1VR5A

Crystal structure of oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding (tm1223) from thermotoga maritima at 1.73 a resolution
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
HERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding (TM1223) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.73 A resolution
rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
total genus 170
structure length 536
sequence length 536
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1vr5A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1vr5A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1vr5A02
1FTJA 1ZIUA 1BKAA 1BP5A 1QUJA 1N3XA 4Q5TA 5CMBA 1EZPA 1FQDA 3N6TA 4ISUA 3RTFB 3TYHA 4LZ5A 4U22A 2D5WA 1HSLA 3LSFB 1LFHA 2DWIA 5I59A 1SW1A 2FA7A 3O6HA 2R71A 2REGA 3OEMA 2RC8A 4GVOA 3OMBA 1P1QA 4OESA 3M3FA 1ATGA 2DE3A 4R75A 4QRZA 4OETA 3OSQA 1URSA 1BLFA 1VFEA 5DVJA 2X26A 4JXIA 3TELA 4IGRA 3MAMA 4LATA 4UA8A 5AA3A 5L8DA 3RYAA 1SVXB 4OZ9A 4L17A 3SDFA 4X9TA 1MDQA 4HTGA 1RKMA 4I62A 4IO6A 3FXQA 2F7AA 4IO4A 4BDQA 3VVDA 1TXFA 3CSBA 4IO5A 1MXZA 3OO7A 2QJEA 5DVIA 4M4GA 3DM0A 5CI5A 1DPEA 3GBAA 1TFDA 4OHNA 5DT6A 4PE5B 4YB5A 3TCGA 4ZZEA 4I9DA 1MXVA 3PPQA 4YMBA 4G2ZA 4FJPA 3O6PA 4QFKA 3SEUA 3CSGA 3B6QA 2CZLA 4HW8A 5KDTB 3IR1A 4FIMA 1PBPA 1QUKA 3FV2A 1J1NA 1MY1A 1D3KA 2XXVA 1LCFA 1MY2A 4F39A 1NKXA 4XKNA 2AYSA 1USYH 2OJTA 3S9LC 2O1MA 4TOZA 3Q29A 3PPRA 2B3FA 1ZKBA 4WEDA 2B4MA 1FTMA 3H03A 3R7XA 4XTCQ 4YMAA 1H45A 1I6BA 2H4IA 3GXAA 3MPLA 3QUFA 5EHMA 4GWOA 4KYEA 2O7UA 2I3WA 4GQOA 1SW4A 3SEXA 4DDDA 4KCDA 1PEBA 2G93A 3I5OA 3N94A 4P0GA 4H1XA 1UIVA 4N6PA 2PBWA 3VVFA 4DCYA 1ZJLA 2XD3A 1Y3QA 3MW0A 3OXNA 5CC2A 3DRJA 1GVCA 3UGWA 5FTHA 4N13A 5L9MA 3K01A 2YPNA 3C36A 2O1LA 5LOMA 4ELQA 2DOJA 2H9BA 3VE1B 2I58A 3Q26A 4HCWA 5B7DA 3TZAA 2OWTA 1NFTA 1ZU0A 1R6ZA 4C1TA 3IJXB 2D21A 3V89B 2RKMA 4ZECA 3GZGA 1H3DA 3CFLA 3H6TA 3MP1A 1DTZA 4G77A 2F5XA 1MRPA 3VVEA 2Y7RA 1A8EA 2DSFA 3B7DA 4ZE9A 4G68A 3Q25A 3VFJA 3ZSFA 