4ZEKA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-isopropylphosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AGROCINOPINES A
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule tags Transport protein
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zekA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zekA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zekA02
2QRYA 4EF1A 4PP0A 2M8CA 2G93A 2XX9A 3HCQA 1LCFA 5H8FB 2Q2AA 1OLCA 1JVXA 3LSFB 4XKRA 4PFUA 1TWYA 4RPNA 2F6GA 2VGQA 4P0GA 3TAJA 4G68B 4U23A 1VR5A 2H99A 4OFOA 1MQGA 4O3CA 4EF2A 3K1MA 1B3HA 1DPEA 3GXAA 2X26A 2Y7RA 4KYDA 2FA7A 4H0WA 3VXBA 2XXIA 3KEIA 5CMBA 4YB7A 2UYFA 3W15C 3K1PA 1H45A 5H8QB 3OENA 2GFEA 3V89B 3RTWB 1MY3A 4JWOA 2O68A 2Q89A 2ZNSA 4O3AA 3S9EA 2A5TA 4I8CA 4NF8A 1JETA 4R72A 3FVKA 3PPQA 1POTA 2O51A 3SEWA 1B2HA 1O64A 1TFAA 4TQUQ 3T9XB 3W9VA 2H9BA 5DEXA 3HPIA 2F36A 4ZDMA 3MP8A 3C34A 3LSLA 1VFDA 1URSA 1MPDA 4ISUA 4X48A 3T93B 3MP1A 2O6AA 1B5HA 4TLMB 1FTJA 2DWIA 1URDA 1RYXA 3FVOA 3DELB 3CIJA 5CRYA 1QKBA 3M3LA 3PD8A 5L9SA 4XKNA 1N3XA 1H3DA 3T9UA 4F1VA 4OVJA 3T66A 1M5EA 4PFTA 1AIVA 4QFPA 4RPOA 3RYAA 1GTKA 5CBRA 2OZZA 4L17A 1R9LA 1MDP1 3F11A 3PMWA 2X7QA 2HAVA 3DRHA 3CR9A 4DIGA 3FXUA 3C4MA 3S2VA 2ONSA 4O3BA 3C31A 4POXA 4YKJA 3RYBA 1OIBA 4LZ7A 1XOCA 3KN7A 1B1XA 4RYAA 1FQEA 5A5XA 2H5YA 3V5AA 3V8XB 2YPNA 1MXYA 3VDFA 1ZU0A 3HV1A 5ICQA 2WOLA 3MVXA 2DWAA 3IL1B 3N26A 3AXFA 4HCWA 2QMWA 1SYIA 5K2XA 1TFDA 1SQYA 5I2KB 3I5OA 3O9PA 1CE2A 5L9OA 4C1UA 1UTHA 4DLDA 4EQ9A 4JSDA 1B3FA 1OLAA 2HZKA 2VP1A 1B7HA 2XD2A 3C35A 4H5GA 2PYYA 5KDTA 4JDFA 3K6UA 5JTYA 2PT2A 2Y7WA 3MQ9A 4YMAA 5I56B 2XXHA 4BDRA 1UQWA 4YKPA 3FZVA 1MDQA 2AL4A 1B58A 4XKQA 1XT8A 1T0KA 1BTJA 1IEJA 5CBSA 