4MFIA

Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ugpb
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
SVKSGSGPIDFWSSHPGQSSAAERELIGRFQDRFPTLSVKLIDAGKDYDEVAQKFNAALIGTDVPDVVLLDDRWWFHFALSGVLTALDDLFGQVGVDTTDYVDSLLADYEFNGRHYAVPYARSTPLFYYNKAAWQQAGLPDRGPQSWSEFDEWGPELQRVVGAGRSAHGWANADLISWTFQGPNWAFGGAYSDKWTLTLTEPATIAAGNFYRNSIHGKGYAAVANDIANEFATGILASAVASTGSLAGITASARFDFGAAPLPTGPDAAPACPTGGAGLAIPAKLSEERKVNALKFIAFVTNPTNTAYFSQQTGYLPVRKSAVDDASERHYLADNPRARVALDQLPHTRTQDYARVFLPGGDRIISAGLESIGLRGADVTKTFTNIQKRLQVILDRQIMRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of Mycobacterium tuberculosis ATP-binding cassette transporter subunit UgpB reveals specificity for glycerophosphocholine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding pr
molecule tags Sugar binding protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 147
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mfiA00
2P0SA 1O7TA 3E13X 5CBRA 3G7WA 1IZ1A 1NNKA 1S9TA 1IXCA 3PMWA 4OTEA 2REJA 4H6DA 1KWHA 1LBCA 2XXYA 2ZNSA 3MJNA 3H4ZA 4OZ9A 1J1NA 3KN8A 2DXRA 2FA7A 1M5CA 3K0VA 4F18A 2IEEA 1UTHB 2DOJA 3MWBA 1JQFA 4PQJA 2PX1A 3CRBA 4R6HA 3K6XA 2B3FA 3IR1A 1SW2A 3H6UA 1XS5A 4FEDA 2QS2A 3V5AA 4H8IA 4OERA 1QJMA 2I3WA 4NF4A 1LAHE 4OFJA 2DWAA 4P0GA 1B5JA 3GBBA 2O68A 2GFEA 3EF7A 3BKIB 1JW5A 5H8HB 1SD3A 2OZZA 3L6GA 3AXFA 3UGWA 1ZKBA 4GVOA 3ZKLA 1MQGA 4MF3A 4ECFA 1B4HA 3LSFB 2NUVA 3OO8A 3E3KA 3G3HA 5KDTA 2O69A 3GXAA 1IXHA 1A8EA 3C4MA 5CMKA 1DSNA 3PUYE 1P1UA 1JW4A 2RC7A 2HAVA 5H8NB 3CG1A 3H6VA 3ZS6A 5CMMA 4R73A 4JSOA 1OLAA 4P0IA 3FXRA 1MQJA 2F35A 3TTNA 3OSRA 2KLFA 4FECA 4DE8A 4IB2A 2G29A 3ZSFA 3C36A 3OD7A 2I6EA 3K2DA 4H8JA 2PYYA 4GD5A 4GRKA 1N84A 1NNPA 1SQYA 3HN0A 3VVFA 4AB5A 4OMBA 4F29A 3IB1A 3K6UA 3S9MC 3MP1A 1D9VA 1B7HA 5FHOA 3O29A 2OK2A 1B2HA 4MBPA 4TLLB 3QK6A 4HS7A 1MXVA 3B6TA 4KCDA 4ZDMA 1O63A 1JNFA 2F97A 1B0LA 1B1HA 4GF8A 1A54A 3D4GA 4AQ4A 3TCGA 3PGFA 2RF1A 2X7PA 3I5OA 4YAHX 3U92A 4H5FA 4O3BA 3R7XA 2PVUA 2QSXA 2Z8FA 4PP0A 3MUQA 5FTHA 4JBZA 4DXCA 5I57A 