1VR5A

Crystal structure of oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding (tm1223) from thermotoga maritima at 1.73 a resolution
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
HERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding (TM1223) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.73 A resolution
rcsb
molecule keywords oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
molecule tags Protein transport
source organism Thermotoga maritima
total genus 170
structure length 536
sequence length 536
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1vr5A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1vr5A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1vr5A02
4R75A 4BDNA 3TFLA 3DRIA 3KG2A 4EQBA 4KYDA 3UIFA 3EHUA 1P1NA 4U1OA 5I2NA 4KPTA 4U23A 3CG3A 3AXFA 3U94A 1M5CA 3PPOA 2B3BA 4RA1A 3GXAA 2V3QA 3VV5A 4QFLA 3N6TA 3SEYA 2DE2A 3FVGA 1NNPA 3W9VA 4OQOA 3RTFB 2ANJA 3KBRA 1S50A 3TPAA 1IXHA 1B3GA 2BJJX 1EZ9A 2X7QA 1B40A 1UIUA 1UTHA 4GXSB 3ZS6A 4OVJA 2UVGA 3ZKLA 4LZ7A 2H4IA 3KN7A 2H5YA 2Q8JA 4QSDA 5CMMA 3FZVA 4HW8A 4PFTA 3H6UA 1H43A 4ZEDA 3TQLA 5AE4A 2ZYMA 4YKIA 1WVJA 5ICQA 4NWCA 1RYOA 3M8UA 1LBBA 1P1QA 2F7AA 2G29A 5AA4B 4GLIA 4L17A 3IO6A 1B58A 4TQUQ 3FTOA 1IEJA 2Z8DA 4R74A 4JDFA 1A8FA 4Z0IA 3G3IA 4NF8A 1IXCA 2XD2A 3FV1A 2XX7A 3TTKA 2V3TA 4ZS9A 1USYH 2FNCA 2DS9A 1I6QA 3G3JA 4JBZA 5DEXB 2FA7A 1ANFA 2QS2A 1FQDA 1H45A 4HCYA 1LFIA 4YB7A 1MM6A 3TTNA 4OEVA 5I56B 4F39A 1MXWA 3UK4A 1ZLQA 3ZKKA 2ZNSA 1FQFA 1M5BA 5AA2B 4FORA 1VE4A 3HHFA 3QK6A 2XXVA 4ZDMA 1FW0A 2F6GA 4R2BA 4QF9A 4ELPA 2OWSA 3MAMA 2R71A 4OMBA 3MP1A 1ATGA 3RLFE 2VD3A 4OTEA 5H8HA 1MPCA 1LFGA 4H0WA 2OJTA 5CM6A 3M3LA 3QUJA 3IOUA 3B6QA 4WXJA 1NH7A 5CBSA 3PD8A 1POY1 2DWHA 3HCQA 4FECA 1R6ZA 4RXLA 3KSXA 4G68B 