4YB6A 5ITOA 1LAXA 2QL3A 3MWBA 1B9JA 3S9MC 3FATA 1B52A 3LR1A 4Q5TA 4OERA 3KBRA 4F3BA 4AQ4A 1SYHA 1HSJA 4IY5A 5IAIA 2Z8FA 1PBPA 1AOVA 4OEVA 3HSTA 4H5FA 5JK4A 4F18A 4EQ7A 1XS5A 1PEBA 1Q35A 3MBPA 1Z7NE 3SERA 2UVJA 3BFUA 1Y3PA 4KPTA 4F1YA 4PFYA 1P1QA 3TDJA 4U4SA 1USYH 4IO5A 4NWDA 4YAHX 4EQBA 1ZLQA 1Y3NA 1A8EA 1SW2A 5FHOA 2QS2A 1MXUA 4ELPA 4OTEA 4ESXA 3OO9A 2ZXTA 3O6IA 3RPWA 1LB8A 4QHQA 2F34A 2QS1A 4JSOA 4OZ9A 2REJA 4R6HA 1EZPA 4BDOA 3B6TA 5I2NA 2F5XA 4P11A 4KCCA 2XD3A 1UTBA 4ZEIA 3UGWA 5I58B 4Z7EA 3CI8A 1B0LA 3C36A 3GBBA 4LA9A 1DPPA 4GFRA 4GXSB 3CG1A 2Y7PA 3HN0A 5B70A 4QFKA 1PB9A 2XXUA 2RINA 4NF4B 2O1MA 4F29A 2DXRA 3IR1A 3BKIB 2RC8A 3K6VA 5I57A 1I69A 4WXJA 3IAZA 3ZS6A 2NUVA 2DE2A 1H76A 1N3WA 1FW0A 2DQVA 4HCYA 3QXMA 3DRGA 5CMMA 4GQOA 4KFQA 4NF5B 3O6HA 2BJJX 3IJOB 1A99A 4NF6B 2NVUB 3RN8A 3DP4A 3VVFA 3MPLA 4FJPA 3MZBA 3EPEA 1NKXA 2V3QA 3PUYE 1B7ZA 1S9TA 1EU8A 4FAJA 3A09A 4OQOA 1XHYA 1DMBA 1NFTA 2XXTA 2ALUA 5DT6A 3PUZE 4R2FA 1MY4A 4K3FA 4ZEDA 4ESWA 4NTLA 1FQBA 3TTNA 3FV1A 1Y4TA 1P99A 5DVIA 4H8JA 3D4GA 3IX1A 4R6YA 3IORA 1JVYA 2VOZA 3IO4A 3TTKA 3IB1A 4LZ5A 3N5LA 3H6WA 2ZYOA 4Q0CA 3TPAA 3TKDA 2DVCA 3O29A 2GHAA 1NNTA 4MBPA 4TLLB 2GHBA 2DE3A 4U21A 1AL3A 1FTOA 1MQJA 2I58A 1LAHE 3G3HA 5H8NA 3OMBA 1WODA 4KD5A 4YZZA 3L6GA 1MQIA 1OQHA 5DVFA 3B6WA 1S7YA 3K00A 4F22A 1PB7A 3OELA 1M5CA 4BLAA 3MVWA 4JWYA 1ATGA 3QUFA 3FIRA 1YAEA 4X1DA 4MFIA 3CSBA 3JYRA 2PMSA 2I0CA 2R71A 1I6BA 3P7IA 3I6VA 4IO7A 1I6QA 4HW8A 1DSNA 2Q9TA 3SEXA 3L6HA 4THIA 5TP9A 3FV2A 1XVYA 2UXAA 3HHGA 2XXVA 3OO8A 3K0VA 4GF8A 4NF8B 4OMBA 4ZEKA 2F8DA 2OWTA 1MQDA 2QPQA 2W7YA 3TODA 1P1WA 5KZTA 3OEMA 3M8UA 4NEDA 2AIXA 3KJ7A 3E9XA 2GRVA 1LSTA 4UACA 5F1QA 2HEUA 1MM6A 3ODBA 3PPNA 4RY1A 4RNSA 1B3GA 