3TCGA

Crystal structure of e. coli oppa complexed with the tripeptide kge
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVTLAEKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNISRDLFEGLLVSDLDGHPAPGVAESWDNKDAKVWTFHLRKDAKWSDGTPVTAQDFVYSWQRSVDPNTASPYASYLQYGHIAGIDEILEGKKPITDLGVKAIDDHTLEVTLSEPVPYFYKLLVHPSTSPVPKAAIEKFGEKWTQPGNIVTNGAYTLKDWVVNERIVLERSPTYWNNAKTVINQVTYLPIASEVTDVNRYRSGEIDMTNNSMPIELFQKLKKEIPDEVHVDPYLCTYYYEINNQKPPFNDVRVRTALKLGMDRDIIVNKVKAQGNMPAYGYTPPYTDGAKLTQPEWFGWSQEKRNEEAKKLLAEAGYTADKPLTINLLYNTSDLHKKLAIAASSLWKKNIGVNVKLVNQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSNSSMNTAHYKSPAFDSIMAETLKVTDEAQRTALYTKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNTYTRNMYIVKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein transport
molecule keywords Periplasmic oligopeptide-binding protein
publication title Escherichia coli peptide binding protein OppA has a preference for positively charged peptides.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 176
structure length 517
sequence length 517
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 3tcgA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tcgA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 3tcgA02
2UVJA 4ONYA 3VFJA 2WOPA 1O63A 3D4CA 3FV2A 4F39A 2WOKA 4OVJA 2XXRA 5CMBA 3FJ7A 3LSLA 1MQHA 1PBQA 3EPEA 3MZBA 2Q2AA 5CRYA 1MH4A 3K00A 1I6AA 4NWDA 4XKNA 3CVGA 4NF6A 2RC7A 1MQDA 4R9FA 1QJMA 2R6GE 5CMMA 2Q8JA 4MH5A 5JK4A 4N6PA 4R6YA 3G7WA 3S9LC 3K0VA 2NWJA 1JVYA 3G3JA 4F2OA 2PT2A 3MC2A 4YMBA 3VLUA 4G8NA 3IB2A 4OFJA 3PAMA 3ECRA 1B4HA 3OO9A 2GFEA 2QJEA 5H8HB 4GVOA 4AB5A 4GL0A 4IO3A 5ELVA 3CFLA 4F19A 4U4SA 4BDQA 4KPTA 1VFEA 4LVQA 5TP9A 2YLNA 1Q35A 3OMBA 3DRFA 2WKYA 3I6VA 4K3FA 3MVXA 