1B4ZA

Oligo-peptide binding protein (oppa) complexed with kdk
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
ADVPAGVQLADKQTLVRNNGSEVQSLDPHKIEGVPESNVSRDLFEGLLISDVEGHPSPGVAEKWENKDFKVWTFHLRENAKWSDGTPVTAHDFVYSWQRLADPNTASPYASYLQYGHIANIDDIIAGKKPATDLGVKALDDHTFEVTLSEPVPYFYKLLVHPSVSPVPKSAVEKFGDKWTQPANIVTNGAYKLKNWVVNERIVLERNPQYWDNAKTVINQVTYLPISSEVTDVNRYRSGEIDMTYNNMPIELFQKLKKEIPNEVRVDPYLCTYYYEINNQKAPFNDVRVRTALKLALDRDIIVNKVKNQGDLPAYSYTPPYTDGAKLVEPEWFKWSQQKRNEEAKKLLAEAGFTADKPLTFDLLYNTSDLHKKLAIAVASIWKKNLGVNVNLENQEWKTFLDTRHQGTFDVARAGWCADYNEPTSFLNTMLSDSSNNTAHYKSPAFDKLIADTLKVADDTQRSELYAKAEQQLDKDSAIVPVYYYVNARLVKPWVGGYTGKDPLDNIYVKNLYIIKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and calorimetric analysis of peptide binding to OppA protein.
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords PROTEIN (OLIGO-PEPTIDE BINDING PROTEIN)
total genus 187
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1b4zA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1b4zA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1b4zA02
2FNCA 1US4A 4ZE8A 4Z0IA 3M3LA 2NWJA 3KOTA 3LC8A 3VE1B 4NWCA 1MXXA 1RYXA 2VD3A 1IEJA 4UACA 2B3FA 3ILTB 2RC9A 1NNKA 1AMFA 3K1PA 1FW0A 3FTOA 3B6QA 2OK2A 2Q2CA 2VOZA 4R6KA 4QRZA 1JVYA 1US5A 1ZIUA 5I2KA 1H3DA 3SEYA 3FVOA 4PP0A 1QULA 3FXRA 5KDTB 1IXCA 3H6WA 3OMBA 1UTBA 3DP6A 4QFNA 1GTKA 3O2AA 2VHAA 1MY2A 1F9BA 1UQWA 1YAEA 4OYVA 2HQ0A 4PETA 4EDPA 3MC2A 1S50A 3PMVA 4ELRA 1GVCA 1Y4TA 4GD5A 2GRVA 3IOUA 5H8HB 5JEIA 1JNFA 1M5BA 1YTVA 5I59B 4IO6A 4U1OA 4OESA 3IO6A 1UTHB 2B4LA 3W9WA 4ZEBA 3CFZA 1SQYA 4NWDA 3K00A 1ATGA 2VP1A 3TELA 3IOTA 1WVJA 1B2HA 1A8FA 3IJOB 3FGSA 3I3VA 2A5TB 3C34A 3H6TA 1XT8A 4X48A 3B6TA 2Y7IA 1P1WA 4FEBA 3H06B 4K3FA 1B7HA 4LP2B 3SESA 3CSBA 1Y20A 3KN3A 3CVGA 3BBRA 3K6UA 1MQHA 2O51A 4EQ9A 1OVBA 4F22A 5CRYA 3DRKA 3MZBA 1B51A 2ZNUA 3OEMA 