3KGCA

Isolated ligand binding domain dimer of glua2 ionotropic glutamate receptor in complex with glutamate, ly 404187 and zk 200775
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
TVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein, transport protein
source organism Rattus norvegicus
publication title X-ray structure, symmetry and mechanism of an AMPA-subtype glutamate receptor
pubmed rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 80
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kgcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3kgcA02
3VV5A 2QJEA 4EUOA 2F35A 4U22A 3PPQA 1NMUA 2ONSA 4LATA 4QFNA 1B32A 4LZ8A 1MDQA 3KGCA 1SD3A 2XD3A 3KOSA 3WAEA 2RF1A 1JW5A 5EYFA 4DXCA 2O7IA 2OBGA 4U2RA 1IXIA 1SW5A 3SETA 3FVOA 1MS7A 2Q9TA 3DELB 3RT8A 1AH5A 2DYXA 1PDAA 1GTKA 4EF2A 2DXRA 4M1VA 3G3KA 2VHAA 3DP4A 3USDA 3MVWA 1IZ1A 3KN3A 1Y3QA 5I2KB 2DE2A 2HFBA 2ZYKA 3IO6A 4N13A 4PP0A 3O6HA 4F19A 1MXWA 4P0IA 1CE2A 3D4CA 5KDTB 1LB9A 1O63A 3TELA 4Z0IA 2P0SA 3OO7A 3H3GA 5H8FA 4JSDA 1JETA 1IXGA 3SEVA 2Y7RA 3ILTB 4K3FA 1B58A 4QHQA 1A54A 4H8IA 4GIZA 4R9FA 3TDJA 4KPTA 4PE5B 3MZBA 1PEBA 3HV1A 4R74A 1XHYA 5JTYA 1B0LA 1S7YA 1B9JA 1B7UA 3TQWA 3OEKA 2O1LA 3H6TA 4R6YA 4IO2A 4IY5A 4LQ2A 1ZU0A 4U21A 1N76A 1EZ9A 5TP9A 4YB7A 4OFLA 1SW1A 3U8QA 2PVUA 2YJPA 5CMBA 4GLIA 3SEWA 1UIVA 4XXUA 1MQHA 3O97A 1MQGA 4R2BA 4FAJA 3QUFA 1NNTA 4QFKA 1Y20A 4FJPA 2O69A 2XHDA 4NTLA 3T22A 5K2YA 3CSGA 4H1XA 4KI0E 4JDFA 1IQ7A 1SVXB 3O9PA 1I69A 2G93A 3RTWB 3TODA 3KG2A 4N07A 3CFZA 5KCJB 2YLNA 3FVKA 3MBPA 5JK4A 4KCDA 1MQDA 4RXLA 3CIJA 2F6PA 4X9TA 5CRYA 2OK2A 3S9NC 2O51A 4G68B 2XXVA 3THIA 1YAEA 3G3IA 2PYYA 1TWYA 2ALUA 3MW0A 2ABHA 2F7BA 1LCFA 4R6HA 3OSRA 4KYEA 3B6QA 3G7WA 2REGA 3D4GA 