4MFIA

Crystal structure of mycobacterium tuberculosis ugpb
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
403
Chain Sequence
SVKSGSGPIDFWSSHPGQSSAAERELIGRFQDRFPTLSVKLIDAGKDYDEVAQKFNAALIGTDVPDVVLLDDRWWFHFALSGVLTALDDLFGQVGVDTTDYVDSLLADYEFNGRHYAVPYARSTPLFYYNKAAWQQAGLPDRGPQSWSEFDEWGPELQRVVGAGRSAHGWANADLISWTFQGPNWAFGGAYSDKWTLTLTEPATIAAGNFYRNSIHGKGYAAVANDIANEFATGILASAVASTGSLAGITASARFDFGAAPLPTGPDAAPACPTGGAGLAIPAKLSEERKVNALKFIAFVTNPTNTAYFSQQTGYLPVRKSAVDDASERHYLADNPRARVALDQLPHTRTQDYARVFLPGGDRIISAGLESIGLRGADVTKTFTNIQKRLQVILDRQIMRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Sn-glycerol-3-phosphate ABC transporter substrate-binding pr
publication title Structural analysis of Mycobacterium tuberculosis ATP-binding cassette transporter subunit UgpB reveals specificity for glycerophosphocholine
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
total genus 147
structure length 403
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4mfiA00
4XKQA 3SKPA 1FW0A 1I6BA 2H98A 2IA4A 3E3KA 3VE1B 4GFRA 2THIA 5BUUA 3ILUB 1S50A 3K1MA 3K00A 1MQIA 2YPNA 1L5TA 3FXUA 5KZTA 1MXWA 2HAVA 1MQJA 5ICQA 3QXMA 3CI8A 4EDPA 4ELOA 1Y3NA 4LQ5A 1N84A 1B7UA 2F7AA 3F11A 3OO6A 1SD3A 1B4ZA 3K4UA 4Z0IA 3IX1A 1MM7A 1JQFA 1JEVA 3RLFE 3G3KA 2REJA 3RTFB 4ZZAA 4QHQA 4R74A 4F2OA 5KCJA 1FTJA 2ALUA 4BDMA 4WEPA 3VXBA 5H8SA 1URSA 2UVIA 1M5FA 4E0XA 1SW2A 3JYRA 4U1OA 1OIBA 2DWHA 2QS4A 3IJOB 5AA1A 2XXUA 3U92A 3WAFA 3KOSA 2O1MA 3KSJA 3DP4A 4EF2A 5I59B 4LZ7A 4JSOA 2F36A 1MH3A 4JXIA 5I2NA 4OERA 4ELRA 4MH5A 4JWYA 5DTBA 4EF1A 4JWOA 3PGFA 3OXNA 4NF4A 3C36A 1H44A 1FQFA 4YMAA 4I1DA 3CFLA 1MXVA 1DPEA 3CFZA 3MVWA 3MAMA 4NWCA 3K1NA 1AH5A 1UIUA 2DVCA 2O1LA 3OEMA 2HFBA 4XIGQ 1O7TA 1ELJA 1JNFA 4WEDA 3K1PA 2R9JA 4RPOA 1SVXB 2RINA 1Y4CA 4JSDA 1BIYA 5KCJB 3BBRA 4ESXA 1DTGA 2DXRA 