1POTA

Spermidine/putrescine-binding protein complexed with spermidine (monomer form)
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
322
structure length
322
Chain Sequence
NNTLYFYNWTEYVPPGLLEQFTKETGIKVIYSTYESNETMYAKLKTYKDGAYDLVVPSTYYVDKMRKEGMIQKIDKSKLTNFSNLDPDMLNKPFDPNNDYSIPYIWGATAIGVNGDAVDPKSVTSWADLWKPEYKGSLLLTDDAREVFQMALRKLGYSGNTTDPKEIEAAYNELKKLMPNVAAFNSDNPANPYMEGEVNLGMIWNGSAFVARQAGTPIDVVWPKEGGIFWMDSLAIPANAKNKEGALKLINFLLRPDVAKQVAETIGYPTPNLAARKLLSPEVANDKTLYPDAETIKNGEWQNDVGAASSIYEEYYQKLKAG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Binding protein
publication title The 1.8-A X-ray structure of the Escherichia coli PotD protein complexed with spermidine and the mechanism of polyamine binding.
pubmed rcsb
molecule keywords SPERMIDINE/PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
total genus 106
structure length 322
sequence length 322
ec nomenclature
pdb deposition date 1996-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1potA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1potA02
3OO9A 1P1UA 2QS4A 2YPNA 4F1VA 2PVUA 3OO6A 4YKJA 2FYIA 5L9MA 3WAEA 2UYFA 1N04A 1UTBA 4ZZAA 3KSJA 1NMUA 4OWDA 2XD2A 2XXXA 1M5EA 5EHSA 4KCCA 4ZE8A 3SEWA 5I59A 3UIFA 1IXCA 3M3LA 4E0XA 3MQ9A 3PUZE 3PPRA 3TQLA 4KQPA 4XKPA 2V93A 3VXBA 2RINA 1PB7A 3RPWA 3T9UA 4F29A 4G8MA 3VE1B 3K0VA 1LBCA 3IOTA 4IB2A 5AA3A 4IO6A 4G68A 4NF6A 2F6GA 2PT2A 1TXFA 3MZBA 3O97A 2NOOA 4RNSA 3H06B 1CE2A 1B3FA 2VP1A 3U93A 1BIYA 3K02A 4ZEFA 5L8DA 3N6UA 1JETA 2Q88A 5K2XA 4NEDA 5DVJA 4FE8A 4NF8B 1XOCA 1GV8A 3KN8A 2YLNA 3FIRA 1H3DA 1P1WA 3PD8A 2X7QA 4PQJA 2ZNTA 1F9BA 1R9QA 2I0BA 4BLAA 3IJXB 4F19A 1I6AA 1ZU0A 4PFTA 4IO3A 1GTKA 4Q30B 5TPAA 2KLFA 1GR2A 1USYE 1OQHA 4XTCQ 5ICTA 5ITOA 3SETA 2F7CA 2Z8DA 3EQ1A 5K2YA 2CMOA 4BDNA 1QW0A 4Z0IA 4YB6A 3E4RA 2Y7IA 2A5SA 1D4NA 3PUVE 4RA1A 3QXMA 2LAOA 1DTGA 4IO5A 4NMYA 3HPIA 2H9BA 2R71A 3A3UA 2XXUA 1N0TA 3W9WA 3Q28A 1FQCA 1SBPA 5I2KB 2H5YA 3AXFA 3CR9A 2XXIA 2ANJA 4XKRA 2QJEA 4QRZA 4AB6A 5B70A 4BDOA 1P1OA 3H6TA 4OHNA 4R75A 5H8SA 4NWCA 