3I3VA

Crystal structure of probable secreted solute-binding lipoprotein from streptomyces coelicolor
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
391
structure length
391
Chain Sequence
PDTLVVHTQLGTTAPGSPTYLAAVDRFREENPGVKIKNLVNGDDLAQVYETSRLARKEADVVMVNLYDKTLAWTDVGATVDVKPYLDDWGLRGRVLPAALADWTDDEGRVRAFPYFATNWPVAYNRALLDRAGVDAIPTTGDQLIAAARKLRAKGIAPVTVGGNDWTGQKLLAQIIQTFLSQDEARHVYSTGDFGVRGARLGIEYFAHLRDAGVFADKAQGLTSDSMTTQFNTEEAAVQSAMSSALAKVPEKVAGHTEVGGWPLADGAAHDGPTVIRAYTLIGFWISPNGVRKIEQVEKFLRFMYRPDVVARFVTESGRDMALRTDAVSTGFPLVGAAQRLGSEVSQVLLPDVYVPPAAAQPLITATSTSFTRGTSPARVRAALESAYRSV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Probable secreted solute-binding lipoprotein
publication title Crystal Structure of probable secreted solute-binding lipoprotein from Streptomyces coelicolor
rcsb
source organism Streptomyces coelicolor
total genus 140
structure length 391
sequence length 391
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i3vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i3vA02
2O68A 2ZNUA 1MQGA 2NXOA 3VVDA 1ZMGA 3CSGA 2O51A 4U21A 2P0SA 3OOAA 4MH5A 2NVUB 3UK4A 3IR1A 5FHNA 2HEUA 5H8HA 1S50A 2BJJX 3R26A 3K02A 4IY5A 4AQ4A 1QUJA 4MLQA 4OFOA 1SYHA 3K00A 2OJTA 3FXQA 2OLBA 1QUIA 4O3CA 3IK6B 2VD2A 4H6DA 1ZKBA 1JETA 2I3VA 3WAFA 4IY6A 5ISUA 4I8CA 3FVGA 4IO3A 3U93A 2DYXA 1UIVA 4JWYA 3K1MA 3SDFA 1LLSA 1P1OA 1EU8A 1H44A 2B65A 3OENA 2OK2A 2Y7RA 4FORA 1M5BA 3TTNA 1B5IA 2ONSA 1P1NA 3DP4A 4IO7A 3O29A 5DEXB 3Q29A 1I6AA 4H1XA 2GFEA 4HCWA 1A8FA 1Y9UA 3THIA 4JXIA 4GFRA 1MM7A 5DVFA 5H8HB 1MH4A 3MQ9A 2NWJA 4U4SA 3MZ1A 3H3GA 4QSCA 4GQOA 1Y1ZA 3LUYA 1MDP1 4Z7EA 4DXCA 3S9LC 5KDTA 1DTZA 1YCJA 2HFBA 3BBRA 3H6UA 4WKMA 1CE2A 4FE8A 3CI8A 1DTGA 2ZXTA 3VXCA 2A5SA 2QMXA 5DTBA 1AH5A 5I57A 4EF2A 1H3DA 3SESA 2XXYA 1CB6A 3TCHA 1AIVA 2P1SA 3RNNA 