4R72A

Structure of the periplasmic binding protein afua from actinobacillus pleuropneumoniae (apo form)
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
b'KGRLVIYCSATNVMCENAAKTFEQKYDVKTSFIRNGSGSTFAKIEAEKNNPQADVWYGGTLDPQSQAGELGLLEAYRSPNIDQIMPKFQDPAKVKGNLSSAVYIGILGFAVNTERLKKLGIEKIPQCWNDLTDPKLKGEIQIADPQSSGTAYTAIATFAQLWGEDKAFDYFKHLHPNISQYTKSGITPARNAARGETTVGIGFLHDYALEKEQGAPLEMVVPCEGTGYELGGVSILKGARNLDNAKLFVDFALSKEGQETAWKKGQALQTLTNTTAEQSPLAFDLTKLKLIDYDFEKYGASDERKRLINKWVDEIKLA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Active Transport of Phosphorylated Carbohydrates Promotes Intestinal Colonization and Transmission of a Bacterial Pathogen.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component
source organism Actinobacillus pleuropneumoniae
molecule tags Transport protein
total genus 120
structure length 318
sequence length 318
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13343 SBP_bac_6 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r72A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4r72A01
4WEPA 4C1UA 3IOWA 1P1UA 1RYXA 1LBBA 5I57B 2H25A 3AXFA 1LFHA 3TTMA 2UVJA 2VGQA 4GXSB 4KQPA 3QUFA 1JVYA 3N94A 2XXQA 2HZKA 3K6XA 4OXVA 5JK4A 1IXCA 2O7IA 1DPPA 4ESWA 3TTLA 1AMFA 2ALUA 2O1MA 4GL8A 4GL0A 2ZNTA 4NEDA 5AA3A 4LUBA 4FECA 3WAEA 3MVWA 1POY1 3TFLA 3FJ7A 3G3JA 2O68A 5ISUA 4LZ5A 3IO6A 2G29A 1N7XA 2I6EA 4QFNA 3MJNA 1MM7A 1MPBA 1LFIA 2A5TB 3PPOA 4YB5A 1MY3A 3PMXA 4QFPA 3RTWB 5L9OA 4PE5B 4QFKA 3TZAA 2QJEA 5TU0A 4NF5A 3LSFB 4GXAA 4PETA 3ONMA 5ELVA 4GWOA 1B6HA 1B05A 3C36A 3B6QA 4ZE9A 1POTA 1QUJA 2PVUA 1UTHB 3CSBA 2I58A 4U2RA 4ELQA 4QFOA 3IOTA 1Y9UA 3K1NA 5A5XA 1II5A 4JDFA 1BKAA 3C33A 1OLAA 1VSOA 3PU5A 5B7DA 2IA4A 2XXYA 3Q26A 1B0LA 2X7QA 4R6HA 2O7UA 5J1DA 5AA2D 3CSGA 1ANFA 3CG1A 4LATA 1IEJA 3QIMA 4LVQA 1UTBB 3FXRA 4P0GA 1MXUA 3MBPA 3T22A 1MQDA 2NOOA 4ZEDA 4BDMA 4N13A 2ZMBA 3H6TA 1SW4A 3H6WA 5ICQA 1QUIA 3PD8A 4F3SA 3LUYA 2DWIA 3D4GA 3MVZA 4M4GA 3O66A 4F22A 2ZYMA 3UORA 1ZJLA 1MXZA 3ZS6A 3N6TA 1N76A 2LAOA 5EHSA 3TTNA 2XD2A 2Y7PA 