4MFIA

Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ugpb
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
SVKSGSGPIDFWSSHPGQSSAAERELIGRFQDRFPTLSVKLIDAGKDYDEVAQKFNAALIGTDVPDVVLLDDRWWFHFALSGVLTALDDLFGQVGVDTTDYVDSLLADYEFNGRHYAVPYARSTPLFYYNKAAWQQAGLPDRGPQSWSEFDEWGPELQRVVGAGRSAHGWANADLISWTFQGPNWAFGGAYSDKWTLTLTEPATIAAGNFYRNSIHGKGYAAVANDIANEFATGILASAVASTGSLAGITASARFDFGAAPLPTGPDAAPACPTGGAGLAIPAKLSEERKVNALKFIAFVTNPTNTAYFSQQTGYLPVRKSAVDDASERHYLADNPRARVALDQLPHTRTQDYARVFLPGGDRIISAGLESIGLRGADVTKTFTNIQKRLQVILDRQIMRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding pr
publication title Structural analysis of Mycobacterium tuberculosis ATP-binding cassette transporter subunit UgpB reveals specificity for glycerophosphocholine
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule tags Sugar binding protein
total genus 147
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mfiA00
1IIWA 1ZU0A 1N3XA 1TWYA 4R6HA 5DVJA 1A99A 1GR2A 3FJGA 1US5A 3VDFA 2Y7PA 2RINA 1NNPA 4EF2A 4H0WA 1UIVA 2F5XA 4NWDA 2Z23A 3K6UA 1I69A 1B3EA 3H6WA 4NF4B 3CRBA 4YKIA 3VXCA 3LSLA 2OCUA 3N6UA 4R74A 2RC8A 3U72A 1N7WA 3RLFE 1BTJA 1WVJA 2VD2A 2ZYKA 2XXXA 3FVKA 4HW8A 4IO2A 3TCFA 4R2FA 1B5HA 2VGQA 3MZ1A 4ND9A 2P2AA 3VV5A 3RQTA 3UIFA 3VVEA 3KJ7A 4P11A 3RT6B 4PFTA 5I58B 1ZJLA 4F18A 5I2KA 4OERA 4AQ4A 5H8QA 5CI5A 1XVXA 2Z8FA 4OXVA 2D21A 1NH7A 3ZSFA 3O28A 5I59B 1MY4A 1ZTYA 1EH3A 3TEPA 4F19A 4BDRA 1LBBA 2G29A 1B58A 4H8JA 5KCJB 4O3CA 2Q88A 1OQHA 3PPNA 2O68A 5IAIA 3TTLA 2OZZA 3QAXA 4BDOA 1TXFA 4YB5A 2NVUB 4C1TA 3SETA 5DVIA 4OFOA 3RY3A 3TTKA 3LSFB 3A3UA 3FUZA 5J1DA 5JEIA 4HS7A 3M8UA 2ANJA 4HCWA 5H8HA 2UVJA 1PC3A 2DVZA 4KQPA 1NNKA 5A5XA 2DXYA 1MXXA 1B9JA 1I6BA 1A8FA 4JWXA 2R9JA 5AE4A 3EF7A 1POTA 4M1VA 4OENA 2HAVA 4WXJA 3IJOB 5I84A 2I49A 3FVGA 2F7BA 