1VR5A

Crystal structure of oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding (tm1223) from thermotoga maritima at 1.73 a resolution
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
HERNKTLYWGGALWSPPSNWNPFTPWNAVAGTIGLVYEPLFLYDPLNDKFEPWLAEKGEWVSNNEYVLTLRKGLRWQDGVPLTADDVVFTFEIAKKYTGISYSPVWNWLGRIERVDERTLKFVFSDPRYQEWKQMLINTPIVPKHIWENKTEEEVLQAANENPVGSGPYYVESWADDRCVFKKNGNWWGIRELGYDPKPERIVELRVLSNNVAVGMLMKGELDWSNFFLPGVPVLKKAYGIVTWYENAPYMLPANTAGIYINVNKYPLSIPEFRRAMAYAINPEKIVTRAYENMVTAANPAGILPLPGYMKYYPKEVVDKYGFKYDPEMAKKILDELGFKDVNKDGFREDPNGKPFKLTIECPYGWTDWMVSIQSIAEDLVKVGINVEPKYPDYSKYADDLYGGKFDLILNNFTTGVSATIWSYFNGVFYPDAVESEYSYSGNFGKYANPEVETLLDELNRSNDDAKIKEVVAKLSEILLKDLPFIPLWYNGAWFQASEAVWTNWPTEKNPYAVPIGWNGWWQLTGIKTLFGIEAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Protein transport
molecule keywords oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Crystal structure of Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding (TM1223) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.73 A resolution
rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 170
structure length 536
sequence length 536
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 1vr5A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1vr5A01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 1vr5A02
4YMAA 1MPCA 3KSJA 4H5GA 1TFAA 5TU0A 4Q5TA 4POXA 4H1XA 1O64A 3Q25A 1NNFA 3FVOA 2PX1A 3TQLA 5J1DA 1NNPA 3FASA 3CVGA 1Y3NA 1SYHA 4X1DA 3FV1A 1JVYA 3G3GA 4H6DA 1ELJA 5I57A 1MG1A 4XKQA 2Z23A 3T96B 1F9BA 4RA1A 3E3KA 3O28A 3N94A 1I6AA 4Z0IA 1LBCA 1Y20A 1ZBMA 3VLVA 1OQGA 1B05A 1MDP1 1PBPA 3C34A 1OVBA 2KLFA 3IORA 3M3LA 1EU8A 3MBPA 2ALUA 2LAOA 3TTLA 2PVUA 2Q9TA 4R9GA 2O1LA 4Q30B 2ZYKA 2FYIA 5DVFA 4R6HA 1TT1A 2DXRA 3TTRA 4Z7EA 1JW5A 4DE8A 1Y9UA 3AXFA 4WEDA 1POY1 1N7XA 2XXHA 1I6QA 3KJTA 1P1NA 3UGWA 5KDTB 1LFIA 4WEPA 1CE2A 3TYHA 3T9VA 1B7HA 