3CI8A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with vitamin b3 (niacin) at 2.4 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with vitamin B3 (niacin) at 2.4 A resolution
rcsb
total genus 111
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ci8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ci8A02
2REGA 1JEVA 2Y7WA 4HCYA 3SEXA 2DWHA 4EXKA 2I4CA 4F39A 2HAUA 4HS7A 4UACA 2XXQA 1O64A 2V93A 3PUXE 3EN3A 1MQJA 1MXYA 1MH3A 1Y4TA 3TFLA 5DEXA 1I69A 2XXUA 3TTNA 1LB9A 3EQ1A 1B3LA 3H06B 3H3GA 1XHYA 3RPWA 3WAFA 3K1PA 1B2HA 1MH4A 5I59B 4U22A 3UORA 1QJMA 3THIA 3HO7A 4RJZA 1DMBA 3TYHA 3UN6A 3QUJA 2DE2A 5FHOA 4YB6A 5I84A 4RK9A 3JZJA 4IO6A 4F1UA 2F5XA 4QFKA 5AA2A 3EPEA 1IXCA 4KFQA 4YU0A 3IO6A 4YICA 2DVCA 4ONYA 3TCHA 2GHAA 4Z7EA 3M3KA 1GTKA 4R75A 4ECFA 2QSXA 3PU5A 4EQ9A 2P2AA 2ZXTA 4IO5A 1B7ZA 4TOZA 2OLBA 2R6GE 4JWYA 4NWCA 5AA4B 3OSQA 1RYOA 5H8NA 3KGCA 4YMBA 2WKYA 3G3IA 3FASA 4OQOA 1P1WA 1AL3A 1URSA 4NEDA 1S9TA 3ODBA 4YMAA 1OQGA 5DVIA 1B7UA 2I49A 4OEUA 1MXZA 3A09A 3K02A 4KYEA 2Z22A 1H43A 3IOWA 2ZYMA 1XVYA 4GFRA 3PUWE 5A5XB 4ESXA 1SYHA 3SETA 1FCKA 5TPAA 1HSLA 1P99A 2DXYA 1UTBB 1MY3A 1SI1A 4KD5A 3VXBA 1N0TA 3PUVE 4LP2B 3C34A 3R6UA 3T66A 2XX8A 3UP9A 2O1LA 3R7XA 4E0XA 2O68A 3JV9A 5I2NA 1EH3A 5FHNA 1ZJLA 4NTLA 4IB2A 4YB5A 2M8CA 4JXIA 1DSNA 3G7WA 4OEVA 2PYYA 1ZLQA 3HHFA 3Q28A 3MBPA 4HTGA 4QSDA 5JTYB 2DE3A 1DPPA 4R6YA 3VVDA 3FXQA 3PPNA 1FQBA 3KJTA 5KDTA 1QVSA 4H5GA 4ZEKA 2XX7A 5H8SA 4E0WA 2FNCA 4H65A 3MPKA 1AMFA 1UTHB 1TFDA 4GQOA 1MXUA 3Q27A 5ITPA 4JSOA 2G29A 1URGA 2Q9TA 3VXCA 3FJGA 4OTEA 3LR1A 4JSDA 3R26A 2FYIA 1B4ZA 2XXVA 4IGTA 4F2QA 2I3WA 5B70A 2H4IA 4H67A 4N07A 5DYHA 4GL0A 3CIJA 4RXLA 3VLWA 2XXYA 1PDAA 4TQUQ 1H45A 2F78A 4R2BA 1SW5A 1M5BA 2DWJA 4RY1A 4AQ4A 2QMWA 1NL5A 5EHMA 3VFJA 4P0IA 3T9UA 2A5SA 3TTRA 2AIXA 5BUUA 2RF1A 4RPNA 4U1ZA 2ESNA 4PFUA 4THIA 3ZKLA 5I56B 2I6EA 2R9JA 5KCJA 1GR2A 2NOOA 3ECRA 