3CI8A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with vitamin b3 (niacin) at 2.4 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal binding protein
publication title Crystal structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with vitamin B3 (niacin) at 2.4 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 111
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ci8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ci8A02
3F11A 2Q88A 5A5XB 1MDQA 1DPEA 3CG3A 1SVXB 1LBCA 5F7VA 1MY4A 1DTGA 4GXAA 1EZOA 1UTBB 3Q26A 2OZZA 3U93A 1AMFA 1Y1MA 2DWJA 4GQOA 5KCJB 2V25A 1FTOA 1Z7ME 3K2DA 2DYXA 3U92A 5HPQA 3CFXA 3R7XA 1IITA 1OVTA 4DZ1A 3DM0A 3O6GA 3DP6A 4RPOA 1DMBA 4IO7A 3IO4A 1J1NA 1MH3A 1M5DA 4XKNA 1JQFA 3FGSA 2XXTA 5H8FB 1UIVA 3C33A 1B2HA 1POTA 2F5XA 3VLWA 4IO6A 3FZVA 3CI8A 4YKKA 2QS1A 4OERA 1M5EA 4JB7A 1POY1 2GH9A 1MY2A 3FD3A 1B7HA 3C34A 2Q8JA 3TTNA 1EU8A 3TMGA 4HW8A 2YPNA 3QAXA 3FJ7A 1A54A 2PBWA 2O1MA 4FEDA 4HS7A 3HPIA 3ONMA 1M5FA 2QSXA 5H8HB 3CSBA 1Y4TA 3KN3A 3WAFA 4LQ5A 4YKIA 4MF3A 4F19A 2P0SA 2PX1A 1D9YA 1MXVA 1LB9A 1UTHB 2XD3A 3M3FA 1PB9A 3LSXA 3FV1A 1H44A 3W9WA 4NF6A 3H6WA 3QUJA 5ITPA 3MP6A 4GL0A 4R9GA 3UGWA 5JEIA 1IXIA 1P1OA 1Y3NA 3TTKA 3K0VA 3S9NC 5DTBA 4OEVA 3K01A 3WAEA 3IOTA 4TOZA 4BDNA 1MQGA 4R6HA 1MXYA 1NH7A 5LOMA 4NF5A 4R75A 1A8EA 3KJ7A 2DE4A 1SBPA 1SYHA 4ZECA 2M8CA 1GVCA 1Q35A 1Y3QA 4KYDA 3OSRA 4BDRA 3FJMA 4GFRA 2IA4A 3VXCA 3A09A 2V3TA 2H99A 3N5LA 2ZYMA 2D21A 5B7DA 3KG2A 4RYAA 4OTEA 3K6UA 3B6TA 4C1TA 3LBSA 3G7WA 5I59B 4MLQA 1ANFA 4WKMA 3OMBA 3DP8A 3K6VA 4EF2A 2HXWA 4YICA 2XXYA 3H06B 3SEWA 1S50A 3JYRA 3C4MA 3MQ9A 3OO9A 4F3GA 3VV5A 1RYXA 2UVHA 4LP2B 3SESA 4DIGA 1OIBA 3G3JA 3M3KA 4F31B 3FASA 