4ZECA 2Y7IA 3W15C 2OLBA 2ZMBA 4F22A 2PYYA 1FTKA 3RUMA 3DELB 1TWYA 2I49A 4Q0CA 4YICA 2XXYA 1GVCA 3O97A 1BTJA 5L9SA 2ALUA 1QKBA 5H8SA 1FQEA 2VP1A 1LFGA 3DP6A 3CSGA 1QULA 3DRKA 4OZ9A 4H8IA 3DRGA 3FTOA 4C0RA 4KYEA 1MM7A 1URDA 3CI8A 2HZLA 2QS2A 3Q29A 4ELQA 1EZPA 2DP8A 5H8QA 5I59A 4KYSA 1B0LA 3IJXB 1FQFA 3THIA 1Q1KA 4GWOA 5JTYB 2M8CA 3DM0A 3TZAA 4E0WA 3PMWA 1JETA 1NMUA 4IO6A 3G3IA 3QIMA 1B3LA 1EZ9A 1Y4TA 1FCKA 2I58A 1WODA 4DCXA 4ELRA 1HSJA 4H65A 2QS4A 3H06B 1A54A 4X9TA 1SW1A 3MWBA 4EQ9A 3IOVA 5AA3A 4ND9A 3FXRA 1I69A 4ISUA 4AQ4A 4OXVA 4FEBA 2XXHA 2FYIA 2DS9A 1NFTA 3O66A 2O7UA 3A3UA 4FECA 3SEYA 4YKJA 4QSDA 5H8HA 1POY1 3N6UA 4OMBA 2O1MA 4PQJA 2B4MA 1B5IA 4LP2B 2PX1A 3MP6A 3CR9A 3RT8A 3E3KA 3JZJA 1Y20A 4I62A 4FJPA 2ZYNA 5CMKA 1TT1A 1Y3PA 1B7HA 1P99A 4G8MA 4F29A 2IA4A 1SW5A 1YCJA 4YAHX 4XIGQ 4PFWA 1NNTA 2H9BA 2HZKA 5DVIA 4RXLA 3G3FA 2BJJX 4JWOA 1B05A 1A8FA 1QKAA 4FE8A 2VGQA 2F7BA 4XKPA 3B7DA 2HQ0A 4G68B 4WEPA 2O7IA 2RF1A 4F3GA 3E13X 3KEIA 2DE3A 1P1UA 2HAVA 1B1HA 1SI0A 5ICTA 1GV8A 3K2DA 1B1XA 3IAZA 3KOTA 4POWA 5HBCA 1GGGA 3UN6A 1BP5A 2W7YA 5I84A 1PBPA 3N26A 3SDFA 1DMBA 2ESNA 2H99A 4PFYA 2I3VA 4LA9A 5JTYA 1TFDA 1US5A 1OQGA 5FTHA 3T9UA 1DTGA 1M5FA 3O2AA 1JW4A 3T9XB 3EN3A 5L8DA 2R71A 4BDLA 2OK2A 5B70A 5CI5A 3HO7A 4NE4A 4O3BA 3O9PA 3RTFB 4H6DA 2V3QA 3H4ZA 3T22A 1MQIA 3U94A 2IEEA 4QF9A 4ZEKA 3DRIA 5FTIA 2RCAA 1ZKBA 1FQAA 4ZDMA 4TQUQ 4GIZA 2DE2A 1II5A 3QUJA 3KBRA 3PU5A 5CM6A 1JW5A 3QYTA 2Q89A 1MDP1 1LB8A 3OD7A 3RY3A 2RC8A 1Y3QA 4HCYA 5ITPA 3RGYA 2O68A 1N3XA 4EDPA 1M5EA 3CRBA 1NL5A 1UIUA 4FORA 1SYHA 4ELPA 3G3HA 4U1OA 3UK4A 1FTJA 4QFPA 4U2RA 2F97A 3FATA 3SERA 5F7VA 3T9VA 1B32A 4PFTA 1M5BA 3TKDA 4PFUA 4YMAA 2GRVA 2AIXA 2I0BA 1LLSA 1LAHE 5AA2D 1N7XA 4UA8A 4QSCA 1MXXA 1I6BA 2XD3A 4UACA 