4QFLA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with ala-phe
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
molecule tags Peptide binding protein
source organism Pseudoalteromonas
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
total genus 157
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qflA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qflA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qflA02
1P1WA 2VOZA 4YKIA 1LCTA 3BBRA 1DTZA 1B1HA 2G29A 3U93A 2RF1A 5K2YA 1XS5A 1LAHE 5EYFA 4F1YA 3Q29A 1JNFA 3VVFA 3PUXE 3FJGA 3FD3A 4RYAA 1N0TA 3FVOA 3HV1A 3K2DA 4AQ4A 3PGFA 4YU0A 1B3HA 5CBSA 2F34A 3K1MA 4Q5TA 5I57B 2V3TA 1AOVA 4H1XA 3TQLA 1QW0A 3W9WA 1XC1A 4LA9A 1S9TA 3U72A 3Q27A 4IY5A 4F31B 2DOJA 1PC3A 3HCQA 1SW2A 4MBPA 5KDTB 4RXLA 1MY2A 3DELB 4IB2A 3MVXA 5I56B 1MDP1 4QFKA 5B70A 1JW4A 4FAJA 2I48A 2DP8A 2O1MA 1MM7A 1LBCA 1Q1KA 3U8QA 3CIJA 3IX1A 1MQHA 1YPNA 3FVNA 1RYXA 3IB0A 4EDPA 2B65A 3KBRA 1MS7A 4NMYA 3TTRA 1B46A 3OSRA 3FTOA 1TFDA 2ONRA 4GOTA 3BFUA 1N84A 2I6EA 1QKAA 5IKBA 4GD5A 4RPOA 4KPTA 3W15C 2XXHA 4ZEIA 3GXAA 3S9NC 3MC2A 2OZZA 4YB7A 2F36A 1LAFE 4MF3A 5IAIA 1JW1A 4OFLA 2B3FA 1B51A 1NH7A 3O2AA 4KYSA 4YKPA 1Q35A 3IK6B 4MFIA 3TKDA 5FHOA 3VXBA 2BJJX 3G3GA 2DVZA 1MH4A 5L8DA 4N07A 3DRIA 4F19A 3IL1B 4XTCQ 2RINA 2F5XA 3ILUB 2B4LA 3RT6B 1RYOA 5AA2D 4EXKA 4O3AA 3SEYA 3QUFA 3KOTA 1SI0A 2DWHA 4L17A 5TPAB 2OCUA 4ZEFA 1WODA 4GL8A 3D4CA 1YCJA 4I62A 3CHGA 1B3GA 1I69A 4U2RA 1ZU0A 4F39A 5AA3A 3S9LC 1B7HA 3HHGA 1YAEA 4JWXA 4K3FA 2VD2A 5B7DA 3GBBA 1A7LA 2QS3A 1BKAA 4X1BA 3VV5A 4FORA 3TDJA 4LONB 2HAVA 3OSQA 2I0BA 3EN3A 3VLWA 1FQCA 3TYHA 5KZTA 4PFYA 4DIGA 3EHSA 3RLFE 4ESXA 1MY1A 1R9QA 2V84A 3G3FA 4KD5A 5H8FA 2QMXA 4JDFA 3LSLA 3OO7A 2I4BA 2VD3A 3UORA 3T9UA 3QIMA 3MQ9A 3MVZA 1FTOA 1SYIA 1B5HA 1XVXA 5I84A 2I3VA 4YICA 3TTKA 1D4NA 4ZEDA 4ZEBA 1MDQA 2F35A 2R9JA 3UA8A 5A5XA 2O84X 2QRYA 1POTA 3R6UA 1UIUA 1M5BA 3B6QA 5ITPA 2UVGA 2ABHA 4NF4A 3A09A 