4I62A

1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
238
structure length
236
Chain Sequence
IEAIKSKGKLVVALNPDFAPFEYQKVVDGKNQIVGSDIELAKAIATELGVELELSPMSFDNVLASVQSGKADLAISGVSKTDERSKVFDFSTPYYTAKNKLIVKKSDLATYQSVNDLAKKVGAQKGSIQETMAKDLLQNSSLVSLPKNGNLITDLKSGQVDAVIFEEPVAKGFVENNPDLAIADLNFEKQDDSYAVAMKKDSKELKEAVDKTIQKLKESGELDKLIEDAFKASIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title 1.05 Angstrom crystal structure of an amino acid ABC transporter substrate-binding protein from Streptococcus pneumoniae Canada MDR_19A bound to L-arginine
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding p
total genus 85
structure length 236
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i62A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i62A02
2IEEA 4ZE8A 3PUXE 1MDP1 4UACA 1OLAA 3PPQA 4KFQA 3E9XA 4DCYA 1TXFA 2DE4A 2UVIA 4U2RA 1B46A 2HFBA 3USDA 3FXQA 1D9VA 4F3GA 5CC2A 4EUOA 1LFGA 3IOTA 1N0TA 3I5OA 1LFHA 1PB9A 2QPQA 2DWJA 1N3XA 2UYEA 4R6KA 4F19A 4N07A 1Y4CA 1D3KA 4G77A 1B4HA 3MUQA 1Y3QA 1PB7A 1NL5A 4XKPA 2XXRA 3I6VA 4X48A 3PU5A 2DS9A 2XXHA 4R9GA 4AB6A 3RNNA 1BIYA 3O6GA 1LB9A 5IAIA 1QUKA 2PYYA 3O9PA 3LBSA 4GL0A 3EHSA 4X1BA 3SEYA 4WXJA 1M5DA 4U1OA 2F78A 4Q8RA 3D4CA 3DLNA 3TTNA 3KGCA 4R2BA 3RLFE 4OFOA 2F7AA 4F1UA 3TYHA 1RYOA 1LBCA 2HEUA 1H45A 2DWIA 1FCKA 2Y7IA 1B7UA 2Q88A 5A5XA 2HZKA 4U22A 4RK9A 1SW4A 3CSBA 3FJ7A 3BBRA 5HBCA 3EQ1A 3UIFA 2O69A 4NF6B 3DELB 2ZYMA 2QJEA 4R75A 3H6WA 4HTGA 3G3JA 4IY6A 1BKAA 3KBRA 3SERA 5LOMA 5KDTA 5I2KB 4G68B 3K1PA 3VXCA 3VVEA 4ZDMA 1B7HA 3SEUA 4JXIA 4XKRA 4MH5A 2V3TA 3KFMA 3CFXA 3OO8A 1NH8A 5AA1A 3O29A 3ECRA 4OYVA 5CRYA 1XHYA 3FXRA 1EU8A 3K6VA 3ZSFA 1NMUA 4KYDA 2O7UA 4LZ7A 1DPPA 4BDMA 3PMVA 3DP6A 2ANJA 2D3IA 4JDFA 2O68A 5CMCA 5H8FB 3W9WA 5B70A 1QUIA 