1NKXA

Crystal structure of a proteolytically generated functional monoferric c-lobe of bovine lactoferrin at 1.9a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of a Proteolytically Generated Functional Monoferric C-lobe of Bovine Lactoferrin at 1.9A Resolution
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords LACTOTRANSFERRIN
total genus 110
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-01-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1nkxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1nkxA02
5AA2A 4OVJA 3TTNA 4F3PA 2RC9A 4G2ZA 4IGRA 2O7UA 2UVGA 1M5DA 1D4NA 2GHBA 2RC8A 2XX9A 4GIZA 4WXJA 4H67A 4AB6A 1MPBA 4JB7A 1FTMA 2DE4A 2Z8DA 3KN8A 4JDFA 1MQGA 3CSGA 3IJXB 4NF5B 4U4XA 2UVHA 3SEYA 5H8NB 2W7YA 4R6HA 2UVJA 1Z7NE 1B51A 1FTKA 4PFTA 5CBSA 3OO6A 4IO2A 4C0RA 4MF3A 5ISUA 3VLVA 1DTZA 1MXYA 1LB9A 4QSDA 4QRZA 1B3LA 3VXCA 1XVXA 3MQ9A 4KHZE 3ZKLA 1IQ7A 2RF1A 4R73A 4FIMA 3UN6A 1QUKA 4DIGA 2I0BA 3TYHA 3SEWA 2XHDA 3IORA 2DWAA 4OFJA 3DLNA 2B3FA 4JWOA 2ZNUA 3T93B 3TZAA 2DE3A 4YKIA 2KLFA 1LAHE 3GBBA 2ZMBA 3RT8A 3N5LA 1NNKA 3OO7A 2NOOA 4XIGQ 4O3BA 5DVFA 5HBCA 4XXUA 2QS2A 1PBQA 3PU5A 3THIA 1BTJA 2VP1A 1RKMA 2V84A 3IK6B 1EZOA 1S9TA 4G8NA 3RNNA 2O51A 1A55A 2I48A 2E0SA 2O84X 3K1NA 3L6HA 3Q25A 4LZ5A 4P11A 1B1HA 1NMUA 3PPNA 5CMCA 3SETA 2I3WA 2Q89A 3MWBA 3PMWA 3VFJA 3N26A 1D9VA 3DELB 5J1DA 3V8XB 1LCTA 1JVXA 3FATA 1DSNA 3OMBA 5TP9B 4LONB 5FTHA 4O3AA 4WKMA 2UVIA 4IY5A 1P1OA 2V3QA 4R6KA 4RK2A 1N7XA 1VFEA 2F35A 5JTYB 3UK4A 2O68A 3TTKA 1P1NA 2B65A 4TOZA 3G3IA 3H6WA 3JV9A 2ALUA 1B40A 3C31A 5DVIA 5AA1A 3RTWB 3CG3A 1MH3A 1URSA 3T9UA 4EXLA 5A5XA 2DSFA 5EHSA 1B7UA 2B3BA 3ZSFA 1OQGA 4YB6A 4G4PA 4BLAA 2O69A 3IR1A 1UTBA 4LP2B 4QFKA 3KBRA 2I4CA 