2E0SA 2ALUA 4LQ5A 2Y84A 2OLBA 4RY1A 1B32A 3LBSA 1WODA 1FQBA 1XT8A 4LONB 4Q5TA 4PFWA 2NVUB 4H5GA 3VVFA 3V89B 3C4MA 4F22A 4GFRA 1QJMA 4NMYA 2PT2A 4PE5B 3M3KA 1YTVA 2YLNA 2F7BA 4YMBA 5ITOA 4AQ4A 4JWXA 2Y7PA 3MJNA 3S9MC 3IK6B 5I59A 3VLUA 4C1UA 1XVYA 4YB6A 3RPWA 1SQYA 3PMWA 3ILTB 3Q29A 3W9WA 4G77A 3H03A 4F3SA 1A54A 4IGRA 5CMCA 5EHSA 2NWJA 3O6PA 4MLQA 2V84A 3EHSA 3TAJA 2F35A 3FXQA 2AYSA 4IY6A 4IO6A 4F3BA 2RKMA 1NFTA 1FQCA 4DZ1A 4NF4A 3K6XA 4NE4A 4JWYA 1IXGA 1FQEA 4LQ2A 3SEXA 4OENA 4E0WA 2RC7A 2I49A 5L9MA 4R9GA 4RYAA 4G8HA 2IA4A 3U8QA 1MDP1 3O6GA 3R7XA 3K1PA 4YZZA 4F2OA 4M4GA 1MH3A 1XOCA 4OESA 2I48A 2UVHA 2DSFA 4U1ZA 4LATA 3C32A 1FTJA 3KJTA 1FCKA 4ECFA 4GD5A 3FIRA 4OEUA 3T9XB 2GFEA 1LAXA 1B3LA 4KHZE 3OELA 2QS1A 3KFMA 4JWOA 2IEEA 3OOAA 4GL0A 1TFDA 4Q30B 4KCCA 1VFDA 3T96B 3JV9A 1JW5A 2V3UA 4N6PA 3OD7A 5FHOA 3K02A 3T66A 2P1SA 4YICA 5AA2D 1A55A 1PBPA 3DLNA 1XHYA 4KCDA 1MY1A 3DRJA 1QKAA 3CIJA 1LBCA 3KN8A 4AB5A 3EPEA 4P11A 3C36A 1MG1A 2D5WA 2B4MA 2QS4A 4FEBA 2E1SA 3S4UA 4KR5A 5KCJA 1SI1A 1Y1ZA 3DRFA 4WEPA 3Q26A 4F3GA 5J1DA 1I6BA 4WKMA 2PBWA 3PV0E 1R9LA 5L9SA 1PB8A 3S9LC 4XKQA 4QHQA 2ONRA 4LZ5A 1MQJA 4ZEBA 3BBRA 2ZYOA 4DXCA 2QMXA 3A3UA 4EDPA 3S9EA 4ZEFA 1B0HA 3V5AA 1UTBB 3TELA 4EQ7A 1NNKA 1MH4A 4POWA 1M5DA 4C1TA 4F2QA 2I6EA 4NF5A 4PFYA 3UA8A 2O6AA 3K4UA 5AA3A 4ESWA 1DPPA 4G8NA 4U21A 2UYFA 1MDQA 3E13X 3KGCA 3R26A 4Z7EA 3GZGA 4ZE9A 3HPIA 5H8QA 3TDJA 1LB8A 2FYIA 1AOVA 1DSNA 3K6VA 4I62A 5LOMA 3TQWA 3FD3A 5KDTB 5A5XA 3S2VA 4X1BA 5B7DA 3VLWA 4MLVA 1Y20A 1HSEA 4JXIA 1FTLA 4NF6B 4ZE8A 4I9DA 2YJPA 1DMBA 5I58B 5K2XA 1LGBC 2PMSA 1EZPA 2DQVA 4KD5A 2AIXA 5I57B 1FTKA 3CG1A 4NTLA 1IIWA 4FIMA 1P1OA 4GF8A 4OYVA 4F19A 4OERA 4MF3A 2O7IA 3K2DA 4ZECA 5FHMA 5H8FB 3O66A 1B7ZA 1URDA 3QXMA 5K2YA 2VP1A 2DOJA 5JTYA 1Y3QA 4YKPA 4EQ9A 