3CR9A

Crystal structure of the complex of lactoferrin with 6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 a resolution
Total Genus 204
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
204
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Antibiotic
publication title Crystal structure of the complex of Lactoferrin with 6-(Hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 204
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2008-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A03
3LBSA 1DMBA 1B3FA 4K3FA 5I57B 1SI1A 2G29A 4DE8A 1LSTA 3FVNA 1GR2A 2QMXA 2QS3A 2PT2A 2E0SA 1HSLA 3AXFA 4YKKA 4XIGQ 4GFRA 1US4A 5F1QA 1NNKA 3BFTA 3D4CA 3EHSA 4RPOA 1RKMA 1NFTA 2ONKE 4N6PA 1M5BA 3UIFA 3USDA 4PFWA 4DLDA 3HN0A 1S50A 1FQAA 2Y7RA 1MH4A 3N94A 2Z23A 1I6BA 1LAFE 5DVIA 4YAHX 3BFUA 1MDQA 2R71A 2ABHA 4RA1A 4BDOA 1MH3A 1Y4CA 3K01A 4MLQA 5CI5A 3MZ9A 4TLLB 4AQ4A 4ZEDA 4QSDA 3SEWA 1P1QA 1Q1KA 3PUVE 4UACA 4DZ1A 1ANFA 2F6PA 4OMBA 5ITOA 3EF7A 1URDA 3KSXA 4G8MA 4LZ8A 3GLBA 3R7XA 4H1XA 5CMKA 4OTEA 3T9VA 2Q2CA 3TTKA 4PFUA 2RF1A 2A5TA 4U4SA 1B5JA 1JEUA 2Q8JA 1B7UA 3T9XB 3PD8A 3JZJA 2IEEA 4RK2A 4GL8A 2AIXA 1VE4A 1LAXA 2HXWA 1IITA 2RCBA 2HFBA 4F3PA 3W9WA 5AA4B 1MQGA 3FJGA 3PPQA 4ELOA 5AA2A 3K00A 4ZEBA 5M2VA 3E3KA 4WKMA 3EPEA 4OYVA 3G3GA 1CE2A 4KR5A 2F78A 3IL1B 4IO5A 4I9DA 4Q5TA 5ICTA 1FTMA 1WODA 3C32A 1RYXA 4OEVA 2DWAA 3U93A 4NE4A 3OO7A 1UTBA 1N3WA 4RNSA 4ZZEA 1O7TA 3ILUB 3OMBA 1A8EA 1GTKA 3OO8A 4I62A 5KDTB 5HPQA 4IO3A 5B70A 3RTFB 4C1UA 3ECRA 5BWJA 4NMYA 2LAOA 4NF5B 3A09A 4KI0E 5I58B 4EQBA 5B7DA 3O28A 3IOUA 4JSDA 2DE3A 3B6WA 3OD7A 2XXUA 4F19A 1SW5A 1MXXA 5DVJA 4Q0CA 1AIVA 2DOJA 3O97A 3Q28A 1LCFA 3O66A 1OVBA 1Y1MA 3IK6B 3FATA 3N26A 2OCUA 