2RINA

Abc-transporter choline binding protein in complex with acetylcholine
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
source organism Rhizobium meliloti
molecule tags Protein binding
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
total genus 88
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rinA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2rinA02
1LFGA 1MPBA 4JDFA 4FE8A 4U1OA 3V89B 4Q5TA 3E9XA 3KN8A 4QFLA 3T93B 2DSFA 2I4CA 5AA2D 4G2ZA 1AH5A 3CG3A 2NXOA 3CRBA 3MVYA 5CI5A 5H8FA 5KDTB 3HV1A 3K6WA 1J1NA 4R75A 3F11A 1POTA 2Z8EA 2Z22A 3JZJA 3MP1A 3OO6A 1VSOA 3G3HA 4QSEA 4EQBA 4O3CA 2XXRA 1H3DA 2AL4A 3TTMA 4DXUA 1B1XA 2VHAA 3OENA 5I2KB 4DZ1A 1MY4A 2OZZA 3O6HA 4YKIA 3Q29A 1LAHE 4GF8A 4KCDA 4GXAA 2FNCA 4NF6B 1URGA 2R71A 4PETA 3IAZA 4G8NA 4R9FA 3UN6A 3ZKKA 3DELB 3PMVA 4U4XA 2ONSA 4E0WA 1UIUA 5AA4B 4ZEKA 1IEJA 3EF7A 4KR5A 3H6TA 3KEIA 4PFWA 4WKMA 3GLBA 3IORA 3MAMA 4YB7A 3VFJA 3TCGA 1PC3A 3JYRA 4ESWA 2F36A 1B0LA 2RC7A 4N07A 4WXJA 1PEBA 2RCAA 4H5GA 4NWDA 3S4UA 4DE8A 4LZ7A 3TFLA 3HSTA 5AE4A 1B32A 1URDA 1LLSA 2ZXTA 1MXZA 3MZ9A 3G3FA 4XKNA 3M8UA 1XHYA 1ANFA 2H4IA 2I4BA 1PB8A 2GRVA 4I62A 4H8IA 2CMOA 3MPKA 2UVGA 1XS5A 2XX8A 2XXPA 3L6HA 1NNPA 3RPWA 3SKPA 3ZS6A 3MQ9A 1N04A 4IO7A 1R9QA 2ABHA 2ZNUA 4NTLA 4ZEFA 2I3WA 3EHTA 4OHNA 1Y20A 2ONKE 2AYSA 2ESNA 2ONRA 3PUVE 1JW4A 1OIBA 2E1SA 4PE5B 5F7VA 3HCQA 3V8XB 1D3KA 4X9TA 3LR1A 3KN7A 2QPQA 5AA1A 3MPLA 4ZEBA 3VVFA 5JTYB 3RNNA 3N94A 3KSXA 1UTHB 2O1MA 1QUKA 2UXAA 1IQ7A 4QFKA 1DPEA 3N6UA 1GV8A 1XT8A 2DOJA 4NWCA 4TLMB 3H06B 1AOVA 3OSRA 5AA4A 2M8CA 4NMYA 4IO6A 2P1SA 3S9MC 1MY1A 1SI0A 1SYHA 5CMBA 4F3SA 3CVGA 3S9LC 1NNFA 1MXVA 1UTBB 4WEDA 5I2KA 1A55A 5H8SA 5A5XB 2DWJA 4IY5A 2HZLA 2HCAA 2QMXA 4BDRA 4OFLA 4IGTA 4YMBA 1XVXA 4G4PA 4MF3A 3OOAA 1DPPA 2WKYA 3AXFA 1NL5A 2RKMA 3EHUA 3HPIA 4EQ9A 3O2AA 5CRYA 2UYFA 4OWDA 4ZS9A 2ZYOA 1IUDA 1MY3A 1A40A 5KZTA 2QMWA 2V3QA 5FHNA 1LB9A 