4PCDA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from roseobacter denitrificans och 114 (rd1_1052, target efi-510238) with bound l-galactonate
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
300
structure length
300
Chain Sequence
SMQEMTLKLGHLANEQNAWHLAAVKFGEELSTLTDGRIAVEVFPNESLGKEIDLINGMQLGTVDMTITGESLQNWAPMAALLAVPYAYKSLEHMDEVASGEIGEQIKQQIIEKAQVRPIAFFARGPRNLTSQRPITSPADLDGMKMRVPNVPLFVDVWSALGASPTPMAFSEVFTSLQNGVIDGQENPLALIRSANFNEVQGYVNQTEHVRSWIYLTIAESTWAKLSEDDQNAVMQAAATAQEYERGLLLESLAEDRGYLESKGMTFVEVDGAAFQAAAKDAVLANVSEEIRPIVESLFS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Solute-binding protein
molecule keywords C4-dicarboxylate transport system, substrate-binding protein
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
source organism Roseobacter denitrificans
total genus 102
structure length 300
sequence length 300
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4pcdA00
4MNCA 4MIJA 2XWOA 4PF8A 5IGAA 4PGPA 4PDDA 5IZZA 4O7MA 2PFZA 4OVPA 2PFYA 4PBHA 4OVQA 4MAGA 2HZKA 4XFEA 5IM2A 2ZZWA 4NX1A 4P8BA 4XF5A 4N91A 4MMPA 2XWVA 4OVSA 4N6DA 4PCDA 4PETA 4PFBA 3FXBA 4P47A 2HPGA 4NGUA 4NAPA 4NG7A 2XWKA 4PAKA 2CEYA 3B50A 4P1LA 2XA5A 4O8MA 4MX6A 4PAFA 2CEXA 2WYPA 4XEQA 4N8GA 4PC9A 4PGNA 2VPOA 4YICA 5LTCA 3U65A 4PDHA 5CM6A 4OA4A 4P3LA 2ZZXA 4MNIA 4OANA 4MCOA 4MNPA 4PBQA 4NN3A 4P56A 4PF6A 4DI3D 2HZLA 2VPNA 4N15A 4N4UA 4MEVA 4NQ8A 4O94A 4N8YA 2XWIA 2ZZVA 4OVTA 4N6KA 5I7IA 2WYKA 4MHFA 4DI4B 4PE3A 4PFRA 4LN5A 2XXKA 4PFIA 2V4CA 4X8RA 4YZZA 2WX9A 4PAIA 4UABA 4NF0A 3GYYA 4OVRA 4P9KA 4X04A 5I5PA 4N17A 4P1EA 4NHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NV4A 3QUJA 5L8DA 1JEUA 3C33A 2GH9A 1QKAA 1UTBA 1N76A 4I9DA 4JWOA 1FQEA 1HSEA 4IGRA 1LGBC 2P2AA 3QK6A 1TT1A 4GWXA 4QFOA 1FQDA 5DW8A 3V83A 3H03A 3MWBA 2F5XA 4PETA 4PFBA 1SD3A 1EU8A 1Y3PA 2P3VA 3PMWA 4P47A 5KDTB 4AQ4A 4R9GA 4GBWA 4GL0A 2XWKA 4ELQA 4UA8A 4IGTA 5ICTA 4OETA 3E13X 1TWYA 4LA9A 2I6EA 3Q25A 1NUZA 5TPAA 2M8CA 2PCRA 1IEJA 3MYUA 3FXQA 