1OQHA

Crystal structure of the r124a mutant of the n-lobe human transferrin
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGASAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
publication title Structural and functional consequences of binding site mutations in transferrin: crystal structures of the Asp63Glu and Arg124Ala mutants of the N-lobe of human transferrin
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
total genus 106
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-03-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1oqhA02
3K6XA 4ZZEA 4NWCA 4YKIA 3TQWA 2P2AA 3FVNA 4LZ7A 3K6WA 3ZKLA 1FW0A 4RPOA 1I69A 1B5JA 4JWYA 4Z7EA 2ZNSA 3B6TA 2UYFA 3FIRA 3OSQA 1OIBA 4QFNA 4NEDA 4TQUQ 5CMMA 3PUZE 2DE3A 4PP0A 4MFIA 3T22A 4OWDA 1EZPA 1IQ7A 1POY1 3LSLA 4RPNA 2Q88A 3IOWA 3VDFA 5H8HB 2I4BA 1A8EA 2ZXTA 4G8NA 3MVWA 3S9MC 4U1OA 3O29A 5CMBA 5ICQA 4H8JA 4OXVA 1QKBA 4DE8A 3CG1A 3OD7A 1S9TA 3K4UA 3VVDA 3IB1A 2O51A 3SETA 1A99A 1Y3NA 4H5FA 2I48A 4QFOA 3MC2A 3IO4A 5B7DA 4YKJA 3VV5A 3FV1A 5FHMA 1BKAA 4KQPA 1OQHA 3N94A 4R9GA 2XXWA 1Z7ME 4U2RA 4FEBA 4LZ8A 2Y7KA 1OLAA 3PPOA 3S4UA 4LATA 3KGCA 1VFEA 4F3SA 1SI1A 5CBRA 1MM6A 1JQFA 2QS3A 3MAMA 4BLAA 2HZLA 1R1NA 3TKDA 5H8FB 4Z0IA 1P1QA 3OSRA 3UN6A 3MP8A 1D9YA 3FATA 1N3WA 2Z23A 4RNSA 4YKKA 5CRYA 4QFLA 1D3KA 2HEUA 2D3IA 3AXFA 2I6EA 2V3TA 1URSA 1FTJA 4F1YA 4IY5A 1RKMA 4GXSB 4H5GA 1H44A 3KJTA 4I9DA 4RA1A 2GRVA 2P0SA 3MZ9A 2H99A 4EQ7A 3ILUB 5H8HA 1O63A 5ISUA 2NUVA 2DWIA 3EHUA 3CSGA 3A09A 1B40A 3PMWA 1ZJLA 5F1QA 2Y7WA 1B4ZA 4ONYA 4JDFA 5JK4A 1B1HA 1AH5A 2H25A 4Q8RA 4RXLA 2PT2A 3PUWE 1B58A 3CSBA 5L9MA 3T9HB 4F1VA 4MBPA 3V89B 3H6VA 5L9SA 3G3GA 4OZ9A 1P1WA 3JZJA 3ZSFA 3KEIA 4QFKA 3ONMA 4DXCA 3RN8A 1FTOA 2HAVA 4PQJA 2F7BA 2HZKA 4TOZA 4H8IA 2HXWA 3V83A 1JETA 2OWSA 5TU0A 4DXUA 3K1PA 4F29A 3WAFA 3IK6B 5IKBA 1SD3A 3KJ7A 3E9XA 4BDOA 5A5XB 3RLFE 2XXIA 4QFPA 3CIJA 2ABHA 1Y1ZA 2BJJX 4LQ2A 2YPNA 3KSJA 3LUYA 3OO7A 1LBCA 