4ZEKA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-isopropylphosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule tags Transport protein
molecule keywords ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AGROCINOPINES A
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zekA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zekA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zekA02
5ICQA 3TAJA 4U1ZA 1LAHE 3EQ1A 5BUUA 1XHYA 3K6XA 4OZ9A 3QIMA 5A5XA 1BTJA 3N5LA 3KN8A 4DDDA 2WOKA 1AOVA 4OEUA 3B6QA 4EXLA 3SKPA 5DVIA 2H4IA 4JXIA 4R73A 1BLFA 4R2BA 4FATA 5LOMA 4H1XA 2O84X 1DPEA 2QL3A 5CMBA 4KD5A 5TU0A 1B0LA 1Z7ME 1A55A 2G93A 2DXYA 4NF8B 4IO3A 1Q1KA 1RYXA 2I6EA 3GLBA 2Y7WA 4NMYA 5AA4A 1A8FA 4G68B 4IO5A 3HN0A 3PU5A 4LQ5A 5DVJA 4XKQA 1FQFA 2HXWA 3OENA 3C33A 3PUZE 3O6PA 1LCFA 3H06B 1UTBB 4ZEDA 1Y4CA 3N6TA 4U4XA 3N26A 1B5HA 1TXFA 4ESWA 1MDQA 4JDFA 1FQBA 4GXSB 4H5GA 4MFIA 3T9VA 1IXIA 2GH9A 1H43A 4KCCA 5H8HB 2DSFA 3DRFA 4OFJA 3TDJA 4EUOA 2B3BA 4GXAA 2XXRA 4YMBA 4RA1A 5H8QA 2XXPA 4MLVA 5F1QA 1ZMGA 2I4BA 1QJMA 3MW0A 1P1QA 2V3TA 3TYHA 1P1UA 4OQOA 1OLAA 3TCGA 1A54A 2M8CA 2VD3A 4WXJA 5FTIA 3PMWA 3ZKLA 4DXUA 5CBSA 3I3VA 1DMBA 4GL0A 5DEXB 2DWIA 5JTYA 1MY2A 2FYIA 2PX1A 4LP2B 4P11A 1SI1A 5H8NB 4ZEBA 1UTHB 3UORA 2HAVA 5TPAB 2R71A 3IB1A 3U8QA 4LUBA 4IO4A 1P99A 5JTYB 4KPTA 1NH7A 1MXVA 2OWSA 1S9TA 3FTOA 1Y3QA 3VXBA 1B2HA 2XD3A 2YLNA 3H6WA 5I57B 3C34A 3M3FA 1P1WA 5I2NB 4OWDA 4F3PA 1FCKA 2QS3A 4TQUQ 3PAMA 1JQFA 3RQTA 3CVGA 4OFOA 4TOZA 1P1OA 3O6IA 4XIGQ 3OO7A 4C1UA 4ND9A 4OMBA 1URGA 2ZMBA 1US4A 2LAOA 5CM6A 1QUKA 4F1UA 4OERA 1Q35A 1QUIA 2A5TA 4HCWA 2AL4A 4LA9A 1B0HA 3PPRA 1I69A 4XKRA 5DYHA 1XT8A 3H3GA 5I84A 4BDQA 3FASA 4F2QA 3C9HA 4ELPA 