5B70A 3MSTA 4HW8A 5I2NA 2O68A 4OVJA 3R26A 2VHAA 1D9QA 4F22A 2ALUA 1D9VA 1OVTA 1FTAA 1LBVA 4PF6A 1IXHA 1N7XA 2ZYOA 2FHYA 3KBRA 4HS7A 4F3GA 3Q28A 2I48A 1AMFA 1H3DA 1S9TA 4PFIA 4ZEBA 2HCAA 3E9XA 4X48A 4OFJA 1SI0A 2A5TA 5K2XA 3RLFE 1INPA 3MPLA 4G2ZA 1P1NA 2XXRA 3MP1A 4JB7A 1MXUA 2BJJX 2X7PA 3DELB 3ILUB 3A3UA 2XXVA 1DPPA 5H8NA 3SERA 2UYEA 4RPNA 1P1UA 5DT6A 5I56A 4QFPA 1UTHA 4NF8A 4MAGA 2XX8A 4G8HA 3GBAA 1NV5A 3GXAA 1GV8A 4EF1A 3HFUA 2ABHA 5I58A 4ELPA 2Y5LA 4ZZAA 2Z23A 1JQFA 1N04A 1KA0A 4KI0E 4GWYA 3QUFA 4RA1A 4KR5A 4U1OA 4U4SA 1USYH 5ITPA 2PT1A 1RKMA 5M2VA 4PAKA 4PFUA 4YMBA 1Q1KA 4P1LA 4MBPA 4QXDA 3E4RA 1FQFA 5IKBA 4UACA 3UA8A 1A7LA 4PAFA 4OFLA 4GD5A 1LBXA 4EXLA 3K1PA 1YAEA 4PP0A 3MP6A 3SEUA 5CM6A 1YZ0A 2PYYA 3IL1B 1PEBA 3RQTA 4MNPA 3MQ9A 3KBZA 2B4LA 1DSNA 1N0TA 4HE2A 4N8YA 2AIXA 1Y4CA 1ZJLA 3H06B 4C1TA 2Q2AA 3QMFA 4JVDA 1MQGA 3LC8A 2FYIA 2GQ1A 2O6AA 2V4CA 3L6HA 2HXRA 4NF0A 3LSXA 5IZ3A 3O9PA 3MVZA 2CZIA 1B1HA 1QUIA 2G29A 3M3KA 4HCWA 4R9FA 4P1EA 1VFDA 5KCJA 2HAVA 2Q88A 4BDOA 3SESA 3FV2A 1ZLQA 3C36A 4IO2A 5ESYA 2ZYNA 5IZZA 4GX3A 3PMXA 4O3BA 4PBHA 4JWYA 4ELOA 1MM7A 3OO9A 2OZZA 4DCXA 5I2KB 4OESA 1LEVA 4Q5TA 3CFZA 3QAXA 1CNQA 3BIHA 3MVYA 4TLLB 1NV3A 1PBPA 3PUWE 2AYSA 1I6QA 1LFIA 1PB8A 1IMCA 1AL3A 3CVGA 3QYTA 2O69A 2CEXA 2V3UA 2Y7WA 3KN7A 5AA2A 3USDA 3G3JA 1Y1MA 5I59A 1LAXA 2Z22A 1FTJA 1USYE 1VE4A 1RDZA 2YLNA 2ZNUA 1MH3A 3T1BA 3TFLA 1CE2A 3CIJA 4F31B 3TTRA 1SQYA 1XT8A 3K6XA 3KZGA 3O2AA 2H5YA 5L9MA 2XXQA 1DK4A 2Z8DA 3ILTB 1B46A 3H4ZA 2ZNTA 1K9ZA 3IOTA 3GZGA 2DWAA 5EYHA 4KFQA 3RNNA 4OXVA 4ECFA 3IX1A 1IXIA 1MPBA 3OELA 3SZPA 5LOMA 4HXVA 4MH5A 5J16A 3WAFA 3HPIA 1IMEA 4MLVA 1MXXA 1D9YA 3F11A 2QVRA 1J1NA 5I3SA 3UORA 5EQ9A 5H8SA 2ONRA 4OHNA 1OMPA 2Y7KA 2VD3A 4DXBA 3PGFA 1LFHA 4R6KA 4LONB 1R6ZA 3FXBA 1IIWA 3HN0A 2PT2A 4OENA 4PFYA 3GBBA 3PPRA 4QFLA 3G3KA 1WODA 1FTKA 4ESXA 2Y84A 3K6VA 3O97A 4JVCA 1JVYA 4IR8A 1B3LA 3DP4A 1I6BA 4FORA 4OQOA 1FJ6A 1G0HA 1M5EA 2B65A 4ND9A 1EYJA 4MFIA 4YMAA 4GWZA 2KLFA 1YCJA 4WKMA 5ET5A 4M1VA 