4QFLA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with ala-phe
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 157
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qflA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qflA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qflA02
5CMMA 2ZYMA 2R6GE 3K6VA 1B2HA 4LQ2A 4R73A 5H8QB 3K2DA 1QUIA 4KHZE 1SI0A 2ZYKA 4XKPA 1B40A 3MBPA 2F35A 1I69A 4PFYA 3K6WA 2Z23A 3CFZA 1NNKA 4M4GA 4RPOA 2I58A 4YKKA 3TFLA 1Q35A 5TPAA 2H9BA 4GXAA 1D9YA 4H5FA 2F8DA 1ZKBA 2R71A 1B7ZA 3IR1A 1QJMA 3R7XA 3RUMA 4XKQA 4EDPA 5HBCA 3E13X 3LSFB 1FCKA 1MPCA 2HCAA 1LAFE 4X1BA 1FTMA 4FIMA 3KSXA 5AA3A 4PQJA 4BDNA 4PFTA 3IL1B 1GGGA 3U8QA 3N26A 3MW0A 2V3QA 4G68C 3ODBA 1FTKA 3I6VA 4GQOA 2P0SA 4EUOA 2H4IA 1MXVA 3FVGA 4G8MA 4LONB 5I58B 4JSOA 3UIFA 3TQWA 2OJTA 4DLDA 2XX9A 3G3GA 3BKIB 3CSGA 2QS2A 3PMWA 4GD5A 2D21A 1ZU0A 1OVTA 2AIXA 3FJGA 1VR5A 4PP0A 1B5JA 3D4CA 4IY6A 4OXVA 1FTOA 3KN7A 5IAIA 3LVUA 4OFLA 1R6ZA 4QFNA 4G8HA 3PUXE 4OETA 4F22A 3ECRA 4ZECA 4X1DA 4LZ7A 2I4CA 1Y4CA 3H6WA 3T9UA 1UTHA 3W9WA 4G2ZA 4KYDA 3O29A 4QFLA 3MJNA 1JW4A 1XC1A 3B7DA 1H76A 3ILTB 2QS1A 5L9OA 4KCCA 1VFDA 1B4HA 1YCJA 4OENA 3CHGA 4Q8RA 3VVDA 4F2OA 1B7UA 1URSA 3RNNA 4MLVA 4G68A 1OQGA 5FTIA 1IIWA 4KYEA 4X48A 2Y7WA 2HAVA 2VGQA 1US5A 1VE4A 2QS4A 4NF6A 1A54A 3T96B 2QJEA 4YB5A 3KEIA 3K6UA 4KFQA 3CFLA 1B52A 2VD3A 1SYIA 4KI0E 4NF8A 3FZVA 4OTEA 1LCTA 2ZNUA 2HQ0A 4NF5B 4TOZA 3UORA 4OZ9A 3OO6A 3QAXA 4AQ4A 1MPDA 5TU0A 1LAGE 1SVXB 5JTYA 4FATA 2O51A 4ZS9A 2QMXA 3MC2A 2F36A 3H6UA 4TQUQ 3EHUA 3N5LA 3K4UA 1NKXA 1B3LA 1BTJA 4OYVA 3VVEA 4YMBA 1ZBMA 2F97A 1VSOA 1A99A 3PMXA 3OEKA 4F3PA 1MRPA 1CB6A 4H65A 3ILUB 3KZGA 1BIYA 3FTOA 3S9EA 2Q2AA 