2DP8A 4IO6A 1ANFA 2O7UA 1Z7NE 4PETA 5CC2A 4NF8A 1I6AA 2XX9A 3G3JA 4DZ1A 2PBWA 2V25A 4G8MA 4R72A 5EHMA 4ECFA 2V93A 1B9JA 4PFTA 2HZKA 2ZYMA 4P0GA 3CIJA 4RXLA 3TTNA 4NWDA 3A3CA 4KYDA 3L6GA 4QFPA 4E0WA 1LBCA 5H8HB 5ITOA 1P1UA 1VE4A 3K2DA 4IO4A 2Z8FA 4DLDA 1CB6A 2V3UA 3RTWB 1N3XA 1EZ9A 2E0SA 4BDQA 2Q2CA 1LSTA 1NFTA 2RCAA 3SDFA 3S2VA 4H8IA 3GBAA 3ZSFA 3OSRA 1FTMA 2PMSA 2V3QA 4GQOA 5H8NA 4R2FA 2XX8A 2P0SA 4ZECA 1ZLQA 2HZLA 2D21A 3ZKLA 4G8NA 3MVXA 1JW1A 4LONB 2I3WA 5AA2D 4H67A 3OOAA 3C31A 4GXSB 1JETA 1Y4TA 3TCGA 4MLQA 4LVQA 1OVTA 4NF8B 3C33A 1ATGA 1B7HA 4Q8RA 3RT6B 3FVGA 3G3FA 3K6XA 4Z7EA 3FGSA 2XD2A 3C35A 1UIVA 3Q28A 4X48A 1PBQA 4F3GA 4RK2A 1MY3A 1SW4A 5AE4A 3HHFA 1YPNA 1MS7A 1B32A 5L8DA 4KYSA 3Q27A 3QAXA 4GD5A 3A09A 3FVNA 3USDA 3OD7A 1NL5A 2Y7KA 1UTBA 4NE4A 3MP8A 3TYHA 3SETA 1HSLA 4H0WA 3IB2A 1GVCA 3ZKKA 2PYYA 4FIMA 2DE3A 1S9TA 3MP6A 2X26A 1TT1A 1XOCA 1MQDA 4NEDA 4OQOA 3TAJA 1IXIA 2PX1A 3OO7A 1B3GA 3KSXA 1B3EA 4WKMA 5I56A 1VFEA 2DE2A 2AIXA 3HSTA 5H8NB 4N6PA 3THIA 2DQVA 3VDFA 3N94A 3PUVE 4RA1A 3KN3A 4QFOA 3BFUA 2XXWA 1URGA 3PU5A 2ZNSA 3RPWA 4F3BA 4LATA 4YZZA 1SBPA 1B0LA 1LGBC 2PT2A 1B46A 1LBBA 4JWXA 4KQPA 2OWSA 1QUJA 4F3PA 4AB6A 3MZ9A 3TKDA 1YAEA 3IB1A 1QJMA 3S9EA 3E9XA 3G3GA 3BKIB 3N26A 1XT8A 5EHSA 3PUWE 2HXWA 2F5XA 4LA9A 4RY1A 4IO2A 4HCYA 1ZMGA 3ILTB 1NNTA 1A8EA 2F7BA 5IKBA 1IZ1A 4G4PA 3RNNA 3KGCA 5ISUA 5A5XA 2YJPA 5DEXA 5TPAB 1LAGE 1Y9UA 3OO9A 1LFIA 2O6AA 5HBCA 5AA4A 3U8QA 4RK9A 1O64A 1EZPA 1DMBA 1D9YA 2HAUA 1N7XA 2RC8A 3H6TA 4GVOA 4EUOA 4LQ2A 2O7IA 3Q26A 3B7DA 1XC1A 2XXHA 3IJXB 3FV2A 4F31B 1BP5A 1BKAA 4IGRA 4QFNA 1B05A 1DTZA 5CMKA 5CI5A 5JK4A 3VLVA 4QF9A 2ZYOA 5K2YA 5JEIA 1FTLA 3S4UA 4N07A 5I57A 4NF6A 3OMBA 2ZMBA 1WVJA 3H6UA 4H1XA 3IOWA 3FD3A 4O3AA 1A7LA 2D3IA 4TOZA 3PUYE 2ESNA 4M1VA 2HCAA 1R9LA 2H5YA 4IO5A 1MY2A 4EXKA 2HQ0A 