3CR9A

Crystal structure of the complex of lactoferrin with 6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 a resolution
Total Genus 204
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
204
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal structure of the complex of Lactoferrin with 6-(Hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 A resolution
rcsb
molecule tags Antibiotic
total genus 204
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2008-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A03
2O69A 1B9JA 4XKPA 4NMYA 4NF8B 1B52A 1S50A 4DZ1A 3RY3A 3O6IA 3V8XB 1M5FA 1ZBMA 1YCJA 3VXCA 2XD3A 2BJJX 2ZYNA 1MY2A 1SVXB 2R6GE 2GFEA 3HHGA 3E9XA 1N7WA 2REJA 2A5TA 3ZSFA 3FXRA 4F2QA 4GL0A 3HPIA 2CZLA 5KCJA 4OTEA 1URSA 2I4CA 4PETA 3G7WA 4RPNA 2Y7KA 2CMOA 3RT8A 2D21A 4TLMB 1ZIUA 3V89B 4XTCQ 5F1QA 1CE2A 4IY5A 1JW1A 1YAEA 3TTRA 4OYVA 4O3AA 1B46A 3E4RA 1M5DA 3BBRA 3BFUA 3SEWA 4BDLA 1MQHA 2HAUA 4RA1A 4F3SA 5DVFA 1I6AA 3IR1A 2YLNA 4ELPA 3HV1A 4X9TA 5ICQA 3O2AA 3K0VA 2Z8DA 4R6KA 2ZYOA 3UA8A 4NE4A 4Q30B 1SI1A 4RXLA 2HZKA 3ILUB 1A40A 2VP1A 3K1PA 2ZYMA 4G77A 4LQ5A 4NF4B 4PFYA 1D3KA 1ZU0A 4QRZA 3KOSA 2ZXTA 4KI0E 2X7QA 3OSQA 1MY0A 4MF3A 5K2YA 4YB7A 4M1VA 2GHBA 1NH8A 4DXCA 4ELOA 4GF8A 4ESXA 2A5SA 1D9YA 3JZJA 4JWYA 4JSDA 3G3KA 4LQ2A 2QMXA 4G8NA 3RLFE 5H8QB 4DCYA 1EH3A 4H5GA 1SD3A 1MRPA 1P1OA 4HS7A 3IOTA 4YB5A 4F19A 1PBPA 2RF1A 3N6TA 1JEUA 3QYTA 1IXCA 4ZECA 4IO4A 4QFPA 4FEDA 5HM4B 1IXGA 1N04A 4Q0CA 3TFLA 3O66A 1B5HA 1TFDA 1LAGE 4OEVA 2Q8JA 3FV2A 4MFIA 5ICTA 1MPCA 3FJMA 2E0SA 1FTJA 1B3GA 5FTHA 2V3TA 2OCUA 4WKMA 5ITOA 4IO3A 2Q89A 2GHAA 3KN8A 3FXQA 4F1YA 1H44A 1MY4A 1HSJA 2REGA 3B6WA 1B7HA 3Q28A 3K6UA 3PPNA 2XXUA 3IOUA 2W7YA 4X1BA 2O51A 