3OMBA

Crystal structure of extracellular solute-binding protein from bifidobacterium longum subsp. infantis
Total Genus 186
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
186
sequence length
503
structure length
503
Chain Sequence
TTTADGKPIVTVLVKKNANQEKMANMQWAKDLEADCDCKIEWQEVTREAWAQQKNATLASGDIADVNLNGYGAVEAYQYPGMFEDLSKDLDKLPNVKAFFKQKPDAKKMSTDSKGRIYAIADGRGKAYSGTGQHMLINKAWLDKLGLQVPTTWDELENVLKAFKTQDPNGNGQADEIPMNIKKLEGSYFTWYSPMLLLNSTGIVTGFNKGVSEYGFYAKNGVVKSFLTSDEYKEVIKYYHKLISEGLIPAEWATKDDDAYNADQISDGKTAKTGVVFGWSPSDNFGKLKDQYIAMPVPSAPGVSPDQTVWDGSSSELSPAGLSISSHAANKDAALKLANLLYSEKYSVQQFLGSFGKAITKTGEHEYTVDNDKLSQLTGDNQYPGLSELLVGWIPDEATIKGDTHADELIEVNKVYEEQRSHFDPVKDYIPDYVNMDNMDPSDATKLNTNNAEIFNTTMQKTATWMSKGGIDEEWDAYCKQLDSIGLQESTKIWQKWYDTYTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 1
publication title Crystal structure of extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis
rcsb
source organism Bifidobacterium longum subsp. infantis atcc 15697
total genus 186
structure length 503
sequence length 503
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ombA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ombA02
4IY5A 4EXKA 1IXHA 1A40A 3FVOA 4KPTA 4NF6A 2BJJX 1FW0A 2Y7KA 2VD2A 3JV9A 1QUJA 1A55A 2UVJA 2GH9A 2I4BA 4LP2B 4EQ7A 3SEXA 3JZJA 1JQFA 2PBWA 4OVJA 4QFKA 3MP1A 3K6WA 1PEBA 3H6VA 4KYDA 4XKQA 1QVSA 3C36A 2F36A 4R72A 2I3VA 1PDAA 2F7AA 1UTBB 5EYFA 1RYOA 2F78A 3V5AA 2CZLA 5FTHA 1URDA 3C32A 3H6UA 3CIJA 2Q2CA 1GR2A 1AIVA 3K4UA 3TUSA 4HW8A 4DLDA 1QJMA 3UK4A 1PB9A 3OO8A 3KSXA 2NXOA 4LONB 3PUZE 1F9BA 2DOJA 3RN8A 4G68C 4YICA 5I56B 1NNTA 1PC3A 3K01A 4G4PA 3WAEA 1GGGA 5A5XA 5H8HA 3R6UA 4JSOA 2PT2A 4IO4A 4GWOA 5H8FA 1JEVA 4PETA 2AIXA 