3VLVA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding ptotein algq1 in complex with unsaturated triguluronate
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYEQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords AlgQ1
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
source organism Sphingomonas sp.
total genus 183
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA02
1LAHE 3O6HA 4KR5A 1P99A 1DSNA 3Q25A 2XXXA 4XKRA 1USYE 1BLFA 4HCYA 3SETA 2O1LA 5DVFA 1JVXA 4RK2A 3SEWA 3IJOB 4IO7A 4G77A 1L5TA 3MZ9A 4NWCA 5H8QB 1B7ZA 1MY3A 1MXXA 1BIYA 2O84X 5TP9A 3Q28A 3LSXA 4G68A 3IOVA 4DZ1A 1TXFA 5DTBA 1SW4A 2ZMBA 3H6WA 5CMKA 4G2ZA 1CB6A 3GLBA 4EUOA 3VVEA 2XXIA 1OQGA 2B65A 2GH9A 4JWXA 3TMGA 1Y9UA 1GVCA 2ONSA 2DQVA 3V5AA 1UTBB 1QVSA 3GBBA 3MJNA 1A7LA 2DE2A 5AA4B 4QSCA 5H8HA 4QRZA 1MY0A 3K6UA 2DYXA 4X9TA 2G93A 1Q1KA 2UVIA 3MVYA 4E0XA 1D3KA 1FTOA 2ZNTA 1QULA 4JSOA 2ABHA 2DE4A 3H03A 2QL3A 2F5XA 1B05A 3MZ1A 5CC2A 1XVYA 4GLIA 4ELOA 3OO6A 2F6GA 1RYOA 3BFUA 3FV2A 5CM6A 3ZKLA 2NWJA 2VHAA 3TODA 1SW5A 3IR1A 4LZ8A 1BTJA 4ESXA 1RYXA 3E13X 3MUQA 1WODA 1SVXB 1O63A 4G68C 3RTWB 1P1UA 3TTLA 1TFAA 1MDQA 1PB9A 3QUFA 3MPLA 5ICQA 3KJTA 4OVJA 4XTCQ 2ALUA 4H6DA 3FJMA 4Z0IA 1F9BA 1NH7A 1PC3A 3G3KA 4IO2A 2F34A 3HCQA 1Y3PA 3OSRA 4YU0A 5I2NA 1HSEA 1JVYA 5BWJA 2Q88A 2V93A 2O1MA 3MPKA 2QS1A 2F7AA 3TTMA 1JW4A 3FZVA 3DP6A 1IZ1A 1GTKA 4TQUQ 2AIXA 4OERA 1URSA 3U1OA 1B1XA 1OVBA 2RC9A 5I56B 5JK4A 3ZSFA 1NH8A 2F35A 5LOMA 3K1NA 4IY5A 4IGRA 3OSQA 3OO8A 1A8EA 2O68A 5B7DA 1US5A 4R72A 3H7MA 2PT1A 1ZLQA 4KQPA 1B58A 3C32A 4ND9A 4JWOA 1B5HA 4YB6A 4G68B 1MY1A 1P1WA 3PGFA 5L9SA 1NFTA 2FNCA 4LA9A 4IO6A 4GF8A 3O6GA 2V3UA 3K0VA 4ZE9A 3UN6A 3VV5A 1DOTA 5CI5A 4QF9A 3V8XB 3R26A 3RY3A 2I48A 4FE8A 3IO4A 3G3HA 4BDLA 4KPTA 1MH3A 2DVZA 2QS2A 1P1QA 2I58A 3OXNA 1A54A 3OO7A 5FTIA 1QKBA 4FECA 3CVGA 2GHAA 5K2YA 2ZYMA 1B3LA 2QPQA 1MXUA 4OETA 4IY6A 1DMBA 3HO7A 4Q8RA 2QSXA 