4ZEKA

Pbp acca from a. tumefaciens c58 in complex with l-arabinose-2-isopropylphosphate
Total Genus 156
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
156
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
RRALRLGVNGLPNSLEPVNAISNVGPRIVNQIFDTLIARDFFAKGAPGNAIDLVPALAESWERIDEKSVRFKLRQKVMFHDGVELTADDVAYTFSSERLWGPEAIKKIPLGKSYSLDFDEPVVEDKYTVTLRTKTPSYLIETFVASWMSRIVPKEYYKKLGAVDFGNKPVGTGPYKFVEFVAGDRVVLEANDAYWGPKPTASKITYQIVAEPATRVAGLISGEYDIITTLTPDDIQLINSYPDLETRGTLIENFHMFTFNMNQEVFKDKKLRRALALAVNRPIMVEALWKKQASIPAGFNFPNYGETFDPKRKAMEYNVEEAKRLVKESGYDGTPITYHTMGNYYANAMPALMMMIEMWKQIGVNVVMKTYAPGSFPPDNQTWMRNWSNGQWMTDAYATIVPEFGPNGQVQKRWGWKAPAEFNELCQKVTVLPNGKERFDAYNRMRDIFEEEAPAVILYQPYDVYAARKDVHWKPVSFEMMEFRNNLSFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Pyranose-2-Phosphate Motif Is Responsible for Both Antibiotic Import and Quorum-Sensing Regulation in Agrobacterium tumefaciens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens
molecule keywords ABC TRANSPORTER, SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AGROCINOPINES A
total genus 156
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4zekA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4zekA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 4zekA02
1POY1 2F7CA 3EHSA 2O69A 2VP1A 4F22A 2O84X 2DYXA 4NWDA 1F9BA 5JEIA 5ICQA 4GFRA 4YAHX 3Q25A 5HM4B 4DDDA 4H6DA 3A3CA 5DVJA 1D9YA 2GHAA 2M8CA 4ZE8A 4GXSB 4I62A 1N3XA 2YLNA 4KFQA 3PUXE 4H5FA 1FTJA 3S2VA 2XXUA 4N13A 2ZNTA 2Z22A 3LSWA 4OYVA 1BTJA 1II5A 4MBPA 5I58B 1OVTA 4RK2A 4EXLA 4GRKA 3IB2A 1UTHA 3K2DA 4EXKA 4NE4A 3PD8A 1FQFA 2PVUA 3CI8A 5EHSA 2NUVA 3GBBA 1IQ7A 2OZZA 2DE4A 3WAEA 4QFOA 5CMCA 4MLVA 5DT6A 1VFDA 2Q8JA 1B05A 3GZGA 4FEBA 3QXMA 3KN7A 2ZYMA 2R9JA 3GLBA 4KPTA 4POWA 3IK6B 3H6WA 1S50A 3FZVA 1UTBA 5BUUA 2XXHA 3I5OA 5M2VA 3SESA 4ZZEA 2AYSA 1S7YA 4EF1A 3FJMA 4RNSA 5DYHA 4ZZAA 4I9DA 