4H8IA 5H8QA 2Y7RA 4F2OA 2UVGA 3ZS6A 4LZ5A 3MZ9A 1DTZA 1Y1MA 2F34A 3OO9A 3QYTA 2A5TA 2QRYA 3T22A 1Y1ZA 4ZS9A 1NH8A 1LAHE 3G3FA 4MF3A 1O63A 1ZKBA 3IJOB 1IIWA 1WODA 4HW8A 1POTA 1VE4A 2PT1A 3O29A 1D9VA 3K6XA 1B6HA 2DYXA 1PEBA 1IEJA 4DXCA 3KJ7A 4C1TA 2CZLA 2F7AA 1B05A 3TEPA 2ZNUA 4IO3A 4QSEA 4R73A 3UK4A 2XXWA 2NWJA 4GLIA 1OLCA 5I59A 4WKMA 1QULA 5CC2A 1JETA 2H5YA 3OO6A 2X7PA 2V84A 1R1NA 4PP0A 3TCGA 2O6AA 4IO4A 4RYAA 4NF8B 1MQIA 3B6QA 4DCXA 1SD3A 3FVKA 4JB7A 4RK2A 3ILTB 4R74A 2Y7IA 3KN3A 4IO2A 3HV1A 3EF7A 2Q8JA 3KN8A 4PFTA 3RT6B 3IR1A 3MVWA 3G3JA 4FATA 3GZGA 3KSXA 4H6DA 3PUZE 1LAFE 4O3AA 2Q89A 2X26A 2B3BA 1MPDA 1IUDA 3QUFA 5AA4A 3V89B 4R6HA 3RLFE 5L9MA 3WAEA 1B3GA 4F3PA 4JBZA 3KN7A 4DE8A 3DELB 3V8XB 5ICTA 2O1MA 1M5CA 3VLVA 1SDXA 2I0BA 4F18A 3C35A 1NKXA 3MZBA 4R2FA 4Q5TA 3LSFB 3U1OA 4LONB 4MFIA 3C9HA 3U72A 3CR9A 5I2KB 4EF1A 1FQFA 5A5XA 3OSRA 2DOJA 1LFGA 2Z23A 1SBPA 5EYFA 4QSCA 1UTBA 2NUVA 2O69A 3O6HA 2ZNSA 5DVFA 4QFNA 2V3QA 1B5JA 4EF2A 3QK6A 2HZKA 3RQTA 3CG3A 3CFZA 4NF6B 4WEDA 1MPBA 2OCUA 1SI0A 1LFHA 3P7IA 4PFYA 2Y84A 3CSGA 1ELJA 4FIMA 1OVTA 1AH5A 1B1HA 1Z7ME 4FAJA 3TPAA 4QRZA 2DP8A 3LC8A 4ELPA 4P0GA 5JTYA 4QFOA 5FHMA 4RA1A 3L6HA 3H7MA 5B7DA 3VVEA 2XX9A 2HZLA 4AB6A 3CVGA 1Y4CA 3K2DA 3Q25A 2B3FA 2QS1A 1JNFA 4OFJA 4DLDA 1A99A 2DQVA 3TUSA 1UTHA 1LGBC 2PX1A 1FQCA 3S9LC 4KI0E 1A54A 2E1SA 2ALUA 2B65A 2RC8A 4OFOA 3C33A 2HCAA 1TWYA 1LFIA 3OEKA 4Q30B 3LSXA 2KLFA 3KEIA 3RN8A 2XHDA 3EHTA 4BDOA 3TCFA 1OMPA 3N6UA 2IEEA 4P11A 2DSFA 1VFDA 2ANJA 2ZMBA 4O3BA 3TQLA 2I0CA 1NNKA 3LUYA 3K00A 2VD3A 4X48A 3RUMA 3FXRA 3L6GA 3OMBA 3H4ZA 3VVFA 1GVCA 2RCAA 1FTMA 1FQDA 3Q26A 4POWA 1HSJA 5I56A 4DXUA 3MVYA 5L8DA 4G8NA 4F29A 1MRPA 2CMOA 4F31B 5KZTA 1MPCA 2REJA 3T9XB 3GBAA 4H1XA 1Y3PA 1D4NA 4ELQA 1Q35A 3MVZA 3PMVA 3QXMA 1NNTA 3N26A 3SEVA 1JVXA 1B5HA 3QIMA 3TQWA 2QPQA 1Y9UA 4RPOA 1WVJA 1PC3A 4MLVA 1A7LA 2QS2A 1N84A 1US5A 1N04A 2Y7PA 1LLSA 4I8CA 