1MPCA 3K4UA 2AYSA 2QS1A 4G4PA 1IEJA 3B6QA 3P7IA 5TPAB 4FEBA 4EQ7A 4O3AA 2UXAA 4I8CA 3R6UA 4MFIA 3T9UA 2Y7IA 2DS9A 4G8HA 4OXVA 3RNNA 5A5XB 2V84A 5AA1A 4XKQA 1QKBA 1QVSA 3TCGA 3T93B 2F7AA 3RLFE 2WKYA 3T96B 4KFQA 1JETA 1GVCA 1SDXA 2O1MA 2I4BA 2RC8A 4OENA 1NL5A 4LVQA 2XXHA 1SQYA 1EH3A 5JTYA 3FASA 3LUYA 4DCXA 3C4MA 4KPTA 1TFDA 3MVYA 4OHNA 1B51A 2X26A 4GWOA 3H6TA 3VVDA 1VSOA 5CMCA 3HHFA 3HV1A 4ONYA 1OMPA 1EU8A 1UIVA 1AL3A 4QFNA 4F1UA 4ZEIA 1IXGA 4YKIA 1VFEA 5H8NB 4THIA 1B6HA 3ZSFA 3C9HA 4JWYA 5L9MA 4QFLA 1MY4A 3MVXA 1N7XA 3OSQA 1JQFA 2FA7A 2PBWA 1ZTYA 2Y84A 1NMUA 1PB9A 2HAUA 1YAEA 3K1PA 4G68C 3M3LA 1NKXA 1KWHA 3IX1A 4XTCQ 1O63A 3MPKA 3RGYA 2I58A 3U8QA 3K1NA 4G68A 4GXAA 1JW5A 3C34A 5CM6A 3LSWA 2XXRA 4NEDA 5TU0A 4YU0A 3MWBA 2H99A 4R2BA 4HS7A 1B7HA 4FJPA 3ONMA 3KEIA 2UYEA 1ATGA 2HEUA 4X9TA 1UQWA 3UP9A 1MRPA 2FYIA 3I3VA 1M5FA 4FEDA 2F5XA 1MQJA 1A7LA 3D4GA 1MDP1 1UTHB 4H6DA 5AE4A 2Z8FA 1SW1A 1XVXA 4LONB 4NF4B 5DT6A 2HZLA 3MBPA 3LC8A 4QSEA 4RYAA 1EZPA 5J1DA 4DXUA 3M3KA 5EHMA 4GF8A 2VP1A 3O6IA 3OSRA 1R9QA 1H45A 3UA8A 2F34A 2IA4A 3LSFB 1FTOA 1BTJA 1MXYA 4FAJA 2GHAA 3ODBA 4BDLA 1B52A 2DVZA 4YB5A 4GOTA 4RPNA 5I58A 1XVYA 5H8QB 4ZECA 2H4IA 4ISUA 1II5A 5CBSA 1VFDA 3IJOB 3MVZA 4F1VA 3VVEA 3KJTA 3JYRA 4F3GA 2DE2A 3PUZE 5FHOA 3KN3A 3MVWA 3FZVA 3TTLA 3SESA 3PU5A 2DWHA 2VHAA 4MH5A 1SBPA 4NWCA 5ELVA 3H6UA 4H65A 5JEIA 2D21A 4E0WA 5KZTA 1IUDA 2VGQA 2CMOA 4RK9A 2Q89A 4DXBA 2DSFA 1RYOA 2ALUA 3RY3A 3ZKKA 5DYHA 2D5WA 4P0GA 4G77A 3OENA 2YJPA 4NWDA 3KGCA 3A3CA 1B3EA 5DTBA 4YICA 5CMBA 1MS7A 3T22A 4AB6A 3EHUA 3G3HA 1IZ1A 4F2QA 1LB8A 3H3GA 4GXSB 3MP8A 2RCAA 2ZYKA 4PE5B 4X1DA 2THIA 4NF8B 1QW0A 3V83A 5LOMA 3KZGA 1PBPA 1ZJLA 3RT6B 1LFHA 3KOSA 4ECFA 2XHDA 3CIJA 4R72A 4ELRA 