1AH5A 4OFOA 2PVUA 1Z7ME 1FQAA 2ZYNA 3PD8A 4LQ2A 4RJZA 4LATA 4AQ4A 1LBBA 5I84A 1Y3PA 4RPOA 1I69A 4NWCA 4OZ9A 4GWOA 1YAEA 3ODBA 2ESNA 4GQOA 4QFNA 5EYFA 4ZEFA 3PUWE 4KYDA 1B58A 2D5WA 1MPDA 3RY3A 4JXIA 1ANFA 5AA4B 4NTLA 3FVNA 3VLUA 2F6GA 3MPKA 4KI0E 5LOMA 3CFLA 1B46A 4OYVA 1MH4A 3R7XA 3ZS6A 2DQVA 3H6UA 4NF6B 1DPPA 3E3KA 3UIFA 2VGQA 2IEEA 3PUZE 2F8DA 3D4CA 3W9WA 2LAOA 1B52A 2P1SA 4R2BA 2GFEA 4WEPA 4IO3A 5I59A 2YPNA 3LR1A 1H3DA 1TFAA 1WDNA 5F7VA 3FVKA 1B3HA 1I6QA 1Y1ZA 3ILUB 2UYFA 1LFGA 3C33A 1A54A 3Q29A 4ND9A 1GVCA 4JSDA 4Q8RA 4GF8A 4KFQA 3PPOA 3K02A 1MQHA 4OWDA 3A09A 1D3KA 1ZMGA 5H8HB 4X1BA 2XX8A 1A99A 4F19A 3OSQA 1QKAA 2AL5A 2O7IA 5KDTA 2ABHA 3TAJA 4DDDA 3IOVA 3K6XA 1OLAA 2THIA 3FV1A 4KCCA 3O97A 1IXHA 4OESA 2HZLA 2R71A 2PBWA 5BWJA 2G29A 2IA4A 5DVJA 5BUUA 4I1DA 1OVTA 2Q88A 2XXUA 3DM0A 3Q27A 1QW0A 4JSOA 4LVQA 2O6AA 4X48A 1II5A 3TELA 3SEUA 3UA8A 1BKAA 2CMOA 3SEVA 4G68A 2I3VA 1QKBA 4YZZA 2XX7A 1JEUA 4GXSB 4NF8A 2NVUB 1H43A 3W15C 2DXYA 2Z8EA 4TQUQ 4JWYA 3DP4A 5JK4A 1R6ZA 3UORA 1A7LA 1QULA 4M4GA 5DEXB 3MPLA 5KCJB 5A5XB 2REJA 4MH5A 4DZ1A 1IITA 1FW0A 3LSXA 1MY1A 2QSXA 4YKPA 1AL3A 1POTA 1UTBB 3BBRA 1S7YA 1LGBC 1JVYA 2PYYA 2F97A 4NEDA 4ZZAA 2Y84A 4F22A 3B6QA 1UQWA 2RINA 3JZJA 3MW0A 3U92A 1B2HA 4F1UA 4OERA 4FATA 4R2FA 1ZKBA 1FCKA 3FJMA 2QPQA 3GXAA 2FYIA 1IUDA 3I6VA 2Q2CA 4PFYA 3MJNA 5FHOA 4H8IA 1B7ZA 3KSJA 4LA9A 2F5XA 3S9LC 2VD2A 3MVZA 4PE5B 3GZGA 3TTMA 2OJTA 3MVXA 1B32A 3OENA 1DTGA 2UYEA 3SESA 2H25A 4POWA 2A5SA 1CE2A 3G3GA 4OMBA 4ZDMA 4RYAA 5CMBA 1SI0A 2I6EA 3B7DA 4OQOA 1TWYA 3HPIA 1EZPA 3H7MA 3LSFB 1HSEA 3K1PA 4OTEA 3TEPA 2ONKE 2P0SA 3KJ7A 1M5BA 2XXXA 3VXBA 2OZZA 4UACA 3S9MC 1MG1A 3V83A 1DOTA 1B7HA 4N07A 4NMYA 3U1OA 1TT1A 1Q35A 3KGCA 1JQFA 3FD3A 