2H99A 3PUVE 4FIMA 4U21A 4OFLA 3EHUA 3PPQA 3O97A 2NWJA 1LAHE 4Q0CA 4PFYA 3HO7A 4IO4A 2X7PA 2Q88A 3BFTA 1IXCA 1QKBA 1SW1A 2E0SA 3U94A 2Z22A 1XOCA 4UACA 3MQ9A 4DCXA 5L9MA 1URGA 2B3BA 3IK6B 4F22A 1O63A 1MM6A 4XKNA 4G68C 1B4ZA 3WAEA 3TZAA 2AL5A 3N6UA 5JK4A 4IO5A 4LQ5A 2E1SA 5CMKA 2WOPA 3ZSFA 1XVXA 1B1HA 1RKMA 3UA8A 4MH5A 1LFHA 2XXVA 1XT8A 2O7UA 3UORA 3PUZE 2Y7KA 5CMBA 5B70A 1PEBA 2XXRA 3EQ1A 5H8SA 3RLFE 3SETA 3G3IA 3GZGA 4OQOA 3E4RA 3TFLA 2O84X 1DMBA 4QF9A 3OO6A 4FATA 3RT6B 3GBBA 5H8QB 1Z7ME 1FTLA 2UXAA 2PYYA 3KFMA 4QFKA 3RPWA 1SI1A 1RYOA 4YKJA 1VSOA 3T9UA 1VE4A 2UVJA 3RQTA 1B4HA 3G3KA 1JVXA 1B40A 4R2FA 4IO2A 3OO9A 1DTZA 2V84A 4X1BA 3RGYA 2HAUA 1PB9A 4X48A 1JETA 1MXYA 1AMFA 4P0IA 4GOTA 4OERA 1P1QA 4HCYA 4YKKA 4F1VA 3N5LA 1M5BA 1QVSA 2RC7A 5KDTA 3KG2A 3I5OA 1MH4A 2THIA 4EUOA 3MVZA 4XIGQ 1FQEA 1B51A 3RYAA 2QSXA 2H98A 3A3CA 1LGBC 4GQOA 1NH7A 4L17A 4RYAA 4OMBA 3FV2A 1GGGA 3DRJA 3U93A 1M5DA 2ZYOA 2F7AA 2VOZA 2IEEA 4R2BA 1PC3A 4I9DA 2IA4A 1NKXA 1TFDA 5HM4B 3EF7A 1DSNA 3C31A 3CI8A 3D4CA 4R73A 3KN8A 3UP9A 4C1TA 4TQUQ 4RK9A 5CMMA 3MP8A 4JXIA 4BLAA 5KZTA 4LUBA 4NF5B 3KGCA 4F19A 4AB6A 2UVIA 3VLUA 1VFEA 5DEXB 1YCJA 4KCDA 5ICTA 1UIUA 3VDFA 4KQPA 3U8QA 5EYFA 2Y7RA 4JB7A 3VFJA 5CC2A 3QIMA 4KR5A 1QULA 3HPIA 3CSBA 2VGQA 3CFLA 4KYSA 5CM6A 1A54A 2H9BA 3USDA 1OLAA 5L9SA 4QFNA 3DLNA 3L6HA 4XXUA 4U22A 5H8QA 3W15C 2RC8A 2O1MA 4LVQA 5K2YA 2Y7PA 2HEUA 1IXIA 3ILUB 4JWXA 1GV8A 2O6AA 3DRIA 3CIJA 2R9JA 3TMGA 1P1OA 4DXUA 3ZKLA 3C33A 1N76A 2RC9A 2WOKA 2UVGA 3KN3A 1ZTYA 1A8FA 3CR9A 3LSFB 4I8CA 3EN3A 4YKPA 3OMBA 4H5FA 4IY5A 3TKDA 3H4ZA 1IIWA 4ONYA 4MLQA 4TOZA 4F31B 4OETA 3V8XB 2DQVA 4YU0A 4GVOA 3FJ7A 1H43A 4U1ZA 2RCAA 4F29A 3GBAA 3TCHA 1D9VA 4K3FA 2AIXA 4XKPA 2OWSA 3QXMA 3O6HA 3Q28A 3E13X 4ZEFA 1H45A 2XD2A 4NE4A 2QMWA 3DM0A 2QS4A 1S50A 5A5XB 3JZJA 3PUWE 3C9HA 3DP6A 2ONRA 4MLVA 4F39A 2H4IA 3Q29A 3H03A 1EZPA 1IEJA 1B7ZA 2DE3A 2QS3A 2YPNA 2XHDA 1NFTA 