4JBZA 3PUVE 3QK6A 3TYHA 4X48A 1B3EA 2PMSA 1NH8A 3I5OA 4H67A 2Y7IA 2GHAA 4ZEIA 4IO5A 5H8HB 3IB1A 4NF5B 3PV0E 2V3UA 3A09A 2XX8A 4H5GA 1B7ZA 4ONYA 5HM4B 4H8JA 5TPAB 5AA4A 2ZNSA 1HSJA 2QMXA 3ILUB 2I3VA 2IEEA 2Y84A 4IGRA 1UTHA 4PFYA 3JV9A 3V8XB 1P99A 1QKBA 5I57B 1H76A 2F97A 3K4UA 4PFTA 3KFMA 3TQLA 4ZE8A 1MG1A 1N0TA 1VR5A 2E1SA 3TUSA 3HO7A 1IUDA 1ZJLA 4DCYA 2YPNA 1WODA 3KOTA 2CMOA 1VE4A 5AA2D 5ISUA 3N6UA 1OVTA 5AA2B 4R75A 2ZNUA 2Q89A 2D3IA 1R9QA 2D5WA 3KZGA 3U72A 3MZ9A 4L17A 3MJNA 3KBRA 1CB6A 3C33A 1URDA 2XXIA 2AL4A 1ATGA 3BKIB 4QFOA 1NKXA 1O64A 3R26A 2D21A 2QS2A 1MXYA 1SYIA 1MQJA 2VD2A 3EF7A 3KSXA 1IXCA 1FQCA 2XD2A 3SEUA 4MFIA 1LCTA 3N26A 1ZTYA 3CI8A 3K6XA 4RY1A 3ZS6A 5KCJA 5FTHA 3ZKKA 1SYHA 4Q5TA 4MH5A 1JW4A 3FV2A 3RUMA 3G3GA 3UK4A 3EQ1A 3JZJA 3C35A 4P0GA 2R9JA 1M5CA 3N94A 3ZSFA 4AB6A 2Q2CA 3QXMA 3M3FA 2HXWA 1M5FA 3V5AA 3KN8A 4U23A 4EQ9A 3TAJA 1RKMA 2O1MA 5JTYB 4U1OA 2I48A 5B7DA 3ONMA 4YMAA 1QUJA 3K2DA 5FHMA 4YAHX 2DSFA 2I0BA 4EXKA 2P1SA 3IJOB 3UN6A 3RPWA 1XVYA 1EU8A 1IXHA 1ANFA 1MPDA 1NNPA 5TP9B 3SEXA 1P1WA 1I6BA 4YKJA 4I8CA 5CM6A 2XXPA 4GWOA 2QRYA 4NF5A 4DXUA 1SW2A 3Q25A 4QFLA 3B6TA 1B5HA 5DT6A 2HEUA 1LSTA 3EHUA 2DE4A 2E0SA 2XXWA 3TTLA 4IO3A 1USYH 1IITA 1GVCA 1PB7A 4EQ7A 3PPNA 3T9XB 1N84A 5F1QA 3O66A 2M8CA 2Z8DA 4OERA 2F5XA 3OMBA 4NF6B 1R1NA 2RC9A 4FORA 3B6WA 4THIA 4H0WA 4ESXA 1FQEA 3KJTA 1MRPA 3JYRA 3OSQA 4LQ5A 1T0KA 2O84X 3O29A 5KZTA 1A8FA 2Y7WA 4MLVA 1ZBMA 5DTBA 4F22A 3MUQA 2XXRA 5AA2A 2O6AA 1AMFA 3SDFA 4F39A 1AL3A 2I3WA 1H44A 1JEUA 4Q8RA 1A40A 4M4GA 4Z7EA 4ECFA 1RYXA 1QUIA 4ZECA 3GBAA 3FXUA 2XXHA 5BUUA 1QJMA 1LLSA 2I49A 3TTNA 2IA4A 4DE8A 1B3GA 4EDPA 4FECA 3V89B 2XX9A 3OEMA 4F1VA 4H65A 5H8NA 4WXJA 5I59A 2DXYA 3SESA 3MWBA 4F1YA 1LBBA 1XC1A 3CG1A 