2ZYNA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
383
structure length
383
Chain Sequence
EGKPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structures of open and closed forms of cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 121
structure length 383
sequence length 383
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zynA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zynA02
4AB5A 1LB9A 3OO7A 1MPCA 2H9BA 5FTHA 3KEIA 4FE8A 5I58A 1IIWA 2Q89A 4ZS9A 2R6GE 3FUZA 3R6UA 3TTRA 4XTCQ 2Q2CA 1DSNA 3IX1A 4DZ1A 1VFDA 2B65A 3RPWA 1Q35A 1D9VA 5KCJA 3V83A 4HCYA 3M8UA 1N3XA 5ISUA 4PFUA 4JWOA 2ZMBA 3K02A 4F2QA 3UP9A 1JW1A 3Q26A 3VLUA 3PMXA 4Z0IA 1ZKBA 1PB9A 3H06B 4IGRA 2PX1A 1WDNA 4TLMB 2O1MA 1N0TA 2H98A 1EH3A 2HFBA 1GV8A 3HSTA 4H0WA 3RUMA 1B3GA 1MQHA 4N13A 1B5IA 3EHTA 4F3BA 3PPRA 2XXUA 3HCQA 4AQ4A 2DXYA 3ZKKA 3SEUA 4G8MA 3SESA 3USDA 2A5SA 4DDDA 3CRBA 1B7ZA 1ELJA 2HZKA 4OENA 3OO9A 3IO4A 4G77A 4R6YA 3G3KA 3JYRA 1QUJA 2NOOA 2XXYA 2V25A 1GVCA 4LONB 4IO7A 1P1WA 1MY3A 3K6VA 5BUUA 1A8FA 4NWDA 4IGTA 2F7AA 3KSXA 3KBRA 3G3FA 4GD5A 5CRYA 3TZAA 3K00A 1JNFA 2NUVA 5CMCA 4P0IA 4R6HA 4N07A 3TFLA 1HSEA 3LSFB 4UA8A 4C0RA 1R9QA 1SQYA 5CMKA 1UIUA 3TYHA 2THIA 3UORA 5AA2A 3OEKA 2ONKE 2W7YA 4DLDA 3TUSA 1AMFA 1YCJA 1O64A 2X7QA 3F11A 2O7IA 1II5A 4EQ7A 3O9PA 4EQ9A 3MBPA 2RCAA 3IK6B 1H44A 2ZNSA 5H8FA 2RKMA 4G4PA 3ODBA 4RXLA 1DPPA 3T22A 1LCTA 3WAEA 3N6TA 3MW0A 1LAGE 1TXFA 1MXVA 4IO6A 2VGQA 2Y7WA 4GL8A 1MY2A 3MVZA 4JWXA 2XXTA 1MXZA 2ZYKA 3IOTA 3G3HA 1CE2A 2R9JA 3SETA 4WEDA 3TCFA 4BDLA 3G7WA 1HSLA 1SI0A 4PETA 3PMWA 3E3KA 1TT1A 3FATA 1MXYA 4H67A 4ZZEA 4ELRA 1D9YA 2O1LA 1HSJA 4O3AA 1Y4CA 3O6HA 3U93A 1B58A 4WXJA 2UVJA 4QSEA 4RJZA 4GL0A 2RF1A 2PMSA 1B4ZA 1Z7NE 1US4A 3PMVA 2DYXA 1P99A 3R7XA 1A55A 4JSDA 1XS5A 2DWJA 3KGCA 5F7VA 3BKIB 5EHMA 4P11A 1CB6A 3Q29A 4Q0CA 4JBZA 1JW4A 2DP8A 2LAOA 4X9TA 4GF8A 4IY5A 3KN8A 4H8JA 1NNTA 1DMBA 3FVGA 3MPKA 