4QFLA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with ala-phe
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
molecule tags Peptide binding protein
total genus 157
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qflA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qflA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qflA02
5CRYA 1M5FA 5BUUA 4F3GA 1NNFA 1ZU0A 3N26A 4LP2B 1A8FA 1Q35A 3C9HA 4R6HA 3M3KA 3T9HB 3FZVA 3EF7A 2ONKE 3MUQA 3T9VA 5CMKA 3KSJA 3IK6B 1MXYA 4ZZAA 4HS7A 2XXQA 3OMBA 1LGBC 1FQCA 1IXHA 2RCBA 1AL3A 3G3HA 1NFTA 1UTHA 3C36A 4G68B 4ISUA 3KFMA 5JK4A 2OJTA 3ILUB 1FTMA 2DXRA 2H99A 3B6WA 3PMVA 5AA3A 2OCUA 3S2VA 4UA8A 2QS1A 4P11A 1MQIA 2Z8FA 1Y20A 4AB5A 1TFDA 4C1UA 3A09A 3EPEA 3RQTA 4DIGA 1GGGA 5K2YA 4NE4A 4X48A 4GL8A 3MVXA 5H8SA 1N7WA 2UYFA 3HHFA 2HZKA 4QSDA 2W7YA 1P1WA 1XVXA 4N13A 4PETA 2Q2AA 5ISUA 3ZS6A 1Y3QA 3OO6A 3USDA 2ONRA 1AMFA 4YMAA 2F7CA 3HV1A 4G68A 4TLMB 3TDJA 1MH3A 5I2KB 3O6GA 1Y4CA 3C4MA 1H76A 1EZ9A 2R71A 2I48A 4M4GA 4LVQA 5BWJA 3K1NA 4DXUA 1NH7A 2OWTA 1B4ZA 1SD3A 3VVDA 4IO7A 1MH4A 5J1DA 3C34A 1P99A 3RN8A 1JVYA 3C32A 5AE4A 3SEVA 3DRKA 3W15C 1A99A 3DLNA 3TAJA 5JTYB 3U8QA 5F7VA 3UN6A 4ZDMA 1VE4A 4ZEIA 3RYAA 1R1NA 2PVUA 2PMSA 3OENA 1MG1A 1SDXA 4DLDA 3CG3A 2X7QA 2HEUA 1URSA 4ZEDA 3PMXA 5ITPA 2FYIA 3I5OA 4BLAA 2QPQA 4NF4A 1US5A 3V89B 1ANFA 5I2KA 1LBBA 3OD7A 1YCJA 2QS4A 2DWHA 1FQBA 1H44A 1Z7NE 3R6UA 5B70A 3MVYA 1B58A 3KEIA 4MLQA 2ZYOA 3KJTA 1XOCA 3TELA 3TQLA 3DM0A 1SW5A 4PQJA 3KN3A 3EHUA 1US4A 1P1NA 1IZ1A 4XKQA 2PBWA 4IGRA 1I6QA 5JTYA 3SERA 4E0WA 4F1UA 2I4CA 1B32A 1SI1A 2O1MA 3MPKA 4JBZA 4RJZA 2M8CA 4KD5A 3T66A 5F1QA 4N07A 3TODA 2V84A 1XT8A 4X9TA 2O68A 4IY6A 3IJXB 2Y7IA 5HPQA 4ECFA 4G77A 3FASA 5L9SA 1ATGA 3PUYE 5CBRA 3CSBA 2Z22A 4U23A 4QSEA 2I0CA 1URGA 2CZLA 1UQWA 2DOJA 1FQAA 3QUJA 1MXWA 1QULA 4FE8A 4POWA 1FTKA 3V83A 4RPOA 1SBPA 4UACA 3VFJA 3L6HA 4GVOA 2HCAA 4Q30B 1LCTA 1SVXB 1OVBA 1USYH 