3FXUA 3D4GA 3VLWA 2X26A 1B1HA 4QFNA 1I6AA 4C1TA 1PBQA 5H8NB 3T9UA 3T9VA 2OWTA 5CC2A 1MQHA 2XX7A 3KZGA 4GL0A 2QS3A 3TQLA 4H67A 2YPNA 4YKKA 1LGBC 4ZEIA 1IXHA 2DVZA 1QUJA 4RA1A 1MXUA 2UVIA 5I84A 4BDLA 4G8MA 4RY1A 3T96B 2QSXA 4XIGQ 3PPRA 5AA3A 3B6QA 5AA2B 1ATGA 1D9YA 3LBSA 1S9TA 1B4HA 2P0SA 3CI8A 3TEPA 1ELJA 1VFEA 3MVXA 3MVZA 2XXQA 4RPNA 5ICTA 1JEUA 5TP9B 1EH3A 3IL1B 3B7DA 4RXLA 4MLQA 4YICA 3W9WA 4QSDA 4UA8A 1QW0A 1MDP1 2O6AA 3QSLA 2DS9A 3OO8A 3U93A 3RT8A 3MC2A 1R9LA 3T66A 4DCYA 4AQ4A 3FXQA 3TTLA 3C32A 2THIA 2O51A 5LOMA 3T22A 4H8JA 2I0CA 3ODBA 2D3IA 4RYAA 2I6EA 1BTJA 3IB0A 5DYHA 5L9SA 4JSDA 1A8FA 3OD7A 4THIA 4R74A 3RQTA 3SESA 4PFTA 4RK2A 4LATA 3GBBA 5H8HA 1BKAA 4BDMA 4ZZAA 1TFDA 4OENA 2HAUA 1FQAA 1S50A 2F35A 2PBWA 4LA9A 1XVYA 2ZNTA 4OEVA 1B2HA 4POXA 4YB6A 1ZJLA 2V25A 3VXCA 1UQWA 1TXFA 2F6GA 1N3XA 3IO4A 4F39A 1OLCA 4U2RA 1MH4A 3MZBA 1B3GA 4EQ7A 1B3LA 2FYIA 1D9VA 3Q28A 3SEWA 3U8QA 4YMAA 4NF4A 3A3CA 5JEIA 3H3GA 2RCBA 2E0SA 3QK6A 1NKXA 2B3FA 5TU0A 4GQOA 3MW0A 4KQPA 1LAFE 2HAVA 3C4MA 3TTNA 4Q8RA 1BLFA 5L9OA 2PVUA 5DT6A 4F2OA 3Q25A 1NMUA 1LFHA 1P99A 4FAJA 3TDJA 5K2YA 2X7QA 1II5A 2Q2CA 2NWJA 1IXIA 1ZMGA 3CR9A 4OXVA 4F1UA 1HSEA 1H43A 1Z7ME 3UA8A 1MM7A 5M2VA 2GHBA 3ILUB 4KFQA 4H5FA 3K1NA 1AIVA 1QULA 1AL3A 4R9GA 3PPOA 4H1XA 4XKRA 3SERA 1IITA 3TMGA 3SDFA 5ITPA 2CZLA 2XXVA 3HO7A 5ICQA 4OESA 4YZZA 3O66A 2G29A 4K3FA 3B6WA 2DP8A 3UGWA 1MG1A 3FXRA 4IO5A 3O6GA 4N13A 1NNTA 4OYVA 1I6QA 1VFDA 2V93A 1GTKA 1A99A 3IJXB 4LVQA 1MY0A 4ZE9A 3ZKLA 1P1WA 4G8HA 3I5OA 3VDFA 1JVYA 3RTWB 3OEMA 2UVJA 2OBGA 4M4GA 4TLLB 4C1UA 2QRYA 2ZNSA 3VLUA 1QKBA 1M5FA 2GH9A 4NF4B 2A5TB 3DLNA 4AB6A 3TTKA 2H25A 3VLVA 1URSA 4R6KA 4BDOA 1MXXA 1XOCA 3IR1A 4U4SA 4L17A 2F8DA 2GHAA 2DE3A 3FVOA 3U92A 3BFTA 5HPQA 4ZECA 3ONMA 4U22A 4MBPA 3FV2A 1NFTA 2Y7PA 1IXGA 1SI1A 2AIXA 3IK6B 5TP9A 5IKBA 2H99A 3E4RA 3H4ZA 1LB8A 4GL8A 3K4UA 3VVDA 1WODA 5I57A 2OLBA 4FEDA 3C33A 4ZEDA 2XXIA 