3VLVA

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding ptotein algq1 in complex with unsaturated triguluronate
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
490
structure length
489
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYEQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Recognition of heteropolysaccharide alginate by periplasmic solute-binding proteins of a bacterial ABC transporter
pubmed doi rcsb
molecule keywords AlgQ1
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas sp.
total genus 183
structure length 489
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vlvA02
1B32A 3MZ1A 1USYE 1AMFA 4R75A 4RYAA 2VHAA 4ELPA 3HN0A 2PVUA 4QFNA 2I4CA 1AH5A 3VLVA 1TT1A 1XS5A 1MM7A 3H06B 3VLWA 2OLBA 3TTMA 3OELA 2UVIA 1D9YA 4MLQA 2RINA 5L9MA 4KCDA 3RQTA 3OMBA 4OHNA 3SEWA 4DCYA 4GLIA 5KCJB 1FQCA 1O7TA 4G77A 3LSWA 3RGYA 2WKYA 2DE3A 3M8UA 4ZEKA 2VD2A 1MS7A 1EH3A 1MY3A 4GRKA 5I2KB 3S9MC 3RY3A 4I1DA 3IOUA 4JSDA 4U22A 3WAFA 3TQLA 4NMYA 1N84A 1MXXA 5A5XB 4HW8A 1SVXB 3VLUA 2D21A 3FVKA 3N6UA 1SW2A 2XXYA 3A3CA 2PT2A 1EZOA 5ITOA 2DE4A 3MC2A 1JVXA 1GR2A 2P2AA 3TZAA 4EQ9A 3I5OA 1EU8A 1AL3A 5CI5A 3OEMA 1DPEA 2RKMA 3MAMA 2CZLA 1SD3A 4I8CA 2O7IA 3RTWB 1YAEA 2PX1A 1N7XA 3H6TA 1Y1ZA 2Q89A 4PFUA 4DIGA 4K3FA 1MQJA 2V3TA 2ZNSA 4ZEDA 2X26A 1EZPA 2O51A 2AIXA 1J1NA 1LB8A 4QFOA 3TAJA 1URSA 4BLAA 1B9JA 3RN8A 3IL1B 3E3KA 5KCJA 3IO4A 2Z8FA 3ZKKA 3PUZE 3Q29A 4H0WA 3OO6A 1Z7ME 4ZS9A 3WAEA 1D4NA 2LAOA 3U93A 1IZ1A 3TDJA 2Y7KA 3TCGA 3MP8A 4EUOA 3T96B 3JV9A 2OJTA 2I0BA 5I2KA 3TTLA 1FTOA 1IEJA 4C1TA 1POY1 1FTMA 1ZIUA 1XHYA 4YB5A 1Q35A 1QUKA 1B2HA 4ELOA 3FZVA 5H8QA 5CRYA 3PUXE 5A5XA 3C36A 1SYIA 4L17A 3PPRA 1T0KA 1ATGA 4RPNA 3C33A 2HZKA 3PD8A 1R9QA 2PBWA 3ECRA 3GLBA 3MBPA 3W15C 3Q27A 1P1OA 3U92A 1MXVA 3LC8A 3UGWA 2XXQA 1IXGA 4NF4B 1II5A 5L9OA 3N6TA 3VVFA 2Q8JA 4LQ5A 3MVXA 3C4MA 2THIA 2DXRA 1A55A 1OMPA 1NNPA 4DZ1A 3QUJA 3ODBA 1P99A 4Q5TA 1SW5A 4MH5A 2F97A 5ELVA 4ESXA 