3G3IA 4OVJA 1VFEA 1XHYA 1B05A 2ZMBA 1FQBA 2Y7KA 4U1ZA 3DP6A 3PUWE 1VE4A 1LFGA 4JB7A 1B32A 4ZZAA 2E0SA 3TCHA 3TCGA 4DDDA 1SW2A 1B4ZA 2I6EA 3ZKKA 5I2NB 4AB6A 4I1DA 2UVGA 1B5JA 1QUIA 1QKAA 3LR1A 1BIYA 1B3LA 2DWHA 1Y9UA 1LCFA 4ELRA 2VD3A 3PPRA 3TQWA 4QSEA 1B46A 1D4NA 4QHQA 3O29A 4QF9A 1SW1A 3U92A 1IUDA 3CR9A 3OMBA 3ILTB 1RYXA 4YB6A 5FTIA 1MG1A 2O1LA 4HTGA 5CMCA 3MUQA 3IOTA 3MZ9A 4FJPA 3OOAA 3MQ9A 3DLNA 2NUVA 4M4GA 3SERA 2YLNA 4FATA 1MPBA 5H8NA 3AXFA 4NEDA 3U93A 1I6AA 5AA2D 1B3FA 2ZYOA 3VE1B 1LLSA 2XX8A 2DOJA 4NF6A 3TUSA 2R71A 5DEXA 2ZYNA 3SEUA 5FHNA 5I57B 1H76A 1JW5A 5CC2A 4IY6A 1PB9A 2NWJA 2DWIA 3B6TA 2F35A 3L6HA 1EZPA 3OO6A 2ZNTA 1UQWA 3MW0A 1II5A 1B7UA 3K6WA 4MLQA 4EDPA 1SD3A 4OFJA 4EQ9A 1M5CA 1H3DA 4UA8A 5JTYB 2B3FA 1M5DA 4G2ZA 4YMBA 3MAMA 4MF3A 1R6ZA 1XOCA 4MH5A 1ZIUA 1SI0A 1VSOA 1S9TA 4P0IA 3C34A 3CFXA 3JZJA 4WEDA 1Y3QA 4E0XA 4EXLA 3OO7A 4F29A 1MXYA 4DLDA 2DVCA 1P1QA 3O97A 1NL5A 2NOOA 4Z7EA 3O66A 2OWSA 4YKPA 3OEMA 3TAJA 2XXYA 1MQHA 3VLWA 5AA2B 4K3FA 4F2QA 3MZBA 1FTLA 1I6QA 3R26A 2UVHA 3N26A 1UTHA 1JEVA 2F7CA 2O84X 4ZEFA 4KYEA 3DM0A 2Y7IA 2XD3A 2QMXA 4H65A 4ISUA 4LATA 2OBGA 4QSCA 4TLLB 4FE8A 1BKAA 4H6DA 1NNTA 2Q2CA 2CMOA 1FQFA 5F7VA 4ZDMA 3RT8A 1LAXA 4H67A 1LFIA 3BKIB 3KOTA 3C35A 3FASA 1WODA 2HEUA 4PETA 1ATGA 5TU0A 5I56B 1H43A 4TOZA 5H8FB 3K2DA 4PFUA 1B3GA 3OSQA 4KR5A 3H6TA 1D9YA 4RY1A 4ONYA 4OEUA 4G8NA 3FV1A 4BDMA 4ZZEA 4ELPA 2QMWA 3IR1A 5DYHA 1IQ7A 4DXBA 3H6UA 5CRYA 1B7ZA 3E13X 4KPTA 1O7TA 1O64A 3G7WA 1AIVA 1R9LA 2UYEA 4H5FA 3GXAA 3MVWA 1JQFA 2PT2A 3K6VA 3RGYA 1B40A 1SI1A 2R6GE 4L17A 4G8MA 3SEXA 3V5AA 3D4GA 4DCYA 3U94A 3K1MA 3PD9A 1DMBA 1EU8A 4GQOA 4EQ7A 2THIA 1P1OA 2I58A 4O3BA 1A54A 1OIBA 3PMWA 4XKPA 2GFEA 3C9HA 4Q30B 3EHUA 1PB7A 4F3PA 4JBZA 1URGA 3DP8A 1M5FA 2FA7A 2AYSA 5CMMA 3TDJA 5ISUA 1QW0A 4G68A 3E4RA 