1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
4GL8A 4UACA 1IXHA 3G3FA 3L6HA 3LBSA 1MQGA 4M4GA 1SI0A 4C1TA 3HN0A 1Y20A 3JZJA 3N26A 4ZS9A 5CBRA 1ZKBA 3WAFA 3EN3A 4GOTA 1EZPA 3M3FA 3U92A 3PUYE 3TODA 4GWOA 1EZOA 3MPKA 3QIMA 4U21A 2DOJA 3KG2A 4Q30B 1NFTA 1WODA 1LAFE 1LCTA 3HCQA 3H06B 2I3WA 4ELPA 4ZZEA 4KYSA 2XXPA 2OLBA 1H44A 3QYTA 3VXBA 1D9YA 5ITOA 5L9OA 1NL5A 1MQHA 2OWSA 1B7UA 4IO5A 1IXCA 4EF2A 2Q9TA 4ELOA 1R1NA 4POXA 1N7XA 2XD3A 3A09A 1TFDA 3H3GA 1P1UA 3T93B 3KSJA 1A99A 1MY1A 3FV1A 2O68A 3RQTA 1ELJA 2PBWA 3Q28A 2R6GE 5I58B 3MW0A 3PV0E 2Z23A 4PFWA 1MM7A 3V83A 3M3KA 2DWAA 3C9HA 3Q26A 4MFIA 1JW5A 5I57A 3T9UA 3KOSA 3RN8A 3OELA 1Y4CA 2VD2A 1MQDA 1D3KA 3F11A 4GLIA 4IGRA 2RC9A 4TLMB 4KFQA 3W9VA 3B6QA 1B1HA 2HEUA 3TTRA 2XXXA 4EF1A 4I8CA 2X7PA 4NF8A 1B4ZA 3K2DA 3ILTB 1B3GA 3L6GA 5AA4B 2DS9A 4XKPA 1I69A 3K1PA 3QSLA 4Z0IA 4JB7A 1MPCA 1URDA 2DWHA 3U93A 3ZS6A 3OO9A 3IO4A 4QRZA 2GRVA 3WAEA 2LAOA 3N5LA 3HSTA 3LSXA 4XKQA 4F19A 3MAMA 5DT6A 4NTLA 3TELA 2WKYA 2DWJA 4H0WA 4H8IA 2QJEA 4KYDA 3TTNA 4LVQA 3MZ9A 1DSNA 4FE8A 2X7QA 3IK6B 3C4MA 3SEUA 1JVXA 1SD3A 4ONYA 4F39A 4ESXA 2UVJA 2O84X 3IOVA 1DTGA 1UTHA 1M5BA 2D21A 3H6VA 5K2YA 1B3EA 3SDFA 3EHSA 4YKIA 1MXUA 2DYXA 2G29A 4RA1A 4OENA 5I59A 3PMXA 3R26A 1F9BA 5I2NA 3PD9A 1I6QA 4YMBA 2QPQA 3T96B 1PEBA 3K4UA 5H8FB 1R9QA 4G8MA 4DCXA 3TDJA 1GVCA 2Y84A 1B0LA 3B6TA 1LFIA 4DXCA 3U72A 1B46A 3KJ7A 3M3LA 4OFJA 2DXYA 1N0TA 3K1MA 5H8QB 2RC8A 5JK4A 1M5FA 2XX8A 4I9DA 2HAUA 4M1VA 4U1OA 1SYHA 4RJZA 2REJA 3C34A 5AA1A 1MQJA 3ILUB 3MUQA 4MF3A 4G8NA 4FECA 3UP9A 1DPPA 3H03A 3P7IA 1LBCA 3H6UA 5FHNA 4U4SA 4RYAA 2XXWA 3VFJA 3TTLA 4U4XA 2DE2A 1B9JA 3HHGA 2I6EA 3LSWA 5DEXB 4XIGQ 4RPNA 1AIVA 1YTVA 5CMCA 1O7TA 1PB8A 2ABHA 1EU8A 2UVIA 4C1UA 1XVXA 4JDFA 4NF5A 1H3DA 4NEDA 5F1QA 4OTEA 2OZZA 1RYXA 4P0GA 3QUJA 1B5IA 5ICTA 2YPNA 5ITPA 2D5WA 4F22A 4FAJA 3H4ZA 1LBBA 4ZDMA 1SBPA 1S9TA 1UTBB 3TMGA 1LAHE 2DE3A 1A8EA 4NWCA 2ZYMA 3HHFA 1XT8A 5TP9B 1LB9A 3CSGA 2ALUA 5I56B 3EHUA 3MVWA 3G3JA 3ONMA 5CMBA 5AA2D 1M5EA 1QJMA 4H67A 5A5XB 1IITA 4WKMA 