1PC3A 3IB0A 1USYE 2Q8JA 2XXYA 2XX7A 5H8FA 2G29A 4ELOA 3RQTA 1F9BA 1FCKA 5AE4A 1N7WA 3KN3A 3SETA 4RK9A 2VHAA 1S50A 1M5FA 2Y84A 3N94A 5TPAA 3I3VA 4C1TA 4R75A 3VV5A 3A3UA 1EH3A 4I9DA 3RT6B 4MF3A 4DCXA 5CM6A 4OHNA 3R7XA 1R9QA 3MP6A 4DXCA 3K01A 1TXFA 2B65A 5H8QA 2E1SA 3VLUA 3H7MA 1US4A 2YJPA 4DE8A 5HM4B 4BDQA 1FQCA 1KWHA 1ZKBA 3TQLA 4DZ1A 1FTKA 3K2DA 2NXOA 1IXCA 4X1BA 1N04A 1L5TA 5F7VA 2ONKE 2OCUA 4OXVA 1MXXA 3ONMA 4ELRA 4OWDA 2DXYA 4H6DA 4EXLA 2O7IA 2P1SA 3TQWA 3G3FA 3S4UA 3FVGA 4G2ZA 4LQ2A 1N0TA 4YICA 5KCJB 1M5DA 1D9YA 3RUMA 5HPQA 3Q28A 2F97A 2OJTA 1EZ9A 2V84A 5A5XB 1B46A 3TTLA 3JZJA 4G8MA 5CMCA 4N6PA 1VSOA 3EHSA 1P1NA 3LSXA 3KFMA 3KG2A 1RKMA 4F19A 5ICTA 4GL0A 1BLFA 2LAOA 3DP8A 1SD3A 3PUWE 4ZEBA 4QFOA 1LB9A 2QS4A 2QSXA 1LBCA 1UTHB 1IZ1A 4ZZEA 2O1LA 1JW1A 2ZYMA 5TU0A 3TTRA 1R1NA 3K4UA 1GR2A 1FQFA 3UORA 3FUZA 1Z7ME 5JTYB 3Q29A 4LQ5A 2THIA 4U22A 4JWXA 1MXWA 2HFBA 2Y7IA 5H8HA 3ECRA 1DTGA 2OK2A 4JXIA 1D9VA 3Q26A 1VFEA 3PGFA 3UN6A 5FHNA 5L9MA 3CFZA 1SW5A 1NNPA 3QYTA 1EZOA 3K02A 2V3UA 2RKMA 1ZMGA 1POY1 1B0HA 1AMFA 4YKKA 2NOOA 1B1HA 1MPCA 5I2KA 1QJMA 4QF9A 3FASA 4U4XA 4U1ZA 3MC2A 2FYIA 2I0BA 2F35A 4OYVA 3PU5A 4XTCQ 3ZSFA 3S9NC 2V3TA 3BFTA 1NMUA 1IIWA 1B3EA 4AB6A 2DVZA 2DE4A 1US5A 1B7UA 3CHGA 5AA4A 3EHTA 3Q25A 3C9HA 1B40A 3ZKLA 1Y9UA 1MPBA 1SVXB 4XIGQ 1MH3A 3C33A 4YU0A 3TFLA 1FTMA 3R26A 1QUJA 2OWSA 1SI0A 5I59A 1P1UA 4IO2A 3LUYA 4G68C 2OLBA 1NNKA 2CMOA 4KI0E 1GGGA 3DLNA 3QSLA 2XXXA 2HXWA 5AA2A 3IOWA 2E0SA 1QUIA 1QUKA 1IXIA 5I84A 3O6PA 3CSGA 1CB6A 2RC9A 4IGTA 5ISUA 3OXNA 3H3GA 5I57B 4DCYA 1BKAA 3E3KA 1I6AA 3IOUA 1B51A 2HZLA 4NWCA 1MY2A 1MY0A 4KYSA 2QJEA 4MLVA 5FHMA 2AL5A 2OBGA 3IO6A 4WEPA 2FNCA 4QSEA 3ILTB 1HSLA 4FEBA 1HSEA 1FTLA 3MAMA 3TCGA 1DTZA 