3LVUA 2F97A 2QS4A 1B52A 5CMMA 1H43A 1N04A 1MQDA 3K4UA 2CMOA 3EF7A 4NF4B 2ONKE 2WKYA 4X1BA 1PB7A 3PMXA 4TQUQ 2FNCA 4OERA 1FQEA 3P7IA 3DP4A 4ESWA 1FCKA 2XXWA 1LBBA 3T9XB 1NNFA 2ESNA 1S7YA 4F3SA 4R9GA 1PB8A 4GOTA 1PB9A 2DXRA 4YZZA 1XC1A 3OD7A 3TFLA 2Q2CA 5HPQA 3OENA 3N5LA 3JZJA 5JK4A 3A3CA 3IOUA 4NF5A 2A5TA 3VXCA 4PFWA 3E9XA 4GXAA 3H06B 1B32A 3KG2A 1Y9UA 3RYBA 4U4XA 2O6AA 2F7CA 4OVJA 1URGA 2F8DA 3KSXA 1AOVA 1OLCA 4RPNA 3AXFA 1MPDA 4QSEA 5AA2B 4WEPA 3KN8A 3U72A 4LZ8A 1B3LA 1JVXA 1ZBMA 4U2RA 4KYSA 4R74A 4UACA 4F1UA 2NOOA 3S9MC 2Z8FA 3KN3A 4BLAA 3LSXA 2YJPA 4IY5A 1POTA 3KN7A 3HHGA 2V3QA 3IAZA 3IB2A 2Y84A 3Q27A 3K1MA 2OWSA 2ONSA 3HO7A 4RPOA 3K6VA 1QKAA 1S9TA 1M5FA 1IQ7A 1RYOA 1B3FA 3OEKA 4JSOA 2DYXA 4U1ZA 4IY6A 1JEUA 1MH3A 5H8HA 1IXCA 3TODA 4U4SA 4BDMA 5ICQA 1FQBA 1Y4TA 4JWYA 3T66A 4RK9A 1LGBC 4EUOA 2VHAA 4KHZE 1SYHA 3TTNA 1NNKA 3MVXA 4JB7A 2A5SA 5EHSA 4JWOA 2VOZA 1B0HA 4Z0IA 1B6HA 4F31B 1P1NA 3MJNA 4O3BA 3SETA 1MY3A 1Y1MA 1FTLA 1JW4A 3CHGA 1B4ZA 3HN0A 4JWXA 1CE2A 3O29A 2V3UA 3D4CA 3O9PA 3UIFA 3G7WA 1Y3NA 4YKKA 1OVTA 3K6UA 2RC9A 1B9JA 2UVGA 4POXA 3PUVE 1SI0A 2NUVA 1NNTA 3IB0A 3TEPA 1MXXA 3DLNA 3SERA 2XXPA 1B1XA 3FUZA 2Q8JA 3FATA 3FD3A 2IEEA 1SD3A 2H5YA 4TLMB 1T0KA 1MPBA 4NWDA 1FQCA 1OLAA 3LSLA 4ZEBA 4F2QA 5CMKA 3RQTA 4H5FA 4JBZA 1B51A 1AIVA 1CB6A 2V3TA 3DRHA 1M5DA 2IA4A 1LB9A 1R9LA 3VLWA 2O7IA 3IO6A 1EZOA 4PP0A 5TP9A 3N6UA 3FVNA 5H8NA 4EQ9A 2B65A 3ZS6A 3RGYA 1AMFA 4QSDA 3Q28A 4JDFA 2DE2A 2M8CA 3KJ7A 4MFIA 1MDP1 4ECFA 3O66A 1D9VA 1URDA 1XVXA 3M3KA 4F19A 3TTRA 3W9VA 1LAGE 1IXHA 2QS1A 5H8FA 3EQ1A 5AA4A 4F18A 4NTLA 5DEXA 4RNSA 1ANFA 1FQAA 4O3AA 1II5A 2H99A 5ICTA 2DP8A 3S4UA 2O68A 4ZEIA 3N26A 4LVQA 5TPAA 1R1NA 1QW0A 2ZYKA 3PMVA 3OOAA 2ZYOA 3CR9A 4YKIA 3TCFA 4NF5B 4ZDMA 4AB5A 2A5TB 4C1UA 5IAIA 1USYE 2OZZA 3RN8A 1IUDA 2PMSA 1UTBA 4FECA 3V8XB 2VGQA 2XX9A 1MY0A 4OFLA 2I49A 4EXLA 4QFPA 1QUIA 5I58A 4YICA 3QK6A 1B2HA 3U8QA 4GF8A 1MM7A 3ILUB 3PUWE 4Z7EA 1B58A 3IOTA 4MLQA 1B05A 4QFOA 4RY1A 2ZNTA 2UVIA 