4M4GA 5TP9A 4PQJA 2O84X 1OQGA 1Y4TA 4N13A 1MPDA 1N0TA 2M8CA 3G3FA 4EXLA 4G8NA 4LZ5A 3OO9A 1ZKBA 4BDQA 3VXBA 3H6WA 4U22A 2V3QA 1Z7NE 3C33A 1B3LA 4OETA 3UN6A 4F3BA 2H98A 1ZIUA 3KFMA 4F22A 4ZEFA 2H5YA 5I2KA 2DXRA 3LSXA 2XXIA 4LQ2A 1MY2A 3FVOA 3H03A 3M8UA 5H8HA 1JEVA 2UVIA 3U72A 4NF6A 3IR1A 3QIMA 4OFLA 1AH5A 1B2HA 2NUVA 5I59B 3N6UA 2E1SA 3TCHA 3CI8A 1B5HA 3W9VA 3FUZA 1LBBA 1F9BA 3TTNA 3H7MA 2Z22A 1Y1ZA 3HPIA 3FV2A 4ZZAA 1IQ7A 3QAXA 2X7QA 4IO7A 1URSA 5KCJA 1LFGA 3TELA 1B4HA 2I4CA 2ZXTA 2OBGA 3FV1A 3MJNA 2HQ0A 2O1LA 4FECA 3DP8A 3VLWA 1FTKA 1P1NA 3RN8A 4ZE8A 3OEKA 3K0VA 3GBBA 2GH9A 2W7YA 2OJTA 3OEMA 1OVTA 5HBCA 1XOCA 3Q26A 4U4XA 3DP4A 3DELB 2DWJA 1HSJA 5EYFA 3E13X 4LZ7A 3O6GA 1N3XA 2OWTA 1AOVA 1DTZA 3CRBA 5H8FA 1LLSA 4ZE9A 3IORA 3T9HB 3S9LC 4TQUQ 3VDFA 4N07A 3VFJA 4E0XA 3UK4A 1PB8A 1ZLQA 4JDFA 3KBRA 3H06B 1MM6A 3FJMA 5IKBA 4QFKA 1PEBA 1H43A 1I69A 3V5AA 4LQ5A 3IOWA 1LGBC 3O2AA 3CFZA 3K02A 1A99A 2I3VA 3TDJA 5DEXB 4R6KA 4PFTA 4IB2A 3IJXB 3O6HA 1MXVA 3O29A 3IAZA 2V3UA 1QKAA 4L17A 2NWJA 1H3DA 2ESNA 1AMFA 3MQ9A 2FNCA 4OFJA 1ELJA 1M5EA 3C31A 4IO4A 3H4ZA 3M3FA 1SW2A 5I2NB 5I57A 4U2RA 3TUSA 4P11A 3CG3A 3PMWA 4OEUA 2DP8A 1LCTA 2Q9TA 4MLVA 1NNTA 2UVGA 5I56B 4XKNA 3PGFA 2XXTA 3QUJA 5IAIA 2GFEA 2NOOA 1XS5A 4H0WA 1A8FA 3RQTA 3CR9A 1OLCA 3IB1A 3VV5A 1SVXB 4Z0IA 4KCCA 4IY6A 3FXRA 3E9XA 3U1OA 1POTA 1MXUA 4BLAA 1OQHA 4QRZA 3ZS6A 3MP1A 1Y3NA 3K6VA 4C1TA 3MP6A 1WVJA 2ONRA 2ZNTA 3PUWE 3S2VA 4LUBA 4POXA 4GL0A 4WEDA 2Q88A 1MM7A 5I59A 3Q25A 1D9YA 2OWSA 3PD9A 2PYYA 1R6ZA 3CG1A 4KCDA 1B7ZA 4IGTA 1R9LA 1GV8A 4DIGA 4ELPA 4F29A 3OELA 2GRVA 3TCFA 2D3IA 1SW4A 5FHMA 4GRKA 3DM0A 4H8JA 4OZ9A 4ZEKA 1TFAA 1LAGE 3LR1A 1HSEA 3SKPA 5HM4B 2PX1A 5AA4A 4IO2A 2BJJX 2RINA 1MQHA 2Z8EA 