4YB7A 2V3TA 3UORA 5F1QA 1LAGE 4Q5TA 4LZ8A 3LC8A 3H6VA 4F3BA 4H1XA 1MXWA 1MM6A 3MZ9A 2QMWA 2Y84A 3Q26A 1A55A 1JQFA 4EF2A 2Z8DA 3K6XA 4G68A 3E9XA 3L6HA 1AMFA 4RK2A 4G77A 4EF1A 4YKIA 1H76A 1QUIA 3IO6A 1I6QA 1B2HA 2REGA 4IO7A 4JSOA 1ZTYA 5TU0A 4MF3A 2O51A 2RKMA 1N76A 4OFLA 1OMPA 1MPCA 1QUKA 4U21A 1ATGA 3PPNA 1DPPA 4KD5A 3R7XA 2WOLA 1MRPA 3DP4A 1M5DA 3TAJA 2PVUA 4IO5A 2DVZA 3M3KA 4HW8A 3I3VA 4IGTA 3U92A 1D4NA 2GHAA 1AIVA 1S50A 2CMOA 3KSXA 3FZVA 3IOUA 3VLVA 5I2KB 4JBZA 2B3FA 4N07A 3O6HA 4QFOA 3KSJA 3M3LA 3T93B 2UXAA 1D9VA 2AL5A 1SW2A 3PUWE 1O64A 3I5OA 3S4UA 3UP9A 1MXZA 4U23A 3U1OA 4C1TA 1A99A 1IUDA 4Z7EA 4H67A 1P1OA 4P0IA 1OLAA 1MY0A 4POXA 2E1SA 3KZGA 5FHMA 2QS3A 3A3CA 3S9NC 1PEBA 1MY4A 3CFZA 4RA1A 1MQGA 4E0XA 3OENA 1NH7A 3RTWB 1J1NA 1POTA 1VSOA 1YTVA 1LGBC 1H44A 1UTHB 5H8NB 3PMXA 1H3DA 4OERA 3OOAA 3PUZE 3TCGA 3V5AA 2ANJA 5ISUA 1TFAA 3OELA 1FW0A 5DVFA 4MLVA 3M3FA 4RJZA 1A7LA 3U93A 4O3CA 3K4UA 3C31A 3T96B 3PPOA 3T9HB 3HHGA 1XHYA 3C9HA 2O84X 4DXCA 3N5LA 1GTKA 1IIWA 1EH3A 2VOZA 2XXQA 2AYSA 4NTLA 4Z0IA 1B52A 4GD5A 3GZGA 2AL4A 5KCJB 3C32A 4FIMA 1IXHA 2QMXA 5DTBA 3UGWA 4OYVA 3BBRA 1LCTA 3FD3A 3LSWA 2ZYKA 5A5XB 3EHTA 1NH8A 4QFLA 3E4RA 2ZXTA 4BDNA 3IJOB 4PETA 2Z8FA 2ZNSA 4HS7A 1ANFA 3HPIA 3HN0A 3N6TA 3EQ1A 3HSTA 2GH9A 2A5SA 2QRYA 1EZOA 4LATA 2I4BA 4NMYA 5KDTB 1XVYA 3ILUB 4R9GA 4RK9A 2ONSA 3PD8A 3OEKA 3FXQA 4YKKA 4R75A 1UIVA 4H0WA 3F11A 2HCAA 1FTLA 3PUXE 1B7ZA 1AOVA 1B3HA 3ILTB 1XVXA 5I2KA 5I58B 1QUJA 3S9EA 5I2NB 2ZYOA 1LSTA 2O1LA 2V3UA 4OENA 2DWAA 4JSDA 5AA1A 4HCWA 1USYH 3JYRA 3O28A 1B6HA 3IR1A 2XXUA 3CG3A 4YZZA 1B3FA 2F7AA 2QPQA 5AA4B 3W9VA 1N84A 5I57B 2D3IA 2XXIA 1VFDA 4FEDA 5EHSA 4QHQA 5TPAB 3K1PA 1P1NA 4H5GA 4AB6A 2RINA 5IKBA 2XHDA 4IY5A 4NF4B 4OFOA 4LONB 1MY1A 3GXAA 1ZIUA 3Q25A 