3MPKA 5H8FA 1PB9A 1J1NA 1LFGA 2V25A 1N3XA 3PV0E 4HCWA 2REJA 2X7QA 1S7YA 3EF7A 3USDA 1AOVA 1IIWA 1WODA 3UGWA 4OFJA 2HAUA 1XVXA 4POWA 2UYEA 1H3DA 3HO7A 1S50A 4U4SA 1SBPA 2O84X 3QXMA 1IXHA 4GQOA 5HM4B 4C1TA 2G29A 4FIMA 2ZYMA 3KFMA 2QRYA 1NKXA 4F2QA 1RYOA 4FE8A 1MQJA 4FAJA 1XS5A 4YB5A 4DIGA 2NVUB 4LVQA 3K00A 5JTYB 4X48A 2VD2A 5ITPA 1CE2A 2A5TB 1LCTA 2RINA 4IO2A 1MY4A 2Y7IA 4BDNA 1B3EA 1WDNA 2VGQA 4LUBA 4H67A 3VLUA 4R75A 3EN3A 1GR2A 4NF8A 2H9BA 4GIZA 3H6WA 4G68C 1M5BA 2Y7PA 1B3LA 1LGBC 2F36A 2DWAA 3R7XA 1F9BA 2A5SA 3FVGA 2ZMBA 4ISUA 2Z8EA 3K2DA 5KDTA 1LB9A 5M2VA 1I6AA 1FQDA 3TFLA 2O7UA 1USYH 3VLWA 5A5XA 2GHAA 1NMUA 3R26A 2UXAA 1N7WA 3U8QA 1MDQA 2F78A 4YMAA 5KCJB 3K02A 1PEBA 2UVHA 1BLFA 1LAXA 5AA3A 3T9UA 1SYHA 2G93A 2I58A 1CB6A 3SDFA 3C34A 2ZYNA 2DVCA 2HFBA 4RK2A 3TPAA 3TCHA 3B6QA 3GZGA 4QSEA 1B6HA 4GWOA 3H6UA 2DWHA 5I2NA 1B4HA 4C1UA 1URDA 1PBPA 3LBSA 4LQ5A 3O6IA 4IO7A 4POXA 2W7YA 1M5FA 3D4CA 2OLBA 3HN0A 4H65A 1HSEA 3QUFA 4E0XA 4YMBA 4QRZA 1MXUA 1JEVA 4OFOA 4ND9A 4P0IA 4I62A 2XXXA 2A5TA 1PB7A 2I0BA 4YZZA 1XHYA 1H76A 2CZLA 3QAXA 3MVYA 5ELVA 1SVXB 2Z22A 5DVFA 1IUDA 1N76A 2PVUA 3Q26A 3TTMA 1DOTA 2AL5A 1B51A 1N7XA 3M3FA 4RYAA 1B7ZA 1MH3A 4XIGQ 1B7HA 3CFZA 1ZIUA 3IOTA 3W9WA 3DLNA 1LLSA 3RY3A 4LA9A 3G7WA 4HS7A 3V8XB 4R72A 3KN3A 4N13A 1NH8A 3EQ1A 5I59B 2F6GA 1P99A 3OXNA 3N6TA 3TYHA 3FXUA 4H6DA 1GV8A 3TMGA 2ONSA 4OEVA 4GRKA 2OJTA 1P1OA 1Y3QA 4BDLA 3KOTA 4YB6A 5H8SA 4IO4A 3UORA 5KCJA 4OMBA 1IXCA 1PBQA 3G3HA 4U22A 2M8CA 3UA8A 2DS9A 1XVYA 1LAHE 4GL0A 1OVBA 4WEPA 4PFTA 1D9VA 4ELRA 3TTRA 1TWYA 3FV2A 4LONB 3OELA 1MG1A 1II5A 1LFIA 2XXRA 3K01A 4NMYA 3TUSA 3MW0A 3ODBA 5HBCA 3GBBA 2YJPA 2NXOA 2D21A 1R6ZA 2E0SA 1QUKA 1B3FA 5H8QB 4M1VA 3FUZA 4DLDA 2WKYA 3A3UA 3C31A 2ZNUA 2ANJA 4IB2A 1MY1A 1N04A 4E0WA 1ZU0A 1TT1A 3H7MA 2O69A 1IXIA 1MQGA 2ONKE 3I3VA 3QUJA 5DVIA 3B7DA 1MS7A 4ELQA 2OK2A 2V3QA 3HCQA 3U1OA 4NE4A 4P0GA 3PPQA 1B3HA 3G3IA 4O3CA 3O6GA 1M5CA 2I0CA 2QPQA 4EF1A 3ILTB 3SEWA 