3LBSA 2ONKE 3L6HA 1MH4A 3QIMA 5IAIA 1LGBC 1B0LA 3MP1A 3R26A 4F3BA 3DLNA 4RY1A 3OSQA 2ALUA 2H4IA 4LA9A 1MQIA 2BJJX 2O7UA 1USYH 1B7ZA 2UYFA 2AL5A 4G2ZA 1Y3NA 3CSGA 4U1OA 5H8FB 4IGTA 4YAHX 4IGRA 3TELA 2Z8EA 4C1UA 1BTJA 3Q25A 4LVQA 4Z7EA 3K01A 4HCWA 2ZXTA 3PUWE 4MF3A 4RK2A 5AA2D 4RK9A 4OFLA 1Z7NE 4YKPA 4OESA 4MBPA 1UIVA 1M5CA 4EXLA 5FHNA 4F1VA 1UTBB 2V25A 2I48A 1XT8A 4PE5B 4QSCA 4KPTA 2Q9TA 3B6QA 2GHBA 2KLFA 4LATA 2B65A 3CG3A 1PB7A 5B7DA 2DWHA 4ZE9A 1LAFE 2F35A 3W9VA 2RC8A 4NF4A 1JW1A 3SEXA 5ITPA 1B7UA 3KZGA 1CE2A 2NUVA 1RYOA 3D4GA 2F6GA 4KD5A 4OERA 4FEDA 3UN6A 5F7VA 4JBZA 3OOAA 1LCTA 1N04A 3U1OA 1JQFA 2VGQA 2R71A 3CVGA 1SDXA 3MVYA 4BDNA 1JEUA 5CBRA 4F19A 4FORA 3ZS6A 3MWBA 1AOVA 3I6VA 4YKIA 3KJ7A 3RT6B 1B58A 1R1NA 3FGSA 1SW1A 3K6XA 2DQVA 2XX7A 3TCFA 4ISUA 4GIZA 3OSRA 1F9BA 4G4PA 2GFEA 4XTCQ 5H8FA 2I0CA 3CSBA 1US5A 4EQBA 4N6PA 3UA8A 1P1UA 2O1LA 3HHGA 4GXSB 3A09A 1M5BA 2XX9A 2F78A 2UVJA 3THIA 1SYHA 1I6AA 4DDDA 2NVUB 2QSXA 1MQHA 3TCHA 3MVWA 4ELQA 1NKXA 2ZNUA 2XXPA 5K2YA 3K6VA 1QKAA 3H6VA 1UTBA 5I2NA 1TFDA 4ONYA 3GBAA 2O69A 3IAZA 4NEDA 1FCKA 3RLFE 2XX8A 2HQ0A 4OFJA 4BDMA 5AA1A 4XKRA 3E4RA 3BKIB 4R2FA 3KBRA 3QYTA 1NNFA 3VDFA 2QPQA 3UP9A 1URDA 5BWJA 4EXKA 1GTKA 3O29A 2I3WA 2HFBA 5L9SA 3IB1A 2UYEA 3TMGA 2NOOA 4JSOA 4QHQA 4RA1A 4LUBA 2ESNA 5TU0A 4F1YA 4NWCA 3TEPA 1R9LA 5KZTA 3W9WA 1MPDA 1B46A 2D3IA 3C9HA 3K00A 2X7PA 5CMKA 1GVCA 3TTNA 4NE4A 1MPCA 2DVCA 3FASA 3FV1A 5AA4A 4DXCA 4YB7A 1FQBA 3G3HA 3H6UA 2FYIA 1MY4A 1LFGA 3PUVE 4U21A 2QMWA 2Z22A 3IOVA 4BDOA 3FJGA 5JTYB 5EHSA 3K1MA 3H03A 3MP6A 4U23A 4NTLA 5H8QB 3KOSA 3O6GA 1MQGA 1XC1A 1FQAA 1DSNA 2VD3A 4FJPA 1SBPA 4OVJA 3QAXA 2DWIA 3MJNA 3OO8A 2DSFA 3SEVA 3EN3A 2Q88A 3KEIA 3PV0E 4E0XA 2DXYA 1B1XA 5IKBA 3HHFA 3LSLA 1IITA 2V3UA 2W7YA 5I57B 4H1XA 1LAGE 1ZLQA 2QMXA 4U2RA 5AA3A 1TFAA 1JNFA 1I6QA 4LQ2A 3PMXA 3FXUA 2P0SA 1PB8A 3M3LA 4LP2B 4H8IA 1M5FA 1UIUA 4M4GA 1WDNA 3LSFB 3FVNA 4G8MA 1FW0A 1B3HA 4YKKA 4TOZA 1FQFA 3VXBA 1NMUA 1IXHA 