1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
3TCGA 3CIJA 2H25A 1PBQA 3M8UA 3OO9A 4BDNA 1URGA 1I6AA 5M2VA 1FTLA 3IB1A 3OOAA 2Z22A 3KEIA 3R6UA 4IGTA 1A40A 3G7WA 3N5LA 3RPWA 3RTWB 1LGBC 4R2FA 4ONYA 3UK4A 2Y7RA 3K02A 1B1HA 3O6HA 4OFLA 1IQ7A 2FA7A 4OEVA 1NNPA 3TQWA 5HM4B 5HPQA 3SETA 1TWYA 1UTBA 4I9DA 3C4MA 3UA8A 4YMBA 3FATA 2GHBA 3MZ9A 2XXYA 3SEWA 1MG1A 5AA4A 3JYRA 5DEXA 5TP9A 2F7BA 3T9HB 1WODA 2ANJA 2I4CA 1N76A 3ZKKA 4DCXA 3VXBA 3GZGA 1F9BA 3LC8A 3C31A 4XIGQ 4JWXA 2QL3A 1WVJA 1XVXA 1J1NA 2REGA 2DXYA 3IOUA 5H8HB 4DXCA 1XC1A 1LB9A 4KI0E 4NF6A 4Q0CA 4O3CA 1OIBA 3VXCA 2ZNTA 3PUYE 1B5HA 4YKJA 3UP9A 2NWJA 1MXYA 4HCYA 1US4A 1FTMA 1QJMA 4U2RA 2RC7A 4QSCA 3OO6A 4WEPA 3R7XA 3UN6A 5B70A 2D3IA 3JV9A 1OVTA 3OSQA 5LOMA 1NNKA 2F7CA 1EZOA 4YZZA 3KJ7A 4EXKA 4LA9A 1P99A 4R73A 3T93B 1LAHE 3FD3A 3OD7A 4LZ8A 1LAXA 5KDTA 1NMUA 4OZ9A 1A7LA 2Q2CA 3TELA 4U4XA 1EZPA 1TT1A 3QIMA 3CSGA 2V25A 1B0LA 2XD3A 1MS7A 3CSBA 3K6WA 3OO7A 3PUVE 3D4GA 4HCWA 2Y7KA 3DELB 3L6GA 3KG2A 4OMBA 5TU0A 3FV1A 3G3KA 4TQUQ 4IB2A 2PYYA 3VE1B 3FGSA 1JEUA 4X1DA 2RC9A 4C1UA 2I58A 4H65A 1CE2A 4RK2A 2W7YA 3HO7A 1LBBA 3RTFB 2RCBA 1IUDA 3MVZA 3IOTA 5I2KA 5I57B 3A09A 4XKQA 4TLMB 1ZIUA 1FCKA 1MXVA 1NL5A 4YB7A 1XT8A 1B3HA 3KBRA 5AA3A 3EHUA 1B4HA 3K6VA 1M5CA 3GBBA 3ODBA 3ZKLA 5AE4A 1B32A 1Y1ZA 2VGQA 4EUOA 5I2NA 4ELOA 4NE4A 2G29A 3LSFB 2VD3A 3T9VA 3S9LC 1FQDA 3THIA 1IEJA 4NF8B 1H76A 2D21A 4QFLA 2XXIA 2DVCA 2B65A 1QKBA 4GWOA 2IEEA 1B3FA 4PQJA 3MZBA 5H8FA 4FECA 2V84A 1MQGA 2Q89A 3CG1A 4XTCQ 3FVGA 2ZNUA 4G8NA 1Q1KA 3DP4A 2DE2A 3KGCA 4ND9A 1URSA 1SI1A 2NXOA 2O84X 3W15C 2PBWA 2Z8DA 3CI8A 3C9HA 3HHGA 4F19A 2ESNA 4FJPA 4IY5A 2DVZA 2LAOA 4JDFA 2WKYA 3C34A 3I6VA 1JQFA 3KN8A 3FZVA 5TPAA 3SEVA 3VLUA 5HBCA 2R6GE 4EQ7A 4F2QA 5CMKA 3I3VA 3MP8A 2DWHA 4OFJA 2XX9A 2QMWA 2XX7A 3C35A 1Z7ME 1YCJA 1YAEA 2HZKA 2I48A 2ONRA 3ECRA 1FTOA 3KZGA 4MH5A 1O64A 2P2AA 2ZYMA 4JWYA 4F18A 4ZZAA 4BDRA 3B6WA 3SDFA 5IKBA 4H1XA 2QS3A 1ZKBA 2ZXTA 4QRZA 4XXUA 2AL5A 1LCFA 1SVXB 3V5AA 4DZ1A 2O69A 1SQYA 3N6UA 4LUBA 3TYHA 3MP6A 1N84A 