5H8NB 4QF9A 1LAGE 4ESWA 3C36A 3PPOA 1ANFA 4DIGA 1B05A 2XXHA 3PU5A 4BDOA 3MZBA 1USYE 3OD7A 3TTMA 3MWBA 2V3QA 4R2BA 1URSA 1MY2A 4OVJA 1MXYA 2DP8A 1XVYA 3UA8A 4RXLA 2VGQA 3MVZA 4PFYA 3FASA 4FEDA 5AA2B 3KGCA 3LSFB 1ATGA 1H76A 2XXIA 3DP6A 3GBBA 2Y7RA 3G3IA 4H1XA 3PPQA 1MDP1 1MY0A 1MH4A 1MDQA 4XTCQ 2I4BA 3RGYA 3S9MC 1BTJA 4LZ8A 1RYOA 4QSDA 4X1DA 2QS2A 2F7AA 1QKAA 5HBCA 1LCFA 4PP0A 4G8HA 1B5JA 3SEWA 3K6UA 4OEUA 3T66A 1N7WA 1VE4A 2DQVA 4G68A 2A5TA 4JSDA 2DSFA 3CG1A 3PD8A 3I3VA 3V8XB 1MXVA 5B7DA 1B0HA 5FTHA 1Z7ME 3FATA 1MRPA 1VFEA 4IB2A 2UYEA 4JWXA 1M5CA 1B1XA 2OWTA 3PGFA 3U1OA 5FHOA 2ZNUA 1R9LA 4GXSB 1US5A 5ICQA 3RLFE 2E1SA 4BDQA 4C0RA 3IORA 3VE1B 4OHNA 1N76A 3T9XB 2PT2A 3VVEA 3E3KA 3PPPA 3FZVA 3ODBA 3RTWB 3R7XA 1GR2A 3CFXA 5JTYA 4IO2A 5AA3A 3K6XA 4F1YA 2CMOA 4R6KA 4ZE8A 4F3GA 2VD3A 1B40A 1AH5A 1USYH 3BBRA 3MP6A 2NUVA 2P1SA 1FQEA 2O1LA 3KN3A 2DVZA 3JV9A 4YKKA 2W7YA 4ZZAA 4IGTA 3Q27A 4GVOA 2QSXA 4OZ9A 2FNCA 1Y1MA 3QXMA 2XX7A 3G3KA 5J1DA 3SKPA 3KBRA 4PQJA 1Y1ZA 4QSCA 1AMFA 2HZKA 3FIRA 1CE2A 3DP4A 1MS7A 5I84A 3CG3A 4L17A 3MP8A 4YKPA 1IZ1A 2BJJX 3T9VA 4F18A 2Z8FA 4TLLB 4TQUQ 4LZ7A 4EXKA 1SI1A 1JEUA 2E0SA 3FJMA 1BKAA 4ZE9A 3PPNA 4LP2B 4F3PA 3MP1A 4OERA 4NF8B 4HS7A 5I58A 2FA7A 1DOTA 4F31B 3ZKKA 3IX1A 4HTGA 3QUFA 2NXOA 3MPLA 2XXYA 1EH3A 2ZMBA 5JEIA 3CFZA 1A55A 4F2OA 1HSJA 3SEYA 5L9SA 2O51A 1ZBMA 2AL4A 4QSEA 1B6HA 4EDPA 2GH9A 3K1NA 2HAVA 2R9JA 3MJNA 2PX1A 3FVKA 1JNFA 2B3FA 5CMMA 4NF6B 4G77A 1NH8A 1TFAA 4K3FA 1MQIA 3K02A 1SW5A 4EUOA 3FXQA 3UK4A 1D4NA 4THIA 1UTHB 3RT8A 5AA4A 2ONKE 4JBZA 1NH7A 1NNTA 4R2FA 2DE4A 2DVCA 2VOZA 4QFLA 4F2QA 4NF4A 1Y3PA 1HSLA 4LUBA 4R6YA 4GXAA 5I59B 1FTOA 3W9WA 1MPDA 3U8QA 4R73A 4N13A 1IXIA 2QS4A 1UIVA 1J1NA 4LA9A 3Q25A 1HSEA 1LGBC 2V93A 1MG1A 3FJGA 4ZEDA 5DTBA 3O66A 1OVTA 2CZLA 4FIMA 1ZMGA 3C31A 3THIA 4TOZA 1AOVA 5DVFA 1SW2A 2Q2AA 1JETA 3Q29A 3TKDA 4H5GA 5KDTA 3IJXB 3FVNA 3EF7A 1DPEA 3IL1B 2O1MA 1GTKA 1XHYA 1NNKA 4ZEBA 4HCWA 2I0BA 3UGWA 1RKMA 2I49A 2YLNA 3DM0A 4EQ7A 1NKXA 3S9EA 3C35A 4NWDA 2XXTA 1I6AA 1A7LA 4POWA 3FGSA 