3FVGA 4XTCQ 1B52A 5JTYA 1LB9A 3T96B 3TPAA 4N6PA 2Q89A 2ONSA 3SEYA 4QFPA 2ZYMA 2Y7WA 4NWCA 5AA2B 4BDNA 4GLIA 5BUUA 1B46A 2DVCA 2H5YA 5DVJA 4GXSB 1PEBA 4BDMA 1GGGA 5ICQA 4IO4A 3K00A 4O3CA 1SW5A 1ZMGA 1XOCA 4L17A 2A5TA 4BDRA 5ICTA 1B51A 1QUKA 3Q26A 2Z8EA 3QSLA 1NL5A 3HSTA 3KJTA 1VSOA 4KR5A 4EQ9A 3VFJA 4I9DA 3M3KA 5I2NA 2Y7RA 2OCUA 2QS3A 2UVHA 4YICA 3IOWA 4M1VA 3WAFA 3IORA 1WODA 3UP9A 3ONMA 4E0WA 3RPWA 1LAXA 1O64A 1M5BA 1LLSA 3QIMA 3KJ7A 1AL3A 4DXBA 1H45A 3RTFB 4POWA 3HHFA 4X1BA 3Q28A 3RNNA 2F7BA 2B65A 3O2AA 3FZVA 3FV2A 1SI1A 1RYOA 4HW8A 2QJEA 4F39A 3UA8A 5I59A 4F31B 3VDFA 4F19A 2H9BA 2PT2A 4QSCA 2RC9A 1YTVA 1USYE 1YCJA 2XD3A 4U4SA 1TFDA 2ZXTA 4NF5A 5L9MA 4R6KA 1SDXA 3PPOA 3MPKA 3LSLA 1Y1ZA 4DXUA 2XXIA 5AA3A 4RK9A 1IXGA 3FIRA 4U21A 3TFLA 4YMAA 3PD9A 3T9VA 1TWYA 4DLDA 3D4CA 2ZYNA 2DE2A 1I6QA 4F3PA 1M5FA 2D5WA 3EQ1A 1Q35A 5KCJB 4PFTA 4IGRA 4YKIA 3VVDA 2RCAA 2AL5A 1OLCA 4KYDA 4LZ8A 4KD5A 2QS4A 4KYEA 4X9TA 1LGBC 5KZTA 3KOTA 3KFMA 3TTKA 1I6BA 3BFUA 3G3GA 2HAUA 1FW0A 1UIUA 3Q25A 1LFIA 1MS7A 4O3AA 1JEVA 2QS1A 3KZGA 4UACA 4E0XA 4LA9A 1JVXA 4OQOA 1ZU0A 3K01A 4GFRA 3K4UA 5B70A 2UYFA 2E1SA 3U94A 4U23A 1MXYA 3SEWA 4XXUA 1FQFA 2UVGA 3H03A 4R9GA 2XX9A 1Y4TA 3O6GA 4LZ7A 1MPCA 3MAMA 3ILUB 4FORA 3CG3A 5H8QA 2Y84A 5I56A 4ZEDA 1PB9A 4FEBA 4ZEFA 4DIGA 4U1ZA 3RQTA 1B3LA 1QKBA 5DVIA 4EXKA 1AIVA 3DP8A 3K1PA 4YZZA 1MH3A 4FE8A 1FTOA 2VD2A 5AA4B 3G3IA 3OENA 4R75A 3B6WA 1NKXA 5JEIA 2Z23A 5DEXB 1Y20A 5H8FB 1WVJA 1UIVA 3N6UA 5DTBA 4XKRA 1PBPA 4XKQA 4EDPA 1TT1A 2H4IA 3FVOA 4YB6A 2XXXA 3MVWA 1GVCA 2I3VA 4GQOA 1YAEA 3RGYA 1I69A 1N0TA 4IO2A 2QRYA 4JWOA 4H5GA 1SW1A 1XC1A 3R26A 4F1UA 5BWJA 3EN3A 1OMPA 4YKJA 1XHYA 3SEUA 2DXYA 2HEUA 4NF6A 3V83A 4JWXA 4F2OA 3RTWB 5DT6A 4R6YA 1US5A 3LUYA 1RYXA 3HV1A 4U2RA 1MXUA 2F7CA 1OVBA 4WEDA 4ZECA 2FYIA 1VE4A 1MQDA 4NMYA 4IGTA 2XD2A 2AL4A 3RY3A 1B3HA 2ONRA 1A8FA 1MY0A 3VLVA 5TPAB 1ZIUA 4HCYA 1B05A 2R9JA 4EF1A 3IJXB 4PFYA 1NH7A 3RT8A 3FVNA 2Q9TA 1DPPA 3CSGA 4NEDA 4OYVA 3QAXA 1MY3A 1EZ9A 4H1XA 1IITA 1TFAA 3LR1A 1OQGA 4NF8B 