2V3UA 5ITPA 4YZZA 3K6VA 1MG1A 2Z23A 1Z7ME 3VVFA 3DP4A 5KDTB 3RTFB 2O1LA 2O6AA 3UIFA 2B3BA 4XIGQ 1NFTA 2UVJA 1SW4A 1IEJA 3PD9A 5I56B 4YB7A 4C0RA 4GD5A 5AA4A 1TFDA 4NF4A 4JB7A 4ZEKA 1MPDA 3IJXB 3MAMA 4OESA 1BLFA 1MRPA 5AA2B 1N7XA 4F39A 2Z8FA 4BLAA 1QVSA 4G68A 4ESWA 4F31B 2W7YA 3SEYA 4MH5A 2UYEA 4IO3A 5H8NA 4FORA 3HV1A 2OWTA 1LGBC 5L9MA 3DM0A 2Y7PA 3RY3A 2P1SA 3O97A 1PB7A 4R75A 2AL4A 4MFIA 4TLMB 1A54A 5EYFA 4HTGA 4YB6A 3IOTA 3H03A 3QSLA 1KWHA 4OTEA 1GTKA 3GBAA 4RJZA 1LAXA 1H44A 2PX1A 4KYDA 3IR1A 3K1PA 1B51A 4R9GA 3MVXA 3TELA 1B40A 1USYE 4R72A 4OFJA 3MVYA 5ISUA 1AL3A 3TKDA 3O66A 4KR5A 3C36A 1SW5A 4OHNA 3KN8A 5KZTA 1LFIA 3FGSA 4U22A 4LUBA 1LSTA 4H8JA 3MP6A 1NMUA 3KSXA 4KI0E 1JETA 3TTRA 1B1XA 3LSLA 1MDQA 5CMKA 1LAFE 4PETA 5F1QA 3DELB 3SEWA 3PGFA 2Y7KA 2YJPA 1ZBMA 4X1DA 4UA8A 1QUKA 4K3FA 2DQVA 3SERA 2GRVA 3TMGA 4H1XA 3THIA 1JW5A 4GLIA 3MUQA 3BBRA 1D4NA 3KJTA 1M5CA 2PMSA 2XXPA 2DXYA 3O2AA 4WEDA 4OQOA 4F3GA 2RINA 4GL8A 4EQ7A 3N94A 3DLNA 1MS7A 1NH8A 3OO8A 2NXOA 3K1NA 1L5TA 5BWJA 4R6YA 3W9VA 2O1MA 3F11A 1AMFA 3U93A 1MPBA 1B7HA 4FE8A 3ILUB 1B4HA 4C1TA 4RA1A 1MY3A 4QSDA 3MQ9A 3M3FA 1M5EA 3U8QA 3VV5A 5CMMA 3IOWA 5JK4A 2XXRA 3E13X 2RF1A 4Q0CA 3S9LC 1SI1A 3O6GA 3VE1B 4ND9A 4NF4B 1PBPA 2Y7RA 4AQ4A 3T93B 2WOPA 3C32A 3FVNA 4G68B 3TQWA 3HHFA 3LC8A 2NVUB 3G3JA 4HCWA 1MXWA 1DTZA 2DSFA 1XVXA 4U2RA 1FQAA 3TYHA 1ZLQA 2X26A 3IO6A 2H99A 2RKMA 3LSFB 3K01A 3ZKLA 3I6VA 4OEUA 1HSLA 3ODBA 4GL0A 1IITA 4KCCA 3G3HA 3N26A 1VR5A 1HSEA 4RK9A 1H45A 4R73A 3UN6A 4ZEBA 3L6GA 2ABHA 4ZEIA 2FNCA 1OIBA 4G8MA 3R7XA 3ONMA 1A8EA 3TFLA 2Q2AA 2RC8A 4XKNA 1CB6A 3GXAA 3SEUA 3TCGA 2XXYA 1N7WA 2DXRA 3QAXA 3UGWA 1A99A 1T0KA 5KDTA 3K6XA 2V3QA 4JWYA 1MDP1 3PUVE 2F5XA 1TT1A 4F19A 3TTLA 1YPNA 2V84A 4IY5A 3PPPA 1JNFA 1N84A 3FXQA 3H06B 5AA2A 1BKAA 2XX8A 3HSTA 1B32A 1QUIA 4R9FA 2P2AA 4FAJA 3M3KA 1MY2A 2DVZA 3MPKA 3MP1A 3UK4A 2OLBA 3O28A 2XXQA 3EQ1A 4DXUA 1FW0A 