3E4RA 2P1SA 2ZYOA 3FIRA 3I5OA 3Q26A 4DCXA 3F11A 1MY3A 3P7IA 1HSJA 5I59A 2V93A 1UTHA 2QSXA 3V89B 2IA4A 2CZLA 3A3CA 3FGSA 4OFJA 5AA4A 4F1UA 4OFOA 1POY1 1O7TA 4F1VA 4POXA 4R74A 1Y3NA 3VXCA 3LC8A 1II5A 4LQ5A 3VLUA 1EZ9A 1QUJA 4IO5A 1B7ZA 1TFAA 3O28A 3E13X 4IO2A 2XXIA 2QJEA 4U23A 3T96B 3C34A 2IEEA 5HM4B 3K01A 4WXJA 4PE5B 4PETA 4JBZA 4U1ZA 1B58A 3DRKA 4GF8A 3EHUA 1SDXA 1GVCA 1B52A 3EPEA 3S9MC 1NKXA 3CRBA 1L5TA 4YKKA 1N3XA 4U4SA 3QUJA 1CE2A 3RTWB 5AA1A 3TELA 3DRJA 5FTIA 4OWDA 1MXXA 3SESA 4P11A 4XKRA 4XXUA 4TQUQ 3HO7A 3N5LA 1P1UA 2REJA 5DTBA 1MXWA 2PT1A 1USYE 2E1SA 2XX7A 1Y3QA 3PUZE 2X7QA 1M5FA 5H8FB 1B0HA 1FQEA 3FXRA 1GR2A 4C0RA 2D21A 2B4MA 4F3BA 1LAGE 3Q25A 3ODBA 4JSOA 4IO6A 2ZXTA 3KEIA 1MQGA 2AL5A 4BLAA 1A99A 4FEDA 1P1QA 4NTLA 2DYXA 1UQWA 2O7UA 5EHSA 4OERA 5A5XB 4EQ7A 4FIMA 4LZ5A 1A55A 1MPDA 1Y20A 3PD9A 1NL5A 1OVTA 3K6VA 4NF4B 1PB7A 1BP5A 4EQ9A 4PP0A 2VP1A 1S50A 3T9VA 5I59B 1KWHA 3UIFA 2R71A 1FW0A 3T9HB 2PMSA 1FCKA 2WOKA 4I9DA 3DP4A 3RGYA 1UTHB 1OLCA 2OJTA 4YKJA 4JSDA 3G7WA 3V5AA 3O29A 5AA4B 3SEWA 1US4A 4R6YA 3ZS6A 1LLSA 1N7XA 2RC8A 4ZS9A 3PUYE 3FASA 2ONKE 3CI8A 1S7YA 2WKYA 5FHMA 5L9OA 4G68C 1VSOA 3MZ9A 4R72A 5F7VA 4ND9A 1F9BA 4H6DA 3E3KA 1LB9A 2GFEA 1RKMA 1B3EA 3PPPA 2XXPA 4R73A 3CSGA 1LFGA 3W9VA 2UXAA 2XD2A 4UA8A 4QF9A 1BLFA 3OXNA 4HCYA 1MPCA 4TLMB 3SEXA 5H8QA 2F6PA 1H3DA 3TCHA 3TMGA 1ZJLA 3B6TA 4KHZE 3T9XB 2UVIA 1YTVA 4ELOA 3DRHA 4ZZEA 2NWJA 1H76A 3C9HA 1D9VA 4EXLA 1JVYA 5H8NA 1ZKBA 1NNKA 1SVXB 1Y9UA 3MP6A 1NFTA 5CI5A 3QYTA 3K6XA 2XHDA 4F3PA 3MBPA 4IY6A 3N26A 2P2AA 3B7DA 5BWJA 1N76A 1IZ1A 3FVGA 2ZMBA 4DCYA 3MVWA 2OK2A 1QJMA 3G3IA 2I58A 1JQFA 1WDNA 4IO7A 3H03A 4U21A 4Z7EA 1ZLQA 1M5DA 3IO4A 3RTFB 3RUMA 2F6GA 3SKPA 2V3QA 3MZBA 1FQAA 2F97A 1M5CA 2PBWA 5HPQA 1TXFA 3OENA 4C1TA 3EHTA 2DSFA 3M3FA 4NF6B 1PEBA 4OETA 4BDQA 4H5FA 2F7BA 1EH3A 1PB8A 4KI0E 4ELQA 4X48A 4KCDA 3RQTA 1MXZA 1ZTYA 4QSDA 1NNPA 4R2FA 3TTLA 1R1NA 3LR1A 3VLVA 3U94A 1LB8A 5CM6A 2XXXA 1JEUA 