2ZYNA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
383
structure length
383
Chain Sequence
EGKPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Solute-binding protein
publication title Crystal structures of open and closed forms of cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
source organism Thermoactinomyces vulgaris
total genus 121
structure length 383
sequence length 383
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zynA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zynA02
4RNSA 1B32A 5H8QB 4LQ5A 2DQVA 1MY2A 3TYHA 2QS1A 3I6VA 5CBSA 3TPAA 2FNCA 4F3BA 2OK2A 4R9GA 1I69A 1SYHA 1LAHE 3T66A 4E0WA 3K00A 5I58B 4OENA 2DWAA 1TXFA 2YPNA 3O6GA 1ZMGA 1URSA 3KN3A 1RYOA 3IOWA 3FATA 3PD8A 4IO3A 4ELQA 3MPKA 1MXWA 5I2KB 3TTLA 1IIWA 3UORA 4E0XA 3PPRA 2A5TB 5AA2A 1OLCA 1GVCA 3FV2A 1A8FA 2HZLA 4MBPA 2XXUA 4KYEA 1I6AA 4H65A 1N7XA 3G7WA 1OQHA 2ZMBA 1LAXA 4LZ7A 4GD5A 3KZGA 4GWOA 2XXHA 1MDP1 3W9VA 4TLMB 4EXLA 5L9MA 1FQFA 1N0TA 3OSRA 5I57A 1XVYA 3ZSFA 1B5HA 1JVYA 2I0CA 1MG1A 3MPLA 4JWXA 1N3XA 4ESWA 2Y84A 4MLQA 4DXCA 3CIJA 4R72A 1P1OA 4PFYA 2XXXA 2O7IA 3TELA 2A5SA 3C36A 5K2YA 1B46A 3K1MA 3QAXA 2GHBA 1MY1A 3IAZA 4KPTA 1DMBA 2X7QA 2XXIA 3T96B 2OBGA 4ELRA 5A5XA 2BJJX 3FJMA 5DEXB 3O66A 1VSOA 3QYTA 1QUKA 1TFDA 4KYSA 2PT1A 2VGQA 4FATA 4ZEDA 2CMOA 4EQ7A 3IB0A 4NF5B 1HSLA 2OWTA 1N3WA 4XKQA 4OEVA 2PX1A 4NEDA 4HCYA 2R9JA 3K4UA 3E9XA 3JYRA 4OTEA 3MZ1A 4F1UA 1B51A 4KCCA 2GHAA 4BDRA 5I84A 1WVJA 1M5FA 5CMBA 2I4CA 4F3PA 3SETA 1P1UA 1IXGA 4R2FA 1MQJA 2Q2AA 1IXIA 2HFBA 4GRKA 3TTKA 4HS7A 4ISUA 3RQTA 3CI8A 4RK2A 3S9MC 4NF6B 2Y7IA 3EF7A 3ONMA 1MM6A 2UVGA 3V8XB 2LAOA 1MY0A 1DTGA 1MXZA 3IX1A 1NNTA 3KGCA 1NL5A 4RXLA 4LA9A 1B05A 1EZPA 3PGFA 3GBAA 3EHUA 2V93A 1ANFA 1Z7ME 4OETA 4YKJA 3CG3A 1MY3A 1M5BA 2G29A 3MC2A 5DVFA 2XHDA 1AL3A 3C35A 2Q9TA 4R2BA 4I62A 3LR1A 5ITOA 1LBBA 2DWIA 3TMGA 3MW0A 3GLBA 4MFIA 3G3FA 4GF8A 3TQLA 5H8NB 1SBPA 1B7HA 2Z22A 4JBZA 1EH3A 