1IIWA 3U72A 1FTOA 1MXUA 4OFLA 3N94A 2ANJA 1DPEA 5CM6A 1XVYA 3LC8A 2OCUA 5AA2B 4PETA 1O63A 3MVWA 1EH3A 3MZ9A 1DMBA 3IX1A 1MS7A 1LAXA 1JW4A 1LCFA 3G3HA 1SI1A 5I58A 4YMBA 2R6GE 3DP8A 1PDAA 2F78A 3KN3A 3EHUA 3H6TA 5DTBA 4IY6A 1TFDA 3FIRA 4G77A 1FQFA 1N3WA 4LQ5A 1NH8A 3RT6B 2GRVA 3KJTA 3QSLA 4G68B 4KD5A 2AYSA 2HQ0A 2ZNTA 2ZYMA 3EHTA 5ICQA 2WKYA 1ELJA 1LFHA 2GH9A 1TXFA 4ZECA 3MP6A 4ZE8A 2I58A 3KEIA 4EQBA 1ZIUA 4EDPA 3VE1B 2X7PA 3VV5A 4UA8A 2HZKA 4K3FA 1MY0A 1N04A 1Y4CA 1SD3A 4ONYA 4QHQA 1MY3A 4H5GA 3LSWA 3RPWA 3TFLA 4ZEDA 3M8UA 3PUYE 3MAMA 2V3UA 4H65A 3T9VA 1O64A 1VR5A 2Y7PA 2OK2A 1T0KA 1N7WA 1PB9A 4JWXA 1GR2A 2OWSA 5IAIA 3G3JA 4QSEA 5AA4A 3FXQA 3FVGA 2RCBA 2Z22A 4ESWA 5HM4B 4P0IA 5L9MA 2Z8FA 4QFOA 5DYHA 1N84A 3QYTA 4OHNA 4RNSA 2XXHA 3CFZA 5I56A 1B9JA 3OOAA 2QL3A 2DWJA 1O7TA 2FNCA 4F29A 1LB8A 1FTLA 3OEKA 3CSBA 4THIA 1MXVA 1MXZA 3SERA 3TCHA 2O1MA 1POY1 1NNFA 2NWJA 1P99A 3FGSA 3K0VA 4MBPA 5B7DA 1USYE 4F3BA 5ICTA 3OO8A 4YKKA 1QJMA 1KWHA 1LAGE 3IO4A 3L6GA 4QFPA 5EHMA 5F1QA 1VE4A 5CRYA 1JW1A 1SBPA 1UTHA 2XXPA 4QF9A 1ZLQA 4DXBA 4LZ7A 4E0WA 3FV2A 3C9HA 4BDRA 4ELQA 3T9XB 4G8HA 1B05A 4YICA 4F39A 3MP8A 3H06B 3QUFA 4KPTA 4IO7A 3MVYA 2DVZA 5FHNA 4BDQA 3RUMA 4BDOA 1YCJA 2F36A 1H45A 2Y7WA 3HO7A 3QIMA 3VDFA 2DP8A 1Y3NA 2PX1A 4LUBA 2Q2AA 2CZLA 1MQJA 3RLFE 4FAJA 2DXRA 5I2NB 3C32A 2AIXA 1NL5A 4NF4A 5AA2D 2XXVA 3K00A 3EF7A 2XXIA 3HHGA 3VLWA 3U93A 3T22A 3TCGA 4GL0A 1SVXB 4YMAA 4F1VA 1UIVA 5FTIA 2V3TA 1LSTA 1B5IA 1MQIA 1MPCA 1USYH 2DE2A 2XXQA 2Y7KA 1PEBA 2Y7IA 2ZYKA 4KYSA 2H5YA 3O9PA 4O3CA 4DE8A 2ZYOA 3C4MA 3K6VA 4U23A 4WEDA 3ZKKA 4Q5TA 2F6PA 3IOUA 4XKQA 3C36A 3IB2A 3IB1A 4I62A 3ILTB 4ELPA 3K2DA 4F2OA 4U21A 1A8EA 3QK6A 4XKPA 4OETA 4DXCA 5CBRA 1URDA 3KN7A 4ZEBA 3TQWA 