2P2AA 4L17A 1LAGE 5BUUA 3M3KA 2QMWA 1CE2A 3OEMA 2Q9TA 1PC3A 1PBQA 2RCAA 1FTJA 4BDQA 4OZ9A 1M5DA 3U8QA 3T93B 3SEXA 4OHNA 4KPTA 4OETA 3W15C 3PUYE 4HS7A 4KD5A 3H4ZA 1SW5A 1EZPA 2QMXA 4NE4A 4KFQA 4XIGQ 3L6GA 4F18A 4NF8A 2DP8A 1JEUA 3ODBA 4RA1A 1GVCA 3QAXA 4JSOA 4OFLA 2UXAA 1IXHA 1LCFA 1LSTA 1ZIUA 4GF8A 5AE4A 3IB0A 2RC8A 3O28A 1NH8A 4OFJA 4PFYA 2XXUA 4H65A 4DXCA 1NNPA 1SD3A 3DP4A 4RJZA 5CM6A 2ZXTA 1O7TA 2XXRA 3RNNA 4TQUQ 1VE4A 2DXYA 5EYFA 1O63A 5CMMA 4IO3A 3O2AA 5H8NB 4P11A 3E13X 1YPNA 2XX9A 3K6UA 4YKPA 4PP0A 1AL3A 3TMGA 4NWCA 3MZ1A 3RT6B 4F19A 2I3WA 3EQ1A 2V3QA 4UA8A 4OENA 1P1OA 2B65A 1JNFA 3HSTA 1O64A 4FE8A 4C1TA 2XX8A 1B3EA 3QUJA 1ZMGA 1MQIA 1MXYA 2F7AA 1NMUA 4K3FA 5H8FB 4NF4A 4IO5A 3W9WA 3QSLA 1PB8A 3LSLA 2H9BA 5AA4A 1EZOA 2XXIA 4RNSA 3K0VA 3MWBA 5FHOA 5FHMA 3TKDA 1CB6A 4R6YA 2ESNA 3FZVA 4YKIA 4H1XA 4X1BA 4YMAA 1ZLQA 4E0WA 5I59B 1NH7A 3IJXB 3GBBA 3BKIB 4R74A 1HSJA 5CMKA 5ITPA 3G3KA 2DWJA 3N26A 4NF6A 3MC2A 2V84A 3O6GA 3V89B 2F35A 1XVXA 4BDNA 4NWDA 2F78A 1N0TA 4YMBA 1B4ZA 3PPRA 1GTKA 1IUDA 2M8CA 3LSXA 3SEYA 4IB2A 4MFIA 2IEEA 2XXHA 2OJTA 1NKXA 3K6WA 3CVGA 4KI0E 3H7MA 4DE8A 1HSEA 3MW0A 5H8SA 3OO8A 3HHFA 2DVZA 1DSNA 1B3GA 3M3LA 3VXBA 3VXCA 1URGA 1MPCA 2OK2A 1FTMA 2ONSA 1DPEA 2Y84A 4O3BA 3OSQA 4N07A 2F34A 3PMWA 1M5CA 4GD5A 3K1PA 2XXXA 2OLBA 3PV0E 3LR1A 2DWHA 4EXLA 2ZNSA 2P0SA 3M8UA 3B7DA 2GFEA 3RTFB 4XKQA 2Q2CA 2DXRA 1LLSA 3MUQA 4ESXA 4ZZEA 3IO4A 1MH3A 4G68C 3Q28A 3EF7A 3K2DA 3RN8A 1QULA 3FVKA 1H43A 5TP9B 2FA7A 3E9XA 4YKKA 1H3DA 2A5TA 1R9QA 3RY3A 4QFLA 2I3VA 5L8DA 3KN3A 1S7YA 3PGFA 3H06B 1B9JA 1N7WA 3D4CA 4GFRA 2B3BA 2Y7IA 1SDXA 2F5XA 3C4MA 2VD3A 2X7PA 1I69A 1MXWA 5JTYA 1AH5A 5KCJA 1NNTA 2Z8DA 4H5FA 4U1ZA 5DVJA 2H98A 1I6BA 2Z23A 4R73A 2UVIA 2CZLA 3KSJA 1MDP1 5IKBA 1XT8A 1ZKBA 1Y1MA 1N3WA 1A40A 4EQBA 1TFDA 1FQEA 4H0WA 2DWAA 1IQ7A 1B3HA 3U93A 5AA1A 3BFUA 4QSCA 4ONYA 3FJGA 4G8MA 4OERA 4AQ4A 4H8IA 4LQ5A 4H5GA 4I8CA 4G68B 1UTBA 1JW5A 3LBSA 4H6DA 4PFUA 2O1LA 1AIVA 2R71A 3IORA 3KSXA 4G4PA 4AB6A 4FEDA 2THIA 5F7VA 3B6WA 4RK9A 5ICTA 3CFZA 5I56A 2I4CA 4R2BA 