3G3GA 2BJJX 4F3BA 3LVUA 3MBPA 2I4BA 2R6GE 4LATA 5HPQA 3U72A 3PMWA 2QSXA 1R9LA 3G7WA 2UYFA 3CFLA 3W15C 1URSA 4GQOA 4THIA 4IO6A 4AB5A 1MXYA 1XS5A 1ZMGA 3RYAA 3TODA 2A5SA 3CFXA 4FJPA 3DRGA 3Q27A 3SETA 3VLVA 1VSOA 4OVJA 3LSXA 1DTGA 3TDJA 3KBRA 4ISUA 3IB0A 3RPWA 1ATGA 1LFGA 4I1DA 3IOUA 4BDRA 2QS3A 2AL5A 4R6HA 2OJTA 4BDNA 4I8CA 3M3LA 3RLFE 4ZEFA 1FCKA 4XXUA 1B9JA 4U4SA 1YCJA 4LZ8A 3RGYA 4JXIA 1IUDA 2Y7IA 4JSDA 2ZMBA 4G4PA 4Z0IA 2NWJA 2RCAA 4ELRA 3V89B 3FVGA 1P1QA 1SW2A 3Q26A 3E3KA 2ANJA 3KZGA 1GR2A 3H3GA 2HCAA 3G3FA 2H25A 1EZOA 4R2FA 4UACA 1FTMA 3HN0A 1I6BA 1N0TA 3OD7A 4LQ5A 5FTIA 1B3EA 3VVEA 1A8FA 1B4ZA 1MXXA 2QJEA 1Z7NE 3FVKA 4NEDA 2FA7A 3FXUA 3T9VA 1SVXB 3U92A 3DRIA 4Z7EA 5LOMA 2D5WA 1IIWA 4JWXA 4NF5A 2UXAA 4ZE9A 3U94A 1Y3PA 4U21A 1NNKA 4TQUQ 4O3BA 4BDQA 3V8XB 3C34A 3TPAA 1OVBA 4PFUA 1MY4A 2HQ0A 5L9SA 3PAMA 1LLSA 3T22A 4LONB 1DSNA 4ESXA 4LVQA 3EHUA 4DCXA 2CZLA 4FATA 3VFJA 2F34A 3C33A 1ANFA 3OEKA 2HAUA 3CFZA 1GVCA 4YICA 4G68C 1ZTYA 1ZIUA 1FTLA 2F36A 2ZNUA 3B6TA 4H8IA 3ZS6A 3OENA 3HO7A 3EPEA 5FTHA 4QFLA 1OLAA 2QRYA 1I69A 5DVIA 1Q35A 3DRJA 3T9UA 2R71A 3B6QA 3B7DA 1PB9A 1Y3NA 5ITOA 2Y84A 5CMBA 1IXIA 1MXUA 1QJMA 4GIZA 3I3VA 3TUSA 3KFMA 3S9EA 2ZYKA 2F6PA 2WOLA 4NF6B 4OXVA 4QHQA 5TU0A 3R26A 1RKMA 4TOZA 3MWBA 4XKQA 4P0GA 1B46A 1EZ9A 5H8FB 2XD2A 2P0SA 4Q30B 3TTNA 1D3KA 1I6AA 3MC2A 4DLDA 4IO2A 3KN3A 1Y3QA 1N04A 4PQJA 1HSJA 2HAVA 1EH3A 3MVWA 2B3FA 1WVJA 3PUZE 1RYOA 3PPNA 1QW0A 1LAHE 3K6WA 3CG3A 3OO6A 4O3AA 3IL1B 3BFUA 1FTKA 3MZ9A 3FIRA 3MW0A 3FV1A 3WAFA 2V25A 3JV9A 5H8SA 1MQGA 5FHMA 3T96B 4OZ9A 2KLFA 1M5BA 4U23A 2PT2A 1B1HA 1SI0A 4NMYA 2XX9A 3RN8A 2G29A 3H6VA 3SKPA 4YKIA 3TQLA 3S9MC 4QFPA 1JVXA 2PBWA 5CC2A 1J1NA 4PP0A 3N6UA 3HHGA 5DTBA 3RQTA 4H0WA 1Y9UA 4FEDA 2B4LA 1QULA 3PMVA 1R1NA 1B0LA 3KG2A 4PFWA 4EQ9A 3Q29A 1JEVA 1US4A 3VVDA 2XXTA 5I57B 3IJOB 4PFYA 1OMPA 4NF5B 3MJNA 1NKXA 4E0XA 5L8DA 4G77A 5B70A 1ELJA 