4F18A 1FTLA 2DXRA 1IXCA 1R1NA 1B6HA 1LSTA 1CE2A 1SW2A 3H6WA 4EF1A 2F7AA 2QJEA 4XTCQ 3MUQA 4M1VA 4XXUA 4IO3A 5EHMA 1YPNA 2ZMBA 4X48A 4KI0E 4NF6A 2ZYMA 1Y3QA 1B7HA 4ESXA 4KCCA 4Q30B 1B5HA 1Q1KA 2HFBA 4AB5A 1B0HA 4F29A 3GXAA 1B4ZA 4I1DA 3P7IA 5I58B 3PMXA 4X1DA 3FATA 3CIJA 3FZVA 3K2DA 4UACA 4NE4A 5AA2A 4TOZA 2NVUB 2Q89A 4KYSA 2XXTA 1Y3PA 4X1BA 2OWSA 3OMBA 4OEUA 5FHOA 1M5BA 2OK2A 4LONB 3EHSA 3KG2A 2RF1A 2HZKA 1M5DA 3IX1A 3FJ7A 4R2FA 1MXWA 4N6PA 3CG1A 2XXXA 3KN3A 4LUBA 1LAXA 2HXWA 5ISUA 4EDPA 4RK9A 2Z8FA 3PUWE 3HHGA 3PMWA 1MRPA 1EU8A 4GD5A 4NF5A 3OSQA 4O3BA 2Y7RA 1OVBA 5F1QA 2G93A 1MY2A 2W7YA 1TWYA 2DQVA 1LFIA 3FJMA 3A3UA 3CSGA 1Y1ZA 1IZ1A 2V3TA 4H0WA 4Z7EA 1LBCA 5FTIA 1TFAA 1ZU0A 3OO7A 4JWXA 3FD3A 4LZ8A 4P11A 1P1OA 1QKAA 1Y9UA 2Y7IA 4I8CA 3DP4A 1FQDA 2I58A 1KWHA 1RKMA 2OJTA 2PX1A 4QSCA 3RLFE 3R7XA 4OERA 3QAXA 4WEPA 2I49A 3N6TA 3THIA 5CBSA 1CB6A 4FEBA 5BWJA 5HM4B 1USYE 4PQJA 2PMSA 5DEXB 1B7ZA 3FVNA 3PUZE 3PPQA 1P1NA 4F2QA 4P0GA 2ANJA 4C0RA 2IA4A 3FVGA 1JW5A 2XXHA 1Q35A 4JWOA 4H65A 2Z8DA 2XXUA 3LSWA 4KHZE 5DVFA 4JB7A 3S9EA 1O64A 2DE2A 3KSJA 4GWOA 5I56B 5H8QB 1DMBA 4JXIA 1FTMA 5JTYA 2H98A 5FHMA 2O69A 1S7YA 1SVXB 4POWA 3PGFA 4I9DA 3EQ1A 4OVJA 1PDAA 4O3AA 3PPNA 1M5EA 2XXYA 3BFUA 3TAJA 4OQOA 1MM6A 3FIRA 4EF2A 4RPOA 2RC8A 3SEUA 1B52A 3IO6A 3O28A 3N26A 5I2NA 4U21A 1D4NA 3IB2A 1OQHA 1B05A 4IGRA 3OELA 1LCFA 1Z7NE 4F3GA 1SW4A 2KLFA 5DEXA 5DTBA 3OO9A 3LUYA 3TELA 3G3JA 1XC1A 3FV1A 3U72A 4DXBA 2OCUA 1VE4A 4G68A 4YKJA 1FTOA 3SEVA 4ELPA 5IAIA 4F1YA 5KCJA 3MVWA 2ZYKA 4LZ5A 4R2BA 1Y4TA 1N3WA 3QUFA 4IY6A 1NH8A 5L8DA 2PYYA 3W15C 1POY1 5EHSA 5I56A 4ELQA 3MP8A 1ZIUA 4Z0IA 1EZPA 1LCTA 1ZLQA 2A5SA 1Y1MA 2UVHA 5H8FB 2O1LA 5KDTA 3M3KA 3U94A 3IB1A 3C34A 1RYOA 4GFRA 1O63A 3WAEA 3O9PA 4NF5B 3M3LA 1M5CA 3EPEA 2RC9A 2Y7WA 1OVTA 4ZDMA 5H8NA 1H76A 2X7PA 2XX9A 2F34A 2D21A 2F78A 3HHFA 1L5TA 3A09A 4QHQA 4U1ZA 1IIWA 1NH7A 2Q9TA 2QS1A 1B51A 1FW0A 5DVIA 4OETA 