1IITA 5AA2B 4JSDA 3MP6A 5I59A 3IOVA 1FQBA 4XXUA 3Q29A 3JYRA 1QJMA 1N0TA 4GFRA 4Q5TA 4ZDMA 2LAOA 3P7IA 3TTLA 4GLIA 4GXAA 5DYHA 5I58B 1I6QA 1Q35A 3IJOB 1OQGA 4F2OA 4ZEDA 1UTBB 4XKPA 4GVOA 3VVEA 1DTZA 1M5DA 5AA4B 2Z8DA 5BWJA 4JSOA 1GVCA 5CI5A 1MY0A 4XKRA 1NNKA 5ITOA 1ZMGA 3OO9A 1N84A 1PC3A 4R2FA 1VFDA 2XXHA 3K6VA 4G4PA 1VE4A 4EXLA 2NWJA 1JVXA 4XKNA 4KD5A 4EF2A 1FQAA 5K2XA 1SI0A 1VSOA 2RC7A 1EZOA 1B7UA 3UK4A 3T9VA 4JB7A 4N6PA 1P1NA 5AA1A 2V3UA 3MPLA 5TPAB 2QJEA 1PB8A 1B5IA 4FEDA 3IO6A 1LBBA 3DP6A 1MPCA 5I84A 4JXIA 1B52A 4QSCA 1XOCA 2XXQA 1GTKA 1NNFA 4THIA 4ZEIA 4MF3A 2XXYA 3UIFA 1R9LA 4P11A 2XD2A 1Z7NE 2DXRA 3EHSA 1ZBMA 5AA2A 1A54A 3KN8A 3ZS6A 3TTNA 1OMPA 3DM0A 3TQLA 3U92A 3W9VA 2OZZA 4EQ9A 1A7LA 5I57B 2FNCA 3IL1B 2PBWA 5FTIA 3SEUA 4ZE9A 1EU8A 3Q25A 2ONRA 2VOZA 3RGYA 2X7PA 3HV1A 5I2KB 3TCFA 5I58A 1B9JA 4DDDA 1AMFA 3MZBA 1FTLA 1Y1MA 1UTBA 1B1XA 3SERA 4GF8A 4RK9A 4L17A 5DEXB 1EH3A 5EHMA 4OTEA 3K1MA 3FJMA 3OEKA 3TEPA 2QS1A 4AB6A 1MXZA 1H43A 2F34A 1FCKA 4I8CA 4G2ZA 2UVJA 1YCJA 4GD5A 1ELJA 5JEIA 1AL3A 1B3GA 2IEEA 2QS2A 3VLVA 3S9NC 2V84A 3FXRA 3PPNA 4K3FA 1MY2A 1Y3PA 3MVXA 4ESWA 2F5XA 1QUIA 1JW4A 1BIYA 1UIUA 2VP1A 1LFHA 4KCCA 1MDP1 4JWOA 2F35A 4PE5B 1NH7A 1NL5A 4R73A 1ANFA 4OERA 1SW1A 1NNPA 4EUOA 2R9JA 5TPAA 1MXWA 3TODA 2OWTA 3OO8A 3C35A 3T93B 4DZ1A 1RYXA 3L6GA 5ICTA 1Y4CA 2XD3A 2YLNA 4NF4B 3E3KA 3OEMA 3M8UA 1SYIA 2XXUA 4OQOA 2IA4A 5L9OA 3KG2A 4JWXA 2PYYA 1H45A 3K0VA 1QVSA 4IGTA 3O9PA 3E4RA 2P1SA 1LCFA 4KYEA 1SW2A 5I57A 4TLLB 1JVYA 4IO6A 3S9EA 1QUJA 3C4MA 1FTKA 1Y9UA 4Q0CA 1XC1A 2Y84A 3ZKKA 3GLBA 1I6BA 4FECA 5I2KA 1WVJA 1ZLQA 1TFAA 4OHNA 3H06B 4ZECA 5JTYA 3EPEA 4KHZE 2O6AA 3I6VA 4ZS9A 3C32A 4H0WA 1XT8A 3UP9A 3VFJA 5CMCA 2UVGA 2OCUA 1FQFA 5DEXA 3H03A 3SEXA 3BFTA 2B3BA 5BUUA 5KZTA 4F31B 3VXCA 3PPPA 3JV9A 4R74A 2O1MA 1DPPA 2QSXA 4O3AA 3EHTA 4G68B 4DXBA 4PFUA 2V93A 4PFYA 1DTGA 1MXYA 4HTGA 4HW8A 1MQHA 2AYSA 1B32A 4KYSA 4YAHX 2QS4A 3QSLA 5TP9B 3FJGA 3KZGA 3TAJA 