3I3VA

Crystal structure of probable secreted solute-binding lipoprotein from streptomyces coelicolor
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
391
structure length
391
Chain Sequence
PDTLVVHTQLGTTAPGSPTYLAAVDRFREENPGVKIKNLVNGDDLAQVYETSRLARKEADVVMVNLYDKTLAWTDVGATVDVKPYLDDWGLRGRVLPAALADWTDDEGRVRAFPYFATNWPVAYNRALLDRAGVDAIPTTGDQLIAAARKLRAKGIAPVTVGGNDWTGQKLLAQIIQTFLSQDEARHVYSTGDFGVRGARLGIEYFAHLRDAGVFADKAQGLTSDSMTTQFNTEEAAVQSAMSSALAKVPEKVAGHTEVGGWPLADGAAHDGPTVIRAYTLIGFWISPNGVRKIEQVEKFLRFMYRPDVVARFVTESGRDMALRTDAVSTGFPLVGAAQRLGSEVSQVLLPDVYVPPAAAQPLITATSTSFTRGTSPARVRAALESAYRSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Probable secreted solute-binding lipoprotein
publication title Crystal Structure of probable secreted solute-binding lipoprotein from Streptomyces coelicolor
rcsb
source organism Streptomyces coelicolor
molecule tags Transport protein
total genus 140
structure length 391
sequence length 391
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i3vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i3vA02
4OFOA 4F3BA 1FQDA 1FW0A 3UGWA 3IO4A 2F5XA 1B3FA 4N07A 3D4GA 5HBCA 3U93A 2VD3A 4EDPA 4DXBA 4RA1A 5B70A 4NF5B 1LFHA 5I2NB 4F29A 1XOCA 4IY6A 4KR5A 3MVYA 4P0GA 4ISUA 3PGFA 1MXVA 2DQVA 1AH5A 4Z0IA 2PT2A 3HO7A 1MQIA 3GBBA 3C33A 4KYSA 4C0RA 2OBGA 4NF8B 5I56B 3U1OA 2XXWA 1UTBB 2F34A 5I59B 4DLDA 2I4BA 2AIXA 1SW2A 3CI8A 5L9OA 3MWBA 3O6GA 1HSJA 5I58B 1UTHB 3T9VA 2F6PA 1MDQA 1GV8A 3G7WA 3MZ9A 3MUQA 4H0WA 1OVTA 1R9LA 3ECRA 1D4NA 2DWJA 1I6AA 4E0XA 2PT1A 3SESA 3FD3A 1B2HA 2VHAA 4KHZE 1MQJA 2H9BA 3Q27A 3T22A 4NF4A 4X9TA 3UIFA 4JSOA 3UK4A 1AIVA 2A5TA 2UXAA 3CVGA 4G68C 2HEUA 2Z8EA 4DXUA 3PPQA 4G68B 3T9HB 3WAFA 4Q30B 4R73A 4KQPA 2UYFA 3DELB 3E9XA 2F35A 4U2RA 4KCCA 2G29A 3KN7A 1FTOA 1MM6A 1MH4A 3I5OA 1R6ZA 1FQBA 2DE4A 3A09A 3ODBA 2FYIA 4ZZEA 2F97A 4GOTA 1A7LA 2IA4A 1AL3A 3OMBA 1NNPA 1FCKA 3EHTA 4P0IA 3W9WA 4RPNA 1CB6A 3CR9A 5EYFA 3FV2A 4MF3A 4X1DA 1URDA 3E13X 4TOZA 1PBQA 4YAHX 3S9MC 3SKPA 1IXCA 2QMXA 1RYOA 1AMFA 4JBZA 3SEYA 4RJZA 1MQHA 