5HPQA 3UA8A 1LCTA 3ZKKA 2AL5A 4PQJA 1I6AA 4WEPA 3S4UA 1M5EA 2DXRA 1UQWA 1B3GA 4YB5A 2XHDA 4ZDMA 1A8FA 1JQFA 3CFLA 3K2DA 4RPNA 3T9UA 4OFJA 1Y3QA 3RPWA 3G7WA 1PB7A 2HFBA 2HCAA 5CMMA 3L6GA 2HEUA 3FVKA 1FTJA 4LONB 4NWDA 3TAJA 5IAIA 4AB6A 3U72A 3EHTA 3FXQA 3IK6B 1I69A 4MFIA 2REJA 4UACA 2Z8FA 1D9YA 3Q29A 1S7YA 4XIGQ 4ESWA 4EDPA 1KWHA 4F3GA 2UVHA 2OBGA 1VFEA 2XXVA 1LSTA 5I2NB 1EZPA 4NF4B 1IITA 2RC8A 2HZKA 1JEUA 1JEVA 1RKMA 2D21A 4P0IA 1B6HA 4HTGA 1FCKA 3MVWA 4GOTA 2XXTA 1M5BA 3OD7A 1B52A 3O29A 4YKPA 3FD3A 4HCWA 1FTKA 2ONRA 5I59A 4ZS9A 2XXPA 3IORA 3TCFA 5FTHA 3TZAA 4DLDA 3K00A 5EYFA 2NVUB 2R9JA 1NL5A 4G8MA 1O64A 2PX1A 4ZE8A 3SESA 1J1NA 3S9EA 1NNPA 4POXA 1DPPA 1PDAA 5A5XA 1B3EA 3USDA 1QW0A 4F1VA 3HHGA 3UORA 2PBWA 4XKQA 4F18A 3G3IA 3ILUB 3PPNA 1N04A 3ZS6A 4LVQA 3RN8A 4OTEA 3PUYE 1ZIUA 4KHZE 4KCDA 1DPEA 4KI0E 1PB8A 1Y4CA 4R2BA 2V84A 4IO3A 1B3FA 2Y7KA 3B6TA 2Z22A 3T9VA 3T93B 4OYVA 1QJMA 5AA1A 2DS9A 4LQ2A 4EQ7A 2XXWA 2R71A 2V25A 1UIVA 2YPNA 3LUYA 1B32A 1NNKA 3KN7A 4U1OA 3FUZA 1B0LA 3T9XB 4NF6A 4LP2B 3IX1A 4F2OA 3THIA 2UXAA 1SI0A 4IO5A 2ZYNA 4PFYA 5AA2A 4G4PA 4BDQA 2OK2A 4U2RA 4C1UA 3FATA 2HAVA 1S50A 4GD5A 5I56A 1OIBA 3BKIB 4RYAA 1MRPA 2ZYOA 3LC8A 5L8DA 3GXAA 3K6VA 3FASA 3TFLA 1N3WA 1FQFA 3CSBA 4MF3A 1M5CA 1EZOA 2ESNA 4YZZA 3ILTB 2OJTA 1MY4A 2P1SA 1FQCA 4H8IA 4YAHX 3Q27A 4X1DA 1GR2A 1Z7ME 1JW5A 3H3GA 2ZNUA 3OENA 3OMBA 2DE3A 4EQ9A 3TCGA 3RLFE 2QMXA 3UK4A 1H3DA 4OEVA 2DOJA 3MZBA 2E0SA 1A99A 4WEDA 2F6PA 3LR1A 2D5WA 2M8CA 4I1DA 5H8SA 1S9TA 3T66A 4F2QA 3HV1A 3M8UA 1SDXA 4OHNA 2YJPA 3IB0A 4DXUA 3PD9A 3MP1A 5I59B 1ZMGA 3V83A 5L9OA 2RKMA 3RT6B 4R6YA 3T22A 3IAZA 3KZGA 4U21A 3QSLA 2NUVA 4H5FA 4R73A 1IEJA 5A5XB 2OCUA 1R6ZA 4TOZA 4PFUA 3IO6A 3KFMA 2I0CA 2XX8A 4NF8B 4BLAA 3B7DA 1Y20A 1IXIA 1D9VA 3VLUA 3C4MA 4NMYA 3O28A 3T96B 3RT8A 4N6PA 3VDFA 1SW1A 3S9LC 1YCJA 2OWTA 2I4CA 3CI8A 1NMUA 2KLFA 4H1XA 3FVOA 3PUXE 1MXZA 2FYIA 1TT1A 2LAOA 2O51A 1GV8A 