4ZEKA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-isopropylphosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AGROCINOPINES A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zekA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zekA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zekA02
5EHSA 4NEDA 3HHFA 2DWIA 1URGA 1Q35A 5CM6A 3GLBA 3E13X 3O6HA 3PV0E 4GLIA 3OSQA 1O64A 2D21A 3G3FA 3KGCA 2R71A 2O69A 4Q0CA 2PBWA 5BWJA 3IB2A 4JWOA 3C9HA 3DRFA 5AE4A 3Q27A 2XD2A 1H43A 3S9NC 4BLAA 3RTFB 4OZ9A 4NE4A 2H5YA 3PUVE 1N7WA 3FVKA 3KBRA 2WOKA 1Y20A 3G3HA 1A99A 4H5GA 3JV9A 1BTJA 2WOPA 2FNCA 1N0TA 1US4A 1YPNA 4NWDA 2XX8A 4GXAA 4RXLA 2DE4A 2XXVA 5H8HA 2YLNA 3TELA 5K2YA 1B51A 4ZEBA 3RPWA 3GBAA 2PYYA 4RYAA 5I2NB 3HSTA 3K0VA 3H03A 2BJJX 3KFMA 3FUZA 4EXLA 3CSBA 4EF2A 1ZLQA 5FTHA 4P0IA 1YCJA 5I84A 3CG1A 1DTZA 1ANFA 3QYTA 2Z22A 2QRYA 1QVSA 3DLNA 1MXUA 3SEXA 3OD7A 4U2RA 3PPOA 3O29A 3C4MA 4E0WA 1MY2A 4NWCA 5A5XA 1IIWA 3VV5A 3U93A 2F97A 5HBCA 4TOZA 1SI1A 3TQWA 4HTGA 1IITA 3KEIA 4PP0A 4G68B 2Y7IA 1FTMA 1NH8A 1LGBC 1A8FA 1XS5A 4NTLA 2D5WA 4QFPA 4JWXA 1A8EA 4F18A 5AA2D 2IEEA 1TFDA 5K2XA 1N84A 3TDJA 3DRJA 1IUDA 4ZEFA 3M3FA 1SW4A 3TQLA 3V89B 2YPNA 1LFHA 3IL1B 1BLFA 1NL5A 1PBPA 3C34A 3SERA 2XXRA 3ILTB 5L8DA 1PB9A 4LP2B 3N6UA 3MZ9A 4X1BA 3FASA 3K1PA 1NNKA 4YB6A 2F5XA 1A55A 1RYOA 4EUOA 4N13A 1H3DA 2FYIA 3LSLA 4U4SA 4ZZEA 4ELPA 2Q89A 4KR5A 2RF1A 2DVZA 3O28A 3IR1A 5M2VA 3HN0A 4F3PA 2G29A 3RUMA 3KN8A 1ZJLA 5B7DA 3PUXE 5I59B 5FHOA 4F22A 2DE2A 4YKJA 3TTRA 3CVGA 2ESNA 2VD3A 2VP1A 3PMXA 2A5TA 1GGGA 5CMCA 1SDXA 1QULA 1SW5A 4G77A 5CRYA 4POXA 4H5FA 2VGQA 1JEUA 3T9VA 4QF9A 3EF7A 5FHNA 3K02A 3CR9A 1MM7A 1MQHA 4IO3A 2DXYA 3UK4A 3UP9A 3L6HA 