4E0WA 2KLFA 3GLBA 4Q8RA 1MQHA 3K1PA 1A54A 5I56B 2X7PA 1LBCA 3MVYA 3TTMA 4OFOA 4ELPA 4KI0E 1SW5A 1A55A 5KCJA 3H6WA 3IOVA 2NWJA 1B4HA 2HZKA 3H6UA 1MXWA 2OBGA 2Z8EA 3PU5A 1IEJA 2VD3A 5ISUA 2QSXA 5I57B 3G3HA 3PD9A 4LA9A 4KD5A 3PPNA 4P0IA 5H8HB 3THIA 2GHAA 1JNFA 4PFYA 5FHOA 4O3CA 5CBSA 4GXSB 4R72A 1YCJA 1OVBA 1UQWA 4YU0A 3FGSA 3H3GA 5I2KA 2I4BA 5FHMA 4DE8A 3PUYE 2VD2A 3EHSA 1B3HA 1OIBA 5H8SA 1OQHA 1EH3A 1B0LA 2Y7KA 1S50A 4G8MA 1P99A 1N7WA 1IXIA 1P1UA 3DP8A 4OMBA 4EXKA 3C34A 1SYIA 4KR5A 4LUBA 4MF3A 4ZEFA 3MVZA 5J1DA 1MQIA 2WOLA 1DPPA 4F3PA 2P2AA 4OEUA 3H4ZA 4MLVA 4HS7A 1FW0A 4DXCA 3FJ7A 3MPKA 2O84X 2O69A 4FORA 3FZVA 1H76A 4F2OA 3SEVA 3PAMA 1Q1KA 3ZKLA 2UYEA 4H8IA 3OSRA 5AA1A 4F29A 3LUYA 1SDXA 5KZTA 1B7ZA 4R6KA 3KEIA 5I2NB 1SI1A 4XKPA 3WAEA 2I3VA 2X7QA 1N84A 1I69A 1B3GA 1MH4A 5H8NB 3O97A 3RTWB 4U23A 2XXRA 4F3GA 4KQPA 5K2XA 2Z23A 3CI8A 4H5GA 2DWHA 3PPPA 3UA8A 4U21A 1A99A 2H25A 3CG1A 4MBPA 3M3LA 3K1NA 4X48A 3VXBA 2XXQA 2PX1A 3TAJA 1MS7A 3FTOA 5I59B 3MVWA 2QMXA 5H8FB 4C0RA 5AA4B 5DEXB 3GBBA 2OK2A 3JYRA 1DMBA 1US5A 4OTEA 4DXBA 4DXUA 1Y20A 1OQGA 1M5BA 5HBCA 3RPWA 1Y1ZA 2I0BA 3T9UA 3ZKKA 3CRBA 2HXWA 3D4GA 1B5JA 5H8QA 4EQBA 1TFAA 1A8FA 5F7VA 2XXUA 1P1WA 3RNNA 3EN3A 1Z7ME 5DVFA 2RF1A 1QJMA 1UTBB 4WXJA 3K02A 4ZEKA 3ONMA 3SKPA 4THIA 1JETA 2P0SA 4YB6A 2GHBA 1BIYA 5I58B 4H65A 1LB8A 3L6GA 1MXYA 4NWCA 2AIXA 4R6HA 1B3EA 3IB1A 4FAJA 3R6UA 4KFQA 3RT6B 1NNPA 1SBPA 2I6EA 1VFDA 3IORA 2REJA 3H6VA 1PC3A 5KCJB 4ZEDA 3MBPA 3DP6A 4GL8A 3KJTA 3MP8A 2PVUA 3IL1B 1B7UA 2W7YA 1XS5A 3S2VA 1AL3A 2Q89A 1HSEA 3VDFA 2R6GE 2VP1A 2HCAA 1JQFA 1P1OA 4EDPA 4IO7A 3IJOB 1Q35A 1L5TA 4QSCA 3G3KA 1DSNA 3KSJA 5I2KB 3VV5A 4HCYA 1O64A 2B4LA 2XXHA 1AH5A 1LFGA 1NH8A 3QAXA 4BDLA 3RUMA 2E1SA 3A09A 3WAFA 3PGFA 3EPEA 4EQ7A 1YTVA 1QULA 2Y7WA 2HAVA 2UVHA 4E0XA 5BUUA 4XXUA 3OO8A 1IITA 3LBSA 4OWDA 3MWBA 3K00A 3S9EA 2HEUA 2F78A 4LQ5A 1LLSA 1B40A 3UP9A 4RK2A 2BJJX 3O28A 4MH5A 2LAOA 3U94A 4G68B 1H44A 5FTIA 2ABHA 4R9FA 3MZBA 4OYVA 3FIRA 4YKPA 1MG1A 