4LZ5A 4HCYA 4MLQA 1SW1A 4OETA 2VHAA 4L17A 2E1SA 5JTYB 4F18A 4IY6A 1B2HA 3FUZA 1PB8A 2THIA 1D9VA 3M8UA 1SYIA 1XVYA 3PUYE 3OSRA 2UVHA 4FECA 4QF9A 3K00A 1OQHA 3A09A 5AA2D 4R74A 3QK6A 3MP8A 2Q88A 5H8QB 1P1WA 3TTMA 1AIVA 1O63A 4IB2A 3VLUA 4OERA 2VGQA 1N76A 3OSQA 4YMAA 2O7IA 1B52A 2CMOA 4YKKA 1LBBA 3FATA 3V83A 1P1OA 1XOCA 1A40A 1MM7A 2DE3A 3IOVA 3VDFA 4QFKA 1B0HA 3ZSFA 1P1NA 2ESNA 3H6UA 5K2YA 2QPQA 3JYRA 2I6EA 4GWOA 1AH5A 1MQIA 2VD2A 4R2BA 4N6PA 3K0VA 2HZKA 1Y20A 4ZS9A 3LBSA 3OXNA 1IXCA 1PDAA 1FQBA 3FASA 2F97A 1US5A 4PFTA 1GGGA 4HW8A 3OEMA 4IGTA 1TXFA 5I2NB 3VXCA 4G2ZA 5IKBA 3EHTA 2OK2A 3C35A 2I49A 3RTWB 2UVIA 2A5TA 3B6WA 4YB5A 3DRKA 4JBZA 1EZPA 1ZKBA 3MVZA 3PPOA 1BIYA 4Q8RA 1UIVA 3DRFA 2DWAA 3SEVA 1N3WA 1B5IA 2QL3A 2F7AA 4EQBA 2DWJA 4EUOA 3BKIB 3RT8A 2XXVA 2QMXA 1UQWA 4DCYA 4KD5A 3L6HA 3KEIA 1Q1KA 3W9WA 4DIGA 1Y4TA 5I2KB 1O7TA 2RC7A 3FVOA 4RYAA 2O51A 2OBGA 3PU5A 2E0SA 4DXBA 1JQFA 1MQDA 1XC1A 4QFNA 1QKAA 4XKPA 1WODA 3K4UA 4NF6A 1JVYA 2H9BA 3CVGA 3C9HA 5K2XA 4E0WA 1M5FA 1WDNA 3D4CA 5H8FA 2REGA 4EF2A 4RPNA 1FQDA 2Q89A 3N5LA 3SEXA 1OLCA 3FTOA 1MXVA 5I59A 1VE4A 2PT1A 1NNFA 3ILTB 4ZECA 5IAIA 2NOOA 1OQGA 3C31A 4WKMA 2Q2CA 4XKRA 1LFHA 4OMBA 4DZ1A 1O64A 3A3UA 5TPAA 3IX1A 2X7PA 3KJ7A 2QS1A 4NF8A 5CRYA 3SDFA 3UA8A 3QIMA 3PUWE 4KYEA 2B65A 4P0IA 3CSBA 4ONYA 1SYHA 1URDA 3ZKKA 3ECRA 3T66A 1IXGA 3CHGA 3TCFA 2GHBA 2I58A 1JEUA 1ZU0A 1Y1MA 4F2OA 5FHNA 5AA3A 4IGRA 1MQHA 2ONRA 3CIJA 4F3SA 2D21A 1XHYA 2HFBA 3K1MA 4JSOA 2X7QA 5I84A 3LUYA 1SBPA 2Y7WA 1B7ZA 1JW1A 2Z8DA 3U1OA 1DMBA 3FXRA 4N07A 5A5XA 2OWSA 1H76A 2H98A 4WEPA 2I3VA 4EDPA 3G3KA 1QKBA 2F6GA 3D4GA 4BDOA 3OELA 1LB9A 5I57A 1R6ZA 1XT8A 1LB8A 2LAOA 1B58A 3T9HB 2F8DA 3FJGA 4NTLA 3S4UA 1P99A 3IB1A 1Y1ZA 4QSCA 4G8NA 2HZLA 3BFTA 2XXIA 4YKJA 5JTYA 4OWDA 2Z8EA 3PMXA 4ZEDA 1NNPA 2GH9A 3DP6A 5DEXB 4OFOA 2A5TB 3H6TA 1MH4A 5AA1A 1GV8A 2F35A 1LCTA 1PBQA 1B3GA 4JDFA 4YU0A 4RXLA 1S9TA 