5AA2B 3BFUA 1MPCA 1QULA 1BKAA 4GIZA 1MXXA 5FHMA 2ZNSA 2I0BA 4PFWA 1ZU0A 4KYEA 5H8NB 4BDMA 5AA2D 5M2VA 1VFDA 2ZYKA 3K00A 4G77A 5TU0A 1LSTA 3QYTA 2UVJA 4GRKA 1D3KA 1Y9UA 5BUUA 5CI5A 4C1UA 1WDNA 1JW5A 3MC2A 4QFNA 4FIMA 4YMAA 2GHAA 2PMSA 1WODA 2AYSA 1F9BA 1IEJA 1B3EA 1A40A 4LA9A 4UA8A 1R9QA 4NF8A 2E1SA 2O7IA 2OK2A 1A55A 1FQFA 4EXLA 3ILTB 4ESXA 3LSLA 4IY6A 3H7MA 3ZSFA 3EQ1A 3UP9A 2RCBA 4IGTA 2Q9TA 4EUOA 1PC3A 3OO6A 3B6WA 4O3AA 2ONSA 4GVOA 3DELB 1B3LA 4OHNA 5DT6A 2F97A 3JZJA 3SETA 1FTKA 1QVSA 4OFJA 3PMVA 3GLBA 4JDFA 4M1VA 2RC8A 2DVZA 4FJPA 1N3WA 1XC1A 4IO5A 2PYYA 4QHQA 1P1NA 2A5TA 2RC9A 2NVUB 3OELA 3SEVA 1MQIA 4BDLA 3G3GA 1FCKA 2PVUA 4XTCQ 3KJTA 5IAIA 1XVXA 1HSJA 5IKBA 2QPQA 4ELPA 4R72A 5JK4A 3VVFA 3IOVA 4G68A 2XXUA 3PUXE 4U1ZA 4BDQA 1Y4CA 1II5A 3O6HA 3VFJA 3RY3A 3Q25A 4E0WA 4R74A 4PFTA 1B0LA 3D4GA 2RKMA 1EZ9A 3V8XB 3TCHA 4U4SA 2LAOA 1YAEA 3ZS6A 4LATA 4N13A 4N07A 3QUFA 4U1OA 2HZKA 1MQDA 1JEVA 1JW4A 3T66A 1P1UA 3PV0E 3KSJA 3VE1B 2P2AA 3RGYA 3G3KA 5CRYA 3T22A 5I84A 4OFLA 3T9UA 4GL8A 3IB1A 1PBPA 1OLCA 2RCAA 1ZMGA 5ELVA 5AA3A 1MM7A 2FA7A 3TYHA 3S9MC 3IOUA 4NMYA 4MH5A 1QW0A 4ZE9A 5TP9B 3LUYA 2H4IA 3FUZA 3I5OA 4O3BA 2AL5A 4WEDA 1IXGA 2F34A 1I69A 3T96B 1MRPA 4TQUQ 1JVXA 4P0IA 3VVEA 1B5JA 1SDXA 1KWHA 3V89B 2KLFA 4QRZA 2V3QA 3C31A 2VHAA 1PDAA 3G3IA 4I8CA 5HBCA 3P7IA 3I3VA 2XD2A 4IGRA 5KDTA 5AA4B 1FTMA 4XKPA 1SW2A 2OJTA 4F39A 1IIWA 1TT1A 4YZZA 3I6VA 4F3SA 3EHTA 2DE2A 4YAHX 2HZLA 1XVYA 1BLFA 4O3CA 1I6BA 4X9TA 3GBBA 3Q27A 4YB5A 3TTRA 5JTYA 2OWSA 3QK6A 2VGQA 2XXRA 4RJZA 2R9JA 3FVKA 1ZKBA 5ICQA 1D9VA 3H6UA 3PGFA 3H4ZA 3IR1A 4G8NA 2ZYOA 3SEUA 3U1OA 1URGA 2NOOA 3CFLA 1BIYA 4OQOA 2I4BA 1ATGA 4ELRA 4QSEA 4LZ7A 1MQJA 4ZZAA 2XXIA 3EPEA 3UA8A 4GF8A 