1EU8A 1JEVA 3BFUA 4JSDA 1DPPA 1JW5A 5DVJA 3TCFA 5I2NB 5FHMA 5H8HA 3MW0A 3USDA 3B6TA 4F3BA 2I49A 2YLNA 4F31B 4IY6A 2H5YA 4MF3A 2XD2A 4ZZEA 1B3LA 1JW4A 2GH9A 3RUMA 4NWCA 1B52A 3K1PA 4R2BA 4OEUA 3MWBA 1BIYA 3PV0E 4R74A 5JTYA 1AOVA 2H98A 1MPBA 3H03A 3K4UA 2XX8A 3N6TA 2RKMA 1B51A 5H8NB 4ELQA 4F1YA 4ZEBA 3G3IA 4H67A 3IO6A 3TCHA 1LB8A 4N13A 4OYVA 5TPAB 2VD2A 2HQ0A 4G68C 4GFRA 3TDJA 2F8DA 1DPEA 3Q29A 4YAHX 4ZECA 2GRVA 2XXWA 3ONMA 5JTYB 1FQCA 1MDQA 3HPIA 4NWDA 3FJ7A 1MRPA 1MM6A 4QSDA 2QJEA 4YKIA 5BUUA 3VDFA 3N94A 2OBGA 3BBRA 1D9VA 1VSOA 1NNFA 4THIA 2E0SA 4JB7A 3IB0A 3U72A 4M4GA 5ICTA 3TTNA 2UYFA 1B58A 3H6VA 5I2KB 1AH5A 3SKPA 1XHYA 3MP1A 4OVJA 4ZS9A 4JXIA 4RPOA 5A5XB 4H6DA 4G8MA 1LBCA 1A55A 1IXGA 1FQEA 2IA4A 4NF5A 3UORA 3OO8A 1HSJA 1H45A 1P1NA 1VR5A 3PGFA 4LP2B 4GXSB 3ILTB 4IGRA 1B5IA 3DLNA 1A54A 3FVNA 3IR1A 2Y7WA 3FXQA 1Q35A 3TMGA 3AXFA 4DE8A 2VHAA 1UTBB 3PPQA 2UVJA 2PVUA 3OENA 4ZE8A 3TKDA 4DIGA 4OHNA 1UTHA 4KYDA 5CMBA 4Q8RA 4GQOA 3H3GA 3PPRA 5CRYA 1OQHA 2I3VA 3SESA 1JETA 1MQJA 1MPCA 1UTHB 2O7IA 4O3BA 5DVIA 3M3FA 3RNNA 5ISUA 1QULA 2HAUA 3KFMA 4U23A 1R6ZA 1FTKA 2RC8A 4I8CA 3VVEA 1FQAA 4F3GA 4BDLA 1GR2A 1M5BA 1NH7A 1DMBA 3E4RA 3QK6A 1GTKA 3V89B 1USYH 4QFNA 2OLBA 4I62A 3PMWA 1VE4A 4EDPA 5H8FB 2H99A 3E13X 3O29A 1HSLA 1B1XA 2OWTA 2G93A 4TOZA 1I6BA 2Y7PA 3TZAA 5I57A 3MPLA 4GD5A 4MBPA 1QUIA 1MDP1 3H7MA 4UA8A 5JEIA 1BTJA 3H6TA 4UACA 1MH3A 3FUZA 5I58A 1RYOA 2QS2A 4MLVA 4EQ9A 4ZEIA 2ZMBA 1LFGA 3KSXA 3PMVA 4EQBA 1MY1A 2Q88A 5AA2A 5BWJA 1USYE 2XXUA 1PBPA 4OERA 2AIXA 3W9WA 3BFTA 5FTIA 2I3WA 1S9TA 2O1MA 4R9GA 4Q5TA 4RY1A 4QFPA 3MVXA 1SYIA 3G3JA 4GF8A 3O9PA 3PUWE 3G3FA 4NEDA 1R9QA 2ALUA 1BKAA 4ZEKA 3MQ9A 3OMBA 3RLFE 4FORA 1Y3NA 1II5A 2XXQA 3KOTA 3OEKA 3CR9A 1LFHA 5CM6A 2XXTA 1LSTA 1UIVA 3N26A 3W9VA 3IAZA 1H3DA 1N04A 2HAVA 2UYEA 3M3LA 3O2AA 4NMYA 1DSNA 2F7AA 1PB8A 1SW2A 2H4IA 4KYEA 5EYFA 4FAJA 2PX1A 2X7QA 3ILUB 3K6UA 4G4PA 3O6IA 3RT8A 3K1NA 1IXIA 3TTKA 2XXHA 3WAFA 1ZU0A 2P0SA 5DVFA 4E0WA 1FTJA 1YTVA 3T9XB 4NF6B 3HCQA 1TXFA 2A5SA 5K2XA 2O7UA 4IO5A 3RGYA 