3E9XA 1AH5A 1SDXA 2VOZA 3VLWA 1VSOA 2CMOA 3HHGA 1B4ZA 3U92A 4DXCA 4H8JA 4XXUA 3IOVA 1BP5A 2HCAA 3OO9A 1O7TA 5EHMA 1R9LA 3USDA 1WODA 3IB0A 5KCJA 3GBAA 4YZZA 2RC7A 3TTNA 2Z8FA 3VVDA 3DRGA 2F6GA 2PT1A 2I58A 4PFWA 4WEDA 2DQVA 4L17A 5CMKA 1S50A 3K6VA 3QXMA 1MQJA 3IB2A 4QSEA 1GV8A 5L9OA 4H6DA 4YICA 3N94A 4YAHX 5ELVA 4H67A 3KOSA 4X9TA 3D4GA 1EZ9A 3S9NC 3K1PA 1ELJA 5L8DA 1PB8A 2ZYNA 4JB7A 4JSDA 1KWHA 2F5XA 3MWBA 3MPKA 3CIJA 1MH4A 2RC9A 4KR5A 5I59B 1B3GA 4IGRA 5TP9B 4F1VA 2UVIA 1AMFA 1LAGE 4RK9A 4Q8RA 2XXTA 3OELA 1H76A 3SEWA 5HPQA 2I49A 3FVKA 3HV1A 3I6VA 2NOOA 5A5XB 2QSXA 5TP9A 5I57A 3ILUB 4NF5A 1QVSA 2P2AA 3K0VA 3A3CA 1Y3NA 4FIMA 3Q28A 2WOPA 3E4RA 2PVUA 3JV9A 3KN7A 4FJPA 5K2YA 3ECRA 2BJJX 4Z7EA 2I3VA 4H65A 4HW8A 3VDFA 1NNFA 1TWYA 4IGTA 4POWA 1USYE 5AA1A 3W9VA 4BDRA 1B4HA 1EU8A 2PT2A 3FZVA 4NTLA 1T0KA 3DP4A 3VXCA 3MVZA 3O97A 4PETA 1QW0A 1LB8A 3K00A 5CMMA 3RY3A 1VE4A 1HSLA 4PFUA 2REJA 3FUZA 4U2RA 1II5A 1QKAA 3FJ7A 3DM0A 4UA8A 4X48A 3SETA 1H3DA 2D21A 2Y7PA 3LBSA 4EDPA 4XKPA 3G3HA 5I56A 1B7ZA 2B65A 1B3LA 2O7UA 5KCJB 4K3FA 1IIWA 1MRPA 4DE8A 1Y4TA 2OK2A 4TLMB 3ILTB 3S4UA 3TUSA 3C4MA 4NF4A 2VGQA 3FGSA 2PBWA 3E13X 3M3LA 4QFOA 3IJXB 4OETA 4XKNA 3HSTA 3OSQA 5AE4A 4G68C 3K1NA 3OMBA 1LFGA 3IOTA 4YMAA 2QRYA 4YB6A 3CHGA 3PV0E 1EZPA 1JEVA 4PFTA 4IB2A 3V8XB 3K6UA 3BKIB 3PUYE 1GVCA 4GQOA 4DIGA 4YKIA 3LVUA 4ZEFA 3TZAA 1M5EA 1PBPA 3THIA 2UXAA 1POY1 2H25A 4ESXA 2P1SA 1RYOA 2QS4A 4OXVA 4RK2A 2DE3A 5HM4B 3V83A 3K01A 3UP9A 2OWTA 4O3AA 2OBGA 3BBRA 5I58B 1N0TA 1WDNA 1S7YA 3WAFA 1ZU0A 1ATGA 4MF3A 2Z23A 4GFRA 4ZDMA 5AA4B 3CRBA 2Z8DA 3OO8A 4RJZA 3TCHA 2QPQA 4IY5A 3MVYA 3ZS6A 3QUJA 4ELRA 5JEIA 1IZ1A 2O68A 4Q0CA 4LZ5A 2O1LA 2DE4A 1SW2A 2XXUA 1D3KA 2YPNA 3LC8A 3HPIA 4JWYA 3U72A 