5I84A 1B51A 4EQ7A 1VFDA 4XIGQ 1Y4TA 3ONMA 5FTHA 1PBQA 2I4BA 3O2AA 4PFTA 4R74A 1B6HA 4GOTA 4F2OA 3K1PA 3PD9A 5DVJA 4R9FA 3MPKA 3O97A 3CI8A 2B3BA 3IORA 4IY5A 2G29A 2I3VA 2F7CA 3QK6A 3VVEA 1N7WA 2A5SA 4DLDA 3IOWA 4EF2A 3EHUA 5I58A 3VE1B 5CMCA 4LONB 1GV8A 1QVSA 2ZYOA 3FVGA 3JYRA 5JTYA 2X7QA 1NFTA 1NNTA 3PUYE 2ZYKA 1SI1A 4LZ7A 4XKQA 5LOMA 1HSLA 4KYDA 4ND9A 1MDP1 3TKDA 1B1HA 1P1QA 1Y20A 5BUUA 3SEUA 2DWAA 5KDTB 5I59B 3KN3A 4G68B 4YMAA 1H45A 4WXJA 4PQJA 3FD3A 1B3LA 1XVXA 4POXA 5I57A 4ZZEA 1B40A 1MXZA 4ESWA 4QF9A 4JDFA 5DT6A 4X48A 4FIMA 4R6HA 3CFLA 4O3CA 3IB0A 1BP5A 2XXIA 3I3VA 3OXNA 4UA8A 2UXAA 3SESA 4OQOA 1A8FA 1QJMA 3LR1A 1OLCA 4ZDMA 4NF8B 2RCAA 3PMVA 3KN7A 4PETA 1MY1A 2F36A 1LBCA 2XXTA 2Y84A 4JWYA 2XXRA 3N26A 4NWDA 1DTGA 3T9XB 1B5HA 4R9GA 4N07A 2VP1A 3V89B 3BFTA 1XVYA 3PU5A 2HXWA 1JEVA 1B5IA 1IQ7A 4KQPA 3ZKLA 4NF6B 1QW0A 2XXVA 2GHAA 3KSXA 3EPEA 2R6GE 2OK2A 2Y7PA 4DCXA 4FEBA 3O9PA 3H3GA 1YCJA 3K2DA 1FQEA 4I9DA 2ZYMA 1YTVA 1NL5A 1OIBA 2YJPA 2OCUA 4H5FA 3MQ9A 1TWYA 3SETA 3O6HA 3OO9A 3M3KA 2XXUA 1MG1A 3KSJA 4F1UA 1O63A 4BDRA 3VVDA 1B3FA 5CMBA 3UK4A 3C32A 5I2NB 5I59A 5KDTA 4G68A 3GXAA 4IY6A 1URGA 1Y4CA 2NWJA 3O28A 2HAUA 2A5TB 3EHTA 3D4CA 3OEKA 2DP8A 5ISUA 3KJTA 2QS3A 4O3BA 4N13A 2M8CA 1N76A 3G3GA 4R6KA 3FV2A 1RYXA 4G68C 4YU0A 2IA4A 4P11A 3PPNA 1ZU0A 1US4A 2DYXA 3FJMA 4XKPA 2RCBA 1I6BA 4NF8A 3SDFA 4KYEA 4GD5A 4GF8A 4I62A 3H7MA 3CFXA 1MDQA 4U4SA 2HCAA 2QL3A 1I69A 1O64A 1MH3A 4IO3A 4FE8A 4F3SA 4PFYA 1BLFA 3CG1A 4WKMA 4Q0CA 2Y7IA 4JXIA 4F3GA 3ZSFA 4XKNA 5AA4B 3G3FA 3U72A 1ZKBA 4NF6A 3V8XB 1BKAA 1LB9A 1KWHA 4GFRA 3BFUA 2XHDA 1BIYA 1S50A 4AQ4A 1PDAA 4HTGA 1CB6A 3RUMA 3SKPA 4G8NA 4Q8RA 3AXFA 3QXMA 4F31B 4Q30B 5ICQA 2I6EA 2FNCA 1OVTA 3U8QA 4BDQA 2UVHA 2B3FA 1Q1KA 3MVZA 4FECA 4RNSA 3R6UA 4YKJA 5K2XA 1P1WA 4ELRA 3PPOA 2A5TA 3C34A 2DVZA 1B05A 2R9JA 4OEVA 4QFPA 4QFLA 1A8EA 1B5JA 3Q26A 3IB2A 1JVYA 3IOTA 1MY0A 3K4UA 1B7HA 1N0TA 4QSEA 2PMSA 3S9EA 2H9BA 1AIVA 3CRBA 2F34A 3MW0A 2AL4A 1S7YA 