1IUDA 4R2FA 5EHSA 2Y84A 1NNFA 1XVXA 2I3WA 4ISUA 5ITPA 4HS7A 4L17A 1N84A 5TPAA 1LAFE 2F7CA 1TFDA 4AQ4A 1B5JA 1XOCA 1OLCA 2G29A 4XKPA 3CG3A 3MQ9A 4U1ZA 2OLBA 1JW1A 2DXYA 4HW8A 1LBCA 3T9HB 4NF5A 4EXKA 3U8QA 3KEIA 4O3CA 4NF4A 3FVGA 1IXHA 1TWYA 4NF6B 4EF2A 1B4ZA 5I2KA 4JXIA 4KYDA 2DWJA 4ELRA 5AA2B 4H8JA 1B46A 5HBCA 4PETA 1N7WA 1POY1 2BJJX 1FQDA 2Q2AA 4FIMA 1ZJLA 2REGA 3VE1B 4ZECA 3OEMA 4DDDA 3N5LA 2Y7PA 2H98A 1MM6A 5CBRA 3D4CA 1MH4A 5KCJB 3C9HA 4Q30B 4F3PA 2XD2A 5H8NB 4FAJA 3DP8A 1URDA 5B70A 4M1VA 3H6VA 4FEDA 1I6QA 2PMSA 3I5OA 5ELVA 2GRVA 1B5IA 3B6QA 3PV0E 3PUWE 1N3XA 5AA2D 1NNTA 2H9BA 3TPAA 1MXYA 1B4HA 5CMCA 1LFIA 5ITOA 3K4UA 4QFNA 4ELPA 4N13A 2XD3A 5F7VA 3LSFB 1YTVA 2UYFA 3I6VA 3FV1A 4KCCA 4R75A 2VD3A 3PMVA 3W9VA 3I3VA 2DVCA 2UVGA 3FJ7A 1DTZA 2E1SA 2THIA 1MY2A 1OQHA 3A3CA 4LZ7A 3KJ7A 5L9MA 1ANFA 3O6IA 1H45A 3JV9A 1VFDA 3MW0A 1USYH 3TYHA 5IKBA 3H6TA 2F7BA 2RINA 3VVDA 2NOOA 3OEKA 1Y1ZA 2W7YA 4RY1A 3IB2A 3UP9A 3PMWA 1Y1MA 4DCXA 2VOZA 3PPQA 5I58A 1QUJA 4KYSA 2AYSA 5I57A 3C31A 4LZ5A 5TPAB 1QKAA 4R74A 4R6KA 2O69A 2QMWA 1SYIA 4WXJA 3FGSA 3RNNA 4I8CA 3WAFA 4NF5B 4E0WA 5ISUA 1N0TA 4IO4A 3SEVA 2X7PA 3LSLA 4QSEA 4FORA 4MLQA 3TELA 3IOUA 1O7TA 3SKPA 2I6EA 4QFPA 2RF1A 3CR9A 4IGTA 1DTGA 4GL0A 5I2KB 2RC7A 2Y7RA 2F36A 5EHMA 5FHOA 1B1HA 4QSDA 1AMFA 3MVZA 2A5SA 3SEUA 1R9LA 1UIUA 1MM7A 3M3FA 1WDNA 3C36A 2Q2CA 1B7HA 4F3SA 4X1BA 3HPIA 3L6HA 4THIA 4AB5A 3G3GA 3TQWA 3QK6A 3IJXB 5HM4B 1B3HA 4NF8A 4JB7A 5BUUA 3RGYA 3TKDA 3C35A 1MQDA 2HQ0A 1IXCA 2P0SA 3QUJA 1URGA 2XX9A 3EQ1A 3F11A 4WKMA 3ONMA 5AA3A 3M3LA 4MLVA 4O3AA 3P7IA 2RCBA 1FQAA 3KN8A 3VLVA 1MDP1 2A5TA 2FA7A 1B51A 4JBZA 1ELJA 3EPEA 5KZTA 3HSTA 4FJPA 1D4NA 2OWSA 4K3FA 4LUBA 4RA1A 1PBQA 4QFLA 3UGWA 2H4IA 3TTKA 1Q35A 3ECRA 1MXVA 2H99A 2IEEA 1UTHB 5F1QA 5AE4A 4U22A 2XXUA 4GVOA 2B3BA 4F1UA 4DXBA 4C1TA 3S9NC 4M4GA 1XHYA 1HSJA 1PBPA 1EZ9A 3VXCA 1IXGA 2HAUA 4JSDA 4BDMA 2UVJA 3G3JA 5M2VA 3OELA 4P0GA 