2Q2AA 2O7UA 1N7WA 2O51A 1MPBA 4U23A 5ISUA 3QYTA 2ANJA 1P1WA 3TYHA 4R6YA 4OFOA 3VLVA 2OLBA 4TLMB 4EQ9A 5AA2B 3IO4A 2O68A 2UVHA 5KDTA 3U92A 4KYSA 2F97A 2QSXA 3MAMA 4YKPA 2DVCA 4XKRA 2CZLA 4MBPA 1B5IA 1B32A 4NF5A 4KYDA 2QS4A 3PPPA 2XXYA 4O3CA 3C35A 1NH8A 3SEVA 1MY0A 1UTBB 1A40A 4C0RA 3G3IA 1D9VA 1FTLA 3VLUA 3PPRA 5AA3A 1N76A 1TXFA 5AA2D 2H9BA 1MY3A 1DOTA 2ZYMA 5DEXA 1UIUA 4LP2B 5CRYA 1SD3A 4GD5A 1OIBA 3KSJA 4QFPA 1TT1A 4DXCA 5TPAA 3F11A 3SERA 1S9TA 3IOVA 5DVFA 3N5LA 3B7DA 5L9SA 3TODA 1PBQA 3CFXA 5A5XA 2QMWA 3CFLA 1N04A 2XXXA 3KN7A 5CC2A 4NTLA 4R75A 3TQLA 4JB7A 4YB7A 3S4UA 2REJA 1BP5A 4WEPA 1EZOA 3PV0E 5I56A 4YMBA 3THIA 2Z8DA 3L6HA 3SEXA 1LAHE 1IXIA 2PT1A 1NNPA 5ICQA 1Z7ME 3IB0A 3BKIB 2VD3A 1Y3PA 3WAFA 1Q35A 1SI0A 3A3UA 1QUKA 3W15C 1NH7A 2XXPA 5JTYB 2RKMA 4KD5A 4HTGA 1B4ZA 2QPQA 4MF3A 3KN8A 5H8NA 3OOAA 3TTMA 4QFOA 3PMVA 4ESWA 3GXAA 3MPLA 2V93A 3VXCA 3FIRA 3KOTA 3RTWB 4JWOA 3K6XA 4HW8A 2O6AA 2HCAA 1Y3QA 3TPAA 2F7BA 1USYH 3RUMA 5K2YA 2ZNSA 2RC9A 4JWXA 3V89B 4QSCA 4YMAA 5K2XA 1DSNA 1FQEA 2B3BA 1B1HA 2F8DA 4PFYA 2I0BA 4EF2A 1PC3A 4GVOA 1M5DA 4ESXA 4H5GA 1MY1A 1MXZA 4FIMA 4GQOA 1H76A 3DLNA 4P0IA 1B3HA 1I6QA 5FHNA 2O69A 2I3WA 4YZZA 1QJMA 3Q27A 3PPNA 1USYE 1FQCA 3CSGA 2Y7KA 2Y7WA 1T0KA 2VD2A 1D3KA 3H6VA 2G93A 1MQIA 1GGGA 1DTGA 3TEPA 3U94A 1A55A 4G68B 4U1ZA 1UTHA 2H25A 4I1DA 1B0HA 3FVGA 2DE4A 2VOZA 2ZNUA 3GZGA 3PPOA 4NF4A 3PUXE 3DP6A 4EF1A 3S9EA 4LA9A 1J1NA 5CBRA 3TZAA 3FD3A 3MW0A 2YLNA 4ZS9A 3RT8A 1P1OA 4F2OA 2XXVA 3B6TA 2DWIA 5BUUA 5L9OA 2V3TA 1DPEA 4X1BA 4R73A 5FTHA 4ELQA 5H8QA 4U1OA 1IXCA 1FW0A 4R9FA 2P2AA 2PVUA 2XX8A 4BDNA 4O3BA 5L8DA 3SEYA 4IY5A 4H5FA 3EHTA 1B58A 1YCJA 2F6GA 1B9JA 3MZ1A 3CVGA 4R2FA 3QSLA 2KLFA 3HHGA 1ZU0A 4F18A 2I0CA 1M5CA 