4ZEKA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-isopropylphosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
b'RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AGROCINOPINES A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule tags Transport protein
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zekA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zekA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zekA02
1JVYA 4IO6A 1MQHA 5DEXB 2P1SA 5I59B 1Y1MA 4KD5A 5KZTA 4PFUA 3TTKA 3FVNA 3C4MA 3C36A 2A5SA 4EF1A 4LQ5A 2NXOA 4MF3A 3S2VA 4MH5A 1XVYA 4H65A 1B05A 1MPCA 2OK2A 4POXA 5FHOA 2HAUA 4NF4A 4QFOA 5EYFA 5K2XA 2IEEA 1ZLQA 3BFTA 4R73A 2OBGA 5JTYA 1VSOA 3CSGA 3MVWA 1SYIA 1QUJA 1DPEA 1QKAA 1SW2A 2FYIA 3CFXA 3VLUA 3CI8A 4DXUA 2ZMBA 3FIRA 3U94A 5L9OA 1IQ7A 1LFGA 3IB1A 3MVZA 1YAEA 3Q25A 4KYDA 4ELOA 4QFLA 2QS1A 3OSQA 1DOTA 2F6PA 4ZECA 1JEVA 3LBSA 2RC7A 2QMXA 1SQYA 4EQ7A 4U23A 4RYAA 2VOZA 4ND9A 2WOLA 1NNTA 1LAHE 3K0VA 1LAGE 2GHBA 1LCFA 4FEBA 4F39A 3FVKA 1T0KA 5KCJB 1A54A 1Z7NE 3RGYA 1LBCA 1MQJA 3DRHA 4G8MA 1IXHA 2HZLA 2F6GA 1A40A 3TTMA 3RYAA 2DWHA 2VD2A 2GFEA 4HCWA 1LB8A 3C34A 1DTZA 1LCTA 4QSDA 4OXVA 4M1VA 1GVCA 1SI1A 1IIWA 3K1MA 4I8CA 5ISUA 2X7QA 2HFBA 2RKMA 4YAHX 1MXXA 2GRVA 1KWHA 1A8EA 1JQFA 1MQIA 3A3UA 1MQGA 4GD5A 3G7WA 1MQDA 4GOTA 1LAXA 2PVUA 1FQFA 4IO4A 3FJGA 4KCDA 4Z0IA 4OFOA 1EZPA 1SDXA 3K00A 4N07A 1B1HA 4RA1A 1H44A 2NOOA 4YB5A 5HBCA 3T66A 3ODBA 2H25A 4FECA 4R6HA 2HEUA 1ZBMA 2V93A 2ESNA 1Y4CA 5I2KA 4YU0A 3DP8A 3PAMA 3CVGA 3WAEA 1HSJA 1P1OA 4O3AA 4DCYA 1JVXA 1N7WA 4F31B 3SERA 1NFTA 5I2KB 2WOPA 4KPTA 2I48A 1LFHA 3WAFA 1AH5A 3RUMA 1FCKA 1M5EA 1B7HA 4EF2A 1FQEA 3RT8A 2NUVA 1IEJA 4RK2A 5FHNA 3QAXA 4UA8A 4WXJA 2XD2A 1B4ZA 2YLNA 3KG2A 3H4ZA 1PB7A 3IO4A 1NH7A 1IUDA 1N3WA 2X7PA 3HHFA 3K6WA 5DVJA 2OJTA 3K1NA 2DE3A 5H8NA 3B6TA 3T9VA 1EZ9A 2YJPA 4X1BA 1D9YA 3FD3A 5AA2D 1Y9UA 3FJ7A 2DOJA 1ANFA 3M3FA 2HXWA 2FA7A 2Y7KA 3ILTB 4TLMB 