2Z23A 3V8XB 4OESA 5CMKA 4OTEA 2I49A 3C35A 4ZEKA 2NUVA 3M3LA 2RCAA 3LSWA 4H67A 5FTHA 3O6GA 2F8DA 1QULA 1VR5A 1I6AA 3WAFA 1FQFA 4YAHX 3U1OA 2H99A 3K6UA 4M4GA 3RYBA 2Q9TA 1Y1ZA 2DE4A 2YPNA 3ECRA 4MH5A 2GRVA 4U1OA 2QPQA 2ZYMA 2DXRA 4QRZA 2AYSA 3FXUA 1PBPA 3MJNA 4ECFA 2XXRA 2Y84A 3H6TA 2QS4A 2ZNTA 1XOCA 4KYDA 4JWOA 4OMBA 3C36A 1SBPA 4KCCA 3MP8A 4DXUA 1Y4CA 3OEMA 5L9SA 4P0GA 2REGA 3IO6A 4KFQA 3TQWA 3K1NA 3M8UA 3I3VA 4EF1A 1B5JA 3HPIA 1MY4A 4DZ1A 1HSEA 1B4HA 3TODA 1LGBC 3PMXA 2QS1A 4GQOA 2ALUA 3FV1A 3O9PA 1MQDA 3UP9A 2O6AA 3IB1A 4FJPA 4AB6A 2ZYNA 4Q8RA 1IEJA 2Q2CA 1PDAA 3PPRA 4RJZA 4R6KA 4LP2B 3GLBA 1URGA 1AL3A 4DE8A 4E0XA 4P0IA 3K02A 3THIA 3K1PA 4R75A 5J1DA 2ZNUA 4F3SA 3KOSA 1UIVA 3OOAA 3S9EA 3C32A 3ZKKA 4H8IA 1EZOA 3SERA 3CSBA 4IGTA 3RN8A 2RCBA 1MRPA 1XHYA 2Z8DA 2NOOA 3RPWA 3LBSA 3OO9A 2ANJA 3DLNA 5TP9A 1USYH 4FEBA 4THIA 4OZ9A 3RNNA 3TPAA 1BIYA 4NWCA 2Q8JA 3MPKA 3TEPA 3KN3A 4U22A 1JETA 5I2NA 1A8EA 3N94A 3FATA 1FTMA 3GZGA 5EHMA 2D3IA 4R2BA 1T0KA 2PYYA 3BKIB 2KLFA 4DDDA 5M2VA 1H43A 2DWIA 2HAUA 2A5TA 5ELVA 2GHAA 4TOZA 2NXOA 3OMBA 4LATA 5JEIA 3DRGA 3PPQA 4QFOA 3FUZA 3CFZA 3RYAA 2R6GE 3OELA 2W7YA 4OQOA 3TCGA 1I6QA 3S2VA 2UYEA 3S4UA 3CG1A 1UTBA 5I58A 4C1UA 1LAXA 4GLIA 2H25A 5CMMA 4N13A 3KZGA 1O63A 2A5SA 4LUBA 4X9TA 5TU0A 1B6HA 1MXVA 3EF7A 1PB9A 3G3JA 2OWSA 3KGCA 5ICQA 2OWTA 1IQ7A 3QXMA 4NWDA 4G77A 4IO3A 3MW0A 1DPPA 2XXUA 3JV9A 3LSFB 5DYHA 3VFJA 1ZBMA 4POWA 3TAJA 3KN8A 1MPBA 1O64A 2XD3A 1VE4A 5ICTA 5F1QA 2AL4A 4H0WA 5DEXA 3N6TA 1IITA 2UYFA 3TTNA 4NEDA 1LCFA 5K2XA 2DVCA 1URDA 4Z0IA 3H4ZA 5H8SA 3FJMA 1AIVA 5AA2A 5CRYA 3LSXA 4GXAA 2Q88A 3B6WA 5I56A 4HCWA 5DVFA 1NH8A 2QMWA 3PUVE 4H8JA 2YJPA 4BDMA 1SQYA 1PBQA 1D9YA 4YB5A 5TP9B 3OD7A 4GFRA 2I4CA 1N04A 2HZLA 3IB2A 4I8CA 4DLDA 1LFHA 5I2NB 3G3KA 2I0CA 1URSA 2ESNA 2QL3A 1B5IA 3TCFA 4PFUA 3T22A 1US5A 4NF5A 5DT6A 3LVUA 3DRFA 2RC9A 4YZZA 1B0LA 2A5TB 2HXWA 3L6GA 2HQ0A 2GHBA 3H6VA 5JTYA 4R9GA 2CMOA 4F3GA 3O97A 3MP1A 2V3UA 