3K01A 2X7PA 2VD2A 3H6UA 1J1NA 1B3LA 3MP6A 1FQCA 4G4PA 4F1YA 1JNFA 4Z7EA 2ZYKA 2REJA 1RKMA 2DWHA 4GL0A 3DM0A 4AB6A 4RYAA 1Z7ME 2XD3A 4F31B 4I62A 1B7ZA 3M3LA 2O7UA 2ALUA 1B3GA 4XTCQ 3CFXA 4HCYA 1OLCA 5H8QB 4ONYA 3G3KA 1OIBA 3B6QA 3KSJA 4YKJA 4GQOA 3FGSA 1MY2A 1XVYA 3C31A 4YB6A 3TTLA 1Y3QA 1IIWA 2DVZA 2RF1A 1GR2A 2FA7A 1ZJLA 4LUBA 4H1XA 5K2YA 3W9VA 5CMBA 2XX8A 1IZ1A 4GIZA 3RT6B 4RK9A 1EZ9A 4KCDA 4O3CA 2NXOA 4IO5A 3RN8A 5M2VA 3O66A 3HSTA 3RQTA 1LB9A 4R9FA 4YU0A 4NF4B 1ZU0A 2KLFA 5A5XA 4U21A 4NMYA 5ELVA 1SI0A 2A5TB 2RCAA 3V5AA 1MPBA 5CRYA 2O51A 1MM7A 4IO4A 3TCGA 4OENA 3TMGA 3WAEA 5H8NA 1ZIUA 3L6HA 2OWTA 3T9UA 1B51A 2PBWA 3ONMA 4KYDA 3H3GA 3SDFA 1CE2A 3EHSA 3O29A 2HZKA 4YB5A 2UYEA 1GTKA 2DWAA 2O1MA 1B32A 1VFEA 3K4UA 1A54A 1H3DA 4NF5A 4EQ9A 5I2NA 3A3UA 4K3FA 4P11A 1IUDA 3T96B 5L9MA 4POXA 3HHFA 3LC8A 3FXRA 5AE4A 3PUXE 3C32A 4IO3A 3IB1A 3KG2A 1IXGA 2F78A 2CMOA 1VR5A 5CM6A 4F1UA 1P99A 1NNKA 4M4GA 2Q88A 2LAOA 1PB9A 5TPAA 2P1SA 3IOWA 3KSXA 1L5TA 3Q29A 4XXUA 4QHQA 4JSDA 1MQGA 2RINA 2Y7PA 1YAEA 1A8FA 4QFNA 1RYXA 4JWYA 2O6AA 4ZE8A 3MVXA 1MPDA 2RCBA 3IX1A 3K6VA 3ZKLA 2F6GA 2B3FA 1A40A 1P1QA 2XXRA 2V3UA 2O84X 3SEVA 4I1DA 2B65A 1URGA 1MS7A 4ESWA 4R2FA 1LLSA 3HHGA 3FJMA 1WDNA 3PPRA 1MXXA 2YJPA 3UN6A 4RK2A 2FNCA 3T93B 3K02A 4O3BA 3ZSFA 3PPNA 4F22A 5AA2A 2H25A 1EU8A 2E0SA 2Q89A 5JTYA 1PB7A 3OO8A 1N7XA 1R9QA 4OFLA 1EH3A 1B4HA 4ECFA 5F7VA 3PPPA 1DTZA 4IGRA 4U1ZA 4ZEKA 3L6GA 2HAVA 1JW5A 4PETA 3KOTA 3F11A 3OXNA 4NWDA 1B1XA 4ELPA 3QIMA 4QFKA 4MFIA 1Y4CA 4ZECA 3JYRA 2D21A 3K6WA 4HCWA 3EPEA 4F3PA 3N6UA 1H45A 2HFBA 2O7IA 5AA4A 1UIUA 3TTRA 3MPKA 1BLFA 1SVXB 1OLAA 3FATA 2WKYA 4PFUA 4R9GA 4GWOA 3TPAA 5A5XB 4KYEA 3MBPA 2GHBA 1USYE 4NWCA 2DE3A 4QFOA 5I84A 2Y7IA 4ELRA 1XVXA 1O7TA 4OXVA 5AA1A 3K6XA 4F19A 5H8NB 3TQLA 4QF9A 1Y20A 2I0BA 3VVDA 2R9JA 4X1BA 1P1NA 2ZXTA 4WEDA 1LFIA 1B46A 1ANFA 3FVNA 2DOJA 3E3KA 3H7MA 3O97A 5CMKA 1B3EA 4FEBA 3K00A 3I3VA 2XXYA 1JQFA 5B7DA 1NNTA 5EHSA 3DP8A 3O6HA 2XD2A 2Y7WA 2ABHA 3VV5A 5HM4B 3CSGA 3IB0A 2DXYA 3KGCA 4NF6A 3SEUA 4NE4A 1NH7A 4AB5A 1MXWA 4TQUQ 