3VXCA 2REJA 3QSLA 5B70A 3Q28A 3RPWA 1B0HA 5AA2A 4OTEA 1IUDA 3FIRA 3ILTB 1H3DA 3DP4A 1XOCA 3A3UA 4MFIA 5H8SA 3EQ1A 3B6WA 3HPIA 4JWXA 3SERA 4QSDA 3H4ZA 3PPPA 3V5AA 3FJ7A 1A7LA 4ZEBA 2Q2CA 1LAHE 2DE2A 3S9NC 3E9XA 4RXLA 1EZ9A 3O66A 5I58B 4F22A 4GVOA 3QUFA 4DXUA 1FTLA 1DOTA 1MY2A 2HZLA 3PPQA 4RPOA 4IO5A 1N3WA 1B4ZA 2RC9A 3RTFB 2IEEA 5FTIA 3GBBA 1NH8A 4X1DA 3TUSA 1LFHA 2OWTA 2V84A 1ZTYA 4E0WA 3KFMA 2XD2A 2F5XA 3HSTA 3JZJA 4GL8A 4NF5B 4EF1A 3MZBA 3IX1A 1ZBMA 1DMBA 4POWA 3FXRA 3T66A 3TTRA 2H99A 2NXOA 4TQUQ 3RT8A 1WVJA 2Z23A 5I56B 5JEIA 3K02A 1UTHB 1D9VA 5L8DA 3M3FA 3TPAA 1LAXA 1LBBA 1B3EA 4RJZA 4OZ9A 2Z8DA 2H5YA 3IJOB 1PEBA 1R6ZA 4FATA 1N3XA 4OMBA 4OWDA 3OO7A 3C35A 3PMWA 1LCFA 5CBSA 2Y7WA 1IIWA 3B7DA 3E13X 3KG2A 4OFOA 2ONRA 4YMBA 4KI0E 1LLSA 3CR9A 2DS9A 3MZ9A 3UORA 5HBCA 1A40A 3OENA 5DVFA 2P1SA 5DEXB 1MM6A 4KHZE 4GXAA 5JK4A 1QULA 1SI0A 4ZEFA 2YPNA 4P0IA 3K6UA 1WODA 3GZGA 3S4UA 2ZYNA 2UVGA 5HM4B 1MXWA 1IXIA 1MRPA 1Y3QA 4GL0A 2I49A 4JWOA 3ILUB 2ZNTA 4PFWA 3IK6B 1Y3PA 3FUZA 3TYHA 1OLAA 5F1QA 1VE4A 3C31A 4H5GA 4LZ8A 2RC7A 5TPAB 2QRYA 3K1NA 2REGA 1GGGA 4QRZA 5J1DA 3EHSA 3N94A 4AB5A 2ANJA 1ZJLA 4R73A 4NF5A 4AB6A 5CMMA 3KGCA 3HO7A 2QS1A 4R2BA 3FXQA 1JETA 4IO2A 5H8NB 4ZEIA 4BDLA 4KFQA 2I58A 4GQOA 5H8HB 5I56A 2D5WA 4F3PA 3IO6A 1UTHA 3O6IA 1B52A 4X9TA 2GH9A 1LFIA 3DELB 4IO4A 4M1VA 4TLMB 1RKMA 4KCCA 2FA7A 2V93A 4WEDA 5FHMA 4H67A 4GWOA 4EDPA 2QS4A 4OEUA 3L6GA 4JB7A 3TFLA 3T22A 3G3IA 3V83A 3G3KA 3VV5A 2XXXA 5CM6A 2CMOA 2O84X 4OENA 3F11A 2OZZA 3DM0A 5DEXA 3K0VA 1FQDA 1PB9A 4WEPA 4XXUA 1JW4A 1A99A 1QKBA 1HSEA 2PYYA 4P0GA 4ZZAA 3H6WA 1QUIA 1IXCA 1B3GA 2XD3A 1SQYA 3OD7A 3LSXA 2H98A 4PP0A 5EHMA 2XXWA 4U4XA 1D3KA 2PT1A 3B6TA 4YZZA 3DP6A 1SW4A 1OQHA 3CFZA 4C0RA 1JW5A 2E0SA 1TXFA 3PGFA 1OQGA 1S9TA 1M5DA 2VOZA 5TPAA 3SEYA 1POTA 1L5TA 1MXUA 1MQDA 3IR1A 2GRVA 3T9HB 3P7IA 4KYSA 1LSTA 4ZECA 5H8NA 5AE4A 1VFEA 5HPQA 5H8HA 1DPPA 3T9UA 4YB6A 2XXHA 3U94A 4F18A 4OETA 4H8JA 3FVOA 5TP9B 2O1MA 4IB2A 