1AL3A 1ZU0A 3OENA 2GHAA 3OOAA 3IB0A 4F1VA 2F36A 2M8CA 3HO7A 2V25A 1MXZA 3VLWA 3O9PA 3GXAA 1B52A 1NMUA 4LATA 5DVJA 3O6GA 4BDRA 3S4UA 5B70A 3MVYA 3TQLA 4AB5A 2RINA 4HW8A 4YZZA 2O69A 3RPWA 3VLUA 3TCHA 3MVXA 4KYEA 4EQ9A 1P1QA 4ND9A 2I0CA 4IY6A 4FJPA 5EYFA 3U94A 5BWJA 5HPQA 3RUMA 4NMYA 4DXBA 1OQHA 5AE4A 1P1NA 1S7YA 3B6WA 1H45A 3VDFA 4XKRA 1P1WA 1SVXB 5F7VA 5DEXA 2IA4A 4FEBA 2QMWA 3O29A 2PVUA 3BFTA 4MH5A 3QK6A 1JW1A 1B58A 2H9BA 2Z22A 1QUKA 2Q89A 4EXLA 3H6WA 4GRKA 3GLBA 2HCAA 5EHSA 4P11A 3FV2A 2AIXA 1D9VA 4AQ4A 3RNNA 3OXNA 3W15C 1IUDA 2AL5A 1SQYA 4Q8RA 5TPAA 3S9LC 4F29A 2O7IA 3N6UA 5L8DA 5LOMA 4ISUA 2R71A 2THIA 2Y7WA 1JVYA 4AB6A 4XXUA 1GGGA 3V5AA 3OEMA 3PUXE 1P99A 5I56A 1WVJA 1LB8A 4OFLA 1GV8A 2F6PA 1LFGA 4KI0E 2Y7PA 4YB5A 5A5XA 5H8NA 3RT6B 3MQ9A 1EZ9A 1IXGA 1IIWA 4IY5A 4WXJA 3HV1A 2UVGA 4YMAA 3C33A 2I48A 4IO3A 4PETA 5I2KA 4QHQA 4DZ1A 1JEVA 3FD3A 4OESA 3S9NC 3O97A 4H6DA 5K2XA 3G3HA 3N6TA 1OIBA 2XXRA 2DXRA 4OXVA 2RF1A 4MBPA 2QS3A 4GL0A 3KJTA 2XHDA 5AA2A 4LQ2A 5KZTA 2A5TB 3OMBA 3SERA 2OBGA 4KHZE 5KCJA 3IO6A 2Y7KA 4YAHX 1BIYA 5H8HA 1FQAA 1XC1A 4N07A 4JSOA 4GD5A 4FORA 4U1ZA 1XS5A 3FUZA 4F3SA 1OVBA 4Z7EA 4LZ5A 3KEIA 3TAJA 5IAIA 1FTLA 4G2ZA 1MPBA 3S2VA 4F3BA 3OO8A 4RNSA 2XD2A 4OMBA 1B2HA 2PMSA 4LONB 4KD5A 2V3TA 1IQ7A 3UIFA 1US4A 5CBSA 3OSQA 3HPIA 3DLNA 2PYYA 4PFTA 2XX9A 3OSRA 4QFKA 3KN8A 3FXRA 1TXFA 1VSOA 5JTYB 5FTIA 3SEVA 1ZIUA 4OQOA 1OMPA 1QULA 3SEXA 3TZAA 4E0WA 3FVOA 1S50A 1URGA 1QVSA 3USDA 2XXQA 3TYHA 1YAEA 1ZTYA 4NE4A 2D3IA 4IO6A 1P1OA 1DMBA 2F7CA 1PB9A 1MY3A 3K6WA 2ONSA 3FXUA 2PT1A 3TFLA 4G4PA 2YJPA 2RC7A 3BFUA 3ECRA 4YKJA 1NNPA 4JWOA 2F97A 3BKIB 3G3GA 3CVGA 1LFHA 4F1UA 2Z8DA 4WEDA 2ZYNA 3CR9A 5TU0A 4YB6A 2F8DA 4HCYA 4OFOA 2HFBA 2OK2A 2V3UA 2HZLA 5I57B 4G68C 4R6HA 2OJTA 2KLFA 3OO6A 3TPAA 4KPTA 2RCAA 2RKMA 1N3XA 4PE5B 2HQ0A 2ZYOA 1H43A 3LC8A 4DXUA 3T22A 2H5YA 1B3LA 3B7DA 4O3CA 4GQOA 4EQBA 5FHMA 2I58A 3TQWA 3VXCA 1A40A 4IO7A 1B3FA 3DELB 4DE8A 1PDAA 1MY4A 4X48A 1L5TA 3SESA 1XOCA 4QFPA 1FQCA 2QS1A 3EQ1A 1SDXA 2F7BA 2B65A 5CM6A 1N3WA 3LSLA 