1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
1ANFA 3W9WA 3SDFA 1VFDA 5M2VA 4RNSA 4Q8RA 2GH9A 1A7LA 2I6EA 3DP4A 1BLFA 4OQOA 3K02A 4LZ8A 3ZS6A 3KGCA 1LFHA 5FHNA 4WXJA 1RYXA 4NF4A 4EXLA 4ZECA 4GQOA 1BKAA 3U92A 5TPAA 3HV1A 3H03A 3HSTA 5EHMA 1MH4A 2Y7PA 4ISUA 4G2ZA 3I6VA 2ANJA 2YJPA 4IO6A 1FQDA 3DP8A 1B4HA 1MM7A 3HHFA 5B70A 1VFEA 2Z23A 1LFGA 2I3WA 5FTIA 3EHUA 3E4RA 2P0SA 3PPOA 3CSGA 3MJNA 1MQDA 2I58A 2FA7A 4DIGA 4P0GA 5H8NA 3IB1A 3O66A 4KYEA 2Y7IA 3OO8A 3O9PA 1AIVA 2Y7KA 3K01A 3KN7A 3W15C 3MP8A 3CG1A 1CB6A 1VSOA 1FQEA 4LATA 1DSNA 1Q1KA 1Z7NE 4QFOA 4H8JA 2O84X 2F7AA 3LC8A 4U1OA 4H6DA 2O1MA 3LSLA 1N3XA 1R1NA 3FASA 1P1NA 4G68C 1XS5A 4DLDA 1L5TA 3OEMA 5BWJA 4N13A 5I58B 2VD2A 1MG1A 2VOZA 2RKMA 4HTGA 1PDAA 1P1OA 4DXCA 1T0KA 1SW2A 3G3FA 3MZBA 1B3EA 1IXHA 4O3CA 2F7CA 3OELA 4MFIA 1B3HA 3MC2A 2B3BA 5KDTA 4F22A 2UXAA 3E13X 3T66A 5CBRA 1JNFA 2F35A 2ONKE 3G3IA 3G3KA 3K2DA 2XD3A 4RK2A 2Y7WA 1IIWA 3PUWE 3O28A 3IO6A 4JWXA 3D4CA 1MXYA 2I0CA 1MPDA 4MBPA 1YTVA 3PUXE 4XKPA 1ZIUA 4C1TA 3G3JA 2I0BA 2A5SA 4NEDA 2QS4A 4ZEDA 5JTYB 1TWYA 3SEVA 4OENA 4EF1A 3O97A 4AQ4A 4X1BA 5I59B 4R2FA 3VLVA 4BDLA 3VVEA 1H3DA 1NNPA 3VE1B 3QAXA 3OD7A 3MVWA 1II5A 4YB5A 2PT1A 3ZSFA 1NNTA 2UVJA 5KZTA 3KOTA 1JETA 4PFTA 3MP1A 3SETA 4IGTA 3U93A 2ZYNA 2Q89A 3TTNA 1Y3PA 4YMAA 2GRVA 3B6QA 3R7XA 3TYHA 4ELQA 3Q29A 5DTBA 1S50A 3TUSA 4EQ7A 1DPPA 1MY4A 1SYHA 1BP5A 4IY6A 1H45A 1N3WA 4LQ2A 1SI0A 2X7QA 4BDOA 4BDQA 2CMOA 3TMGA 2V3UA 3MPLA 5AA4B 1O63A 1R6ZA 3O29A 2DXYA 2F36A 3PUZE 5I58A 3MQ9A 2HQ0A 2O7UA 3H6TA 2I49A 3LSFB 1USYE 4ESWA 3RNNA 3V8XB 1LAHE 3MAMA 2QS1A 3KJ7A 5ICQA 4OFOA 4PFUA 1AL3A 3DLNA 4F2QA 3FD3A 5TU0A 1H43A 3PPQA 4QFKA 1GTKA 4JWYA 3UA8A 4QRZA 2XXRA 3FVGA 2UVIA 1MY2A 2OWTA 5AA2A 1M5FA 3IOUA 3KN8A 2THIA 4WEPA 1FQAA 1B7ZA 3FXUA 1TFAA 2NVUB 5B7DA 1MY3A 1OVBA 1IUDA 1GGGA 5EYFA 4GD5A 2I4CA 3SEXA 3FVOA 3N6TA 5JTYA 2DWAA 3WAEA 1O64A 3PU5A 3TTRA 4R6YA 3IO4A 5I59A 2P1SA 4KD5A 1JW1A 1SYIA 4GL8A 1MXUA 4PFWA 1US4A 2ALUA 3Q28A 4YB6A 2CZLA 3T9HB 1OQGA 4OESA 2ONRA 4RPNA 3VVDA 2HAUA 4X9TA 