3MC2A 3ILTB 4GD5A 3MQ9A 5KDTB 1HSLA 4P0GA 1A7LA 4PFWA 2Z22A 2WKYA 4OEVA 5L8DA 1POTA 3K00A 3FVNA 4Q30B 1B51A 5AA2B 1B0HA 1I69A 1BLFA 1PBPA 2V3UA 1LGBC 1QUKA 2W7YA 1N84A 3H03A 4H67A 2HZLA 4FEDA 1FCKA 2HAUA 3S9MC 5TPAA 4IO7A 4F1YA 2R9JA 5H8NA 1UQWA 1Y9UA 4NF5A 2E0SA 3W9WA 2H99A 3P7IA 1N3WA 4LATA 4OFLA 3K2DA 1N3XA 3H6TA 5TP9B 4ZEKA 4YB5A 3RGYA 4OWDA 3OENA 2Y7RA 4BDRA 4QSDA 4ELPA 1PBQA 4R75A 1MPDA 5M2VA 4JB7A 4F3PA 4HS7A 3TCHA 3VXBA 4NMYA 3E9XA 4POWA 3MP8A 5KZTA 4RJZA 5AA3A 1MS7A 4ONYA 3U94A 5KCJB 4F2OA 1MXYA 1NNPA 4WEPA 4G2ZA 1AMFA 4OFOA 2M8CA 5HBCA 5I2KA 5ICQA 1NL5A 3CVGA 4U22A 1J1NA 3VVFA 4F31B 1UTHA 1MDQA 3TCGA 4ZEIA 1XC1A 4XKPA 1LAXA 3EPEA 2ONSA 1SW5A 3QSLA 3E13X 3PGFA 5AA4B 2Y7IA 3LR1A 3IK6B 4N13A 3O6IA 1D9YA 4QFPA 2B3BA 3FJ7A 3O97A 3V89B 1R9QA 3OMBA 1B0LA 2F6PA 2I4CA 1PB7A 4KI0E 2ZXTA 5I58B 2DWAA 4OERA 1YTVA 1LFGA 4F29A 1XVYA 2REGA 4DXCA 4LQ2A 1O64A 3BFTA 3MPKA 3ONMA 4R74A 1MG1A 1B1HA 3MJNA 1SYHA 1NNKA 5ELVA 1B1XA 4KQPA 4PQJA 1P99A 1B5IA 1O7TA 4JXIA 3K1MA 1GV8A 2XHDA 4PFYA 4DIGA 3GBAA 2RC9A 3OO7A 3FVKA 3TTLA 1S50A 1NH8A 3KN7A 2ANJA 2I0CA 1BP5A 3RT6B 3SESA 3GZGA 2D21A 4IO6A 5CMBA 5CMCA 1ELJA 4NTLA 3FD3A 2GHBA 5JEIA 3EHSA 3EHTA 4RXLA 3A09A 3K6UA 3DLNA 1NKXA 3SEWA 3CFZA 3IOUA 4FEBA 1Y1ZA 1ZKBA 1RKMA 1TXFA 2UYEA 4MBPA 4DDDA 4OZ9A 4QF9A 1LAHE 3PPPA 1EU8A 1DTZA 2OJTA 3WAFA 3TQWA 5I2NB 2F6GA 3MPLA 1L5TA 1MY3A 1FTKA 5J1DA 3HV1A 4YZZA 3MVZA 2P1SA 3K6VA 1DMBA 5L9SA 3PUXE 4YKJA 4I62A 1USYH 4YU0A 3FJGA 3PD8A 4LQ5A 4IGTA 5CBRA 1Z7ME 3VLUA 2B65A 1M5CA 4H5FA 4ISUA 3L6HA 3SEVA 1NNFA 2ALUA 1YAEA 2XXWA 2ESNA 3MZ9A 4LZ5A 3RY3A 4MLQA 3M3FA 3VE1B 1IZ1A 4H0WA 4GRKA 4IGRA 3FJMA 3PMVA 4R9FA 1H43A 3TELA 4GL0A 3IOTA 3CI8A 1IIWA 1B3HA 4NF8A 2OBGA 2DXYA 3G7WA 3I5OA 