1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
4Z0IA 4MH5A 5I57B 4Q0CA 4OESA 1ZJLA 3TDJA 1AMFA 4JSOA 1UIUA 4R75A 1BKAA 1SVXB 2R71A 3E3KA 4F1YA 1B2HA 2Z8FA 2O7UA 2X26A 1ZMGA 3DELB 1AOVA 2XD2A 3HN0A 2Z8DA 3OELA 4G8MA 4AQ4A 2V84A 3R26A 4TOZA 2QRYA 4DXUA 4QFKA 1EH3A 3FV1A 1N3WA 2Y7PA 2H5YA 3K6VA 1B40A 2XXIA 3MC2A 4R2BA 3KN3A 2I48A 3ZKLA 4QFLA 1UTBB 1VFEA 3N5LA 4JXIA 1QJMA 4HS7A 4GVOA 4KI0E 4IO4A 2ZNSA 4IY6A 1AH5A 1XC1A 2O69A 4PFTA 4JDFA 2HAVA 1B5IA 1URSA 3G7WA 1P1OA 4I8CA 3S2VA 1IQ7A 3VXBA 4KHZE 5JEIA 1I6AA 3JYRA 3JZJA 1F9BA 1NH8A 3OSQA 4OENA 5L9MA 5L8DA 1S50A 3RT6B 3VVDA 4F2QA 1MQGA 4I9DA 4XKQA 1IIWA 3H4ZA 1QUIA 3O28A 2F34A 4PP0A 1FTKA 4ZDMA 3TEPA 1SW1A 3G3KA 2H25A 2P2AA 4DIGA 3S9NC 3MP8A 5I2NB 4R2FA 4NWDA 2GFEA 4KYSA 2I6EA 4ISUA 1B1XA 2PX1A 3L6HA 1AL3A 3PV0E 3GLBA 4XXUA 2RCAA 3B6WA 4MLQA 3D4GA 1IITA 1LLSA 2E0SA 4KPTA 4P0GA 2VOZA 3PUWE 5FHOA 5AE4A 5BUUA 2ZYNA 1FTMA 3C32A 2O1MA 3RTFB 3W9WA 2RCBA 3CRBA 4DDDA 5ITPA 1IZ1A 4DCYA 4PFUA 4NF5B 1B3GA 2DS9A 3O29A 3S9EA 3MUQA 4F1VA 4WXJA 1RKMA 2XXQA 1SW5A 3L6GA 4G77A 3TPAA 3HHGA 3VVEA 4DZ1A 2ANJA 2M8CA 2A5SA 2Q88A 4QHQA 4R6YA 1US4A 1SDXA 1ZLQA 3H6TA 3O6GA 4R9GA 4XIGQ 2F6PA 3TTRA 3RT8A 4YB7A 2F5XA 4LA9A 4FAJA 5AA4A 2D21A 4C1UA 3OO6A 1P1NA 3QUFA 4MF3A 2LAOA 1IXHA 2F7AA 1MM7A 1A7LA 1P1UA 5H8FA 2Q2AA 5CC2A 2ALUA 3KSXA 1OLCA 1DTZA 1GR2A 2V93A 4ZZEA 1PB8A 3IO4A 3CFZA 2I0CA 3MZBA 2D5WA 3E13X 3KEIA 3KOTA 4NF4A 1HSLA 1B7ZA 1OQHA 2VP1A 4N6PA 3TCFA 1B32A 2AL4A 2DWIA 3SKPA 4EXKA 3LBSA 2ZYMA 1B46A 3GBBA 3K4UA 4F19A 4WEDA 5TPAA 1TT1A 4UA8A 3TMGA 3C9HA 5KCJB 2F78A 1XT8A 1YTVA 2FYIA 3FGSA 3DLNA 3FJMA 1HSEA 4O3CA 3TTMA 3MVWA 4QFPA 3RTWB 4F3GA 4LQ5A 1MH3A 2F97A 1JW4A 2F36A 2DE4A 3H7MA 3IK6B 3ECRA 4GFRA 2DVCA 4QRZA 4THIA 4F22A 4OFOA 1SQYA 2QL3A 3PUZE 1Z7NE 1FQEA 1QKBA 2OJTA 4JB7A 1QVSA 3PUVE 1BTJA 1B4ZA 4YKJA 2OK2A 3CG1A 3V8XB 2H99A 1MG1A 4BLAA 3CFLA 2UVIA 4U4SA 3O9PA 3MVXA 4OHNA 1H43A 5KDTB 1EZPA 2GHBA 3C36A 5FHNA 3PMVA 4ZEKA 2F8DA 1JVXA 2HZLA 3Q27A 4FATA 1MRPA 4OTEA 5AA2B 4NF8A 3WAFA 1LSTA 2DYXA 2QS2A 