1AMFA

Crystal structure of moda, a molybdate transport protein, complexed with molybdate
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
231
structure length
231
Chain Sequence
GKITVFAAASLTNAMQDIATQFKKEKGVDVVSSFASSSTLARQIEAGAPADLFISADQKWMDYAVDKKAIDTATRQTLLGNSLVVVAPKASVQKDFTIDSKTNWTSLLNGGRLAVGDPEHVPAGIYAKEALQKLGAWDTLSPKLAPAEDVRGALALVERNEAPLGIVYGSDAVASKGVKVVATFPEDSHKKVEYPVAVVEGHNNATVKAFYDYLKGPQAAEIFKRYGFTIK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Binding protein
publication title Crystal structure of the molybdate binding protein ModA.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MOLYBDATE TRANSPORT PROTEIN MODA
total genus 75
structure length 231
sequence length 231
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1amfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1amfA02
3VLVA 1J1NA 2XXPA 3IB2A 5DEXB 4LATA 4BDNA 4PFWA 2H9BA 4RPNA 2GH9A 4RJZA 3K02A 3SDFA 3O6GA 3CVGA 4N07A 1MQIA 1LAHE 3R26A 1LBBA 3UGWA 2FYIA 2ZMBA 1AH5A 4YB7A 3IJXB 2REJA 3OMBA 4GL8A 3E9XA 5BUUA 1USYE 4GIZA 1B6HA 3S9LC 4KFQA 5H8FA 1SW5A 1GTKA 2ZNTA 3U94A 2Z22A 3CG3A 3TYHA 1P1NA 2QPQA 1DTZA 2DXRA 1N0TA 5EHSA 3KOTA 4OEUA 3D4CA 2VGQA 3W9WA 3HSTA 3MQ9A 3E13X 1NNFA 4LQ5A 4PFUA 4NF6B 2AIXA 5DT6A 2HCAA 3D4GA 1SYIA 4WEDA 1DOTA 1EZPA 2IA4A 1LGBC 3KG2A 3CG1A 3N6TA 3O2AA 1MY0A 4OTEA 3MPKA 5ICQA 2O84X 4FATA 3K1MA 4I1DA 3UIFA 3P7IA 2GRVA 3IJOB 4H6DA 4X1BA 4U1ZA 3T96B 4E0WA 2OCUA 2XX9A 3IX1A 3FJ7A 4IO4A 2HZLA 1NKXA 3PMWA 2E0SA 1HSEA 3VE1B 5I57A 4NF5B 4MBPA 4G2ZA 1VR5A 1Y3NA 2D3IA 4LQ2A 3U92A 1MPDA 5CMKA 1TXFA 3LR1A 3Q27A 4OESA 4THIA 1TWYA 3H3GA 1NH8A 2XXTA 1LAGE 2F6GA 3PUYE 4Q0CA 3GZGA 4F3SA 3T22A 4ELQA 4F3GA 3ILUB 3C36A 3WAEA 1UTBB 1P1WA 1MQJA 3CSBA 1FQEA 2UVIA 1B4ZA 4JSOA 1QULA 3FIRA 3BBRA 4RNSA 5CMCA 1Q35A 1Z7NE 1IIWA 3FASA 1H44A 5I2NA 1D3KA 4EXLA 4GXSB 1OVTA 1JEVA 3IR1A 1BLFA 5J1DA 2Q2AA 2R9JA 1B52A 3SEXA 4O3CA 2YLNA 4LZ7A 2YPNA 1BIYA 4NF4A 2ESNA 1M5BA 1JW4A 2HQ0A 1LAFE 3V5AA 3PGFA 4GOTA 5ITOA 5CRYA 4RK2A 5AE4A 