4QFLA

Crystal structure of dipeptide binding protein from pseudoalteromonas sp. sm9913 in complex with ala-phe
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
507
structure length
507
Chain Sequence
QGLVYCAEANPVSFNPQVTTTGSTIDIIANQLYDRLISIDPVTAEFKSELATDWKISKDGKSVTFTLRKGVKFHTTAYFTPTREFNADDVIFTFSRLFDVYNPYHFVGDANYPYFQSVGIDQLIRKIVRVSDHQVRFELFNAESSFLANMATDFAVVLSKEYAMALKANNQENLFDQYPVGTGPYIYKEYRRDHLVRFYKNADYWKHEVALEQLVYDITPNGTTRIAKILTKECDVTAHPSSAQLSILAQRDDINVERETNLNIGYWAFNTERPPFDNLKVRQALVHAIDIEKIMQAVYYGNGLRARSILPPTSWAFEPQKNMPIFDPQLAKKLLTEAGYEKGFDMSIWAMPVSRIYNPNARKMAELMQSDLRKIGVNVNIVEYEWNTFIQRIGEHRHDSVLLGWAADTPDPDNFFSPLLSCTATFSGKNPANWCNPEFDLLLTKALDTTDLNLRKQYYDAAQSMIIEQLPLYPIAHGMRFQASSADVEGITLGPFGAISLANARKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords ABC transporter periplasmic peptide-binding protein
publication title Structural insights into the multispecific recognition of dipeptides of deep-sea gram-negative bacterium Pseudoalteromonas sp. strain SM9913
pubmed doi rcsb
source organism Pseudoalteromonas
total genus 157
structure length 507
sequence length 507
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4qflA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4qflA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4qflA02
2WOLA 3H06B 3PUVE 3M8UA 4H8IA 4Q30B 3A09A 3RUMA 3N26A 2OLBA 2ZXTA 3UP9A 2DE2A 3O6GA 3V83A 3VVDA 4JSOA 1B3FA 1N3WA 2NWJA 2GRVA 3H03A 4FATA 3FV2A 2ZNUA 2QS3A 2REGA 3K6UA 3DRHA 3SEUA 3FVGA 4IB2A 4R2BA 3SEYA 1AIVA 1OQHA 1A99A 5FHMA 3BFTA 1B05A 4TOZA 3MVWA 4OEVA 2O51A 4ELPA 4BDNA 3TTLA 2I0CA 5TPAB 2DYXA 2H98A 4XTCQ 3VVEA 2RC7A 4OETA 1B5JA 3VE1B 1QKBA 4EDPA 3K02A 1MQJA 3FTOA 2Q2AA 1EZOA 3S9EA 4IGTA 2FYIA 2FNCA 4GIZA 2LAOA 3IO6A 3LR1A 4H6DA 