3I3VA 3N94A 1XOCA 3KJ7A 3VE1B 2NUVA 2QS3A 3EHTA 3H6UA 4QFOA 3T9XB 2VHAA 1B58A 1PBQA 4Q30B 2Q9TA 4X1DA 1TFAA 4U1ZA 3T22A 4U23A 4F31B 4RK2A 2OWSA 1MY1A 2B3FA 3KZGA 3K6XA 4RPNA 3FXUA 4NMYA 3RNNA 5KZTA 1EZOA 3VDFA 2Y84A 4HCYA 1USYH 1OIBA 3IB1A 2I3WA 4FORA 4I62A 1PDAA 3FJGA 4JWYA 4EDPA 1WVJA 1YPNA 4N13A 1HSJA 1N84A 3I6VA 4LP2B 2HEUA 1PBPA 5HPQA 4RK9A 3DP6A 1QW0A 2I3VA 1LAGE 1AIVA 4GD5A 1US5A 1B4HA 3K1MA 3MBPA 3MPKA 4OXVA 4X9TA 1MY4A 3E4RA 1BP5A 1NNKA 1PC3A 3PPQA 5AA3A 4LATA 5H8FB 3K01A 3K1PA 5I84A 2XX7A 3TCGA 5I59B 3PPRA 2CZLA 5IAIA 3QUJA 3T9HB 5ISUA 4OMBA 5B7DA 1BIYA 1UQWA 4G2ZA 1B7HA 4RYAA 4YICA 5JTYA 3B6TA 4ONYA 4QSCA 3S9LC 3LC8A 1IXGA 1DPPA 2GRVA 3TODA 3MVYA 3K0VA 2Y7IA 1LGBC 1ANFA 3PMWA 3LSLA 3O97A 4N07A 4LUBA 2UVHA 5IKBA 2DOJA 1LAFE 2XXPA 2F7CA 5HBCA 3SERA 3VLUA 3C33A 3KOSA 5H8SA 3A3UA 1EU8A 3CVGA 3MWBA 1SBPA 2YPNA 5DVIA 3GXAA 3H6VA 4IB2A 3T66A 1P1QA 2XXHA 1A40A 1BLFA 3HHFA 3ILUB 4F1UA 5CBSA 3SDFA 1NL5A 5CI5A 4E0XA 3MAMA 4WEPA 1SI0A 4ZE9A 4U21A 4R6HA 5AA1A 3U92A 4DE8A 1Y4TA 3N6UA 4EUOA 2XXTA 3IB0A 3MVZA 4XKRA 4ELRA 4TLLB 4YKPA 2NWJA 4GXAA 3PUXE 1IEJA 3RPWA 1MXXA 2ZYKA 5DT6A 3KN7A 5CM6A 4OQOA 4GWOA 4L17A 1B0HA 4P0IA 2QS1A 4ZZAA 4OFJA 2Z22A 1S9TA 5J1DA 4R9FA 2G93A 1B0LA 4MBPA 5ICTA 1POY1 4DXCA 2R6GE 3I5OA 1SW2A 3SEVA 1B5JA 1LFIA 5ITOA 3EF7A 5K2YA 4BDNA 3V89B 3F11A 3K02A 1JNFA 1ELJA 4WKMA 5K2XA 1ZBMA 3TKDA 4HW8A 1R9QA 1MXVA 3D4CA 5M2VA 3RY3A 3EHUA 4AB6A 3R7XA 4PE5B 3IO6A 1D9VA 3PU5A 4KCCA 4ECFA 1QULA 4FECA 2XXXA 4H5FA 5F1QA 4LZ5A 3VV5A 4OYVA 4OZ9A 1A54A 3SEUA 2CMOA 4RA1A 3U94A 4BDRA 2A5TB 2GH9A 3M3KA 3KGCA 1NNTA 3ZS6A 1FQDA 3VVFA 5JK4A 1PB9A 1LAXA 3BFTA 3K00A 5I2NA 1MDQA 3EN3A 4OERA 2OLBA 3LSWA 1IUDA 1B3FA 1CB6A 3CIJA 1A55A 3IJXB 2O51A 3DM0A 3EHSA 1M5FA 4IO6A 4U2RA 3FZVA 3TAJA 2UVGA 4QFNA 4M4GA 3FIRA 1D9YA 1R6ZA 1XS5A 3O6HA 2P0SA 4JSDA 4KYDA 3ZSFA 2XXYA 5I2KB 1PEBA 4XTCQ 3IOTA 1VSOA 2Q89A 5EYFA 1UTHB 1QUKA 3TCHA 3SEYA 3H3GA 3JV9A 3VXCA 3T9VA 3LSXA 4IO3A 3UGWA 2Q8JA 1JETA 3RGYA 3Q29A 5I56B 4RY1A 4PETA 1II5A 4HCWA 3FV2A 2OBGA 2OCUA 