3KGCA

Isolated ligand binding domain dimer of glua2 ionotropic glutamate receptor in complex with glutamate, ly 404187 and zk 200775
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
TVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Glutamate receptor 2
publication title X-ray structure, symmetry and mechanism of an AMPA-subtype glutamate receptor
pubmed rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein, transport protein
total genus 80
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kgcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kgcA02
1JQFA 3M3KA 2ZNUA 2OK2A 5TU0A 3HPIA 4PFYA 1A40A 1XVXA 4PQJA 1M5CA 5DT6A 5K2XA 1MXXA 5KCJB 4YKJA 1B4ZA 2REGA 2XXWA 4NEDA 1Q1KA 1QULA 1B3GA 1JEVA 3N5LA 4E0WA 3T9UA 1NNKA 3LSLA 3FGSA 1FTOA 3PU5A 4F39A 4E0XA 3PUXE 2XXXA 3MBPA 2AYSA 3H6VA 3RT8A 1VFDA 3ODBA 1MH4A 3PV0E 2WKYA 1LFGA 1IZ1A 4R6KA 3S9EA 5CBRA 1AIVA 3PPNA 1LB9A 1II5A 2X7PA 3G3IA 4NF4A 5I2KA 3IJOB 4IO3A 3DP8A 3K2DA 2OLBA 3FVOA 4OHNA 2RC8A 4I62A 4DIGA 3DP4A 1US5A 1OIBA 2ZNTA 3KOSA 1Y20A 2HAUA 2I4CA 1RYOA 1LSTA 4EXLA 4ESWA 5F7VA 2DQVA 2DXRA 1XOCA 1RYXA 5IAIA 3C4MA 3SETA 4ISUA 4NWDA 1H44A 1WDNA 3KEIA 1H45A 5AA4A 1NNPA 4GFRA 2XXQA 5I84A 1IITA 1QKBA 4EXKA 2O7UA 3RQTA 1MXWA 4EF2A 2RINA 3FV2A 3G3FA 1QVSA 2UXAA 1MXYA 4F29A 2RF1A 2B65A 3C9HA 5CM6A 3PPOA 1OQGA 3IL1B 4KI0E 1GVCA 1MPBA 3EN3A 3W15C 3UA8A 2Y84A 1RKMA 4P0GA 3PUYE 4KD5A 3RTFB 2THIA 4OEUA 3MUQA 4H1XA 1SD3A 2ZNSA 4FORA 3E9XA 4GL0A 2F97A 3IB2A 3W9WA 3HCQA 5HBCA 4F31B 1B52A 4ESXA 2NXOA 3E4RA 3FVNA 4JWYA 5AA4B 4IY5A 2F8DA 4R74A 3L6GA 2M8CA 1B3EA 2I3WA 4F22A 1D4NA 1O63A 3CSGA 3VV5A 5L9OA 1EZ9A 1B58A 3D4GA 4WEPA 1ZTYA 3TQWA 1AL3A 4PE5B 4RPNA 1AOVA 5CMMA 5B7DA 4I9DA 3CI8A 3PPQA 3FZVA 