1SQYA 4L17A 1B0HA 3U94A 2Y7KA 5FTHA 3TZAA 4U2RA 3L6HA 5I56A 2DWAA 3QIMA 2H5YA 3FJGA 3E3KA 4Q8RA 4G2ZA 1EH3A 4NF4B 4DLDA 3MZ9A 3R6UA 1O7TA 3KOSA 2QMXA 3OEKA 4KQPA 4NF5B 2G29A 1LAXA 5DYHA 3CRBA 5I2KA 4IO3A 4R9FA 2GRVA 1YTVA 4H6DA 1B1HA 2V93A 2B3BA 4H65A 2DVCA 4THIA 4U21A 1PBQA 1DTZA 3HO7A 2NUVA 4IB2A 2XXHA 1USYH 3O2AA 4JSDA 3UK4A 5TPAA 3MPLA 4NEDA 1NNFA 1UTBA 4ZEKA 1ZBMA 3MVYA 2NWJA 2Y7WA 1NNTA 3R26A 4G68C 3K1PA 2QS2A 1LFGA 5KCJA 1B05A 2XXVA 1B6HA 1USYE 2QJEA 4I1DA 5K2XA 3ECRA 3RPWA 3FVOA 4LQ2A 4EQ9A 3V5AA 4XKQA 1N04A 2QMWA 4NWDA 1FTLA 5H8FA 2Z8DA 3SKPA 2O51A 3MVWA 2VP1A 2QL3A 1I6AA 1URDA 4F1VA 3CVGA 4YKPA 3PPRA 1NKXA 3DLNA 4U4XA 4KYSA 2F36A 3S9EA 1MG1A 2ONKE 3MZ1A 4EXKA 2HQ0A 2THIA 4FATA 1FW0A 5I58A 1FTJA 2GHBA 3PUWE 1GV8A 2ONRA 3H6VA 2F78A 4FECA 2X26A 3IX1A 1H76A 1WVJA 5I57A 4RY1A 1H45A 1D4NA 4X1BA 4RK9A 5H8HA 2XXXA 4P11A 1TWYA 3PD8A 2ZNTA 1NH8A 5AE4A 2X7PA 3MVXA 3SDFA 3VVDA 2ZXTA 2XXWA 3FV2A 1MPBA 1UTHA 1MPDA 1VE4A 3TQLA 3TKDA 5FHOA 3VLVA 1JNFA 1O64A 2I48A 1XT8A 1Y20A 2A5TB 4GOTA 1B5IA 4R2BA 3IK6B 2Q89A 5DVJA 2E0SA 5DEXA 2Z8EA 3FXQA 1OQGA 3S4UA 3KFMA 3TEPA 3G3FA 4ELQA 4POWA 2XX7A 3OXNA 4OVJA 4YU0A 1N76A 5CC2A 4QFLA 3H3GA 4KPTA 1MXWA 3JV9A 1GGGA 4JXIA 4MFIA 3E4RA 1N84A 1ZLQA 2Q2AA 4ZS9A 4KCCA 3U8QA 3KGCA 2DP8A 3H6TA 3OOAA 4WEPA 3T9XB 1B7ZA 1MY1A 2D5WA 4FE8A 3O29A 4OZ9A 4K3FA 2O68A 1MDP1 4KR5A 4GLIA 3CFZA 4R2FA 1SI1A 1B51A 3TFLA 1JETA 4OMBA 2OWTA 5EYFA 5I59A 3GZGA 1IZ1A 4PETA 4ZEBA 2O1LA 2PT1A 1H3DA 2H9BA 2I0CA 2Z22A 3K6XA 4H5GA 2DOJA 1CB6A 2R71A 3TQWA 5L9SA 3TCFA 4Q30B 4Q5TA 4F1YA 2X7QA 2O69A 1IUDA 3PPQA 3USDA 3OO8A 1P99A 5AA2A 3BFTA 1LFIA 2P1SA 3TAJA 3GXAA 4KI0E 3IORA 2WKYA 1ZIUA 4RNSA 4WXJA 4X1DA 5I2NA 2ZYNA 5KDTB 1DSNA 