1MG1A 2Y7RA 3H7MA 1UTHA 5H8NA 5AE4A 2ZYMA 5CMCA 3UIFA 2XXWA 2NOOA 1BIYA 4RPOA 3MBPA 3FJMA 1KWHA 4LQ5A 3FVOA 4BDMA 1L5TA 2F6PA 1Y4CA 1R1NA 4OQOA 2XX7A 2YPNA 1MXYA 4X1DA 3M8UA 1ZJLA 4BLAA 2DWIA 4ZEDA 2G93A 3CSBA 3ZKKA 3PPPA 4DXUA 1UQWA 1LAFE 1MY3A 4OEUA 4TLMB 4TOZA 3FJGA 3FVNA 3P7IA 1B46A 3RPWA 5KCJA 1OVTA 2XXXA 2ZNTA 4GXAA 3SEVA 1MPBA 2DXYA 3IOTA 1MXUA 4ZE8A 3LSXA 1B51A 3VVFA 4JXIA 1RYOA 2F8DA 5AA2B 1OIBA 4EXLA 5A5XA 2UVIA 2DWJA 1P1QA 4TLLB 4XXUA 1B5JA 3D4GA 5DVJA 3R6UA 2DWHA 2UYEA 3TDJA 5KDTA 2R9JA 4BDRA 4DZ1A 3S2VA 3QUFA 3B6WA 1FQBA 3PUVE 1H45A 2V93A 4JWXA 2I3WA 3DLNA 3PPQA 2HFBA 4I1DA 2DQVA 4MLQA 1Z7NE 3SEXA 3SEUA 3UA8A 4EXKA 5I58A 3VXBA 5I2NA 3FVGA 4GLIA 1N7WA 4ZS9A 3QK6A 1YAEA 3TTMA 1UTBB 5CBSA 5M2VA 2P0SA 5L9MA 4GL8A 4OWDA 3KN7A 1CE2A 3PD9A 1PDAA 2Z23A 3TELA 3CFXA 5ICQA 4F1UA 1O7TA 4RNSA 3TFLA 1D9YA 3RNNA 5AA4A 3MVYA 1SI1A 2DE4A 5I57A 4NF5B 1N0TA 4R72A 4OESA 4G68C 1USYE 5TPAA 1ZU0A 3TTRA 4MBPA 4EQ7A 3FVKA 2V25A 1GR2A 3RYBA 4NF4A 2XXTA 1B9JA 1VE4A 1XS5A 3TTNA 4U1ZA 2I4CA 2F35A 3ODBA 3FXUA 3C4MA 4U4XA 3CHGA 3LSFB 1SYIA 3MPKA 2G29A 2HXWA 4MFIA 4GF8A 4RY1A 3PUYE 3K1MA 1OQHA 1FQCA 4N13A 1SQYA 1N3WA 4OEVA 3MW0A 4DCYA 2H98A 2NUVA 2E0SA 3EHUA 2O69A 2D21A 1Y3NA 4F1YA 1JEVA 2RC9A 1S7YA 1LBCA 5DYHA 3IX1A 4X48A 5H8FB 4YB5A 1PB7A 4EQBA 4G4PA 4YKPA 3KG2A 3QAXA 5B7DA 5AA2A 3VLWA 4LQ2A 3C34A 3MP8A 4KCCA 3C35A 3TUSA 2B4LA 1NNPA 3ZS6A 4JWYA 5BWJA 3HV1A 2KLFA 5CC2A 4DIGA 3TMGA 3HHFA 3TTLA 2I6EA 2XXVA 5IAIA 3SETA 1DOTA 4OTEA 1B7UA 2Q9TA 4ESXA 4R74A 3LUYA 1DPEA 2F5XA 3Q28A 3K1NA 1HSLA 3AXFA 4GOTA 3VXCA 1YPNA 1XOCA 5CBRA 2OBGA 4M1VA 2XX9A 4F2QA 5BUUA 5HPQA 1QVSA 1IEJA 4O3AA 1Y1MA 2Z8EA 4ZZEA 3KOSA 2ONRA 1NKXA 2V84A 1Z7ME 3IL1B 3EF7A 1LBBA 1UTBA 3BKIB 1B58A 3TYHA 1MH3A 4HTGA 3A09A 