3FVOA 4H8IA 3RTFB 1SW1A 2O69A 4WXJA 2NOOA 4NF4B 5TPAA 2DXRA 2XD2A 3N94A 2RF1A 1QULA 1UTBB 4F2QA 1MPDA 3UGWA 2F6GA 3TTRA 3C33A 5DT6A 3E3KA 4C1TA 1EZ9A 2VOZA 4KI0E 1R9QA 5H8QA 3D4CA 4LVQA 4G8MA 1B2HA 5JTYA 3MAMA 3HHFA 2AIXA 1O7TA 4ZECA 5I58A 4OERA 2ZYKA 4X9TA 4OWDA 3H7MA 2YJPA 1FTKA 2OJTA 2DVZA 4F3SA 3FIRA 3ILUB 2D3IA 3KOSA 2V3QA 3VXBA 3S9NC 1H76A 5DTBA 5L8DA 5I2KA 2O1LA 1NNKA 3HO7A 2Y7RA 3VFJA 3FJGA 2A5TA 3C31A 2E0SA 1JW4A 4WKMA 1FQBA 1JEVA 1TFAA 2ONSA 3QXMA 3K6WA 1IZ1A 5ICQA 1KWHA 3KSJA 4U4XA 2UXAA 2DWJA 2F36A 3OEKA 4JSOA 3K2DA 3TTNA 4X1DA 3VV5A 3TDJA 3FJ7A 3Q26A 4QFLA 3DP4A 1EZOA 1Y20A 1TT1A 1B6HA 3AXFA 3OELA 4DLDA 1A54A 1SW2A 1O63A 1LCTA 5IKBA 1A99A 3PPPA 4F22A 1Y9UA 2H4IA 1LAFE 1Y3NA 4ZEIA 2XXWA 4XXUA 4IO7A 5EHMA 3C9HA 5HM4B 4BLAA 2AYSA 3OO9A 2F7CA 5BUUA 4QF9A 4QFOA 2NVUB 3FVKA 2P0SA 1AH5A 3OEMA 4MF3A 1IEJA 4EDPA 5DEXA 3S9EA 4KQPA 4OVJA 3QUFA 2XX7A 2PYYA 1MM7A 4IO4A 4IGRA 4DZ1A 2XXTA 1PDAA 2DE2A 1WDNA 4EUOA 1QVSA 4EQBA 1B4ZA 1LGBC 4ZEKA 2RC8A 4RPOA 1MH3A 2UVJA 3IB1A 2XD3A 1Y4CA 1UTHA 1H43A 3A3UA 3UP9A 1SW5A 4ZE8A 4XTCQ 3CVGA 5AA4A 4O3AA 4U22A 3S4UA 1XOCA 1NH7A 3PU5A 3SEWA 3KOTA 3BKIB 2XXRA 3O29A 3T22A 1MQHA 4G4PA 4KCDA 3T93B 2H25A 4OFJA 1JETA 5F1QA 3U72A 3CG1A 4G68B 3SEYA 5H8FB 1LFHA 4NF6A 1QKAA 3V5AA 3JV9A 3R7XA 5I2NB 4MH5A 3KN8A 1BKAA 4N6PA 1MXXA 4QFPA 3M3LA 1LSTA 2H9BA 4QFKA 4YU0A 2V3TA 5KZTA 4F1VA 3RPWA 2Q88A 1B7UA 3E13X 2ZXTA 3K6XA 2ONRA 2O84X 3RY3A 5IAIA 2ZYNA 3KN7A 4ECFA 3RT6B 1NMUA 4OYVA 1ELJA 4G8HA 2Y7WA 1L5TA 4IGTA 1PB7A 1US5A 5B70A 3O97A 3O6HA 3MWBA 3B7DA 3BFTA 1D9YA 1JW1A 3TKDA 2OCUA 1MXYA 3I3VA 1HSJA 3GXAA 2R71A 3FVNA 1B0LA 3F11A 4LATA 3QUJA 1N84A 2Z8DA 4NF4A 2F5XA 1QUJA 1SQYA 4RJZA 3H6UA 1UTBA 3Q27A 3MP1A 1A40A 2OLBA 4DCYA 2QS3A 3PPNA 2QS4A 3HCQA 2GFEA 2IEEA 5CRYA 1GR2A 3ZKLA 1PC3A 1SVXB 4AQ4A 4Z7EA 1M5CA 1LFGA 1MQIA 5KCJB 3VXCA 1SYIA 3OMBA 3VVEA 1POY1 4HCWA 4IY5A 3KJ7A 4ZZEA 3Q28A 5F7VA 2Z8EA 1BLFA 5ITPA 1F9BA 1ZIUA 2D5WA 