1RKMA 3RY3A 3RQTA 3OEKA 4NF8A 5H8HB 3U94A 3KOSA 3EPEA 3PAMA 1DOTA 5TU0A 2Y7RA 4KI0E 3VXCA 2Q8JA 3T96B 4GVOA 2REJA 1A7LA 4N6PA 2XXXA 1XHYA 1FQEA 3U72A 4IO4A 4OESA 1XT8A 4MH5A 4F19A 1B5JA 3B7DA 2ZNUA 2F8DA 3KJ7A 4EQ7A 2AYSA 2HEUA 3E3KA 2GH9A 2NWJA 4ZS9A 4XIGQ 1LB9A 1LCTA 3TYHA 4XKPA 1ZKBA 2P1SA 1B9JA 3FIRA 1P99A 2F78A 3MJNA 3OXNA 1ZTYA 3CG3A 1B32A 4QSCA 1B4HA 5A5XB 3RGYA 3PPRA 4G8NA 3N26A 5H8QB 2DP8A 2DSFA 2THIA 3U1OA 3Q28A 2I3VA 2H9BA 3USDA 4KQPA 1B5HA 1SW2A 3O97A 4U22A 3O6IA 4G4PA 1B52A 3H6VA 3JYRA 4F2QA 1PBQA 4P11A 4R74A 3PU5A 2X7PA 2XD3A 4GWOA 3K1NA 3IO4A 2F35A 2RC7A 3LSWA 1MPDA 3BFUA 1Z7ME 4KCCA 3VVFA 1USYH 4H8JA 3HCQA 3MZ1A 2R6GE 3OEMA 2Y7KA 5I2NA 4F29A 1JNFA 3IJOB 4GIZA 4F3GA 1WODA 4R72A 3I6VA 4F31B 5DVJA 3SKPA 2ZXTA 3IOWA 1PB7A 4H8IA 2ONSA 3IAZA 4UACA 4HS7A 1EZOA 3C36A 3ECRA 3FVOA 1QUKA 3W9WA 1I69A 3VXBA 2PVUA 3MP8A 3PGFA 5CC2A 4OEUA 3U92A 1BKAA 1FQAA 2DXRA 3MPKA 1SYHA 1FQCA 4H1XA 4LUBA 4Z0IA 4F39A 1ZU0A 1JETA 5HM4B 1WVJA 1B40A 3LSXA 2I6EA 2KLFA 4MLQA 4ZEIA 3KJTA 1XVXA 4POWA 1AMFA 2GHAA 3QUJA 4BDLA 4G68A 2I0CA 1MXVA 4PFTA 4NF6A 1GR2A 3TUSA 4WEDA 1II5A 2RCAA 4JXIA 2H98A 1HSLA 3K2DA 3ZKKA 3H3GA 3CRBA 3T9HB 3QK6A 3EHUA 3HV1A 2I4BA 3TZAA 4F1UA 1B0HA 5H8FB 1Y9UA 3G7WA 4ZZAA 2QS4A 3P7IA 2DYXA 5DVFA 4XTCQ 2REGA 3IB1A 1S7YA 4IO6A 4I62A 1TFAA 3BKIB 1MS7A 1YTVA 3IK6B 1R6ZA 4MLVA 3TTKA 1MH4A 1USYE 4U23A 4NMYA 2O7IA 4I8CA 2DVCA 4ZEDA 3FGSA 4FORA 5EHMA 5H8NA 4DXUA 1SYIA 5I59A 1IXCA 3FJMA 4GXSB 3G3IA 4QFLA 3T9UA 3IOTA 3VLVA 3VE1B 1DSNA 4LZ7A 5CMMA 3G3JA 2VOZA 3DELB 1DPPA 1VSOA 2QS1A 1KWHA 1LFIA 2XXIA 4RA1A 2Q9TA 2HFBA 3KG2A 5LOMA 3ZS6A 2XXYA 1NNTA 4FJPA 4YMAA 2WKYA 4C0RA 4ZDMA 2O84X 3IJXB 2FA7A 2Y7PA 1XOCA 3O66A 4U4XA 2UVHA 