2UVHA

Structure of a periplasmic oligogalacturonide binding protein from yersinia enterocolitica in complex with saturated digalacturonic acid
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
EVNLRMSWWGGNGRHQVTLKALEEFHKQHPNINVKAEYTGWDGHLSRLTTQIAGGTEPDVMQTNWNWLPIFSKDGTGFYNLFSVKEQLDLAQFDPKELQQTTVNGKLNGIPISVTARIFYFNDATWAKAGLEYPKTWDELLAAGKVFKEKLGDQYYPVVLEHQDTLALIRSYMTQKYNIPTIDEANKKFAYSPEQWVEFFTMYKTMVDNHVMPSTKYYASFGKSNMYEMKPWINGEWAGTYMWNSTITKYSDNLTKPAKLVLGPYPMLPGAKDAGLFFKPAQMLSIGKSTKHPQESAMLINFLLNSKEGVEALGLERGVPLSATAVTQLRASGVIKDEDPSVAGLNMALELPHKMTTSPYFDDPQIVSLFGDAIQYIDYGQKTVQETAEYFNKQGDRILKRAMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specific Recognition of Saturated and 4,5-Unsaturated Hexuronate Sugars by a Periplasmic Binding Protein Involved in Pectin Catabolism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords ABC TYPE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING PROTEIN
total genus 137
structure length 404
sequence length 404
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvhA02
4FEDA 1EH3A 2Q2AA 4OEUA 3TODA 4RPNA 4G8HA 1LFIA 3SDFA 1B5JA 4QFPA 5CMKA 4DIGA 1QJMA 2OBGA 4TQUQ 1ZKBA 4ELRA 1DTGA 1GR2A 5H8QA 1A8EA 2DXRA 4NMYA 5CMMA 3I3VA 4YKPA 5L9SA 1HSEA 1T0KA 1FQDA 1ZIUA 1ZTYA 3D4GA 2VOZA 4U2RA 1KWHA 5F7VA 2GHAA 3MVXA 2G93A 4DXBA 3TPAA 4GOTA 1D9YA 2PBWA 4BDLA 1PB9A 3KSJA 2PT2A 3DM0A 1TT1A 1YCJA 1UTHB 2UVJA 2VHAA 1PDAA 4HW8A 1N76A 3GXAA 4IGRA 4LONB 4OESA 4P0GA 1DTZA 5FHNA 3QXMA 1YTVA 3K02A 3FZVA 1VFDA 3HPIA 3JZJA 1IXHA 4RYAA 3PUVE 4DZ1A 1A40A 4OVJA 3R26A 1SVXB 2DYXA 3Q26A 4OFJA 3EHSA 1AL3A 1A7LA 3QAXA 3E4RA 1UTHA 3QUFA 2HEUA 2DVZA 3LR1A 2I49A 2I4CA 4GLIA 4P11A 3ILTB 3T96B 3DP6A 1XHYA 4TLLB 4HCWA 4AB6A 1B40A 4YMBA 2RF1A 1LFHA 4QSEA 4DDDA 4EQBA 1GV8A 3U1OA 4MFIA 4U23A 3ZS6A 2Z8EA 4AB5A 4ZECA 3IL1B 1I6AA 2XX9A 3VLUA 3C9HA 1QW0A 2Q88A 4R2FA 1MY4A 3IORA 3OO8A 1R9LA 1BLFA 2XXUA 4JSDA 4O3BA 4C1UA 4EQ9A 2HAUA 2HZLA 3U8QA 3C35A 2PVUA 3PGFA 3VLVA 3KJTA 1H3DA 3EPEA 2OK2A 1XS5A 3KZGA 3SEXA 3TZAA 1VFEA 2FNCA 2HQ0A 1P1WA 