4JBZA 1R9QA 4ZEFA 2FYIA 3FXQA 2H5YA 2UVIA 3CR9A 2QMXA 3I5OA 3G3KA 4KI0E 1EZ9A 3IAZA 3PMVA 1ATGA 3VVFA 3CVGA 5J1DA 4YU0A 2X26A 3VE1B 3F11A 2D5WA 2O7IA 4ZEBA 3LSXA 2QMWA 3U72A 4HCYA 3E13X 3KOSA 1B46A 3T9XB 3THIA 4NF4A 3SKPA 1DSNA 4PETA 4GOTA 1KWHA 5CBSA 5CMKA 4WXJA 3TZAA 1FTMA 4F1UA 1DMBA 4XKQA 1BP5A 3MUQA 3S2VA 2KLFA 1BTJA 3MVZA 4NF6B 3LSFB 2DYXA 1MXVA 3OO6A 1MQDA 2GHBA 2DXYA 4F3BA 2B65A 1A40A 3FJ7A 1MRPA 3A3CA 2REGA 3M3LA 5LOMA 2XX7A 3TTKA 1POTA 2OBGA 4KYDA 3PD9A 4BDMA 1A8FA 4WKMA 3CG3A 3L6HA 3G3FA 2VHAA 3ECRA 1B5HA 4G77A 1MH4A 3H6TA 1QKAA 1MM7A 4QHQA 4KCDA 3KBRA 3RT6B 1JW1A 2AL4A 3BKIB 4FORA 1FQCA 3QIMA 3T66A 2QL3A 3D4GA 2Q2AA 2RC9A 4WEDA 1HSLA 4G68A 1SW4A 4KFQA 4MH5A 5DTBA 1M5EA 4X1DA 1YAEA 4IO5A 2ALUA 5CC2A 4NTLA 5EYFA 3OENA 5TP9A 3KN7A 4OENA 3VXBA 4IGRA 3PGFA 4OETA 3MZ1A 3RUMA 4YKPA 3RTFB 1P1UA 4Q30B 1ZTYA 4RY1A 3RT8A 4UA8A 3LR1A 3O6HA 2RC8A 2PMSA 3B6WA 3IOUA 5I56B 1B2HA 3IB0A 3T96B 4AB5A 2RCAA 1IEJA 5K2YA 3PUYE 4G8MA 3FVKA 4F19A 5F7VA 3TDJA 1PDAA 2O1LA 4R9FA 4X9TA 3FZVA 2F8DA 5H8NB 1L5TA 1NNTA 3IR1A 3PPRA 3LC8A 1A55A 2I3VA 1TXFA 1D4NA 1QULA 4NF6A 4F39A 2XXVA 1Y20A 3CRBA 3LSWA 2DVZA 4ZZAA 2DSFA 1YPNA 4NF8B 2Q8JA 1OLCA 3IJXB 3PD8A 2B3FA 2F6PA 3SESA 1B0LA 5H8QA 3MQ9A 5AE4A 3BBRA 2F97A 4YB7A 4U4XA 4MLVA 2AIXA 1IXGA 4R6HA 3S9LC 1UQWA 4N07A 3SEVA 3Q28A 1LSTA 3TCGA 4ELOA 5KDTB 2H4IA 2HCAA 3IX1A 5EHSA 3HHGA 4ESXA 4H1XA 3WAEA 3C36A 4PFWA 2THIA 3R6UA 4TLMB 1QW0A 1FQEA 1USYE 4FATA 5HPQA 4C0RA 2DOJA 2I3WA 4OEUA 2DWJA 3O2AA 3GXAA 2PX1A 4R6YA 4X1BA 4R6KA 3K6UA 3RPWA 4XTCQ 2ESNA 4NF5B 1MY3A 5I56A 1IZ1A 3RTWB 5I2NB 4U1ZA 2F7AA 3N5LA 2HQ0A 4OESA 4EDPA 2Q89A 4F22A 2F7CA 3PU5A 4KR5A 3U93A 5AA4A 5H8NA 4ELPA 1O7TA 4LP2B 5AA2D 1LAGE 1MPBA 4IY6A 3HSTA 4GL8A 2DE2A 4OFLA 3PUVE 4F3GA 1Y4TA 3W15C 4ZE8A 4AQ4A 2DQVA 2CMOA 4DCXA 3OMBA 2GH9A 4O3BA 2VD3A 2Z8FA 2XXPA 4F3PA 4MLQA 4F18A 3RNNA 4KPTA 1VR5A 2H98A 2PT1A 2Y7RA 3N6UA 5FHNA 4BDQA 1JEUA 1UTHB 4ZEKA 1HSJA 1LB8A 4UACA 3DP8A 