1YTVA 1DPEA 4NF8B 3PUWE 3DLNA 1ATGA 4H67A 4YMBA 3VLVA 2DXYA 5H8HB 1B1HA 1B52A 2OZZA 3TAJA 1H45A 3OO6A 5J1DA 3KSXA 3PUYE 4I1DA 4U1ZA 3G3KA 1FQCA 4YKIA 2O51A 3E4RA 5TP9B 5CMKA 3K01A 1SI1A 2X7PA 4U21A 4FIMA 5EYFA 4IO6A 3HHGA 4PFWA 1XC1A 3M3KA 3PUVE 3B6TA 3MBPA 3I5OA 3OOAA 4IO2A 4R73A 3TFLA 3RT8A 1IQ7A 1LCFA 4F18A 4YZZA 3IK6B 3CR9A 5CC2A 1D4NA 3U93A 5I56A 1MQDA 3HSTA 1PB9A 1OVTA 1B3LA 3CSGA 4ELPA 1US4A 3SEUA 2ZNTA 1URGA 3OSQA 2REJA 3TZAA 3U1OA 1XS5A 1PBQA 1J1NA 1FW0A 5AA2D 1T0KA 4RYAA 4TOZA 2H99A 4OZ9A 5L9OA 4F19A 5I59A 3IO6A 2HQ0A 3DELB 1S9TA 1Q1KA 1Y3QA 3PPQA 4PFUA 1NNPA 2QMXA 3K1NA 2DE3A 3K1PA 4R75A 1QKBA 3ILTB 4LP2B 4P11A 4TLLB 3T9HB 3H6VA 2QPQA 1LFIA 5CMCA 1B5JA 1WODA 3PMWA 3CFZA 4R6KA 4OFLA 3LSFB 2QRYA 4BDQA 3HPIA 2IA4A 4NE4A 2V3UA 1R6ZA 4X1BA 4ZEFA 4AB6A 3TCGA 5HBCA 3MVWA 4JWOA 5AA2B 1EU8A 1URDA 1GGGA 1DTZA 3MQ9A 4YB5A 5AA1A 4ELOA 4RA1A 3O2AA 2DWHA 2ZNSA 4G68A 4OEUA 5H8FA 1YAEA 4F29A 1P1NA 5I2NA 3RUMA 1SD3A 1GTKA 1JEUA 2W7YA 5CI5A 3FD3A 3T9VA 3N26A 3FXUA 1DOTA 2RINA 5ICTA 2F6PA 3V83A 2I48A 5AA3A 3USDA 4QSDA 3K02A 4ZE9A 4NWCA 1H3DA 4WEDA 4EF2A 1N04A 3LSXA 1OLAA 1B4HA 3O9PA 3H3GA 2DE4A 3LSWA 4H5FA 4Q8RA 3H6TA 1VR5A 4IB2A 3C32A 2RC9A 3OD7A 3FASA 1QW0A 4POWA 4GQOA 4JXIA 1B3FA 5FHNA 3IJOB 4PQJA 3UK4A 3UN6A 2I4BA 5FTIA 4DXUA 4GXSB 4G8NA 3OO8A 3TODA 4F2OA 3IJXB 5ELVA 2XXYA 1P1WA 4H6DA 5FHMA 1P99A 1UQWA 1ZU0A 3K0VA 1OIBA 2I3VA 2ANJA 2I49A 2RC7A 4BDMA 3T9UA 4GLIA 1ZLQA 1A55A 2ZYMA 2H5YA 2ALUA 1JNFA 4THIA 1OVBA 4OESA 3M3FA 1LB9A 1MPCA 2DVCA 3B6QA 3THIA 2RCAA 4DE8A 1S50A 2B65A 4ZEBA 5DVIA 2Z8FA 4Q5TA 2NUVA 4H8JA 3OXNA 3G3HA 3OENA 3SERA 1FTMA 2D21A 3PMXA 3H03A 1II5A 4IO5A 3S2VA 2O6AA 3FZVA 3UIFA 3TCFA 1B1XA 1B7ZA 2FA7A 4NF5A 1Y4TA 5DVJA 5TP9A 3VVDA 4YB6A 4DXBA 4R74A 1S7YA 4NMYA 3TCHA 2ABHA 4XKNA 2Y7PA 1IXCA 4FAJA 3QSLA 1UIUA 1A8EA 3TTMA 5M2VA 4RY1A 1ZBMA 4F3GA 4GOTA 4F31B 4EQ9A 3G3GA 3PV0E 3FXQA 1R9LA 2I6EA 4BDLA 4EF1A 3MVXA 4GL0A 2P1SA 2YLNA 3RTWB 