1GR2A 3GXAA 2RC9A 3TTLA 1S9TA 1YCJA 2XHDA 3KZGA 5H8QA 3HSTA 1B2HA 2ZNUA 2Z8FA 1Q1KA 1POTA 2ZYMA 3V5AA 5DT6A 1WODA 3G3FA 3VDFA 4ELRA 2WKYA 3O6GA 4GRKA 1UIVA 3IOTA 3TQLA 2AYSA 5JEIA 4F19A 4H0WA 3DRIA 1H3DA 4WKMA 4JWYA 4XKQA 3JYRA 4H8IA 1LFIA 1P1NA 5BUUA 3O2AA 3TODA 2Q89A 2QSXA 2ABHA 2F7CA 1MXYA 3PGFA 4PE5B 3LC8A 3UORA 2XXPA 2F5XA 3IX1A 4Z7EA 3PV0E 4YKJA 3R7XA 3CIJA 2O51A 3V89B 1LLSA 2I0CA 1GTKA 2O1LA 1SD3A 4RPNA 1SW4A 4IGRA 3OO7A 4U1ZA 1PBPA 3OD7A 3U1OA 3W9VA 4F3PA 2Q9TA 1VFEA 4E0XA 3PPPA 4I1DA 3B6QA 3N6UA 3KGCA 4GFRA 3BBRA 4LONB 1R1NA 2WOKA 4U21A 4U2RA 4OESA 5CMCA 4F1VA 3T96B 3F11A 3PMWA 3TCGA 4KHZE 1EH3A 3VFJA 3RTWB 3O6IA 3KOSA 4N13A 4N6PA 1UIUA 1NL5A 1MPBA 4X9TA 4OVJA 3VVFA 4DLDA 4ESWA 5HM4B 2R9JA 2Q2AA 4YKPA 3KFMA 3PPNA 4IGTA 1ATGA 5CRYA 2O69A 3CSBA 5DYHA 3O97A 3QIMA 1B40A 1N04A 5L8DA 3LSFB 3VLVA 5L9SA 3S9LC 1MH3A 1AL3A 5CMBA 4C1UA 1P1WA 1Q35A 1HSEA 2Y84A 3E3KA 3T9UA 1MY3A 1D9VA 5I2NA 3SEYA 1TXFA 3TKDA 2AL4A 1IZ1A 2Z22A 1MPDA 3H6TA 2DWAA 2B4MA 3THIA 4GVOA 5CI5A 1SYHA 4BDLA 4NF5A 4JWOA 2OLBA 3TCFA 2I58A 2REJA 1H43A 4NEDA 2R6GE 1D4NA 4ONYA 4NF5B 1OQGA 3TDJA 3ECRA 2F78A 2CMOA 3DELB 3EHTA 1RYOA 1P1UA 1SVXB 3MVYA 4WEDA 3G3IA 4NWDA 1WVJA 1DTGA 4PQJA 3DM0A 2PYYA 4Q0CA 3TCHA 3D4CA 1VE4A 4F3GA 1B9JA 3ZS6A 2B65A 5ICQA 3U8QA 3TAJA 3VV5A 4XKPA 5TU0A 5CMMA 1FTOA 3G3HA 3TEPA 3T93B 2Y7RA 4QF9A 1IITA 4LZ7A 1O64A 3K02A 4NE4A 4NF4B 3M3LA 3S9EA 4DE8A 2ONKE 2Q8JA 2DSFA 4QFKA 1LBBA 5JTYB 4QFNA 1ZMGA 1B5HA 1MH4A 3C33A 2DWJA 3JV9A 4PFWA 1B3EA 1F9BA 3C35A 1R6ZA 3FASA 4O3BA 3G3KA 3RYBA 3I5OA 2O1MA 2O7IA 1MG1A 1N3XA 4NF8A 4BDNA 1O7TA 4L17A 3JZJA 5TPAA 1WDNA 3ZKLA 4NF6A 4GWOA 2ZYNA 2B4LA 3CRBA 3FGSA 4TLLB 3DRJA 4YKKA 4BLAA 4NF8B 3W9WA 4FIMA 2XXRA 3K6XA 3S9NC 4NF6B 4R72A 2ALUA 4F22A 5AE4A 3N94A 1MY2A 2ZNTA 4FEDA 3LUYA 4OQOA 5A5XA 4FORA 4LATA 1B58A 4DIGA 1XC1A 2BJJX 4F3BA 3CFZA 2DQVA 2H4IA 5IKBA 2Y7WA 1MY0A 2M8CA 2Z8EA 4EXLA 3O29A 4YICA 2NVUB 4DXBA 4YMBA 4THIA 3RN8A 2AIXA 