3H7MA 3MPKA 2QRYA 2DE4A 1JQFA 2X26A 2P1SA 3UIFA 1H3DA 4BDLA 1FCKA 3OO9A 3FJGA 4OTEA 1PEBA 4JB7A 2DVCA 4ZS9A 3E4RA 4BDOA 5L8DA 1D9YA 1HSJA 4ONYA 4YAHX 4FAJA 3E13X 4OQOA 1YAEA 1Q1KA 1USYH 2F97A 4EQBA 5BWJA 4UA8A 4TLMB 2F34A 5HM4B 2O69A 1Z7NE 1JETA 3PUXE 1A55A 2AL5A 3PPNA 1H45A 1XS5A 3MPLA 5I2KB 4G68B 3GZGA 1NKXA 5I58B 3DRIA 3KJ7A 1B5HA 2B3FA 2QL3A 4KFQA 3HSTA 1MQDA 2DP8A 4GXSB 4QFLA 3T96B 1MXUA 2Z8DA 3TAJA 3IB1A 3FVOA 1EH3A 1JW1A 1S9TA 4YKJA 4OVJA 4HS7A 2F7CA 3JYRA 2NOOA 1L5TA 5DTBA 1DPEA 3I3VA 1B52A 1FQAA 1Y3NA 3E9XA 1PC3A 3F11A 5FTIA 2ONSA 1TFAA 3OENA 3CFLA 5CMCA 1ZIUA 4F3GA 1P1UA 2UVIA 3LSWA 3S9LC 1JVYA 1M5CA 1I6BA 4X1BA 1VSOA 5DT6A 4RJZA 3E3KA 4H5GA 4ELRA 1QUKA 2P2AA 3G3FA 2ZNSA 1B0LA 2R6GE 1FQDA 3DRFA 3PD9A 2F7AA 3HHGA 4Q5TA 2YPNA 3M3KA 1MH3A 2B3BA 1SW5A 1ZLQA 4U22A 2I6EA 3MZBA 1SQYA 3OO8A 2VGQA 3H6VA 4X9TA 1O63A 2XXHA 3KZGA 4O3CA 4DDDA 1TT1A 2QS2A 3W9VA 4ZEKA 4QHQA 2OWSA 1FW0A 3U93A 4WEDA 5M2VA 4LQ2A 4MLVA 1BKAA 5A5XA 4PFTA 5H8SA 1DTZA 2CMOA 2HAVA 4FIMA 2DQVA 3G3IA 3R6UA 4ISUA 1UIUA 5I56B 3OMBA 3K1PA 1DSNA 2XX8A 3O66A 2GH9A 3KJTA 5I57A 4LQ5A 4ZEIA 1DPPA 1B40A 2I48A 4F19A 5H8QB 3I5OA 4RPOA 3N94A 4F22A 2M8CA 1MY2A 1XVYA 4F1UA 3KEIA 2PT1A 2RKMA 3QUJA 1Y4TA 3CSGA 1IITA 3KBRA 3TCHA 3C31A 3WAFA 1B3HA 1SD3A 3SERA 2RC8A 1Y1ZA 4NF8A 5LOMA 2O7IA 1QUJA 4OEUA 5AA2B 3RTFB 3TZAA 3IOVA 5ICQA 5I59A 4YU0A 1MPBA 4KYDA 4ZDMA 4GD5A 5CMMA 2HEUA 1H76A 1B3LA 3IOWA 3PMVA 2UYEA 4YICA 1RYXA 5F1QA 3OSQA 2XXWA 3EF7A 4N6PA 1FQEA 4U1OA 4I8CA 4U2RA 1MY0A 4QFKA 1LFGA 3O6HA 3EHUA 3V89B 5IAIA 4OESA 3MWBA 3MC2A 1LAGE 3A3CA 3PD8A 4JWOA 5JTYA 3FVKA 3ILUB 4ELOA 5JEIA 3ODBA 4H65A 3DELB 4GF8A 3VFJA 3FATA 4FECA 3CFZA 5B70A 2RF1A 4RK2A 3VDFA 2ABHA 5KDTA 1UTHB 2F35A 1NNFA 3KN3A 3KSXA 3M3FA 1PBQA 3PMWA 3G3GA 4NF4B 