1BIYA 3H7MA 1XVXA 4EXKA 1MPBA 1MXXA 3H4ZA 1IZ1A 2CMOA 4YMBA 1QUIA 3B7DA 4R74A 4KYEA 4AB6A 3IB2A 1B51A 2PVUA 4QFLA 3KOTA 4ZEFA 4EUOA 2IEEA 1BKAA 3Q28A 4G68A 1MQGA 4FEBA 1UTHA 4YKPA 2VOZA 1FQAA 5DVIA 3S9NC 1PBQA 3GLBA 3UIFA 4KPTA 1P1OA 3VXBA 4I1DA 4OFLA 3OSQA 4F3SA 4GIZA 4R72A 5I57A 3N5LA 1BTJA 4ECFA 3HPIA 4F2OA 1OMPA 3OMBA 4QSDA 1S9TA 4G2ZA 2GRVA 1FTMA 1UIVA 2XXPA 1LFGA 4ZEKA 1AOVA 4ZEDA 3H3GA 1OQGA 3V5AA 2O51A 5EYFA 3SDFA 4NF6B 3U94A 1N76A 3KG2A 2RC9A 5H8HA 5H8QB 4HCWA 1MY1A 3HV1A 3PUXE 3BFUA 2I6EA 3C32A 5B7DA 2Y7PA 4G8NA 3K0VA 2V3UA 1B3EA 2ZYOA 2Z8EA 4QSCA 4QFOA 1USYE 3QK6A 5DVFA 5L8DA 1MM7A 1S50A 2OLBA 2HXWA 1YAEA 4YB7A 1LGBC 1IUDA 5K2XA 3OEMA 1A54A 2ZYMA 2OZZA 3QUJA 4RY1A 2DE4A 4RPOA 5KDTB 4KCDA 3L6HA 3FJMA 3FVNA 3I6VA 1H76A 5I56B 3PGFA 4LQ2A 3K6UA 4E0WA 4KFQA 3U92A 1LAXA 4X1BA 1RYOA 3FJGA 5A5XA 4OTEA 5TPAA 3FVOA 2X26A 3VVDA 4C1TA 3W9VA 1VE4A 3MJNA 1TFAA 3KN3A 5L9SA 1Y1MA 3FIRA 4BDNA 4LQ5A 1DOTA 2VP1A 1LBBA 1IQ7A 1FW0A 1JVXA 3MZBA 3KJTA 4BDQA 3CFZA 3T9VA 3VXCA 3K2DA 2WKYA 3IR1A 3TKDA 3I3VA 3U8QA 4F19A 3TAJA 3ILUB 1VR5A 1Z7ME 4L17A 1M5EA 1IXCA 4ESWA 2UYFA 4XKNA 2DVCA 1PBPA 1R6ZA 3LSLA 3PPOA 3OELA 5BWJA 1DTZA 4JXIA 4YB5A 3CVGA 1IITA 1A99A 1SW1A 2UXAA 4ND9A 3MP1A 3QXMA 4IY6A 1JEVA 4X1DA 3DP4A 1NNKA 3MVXA 4E0XA 4DXBA 4TOZA 1UTBA 3IL1B 4BDOA 2IA4A 1FTKA 5I84A 1OVTA 1QVSA 3SEYA 5JTYB 4O3CA 4YZZA 3B6TA 4BLAA 2G93A 1MY4A 2ESNA 1N04A 3TQWA 2XX9A 2AL5A 1LAHE 2QS1A 1US5A 4R75A 2I4BA 3V89B 5FHMA 1GTKA 5DVJA 3TTKA 5I2KB 1A40A 2XXHA 4OXVA 4Q30B 1N3WA 2D3IA 3PPPA 4X48A 2XD3A 4C1UA 3C34A 3MUQA 4ZDMA 3C4MA 3FD3A 2AYSA 4RK2A 1B6HA 1SI1A 1N7XA 2BJJX 4ELPA 1B4HA 4M1VA 4OVJA 1OLAA 4H6DA 2DXRA 2RC7A 5EHSA 2OWTA 3MZ1A 4H8IA 4OFJA 4JWYA 4LVQA 4U21A 4NF8A 4F29A 2DSFA 5AA2D 3IOUA 4WKMA 2DE2A 5TP9B 3LSWA 2D5WA 3A3UA 5HBCA 1MDP1 1QULA 2HAUA 1ZJLA 5I59B 2VHAA 5H8FB 2O69A 3IORA 4F31B 3RLFE 1IXGA 4QHQA 2QMWA 3CR9A 4ZEBA 3PPNA 4I8CA 2NXOA 1LBCA 