1RYXA 3SERA 3KSJA 1B5JA 1USYE 3G3FA 4DCYA 3BBRA 1KWHA 1URSA 3BFUA 1XOCA 1B7ZA 4YKKA 3HHGA 3K6XA 4WEDA 4YB7A 4JWYA 5AA2A 3FXQA 5CRYA 3RTWB 4U1ZA 1GTKA 1SW4A 1Y4TA 3UP9A 2F8DA 4FATA 3T9HB 4RYAA 3KN8A 4U21A 2ZMBA 3H3GA 5AA2D 1SQYA 4RY1A 1ZTYA 4G68A 1H76A 3M3LA 5I57B 4O3CA 3OOAA 1MXWA 4PFTA 1I6AA 3Q27A 1DTGA 5L9MA 1WODA 1BKAA 5AE4A 2HFBA 2FYIA 3I6VA 4EQBA 3S9EA 3TPAA 4RPOA 4ZZEA 3CG3A 4OESA 4EXLA 2XXHA 3OEKA 2AYSA 2DP8A 4GIZA 4NEDA 5B7DA 4RK9A 4ZE9A 3O6GA 3RNNA 2A5TB 2QL3A 4R73A 4H1XA 1N7XA 4H8IA 1NFTA 1SDXA 4EUOA 1MH4A 3DP6A 2H25A 1ANFA 4KHZE 2OCUA 2A5SA 4QFNA 2Z8FA 1HSJA 2REJA 3FXUA 5IKBA 4NF4A 4EDPA 3EF7A 2RCBA 3HO7A 1BTJA 3OXNA 2E1SA 2QSXA 2KLFA 2RKMA 4AB6A 3FVGA 3HPIA 4U1OA 4H5GA 3RQTA 1SW1A 2XXRA 4GXAA 5CI5A 4MFIA 4KYSA 3TKDA 4TLLB 5ITOA 2QS3A 3GXAA 2XXPA 2OK2A 4IB2A 4ZEBA 2VOZA 4OFJA 4R2BA 3T93B 4XXUA 5DVIA 3H06B 2D5WA 4GF8A 3LUYA 3G3GA 3TTKA 1DPEA 2F7BA 3KJTA 2Q2AA 1B40A 2Z23A 1ATGA 2I6EA 1FQAA 2VP1A 2PYYA 1FTJA 5CMMA 2ZYKA 3K1PA 1Y3PA 2DWIA 2VD3A 1QULA 4TOZA 1JEUA 4U4SA 2QJEA 3CSGA 4FAJA 3MAMA 4YKPA 3U93A 5H8QB 1IUDA 3PPQA 5DVJA 2CMOA 5I59B 4YKIA 1OLCA 1P1WA 3Q29A 1B3FA 1B4ZA 2HXWA 4N6PA 3MWBA 2UVGA 4WKMA 5AA1A 2O69A 1M5FA 3C33A 3KEIA 3CFXA 4F2QA 3W9VA 3KFMA 4OENA 1MXZA 3IB2A 3V8XB 2Y7PA 1VFEA 5EHSA 2O7IA 3M8UA 2DVCA 4GXSB 2DVZA 1WDNA 3SEYA 3PD9A 1P1NA 3MVXA 3U8QA 1MRPA 3PU5A 3TTNA 3O2AA 3TEPA 1Y4CA 2ONRA 5I2NA 3K02A 2F34A 5L9OA 1TFDA 4M4GA 3RT8A 3M3KA 1B2HA 1LSTA 4HCYA 1A54A 2DS9A 3OELA 4PFUA 5EHMA 2LAOA 1TT1A 4OMBA 4GFRA 1FTOA 1JW5A 4XKNA 4AB5A 2XXTA 4NF6B 4O3BA 4R2FA 4THIA 3IB0A 4H65A 1T0KA 2DE4A 1JETA 4YMBA 5DEXB 4RA1A 1Y1MA 3G3HA 1MPBA 2UYFA 3OO9A 2I49A 3ZKKA 2P2AA 4QFOA 3N26A 3TAJA 2PMSA 4C1UA 3ECRA 1OQGA 1EZ9A 3KOSA 4ESXA 