4NF5A 2P2AA 1A99A 3EPEA 1NL5A 1R1NA 3MWBA 2XXYA 1B3HA 5DEXA 3C32A 1DOTA 3MUQA 4ZE8A 3QUFA 4GXSB 4NWDA 3O29A 1SDXA 3M3FA 1FTJA 2DP8A 3PPRA 3K1MA 4F2QA 4KHZE 2F7BA 3KJ7A 3SESA 3H3GA 5HPQA 1XC1A 3PGFA 4HW8A 2NOOA 3KSXA 3RYBA 3SEVA 2REGA 3TODA 3K1PA 4ELRA 2F78A 2DWHA 2QRYA 2OK2A 2BJJX 3KOSA 5AA2B 1YAEA 1US4A 1MH3A 1BKAA 3MZ9A 2NVUB 2XXWA 3SEWA 4GLIA 1US5A 4N07A 4DCYA 3OSQA 3DRHA 2I3VA 1N7WA 2HXWA 2I0CA 4FE8A 3EHSA 3O66A 2XXQA 1LLSA 1SI0A 4DXCA 3LVUA 1URSA 3VV5A 1N3XA 3KEIA 2ONKE 2VD2A 5DVJA 5TPAB 4G8HA 3OO7A 4NF6B 3QSLA 1POTA 5I56B 3K00A 1S7YA 5I2NB 3PMWA 4NMYA 2B3FA 1SYIA 4G68B 1HSJA 2X7QA 3PU5A 2DWAA 1MQJA 4ELQA 4G8MA 3K6VA 1SW2A 4N6PA 3MVWA 5A5XA 4RXLA 2B65A 3VLWA 3O6IA 1UTHB 1WVJA 2XXUA 3CG1A 1I69A 3FUZA 4KYDA 5FHOA 4BDMA 4ESWA 4OWDA 4P0GA 3R7XA 3V89B 3HV1A 5ITOA 1L5TA 3HN0A 1EZOA 3G3FA 2P1SA 2F7CA 1FQDA 1YPNA 1D3KA 1Q1KA 1A7LA 4JWYA 2V3UA 2ZMBA 3SERA 1N04A 4IO3A 5FHNA 2DWIA 4KI0E 4F2OA 1M5EA 4P11A 1B58A 1I6BA 3DP4A 4PQJA 3T66A 1H44A 4XTCQ 2ANJA 1SW5A 4G4PA 4KD5A 1MXUA 4LZ5A 4NF4B 3ONMA 4H0WA 3VXCA 1USYE 3ECRA 4QFLA 5AA2A 4OXVA 1N0TA 3B6WA 2GH9A 3B6QA 4IY6A 3PD9A 4DDDA 3OEMA 2ONSA 4WXJA 5CMCA 3K01A 2I4BA 2FNCA 2QL3A 4YKIA 1B5JA 3K6WA 3DELB 1II5A 3E9XA 4IGRA 3FTOA 3RTWB 2B4LA 4YB7A 4RY1A 3VE1B 4ESXA 4FAJA 4FECA 2V93A 4ZZEA 3OELA 3FVKA 3TTKA 2PBWA 3LSXA 1JW1A 3Q26A 3H6WA 4RPNA 5TPAA 3TELA 4NF6A 5EHSA 2H5YA 5I56A 2X26A 1ZKBA 5I2NA 3OO8A 3M8UA 1DTGA 4G68A 3PMVA 3RY3A 4QSEA 1B6HA 3OENA 1Y3PA 3V83A 3M3KA 2Z8DA 3H6UA 1QJMA 3W9VA 1AIVA 1P1UA 3TCGA 1O7TA 4YB6A 1Y4TA 1USYH 1UTHA 4MF3A 4GFRA 2F6GA 4JDFA 2DXYA 3SEYA 1R6ZA 5IAIA 4GF8A 3BFUA 4BDNA 2O7IA 4BDRA 1MY1A 1TXFA 3N26A 4OFJA 4X9TA 4R6YA 1B9JA 2ZYMA 1GR2A 3K1NA 5K2XA 4U4XA 1D4NA 2O69A 3TUSA 1HSEA 1B46A 3DRGA 3V5AA 4IB2A 3MZ1A 3B6TA 1MXWA 2VP1A 2QPQA 4U2RA 4PFWA 2Y7IA 5ELVA 1P1WA 1FQCA 1EH3A 4XKRA 1BIYA 2Z8EA 2OCUA 4NF4A 1MQDA 3BBRA 1LAGE 4R74A 3UN6A 1OLCA 1B0HA 3A3UA 