2H9BA 2HXWA 1MXZA 2ALUA 1Q35A 4BDNA 3KEIA 1QUJA 4EQBA 1S7YA 3HN0A 2QJEA 1DTZA 3B6WA 4OMBA 4YU0A 2M8CA 3PUXE 4BDQA 3IO6A 3FZVA 2G93A 2O1MA 1JETA 4GRKA 4EF1A 1FQEA 2LAOA 4FAJA 3L6GA 3G3KA 4N13A 1R9QA 2DP8A 1FQAA 1DOTA 4GIZA 3T22A 1MM6A 1FCKA 1QJMA 2H99A 2QRYA 3WAFA 2XX9A 3K02A 2A5TB 3KSXA 4PFWA 4MLVA 3KN3A 2PX1A 4DXCA 1LSTA 5TP9A 3ODBA 4ESXA 5AA4B 2W7YA 5L9MA 2UXAA 3O6HA 3W15C 4X1BA 4KCDA 1XT8A 4I62A 1TFDA 1GVCA 1PBPA 3UP9A 1MDQA 5KDTA 1Y3PA 3SEWA 2B3BA 2Q89A 1N84A 1MXUA 4DXUA 1XS5A 1SW4A 1P1NA 4ZEBA 4XXUA 4NF5B 2PVUA 3OO8A 2F97A 4OZ9A 1JNFA 3Q28A 3CSBA 3LC8A 1IXIA 3V83A 4R6YA 3M3LA 1USYE 2WKYA 5KZTA 1URSA 4YB7A 1MY0A 1UIUA 3TTRA 4DZ1A 4NF4A 1UTBB 3SEVA 4F1VA 1MM7A 4JWOA 2IEEA 1MH3A 4UACA 2F34A 3IORA 1B1HA 1MY3A 1XVYA 1Y1MA 2Z22A 3O6GA 4RPNA 3M3KA 2REJA 2ABHA 4U21A 2XHDA 3CSGA 3KOSA 3O9PA 1L5TA 4IO7A 4G4PA 2HAUA 4GXAA 5I58A 5K2YA 4ZE9A 3C36A 3C4MA 2KLFA 2RF1A 3RN8A 4GF8A 3SKPA 5I59A 1JW1A 4KI0E 3RTWB 2P1SA 4GXSB 4OHNA 5K2XA 1DPEA 4IB2A 4JWYA 3FVNA 1NH8A 2GRVA 4KCCA 5KCJA 2XXRA 3KZGA 4ELQA 4ZS9A 3OEKA 4JSOA 4RXLA 2AL4A 1B51A 1O63A 4U4XA 3MVXA 3P7IA 1Y4CA 4FORA 1DSNA 4O3AA 3I3VA 1N3WA 5B70A 4H8IA 4MBPA 2I3VA 2BJJX 4BDLA 1P1UA 3JV9A 1USYH 3TTMA 3FXQA 3T9HB 4XKQA 1SBPA 1UTBA 3T9XB 3PUVE 4OWDA 1A7LA 3SDFA 2RCAA 3QUFA 3V89B 2YPNA 2HZLA 3A3CA 4IGTA 1HSLA 1TT1A 1FW0A 3PV0E 5L8DA 1F9BA 4YZZA 2D3IA 2H4IA 3VXBA 3N94A 4XKRA 4Z0IA 2DYXA 4NF8B 2QSXA 2AIXA 1FTOA 3MWBA 3THIA 1JVYA 1PEBA 4KD5A 1B0HA 4PE5B 1YCJA 3W9WA 1AL3A 4FEBA 2REGA 3IOVA 5I2NA 2DXRA 5B7DA 3FXRA 4GFRA 3IAZA 3OENA 3USDA 3KN7A 4QFNA 3G3FA 3TPAA 4LA9A 1SDXA 4R9GA 3KFMA 4XIGQ 2Q9TA 3DELB 1H44A 5JK4A 3HPIA 1FQCA 3S9MC 4FECA 3IB1A 2UYFA 1Y1ZA 1IXGA 4NWCA 2DE3A 3Q26A 3TKDA 2IA4A 4Q0CA 5TPAB 2Y84A 2QPQA 3K1PA 1MS7A 2DS9A 1B1XA 1AOVA 2XXWA 3HSTA 1NFTA 1SVXB 3PD8A 2D5WA 