1II5A 1FQFA 4H5FA 3VDFA 4GOTA 4WEDA 4GF8A 3UA8A 3K1MA 1TWYA 4AB6A 2CMOA 1DSNA 1EH3A 4K3FA 3MVWA 3ODBA 1PBPA 2O51A 1NNTA 3VLVA 4ELQA 4NWDA 3R7XA 5EHMA 4JWXA 4I1DA 1Y3PA 4QFLA 4LZ7A 4KQPA 4RY1A 3H6VA 5H8FB 2R9JA 2F7AA 2VGQA 3K2DA 5ICTA 3PUXE 4JWOA 2ONSA 2WOLA 3RTWB 1DOTA 5L8DA 4QSCA 1R9LA 3OO8A 5DTBA 3T93B 3DP6A 3T96B 3E4RA 1B5IA 1FTOA 3VXBA 1RYXA 2Q8JA 3GBBA 1N3XA 4U1OA 4NF6B 2DSFA 3SEXA 1UIVA 2RC8A 2F7BA 4DDDA 3CSGA 4JWYA 5FHOA 1NNPA 3G3KA 1D9VA 3RUMA 2P2AA 4E0XA 4F18A 3O28A 1EZPA 2DWAA 1MPDA 3QUFA 4JDFA 2I0BA 3MJNA 4EF1A 1MXXA 1Y9UA 3IB0A 4H1XA 3TTKA 3PAMA 2PX1A 1JEVA 2Y7WA 3BBRA 2YJPA 1R9QA 1NH8A 2H4IA 3E3KA 1OQHA 3KBRA 1L5TA 3H3GA 4EXLA 4Z7EA 1O63A 4DXBA 1FW0A 1PEBA 3UK4A 2FA7A 1LFIA 3FIRA 3Q25A 2HQ0A 1SYIA 3ECRA 1DPPA 4EQ7A 4IY5A 1BIYA 4BDNA 5JEIA 5I2NB 4NF6A 4OMBA 4R75A 3E13X 2DE2A 4MBPA 5I57B 2Z8EA 4OQOA 1B1HA 3IR1A 4U4SA 2B3BA 3L6GA 3R26A 3K00A 4NEDA 2X26A 3SDFA 4LZ5A 3D4CA 4FATA 4GIZA 1LSTA 5AA1A 1DTGA 2GH9A 5EHSA 2IEEA 3OSQA 2O6AA 3EHSA 3O29A 3SEYA 1UTBB 1VR5A 4TLLB 4R6KA 4RYAA 1JNFA 1ZJLA 1ZKBA 3RPWA 2THIA 4U1ZA 3TPAA 4ELPA 1H45A 5EYFA 4QFPA 4KYSA 2YPNA 1I6BA 1WODA 1POY1 5I2NA 4QRZA 2V3TA 3G7WA 1BP5A 5I57A 3TTNA 3MBPA 1WVJA 2B4MA 4ZEBA 5H8HB 3HHGA 4NF8B 4HCWA 4LZ8A 4Z0IA 3KN7A 4R2FA 2D5WA 2XHDA 3THIA 4DCYA 2V93A 1OLAA 2FNCA 3PPOA 3O9PA 1D4NA 4YKKA 4BDQA 3H03A 3AXFA 3IL1B 2NWJA 4R2BA 4PE5B 2RCAA 1SW1A 2ALUA 4ZECA 4WKMA 2WOKA 1UTBA 2RC9A 3FJGA 4C1TA 4GXSB 1YPNA 2WOPA 4YKPA 1SW4A 5CBSA 1A40A 3DRGA 3K0VA 3BKIB 3HN0A 2RC7A 4ZE9A 3LSXA 2KLFA 3UGWA 4H8JA 1BKAA 2OBGA 3FATA 4L17A 2XX7A 4PFTA 4LQ2A 2PYYA 3FTOA 1OMPA 1AOVA 4NF8A 5CMCA 1B05A 1MRPA 1IXIA 4U22A 1GV8A 5TU0A 3DRJA 1F9BA 1PC3A 5AA4B 2WKYA 4HW8A 3K4UA 2B4LA 1B3GA 2GHBA 1JQFA 4LONB 3MAMA 3SEUA 1O64A 3QXMA 2DVCA 1NNKA 4YMBA 2Y7PA 3O97A 4EDPA 4TOZA 4EQ9A 4F3SA 3TCHA 4GXAA 1MM7A 4EUOA 3PMWA 4G8NA 3MQ9A 3FGSA 2LAOA 3FJ7A 2HAUA 4LATA 3VLUA 1H43A 4ZS9A 1A7LA 2NVUB 3OEMA 3QYTA 