1SW4A 4U4SA 3D4GA 4ESXA 2YLNA 4H1XA 3PMVA 3VVDA 4ZE9A 1EZ9A 3FZVA 3PUXE 3IOWA 4H5FA 1XHYA 1GTKA 3UP9A 3C34A 3FXUA 3MC2A 2PT1A 4MLQA 5KZTA 3EPEA 2H98A 3OXNA 4HTGA 1YTVA 3CRBA 4N6PA 4YB7A 1Q1KA 3T66A 5KCJA 1MQDA 1XOCA 3PV0E 4U1OA 4U22A 2OLBA 2Y7RA 4Q30B 4TLMB 4DCXA 4M1VA 4HW8A 2DS9A 3K4UA 4IO6A 4R72A 3R6UA 1MRPA 1QUIA 3AXFA 3P7IA 1MXXA 1NNPA 2F7CA 4RA1A 4RPNA 2Q9TA 4I8CA 4ELRA 4R74A 5I57B 1PB8A 3MBPA 3B6TA 1FTJA 2M8CA 3I3VA 3N6UA 4KQPA 4NF4B 3S2VA 3TKDA 3TTLA 3BKIB 1JEVA 2HXWA 2H9BA 2Z23A 4FE8A 3S9EA 1R9LA 1MM6A 4PQJA 3VVEA 5L9OA 5H8FB 5DT6A 5H8QB 1M5FA 3OD7A 3TMGA 4PP0A 4U1ZA 4ECFA 1B5JA 3IL1B 3EQ1A 2VD3A 3OELA 4GXAA 1NKXA 3IOTA 1R1NA 5CI5A 5DEXA 5IKBA 1WODA 3I5OA 4IO5A 3E9XA 1Y1MA 4OXVA 4KCDA 2DWHA 1LAFE 1N76A 3HV1A 5K2XA 4F2QA 1AMFA 4F3SA 1AOVA 1B3FA 1Y3QA 3SDFA 1XS5A 3CVGA 3EN3A 2DVCA 3OSRA 4BDLA 4E0XA 5HPQA 3C35A 4YB5A 4BDNA 2OBGA 4DXUA 3M3KA 3MZBA 3JYRA 3LBSA 3LSLA 2V25A 3M3LA 1JNFA 4C1TA 3PPPA 3U94A 3BFTA 3ECRA 3RN8A 1HSLA 2D21A 1FQBA 2H99A 4QFLA 4XKNA 1AIVA 2QS3A 5AA3A 1ZJLA 1ZTYA 1H76A 4KR5A 1OVBA 5H8HA 3KFMA 2QS4A 3QXMA 5I2KA 1OIBA 1US5A 5CMKA 1A40A 3KG2A 1B4HA 1P1QA 3V89B 1XT8A 3MZ1A 5I56B 4MFIA 3IAZA 2AL4A 4PFUA 2H4IA 2XXRA 1ATGA 2XD2A 3RTFB 2F7AA 1B6HA 3N6TA 3PPQA 3TUSA 2RKMA 1SW1A 5I2KB 5L8DA 3OEMA 3SKPA 3H4ZA 2VHAA 2RCAA 5H8QA 2DYXA 1URGA 3K6WA 1MY2A 3IB0A 1LLSA 4GLIA 5FHMA 3EHSA 1QVSA 4FEDA 4RY1A 4OEUA 4LZ8A 4POXA 4IB2A 1N0TA 1SYHA 2REGA 4OEVA 4EQ9A 2VOZA 2X26A 2HAUA 3FASA 4GL8A 2RC7A 1N3XA 1SDXA 3DP6A 5H8FA 2QMWA 4FJPA 2XXYA 3CG1A 3T96B 5I57A 3U8QA 1XC1A 4N13A 4XKRA 3HHFA 4ZZEA 4IGTA 5K2YA 4U2RA 3PD9A 3A3CA 3SEXA 2ZXTA 4KYEA 4H6DA 3O66A 5H8SA 3RQTA 1Y20A 3K01A 2ONSA 1LFIA 1WVJA 2NUVA 3CIJA 3O29A 4NE4A 4ZS9A 5TP9A 2OWTA 1IZ1A 