3QK6A 3PMXA 1B9JA 4KYSA 3TUSA 4IO7A 4HW8A 2I0BA 1II5A 3I6VA 4NF5B 3IK6B 5A5XB 4MF3A 2Y7KA 2Q2CA 2GHBA 2O7UA 1TFDA 3HV1A 4GRKA 1H44A 4OFLA 3FXRA 2XXQA 4WXJA 2OZZA 4F3SA 2ZYKA 5I57B 3TQWA 1AH5A 4ZZEA 3KOTA 5FHNA 5CM6A 3KG2A 4DCYA 1SVXB 3T93B 4EXLA 5H8NB 3TEPA 4K3FA 1XC1A 1PB7A 2DWAA 3Q25A 2H4IA 3C33A 4G2ZA 1DOTA 4LZ8A 4DIGA 2DXRA 4KHZE 1LAFE 2XXIA 4X48A 3KGCA 1R9QA 1S7YA 4QSEA 4IO2A 3P7IA 4DCXA 4N07A 3RPWA 2XXVA 3SEXA 5AA4A 2HFBA 3SEWA 3O2AA 1B1XA 3CFXA 3OEKA 4OHNA 4OERA 4HCWA 1BP5A 4RY1A 1LBCA 3TTRA 2Z8FA 1IXIA 3RYBA 4R73A 3EN3A 2ESNA 4NE4A 4MLQA 2Y7RA 4P0GA 3ILTB 2PVUA 3FGSA 4XIGQ 3VXBA 1MXYA 4ZE9A 3TCFA 2NUVA 2PYYA 4OFOA 3TFLA 4IY6A 4YB6A 4GL0A 1FTMA 4GL8A 1XT8A 4H8JA 3D4CA 5B7DA 1I6AA 5CC2A 3N5LA 1B4ZA 2PX1A 3AXFA 3TPAA 4QFNA 5L9SA 2ALUA 1A7LA 1OVTA 2H25A 1URSA 4RPNA 4NMYA 1NNPA 3O9PA 2XD3A 3FXQA 3L6HA 4EQ9A 3O29A 2AYSA 3TKDA 2ZMBA 1N84A 4NTLA 2AL4A 3C4MA 3HPIA 1MPDA 3WAEA 1FQCA 4F18A 2H5YA 1MQIA 3G3HA 1Y20A 4G8NA 4XKPA 1N04A 2WKYA 3MAMA 4G68C 4LZ5A 3CHGA 5H8FB 1JEUA 1LCTA 3OELA 3K00A 4PFYA 2QSXA 1QW0A 3CVGA 3FUZA 3TTNA 4MFIA 1ATGA 2QMXA 3LBSA 4QF9A 4YZZA 3MVYA 1A54A 3TELA 1N3XA 3OO6A 4KI0E 1IQ7A 1BLFA 3K6WA 5TP9A 1IUDA 2Y7WA 2REJA 1ZU0A 1CE2A 3GBAA 1JNFA 3G3JA 3PV0E 5AA4B 1UIVA 1JVXA 5DEXA 1PBPA 5F7VA 2ZYOA 1QJMA 1Z7ME 1MS7A 4QSCA 2H99A 4C0RA 1JEVA 1A8FA 4BDQA 3BBRA 2V25A 3FD3A 1SDXA 4G8MA 3FZVA 2QJEA 3FV1A 3OEMA 3O6IA 3PPOA 4G77A 2PT2A 1FTLA 2OCUA 3OXNA 3PGFA 1MRPA 3C36A 3U72A 3CI8A 1LB9A 2W7YA 4U1ZA 2HCAA 4U4XA 4E0XA 4FEDA 2GFEA 4U23A 4XKQA 2XXYA 1YCJA 3T9HB 2OJTA 3R7XA 2ANJA 3QAXA 2F78A 4FEBA 4POXA 2V93A 2HZLA 1GVCA 1MY1A 3JZJA 4G8HA 2B65A 4EUOA 3MP6A 1B7ZA 2F36A 4OFJA 1B51A 4GXAA 1MQHA 1B46A 3TODA 1OIBA 1Y4CA 2O6AA 1VFEA 1CB6A 4NF6A 3ZSFA 1I6QA 3RT8A 3EQ1A 2IEEA 