1J1NA 1QKAA 2REGA 3R26A 1JEUA 4IO5A 3TDJA 1URGA 4I62A 4IO2A 1WODA 3DELB 2XX7A 3ZSFA 3M3LA 4U4XA 4ZZAA 4P0GA 3E9XA 5M2VA 4ELQA 3KJ7A 4ZE8A 2Z8FA 3VLVA 3C9HA 2I58A 1Y1ZA 4FATA 4XXUA 2I0BA 4NF5B 4F1VA 4OYVA 3RTWB 4OETA 1FQEA 4QRZA 2GH9A 2DWHA 4NF4B 4PFYA 2DWIA 3W9WA 4F18A 1PEBA 2I48A 2ALUA 3TTMA 3OD7A 1QKBA 2OK2A 4TQUQ 4GWOA 3PD8A 1S7YA 2Y7IA 1ZLQA 4R2FA 5F1QA 4HS7A 4F39A 2G29A 1XVYA 4TLLB 4M4GA 1MDQA 3B6WA 1VSOA 1H3DA 1TFDA 1LB8A 4NWCA 4ONYA 1I6QA 1SDXA 4IO4A 1R1NA 2F8DA 1POY1 1MY0A 4NTLA 1B7UA 2KLFA 1ATGA 2XXWA 3LSXA 1FCKA 1AH5A 2RC8A 3BBRA 2E1SA 3LBSA 4R9FA 1D4NA 4OZ9A 4KCCA 3EF7A 3MWBA 3CFXA 3VVFA 3PUVE 1UTHB 4LATA 1B05A 5DTBA 4BDRA 3MAMA 2PT2A 4R6KA 2DS9A 3TEPA 1I6AA 4DIGA 3UA8A 3V8XB 4KQPA 2D21A 4PFWA 3TQLA 1M5CA 1H43A 1XHYA 1Y3NA 1BP5A 4U2RA 2A5TB 1NKXA 5AA4B 1A7LA 2PBWA 4O3BA 3FASA 4ELOA 4I9DA 1AL3A 5KZTA 3K6WA 4NEDA 3HN0A 3ECRA 3FVKA 3THIA 4FJPA 1YPNA 2XXIA 2GFEA 5H8HB 4GXAA 5ELVA 1EU8A 3T9XB 1URDA 4HW8A 1RKMA 3P7IA 2F34A 4U4SA 4XKPA 4ZE9A 5CBSA 3RNNA 1SD3A 5H8NA 1SVXB 2PYYA 2RINA 5DT6A 4GOTA 3OXNA 1USYH 2QL3A 4QFNA 3EQ1A 4DXUA 4DXCA 2ONRA 1B40A 2QS3A 3HO7A 1TWYA 3GXAA 1EZOA 4F3GA 3RTFB 3PUZE 2DQVA 1PB8A 1DPEA 1I69A 3QIMA 1PDAA 4MF3A 3CG3A 1B3HA 4GLIA 2HCAA 3IO6A 1MH4A 4NF6A 3DLNA 4RA1A 4EF1A 1MXWA 3CIJA 1NNPA 5H8QA 1ZU0A 5HPQA 2VD3A 4YKIA 3O97A 2RCBA 4G8HA 5AE4A 1FQCA 1QW0A 3HHFA 3Q25A 3OSRA 3N26A 1MXUA 4LZ5A 3RT8A 2REJA 3IOWA 2GHAA 3DP6A 3B6QA 4MLVA 3UN6A 4UACA 1VFEA 3KSJA 3RGYA 3S2VA 1I6BA 2F36A 1ANFA 2Q88A 2X7PA 5L9OA 3HHGA 1SW5A 3FXUA 1N7WA 1NNFA 2UVHA 4GXSB 2Q8JA 2QMXA 3MVYA 4N6PA 5KDTA 1ZIUA 3WAFA 3CSBA 4PQJA 2HEUA 2YPNA 2Z23A 3C36A 1FTJA 1B5HA 1JQFA 4GVOA 1RYXA 1PB7A 1POTA 3BFTA 3E13X 3A3CA 3DP8A 2I0CA 2DVZA 5I58B 4FECA 3T66A 4R9GA 3UGWA 1R9LA 4XKQA 3FJ7A 4PFTA 3MP8A 3PV0E 2ONSA 1LFIA 5KCJB 3QUFA 1OLCA 2F7CA 2H4IA 5AA3A 5JK4A 3CG1A 4QFKA 1M5BA 3D4GA 3MC2A 3EHSA 2OJTA 4KR5A 1B0LA 5FTIA 2FYIA 3QSLA 3K4UA 1BLFA 