2HAVA 2FYIA 3O6HA 4JSDA 2Y7RA 3V83A 3UK4A 5L8DA 3H3GA 2ONKE 2F8DA 2P2AA 1BTJA 1SYIA 1B6HA 3RNNA 3UGWA 2B4MA 3CG3A 1HSJA 2AL4A 3PPPA 1T0KA 3OSQA 2DVCA 3UP9A 4DXBA 2Y84A 2F97A 1XVXA 3M8UA 1B1XA 3C35A 4QFKA 5CM6A 5M2VA 2Y7PA 3VDFA 3MVWA 3K6XA 4HW8A 5JTYB 3IAZA 3KJ7A 1BP5A 3L6GA 4OEUA 3USDA 4LQ5A 2O84X 5DEXB 1RYOA 2LAOA 5KCJA 4U1ZA 3SETA 4C0RA 1TFDA 3KN7A 4F19A 1KWHA 1B4ZA 3MZ1A 2DE2A 3N6TA 2XXVA 4RPOA 1H45A 1PC3A 1XHYA 2GFEA 4GXAA 3CG1A 4GQOA 1FQAA 1FTMA 3CSGA 1FQFA 3K1MA 3Q26A 4F2OA 1DMBA 3FXUA 3KEIA 3MAMA 3LUYA 4H6DA 5L9OA 2Z22A 2PVUA 1Y1MA 1EH3A 3Q28A 2G93A 2R9JA 3VXBA 4BDOA 2O7UA 3MWBA 1Y3NA 2DWIA 3FXQA 3EHTA 5TP9A 4R6HA 2D3IA 4E0XA 5EHSA 4YB7A 1P99A 1LGBC 4YKIA 2XX9A 4NTLA 4TLLB 5FHOA 3PV0E 2AIXA 1PB8A 1CE2A 1N3XA 3IOVA 2AYSA 2G29A 3TTLA 1MY0A 3C33A 1A7LA 2Z23A 2WKYA 4GF8A 2UVJA 4G68C 3TZAA 3TMGA 5H8QB 3ZKLA 4HCYA 1XS5A 2QL3A 3D4GA 3MPLA 2F78A 2UVIA 2XXTA 4NF4B 2Q88A 3LBSA 2IEEA 2A5SA 2M8CA 3IJXB 4FE8A 3SEWA 3TEPA 1MPDA 5AA2A 4WXJA 4XKRA 5F1QA 3GBBA 4ZS9A 3QK6A 2UVHA 2REGA 2RF1A 1MDP1 4QF9A 4H67A 1PBPA 4XIGQ 4NF5A 3FUZA 1B46A 2I3WA 1IIWA 3T9HB 2NUVA 1MH4A 3MVYA 2HAUA 2H4IA 3OO7A 1BKAA 4ZZAA 3H6UA 1MG1A 5EHMA 5HM4B 1A99A 4MFIA 1O7TA 4F29A 2UVGA 3D4CA 1I6QA 3LSWA 1B5JA 1IZ1A 1QUJA 3OELA 3C36A 1MM6A 4KYEA 4KHZE 4ISUA 4H1XA 1SYHA 5CMCA 5L9MA 3PD8A 1Q1KA 4QHQA 4LUBA 2F36A 4PFUA 3MVZA 4FEDA 3DRHA 1JW1A 4WEPA 2B65A 1MXVA 4QSEA 3VV5A 3LR1A 5KZTA 2Y7WA 3O9PA 1AH5A 4R2FA 3GLBA 3IO4A 2H5YA 5EYFA 1Y4CA 3MZ9A 4G4PA 4P11A 1OVTA 2R6GE 1Q35A 4GWOA 5ICQA 4F2QA 4WEDA 3O29A 5DT6A 5H8FA 4YU0A 5ISUA 3T9XB 3UORA 3H6VA 4EF1A 2X7PA 3K6VA 3WAFA 1EZ9A 4R2BA 4H5FA 1AOVA 1EU8A 3W9VA 1JETA 3K01A 1FQDA 2OJTA 5I58A 2XD3A 3QUJA 4L17A 1FTKA 4N13A 2Y7KA 2DOJA 4ND9A 4H8IA 4OFOA 3QSLA 1LFIA 4QSCA 5BWJA 2RCAA 4RNSA 3KG2A 4R9FA 1DPPA 4YKPA 3RGYA 4XXUA 3R7XA 3TKDA 2P1SA 4NF8A 4M1VA 4TOZA 4OENA 