2Z8DA 5H8QA 1N84A 2QL3A 1UQWA 3VFJA 1WODA 3PMWA 1ZBMA 3IOTA 5TPAB 1POTA 3TYHA 3FV1A 4ZS9A 3K1NA 4NTLA 5DT6A 4LONB 4OVJA 2UVHA 1MXUA 2VGQA 3TKDA 4R75A 3T66A 1Y4TA 3THIA 1Z7NE 3VVFA 2DS9A 3W15C 2RC9A 1PC3A 5J1DA 3B6TA 2X26A 3R7XA 1NFTA 2QMWA 4IB2A 3EF7A 3TDJA 5ISUA 2AL4A 2UVJA 3VXCA 4BDRA 4BDMA 1I69A 3IORA 4EXKA 4QFLA 1Y1ZA 4F39A 1MY0A 5H8HA 2XHDA 5AA2B 5JTYB 4GF8A 5CBRA 3QSLA 1M5EA 3USDA 3G3FA 2V3QA 4FJPA 3IR1A 1MG1A 1IQ7A 2RC8A 3H6TA 2RC7A 3U72A 4OFJA 4E0WA 4OQOA 1TWYA 3FIRA 4OHNA 3G3GA 1SBPA 1US4A 3QAXA 3KZGA 2OLBA 4ELOA 2W7YA 5AA4B 1P1WA 4F1VA 1BKAA 4DZ1A 4F2OA 4YMAA 3M3FA 1HSEA 3HN0A 3S2VA 5AA3A 2F8DA 3PMXA 1AOVA 5FHMA 3PD9A 2AYSA 1O63A 3IOVA 4UACA 2DP8A 3RNNA 4JXIA 4GVOA 1M5DA 2QSXA 3OENA 1LB8A 4C1TA 1S50A 4FE8A 4I8CA 2ZNTA 3UORA 1A99A 2HQ0A 1B4ZA 4H5FA 4F3SA 3FUZA 2A5SA 1UIVA 1USYH 2YPNA 3SERA 1IEJA 1S7YA 3RLFE 2I3VA 4NF6B 5DTBA 3V8XB 5BWJA 2HXWA 2Y84A 2F36A 3N5LA 3VVEA 1P1OA 4JDFA 1LGBC 3RPWA 4POWA 3D4CA 4R6YA 4DXCA 4DE8A 4H5GA 2NOOA 3I6VA 3ZS6A 5CMMA 2V93A 4IO2A 2DXRA 4FEDA 5ITPA 3MP8A 2OWSA 2M8CA 3IK6B 4NEDA 2F7AA 2YLNA 5IAIA 1F9BA 4YKKA 4ZZAA 4RPOA 1KWHA 1JW1A 1B5HA 3IJOB 3OEKA 3TTKA 3OEMA 2XXHA 3FJGA 3MZBA 1GVCA 4JB7A 4PE5B 2ZNUA 3KEIA 4KPTA 1DOTA 1SYHA 1LAXA 3VE1B 2OZZA 3R26A 3CFZA 1B58A 4DIGA 5KZTA 3VXBA 1QUKA 3AXFA 1FTKA 2XXTA 4H6DA 2QRYA 5H8HB 3OSRA 2GHAA 2DE2A 3MQ9A 2P0SA 1DMBA 2Q9TA 1EZPA 2XXXA 4MH5A 3EQ1A 3HCQA 4OETA 4XKRA 3N26A 1HSLA 2DSFA 5I2KA 2I4CA 2QS1A 2H4IA 1JEUA 2VP1A 4R72A 3K2DA 2NVUB 1B05A 5DVJA 3CFLA 4OZ9A 5FHOA 4YICA 3FVKA 1N7WA 3PUWE 1DPEA 3C34A 2CZLA 5DEXA 4OEVA 4ND9A 4ZEBA 4MBPA 4BLAA 4G77A 3OO9A 1PDAA 4F2QA 4H65A 4ZEFA 4O3AA 3OELA 4U1OA 2I58A 3C9HA 5CC2A 4OTEA 2BJJX 4KFQA 3TZAA 3IJXB 5CMCA 4PFTA 3O9PA 5TU0A 1XS5A 3MZ1A 1YPNA 1EZOA 3RUMA 3MPLA 1B7UA 3TFLA 3RTFB 2O1LA 2I49A 1YTVA 4LP2B 3Q26A 2D5WA 4EQBA 2H99A 1N3XA 3TEPA 1OVBA 1LCTA 4PQJA 3HV1A 2V84A 3MVZA 1OQHA 4TLMB 5K2XA 3B6WA 3S9NC 3P7IA 1POY1 3FASA 4F3GA 2P2AA 1MPCA 3DP4A 1M5CA 4OYVA 1FTJA 2V3TA 4IO6A 2QS4A 3O2AA 4OESA 4ELQA 2F7BA 4EQ7A 2G93A 1LBBA 3O28A 