4DXCA 4DXBA 2H9BA 4RK2A 4IGRA 1UTBB 1H45A 1I6BA 4G2ZA 5I58B 1MQJA 3DP6A 3D4GA 1FTKA 1J1NA 4H65A 1IXGA 3H7MA 5CMCA 2M8CA 1B4ZA 4NE4A 1B9JA 1N7WA 2HZKA 2OLBA 3H6UA 5LOMA 3IORA 3MAMA 3Q28A 1B1XA 3O66A 3IR1A 4OENA 4Q0CA 5TPAA 2PT2A 2O1LA 2DWAA 2O51A 3ZSFA 3C31A 4ZZAA 3C33A 3AXFA 2Q89A 1R9LA 4OXVA 1B32A 1NNTA 3R7XA 3VVEA 3HHFA 2Z8FA 1R6ZA 2Y7RA 2F7AA 5DVJA 4WEDA 3PPNA 1A40A 5DEXB 5ISUA 2FNCA 4QSEA 1B3FA 1MXUA 1ELJA 4I1DA 5AA2B 3N6UA 4G8HA 1MH3A 3MWBA 2VGQA 4ZE9A 4GXSB 4G8MA 4ONYA 5JK4A 3DP8A 3SDFA 3RT8A 1Y3PA 3KN7A 1P1NA 4PQJA 2Q2AA 3DM0A 3IAZA 4GRKA 2Y7KA 4N6PA 4XKNA 3MUQA 2UVJA 1NNFA 3H6WA 1Z7NE 4RA1A 3M3KA 1XVYA 3PAMA 3TFLA 4NF5B 3A3UA 1TWYA 3CG3A 4LZ8A 1DOTA 3FVKA 2DE2A 4KQPA 4F22A 4GWOA 1MXYA 2E0SA 4HTGA 2H5YA 3LUYA 1B3LA 1JW5A 5JTYB 3QAXA 4R9FA 4R6HA 1MY0A 1JVXA 1IIWA 3KG2A 1SW4A 5H8QB 3U92A 3CVGA 2V25A 1FTLA 1SW5A 2XX8A 2XXWA 1DPEA 5ITOA 4E0WA 2AIXA 1IXCA 4FE8A 3QSLA 5FHNA 3K00A 3USDA 2X7PA 4UACA 5H8NB 1SD3A 4QFPA 1B7UA 3PV0E 4WEPA 1LFIA 4G68A 4KYEA 1OQGA 4PFTA 1LBBA 2I3WA 1QVSA 2FYIA 2HFBA 3ONMA 1TT1A 4EUOA 2X26A 3GBAA 3CFXA 3O6IA 5L9MA 5CC2A 2WOPA 4ESWA 4X1DA 4Q30B 1EU8A 3PUWE 2Y7WA 4ZE8A 1P99A 4F29A 1MM6A 1XT8A 2FA7A 4QSCA 1EZPA 4YMBA 4YB6A 4O3BA 4H5GA 4ZDMA 4U4XA 2OBGA 4AB5A 3OO6A 3MZ1A 3E9XA 4NF8A 3TTMA 2PX1A 2ONSA 2DE3A 3TZAA 4F2QA 3RY3A 5DVIA 2DWJA 2YLNA 3H3GA 1N3WA 4OHNA 5H8HA 1ANFA 4G8NA 3O6PA 4BDNA 3PPOA 3V83A 1VFDA 3ILTB 1CB6A 4BDOA 2D5WA 1LSTA 4EF2A 3T93B 1OLAA 3L6HA 4GIZA 1IXHA 4GVOA 3FXQA 2XX9A 3HN0A 1MG1A 2XXQA 5CBRA 4PFWA 5CMBA 5KCJA 4OEUA 2DS9A 1NMUA 1B05A 2ZNSA 1H44A 4OYVA 4ZECA 3QK6A 1MQIA 3I6VA 5HBCA 3KJTA 1B2HA 2F78A 4RNSA 4O3CA 1IUDA 1ZIUA 2UVHA 2O68A 2F7CA 3KJ7A 4F18A 4GL0A 2P0SA 3IOUA 3UK4A 1ATGA 3H06B 4G4PA 3PMWA 3HSTA 2Y7IA 5I2KA 3IOVA 2NVUB 2XXVA 3MVYA 2G93A 5BUUA 2HCAA 4G68B 1SI1A 1P1OA 4KR5A 1Y1MA 4RK9A 1AMFA 4YMAA 3EQ1A 4QHQA 3IJXB 3MPLA 4BDLA 4ELRA 4RY1A 4JWYA 2Z22A 1OVBA 1QUIA 3T66A 3ZKLA 4MLVA 4XIGQ 1BTJA 1DSNA 