3QSLA 1PBQA 3K01A 4OFLA 4FJPA 2UXAA 1UTBB 2XXWA 1NNKA 3U72A 1AOVA 1Q1KA 5I59B 4YICA 1DMBA 4IY6A 4RYAA 3RNNA 5CM6A 2XXHA 4EXLA 5CMKA 1B0HA 3G3KA 3FVGA 3OELA 1IZ1A 4JSDA 3MVZA 3MJNA 4L17A 1ZKBA 4EF2A 3ZKKA 4FEBA 3N94A 3O2AA 4X1BA 3PGFA 1MY2A 4G68B 3TQWA 1Q35A 5CI5A 3TFLA 4LP2B 2P1SA 1B3LA 2PX1A 1MH4A 1FQEA 2R9JA 3GLBA 3GBAA 3LR1A 1Y4TA 2I4BA 3FUZA 5TP9A 1B05A 1M5FA 2GFEA 3IORA 1IUDA 3TELA 2FNCA 1PB9A 4P0IA 1FTKA 1S9TA 4F3GA 2HEUA 1A8EA 3VLUA 5TPAB 1I69A 2Q8JA 3E3KA 4F31B 2H25A 3VFJA 1H45A 2F7AA 1ELJA 3TKDA 3T9VA 3PV0E 4POWA 3ODBA 4FORA 4IY5A 1SW5A 5H8NA 2HZLA 2WKYA 3H03A 3OSQA 3FV1A 3BFUA 3G7WA 3KN3A 5F1QA 1SQYA 2B3BA 4KYDA 3TTKA 4EF1A 4U1ZA 3QUFA 4MLQA 2F97A 4WEPA 5EHMA 1IXHA 1LFIA 3I6VA 1JW4A 3CVGA 3Q29A 3IR1A 3G3FA 2DWHA 1Y4CA 1B51A 3KJ7A 2NWJA 4E0WA 4U22A 1B5HA 3K4UA 1FTMA 2DP8A 1MH3A 4ELOA 2DE4A 1YAEA 1EZPA 4KD5A 1GVCA 5ISUA 1B32A 3LSLA 3PD9A 3CIJA 2VGQA 3THIA 1UIVA 1LLSA 1XHYA 4XIGQ 1QUKA 3LC8A 3TTMA 3FXUA 2I3WA 3TODA 1P1QA 2ZYMA 4N13A 1ZLQA 2PT1A 3UK4A 1XC1A 2H98A 1MY0A 3ECRA 5TU0A 3F11A 1MQDA 3CSGA 4RPNA 2AL5A 3VLVA 4R9FA 1B1HA 3TMGA 3OEKA 4I62A 3K6WA 1XT8A 3SEUA 1GGGA 3K00A 3TYHA 3IAZA 1EH3A 1MY4A 4ISUA 5TP9B 4F2QA 3FJ7A 3KJTA 2QSXA 1MQHA 1MY1A 4OXVA 1NKXA 3OO8A 1B52A 5I2NB 4GVOA 3DP4A 1B58A 4XXUA 1IIWA 1JNFA 4O3BA 4Q5TA 3MBPA 1SD3A 3CI8A 3OXNA 4I9DA 4BDLA 2F34A 2ALUA 1AH5A 1I6QA 3ZSFA 4ZEDA 3VVEA 3RGYA 2Y7WA 3PPOA 5AA2D 5BWJA 3LSXA 5H8HA 5H8NB 3O66A 2ABHA 4H8JA 2Y7RA 4JXIA 1H76A 1A54A 1SYIA 4DIGA 4YKPA 3SEVA 3TTLA 2QPQA 4R73A 1MPCA 1URSA 5I2KA 5DTBA 3T22A 4OEVA 4LVQA 1DSNA 4R6YA 3CFLA 2UVJA 3B6WA 3SEXA 3RT6B 5I57A 4QF9A 4DXBA 5JK4A 1B3GA 4R2BA 1FQAA 4RK9A 3MVWA 1M5CA 1O7TA 3RTWB 2GHBA 3TEPA 2HFBA 3UN6A 1B46A 2QS3A 3HCQA 4KI0E 4EQBA 3CFXA 3C36A 2O69A 3U92A 1JEVA 3RLFE 3H3GA 1B9JA 2ZNUA 3FVOA 3I3VA 4IGRA 3DP6A 5CMBA 3PMXA 2ZNSA 3KOSA 3QUJA 2ONKE 4KCDA 3UA8A 1VE4A 5AA4A 4RPOA 2X26A 1MXXA 2Z23A 2DSFA 4OQOA 3IB2A 3QK6A 2Q89A 5LOMA 1N84A 4PE5B 4R72A 4OESA 2ONRA 4N07A 4WXJA 5DT6A 4O3CA 3S2VA 5KDTB 3PMWA 1OLCA 1A99A 4F3BA 5KZTA 3O6IA 2HAVA 