1UIUA 2O6AA 3I5OA 3EPEA 1OLAA 1QUIA 3O2AA 4JWYA 4ZECA 5DYHA 3QAXA 1A54A 4MLVA 5CRYA 5L9MA 1OLCA 4IO4A 3MC2A 1FTJA 1MM6A 2NVUB 3O6IA 3H6TA 1LAXA 3IOUA 4X9TA 5IKBA 3PUZE 3RY3A 4BLAA 1BP5A 3C32A 3KN7A 3UORA 4NF4B 1FQBA 1TWYA 3TCGA 1Y3QA 3MBPA 1ZJLA 2DWIA 1WDNA 3PMWA 3A3UA 2ESNA 5BUUA 2P0SA 2QMXA 2HXWA 2ONRA 1IEJA 1PC3A 4YICA 4NF6A 4R72A 5CI5A 2Q88A 2FYIA 4BDNA 5EHMA 5ISUA 2H99A 4R74A 1I6BA 1Z7NE 5I2NB 4YB7A 2G93A 3A3CA 3PUVE 4KR5A 1POY1 4QFOA 4OEVA 1Q35A 4PFUA 1MH3A 4LQ5A 5KDTB 4RY1A 1PBPA 3N94A 3ZKLA 3V89B 2GFEA 1O64A 1ZLQA 5H8SA 4U23A 1A8FA 4QFNA 1B5HA 3KZGA 4N6PA 1SYIA 2H98A 2ZXTA 1JW4A 3IB2A 2REGA 3OO7A 4DLDA 4KCCA 2UVHA 2VHAA 3UN6A 5HM4B 4U2RA 5M2VA 1MXWA 1MXXA 2UYFA 4GFRA 1Y3NA 5H8FA 1LLSA 2GHBA 3O6HA 1Y9UA 3DP8A 2QL3A 3CFLA 4P0IA 4H65A 4UA8A 3PPRA 1DTZA 4OYVA 1LSTA 4BDLA 5ELVA 1JQFA 3RTFB 3CI8A 2Q8JA 3JYRA 3G7WA 5H8QA 3FJ7A 1O63A 4BDMA 4ZEFA 3VVFA 2ANJA 4ECFA 2Z8EA 2H4IA 4NF5B 4RPOA 3IR1A 1B32A 3ZSFA 3D4CA 3OEKA 3IJOB 2XXUA 4R9FA 1FTMA 3K01A 4GIZA 3E9XA 3I6VA 3GBAA 1N84A 2F78A 3VVDA 2F35A 2F5XA 3EHTA 2ZNSA 4X1BA 5CC2A 2ZYKA 1BLFA 3K6VA 4YU0A 3SETA 1B51A 4E0XA 3TUSA 2Y7IA 4RK9A 2F34A 2NWJA 3E13X 5CMKA 5TPAB 3D4GA 3LR1A 2I4CA 3O28A 1R6ZA 2O7UA 2QRYA 1NNFA 4XKNA 3CIJA 4R75A 4R9GA 4FATA 3LUYA 1Q1KA 1POTA 1Y4TA 1UQWA 2XXVA 4DDDA 4WEPA 1QKBA 4Q5TA 1FCKA 1UTBA 1B7HA 1SW1A 4GF8A 2F6GA 1B4HA 2X26A 3M8UA 1B7ZA 1SW4A 5TP9A 4OETA 3FVGA 2V84A 3AXFA 1FW0A 1QW0A 3TTKA 4ELQA 4OWDA 2AYSA 3K0VA 1II5A 3IOWA 5I2KB 4Q0CA 1OQGA 1TT1A 2B3BA 4O3AA 2OCUA 4DCYA 4JXIA 3VV5A 2H25A 1N04A 4H5FA 4O3BA 3CSBA 1VR5A 4RK2A 3TEPA 3IAZA 1B3HA 2P2AA 3IOTA 2ZNTA 4ZEKA 5KCJB 2Q2CA 2RCBA 1KWHA 2A5SA 5H8HB 2VP1A 2UXAA 4MLQA 4ZEIA 1M5DA 2IEEA 4KQPA 4G68B 1CB6A 2I3VA 1FTKA 1YCJA 3VLVA 3H7MA 1YPNA 1FQDA 1PB7A 3CRBA 1FQFA 1PBQA 3PUWE 5DVIA 4U22A 3R6UA 4H8JA 3T9HB 4I62A 4KCDA 3KOTA 4I1DA 1T0KA 3MZ1A 2NOOA 3KSXA 1VFDA 4ELRA 3K00A 1QUJA 3TCFA 3IB1A 3E4RA 3KFMA 3PMVA 3GZGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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