4ZZAA 2H5YA 3Q26A 3EHSA 2I0BA 1LAGE 4X48A 1LFGA 2O7UA 3SEYA 3VLWA 4EXLA 2Q89A 1SQYA 2DWHA 1JETA 5KCJA 5I58B 4OFLA 5I57B 3PU5A 2Z8EA 1ATGA 5H8NA 4FATA 2QJEA 2Y7IA 1FTMA 3EHUA 4LATA 1YAEA 1II5A 4ZEIA 1JNFA 1MPDA 3W9WA 4I62A 3R7XA 3K6WA 5DVJA 4JWYA 3DM0A 3SERA 4GXAA 4Q5TA 2DP8A 4G8HA 4XKNA 4YB7A 4NEDA 4PFWA 1HSLA 4YKKA 2ZNSA 1AH5A 3TEPA 1T0KA 4F19A 3QYTA 1B0HA 1WVJA 1P1NA 5CBSA 4TLLB 4PE5B 4C0RA 3EF7A 1LB9A 5JEIA 1EH3A 3O66A 1OLAA 4JDFA 1BKAA 4NE4A 4U4XA 3N26A 1GGGA 3AXFA 3D4GA 1LAXA 3IOWA 2PVUA 4GRKA 1NKXA 1MQGA 3C34A 1A55A 3KG2A 4EQBA 4POWA 2A5TB 4ZZEA 4F3BA 1N76A 1CE2A 3GZGA 3QAXA 4FEBA 4QFOA 1M5DA 4H0WA 3S9MC 3PMXA 4GXSB 4R9FA 1LBBA 4F39A 2R6GE 4YMBA 5CMBA 2Z23A 1QUIA 3TQLA 4GIZA 1SI1A 5FHMA 1IIWA 1R9QA 4F1YA 2Q8JA 4YKIA 1LGBC 3SDFA 2HZLA 3QXMA 2P2AA 2XXYA 4OWDA 1AL3A 4G8NA 3MP8A 2XX7A 4ONYA 4BDNA 3FXRA 3KOSA 4F29A 4H5GA 3MWBA 1LFHA 3RQTA 1OVTA 3K01A 4U4SA 4NTLA 2D3IA 3SEXA 4XXUA 5FHNA 3CRBA 3E3KA 2O6AA 4QHQA 1Z7NE 4ZEDA 1M5FA 3DLNA 4I9DA 3H06B 3C33A 2ZYKA 2CZLA 3H4ZA 4DE8A 2X26A 2YLNA 3E9XA 4Q0CA 3JZJA 1MG1A 1ZBMA 4GL8A 1H76A 1OMPA 1N7XA 1US4A 1FQBA 5DT6A 1AOVA 4MBPA 1MPCA 1MQIA 4OMBA 3DP4A 4BDOA 5ICTA 1H44A 1B2HA 4OZ9A 3E4RA 2QRYA 5KDTA 4P11A 1FQEA 3IOTA 5TP9B 4OESA 4ELQA 4F22A 4GQOA 5J1DA 5K2XA 3FXUA 2I49A 1B7UA 4TLMB 5DEXA 3KN3A 3FIRA 3OOAA 5H8FA 4RK9A 2VD2A 4EF1A 1MQHA 3G3FA 3K02A 3KBRA 1PEBA 3MVXA 5JTYA 2OZZA 1FTLA 4OENA 3N94A 3O97A 1A40A 2GFEA 3PUVE 1UTHA 2Z8DA 5I84A 2XXRA 5H8HB 2V3TA 4DIGA 2B3FA 3M3KA 1XC1A 3TTRA 2X7QA 1LLSA 2Y7WA 4UA8A 1SBPA 1VE4A 4DXCA 2UYEA 4YMAA 3GBAA 3HHFA 5CRYA 2V3QA 1AIVA 3RUMA 3B6WA 3JYRA 2H25A 3BFTA 2RCAA 5DVIA 4F31B 4RJZA 4KFQA 3UIFA 4RPOA 2HXWA 1I6BA 1FW0A 2DWAA 2XXQA 3TUSA 3OO9A 2CMOA 3KOTA 3KGCA 2VGQA 1B40A 3BBRA 1EU8A 4LQ5A 3V89B 4DCYA 5H8QA 3PD8A 3H6UA 3FJGA 2I3VA 3CIJA 3TTNA 4H67A 3O2AA 2F8DA 3N6UA 3PPPA 3TDJA 1MPBA 3CFZA 2XXHA 1VSOA 3A09A 3IB1A 1BP5A 1ZTYA 1POTA 2VP1A 3CFXA 