2DWIA 3QUFA 1D4NA 1B3EA 4H6DA 3HN0A 1DOTA 2ZXTA 4H1XA 3RT6B 3E3KA 1D3KA 1KWHA 2HZLA 3PMXA 1SYHA 2QL3A 3FUZA 3DRHA 3IB2A 3A3CA 1LB9A 3MZBA 5I2KA 3IB1A 4X9TA 3HV1A 4C0RA 3CHGA 3TUSA 3KEIA 3SESA 3G3FA 4UA8A 4XIGQ 2P2AA 4AB6A 1B4ZA 3D4GA 1N3WA 4OWDA 3ZSFA 4H67A 1ZKBA 1NKXA 4ZZAA 2Q89A 2QJEA 4LVQA 4XXUA 3O29A 4F3PA 2AL5A 4OETA 4G4PA 2REJA 2KLFA 5EYFA 3UN6A 1B9JA 4R9FA 2ZYNA 3CVGA 4PP0A 3FJGA 3O9PA 1VFEA 3G7WA 3PUXE 4DXBA 5TPAB 3TEPA 3K01A 3PAMA 1I6AA 5H8NA 3BFTA 1OLAA 1JVXA 1S7YA 4DDDA 1PC3A 2Y7RA 5JK4A 3IJXB 1R1NA 3SEWA 4H8JA 1AL3A 2UVJA 4RPNA 3CFXA 3KN3A 5H8SA 4R72A 4XTCQ 1PDAA 2DWAA 3FXRA 3KZGA 2I58A 3TCGA 2I3VA 4MFIA 1TXFA 4IO2A 3L6GA 3MPLA 4QRZA 1LSTA 3RGYA 4QFPA 1CB6A 3MP6A 2ABHA 1QUIA 5FTHA 1PB7A 3FJMA 3K6UA 4OXVA 3U72A 5I84A 1JNFA 3T9UA 3VE1B 3BKIB 3OENA 4QSEA 1LFHA 3MPKA 3U93A 2XXTA 3DELB 2A5TB 1MXXA 2HAVA 5BUUA 3DRGA 5TP9B 1OMPA 2Q2CA 2VHAA 1XVXA 3VFJA 4TLMB 3SEVA 1B3HA 1RYXA 1SBPA 4KQPA 1NNFA 3EF7A 2UXAA 2XX8A 5DT6A 3TODA 3MZ9A 2DE4A 1O63A 3O6IA 4WEDA 3TMGA 1OQGA 4YB5A 4BLAA 4YMAA 3IO4A 4RJZA 1MY3A 2HAUA 4OFLA 4FJPA 4KYEA 2Y7KA 3CI8A 4P0GA 3VVEA 1A7LA 5HPQA 3K0VA 1R9QA 4EUOA 4TLLB 5M2VA 3PUZE 1JQFA 1MY2A 2A5SA 3RT8A 2OWTA 1VSOA 2CMOA 1IUDA 4IO4A 3K1NA 3LSWA 3MVWA 4UACA 1JVYA 4R73A 1Z7ME 2REGA 4QSCA 5BWJA 1Y4CA 4HTGA 5EHMA 4PQJA 3N94A 5ICTA 4G2ZA 1Y1MA 3VDFA 5L8DA 3MBPA 4YAHX 3UP9A 4NEDA 2VD2A 2UYEA 3FGSA 3V83A 1ELJA 4BDRA 5CMBA 5CI5A 2UVIA 4EF1A 3PPRA 2XXXA 3M3FA 1OLCA 4RPOA 2Z8FA 3CSBA 1PB9A 4NWDA 3QYTA 3ECRA 1FTOA 3E4RA 1QW0A 3Q28A 3TCFA 2O7UA 3LUYA 3UGWA 2Z22A 1UIVA 3C31A 1NMUA 1ZTYA 4LP2B 4GIZA 3RNNA 4BDQA 1POTA 3IOTA 4ZEIA 3F11A 1OVBA 4R2FA 4ISUA 1QVSA 5AA4A 5DVIA 4O3AA 4RK2A 1S9TA 2NXOA 2V93A 4YKKA 2GRVA 1B51A 1MXYA 5TU0A 1RKMA 5I2NB 1JEVA 1B46A 1MS7A 3RQTA 1Z7NE 5CBRA 4KYSA 1B05A 4X1DA 