3PGFA 1LFIA 1LFGA 1PBPA 5AA4B 2Z22A 4OQOA 4OVJA 1Z7ME 5H8SA 4GFRA 2H4IA 2HQ0A 4ELOA 1UTHB 4QSCA 1NL5A 3KJ7A 2VGQA 2H9BA 1RYOA 1FQAA 1FW0A 3A3CA 2OZZA 3IAZA 4RPOA 3K00A 1FCKA 3VVDA 1MDP1 4BDLA 4YZZA 1XVXA 3GXAA 1OQHA 2VP1A 3BFTA 4LZ7A 3IK6B 1SW4A 5BWJA 1TFDA 1IIWA 3FXQA 1Y1ZA 2I58A 1NFTA 1B7HA 2DOJA 3IX1A 4KFQA 2QL3A 1P1OA 3VDFA 4DIGA 1AIVA 3IOUA 4NMYA 1Y4CA 1MQIA 3E9XA 4DCXA 4IY6A 1QKAA 3S4UA 4BDNA 5F7VA 4Q0CA 3O6IA 4IO4A 1US4A 1B4HA 4GXAA 4H5FA 1B51A 1B3LA 5CBRA 4EF1A 4GXSB 4JWXA 3SKPA 3PPRA 1B52A 3FATA 1XT8A 1II5A 3UORA 4P11A 4NF6A 5CMMA 3S9LC 4NWCA 3PPOA 3IR1A 3QIMA 1SI1A 2XX7A 2DE3A 4R2FA 1M5DA 1O7TA 2F7CA 1MPBA 1VFEA 3TEPA 4F3BA 3OENA 3HHGA 3T66A 3HPIA 4RJZA 2LAOA 3IOWA 2Z23A 1A55A 1FTMA 3IL1B 1FTKA 3PUYE 2R6GE 3H06B 5ICTA 2GHBA 4FATA 1YPNA 4C1TA 5L9MA 1B1HA 3LSFB 1URSA 4GVOA 3RT6B 4XKQA 4KYSA 2ONKE 2GRVA 3RNNA 1POTA 1JEVA 2Y7KA 1VSOA 1B40A 3RY3A 4ND9A 4X1DA 3TCGA 3ZKLA 4F3SA 3UA8A 4RK9A 4ELPA 3OD7A 2A5TB 3V83A 3W9VA 1AOVA 4OESA 1NH7A 1SDXA 3EHTA 2HAUA 2OWSA 3MVZA 2H5YA 4F18A 1SI0A 4NE4A 5LOMA 4DZ1A 5FHNA 4PFUA 4RPNA 2F6GA 1B3HA 1BTJA 2I6EA 2RC8A 2O68A 2FA7A 1S9TA 3K6WA 3C32A 4GL8A 3H03A 1UIUA 4OXVA 1DPEA 3PMWA 3U1OA 3E13X 4BDRA 3SEYA 4OYVA 4E0XA 5JEIA 3FGSA 2DWHA 4WEDA 4POXA 4XKNA 2H98A 5L9SA 1D9YA 3K02A 1UTBA 5I2NA 1USYE 3I6VA 4OETA 3C9HA 1EZPA 4O3AA 1MH3A 1MM6A 4LVQA 3M3KA 4KYDA 1TT1A 1JVXA 3EPEA 2Y7PA 4GD5A 2B3FA 2ZYMA 3FJGA 4UACA 3QAXA 4DXBA 1YCJA 2BJJX 2NOOA 4LUBA 2DWIA 4OTEA 4JSOA 4BDOA 2WKYA 5H8NB 3PUZE 1EH3A 5I59B 1S50A 1URGA 4R9GA 3MVXA 4ISUA 4G4PA 4G8HA 1GGGA 3DP6A 1MY4A 2DQVA 2RCAA 4RYAA 1N04A 2UXAA 1R9LA 3Q28A 1QULA 1DOTA 5ITOA 4F1UA 4U1ZA 2NVUB 1Q35A 1BKAA 3KEIA 2X26A 4UA8A 3MVYA 4G8NA 1LB8A 3GLBA 5IAIA 2DS9A 1SQYA 5L8DA 3N5LA 