3H6TA 4QFPA 4AQ4A 2F8DA 1IXGA 3CFZA 3OOAA 3SEVA 1MY1A 1Y9UA 1OLCA 3UIFA 2F7AA 4G8MA 1FTOA 4Z0IA 2RCBA 1LLSA 3U93A 4I8CA 1N3XA 1N84A 3B7DA 3JZJA 4BDOA 4NE4A 1DPPA 2B4LA 1ZKBA 3CSGA 3FVGA 3VVFA 1B6HA 3FIRA 2ANJA 3PUVE 3ZSFA 1FTJA 2XXXA 3MC2A 2ZYMA 3G3FA 4EQ7A 3PD8A 1LB9A 2UVHA 1I6AA 2OZZA 1B46A 3D4CA 4BDNA 3DLNA 4U4SA 1A99A 3LSFB 4QFNA 1FQAA 3LUYA 3T9XB 3LSLA 3TFLA 3RYBA 3QUFA 4R2FA 1YPNA 3MZ9A 1ZBMA 3B6WA 1PEBA 2XXWA 3KBRA 3LSXA 4H8IA 4G8NA 2F97A 4O3CA 4Q5TA 4U21A 4QFLA 1FTMA 5FHNA 2G29A 5L9MA 1F9BA 1LCTA 3VLUA 1PBQA 4LZ7A 2Q2AA 3RT6B 1URDA 1XOCA 2HEUA 2CZLA 1TFDA 2DE2A 1OMPA 1M5DA 3PD9A 4ISUA 4QRZA 3TODA 3KSXA 1A8EA 3IAZA 4KHZE 4ZS9A 2GRVA 3MQ9A 4YKJA 4TLLB 5ITPA 2NVUB 3KGCA 3O6HA 4LONB 4BDMA 5I2KA 2ZNSA 3O28A 3S9MC 5ICTA 4RPNA 1A7LA 1D4NA 4OESA 1B3EA 3CFXA 2Q8JA 2D5WA 3T9UA 3TTKA 3M8UA 4F3SA 4EXKA 1D9YA 3IO6A 2DVZA 2I48A 3G3KA 4P0IA 4R72A 4M1VA 3GBBA 1OQGA 4N07A 3OXNA 3OSRA 1USYH 2HFBA 2IEEA 4R6KA 4E0XA 1GGGA 3KJTA 2D3IA 4IO2A 2V93A 5DTBA 4LATA 2F36A 3UGWA 1FQEA 3TTMA 4IY6A 5AA2B 5CI5A 2A5SA 1MG1A 2R9JA 5M2VA 1BIYA 1WVJA 2QS2A 3IK6B 3IOWA 1LFHA 5FHOA 4WEPA 5F7VA 2NUVA 1RKMA 1B5IA 1MS7A 3CG1A 2F6PA 2THIA 3H03A 1N76A 2NXOA 5H8NA 2RKMA 3ODBA 1UQWA 3MVXA 4G68A 3RTFB 4DZ1A 3DRKA 3DP8A 2DVCA 3RN8A 1AIVA 2VP1A 2O7IA 2H9BA 3FATA 3CR9A 1XS5A 4LZ8A 1MQIA 1N3WA 1SVXB 3FVNA 4NF6A 3EHSA 2OLBA 4I9DA 4U23A 1B1XA 1SW4A 5DVFA 1LBCA 5B70A 1XVXA 2XXVA 4C1TA 2V3QA 3FXRA 3TEPA 1MDP1 2GFEA 4QSCA 5DEXA 2NWJA 3T93B 1IXHA 2O69A 3H6UA 3PPNA 2Z22A 4BDLA 1MXUA 1H45A 1M5CA 4H0WA 4KYDA 4F29A 2W7YA 4GVOA 1J1NA 1B9JA 3GXAA 2I0CA 4NWDA 2XXIA 3ZKKA 2ZXTA 2PYYA 1FQCA 1FW0A 3PMXA 4F22A 3MVWA 4OFLA 3IL1B 1Y20A 2Y84A 4F39A 4R9FA 1LGBC 3EN3A 2V3UA 2VHAA 1NNKA 2ABHA 1JEUA 