1URDA 3TCFA 3K6UA 2ANJA 4DCXA 3CVGA 4XKNA 1JEUA 2GRVA 3K02A 3OXNA 3SEWA 1ZMGA 4XTCQ 4O3CA 4THIA 5ITOA 2O69A 3CG1A 3EN3A 4IO6A 3V5AA 3O6PA 4MFIA 3RGYA 2QMWA 3RY3A 1LAXA 3PPNA 5AA4A 3TMGA 2RF1A 1IUDA 3WAEA 4FECA 4I62A 5LOMA 1N84A 3IX1A 3SETA 1MS7A 1O7TA 3W9WA 2XD3A 3C33A 5AA2B 2AIXA 2XXHA 3I3VA 4KR5A 1MQGA 3O2AA 3VLWA 3IB1A 3DRIA 4OTEA 5L9OA 3MW0A 3EHTA 1ELJA 2X7PA 3IB2A 1QVSA 4KYEA 4NWCA 4FEBA 2HFBA 4PFWA 4O3AA 2V25A 4G8HA 2NXOA 1B7ZA 3PD8A 4LQ5A 4N6PA 1XHYA 1MQDA 1I69A 4R72A 1B0HA 1FTJA 3T9XB 3T22A 4DXCA 5B7DA 4YB5A 2DVZA 1Z7ME 4PFUA 1NKXA 2Z8DA 2I4BA 3FJMA 3HPIA 3IOTA 3KOSA 3TTMA 4YKIA 2B3FA 4YKJA 3PV0E 2GHAA 1B1XA 1IEJA 5AA2D 1VSOA 2QS3A 3O66A 5HBCA 1ZIUA 1MPCA 5DT6A 4ND9A 1QUKA 4ONYA 2UVHA 3QK6A 3PU5A 2ZYMA 1H3DA 1OLCA 1BTJA 5KDTB 2HXWA 4TQUQ 3U93A 3BFUA 5FTIA 3CR9A 3ONMA 1MXVA 4OFLA 1B4HA 2XXWA 3S9NC 5DVFA 1T0KA 1MQHA 3VVFA 4JB7A 5DVIA 4KCCA 4F31B 4BDLA 5CM6A 4OEVA 1HSJA 3PGFA 2QS2A 2VOZA 2XXIA 3FXUA 3M3LA 4IO5A 3CFLA 1QUJA 4BDMA 4QHQA 1GR2A 4I8CA 3KJ7A 2I58A 4QFOA 1JVXA 1MQJA 2Q89A 3C35A 1B5JA 2ZNTA 1D9YA 1AH5A 1TT1A 1VFDA 2OLBA 4NMYA 2E1SA 3IJOB 5KDTA 3MP6A 4WEPA 4G68C 2HAVA 5FHNA 4GWOA 3IOVA 3BFTA 4F39A 2ZMBA 1A8EA 3ZSFA 2AL4A 1EU8A 1B3LA 4GD5A 1B7HA 5I58B 2VD2A 1MY0A 2O1LA 4LUBA 1XVYA 4PP0A 2QL3A 4XIGQ 1RKMA 1GTKA 2D3IA 4YB6A 4BDOA 1OQGA 5H8FA 4FAJA 4IO2A 3N5LA 2D21A 4EQBA 4YZZA 1QW0A 3MPLA 2DQVA 3T9UA 3TFLA 4QFNA 1SW2A 2NUVA 3KGCA 3FVNA 3CRBA 1ZLQA 4BDRA 5DEXB 3H4ZA 2XXXA 3V8XB 2Q2CA 3LSLA 4KFQA 4DZ1A 1OIBA 3KG2A 1IIWA 3K6WA 1XC1A 5FHMA 2UVJA 2VP1A 2QMXA 2XX8A 3JYRA 1IXGA 3QSLA 3O6IA 3OO7A 3PPQA 4O3BA 5I58A 4YU0A 3H6WA 4OENA 4F22A 3K01A 3G3FA 1IXCA 4ZEKA 1YTVA 3C31A 4FJPA 1LFHA 1FQEA 3I6VA 4OESA 4OHNA 2HZLA 1LFGA 1M5EA 3ILTB 1UTHB 3U1OA 2XX9A 4F3BA 3DP4A 5I56B 3TQWA 2O7UA 3FVGA 2ZNSA 3TTRA 2XXPA 5DEXA 3WAFA 3KZGA 3G3GA 1SYHA 3H6TA 5M2VA 4RK2A 5DVJA 3G3IA 1DTZA 3JV9A 4ZEFA 4YICA 3GXAA 4R74A 3G3JA 3RT6B 3HO7A 1PBQA 1MPBA 