3TCGA 2O51A 4U22A 5I2NB 1Y20A 3C35A 3IR1A 4ZECA 1FTLA 3ZKLA 4RPOA 2QS4A 4IY6A 3KZGA 4OEUA 5DT6A 3UGWA 4OFOA 2HCAA 4R2FA 1I6QA 1LFGA 3K01A 1MDQA 2NXOA 2HZLA 4OYVA 1FQFA 1US4A 4EF2A 1GR2A 2H5YA 3Q29A 2PMSA 1GGGA 5I84A 1MXVA 1H45A 3CI8A 1XS5A 4AB5A 2V93A 3O97A 2GHAA 3MAMA 4QF9A 1B3LA 4FEBA 2F6GA 1MM6A 3U94A 1B52A 4EXKA 3SESA 3VDFA 3TEPA 4JBZA 1B7UA 3Q25A 4LA9A 4FJPA 2PT2A 4ZDMA 5DEXB 3CR9A 4JWYA 5KDTB 3TPAA 2Z8EA 1B40A 3T9VA 3A3CA 3UP9A 4LQ2A 2OZZA 3VFJA 1EH3A 1OVBA 1Y4CA 4GVOA 1BLFA 1JEVA 2F7BA 4WXJA 4MBPA 3LC8A 3PUXE 4THIA 1MH4A 3TQLA 5I2KB 2PBWA 1S9TA 2V25A 4U4SA 1FTKA 3TELA 3UK4A 2Q89A 3LSWA 1IZ1A 2RCBA 5L9SA 3GLBA 4Q8RA 3HN0A 3IX1A 4H67A 1MQGA 2DE4A 1B1XA 1QKBA 4RY1A 5CI5A 2ZYOA 4X1DA 1SW1A 5AA2A 3MP6A 4NF5B 4G8HA 2UVHA 3PPNA 4LP2B 2OCUA 2AL4A 4QHQA 1BIYA 3UN6A 1PB7A 2E0SA 4EDPA 4Q0CA 1XHYA 1MY0A 3M3FA 2NVUB 1ELJA 2E1SA 3IOUA 1IIWA 3BFTA 5F1QA 1B5HA 4MLVA 3HO7A 5I59A 5A5XB 1NFTA 1PDAA 4OTEA 3TODA 2RKMA 3A09A 3ZSFA 3KN8A 2FNCA 1XOCA 1Y3NA 4YU0A 2QRYA 5H8HA 1Y3PA 2YPNA 3H6VA 3TCFA 1B5IA 5ITOA 3PPPA 1LB8A 1P1NA 1D9YA 4JWXA 4KHZE 3IJOB 5K2XA 4NMYA 3CG3A 1RKMA 2NUVA 4F1YA 2OWSA 5JEIA 4GRKA 1TWYA 3SETA 4HTGA 1DTZA 3JV9A 2G93A 3MQ9A 2RC7A 4F3PA 4F31B 5HM4B 1MY2A 2FYIA 2R6GE 4XKRA 3TCHA 3VVDA 3EHTA 4G2ZA 2I0CA 4Z7EA 3ECRA 4IO2A 4Q30B 3SEVA 1LAHE 1N84A 3FUZA 3OSRA 2F97A 1USYE 1A55A 4KYEA 3R26A 2GHBA 4C0RA 3H3GA 2I48A 3RQTA 3IAZA 2Y7KA 4IGRA 2DSFA 1LBCA 2Q2AA 4R9FA 1MY1A 1KWHA 5CC2A 2WKYA 5EHMA 5IAIA 4R9GA 4F39A 4OEVA 5BWJA 1USYH 4PQJA 4M1VA 4ND9A 1GV8A 3KJ7A 4JB7A 1Z7NE 4YAHX 2DYXA 2OBGA 2F7CA 3MZ9A 1SI1A 5HBCA 3VE1B 1QKAA 2OWTA 3IL1B 4JSDA 2RINA 3Q27A 1DOTA 3K00A 4ISUA 4JXIA 4LONB 1B51A 5TP9A 3OOAA 2P1SA 3MPLA 3U1OA 4DCXA 2VHAA 3MZBA 4EF1A 4FAJA 3FATA 4JWOA 5KZTA 2Q88A 3FXUA 5TPAB 4DIGA 4R75A 3SKPA 4PFTA 1R6ZA 4IO4A 3GXAA 3S9LC 2XXTA 3DLNA 4ZE8A 4Q5TA 3F11A 4RPNA 1M5FA 3K6VA 3MP8A 2REGA 5I57A 3CRBA 5DYHA 3OO7A 3G3GA 2NWJA 3FVOA 4F1UA 5HPQA 4UACA 1SVXB 1B2HA 1MS7A 2R9JA 4Z0IA 3B6TA 3I6VA 3TTRA 4XTCQ 1Z7ME 3QK6A 2HFBA 3T9HB 3DELB 2RC9A 4OVJA 4R72A 1MRPA 