1B3FA 5L9MA 4E0XA 2F36A 1N76A 4DLDA 1B7ZA 1R9LA 3VLUA 3PD8A 3KOTA 2W7YA 2Z8DA 4H67A 3TPAA 3THIA 1N3XA 3B6TA 3KSXA 3CFLA 3TFLA 3ZSFA 3RT6B 4QFKA 3FD3A 3K1MA 1HSJA 1B3GA 2QJEA 5CBSA 1LB8A 4PQJA 3TCHA 4ECFA 2D3IA 1UTHA 2QMWA 1AL3A 1DPEA 5EYFA 1UTBB 2DOJA 1VFEA 3TKDA 5H8QA 4RPNA 4G68C 4DXCA 4QSEA 3D4GA 1B1XA 3S9MC 1S9TA 3IOVA 1FTKA 3RT8A 5F7VA 1M5DA 4NF6B 3T93B 3KZGA 2Y84A 2RC8A 1HSEA 2F7AA 2AL4A 5ITOA 1MY4A 1P1WA 3TTNA 3N94A 5I2KB 1S50A 4XKQA 1IXGA 3EQ1A 5BUUA 5AA2B 2ONRA 4EQ9A 4KD5A 1B6HA 2QPQA 2ABHA 4M1VA 1NMUA 1LSTA 4XXUA 4DXBA 2NVUB 4KYDA 3DRGA 3Q29A 4YB5A 2O1MA 5KDTB 4IO5A 3I5OA 1O63A 1JW5A 4EXKA 4F1VA 2ZYMA 3UN6A 3Q26A 1MRPA 5L9SA 2QS3A 3ODBA 4X9TA 2HZKA 1GVCA 3K01A 3FZVA 4PFYA 1MQJA 4XKRA 1Y3PA 5H8NB 3TEPA 3CI8A 3TCGA 1MY0A 2O1LA 1FQBA 2CZLA 3PUYE 2P0SA 2F6GA 1B3HA 1B58A 2XXUA 1IXHA 4AQ4A 1R9QA 2E1SA 5DTBA 4OQOA 3MVZA 3GBBA 3MPLA 3EN3A 3IX1A 2ONKE 3QIMA 2H4IA 2OZZA 5IAIA 4KYSA 2UVGA 1B3EA 4BDNA 2WOLA 4XKNA 1B5IA 4GFRA 1UIUA 4OFLA 2F34A 1Y4TA 2UYFA 1B1HA 2I4CA 2Q2CA 4UA8A 1A54A 4R2BA 1R1NA 1EZPA 5H8FA 3MBPA 3RYBA 1SBPA 1LAFE 1RYXA 1P1QA 3HO7A 1ZMGA 4R6YA 1OLAA 4DCYA 1Y1ZA 1L5TA 1LAXA 4GRKA 1I6AA 3S9EA 2Z23A 5DYHA 4R6KA 3FATA 1UQWA 2PT1A 3SDFA 2XXQA 4R9GA 1D4NA 4KCDA 1UTHB 2HXWA 3MVWA 5DEXB 1ZIUA 1OQGA 2OK2A 4F3BA 2ZYOA 1QUJA 4MFIA 1SW1A 1POY1 4EDPA 5FTIA 4YAHX 4OYVA 3OMBA 3RN8A 1OMPA 3TAJA 1QJMA 4K3FA 3H6WA 3F11A 3PPNA 4TLLB 2HQ0A 1EU8A 4U1ZA 2Q88A 2O68A 1IQ7A 3PMWA 5CMKA 2XHDA 3CSGA 3SETA 3O6PA 4I9DA 2VD2A 4MBPA 1I6BA 5B70A 1XVYA 1TWYA 3R26A 2IA4A 4ZE8A 1B0LA 4IO7A 3IOUA 3BFTA 4THIA 4YKIA 3E4RA 2GRVA 4DDDA 3VVEA 1GV8A 3G3GA 3KN7A 3K6WA 3CFXA 1Y3NA 4R9FA 1NNPA 5H8SA 2O7UA 3MZBA 1AIVA 2V25A 3FJ7A 1LLSA 1Y4CA 