2VD3A 1JW4A 2V25A 3O9PA 2ZNSA 4DZ1A 5AA2D 4C1UA 3SKPA 3H6VA 1LFGA 1AH5A 1MM7A 5TP9B 2VHAA 3K4UA 1FW0A 2Q89A 2DE4A 4NF8B 2I4CA 2F97A 1IQ7A 3LSLA 3SDFA 4GL8A 3IJXB 1MXZA 4DIGA 4ZDMA 4EXLA 4LZ8A 3LBSA 3VVDA 2O51A 5IKBA 3TEPA 3LR1A 1LSTA 2FA7A 2UYEA 3D4GA 4H8JA 4ZEIA 2ZNUA 3B7DA 1NNKA 3FIRA 4ELPA 2AL4A 2GHBA 1IZ1A 4O3CA 1JEUA 3S9NC 1QW0A 2A5TB 4JWOA 1XVYA 4M1VA 5AA4B 5BWJA 1OMPA 1KWHA 4RJZA 1ZIUA 4TLMB 1NNTA 2DYXA 4O3AA 3G3HA 3G3JA 1FQFA 2DVCA 4U1OA 2HAVA 2PMSA 1AOVA 2F35A 2QMXA 4ZEBA 3FJMA 1N3WA 4OHNA 4JBZA 4UA8A 5M2VA 3IOTA 2Z8FA 1BLFA 3DP8A 2XXIA 1TWYA 3R26A 2F8DA 1DPEA 3FZVA 2D3IA 1N84A 5H8FB 2OZZA 3ZKKA 4MBPA 1MPDA 1MQHA 1SQYA 3Q27A 3MVXA 2I49A 1LAXA 5DTBA 3JV9A 1ANFA 1BTJA 2O68A 1MY0A 4NEDA 3FVGA 1MXVA 3IAZA 4F3BA 3TCFA 1Y4CA 3H06B 1QUKA 1PB7A 3THIA 4N13A 1MPBA 1S9TA 5TP9A 3VXBA 2P0SA 1MS7A 4NF8A 1GTKA 5HBCA 1DPPA 3UIFA 1IXGA 3RT8A 4I1DA 1QUJA 1OVTA 4IGTA 3PPPA 1Z7NE 3ODBA 1P99A 2GRVA 1MDQA 4WKMA 3G7WA 3FJGA 4EF1A 3L6GA 4G8NA 3O6PA 1FQAA 4ZEKA 1QKAA 3IOVA 2R6GE 2UVHA 3QUJA 3IR1A 4QSDA 4LP2B 4R75A 3RUMA 2A5TA 2YJPA 3IOUA 4KFQA 5CI5A 4ZE9A 3GLBA 4U23A 3IB2A 2I6EA 1B3FA 1ZMGA 3MW0A 1CB6A 2ZYNA 5AA4A 1UQWA 4OFOA 1MQIA 3MJNA 4PFTA 2HZLA 5DT6A 4EF2A 4QFOA 3H7MA 1B3EA 1ZLQA 2XX7A 3MPLA 4G2ZA 5ITPA 3CG3A 1JEVA 3OSRA 2W7YA 2H25A 5CRYA 3TDJA 3PD8A 4HS7A 1FTMA 1JNFA 2V3QA 3U1OA 4Q8RA 1H76A 3FGSA 3SEUA 4EDPA 3BKIB 5EHMA 5JEIA 1URDA 1ATGA 1NH8A 4OENA 1B32A 4OZ9A 4LA9A 3WAFA 4YB5A 1B2HA 2M8CA 4F3GA 3MP6A 5H8FA 3QK6A 5ISUA 3T9XB 3MZBA 3IB0A 4F1YA 1QUIA 3W9WA 3GXAA 3K0VA 4RPOA 4C0RA 4O3BA 3OXNA 2V3TA 2XX8A 4OVJA 2G29A 4I62A 1MY3A 3ILTB 2YLNA 1LCTA 5LOMA 2OWTA 5DYHA 4FEBA 4THIA 4OESA 2DWJA 3OOAA 4MFIA 1SBPA 1B1XA 4DXBA 3RTFB 1MRPA 2A5SA 1GVCA 2I0BA 3S2VA 5H8HB 2DVZA 1T0KA 2ZXTA 1MXXA 3PPNA 3TTMA 4EXKA 3C4MA 3H6TA 4ISUA 4PP0A 3FATA 1LAFE 2CMOA 4HCWA 1VR5A 4OEUA 4JSOA 4ND9A 4IO7A 5CBRA 4ELOA 2DSFA 4NWCA 3I6VA 5ICQA 4ZECA 1IXHA 