4G68A 1OVBA 2HQ0A 4O3CA 1Y9UA 4BDNA 1Y3NA 3OO8A 4RK2A 4MF3A 2QS3A 2ESNA 2F34A 3GBBA 3C35A 3KOTA 3U72A 4HTGA 3TEPA 2V25A 2VD3A 3MWBA 1FTMA 3MVWA 3V83A 2R6GE 2B3FA 1P1OA 3MZBA 3P7IA 4FEDA 2I3VA 3KSJA 2Y7PA 3SEUA 3EHUA 3MW0A 4QFPA 5I59A 4OEVA 2E0SA 4KCDA 4PFWA 2O51A 3OO9A 4OZ9A 1R9LA 3MPLA 4H67A 4KYEA 4ZEFA 1DPPA 3VE1B 2H9BA 1NKXA 3SEWA 4G68B 1MY2A 3HSTA 2QSXA 3QIMA 1USYE 1R1NA 4GIZA 3SEVA 4XKRA 4R2BA 2FYIA 3E3KA 1CB6A 3C36A 1YTVA 3FXUA 2DWJA 3WAFA 5I58A 4GOTA 4OFLA 3L6HA 1PDAA 3K6VA 4GVOA 4RYAA 4MH5A 5EHMA 3N94A 4Z7EA 2Z22A 3FVKA 3A3UA 5I59B 3ILUB 2CZLA 2O1LA 4WXJA 1IXCA 2QS2A 1QW0A 4NTLA 2ONRA 1USYH 4NF6A 4DLDA 1P99A 2W7YA 2PVUA 1S7YA 4IO2A 4ZEBA 3IJXB 4YKIA 3ZKLA 1B1HA 1P1NA 4MFIA 3BFTA 5KDTA 5DEXA 4U1OA 5KZTA 1OLCA 3S2VA 4QSEA 5FHOA 5I58B 4JXIA 2UVGA 3CFXA 5DYHA 1ELJA 3KN3A 5JEIA 4JB7A 4LA9A 4GXSB 2V93A 4OVJA 4GXAA 3FVGA 3VLWA 3QXMA 4F19A 4G77A 3RNNA 2HCAA 1YPNA 3B6TA 4F2OA 4DXUA 3U92A 1OQHA 4NF6B 1P1UA 3RPWA 5DTBA 3SESA 1P1QA 1VFEA 2R71A 3MP1A 4F3SA 4JWOA 4RY1A 3USDA 4YB7A 1TWYA 4Q30B 2NVUB 5KDTB 2REJA 2XXUA 5DEXB 4ZZAA 2NWJA 1B05A 4TLLB 2XXVA 3TZAA 1MXUA 4HW8A 4H6DA 3MVYA 3PGFA 4QSDA 2HAVA 3ECRA 4GL8A 5B70A 1UIVA 2DS9A 5CRYA 1NL5A 3T93B 3OD7A 3VLUA 1XHYA 2I0CA 4G2ZA 4ZE9A 1LCFA 3VVEA 3KJ7A 2ONKE 3PMXA 2QJEA 2XX9A 4POXA 4LUBA 5EYFA 4MBPA 2UYEA 4O3BA 2I48A 3H7MA 3S9LC 4H5FA 4QFKA 3TCHA 5TP9A 4ELOA 1Y1ZA 1PC3A 3CSBA 3H6TA 4EF1A 3R6UA 5L9MA 2D21A 2OWSA 2V84A 1XVYA 3T9VA 3EPEA 2HFBA 4X48A 3ONMA 1O7TA 1A8FA 3M3FA 1FQFA 3AXFA 1PB9A 4IGTA 1MQHA 3K02A 2XXHA 4LONB 2OWTA 4RXLA 3MZ1A 2F6PA 1B2HA 1LLSA 1WODA 4GF8A 4OXVA 4M1VA 3QYTA 1TXFA 3UP9A 5TP9B 1UTHB 5DVFA 1VR5A 1MXZA 3T66A 2HXWA 1P1WA 4NMYA 4OMBA 4JSDA 1MQDA 4R72A 2Y7KA 2XD2A 1FQEA 3EF7A 4UA8A 1UIUA 