4XKPA 4WKMA 2B3BA 2XXTA 4QFNA 4FATA 3UN6A 1A54A 3OO8A 4ELPA 1OQHA 3TUSA 2O69A 4NF8B 1JEVA 2PVUA 3WAEA 5I57A 1A8FA 1FTJA 3KSJA 1D3KA 4ISUA 1DTGA 3KFMA 3R26A 4EQBA 5H8HB 1AH5A 2RKMA 1FQDA 1FQBA 2GH9A 1GGGA 3SEUA 3IOWA 3OEKA 3FV2A 1IXIA 1OIBA 4F2OA 5KDTA 1OMPA 3VE1B 1SYHA 1QKBA 3K0VA 2XXYA 2HEUA 2RC7A 4OEVA 2O7IA 1ZMGA 1M5EA 5KCJB 4LQ2A 4XKQA 2Y7PA 1HSLA 1DMBA 5AE4A 4OVJA 3SEVA 3JYRA 1Z7ME 3CFLA 3G3HA 4JXIA 4IO4A 3BFTA 4JB7A 1SW1A 2WOLA 4LVQA 3KSXA 2H98A 3K6WA 2H4IA 4MLQA 2THIA 4RPNA 3PD8A 4LZ7A 3FZVA 4HW8A 1B40A 2Z8EA 4NF6A 1GV8A 4TLLB 2QS2A 1QUKA 3K4UA 3JZJA 1VFEA 1GTKA 3VDFA 2DQVA 4FECA 4BDRA 5I2KB 2DXYA 2ZYKA 3CR9A 2LAOA 3O6HA 3UGWA 2VHAA 4HS7A 3PMVA 3IOTA 4QFLA 3SETA 4M1VA 3VVDA 1WVJA 3PU5A 3FJ7A 3IJOB 1Y4TA 3C4MA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I5PA 1P1WA 4JVDA 2VOZA 4YKIA 1LCTA 3BBRA 3LUZA 1DTZA 3BIHA 1B1HA 2G29A 3U93A 2RF1A 5K2YA 1FBCA 1XS5A 1LAHE 4N4UA 5EYFA 4F1YA 3Q29A 1JNFA 3VVFA 3PUXE 4PDDA 2R8TA 3FJGA 3FD3A 3RPLA 4RYAA 1N0TA 3FVOA 3HV1A 3K2DA 4AQ4A 3PGFA 4YU0A 1B3HA 5CBSA 2F34A 3K1MA 4Q5TA 5I57B 2V3TA 1AOVA 4H1XA 3TQLA 4X8RA 1QW0A 4JVIA 3W9WA 1XC1A 4LA9A 4N6KA 1S9TA 3U72A 3Q27A 4IY5A 4O8MA 4F31B 2DOJA 1PC3A 3HCQA 4GX6A 3KBZA 1SW2A 4MBPA 5KDTB 4RXLA 3T0JA 1MY2A 3DELB 5EYHA 4PGNA 4IB2A 3MVXA 5I56B 1CNQA 1MDP1 4QFKA 5B70A 1JW4A 4GWWA 4FAJA 2I48A 5LTCA 3BIGA 2DP8A 4PF6A 2O1MA 1MM7A 1LBCA 1Q1KA 1FSAA 3U8QA 3CIJA 3IX1A 1MQHA 1YPNA 3FVNA 1RYXA 3IB0A 3B50A 4EDPA 2B65A 3KBRA 1MS7A 4NMYA 1VDWA 3TTRA 1B46A 3OSRA 3FTOA 1TFDA 4MNCA 2ONRA 4N8YA 4GOTA 3BFUA 1N84A 2I6EA 1QKAA 2XA5A 1FPDA 5IKBA 4GD5A 4RPOA 5I7IA 4KPTA 3W15C 2XXHA 4ZEIA 4JVCA 3GXAA 3S9NC 3MC2A 2OZZA 4YB7A 2F36A 1LAFE 1BK4A 4MF3A 5IAIA 2L5VA 1JP4A 4NF0A 1JW1A 4OFLA 2B3FA 4PBQA 1B51A 1NH7A 3O2AA 4KYSA 1RDXA 4YKPA 1Q35A 3IK6B 4MFIA 4NX1A 3TKDA 5EQ9A 5FHOA 3VXBA 2BJJX 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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