4F3PA 1B2HA 1SW5A 5CMMA 4LQ5A 1O7TA 1NKXA 3C33A 1OVBA 4PFWA 1BLFA 3IOVA 3U1OA 4DDDA 2BJJX 4FIMA 2YJPA 3EQ1A 4ECFA 1B6HA 2NOOA 4IO7A 4DXBA 4POXA 3K00A 4E0XA 3IX1A 4KPTA 4QFKA 2FNCA 2YPNA 3IL1B 1ANFA 1KWHA 2Z8FA 3IK6B 3MUQA 4IO2A 4KCDA 4KCCA 4F2OA 1GGGA 2Z8EA 2ZYOA 4I1DA 4MFIA 5L9MA 3SEXA 1VFDA 4YMAA 2F36A 1AL3A 3FJMA 5CC2A 3K2DA 1IITA 2F34A 1Y3PA 1OMPA 3FXUA 4GIZA 1URDA 2R9JA 3K01A 4X1BA 4FE8A 2DSFA 1JW1A 4Q30B 5AA2D 1PB7A 3CVGA 2ONKE 3LBSA 1S50A 1XVYA 2RINA 2VP1A 1QUKA 3QUFA 4RJZA 2UVGA 1A8EA 3B7DA 5CBRA 1ZJLA 3TTRA 3DP6A 2GHAA 3O28A 3TAJA 1HSEA 4PE5B 3E9XA 1PDAA 3TUSA 1P1WA 2GFEA 2H9BA 3K6XA 1T0KA 2DYXA 3U93A 2V3QA 3PU5A 2Q9TA 4L17A 5F7VA 2ABHA 3VV5A 4NF5B 4JWOA 1I69A 4HS7A 3FASA 1ZBMA 2HCAA 2DE3A 2I0CA 4WXJA 5I56A 3VFJA 3TTLA 4KD5A 4U1ZA 5ELVA 1EZ9A 1R9LA 3FV2A 3ZS6A 1SW4A 4ELPA 1QKAA 4X9TA 4MLQA 3MC2A 1B3GA 1MY2A 2Y7IA 1MXWA 2D5WA 3CRBA 5IAIA 3E3KA 1Y3QA 1QW0A 4FATA 4H8IA 1PC3A 2AL4A 3FJGA 2REJA 2PMSA 5EHSA 1MQIA 5KDTB 2DQVA 2Z23A 5FHOA 5I59A 1Y1MA 1P1UA 1I6QA 1B7UA 1MXZA 1ATGA 2HFBA 1M5DA 3CFXA 1MY0A 1MQDA 4POWA 1XOCA 3TODA 2X7PA 4YKPA 5I59B 1Y9UA 1NFTA 5KCJB 1MM7A 1MY3A 1Y4TA 2O68A 3U8QA 2HZLA 1LAFE 1R1NA 1SYHA 1B40A 2XHDA 3A3CA 4GXAA 4QFOA 4C1TA 5KCJA 1B46A 1N0TA 3LUYA 3R26A 3S2VA 3SEUA 2VOZA 2QS4A 2UVHA 4GOTA 3C32A 4F1VA 2R71A 2ZYKA 3C36A 1JNFA 2ZNSA 3Q28A 4XKNA 3TQLA 3QUJA 4C0RA 2Q8JA 1OLAA 3MBPA 3SERA 3VVFA 2HEUA 3BKIB 4Z7EA 4ELRA 2I4BA 1P1OA 3EPEA 3FIRA 2AYSA 2F6GA 3O66A 1OQGA 1JVXA 1MY4A 3QYTA 4KQPA 4YB6A 5DYHA 4N07A 4ESWA 5AA2B 4QF9A 4GRKA 2Q2AA 3CFLA 2HXWA 2ZYNA 3DP8A 1UIUA 1BP5A 4NF8A 3KJTA 1LCTA 1SW1A 5F1QA 5H8QB 1B4ZA 5ITPA 4F29A 1IZ1A 5B7DA 3KSJA 2I6EA 4DLDA 1B0HA 4PFTA 4O3AA 4KFQA 1DTGA 3MPKA 4PP0A 4X48A 2F5XA 4R72A 4RK9A 2I0BA 4BDMA 1N3WA 4OFOA 4FEDA 1DOTA 3EN3A 1D9YA 4QHQA 3CG3A 4ZE9A 1N3XA 3H06B 3IOWA 1B5JA 2F97A 3T66A 3L6HA 4EF1A 4P0GA 3ZSFA 4NTLA 3FVOA 3I5OA 4G2ZA 4WEDA 3S9MC 4LVQA 3FXRA 3H4ZA 4QSEA 3IO4A 5FTHA 2PT2A 3D4CA 2A5TB 1FW0A 1B05A 4P0IA 1LFIA 4P11A 4ZDMA 1LLSA 3G3GA 3MVWA 3OEMA 3KN7A 4GL0A 4YKKA 