2DWIA 2FYIA 2B4MA 1MY1A 1TFAA 4IO5A 5FHOA 4LP2B 2RCBA 4M1VA 2AIXA 3CSGA 1YTVA 1DOTA 3CG1A 3S9NC 3IO4A 2G93A 3C4MA 3KSJA 5H8QA 3OOAA 2OCUA 4OENA 3T9XB 4H5GA 3TTKA 4PE5B 1UIUA 1AOVA 4AB6A 3UP9A 3O6IA 3MZ1A 3Q28A 3CRBA 1LCFA 3V5AA 1VFEA 2WKYA 3HCQA 2GFEA 2UVGA 5CI5A 3RT6B 3DP8A 3IORA 5TP9A 3QUFA 3O9PA 1FTOA 4U4XA 2ALUA 2DVCA 2XXXA 5I59B 4YMBA 3FV2A 2XXWA 1QUJA 1B6HA 5EHMA 5ICTA 1PC3A 3JZJA 2DOJA 4U1OA 5TPAB 4X48A 5CM6A 3FJ7A 4NF8B 5I2NA 2ZYNA 4OEVA 1LAGE 1SDXA 1TWYA 2ZXTA 3QUJA 5H8HA 1B5HA 1MQJA 4X1BA 4ELOA 2VD3A 3O6PA 5KCJA 4M4GA 3PPRA 2REJA 2Q9TA 1NNTA 1UTHB 2DS9A 4LZ7A 4DXCA 1IZ1A 3MPLA 3TAJA 2RC9A 1B5JA 3EN3A 4QRZA 5CBSA 3OO9A 3FD3A 3HPIA 2PYYA 4NWCA 2H5YA 1B3HA 5I2KA 3TZAA 2I4CA 2QS2A 5HBCA 1NL5A 5B7DA 1H3DA 1UTBB 3KOTA 4BDLA 4ELPA 2QMWA 5A5XB 1B3LA 3QYTA 2O7UA 2H4IA 2WOKA 1MPCA 1CE2A 2DP8A 4LQ2A 4O3CA 2I0CA 2O68A 4IO7A 3O6HA 4GOTA 3TEPA 3KGCA 5ELVA 3KOSA 1DPEA 4R6KA 4H65A 3USDA 2HXWA 2I48A 3K6UA 3PV0E 3H7MA 4GXAA 1USYH 4ECFA 2DE2A 1A7LA 4HS7A 3O29A 1I6QA 3G3IA 4BDMA 4KCDA 4ELQA 3PPQA 4DE8A 4ZDMA 1LBCA 4FIMA 3VXBA 5AA4B 2VOZA 3RUMA 1EU8A 3IAZA 3OO7A 2IEEA 5I58A 1ZJLA 1DPPA 3RYBA 2F78A 4RPOA 2V93A 1MY0A 2ONSA 4WXJA 3EF7A 3H4ZA 5H8NB 5J1DA 1PEBA 5L9OA 4C1UA 4IO4A 3K02A 3TCHA 3OMBA 1H43A 3E4RA 1MM6A 4F2QA 4RY1A 1B7UA 4OFLA 1FQEA 4U1ZA 3RNNA 4F1UA 2I0BA 5TP9B 3P7IA 1JW4A 5CBRA 3UORA 1R9QA 5F7VA 1Y4CA 2ZNSA 1YAEA 1B3FA 2V3TA 4LA9A 4POXA 4G8HA 4JWOA 1NH7A 2XX7A 3MZBA 4GF8A 2F7BA 1IXHA 1M5DA 5H8HB 1SD3A 4F3PA 2HEUA 5DEXA 1BP5A 4F29A 4X9TA 4MF3A 5KCJB 2ONKE 4Q5TA 5I56A 3AXFA 5AE4A 3DRHA 1MXZA 2IA4A 4KYSA 3LR1A 2XHDA 4P11A 1SQYA 2YPNA 4KQPA 1A55A 3N6TA 4GVOA 4YKPA 1POTA 4XTCQ 3E9XA 4F1YA 3R6UA 2ZYOA 3CR9A 4QSEA 2DWHA 2D3IA 4KHZE 2I3WA 4TLLB 1FQCA 1MH3A 2XD3A 1RYXA 2QS4A 1URGA 4H67A 5DVFA 1P1UA 3VLWA 4F1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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