1URGA 3S9EA 2NVUB 3PUVE 4F3SA 1AH5A 4LVQA 2E0SA 4WKMA 3FJMA 1MY2A 3OO6A 4OETA 4UA8A 1HSLA 5I58B 1XVYA 3N5LA 2I48A 3MVZA 4PE5B 3UORA 5JK4A 3E4RA 4LZ5A 4GXAA 3FXUA 1VFDA 1MRPA 4FIMA 3CR9A 4RK2A 5K2YA 5CRYA 3QYTA 3TCHA 1VR5A 4QFOA 3SDFA 3O97A 2V93A 3FATA 2DQVA 4PFWA 1II5A 3DP4A 2GHBA 3CSBA 4P11A 3ECRA 3UIFA 2O7UA 4N13A 3O9PA 4QRZA 2PMSA 1MDP1 4G68C 2O1MA 5A5XA 1H76A 5I2KB 1NNFA 1D9YA 2GRVA 4KPTA 3VVEA 3UK4A 3FVKA 1DTZA 5ITPA 4MLQA 3VV5A 2DWJA 3DM0A 2ZNTA 2P1SA 4G68B 4QSDA 1B9JA 2O84X 2O6AA 4YMBA 3LSXA 5K2XA 4G8MA 3EPEA 3DLNA 3TDJA 3U1OA 5CMBA 4I62A 5I84A 4HCWA 3IO4A 1LAGE 5DYHA 2O51A 5J1DA 3PPPA 1SYHA 1MG1A 3UN6A 4KQPA 3VLWA 1UTBA 1PC3A 1MPBA 1B0HA 3PU5A 4ZEIA 1IUDA 2YPNA 3HHGA 4IO7A 4PETA 3IL1B 1VFEA 1DOTA 1BIYA 2GHAA 3MZBA 3VE1B 2A5SA 5TP9B 3O28A 1P1OA 3TQWA 3IOVA 3HCQA 1ATGA 1OIBA 1FQCA 4KFQA 3OSQA 3U93A 1WDNA 1B40A 3KSJA 3PUZE 1UQWA 4TQUQ 2H98A 1EZPA 4QFNA 3U72A 1UTHA 3F11A 2RINA 3U8QA 2XXRA 4ISUA 2Y7KA 4DCXA 4F22A 3H7MA 2DWHA 1XT8A 3MZ9A 2F78A 3TYHA 2M8CA 3I6VA 2G93A 5H8HA 2AIXA 4OXVA 4R9FA 5CM6A 4F3BA 3CVGA 1BLFA 5F1QA 1B3FA 4H65A 1R1NA 4TLMB 3K02A 2VD3A 4MH5A 2GH9A 1M5EA 1N3XA 3RN8A 4M4GA 1R9QA 3TELA 3S9NC 2XXWA 5L9SA 2HXWA 1MM6A 1D4NA 4YKKA 2RKMA 1FTMA 2I49A 3W9VA 1FQBA 1IQ7A 5H8NA 1PBQA 2XXHA 2BJJX 5CI5A 2OWSA 3IAZA 5CBSA 3TODA 4LP2B 2HFBA 4YB5A 2V25A 3C33A 1ZJLA 2XX7A 3HO7A 2Z8DA 4KCCA 2CZLA 3IJOB 1SW4A 2XXQA 1FQDA 4Q5TA 3MC2A 3PMXA 4NF4B 1Z7ME 3K6WA 2OBGA 3KG2A 3PUWE 3S9LC 3FXQA 1B7ZA 3O66A 3MPLA 3MVXA 2F6GA 2I58A 5CC2A 5HPQA 3MP6A 4JDFA 4IY5A 1MQIA 1BKAA 2Q8JA 2O7IA 3SERA 4DDDA 2DP8A 1FTKA 3MW0A 2H25A 5KDTB 3GZGA 3N94A 5L8DA 4OVJA 1EU8A 1LCFA 1B5IA 3M8UA 4G68A 4F3GA 5AA2D 1P1WA 4NTLA 4JXIA 4IO3A 4Q8RA 4ND9A 4MLVA 1LB8A 1T0KA 1MXZA 3RT6B 5HBCA 4QHQA 1P99A 1POTA 3T66A 3OOAA 1PB8A 1DPEA 4QFLA 3KGCA 1LFHA 3THIA 4OWDA 1LBBA 5EYFA 1Q1KA 1JETA 4N07A 1B4ZA 3A3UA 3LC8A 3OELA 5AA2A 5M2VA 4HTGA 2V84A 2ZMBA 1B3EA 3E9XA 4WEPA 3V8XB 3OO9A 2Y7PA 1LSTA 4G4PA 1IIWA 3B6QA 4GWOA 2ALUA 4OENA 1CE2A 1N7WA 4YU0A 1SVXB 2D3IA 1LCTA 