3UIFA 3KGCA 3THIA 4NEDA 3I6VA 4YAHX 2V3UA 1S7YA 4IGTA 3JZJA 3L6HA 3DRJA 4R9GA 2YPNA 4IGRA 3BFTA 1LBBA 4G77A 2F6PA 3IB1A 2OLBA 3T22A 1NNTA 3CRBA 1VFDA 2I3VA 4P0IA 4KPTA 4ELPA 4KCCA 3MVXA 2NVUB 1B3FA 1MQJA 1QUKA 3MJNA 3A3UA 3TUSA 1B4HA 3IORA 4N6PA 4XKNA 5ITOA 3MP8A 4G68A 5TPAA 3A3CA 3T66A 4NF6A 3IL1B 1GR2A 4DXCA 1SI0A 1H44A 3DLNA 4LQ2A 4KQPA 4XKQA 3HPIA 1VSOA 3MP1A 1ZU0A 1NH8A 2ONSA 5AA4A 3HO7A 1QJMA 3Q29A 1N7XA 4JBZA 3HHGA 3VFJA 4BDLA 2I49A 4KCDA 3B7DA 4OQOA 5K2YA 3RT6B 4X1BA 3TPAA 1JQFA 3TQLA 5KCJB 1IITA 2KLFA 3FD3A 4MBPA 1B5HA 1B7ZA 4RYAA 1NMUA 1B32A 4F1UA 2Q2AA 3K6WA 3LSLA 3RY3A 1R9LA 1USYE 3RT8A 4RA1A 3ODBA 1AIVA 1LAXA 2DSFA 4HS7A 1P1OA 3OEKA 1P1NA 5CBRA 1LAGE 1N3WA 1NFTA 4OETA 4ONYA 1BLFA 2V84A 2PX1A 3G3KA 4QFLA 1OIBA 1XOCA 3VLWA 1SW2A 4U4SA 3U92A 3S4UA 2DXRA 2QS3A 3TDJA 3OO6A 3U93A 3SEVA 2DXYA 4GXSB 3MUQA 3TODA 3GZGA 1Z7ME 4U21A 2XXRA 3DRGA 4KYSA 5TP9B 4G8MA 1M5EA 3QIMA 4IO4A 3TTKA 3RTWB 2PT1A 3OENA 4I8CA 1DPEA 2XXWA 2X26A 2HZKA 3E9XA 3IOWA 2WOPA 3PGFA 4OERA 3K0VA 4IO3A 3IK6B 1II5A 1I6BA 2I0BA 3HHFA 1SW5A 4IY5A 1ZJLA 1A54A 3O28A 3G3IA 1URSA 3PPNA 3M3KA 5F7VA 2QS2A 3KN8A 1M5DA 3KBRA 3BKIB 4X1DA 2Z8EA 5I2NA 4Q5TA 2HCAA 1R1NA 2YLNA 1UIUA 1I69A 3S2VA 2UYFA 4AB5A 4NF5B 2V25A 3RUMA 3T93B 2QJEA 5CMBA 4DXUA 5I57A 2H25A 2Q8JA 1N04A 2NOOA 4ELOA 2VD2A 5KDTA 1EZPA 4JDFA 3N5LA 1OLCA 5J1DA 5ITPA 3QXMA 4BDMA 4BDQA 4JWXA 1LCFA 3KSXA 4NMYA 3OOAA 3PMXA 4R75A 3PAMA 4I9DA 3TQWA 4EF2A 1RKMA 3Q27A 5H8HA 3MW0A 4FIMA 2RINA 1VE4A 4BDNA 1SDXA 3OO9A 5I59A 5HPQA 5H8SA 2E1SA 2R71A 3CR9A 3RQTA 4F3SA 2DVZA 1H76A 2DWHA 2ZMBA 3FVGA 3SEUA 3K1NA 3TTMA 4FAJA 4JWOA 4OXVA 4QFOA 4RJZA 3PPQA 2ZXTA 2HEUA 3TCGA 3FJ7A 3S9EA 2PYYA 2V93A 1IXIA 4POXA 1FTJA 2DWJA 2WOKA 3CIJA 1IXHA 3CFLA 2HFBA 3ONMA 1FQCA 1R6ZA 1O63A 1NNPA 1PEBA 4GRKA 3S9MC 1ZKBA 1AL3A 5DYHA 2REJA 5H8NB 2DS9A 3PUXE 3KFMA 1HSLA 4OMBA 