1JW1A 3UGWA 5CMKA 1LLSA 2DE2A 3G3JA 2RC8A 4EF2A 3IO6A 3MP6A 2HAVA 4POXA 5JTYA 2XX7A 2D3IA 3AXFA 2DE3A 2OWTA 3USDA 1MQHA 5H8SA 3KG2A 1OVBA 3KGCA 2H9BA 1Q1KA 4KR5A 3S9LC 1SYIA 5A5XB 2R71A 5H8HB 2V3TA 4GVOA 4X48A 3FUZA 3B7DA 4X1DA 1JVXA 4O3AA 3R7XA 5H8FB 2FA7A 5FTIA 2Z8DA 1N0TA 2XXVA 4L17A 2Y84A 4OEUA 3T96B 1MPCA 4KYEA 2F97A 4NWCA 4AQ4A 4ECFA 3TDJA 5DVFA 5I57A 4UACA 1JW4A 4BDMA 1MQIA 4QSCA 3IJXB 3LSWA 3PMWA 2ZYNA 4ZEFA 2RC7A 4BDQA 3PUYE 1D3KA 2DWJA 4HCWA 1URGA 3QXMA 2GRVA 1NH7A 3KBRA 2Y7WA 4OXVA 3IAZA 5H8NB 4NF5B 2A5TA 3IL1B 3UIFA 3OSQA 1XS5A 1XVXA 2PVUA 3CG1A 2XD2A 5DT6A 3U72A 2YLNA 2V84A 1YPNA 2HCAA 3MUQA 3VV5A 3GBBA 1QKBA 1MM7A 1LAFE 3QUFA 1SBPA 1UTBA 4F3SA 3FV1A 5DYHA 2ZNTA 3QUJA 2O7UA 1MH3A 3TZAA 2RCAA 5CM6A 4E0WA 2H4IA 3O29A 1SW2A 4P11A 4U2RA 3PV0E 2I48A 2V3QA 4QSEA 4GOTA 3PPNA 3SEUA 1XHYA 3IO4A 1B7UA 4IO3A 2XXXA 3TQLA 4LUBA 3TTMA 3HCQA 3F11A 3TCFA 2VGQA 2XXIA 1AL3A 1B3LA 5I56A 3HSTA 2GHAA 4ZZAA 1VE4A 3VLVA 4PP0A 3E4RA 3S2VA 5DTBA 3VVEA 4ELQA 3THIA 1MY1A 3Q26A 5KDTA 3TYHA 1B05A 3TMGA 1CB6A 1LB9A 2ZNSA 5FHNA 4RPNA 3RLFE 1H3DA 3IOWA 3LC8A 5H8QA 4C1TA 1B9JA 1M5DA 3SETA 3ILUB 2AL5A 1NMUA 5CC2A 4JBZA 1MXVA 4LVQA 3CRBA 3C4MA 1Y3NA 4I8CA 3FXRA 1EZOA 5CBSA 4ZDMA 5JK4A 5ITPA 4NE4A 4FORA 1MY2A 3T66A 2G29A 2YJPA 1B46A 5TP9A 1MDP1 1IXCA 4DCXA 3RTFB 4H6DA 2H98A 2I58A 2HZKA 3OD7A 2X26A 1ZIUA 4F1VA 1BIYA 3W15C 3T22A 4NWDA 2P0SA 4BDNA 1AH5A 5KCJA 4TLMB 1SVXB 3DP4A 3T9XB 2I0BA 2PX1A 4K3FA 4DXBA 2QMXA 3Q28A 1Y3QA 4MLVA 1FQEA 4ESWA 4KFQA 3IORA 5DEXA 1UIUA 1FQCA 4U23A 3QK6A 5AA4A 3ZKLA 3S4UA 3HN0A 3B6QA 2XXYA 2F7CA 1HSEA 2XX8A 3O28A 4GL8A 1GVCA 2ZNUA 3U92A 3O9PA 2OWSA 1R9LA 4FECA 1MY4A 5I58A 4ZECA 3N5LA 1I6BA 1SI1A 3PMXA 1MXUA 3UN6A 3C9HA 4R6YA 3RPWA 