4BDQA 3TEPA 2NVUB 4KHZE 4YICA 1NNTA 5DTBA 3A3UA 1IXCA 5CBSA 4NF4A 3RN8A 3SEYA 5AA1A 2V3TA 4H5GA 5ITOA 5L8DA 3MJNA 1CB6A 3UIFA 4Z0IA 4H8JA 5A5XA 3Q27A 1H44A 3T96B 3S9NC 1SDXA 1Z7NE 2DP8A 1RYXA 4N6PA 4RA1A 3B6QA 3PPOA 4R9FA 4HW8A 1JVYA 4ZEDA 3MAMA 2Y84A 1NH8A 4BDOA 5H8QA 1MH4A 2V93A 2OK2A 4F39A 1SBPA 1EH3A 4IO4A 4M1VA 5AA4B 3T22A 3S9EA 3QAXA 4RNSA 2XXRA 2PT1A 4EXLA 3HHFA 4G68A 1GVCA 3IORA 3H6UA 3PPPA 2P1SA 3OELA 3H6WA 1A99A 4K3FA 3RY3A 4AB6A 4FEBA 2DOJA 2E1SA 1TFAA 3F11A 5DEXB 5TP9B 3OSRA 1N7WA 1S7YA 4EF2A 5J1DA 4ISUA 3V8XB 3Q26A 2XXXA 1D4NA 4GL8A 1QUJA 3S4UA 3RQTA 1ZLQA 4LATA 4H0WA 4AB5A 4OESA 4KYSA 1L5TA 3KN3A 3EF7A 3G3HA 3IJOB 2O6AA 4LONB 3MVYA 1POY1 1YPNA 4G8HA 1PEBA 4ZEFA 1M5FA 3LR1A 3HV1A 4R6KA 1B7ZA 1FQBA 4R6YA 1H43A 1POTA 1Y4CA 3DM0A 3GLBA 3PD8A 4JSOA 3MZ1A 5H8SA 3IJXB 4F3SA 1UQWA 3IB2A 4RYAA 4HTGA 3LSWA 4DCYA 2DWIA 1RKMA 2RCAA 4R6HA 4G68B 2FYIA 3PD9A 4BLAA 2F6PA 2QS1A 3LSXA 1B3EA 3PPNA 5KZTA 1SI0A 3HN0A 1VFEA 1Y20A 2UVIA 4XKRA 1DTZA 4AQ4A 1MQHA 4WKMA 1P1QA 2QRYA 4F22A 3RT6B 5JK4A 4OETA 3GBAA 1IXHA 3VVDA 3WAEA 3QSLA 2ONSA 1B9JA 3LSLA 2F35A 4R75A 5EHMA 4DXUA 4U1OA 4OQOA 2F78A 5DT6A 2DWAA 4YB5A 3O97A 1LAGE 1ZTYA 2A5TA 1SD3A 4U21A 2THIA 3TFLA 2B3FA 2OCUA 1MXXA 4G77A 2O51A 4PETA 4RPNA 3PMXA 3K0VA 4F1UA 1OLCA 4LZ5A 3U92A 2M8CA 2QPQA 4LZ7A 4OENA 2NUVA 1MPDA 4NF4B 4JBZA 4ESXA 3EHSA 3EHTA 1B7HA 2B3BA 2OZZA 3OXNA 3PUXE 3GXAA 3CFZA 4LQ2A 5H8NA 4GLIA 3T9UA 5L9SA 3KOSA 4U4SA 5FHNA 5K2YA 5CMCA 3VLVA 5I84A 2DE4A 3UGWA 3V83A 1US5A 3QXMA 3TTMA 2DWJA 3M3KA 2X26A 4PFYA 3P7IA 3K1MA 4OTEA 1XS5A 1N7XA 3FVKA 3O6GA 1O63A 2XXPA 4H5FA 4XKPA 5I58B 1TFDA 5I56B 2OWSA 4RXLA 1A8FA 4KR5A 1ELJA 4IO6A 5CI5A 1AIVA 1ZMGA 4TLLB 4U22A 4PFUA 4IO3A 3TPAA 2KLFA 2XXVA 3PUZE 4YU0A 2QMXA 2UXAA 3U94A 1IIWA 3Q25A 1MXUA 3HSTA 3JZJA 2RF1A 1D3KA 1GV8A 2DS9A 1WDNA 2V3UA 3VLWA 2QSXA 1FQFA 4OWDA 4GVOA 1QVSA 2O1LA 1PB9A 2CMOA 1M5EA 4OXVA 5L9OA 2OJTA 2DXRA 2CZLA 1AMFA 5ICQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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