2Q2AA 4F1UA 1MQJA 3RUMA 2E0SA 4JSOA 4H6DA 5H8QA 5L9OA 5DEXB 2HAUA 2XXRA 3B6QA 1L5TA 1A8FA 1A7LA 3MC2A 2F36A 2Y84A 1R9LA 4JBZA 4GLIA 2V3TA 4H67A 3VXCA 2X7PA 3O29A 1B4HA 3ILTB 3QAXA 4G77A 4ESWA 2Q2CA 1DOTA 3MZ1A 3IOUA 2G29A 2OJTA 3BKIB 1ANFA 2Y7PA 4NE4A 3LBSA 1UIUA 5H8HB 2AL4A 2GH9A 3K6VA 3MW0A 4ONYA 3N5LA 3MZ9A 3IK6B 4F18A 4THIA 4F2OA 4G8HA 1OVTA 4LQ5A 3RQTA 4G2ZA 4ECFA 4LONB 3C9HA 2ZYOA 2RKMA 5H8FA 4DCYA 2O6AA 2UVGA 2XXQA 1JVXA 5L9SA 2VD2A 3N26A 4U2RA 5I57B 3KFMA 4KPTA 2V84A 3KEIA 1Y3PA 5FTIA 4IO2A 3BBRA 4H1XA 4POXA 1FCKA 1MM6A 2DXRA 1WODA 2B65A 2D5WA 2F5XA 4QFKA 4YKIA 4H5GA 3IO4A 4X9TA 4XKQA 3OO7A 5EYFA 3PU5A 2V25A 3MPKA 1MXWA 5DVFA 3S9EA 5AA4B 1B5JA 2Z8FA 2O7UA 1MDP1 1ZBMA 3IB1A 5CMMA 3R6UA 1BKAA 2XD3A 2I0CA 3H6UA 3W9VA 4F39A 2I3VA 2RCAA 1OIBA 2XX8A 3L6GA 2HXWA 3EHSA 3FJGA 4G4PA 4C0RA 3Q27A 3U94A 1RYXA 1SI0A 5H8QB 3USDA 2DVZA 3B7DA 2W7YA 2V3UA 1I6BA 4FAJA 1TT1A 4JWOA 3PPPA 1B0LA 3O6GA 3QIMA 1VSOA 5I2NA 1B3EA 2E1SA 2D21A 2P2AA 5I84A 1NL5A 4N6PA 1LCTA 4U1OA 3WAFA 2NXOA 4ZEIA 4GRKA 4Q8RA 2XXTA 2QS2A 5DYHA 3DELB 1N3XA 4GD5A 2ZYKA 5FHNA 4QFPA 3ZKLA 3K1PA 3L6HA 1JVYA 2VHAA 2Z22A 1Y1ZA 4MBPA 1IEJA 3FXRA 3CSBA 1MXYA 5I56A 5BUUA 1LCFA 3E13X 2OCUA 4OYVA 3KZGA 3V83A 2A5TB 1MPBA 1UQWA 4GIZA 2RC9A 3G3HA 1N76A 5H8FB 1QKBA 1ZTYA 4YMAA 2GHAA 3MUQA 4EUOA 4RXLA 3TZAA 3IO6A 3HN0A 4JWYA 4QSCA 5HPQA 4GOTA 3S9LC 4YAHX 5ITPA 5J1DA 4DXUA 4LUBA 1FTOA 1M5DA 4I8CA 1JQFA 4OENA 4DLDA 2OWTA 1HSJA 3EHUA 3FVNA 3HHGA 5AA1A 2ZYNA 3HV1A 2RF1A 4HS7A 2I58A 4OERA 1DPEA 1NNTA 1SYHA 2OWSA 2P0SA 1TFDA 3W15C 1HSLA 1D9VA 2HZKA 1EZOA 4IO4A 4RK2A 2DVCA 3K6UA 4PFWA 1ATGA 5KDTA 1PBPA 1US4A 4K3FA 2PBWA 1TFAA 3MP1A 3IOWA 5KCJA 4IGTA 2VD3A 3IJOB 3TDJA 3I5OA 1M5BA 2PMSA 2RC8A 4FEDA 3G3IA 4NF4A 2DWIA 1DPPA 5DEXA 1D3KA 1B3HA 2I4CA 4DDDA 3R7XA 4TOZA 1PEBA 1ZJLA 4LATA 1SW2A 4GWOA 1QUIA 1R1NA 4P11A 4OZ9A 1SW4A 1MQIA 1A55A 3C31A 2ONSA 3H4ZA 4EDPA 3K6XA 2O1MA 1AL3A 3VLWA 1R6ZA 3VV5A 4RY1A 4BDRA 3OEMA 5ICQA 1ZIUA 3RT8A 3C32A 2M8CA 3PUYE 3MVXA 5JTYB 4H0WA 3SKPA 4LQ2A 3M3FA 5AA2A 3TPAA 2YJPA 4XKNA 