2OK2A 3B6WA 1TFAA 3LC8A 2F6PA 4LA9A 1URGA 2H9BA 1DTGA 5DEXA 2WKYA 1Y9UA 2GHBA 5JEIA 2PYYA 2DWJA 1UTHB 1YPNA 4ESXA 3K6WA 5I56A 4XKRA 2RINA 3KOSA 3VLVA 3LVUA 3I5OA 2RC8A 4R6KA 4F1VA 4RNSA 4H5FA 5AA2A 1MQGA 1LAHE 4Q8RA 1TT1A 3U92A 3V8XB 4TOZA 3TTRA 4N13A 4DIGA 3MVXA 2B65A 3WAEA 4F31B 4NF8B 1O64A 2O1MA 3PGFA 1I69A 4G68A 1MXZA 5L9OA 4FAJA 4JSDA 3T9HB 1L5TA 3H4ZA 3CFLA 1SD3A 3BFUA 5CRYA 1QKBA 2XX9A 2XXPA 4N07A 4O3BA 1JEUA 1B3FA 3A09A 3KJ7A 3CSGA 2ZYKA 3RN8A 3R6UA 1MQDA 3IX1A 2HEUA 2AL4A 2RF1A 4GQOA 4QFKA 1UQWA 3D4CA 4LZ8A 3E9XA 1EZOA 3PMVA 2W7YA 3OO7A 5H8HB 1SW2A 4GRKA 4DLDA 2X26A 1QULA 4DCYA 1TWYA 2DYXA 3SERA 3C33A 4PETA 3MW0A 1MRPA 2F8DA 2H25A 3C9HA 1ZBMA 2XXIA 3H6TA 1BIYA 3CR9A 3DP6A 1FTMA 4RK9A 3P7IA 4MH5A 3PD9A 3TCHA 1QUKA 2O68A 3PPNA 1GV8A 3OO6A 2VGQA 3GBAA 5I59B 1J1NA 5DVFA 3B7DA 1IZ1A 3SETA 4ND9A 3IL1B 4HCWA 3CFZA 5DTBA 3IORA 3O2AA 1JW1A 3OMBA 3T9VA 1LAGE 5ELVA 3PU5A 1JW4A 1HSJA 3JYRA 1OQHA 4K3FA 2F5XA 3FVNA 3GLBA 3EQ1A 1AIVA 3PUWE 4NF4B 4IB2A 4LUBA 1B7UA 2DXYA 2OBGA 4POXA 3MWBA 4OZ9A 2Q9TA 4F1UA 1NL5A 1YCJA 1CE2A 2XXHA 2QSXA 2YPNA 3RUMA 1ZU0A 3N26A 1DPEA 2QRYA 1SYIA 5F7VA 1AH5A 1Q35A 5HM4B 2XHDA 3L6HA 1SW1A 1MPDA 2XXWA 3USDA 3THIA 1N7WA 1EU8A 5FHNA 4FATA 2I4BA 1MY4A 1SVXB 4IY5A 1A99A 2D21A 3RTWB 2R6GE 3UORA 3OEMA 5DYHA 5IKBA 1UTBA 4MBPA 2H99A 1SDXA 1GR2A 1BKAA 4Q0CA 1M5EA 3ILUB 4F18A 3TYHA 4XKPA 4GWOA 2ZMBA 4KI0E 4JSOA 1YAEA 3EHTA 2G93A 4X48A 3IR1A 3G3GA 2I4CA 2O69A 3T22A 3PUYE 2OZZA 4JB7A 4GL8A 1N0TA 3C35A 4M1VA 1P1WA 4OHNA 5KCJB 2B4LA 2WOLA 1H44A 4F29A 4EXKA 4E0XA 3MQ9A 4OFJA 1B5HA 4R6YA 4IO5A 3GBBA 3IB0A 4DE8A 4F1YA 3MC2A 1PBQA 2I0BA 5KDTA 3FVOA 2QPQA 2R9JA 3LSLA 2QS3A 2F34A 1LCFA 4NF6A 1D9VA 1II5A 3MUQA 2XD3A 5I58A 4G8MA 1ZJLA 2XXUA 3MVZA 2F97A 3FXUA 1OVTA 2XXQA 1MPBA 2PVUA 1B5IA 5I57A 