3U8QA 1Y1MA 1YPNA 4FE8A 1OLCA 3VVDA 4AB5A 1B1HA 1FTOA 1JW5A 1B3HA 5H8FB 1B3EA 5AA1A 1LGBC 4Q5TA 3S9MC 2H5YA 4OFLA 2HCAA 4F29A 4DDDA 1FTKA 4R9FA 1B3FA 1BTJA 4IY6A 1HSEA 3LSFB 4MH5A 1AIVA 3USDA 4OZ9A 1MH4A 2THIA 2AYSA 4KFQA 4GXAA 3OEMA 3O29A 2QS1A 2OK2A 2VGQA 3I6VA 4DCXA 3TQLA 3WAFA 4GRKA 3JV9A 3TDJA 5F7VA 1LB9A 4GLIA 1TWYA 3IO4A 4QF9A 3MWBA 4NF8A 2DS9A 5DYHA 1GR2A 1QVSA 1LBBA 3KN7A 2R9JA 2V84A 3U94A 3OMBA 2QS4A 1POTA 1WVJA 3HSTA 2DE4A 2FNCA 3LSXA 3W9VA 4EUOA 1AOVA 1SW2A 1OMPA 4YKPA 3ZKLA 5ITPA 4Q8RA 1MQGA 4F39A 1OQGA 4R2FA 1LFHA 2I49A 3R7XA 3MP1A 2V93A 5L9SA 4N13A 3VXBA 1BIYA 1N7XA 2F35A 5LOMA 1H43A 5K2XA 5HPQA 1H45A 2F6GA 1IQ7A 3TTMA 3O9PA 1OVBA 1XOCA 2HEUA 2Y7RA 3FJGA 4C0RA 1R1NA 3CFXA 5BWJA 2F78A 3S2VA 1R6ZA 5JTYB 4OENA 5I57B 4NF5B 4LP2B 2DVZA 2G93A 4EDPA 2QS3A 2FYIA 3OD7A 4DXBA 2PT2A 4RNSA 1MG1A 3Q26A 2XHDA 3VVEA 5DEXB 1FQFA 3D4GA 2O84X 2V3UA 3LBSA 1UTHB 4MBPA 3OO7A 2Z22A 1FTMA 1QKAA 2F34A 5AA2B 4OFJA 3QXMA 4H5FA 3KEIA 1LAFE 2DXYA 3V83A 1XVXA 3IJXB 2X26A 3PPOA 4G68B 1H3DA 4OVJA 1IUDA 3KFMA 3UGWA 4BLAA 1Y4TA 5CC2A 3FVGA 1JETA 3H06B 1M5CA 5CI5A 4KHZE 4GOTA 1T0KA 1N3WA 5H8QA 3EHUA 2F7CA 4XIGQ 1US4A 1B7ZA 3PPPA 3C9HA 3HN0A 3U93A 1B5JA 2D3IA 4NWCA 1EZOA 4ZEFA 3C33A 1RYOA 2DE2A 3PPQA 3KG2A 2IEEA 4U2RA 2P2AA 2H99A 2VHAA 3N5LA 4PQJA 3T9VA 5EYFA 2HXWA 1P1NA 2RKMA 1MQDA 4IGTA 3WAEA 3SERA 3CI8A 4L17A 4YU0A 2B3BA 3QUJA 1Y3QA 1GGGA 3O6GA 1H76A 4ELRA 4U22A 2RC7A 1USYH 2XXTA 4E0WA 3TCHA 4U1OA 3DP6A 3A09A 1B0LA 1Y4CA 4HCWA 4UACA 3PU5A 2Q2AA 4THIA 5H8HB 3RTFB 3GXAA 1SI0A 5I2NB 4R75A 4F3GA 4QFKA 3QSLA 1UTBB 3S9EA 5DVJA 2O1MA 2P0SA 5AA3A 4RPOA 1J1NA 2AL5A 3OELA 3SDFA 3CR9A 2Y84A 3T9HB 3DP4A 2LAOA 1DMBA 2P1SA 1HSLA 2UVGA 1QW0A 3FZVA 3G3JA 2UVJA 4FORA 