1ZKBA 4EXLA 3KBRA 1QUJA 2XXVA 2ZNUA 3FUZA 4X48A 3CSBA 3EPEA 5TP9A 1OLAA 5L9OA 5CBRA 1FQCA 4UACA 2VD3A 1JQFA 3O2AA 3PPPA 1B3LA 3G3GA 4R73A 1R1NA 1L5TA 4BDMA 2ONKE 3IJOB 4ZEDA 1M5BA 1SYHA 1MQHA 1NNPA 4EQ7A 2YLNA 2F7BA 4JBZA 5FHMA 1Y3PA 4NF6A 5ELVA 3SESA 4OVJA 3G3JA 3MZ9A 5TPAB 1MQIA 2QPQA 1DMBA 1FW0A 2XD3A 2IA4A 4GOTA 4ND9A 2B3BA 5B70A 2DXRA 2VD2A 4G8HA 1WDNA 4F29A 2O6AA 3SEXA 3C4MA 4H1XA 4YKKA 4F18A 1FTJA 5BWJA 1OVTA 2QSXA 3UA8A 1B6HA 2PMSA 3KG2A 2NOOA 4ZEIA 5AA2D 3V5AA 1SYIA 4ZEFA 2PT1A 1NFTA 3MW0A 3RUMA 2HAUA 4PQJA 4NF6B 5DEXA 3FXQA 1GGGA 4G4PA 4U4XA 4F39A 2I49A 1B05A 1A8FA 2R9JA 3PPNA 2ONSA 1S7YA 4LZ7A 2I4CA 4NEDA 2GHAA 3U1OA 4LQ2A 3IOUA 5KDTA 3M3LA 4ESWA 1SI1A 3W9VA 4BDQA 2XHDA 1H3DA 4GQOA 2V25A 2Y7KA 4H0WA 1FQAA 4KQPA 4YZZA 2I0BA 1N7XA 1VFDA 1MY2A 4YKIA 2O84X 5DEXB 3ILTB 2DWHA 5EHSA 1T0KA 2V3UA 5A5XA 1B51A 4R74A 3FXRA 2H9BA 4YB5A 1Q1KA 2RC8A 1JEVA 3C34A 1EZ9A 4M1VA 1JW5A 3PMXA 1NKXA 3GBAA 1MM6A 1H44A 1UIVA 3N6TA 4QF9A 4RJZA 2H4IA 4IO7A 2HCAA 2QS4A 1H76A 2AL5A 4TQUQ 3VLWA 2X7PA 3MPLA 2NXOA 1I6QA 3PGFA 4I1DA 5LOMA 4FE8A 4ZS9A 4X1BA 4LVQA 1MXYA 3U72A 1VR5A 1D4NA 1Y4CA 3LUYA 2OZZA 4NF4B 2THIA 1VE4A 3HV1A 2ABHA 3BKIB 3RLFE 4EQBA 1I69A 1Q35A 1Y3QA 2DWJA 4KFQA 1MY3A 3FVOA 5H8QB 1NNFA 3IL1B 3SETA 3IOVA 1PB7A 3HCQA 3W15C 3ZKKA 1TXFA 4Q8RA 3O66A 4KYEA 1H45A 2DE3A 4NF5A 4GL0A 2IEEA 4H8IA 1LB9A 4PFYA 4FEDA 4XKPA 1GTKA 1MPDA 2FNCA 4GF8A 1OMPA 5CMMA 1N7WA 4H6DA 1XVYA 2Y7RA 3QXMA 1LBCA 5FTIA 2ZXTA 5I57A 2AYSA 2DXYA 1N0TA 3KFMA 2REJA 3T9UA 1POTA 4U1OA 5H8QA 1B3HA 4MFIA 4RPOA 2NVUB 3V83A 2P1SA 1URGA 2UVJA 3U8QA 2YJPA 3OENA 1MPBA 1I6BA 1B9JA 3CR9A 3TQWA 3IOWA 4ELQA 1KWHA 2XXRA 4GLIA 2HZKA 4PFWA 4POWA 1MXWA 2OWTA 1FTOA 3RN8A 1R9LA 3THIA 3KSJA 3T96B 3UORA 4H8JA 3OSRA 4IGTA 3VFJA 1SD3A 2O1LA 3BBRA 3FD3A 1YAEA 3K2DA 3K6UA 3Q26A 5F7VA 3IR1A 2QJEA 4OWDA 5HM4B 3PD8A 1LCFA 3CSGA 3OO7A 4H67A 2XX9A 3HPIA 5ICQA 3MP1A 1USYE 1IXIA 3IB2A 4GL8A 4TLMB 4ZECA 2XXUA 3E9XA 3MJNA 3IX1A 3TQLA 5I58B 3H03A 3OXNA 3CFXA 1QKAA 5CMCA 3P7IA 1ZIUA 2X7QA 3PPOA 4BDOA 3M8UA 