3I3VA 4Z0IA 3K6UA 4DZ1A 3PUWE 3C34A 1VSOA 2Z8EA 4U1ZA 4EQBA 3PPRA 4ZE8A 4PETA 4UACA 1O64A 4C1UA 4YKPA 5CMKA 2F6GA 3G3KA 3F11A 2XXRA 2Q2AA 2Q2CA 5I57A 2QPQA 3PUZE 3QUFA 4XIGQ 2I6EA 1Q35A 3C33A 1B51A 1FTJA 4IY6A 3LSFB 3TYHA 4EDPA 1LAXA 3TTKA 2XX7A 3SKPA 4ZZEA 1IUDA 4F2QA 1H43A 4XXUA 4YMBA 1BLFA 4NWCA 2VOZA 1NMUA 4P0IA 3OELA 1B9JA 3FXRA 3IB0A 3WAEA 3MQ9A 1R9QA 3PUVE 5M2VA 2YJPA 1CE2A 1I6AA 3FV1A 2X26A 1XC1A 4ZECA 2F5XA 2CMOA 1LAGE 5H8QA 2DOJA 3HO7A 3G3HA 3R7XA 4F3BA 4DE8A 1ZIUA 3MP6A 3Q29A 3TPAA 3C32A 5I2NA 5I57B 3FD3A 3VDFA 1LFHA 4I8CA 3K6XA 4LQ5A 1IIWA 4H65A 1VE4A 4DXCA 4F1YA 2YPNA 5CBSA 1SDXA 1A8EA 1LBCA 1UQWA 3BBRA 2PT2A 4N6PA 2NUVA 3R26A 3O28A 3UGWA 4QHQA 2ZMBA 3HV1A 4WEDA 1MG1A 1Z7NE 3OENA 5BWJA 3OO7A 3MZ9A 3RLFE 3C31A 3FJGA 1TT1A 2Z8DA 5JK4A 1JW1A 4L17A 1ZU0A 1YCJA 1XT8A 1SI0A 5DVIA 1B0LA 5H8QB 2RKMA 3O9PA 1B4HA 3JZJA 1D3KA 3IX1A 4HCYA 4LQ2A 4DDDA 5I2NB 1JNFA 3H03A 3K00A 1N04A 3KN8A 4BDQA 4F3GA 2O1MA 5ITPA 4R9FA 3VFJA 2DVZA 1GV8A 4KHZE 3DLNA 4OWDA 1B3LA 5JTYA 3MPKA 1R6ZA 5TPAA 1N0TA 3FJMA 3O29A 3TUSA 3VVFA 2ZYKA 3LBSA 5ELVA 2O69A 2Q9TA 3PMWA 2DWIA 1M5BA 3N6TA 2GH9A 1QUIA 1D9VA 1B5HA 2XXTA 3GBAA 1MY4A 1Y4CA 1ZKBA 1FQBA 4BDLA 3UK4A 2O84X 4KR5A 3H6UA 4EQ9A 1A7LA 3G3GA 2ABHA 3M3LA 3IOVA 3UN6A 3ILTB 4XTCQ 1FTKA 3TTMA 2UYFA 1H76A 2NOOA 1SW1A 1MS7A 1XS5A 4R75A 2PBWA 2G93A 5FTHA 1QUJA 3H4ZA 3KGCA 5JTYB 5TPAB 2AL5A 1GGGA 3ZSFA 1A99A 1NH7A 3EQ1A 1IEJA 2F36A 2Y7WA 1Y1MA 3OEMA 2AL4A 1IXGA 5IKBA 4N07A 3K1MA 4WKMA 4YB6A 3N26A 3U94A 3M8UA 1ZJLA 2FA7A 3GXAA 4U2RA 3U8QA 4M4GA 1A54A 1Y3QA 2Y7RA 4G8MA 1PB7A 3BKIB 3OSRA 3O97A 1T0KA 4GRKA 3LSXA 4QFLA 3RUMA 2E1SA 3S9MC 4PFUA 3D4CA 3DELB 4IO6A 1DMBA 5ITOA 4OERA 2IEEA 3OOAA 3T96B 5K2YA 2KLFA 2XXIA 4YMAA 3LUYA 4G8NA 