1B6HA 1PBPA 4EF1A 4HTGA 3C33A 2LAOA 1HSEA 3IOVA 1XC1A 4UACA 4WEPA 3JZJA 2HXWA 2R71A 2XXVA 3ILUB 4F19A 1ANFA 5DYHA 4OFLA 5ICTA 4YICA 1NMUA 1Z7NE 3DLNA 4KYDA 3GBBA 5KDTB 4F2OA 3PPRA 2H4IA 3TFLA 3G3IA 3N6UA 5A5XA 1XS5A 4GOTA 3VLWA 2Z8FA 4JBZA 1AL3A 1MXWA 5I57B 4ESXA 4OZ9A 1QJMA 4GRKA 4NF6A 2XXRA 3TMGA 1M5EA 1O7TA 4THIA 4OEUA 3B6TA 1A54A 3MBPA 3ECRA 1GR2A 3O66A 4LZ7A 1QULA 2CZLA 1NH7A 4X48A 4KFQA 2I0BA 3QSLA 2OCUA 1Q1KA 5CRYA 5I84A 4FJPA 2V84A 4ELOA 4RA1A 3E13X 4EDPA 2PMSA 3S9EA 5EYFA 2PX1A 4U23A 4OERA 3KSJA 2PT1A 5JTYA 2O7IA 2DE4A 4F29A 4EQBA 4LA9A 1ZBMA 4OWDA 5JEIA 3LSWA 4NF5A 3FVOA 3IORA 4L17A 2GH9A 1OVTA 1DMBA 2R9JA 5AA2A 1O64A 4NF6B 2DE3A 3USDA 4QSEA 1LFIA 1FTJA 3HV1A 1HSLA 2QL3A 5L8DA 4OYVA 2XX8A 4RK2A 1NNPA 1ZJLA 4LP2B 3UORA 3TODA 1HSJA 3T22A 3OEMA 3W15C 4YZZA 1MY2A 1MXZA 3I6VA 3EPEA 1B46A 2Y84A 4F3BA 3MC2A 4TOZA 3TTLA 1N7WA 1MXXA 3IOWA 3CG1A 5ICQA 3H6TA 4IO2A 1B5JA 1JVYA 2KLFA 3FVKA 3KJTA 2Q2AA 4GL8A 2IEEA 1US5A 2PYYA 3FJMA 2D5WA 2ABHA 4IO6A 1MS7A 4NF5B 1XVYA 1URDA 5AA2B 3PV0E 1P1QA 2H5YA 2W7YA 4H8IA 4DLDA 3EQ1A 3FD3A 2HQ0A 1LB8A 4R6HA 4DCYA 3TQLA 3FASA 1RKMA 2O1MA 1PDAA 3F11A 3IO6A 1FQDA 1O63A 1OIBA 4OENA 4E0XA 4EQ9A 1AMFA 3OSRA 4EXKA 3N26A 1BIYA 2B3FA 1JEVA 4O3AA 1UQWA 1B5HA 3DELB 1S9TA 1LFHA 3TELA 4WEDA 3UP9A 3FZVA 4LATA 5CMKA 3PUVE 3AXFA 1SW5A 4KPTA 1A40A 2QS3A 4R2FA 3FIRA 1FTMA 5CMBA 4GXSB 4ND9A 3UA8A 1D9VA 3KEIA 1FW0A 4IB2A 2OWTA 3H6VA 1LAXA 1QUKA 4OVJA 3ILTB 3ONMA 1EZPA 4LQ2A 1IUDA 2AYSA 4IO4A 3ODBA 2Y7PA 4XXUA 1B7ZA 2H98A 4Q30B 1FTKA 4GWOA 3MWBA 5L9OA 4GL0A 4OTEA 3K1PA 4RNSA 4I9DA 4KI0E 5HPQA 3M3KA 3TUSA 3SERA 1J1NA 1MY1A 4JSOA 1QKBA 1B1HA 5IAIA 2Q88A 1M5CA 2XXHA 1UIUA 3H7MA 2Q9TA 5H8NB 5FTHA 1JW1A 3T9VA 1KWHA 3RPWA 3HPIA 1TFDA 4XKPA 4HW8A 4G68B 2OWSA 3KSXA 3Q28A 3PU5A 2H9BA 1MQIA 3MVYA 2REGA 2UVJA 1VFDA 3W9VA 2QSXA 3VDFA 