1S7YA 3UORA 3CG1A 3MAMA 2R6GE 2QMWA 1MM7A 2HCAA 1SI1A 3G3GA 1MDQA 4BDMA 5FHMA 4O3AA 5CMCA 1Y3QA 1YTVA 4PFYA 4U4SA 3EPEA 2F7BA 5F7VA 4R2FA 3FGSA 3H7MA 4QFOA 2O1LA 4GF8A 5I56B 4YZZA 4TLLB 1Y9UA 4U23A 4M1VA 3HO7A 3U8QA 4KHZE 2ZXTA 4ZE9A 3JZJA 4GXSB 4JB7A 4KYSA 4PETA 4MFIA 1LFGA 3K1NA 3Q25A 1QJMA 3T96B 1FTLA 2DWJA 1H44A 3TTNA 4OTEA 1OVBA 3T93B 3M3KA 1D9YA 1VFDA 1IITA 2OBGA 1S50A 2AYSA 1NH7A 4OETA 3V8XB 3KN7A 2UVHA 1FTJA 1US5A 3FV2A 4R74A 3FATA 3PPNA 1O63A 3U1OA 4I1DA 4GL8A 4OEUA 3G3JA 1SVXB 4H5FA 4LZ8A 2REGA 3SEYA 3FJMA 2QRYA 1YPNA 2BJJX 1H43A 1UTHA 5CC2A 2UVIA 2RC7A 1MS7A 3SESA 3MP6A 5KCJB 1Y3NA 1MXVA 2H4IA 1EZ9A 4NF4B 2HQ0A 4F1YA 5B7DA 3GXAA 1FW0A 3MWBA 3LSWA 4JDFA 1XS5A 5HBCA 3VDFA 1MRPA 1SW1A 1OQGA 1B2HA 4ZDMA 3K2DA 1P1NA 5FHOA 4MLVA 3QYTA 4UA8A 3JYRA 3HHFA 3FASA 4AQ4A 1TWYA 4WKMA 1XVXA 2V3QA 2DWAA 5ELVA 3E9XA 4U21A 1NFTA 4KYEA 5AA2B 1MQGA 2Y7KA 1B5IA 5CRYA 5A5XB 5I58A 4QHQA 1LGBC 2OLBA 1RYOA 1B4ZA 5AE4A 4HCWA 3D4CA 1URGA 3N6TA 4M4GA 3H6WA 4NWDA 2A5TA 4G8NA 1JW5A 3CG3A 2O7IA 4OFJA 2O84X 3T66A 2DE3A 3O6HA 2QMXA 1LB8A 3FD3A 4OVJA 4ELRA 1LAGE 4NF5A 3VVDA 2DOJA 1MY3A 4GQOA 5CBSA 3C4MA 4JWXA 1POTA 5HM4B 3B6TA 1Y1MA 3SERA 3TUSA 1URDA 3OMBA 3KOTA 3PUXE 4TQUQ 5JEIA 2Z8EA 4Q0CA 4QSDA 3GBBA 3M8UA 3OENA 1AMFA 1J1NA 4GXAA 3IL1B 4YB7A 4FATA 1IXIA 3TCFA 1B7ZA 2XX9A 2IEEA 4ZEKA 2H99A 4ND9A 1QUJA 2F6PA 3RN8A 3Q26A 3IOVA 1B6HA 4DCXA 4H65A 4QSEA 1UTHB 4YMBA 1PC3A 4LA9A 4BDQA 1N7WA 4GL0A 4LZ5A 1Z7ME 3VVFA 3SDFA 3MPLA 4NF6B 4F3PA 3DLNA 3EN3A 3TAJA 1LAXA 4YB5A 1YCJA 2B3FA 2DQVA 3S9NC 1IXGA 4HW8A 4GFRA 3BFTA 1IQ7A 4HCYA 5JTYA 2I6EA 1FQDA 4EXKA 4X48A 3V5AA 4MH5A 4C1TA 4QFNA 3H6VA 3OOAA 5I58B 3O9PA 1HSEA 1WVJA 2XXYA 2IA4A 2XX7A 1PDAA 4HTGA 3FVKA 1Y20A 2OK2A 1A40A 4IO7A 4ZZEA 2I48A 3O28A 3T9HB 1BLFA 2XXVA 1POY1 1VFEA 2REJA 4NTLA 2FA7A 2DYXA 1B40A 1LFHA 3EHTA 5FTHA 1MPDA 2D3IA 4PP0A 3EF7A 1RKMA 3OD7A 4ZS9A 3GZGA 1B7HA 2ESNA 3K1MA 3OSRA 3KG2A 2CZLA 1EU8A 4ZECA 2F35A 3IB0A 2I49A 1P99A 3C33A 3TCGA 4P0GA 2QL3A 1T0KA 2DS9A 4NF5B 4F22A 4OFOA 5IKBA 3DM0A 3TTRA 3C35A 4LZ7A 4ELQA 