2H98A 3S9EA 4NF8A 3IOVA 4H5GA 4OENA 4IY6A 5AA2D 2I0CA 4YMAA 1Y3QA 1LFIA 3T9UA 2XXQA 4KD5A 3RT6B 2DWJA 3IB1A 4R9FA 1M5DA 2XXHA 3VLWA 5CI5A 4ZZAA 2X26A 5H8SA 3TTMA 5AA2B 5L8DA 1A40A 3SERA 1N04A 4BDOA 2UVHA 1Y1ZA 3B7DA 4YKKA 1B0LA 4IO2A 3PUWE 3LSWA 1M5CA 3QXMA 1SQYA 2DWIA 1B5IA 3PPPA 4X9TA 1SW1A 1I6QA 2WKYA 5I56A 2VD2A 2P1SA 1P1UA 4U4SA 3IORA 3K1NA 5CMMA 1MG1A 4OWDA 5CMBA 1LCFA 4DCYA 4YKPA 3DP6A 4GRKA 2CMOA 1B7UA 4ZDMA 1QUIA 1VSOA 3USDA 1SI1A 3PU5A 1NNPA 3AXFA 2F34A 1JW1A 4ZEBA 2GHBA 3HV1A 3K0VA 5FHMA 1B46A 1VE4A 2OJTA 2NOOA 2G93A 5I58A 2RC8A 3LSLA 4R75A 5H8NA 1OVBA 1B3FA 2PVUA 4LZ8A 4ONYA 2ZNUA 4GVOA 2QL3A 2ONRA 3L6GA 2UXAA 3OENA 4OEVA 3PD8A 1AMFA 1B5JA 3VDFA 3ZS6A 2UVJA 3MBPA 4Q30B 3H6WA 3UK4A 3HPIA 3PMXA 4ELOA 4H0WA 2ABHA 4GLIA 4LUBA 5DEXA 3SEVA 3IOUA 3MZ9A 4TLLB 5M2VA 3TMGA 2Q88A 3FATA 4QSDA 3EN3A 1AIVA 1AOVA 3RTFB 4ZEKA 4DXCA 5H8HB 1IITA 3TZAA 1SDXA 4M4GA 1ATGA 3FXRA 5DVIA 1B7HA 4MFIA 2ALUA 3C35A 4AQ4A 3CSGA 1JETA 3PPOA 5DYHA 3Q25A 3LSXA 1YCJA 4DZ1A 4LZ5A 2NWJA 3QYTA 3LBSA 2XXVA 2V3QA 4HW8A 4FECA 4EXKA 4OHNA 4QSEA 4PFYA 2PYYA 1Y9UA 3K2DA 1GV8A 1R9LA 3JV9A 3TUSA 4MLVA 4XTCQ 2Q8JA 1PB7A 5AA3A 4R2BA 3RQTA 3L6HA 2XD2A 2XD3A 3OSQA 1DPEA 3K1PA 4WXJA 1S7YA 3TDJA 2OZZA 5F7VA 2DE4A 2HAVA 1I6AA 4ZEDA 3H6VA 3R7XA 3TQLA 4KCDA 3OELA 4NF5A 1AL3A 1Y20A 1VFEA 2F35A 3FD3A 5H8NB 4RK9A 3O28A 3IOTA 1FTLA 1A7LA 1EZOA 4XIGQ 1A99A 1ANFA 2THIA 3FZVA 3TQWA 5B70A 5KDTB 5KCJA 5B7DA 2ZYOA 2ONKE 4ELRA 2PX1A 4NE4A 2I6EA 1MY1A 1B0HA 1TFAA 1QUJA 4OETA 3G3GA 3TFLA 3HN0A 1QJMA 3DP4A 4FEBA 2FNCA 2O51A 4C0RA 1UTBA 4N6PA 4ELPA 5EYFA 3MC2A 2DP8A 3TKDA 3VV5A 3OO6A 1GGGA 4DIGA 4GQOA 2NXOA 1EZ9A 2PBWA 3EF7A 2I4BA 2I4CA 4F22A 3EHTA 1II5A 1SBPA 3VVDA 3T9VA 5DTBA 1FQFA 3H7MA 1POTA 1POY1 1QVSA 3G3JA 2ZNSA 4H8JA 3OEMA 3DLNA 4KYEA 2VOZA 1PBQA 3G7WA 3KN3A 5HPQA 2O1LA 4OVJA 3MZBA 1H43A 1H45A 4DDDA 1LBCA 3K6XA 3H6UA 3K6WA 3VVFA 4FEDA 2XXRA 4P0IA 3OO8A 3OO9A 4LONB 2X7QA 4G8NA 2I49A 3KBRA 3V8XB 1P1QA 1D4NA 3UP9A 2I3VA 3O29A 3Q28A 1N7XA 4POXA 4GFRA 