5F1QA 1ZIUA 4NWDA 2DWAA 2GHAA 2Z8FA 1NNTA 3TTRA 5DVFA 5I56B 2REGA 3PU5A 4KCDA 4O3CA 4NF4B 3OSRA 1D3KA 3IB1A 1Y3QA 1SW5A 1M5CA 3KJ7A 4XXUA 1I6AA 3V5AA 1S50A 3S4UA 1MQIA 3KGCA 2O1LA 3MPKA 3EPEA 5H8FA 5M2VA 3FUZA 2XXRA 4GL8A 2I48A 3ZKKA 5JEIA 3KOTA 4DZ1A 3S9MC 2UVJA 3TCFA 1Y9UA 3MZ1A 1MDQA 3LSLA 1H44A 1B46A 2XXYA 4OWDA 3ZKLA 1QULA 2VP1A 3DRHA 4QFOA 4DXBA 2F6PA 1AH5A 4IO4A 5L9SA 2ONKE 1XVXA 2DXYA 5A5XA 1M5DA 1Y4TA 4F2QA 3TQLA 1UTBA 4EF1A 1MXYA 3MVZA 4E0WA 3DM0A 3KBRA 2QL3A 3QK6A 5ITPA 2ZMBA 1FQCA 4IO7A 1CE2A 4X9TA 1LFHA 2D3IA 5DEXA 1LB9A 3C36A 3FVOA 5TP9A 2PT2A 1QKAA 4BDRA 1MQDA 2ONSA 4H67A 1WVJA 1B4ZA 4OVJA 3CR9A 3C9HA 3HHFA 1VFEA 4R74A 4ELPA 3H6TA 3RYBA 2HZLA 4FJPA 3MAMA 1A8FA 3TODA 1M5EA 4LA9A 2OLBA 3FXQA 4DXUA 2XXXA 1OIBA 3CSBA 2DWHA 4ZE9A 3OO8A 2XX8A 2Z8DA 2F7CA 3THIA 1H43A 4DE8A 2GHBA 4TLMB 5I2NB 3PUYE 5CBSA 4ZZEA 4IO2A 1SW1A 3SESA 1I6QA 2H25A 2O68A 4L17A 3OEMA 1JW5A 4YB6A 4U22A 4U1OA 2A5TA 3IOVA 4WEDA 1POTA 3MP1A 2ALUA 1FTJA 4EXLA 3HHGA 2I3WA 1B3FA 2DP8A 2GH9A 2F34A 3U72A 1LBCA 3OOAA 4O3BA 4ONYA 4FORA 1URDA 3ZSFA 5AA2A 4ELOA 2H99A 4ZEIA 1A55A 3PPPA 4JWXA 2V84A 2OBGA 5ICQA 4RXLA 4K3FA 2I49A 2Y7KA 3W9VA 1EZOA 1PB7A 3RTWB 2OWSA 3QSLA 1PB9A 3V83A 4I62A 1LFIA 3UP9A 4DCXA 2FNCA 4GVOA 2XXUA 1HSJA 5DT6A 1SYHA 2AL5A 1ZMGA 5DVIA 4RPNA 2Z8EA 3H7MA 2XXHA 3IOWA 3M3LA 3F11A 4YKIA 3SEYA 3M3KA 1ANFA 4RJZA 1SD3A 2UVIA 4I9DA 3V8XB 1B9JA 2RC8A 1B0HA 5TPAB 1LFGA 3T22A 3PGFA 1A7LA 2R9JA 1SW4A 1B5IA 1US4A 3OSQA 3DP4A 2P1SA 3TYHA 3C31A 3PD8A 3HCQA 1SW2A 2OZZA 1YTVA 3K00A 4GXSB 3LC8A 3ZS6A 3RPWA 1NH8A 3TELA 3O6PA 1N7XA 5HPQA 1ATGA 5B7DA 2HZKA 1DMBA 3VFJA 1NMUA 3PPNA 5KDTA 3PD9A 3TCGA 3PPRA 3OO9A 1H45A 1WODA 3OENA 3IAZA 2DE4A 1XHYA 1Y1ZA 