3TODA 2X7QA 4IO4A 1SBPA 3QXMA 4OHNA 3IK6B 1AH5A 4FATA 5EHMA 3C36A 2H5YA 1FTOA 4RYAA 3G3GA 3OSQA 4NF5A 1TXFA 3O29A 3KJTA 4I8CA 1SD3A 5JEIA 1M5CA 4QSEA 4ESWA 1IXCA 4JB7A 1A40A 2QSXA 5K2XA 3DRHA 3PMVA 4GXSB 1HSEA 3TCFA 4DXBA 3U8QA 2Z22A 1N04A 5DT6A 2UVGA 2D5WA 1ELJA 3KN8A 4XKQA 2ZNUA 4RPNA 2NVUB 1R6ZA 1MPDA 4KHZE 1JVXA 4ZE9A 2Y7WA 3GBBA 3TQLA 2DSFA 2X26A 4DDDA 2F36A 2THIA 4ZZAA 1A8EA 1IQ7A 1B3EA 1D3KA 1ZLQA 4KYDA 1LAXA 4IGRA 4WKMA 2OWSA 4M4GA 5HM4B 3EHSA 4GRKA 3FIRA 1MY2A 3IOWA 4KCDA 4YB6A 3OXNA 5H8FA 1WDNA 3FV1A 3N94A 1US4A 4H5FA 3RN8A 1RKMA 1WVJA 4DLDA 3VE1B 3FUZA 2Y7PA 3WAEA 3B6TA 1FTMA 2H25A 4WEDA 4G8HA 2UYFA 3PGFA 3W9WA 2HAUA 4LZ7A 2OZZA 2FA7A 1OLCA 3KFMA 4IY6A 4DE8A 5KZTA 3SKPA 1SDXA 5LOMA 2ABHA 4NWCA 4LZ5A 1SVXB 1B5HA 1FQDA 4KQPA 4F3PA 3IO4A 4Q8RA 1F9BA 3K6UA 3VVEA 2NXOA 2B65A 2F7CA 3QSLA 1DSNA 1IXGA 3GBAA 1NNFA 1OVBA 2FNCA 1JW1A 1B3GA 4PP0A 3RLFE 4F31B 2YJPA 4ZEFA 3SEWA 4NF8B 3G3KA 2ONKE 1EU8A 1PB8A 1JNFA 4KR5A 2OJTA 4NEDA 1BKAA 2F34A 1MXVA 4U22A 3RQTA 2P1SA 2A5TB 2PT1A 3BFUA 4G2ZA 3CIJA 4F18A 1MDQA 3MZ1A 2DVCA 3MAMA 3O6GA 3IB1A 3IORA 2GHBA 4H8JA 2QL3A 1H43A 3LVUA 2DYXA 1R9QA 3SESA 3KN3A 3ZSFA 4GQOA 2REJA 3K01A 1LFHA 2H4IA 1NNKA 4R6KA 4GFRA 3MUQA 4JDFA 4R2FA 3HCQA 4F3SA 3U72A 1URGA 5ITOA 2VHAA 2VD3A 2Q2CA 1R9LA 3VVDA 3K6WA 1ZBMA 2B3BA 3KGCA 3GLBA 1LCFA 5DEXB 3O6IA 3PV0E 4THIA 4QFKA 3TCHA 5I56B 1B4ZA 1Y1ZA 4XTCQ 1P1WA 3T66A 1T0KA 4P0GA 3R26A 2I0CA 3K6VA 1SW4A 3V83A 2QS1A 3H03A 1BLFA 3PPRA 3O6PA 3K02A 5J1DA 3WAFA 3OEMA 1B40A 3BFTA 2I48A 3OO8A 3USDA 2Q88A 5L9OA 4NF6B 3TTKA 3MJNA 2RCBA 5K2YA 1IXIA 4IO2A 4BDOA 1XC1A 1PC3A 4QRZA 3MPLA 3FASA 2OWTA 1MQJA 3LBSA 3TEPA 3JV9A 3MVZA 3V89B 4ECFA 4EUOA 3RYAA 1URSA 4XKRA 2UVHA 2Y7KA 2PBWA 1MS7A 3L6GA 4IB2A 4KI0E 2F78A 4FAJA 