2I49A 1MPCA 3PPRA 1OQGA 4GF8A 3T96B 4KCCA 3KG2A 3SEVA 1R1NA 5JTYA 1TXFA 1B5JA 5A5XB 1B3HA 5DEXB 4KD5A 1NNFA 4U1ZA 3EPEA 4XKRA 2Z23A 2VOZA 3O9PA 3LSXA 1CE2A 1PC3A 3M3KA 2UYFA 3H6VA 2RC9A 3N5LA 3MZ1A 2XXIA 3QSLA 3LR1A 1F9BA 4RJZA 4POXA 1SW1A 3PPQA 1Y1ZA 4PE5B 2F35A 1USYH 4LP2B 3CVGA 1MY4A 4YB6A 4NF5B 4G68A 3IR1A 4BDRA 3FVKA 1SYIA 4QFLA 4ZE9A 5I57B 4FE8A 5FTHA 2OBGA 3H4ZA 3S9LC 4GRKA 1IUDA 3ECRA 4U2RA 1P1NA 3O6HA 2DSFA 1B5IA 4XTCQ 2RKMA 3R26A 3IL1B 2F6GA 1PDAA 4UACA 1MXXA 2Y7RA 4PFUA 1H3DA 2DWJA 2XHDA 4EQ7A 4FJPA 1OQHA 4DCYA 4QSCA 1Y3PA 1HSJA 3H7MA 5LOMA 4HW8A 3HCQA 3T9XB 4F1YA 4F2QA 4O3BA 5JTYB 3TTKA 3C34A 4Q30B 4Q0CA 4POWA 1I69A 3B6TA 4DCXA 2VP1A 4F3SA 2OZZA 1DOTA 3UP9A 1FQEA 5TP9A 4MBPA 5DYHA 2OCUA 4R73A 3IOVA 4I8CA 4OESA 1SQYA 4DXCA 3FJMA 2ZYKA 3LSLA 2FA7A 3H06B 3GLBA 1OLCA 2XXQA 2QJEA 4ZEBA 3AXFA 4IO3A 3FASA 4KFQA 4MLVA 4YB5A 3FXQA 1NH8A 3MC2A 3FXRA 4G68B 1ZBMA 2XXPA 2HEUA 2I6EA 3LBSA 3DLNA 5I58A 3FATA 1R9QA 1P99A 2CZLA 2ZNUA 3IB0A 3KN7A 2ONRA 1NNPA 4K3FA 2F6PA 4KHZE 3MP1A 1P1WA 2F8DA 4FEBA 4GOTA 5KDTA 5I2NB 1B52A 4JBZA 2G29A 2O68A 2UVJA 1MXYA 2H9BA 2RC7A 5I84A 4NF4B 3PV0E 5ELVA 2I4CA 3K6VA 1EU8A 2H99A 4QFKA 1JVYA 3FUZA 2XXTA 1A55A 2QL3A 3B6QA 4EXLA 5TP9B 2XXXA 5M2VA 3Q25A 3T9UA 3K6UA 4RNSA 3EHUA 1O63A 1US4A 1NNKA 3TUSA 4X9TA 4R6KA 1XVYA 2OLBA 2Y7IA 4ND9A 2DVZA 1H76A 3LC8A 1US5A 4XKNA 3QIMA 5I58B 4THIA 4ZDMA 1GR2A 3K0VA 5F7VA 4F1VA 3FIRA 1FTOA 2NWJA 4F39A 1Y3QA 1FQAA 3OO8A 4F19A 3KJ7A 5KDTB 3KFMA 3IOTA 1I6QA 3W15C 1ZKBA 4ONYA 1QKAA 2XXYA 1FQCA 3SERA 3O28A 1R6ZA 3MWBA 3EN3A 3HN0A 3IK6B 3LSFB 4YKPA 3CSBA 2O51A 4ZEFA 3ODBA 4HCWA 1M5BA 3K02A 3IAZA 3MW0A 3WAEA 1LAFE 3OELA 2QS3A 2R6GE 4PFWA 4I62A 1N7WA 2Q9TA 3PD8A 1MQHA 2DXYA 1AIVA 4RYAA 2B3FA 2LAOA 2IEEA 3UA8A 3A3UA 2X7QA 2XD3A 5TU0A 3QYTA 2DS9A 4KR5A 4C0RA 4YAHX 3M8UA 4PP0A 