1BP5A 4MBPA 4F3GA 1IXCA 4QF9A 3N94A 1N3XA 2RKMA 3SEWA 2HXWA 2UVGA 4AB5A 3BBRA 3K02A 2NWJA 4F1UA 3Q27A 3TTKA 5FHOA 1RYXA 1H3DA 1UTHB 4NMYA 3EQ1A 4N13A 4N6PA 3IK6B 4HTGA 4XKRA 3A09A 2AYSA 4IY5A 4ELRA 3PV0E 1N0TA 3RTFB 5I84A 4DCYA 4R6YA 1Y3PA 1TT1A 3LUYA 1AIVA 4G68B 3N6TA 3SETA 4P11A 2RF1A 4KQPA 1LB8A 3CFXA 5CMCA 4N07A 2QPQA 4NF6B 4OEUA 3MUQA 2YLNA 1PBQA 3H6VA 4MFIA 3MP6A 1MY3A 3DP8A 4GFRA 4JSDA 3MP8A 4NF8B 3UN6A 1B1HA 5AE4A 3RLFE 3LR1A 5AA1A 2RCBA 4DIGA 3O6HA 3RT8A 5JTYB 1DOTA 1O63A 2F78A 2V3TA 1MPBA 3OD7A 1MH3A 4F1YA 3VDFA 2PX1A 3EHSA 1YAEA 1MY1A 4ELQA 2O1MA 4F39A 3ONMA 1MXWA 3G7WA 4LVQA 2DE2A 3KJTA 4YAHX 3VV5A 4E0XA 3O66A 1BLFA 3HSTA 4GLIA 3H3GA 5JK4A 3S9LC 2X7QA 3USDA 4F1VA 4F19A 3JV9A 5H8NA 3PMVA 1TFAA 3O6IA 3FV1A 3QUJA 4EF2A 4OFOA 2I4BA 5DVJA 1HSLA 3CG1A 2O69A 1AL3A 5I2KA 3O2AA 3FV2A 2XHDA 2ZNTA 1POY1 2IEEA 3VLUA 4OEVA 1PEBA 1TXFA 2H98A 5H8FB 3QXMA 2PBWA 2XXIA 1Y1MA 2PYYA 4F29A 5KCJA 2RC9A 4TLLB 3C4MA 4C1UA 1MDP1 2REJA 2UYEA 1M5BA 4M1VA 2UXAA 3FASA 3H4ZA 3FXUA 1A8EA 1USYH 3UGWA 3DELB 4RA1A 1RKMA 3HV1A 3SERA 1MXXA 3O9PA 5I59A 1S7YA 1B0LA 3W15C 5L8DA 5ISUA 1EU8A 1ZLQA 3OMBA 3KOSA 3TUSA 1AMFA 1Y3NA 3MZBA 1MY4A 4PE5B 5A5XB 2KLFA 2CMOA 1UTBB 3DRGA 4JWYA 3DRKA 1KWHA 2I3VA 3E9XA 4C0RA 2FA7A 1JEVA 4IGRA 1Z7NE 1UQWA 1NH7A 2D5WA 5DEXB 3T9XB 5TP9B 3GBBA 4U4XA 3E3KA 3VLVA 5I57A 1LBBA 2B3FA 3TZAA 3DLNA 2QMWA 4Z7EA 3TTNA 1QUKA 1M5FA 4MH5A 3SDFA 2I0CA 2DS9A 1B3GA 4OFJA 4OERA 3T93B 3S2VA 5FHNA 2XXQA 4QFPA 1USYE 2OWTA 4YICA 4U4SA 3K01A 1GTKA 1IZ1A 3TTMA 2Z22A 3VE1B 2DWJA 3JZJA 4JXIA 1QKBA 5H8HA 3MZ9A 4IGTA 4NWCA 3UK4A 3DRFA 1P1OA 5AA4A 1OVBA 2G29A 4U23A 2I0BA 5ITOA 1OQHA 2O6AA 2PVUA 3G3JA 3Q29A 2ZXTA 3SEXA 2M8CA 4GWOA 1MQGA 