3TYHA 2Q9TA 3HCQA 3IOUA 2QRYA 1KWHA 4GL0A 1CB6A 4ELRA 1NMUA 1Y4TA 1JW1A 1LLSA 1OVTA 3S9LC 2Q88A 3MZ1A 2ZNUA 1PDAA 3CIJA 5H8NB 3VV5A 1VFEA 1HSLA 1ZTYA 1P1OA 2A5SA 1P1UA 4H65A 3DRFA 3IOWA 2OWSA 1B6HA 3HSTA 5I56A 5L9MA 2ZYNA 3DRHA 4Q5TA 4F29A 4RNSA 1SQYA 3S9MC 1IITA 4F1VA 2F8DA 3FUZA 4HCYA 3EQ1A 3N6UA 3FV1A 3FXQA 1LB8A 5ICQA 2I6EA 2I49A 1MDQA 4QF9A 4Q0CA 3MC2A 1N0TA 2Y7RA 3RYBA 5H8HA 2DP8A 2I3VA 3N6TA 1AIVA 4OFOA 2BJJX 4ESWA 4RXLA 3B6TA 4OFJA 2UYEA 2XXYA 1MXZA 4U4XA 2F5XA 3A3CA 1Q1KA 2VD3A 4DE8A 2ZXTA 5H8NA 2O7IA 4OERA 2RKMA 2F36A 2V3UA 2DWJA 1B2HA 1JW4A 3GLBA 3LSWA 4NF4B 4JSOA 1FTLA 2AL5A 2OZZA 1FQDA 1B3FA 3H06B 4R9GA 1B40A 4IGTA 3DP8A 1PB8A 1DPEA 3H7MA 1LAGE 4GQOA 3S9EA 1YAEA 2P0SA 4IO4A 3U92A 2H25A 4RPNA 1B0LA 1R6ZA 3A3UA 3RLFE 5CMMA 4I9DA 2REGA 2REJA 3H6UA 4H0WA 3CI8A 2G29A 1B46A 3S4UA 1B3HA 4POXA 3B6QA 1S50A 4U2RA 3IO4A 4XKPA 3KN8A 4ELOA 3UIFA 3FVOA 4WXJA 1B5HA 1M5CA 3E9XA 3OSRA 3RNNA 1M5BA 3B7DA 3DELB 1POTA 3PUVE 2A5TB 3LBSA 3PUWE 1CE2A 2XXRA 4F19A 1LBCA 3W9VA 1P1QA 3K1PA 5ELVA 4YAHX 3TCGA 1IQ7A 3FVKA 3PUZE 2O84X 1QUIA 5K2XA 1S7YA 1MY3A 3MZBA 4OZ9A 4OETA 3PD9A 2DYXA 2XXUA 3FV2A 3TKDA 1GVCA 4F2QA 1SI0A 2H9BA 4F1YA 4KCDA 1DMBA 2RINA 1HSEA 1MY4A 2DE3A 1USYE 4F2OA 1Y1MA 3VE1B 3OO9A 5AA2A 3OEKA 2ESNA 4H8IA 4EF2A 5A5XB 3FD3A 4YB7A 3LUYA 4KI0E 4EXKA 1B3EA 1TFAA 1NL5A 2F35A 1XS5A 1PB7A 4XKRA 2XXVA 4OEUA 1ZBMA 3U94A 2A5TA 2Y7KA 4FORA 2V3QA 3ZKLA 5I59B 2UVGA 2F78A 2ZYKA 2GFEA 4H6DA 3PPRA 3Q29A 3QIMA 3PPPA 3MP8A 1A54A 2E0SA 3KSXA 3TEPA 3GBAA 2Z23A 3CFXA 1QKAA 5KCJB 1MM6A 5HM4B 4MH5A 2YLNA 2F6GA 3RTFB 4R6YA 4AQ4A 2NOOA 5KZTA 3LC8A 5TPAB 2XXTA 3Q26A 3Q28A 2F97A 3GZGA 4C0RA 2QJEA 1J1NA 3TUSA 1UIUA 4GRKA 3SKPA 1BLFA 4GFRA 4NF5B 2XD2A 5A5XA 3M3FA 1LAHE 1TXFA 4RK9A 3U72A 1A55A 1D3KA 1N76A 4KHZE 3OELA 1PB9A 5DYHA 2F34A 5I59A 1B51A 3JZJA 3MZ9A 1Y1ZA 4X1BA 5I84A 5TP9B 2Y84A 3VVEA 4HTGA 3IORA 3Q27A 3CFZA 1WDNA 3P7IA 3VXCA 1B52A 5KCJA 1N7XA 4G2ZA 