE4A 3DRFA 1JEUA 4DZ1A 2V25A 2Y7WA 3PPQA 1Q1KA 2FA7A 2PYYA 4IGTA 4OVJA 1BIYA 2LAOA 2Y7PA 1NKXA 5CI5A 2WOLA 1ZTYA 4BDNA 1A54A 1OVTA 2QJEA 3LUYA 3VDFA 1NNFA 1N04A 1EZOA 1B52A 3U94A 2D3IA 4OYVA 1OVBA 1LSTA 2IA4A 3OEKA 3LSWA 1LCFA 2OWTA 5CMBA 5DVIA 1EH3A 3UGWA 2NWJA 2NXOA 4KCCA 3IL1B 3K02A 1JW5A 3MC2A 2XXPA 2AL4A 3FV1A 4F3PA 3DRIA 1QKAA 3LSLA 3IJOB 3VV5A 3C9HA 5J1DA 5CC2A 3FVGA 4KI0E 1MY3A 4R9FA 3FXRA 4EXLA 1N84A 3ILTB 1AMFA 3KN3A 2XD3A 4ESXA 2QMXA 1GVCA 3KGCA 3ZKLA 4IB2A 3EPEA 1MDP1 2F6GA 3UP9A 3B6TA 4NF4A 1MY2A 1N0TA 5H8QA 2P2AA 2PT1A 4U1ZA 1XHYA 4GRKA 4GL0A 3PUZE 2WOKA 3CFLA 5FHMA 1BKAA 4RY1A 1I6QA 1ZIUA 5DVJA 1B58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GHBA 3TTKA 3FGSA 1P1WA 3MQ9A 4P0IA 3K01A 1MQIA 4KYDA 3U72A 4NF8B 1IEJA 4MEVA 3DELB 1Y4TA 2G93A 3PD9A 2ZZWA 3C35A 3BFTA 1B1XA 3FIRA 3T93B 3CFXA 3K00A 4P47A 5I2NB 3HPIA 1ZU0A 2F35A 3ILUB 4MNCA 1QUKA 1JVXA 1FBFA 4MFIA 5KDTB 3EHUA 1NV2A 2DYXA 4MBPA 4NF5A 2VT5A 4KHZE 4UA8A 3THIA 4LP2B 2FIXA 3U1OA 3KZGA 4RPOA 4KYEA 4X48A 2B4LA 4PFTA 3DLNA 3TFLA 1B5JA 1WVJA 3Q25A 5I56A 5I84A 2P3VA 4XIGQ 1AH5A 1IITA 1TFDA 5FBPA 4OMBA 2B4MA 1Z7NE 3S9EA 2THIA 3RT8A 4H6DA 1IMAA 1B6HA 4F19A 1VSOA 1R9QA 4G8MA 4JWYA 1QUJA 1MXYA 3QUJA 2HXWA 4NF0A 4O3CA 4F2QA 1PDAA 2HAVA 5JK4A 4P8BA 1VE4A 4KPTA 3G7WA 2OBGA 2O1MA 1OQHA 5HPQA 1BLFA 3VXBA 3FVNA 3CIJA 4OWDA 4JSDA 2HCAA 4PF6A 3UORA 5TP9A 3RPWA 1MQDA 1FTKA 4P9KA 3TKDA 2VHAA 3EHSA 4P11A 3R7XA 1FQFA 3HO7A 1N3WA 1K9ZA 1TT1A 4ZEKA 1B5IA 3LV0A 1H45A 2G29A 1YTVA 4G2ZA 4FJPA 5F7VA 1H43A 2ZNUA 3IK6B 2RC7A 1JW4A 3Q27A 4YICA 2YLNA 3ZKKA 4WKMA 4GWZA 4F18A 1G0IA 2HHMA 1P1QA 4NF4B 2CZLA 2QS4A 1T0KA 1A40A 5H8QB 2B3BA 1FBHA 4H1XA 2R8TA 4U4XA 3MBPA 4R2FA 2BJJX 4GVOA 3TTLA 5ET7A 1Y3NA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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