2Q2CA 5L8DA 1MPDA 2DP8A 3IB2A 3MJNA 3M3KA 2ZYKA 3CFXA 1ZKBA 1JNFA 3U94A 3H3GA 3QYTA 1URGA 4DCYA 3GBAA 2R71A 1LAFE 2DE4A 4YICA 3Q27A 1US5A 3DP4A 1B05A 2Q9TA 3C9HA 4RJZA 3FD3A 5IAIA 3TELA 4BDRA 3PMXA 5DVJA 3FGSA 2RCBA 2XHDA 4QSDA 4ECFA 1TFDA 4NWDA 3O28A 3V5AA 3OOAA 3MWBA 1SW5A 2O68A 2XX8A 4G8HA 1US4A 3MP1A 5FTHA 3KSXA 5CM6A 5DT6A 1SDXA 1AIVA 3RQTA 1B0HA 4NF5A 3O97A 5B70A 2FA7A 3FVOA 3BFUA 1MXXA 3N26A 2R6GE 3QK6A 4OVJA 1OVTA 2I4CA 1YTVA 2XX9A 1Q1KA 5FHOA 4U21A 3PUXE 4I1DA 2NOOA 1DPEA 3O66A 2ZNTA 4FJPA 3HHFA 2RKMA 3K1NA 1JW5A 1UIVA 3G3JA 4QF9A 3SEYA 3IORA 4EXKA 2GFEA 4EQBA 2ZYOA 4U23A 3CFLA 4M4GA 4OYVA 3CI8A 3HPIA 1NFTA 1T0KA 2XXTA 3H4ZA 4LZ5A 4IO3A 1O64A 1SQYA 3DELB 3FASA 2E1SA 1GGGA 3MBPA 1MQIA 1UTHA 4R2BA 3C33A 2RF1A 2I49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9DA 3K6XA 4ZZEA 4NWCA 4YKIA 3TQWA 2P2AA 3FVNA 4LZ7A 3K6WA 3ZKLA 1FW0A 4RPOA 1I69A 1B5JA 4PF6A 4JWYA 4Z7EA 2ZNSA 3B6TA 2UYFA 3FIRA 3OSQA 4HE0A 1OIBA 4QFNA 4NEDA 4TQUQ 5CMMA 2QVVA 3PUZE 2DE3A 2FIXA 2XWOA 4PP0A 4MFIA 3T22A 4OWDA 1EZPA 1IQ7A 1POY1 3LSLA 4RPNA 2CEYA 2Q88A 4GX6A 3IOWA 3VDFA 3MYUA 5H8HB 2I4BA 1A8EA 4OVSA 2ZXTA 4G8NA 3MVWA 3IFAA 3S9MC 4U1OA 1FSAA 3CHGA 1G0IA 3O29A 5CMBA 5ICQA 4NN3A 4H8JA 4OXVA 1QKBA 4DE8A 3CG1A 3OD7A 1IMAA 1S9TA 3K4UA 3VVDA 2OX3A 4PAFA 3IB1A 2O51A 3SETA 1A99A 1Y3NA 4H5FA 5A5LA 1NI9A 2I48A 4QFOA 3MC2A 3IO4A 3GYYA 5B7DA 4GBVA 4YKJA 3VV5A 3FV1A 3KBZA 5FHMA 1BKAA 4KQPA 1OQHA 3N94A 4R9GA 2XXWA 5IZ1A 1Z7ME 4U2RA 4FEBA 2F3BA 4LZ8A 2Y7KA 1OLAA 3PPOA 3S4UA 4LATA 3KGCA 4QXDA 1VFEA 4F3SA 1SI1A 5CBRA 1MM6A 1JQFA 2QS3A 3T1BA 2PFZA 3MAMA 4BLAA 1NUZA 2HZLA 1R1NA 4P1EA 3RPLB 3TKDA 5H8FB 2P3NA 4Z0IA 1P1QA 3OSRA 3UN6A 3MP8A 1D9YA 3FATA 4I3YA 4N8GA 5I7IA 1N3WA 1RDYA 2Z23A 4RNSA 4YKKA 5CRYA 4QFLA 1D3KA 2HEUA 2D3IA 2WBBA 3AXFA 2I6EA 2V3TA 1URSA 1FTJA 4F1YA 4IY5A 1RKMA 4GXSB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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