3CI8A 3SEXA 1EZ9A 5DEXA 3VLWA 1GGGA 2OBGA 3O29A 3SEWA 4U23A 5I2NA 1SW4A 1QUKA 4GQOA 2ZYNA 3S9LC 5CBRA 3TCGA 1M5FA 1B5JA 4OWDA 4FORA 2P0SA 4WEPA 3K6XA 2YLNA 5DYHA 3KZGA 2XXQA 1F9BA 2O68A 5CI5A 4GFRA 2QSXA 3I5OA 3IB0A 3PU5A 1OQHA 4MLQA 2OWSA 2AIXA 3QAXA 2V84A 4OMBA 3SERA 3LUYA 3LR1A 2I3WA 4XIGQ 1JVYA 3GBAA 1ZBMA 1FQBA 4YICA 1P1NA 3EN3A 4H5FA 5JTYA 1YTVA 3TTLA 4NF8B 1IXIA 5J1DA 4H65A 4F22A 2I49A 2F5XA 3TMGA 2CZLA 2XXXA 4EQBA 1NFTA 1LFHA 1MG1A 1EZPA 3U72A 4LA9A 3K1MA 3VFJA 2FNCA 4EXLA 3S9MC 5AA2B 4ESXA 2UVGA 2F78A 5I2KA 2E0SA 3RN8A 1B3LA 4OERA 3E4RA 3S9EA 4R2BA 3T96B 1MQJA 4YAHX 4QF9A 5AA1A 1Q1KA 5K2YA 3EHUA 4JDFA 2ZNUA 1FTOA 3K1PA 1LCFA 4NE4A 4THIA 1B2HA 3KOSA 5FHOA 3FV1A 5IKBA 4OEUA 3IJOB 3G3IA 1Y9UA 3TODA 3MQ9A 4U1OA 2NVUB 1B1XA 4OESA 3W15C 4MH5A 1FTLA 3O6GA 4EDPA 5ICQA 3TELA 1Y3PA 1ZTYA 3FZVA 4Z7EA 5TP9A 3H6TA 1FQDA 4R73A 4NMYA 4PE5B 1D3KA 3CSGA 3KFMA 3JV9A 2P1SA 2R71A 1OVBA 5I59A 3TTNA 1KWHA 3ONMA 2F6PA 5CC2A 4F1YA 3TPAA 4OFOA 2OCUA 1AIVA 2F35A 4FEDA 3O2AA 3A09A 3D4CA 3N94A 5IAIA 1XOCA 3MZ9A 1FQFA 2F7BA 4FIMA 2O7UA 4JB7A 3LC8A 5HM4B 4K3FA 2I3VA 1SBPA 1B1HA 4OHNA 3IAZA 3GBBA 2XXRA 3K01A 3K1NA 1A8EA 5TU0A 2O6AA 3OOAA 1SW2A 4IB2A 4RPNA 1O63A 4DCYA 2O84X 4GRKA 2F97A 1UQWA 1B9JA 2DE3A 1XC1A 4NF5A 3T9UA 3ILTB 1MS7A 3OO6A 1N84A 3ZKLA 3O28A 1O7TA 3M3FA 2XX8A 3N6UA 1QJMA 3C35A 4NF4A 4POXA 2ZNTA 4RNSA 4YKKA 1P1QA 3RY3A 3MP6A 4DCXA 2XXVA 2H5YA 4F3PA 1IEJA 4G68B 3FXRA 3UK4A 3H6UA 2B3FA 3O66A 4DE8A 4XKRA 4Q8RA 4BDMA 1NH8A 2ZXTA 2H25A 3IOVA 1H45A 4LP2B 2PT1A 5I57B 4YB6A 4G68C 1B52A 1XT8A 4POWA 4KYDA 3RQTA 2V93A 2XD2A 1GR2A 3PUYE 1DTGA 5LOMA 5FHNA 2Q2AA 3SKPA 5ITOA 4JSOA 1MQDA 1WVJA 3FV2A 5H8NB 4YU0A 2QJEA 1LAFE 3CFLA 4RK9A 2ANJA 3OENA 2YJPA 5ITPA 3IB1A 3DM0A 3TCHA 2HAVA 4HTGA 5CMMA 3IJXB 2DWAA 3OO8A 2B3BA 2QS4A 2AL4A 4YMAA 2HZLA 4Q5TA 1P1UA 1MQIA 2GHBA 2A5TA 1PC3A 1LSTA 5AA4A 1B7HA 4H1XA 3QYTA 5B70A 4PP0A 2DOJA 4LUBA 4ZECA 3G3GA 