2Q2AA 1ZU0A 3VXBA 4GLIA 3B6TA 2H5YA 4ZDMA 4GF8A 1DPEA 3O6GA 2Z8DA 3CRBA 2XX7A 1LB9A 2ZYOA 4ZEKA 4GXAA 4F1VA 3M3KA 5AA4A 2G93A 1A99A 1CE2A 1XHYA 2HEUA 4F18A 4RYAA 5JK4A 4R72A 4EQBA 2XXPA 3K6UA 3CIJA 3T9XB 4YU0A 4G8HA 3OO6A 3TTKA 2DE3A 1B0HA 3IORA 4FECA 4N6PA 3EHTA 1N76A 3HPIA 3L6GA 5KCJA 1ZMGA 3Q26A 2AYSA 3TFLA 1ZKBA 4KHZE 4GVOA 2XXIA 1BTJA 1N84A 1NH7A 3GZGA 3FGSA 3CVGA 4IB2A 5HM4B 2IA4A 4POWA 1B7HA 4ZEBA 1FTMA 4KPTA 2ZYMA 5I2NA 4KFQA 3K6XA 3FVNA 1LAFE 3KSXA 4OEVA 3DP6A 3IOWA 2H9BA 1B5HA 3MWBA 4IO3A 1USYH 1DOTA 2XHDA 3TTMA 3IOVA 5AA3A 2O7IA 3CFXA 1VE4A 3M8UA 2RC9A 3QXMA 1QKBA 4IO5A 4AB6A 3KSJA 1MXZA 1MQGA 1NH8A 1H76A 3B7DA 4H5GA 4BLAA 1PB9A 4F3BA 1LSTA 2H98A 4DCXA 1LCTA 3FUZA 1OVTA 2E0SA 3MW0A 2ABHA 3O6HA 1URDA 5L9OA 4R9FA 3UORA 3C35A 4I8CA 3AXFA 1IXGA 4H0WA 1TXFA 1P1WA 1UTBA 1SW5A 1JW4A 3B6WA 3W9VA 4TLLB 4ECFA 1LGBC 1EU8A 1LCFA 4NF6B 1B4ZA 5L8DA 4KI0E 3N94A 1B46A 4O3BA 3U8QA 4R74A 3PD8A 1D3KA 4JSDA 1AH5A 1FTLA 3QUJA 1VR5A 1SW1A 1MPBA 4TOZA 3K1PA 4R73A 4ZE9A 4X48A 2XXUA 1QKAA 1GR2A 3OOAA 3MUQA 4IO2A 3SEYA 2V93A 2HZLA 3V89B 3CG3A 4F29A 1N04A 3D4GA 1B3LA 2HFBA 3SESA 3IB2A 2F7BA 1B05A 1OLAA 3N6UA 4NTLA 4IO4A 1B52A 3H7MA 4MLVA 4LUBA 3UN6A 4YAHX 1MM6A 1IZ1A 1FCKA 1PBQA 3PPRA 5L9SA 1B0LA 4F31B 2XD2A 2ZNTA 4NE4A 4DXBA 1B6HA 5J1DA 1FW0A 1ZTYA 2V84A 3TELA 1OMPA 1EZOA 1JW5A 2RC7A 1MQJA 4ZZAA 5I2KA 3FATA 5ITPA 4DXUA 2AL5A 1POTA 5FHOA 4R6HA 4EXKA 2RC8A 2QRYA 4P0IA 4G8MA 2PT2A 3EPEA 2REGA 4G68B 3VLUA 4XXUA 4H5FA 1WVJA 2FNCA 2V3TA 4ONYA 3MBPA 1LLSA 5IKBA 1Z7ME 4NMYA 4X1DA 1YCJA 3HN0A 3USDA 2DXRA 4Z0IA 3SEUA 3LUYA 3PPPA 4GWOA 2XXYA 3RN8A 1Q35A 3JYRA 3VVFA 4OFJA 3FZVA 1B51A 1B1XA 3EHSA 2B65A 1A54A 3TZAA 4FE8A 4R6KA 2ONSA 4RY1A 2ESNA 2M8CA 2XXTA 3FJGA 2X26A 3JZJA 1NNFA 1OQHA 2QS3A 3ZKKA 3RPWA 2Y84A 1S7YA 3GBAA 2XXHA 4JDFA 1MS7A 1AOVA 1SD3A 3KBRA 2FYIA 2HCAA 3TTLA 4DZ1A 3LSWA 4TLMB 1GVCA 3MZ9A 3LBSA 4NF5B 3CR9A 2UYEA 4QF9A 3ILTB 3PMVA 3PV0E 5CMKA 3E3KA 3U72A 4U4XA 2DE2A 1P99A 1IITA 3KJTA 2YLNA 3DM0A 4GFRA 4OEUA 3IOTA 3N26A 1I6BA 3I3VA 2NWJA 4THIA 