1EZPA 2A5TB 1N7WA 5EYFA 2ZYNA 4KD5A 3AXFA 4C1TA 3S9NC 1P1UA 1B1XA 5AA2B 4KR5A 4LATA 2RC7A 3FJMA 4O3AA 3U1OA 5LOMA 2RCAA 3FJ7A 3QYTA 4Z0IA 1MXZA 2ANJA 1MXUA 4GOTA 3C33A 4DXCA 3JYRA 2LAOA 2IA4A 1L5TA 2YPNA 3EHTA 4XIGQ 2XXTA 5L9MA 3FATA 2QSXA 1FQAA 3PUWE 5BWJA 2V3UA 3SEUA 3FGSA 1T0KA 1IXGA 4LUBA 3K6XA 4POWA 5J1DA 5F7VA 1LAHE 1UIVA 1XS5A 3DRIA 4BDQA 1QUJA 4YZZA 4YKPA 3MQ9A 1XT8A 5B70A 1MY0A 3TEPA 4OQOA 4R75A 3RGYA 4H6DA 3DRJA 2O84X 4FECA 2B3BA 3OXNA 1DTZA 2PT1A 4FEBA 3IJXB 4PFUA 3MPLA 4ZEKA 3SEVA 1JETA 1AOVA 3PPQA 3HO7A 3RY3A 4FE8A 3C34A 4YB7A 3TMGA 1RYOA 3FVNA 2RINA 2P2AA 2WOLA 1PC3A 1EZ9A 2WKYA 2VHAA 1IEJA 2VOZA 1OMPA 3KN8A 1B7HA 1OLAA 1Z7ME 3U94A 3BFTA 2WOKA 5FHMA 3L6HA 5KDTB 4QFKA 1WDNA 3TPAA 5H8QA 4EQ7A 1R1NA 3VVFA 2DVZA 4NE4A 4JB7A 4H8IA 1MM6A 4JBZA 1SI1A 3MWBA 4LP2B 4I8CA 3IB2A 4H0WA 3R6UA 1PB8A 4IO5A 1B32A 4EQBA 1J1NA 1P1NA 2GFEA 4JDFA 4IO6A 4GF8A 2XD3A 5DYHA 1BKAA 5CM6A 4QSCA 2XXWA 5IKBA 3MVYA 4H8JA 5K2XA 3G3HA 3PUZE 3PAMA 3LSXA 1MM7A 4GL0A 4QRZA 4UACA 2UVHA 1GV8A 3H03A 2A5SA 2CZLA 3FD3A 4H5GA 4P0IA 4LQ5A 3MVXA 1D9VA 3L6GA 1LGBC 2F6GA 4U2RA 4P0GA 4RNSA 4LZ5A 2DSFA 3GBAA 4ESXA 4KYSA 3G3KA 5I58A 3B6QA 3B6WA 4G8NA 4OMBA 3MVWA 5ELVA 1JQFA 3KN3A 1MG1A 1PDAA 2XXVA 2I6EA 1D4NA 4WKMA 2Q88A 1HSEA 1URGA 1P99A 4R6HA 2NUVA 1LSTA 5H8SA 1B05A 2XD2A 2Q89A 4DDDA 3VLWA 3H06B 3IOTA 4F3BA 3QUFA 1IXHA 3RQTA 4G77A 3VXBA 3EN3A 2O7IA 2HEUA 3T9HB 4BLAA 1R9QA 2ONRA 1JVYA 3KG2A 3FIRA 1GVCA 2Q9TA 4ESWA 4KPTA 2E0SA 3PUVE 1FW0A 3R26A 4Q0CA 2DVCA 1SQYA 1DPEA 3K1MA 3IOUA 5CI5A 1PBPA 3LBSA 4HW8A 2ZNSA 3V89B 4PETA 3IX1A 4G4PA 4UA8A 3GLBA 1FQFA 2HAUA 2ABHA 3OO7A 3FVKA 5AA2D 4R6KA 1ZTYA 3C32A 1B3HA 1IQ7A 3HN0A 3G3FA 5H8NB 1P1WA 4ZE8A 3P7IA 1FQBA 