1MY0A 1XHYA 4PE5B 3MVWA 1Y4CA 4ZECA 3QXMA 3HSTA 3KOSA 1FQAA 1GTKA 3S2VA 3H4ZA 4U2RA 2XX9A 4X1DA 5I58A 3DP8A 4BDNA 4NF8A 1B4ZA 2DQVA 2PVUA 3K1NA 5JK4A 4PFUA 3TPAA 1NKXA 1Y3QA 2Y7WA 4NTLA 1GVCA 4QFLA 3B6QA 2ONKE 3I3VA 3T9XB 2DVCA 2THIA 1NNKA 1Y4TA 3OEKA 1URGA 2DSFA 2H25A 2D21A 4G4PA 1LBBA 3H03A 5H8FA 1ZIUA 3JV9A 5BWJA 3LSXA 2NOOA 2UVIA 3PPQA 2QS4A 3K6XA 2QS1A 3TTRA 3FJ7A 4ZEIA 4R9FA 4KR5A 4C0RA 2QMWA 5B7DA 1B40A 3PPPA 4IO5A 5I58B 1MQJA 4NF8B 2GRVA 2GHBA 1B3FA 3VVFA 3RTFB 3TKDA 4R75A 4G8NA 2QS2A 3MP8A 3S9MC 1F9BA 5HM4B 5TP9A 3BFTA 4XKNA 1SBPA 3Q25A 3PUZE 3VE1B 2I48A 3C4MA 1FQEA 2O1LA 3OMBA 1R9QA 3MPLA 3K4UA 4KD5A 4N6PA 2VHAA 5CBRA 1T0KA 4OHNA 2DWJA 3H06B 3DP6A 5H8FB 4GXAA 3CFXA 1N7XA 3TDJA 3CSBA 3UGWA 5AE4A 1MXUA 1IEJA 1H76A 1B3LA 1LCTA 3HHFA 1LB9A 4XKRA 3SEUA 4ZEFA 4DZ1A 1IIWA 1ZU0A 3TQWA 3GZGA 1B4HA 3CFLA 1NH8A 2DS9A 3LSLA 4OEVA 2XXIA 4F3GA 2XXQA 3CVGA 1P1WA 3Q27A 3ZKLA 4H8JA 3O6HA 4HCYA 4OQOA 1JW5A 3C9HA 1UTHA 4LVQA 4QF9A 2Z23A 2FNCA 3JYRA 2F6PA 1URSA 5KZTA 5TP9B 1JVXA 3SKPA 3OO6A 4DCXA 3SEXA 3TCFA 2O84X 1R9LA 1D4NA 4H5FA 2ESNA 3RY3A 1US4A 2VP1A 5DT6A 1SW1A 5J1DA 3G3HA 5CBSA 3VVEA 4RYAA 3E9XA 3A3UA 3S4UA 3R6UA 3VFJA 1MH3A 2DVZA 3CR9A 3EN3A 4ZEKA 2ALUA 1VE4A 4JB7A 4K3FA 3TTMA 1FTOA 4QHQA 1N0TA 3K0VA 3TZAA 3K01A 1B3GA 1AOVA 3K6UA 4NMYA 4X1BA 4H0WA 4MFIA 5FHMA 5K2YA 2Z8DA 3B7DA 5AA2D 4YB5A 3CG3A 4R74A 3D4GA 1UTHB 2Y7KA 2A5TA 3OXNA 4Q0CA 5TU0A 4YB6A 3O6IA 3MUQA 1XT8A 4Z0IA 4PFYA 1OMPA 4NE4A 3SEVA 3C35A 4O3BA 2XXUA 1VR5A 2I0CA 5A5XB 3QUJA 4RPNA 5B70A 3A3CA 2AIXA 2ZYNA 3KZGA 5FTIA 3GLBA 3RN8A 1B32A 3L6HA 1MQHA 2ZNTA 3LC8A 3UN6A 2IA4A 2FA7A 1LGBC 1L5TA 2F78A 4QSDA 2Q2CA 2ANJA 3U94A 3MZ9A 3FATA 4RXLA 1OQGA 4TLLB 4YKPA 4C1TA 3T96B 3MVXA 3B6WA 4ESWA 1IXIA 2P2AA 2A5TB 1BKAA 4MF3A 3KG2A 1UTBA 1B58A 3KJ7A 3IB1A 1A55A 1I6BA 2X26A 1LAHE 3IB0A 4RJZA 