3A3CA 5H8QB 2REGA 1Y1ZA 1JVYA 2I3WA 1FQDA 2NXOA 3KBRA 4PP0A 1TFDA 3TELA 3KSXA 3MP8A 1OQHA 1AOVA 2RC7A 3SERA 5H8SA 3CSGA 3BKIB 3LR1A 1EZPA 5B70A 2DE3A 1A7LA 1ZTYA 4OETA 3L6GA 4F2QA 4PQJA 3CG1A 1JW1A 1AIVA 2OLBA 4KFQA 1VFEA 4POXA 3TCGA 4EQ7A 1RYOA 3FXRA 4EDPA 3M8UA 2UYEA 3VLUA 1A8FA 1FQAA 3C9HA 3TDJA 3MZBA 3EHUA 3D4CA 2I58A 2RF1A 3VXBA 3LSWA 5AA1A 1AL3A 3CR9A 1Q1KA 3CIJA 4AB5A 4NE4A 4TLMB 3T93B 4ZEDA 4U22A 4P0GA 2ZNUA 5I56B 1S9TA 1LCFA 1MM6A 3PUYE 3O6IA 3TUSA 1N7XA 1BP5A 3TPAA 1Z7NE 3C32A 4R6KA 1B7UA 2AIXA 3RQTA 1NL5A 3UORA 2ALUA 3E9XA 3FVGA 1IXCA 4LZ5A 2DS9A 2F8DA 3IB0A 3PUVE 3O97A 3EHSA 3SEXA 2QRYA 1TFAA 4OENA 4RK2A 1LGBC 2CMOA 4JWOA 2UVGA 1T0KA 4OYVA 3HV1A 3ZKKA 4PFUA 2Z8FA 2B65A 3ZKLA 5TPAB 3HHGA 3PD9A 2CZLA 3RNNA 1B40A 1URSA 1HSLA 4ISUA 4GWOA 3QXMA 1PB7A 1QUKA 5CM6A 4NF6B 1NFTA 2H98A 4Z0IA 1ZJLA 1HSEA 2HEUA 4JSOA 4IO2A 4DXCA 1OLAA 3KZGA 4QSDA 3BBRA 2XXPA 2VD3A 3N6TA 3PPNA 3B7DA 1IQ7A 5ITOA 5TP9A 3THIA 2UXAA 1MH4A 4QF9A 1XOCA 4H67A 3PMXA 3N94A 1VSOA 1FQCA 5CMMA 3U72A 3ILUB 4U23A 3KOTA 4GXSB 2GFEA 3TTMA 1VR5A 4E0XA 1UIUA 5CMBA 5I58B 2F6GA 5AA4A 4ESWA 3RLFE 3M3LA 3FXUA 4HTGA 1QJMA 5DVFA 5A5XA 5F1QA 4NWCA 1FQBA 1B3HA 1NNPA 1B58A 1SW4A 4DXBA 4F3BA 3IJXB 4X48A 4EF1A 5I57B 3K4UA 4F3PA 1B4ZA 1S7YA 1YCJA 3IB2A 4MBPA 3C36A 2UVIA 5L8DA 3OO7A 4DXUA 1DPPA 3OEMA 1MXZA 4IO4A 4PFYA 2R6GE 1N3XA 2YLNA 4ZZEA 3KN7A 1O63A 3HN0A 1ELJA 2QS4A 3LSFB 2F7BA 2Z23A 3FVNA 2ZMBA 4M4GA 4AQ4A 4OESA 2QS3A 2XX9A 5DEXB 3SEYA 3RT8A 1PB8A 2Y84A 4IY5A 3W15C 4LUBA 4YB6A 4XXUA 1LFHA 3B6QA 4NF4A 4ELOA 4F29A 4ZEFA 2I3VA 3KEIA 4OEUA 3N26A 3OENA 4MLVA 3UN6A 4FAJA 4NF8B 4LVQA 3MBPA 1B4HA 4Q0CA 5ICTA 1NMUA 2A5SA 4ND9A 1QUJA 3FIRA 3PPOA 5ISUA 4QSCA 1MS7A 1R1NA 1Y3PA 