2OBGA 1R9QA 3MPLA 5H8FB 3OEMA 4OFLA 4PFWA 5AE4A 4GRKA 1BTJA 3H6TA 5L9SA 3USDA 1SW2A 1Z7NE 1SVXB 4JWOA 2UVHA 3MW0A 4I9DA 3TTLA 2UYEA 4KYSA 1CE2A 3PD8A 3FVGA 1SYIA 4FEDA 3IB2A 1D9YA 4NF8A 4DXBA 3FV2A 4DIGA 1ZTYA 2THIA 3MVXA 2QJEA 3K6VA 3OD7A 4BDLA 4YAHX 3IX1A 3K1MA 4EUOA 1P1OA 4YKPA 2VGQA 1QKAA 5CM6A 4U4SA 3ZSFA 3FXUA 4KYDA 1IXIA 5H8HA 3VDFA 2I48A 4ZECA 4M1VA 2VD2A 3KG2A 3D4CA 1VFEA 4GXAA 1GV8A 1FTKA 4EXLA 2Z8FA 3EHSA 3IORA 1JEUA 4KPTA 5I2KA 1MS7A 3K01A 1FW0A 2V25A 2Z8EA 3MP1A 4ZE8A 1PBPA 5I58B 2XXXA 3UGWA 3FGSA 5JK4A 3H03A 1P1UA 3KZGA 3S9MC 4EQBA 2H25A 3OXNA 4IY6A 3RTWB 3O2AA 3DP8A 5HM4B 1H76A 3E4RA 3UA8A 4NF6A 1EZPA 4U4XA 4WEPA 4ELRA 4OZ9A 3FATA 3S9EA 5AA2B 1USYH 4XKQA 1S50A 1UQWA 2HAVA 1OLAA 4QF9A 3MAMA 2I58A 1M5DA 1US4A 3PMXA 4DCYA 3MZ1A 1XOCA 4G8HA 2D3IA 4GL8A 3ONMA 1LB8A 1MM6A 4R72A 5HPQA 3MC2A 4KHZE 2XXPA 2X7QA 1XS5A 4XTCQ 5FTHA 1A55A 2VP1A 2OZZA 2GRVA 1DTGA 1IZ1A 1N7XA 1FTJA 3H6WA 5FTIA 1F9BA 2DE4A 5CMBA 2HXWA 5TP9B 1B5IA 1URDA 3VV5A 3KSJA 3QAXA 1B51A 4F3SA 3K6UA 3D4GA 3HHGA 3S9NC 3M3FA 3RGYA 2BJJX 2D21A 4I1DA 1OQHA 2HQ0A 3N5LA 4RNSA 5TPAB 1PB8A 1YTVA 1TT1A 3DP4A 3DM0A 3SEYA 3O6IA 5TU0A 3H6VA 3O66A 4N13A 1WDNA 1CB6A 1LCFA 3TZAA 3IO4A 1DPEA 2H99A 3IOVA 2DXRA 2VOZA 3BKIB 4Q0CA 3ZKKA 1VSOA 3M8UA 1MXWA 3H6UA 1Q1KA 1SQYA 5F7VA 3RNNA 3IK6B 4G77A 1FTLA 4BDNA 1I6BA 3OENA 3UIFA 2QMXA 4EQ7A 4BLAA 1B0LA 1IQ7A 5ELVA 2VHAA 1ZU0A 4LA9A 3BFTA 1M5EA 3PPQA 4BDQA 1EZOA 1PBQA 3KFMA 5KDTB 1D3KA 4LQ2A 4DZ1A 2D5WA 1O7TA 2W7YA 2F7BA 4GVOA 4OENA 3PPRA 3V83A 4IO7A 4ZEDA 3O6GA 4R9FA 3FJ7A 3HN0A 5CI5A 4M4GA 1Y3NA 4NF5B 1MY4A 5H8FA 3FD3A 4ND9A 4OESA 3K1NA 4X1DA 4H0WA 1TXFA 4F1YA 3BBRA 3MUQA 2OWTA 2Q2CA 1Y20A 5ICQA 4ZE9A 1BP5A 2H98A 1NNPA 4ESWA 3TMGA 1EU8A 3PV0E 3TAJA 1DOTA 5I57B 4F3GA 2O84X 3T96B 1I6QA 2I3VA 2DS9A 4F19A 4GF8A 3OO8A 2F36A 3CG1A 1II5A 1YPNA 4MH5A 4ZEFA 1UIVA 3IAZA 1MG1A 3N6TA 1QKBA 3HCQA 5KCJB 1MY0A 4PE5B 4YKIA 