2HCAA 4F39A 1D4NA 4Q30B 3THIA 4R6KA 4GIZA 3U94A 1ELJA 4IGRA 5L8DA 2ZMBA 3T9VA 5I58A 2ZYKA 3KZGA 4IO3A 3MPKA 4WEDA 1A7LA 4FIMA 4LVQA 2UVHA 3QIMA 3FJMA 3PUXE 1A40A 4GVOA 4OEUA 4UA8A 1YCJA 2XXQA 2VD3A 1LGBC 4R73A 2IA4A 1Y3QA 4GLIA 3PPPA 2NWJA 4QFLA 2P0SA 3MZ1A 4QFNA 2XX8A 1NH8A 2XXRA 3TCFA 3TEPA 2RF1A 1PB8A 2B4LA 1JW5A 4BDNA 1Q1KA 1XVXA 5CMKA 4H65A 1QKAA 4POWA 3A3CA 1VE4A 4QSCA 3MVYA 2KLFA 2XXPA 5FTIA 3OEKA 3USDA 3BBRA 1Y4CA 4AB5A 4NF6A 5LOMA 3KSXA 1NH7A 2Q88A 1A55A 4F2QA 2UVIA 4DDDA 3T9HB 4RK2A 3LC8A 3DRKA 1B4ZA 1YPNA 2Q2CA 3EN3A 4EDPA 1PDAA 1QVSA 5CC2A 4LUBA 3MW0A 5AA1A 2F6PA 4FEDA 2DWHA 4OESA 2AYSA 2ZYNA 4XXUA 5EHSA 3H03A 2Z8DA 3TZAA 2F7CA 2XHDA 4R74A 2X7PA 1AH5A 4E0XA 2QMXA 3VFJA 1MS7A 2RCAA 2HQ0A 4QSDA 4I1DA 4KCDA 2A5TB 4IO4A 2I6EA 4OETA 4G8NA 4IY6A 2O69A 1B05A 4MLQA 3U1OA 2DP8A 3KSJA 5TPAB 4F1UA 4JBZA 2I3VA 3PMVA 5DYHA 5DEXB 3B6QA 3KJTA 3U72A 2F7AA 4PETA 3VLVA 1PBQA 2ESNA 4RJZA 2QS3A 2I4CA 2PVUA 3GBAA 3GLBA 4U1OA 1WDNA 2VD2A 3LSWA 5HBCA 4G68A 2H98A 1LFIA 4NE4A 4F31B 3OOAA 3S9LC 3K6XA 4OENA 4ECFA 3U93A 1N7XA 2XXWA 1LCTA 5H8SA 3SEUA 1OVBA 2HAUA 3KN8A 3UP9A 3K6WA 3CG3A 1OVTA 3H4ZA 2ANJA 3DRFA 2CZLA 4ZZAA 3UIFA 5EYFA 1LFHA 1Y20A 4H8IA 3LBSA 2PBWA 2WKYA 3E13X 4Q8RA 1LAGE 2F7BA 1ZTYA 3IK6B 1MH4A 4HTGA 4G77A 3U8QA 2I48A 2UVGA 3FD3A 1B5JA 1SI1A 4GOTA 1H43A 4I62A 1JEUA 3O28A 3VLWA 2PT1A 4R2BA 4N07A 1IXGA 3FJGA 3SEYA 2ABHA 3FXRA 3G3GA 1IQ7A 3FTOA 1FQAA 2IEEA 2H25A 4H67A 4P0IA 3MVZA 1MY1A 1ZJLA 2D21A 3UK4A 3QK6A 3FJ7A 3TYHA 1BIYA 4YKIA 4RXLA 3RGYA 3IB2A 3G3JA 4GXAA 3KGCA 1UIVA 2B3FA 2R6GE 2UYEA 1J1NA 5H8HB 1ZIUA 1WVJA 5KCJA 4NMYA 1XC1A 4TOZA 3TELA 5KDTB 4LZ8A 4F3SA 2I3WA 1IXHA 1R6ZA 5J1DA 3H6TA 2DOJA 2DWJA 1M5BA 1ZBMA 3E4RA 1B4HA 1SBPA 2R9JA 