1SQYA 4O3CA 4ELOA 2ZMBA 1JEVA 2XX7A 1MPCA 2GFEA 4O3BA 1MDQA 3A09A 2LAOA 1UTBA 1EH3A 3PUZE 2Z8FA 2QL3A 2Z8EA 3C31A 1WDNA 4LZ8A 1NH7A 3SESA 3O6GA 5ICTA 3MC2A 3T22A 3TTLA 1F9BA 2PT2A 1D9VA 2A5SA 2DS9A 1B7HA 3O2AA 4TLMB 1UIVA 3ZKLA 1PDAA 3LVUA 2I0BA 4F1YA 4OMBA 3DRHA 3R7XA 5KCJB 4AB6A 2RKMA 4OXVA 3DP8A 5I2KA 4GL8A 3FXUA 4AB5A 3JZJA 5AA2A 5CMBA 1OIBA 2G93A 4ZECA 3TMGA 1URSA 3Q25A 3W9VA 5AA3A 4H6DA 2R9JA 4GL0A 3UIFA 4JBZA 3IORA 2UXAA 3IB0A 3MVYA 5KDTA 1QUIA 1MXZA 4JSDA 2DWJA 4L17A 4KYEA 3H7MA 3PPQA 1URDA 1LBBA 4IGTA 5CBRA 3FVGA 1US5A 3SEYA 2ZNSA 3UGWA 2PX1A 3ONMA 3EHTA 5DT6A 3FJGA 4OENA 1OLCA 5AA4A 3RTWB 4OETA 3K6XA 2UVJA 4OTEA 1JW1A 4YZZA 1DMBA 1SI0A 3DP4A 4IY5A 4LVQA 3RYAA 2V3QA 3K4UA 5I57B 4YU0A 1VR5A 1B05A 4Q8RA 1MXWA 3QSLA 2XXPA 1JVXA 1OVBA 4X1DA 2ALUA 4G8HA 4IGRA 1MY3A 1FW0A 5I56A 1M5BA 2V3UA 4JSOA 3I3VA 2B4LA 3MW0A 5DVIA 4ESWA 4F2OA 5TPAB 4ESXA 4EF1A 1FQDA 2ZYNA 4ZEKA 2RCBA 2OWSA 3MP1A 1PB8A 3FXQA 1T0KA 4YKPA 3MAMA 3H6UA 2XXHA 2V93A 4HCWA 1D9YA 4LQ5A 3KSJA 4R2FA 3O9PA 3K00A 3CHGA 5JTYA 1M5EA 4PE5B 1ELJA 4HW8A 3UA8A 4KFQA 3VFJA 4DCXA 4ND9A 1QKAA 1GTKA 2UYEA 3VLWA 2X7QA 1MM6A 1BIYA 1Y1MA 3QXMA 5TP9A 5DEXA 1H76A 1MDP1 2B65A 3T66A 1Y3QA 1NNFA 1P1UA 4FEBA 4FATA 3TTMA 1JW4A 2M8CA 2F6PA 2I58A 4LONB 1ZBMA 4OFJA 3R6UA 1PC3A 4R75A 4JWYA 1TT1A 1SVXB 3A3UA 4QRZA 1YAEA 3N5LA 3L6GA 1B7UA 3SEWA 1DTGA 2DWHA 3S2VA 2DWAA 3OO8A 1OVTA 3QAXA 4FAJA 1Z7NE 3MWBA 1QKBA 2F7CA 2AIXA 4PETA 2HZLA 2HCAA 2QMXA 3FVNA 3AXFA 4FIMA 1ATGA 1FTOA 1P1NA 4YICA 4JB7A 4RY1A 1BP5A 1MQIA 4BDQA 4LATA 4DZ1A 1B4ZA 1CB6A 4JDFA 5ITPA 1MY1A 3TODA 4YMBA 4QSDA 4NF4B 3RLFE 5I58A 3MUQA 3K6VA 4OWDA 1FTJA 1PEBA 4P0GA 3PD9A 3BBRA 4OFOA 3M3LA 5AA4B 1N04A 3OENA 2XXTA 3OO7A 