4GQOA 3C36A 4TLLB 5CMKA 5TPAA 3IORA 2DE3A 1B05A 3TTMA 3MP6A 3EHUA 1Y3NA 4QSDA 1LLSA 2H25A 1DTZA 5KZTA 3MW0A 4F2OA 1SBPA 4FECA 4KHZE 3QAXA 4U23A 3KJ7A 2UVJA 3C33A 3TZAA 4OQOA 3T9XB 1MM7A 4OHNA 3CG3A 2XXPA 3RUMA 1QJMA 3M3LA 3VVDA 2HQ0A 4OXVA 5DT6A 4IO4A 3PGFA 2O7IA 3N26A 3PUVE 1ZBMA 3O6IA 1JEVA 1JQFA 2DXYA 5I57B 5BUUA 3KSXA 3MVXA 3MVWA 2VP1A 4LP2B 2NWJA 1MH3A 1DPEA 3ONMA 1NKXA 3TUSA 2KLFA 3B6TA 3H3GA 2CMOA 4R72A 5L9MA 4QFLA 1PB8A 3DP4A 4NF4A 4RPNA 2G29A 2B3FA 4KD5A 1IEJA 4YZZA 2ONRA 2E0SA 3QK6A 1MPBA 5ISUA 1LAXA 2UXAA 4IO2A 4IGTA 2I58A 2V3UA 3O6HA 4WEDA 3KN8A 2F6PA 3S9LC 4MLVA 1B1XA 3MC2A 3E3KA 5H8SA 3RT6B 1MXWA 4ELRA 1NNKA 4NEDA 4H5FA 1JVYA 5CMBA 1N3WA 5JK4A 3T9HB 3TQWA 2Z22A 3S9MC 4EXKA 2P1SA 1MY3A 4PFWA 4Q5TA 4QRZA 4X9TA 2ONSA 3FGSA 3TTLA 1XS5A 1GVCA 1JW5A 3C32A 1MPDA 5TP9A 3MVYA 4NE4A 2VGQA 2NOOA 2I49A 2I0BA 5B7DA 1MM6A 1M5CA 4YMAA 3PUYE 1SVXB 4NWDA 3C9HA 3FVKA 1FTJA 1MQDA 4OENA 3O66A 3PPRA 5CBSA 1SI0A 5BWJA 4WEPA 4ZZAA 5A5XB 2OBGA 2ZMBA 3ZKLA 2XX7A 3CVGA 3CG1A 3G7WA 1NNTA 4IO5A 1PEBA 2DYXA 2OLBA 3IJOB 2XXUA 1Q1KA 2UVGA 5KDTB 4H8IA 3KG2A 3HHFA 4DE8A 1URDA 4ZEFA 3HSTA 4BDRA 2BJJX 2ZYOA 3TEPA 2QS3A 3T22A 1R9QA 4R6HA 4YKIA 1AIVA 2RC8A 3M8UA 1IQ7A 1IXIA 3MWBA 3K6UA 4ZZEA 1QULA 2A5SA 1R6ZA 1WDNA 4YB7A 3TCHA 1LAHE 1IXCA 2OWTA 3FVOA 2PVUA 3RT8A 2IA4A 4XKQA 3OMBA 4IO6A 1GV8A 1AOVA 2GHAA 1P1NA 5TPAB 1EH3A 1SYHA 1URGA 2GFEA 1EZOA 3LC8A 4X1DA 1H76A 2RCBA 4LQ2A 4P0GA 4ND9A 1B5IA 1DTGA 2HAVA 3JZJA 2PT2A 1II5A 2Q89A 3HPIA 3FVGA 5I59A 1OQGA 2OJTA 3PUWE 3IJXB 4N13A 2GHBA 3TCFA 5F1QA 1ZKBA 2OWSA 1LAFE 4U4SA 5ICTA 5AA3A 4G2ZA 5M2VA 3MBPA 4GFRA 1SW5A 1MXVA 1O63A 4P11A 3S9EA 2UVHA 1PBQA 2AYSA 3KEIA 1O7TA 1MY2A 3K1NA 4F22A 4POXA 3QIMA 1MXZA 1SI1A 3RTFB 1S50A 1FTOA 3IB0A 2DE2A 1URSA 3BFTA 3CR9A 4GIZA 