4I62A 2G93A 4F1UA 2VOZA 4PE5B 1P1WA 2ESNA 2IEEA 4OXVA 4H0WA 3IAZA 5CBRA 4DCXA 3E13X 2F7AA 5K2YA 3RT6B 2XXQA 4FEBA 3MPKA 1US5A 1SYIA 3OD7A 2H25A 4G8MA 4LZ8A 2HAUA 4JBZA 4YB7A 1LLSA 1YPNA 1NNKA 1XHYA 2DSFA 1BTJA 2Y7PA 3MVZA 4G68B 3DP4A 3K6WA 4F18A 5BWJA 3IL1B 3K1NA 1H43A 4GD5A 3MUQA 4JWXA 4YMBA 3S2VA 3PU5A 1SW5A 5I2NB 3TTLA 4OWDA 3PMWA 2W7YA 4YKJA 1B3FA 3EN3A 5CMKA 4HCYA 2HCAA 4FORA 3O66A 5EHSA 2FNCA 4ONYA 3W9VA 4AB6A 1PEBA 3T9HB 4LONB 4XIGQ 3H03A 1FQEA 3G3HA 3HCQA 1DOTA 5CBSA 3MJNA 4QFOA 4R6YA 3C35A 1QUIA 1UQWA 1M5BA 1MQHA 4KHZE 2I4CA 4DDDA 4Z7EA 1P1QA 1RKMA 1GR2A 2O7UA 4ZEIA 4EQBA 1N7WA 4KCDA 3KN8A 2DWHA 5HM4B 1CE2A 2FYIA 4BDOA 1IXHA 2PT2A 3N6UA 4H5FA 5L9MA 2RINA 3VDFA 3AXFA 2DXRA 4H1XA 1B3GA 4G4PA 3PPPA 3ODBA 3RUMA 4ECFA 4JWYA 5H8NA 3S9LC 3MP1A 1LAGE 4C0RA 1I6QA 3QSLA 1LBBA 1B9JA 2B3FA 2O84X 1SI0A 2XHDA 2DQVA 5FHNA 2DWIA 1US4A 3IJOB 1M5CA 2OCUA 2F35A 4OFOA 5FTIA 4QFPA 4ZE8A 3HHFA 1MY0A 1LB8A 1OMPA 3K02A 1B46A 4G8HA 4DCYA 3V83A 3RTFB 5EHMA 2Y7RA 2Y7IA 2ABHA 5CMCA 2UYFA 1A99A 1B5HA 1L5TA 5JTYB 4RXLA 3MW0A 4HCWA 3O9PA 4H8IA 2Q2CA 5DVIA 1GTKA 4N6PA 1TXFA 3IOWA 4DE8A 4QFKA 1R9LA 3PUZE 3RTWB 2D3IA 3MWBA 2V3UA 1LAHE 1SD3A 4RA1A 3TODA 4F22A 3LC8A 2F7CA 2VD2A 2OBGA 4I9DA 4R73A 2O6AA 1JEUA 3T9VA 2I49A 3Q28A 3A3UA 2I6EA 1B52A 1N0TA 1OVBA 3Q29A 2DXYA 2AL4A 4ZDMA 2HAVA 3HSTA 3UIFA 5L9OA 1AH5A 3GBAA 1MXUA 4H8JA 3MAMA 1SW1A 1LAFE 2XX8A 2V84A 5KZTA 3FATA 1B32A 3O28A 4RPNA 4XKRA 2BJJX 4KD5A 3OSQA 3RN8A 2HFBA 5I2KB 4UACA 5J1DA 3EF7A 1LCTA 4F2OA 4TLLB 1QKBA 2ANJA 4BLAA 1B1XA 3K1MA 2YJPA 1XS5A 1QKAA 5H8QA 1MY3A 2REJA 2F6PA 1R6ZA 4NTLA 3IO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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