3QYTA 4K3FA 3FXUA 1US4A 1QVSA 4ND9A 2I48A 5JTYA 1VE4A 4OEVA 2R9JA 3TTKA 1I6QA 2Z22A 4Q30B 1JEVA 4YB7A 3FXRA 4IB2A 3KGCA 3CFZA 5EYFA 3H7MA 2G29A 4M1VA 5L9OA 3VLUA 1O63A 4R73A 3RT8A 2O51A 2NXOA 2H98A 4JSDA 4OXVA 4IO2A 1UTHA 3T22A 2AL5A 4I1DA 1LFIA 4KCCA 3M8UA 5ITOA 3CG3A 1I6AA 3DRIA 3FJMA 3C31A 3BKIB 4NF8A 5JEIA 5DYHA 5AA2A 2DWJA 2XX8A 2ZYMA 4WKMA 1JVYA 1MQGA 4DZ1A 4KPTA 3BFTA 4PFTA 4G8HA 5H8QB 3CIJA 1FTKA 4AQ4A 4ZE8A 4I8CA 2DE4A 1ZLQA 4NF6A 3I6VA 3TPAA 4GL0A 4FEDA 1JW1A 3A3UA 3IX1A 4OQOA 3TMGA 3ECRA 4LP2B 5ITPA 2DVCA 1DOTA 3QUJA 3S9NC 5TU0A 1RYXA 3TDJA 3B6WA 1O7TA 4F1VA 1PBQA 1A40A 3C4MA 2XXYA 3U93A 5L9SA 2HQ0A 3QIMA 3T9VA 3HCQA 2HFBA 1TWYA 2NVUB 2FYIA 3G3JA 2V93A 4FEBA 1PDAA 3IOWA 5CRYA 3C32A 3FVGA 4YAHX 4TLLB 3USDA 4N07A 3K2DA 3T96B 3OELA 3R26A 2ZMBA 2WOPA 1Y3PA 3QXMA 5FHNA 2OLBA 4OFJA 1WDNA 1F9BA 5K2YA 4LQ2A 1NL5A 4DCXA 2QS2A 1IXGA 1FTOA 3TCHA 5CM6A 2ALUA 2B3BA 3LSWA 2PYYA 2D3IA 2PT2A 3LR1A 1LCTA 1B1HA 2E0SA 5F1QA 1JW5A 1SQYA 3KOSA 5B70A 3FVKA 1YAEA 1M5EA 1N3WA 4F22A 3UK4A 3O6GA 4ELOA 3TKDA 1D4NA 3HV1A 3SESA 3LC8A 3JV9A 4KYDA 3MUQA 3SEYA 2F6GA 2XHDA 4LZ7A 4FE8A 2GRVA 3PMWA 4BDOA 3K0VA 5ELVA 1POY1 4RA1A 3HPIA 3CVGA 3KOTA 2XXTA 4ZS9A 4NE4A 2Q9TA 3OO6A 2RC7A 3T9HB 3DELB 4RYAA 1SW2A 5A5XA 2DQVA 3E4RA 4H8JA 3DRGA 5TP9B 4Q0CA 3B6TA 3G3FA 3C33A 4QFNA 3ILTB 1MY4A 3L6HA 2OCUA 4R6YA 4QHQA 1EZ9A 4ESXA 2RCAA 1XOCA 5I84A 2THIA 1ZTYA 1GR2A 1IZ1A 1GGGA 3EHTA 4F3BA 3PV0E 2RINA 3RY3A 3FV1A 1Y4CA 5JTYB 4F1YA 4XKQA 1B46A 1GTKA 4RXLA 2Q88A 4DIGA 1OMPA 2DS9A 2HZLA 1KWHA 1LAXA 1HSJA 3DRFA 3KBRA 3MP6A 2QMWA 3K6XA 4H67A 1MM6A 3O2AA 3U92A 1UIUA 4NMYA 1VR5A 4IGTA 1IIWA 2PT1A 1UTHB 2Y7PA 5TPAB 3RLFE 2AL4A 2QL3A 4BDRA 4DLDA 1TT1A 4NF8B 3PPOA 4RJZA 1D9YA 4IO3A 2ONRA 1MXUA 3G3IA 1BTJA 2WOKA 2UYFA 3PUZE 1R9QA 2XXXA 4PETA 3E13X 4XKRA 4PFUA 3O6IA 3V5AA 5I56A 2DWAA 4NF6B 1WVJA 4H6DA 5AE4A 3U1OA 1ELJA 5M2VA 2V84A 1M5CA 1LSTA 3MZ9A 3E3KA 5DTBA 1LAFE 3BBRA 3VLVA 3DRKA 5KDTA 4LONB 3CFXA 3FVOA 1ZMGA 4QF9A 3K6WA 5I57A 1XVYA 