1PB7A 2H9BA 1B5JA 4ECFA 5CBRA 1A8EA 1R6ZA 1YAEA 2VGQA 1N84A 4R73A 1TT1A 3QIMA 1N7XA 3O97A 4ONYA 3H7MA 3G7WA 2HQ0A 4FORA 3WAFA 1ZBMA 2GFEA 3KFMA 1UTBA 2AL5A 3LSXA 4ZE8A 5K2XA 3UP9A 4FATA 1WDNA 1F9BA 4ISUA 4EXKA 2NOOA 4FIMA 1FQCA 4OTEA 3RGYA 3SETA 1FTKA 3SEYA 4LQ2A 1A7LA 2PT1A 3LC8A 1JEVA 4F31B 1HSLA 1FQEA 2VOZA 4QFPA 1H44A 1FTJA 3K01A 1JQFA 1SD3A 5CMCA 3UIFA 1B3FA 3LSLA 3R6UA 2REGA 1UTHA 1MPDA 1N76A 3GZGA 1Y4CA 1JW1A 4G68B 3T9HB 3PPPA 2DWAA 4NEDA 3G3GA 4R6YA 5I58A 4KYDA 1MXYA 2F7BA 3MP6A 4IO2A 4F3PA 2VP1A 3L6GA 3O29A 1YTVA 1SW5A 3K6VA 4FJPA 5I59B 3O6IA 1Y3NA 2V3UA 3C31A 4H6DA 2VD2A 2DWHA 2IEEA 1B3HA 5I2NB 3TCHA 2RINA 5FTHA 2R6GE 3K1PA 4LP2B 3CFXA 2XD3A 3G3KA 3TZAA 4F19A 4OMBA 3C35A 4NF8B 3TYHA 4R6HA 3CFZA 4DDDA 5CMKA 3IOVA 3QXMA 4HW8A 1VR5A 5I57B 2F7CA 1FCKA 4OZ9A 2YJPA 3MZ1A 1A54A 1MQGA 3VV5A 3FUZA 3VVEA 4HCWA 1US4A 5H8QA 2B65A 4EUOA 3SEXA 4OFOA 2R9JA 3T9XB 1NNKA 2FA7A 1EZOA 5EYFA 2I48A 2UYEA 4E0XA 3S9NC 1JVXA 3RTFB 3RY3A 4DCXA 1MQDA 2O84X 1DTZA 3TPAA 4F1VA 5B7DA 3C9HA 3G3IA 3TCFA 1OLAA 1AMFA 3RUMA 3GBAA 4HS7A 3MJNA 2HEUA 4IO4A 3KGCA 3VE1B 1BP5A 1N0TA 4TQUQ 3UK4A 4F22A 1HSJA 4HCYA 4MLVA 3RN8A 2XHDA 5HBCA 3W9VA 4ELRA 4KPTA 2DYXA 1SW1A 3PD9A 3ZSFA 3KOSA 2B3BA 5CM6A 1PB9A 3UORA 4ZZEA 3M3FA 1YCJA 1O7TA 4JSOA 4KD5A 1LAGE 1MPCA 1SQYA 1I6BA 3K00A 1QUIA 3VXBA 4XKPA 5A5XA 4IB2A 2DVCA 5TPAA 1SYIA 2O68A 5CMMA 4MH5A 2XXWA 5TPAB 1JNFA 1N7WA 2Z23A 3DP8A 3R26A 4MFIA 2Y84A 1RYXA 3JV9A 3KOTA 1SDXA 3N5LA 3ILTB 3B6TA 4GOTA 4QF9A 4U23A 2F6PA 1USYH 2ZYNA 3H6UA 3QUJA 3TKDA 2DWIA 1B3EA 3V5AA 3PD8A 2Q88A 1QJMA 3MWBA 3KBRA 2PT2A 4G68C 3CSBA 2REJA 3FASA 1JETA 3H6VA 1SBPA 4PFYA 4YB5A 4BDNA 2P2AA 3DP6A 1B40A 1FQBA 1B46A 2Q2AA 5H8HB 5KCJB 4BLAA 3PU5A 1MQJA 1MDQA 3V83A 3PUXE 4KYEA 2QS2A 3LSFB 1OQGA 4GRKA 4QFOA 3BKIB 3FJGA 4YU0A 4PP0A 3Q27A 1MS7A 5BUUA 4YAHX 5JK4A 3S2VA 1GGGA 3ECRA 1BIYA 2I0BA 2QS4A 3FVKA 3K02A 5ITOA 4F3BA 3USDA 4EXLA 2BJJX 