1QVSA 1XOCA 4H1XA 4HCWA 2ESNA 3CG3A 4ZZAA 5I2KB 1MH4A 1B6HA 3IB0A 2B4LA 2Y7IA 4NF5A 4WEPA 4I1DA 5DTBA 5CC2A 4YMAA 4U21A 3OELA 3KSJA 5CMBA 1FQEA 4ISUA 3FXRA 3CI8A 5KCJB 1LLSA 1JEUA 2Q2CA 2OCUA 2E1SA 4GRKA 2GRVA 4QSDA 3I5OA 4R2FA 4R9GA 5HM4B 3RYAA 3BFUA 2QRYA 2DOJA 5K2YA 2DYXA 2F5XA 3K1NA 2B65A 5I59B 3Q28A 4ZEFA 3U93A 3K0VA 1N3WA 4R2BA 1FTLA 2UYFA 4FEDA 4HCYA 1LCFA 3T9VA 3HPIA 1QW0A 1B5HA 1MQJA 1SBPA 3CVGA 4LZ8A 5I56A 2Y84A 4NF4A 4IB2A 4THIA 4WXJA 2THIA 3O28A 1DSNA 1B51A 4Q5TA 3IO6A 5I57B 1R9LA 1NNPA 4JWOA 3E4RA 4POXA 1NL5A 4NTLA 4RK9A 3QIMA 2VD2A 3O97A 1UIUA 1YPNA 4MLQA 1N84A 4ND9A 2QS3A 2DXRA 4HS7A 4PFWA 4F31B 2YJPA 4OESA 4ECFA 3IJOB 5EHMA 4XKNA 5H8HB 2XXPA 1II5A 4Q30B 4F18A 3WAFA 1XVYA 4F3SA 2AL4A 5AA4B 4BDLA 1FQDA 4XTCQ 3C35A 1MS7A 2H5YA 4R72A 1MY2A 3B6TA 3GXAA 3KFMA 1JNFA 4ZEBA 3SKPA 1GR2A 1IXIA 1Q1KA 1TFDA 2DQVA 1NFTA 4YU0A 1DTGA 2NXOA 4EQ9A 2W7YA 3CRBA 4AB6A 1Y20A 3A3CA 4GIZA 4QHQA 2B4MA 5BUUA 1B58A 3TDJA 3T66A 4QSEA 3LSWA 3U92A 4RY1A 3I3VA 2WOPA 3RN8A 3M3FA 2DE3A 4BDMA 1NNFA 1P1QA 3UA8A 1MQHA 1F9BA 2DWIA 4RK2A 3M8UA 3TCHA 4ZDMA 5EHSA 3VXCA 2V93A 2Q8JA 1B3EA 5ICTA 3CIJA 2NVUB 1EH3A 2O7UA 1N76A 2G93A 2OK2A 1IITA 4U1ZA 2NOOA 4RYAA 4BDOA 1TWYA 4EXKA 2HFBA 2PMSA 3Q26A 1N04A 1S9TA 2Y7RA 5I2NA 2F7BA 3IORA 4MF3A 2V25A 5KZTA 2Y7PA 3RT6B 1ELJA 3A3UA 5FTHA 5CMKA 1O64A 1SDXA 2F7AA 4FAJA 3GZGA 3TAJA 1I6BA 3DP6A 4ZEDA 4NEDA 3TTLA 3Q25A 1JVXA 1OLCA 4R9FA 5CBRA 5CRYA 4IO3A 3TKDA 3K1PA 1IUDA 1A40A 1LAXA 1DPPA 1ZJLA 2X26A 2FYIA 2XX7A 3EF7A 4YKJA 2X7PA 1JW1A 3O6GA 3D4GA 4OHNA 3IO4A 2BJJX 2ZYOA 3WAEA 3N6UA 1O7TA 3G3IA 3PPOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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