5KDTB 4GVOA 3EHSA 4N07A 2Q89A 2H98A 1JW5A 5B7DA 1VFDA 3R6UA 3EPEA 4FJPA 1JQFA 1ZJLA 2XXPA 4UA8A 4OFOA 2ONKE 1BP5A 4MLVA 4U2RA 4O3CA 2F8DA 5CBRA 3S9LC 4KYDA 4Q0CA 5JTYB 3U92A 1BIYA 4ND9A 3PUZE 4RK9A 1FTLA 2HAVA 4LUBA 2DOJA 3TUSA 2FYIA 4OXVA 2GRVA 1B3HA 1N76A 5TU0A 1LBCA 2V84A 5DYHA 1PBPA 3QK6A 1NKXA 3PUXE 4OQOA 4H0WA 5L9SA 1P1QA 3MP8A 5H8NA 1FTOA 4FORA 4R6HA 3DP8A 2O68A 2XX8A 4U23A 3FGSA 1LAGE 1GV8A 4ESXA 3LSLA 4M1VA 3QIMA 3TQWA 4BDNA 3U8QA 5FHOA 3FVGA 2HZKA 1H44A 2G93A 5FTHA 3DP6A 2VHAA 4FEBA 1Y1ZA 4L17A 4P0GA 4U4SA 1XT8A 1B9JA 2VD3A 1UIVA 2KLFA 5CMMA 3SDFA 2ESNA 3G3JA 1MPBA 4PETA 3SESA 4M4GA 2QMWA 1SW4A 4C0RA 1AMFA 2WKYA 3ZKKA 1MDQA 5EHSA 1MS7A 2F78A 3H4ZA 3B6WA 3IOUA 4UACA 4FE8A 1FCKA 4ZZAA 4I8CA 3MJNA 4YKKA 4LONB 2UYFA 5LOMA 3FUZA 4HTGA 3DM0A 2VP1A 2XXVA 4K3FA 2PMSA 4PFTA 3V89B 1FTJA 1B0HA 1RYXA 4JWYA 5CM6A 3IR1A 3WAFA 4NWDA 1D3KA 2DS9A 3MZ9A 4QSEA 2QSXA 4RPNA 4F1YA 3L6GA 4G2ZA 3RN8A 4FECA 1LB8A 3A3CA 3K6VA 3IORA 2PVUA 3RGYA 2DP8A 3W9WA 4XKRA 5BWJA 2O1MA 4YMAA 4I9DA 1AOVA 2Z23A 4IY6A 2Q2CA 1Y3PA 5K2XA 1UTHB 3N5LA 3OO7A 2I3WA 5AA4B 4LZ8A 3VDFA 3BFUA 2Q8JA 2QL3A 1MY4A 4PP0A 4XIGQ 3CFLA 2M8CA 2O7UA 2I58A 3H06B 3LC8A 3SEVA 3EHTA 4Q30B 4C1UA 3A09A 1XHYA 1B3EA 1OMPA 3Q29A 3M8UA 1NFTA 3C34A 3PPOA 4KHZE 3SKPA 3JZJA 1NNFA 3CSBA 1MQGA 2E1SA 1FQEA 2THIA 1IXHA 2XX9A 1XVXA 1LLSA 4POXA 4H5GA 3GZGA 4WEPA 4Z0IA 1O64A 2B3BA 3PD9A 4LQ2A 1M5EA 4GXAA 3RNNA 2UVHA 3CFXA 2HCAA 3VLUA 3HV1A 4TQUQ 1Y1MA 1I6BA 3KEIA 4JDFA 3Q25A 4QRZA 1PEBA 3RLFE 4QHQA 5KDTA 4X48A 2RKMA 3VLWA 2HXWA 3FXRA 1BTJA 4G68C 2ZNUA 5I57B 3MZBA 1B58A 1A7LA 1HSEA 3H6WA 4OMBA 3K6UA 4YICA 2V25A 4H1XA 3SEXA 1IITA 1ZTYA 4GL8A 3UA8A 2GH9A 3KFMA 1SI0A 1MXVA 1TWYA 1B40A 3ECRA 4GIZA 3LUYA 4G77A 1QJMA 3L6HA 1M5DA 1POTA 3T9XB 1B3GA 5H8SA 2DYXA 4DCXA 2OWSA 1CE2A 1FQAA 3MVYA 3KJTA 2QJEA 5A5XB 4QSCA 3VVFA 2F34A 2X26A 4JSDA 4N13A 5HPQA 3R26A 3KG2A 5JEIA 4F39A 2DSFA 1B5IA 2UYEA 1Q35A 4KR5A 1DPPA 3D4GA 3N6UA 