4G68B 3UN6A 4C0RA 3PUYE 3G3HA 3GZGA 4H5GA 3S9MC 1DSNA 2HXWA 4BDLA 2DE2A 3UIFA 5KCJA 3LSFB 5I59A 4KR5A 5CMBA 5AA2A 3OEKA 4NF8B 2V3QA 1Y3NA 4ELPA 1B52A 2Y7WA 4JWXA 3FVKA 3C35A 2O68A 4XKNA 2PBWA 3U93A 1Z7ME 3WAEA 3BFUA 4EF2A 3TYHA 2D3IA 4G68A 5AA4B 4FEBA 4F3SA 3KJTA 3TUSA 3Q25A 3Q28A 3OD7A 1ZU0A 1A8EA 1LFHA 1RYOA 4MLVA 4ESXA 4F3PA 1TWYA 5TU0A 1Y20A 4YMBA 2RKMA 3QAXA 1N76A 3CG3A 2H98A 1LBBA 2F35A 2UYEA 3TFLA 3OO8A 4YMAA 3OOAA 1O7TA 1MXZA 2B65A 2G29A 3ONMA 2FA7A 5DVJA 3QK6A 3M3FA 1NH7A 1DPEA 2ZYOA 4Q5TA 5I56A 1TFDA 2O7IA 3HO7A 4Z7EA 1JEUA 1O64A 1OVBA 1URDA 5DTBA 3EQ1A 1MXUA 1RYXA 3K6WA 2HFBA 2REGA 2I4BA 3TZAA 3C31A 4EQ9A 2PVUA 4YB6A 3G3FA 4LZ8A 4OEUA 5H8NA 1B3EA 4AB5A 5JTYB 4OETA 2DSFA 4F3BA 1B7UA 4IGRA 3QSLA 4H65A 3ODBA 3K1NA 3FASA 4ZE8A 1MS7A 1LFGA 3LR1A 3MP6A 4R72A 2ONRA 4OEVA 1FTLA 2VGQA 4G8NA 4KCDA 3TTKA 3USDA 1Y1ZA 2ESNA 5H8HB 3PD9A 4RNSA 1FCKA 3SEWA 4E0WA 3T93B 1JVYA 3IORA 5FTHA 1IXCA 2F6GA 1FQFA 3R6UA 4G68C 1M5DA 2RC9A 3QYTA 4FJPA 4O3AA 4YU0A 3RQTA 5I58A 2A5TA 2PYYA 3VLVA 5CRYA 1UTBA 2WKYA 4K3FA 1ATGA 1GV8A 5DVFA 1YCJA 3TTNA 3H06B 4YAHX 4LONB 2PT2A 4OFLA 1P1WA 3CI8A 4F2OA 2DWAA 3FJ7A 5H8HA 2Z23A 1DOTA 1M5CA 1NMUA 4NWCA 4IY5A 4R6KA 5DYHA 5EHMA 4DXBA 4QSDA 1M5EA 5I2KA 2Z8EA 2DVZA 1DTGA 3H6WA 5L9SA 2DQVA 1P99A 2W7YA 2XX8A 3FVGA 3FVNA 3HSTA 3MQ9A 3MZ1A 3IAZA 3N26A 4GRKA 4P11A 1LAHE 1MPCA 2DP8A 1LB8A 4POXA 1XVXA 4JWOA 1J1NA 2ZMBA 4ZEBA 4ELOA 1ZTYA 3AXFA 4NE4A 5A5XB 4DLDA 1GVCA 3OO9A 1MH4A 1MY0A 2UYFA 3TELA 2AIXA 2RF1A 2QMWA 1FQBA 1CE2A 2E1SA 1D3KA 5TP9B 2QMXA 4DCXA 2XXWA 4GXSB 4U22A 3QIMA 2Q2CA 1WODA 1Y9UA 1B1HA 1LCTA 2I58A 4FIMA 1Y1MA 4KD5A 3O6IA 4RXLA 4O3BA 4QSEA 4GIZA 1OQGA 1XHYA 4IO5A 4IO2A 3TTLA 3B7DA 1N3XA 2RINA 2V3TA 3UP9A 3B6QA 5CMKA 3UK4A 1B5HA 1JW1A 3FATA 2BJJX 3OMBA 3OEMA 2ZNTA 3S4UA 1MDP1 1SW4A 3DP8A 1O63A 2HQ0A 3G3IA 2RC7A 3KN8A 4HTGA 4NTLA 1UTHA 3DP4A 3A09A 5H8NB 1A99A 3A3CA 1MQDA 4EF1A 4C1TA 2UXAA 1N04A 1MQJA 2KLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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