3ONMA 4GLIA 4THIA 4F3BA 3K4UA 1MPBA 2HQ0A 3AXFA 3I5OA 3FV1A 4FORA 1P1NA 5ISUA 2ONRA 1SW1A 2UVJA 5HBCA 4AB6A 3DRHA 4F19A 1PB9A 1M5FA 4NF4B 4R9GA 1DOTA 2B3FA 4YKKA 3SDFA 1US5A 3LR1A 2X7QA 1JW4A 3VFJA 3MAMA 3UK4A 1Y1ZA 4HCYA 1EH3A 3FJMA 5H8QB 2Z8EA 1FTLA 4GRKA 4NWCA 3MBPA 4PQJA 3C36A 4NEDA 3PPOA 4OHNA 4P0GA 3T96B 4MLQA 4N13A 1MQHA 3G3GA 2O6AA 3MPLA 5KDTA 2AYSA 4M4GA 1TFAA 3FXQA 2QMXA 3EF7A 4ZZAA 1N7WA 3VLVA 3S9LC 4XTCQ 1SBPA 2AIXA 1H44A 4E0WA 3G3JA 5TPAA 2P0SA 3HCQA 4KQPA 5CMCA 1B1HA 2ZYOA 1JVYA 1ZLQA 1B40A 3Q29A 4U1OA 1R9QA 3IX1A 4G4PA 3KG2A 3OD7A 2PMSA 4G8HA 4QF9A 5JK4A 5KZTA 2O1MA 5I2KB 4GD5A 5CC2A 3PGFA 1MQGA 3SEXA 4H5FA 1IQ7A 3KJ7A 1NFTA 1ANFA 4O3BA 2XXQA 4F3GA 3Q25A 1Z7NE 2XX8A 3L6HA 3SEYA 4LVQA 1MPCA 1VR5A 3SERA 4JWOA 1HSJA 4ZE8A 3DRIA 1XC1A 1JVXA 1YCJA 4RY1A 4YKPA 4RNSA 3FVOA 1M5BA 1IITA 1MPDA 4NF5B 4ECFA 4DXBA 3EHUA 3MJNA 2O51A 4FAJA 3DELB 2H5YA 4GL8A 3QYTA 1GR2A 1XVYA 1CE2A 3K02A 3MZ1A 4YB7A 2FNCA 3VVEA 1UTBA 4JSOA 3QK6A 2ZYKA 2WKYA 3FJGA 3R26A 3RTWB 1LBBA 1MY4A 1MH3A 2I0BA 1N04A 2R6GE 2RCAA 1MY3A 2H99A 1LSTA 1SYIA 1SI0A 4PFYA 2V25A 3EPEA 2F35A 3DRJA 4IO7A 3TQWA 2UYFA 2YJPA 4WKMA 4FEBA 3RYAA 4F1YA 1Y3PA 2OJTA 4OEVA 3A3UA 1MXYA 3CI8A 3K1MA 2ZNUA 2Q2CA 4R74A 4X1DA 3R6UA 5DT6A 1Y1MA 3RPWA 5AA2D 3QSLA 3PUWE 5KDTB 1B51A 2REGA 3E3KA 2OCUA 4FECA 4HTGA 3W15C 3VV5A 3S2VA 3UA8A 2QJEA 3W9WA 3A09A 4ZECA 3MZBA 3C32A 4MBPA 1JW5A 3RUMA 1SD3A 2F78A 3Q27A 3U1OA 2XXHA 4EQBA 2X7PA 3V5AA 2XX7A 5H8FA 5I59A 4OVJA 3DP6A 3MP8A 1QKBA 3SEUA 2V84A 3CSBA 3TTLA 3KOTA 1NL5A 4RPOA 1FTKA 3PPQA 1UTHA 4QSDA 1L5TA 4EQ9A 1PC3A 1B3FA 4C0RA 5H8SA 4KYSA 2ALUA 1NMUA 1VFDA 3BFTA 4PP0A 1NNPA 5I2NA 2AL5A 1TT1A 1B32A 2F7BA 1A40A 4N6PA 3KZGA 2I4CA 1DTZA 1ZTYA 2B4MA 3O66A 