4G68C 1B0HA 2Y7WA 3T9VA 3W9VA 1IXCA 4OEVA 2DWAA 4LZ5A 3RT8A 5BWJA 4R75A 1B3LA 4U23A 3VLWA 1B5HA 2F78A 1TFAA 4YKIA 4F1UA 4TLMB 2V3TA 2ABHA 1LAHE 5L9OA 2YLNA 2GHAA 1UTBB 3TDJA 2QPQA 5AA2A 4GWOA 1SDXA 3C9HA 2FNCA 2GH9A 3PD9A 5DVJA 1SYHA 3ONMA 3G7WA 1A8FA 3HPIA 2A5SA 4IY5A 3TZAA 1PB9A 1MH4A 2RCBA 2Q88A 1A54A 2UVGA 3U94A 5I56B 1B40A 3I6VA 4HTGA 4BDOA 3RN8A 4IY6A 4YMBA 4OFOA 4C1TA 3SEXA 4M4GA 3UORA 1NMUA 3V83A 3RQTA 3H3GA 5CRYA 2VD2A 4UA8A 3DP8A 2NXOA 2DE4A 1Q35A 1IXHA 4XKPA 1IIWA 2XXVA 1MPDA 2DYXA 3IORA 4OZ9A 3DM0A 3TCFA 2E1SA 5EYFA 3LUYA 2AL4A 2M8CA 4Q5TA 4I9DA 3R7XA 3I5OA 2O84X 4JDFA 2H4IA 4N13A 1MM6A 4R6HA 3D4GA 2UYEA 2V84A 2FYIA 2CMOA 4FORA 1MXZA 5AA2B 1LB9A 3V89B 3PMWA 2I48A 2Z8DA 1B1HA 4KCDA 3B6WA 1NH7A 1LB8A 4U22A 2BJJX 3TQWA 3O66A 1XVXA 4KYEA 5CBSA 1LFHA 4YICA 3MVYA 4WXJA 4OFLA 1AMFA 4OFJA 2F34A 5AA4B 3RGYA 3N6TA 4FAJA 1MQGA 4GL8A 2OJTA 4DXBA 1P1QA 4BDLA 1LAXA 4GIZA 3KOTA 5B70A 1MY0A 3M3FA 1Y1MA 4TLLB 2ZNTA 5H8FA 3C32A 2A5TA 3U93A 3FJ7A 3H6WA 1FCKA 4NMYA 4G2ZA 3U1OA 2F7CA 4ZEDA 5AA3A 1P1OA 1VR5A 3HHGA 3V5AA 3VLUA 1T0KA 1M5DA 4NF6B 2REGA 1WODA 1B6HA 3CR9A 4R2BA 1ZU0A 4OMBA 3DP6A 3M3LA 4IO7A 4IB2A 1FTKA 4BDNA 3DELB 1M5EA 2QSXA 4KI0E 3OSQA 4OHNA 4FEDA 1QKBA 3Q29A 3MBPA 1NKXA 3HV1A 3LSWA 1ZJLA 3K01A 4GL0A 1B1XA 3KZGA 1MDP1 3PPOA 5ICTA 1ZIUA 5H8HA 1TFDA 1UQWA 1PBPA 1II5A 2GRVA 1LLSA 2DOJA 3KEIA 2VGQA 3CSGA 5FHOA 3ZS6A 3VV5A 2QRYA 3PPPA 5DVIA 1A99A 5L9SA 3SEYA 1MG1A 1B51A 4EQ9A 3T93B 4PQJA 1QUKA 1H45A 1XHYA 3O2AA 3EF7A 3MJNA 5H8FB 2G93A 4YKKA 3T9HB 2A5TB 1UTHA 4ELPA 1LCFA 4X1DA 4DIGA 4P0IA 1IQ7A 4FECA 4OTEA 4R6YA 3UGWA 1SI1A 5ITPA 3JZJA 3K6WA 1QUIA 1GV8A 3I3VA 4GXAA 4H6DA 3TODA 3FVOA 5B7DA 4DE8A 5FHMA 3UIFA 1AOVA 4XXUA 3G3HA 1QW0A 4ZE8A 3SEWA 4U21A 5F1QA 1VFDA 1FQBA 1DPPA 4OETA 1S7YA 3KBRA 4ZEKA 2Y7PA 3D4CA 2I3VA 1OMPA 4F22A 