3CSBA 3PPRA 3GBBA 2ZYNA 5H8HA 1GGGA 3DRJA 2V3UA 5FTHA 3C32A 1P1OA 4F29A 1T0KA 3RY3A 4ECFA 3UN6A 3FJ7A 3CG3A 1RKMA 3SESA 2NVUB 4ELQA 2XXUA 1MH4A 4F2QA 1OQGA 3H3GA 2Q8JA 1MM7A 1US4A 2R9JA 4R6KA 3T9UA 1ANFA 3Q28A 3MVXA 3Q27A 2QS1A 1LB8A 2A5TA 1B0HA 2XXPA 4LUBA 1JW4A 4JDFA 4OMBA 3VVFA 2ZYMA 4XKNA 2P0SA 1FTKA 3RTWB 4IO4A 2VP1A 3HHFA 1B32A 4ESWA 3LSXA 2XHDA 1S50A 5ELVA 1MXWA 3H6WA 1VE4A 3TDJA 3IL1B 3DP6A 3PAMA 4LATA 5BUUA 3KOSA 5DYHA 3O28A 3O97A 4RYAA 4AB5A 3S9MC 1MY4A 5J1DA 1B3GA 3HO7A 4Z7EA 2F6PA 4GWOA 3IO4A 4JSDA 3HCQA 3C35A 1NMUA 3IB0A 3RT6B 4ZE8A 1WVJA 2IA4A 1FTJA 4RA1A 2VHAA 3VXCA 1QKAA 3B6TA 4PP0A 2YJPA 5EHSA 3THIA 2R71A 1M5FA 3H4ZA 2OBGA 4ZECA 4P11A 2O1LA 1B4HA 5TPAA 5IKBA 3CRBA 3CIJA 1KWHA 1Y3PA 2HZKA 2X7PA 3LVUA 2ONKE 5ISUA 3UK4A 3QYTA 3EHSA 5CRYA 2AIXA 3MVZA 5JK4A 4RNSA 3SEVA 1OMPA 1OLCA 4DXCA 2I3VA 4X1DA 3U92A 4AQ4A 4DZ1A 5AE4A 1PB8A 1B58A 3LSFB 1UQWA 2XD2A 4THIA 3T9VA 1Q35A 2WOKA 5AA2D 4GQOA 3K0VA 2Z22A 2XXRA 3KN7A 4I1DA 1QULA 4GLIA 3ONMA 4G4PA 4R74A 3DP4A 4MBPA 2UXAA 1R1NA 3ZS6A 2G29A 4FJPA 5DVIA 2V84A 4YB7A 5CBRA 1I69A 2XXTA 1VR5A 4UACA 1IZ1A 3DP8A 3Q26A 4LONB 2I4CA 4GVOA 2I49A 3MZ1A 4I62A 4HTGA 3IR1A 4L17A 4NWDA 4DXUA 1MXZA 2E1SA 4NF8B 2RINA 5I58A 1WODA 2V3QA 4BDRA 4TQUQ 1LFHA 3DRGA 1TWYA 1HSLA 1AMFA 3QUFA 3LC8A 3TTMA 4U21A 5I59B 1FQFA 1O7TA 3TCGA 4R6YA 1MDP1 1MXXA 3MP1A 2DS9A 2D5WA 4WEPA 4QFPA 5DVFA 1GTKA 1ZBMA 1F9BA 3FVNA 2XX9A 4LA9A 3RGYA 5DVJA 2O68A 1ZJLA 3MP8A 5JTYB 3VLWA 4I9DA 3H6TA 1GR2A 1EU8A 3MW0A 1D9VA 1N7XA 2OWTA 2DE3A 3OD7A 2QMWA 2V3TA 3ECRA 2A5SA 3UGWA 3GLBA 2D21A 4Q0CA 4EF2A 4LP2B 3W15C 1O64A 5L9MA 4ESXA 1LLSA 5KDTB 2HXWA 3LUYA 1HSEA 1MPCA 1LAXA 2UVGA 4C1UA 2I3WA 3ZKLA 2YLNA 4NEDA 1AOVA 3S9NC 1B6HA 5EHMA 3IJOB 3K1NA 2VD3A 4QSDA 1USYE 5KZTA 4RK9A 3SDFA 