3GZGA 3PPQA 1Y3QA 3O6IA 1L5TA 2FA7A 4MFIA 3EPEA 1SYHA 1SYIA 2ABHA 1B3FA 5CM6A 3H03A 4U1ZA 3MVWA 4LZ8A 2Y7KA 2HQ0A 1JW5A 2Y84A 2V3QA 4IO3A 1MM6A 5A5XB 4KD5A 4KI0E 1LLSA 3U1OA 3JZJA 5TPAB 5CMBA 1Y4TA 3KN7A 3MPLA 3SEVA 1NH7A 3VDFA 2VD2A 2Y7RA 4ISUA 4OQOA 1MPDA 2P2AA 3AXFA 2Q9TA 5ICTA 3VVEA 3PD9A 2QS2A 1T0KA 3RT6B 3C31A 3L6GA 4F1UA 2V3TA 1MH3A 2F6GA 2UVIA 4KYSA 4U22A 3H6WA 3C33A 1Y20A 4OEVA 5JEIA 3M3KA 4LZ7A 2QRYA 4ZEIA 1IXHA 1ZMGA 3T9HB 3ZS6A 1MRPA 1URSA 3T93B 3VV5A 1B46A 2Z8DA 2M8CA 5L9MA 4EF2A 3FGSA 4KHZE 3H6VA 5I56A 1M5DA 4RYAA 2QPQA 1NL5A 5H8SA 1B0HA 4MBPA 1UTBB 1NMUA 2Z22A 1JETA 5DEXB 2I4CA 2H99A 2XHDA 5I2NB 1B32A 3PUWE 4YKJA 2UYEA 3FXQA 1OIBA 4FAJA 4QFPA 3S4UA 2NWJA 3VE1B 3Q27A 3G3JA 4H5GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AB5A 1LB9A 4NHBA 3OO7A 1MPCA 2H9BA 5FTHA 3KEIA 4NG7A 4FE8A 5I58A 1IIWA 2Q89A 4ZS9A 1FBHA 2R6GE 3FUZA 3R6UA 3TTRA 4P1EA 4XTCQ 2Q2CA 4FBPA 1DSNA 4HXVA 3IX1A 4DZ1A 3A29A 1VFDA 2B65A 3RPWA 1Q35A 1D9VA 5KCJA 3V83A 4HCYA 3PTYA 3M8UA 1N3XA 5ISUA 4PFUA 4JWOA 2Q74A 2ZMBA 3K02A 4NGUA 4F2QA 3UP9A 1JW1A 3Q26A 3VLUA 3PMXA 4Z0IA 1ZKBA 1PB9A 1IMBA 3H06B 2PX1A 1WDNA 4IGRA 2B4MA 4IR8A 4TLMB 2O1MA 1N0TA 2Y5LA 2H98A 1EH3A 2HFBA 1GV8A 3HSTA 4H0WA 3RUMA 1B3GA 1MQHA 4MCOA 4N13A 2CEXA 1AWBA 1FBPA 4N4UA 1FBCA 2XWOA 1B5IA 3EHTA 1NUXA 4F3BA 3PPRA 2XXUA 1LBXA 3HCQA 2XWVA 4AQ4A 2DXYA 3ZKKA 3SEUA 4G8MA 3IFAA 3SESA 3USDA 2A5SA 4P56A 4DDDA 3CRBA 1B7ZA 1ELJA 2HZKA 4OENA 3OO9A 3IO4A 4G77A 4R6YA 3G3KA 3JYRA 4P1LA 1QUJA 2NOOA 2XXYA 2V25A 1GVCA 4LONB 4IO7A 1P1WA 1MY3A 3K6VA 5BUUA 1A8FA 4NWDA 1NV5A 4IGTA 2F7AA 3KSXA 3KBRA 1FJ6A 3G3FA 4GD5A 5CRYA 3TZAA 3K00A 1JNFA 2NUVA 5CMCA 4P0IA 4R6HA 4N07A 3TFLA 1HSEA 3LSFB 4UA8A 4C0RA 1R9QA 1SQYA 5CMKA 1UIUA 3TYHA 2THIA 3UORA 5AA2A 3OEKA 2ONKE 2ZZVA 2W7YA 4DLDA 3TUSA 5A5LA 2PFZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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