1PBPA 4XKQA 5DVJA 5B70A 3E13X 1US5A 2LAOA 4DLDA 2D5WA 1P1QA 1OMPA 3CFLA 1GR2A 1B58A 1H45A 4QRZA 3IOWA 5ELVA 3TQWA 1DSNA 3BBRA 4NF8A 4GLIA 3K1MA 4OFJA 1DTGA 3EN3A 2DE4A 3IOUA 3OEKA 4RJZA 1MQIA 3HN0A 3PUYE 3K6XA 2XD2A 1UIVA 3D4CA 4R72A 4BDQA 3DM0A 4Q0CA 4JBZA 4JWYA 2V84A 4YKPA 2F5XA 4RNSA 3E3KA 3FGSA 5I59A 3H03A 2ALUA 1B5IA 2A5TA 3IOTA 4GXSB 3OXNA 2Q8JA 4G77A 5J1DA 4P0IA 3IJOB 4DXCA 1WVJA 2I3VA 2O7UA 3K6UA 3Q26A 4ND9A 1I69A 4PFUA 3TTRA 1B7UA 1T0KA 1DOTA 3KJ7A 4GVOA 1B9JA 3K0VA 2NUVA 1P1UA 3QYTA 4HTGA 1ZTYA 2Y7KA 3RT6B 1LBBA 3I6VA 3PV0E 4LQ5A 2F97A 3C36A 4DIGA 3TUSA 1FQFA 2O7IA 2QL3A 3TODA 1QVSA 4GIZA 3U1OA 1EZ9A 2YLNA 3MBPA 2DXYA 4FECA 5L9MA 1GVCA 4ELOA 3I3VA 1MH3A 1ZKBA 2VD3A 2H5YA 3KJTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LFGA 3V89B 3E9XA 2DSFA 4G2ZA 4DI4B 3CG3A 3MVYA 5H8FA 4NGUA 1J1NA 3F11A 4QSEA 2XXKA 2Z22A 1NV6A 3OENA 1MY4A 2CZKA 4YKIA 2FNCA 1URGA 4PETA 3IAZA 3NOHA 3PMVA 4GX6A 4E0WA 5IZ1A 3B8BA 1IEJA 4KR5A 1YYZA 3MAMA 3TCGA 3JYRA 2F36A 1PEBA 4H5GA 4DE8A 4LZ7A 1QGXA 1LLSA 1MXZA 3G3FA 4XKNA 5IZZA 1XHYA 2CMOA 1XS5A 2XX8A 1NNPA 3SKPA 1NV1A 1N04A 5EQAA 2ZZXA 4NTLA 4OHNA 1Y20A 2ONRA 4PE5B 2ESNA 3V8XB 1D3KA 4X9TA 3MPLA 5JTYB 1QUKA 1IQ7A 1NV0A 4NWCA 1IMDA 2P1SA 3S9MC 1MY1A 3S9LC 1MXVA 1A55A 5H8SA 4OFLA 4YMBA 4NN3A 1DPPA 2WKYA 3AXFA 4EQ9A 1K9ZA 3EHUA 5CRYA 4OWDA 4ZS9A 5FHNA 3D4GA 1PBQA 2Q74A 5H8NB 3T9UA 4GL0A 3TQLA 4GWZA 1IXHA 4BDLA 4G8MA 3PPRA 1D9YA 1S9TA 4MNPA 2P0SA 3TEPA 4O8MA 5ICTA 5TP9B 2WEFA 1R9LA 3TTLA 4RYAA 2D3IA 1NUWA 1A8FA 3SESA 4PFTA 4LA9A 4U22A 4OEVA 2V25A 3VXCA 4U2RA 3MZBA 4EQ7A 1B3GA 4YMAA 3A3CA 1FPIA 1LAFE 1BLFA 5L9OA 1NMUA 5K2YA 3UA8A 1MM7A 3ILUB 4KFQA 1QULA 4H1XA 5EQ7A 5ITPA 3B6WA 3UGWA 4IO5A 3O6GA 4OYVA 4LVQA 1MY0A 4ZE9A 4G8HA 3I5OA 3VDFA 3RTWB 2OBGA 4P1LA 4GWUA 4GWXA 2GH9A 2XWVA 1AWBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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