1MY0A 5I58A 4M1VA 4I1DA 3GZGA 3N6TA 3FD3A 2ZYNA 2RF1A 5EHSA 5I2NA 4GXAA 3MP8A 2RC7A 3UN6A 1DOTA 1FQEA 2W7YA 4NF4B 1KWHA 4NF5A 1A8EA 3UORA 1B51A 1O64A 2WKYA 4AB5A 4IY5A 2XXVA 1B3EA 3Q28A 1B58A 3GXAA 3T66A 4DXBA 2FYIA 3Q25A 4NTLA 4R2FA 3T9UA 3FASA 1VSOA 1XVYA 4DIGA 1CE2A 3QUJA 2P2AA 1FTMA 1Z7ME 2X7QA 2CZLA 1NNFA 2H9BA 4H1XA 2R71A 2R9JA 4C0RA 5DVFA 2THIA 1TFDA 2XX9A 3JYRA 5TP9B 1UQWA 5JTYA 1XOCA 1N04A 3CFZA 2FNCA 4BDLA 3S4UA 2DVCA 2O6AA 3IO6A 1JNFA 2RCAA 1MXUA 3A3UA 3AXFA 3OSQA 4JSDA 4I9DA 3M3KA 4H67A 3LSXA 3TFLA 3RTWB 2XXWA 5EYFA 4DXUA 2V93A 4F1VA 3RN8A 3KJTA 1F9BA 1SDXA 3CIJA 1L5TA 1Y1MA 4BDOA 2VD2A 4ZS9A 3OEMA 1SD3A 4DZ1A 2ZNSA 1LCFA 1ZU0A 3SESA 2LAOA 1B2HA 5CM6A 4PFTA 3D4GA 5CI5A 3PD9A 2Y7PA 4THIA 1XVXA 2XXTA 1CB6A 1OMPA 4KR5A 4ELOA 4I62A 3FV1A 4IO7A 4GVOA 2E1SA 4PETA 3IO4A 1UTBA 4OESA 1Z7NE 4JWOA 3G3KA 2D21A 1I6QA 4OZ9A 1LB8A 1MPCA 4Z7EA 1BP5A 4O3AA 3H6TA 3SEXA 1QKAA 1MQGA 2REGA 1P1UA 2OZZA 4GRKA 1POTA 5IKBA 2FA7A 2F7BA 4KI0E 4YICA 1AH5A 1B5HA 3MAMA 2XX8A 2OK2A 3LR1A 4ESWA 1PBPA 5I59B 3OEKA 5DYHA 3OELA 5F7VA 5ICQA 5DVJA 2UYFA 1B3LA 4G4PA 2F35A 3O2AA 3A09A 4KPTA 4FATA 5DEXA 3T93B 4EQ9A 3IR1A 3B6QA 5AA2A 2AL4A 1M5EA 3U92A 4NWCA 1ELJA 2H98A 4WKMA 4QFPA 4HS7A 3IK6B 1POY1 3K01A 3C35A 5I58B 3FXUA 4ELQA 4RXLA 2XHDA 3PPNA 3UGWA 1ATGA 1N7XA 5I2NB 3G3FA 4ZEIA 4BLAA 1R1NA 4BDQA 1FQAA 2QRYA 3K2DA 1IXHA 1GGGA 4C1TA 1H3DA 4NF5B 4YKJA 1JW1A 4F39A 1FQCA 4RK2A 1MS7A 3OD7A 2RINA 1MH4A 3K0VA 4KYEA 3C31A 2DSFA 4G8MA 4F3SA 2QMXA 3U93A 3CSGA 2I0CA 1TT1A 1M5BA 2OCUA 4FEBA 2Q2AA 4RJZA 4IB2A 5AA4B 4F2QA 1QVSA 3JV9A 4H5GA 2Y7KA 3OO6A 3U1OA 5JTYB 5HPQA 1XC1A 4HCWA 1B32A 5FTIA 4RA1A 2Z8DA 3MVZA 1A54A 3O28A 1H44A 3U94A 2VD3A 2ZNTA 2ESNA 1IXGA 4R6YA 1SW1A 4YB5A 1LSTA 1AMFA 3DM0A 3WAEA 2H5YA 3C34A 1EZ9A 4JWYA 3E4RA 