1NH7A 4POWA 4NF8B 4OFJA 1QVSA 2FA7A 2RKMA 3RN8A 2AL5A 1Y3PA 1MXWA 4ZEFA 1B58A 3DM0A 4GOTA 4H0WA 4R6YA 2VGQA 4N07A 3FJGA 4ESWA 4JXIA 5JTYA 1MQGA 3MQ9A 3N6UA 5ELVA 2UXAA 3IB2A 5IKBA 4H5GA 3T96B 1OMPA 4LZ5A 1B7UA 5TU0A 3N94A 1MXZA 3CFXA 1B5IA 4G68B 1ZTYA 3EF7A 3FZVA 3T9VA 3TAJA 3DP4A 1MY1A 4NF6B 3FVNA 1IXGA 3H4ZA 3EQ1A 1EZOA 5I2KB 4Q30B 1D9YA 1QKBA 4R73A 1Y9UA 5AA4B 5AA1A 3GXAA 2QMXA 4U23A 3B6WA 2HXWA 2F7AA 4EXLA 2GH9A 2ZYMA 1LAHE 2Q9TA 1BIYA 3TFLA 4LZ7A 2RCBA 1UTBB 2ANJA 3VXCA 3RTFB 4Z7EA 3TCHA 4YB6A 4AQ4A 2V3TA 3S9NC 4KFQA 1MRPA 3FVKA 4PQJA 5CC2A 4ZECA 2H98A 4DCXA 3R6UA 1LAFE 3N26A 1A40A 2D21A 3SERA 3EN3A 4TQUQ 4QSDA 2X7QA 4YB5A 3S9LC 1B3GA 3RYBA 1FTOA 1MY4A 4YMBA 4E0WA 3LVUA 3H03A 4JSOA 4YKKA 1JVXA 5FHNA 1SVXB 2YJPA 1WODA 3BFUA 2B3BA 2F34A 3C31A 1B40A 4RK2A 2DQVA 1VFEA 3TTNA 3PD9A 4EUOA 1P1QA 4TLMB 3QUFA 4OWDA 4NF4A 4U2RA 3E4RA 2QSXA 4ZEKA 3EHUA 4GLIA 1JEVA 4R72A 1MPCA 1B1HA 4DIGA 3OSRA 3TTRA 4BLAA 3UA8A 3G3GA 3PUVE 4PFTA 3RYAA 3V5AA 2QRYA 1M5FA 3QYTA 2ALUA 4I1DA 2UYEA 4THIA 4AB6A 1OLAA 1MM7A 2F35A 3F11A 5LOMA 3HV1A 4F3BA 4ZE9A 1D3KA 4O3CA 1D4NA 3CHGA 5B70A 4FECA 3PU5A 2O6AA 2QMWA 4ZEDA 3H7MA 3E13X 3HN0A 5I2NB 4F1YA 2F7BA 2QPQA 4JWYA 2O7IA 2DE3A 3K4UA 4OFLA 4HCWA 3VVDA 5I57B 5CBSA 1ZMGA 1WDNA 4IO5A 1P1UA 1A55A 4LATA 1DOTA 2XX8A 3ILUB 5JK4A 1LSTA 5I56A 3O6GA 4GFRA 2I4BA 3W15C 4DZ1A 1NKXA 2DP8A 1Z7NE 1LB8A 1JEUA 3UN6A 3IR1A 3HSTA 1QKAA 1JW4A 2XXYA 4RXLA 4YZZA 2THIA 4H65A 3E3KA 2W7YA 3AXFA 3TCFA 5L9SA 5IAIA 3ZKKA 1Y3QA 4OTEA 5DVFA 4X9TA 4BDRA 4F18A 1D9VA 4C1TA 3TYHA 4Q0CA 1LB9A 3KOSA 3IX1A 1H43A 2I0CA 5FHMA 4IB2A 1O64A 2V3QA 3V8XB 3WAEA 2GHBA 4PE5B 3T9UA 2F7CA 2CMOA 5A5XA 3A09A 3KZGA 3JYRA 3G3FA 5FTIA 5AE4A 1URDA 1B3LA 1DTZA 2NXOA 2F5XA 2I48A 4GVOA 1R9QA 2Q89A 2DWAA 1DTGA 4O3AA 2I6EA 2HZLA 1N84A 1ELJA 4ELQA 4OHNA 2OCUA 2ZYNA 3PUYE 3V89B 5AA2B 3C32A 3FATA 1ANFA 