2E0SA 4ZDMA 1A8FA 2PMSA 1B58A 3U92A 2QS4A 3CFXA 1LAXA 1FTOA 3OELA 4NWDA 1A40A 3E13X 2Y7KA 1QUIA 3SEUA 3VE1B 2OJTA 1KWHA 3N94A 4PQJA 4WXJA 2AL4A 3MJNA 2XD3A 1IXGA 4KQPA 4JDFA 4U1OA 3RT8A 3PMWA 5I58A 2IA4A 1B0HA 3TTMA 3KBRA 4BDRA 3I6VA 2R71A 4Z0IA 5ISUA 1JVYA 4LVQA 5M2VA 3GBBA 2YJPA 2XXRA 2UVJA 3FZVA 3FV1A 3BFUA 4G68C 1JW5A 4ELOA 5CBRA 4U23A 1B1XA 2F97A 3SKPA 4G2ZA 5IKBA 4ZZAA 4LZ8A 2QS3A 1N76A 3B6WA 3A3CA 4X9TA 3PGFA 4QHQA 2PVUA 3CSBA 1T0KA 3TTKA 1XVXA 2DVZA 3GXAA 3IL1B 1MQHA 4R9GA 1AOVA 4XKNA 4FECA 4C1UA 3S4UA 2V3TA 1ANFA 1BLFA 4F22A 3AXFA 5AA1A 2XXTA 1LBCA 3W9VA 5TP9A 2GFEA 1QUKA 5K2XA 4KR5A 1GGGA 3B7DA 2DWIA 5J1DA 1B4HA 3G3GA 4G68B 2QL3A 1MXXA 5BWJA 2LAOA 5IAIA 1YCJA 2RKMA 2XD2A 3F11A 3U94A 1MDQA 4NF4B 5CMMA 4YZZA 1VR5A 5DVJA 3M3LA 5EHSA 5DTBA 1M5FA 2Z8DA 2NXOA 2PBWA 3JYRA 1J1NA 1JW4A 3LSLA 5CRYA 4ISUA 1MM7A 1B52A 1ZMGA 3ILUB 4FE8A 4YB7A 2AL5A 4YKKA 3SDFA 3Q29A 1TFAA 2PT2A 3SERA 4ZEBA 3IB0A 3EHUA 4HCWA 1QW0A 4FORA 3PPOA 4FEBA 3MQ9A 4KCCA 2OK2A 2P1SA 2GH9A 4XKPA 2ZYKA 3U93A 2F8DA 3PPPA 1R6ZA 4C0RA 1P1QA 1IXHA 3B6TA 3FVOA 2YPNA 3C4MA 2ZNTA 3FUZA 1JQFA 1I6AA 3HPIA 4N6PA 4LZ7A 4DDDA 2F6PA 4OVJA 1SW1A 3C32A 3G3HA 2Q88A 1UIUA 4U21A 4OWDA 5F1QA 3E9XA 5DEXB 3E3KA 4NF5A 1B46A 4TLMB 2GHBA 5DT6A 4GXSB 1FQEA 3W15C 3VLUA 1N3XA 3T93B 2ABHA 3CFLA 4NMYA 4Q8RA 2F7CA 4GOTA 3SESA 1LCTA 5I57A 1ZBMA 4ZEIA 3V5AA 1HSEA 5AA3A 1H3DA 3DLNA 4GD5A 1RYXA 2OWSA 2NVUB 1BKAA 1B9JA 3GLBA 3QSLA 3CI8A 5K2YA 3RTFB 3LBSA 4OHNA 3RY3A 2ZYOA 2O7IA 3FVNA 1PB7A 4XIGQ 1LAGE 1XC1A 1MQDA 2G93A 3O97A 2ZYNA 3K6WA 3TELA 2V3UA 3U8QA 4IY5A 2YLNA 4GIZA 3KOTA 3OO7A 5H8NB 1S7YA 4YKJA 3PUYE 4OETA 1NNFA 1JW1A 5ITOA 4GWOA 3FJMA 4H8JA 1ATGA 4POXA 1B7HA 3IOTA 3OOAA 1LBBA 2O51A 2UVIA 5L9OA 1MY2A 2ONRA 1MXVA 3O9PA 1P1NA 4LUBA 2Q2AA 3MP6A 4MBPA 3IJXB 3IOUA 1B3HA 2RC7A 4ZZEA 1FQAA 4F3BA 3K4UA 4O3CA 2I4BA 1N7WA 3T9HB 2RC9A 4QFLA 1Y3QA 5I2NB 4OMBA 1USYE 1N3WA 