4OEUA 3PV0E 1TFDA 1YCJA 4XKQA 1ZMGA 1M5BA 4BDNA 1IXHA 3TCFA 3HPIA 5FHNA 4GXAA 3FJ7A 4G8HA 1MQDA 2XXPA 4LATA 1LCFA 4OMBA 1US5A 3UP9A 1SYIA 1QULA 3OO6A 1I6QA 3QK6A 4XKPA 4UA8A 3Q28A 1WVJA 3JV9A 1Y9UA 4M1VA 1BIYA 4H8JA 4MLVA 3LSXA 1FQFA 1NMUA 1LSTA 3MVWA 3TUSA 2E1SA 4AQ4A 3PUVE 1N04A 3S9LC 1GGGA 3LSWA 4GRKA 4RXLA 5H8FA 2I6EA 1SW4A 2NWJA 1FTMA 2ESNA 1B5JA 2ONRA 2Z8FA 3EN3A 5KDTA 3GLBA 3KOSA 1BP5A 2RKMA 5I2KB 2Q8JA 4R74A 1I6BA 3CG3A 4LZ5A 1R1NA 3H4ZA 5DEXB 1B6HA 1SI1A 3VLVA 5I57A 4LZ8A 4EF1A 2O69A 2VOZA 4H67A 3V83A 1JVXA 3OO7A 1M5FA 4GFRA 1A8EA 1QVSA 3KJ7A 3CIJA 5ITOA 1JEVA 4JWOA 1PEBA 4TLLB 1D9YA 2Q2AA 2UVGA 4QSEA 2QS3A 3TQWA 3S9EA 3FVOA 3LUYA 5DVFA 2H98A 2DWIA 4DDDA 5H8SA 3IAZA 4LVQA 5L9SA 5FTHA 1NKXA 5JK4A 4X48A 1FQEA 1SW5A 4ESXA 4FAJA 3S4UA 3DLNA 4OWDA 1MXZA 1TT1A 3U92A 1MY1A 4QRZA 1B0LA 4FORA 2ONKE 4WEPA 3IOUA 4HW8A 3C4MA 1D3KA 1PBPA 5BUUA 3OSQA 1B3HA 4QSCA 2ZNSA 3K6UA 3UA8A 2I48A 4YZZA 4DCXA 3FXUA 3LSFB 1Y3PA 4YB7A 3MJNA 3G3IA 1N0TA 3PPOA 4U22A 2OJTA 1LBCA 3TCHA 1B7HA 4GL8A 2AL5A 5EHMA 1B0HA 1NH8A 2O68A 4N6PA 4BDQA 2XXVA 1DPPA 1N3WA 3PD8A 2PYYA 4PFYA 4QSDA 3MW0A 1T0KA 2PVUA 3GZGA 5KCJB 4BDLA 4PFWA 4KI0E 3BKIB 4IGTA 1H43A 4Q5TA 1NNFA 1SW1A 1TXFA 1MY4A 3MC2A 3A3CA 3CRBA 3KFMA 3TTNA 3KBRA 5H8FB 3OOAA 3RGYA 2V25A 5KDTB 4EXLA 4GD5A 3DP6A 3M8UA 4XIGQ 1H44A 3CG1A 3H6WA 4LZ7A 3TAJA 3SEXA 1DTGA 2Y7KA 1VSOA 1XHYA 1BTJA 4JWXA 3BFUA 1VE4A 5I57B 3VLUA 5IKBA 4WXJA 1MXYA 3U8QA 2NUVA 3QUFA 1ZLQA 5ICTA 4G8MA 4I9DA 3G3HA 1A55A 1ZKBA 1LAGE 3M3KA 3FZVA 1JETA 3MAMA 4ZDMA 3B7DA 4ZE9A 4GLIA 5DYHA 1Y1MA 4EF2A 3ILTB 4HTGA 1DSNA 1Q1KA 3K1PA 4R2BA 4YKIA 1FTLA 2ANJA 1Y3NA 1SDXA 3H06B 3KN3A 3RY3A 2HAUA 1URSA 1B1HA 5TP9A 1OQGA 3O6IA 4U4SA 3VDFA 3QUJA 2I0CA 2GFEA 3TODA 2HZLA 3EHUA 1XC1A 3IO6A 2ZYNA 5LOMA 1B9JA 2QS2A 2Z22A 2UVIA 2PMSA 2R71A 4L17A 4PP0A 2XX7A 3N94A 3ILUB 3K0VA 2XXUA 3GBAA 4GXSB 4YMBA 1ATGA 3BBRA 3U94A 4U23A 3FVGA 1QJMA 2Q2CA 1MH3A 3QXMA 3RTWB 1O64A 1IITA 2IEEA 2D3IA 4FIMA 4QFPA 5CBSA 3T9XB 1QUIA 4IY5A 2Y7RA 1LAHE 1FQAA 3N6TA 1ELJA 3C35A 3CSBA 4G2ZA 2H5YA 1Q35A 