1A8FA 1QUIA 1OIBA 5DYHA 1PEBA 3MVXA 2XX8A 4F39A 4U21A 2I4BA 1URSA 4QHQA 1HSJA 2NOOA 3LR1A 4G68A 2O69A 3TAJA 4DCYA 2UVHA 4PQJA 1SVXB 3RY3A 3F11A 4Q5TA 3Q25A 4ELOA 4GIZA 2F8DA 2PBWA 2QS2A 1LBCA 3V83A 4U1ZA 2R6GE 1JVYA 1Y9UA 1Y3QA 4HCWA 1JEUA 2OWSA 2O6AA 4RK9A 3O2AA 3RTWB 4YKPA 2QJEA 3A09A 2VD3A 1QULA 3IX1A 1SW4A 1DTZA 3HHGA 3OO7A 5I84A 3TQLA 1MY0A 5EHSA 3T9UA 4PE5B 5H8SA 2F6PA 1LAXA 3BKIB 4JBZA 3KG2A 1IXCA 1ZBMA 4U4SA 4H67A 1D9VA 5HBCA 3C33A 1EZ9A 2PVUA 3EQ1A 3VLWA 4K3FA 3H06B 5CBSA 2ZMBA 3ILUB 4EF2A 1HSLA 4H8IA 4NF5A 3OENA 2R71A 4M1VA 3C32A 3IB0A 1B7UA 2Z22A 4FATA 3P7IA 1N7WA 4AB5A 5K2XA 1DMBA 4N07A 2F78A 2XXWA 1SQYA 5CM6A 1QJMA 1D4NA 2H4IA 3H6VA 2AL4A 3C31A 4F2OA 4XKNA 2NXOA 3PGFA 3RGYA 4L17A 1UTHB 2Q8JA 2V25A 1ZJLA 3GXAA 3S2VA 3SEWA 4R9GA 5CRYA 2ZYKA 3K0VA 2ZNSA 4XIGQ 4F3GA 2D5WA 5H8HB 5ICTA 1MXVA 4QFPA 4FORA 3PUVE 5DVJA 3RQTA 3FJ7A 4OYVA 3MZ1A 3FV2A 4PFYA 1D9YA 1QUJA 1DTGA 2I3VA 5IAIA 2W7YA 3BBRA 4HCYA 4I62A 4OERA 5H8QB 2IEEA 4ZE8A 3HCQA 1RYOA 5H8NB 3T22A 2DS9A 3GBBA 2REJA 2GFEA 3IJXB 1JEVA 2H99A 3M3LA 3ODBA 3BFTA 1SI1A 1XVYA 2HAVA 4RA1A 2I48A 2QMWA 3C4MA 4MH5A 5JEIA 3THIA 1Y20A 2OBGA 3R6UA 4GL0A 2Q2CA 2E1SA 2O51A 2KLFA 3KFMA 4IY5A 2X7PA 5ELVA 1POY1 3RTFB 3TQWA 4MLQA 1TT1A 3HO7A 4QSDA 4KCCA 3EF7A 5DEXB 4TQUQ 1B5JA 1FTJA 3RT6B 1B5IA 1ELJA 2QL3A 1QUKA 4U2RA 3IL1B 2RCBA 3RT8A 1LFIA 3KN3A 5K2YA 4HW8A 4E0XA 1P1QA 1QVSA 1GV8A 3GLBA 3H3GA 4WEDA 4EQ9A 3IJOB 2RCAA 1XVXA 4RPOA 1QW0A 4F3PA 3OMBA 3TDJA 1SDXA 3PMXA 1A40A 2B3FA 4HS7A 4NWCA 3UP9A 2PX1A 2HXWA 3QK6A 5CMBA 3OSQA 1MPCA 1UTHA 2R9JA 2HZKA 1I69A 3RLFE 3ZKLA 2GHAA 3QUFA 4O3AA 2XXQA 5CC2A 3K00A 2AIXA 5I56B 4QFNA 5H8HA 4G8NA 4C0RA 3KOSA 4F1YA 2UYFA 5TP9B 4NF8B 1MDP1 1EH3A 3U94A 2DYXA 5H8QA 4DDDA 5H8FB 1H44A 3OSRA 2XXXA 1M5CA 4YKKA 3S9LC 3E9XA 1MDQA 2LAOA 1I6QA 3O6IA 1EZPA 3TKDA 3VV5A 5L9MA 4LONB 1MQHA 3OO9A 4LA9A 3QSLA 1F9BA 2F5XA 1TFDA 3PMWA 1Y1ZA 2PMSA 4YMBA 1IQ7A 1N0TA 3IR1A 3K6WA 4ZZEA 4PP0A 4YKJA 2F34A 4EDPA 5DEXA 5ITOA 3T9VA 4WKMA 2DOJA 2UVGA 1B58A 1FQBA 5F7VA 4BDMA 3KEIA 4GRKA 