4WKMA 1Y9UA 4XIGQ 2V84A 4PETA 1ZKBA 4MBPA 3EN3A 3TCFA 3FV1A 2DVZA 3R7XA 4C0RA 1POY1 3VLVA 4GQOA 2OCUA 3K1NA 2H25A 5DEXB 5CMCA 4XKRA 4G68C 1SBPA 4DDDA 4OEUA 3PUXE 4AB5A 3C4MA 3CRBA 2HZKA 2XXYA 4O3BA 5ELVA 2HCAA 2HZLA 1TXFA 1GR2A 2A5TA 2GH9A 3W9WA 1D9VA 2I4CA 2V25A 4GRKA 3FVGA 1B2HA 3K6VA 1MY3A 4JWYA 2THIA 2FNCA 1PC3A 2PBWA 1A7LA 3MPLA 4RK2A 2F7AA 4GOTA 4TLMB 1JVYA 2DWJA 2X7QA 1F9BA 2RC7A 3K1MA 4R72A 4FIMA 4TQUQ 5TU0A 1B5JA 2P2AA 4ZEBA 1BP5A 2RKMA 1DMBA 4IGTA 1FTOA 4QF9A 3FXRA 3CFLA 4YKKA 4ELQA 1L5TA 1LAGE 1B1XA 1TFAA 1ELJA 2F78A 4KR5A 1I6QA 1H43A 2QS3A 3VE1B 3PPPA 3PU5A 3TTMA 3I3VA 3LR1A 4LONB 4WEPA 1Y1MA 3PMXA 1DPPA 1B0HA 3IJXB 5I58A 3TCHA 3MPKA 3R6UA 2VOZA 3FJ7A 5A5XB 2A5SA 2F34A 2QS1A 3DP8A 1A8EA 2Z8EA 3M3LA 4RNSA 1PBQA 1J1NA 4OFOA 3FASA 1PB8A 5I56A 4HTGA 2G29A 4JB7A 3OO6A 3QYTA 2RCBA 2UYFA 3FUZA 1N7XA 3H6UA 4FE8A 2PX1A 3OXNA 2REJA 1MPCA 4DLDA 4BDMA 3IB0A 4H6DA 2PT2A 1PB9A 1H3DA 3K1PA 1QVSA 4MLQA 3OO9A 5HBCA 1MY1A 5DVJA 3CFXA 4JWOA 3ECRA 3BBRA 1B4ZA 1LGBC 4OFJA 1US5A 5EHSA 1JNFA 1M5EA 4PFWA 1P1NA 1FQFA 3UP9A 4F31B 5DEXA 3G3FA 2F8DA 4ZDMA 3L6HA 3TTKA 3L6GA 5DVFA 3VXBA 4EXLA 1UTBB 5I2NB 3TFLA 1XS5A 2Q88A 3T9UA 3FIRA 4LZ5A 3RN8A 3GBBA 3H6VA 1QUKA 2F36A 1OLAA 5FTIA 4ELRA 2FYIA 4KQPA 5H8QA 4OMBA 5EHMA 1ZMGA 4HS7A 4FEBA 3MP1A 4LA9A 4YU0A 3T9VA 2Q2AA 3PD8A 3RQTA 4O3CA 1OQGA 1IEJA 3BFUA 3T9HB 1Y3PA 1OLCA 3VFJA 3SERA 1B3FA 4MF3A 2R71A 1Q1KA 1N3XA 1OIBA 3LSWA 1LFHA 1MH4A 3QSLA 3N6TA 2PT1A 4YB6A 3IB2A 3VVEA 1WDNA 3T93B 4HCYA 3M8UA 3MZ1A 4F2OA 2QSXA 3G3JA 3LSLA 5CMKA 4AQ4A 1FTJA 3H7MA 1WVJA 3HHFA 4QSEA 4HW8A 2ONRA 1JQFA 5L9OA 1LAFE 3S9MC 2OLBA 1B5IA 4F3GA 1BLFA 4NWDA 1B6HA 2HAVA 3RGYA 2V3TA 3QUJA 3TTRA 3B7DA 2AYSA 4NF4B 3U93A 4OHNA 3O6GA 3KSJA 5A5XA 2ANJA 