2UYFA 3U92A 4R72A 1M5FA 2ESNA 3PMXA 4IO6A 1B0LA 1R9LA 3QAXA 3CRBA 4GD5A 2F36A 3T9HB 3OEKA 2REJA 1FQBA 4BDOA 2D5WA 2Q2AA 4FORA 3LC8A 3SEXA 4FJPA 5I59B 3KZGA 2B4MA 3O2AA 1B3GA 4PE5B 2PT1A 3K2DA 1XHYA 5BUUA 1UTBB 4GWOA 1OQHA 4E0WA 1SVXB 1YTVA 1Y1MA 1MY2A 3PPOA 2XX9A 4U4SA 2WOLA 3C35A 3IO4A 5H8NB 2Q2CA 3VVEA 4YAHX 5I58B 4AB5A 3IB1A 4E0XA 1LCFA 1UIVA 2PT2A 1D9YA 2RINA 3DRFA 1MQGA 4HTGA 4YZZA 3CFZA 3KN7A 3PUXE 1B5HA 3MVYA 3DRKA 4PETA 3K02A 1OIBA 4BDLA 3EHTA 3OD7A 1LB8A 2RF1A 3HHFA 2DOJA 2D21A 1IUDA 4QFPA 4LONB 4F3SA 4OEVA 1MY4A 4F3PA 4YMBA 3TAJA 3R6UA 5F7VA 2NXOA 4GL0A 2HCAA 5FTHA 5AA3A 1IITA 3T22A 4F1UA 5I84A 4NTLA 5JTYB 2XD3A 2GHAA 4EQBA 1M5CA 2F34A 4QSCA 5H8HA 4H65A 2AYSA 5FTIA 1NMUA 1PDAA 5KCJB 4OYVA 4QRZA 4F18A 2HFBA 4KPTA 4M4GA 3TPAA 1FTKA 3MPKA 2DS9A 3CSGA 5I2KB 3MC2A 2NUVA 4QHQA 1FCKA 1JQFA 4POWA 1Y1ZA 2I58A 1PB8A 3IO6A 5DVIA 4RNSA 4JSDA 1LB9A 1LBBA 1BP5A 3HHGA 5L9OA 2R71A 3F11A 4DLDA 4AQ4A 3FXQA 4KYEA 4FEDA 5F1QA 4OTEA 3PAMA 4PFUA 1SW4A 4GRKA 3RN8A 5I59A 1PBQA 2RKMA 2HQ0A 3FXRA 2OJTA 1ZJLA 1B7UA 3IL1B 2OLBA 1UTBA 4KCCA 5I57B 3S9MC 1B5IA 2F5XA 3C36A 4TLLB 3PUYE 2XXTA 2ZNTA 2F6PA 4R6KA 4BDQA 5H8NA 3TTNA 4LZ7A 3KOTA 4GXAA 5I58A 3FVNA 4ZZAA 1ZU0A 1SD3A 4R9FA 2CZLA 1WODA 3O6GA 3U72A 3HSTA 2GFEA 3ZS6A 5FHMA 4ZS9A 4GIZA 1B3LA 1R9QA 3HCQA 5AA1A 3QYTA 3MP1A 2RCBA 2QS1A 1XS5A 3FD3A 1H3DA 5JTYA 1A55A 4YICA 3K6UA 4EQ7A 2I3WA 4EQ9A 3LSWA 2G93A 3CHGA 1RYXA 1AL3A 3A09A 3IX1A 3S4UA 3N6TA 3KBRA 4ECFA 4LATA 1Q35A 5KCJA 2XXXA 1EZ9A 3VVFA 4H67A 1FTOA 2WKYA 1B52A 5AE4A 5L8DA 1VFDA 2QS2A 5I2KA 1J1NA 3P7IA 1Y3QA 2Y7WA 2ABHA 3PV0E 3S9LC 3IJOB 3IOWA 3FXUA 3JYRA 3LUYA 3TQWA 3T93B 2DE2A 2Y84A 3K6XA 2QJEA 2I48A 1WDNA 4H8IA 4LQ2A 2HZKA 4G77A 1A40A 2Q8JA 3RNNA 5CBSA 3S9EA 3UK4A 1A8EA 3CFXA 2XXPA 3MAMA 1HSLA 4RK2A 4ZEDA 5B7DA 3I3VA 2OBGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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