4MH5A 3W15C 1UTBA 3N6TA 5AA4A 3VFJA 3LBSA 4RXLA 1QUKA 4N07A 1VR5A 3KSXA 3DELB 1SYHA 4H65A 3PPOA 2PYYA 1ZU0A 4R6HA 2ONKE 3QIMA 3RTFB 3O9PA 2PT2A 1XT8A 2I4BA 3K1MA 2DWIA 3U92A 2QS3A 4ZEBA 4O3BA 4GFRA 3FVNA 4ZEKA 4KD5A 4PFTA 3PPRA 3MAMA 3U93A 1MQJA 2NXOA 4PP0A 4OEUA 4ZEFA 1LCFA 1IQ7A 3VVFA 2GHBA 1SW2A 5KDTB 4RNSA 1Y3NA 4R9GA 3S2VA 2IA4A 4IB2A 4OXVA 2ZXTA 2DSFA 5DEXB 1MS7A 1ZKBA 3U94A 2QS4A 5H8FB 3R6UA 4YICA 1P1OA 4ECFA 5JTYB 1R1NA 5DYHA 3VXBA 3PUZE 4YKJA 3WAEA 1Y4TA 3TCHA 3K1PA 1H43A 3MC2A 5TU0A 3ODBA 2Q9TA 3HN0A 4QFKA 4OFOA 2F78A 3KSJA 3EN3A 3MBPA 4Z7EA 3CSGA 1XS5A 3K6XA 2WKYA 1B9JA 2ANJA 3A3UA 4OQOA 2O7IA 4KYEA 1LB8A 4GWOA 3CG1A 3MP6A 1YPNA 4BDRA 3IL1B 2AL4A 1SD3A 1MXWA 4U23A 2F97A 3LSWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LAHE 3O6HA 3IFCA 4KR5A 4N91A 1P99A 1DSNA 3Q25A 2XXXA 5EYGA 4XKRA 1USYE 1BLFA 4HCYA 3SETA 2O1LA 5DVFA 4OA4A 1JVXA 4RK2A 3SEWA 3IJOB 4IO7A 4UABA 4N15A 4G77A 1L5TA 3KBZA 4MJOA 3MZ9A 4NWCA 5H8QB 1B7ZA 1MY3A 1MXXA 1BIYA 2O84X 5TP9A 3Q28A 3LSXA 4G68A 1FPDA 3IOVA 4DZ1A 1JP4A 1TXFA 5DTBA 3GYYA 1SW4A 2ZMBA 4AS4A 3H6WA 5CMKA 4GWSA 4G2ZA 1CB6A 3GLBA 4EUOA 3VVEA 2XXIA 1OQGA 2B65A 2GH9A 4JWXA 3TMGA 3FBPA 1Y9UA 1GVCA 2ONSA 2DQVA 3V5AA 1UTBB 1QVSA 3GBBA 3MJNA 1A7LA 2DE2A 5AA4B 4N6KA 4GWXA 4QSCA 5H8HA 4H46A 3PTYA 4QRZA 1MY0A 3K6UA 2DYXA 4X9TA 2G93A 2DDKA 1Q1KA 2UVIA 3MVYA 4E0XA 1D3KA 1FTOA 2ZNTA 1QULA 4JSOA 2ABHA 2DE4A 3H03A 2QL3A 2F5XA 1B05A 3MZ1A 4PE3A 5CC2A 1XVYA 4GLIA 4ELOA 3OO6A 2F6GA 1RYOA 5IM2A 3BFUA 3FV2A 5CM6A 3ZKLA 2NWJA 3SZPA 2VHAA 3TODA 1SW5A 3IR1A 3E78A 4LZ8A 1BTJA 1IMEA 5ET6A 4ESXA 1RYXA 3E13X 3MUQA 1WODA 1SVXB 1O63A 4G68C 4NHBA 3RTWB 1P1UA 3TTLA 1TFAA 5EQ9A 5IGAA 1MDQA 1PB9A 3QUFA 3MPLA 4HE0A 5ICQA 3KJTA 4OVJA 4XTCQ 2ALUA 4H6DA 3FJMA 2OX3A 4Z0IA 1F9BA 1NH7A 1PC3A 3G3KA 4IO2A 2F34A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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