2V3QA 3VVDA 3K6XA 3OO9A 4ZEIA 3FJMA 1Y4TA 2PMSA 4LZ8A 3IO4A 2F7AA 1M5EA 3CG3A 1JEUA 5ICQA 3PGFA 3KBRA 3PUYE 5L9SA 3HCQA 4JSDA 3PPQA 1T0KA 4LVQA 2DE2A 2O7UA 3R6UA 3GBAA 3E3KA 4F3GA 1FQDA 4RJZA 5I57A 2GHBA 2QS4A 2HFBA 1US4A 5HPQA 2Q8JA 4JXIA 4X1DA 3D4CA 2F78A 3TQLA 2OK2A 1N0TA 4LQ5A 4GD5A 2H5YA 3RPWA 1AH5A 4U23A 3BFUA 3G3HA 1MDP1 1SQYA 3CFLA 2H98A 4H1XA 3VLUA 1LCTA 3EPEA 3H7MA 3LUYA 3EN3A 2ONSA 5JTYA 1IZ1A 1LAFE 1POY1 1YPNA 4EUOA 1Z7ME 2X26A 3TZAA 3UN6A 3TYHA 2V93A 4F39A 1OQGA 3UGWA 4PP0A 1IXCA 4YICA 4QFLA 4YKKA 3ZS6A 4P0GA 4HCYA 4NE4A 3C33A 3FJ7A 1LAHE 5AA2A 1ZMGA 4JDFA 5ELVA 3N5LA 3FATA 3H3GA 4RK9A 1JVXA 1PDAA 4X9TA 5CBSA 2H25A 2DWAA 2O7IA 3FIRA 3CFZA 3B7DA 1QKBA 1MY2A 2ZYMA 1B4HA 4U22A 5ITOA 3K1NA 3PMVA 2OWTA 1MPDA 3OSRA 5I2KB 2QS2A 2CZLA 5CMBA 5H8QB 4LQ2A 1LFHA 4IY5A 2XXUA 5DT6A 2RC9A 5I56A 4G68C 4F3SA 4R75A 5H8FA 1OMPA 1B0LA 2Y7RA 3FV2A 4IO5A 2ZNUA 1YTVA 2V84A 2XXPA 1D3KA 5DTBA 4IO3A 3ECRA 1N04A 4RA1A 3WAEA 4KFQA 3Q25A 3IL1B 1A55A 3E9XA 4MFIA 1HSJA 3U8QA 3ONMA 3S9NC 2VP1A 4GWOA 5IKBA 3C31A 3FXUA 1B2HA 3O2AA 1OVTA 4ZE8A 5ITPA 2Z8DA 4GL0A 4QFPA 1NNFA 4G8HA 5H8HB 2XX7A 3RTFB 4EXKA 3VVFA 1LAGE 5A5XB 3GLBA 5AA3A 4R72A 3VFJA 2ONKE 4R6KA 3T93B 4RNSA 3UK4A 1VR5A 2XXIA 3N6TA 2XXQA 5EYFA 3JYRA 3EHTA 4YKJA 4ELOA 4ZEKA 1TFAA 1GTKA 1NMUA 1GV8A 5ICTA 3OELA 3MVZA 1Y3NA 4F2OA 1IEJA 5CM6A 3TTNA 4H5GA 2V3TA 3SESA 4POWA 3LBSA 3R7XA 4GL8A 4BLAA 1EZOA 4OFLA 3DP4A 1IXHA 3IX1A 3MPLA 3U1OA 5EHMA 3G3GA 1H45A 1B7HA 4F1UA 3T9VA 2VHAA 2QS1A 4U2RA 3LSWA 4G77A 4Q8RA 3ILUB 1QUKA 1MQIA 3I6VA 1WDNA 4N07A 5BWJA 1QULA 2ESNA 1JW4A 4R73A 4U4SA 5EHSA 2O69A 1DTGA 1M5BA 3Q27A 3FGSA 5CMKA 3HHGA 2I0BA 2A5TA 4ECFA 4WEPA 2GHAA 2B65A 2FYIA 1D9VA 1FTJA 4QSDA 5AA4A 5H8NB 1OLCA 4POXA 3TMGA 3OXNA 4C1UA 2O6AA 1EZ9A 3OD7A 2V25A 4F3BA 3LSXA 4FEDA 2HZKA 