1DTZA 1A54A 3K6WA 3T9VA 1P1NA 4ZE8A 4F29A 5AA2B 2E1SA 2QJEA 3HV1A 2RF1A 4G8HA 3TQWA 4IO6A 4LZ5A 5DTBA 2V3QA 3S2VA 1H44A 4R6YA 4ECFA 4R72A 1NNKA 1B4HA 1MXYA 3VFJA 2G93A 3MUQA 3FATA 2H25A 5DVIA 2O68A 3KN8A 4THIA 3MPLA 1H76A 2DWJA 2F7BA 3TODA 2F7AA 1VSOA 1YPNA 3DP8A 3EF7A 4FAJA 4KR5A 1ANFA 4QFKA 3LUYA 4YICA 1UQWA 1OVBA 2HEUA 1NH7A 1ELJA 4O3AA 3CIJA 4DE8A 2OBGA 1H43A 5ICTA 3USDA 2QS2A 1QUJA 2ZMBA 4H6DA 5CC2A 4X1BA 1HSJA 5FHOA 1Y9UA 4OXVA 3G3JA 1PBPA 4HS7A 4Z0IA 2OWSA 5EYFA 3BBRA 1ZMGA 4MLVA 4DXBA 1VR5A 2O6AA 1PC3A 3N5LA 2HAVA 4H65A 1FTKA 3KOTA 1Y1MA 3IJXB 4IO7A 1FTJA 1M5EA 3G7WA 4OYVA 1MPBA 2AYSA 2ONSA 3TTKA 5TP9A 4TLLB 3R7XA 2Y7RA 5M2VA 2Q2AA 3HCQA 2F8DA 4F2QA 4U1ZA 2YLNA 3UIFA 5DYHA 2F6PA 4HCYA 3S9LC 3RNNA 2ABHA 4F39A 3T93B 4UACA 2DOJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B32A 4PAFA 3MZ1A 1USYE 1AMFA 4R75A 4RYAA 2VHAA 4ELPA 3HN0A 4N8GA 2PVUA 4QFNA 2I4CA 1AH5A 3VLVA 1TT1A 2VPNA 1XS5A 1MM7A 3H06B 3VLWA 2OLBA 3TTMA 3OELA 1FSAA 1D9YA 2UVIA 2RINA 4MLQA 5L9MA 4KCDA 3RQTA 3OMBA 4OHNA 3SEWA 4DCYA 4GLIA 5KCJB 2R8TA 1FQCA 2FBPA 1O7TA 4MNIA 4G77A 3LSWA 3RGYA 2WKYA 2DE3A 1LEVA 1FPJA 3M8UA 4ZEKA 2VD2A 1MS7A 1EH3A 1EYJA 1MY3A 4GRKA 5I2KB 3S9MC 3RY3A 5ET6A 4I1DA 3IOUA 4JSDA 4U22A 3WAFA 1NUZA 3TQLA 4NMYA 1N84A 1MXXA 5A5XB 4O7MA 4HW8A 3B8BA 1SVXB 3VLUA 2XA5A 2D21A 3FVKA 3N6UA 1SW2A 1FBGA 2XXYA 3A3CA 2PT2A 3U65A 1EZOA 5ITOA 2DE4A 4NQ8A 4OVSA 3MC2A 1JVXA 1GR2A 2P2AA 3TZAA 4EQ9A 3I5OA 1EU8A 1AL3A 5CI5A 3OEMA 1DPEA 2RKMA 4I3YA 3MAMA 2CZLA 1SD3A 4I8CA 2O7IA 2HPGA 3RTWB 1YAEA 2PX1A 4NG7A 1DK4A 1N7XA 4NF0A 3H6TA 1Y1ZA 2Q89A 4PFUA 4DIGA 4K3FA 1MQJA 2GQ1A 2V3TA 4NAPA 2ZNSA 4DI4B 4ZEDA 2X26A 1EZPA 2O51A 2AIXA 1J1NA 1LB8A 4QFOA 2JJKA 3TAJA 1URSA 4BLAA 1LBYA 1B9JA 3RN8A 3IL1B 1FBFA 3E3KA 4P3LA 5KCJA 3IO4A 2Z8FA 3ZKKA 3PUZE 3Q29A 4H0WA 3OO6A 1Z7ME 5LTCA 4ZS9A 3WAEA 1D4NA 2LAOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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