4XKPA 3VVDA 4O7IA 3FASA 3LSLA 1UTBB 4MEVA 4O94A 3TPAA 1B3HA 1B3GA 2R9JA 4OEVA 3CG3A 2OCUA 3MAMA 1EZ9A 1OVBA 4Q30B 3MZ1A 1BK4A 3KG2A 2RCAA 3H6UA 4F2OA 3ZSFA 1VR5A 1IQ7A 2WX9A 1XI6A 5DEXA 5ET6A 1NUXA 5H8QA 4NHBA 1OQHA 3BIGA 4RJZA 2ZMBA 1NV7A 4PF8A 4FE8A 4GWSA 3FVOA 4X9TA 2B3FA 5TPAB 3R7XA 3RY3A 5I2NB 1MS7A 2PMSA 4P8BA 3EHSA 2CZLA 1BP5A 3UIFA 4ZE8A 1BLFA 5DVIA 1BKAA 4BLAA 2F36A 3OENA 1IXGA 1B52A 4I3EA 2CZHA 4H8JA 1FSAA 1JVXA 2QS1A 3G3FA 2V3QA 3E78A 3HV1A 4Z7EA 1FPIA 4MX6A 5F1QA 2UYFA 4RY1A 3CRBA 3VVFA 2VT5A 3U92A 2A5TB 4H8IA 1MY2A 1FPGA 4IO4A 3H6TA 1HSJA 3FV1A 4DI3D 4AS4A 1R9QA 5H8NB 5ICQA 5I56B 1UTHB 4PE5B 4NF8B 2F7CA 3OEMA 3ZS6A 4ESWA 4GOTA 4WEPA 1LSTA 1JW4A 3FJ7A 4GFRA 5I58B 4R75A 2IEEA 2Q74A 3S9LC 1B40A 3K01A 3K0VA 4OVRA 4HE0A 2PX1A 3TAJA 4U1ZA 5ISUA 1DOTA 2F3DA 3TZAA 2XX9A 3U72A 4G61A 3FGSA 1MQHA 1ZTYA 4LP2B 3C34A 5LDZA 4F3SA 4PDDA 3GLBA 2PFZA 1H44A 4OVPA 4XXUA 1WDNA 2DYXA 4QBAA 1VSOA 1S7YA 4MJOA 1US4A 3HCQA 3E79A 1NUWA 1Q35A 4F29A 3IOWA 1BIYA 4GRKA 5B7DA 4RK9A 1R9LA 3B50A 2XA5A 2QS4A 4O8MA 4R72A 1GGGA 4U23A 3FJGA 1WVJA 4XEQA 3TTMA 4O3AA 3A3CA 3RPLA 2RINA 4F39A 2Q8MA 1M5CA 2FVZA 3D4GA 5KCJB 3RPWA 4PBQA 3VLWA 4GL8A 3DP8A 2QS3A 2XXTA 5CI5A 2VPNA 1P1QA 2WKYA 3DLNA 1FRPA 3PPNA 2OLBA 3IAZA 2XWIA 1DTGA 5I7IA 2QSXA 2WBBA 4KPTA 4DI4B 2XHDA 3FJMA 1EYIA 2CZKA 3K6WA 3RTWB 1YPNA 2Q89A 5J1DA 2NUVA 3UN6A 2DVCA 2FIEA 4YU0A 3T66A 1QKBA 4GIZA 1NUYA 2F78A 5EYGA 1H45A 5BWJA 3IR1A 3TTKA 5JTYA 1NFTA 4GWWA 3CI8A 5H8HA 4BDNA 2ANJA 4ZS9A 1XVYA 1MDP1 2QRYA 1M5DA 5AA2B 1JP4A 4XF5A 2ZNSA 4ZDMA 5CMMA 5I59B 4N91A 4EQ9A 3S9NC 1LAFE 2XWVA 4YKJA 2HAUA 2I4CA 2QFLA 4EXKA 3OO6A 4F1UA 1LCTA 4NF6A 4R2FA 1T0KA 1QUKA 2F7BA 4NGUA 3PD9A 4R74A 4U2RA 2PBWA 1FPEA 2WBDA 3LSWA 4GX6A 4X1DA 1II5A 3I3VA 4KHZE 1NNKA 3CFLA 2E1SA 4PGNA 4YICA 5LTCA 1MRPA 2P0SA 4YKPA 1YYZA 3T9UA 3U8QA 1D4NA 2DS9A 1NV0A 4OERA 1G0IA 4NQ8A 3FATA 2F3BA 4QFKA 3MVWA 1SW2A 5K2YA 4BDMA 3TEPA 2DWHA 3VV5A 1OLAA 2NWJA 4LQ5A 1MXVA 1FBDA 4IO5A 3G7WA 1QUJA 1MG1A 2UVJA 3K00A 2Q8JA 