4WKMA 2Z8EA 4BDRA 4L17A 3FV2A 5L9OA 1N76A 1MM7A 5AA2A 3QUFA 3KJ7A 1WODA 3ZSFA 4NWDA 1IQ7A 3HHFA 3SETA 3C9HA 5KZTA 2B3FA 3MWBA 3PV0E 1FW0A 1FTJA 1O64A 1LAXA 4OFOA 1H76A 3B6QA 2XXIA 3FVOA 2Y7PA 4QFOA 1YTVA 4U23A 4FE8A 1US5A 3M3FA 3QIMA 3T9HB 4H65A 3HHGA 4HS7A 1URDA 5L9MA 1IUDA 5KCJB 4N13A 1USYH 4F2OA 1SD3A 4RA1A 2PT2A 4GXAA 3H03A 2RF1A 3MPLA 1FCKA 3FVKA 1Z7ME 1B4HA 2F6PA 2HEUA 1A55A 3A09A 4GL0A 4G8MA 4QF9A 3G3HA 5CBSA 4NTLA 3N6UA 4C1UA 3V89B 3T66A 2XHDA 5ITPA 3DM0A 3TTNA 1D9VA 1PDAA 1QKBA 4I9DA 1OMPA 4F31B 1ZBMA 4EF2A 1XC1A 1Y4TA 4OXVA 4X48A 1XT8A 4G77A 3T9XB 1FQCA 4FJPA 5FHOA 5FTHA 3O6IA 4I8CA 3OD7A 5JK4A 2V84A 5K2XA 5ICTA 3TEPA 3HO7A 2VHAA 2RCAA 1EH3A 1B40A 3C31A 1N3WA 1S50A 3TAJA 2ZXTA 5DVFA 2AYSA 4XXUA 4YMBA 4R72A 2HAUA 4YKIA 4R9GA 4BDMA 3DP8A 3KSJA 5L9SA 3KSXA 3DELB 1FQAA 3ECRA 1MXVA 5H8HA 4HTGA 2QS1A 3G3IA 3IB0A 3U8QA 3THIA 1B3GA 3KEIA 2Y7RA 3K6VA 2QS2A 1SI0A 3MP6A 1MPCA 4ZZEA 3C32A 4BDQA 4R6YA 4NEDA 2Q89A 2ZYKA 1US4A 2NUVA 4PQJA 1SYHA 3VXBA 3S2VA 4F29A 2OWTA 1NMUA 1ZJLA 3FVNA 4G68B 3LC8A 1MDP1 2Z8FA 2Q2CA 1DSNA 3TODA 3CFXA 2DSFA 2H5YA 2A5TA 1B9JA 3Q29A 4F18A 4H8IA 5I59B 4M1VA 3MVZA 5H8QA 3EHSA 4QSCA 4C1TA 2ZYNA 1FTKA 4Q5TA 4F1YA 5AA1A 4F2QA 3H4ZA 3BFTA 1JEUA 3GXAA 4H5FA 5F1QA 5ISUA 4FORA 1MXWA 4IGTA 2DS9A 1R6ZA 2XX8A 2HZKA 1A54A 3RGYA 2D21A 1LCTA 1IXHA 4IO5A 1XOCA 3W15C 5IAIA 2DQVA 3RN8A 3CFZA 1DPPA 4R6KA 3IK6B 3H6TA 3GBBA 1MS7A 3C4MA 1URGA 1JQFA 4DCXA 4EF1A 2ZYMA 4LP2B 3M3LA 3PUXE 4G68C 1FTOA 4NMYA 3I6VA 1MXZA 1F9BA 4UACA 2OBGA 4R2FA 2DYXA 1LFGA 5KDTA 1IZ1A 4KQPA 1NL5A 4KYSA 4UA8A 4K3FA 2RINA 1IXCA 3U72A 1RYXA 1IXIA 1UQWA 4ECFA 3Q26A 4TOZA 3PUZE 2OWSA 4MLQA 4F39A 1A8EA 1QW0A 3ONMA 2QSXA 4HCYA 3MVWA 3CR9A 3ILTB 3PPQA 1BP5A 1GVCA 4OQOA 3PUVE 2RC7A 1XHYA 1MH4A 4HCWA 4H67A 1JVYA 2QMXA 3K6UA 4JB7A 4O3BA 2E1SA 2DE3A 3JYRA 5A5XA 1WDNA 2PMSA 3TTKA 2F78A 2XXXA 1IXGA 2A5TB 4RPOA 4G4PA 1MPBA 1YPNA 3OOAA 5H8QB 4OMBA 2P2AA 4DLDA 2XXWA 4WEPA 1PBPA 5I2KB 3VFJA 1R1NA 2I0BA 4JDFA 2R6GE 1VFDA 4IO6A 2DWHA 5JEIA 