3Q29A 4PFWA 3G3FA 1XVYA 3KGCA 4DLDA 4F3PA 1IEJA 3LSXA 4H5GA 4Q0CA 2D3IA 4JSOA 1MXUA 5CBRA 4THIA 3CIJA 3UP9A 1S9TA 5IKBA 2V3TA 1VR5A 2AYSA 4IO4A 1NH8A 1DPEA 3MC2A 3SEVA 1URDA 5IAIA 1CB6A 4F19A 3HO7A 2F35A 3C34A 3FXUA 4UACA 2CMOA 1D4NA 1NNPA 4H5FA 4PP0A 2IA4A 4LZ8A 5HBCA 2GHBA 2F78A 2AIXA 4KPTA 5L9MA 2XXHA 1MQIA 2P0SA 4E0XA 2ZYMA 3VVEA 2HCAA 3PPRA 2E0SA 2DWIA 4G4PA 4LUBA 1PB8A 2O69A 4E0WA 1NFTA 4YKJA 3H6UA 3IB0A 4ZZEA 4DE8A 4C1TA 4BDNA 2PYYA 4M1VA 5H8NB 3THIA 2DQVA 3F11A 1LBBA 1POTA 5EHSA 5KCJB 3IO6A 4EDPA 1GTKA 3KFMA 2ZYNA 1JQFA 1S7YA 4ZEBA 4F1YA 1A8FA 2H98A 2H4IA 1OIBA 3GLBA 4F29A 1OVTA 3VV5A 2QMXA 3N94A 1SI1A 2I3VA 4PFYA 3R7XA 4LZ7A 3USDA 2GFEA 5H8NA 3CSGA 2ZMBA 3EF7A 4ZEIA 1PC3A 5KCJA 4JWXA 4X1DA 4LP2B 4OMBA 1R6ZA 1MY1A 3HCQA 1MQJA 3H03A 4K3FA 4NWDA 1Q35A 1DPPA 1MY2A 1R1NA 1JEUA 4F3BA 3LSWA 3MWBA 1MM7A 1N0TA 2NXOA 5JTYB 3SETA 2I4BA 2UVHA 3K2DA 4ONYA 3H6WA 2GH9A 2WKYA 4U1ZA 2QSXA 3O28A 2QL3A 1XOCA 3SEYA 3M8UA 4HS7A 3VVDA 1LAXA 1QULA 4RPOA 1B5HA 4F22A 3W15C 4OZ9A 2XXTA 3K1NA 4YAHX 1TFAA 4I9DA 2R9JA 5TPAB 3BFUA 3IX1A 4ESXA 5I2NB 1NNKA 5JTYA 3K6UA 4R6KA 2OCUA 4R9GA 5LOMA 3Q27A 3CFLA 3QYTA 1PEBA 1ZLQA 4LA9A 5CI5A 3PD8A 3FATA 1GVCA 2OLBA 3FIRA 1Y1MA 1B0HA 2PT1A 5FHOA 2DSFA 2H25A 5CRYA 3MZ9A 1SW2A 4P0IA 3M3KA 1USYE 1SQYA 3KEIA 2Q8JA 3B6WA 4GXAA 5I2NA 1QUIA 1URSA 5B7DA 1P1OA 4BDQA 1NNTA 1LB9A 4EQ7A 2B3FA 3U92A 4FAJA 5DYHA 2THIA 2I58A 4YKIA 3FJ7A 2V25A 3OXNA 4PE5B 4JWOA 3VXBA 1IIWA 4WKMA 4YB6A 2RKMA 1B3LA 3MP6A 3V83A 1LAFE 2ZNUA 4H0WA 1RYXA 3IOVA 1LSTA 4F2QA 1PBQA 3ILUB 2HFBA 1LGBC 4X9TA 2H5YA 1ANFA 1FTMA 4L17A 1B52A 3FXQA 2Z23A 3N26A 4RXLA 3A09A 5DVFA 4QSCA 5HPQA 3G3KA 1XT8A 3TEPA 4ESWA 1P99A 3WAEA 1OVBA 2X7QA 3GBAA 3H3GA 4OWDA 2IEEA 2F6PA 4F31B 3MP8A 3KG2A 4Q8RA 1FQAA 3IK6B 4PETA 2D5WA 3ZKLA 3IO4A 1B7HA 2ESNA 4XIGQ 3S9NC 4GL8A 5ICTA 1FCKA 1QKBA 3ZSFA 4POWA 5I57A 3JYRA 1B4ZA 5ITPA 4NF8B 1OLCA 1FTJA 4GD5A 1Y3PA 2QS1A 4R6YA 3RUMA 1SYIA 4OENA 2RCBA 4YZZA 4ZDMA 5CM6A 2A5TB 3RT6B 3LUYA 3P7IA 3VDFA 4IO5A 3MVYA 3TTMA 4GF8A 2O7UA 5AA2B 1P1UA 2XXXA 2ZNTA 