4H5FA 1D9VA 2OK2A 4P11A 4OYVA 1YCJA 3E4RA 3T66A 3G3IA 1M5CA 1Q1KA 4YB7A 3MPKA 4MF3A 2Y84A 4ZZEA 4X1BA 1SW5A 2ONKE 3TTLA 1BLFA 3PMVA 3TMGA 1YTVA 3BFTA 3CFXA 5FTIA 2RF1A 1EZOA 3CG3A 3GXAA 4KPTA 5H8QA 1PEBA 2UXAA 1OLAA 3VVEA 1B3FA 3O29A 5DT6A 2OWTA 5CM6A 1H43A 3OEKA 4DDDA 2I4BA 4QSDA 4C1UA 4O3CA 4IGTA 1USYE 3VVFA 3P7IA 1IXGA 1RKMA 2XXRA 4U4XA 3FJGA 1UTHB 4F18A 3IO4A 3L6HA 1B7ZA 3R6UA 4HS7A 2I58A 2VD3A 2H25A 2Q2AA 3U72A 2KLFA 4MFIA 1URDA 1D4NA 4R9FA 3UK4A 3VFJA 2D5WA 1JW5A 3SESA 1BTJA 1MDQA 3N6UA 3C4MA 3H03A 3CRBA 3GZGA 1GTKA 1N0TA 2I0CA 3MVZA 4H5GA 3PUZE 4RPNA 4QRZA 2Q8JA 3EQ1A 2VHAA 1WDNA 1MY1A 1GGGA 2Z22A 1IITA 3TQLA 4EQBA 4YU0A 1SI0A 1MXUA 1Y20A 2QMXA 2NUVA 3OENA 4H8JA 3QUJA 3PPNA 3MPLA 2AL5A 3TFLA 3VVDA 4F29A 3FZVA 1QVSA 4JB7A 5H8QB 2WKYA 2GFEA 3JV9A 3QUFA 2W7YA 3CG1A 3RUMA 4DXUA 5TPAA 1JVXA 4G77A 3O6GA 1LFGA 1N04A 4YKJA 1TWYA 3EHSA 2I0BA 2Z8EA 3HO7A 3T22A 5HPQA 3O6IA 1N76A 4BLAA 4QSEA 2PVUA 5J1DA 2Q89A 3TEPA 5L9MA 3SEUA 1MRPA 2QMWA 3TELA 2UVHA 2QS2A 4L17A 1PB8A 1PB7A 1IEJA 3UN6A 2NOOA 1XS5A 5DVFA 1AL3A 3MUQA 3TTMA 2DWIA 2O69A 3GBBA 1J1NA 1VSOA 1EH3A 1ZTYA 4GLIA 4OWDA 1QULA 5I2KA 3IO6A 3PUXE 4PFYA 2B65A 1RYOA 1N3WA 4OEUA 3S9NC 4G8HA 3W9WA 4U4SA 1D3KA 1LCTA 4ISUA 2ZXTA 2F97A 1JW4A 3V8XB 2GHBA 1B58A 5CBRA 4H65A 3QK6A 3S9MC 4LZ8A 5FHNA 5K2XA 1DSNA 1B2HA 4ELQA 1HSEA 3PMXA 3E13X 2ZYNA 2AYSA 3MQ9A 1FQDA 1KWHA 3TCHA 1B4HA 3TTRA 1OVBA 2P1SA 1POTA 2X7PA 4NTLA 3O97A 4OXVA 2ONSA 3KN8A 1JEUA 1Z7ME 4R9GA 3FV1A 4ZS9A 2XX7A 5CMCA 4OENA 2R71A 3RY3A 2PT1A 5CMMA 4AQ4A 4LUBA 4OVJA 4ZEIA 4NF5A 3TPAA 5IAIA 3IOUA 2P2AA 4AB5A 3MZBA 2NVUB 5CMBA 3VXCA 1POY1 3EHTA 2QS1A 1A40A 5I59A 1MPBA 5I2KB 1RYXA 2B3BA 5HM4B 4ESWA 2ANJA 4TQUQ 3KJTA 4FATA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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