3MBPA 2H99A 4C1TA 3TPAA 1P99A 4Q8RA 4F18A 1I6BA 3MUQA 1IXGA 1B5IA 2ZYOA 4MLVA 1BIYA 2AL5A 3PUVE 3B6WA 3OELA 2O68A 3ZSFA 3PU5A 3PMVA 4KYSA 3A3CA 3MAMA 3H06B 1JW4A 4BDRA 3IB2A 1BLFA 5JK4A 4FJPA 3USDA 3C32A 1II5A 5CC2A 3U92A 3HV1A 4F3SA 4PP0A 3PPQA 2GH9A 3VVEA 3MW0A 2H98A 5B7DA 4EUOA 4OFLA 4AB5A 2F7BA 3RT6B 1Z7ME 1Y3QA 2DXRA 4R9GA 4RPOA 4G8HA 4OEVA 1DSNA 1N76A 3PUYE 3E13X 1MXVA 2F35A 4FATA 4WEPA 3FUZA 2RCAA 1UQWA 4IO2A 2ANJA 3HPIA 3A09A 3B7DA 4DDDA 4G2ZA 3LSWA 2FNCA 4LQ2A 2Z23A 1OVTA 4GL0A 3RQTA 4HS7A 3CHGA 1MM6A 1AMFA 2V3UA 2I4BA 1O63A 3E9XA 1ZU0A 4F1YA 4Q30B 4YKIA 5TP9A 5AA4A 4YB7A 1N84A 2QJEA 1MXUA 4Q5TA 4ZZEA 3O9PA 2F97A 5KDTA 2XX8A 1XT8A 5DVIA 1VR5A 5H8NB 4P0GA 5AA4B 1QKBA 2OWTA 2RC8A 5AA2A 1MXWA 1XHYA 2O84X 2W7YA 3K6VA 5CBSA 1IXCA 5KDTB 3ILUB 5J1DA 2B3BA 1D3KA 2G29A 3KJTA 3OO9A 5AA2B 1BP5A 3N5LA 1PC3A 1TFAA 4OMBA 1QULA 2IA4A 1TT1A 3CG3A 3KSJA 5CMKA 4FE8A 5H8QB 1Y4TA 2XX9A 4K3FA 4C0RA 3UK4A 4RXLA 4U4XA 1JNFA 3QK6A 1ELJA 1YPNA 2V3TA 3QYTA 4ZE9A 5I57A 1B52A 3Q29A 3PPOA 1TFDA 3QXMA 4AB6A 5EHSA 3EHSA 4G4PA 5AA3A 5I57B 2I6EA 5H8HA 3SEUA 5FHMA 4ZDMA 4OETA 3FTOA 3SEXA 4DXCA 4U22A 2DVZA 4PETA 3M3KA 5CBRA 3TMGA 3AXFA 4MBPA 3FXRA 4HTGA 3Q26A 4JWXA 4BDMA 4GL8A 4NWCA 1QUKA 3QSLA 3Q28A 1XS5A 4ESXA 3HHGA 4OWDA 1M5CA 4ZS9A 1UTHA 3FZVA 1JW1A 1AIVA 3N26A 4KI0E 1OIBA 3PUWE 3V83A 1H76A 5HPQA 3SETA 3SESA 2REGA 3IORA 1NKXA 1UTHB 1S50A 1Y1ZA 4P0IA 1URGA 2PT1A 1HSLA 1PEBA 1OLCA 4R2FA 1US4A 5AA1A 3V8XB 3KOTA 1LAFE 4OZ9A 3TTNA 5ITOA 2A5TA 2D3IA 4IY6A 5CM6A 3KN7A 3BFUA 4R6YA 2XXUA 2VHAA 1CB6A 1BKAA 3CR9A 3U93A 1POY1 2XXQA 2RINA 2HAVA 4OTEA 1URSA 2E1SA 3K1PA 4I9DA 4EQ9A 3IAZA 2YPNA 3TYHA 2QS2A 3H03A 4LZ8A 3IJXB 3G3JA 4BDOA 1L5TA 4U1OA 4DCXA 2QS4A 2PMSA 3FXQA 3H3GA 3G3GA 4ELPA 1FQAA 1SW5A 1B5JA 2DYXA 3OEMA 3ONMA 1LB9A 1ZIUA 3KN8A 1OLAA 3H6UA 3EF7A 2UVGA 3CFLA 5I2NB 1RYXA 1B46A 1PDAA 3W15C 2V84A 2UVHA 4MLQA 4NTLA 1R9LA 2XXHA 1B3LA 1QUIA 1S7YA 3LVUA 3VXBA 3TUSA 2ONRA 5F7VA 3C9HA 