3MQ9A 3Q27A 5DVIA 1JW1A 1MXXA 2NUVA 1Z7NE 2I0CA 2XXTA 4YKPA 3GZGA 1M5BA 4I9DA 2UYEA 4R73A 4U4SA 1QW0A 2V3QA 3K6UA 4X1BA 3VVFA 3TKDA 5AA1A 3TMGA 4ZEKA 3H6WA 5I84A 5B70A 3P7IA 4I1DA 2ZNTA 1R6ZA 5DYHA 4NF8B 4U4XA 3RTFB 4F2QA 2XXQA 5I2KA 3FVNA 3A3UA 5HPQA 3CR9A 3CVGA 3U94A 3E4RA 5KDTA 4NEDA 2AIXA 4F29A 3MP6A 3Q29A 2H99A 1ZLQA 3HCQA 1MM7A 1D4NA 3TZAA 2AL5A 5M2VA 4ZEFA 4ZZEA 4YICA 2B65A 2XXXA 3OOAA 2ZYOA 3U92A 4BLAA 4ZS9A 1DSNA 3O28A 3VLUA 4QRZA 2VD3A 4OENA 4EQBA 2GFEA 5I58B 4F3PA 5J1DA 3KN7A 1MXZA 2UVGA 3OELA 4QSDA 3G3HA 1B46A 3PUWE 4PQJA 4KD5A 5ICQA 1HSLA 4ESWA 3FJMA 4XTCQ 1NNKA 2W7YA 3ODBA 5AE4A 5FHOA 3W15C 3PMVA 3IOVA 3S9EA 2NWJA 2Z8FA 4GL0A 2NXOA 1FQBA 3MP8A 3S2VA 4G8MA 3IOTA 4IO7A 5CBSA 5IKBA 2RINA 2ZXTA 5CC2A 1Y4TA 3DLNA 4YKIA 1XOCA 5I56B 1MY2A 4JXIA 3UIFA 1D3KA 1P1QA 4TLLB 1HSEA 3MAMA 4ZZAA 3OO8A 1LAHE 2I4BA 3EHSA 1Y3NA 4XKPA 1EZOA 3FD3A 2DP8A 2UVHA 3VXCA 1VFDA 1YTVA 3DM0A 1DTGA 4R6KA 2X7PA 5K2XA 2KLFA 3LC8A 4ZE9A 3IO4A 3K01A 1LBCA 1B05A 3CSBA 4IB2A 3Q26A 4ZEDA 2QPQA 4IO6A 3C36A 5H8FB 1P1UA 2OJTA 1DTZA 4G68A 1MXUA 3RLFE 4NF4A 4KCCA 2V93A 3T96B 3HSTA 2OWTA 3LBSA 4G77A 3MC2A 4OZ9A 4BDQA 4QFPA 2UVJA 1A99A 1ZIUA 3PD9A 4FEDA 3C31A 4TOZA 3AXFA 1UQWA 4YMBA 2CZLA 2XXUA 3F11A 4HCWA 1OVBA 4KHZE 1LAXA 1OMPA 3IORA 1MXVA 4OWDA 4I62A 3E3KA 3HN0A 5H8QB 1N3WA 3O2AA 4C1UA 4NF8A 1NNFA 2O7UA 1GV8A 2ZMBA 3LUYA 3K0VA 5H8HA 4YB5A 1N7WA 4G2ZA 4Q30B 1KWHA 3CG3A 2DVCA 2ESNA 2UVIA 5CI5A 3WAFA 1FQDA 4GF8A 5TPAA 3FZVA 2ZYNA 1FTLA 3VLWA 1I6AA 3H4ZA 3UGWA 1BIYA 3TPAA 2QMWA 5I57A 2QS4A 4LP2B 5AA3A 5ITPA 1MY0A 4N6PA 4POWA 4RA1A 2DWAA 2Q8JA 1H45A 3C34A 2B3BA 3LSXA 4OEVA 4E0WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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