2QMWA 4H6DA 2Y7PA 4MIJA 4DCYA 3OOAA 3OO7A 2R8TA 1IITA 4LZ5A 2DWJA 1UIVA 3N6TA 5BUUA 4ONYA 5TU0A 5CBRA 1FTLA 2OWZA 4NMYA 2I0BA 5FTIA 1FBFA 4EQ7A 2B4MA 2OWTA 1DTZA 2R71A 3FXRA 3MW0A 3MZ9A 4QSCA 1B4ZA 2CMOA 3G3GA 3G3HA 1LB9A 2I49A 4P11A 3L6GA 4U4XA 1B05A 2REGA 5DVJA 5CBSA 3S9EA 2I3VA 1MY0A 3TTNA 2JJKA 3TCHA 2CEYA 1UQWA 1PB9A 4H5GA 4N13A 2HEUA 1GVCA 2Y5KA 1FPJA 1ATGA 2A5SA 2VPOA 3TUSA 1URDA 4R6HA 2F6PA 5DEXB 4E0XA 5H8QB 1JNFA 1OLCA 3PU5A 1NV1A 4IO6A 2XD2A 4MNIA 2XXPA 4IY5A 5EQ8A 5KZTA 4JBZA 4H65A 2GHBA 2VGQA 2DSFA 3KOTA 4LATA 1TXFA 4EQBA 3O28A 4QFNA 3SDFA 1EH3A 4N6KA 5TP9A 1MPCA 1AH5A 3EHUA 4OZ9A 4PFRA 2DXYA 4N81A 4PAIA 1B5JA 2NVUB 1FPDA 3BBRA 2AL5A 1ZKBA 4P9KA 5I84A 5I5PA 2F8DA 2H98A 4Z0IA 4DDDA 4F19A 4IB2A 3OSRA 4I8CA 3FVKA 1PB7A 4ZEFA 4C1UA 3IO6A 3M8UA 2UVIA 4OFOA 4ZEDA 3N26A 1B0HA 1FQBA 2V93A 1LBWA 2F7AA 1B6HA 4ISUA 4NF4A 2O51A 1S50A 2YJPA 5L9SA 5HBCA 1YTVA 1POY1 4BDQA 1VFEA 2QPQA 4G77A 5A5LA 4LZ8A 2DQVA 2F35A 3FZVA 4Q8RA 2XD3A 1URGA 1FQCA 2UVGA 3A29A 1Y9UA 2WYPA 5AE4A 1B4HA 1EYKA 3B7DA 4XKQA 4OWDA 4Q0CA 2GHAA 5IAIA 3A09A 4P3LA 1SYHA 1IMAA 3UK4A 1Y20A 3LR1A 3U93A 3C32A 2ZXTA 2Y7IA 2FNCA 3MUQA 4G8NA 3T0JA 3MZBA 2WYKA 4EDPA 1A8EA 4YKIA 3IJXB 3MBPA 5H8FA 2ESNA 3LBSA 2QL3A 3HHGA 5T3JA 3W9VA 3VLVA 2D5WA 1FCKA 3D1RA 2KQZA 1RDYA 3O6GA 4OEUA 4MNCA 1R1NA 3K4UA 3CR9A 4YB5A 2AL4A 3K02A 3EF7A 3ZKLA 4FAJA 3BFTA 3Q29A 2QMXA 1B5IA 2ZZWA 3Q26A 3RPLB 4BDRA 2O1MA 4FIMA 4GQOA 2PVUA 3SEXA 3T9HB 1DMBA 3PD8A 2HFBA 2HQ0A 1QVSA 4NEDA 3IORA 5AA4A 3OSQA 4R6YA 4NG7A 1EZOA 3U94A 2F6GA 1NI9A 4F1VA 1B3FA 1LAHE 4N6PA 2O84X 4DLDA 4TLMB 3H6VA 3TODA 1SYIA 5CMBA 3VXCA 3LUYA 4PQJA 2FA7A 5AA2D 1LBYA 3TELA 3S4UA 5DVFA 5IZ1A 1LLSA 5A5XA 1FJ9A 5JTYB 5DYHA 3MPKA 5H8HB 1LCFA 1XC1A 3KEIA 1FPLA 1JETA 3RGYA 1Z7NE 3VDFA 3V89B 4FJPA 3PUYE 2W7YA 2DXRA 4JWXA 4YZZA 4F18A 1XHYA 4NF6B 4X04A 3TDJA 4QRZA 5ITOA 5FBPA 3AXFA 1MQDA 2XWOA 2OBGA 1F9BA 1ZU0A 1FPKA 2DDKA 4G8MA 1FBGA 4FEDA 3RT6B 1UIUA 1ELJA 3IFAA 4O3CA 1YXIA 3QXMA 3IOUA 1JW1A 4HCYA 4RXLA 3TMGA 