2V25A 3RUMA 3G3KA 1M5BA 2F5XA 3LBSA 1B7HA 3IB1A 3N6UA 2VHAA 1ZLQA 4F22A 4JSDA 4Z0IA 3T9VA 2DQVA 3I3VA 4NF8B 3A3CA 2XXQA 2HEUA 1OMPA 5ICTA 3OSRA 1MQJA 1LFHA 2DXRA 1B6HA 3FATA 2DWHA 3HHFA 2F35A 1SI0A 4ZEDA 4BDOA 3CFLA 3C35A 1II5A 4IY6A 1YCJA 3QAXA 4LZ7A 1DOTA 1H45A 3C34A 4EQ9A 1ZBMA 5HPQA 3BKIB 3MZBA 4TQUQ 3TFLA 3PPOA 1N76A 2QRYA 1S9TA 3SKPA 2G93A 3IJOB 1JNFA 4IO2A 2IA4A 4G8NA 4KCDA 2O68A 4G68B 2B3FA 3PUVE 1IITA 1D9VA 3LSLA 3K1NA 4UA8A 4MH5A 3H7MA 4N07A 1ZU0A 4XKRA 2ZYOA 3DELB 1IEJA 4F18A 1FTLA 4FJPA 4Q8RA 1US4A 4OTEA 3E3KA 1P1QA 2XXUA 4R9GA 1US5A 4F1UA 3T9UA 5I84A 1B5HA 2I3WA 4F39A 1MXXA 3FV2A 2PT1A 4ZE8A 1N7WA 1WVJA 4ND9A 2XX9A 4R6HA 1A8EA 2Q8JA 2GFEA 2UVIA 3V83A 3OEMA 3VFJA 4OHNA 5B70A 1VSOA 3TTRA 3QYTA 2THIA 4NF4B 4QFLA 1XT8A 4F19A 3MVYA 1R6ZA 4KCCA 4MF3A 1OLAA 2OZZA 3FIRA 2ABHA 3PUWE 2QPQA 4RNSA 2Q89A 4M1VA 2OLBA 3H4ZA 2X7QA 4F3BA 4YAHX 4H8JA 2RF1A 3O6HA 1TFAA 4X1BA 2UVHA 4OETA 3L6GA 3ZSFA 3OO6A 4HTGA 2XD3A 2QS1A 5K2XA 2DSFA 1H44A 1B32A 1B4HA 1QKAA 5LOMA 1LFIA 4QHQA 2DYXA 3ODBA 1R1NA 3B6WA 2QMWA 5IAIA 4RK2A 3LSXA 2O1MA 4GLIA 5FHOA 1VR5A 4OQOA 3R26A 1IXIA 2Z8EA 1B3GA 5FHMA 1N04A 4I9DA 1FTMA 2H5YA 5HM4B 1OIBA 1CE2A 4F3GA 5TPAB 1EH3A 1IQ7A 2O1LA 4QRZA 2FNCA 3UORA 3KZGA 1A99A 1Z7NE 5K2YA 2UXAA 3FGSA 3MW0A 2R6GE 3VLWA 3KN3A 1O63A 3LSFB 2ONKE 1FQBA 3IX1A 3DP8A 2YPNA 1LBCA 1OVTA 2O6AA 3D4GA 1A8FA 1I6QA 1B58A 4KD5A 5F1QA 5BUUA 3MZ1A 1DSNA 1OQHA 5F7VA 3MVWA 4X9TA 3CR9A 1FQFA 4JWXA 4BDLA 1VFDA 3SDFA 3IOVA 1PB8A 3VVDA 4GQOA 3KJ7A 4WXJA 3JYRA 5TU0A 3Q25A 4G8HA 1D4NA 1LAGE 3FASA 5I2KB 1MY0A 2QS2A 2ZYMA 2AL4A 1UTHB 4EF1A 1LCFA 3MBPA 3KOTA 3ZS6A 4DZ1A 2QS4A 1UIVA 1Q35A 1TWYA 1P1OA 4XTCQ 3C31A 2NWJA 3O66A 4ELOA 4XIGQ 3EN3A 1MQDA 4JDFA 4U4XA 5BWJA 3B6TA 