4BDOA 2XXPA 4YAHX 2F5XA 4XKQA 3HO7A 1PC3A 3EHSA 5JTYB 4U22A 4MLVA 4QFPA 3ZKKA 2RC7A 3R7XA 1MQDA 2F7AA 4ZZEA 1MPBA 5ITOA 4KYEA 3KN3A 2DWHA 4PFTA 1B3HA 4ZE9A 3Q26A 2F35A 3IJOB 3MVZA 2ZYOA 3O28A 1OLAA 3MP1A 1USYE 4F31B 3MJNA 2E0SA 2R6GE 2V3UA 5F7VA 4OMBA 4OETA 1Y1MA 3HHGA 4RK9A 5I59A 4LONB 4PQJA 1SW4A 2I4BA 4GD5A 3IO4A 4POXA 1UTBB 3TYHA 4GVOA 1WDNA 2YJPA 1FQBA 2DWAA 2E1SA 4RPOA 3OO9A 1JQFA 4GIZA 4YMAA 2REJA 1FQCA 5TPAA 1A7LA 3G3JA 4DDDA 2OZZA 4G2ZA 1BTJA 1LAGE 2I3WA 4KCCA 4G77A 1OQHA 2XD2A 3G3KA 1SI1A 1PB8A 4C1UA 1D3KA 3FXRA 2XX7A 3M3FA 3IL1B 2F6GA 4G8MA 1N04A 3PPOA 1B05A 1SVXB 1P99A 3C31A 1MDQA 1IZ1A 3T9UA 2RKMA 4MBPA 5CC2A 3C36A 1IXGA 3PMWA 3OO7A 2AL5A 4YU0A 3MP6A 2UXAA 1ZLQA 5I59B 3EHTA 2RCBA 1PEBA 1DPEA 3HN0A 1I6QA 4BLAA 2G29A 5EHMA 1N84A 4YKIA 3G3FA 3VXBA 1B52A 2Q8JA 3FGSA 5TPAB 1B0HA 1Y20A 5LOMA 5I2KA 4I62A 1TWYA 2UYFA 5FHOA 1QW0A 4HS7A 5HBCA 1RYXA 1SI0A 4R73A 5ELVA 3HCQA 1BP5A 2H99A 1MPCA 4GLIA 4F3PA 4R72A 1MXVA 4M1VA 2RF1A 1OLCA 4ELRA 1A99A 1N76A 4F2QA 3RT6B 5DVJA 3FXUA 3DM0A 5IKBA 4F3SA 1YAEA 4ZS9A 5DEXA 5I2NA 1JEUA 3T9HB 2VD3A 4QRZA 4FATA 2DXYA 4LZ5A 5F1QA 5BUUA 3O6GA 3H6WA 5CMMA 3OSQA 1VFEA 3OO8A 4P0IA 2HAVA 1TFAA 5L9SA 1MPDA 1SD3A 3UIFA 1DOTA 1IITA 5I2KB 1USYH 4XIGQ 2GHAA 2I6EA 1B9JA 4U1ZA 4RY1A 1Q35A 1I69A 3PPNA 4ZDMA 3KBRA 4H67A 3PUWE 3V83A 1WODA 2XD3A 5I56A 4BDRA 3CFZA 1MG1A 2PBWA 4G8HA 4F1VA 2M8CA 4WXJA 3MZBA 3GBAA 3G3GA 3CIJA 4NWDA 2QRYA 3SEYA 5I2NB 1ATGA 4DXBA 5KCJA 1M5DA 3TCGA 3N94A 3N5LA 4R2BA 2XXTA 4QFNA 1POY1 2XXXA 1SQYA 3C34A 3PUXE 3K6WA 3KN8A 1B1XA 4R6YA 2DWIA 2HAUA 1JNFA 3V89B 2QJEA 1DPPA 2X7PA 1H43A 1MXYA 3I5OA 1XVXA 1B3EA 2I49A 4H5GA 1B7HA 3EF7A 1TT1A 4YKJA 1Y3PA 3OELA 3LR1A 1BLFA 4ELQA 4H65A 4GF8A 4AB5A 3PD9A 4F1YA 3QYTA 3TAJA 3O2AA 1NL5A 4N13A 5I56B 4LZ8A 5CI5A 1M5FA 3IOUA 1EZ9A 2ZNSA 1N3WA 1A8EA 2HZLA 3A09A 