3V5AA 4EQ7A 1NH7A 4E0WA 1Y3PA 5CBRA 3MZ9A 3VLVA 2B3BA 5FHNA 2HAUA 3MZBA 1N7WA 3HV1A 2DXRA 3K6XA 4K3FA 1FQBA 2I48A 2HXWA 1IZ1A 2HCAA 4ZECA 3HN0A 3MP1A 5H8HA 4OVJA 3S9NC 4QSEA 3V89B 4FIMA 4G8HA 1AL3A 4TOZA 3T96B 2H99A 4FAJA 4EF2A 3FJMA 3PMWA 4LZ5A 1UTBB 1UTHA 3UK4A 3N5LA 3G3IA 1B0LA 3TKDA 4H0WA 5ELVA 2DQVA 3LSLA 3H03A 4UA8A 1A99A 3V83A 1OIBA 4AQ4A 5I84A 4JBZA 3DP8A 4PQJA 4QFKA 1JW4A 4YAHX 2G93A 2ZYKA 3H06B 3KZGA 5KCJA 1I69A 1JETA 1WODA 1WVJA 5AE4A 2PBWA 1Y4TA 1I6BA 3K02A 3KSJA 5DVIA 1TWYA 1FW0A 2Q2CA 4LVQA 1N76A 4YKKA 1B5JA 2Q8JA 4POWA 1B6HA 4QSCA 2Z23A 4F31B 2DVZA 5DEXB 2QS2A 4NF8A 3H7MA 5AA2B 3OSRA 3THIA 1QKBA 1P1WA 2AL5A 5HM4B 1MXXA 4OFLA 2NUVA 5ITPA 2RC9A 4LONB 3R7XA 3KN3A 2F7CA 3HCQA 4YU0A 3H4ZA 3MJNA 1EZPA 2I3WA 2PX1A 4DCXA 3BFUA 4DXCA 1SW2A 2QMWA 1Y20A 2DWAA 2XXIA 3QUFA 3ZS6A 1A8FA 1RKMA 1MQIA 4ONYA 4H6DA 3HHGA 1A7LA 3VV5A 4KQPA 3FV2A 4GD5A 4GLIA 3H6VA 4FORA 4ISUA 4LZ8A 3L6GA 4YKPA 4FEDA 3VXBA 1B40A 2YJPA 1P1QA 4KCDA 4F3PA 3R6UA 3TPAA 4BDNA 3H6UA 1UIUA 2QS1A 3GBBA 4F1YA 3VFJA 3P7IA 1IITA 2O84X 1M5FA 3O97A 2I4BA 4XKNA 3W9VA 1UIVA 1VE4A 4C1UA 4ESXA 4PFUA 5AA4A 1QUJA 1ZJLA 2DOJA 1J1NA 2O51A 1MRPA 2Q9TA 3TODA 2F97A 1OQHA 1MY1A 4KCCA 1T0KA 3IL1B 3OO9A 4YMBA 5EHMA 4L17A 1D9YA 3FUZA 2GH9A 3HO7A 3QYTA 3N6UA 1OVTA 1OVBA 1FTKA 4LQ5A 4GL8A 1TFAA 3VLUA 3E13X 4RNSA 1USYE 4U4XA 3VVFA 4OERA 5H8HB 3KOSA 3ILTB 4TLMB 5H8QA 4GF8A 5FTHA 4KYSA 2X26A 3A3CA 5CMMA 3WAFA 4H8JA 1UTHB 4ZEDA 1US5A 5AA2D 3PD8A 3IOUA 1B4ZA 1PDAA 2AIXA 1B7ZA 4O3BA 4OETA 3FATA 3FZVA 4OTEA 4PP0A 2F5XA 4YB6A 4M4GA 4QFNA 1MG1A 4OWDA 1FQFA 1N84A 1MY4A 3BKIB 3TELA 2NXOA 5I56A 1HSJA 3B6WA 2GRVA 3TTRA 1Y9UA 3N94A 3SKPA 2A5TA 3FVNA 4ECFA 3B7DA 2I6EA 5ITOA 2ALUA 1YAEA 5KCJB 3RPWA 3TAJA 3U72A 2DP8A 3I3VA 4GXSB 1DMBA 3SEWA 1LGBC 2B65A 