5F1QA 1MRPA 4LZ5A 3HO7A 2O7UA 4FAJA 3FVGA 3K4UA 4YMAA 3MC2A 1A99A 4YZZA 3IOUA 1FQBA 4OYVA 4E0WA 4EDPA 2PBWA 1A8FA 4HW8A 1SW1A 4R9FA 1N0TA 3H6VA 1MXZA 3L6HA 3OO8A 4KQPA 1DPPA 4O3CA 3OEKA 1FQCA 4XXUA 3MZ9A 1AOVA 4OEUA 3SEWA 4RK9A 4R2BA 1M5BA 3LR1A 1NH8A 2I0BA 3HN0A 2XXTA 4U4SA 4G68A 1H45A 4GQOA 4F29A 2QL3A 3VVDA 5I58A 1RKMA 3IK6B 1DMBA 3VXCA 3KN3A 4NMYA 3KBRA 3H7MA 4G68B 4XTCQ 3PD9A 5I58B 2ONSA 4G8NA 3TQWA 1QVSA 5H8FA 3TFLA 3R6UA 3UGWA 4R75A 1J1NA 2V25A 4P11A 3C31A 4KCCA 3FJMA 3OXNA 1QW0A 4XIGQ 4H5FA 2E0SA 5B70A 2V3QA 4H8JA 3UN6A 1M5FA 4AQ4A 4LP2B 2P0SA 5H8FB 3PPRA 4UACA 2UVIA 1Y3NA 3S9MC 4QSCA 1B3GA 3DP4A 4G68C 1SBPA 4PFYA 1B3FA 3ZKKA 3TTRA 5TPAB 2HCAA 3MJNA 1US5A 3DRGA 4OFJA 4JDFA 4G77A 5KCJA 1B7ZA 3UP9A 4POWA 3SKPA 3TZAA 4LA9A 1MM7A 5A5XB 3PMXA 1QJMA 1MS7A 4QRZA 4OERA 4RY1A 4ZEBA 2HZKA 2VP1A 3SEVA 3TELA 2XXWA 2I49A 2D21A 2VGQA 4R6KA 3DRFA 5FTIA 4ELQA 5M2VA 2F7AA 4F2OA 5H8SA 1B0HA 4KR5A 3VE1B 4RNSA 3MWBA 3MQ9A 2OZZA 2P2AA 3BKIB 4F1UA 2H5YA 3OSRA 2XD3A 3MZBA 4I62A 2DVCA 3GZGA 3IOVA 2VD3A 2D5WA 1I6AA 2QS3A 2HQ0A 4M4GA 4XKNA 3K2DA 3VLWA 4YB6A 1PBQA 1B0LA 4QHQA 2I3WA 1USYE 3O6PA 3HCQA 2ZNSA 4H5GA 1USYH 1P1QA 2DE2A 4LUBA 3T9XB 5I84A 4ZZAA 4JB7A 1CE2A 3T9HB 4X48A 2DP8A 3EN3A 3RTFB 2F8DA 4LVQA 5LOMA 3E4RA 2XX7A 3FXUA 1JETA 1XVXA 2Y7PA 4GLIA 2QPQA 4GXAA 1ZJLA 3RY3A 3GBAA 1B7UA 2XXVA 1B32A 5K2YA 3OOAA 3QUFA 1LGBC 4HCYA 3M8UA 2R71A 1FTKA 2ZXTA 4BDQA 4TOZA 2Y7IA 2CZLA 1NNKA 3DLNA 3EHUA 2DWIA 2THIA 1TWYA 1FTLA 1B3HA 3IR1A 1Y20A 5L9MA 5BWJA 2I3VA 4H67A 3FATA 3EQ1A 4F2QA 1IXIA 1MY4A 5TP9B 3FV2A 2KLFA 3KSXA 1ZTYA 1B1XA 1Y3PA 1GV8A 2G93A 3MPLA 4RJZA 2F34A 3OO6A 3DP6A 1JEUA 1FTMA 3O66A 3O28A 3D4GA 3PD8A 3RPWA 2F36A 4KFQA 1M5DA 5IAIA 3LSLA 3R26A 1N7XA 4KYEA 3K01A 1PB8A 5DVFA 3P7IA 4IO7A 2Q2CA 1I6QA 1OVBA 2XXXA 1FW0A 2Q88A 2OCUA 3RLFE 3GBBA 2RCBA 4OHNA 1MDP1 4GF8A 2QMWA 1OQHA 3FVOA 2H9BA 4ZE8A 3KJ7A 1SI0A 3T22A 1BTJA 1I69A 5ICTA 2XXYA 1FTJA 2PT2A 3IOWA 5H8HB 3I3VA 