4NF8A 2V3QA 4OXVA 5CC2A 1LCFA 3H7MA 1IUDA 4RJZA 1Y3QA 3Q25A 3G3HA 3O9PA 3DELB 3K1PA 1MQHA 3CFXA 4F1VA 2Y7KA 5CMCA 2A5TA 3OO7A 1YPNA 5KZTA 1HSLA 4TLMB 2XX8A 3H06B 4YICA 4IY6A 1B05A 4YB7A 3T9HB 3FJGA 3TTNA 5AA2A 1FQCA 4ZZAA 4IO2A 3B7DA 2NUVA 3VXCA 3IB1A 1JVYA 3PMVA 4DCXA 2E1SA 3IB2A 1ZBMA 3HSTA 1N3WA 4X48A 4POXA 3QUJA 1EU8A 3BKIB 3VLWA 1UIVA 2DWHA 3C31A 4C0RA 1I6QA 1DMBA 3O6GA 5K2YA 4YU0A 1NH7A 3I6VA 2OZZA 2Z22A 4WEPA 1MH3A 3V5AA 4Z7EA 5I2KB 5DVIA 4OFOA 3OO6A 4XKPA 4G77A 3MZ1A 1B3HA 3SEWA 2RINA 5J1DA 2AL5A 5H8HB 1JW1A 3DLNA 3TAJA 3FUZA 4OERA 4G8MA 3V89B 1RYOA 4FATA 3UK4A 3C4MA 3KOTA 3CFZA 5I2KA 1BP5A 5TU0A 2V93A 2ZXTA 3PUZE 3E3KA 4XKNA 1FW0A 5BWJA 2Y7IA 2DOJA 3EQ1A 1II5A 5H8HA 4YB5A 4FE8A 3S4UA 3PPNA 2F34A 3LBSA 4QHQA 4RK2A 4GXSB 4MBPA 3K6XA 3RNNA 3FGSA 4XTCQ 1D9VA 4JBZA 3S9LC 3FASA 4IY5A 4QFOA 2AL4A 3K01A 1B5IA 4JB7A 1MQDA 1JEVA 1B7ZA 3K0VA 2F7CA 4KCCA 1B3GA 2VD2A 4Q30B 3C33A 1SD3A 1IXIA 2O7IA 4BDRA 1SW1A 3W9VA 2ONRA 3K4UA 2PMSA 1VSOA 3RQTA 3LSLA 3MZBA 3ECRA 4ZE9A 2CZLA 1M5FA 1J1NA 3FVNA 5H8FB 3OELA 4NF6B 4NTLA 3HV1A 2Y84A 3FVOA 3Q28A 4N13A 3K00A 4N6PA 2Z8FA 3IJOB 2Y7PA 3VE1B 4F18A 1O64A 3OO9A 1URGA 3JV9A 3MQ9A 5H8SA 4XXUA 2XXRA 4GWOA 5L8DA 1QUJA 1BIYA 2Y7WA 3TTKA 4KQPA 1S50A 1DOTA 4EF1A 2O1LA 1Y20A 2I6EA 4HCYA 2NOOA 3GBBA 1MRPA 3V8XB 2OWSA 5H8FA 4DCYA 4LVQA 4NF6A 4EUOA 5ISUA 3TQLA 4Q5TA 4X1BA 4ZEFA 3PMXA 1H44A 1Y1ZA 1MG1A 3MAMA 1O7TA 5L9OA 1D3KA 2DE4A 1MPCA 4H6DA 2VGQA 2XHDA 2B3BA 2H9BA 5ITOA 3EHTA 2P1SA 3O2AA 2ANJA 3M3LA 3LC8A 3TCFA 1IQ7A 4IB2A 3EN3A 1NKXA 3EHUA 1N7WA 4IO6A 4KD5A 1O63A 3MPKA 2I48A 5JK4A 3C36A 4LQ2A 2HXWA 4F39A 2OJTA 4DXUA 3H6TA 3PD9A 3TDJA 5I59B 1FQEA 3PUWE 3G3GA 4H67A 2ALUA 3OSRA 3PPPA 3T93B 2XXVA 5DVJA 3PPQA 1HSJA 5DT6A 2LAOA 4FIMA 2RC9A 5I58B 3H6VA 2ABHA 4EF2A 3IAZA 3KOSA 2R6GE 3IJXB 1OQGA 3T66A 5I59A 1A55A 2F7BA 4QRZA 4ECFA 2XD2A 2REJA 1EZ9A 2Q2CA 1Q1KA 3CI8A 1B1XA 3MP1A 4IGTA 3FV1A 3PV0E 1YAEA 3U72A 3N6UA 4IO7A 3TMGA 5AA2D 3MPLA 1PBPA 5I58A 2RC8A 4JXIA 1XC1A 1AMFA 1MPDA 3QSLA 2QMWA 3PMWA 4JWYA 1LBCA 1M5BA 2F8DA 4BLAA 