5EHSA 3MUQA 1YPNA 3R26A 3N6TA 3KG2A 1P99A 3TFLA 1OLAA 2AL5A 1YTVA 4KYEA 4YB6A 1EZ9A 3HO7A 4BDRA 2A5SA 3C36A 3OO6A 3G3JA 4R74A 4WXJA 4HCYA 4BDMA 3UORA 3LSLA 1JNFA 2PMSA 2XXQA 3EN3A 1BIYA 4UA8A 2QRYA 4NF8A 4IO6A 1FQBA 1TWYA 3QK6A 3MC2A 3I5OA 2XX9A 4H8IA 1VR5A 4GIZA 4ZDMA 4OQOA 4EDPA 4PETA 3FGSA 2B3FA 3S9NC 1FQDA 2YPNA 3IB2A 3O9PA 3FJ7A 3EQ1A 1B05A 4QF9A 3E4RA 1LB9A 4RY1A 1MXWA 1XT8A 3WAEA 2NXOA 3K2DA 4M1VA 1CB6A 4EXKA 1H44A 5TP9B 2UYFA 4OESA 4R6HA 4G2ZA 2R9JA 4X48A 2OK2A 4F39A 3S9MC 3ILTB 2HAVA 3BBRA 4F3SA 1SYHA 3V8XB 1I6AA 2B65A 4DCYA 4F1YA 3I6VA 3G7WA 3FVKA 5F7VA 2UVJA 4XXUA 1Y9UA 1FTJA 2F36A 2XXWA 1JVXA 5I2KB 3TMGA 2P1SA 4KQPA 3VE1B 3VVFA 4R9GA 5JK4A 4RJZA 1D4NA 4JSOA 5H8HB 4NF6B 3T66A 3PMXA 1ZBMA 3QXMA 1POY1 5H8SA 2RC7A 2GHBA 5FTIA 4FATA 1US5A 3L6GA 2OZZA 4OERA 4RXLA 2AL4A 2DQVA 4ND9A 2ZMBA 3RPWA 4GLIA 3TTRA 4OWDA 1XHYA 1ZMGA 4F31B 2ZYOA 3TKDA 4POWA 4JBZA 2I6EA 2I48A 3JV9A 1B3GA 4Z7EA 1QULA 3SDFA 4IGRA 2REGA 1JW1A 5KCJB 2A5TB 1L5TA 2DYXA 1A54A 5I84A 4LATA 5ITPA 3K1MA 3IO6A 1BKAA 1FCKA 2DXYA 2P0SA 1DPPA 3Q29A 4KHZE 3QUFA 2Y7PA 2ZYNA 1XC1A 3PUYE 4PP0A 1JVYA 1N84A 1WDNA 3GBAA 4XKPA 1S7YA 2I49A 3K6UA 1P1UA 1B1XA 1QUJA 4QHQA 1R1NA 2QL3A 4U21A 4H67A 4Q8RA 1QUIA 1MG1A 2HZKA 5H8FB 2X7PA 1URGA 3OXNA 4OVJA 1B46A 3ZKLA 1BLFA 3CSBA 1LBCA 2ONSA 2R6GE 2XD2A 3TQWA 1IXHA 3TAJA 3FXQA 2XD3A 3FXUA 1FQFA 4DDDA 5CMMA 3HSTA 2QS2A 3KJ7A 2XX7A 2NVUB 2O7IA 3SETA 1LFIA 1JW4A 1MQDA 3HCQA 4FORA 1SYIA 2V25A 4FE8A 5I2NA 4TOZA 2F35A 3IOTA 4YKJA 4AB5A 2F7CA 1PDAA 4Q30B 1IIWA 3MZBA 3SEUA 3G3KA 1B0LA 3K6WA 1B40A 4JXIA 1Y20A 3UGWA 1PB7A 4EUOA 4HCWA 2QJEA 1O64A 1NNFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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