1MXUA 1MRPA 3ODBA 1QUIA 3KBRA 1D9VA 3IOVA 1VE4A 3O28A 4HW8A 4EXKA 4NTLA 2AL4A 1AIVA 2NXOA 1PB8A 1RKMA 3P7IA 3TEPA 4ZDMA 4R9FA 2UVIA 4KFQA 5KCJA 1JVXA 1FQDA 3O6IA 3HN0A 2Y7KA 2I0BA 3C4MA 2R6GE 1R1NA 3CRBA 5I56B 2RCBA 3IO4A 3MVZA 1IUDA 4ZS9A 4BDOA 4NF8A 1Z7NE 3FV1A 4YAHX 2QS2A 3IL1B 1USYE 1CB6A 1YPNA 5H8HA 5JK4A 2P2AA 4YB7A 1OQGA 4DDDA 2HEUA 3ZS6A 3EQ1A 2NWJA 4FEDA 2F35A 2REGA 4GFRA 4PE5B 1NH8A 1VFEA 5I59B 2AL5A 2XXQA 2B3FA 1USYH 2VD2A 3W15C 4P0IA 3EN3A 3U94A 1I6QA 4O3BA 4R6YA 5AE4A 2F97A 2CZLA 3WAEA 2PT2A 4OHNA 3LBSA 1MH4A 4AB5A 3MUQA 3N6TA 2F7BA 3IB2A 1N7WA 2F7AA 4ONYA 2PBWA 3G3IA 4JB7A 3MP6A 5TPAB 4KD5A 5ISUA 3GBBA 3IOTA 4QFNA 3BBRA 2ZYOA 1YCJA 1SDXA 4LZ5A 1ZKBA 4DIGA 4U1OA 4YKPA 4XKPA 1DSNA 3PMVA 2HAUA 3VE1B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RNSA 5IZ3A 1B32A 5H8QB 4LQ5A 4HE2A 2DQVA 1FBHA 1MY2A 3TYHA 1KZ8A 4P8BA 2QS1A 3I6VA 5CBSA 3TPAA 2FNCA 4F3BA 2OK2A 4R9GA 4XEQA 1I69A 1SYHA 1LAHE 3T66A 4E0WA 3K00A 4GWYA 4OENA 5I58B 2F3BA 2DWAA 1TXFA 2YPNA 3O6GA 1ZMGA 2L5VA 4PC9A 1URSA 3KN3A 1RYOA 3IOWA 3FATA 3PD8A 4IO3A 4ELQA 3MPKA 2BJIA 1MXWA 5I2KB 3TTLA 1IIWA 3D1RA 3UORA 4E0XA 3PPRA 2A5TB 5AA2A 1OLCA 1GVCA 2XWKA 3FV2A 1FPLA 1A8FA 4O7IA 2HZLA 4MBPA 2XXUA 4KYEA 1I6AA 4H65A 1N7XA 3G7WA 1OQHA 2ZMBA 1LAXA 4LZ7A 4PAKA 1FPEA 4GD5A 3KZGA 4GWOA 2XXHA 1MDP1 4NX1A 3W9VA 4TLMB 4EXLA 5L9MA 1FQFA 1N0TA 3OSRA 5I57A 1XVYA 3ZSFA 1B5HA 1JVYA 2I0CA 1MG1A 5EYGA 3MPLA 4JWXA 1N3XA 4ESWA 2Y84A 4MLQA 4DXCA 3CIJA 4R72A 1NV2A 1P1OA 4PFYA 2XXXA 2O7IA 3TELA 2A5SA 3C36A 5K2YA 1B46A 4QXDA 3K1MA 3QAXA 2GHBA 1MY1A 3IAZA 1NUYA 4KPTA 1DMBA 2ZZXA 3HFUA 2X7QA 2XXIA 3T96B 2OBGA 4ELRA 4GBWA 4PFBA 5A5XA 2BJJX 3FJMA 1NV5A 5DEXB 3O66A 1VSOA 3QYTA 1QUKA 1TFDA 4KYSA 2PT1A 2VGQA 4HXVA 4FATA 4ZEDA 2CMOA 4EQ7A 3IB0A 4NF5B 4H46A 1HSLA 2OWTA 1N3WA 4PAIA 4XKQA 4OEVA 2PX1A 4NEDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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