3KN8A 1N7XA 2QL3A 4NF6B 3H6VA 3KGCA 5DEXB 2HCAA 4GLIA 1ZLQA 3C32A 2DQVA 1ZBMA 2RCBA 4DIGA 3TELA 3QYTA 3BFTA 3QSLA 1J1NA 1KWHA 1Q1KA 4E0WA 4NF5A 4LUBA 4NMYA 2OJTA 2ZNSA 2F36A 3K4UA 4OETA 1CB6A 5H8SA 3HV1A 1MQDA 4OEVA 1NKXA 1BP5A 4X48A 1XC1A 1ZKBA 4XTCQ 4GOTA 2XXVA 1AMFA 1RYOA 2NXOA 2X7PA 3S9LC 3H06B 1ELJA 2ONRA 3HO7A 1PB8A 1B3HA 3Q29A 5LOMA 5HBCA 4OESA 4TLMB 1CE2A 4NTLA 5F1QA 2F6PA 1MXVA 2A5SA 1LB9A 4R2BA 3IB2A 4THIA 4XKNA 4Q5TA 1HSEA 2I4BA 2OLBA 1MXWA 4F1YA 4IO4A 4FIMA 4ZEDA 3RNNA 3PU5A 5FTHA 3CIJA 1QVSA 1MQGA 3BBRA 3GBBA 2Q2AA 4PFYA 1UTHB 1A40A 3SEYA 1N76A 1Z7NE 3FD3A 1MH4A 2V3UA 2Z8EA 2I3WA 4KYDA 1GGGA 3B6QA 3CVGA 2YJPA 5CBRA 3CG1A 5HM4B 4QRZA 4LZ7A 4OYVA 4KHZE 1ANFA 3ZKLA 1S50A 1R1NA 4C0RA 1DPPA 4AB5A 4F31B 4R9FA 2FNCA 4OTEA 2Y7WA 4RPOA 2PYYA 4KYSA 3S4UA 4LONB 3IJXB 4DE8A 3MC2A 2VOZA 1Y20A 4IO6A 4DCXA 2PBWA 2XD2A 3S2VA 3M3FA 3PPOA 4OQOA 2F8DA 3V8XB 2I4CA 1OLAA 1SYHA 3O6IA 3PMXA 3MP8A 5DVFA 1LBCA 3K0VA 3QK6A 1URDA 2I0CA 3IK6B 2RC7A 4N6PA 4NF8A 2X7QA 3RUMA 3GZGA 2P0SA 2UVIA 3EHSA 4RYAA 3IB0A 4QFOA 1YAEA 3HHFA 1SYIA 3MBPA 4LZ5A 3MP6A 2DE4A 2ZXTA 1B5IA 3W9VA 3A09A 4LP2B 4PQJA 2I48A 3PUZE 5M2VA 3T9UA 2XXHA 1A8EA 2F6GA 4G68B 3PPPA 3S9EA 3I5OA 4ZECA 4WKMA 1FTKA 3K01A 2E1SA 3CI8A 4GVOA 2GH9A 2XXTA 3MVYA 5TPAA 1B52A 3T96B 4YMAA 2DWJA 5FHMA 1MQJA 3QUJA 4I9DA 3IOUA 3KG2A 4YAHX 3MPKA 3UA8A 5FHOA 1OVBA 2DSFA 3FVOA 1LGBC 3IOWA 1BLFA 2RKMA 4I8CA 5L9OA 3KJTA 1PBQA 3TFLA 2AL5A 3UORA 1MRPA 1IITA 4TQUQ 4RK2A 2HQ0A 4U1OA 3QXMA 3F11A 4ESWA 5TP9B 3K00A 3TODA 2QS3A 3H03A 3VLVA 5AA1A 2O51A 4QFKA 3EQ1A 3KSJA 1RKMA 1FTMA 3G3JA 3T66A 1P99A 1VFDA 3H4ZA 1LB8A 1SW5A 1P1WA 1B6HA 3MP1A 1MY1A 5KDTB 4F22A 3QIMA 1MPCA 5BUUA 3MJNA 2PT1A 4IGRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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