1Q35A 2XXVA 2REJA 2GH9A 3ILTB 1A8FA 3IB2A 4G68A 5CRYA 4IY5A 3SEWA 3OO6A 1M5BA 4F3GA 2I4BA 4IGTA 2Y7WA 2UYEA 3PD9A 3H03A 1LAXA 4QSEA 1US5A 3GZGA 3PUZE 1FQBA 3TQWA 3G3IA 2DVCA 5H8QB 4ELRA 5CMBA 2F36A 2QSXA 2VD2A 3N5LA 1A7LA 2D5WA 2DS9A 3QYTA 1D9VA 3IK6B 4POWA 4BDRA 1H76A 4DLDA 4DXUA 1UTHA 3S4UA 4GLIA 1FTOA 1LAFE 3E3KA 1XC1A 1JETA 1J1NA 3V8XB 3P7IA 1DTGA 2BJJX 4H8JA 3G7WA 1FQAA 1B0HA 5DEXA 4BDLA 2DOJA 2H99A 4POXA 1UIVA 3VLWA 2KLFA 5KDTA 3MPKA 2XD3A 3MVYA 3OEKA 5I58B 1R1NA 2HAUA 1SW2A 1JQFA 4I1DA 4TLMB 1OMPA 2VP1A 3FXQA 3FV2A 1N3XA 3WAFA 3FJMA 4G8NA 3S9EA 3SEUA 1UIUA 3KOSA 4MF3A 4RK2A 5DTBA 1T0KA 4I9DA 2ONRA 5I2KA 3RLFE 1QVSA 3VV5A 3TYHA 4U21A 4ZZAA 4ZEKA 1Y1ZA 3ILUB 2AIXA 3SDFA 3MVXA 3T96B 3OXNA 1OQHA 3A3UA 3FGSA 3G3FA 2CMOA 4RXLA 3VVEA 4TLLB 4KYDA 4LZ7A 3RGYA 3K02A 5DVFA 3S9NC 2ZYKA 4GIZA 3CFLA 3FV1A 4I62A 4OESA 4U4XA 4DDDA 2B3FA 4X9TA 1WDNA 5JTYB 5KCJB 4RYAA 4FIMA 3CIJA 1ZTYA 1R9LA 4U23A 2Q8JA 2V3TA 3C31A 1IXGA 3VLVA 3H6UA 1H44A 4ZEFA 3I5OA 4G77A 1RYOA 1UQWA 5L9MA 3U92A 1NL5A 2F8DA 4OWDA 3EN3A 1A8EA 2DE3A 4EQ7A 1QUKA 2ABHA 2A5SA 1Y4TA 4P0IA 5CMCA 1OVTA 4R6KA 3PUVE 3K4UA 3KBRA 4MH5A 1B4HA 1ATGA 5DVIA 2O69A 2AYSA 3V5AA 2XX7A 3OELA 2QL3A 4YB6A 5H8NA 2QS1A 1YCJA 1PEBA 2V3UA 4KCCA 3T66A 2RF1A 4ZS9A 3FD3A 4FATA 2QPQA 2D21A 3FIRA 2D3IA 4ZEBA 1YAEA 1MQJA 2ZNUA 1OIBA 4N6PA 4NTLA 4OMBA 1FCKA 5I56B 4F2QA 3VLUA 1XVYA 3USDA 4LZ8A 4XKPA 1D4NA 2PT1A 3DP8A 1QW0A 1SI0A 1EU8A 3IB1A 2HEUA 5H8FA 3KFMA 4XXUA 4DXBA 2XXPA 1MG1A 1WVJA 3K1MA 1P1WA 3UA8A 3KJTA 4KR5A 3IOVA 1PBPA 1VR5A 1SBPA 4DZ1A 2QS3A 4BDOA 1B1HA 3HCQA 3GBAA 4OQOA 3DM0A 1A99A 5CBRA 4QSDA 2YLNA 3C9HA 1JW4A 4FORA 1OQGA 3FVNA 2ONKE 3PUWE 1PB9A 3TDJA 5FTHA 3S2VA 1ZBMA 4YKJA 1FW0A 4HCYA 2UYFA 2DE2A 4O3CA 3RPWA 3RT8A 1FQCA 4HW8A 3O9PA 4ELPA 1S50A 2XHDA 1MY4A 2I0BA 1BTJA 1SYIA 5CBSA 4YICA 1B7HA 4YB7A 5TPAA 1OLCA 2VOZA 1JW1A 1L5TA 3EHUA 3R7XA 1ZU0A 2ZYNA 1F9BA 1B46A 3OMBA 4TOZA 3C34A 3KOTA 1QJMA 4X48A 1MPDA 2F6PA 4WKMA 4F1VA 2QS2A 1I6AA 4F2OA 5LOMA 2DQVA 3KG2A 1EZ9A 1Q1KA 4O3AA 4F29A 3PMVA 2X26A 5AA2B 3KEIA 