3VV5A 1S9TA 4QFNA 4KFQA 1LFIA 3H6TA 4R73A 2XXPA 3C33A 2HEUA 1QW0A 1PB9A 1JEUA 1AL3A 3H6UA 4YU0A 3ZKLA 2F6GA 5TP9B 3V8XB 1ZMGA 4LUBA 1CB6A 3IB0A 3MVWA 4NF8A 2O6AA 3TQWA 3KJ7A 3Q27A 2DOJA 3TPAA 3MQ9A 1Y9UA 2LAOA 2XD2A 2A5TA 2PMSA 1LB9A 3S9MC 5FHNA 4Q30B 5EYFA 5FHOA 3ONMA 2P2AA 4C1UA 3DRJA 4R6HA 3H6WA 3MP1A 4F1VA 4ZEBA 1IZ1A 4R2BA 1B0HA 4X1BA 2X7PA 2CZLA 3OSRA 3VDFA 2VD2A 2OCUA 1VR5A 1DTZA 3OO7A 2DXRA 3B6QA 1RYXA 4P11A 3OO6A 4PE5B 2XX8A 4ELOA 4OETA 1XT8A 4ZEIA 5DEXA 4L17A 5H8QB 5I59B 3RT6B 3FGSA 3LR1A 3CG1A 5I56A 3DP8A 4WXJA 1IITA 4I9DA 3H3GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UVJA 4ONYA 3VFJA 2WOPA 1O63A 5IZ3A 3D4CA 3FV2A 4F39A 2WOKA 4OVJA 2XXRA 5CMBA 3FJ7A 3LSLA 1MQHA 1PBQA 1NV0A 3EPEA 3MZBA 2Q2AA 5CRYA 1MH4A 3K00A 1I6AA 4NWDA 4PFIA 4XKNA 4N91A 3CVGA 4NF6A 2RC7A 1MQDA 4R9FA 1QJMA 2R6GE 3QMFA 1INPA 1FPEA 5CMMA 2Q8JA 4MH5A 5JK4A 4N6PA 4O7MA 4R6YA 3G7WA 3GYYA 1FPGA 3S9LC 3K0VA 4H46A 2NWJA 1JVYA 3G3JA 4F2OA 2PT2A 5LDZA 3MC2A 4YMBA 3VLUA 4G8NA 3IB2A 4OFJA 4O8MA 2WBBA 3PAMA 2MKZA 3ECRA 2PCRA 1B4HA 3OO9A 2GFEA 2QJEA 5H8HB 2XA5A 4GVOA 4AB5A 4GL0A 4OVQA 5EQAA 2XWIA 4IO3A 5ELVA 3CFLA 1DBZA 2R8TA 4F19A 4U4SA 2XWKA 4BDQA 1FPBA 4KPTA 1VFEA 4LVQA 4NGUA 1LEVA 5TP9A 2YLNA 4PBQA 1Q35A 3OMBA 3DRFA 2WKYA 3I6VA 4K3FA 1FBFA 5EQ8A 5LTCA 3MVXA 4ZECA 2Y7IA 3W15C 3IFAA 2OLBA 1NV6A 2ZMBA 4F22A 2PYYA 1LBXA 1JP4A 1FTKA 3RUMA 5FBPA 3DELB 1TWYA 2I49A 4Q0CA 1EYJA 4YICA 2XXYA 1G0HA 1GVCA 3O97A 1BTJA 5L9SA 2ALUA 1QKBA 5H8SA 1FQEA 2VP1A 1LFGA 3DP6A 2F3BA 3CSGA 1QULA 3DRKA 4OZ9A 4H8IA 3DRGA 1NUWA 3FTOA 4C0RA 2HPGA 4OVTA 4KYEA 1MM7A 1URDA 3CI8A 2HZLA 2GQ1A 2QS2A 3Q29A 2WYKA 4ELQA 1EZPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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