4FAJA 4JSDA 4Q8RA 2X7QA 5KCJB 2NUVA 3SETA 2QPQA 1FCKA 2Z8EA 3RUMA 3U8QA 4I1DA 1MY3A 1PB7A 1R1NA 5AA1A 1LCFA 2UVGA 4ONYA 3RT8A 4TQUQ 1FTLA 1GV8A 1NNTA 5H8QA 3FVNA 1MRPA 2ONRA 3LBSA 4KQPA 3PD8A 3FJGA 3K6VA 3IX1A 4OESA 3G7WA 1LSTA 1GGGA 3O9PA 3S9NC 2O7UA 2RC9A 2RC8A 1FQFA 2ZMBA 1D9YA 1SDXA 3U72A 1DSNA 2FYIA 3M3LA 3BFUA 3IB2A 4ECFA 2ZYMA 4R6KA 3IJXB 1ELJA 4ZEBA 3RTWB 2F7CA 1LBCA 3SEWA 3T93B 3TTKA 2RINA 4DIGA 2YPNA 5AA3A 1N3XA 1IXCA 3E4RA 4PFWA 3VLUA 4IGTA 3W9WA 4JDFA 3M8UA 4G68C 2YLNA 2PT2A 2F36A 4NWCA 3MAMA 3O97A 3FV1A 3VLVA 4QFKA 1LAFE 2AL4A 2HZKA 2Q89A 1ZTYA 4ISUA 5H8QB 5M2VA 4KYSA 3QK6A 3RLFE 2F7BA 3CRBA 1IXHA 2Z22A 1MM6A 4OXVA 3KOTA 1MY4A 4XTCQ 2F34A 1OVBA 3KN7A 3D4CA 2WKYA 4YB7A 3K2DA 3QUFA 4ZEDA 4NEDA 4FECA 3V8XB 4NF4A 3FUZA 5L9MA 4ZZAA 2V3TA 1LFGA 4POWA 3ZS6A 1B7UA 1NNFA 3U1OA 4DE8A 4Q5TA 3GXAA 3V5AA 1PBQA 5EHSA 3PGFA 1II5A 4U4XA 4F1UA 3LSFB 2I58A 2DXRA 1EH3A 4FIMA 2V3QA 3U92A 1JW4A 1B2HA 1B0LA 4QFOA 3VV5A 1B51A 3RGYA 2O6AA 4BDLA 3RQTA 4R9GA 4EXLA 2B3BA 2VOZA 3PMXA 2ZYKA 3C32A 2XXWA 2XHDA 2V25A 4PETA 1POTA 3TEPA 3QAXA 1R6ZA 5K2XA 4TLMB 3FV2A 1VSOA 4NF4B 3L6GA 1TXFA 2CMOA 2OBGA 3BKIB 1SYIA 4UA8A 2DE2A 1SW2A 3PUYE 5H8NA 4F22A 5H8SA 2G93A 3MW0A 3KFMA 4KCDA 4G68A 1WVJA 3IOTA 3QIMA 4EUOA 4LQ5A 4AB6A 1YPNA 4OFJA 1H45A 4JWOA 2DP8A 3N6TA 1P1UA 2V93A 2F8DA 4BDQA 4BDMA 4ZE8A 3E3KA 4U1OA 5AA4A 2Y7IA 3EHUA 4YKKA 3WAEA 3PMVA 5DVIA 4YMBA 1Y3NA 4E0WA 4LUBA 2RCAA 1QVSA 2UYEA 1NFTA 4KHZE 3IAZA 1EZOA 4PP0A 4X9TA 4M4GA 1IQ7A 3OD7A 1XOCA 1S7YA 4F39A 2O69A 3P7IA 3MPKA 5ITPA 1PB9A 4FEBA 3ZSFA 4N07A 2UVHA 2D3IA 2I4CA 4ELPA 1RYOA 5CM6A 2DOJA 4JWXA 4FEDA 2HCAA 4F18A 1Z7ME 2VGQA 3KGCA 2F97A 4P11A 4P0GA 5CMCA 4DXUA 4EQ7A 1QKAA 4IGRA 3T66A 5AA4B 1YTVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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