4NE4A 4OEVA 4KI0E 3LSXA 1DSNA 1Y1ZA 5CMKA 1NL5A 4OZ9A 1TXFA 1N7WA 1JW5A 1SBPA 4G8HA 5K2XA 4KD5A 3QAXA 2XX7A 1PB9A 1LBCA 4ECFA 1FCKA 5ICTA 3EHSA 1B05A 2ONRA 2O68A 3MPKA 2XXXA 1MPBA 1MQDA 1POTA 2D5WA 1SW1A 4F39A 2WOLA 4O3BA 4ESXA 3FJMA 1YCJA 3OD7A 3DELB 3K2DA 2ABHA 3P7IA 1TT1A 3IB0A 2XHDA 3FV1A 1UIVA 4F3GA 1UTHA 4XKPA 2F6GA 4MH5A 4MLQA 3FASA 4Q8RA 4YMAA 2XXUA 1IUDA 2GHAA 2Z8DA 1OQGA 2OBGA 4GL0A 1B3HA 1MQIA 3Q25A 2E0SA 2H99A 2A5TA 4KYDA 5H8FB 4HTGA 3ECRA 4KR5A 1GGGA 2XXHA 2Z8FA 2PT2A 3OO8A 1PDAA 4QFPA 4LVQA 2I58A 3VLUA 5I58B 5DVIA 4IO7A 2XXIA 3O97A 3O6PA 2P0SA 3DRFA 1MY3A 1FQEA 4RY1A 3I5OA 3KSJA 1TFAA 4LA9A 3MBPA 1LLSA 2QS4A 2ZNSA 1ZLQA 4MF3A 5I84A 1MS7A 3O66A 1N76A 3PMWA 1LCTA 1B0LA 1A8EA 4R74A 3KJTA 4EXKA 3RLFE 3VVFA 1FTLA 4LZ8A 1N0TA 1FQBA 2BJJX 1NNFA 2I4CA 5DEXA 1QUIA 2IA4A 2O1LA 3O6IA 4DE8A 4OVJA 1URGA 2PBWA 3CI8A 5HBCA 4H8JA 4U4XA 1SW4A 3SEXA 4XTCQ 2O1MA 3U72A 1HSEA 4M4GA 2OZZA 4PFYA 2QS1A 1IQ7A 5TPAB 2XD2A 1B3EA 4LONB 5DTBA 4IY6A 1YPNA 3U1OA 1B0HA 3C9HA 1OQHA 4FJPA 3U8QA 2ZNTA 1M5CA 1L5TA 1B52A 4ZEIA 3RPWA 1PB7A 3ZSFA 4ZZEA 3FIRA 3MP6A 2O69A 4EQ7A 1VR5A 3EPEA 2DYXA 4RPNA 4MLVA 3M3FA 3VVEA 5CMMA 1GV8A 3DRIA 3LSFB 2XXPA 1POY1 2RC7A 2H9BA 1S9TA 3R26A 3PPOA 4I62A 5DVJA 4ZDMA 1MH3A 4F31B 4F1VA 3G3HA 5BUUA 1B9JA 4EQBA 3FV2A 3G3JA 4G8NA 4GL8A 2DE4A 4U22A 5I56B 2ESNA 4P0GA 3DP8A 3HCQA 1I6AA 5CI5A 1LFHA 2XXQA 2OWSA 5AA2D 1MDQA 4DCYA 2RC8A 3ZS6A 2ZYOA 4RK9A 1TWYA 2ZYKA 5B7DA 1USYH 4IO2A 4UA8A 4G2ZA 4JB7A 5H8QA 3G7WA 4PFWA 2CZLA 3GBAA 1SI1A 4FORA 3PUZE 1XC1A 3U94A 4WKMA 4F3PA 1PBQA 1CB6A 4GIZA 4FATA 2PMSA 3JV9A 3K02A 3PUWE 1SD3A 1J1NA 5H8NA 4C1UA 1MXUA 1QW0A 4YKJA 1MXYA 4DLDA 5AA3A 3SDFA 3VLVA 5FTHA 5A5XB 2OWTA 3C4MA 4YICA 1LFGA 4DDDA 3PPRA 3SKPA 3OXNA 1XVYA 1ZBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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