3B7DA 3Q27A 1B32A 3SKPA 2RC7A 1II5A 2F78A 3TTMA 3H06B 3PPOA 1LBBA 3KOSA 3OSQA 4KHZE 3G7WA 1A8FA 3KOTA 4QRZA 4ZE9A 3PMXA 1SW1A 3RTFB 2ONRA 4ONYA 4M1VA 4IO6A 1N84A 4FORA 1B3LA 1DOTA 4F3GA 4IB2A 3W9WA 4PFWA 2DSFA 4LP2B 2Z8EA 4GRKA 3RNNA 2PX1A 3EHUA 1MXZA 4KYEA 3PUVE 1MRPA 1NL5A 3CVGA 3DRJA 1Y1MA 3RT8A 5AA4B 5DTBA 2B3BA 3JV9A 3G3KA 1D3KA 3CFLA 1TT1A 3O66A 3MUQA 3VVDA 5I56A 5I59B 3EQ1A 5M2VA 4FATA 3UA8A 3VXCA 3O2AA 3N6TA 1RYOA 1SDXA 5AA3A 1IITA 3WAFA 4EXKA 5I2NB 3PAMA 1NNFA 5AA2B 4XKPA 2D5WA 1QULA 4M4GA 1UTBB 4DXBA 2RCBA 3CFXA 4EUOA 2DS9A 5DVJA 5FTHA 3FXQA 2DYXA 3T96B 4BDLA 2D3IA 4RA1A 4GWOA 2WOKA 1IUDA 4MH5A 2I49A 1N76A 4LONB 5ELVA 4E0WA 3GZGA 4N13A 1JW4A 1O63A 2I4BA 4U2RA 4YMBA 4FE8A 3C32A 1P1OA 5JEIA 1B6HA 4GD5A 1OMPA 1LFGA 4ZE8A 2V93A 3PD9A 3MJNA 5ITPA 5CI5A 3U92A 4KR5A 1A54A 3EF7A 3WAEA 4ZS9A 3SDFA 2P2AA 2O84X 1YTVA 3N6UA 1LLSA 4ZEFA 5K2YA 3ILUB 1MXVA 4F2OA 4H1XA 1ANFA 3OO6A 4LATA 3H6UA 3VVEA 3IOTA 2Y7KA 4F3PA 1QW0A 4PQJA 3PV0E 3MZ9A 1MM7A 3TCHA 3PPRA 1BP5A 3FVNA 1URGA 1SW4A 4R9GA 2GH9A 3LVUA 3OSRA 4NF4A 3QAXA 3T22A 5AA2D 5IKBA 3R6UA 1UIUA 4ZECA 1LAFE 4JB7A 3DRIA 3HHFA 2YLNA 1GV8A 4ELQA 5H8NB 5EHMA 1H44A 2WOPA 4X9TA 3D4CA 1FQDA 4FECA 4DXUA 2B4MA 1GVCA 4OFLA 3TMGA 3G3IA 4NF5A 2A5SA 2V25A 4Z0IA 1O7TA 1JEVA 2O7UA 4KQPA 5BUUA 4ND9A 1Y1ZA 3DP6A 3DM0A 3H6VA 4YB5A 3M3FA 3OD7A 1JQFA 3QUJA 3FGSA 3SESA 4G8HA 4C0RA 2H4IA 2ZNTA 3O97A 1JNFA 4R9FA 4PE5B 3RY3A 3IOVA 5TP9B 3SEVA 1MG1A 1OQGA 2REGA 2ZNUA 4OFJA 3IJXB 1MQHA 4GL8A 3ZKKA 4BDMA 3V83A 3CRBA 4G4PA 2Z23A 3M3KA 3TUSA 3RLFE 3HO7A 5B7DA 5BWJA 3K1NA 3OO7A 4WKMA 1B5IA 3O6GA 2Z22A 3VE1B 4HS7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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