1A7LA 1EU8A 2O6AA 1MDQA 4EXKA 4ISUA 5EHMA 2B3FA 2QRYA 5I56A 3DRKA 1GGGA 1FQDA 1JW5A 2PX1A 5ITPA 4ZEDA 4ZEFA 3QUJA 2OWSA 5I56B 2LAOA 2UXAA 2I4CA 3N6TA 3MP8A 3IO6A 3SDFA 3I6VA 1URDA 2XXIA 4R74A 1EZOA 2RF1A 3O6HA 1VFDA 1ZKBA 3L6GA 2UYFA 3UIFA 3EPEA 3K6UA 4PFTA 4H6DA 1OMPA 1PB9A 4MFIA 1UTBA 1B51A 3LSXA 1A55A 3H6WA 4IO3A 2NWJA 4H1XA 3MP6A 4ECFA 4JSOA 1UTBB 3PUXE 4JXIA 1MY1A 2A5TB 3MZ1A 4IY5A 4ZEKA 4ZEIA 3CG1A 4EQBA 3IB0A 2DE4A 4JBZA 5FTHA 5DTBA 2UVJA 3MP1A 2DXYA 3Q27A 1NMUA 1LSTA 3MVXA 4XKRA 3PUZE 3FV1A 4IO5A 1NNPA 2UYEA 3IL1B 1YTVA 3GLBA 3IJOB 2GHAA 1R9QA 4DZ1A 5ELVA 4QSEA 2X26A 1XOCA 4GXSB 3S4UA 1B4HA 3OMBA 3U72A 2DS9A 4QFPA 3MPKA 1NNFA 4JSDA 3KEIA 4TQUQ 4X1DA 1B6HA 3OENA 3RNNA 4IB2A 2ZYKA 2Z8DA 5DEXA 5I59A 4GIZA 3UA8A 4OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JVYA 4IO6A 1MQHA 5DEXB 2P1SA 5I59B 1Y1MA 4KD5A 4MEVA 5KZTA 4PFUA 3TTKA 3FVNA 3C4MA 4NAPA 3C36A 5F24A 2A5SA 4EF1A 4LQ5A 3QMFA 4KXPA 2NXOA 4GWUA 4MF3A 4XF5A 3S2VA 4NN3A 4MH5A 1XVYA 2CZIA 4X8RA 4H65A 1B05A 1FSAA 1MPCA 1YZ0A 2OK2A 4POXA 5FHOA 2HAUA 4NF4A 4QFOA 1FPJA 5EYFA 5K2XA 2IEEA 1ZLQA 3BFTA 1KZ8A 4R73A 2OBGA 1XI6A 5JTYA 1VSOA 4O7IA 1IMEA 3CSGA 3MVWA 1SYIA 1QUJA 1DPEA 1QKAA 1SW2A 2FYIA 3CFXA 4PC9A 3VLUA 4O94A 3CI8A 4DXUA 2ZMBA 3FIRA 2HHMA 3U94A 5L9OA 1IQ7A 2FVZA 1LFGA 2P3VA 3IB1A 3MVZA 1K9ZA 1YAEA 3Q25A 4N15A 4KYDA 4ELOA 1FBEA 4PF6A 4QFLA 2QS1A 3OSQA 1DOTA 2F6PA 2V4CA 5EQ8A 4ZECA 1JEVA 3LBSA 2RC7A 4GX3A 2QMXA 1SQYA 4EQ7A 4U23A 4RYAA 3NOHA 2VOZA 4ND9A 2WOLA 1NNTA 1LAHE 3K0VA 1LAGE 2GHBA 4MNCA 1LCFA 4FEBA 4F39A 3FVKA 1T0KA 5KCJB 1A54A 1Z7NE 3RGYA 4MCOA 1NV2A 1LBCA 1MQJA 3DRHA 4G8MA 4XFEA 5ESYA 1IXHA 1FPKA 2HZLA 2F6GA 1A40A 3TTMA 3RYAA 2DWHA 2VD2A 2GFEA 4HCWA 4P56A 4GWXA 1LB8A 3C34A 1IMAA 1DTZA 1LCTA 4QSDA 4OXVA 4MNPA 4M1VA 1GVCA 1SI1A 1IIWA 3K1MA 4I8CA 5ISUA 2X7QA 5LTCA 2HFBA 4MIJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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