1IEJA 4NWDA 5JTYA 3FJ7A 4ISUA 3WAFA 5CC2A 2HCAA 3E4RA 3PGFA 3H03A 1S50A 3QUJA 2DOJA 5B70A 5I58B 1OQHA 3QAXA 1P1UA 4FEBA 4FORA 1UIUA 2ZNSA 4IO4A 4ELOA 1B1XA 3ONMA 4F1YA 1M5CA 2O1LA 3FXRA 2E1SA 2X7QA 1H44A 2Q8JA 4HCWA 3USDA 4DCYA 1B3EA 1F9BA 2I0CA 4DLDA 3FUZA 4F3GA 4BDMA 1GGGA 1ZBMA 2HAVA 3O2AA 1ZU0A 3Q28A 4RK9A 4P0GA 1SQYA 1CB6A 4G8MA 4YKJA 3RGYA 1MY4A 3KSXA 4R75A 1LBCA 4AB5A 4L17A 3KZGA 3M3FA 1MDQA 4C1UA 3PMXA 2XD3A 3HSTA 4EF2A 2XXTA 1PBPA 4PFWA 4Q0CA 3B6WA 3IO6A 2YJPA 2XXWA 3O6IA 3OO9A 4GD5A 2QJEA 1M5EA 4R6YA 1JW5A 2NXOA 3G3KA 5H8NA 4GOTA 5L9SA 3KOTA 4NF5A 4TLLB 1NH7A 4YAHX 3H6VA 3E13X 3S9NC 1B0HA 2F34A 3VVFA 1RYXA 3A3UA 3FVOA 2I49A 2R9JA 3PUVE 4HS7A 4GVOA 5TU0A 1YPNA 3K6UA 4ZEKA 1PC3A 4NF8B 4JBZA 1D9YA 3R26A 3IJOB 1PB7A 3O6HA 3TODA 2HFBA 4R9FA 1OMPA 3S4UA 4X9TA 5JEIA 4Z7EA 1B3GA 1US4A 1FQCA 3TPAA 3G3FA 1BLFA 3TQLA 1MDP1 1VSOA 4H0WA 1NFTA 2ONRA 3V5AA 4OENA 4R9GA 2QMXA 1Y9UA 2DWIA 4XTCQ 1I6AA 3GBAA 1EU8A 3LUYA 4EUOA 3KOSA 3TCFA 1R9QA 1Y4TA 1SW2A 2HEUA 3CR9A 3HCQA 5I2NA 2G93A 4I9DA 4Z0IA 1UTHB 3O28A 2BJJX 3MUQA 3Q26A 4HCYA 3BFUA 3CFXA 5TPAB 4F31B 3WAEA 3MP1A 3HN0A 4H8JA 4MLVA 1FQEA 2QRYA 4NF6A 1GV8A 1SW5A 4EXKA 1I6BA 1B5HA 3GLBA 5ITOA 1IXCA 1SYIA 2GHAA 5AE4A 5I59B 1P1WA 2QS1A 5CMMA 1JETA 1MXWA 2F7BA 1QUJA 2D3IA 4EQ7A 1L5TA 1B0LA 2I4BA 1HSJA 2V93A 3UGWA 3K1MA 2FA7A 4QSCA 4GFRA 1OLCA 3FJGA 4EF1A 4RXLA 1IXGA 1BIYA 5ITPA 4F18A 4FECA 2A5TB 5M2VA 3PPRA 3CI8A 2UXAA 1RYOA 2PMSA 1BP5A 2A5TA 3F11A 2P2AA 2PT2A 3TTRA 3G7WA 3O6GA 4G68C 3W9VA 4YU0A 1A8FA 5ELVA 3H3GA 1FQDA 1NNTA 4X1DA 3T9HB 5KDTB 5TPAA 1J1NA 1MM7A 3TDJA 4GRKA 1IXIA 4ZEIA 1VFDA 1B4ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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