3MBPA 1M5BA 3FJ7A 3G3FA 1MXZA 2DVCA 3LUYA 3O97A 2DSFA 1B4HA 2F97A 4U4SA 1SYIA 1MH3A 4IO2A 2QS2A 2B3FA 2D5WA 2XXPA 1GVCA 3KOTA 2WKYA 1NKXA 2DWJA 3BFTA 4R9GA 4BDOA 3TKDA 1NNFA 2Y7IA 3QAXA 4N07A 1QUIA 4EXLA 4KD5A 3D4CA 1Q1KA 3BKIB 1DOTA 4F1VA 1MXYA 1XC1A 1MQJA 4YB6A 3B7DA 4GD5A 4F22A 1MPDA 1I69A 4NF5A 2PX1A 1LFIA 4ND9A 4ZEDA 2I6EA 4U1ZA 3L6GA 1JNFA 3TZAA 2V3QA 1PEBA 1VSOA 4M4GA 3MPKA 1O64A 4RK2A 1AL3A 1F9BA 3O28A 2RINA 1FQCA 3OO6A 2XXQA 4R6HA 1IXIA 4KYDA 1MXVA 2ALUA 4AB6A 1POY1 1Y3NA 1UIUA 1URDA 4YKJA 4JDFA 3TELA 2UXAA 4JB7A 5CBRA 4PFWA 1P1QA 1P1UA 2H4IA 4UA8A 5FTIA 3M3KA 3DP8A 3TYHA 5I84A 3K00A 4I62A 2FA7A 4G8HA 5A5XB 1IZ1A 5AE4A 2NOOA 3E3KA 3CG1A 4NF6A 3GLBA 4GWOA 4EQ9A 4YICA 4POXA 2I0CA 2QJEA 1BKAA 1P1WA 3FATA 1R9QA 3H6TA 3VLVA 1D4NA 3MQ9A 4F18A 5JK4A 4LVQA 4G2ZA 3CG3A 3TCGA 4TOZA 1FQBA 3IB2A 1NNPA 3SESA 3KSXA 4FIMA 4H67A 3PMWA 3M8UA 4PFUA 3MPLA 3S9LC 4ZEKA 2XXXA 1A7LA 1LLSA 3CRBA 4YKKA 4EXKA 1US5A 5CMCA 1DPPA 1ZJLA 5FHOA 3FVNA 5L8DA 3PUZE 3TAJA 5L9MA 4IO5A 3KSJA 4QHQA 2Y7PA 5BUUA 1A55A 3B6TA 1MS7A 3L6HA 1DTZA 1KWHA 3LC8A 3K2DA 4QSCA 5H8HA 5AA4B 3N6UA 4U21A 4OXVA 3VV5A 5TPAB 4TLLB 4LZ7A 5I2NA 3SEVA 3OSRA 3RQTA 3H03A 4H0WA 4E0XA 1IITA 2DQVA 4Z7EA 4X1DA 3IOVA 1IIWA 3FGSA 1WODA 2XXVA 4ISUA 4KCCA 3KGCA 3R6UA 1B51A 1FCKA 4DIGA 4EF1A 3DELB 5FHNA 4ZDMA 3H6VA 4GVOA 3T66A 2XD2A 4ZS9A 1N0TA 3IB1A 4YMBA 3C36A 3S9NC 2F5XA 3EQ1A 4LONB 4H8IA 1LBCA 1PB8A 4FATA 3IAZA 5H8NB 2Y7WA 3T96B 3EHTA 2QMWA 2HFBA 1Y3PA 3I3VA 3QUFA 2OJTA 3OO9A 4KYEA 2RCAA 3HCQA 3ILTB 3B6QA 1A54A 4QSEA 1XVYA 2F8DA 1ATGA 2UYEA 3SEUA 3KBRA 3RNNA 2O7IA 5DT6A 3K1NA 4OMBA 3UK4A 3VVFA 4O3BA 5IKBA 3UIFA 3TQWA 1B6HA 1PDAA 1LSTA 4P11A 3MVZA 5I2KB 5CMKA 2O68A 1B05A 5KCJB 2PVUA 4KR5A 1GV8A 1Y20A 