4I62A 2ONSA 1L5TA 4H5FA 2UYFA 4AB5A 1H44A 2ONKE 4NE4A 1RKMA 3PD9A 1A8EA 4F1VA 2RINA 2XXIA 5HBCA 3MP8A 3W9WA 5CMKA 4FJPA 1B3FA 4R6KA 5CMCA 1SW4A 5H8HB 2XXHA 4QFPA 5CBSA 1ZIUA 1PB9A 2HFBA 2F6GA 3I3VA 1POY1 1MY1A 4MLQA 2O7UA 1MDP1 4UA8A 4G68A 5AA2D 1YAEA 4XXUA 1EZ9A 4X1BA 1XT8A 4IGRA 4XKRA 3SEWA 1B3EA 3T9VA 1LSTA 1QUJA 3G3KA 2P0SA 1R9LA 4OXVA 2H9BA 4JWXA 4NF4A 4EDPA 4KCDA 4BDMA 1MQGA 3HSTA 1BIYA 3DP6A 3C36A 3K0VA 3LSWA 2RCBA 2HEUA 1AIVA 4OYVA 1NFTA 1NMUA 2DWAA 2FA7A 3FIRA 4G4PA 3I5OA 1B40A 1OVBA 3A3UA 3S2VA 3TDJA 3O28A 4PETA 4U2RA 4L17A 4G8MA 2F35A 4OERA 1B32A 4LQ5A 3TODA 2AYSA 1NH7A 3CRBA 4K3FA 3KOSA 5H8QB 3C31A 3MWBA 5JEIA 5LOMA 4LATA 3TKDA 1OIBA 2A5TB 2UXAA 1IITA 3IB1A 4TLLB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1SI1A 1LEVA 2CZHA 4KD5A 3VXBA 1N0TA 3PUVE 4LP2B 3C34A 3R6UA 3T66A 2XX8A 2L5VA 3UP9A 2O1LA 3R7XA 4FBPA 4NGUA 4E0XA 2O68A 4X8RA 3JV9A 5I2NA 1EH3A 5FHNA 3T1BA 1ZJLA 4NTLA 1FPJA 4IB2A 2M8CA 4YB5A 4JXIA 1DSNA 3G7WA 4OEVA 4MNIA 2PYYA 1ZLQA 1FBCA 3HHFA 3Q28A 3MBPA 2VT5A 4HTGA 3FBPA 4QSDA 5JTYB 3LUZA 2DE3A 1DPPA 4P1EA 4R6YA 4P56A 3VVDA 4O94A 3FXQA 3PPNA 1FQBA 4QXDA 3KJTA 3PTYA 4MNCA 5KDTA 1QVSA 4H5GA 4ZEKA 2XX7A 2ZZVA 5H8SA 4E0WA 2FNCA 4H65A 1FPDA 3MPKA 1AMFA 1UTHB 1TFDA 4GQOA 1MXUA 3Q27A 5ITPA 4PAKA 4JSOA 2G29A 1URGA 2Q9TA 4PGNA 3VXCA 3FJGA 4OTEA 3LR1A 4JSDA 3R26A 5I7IA 2FYIA 1B4ZA 2XXVA 4IGTA 4F2QA 2I3WA 5B70A 1K9YA 2H4IA 1G0HA 4H67A 4N07A 5DYHA 4GL0A 3CIJA 4MHFA 4RXLA 3VLWA 2XXYA 1PDAA 4TQUQ 1H45A 2F78A 4R2BA 1SW5A 1M5BA 2DWJA 4RY1A 4AQ4A 2QMWA 1NL5A 5EHMA 3VFJA 4P0IA 3T9UA 2A5SA 3TTRA 2AIXA 5BUUA 2RF1A 4RPNA 4U1ZA 1LBXA 2ESNA 4PFUA 5FBPA 4THIA 3ZKLA 5I56B 2I6EA 2R9JA 5KCJA 1GR2A 2NOOA 3ECRA 4H8IA 1FBHA 5H8QA 2Y7RA 4F2OA 2UVGA 3ZS6A 4LZ5A 3MZ9A 1DTZA 1Y1MA 2F34A 3OO9A 3QYTA 1IMCA 2A5TA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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