1A8FA 4F3PA 4ESWA 1PC3A 3RPWA 2F7BA 3IO4A 2UYFA 1ZLQA 1PB8A 3TCGA 1B5HA 3C33A 2YJPA 1T0KA 2CZLA 5TPAB 2RKMA 1B51A 3QAXA 2F7AA 4JXIA 4KYDA 2QS4A 2O69A 5AA4B 4O3AA 4ESXA 1B05A 5I84A 4GWOA 3CIJA 2R71A 1MQHA 2DVCA 3KFMA 4XKRA 3S9NC 2IEEA 4Q8RA 4ZS9A 2B65A 4PE5B 1UIUA 5HM4B 2D5WA 2V3TA 4ZE9A 4F3BA 1RYOA 2QS3A 4U21A 3GBAA 4EQ7A 4KHZE 3RUMA 1B3HA 1SW2A 4TQUQ 2UVGA 1OLCA 1CE2A 5TP9B 1MXUA 2F8DA 1PEBA 4R74A 1QUKA 1N84A 3M3KA 1NNKA 5DVJA 2Y7KA 2QRYA 5A5XB 2Y7IA 1H3DA 1P1OA 1MM6A 4QFNA 3MW0A 2VP1A 1FQDA 3B6TA 4DXBA 4JBZA 1GR2A 3QK6A 3OSRA 1EU8A 3KJTA 3HCQA 1HSJA 1UTHB 1MDQA 1KWHA 3F11A 1FTMA 1DTGA 2XXUA 4FAJA 2GFEA 3MP1A 1UIVA 1PB9A 1JVXA 3FXQA 3FGSA 4GD5A 4KCCA 2UYEA 1YAEA 4U22A 3GLBA 3MJNA 2G29A 3U1OA 4U4XA 3FUZA 4P0GA 3S4UA 4QRZA 4F1VA 3QSLA 4ZEFA 2H99A 4G68A 2F5XA 1L5TA 3O6HA 4YU0A 4Z0IA 5I59A 3G3FA 1FQBA 1DMBA 2B3BA 4DE8A 1QKAA 4F1UA 1ZMGA 5EHMA 5HBCA 3TTRA 5CC2A 2V3UA 4OFJA 5JTYB 3A3UA 4KPTA 3MZ1A 3KN7A 3O97A 2VD3A 3OO7A 1MY4A 1ZIUA 3FJGA 1URSA 3SEUA 1NH7A 3OXNA 3TCHA 1TFDA 1TT1A 2O68A 4JWOA 3O9PA 3V83A 4PP0A 1OQGA 3VLUA 3A3CA 4BLAA 3KN8A 4Z7EA 4H1XA 4DXUA 1D9YA 1HSLA 4OYVA 1OLAA 1MXXA 4IB2A 1I6BA 3K01A 3ZKKA 5H8FB 4OZ9A 4LVQA 3MVYA 4PFTA 3MUQA 3TCFA 4IO3A 3N26A 3B6WA 3I5OA 4JWXA 4U1OA 1Y1MA 3PD9A 4EUOA 3LSFB 3IOWA 3M8UA 1N7WA 3SKPA 2A5SA 2BJJX 2I48A 2H4IA 3W9VA 2RC9A 1BTJA 4YICA 3VXCA 4NWCA 1NNTA 3RTWB 4F19A 3ODBA 4XKNA 3VVEA 3R6UA 1MXYA 1MY3A 4QFPA 1I69A 4AB5A 4JSDA 4RXLA 3IO6A 3JZJA 3RNNA 2M8CA 4P11A 3IL1B 1XS5A 1IEJA 3LUYA 4EQ9A 3E3KA 1SW4A 2O7UA 1JNFA 3EHUA 5K2YA 2KLFA 3K00A 3WAFA 3BFUA 1XVXA 5I2KA 1B7ZA 3T93B 5I57B 4YKJA 3SEWA 2Y7WA 1B3LA 3KZGA 4X1DA 2O7IA 4ZEIA 3K4UA 3MVXA 1MY2A 2F36A 2HFBA 4YAHX 4G8HA 2ANJA 4AB6A 1O63A 1WVJA 4EQBA 2Z8DA 1ZTYA 2DVZA 3FJMA 3U93A 4XKQA 1O7TA 4IO7A 2V93A 2AL5A 1LLSA 5TPAA 1M5FA 1MH3A 1Q1KA 2DXYA 2AL4A 3E4RA 4KI0E 1B2HA 1B3EA 1ELJA 4FIMA 1XVYA 3S9MC 5AA4A 3G3KA 4YB6A 2O6AA 3OEKA 1ZKBA 2H25A 4BDLA 3CRBA 3KOSA 4XKPA 1R9QA 4YB5A 4OERA 5I2NB 3QUJA 2OLBA 3UA8A 4YZZA 3UORA 