5H8SA 1GV8A 1AOVA 3C35A 3VLUA 3T9HB 3IB2A 1QVSA 2QMWA 3TCFA 3CFLA 4AB6A 3V89B 4X1DA 3EHTA 5I57B 3K1NA 1NNTA 5JTYB 1N76A 1DTGA 1FCKA 5FHMA 3L6HA 4RPOA 2PT1A 3S2VA 2R71A 1USYH 4ELRA 2ZYOA 1MY1A 1ZTYA 3OMBA 1MPDA 4BDLA 1OQHA 3TAJA 3A3CA 2YLNA 4ZZAA 2LAOA 4Q0CA 3TKDA 3FV1A 4IO5A 3S4UA 2XHDA 3KBRA 1OVTA 2A5TB 1P1QA 3TTMA 2PBWA 2DYXA 3PPRA 3OEMA 5HM4B 3OO7A 2O1LA 1B1XA 1H44A 4BDQA 2QL3A 2QPQA 4R2FA 4DCYA 4F1VA 5I2NB 2NXOA 4OESA 4U22A 1MQHA 4ZS9A 4XKPA 3C31A 3ILTB 3QUFA 2I0BA 2I4CA 1POY1 1Z7NE 3JV9A 3PD8A 3OEKA 5KCJA 1B7UA 1MH4A 3WAEA 1B58A 4ONYA 4X48A 1US4A 1AMFA 1S7YA 3TTRA 4OFLA 4GL0A 1DMBA 2UVJA 4EXLA 1B3GA 1MDQA 1FTJA 1FQEA 4C1TA 1NH8A 3H6TA 3K6VA 1MM7A 3JYRA 5I59B 4EQBA 1YPNA 4PFUA 2VP1A 4F2QA 4QSEA 5ITOA 3CI8A 4JB7A 5IKBA 3PV0E 1RKMA 3EHUA 1URSA 1NMUA 4NF5B 4U4XA 3BFTA 4GOTA 2RC8A 4I1DA 5EHMA 3USDA 4G8NA 3ZKKA 4OEUA 4RXLA 1N7XA 2H99A 4I8CA 4ESWA 3KN7A 3TUSA 5ISUA 3T9XB 3G3FA 2NOOA 3KOSA 1JEUA 3SESA 4H67A 4IO6A 1BP5A 2Q88A 4IY6A 3DELB 3JZJA 1EH3A 1SBPA 3GBAA 4JWYA 3P7IA 1B32A 2YJPA 3MQ9A 1PDAA 1GR2A 3KN3A 2HZKA 4OHNA 3T22A 2F34A 5AA4A 4YKPA 3T93B 4QF9A 2VOZA 1SYIA 5DEXA 4THIA 5H8FA 2CMOA 4KYSA 3BBRA 2UVIA 1P1NA 5B7DA 4F1YA 3LSWA 2DS9A 2P2AA 2AYSA 2ESNA 2HZLA 3MZ1A 5F7VA 2DE4A 3OXNA 3CFZA 4ELOA 1ELJA 2HQ0A 4GL8A 1D3KA 4WXJA 2ABHA 4FJPA 2DVZA 3C32A 4G8HA 4BLAA 4YB7A 4K3FA 3IK6B 2X7QA 3IX1A 4OEVA 4U1OA 3QUJA 5H8QB 2DE3A 3O6HA 4POXA 2I0CA 3TEPA 4NE4A 2NWJA 5I56B 3H3GA 4Q30B 5ELVA 5TU0A 1M5DA 2F36A 3LBSA 3N26A 3SKPA 1N3WA 4LONB 2UXAA 2XX8A 3IB0A 1B5HA 4H0WA 1QKAA 2FNCA 3KEIA 2IA4A 3H6WA 2REGA 4LATA 2Q2AA 1MXWA 1Y9UA 2RCBA 1CB6A 2Z22A 1Y4CA 1SI0A 1A40A 4XIGQ 1R6ZA 1QUIA 4TOZA 4ESXA 4R2BA 3B7DA 3M3LA 1R9LA 4EF2A 3FD3A 5L9OA 5TPAA 4Z0IA 3TTLA 1QUJA 3FUZA 1XVXA 5CMCA 2DWIA 3W9WA 3VXBA 1I6AA 1Y3NA 1L5TA 1URDA 4NF6B 4NF8A 2W7YA 5EHSA 1FTLA 1IXIA 1EZOA 2V3QA 3PPQA 3SETA 2F5XA 3IOTA 2R6GE 5I58A 3FASA 4EUOA 3C9HA 1ZLQA 2D21A 1JW1A 3TQLA 3ODBA 1A55A 1Y3QA 2XXVA 1QW0A 1LAFE 2F6PA 1H3DA 3MBPA 4ZZEA 1TXFA 1MY4A 3SEVA 5LOMA 4RPNA 4Z7EA 