4ESXA 1RYOA 4IO3A 4X1DA 4OWDA 4ZE8A 4Q8RA 2DXYA 5TPAA 3UP9A 4LA9A 4OVJA 3MVZA 1I6AA 2AYSA 4M1VA 4JSDA 1LAFE 3LR1A 1LB9A 4G8MA 2IA4A 2I3WA 5IKBA 2DWIA 4IB2A 3TZAA 1LCFA 1MDP1 1M5DA 2UVIA 4NF5A 3FXRA 1Y3NA 4U21A 4OXVA 3IO6A 2QSXA 3F11A 4GLIA 4F3PA 4FEDA 3SESA 4KPTA 3QAXA 3MP1A 1QKBA 3RT8A 3K6XA 4ZZEA 2PT2A 1QJMA 1MY2A 3CHGA 4R73A 1MXUA 4G4PA 2H98A 3OOAA 1EZOA 3K6VA 4FIMA 5H8QB 2H5YA 5TP9A 4JXIA 2OK2A 5IAIA 1MY1A 2UXAA 3LSFB 1FCKA 4R9FA 3ZKKA 3D4GA 4OYVA 4H67A 1N3WA 5CC2A 1B7UA 4P0IA 4KYDA 3M8UA 2DE4A 3UORA 2ABHA 2B65A 2G93A 3IAZA 4H5GA 3O6HA 4QFKA 3N94A 1S9TA 3TTLA 4XXUA 3LVUA 2F6PA 5CI5A 1JW5A 2VHAA 3MWBA 2DS9A 4MF3A 4MLVA 4RA1A 1B9JA 5FTHA 1JETA 2PT1A 3KOTA 4NTLA 5H8QA 2P1SA 2R6GE 1N04A 4P0GA 5CMBA 4PFYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9DA 5CRYA 1M5FA 5BUUA 4PC9A 1NNFA 4F3GA 1ZU0A 3N26A 3FXBA 4LP2B 2DDKA 1A8FA 1Q35A 3C9HA 4R6HA 3M3KA 3T0JA 4H45A 3T9HB 3FZVA 3EF7A 2ONKE 5I3SA 1RDXA 3MUQA 3T9VA 5CMKA 3KSJA 3FBPA 2V4CA 3IK6B 1MXYA 4ZZAA 4HS7A 2XXQA 3OMBA 1LGBC 1FQCA 1IXHA 2RCBA 1AL3A 3G3HA 1NFTA 1UTHA 1RDZA 3C36A 4G68B 4ISUA 3KFMA 4PCDA 5JK4A 2OJTA 3ILUB 1FTMA 2DXRA 4G61A 2H99A 3B6WA 3PMVA 1YZ0A 2XA5A 5AA3A 2OCUA 3S2VA 4UA8A 2QS1A 4P11A 1MQIA 2Z8FA 1Y20A 4AB5A 3MYUA 3GYYA 1TFDA 4C1UA 3A09A 3EPEA 3RQTA 4DIGA 1GGGA 5K2YA 2VPNA 1NUXA 4NE4A 4X48A 4GL8A 3MVXA 4PF8A 5H8SA 1N7WA 2PCRA 2UYFA 3HHFA 2HZKA 4QSDA 2W7YA 1P1WA 1XVXA 4N13A 4PETA 2Q2AA 5ISUA 3ZS6A 3KBZA 1Y3QA 3OO6A 3USDA 2ONRA 1AMFA 4YMAA 2F7CA 3HV1A 4G68A 4KXPA 4TLMB 3TDJA 1MH3A 5I2KB 3O6GA 4P56A 1Y4CA 3C4MA 1H76A 1EZ9A 2R71A 2I48A 4M4GA 4LVQA 5BWJA 3K1NA 4DXUA 1NH7A 2OWTA 1B4ZA 2KR0A 1SD3A 4XF5A 3VVDA 4IO7A 1MH4A 5J1DA 3C34A 4GWYA 1P99A 3RN8A 4OVPA 1JVYA 3C32A 5AE4A 1FBFA 3SEVA 3DRKA 1FBGA 3W15C 1A99A 3DLNA 3TAJA 5JTYB 3U8QA 5F7VA 3UN6A 4ZDMA 1VE4A 4ZEIA 3RYAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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