1PBQA 3LSLA 2VD2A 4IGRA 2NUVA 4KCDA 1Y1ZA 4ZEIA 2F7BA 1A99A 4NF4A 4JWOA 3IJOB 1L5TA 2XXRA 4KPTA 3K02A 1MDQA 4R72A 3KJ7A 1B58A 4GFRA 5M2VA 1SBPA 3DM0A 3FIRA 2UVIA 1URGA 4H6DA 4BDRA 1SW4A 2UVHA 2PYYA 2ZMBA 2Z8FA 3RT6B 2ONKE 3EF7A 2RC9A 2OLBA 2QSXA 5CMMA 4F31B 3JYRA 2XX8A 2RCBA 1MM7A 2QPQA 2ZNTA 1Z7NE 1B2HA 4POWA 1UQWA 3Q25A 1AMFA 4NWDA 3G3HA 1N84A 1OVTA 4R73A 4DXUA 2AIXA 2I3WA 4JWXA 4U4XA 1XHYA 3LSWA 4MLVA 4ONYA 3PPRA 5TPAA 5H8FA 1S9TA 1JVXA 1NL5A 3UN6A 4FAJA 4HCYA 1JVYA 5AA2D 3U92A 3IOWA 1SYHA 3QK6A 4FEBA 3CVGA 2E1SA 3H7MA 4ZZAA 2XXIA 1LB8A 1MDP1 3TTNA 1ZTYA 2Z23A 1S7YA 2DWIA 3ODBA 3T93B 3RPWA 3UORA 5I58B 4OQOA 2HQ0A 2F36A 3EHSA 1OLAA 1DPEA 4N6PA 4G68C 1MY1A 3ONMA 3HHFA 2QRYA 1TT1A 3K4UA 3MVWA 3Q27A 3N26A 1OQHA 2NWJA 3K1MA 1NNKA 3H6WA 4WEDA 1SW5A 5CBSA 3PV0E 1ZLQA 4ZEBA 4P0GA 3TTLA 2GH9A 1Y9UA 1B1XA 3TMGA 2ZNUA 3IX1A 2YJPA 2RC8A 3W9WA 2PMSA 1R9LA 2OBGA 3TPAA 2ONRA 3T9UA 1B0HA 1YTVA 4GQOA 3GBAA 2XX7A 3G3GA 4ELQA 5JTYA 3THIA 2H25A 2I0BA 5I57A 1USYE 3MC2A 4YKIA 2VOZA 3DLNA 3OOAA 2R71A 4GXSB 5I2KA 1EZ9A 3KN3A 3V5AA 4EF2A 4QFLA 2O7UA 5DEXA 5KDTB 1SW1A 3T22A 1UTHA 3G3IA 3MZ9A 3R26A 3GZGA 3EPEA 1LAXA 1VE4A 5AA2A 5I59B 4HW8A 1II5A 4PFTA 3T9XB 4LZ5A 4OFOA 1Q35A 1GTKA 4R74A 4G68A 3PD9A 1PC3A 1NNTA 1B3LA 3F11A 3LR1A 4ESWA 2ONSA 4XKNA 3CSBA 1UIVA 3MZBA 4LZ8A 4I8CA 3P7IA 5TU0A 2KLFA 3H4ZA 4C1UA 1FQEA 3KZGA 3PUYE 2DOJA 3HO7A 2ABHA 3C31A 1WDNA 3H3GA 1B4ZA 1M5EA 3OEKA 1FQDA 3S4UA 4JSOA 1FQAA 2I48A 1DTGA 1ZMGA 3FV1A 3MJNA 1IEJA 1Z7ME 4LATA 4RJZA 4IO6A 1AH5A 3VE1B 2DWAA 4G4PA 3ZKKA 1EU8A 2F6PA 1EZPA 4EQBA 1LAHE 5ISUA 2I58A 2ZYKA 3M3FA 4R2BA 3FVKA 2HZLA 1MXWA 2I3VA 3FUZA 4BDQA 2DWHA 3K6WA 1A8EA 4ECFA 1VFEA 3SETA 4EQ7A 2B65A 3RTWB 3VFJA 5TP9B 1FW0A 4JBZA 1MY3A 