1SQYA 3T9UA 1AOVA 1P1QA 5FTIA 1URSA 1B58A 3O6IA 1B3FA 4NF8B 1LB9A 1URDA 3QXMA 4QRZA 2PX1A 1B5JA 4KYSA 3T9XB 3OO9A 2I49A 2HQ0A 5H8QA 1WODA 3HHGA 3RUMA 4IO7A 4KCDA 1DMBA 5H8HB 3EPEA 4YZZA 3V83A 2HXWA 1HSLA 3JYRA 3JZJA 4F3BA 3FVGA 3SERA 1IITA 3OENA 3UIFA 2Z22A 4E0XA 1TT1A 3BBRA 3CFXA 3C32A 3S9MC 3DP6A 3TTKA 1JVXA 4XKNA 4U1OA 3HPIA 5M2VA 1MQHA 4MLQA 3EHSA 4BLAA 5B70A 4PFWA 5K2YA 3TUSA 3HV1A 3THIA 1BP5A 1IXIA 3TAJA 1N04A 2GRVA 1B32A 1B7ZA 1TXFA 4NF4B 3MP1A 1NNKA 1Y3QA 2PYYA 3O6HA 4ELOA 1YTVA 3FASA 3OD7A 3I3VA 5AA4B 2AL5A 4WEDA 5FHNA 4EUOA 1A54A 5I58A 3KN7A 1LGBC 1D3KA 1VFDA 3N6UA 1NNFA 3PPQA 4ECFA 1M5EA 2Y7RA 1MXXA 3G3HA 2YJPA 4EQ9A 1FQDA 2H4IA 4GOTA 2W7YA 3U72A 3KGCA 5I2NA 2UVGA 4GQOA 1P99A 3L6HA 4NF6B 2HAVA 2ANJA 2O6AA 2O84X 2XXWA 4ZEIA 3O29A 4DCYA 3R6UA 4IO6A 1TFAA 4HCWA 1SYHA 3VVFA 1VFEA 2Z8FA 3ZKKA 3W9VA 1LCTA 3E4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WEPA 4C1UA 3IOWA 4MIJA 1P1UA 1RYXA 1LBBA 4P47A 5I57B 2H25A 3AXFA 1LEVA 1LFHA 1NV7A 3TTMA 2UVJA 2VGQA 4GXSB 4KQPA 3QUFA 1JVYA 3N94A 2XXQA 1RDXA 4DI3D 2HZKA 3K6XA 4OXVA 5JK4A 1IXCA 2O7IA 1DPPA 4ESWA 2P3NA 3TTLA 1AMFA 4MHFA 2ALUA 5EQAA 2O1MA 4GL8A 4GL0A 2ZNTA 4NEDA 5AA3A 4LUBA 4H45A 4FECA 3WAEA 3MVWA 1POY1 3TFLA 3FJ7A 3G3JA 2O68A 5ISUA 4LZ5A 3IO6A 4OVQA 2G29A 1N7XA 2I6EA 4QFNA 3MJNA 3B50A 1MM7A 1MPBA 1LFIA 1JP4A 2A5TB 3E79A 5T3JA 3PPOA 2WYKA 4YB5A 1MY3A 3PMXA 4QFPA 5ET8A 3RTWB 5L9OA 4PE5B 4PCDA 4QFKA 2F3DA 3TZAA 2QJEA 5TU0A 4NF5A 4NHBA 3LSFB 4GXAA 4PETA 3ONMA 5ELVA 4GWOA 1B6HA 1FBPA 1B05A 3C36A 3B6QA 4ZE9A 1POTA 1QUJA 2PVUA 1UTHB 3CSBA 2I58A 4U2RA 4ELQA 4QFOA 3IOTA 1Y9UA 1FPEA 3K1NA 5A5XA 1II5A 4JDFA 1BKAA 3C33A 1OLAA 2R8TA 1VSOA 3PU5A 5B7DA 2IA4A 2XXYA 3Q26A 1B0LA 2X7QA 4R6HA 2O7UA 5J1DA 5AA2D 3CSGA 1ANFA 3CG1A 4LATA 1IEJA 3QIMA 4LVQA 1UTBB 3FXRA 4P0GA 1MXUA 3MBPA 3T22A 1MQDA 2NOOA 4ZEDA 3CHGA 4BDMA 4N13A 2ZMBA 3H6TA 1SW4A 3H6WA 5ICQA 1QUIA 3PD8A 4F3SA 3LUYA 2DWIA 3D4GA 3MVZA 4M4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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