1OQHA 4N07A 3WAFA 4PFWA 3B6WA 3LSFB 4I1DA 4QHQA 2ANJA 1MH3A 2HAVA 2O6AA 1A40A 4Q30B 4MF3A 1P1OA 3D4CA 4M4GA 2XXWA 2CMOA 2ZYKA 3S4UA 2GHBA 4ZE9A 3C35A 4U1OA 3V8XB 3H4ZA 3TCFA 5IKBA 1N3WA 1MXYA 1JVYA 4GQOA 3T9XB 4F3SA 4FEDA 3FTOA 4YB7A 4FE8A 5ICQA 4WXJA 1LCFA 1J1NA 5I56B 1VFDA 3LBSA 3LC8A 4IB2A 4BDMA 5F1QA 2RINA 2B3FA 5KCJA 4EQBA 4OVJA 2H99A 2RC9A 1LAGE 4Q5TA 1LAHE 3M3KA 5ISUA 4H65A 4YKKA 2P2AA 3MVXA 4TQUQ 4GOTA 4KHZE 1SD3A 2XX9A 1IEJA 4H0WA 2Q2AA 5ELVA 3DRIA 4BDRA 5JTYB 1MXXA 1N7XA 1D3KA 1M5FA 3DRKA 3CFZA 1QW0A 3C32A 4NF5A 4DE8A 1FQFA 3W15C 3DM0A 3M8UA 4R73A 5TP9B 1AH5A 2I3WA 4LA9A 3SEUA 3SEVA 4KPTA 4WKMA 1FCKA 1NKXA 4IO2A 4RK2A 4C1TA 3PUWE 3GZGA 4ONYA 1O7TA 2DQVA 1M5CA 5I57A 5JK4A 3HPIA 3EHSA 3V83A 2UVIA 1NFTA 3VDFA 3LUYA 4RK9A 5CI5A 3QUFA 1IXIA 2B4MA 1B3LA 4R6HA 2QSXA 3UORA 3RNNA 1IZ1A 4LQ2A 4RJZA 2O51A 1H44A 2I49A 3DP6A 1FTLA 1JQFA 5TPAA 1XC1A 3FV1A 3OO9A 2I48A 2OCUA 3MP6A 3HHGA 4G2ZA 3OO6A 3OSRA 4C1UA 3MQ9A 3PPPA 1VE4A 3V5AA 4IY6A 2VHAA 2OWTA 1MPBA 2OLBA 3E9XA 5I58B 3OOAA 1I6QA 1MG1A 1AOVA 2V3TA 1LFGA 2NOOA 3VVDA 3ILUB 3PMVA 3H06B 1LBCA 5KZTA 3N6TA 2PMSA 5HPQA 3FXRA 3IO6A 2NUVA 3A3CA 4GF8A 4FECA 2OBGA 1TXFA 1Q1KA 1H45A 3H6TA 2ZNTA 2AL5A 3WAEA 1EZ9A 4ISUA 1MQDA 4DIGA 5J1DA 4U21A 4GD5A 1MQGA 4Z7EA 2E0SA 1B46A 2HAUA 2A5TB 2QS2A 2NXOA 2H25A 3G3KA 3LR1A 2OJTA 3B6QA 4G8MA 4O3AA 2V84A 4PFUA 4BDOA 2YJPA 4OERA 4X48A 1B2HA 4NF8B 3OELA 2B3BA 3CIJA 3S9LC 2X26A 3FV2A 3KN3A 3C33A 5L9OA 2DE3A 4LZ5A 4QFNA 4RPOA 2Y7WA 1CE2A 4QFOA 5AA1A 5FHMA 3GXAA 4OEVA 4NF5B 4NF4A 4RNSA 2F7BA 3U8QA 4WEPA 5JEIA 4ELQA 4HCYA 4OHNA 1POTA 4ELRA 3K6UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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