4RNSA 4FATA 1QW0A 1IXIA 4LQ5A 2GRVA 4HS7A 3LBSA 5HPQA 3JZJA 4EUOA 3KN8A 4FECA 1TFAA 1MRPA 4RY1A 5CI5A 3LR1A 4XKNA 3QYTA 1VFDA 4NF8A 5I56A 1LFGA 1UTBA 1MY3A 2ZYOA 3H03A 5I59A 3SETA 1JW4A 2Z23A 1S9TA 3PU5A 4YKPA 1ZTYA 2R6GE 1PB8A 5I58A 1H76A 1UTHA 4IO7A 1JVYA 3IL1B 1N76A 3E4RA 3PMVA 3RT8A 3SEWA 2REGA 3K1MA 2GH9A 3PUYE 2THIA 4LQ2A 4ZEIA 3FXQA 4Q8RA 2HCAA 1QKAA 1OMPA 3C36A 3BFTA 3V89B 1B52A 1QKBA 3VLWA 4WKMA 5ICQA 3MP1A 3G3JA 3Q25A 1P1UA 4Q0CA 4OERA 1XT8A 4THIA 3KJTA 4U4XA 3LSLA 1D9VA 3ZKKA 4G68A 4LA9A 2B3BA 1QUJA 5F1QA 2DVCA 1II5A 4KD5A 3H6VA 3OD7A 1MDP1 4ZEDA 4DCYA 3PUZE 2PX1A 4H8IA 2OCUA 5JEIA 2DYXA 2ONSA 5TP9B 4G8NA 2XXQA 1SQYA 4N13A 3TELA 2I3WA 5DVIA 5L8DA 2QJEA 2X7QA 1NL5A 2QPQA 2ZMBA 4BDOA 4MLQA 5KCJA 2ZYMA 1B5IA 3R6UA 5FTIA 4C1UA 1LAFE 3GXAA 4R6KA 2OK2A 4F18A 2F7CA 2XX9A 4R6HA 5AA2D 2XXIA 3IB2A 3TTMA 1B40A 1SD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OFOA 4F3BA 1FQDA 1FW0A 3UGWA 4X8RA 3IO4A 2F5XA 1B3FA 4N07A 3D4GA 1D9QA 5DW8A 5HBCA 1LBXA 3U93A 2VD3A 3MSTA 4EDPA 4DXBA 4RA1A 3FXBA 5B70A 4NF5B 3MYUA 2F3BA 1LFHA 4H46A 5I2NB 4I3EA 4F29A 1XOCA 4IY6A 4KR5A 3MVYA 4P0GA 4ISUA 3PGFA 2FHYA 1MXVA 2DQVA 1AH5A 2QFLA 4Z0IA 2PT2A 4N91A 1VDWA 3HO7A 1MQIA 3GBBA 3C33A 4KYSA 4C0RA 5FBPA 2OBGA 4NF8B 5I56B 3U1OA 3ROJA 2XXWA 1UTBB 2CZHA 2F34A 5I59B 4DLDA 2I4BA 2AIXA 1SW2A 3CI8A 5L9OA 3MWBA 3O6GA 1HSJA 2GQ1A 5I58B 1UTHB 3T9VA 2F6PA 1MDQA 1GV8A 3G7WA 3MZ9A 3MUQA 4H0WA 2CEYA 1OVTA 1R9LA 3ECRA 1D4NA 2DWJA 1I6AA 4E0XA 2PT1A 3SESA 3FD3A 1B2HA 2VHAA 4KHZE 1MQJA 2H9BA 3Q27A 3T22A 4NF4A 4X9TA 3UIFA 4JSOA 3UK4A 1AIVA 2A5TA 2UXAA 3CVGA 4NHBA 3SZPA 4G68C 2HEUA 2Z8EA 2P3NA 4DXUA 4O7MA 3IFAA 3PPQA 1DK4A 2QVVA 4G68B 3T9HB 3WAFA 4PE3A 4Q30B 4R73A 4KQPA 2UYFA 3DELB 3E9XA 2F35A 4U2RA 4KCCA 2G29A 4DI3D 3KN7A 1FTOA 1RDXA 1MM6A 1MH4A 3I5OA 4HE2A 1R6ZA 4GWWA 1FJ6A 1FPEA 1FQBA 2DE4A 3A09A 3ODBA 1NV2A 2FYIA 4ZZEA 2F97A 4GOTA 4PC9A 4X04A 1A7LA 2IA4A 1AL3A 3OMBA 1NNPA 1FCKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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