2GHAA 1CB6A 2ONSA 3TTLA 2Q9TA 5CM6A 2NVUB 1M5EA 1OQHA 4RY1A 4QFLA 4NF4B 2PT1A 5ELVA 1B32A 2I3WA 2FA7A 2QJEA 3BKIB 1MRPA 5TP9A 4MF3A 1LFHA 4ZE8A 4R73A 1ZU0A 2LAOA 3H06B 4LA9A 4NF8B 3TELA 4IY5A 1Y3PA 4ND9A 1S9TA 2XXYA 2I58A 2P0SA 3CI8A 1RKMA 5BWJA 1B1HA 4POWA 3FV1A 3SESA 4ZECA 3C34A 5CBRA 3MAMA 2OK2A 2QMWA 4KR5A 4I62A 1UTHA 4RYAA 3SEYA 5TU0A 1LB8A 1P99A 4NF6A 4EDPA 3KGCA 1BKAA 2DE2A 3N94A 4QHQA 3RT8A 1JW5A 2Y84A 2F97A 4GF8A 5I56B 2O1MA 5FTIA 2REGA 2HXWA 3RY3A 3I3VA 3N5LA 3CFLA 3TPAA 1MQGA 5FHNA 4OFLA 1LSTA 3EQ1A 1MQDA 5LOMA 2F7CA 3MP8A 4JWYA 2W7YA 4ISUA 1Y4CA 2XX7A 4IGRA 4QFKA 4PETA 4TLMB 3ZKLA 2RCBA 2DOJA 4E0XA 4R6HA 5I58B 3IAZA 4MH5A 1B58A 1OIBA 3EPEA 5JTYA 4U2RA 1SVXB 3UN6A 3FVGA 2X7PA 1B1XA 2V25A 3RLFE 3PPRA 3PMVA 1NFTA 3FXUA 3O66A 5IKBA 2DWAA 2Z23A 1LB9A 1N3XA 3PPNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1QULA 3FIRA 3BBRA 5LDZA 4RNSA 5CMCA 1Q35A 1Z7NE 1IIWA 3FASA 1H44A 5I2NA 1D3KA 4EXLA 4GX3A 4GXSB 1OVTA 1JEVA 3IR1A 1BLFA 2FIEA 5J1DA 2Q2AA 1IMEA 4I3YA 2R9JA 1B52A 3SEXA 4O3CA 1NUXA 2YLNA 4LZ7A 2YPNA 1BIYA 4NF4A 2ESNA 1M5BA 1JW4A 2HQ0A 1EYIA 1LAFE 3V5AA 3PGFA 4GOTA 5ITOA 5CRYA 4RK2A 5AE4A 2H98A 3S9EA 4NF8A 3IOVA 4H5GA 4OENA 4IY6A 2KR0A 5AA2D 2I0CA 4YMAA 1Y3QA 1RDXA 1LFIA 3T9UA 2XXQA 4KD5A 3RT6B 2XA5A 2DWJA 3IB1A 4R9FA 1M5DA 2XXHA 2ZZVA 1FJ6A 3VLWA 5CI5A 4ZZAA 2X26A 5H8SA 3TTMA 5AA2B 5L8DA 1A40A 3SERA 1N04A 4BDOA 2UVHA 1Y1ZA 3B7DA 4OVSA 4YKKA 1B0LA 5EQAA 4XFEA 4IO2A 3U65A 1FBGA 3PUWE 3LSWA 1M5CA 3QXMA 4PBQA 1SQYA 2DWIA 1B5IA 4MX6A 3PPPA 4X9TA 1SW1A 1I6QA 5F24A 2FHYA 5EQ9A 4GWZA 2QVVA 2WKYA 5I56A 2VD2A 4MNCA 2P1SA 1P1UA 4U4SA 3IORA 3K1NA 5CMMA 1MG1A 4OWDA 5CMBA 1LCFA 4DCYA 4YKPA 3DP6A 3EKIA 4GRKA 2CMOA 1B7UA 4MNPA 4ZDMA 1QUIA 1VSOA 3USDA 1SI1A 4I40A 4PE3A 1LBZA 4PAKA 3PU5A 1NNPA 3AXFA 2F34A 1JW1A 4ZEBA 1EYKA 2GHBA 3HV1A 3K0VA 5FHMA 1B46A 4N4UA 1VE4A 1FSAA 2OJTA 2NOOA 4O8MA 2G93A 5I58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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