1FQDA 4GF8A 4ZEKA 2FA7A 2DP8A 2ZNTA 2GHAA 2HZKA 3O6GA 4KFQA 5K2XA 3RNNA 1OQHA 2DXRA 3IO4A 2ONKE 4F2OA 3SESA 1NKXA 2XX9A 4KCDA 1IUDA 1PB7A 3PUXE 3OEMA 4I62A 5I58A 2DWJA 5IKBA 5L9SA 2Y7IA 4OYVA 1POTA 1B52A 1NNTA 3H4ZA 3TQLA 3VE1B 3C35A 5AA3A 1B58A 1R6ZA 1MM7A 4R75A 2F7CA 1VFEA 4F31B 4ZEIA 5CBRA 1JNFA 2HZLA 4DLDA 4OENA 3U94A 5BWJA 1IEJA 5EYFA 3F11A 2DYXA 2RC8A 2GHBA 3MUQA 3Q26A 4BLAA 4ZE9A 3IR1A 1LAXA 3MP1A 4G2ZA 5FTHA 3RT8A 2RINA 4KI0E 4KYEA 1AL3A 2Q9TA 1SW5A 1OVBA 3BFUA 2UVGA 2DOJA 4AB5A 1IXCA 3PMVA 3CG3A 4QHQA 4ZZEA 1JETA 4UACA 1PDAA 3IJOB 4X1BA 4Q30B 2DWAA 3P7IA 2Q88A 1B7HA 4GOTA 1MY0A 3KSJA 3O9PA 3C31A 3LSWA 4FEDA 3TKDA 4ONYA 2DWHA 4POXA 1O64A 2I3WA 2VD2A 3CFLA 1DSNA 3N6UA 2UYEA 3KEIA 1NH8A 1UIUA 1B3HA 3TPAA 4RYAA 4I1DA 2WOLA 3RLFE 4G77A 1EZOA 1QUJA 1MM6A 4DCYA 3MP6A 4YB5A 2F34A 4QFKA 4NF6B 3OO6A 3KFMA 3TMGA 1D9VA 1ZIUA 3IOUA 3IORA 3T66A 1MQDA 1OIBA 1ZJLA 2E1SA 3GZGA 5FHMA 1B5JA 5ITOA 3T22A 5EHSA 2HAUA 1O63A 4RXLA 4NF8A 1B05A 2RF1A 3JYRA 4EF1A 2A5TB 1I6QA 2QS1A 1MXWA 3QAXA 1I6BA 4MH5A 3PPPA 5H8HA 2XXYA 3FV2A 3V89B 4ELQA 4PE5B 3OEKA 1OVTA 5H8FB 5IAIA 5J1DA 3S9EA 2QMWA 3RGYA 4R6HA 1JW1A 2XD2A 1SQYA 2E0SA 3TELA 4YU0A 4FE8A 3R7XA 3H7MA 4OTEA 1B7UA 4F18A 5B7DA 3T9HB 1DTGA 2IA4A 3TCFA 3KN3A 3WAEA 3G3IA 1HSEA 2ESNA 4LQ2A 2Q89A 3H6VA 5I56B 2DS9A 1N7XA 4ELOA 1GTKA 1CB6A 3O2AA 1MXZA 3K2DA 2X26A 3B6TA 3K6WA 1URSA 1R1NA 1YAEA 1YTVA 2XHDA 2Y7RA 4GIZA 4GWOA 2ONSA 4JBZA 4IO6A 3M3KA 4EF2A 2Y7KA 3FD3A 2KLFA 3HHFA 3UN6A 4R6YA 3EHTA 4U22A 4DCXA 5CRYA 1LFIA 3FXUA 1SYHA 3L6GA 4JWXA 1UIVA 1LAFE 1BKAA 1QULA 3TTRA 3HO7A 3G7WA 2H98A 5AA2A 4HS7A 1MXXA 3O29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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