1WODA 4BDNA 2F6PA 4GD5A 3QSLA 5CBRA 4GRKA 2F7BA 4ZZAA 1MQJA 2UXAA 2RCBA 3TQLA 2ZNUA 3SEWA 4G68C 2GH9A 2I0CA 5BWJA 1LAHE 1N7XA 3BFUA 3KFMA 2Y7IA 5HM4B 2ZXTA 2F35A 1B7HA 2ZNSA 3UORA 3OO9A 1FQFA 2XXIA 4GIZA 1N0TA 2V25A 4G8NA 4FATA 3MZ1A 2HAUA 1MPCA 4X1DA 1NMUA 4AB6A 1QKBA 3FJGA 1N76A 2XD2A 1DTGA 4H0WA 3TTLA 1B5HA 3W9WA 4EF2A 1A7LA 2Z8DA 1NH7A 1XT8A 1Z7NE 3C35A 3G3GA 4R2FA 2UVJA 3IO4A 3F11A 3IK6B 4U1OA 3KZGA 3C9HA 3FASA 2XX7A 4P11A 4GFRA 4NEDA 5CMCA 4XIGQ 3V83A 4PQJA 2DXYA 2I4CA 1VSOA 2F34A 4ELRA 2DVZA 3T93B 3EHUA 1XHYA 3UN6A 2ANJA 4EF1A 3HSTA 3TUSA 4GLIA 4YKJA 2ZYNA 4NF4A 4QFLA 1GV8A 2YLNA 2QS3A 5AA2D 2QPQA 3PUXE 4ONYA 4R2BA 3I3VA 4OENA 3W15C 5I2NA 2GFEA 3MQ9A 2Q2AA 1EU8A 3PD8A 1B5IA 4POWA 2F36A 1YPNA 5A5XB 2P1SA 3TQWA 3MC2A 3ODBA 2QRYA 3HHFA 5IKBA 4G4PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FTJA 1ZIUA 1BKAA 1BP5A 1QUJA 1N3XA 4Q5TA 5CMBA 1EZPA 3IFCA 1FQDA 3N6TA 4ISUA 1NI9A 4JVDA 3RTFB 3TYHA 4LZ5A 4U22A 2D5WA 1HSLA 3LSFB 1LFHA 2DWIA 5I59A 1SW1A 2FA7A 3O6HA 2R71A 2REGA 3OEMA 2RC8A 4GVOA 3OMBA 1P1QA 4OESA 3M3FA 1ATGA 2DE3A 3HFUA 4R75A 4QRZA 4OETA 3OSQA 1URSA 1BLFA 1VFEA 5ET7A 5DVJA 2X26A 4JXIA 5T3JA 3TELA 4IGRA 3MAMA 4LATA 4UA8A 5AA3A 4N17A 5L8DA 3RYAA 1SVXB 4OZ9A 1CNQA 4L17A 3SDFA 4X9TA 1MDQA 3EKIA 4HTGA 1RKMA 4I62A 4IO6A 2L5VA 3FXQA 2F7AA 4IO4A 4BDQA 3VVDA 1TXFA 1FSAA 3CSBA 4IO5A 1MXZA 2FHYA 3OO7A 2QJEA 2PFYA 4M4GA 3DM0A 5CI5A 5DVIA 1DPEA 4MCOA 2ZZXA 5IZ1A 3GBAA 1TFDA 4OHNA 4KXPA 5DT6A 4PE5B 4YB5A 3TCGA 4ZZEA 4I9DA 1MXVA 3PPQA 4YMBA 5J16A 4G2ZA 4FJPA 3O6PA 4QFKA 3SEUA 3CSGA 3B6QA 2CZLA 4HW8A 5KDTB 3IR1A 4FIMA 1PBPA 1QUKA 2Q8MA 3FV2A 1J1NA 1MY1A 1D3KA 4XF5A 2XXVA 1LCFA 1MY2A 4F39A 1NKXA 3T1BA 4XKNA 2AYSA 1USYH 2OJTA 3S9LC 2O1MA 4GWYA 4TOZA 3Q29A 3PPRA 2B3FA 4O94A 4PBHA 4PBQA 1ZKBA 4WEDA 2B4MA 1FTMA 3H03A 3R7XA 4XTCQ 4YMAA 1H45A 1I6BA 2H4IA 3GXAA 3MPLA 4N81A 3QUFA 5EHMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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