3PU5A 4G68B 2DE3A 2ZNSA 2O51A 4KFQA 4XKRA 2X26A 4EXKA 3RN8A 5BUUA 2Q9TA 3FXRA 3O97A 1PB7A 4R73A 5ELVA 1USYH 1N3XA 4MH5A 3CG3A 2B65A 1UTBA 1LFGA 4NF5B 4NF4B 5HM4B 3ODBA 3A3CA 1B3EA 4OHNA 5M2VA 5AA3A 3H4ZA 4ISUA 3IOUA 1SYHA 3T9XB 4H8IA 5FHMA 5I57B 3N5LA 4R75A 4G68A 4QF9A 3TCGA 4FORA 1H43A 4BDMA 4NE4A 4YMAA 4R2BA 1M5EA 5AE4A 1MXZA 3U93A 1WVJA 3SERA 1H76A 4UA8A 4ELOA 4PFUA 1SDXA 2XX7A 2YLNA 1CE2A 1LLSA 4NF5A 2X7PA 4NF4A 3RLFE 4GRKA 4QSDA 4MF3A 5AA1A 3KSXA 1JW4A 3TYHA 1FTLA 1SI0A 3IR1A 4G2ZA 5TP9B 2DWJA 4WXJA 3L6HA 1JNFA 2G29A 3PUYE 3CR9A 1LAGE 3MW0A 3OEKA 4GL0A 1B6HA 1B51A 2M8CA 2O68A 4HTGA 4ELQA 1EZPA 1TFDA 3FVGA 1Y4CA 5CMBA 4F1UA 3I5OA 3UORA 3K1MA 2W7YA 3T9VA 3E9XA 2O6AA 3TQWA 4FEBA 1IXCA 2XXQA 3U94A 4U21A 2HAVA 5TP9A 4H8JA 4RA1A 2UVGA 1B3FA 3S9MC 2BJJX 3HHGA 4NEDA 4R74A 4RY1A 4PFTA 1DSNA 2DE2A 4KYDA 3G7WA 4H1XA 4R6HA 5FTHA 1QKAA 1EZOA 3CSBA 3K6WA 1UIUA 4YKKA 1XVXA 2F6GA 1NMUA 4U4SA 3QIMA 2D21A 5EHMA 3GZGA 2XXWA 2PX1A 5JEIA 4RK9A 1Z7ME 2O1MA 1IITA 1H45A 3TTRA 2QS2A 3KN3A 1Z7NE 1Y4TA 4LATA 2O84X 4N07A 1A99A 4RNSA 2ONSA 3LSFB 3R6UA 1ZMGA 1MDQA 2QS4A 3OD7A 1IZ1A 2GRVA 1Y3NA 2NVUB 2XXYA 4PQJA 3PPOA 3VVFA 1AOVA 1FQBA 3TFLA 1N04A 5A5XB 4O3CA 4U4XA 1FTOA 1LCTA 1P1NA 3G3IA 4GFRA 1R9QA 1MXWA 1SW4A 3M3FA 3A3UA 1BKAA 3W9WA 1I69A 4KR5A 2ZYKA 2QJEA 3MVZA 4KYSA 3S2VA 2RC7A 2YPNA 3CVGA 3FD3A 4M4GA 4LQ5A 1MY0A 2FA7A 5A5XA 4MLQA 4OTEA 1BTJA 5F1QA 1JETA 2UYFA 1VE4A 4GQOA 1MQGA 2I0CA 2F5XA 3HHFA 3ZKKA 2FYIA 3MUQA 1ZU0A 1UQWA 1LAHE 3DP8A 1MXXA 1WODA 1JVXA 1M5CA 4AQ4A 1JW5A 2UVIA 4Z0IA 3OEMA 1N84A 1B9JA 1MH4A 4G68C 4NWCA 4F3GA 1US5A 4F2OA 1ELJA 3KN7A 4KHZE 2P2AA 1QVSA 2ZYOA 3G3JA 2A5SA 4QFLA 1B0LA 3K6VA 2V84A 1IXGA 2RCAA 3E13X 3O6HA 1B46A 4KYEA 3TTLA 3KJ7A 4I62A 4R9FA 2H99A 4R72A 4ZEDA 4KCDA 3KN8A 3O29A 3HN0A 3QK6A 2F7AA 3O66A 1MM6A 4GVOA 1FQFA 3C32A 3SEUA 1I6BA 4QFNA 2QS3A 2VP1A 2UYEA 3T9UA 3DP4A 5KDTB 1B4HA 1OLAA 1ZJLA 3PUXE 3MJNA 4I8CA 4ELPA 4ND9A 4U1OA 1B7UA 1P1QA 3UIFA 3D4CA 1MXYA 5DEXB 1B2HA 3SESA 2I3WA 3RTWB 3B6QA 4G8NA 4FJPA 3TCHA 2NWJA 4H65A 5KDTA 1NNFA 