3RY3A 3PMVA 4GLIA 4R6HA 4N13A 3QAXA 1FQAA 3FIRA 4X9TA 1I6BA 4IB2A 4RPOA 1N7XA 1ANFA 4H5GA 2ONSA 2VHAA 3GZGA 4QRZA 2V3TA 2RCAA 4IO4A 4NF8A 4QFNA 3ZKKA 3SEXA 4TOZA 3IB1A 1POY1 4GWOA 4ELRA 4RNSA 3LR1A 3QK6A 3IOWA 1GR2A 1ZLQA 3CFLA 4KPTA 4U23A 3KG2A 1F9BA 1LGBC 3JV9A 3O6IA 1M5DA 4I1DA 1B7UA 1MQGA 3CR9A 1D9YA 4BDRA 4KFQA 1B46A 2QRYA 2UVHA 3PD9A 3Q25A 4RK9A 5FHNA 2XXPA 4F18A 3V5AA 1BKAA 2QS1A 5AA2D 5L9SA 5H8NA 1BIYA 4U22A 3K01A 3TQLA 1Y3PA 3UIFA 4LZ7A 4JSOA 3IO6A 1QJMA 2I0BA 3OO6A 4NF8B 3N6UA 3FXQA 3HHGA 2VP1A 2A5TA 3H3GA 3RN8A 1MM6A 1M5FA 1ATGA 2DWAA 2PT1A 3U93A 2OZZA 3TKDA 2PX1A 3IOUA 1M5EA 5ICQA 4IO7A 1UTBA 1Y4TA 3TCGA 3KFMA 1UTHA 5CC2A 4KQPA 3KBRA 3K4UA 3PPPA 1FTLA 3O6GA 3H6WA 3CG3A 1IQ7A 3FUZA 1HSLA 2O68A 3KZGA 4ELQA 2F7BA 2F35A 3FJ7A 1Z7ME 4HCWA 5CMBA 4OTEA 5ICTA 3HN0A 2UVIA 3HHFA 1MXVA 3THIA 5H8NB 3FATA 1OVTA 2AIXA 3IAZA 3OMBA 4FECA 4OQOA 4AB5A 3K0VA 1URSA 2GHBA 2A5TB 3LC8A 4ECFA 5A5XA 2PYYA 3MC2A 1BTJA 2H25A 2I49A 2IA4A 1HSEA 2DSFA 1EH3A 3Q27A 3RT6B 1UTBB 2V3QA 4FE8A 4OENA 1B3HA 3O2AA 4ZEDA 1PBPA 3K6WA 5AA2A 4MLQA 3E13X 3MP8A 1B7HA 1LFIA 1N7WA 3CIJA 4ELPA 2PMSA 1DTGA 1YAEA 1SW4A 2F7AA 1FQDA 4X1DA 1MY3A 2I4BA 1MPCA 1NNFA 3MVZA 4X1BA 3PD8A 1N76A 5A5XB 1AMFA 4NF5A 3TELA 1MM7A 1B40A 1ZMGA 2RCBA 4XKPA 1FW0A 3K1PA 1MDP1 3UORA 5BUUA 4BDOA 2GFEA 4H0WA 1LAFE 5AE4A 5AA2B 3VXCA 2DXYA 4LVQA 3A3CA 4G4PA 1QKAA 3B6WA 1FCKA 4JDFA 3CFZA 2P1SA 4U21A 4F1VA 1JVXA 2ZXTA 3V8XB 3IO4A 4FATA 4R2FA 4LZ8A 2V3UA 1IXHA 5LOMA 4YU0A 3SEYA 2ZYOA 1DPEA 4EQ7A 4DCYA 3TCFA 3SERA 4C1TA 2DE4A 5CMCA 2ANJA 1B0HA 1SW2A 4PP0A 4NF5B 3EHTA 1ZBMA 1LB8A 2OBGA 4NF4B 5I2KB 4FJPA 1MY0A 3ZS6A 1LCTA 2QMWA 3CRBA 2XHDA 4G8HA 4Q5TA 2VD2A 3G3JA 4MLVA 2LAOA 3I5OA 1B3FA 4KYSA 2OCUA 4R9GA 4GQOA 3I6VA 