4WXJA 5ELVA 3RYDA 3ECRA 4NTLA 3KN8A 4EF2A 2OK2A 4DIGA 2Z8FA 3OO8A 4GF8A 3VFJA 2XXXA 3ZKKA 4GWOA 1LBZA 2HPGA 4IO3A 3T9XB 3WAEA 4H5FA 2DWIA 1H43A 4KYEA 5EHSA 1FBCA 3EKIA 3KFMA 1NV6A 2FBPA 1NKXA 1B7ZA 4RPOA 1N3XA 3FUZA 2Y7RA 5HM4B 1Z7ME 4KXPA 2HHMA 4JSDA 3TQWA 2QJEA 1IMDA 1HSLA 2I58A 1SW5A 3EQ1A 3B6TA 5I57A 3TYHA 2RC7A 2REJA 1MXWA 2IA4A 3KJTA 2LAOA 1P1OA 4JXIA 1CB6A 4KYSA 4I3YA 3EPEA 3H6WA 3HHFA 4QSEA 3TQLA 1ZBMA 4MLQA 1XVXA 3PUVE 3ONMA 4KYDA 5IZ3B 4NF5A 1B58A 4N07A 1MY4A 2V25A 1QULA 1ANFA 4GLIA 4P0IA 1DCUA 1LAGE 3HSTA 1KA1A 1FBPA 1NNTA 2I4BA 3FXUA 2X26A 4JVIA 1Y1ZA 4GWUA 4AB6A 1EZPA 3V8XB 2PFYA 3CSGA 4POWA 2O7UA 4C0RA 3W9WA 4H1XA 2O7IA 1B2HA 3KGCA 3CHGA 1DBZA 2D3IA 1B7UA 4YB7A 2XXHA 4PFTA 1PDAA 3CG1A 4NE4A 3IB2A 1P1WA 3IO4A 3PPOA 3TCGA 4K3FA 5TP9B 3ISPA 5CMCA 3H3GA 1QW0A 3EN3A 3QSLA 1LBCA 4MF3A 4PC9A 3PPQA 2QVVA 3I5OA 1D3KA 3M3LA 3U65A 3RTFB 4PDHA 5FHOA 4OA4A 4G68A 2ZZXA 4OANA 1MH4A 2GRVA 2VOZA 4OYVA 1JEVA 5CMKA 3IB0A 3K2DA 2ONKE 2XXYA 4HTGA 1MPDA 1N84A 3SKPA 4ELRA 3VVEA 4OMBA 1QGXA 4THIA 3KN3A 3THIA 4X8RA 1I6AA 4NF4B 2BJIA 1LFGA 3PUZE 4DXUA 3PTYA 1A8FA 2THIA 1SW4A 3PUXE 4JSOA 1FTMA 2RCBA 1IUDA 1SBPA 3ROJA 2UXAA 1IXCA 3VE1B 2RKMA 4I40A 4U22A 3QIMA 3O6IA 1MQJA 3BFUA 1JW5A 3G3IA 4FBPA 2DE4A 4PCDA 5CRYA 1NMUA 1Y4TA 4WEDA 2DP8A 4GX4A 3FIRA 5ET8A 4ZEKA 4ZZEA 1NL5A 2L5VA 3ODBA 1SPIA 3CFXA 1OQGA 4H67A 3K1MA 4KCDA 4QF9A 5H8FB 1M5BA 4FECA 1B9JA 4N8GA 3VXBA 4IY6A 4F2QA 2O1LA 3SETA 1AWBA 1FTOA 4HE1A 5KDTA 3KC0A 4N15A 3FD3A 1M5FA 3RN8A 4JDFA 1MY1A 2XXIA 3S9MC 1LB8A 5ET7A 4TOZA 3UP9A 4XKRA 1IZ1A 2X7QA 1KZ8A 1MY3A 3W15C 4TQUQ 1A99A 2H99A 4YKKA 1MM6A 1A55A 1XS5A 3PV0E 4AS5A 5CC2A 2B3BA 4N17A 4DZ1A 5AA4B 1N7WA 1ZMGA 2XX7A 1B1XA 3T9VA 1GR2A 4XKNA 4R2BA 3SEYA 3T93B 4G4PA 2Q9TA 4OVQA 1IMFA 2HZKA 4XFEA 2FIXA 4NX1A 1IMBA 2RF1A 3OD7A 1AOVA 3EHTA 3O66A 4OVSA 4N6DA 5AA1A 4GBVA 3K6UA 2YPNA 5A5XB 3MP8A 4POXA 1O63A 2P3NA 2VP1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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