1MPBA 3T22A 3RTFB 1FTKA 1AH5A 4IO3A 3O6IA 4ZS9A 3RY3A 1ATGA 4U22A 3VFJA 3OMBA 5DEXA 3MVWA 1MXVA 4ZEKA 3WAFA 2KLFA 1B32A 1OMPA 2XD3A 5EYFA 3MBPA 5K2XA 4XKQA 2DWAA 2DVCA 4MLVA 4O3AA 1Y9UA 3FVKA 3UA8A 4GIZA 3BBRA 2UXAA 2I0BA 3L6GA 2V3UA 1AIVA 3BFTA 4FECA 4JDFA 3IOTA 4OQOA 4LZ5A 3KBRA 3ONMA 2REGA 1M5DA 4OFLA 2QRYA 2R71A 4OEVA 2XXPA 1A54A 3UGWA 1QUKA 5DTBA 2YJPA 1WDNA 2HZKA 4ZE8A 4F3SA 3RPWA 1UTBB 5I56B 5B70A 4QFKA 4I1DA 3OSQA 5TPAA 3SKPA 4KI0E 1L5TA 1OQHA 2F97A 3CRBA 3FV2A 5FTIA 4OETA 1POY1 2OWTA 2Z8DA 1TWYA 2DS9A 5ICQA 2DXYA 1NL5A 2ONKE 4BDOA 1RKMA 1SW5A 1B1HA 1TXFA 1MDP1 5I56A 4EXLA 3TUSA 3FJMA 2Q89A 3UN6A 1MY3A 5CBSA 5AA4B 1B58A 1GGGA 3CG1A 1US4A 4WEDA 2F36A 2QPQA 3RT8A 2XXIA 4DXCA 3OOAA 3B6TA 1LB8A 4OYVA 3TKDA 2DP8A 1F9BA 2Y7RA 3IOWA 3OENA 3S9EA 3N6TA 1MS7A 5H8QB 5I84A 3RGYA 2VD3A 4TOZA 3AXFA 3TELA 5AA4A 1SBPA 1N7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FEDA 1EH3A 2Q2AA 4OEUA 3TODA 4RPNA 4G8HA 1LFIA 3SDFA 1B5JA 4QFPA 5CMKA 4DIGA 1QJMA 4MHFA 2XWIA 2OBGA 4TQUQ 1ZKBA 4GWXA 4ELRA 1DTGA 1GR2A 2F3DA 5H8QA 1A8EA 2DXRA 4NMYA 5CMMA 3I3VA 4YKPA 5L9SA 1HSEA 1T0KA 1FQDA 1ZIUA 1ZTYA 4MX6A 3D4GA 2VOZA 4U2RA 1KWHA 4I3YA 5F7VA 2GHAA 3MVXA 2G93A 4DXBA 2VT5A 3TPAA 4GOTA 1LBWA 1D9YA 2PBWA 4BDLA 1PB9A 2WYKA 3KSJA 2PT2A 3DM0A 1TT1A 1YCJA 5IM2A 1UTHB 2UVJA 2VHAA 1PDAA 1FJ9A 2QVVA 4HW8A 4PCDA 1N76A 3GXAA 4IGRA 4LONB 4OESA 4P0GA 1K9ZA 1DTZA 5FHNA 3QXMA 1YTVA 3K02A 3FZVA 1VFDA 2F3BA 3HPIA 3JZJA 1IXHA 4RYAA 1RDZA 3PUVE 4DZ1A 1A40A 4OVJA 3GYYA 3R26A 1SVXB 2DYXA 1LBYA 3Q26A 4OFJA 3EHSA 1AL3A 1A7LA 3QAXA 3E4RA 1QGXA 1UTHA 3QUFA 2HEUA 2DVZA 3LR1A 2I49A 2I4CA 4GLIA 4P11A 3ILTB 3T96B 3DP6A 1XHYA 4TLLB 4HCWA 4AB6A 4IR8A 1B40A 5IZ1A 4YMBA 2RF1A 4NF0A 1LFHA 4QSEA 4DDDA 4EQBA 1GV8A 3U1OA 4MFIA 4U23A 3ZS6A 2Z8EA 4AB5A 4ZECA 3IL1B 1I6AA 2XX9A 3VLUA 3C9HA 1QW0A 2Q88A 4R2FA 1MY4A 3IORA 3OO8A 1R9LA 1BLFA 2XXUA 1EYIA 4JSDA 4O3BA 1INPA 4C1UA 4EQ9A 2HAUA 2HZLA 4NQ8A 3U8QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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