4F3PA 4YB5A 1MQIA 4OFOA 4LZ5A 1GTKA 1SBPA 1NNTA 3T22A 1MRPA 4Q0CA 2X7QA 1NH8A 2GRVA 4IGRA 5HM4B 4BLAA 3OEKA 3TTLA 1NFTA 1MDQA 1IXIA 3TTNA 2RC9A 3LSWA 4HS7A 1DOTA 1MY1A 3QUJA 3TFLA 2D3IA 3TAJA 4BDMA 3U1OA 2OJTA 1OLAA 2O6AA 4R73A 1JVYA 3OXNA 1PB8A 2QL3A 3VLVA 5ISUA 4Q8RA 2D5WA 2XD3A 1H3DA 1B7ZA 5DVJA 4GD5A 1LBBA 2Z8FA 4FEBA 1BP5A 1J1NA 3KJTA 1POTA 1EU8A 3S9NC 2DVCA 4NE4A 3IOTA 2G29A 1TFAA 5H8FA 4FAJA 4KYDA 4XKQA 3IK6B 1SI1A 2XX8A 3RTWB 1HSJA 3B6QA 4JWXA 1PBQA 4R6YA 3TTRA 1A55A 1JW4A 2DE3A 5AA3A 4O3AA 4U4XA 4JBZA 2YLNA 2XXYA 4YICA 3TMGA 1SW5A 5I56A 3EHSA 1B6HA 2ZYNA 4H8JA 3KSXA 4DCXA 1S50A 3V89B 4OETA 4OYVA 3CVGA 3JYRA 4OESA 4TLMB 1JW5A 1WVJA 2Q8JA 4P11A 2H98A 3BFUA 4YZZA 1KWHA 3S4UA 5H8FB 4LP2B 1EZPA 3Q28A 1S9TA 3IR1A 2B3BA 2ALUA 4ZEIA 2P0SA 2Q88A 3VVDA 1DSNA 2H4IA 1FQCA 1TFDA 3B7DA 3O6HA 2HEUA 4KCCA 1PEBA 3DP6A 2F78A 3MVXA 4DXBA 3H06B 2HZKA 5I56B 2UVJA 5F1QA 3T9HB 3QSLA 2BJJX 3VXBA 5J1DA 1MQJA 1US4A 3IORA 4RA1A 2A5SA 3A09A 2QMXA 4ZS9A 3K1NA 2GHAA 1SYIA 2VGQA 1EZOA 2DE2A 4EUOA 1SVXB 4FIMA 4XKNA 1URGA 4YAHX 5EHSA 3RGYA 4QF9A 4AQ4A 1B32A 4QSCA 2F7CA 5FTIA 2DP8A 2P2AA 5L8DA 4THIA 1JETA 2Y7IA 4YKKA 2RC7A 4POWA 3W9VA 1MPDA 4AB6A 3GLBA 2I58A 3MJNA 4RJZA 5H8SA 2R9JA 5H8HA 4C0RA 1SYHA 1N84A 5CI5A 2DWHA 4IO5A 3FASA 4PFTA 3TDJA 3MAMA 4U4SA 1L5TA 2H5YA 4LATA 3Q26A 3CG1A 3TODA 2ZYMA 1DTZA 2FNCA 3OSQA 4ONYA 4H8IA 1I6QA 1B5JA 3DM0A 5KCJA 4TQUQ 4ND9A 4K3FA 5AA1A 4ZDMA 4QFOA 2HZLA 4G68C 5HPQA 1N3WA 3G7WA 2QS4A 3SDFA 1MH3A 1B5IA 1SQYA 4OFJA 1QUKA 1N3XA 1URDA 2O7IA 3KN7A 1I69A 2Z23A 5FHMA 2H99A 1OMPA 1JEUA 1AH5A 1LAHE 5H8HB 4F1UA 4ZEKA 1B1XA 2Q89A 3T9XB 3O66A 2DYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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