1A7LA 4ZEKA 3FJ7A 3G3KA 4RYAA 4RJZA 2ANJA 1HSEA 3MP8A 4ZE8A 5I2KA 3R6UA 1LFGA 3PMVA 4RA1A 1A99A 4R74A 2QMXA 1IEJA 4XKNA 4C1UA 5FHNA 2ZNUA 4GIZA 1Y3PA 4LQ5A 3C34A 4KHZE 2OJTA 2I4BA 3KSXA 5AE4A 1FQAA 3PPNA 3PUXE 4G2ZA 4KI0E 3Q29A 3M3FA 3RLFE 1GTKA 3IO6A 3GLBA 4FATA 3FJGA 4BDOA 2B3BA 3RUMA 2DSFA 1Y1MA 1ZBMA 1MXXA 3A09A 5AA1A 1PB7A 4C0RA 3DP6A 3G3JA 5IAIA 3W15C 2XXUA 5FTIA 1H43A 5TP9A 5A5XB 4DZ1A 2F7AA 4QFKA 4EQ7A 3N6TA 2VGQA 3SEXA 2OWTA 4ZEBA 4RY1A 1N04A 3IOUA 3MVYA 2Q2CA 3QXMA 3VXCA 1ANFA 3TMGA 4LUBA 3CFXA 3TZAA 4LQ2A 3HPIA 4MFIA 2XXTA 2HCAA 2THIA 4ELPA 3I3VA 2ONKE 2UYEA 2V3UA 1JVYA 2F8DA 3O6IA 1QULA 2X26A 4G77A 3Q27A 4NWDA 1B6HA 2VHAA 2ZYKA 3CIJA 1F9BA 2WKYA 2OLBA 1HSJA 4ZE9A 3EHSA 2Y7IA 3T9UA 4FAJA 2V3TA 1S50A 1UTBB 2XXPA 4RNSA 3FGSA 3H06B 4JSDA 5DVFA 4ELQA 4R72A 1NFTA 3K1MA 1BTJA 4OFOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KC1A 2P0SA 4MEVA 1O7TA 3E13X 2FIEA 5CBRA 3G7WA 1IZ1A 1NNKA 4GX4A 1S9TA 1IXCA 3PMWA 4OTEA 2REJA 4H6DA 4GX6A 1KWHA 2PFYA 1LBCA 2XXYA 2ZNSA 3MJNA 3H4ZA 4OZ9A 1J1NA 3KN8A 2DXRA 2FA7A 1M5CA 3K0VA 4F18A 2IEEA 1UTHB 2DOJA 2CEYA 3MWBA 1JQFA 4PQJA 4H46A 2PX1A 2KR0A 3CRBA 4R6HA 3K6XA 2B3FA 3IR1A 1SW2A 4MMPA 3H6UA 1XS5A 4FEDA 2QS2A 3V5AA 4O7MA 4H8IA 4OERA 1QJMA 2I3WA 4NF4A 1LAHE 4OFJA 2DWAA 4P0GA 4FBPA 1B5JA 3GBBA 2O68A 2GFEA 1LBVA 3EF7A 3BKIB 1JW5A 5H8HB 1SD3A 2OZZA 3L6GA 4N81A 3AXFA 3UGWA 2BJIA 1ZKBA 4GVOA 3ZKLA 1MQGA 4QXDA 4MF3A 4ECFA 1B4HA 3LSFB 2NUVA 3OO8A 3E3KA 3G3HA 5KDTA 1NUZA 2O69A 3GXAA 1IXHA 1A8EA 4P1LA 3C4MA 5CMKA 1DSNA 3PUYE 1P1UA 1JW4A 2RC7A 1FBHA 2HAVA 5H8NB 3CG1A 3H6VA 3ZS6A 5CMMA 4R73A 4JSOA 1OLAA 4AS4A 4P0IA 3FXRA 1MQJA 2F35A 5LDZA 5ET7A 3TTNA 3OSRA 2KLFA 4FECA 1LBYA 4DE8A 4IB2A 2G29A 3ZSFA 3C36A 3OD7A 2I6EA 3K2DA 4H8JA 2PYYA 4GD5A 4GRKA 1N84A 1NNPA 1SQYA 3HN0A 3VVFA 4AB5A 4OMBA 4F29A 2KQZA 3IB1A 3K6UA 3S9MC 3MP1A 1D9VA 1B7HA 4IR8A 5FHOA 3O29A 2OK2A 1B2HA 4MBPA 4TLLB 3QK6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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