3S9NC 2O51A 1P1UA 3A3UA 4FE8A 3K0VA 3FZVA 4G8MA 3PPRA 4YMAA 2X7PA 3DM0A 1LB8A 1JVYA 2NVUB 4IO5A 2Q88A 4JWOA 1Y20A 2NOOA 4P0IA 4R6KA 2V93A 3N6TA 2NUVA 4ELRA 1B3EA 3G3IA 3UA8A 2RINA 3CSBA 1ZJLA 5I59A 1ZMGA 4Z7EA 5JTYB 1QUIA 1EZPA 3U1OA 2Q9TA 4LA9A 4Q5TA 1FQDA 3QIMA 3N94A 1M5EA 4PE5B 2IEEA 4E0XA 4G77A 4LZ8A 3D4CA 5ISUA 1QW0A 4DE8A 2O84X 4YB6A 3EQ1A 3VXCA 1DPPA 2HQ0A 1B52A 4Q0CA 3GLBA 3EHUA 3TODA 3H6WA 1LBBA 4ZS9A 4OYVA 4DXUA 1MM6A 4I1DA 1POY1 1AOVA 3VDFA 4C0RA 4BLAA 1SD3A 1MQGA 3IR1A 1S7YA 1LCTA 1IXGA 4FIMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NV3A 4IY5A 4EXKA 1IXHA 2V4CA 1A40A 3FVOA 4KPTA 4NF6A 2BJJX 1LBVA 2ZZWA 1FW0A 2Y7KA 2VD2A 3JV9A 1QUJA 1A55A 2UVJA 1CNQA 2GH9A 2I4BA 4LP2B 4EQ7A 4MAGA 3SEXA 4JVIA 3JZJA 4MNPA 1JQFA 2PBWA 4OVJA 4QFKA 3MP1A 3K6WA 5ET7A 1PEBA 3H6VA 4KYDA 4XKQA 1QVSA 3C36A 2Y5KA 2F36A 4R72A 2I3VA 1PDAA 2F7AA 1UTBB 5EYFA 1RYOA 2F78A 3V5AA 2CZLA 5FTHA 1URDA 3C32A 3H6UA 3CIJA 4I40A 2Q2CA 1GR2A 4PFRA 5ET5A 1AIVA 3K4UA 3TUSA 4HW8A 4DLDA 1QJMA 3UK4A 1EYIA 3B50A 2CZKA 1PB9A 3OO8A 4GX3A 3KSXA 2NXOA 4LONB 3PUZE 1F9BA 2DOJA 3RN8A 4G68C 4YICA 5I56B 1IMDA 1NNTA 1PC3A 4GBVA 3K01A 4G4PA 3WAEA 1GGGA 5A5XA 5H8HA 4NN3A 3R6UA 3RPLB 4JSOA 2PT2A 4IO4A 4GWOA 4OVQA 5H8FA 1JEVA 4PETA 2AIXA 3MC2A 3ILTB 4GD5A 3MQ9A 5KDTB 5IGAA 1HSLA 4P0GA 1A7LA 1VDWA 4OVSA 4PFWA 2Q8MA 2Z22A 2WKYA 4OEVA 5L8DA 1POTA 3K00A 3FVNA 4Q30B 1B51A 5AA2B 1B0HA 1I69A 1BLFA 1PBPA 2V3UA 1LGBC 1QUKA 2W7YA 1N84A 1YZ0A 3H03A 4H67A 2HZLA 4FEDA 1FCKA 2HAUA 3S9MC 5TPAA 4IO7A 4F1YA 2R9JA 5EQ7A 5H8NA 1UQWA 1Y9UA 4NF5A 2E0SA 3W9WA 4P8BA 2H99A 3P7IA 1IMEA 1N3WA 4LATA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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