2G29A 1B1HA 5FTHA 1JQFA 3CSBA 1A8EA 3CFLA 1B9JA 2NUVA 4LZ7A 3CI8A 4OHNA 1B2HA 2XXVA 1NL5A 4MF3A 1IXIA 2RINA 1LB8A 3MPKA 4DE8A 5AA2B 1MRPA 3PPNA 5A5XB 1Y4CA 4NF6A 2RF1A 4M4GA 5F1QA 4H65A 3PD9A 2Q88A 1P1UA 3G7WA 3PUYE 1B3FA 4ZEIA 2GHBA 1LAGE 2OK2A 2OJTA 2OZZA 4YICA 2F6GA 4P11A 4Q30B 1XOCA 3TPAA 3K4UA 2DP8A 5I56A 4ESXA 2ZXTA 3ONMA 4GOTA 3I5OA 1ZLQA 5TP9A 4NF8A 2DSFA 2O68A 2PYYA 2V3QA 5H8FA 3FXQA 2Q9TA 4U23A 4BDNA 4LZ5A 5AA2D 2ZNUA 2Y7RA 1XC1A 4POXA 3IK6B 2DVZA 3BFUA 1URGA 4KYSA 1WDNA 5LOMA 4LVQA 3VDFA 2DWHA 1OLCA 3MVYA 3ECRA 1NNKA 4FAJA 1A55A 2DWJA 4KQPA 3K1NA 3G3GA 4I1DA 2OCUA 4F19A 3FIRA 3A3UA 1AMFA 4XKRA 4Z7EA 5I57B 2BJJX 3UIFA 1RKMA 3C9HA 3S9MC 2Z8FA 1R9LA 4EUOA 1JVXA 3UK4A 1BIYA 3VXCA 2XX9A 2A5TB 5CMMA 1UQWA 3OXNA 3U1OA 1SBPA 5ISUA 1Y3NA 5KCJB 1NMUA 3Q27A 4ZS9A 1M5BA 1MXXA 4PETA 4QFLA 3C34A 5A5XA 5FHMA 4YB7A 3RUMA 4YZZA 3V5AA 4E0WA 1O7TA 3M3FA 1I6AA 4FEBA 3S9NC 5BUUA 5DT6A 3UGWA 2F97A 4UACA 4JSOA 5I2NB 1MXWA 5DVFA 1MQIA 3CFZA 1PB8A 2YPNA 3LSXA 2VGQA 1B32A 2DQVA 3JV9A 3FXRA 2QSXA 3TEPA 4R2BA 1J1NA 4QSCA 1ATGA 2P2AA 1B3GA 3IAZA 3DELB 4I9DA 4R75A 4OVJA 1S9TA 3FVKA 4ND9A 4OWDA 4JB7A 2DVCA 3WAFA 1B40A 1FQFA 3K1MA 3H4ZA 4BDRA 1M5DA 1Y4TA 1Y1MA 2Z8EA 3H6WA 3VFJA 1FTOA 2DWIA 1FQCA 3FJMA 1WODA 3TCFA 1MH3A 3TCHA 4NWDA 1YAEA 3R26A 4ELRA 4UA8A 4OFLA 4F1UA 2VHAA 5AA1A 4NF4B 1UTBB 4FIMA 4RJZA 2D21A 4KYDA 1PB7A 5TPAB 4XKQA 4RXLA 4JXIA 3KZGA 1FTKA 3QYTA 4OMBA 4OXVA 1XT8A 4GXSB 4XTCQ 3S4UA 1NFTA 5I57A 1UIVA 2O1LA 4U22A 4H1XA 2DE4A 3MP6A 1LBBA 3TCGA 4LP2B 3N5LA 4FEDA 3QIMA 1UIUA 2H25A 3FV1A 5AE4A 4JWOA 1YPNA 3T93B 2A5TA 1US5A 4C1UA 3EN3A 4OZ9A 4ELPA 4LQ5A 2OLBA 2VP1A 1R9QA 3SERA 3MVZA 3H6UA 2QPQA 4ZEFA 3OEKA 3L6HA 2QMXA 2WKYA 3A3CA 5CI5A 1IEJA 4IO7A 1HSEA 5CMCA 1KWHA 4OETA 4OTEA 4Q0CA 4KCDA 5DVIA 3G3HA 2D3IA 3K6VA 4G77A 5I2KB 3C36A 3S9EA 4KR5A 1PBPA 4QSEA 3T96B 1MY1A 4IGRA 3SKPA 1M5EA 3TODA 4F3SA 1PC3A 4YKIA 4G4PA 1NKXA 4FJPA 5KDTB 5HPQA 1N7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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