1HSLA 3PPPA 3MZ1A 1YCJA 3Q27A 4MBPA 2ZNUA 2ZXTA 2P0SA 3PMXA 1JVXA 3UP9A 4NF8B 4NMYA 2Y7RA 1IIWA 1BTJA 4MF3A 3C4MA 1NFTA 4XXUA 1GTKA 4JWXA 2VHAA 4OFJA 3SEVA 4XIGQ 4EXLA 5L8DA 3W15C 4LUBA 4RY1A 2XXXA 4ZEKA 2Z8EA 4QHQA 4QFOA 5K2YA 3VLWA 3GLBA 4U21A 2O1MA 4F3BA 1VR5A 3CFLA 1HSEA 2HZLA 5DTBA 1IUDA 1Y1ZA 3RGYA 2F6GA 4IGRA 2PT1A 3LSFB 1NNPA 5H8NA 2I4CA 3PUZE 4EF1A 4XTCQ 3LUYA 4ZEBA 5TU0A 4O3CA 1H43A 1I6AA 3V8XB 1FQDA 5JEIA 2V3QA 3EN3A 3R26A 4PFYA 3TDJA 2ONKE 5K2XA 1GR2A 3S2VA 2YLNA 3GBAA 4G68C 2XD3A 2X7PA 1ZIUA 1RYXA 3ILUB 1VFEA 2D5WA 1MQHA 1US4A 1DSNA 3FJGA 4P0IA 2XXQA 4IO3A 1B1HA 3L6HA 1B9JA 2PMSA 3OO7A 4Z0IA 4RYAA 3IB1A 1BLFA 4MLQA 5FHOA 1QW0A 3F11A 1A55A 2NVUB 4U1ZA 1LCTA 2F8DA 3PV0E 1D4NA 3EPEA 4LA9A 4Q0CA 1B3GA 3TTKA 2F36A 1LAGE 1B3HA 3OOAA 3UA8A 2Y84A 3FIRA 1LFIA 2REJA 1P1OA 2RKMA 5H8QB 1P99A 3EF7A 3M3FA 2XD2A 3IOWA 2F34A 2O1LA 3IOVA 4GOTA 2QL3A 1ZLQA 3QSLA 2R6GE 1YPNA 2I3VA 4MFIA 2M8CA 4G8NA 3EHTA 4H65A 3MPLA 2QS4A 4FE8A 1JEUA 1ZMGA 4NF6A 1ANFA 3K6WA 1XT8A 4R74A 2YPNA 1S7YA 3SETA 5I56B 4JSOA 4OMBA 4EDPA 5I2KA 4G68A 4RPOA 2A5TB 3K4UA 4GWOA 3SDFA 1VFDA 4LATA 4R73A 4I8CA 3U8QA 3K1MA 3KOTA 1OLCA 1PC3A 3IB2A 4HCYA 3TCGA 3KN7A 3K00A 2DWHA 1MDQA 1YTVA 3LSWA 3Q26A 4E0XA 1SYIA 2ABHA 4JB7A 1ZTYA 3MQ9A 4ELPA 3ODBA 2XXYA 3TMGA 5H8FA 4DDDA 3IAZA 2Z8FA 4HW8A 1A40A 4OEUA 4Q30B 3IX1A 4OEVA 3G3GA 3CI8A 2QSXA 1B52A 4F29A 4FJPA 4DLDA 1LBBA 4QF9A 3MPKA 3Q29A 3CRBA 1Q35A 2V25A 5FHMA 2VOZA 3VDFA 3RY3A 1B3FA 3QXMA 5J1DA 3G3HA 3OXNA 3PPOA 4PE5B 4ZE9A 3ZKKA 1FTLA 1S9TA 4EQBA 5L9OA 1B0HA 3VE1B 4R9FA 2V84A 4F18A 5H8NB 3RQTA 1R9LA 2H4IA 2Y7WA 3TQLA 3OENA 4TQUQ 1SQYA 5I57A 1MXYA 1USYH 4N6PA 1MQJA 3T9VA 5L9SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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