1O64A 4YU0A 1N3WA 1USYH 1QULA 1N7XA 4AB5A 3TCHA 1Z7NE 3C34A 1XVYA 4ELPA 4H8IA 1OLAA 2VOZA 3UP9A 3ZS6A 4R6KA 1MXUA 4ESXA 3CFZA 3PUWE 3CRBA 1DTZA 3S9MC 1AIVA 2QS1A 3D4GA 4OMBA 3S4UA 3RY3A 4KR5A 3V89B 4DXCA 2PYYA 4YKKA 4Z7EA 2UYEA 1NH8A 3P7IA 1NNPA 5CBRA 2AIXA 4C1UA 1FQBA 4KFQA 3A09A 3KBRA 1QVSA 1LSTA 5DVIA 4UACA 1KWHA 3LSFB 1II5A 3HSTA 1LB9A 4R6HA 2Q9TA 4PFUA 3R26A 4NF8A 1B1XA 2DXYA 3A3CA 4EQ9A 3PPQA 4F3SA 1LBBA 4DE8A 5IAIA 3LUYA 2NVUB 3FXQA 1JEUA 1CB6A 4EQ7A 1FQFA 4RJZA 4QFLA 4WEDA 5A5XA 2F78A 1SDXA 5M2VA 1LAFE 4G68C 2G93A 2XHDA 1MXZA 3KSXA 3PMVA 3ONMA 4X1DA 1JW1A 2XXPA 1PB8A 1BP5A 4R9GA 2OZZA 4DZ1A 3JV9A 4FECA 2NUVA 3MVYA 2ZMBA 4U4XA 4MF3A 1QKAA 3ILUB 4TLMB 2RCBA 1VR5A 3RTFB 1OMPA 3DP8A 2O51A 3UGWA 1MG1A 1WDNA 1NNFA 1ZMGA 4FIMA 1LAHE 3FZVA 3IX1A 4ZEBA 2THIA 1BTJA 3T9XB 2GRVA 2F8DA 1B7UA 3MP8A 2O68A 3KGCA 2DE2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OO9A 1P1UA 2QS4A 2YPNA 4GWUA 4F1VA 2PVUA 3PTYA 4LN5A 3OO6A 4YKJA 2FYIA 2WBBA 5L9MA 5A5LA 3WAEA 2UYFA 1N04A 1UTBA 4ZZAA 3KSJA 2Q74A 1NMUA 2WEFA 4OWDA 2XD2A 2XXXA 1M5EA 4GWZA 4MEVA 1K9ZA 5EHSA 4PDDA 4KCCA 4ZE8A 3SEWA 5I59A 3UIFA 2XXKA 1IXCA 3M3LA 4E0XA 4GWWA 2B4MA 3MQ9A 3PUZE 3PPRA 3TQLA 4KQPA 4XKPA 2V93A 3VXBA 2RINA 1PB7A 3RPWA 1FPJA 3T9UA 4F29A 4P9KA 4G8MA 3VE1B 3K0VA 1LBCA 3IOTA 4IB2A 5AA3A 4IO6A 4G68A 4NF6A 2F6GA 2PT2A 1TXFA 3MZBA 3O97A 2NOOA 4RNSA 3D1RA 3H06B 1CE2A 1B3FA 2VP1A 3U93A 1BIYA 3K02A 1EYKA 4ZEFA 4AS5A 5L8DA 3SZPA 3N6UA 1JETA 2Q88A 5K2XA 4NEDA 1YYZA 5DVJA 4FE8A 4NF8B 1XOCA 1GV8A 3KN8A 2YLNA 3FIRA 2PFZA 1H3DA 1NV2A 1P1WA 3PD8A 2X7QA 4PQJA 2ZNTA 1F9BA 1R9QA 5IM2A 2I0BA 4BLAA 3IJXB 4F19A 1I6AA 1ZU0A 4PFTA 4IO3A 1GTKA 4Q30B 4NQ8A 5TPAA 2KLFA 1GR2A 1USYE 1OQHA 4P1LA 1NI9A 4XTCQ 5ICTA 5ITOA 3SETA 2F7CA 2Z8DA 3EQ1A 5K2YA 2CMOA 4BDNA 1QW0A 4Z0IA 4YB6A 3E4RA 2Y7IA 2A5SA 1IMBA 1D4NA 3PUVE 4N6DA 4RA1A 3QXMA 2LAOA 1DTGA 4IO5A 4NMYA 3HPIA 2H9BA 2R71A 3RYDA 4O7IA 3A3UA 4H46A 2XXUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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