1MM6A 5L9OA 2VD3A 3MZ1A 4XKQA 3K6VA 1I6QA 1DSNA 4H65A 3QIMA 1RKMA 3GBBA 3TEPA 3E13X 5CM6A 3IB0A 1UTBA 1MQIA 3OXNA 3U72A 5I58A 5I56B 3MP6A 3CIJA 4X48A 3FASA 2Q88A 4Z0IA 3A3CA 5B7DA 5JEIA 4ZE8A 1A8FA 3EN3A 1OIBA 1ZKBA 1LCTA 3TTKA 1FTLA 1ELJA 3PGFA 1LFGA 1NH7A 3RUMA 3PUXE 2OWTA 4YMAA 4BDNA 3TCFA 3W15C 4IB2A 2OZZA 2Q9TA 5FHMA 1I6BA 3SEXA 3MVYA 2H98A 3MAMA 3VDFA 3FVOA 3CFZA 2ESNA 1QUKA 3RN8A 4WEPA 2UYFA 5CRYA 3SKPA 5EHSA 5J1DA 1VFDA 1B7UA 1XS5A 4LUBA 1PB7A 2DP8A 3IK6B 2AL4A 1D9VA 4RYAA 2ZNSA 3MVXA 5H8SA 4DE8A 3IORA 4BDMA 4NEDA 4OESA 3OENA 4LA9A 4PP0A 4I1DA 2A5TB 1IXHA 3AXFA 3RGYA 5KDTA 2NXOA 3C4MA 5IAIA 3KJTA 1RYXA 1TFAA 1CB6A 4O3CA 5KZTA 1JW4A 4P0IA 5I59A 4OETA 3CSGA 5B70A 3TUSA 3CFLA 3VLWA 4MLQA 5DVIA 2PBWA 2XXHA 1O7TA 4C1TA 4ZE9A 5A5XA 4KQPA 4NTLA 4F3BA 2M8CA 1QKBA 1SDXA 4XKRA 5CMBA 1MXXA 2XXWA 2Z8EA 3SEYA 2IA4A 4YZZA 3A3UA 3VLUA 4XXUA 4OERA 1QUJA 3H6UA 2HAVA 1LCFA 1QJMA 1O63A 5DTBA 2YPNA 1SQYA 4U23A 3Q29A 2V25A 1NFTA 4NF6B 4F3PA 3N94A 1VR5A 2ANJA 2XXYA 4F1UA 3FXUA 3UP9A 2XX9A 2NVUB 1B32A 3FD3A 2F7AA 2DXRA 2QL3A 4OHNA 4FJPA 3K6XA 4QSDA 1JQFA 3I5OA 4RK9A 2O1LA 4OWDA 1BP5A 5HBCA 3TODA 3M3LA 1JEVA 3PUVE 4HTGA 3IL1B 3ZS6A 2DE3A 5TP9A 4K3FA 5AA4A 1TXFA 5ELVA 1N76A 4H1XA 4TQUQ 4H8JA 3IO6A 2I4BA 4IO7A 1NMUA 4QFOA 4PE5B 4JXIA 1XT8A 3ECRA 4AQ4A 5I56A 5EHMA 1MXUA 4I9DA 3C35A 3MW0A 1BLFA 4WXJA 1B40A 2H9BA 4FECA 4F2OA 3PUWE 4YAHX 3PMXA 4QFNA 2X7PA 3PMVA 4G8MA 4GL8A 2DYXA 4GIZA 3MUQA 3K01A 2G29A 3C34A 2O6AA 4ZZEA 1N3XA 4R6YA 2Q2CA 3MP8A 4RY1A 1QULA 2OWSA 3O6HA 1B5IA 4KYSA 3PD8A 1ANFA 2GRVA 3C32A 5H8NA 1P99A 4OEUA 3U1OA 4DLDA 1PB9A 2PT1A 3OO8A 1MPBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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