3VLVA 3K01A 1MQGA 1LAHE 4TLLB 3U94A 5CBSA 1R9LA 5KCJA 5ITOA 1DMBA 4QRZA 3KSJA 4OXVA 3IAZA 4LZ7A 3B7DA 4IGRA 1IXGA 1NL5A 2UVJA 1LFIA 2Q9TA 3PUWE 4U4SA 3QIMA 3N6TA 4KR5A 5CMKA 4Q8RA 4IO5A 4KPTA 4Z0IA 1B5IA 4EF1A 3UA8A 4F1VA 3BKIB 3RN8A 1AL3A 2F6GA 1EZ9A 2Q89A 2Z8EA 4JWXA 4OWDA 2Q88A 4IO6A 1P99A 3QSLA 5AA3A 4N13A 4F3BA 4FORA 1A40A 3VLUA 2Y84A 3R26A 4LVQA 1POTA 5I56A 1MG1A 3PU5A 1LGBC 2O84X 1IIWA 1Y1MA 2UYFA 3IORA 1POY1 1URGA 1QUIA 2DWJA 4KCCA 4XXUA 1SW1A 1BIYA 1PB9A 4JBZA 3B6WA 5H8QA 4P0IA 4WKMA 3A3UA 3JV9A 1P1NA 3RQTA 1B3EA 3PPPA 4JWYA 1MY3A 4H1XA 2F8DA 4FE8A 1NH8A 4JXIA 2XX7A 1RYOA 2PBWA 2Z23A 1URDA 2GHAA 2UVHA 4H67A 2BJJX 1SYIA 1N0TA 5AA2A 1B7UA 3D4GA 1NFTA 1YTVA 1IXCA 1NNTA 2D3IA 3MUQA 4F3PA 4KD5A 1A8EA 3MQ9A 3T9XB 2VOZA 3S4UA 4PFWA 3MBPA 1P1QA 3GXAA 4AB6A 5ITPA 5K2XA 1VFDA 1SW4A 2I4BA 5I84A 1R6ZA 3DLNA 3U1OA 4F2OA 2QPQA 3H6UA 1SW2A 3PPQA 2VD2A 4EQ7A 4HCYA 4YKIA 2E0SA 4H0WA 2I58A 4ZZAA 5KCJB 4MH5A 3RYAA 5K2YA 4QFOA 2HQ0A 4DXBA 3PUZE 2Y7PA 1UTBA 3MZ9A 5AA1A 4F31B 4R2FA 1UTHA 2H9BA 3C34A 3LSLA 1NNKA 3KN8A 3VV5A 4IY5A 3IOTA 4YKKA 1SYHA 3K4UA 4NF4A 1LBBA 4R9GA 1ZKBA 1SBPA 2WOPA 4OYVA 1M5DA 2XXXA 5CI5A 4DLDA 4NF5A 4O3AA 3SKPA 5L9OA 3FXUA 3UORA 5HBCA 1JW5A 4M4GA 3L6GA 1MDQA 4DE8A 2DSFA 4R75A 4BDMA 3MJNA 3IX1A 5TP9B 1SI1A 1ZTYA 3IB2A 5I2NA 1LCFA 2PMSA 1IXHA 1LSTA 1B2HA 3FASA 5DEXB 3N6UA 3O6PA 5FHOA 5HPQA 2RC9A 5H8NA 4EXKA 3USDA 2RCBA 4XKRA 1ELJA 2NXOA 4R9FA 3V5AA 2KLFA 1Y9UA 3B6QA 3DRKA 3DM0A 3V8XB 3W9WA 1N7WA 4PE5B 4OENA 3K2DA 4YMBA 4ZEDA 2HAUA 1DTGA 3C9HA 1MM6A 4POWA 1B7HA 3EHTA 4H5FA 3OSRA 3T22A 2ONRA 1YPNA 4GFRA 2FA7A 3KFMA 4ZEFA 4IO3A 4YMAA 5TU0A 4ZEBA 3FIRA 3RNNA 4E0WA 1N76A 1XHYA 3T66A 3HN0A 1FTOA 4OZ9A 3RLFE 1H43A 2RCAA 2ZNTA 3SETA 4M1VA 3K6XA 1ZMGA 3Q29A 3EPEA 3OO7A 1XOCA 