3FV2A 4BDOA 4IO3A 1DTZA 4GVOA 1NH8A 1H3DA 4NF5B 3KOTA 2B3FA 1O7TA 1USYE 4IGTA 1XS5A 2Q2AA 1B1HA 5CC2A 3OSQA 5ITPA 1Y4TA 5H8FA 2RCBA 2HQ0A 3ONMA 2HZKA 1AMFA 5H8QB 1B0LA 2XXRA 3IOVA 4KFQA 3RY3A 3IJOB 4FE8A 3FJ7A 3IAZA 1LAFE 1Q1KA 3OEKA 2F36A 3K1MA 4YU0A 4BDLA 2RCAA 2DVZA 5A5XB 1B4HA 4H65A 1Y3PA 3VVDA 1A8EA 2D3IA 1B6HA 2V25A 3PUVE 2Z23A 2CZLA 1EH3A 1WDNA 2WOKA 1B7HA 3B6TA 3OO9A 1GVCA 2M8CA 5DVJA 4YKJA 1BTJA 2X7PA 3DRKA 3O97A 1URSA 1SW5A 1SW4A 4QFNA 2I3WA 1VR5A 2O51A 1N3XA 2XXYA 4BDMA 5AA1A 1ZMGA 4U22A 4PFUA 3H7MA 4GOTA 2O84X 3RYBA 1M5FA 5JTYB 3G3HA 1N76A 1T0KA 1P1UA 5TPAA 4I1DA 2ESNA 3DP4A 1BLFA 4ELQA 3QAXA 1JETA 1Y3NA 1SI0A 3MP8A 3SDFA 1GGGA 2ONKE 3MVYA 3FATA 3KSJA 3RYAA 3CRBA 2ZNUA 1H76A 1LLSA 2Y7WA 5I2KB 1B2HA 2OCUA 2DE3A 4R6HA 2HCAA 3PPQA 2PX1A 3VXBA 3TTMA 1F9BA 3WAFA 3K00A 3Q27A 4FEDA 2P0SA 2DP8A 2HFBA 2LAOA 2DVCA 2F7CA 3JZJA 3HO7A 1B52A 1N84A 2THIA 1N7XA 3TTLA 2QMWA 5B70A 4I8CA 1GTKA 3I6VA 2NUVA 4XKNA 3HSTA 3PPPA 3U1OA 4EXLA 3H3GA 3H06B 2A5TA 2NOOA 1MY0A 5TP9A 1B5JA 1NNTA 2F78A 3MZ1A 5H8NB 2ZNTA 1MQIA 3N6UA 3OSRA 4G68C 3EN3A 3T93B 3LSFB 3O6HA 4O3CA 3H6VA 1US5A 1IQ7A 4THIA 3DP8A 3Q25A 4ELOA 1IXIA 4U4XA 2Z8EA 3QIMA 2Y7IA 3S9NC 2WOPA 1BP5A 3OXNA 1FQAA 3SKPA 1US4A 3FASA 2H98A 4ELRA 3VXCA 3TZAA 1ZIUA 1OIBA 3H6WA 4DCXA 1N04A 4ZZEA 1QUJA 1LCTA 4DXUA 1MXVA 1B1XA 1MXUA 2HXWA 4HS7A 1XC1A 3IOWA 5CMKA 4ZEKA 4U2RA 4IO7A 3DM0A 1PEBA 2Q88A 4QFOA 2VOZA 3FVKA 5ISUA 4GXAA 4ONYA 3HHGA 2I0CA 1P99A 3ODBA 4EF2A 1A40A 3TKDA 4H8IA 4U4SA 5F1QA 2GH9A 2PT1A 3QSLA 5KZTA 2DXRA 2ONSA 4P0IA 3G3KA 1D9YA 3I3VA 3OO8A 2RC9A 4OFOA 1MM7A 2O1LA 3SEUA 3LR1A 5HBCA 1MQHA 1IITA 5IAIA 3N5LA 5FTIA 3W15C 3C34A 2GHAA 3O28A 1HSLA 3LSXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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