3TQLA 2F7BA 3TTKA 3IOUA 2DWIA 5ICTA 1P1WA 1UTBB 4R6HA 2DOJA 2THIA 2X7QA 3S2VA 4F39A 2DXYA 3TMGA 4NF6B 4RXLA 4KYEA 1NH7A 3IJXB 4YKPA 2F5XA 1BTJA 2CZLA 4F1YA 5H8HB 2DVZA 1M5BA 4KCDA 1OLAA 2QS4A 1J1NA 1WDNA 3M3LA 3CR9A 4R72A 3G3KA 4PFUA 1QVSA 4BLAA 3OOAA 1TXFA 3PUYE 2O1MA 3TYHA 2B4MA 1FQBA 1MXVA 2A5TB 3ZKKA 3CG1A 4PETA 2DWHA 5H8FA 4YB5A 5I2NB 3K1MA 3QXMA 4KQPA 2OK2A 4NWCA 5CMBA 1XVXA 1US5A 1B1HA 1GV8A 5I2KA 4G68A 3BFUA 4C1TA 1D4NA 1D3KA 3K6VA 1EZPA 4ND9A 1OVBA 3G7WA 2G93A 1IEJA 3U8QA 1PDAA 2Y7IA 4O3BA 4PQJA 1M5EA 1Y3QA 2B4LA 5EYFA 3FJMA 1SI0A 4GOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WOLA 3H06B 3PUVE 3M8UA 4H8IA 4Q30B 1NUYA 3A09A 3RUMA 1FTAA 3N26A 2OLBA 2ZXTA 3UP9A 2DE2A 3O6GA 3V83A 3VVDA 4JSOA 1B3FA 5EYGA 1N3WA 2NWJA 2GRVA 3H03A 4XF5A 4FATA 3FV2A 4P1LA 2ZNUA 2QS3A 2REGA 3K6UA 3DRHA 3SEUA 3FVGA 4IB2A 4R2BA 3SEYA 1AIVA 1FRPA 1OQHA 1A99A 4HE0A 5FHMA 4OVTA 3BFTA 1B05A 4TOZA 3MVWA 4OEVA 2O51A 4ELPA 4BDNA 3TTLA 2I0CA 5TPAB 2DYXA 2H98A 4XTCQ 3VVEA 2RC7A 4OETA 1B5JA 3VE1B 1QKBA 4EDPA 3K02A 1MQJA 1BK4A 1EYKA 4NN3A 3FTOA 2Q2AA 1EZOA 3S9EA 4IGTA 3FXBA 2FYIA 2FNCA 4GIZA 1FPGA 2LAOA 3IO6A 3LR1A 4H6DA 3H7MA 3MPKA 2QRYA 2DE4A 1JQFA 2X26A 2P1SA 3UIFA 1H3DA 5ESYA 4BDLA 1FCKA 3OO9A 3FJGA 4OTEA 3MSTA 1PEBA 4JB7A 1FBFA 2DVCA 4ZS9A 3E4RA 4BDOA 2FIXA 5L8DA 1D9YA 1EYIA 1HSJA 4ONYA 4YAHX 4FAJA 3E13X 1INPA 4OQOA 1YAEA 1IMFA 1Q1KA 3MYUA 1USYH 2F97A 4EQBA 5BWJA 4UA8A 5I5PA 4TLMB 2F34A 5HM4B 1G0IA 2O69A 1Z7NE 4GX6A 1JETA 3PUXE 1A55A 2AL5A 3PPNA 1H45A 1XS5A 3MPLA 5I2KB 4G68B 3GZGA 1NKXA 5I58B 3DRIA 4NF0A 3KJ7A 1B5HA 2B3FA 2QL3A 4KFQA 3HSTA 1MQDA 2DP8A 4GXSB 4QFLA 3T96B 4PAKA 1MXUA 4O7IA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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