1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
3H3GA 1B0HA 4H6DA 4OYVA 3DLNA 1N76A 3RN8A 1EU8A 2O7UA 1HSEA 1MH4A 3C31A 2DWJA 2DWHA 1MQGA 3VE1B 3U93A 1UTBA 4ZZAA 5I2NB 1JW5A 1Y4CA 1DTZA 3OELA 2HCAA 4IO7A 4U21A 3VVDA 3C33A 3FIRA 3IB0A 1Z7ME 2OJTA 3L6HA 4Z0IA 5TPAA 1N04A 4IY6A 5AA3A 2DS9A 4R75A 3N6UA 3RLFE 1UQWA 4RPNA 4LA9A 4THIA 2XX8A 3QSLA 3UORA 2XXPA 2A5TB 1DSNA 4BDQA 4R2BA 3USDA 3U92A 4EQ7A 1ZLQA 4ELOA 3MAMA 2DOJA 4Q8RA 2H5YA 3N26A 4ISUA 1UTHB 4WEPA 1FQDA 3KOTA 4G77A 4F2OA 3T9XB 2HQ0A 3PV0E 5DEXB 1R9LA 3EPEA 1ZU0A 5H8SA 4GXSB 4NWCA 4N6PA 3TEPA 4TLMB 3CRBA 3FVNA 4F3GA 1MXXA 2F97A 5I56A 1IQ7A 2G93A 1URGA 4RJZA 1XS5A 3QUJA 3Q29A 2FYIA 2X26A 5JK4A 1LFIA 4FATA 4G68A 4R74A 1B0LA 3MPKA 4WKMA 5F1QA 4EQBA 1R6ZA 3TAJA 3L6GA 2QS3A 1QW0A 3RPWA 3S9EA 5ELVA 3IOTA 5F7VA 2NWJA 5DVFA 1SW1A 3W15C 4YKPA 1SW2A 3TUSA 4F2QA 2ZXTA 3FXRA 2I3VA 3K00A 4U4SA 4Q0CA 3K4UA 2I58A 2ONRA 4Q5TA 1QUIA 4IO4A 1LLSA 3B6TA 3TCGA 3K0VA 1IXCA 1L5TA 2AIXA 2Y7WA 2DP8A 1D9YA 1SYIA 3VXCA 1BKAA 4KHZE 3PPQA 4ZEKA 3K1MA 5LOMA 3PPRA 2ZNTA 4XKRA 5DVIA 4H5FA 4E0WA 4G8NA 3Q28A 1Y9UA 5AA2A 2CZLA 1P1UA 4KYDA 3FV2A 1M5EA 4HTGA 1FTOA 4XKQA 4KI0E 5ICQA 2RKMA 4QSDA 1R9QA 1B2HA 4ESWA 3OSRA 1PBPA 3KGCA 4LUBA 4YKIA 1A7LA 2DWAA 4IGTA 4KYEA 1H3DA 1XC1A 3HHFA 2RF1A 1JVXA 4OWDA 4XTCQ 4R6YA 2O1MA 4RK9A 2Q89A 4NF5A 1B4HA 3G3IA 1P1NA 1JNFA 3P7IA 1GGGA 1B1XA 3H6WA 4JWYA 2R71A 1QVSA 2Q2CA 3PUWE 3ZS6A 1M5DA 2VD2A 2HEUA 3EF7A 3G7WA 2AL5A 4G8MA 3U8QA 4E0XA 5I2NA 3S9LC 3LBSA 3PGFA 3I3VA 3V83A 3HHGA 1CE2A 3M3LA 2A5SA 1SD3A 2YPNA 5TPAB 4U23A 1DMBA 4OFLA 1UIVA 3SERA 2O6AA 4DZ1A 2D21A 1YAEA 3A3CA 4EDPA 2HFBA 1XOCA 2A5TA 4ZEIA 1BLFA 2DYXA 3SEVA 1IXIA 2IA4A 2RINA 4DCXA 4PP0A 3OMBA 1RKMA 4YMBA 3DP8A 1UTHA 3SETA 4QFKA 4C1TA 1AL3A 5ISUA 5BWJA 3ZSFA 2UVJA 1FQAA 2XXIA 1SI0A 4JWOA 4DCYA 5CC2A 4MF3A 4DXCA 1EZOA 1ELJA 5I56B 4FE8A 3O9PA 3K6WA 3BFTA 4QSEA 3R26A 1O64A 2DWIA 1NMUA 2ONSA 4RPOA 4G68B 4ZECA 2ANJA 5CI5A 3A3UA 3M8UA 1MG1A 2Z8EA 4RY1A 1FQBA 3T66A 3TZAA 2UVHA 2VP1A 2X7QA 3GLBA 4UA8A 3MZ1A 1I6QA 4ZZEA 1OMPA 4GIZA 2H9BA 3SEWA 4IB2A 4DLDA 1JW1A 1KWHA 1GTKA 1XVYA 2O1LA 5A5XB 4PE5B 3ONMA 2DSFA 3S9NC 5I2KB 4P0GA 2XHDA 3G3KA 3E9XA 4I9DA 1S50A 4NTLA 1JVYA 3B6QA 4G2ZA 4H8IA 1H76A 1JW4A 4F29A 1LBCA 5ITPA 2VOZA 4YKJA 2UXAA 2P2AA 3FJGA 2VHAA 3BBRA 3ILTB 5AA2B 1B1HA 3KFMA 4RK2A 4F3PA 1Y20A 4NF6B 5EHSA 4XKPA 1FW0A 3IB1A 1GR2A 3M3FA 2Q9TA 5HPQA 2I4BA 1YPNA 1XHYA 3LSFB 3EN3A 1B5HA 1LB9A 1WVJA 5K2XA 3B7DA 2HAUA 2H99A 4KPTA 2Z8FA 4KD5A 3KJ7A 4TOZA 5DYHA 2M8CA 3CR9A 1HSJA 1IXHA 2G29A 1B4ZA 1LFGA 2RCAA 4X9TA 3H6UA 4BDRA 4H0WA 3ZKLA 1SI1A 5FTIA 4R2FA 1FQCA 2VGQA 3T9HB 1AMFA 4ESXA 3FZVA 3PPPA 4ZDMA 3WAEA 1NL5A 1OVTA 4NMYA 4NE4A 3K1PA 4NF4B 4FECA 3IB2A 2YJPA 3T22A 1RYOA 2Q2AA 1LFHA 1JEVA 1D3KA 2B3BA 3VDFA 5CMKA 3IK6B 1ANFA 4HS7A 2ZYKA 3HN0A 5JEIA 2OWTA 3TPAA 3BFUA 4ONYA 3MQ9A 4DXUA 1M5FA 4U22A 4FEBA 1LB8A 3TTNA 4R9FA 5IAIA 4PETA 4TQUQ 4GD5A 2Z23A 5I58B 1WDNA 3MJNA 1JQFA 2GH9A 3QXMA 3R6UA 4P11A 1OQGA 1VSOA 3F11A 4MFIA 1LAGE 1I6AA 2XXUA 3OO7A 4HCYA 2V3QA 5KCJA 2Y7RA 1NNTA 3K02A 3VV5A 2XXXA 3RUMA 2B65A 2XXYA 2P1SA 4F22A 5DVJA 1P1OA 1MQIA 2XXHA 2H98A 4LZ7A 1O63A 1OLCA 4F18A 3N6TA 2I4CA 4N07A 1PB8A 4L17A 1BTJA 3HPIA 3H6TA 3CFZA 3SKPA 4EQ9A 1Y1MA 3TYHA 1PEBA 5TP9A 1YTVA 1ZTYA 1T0KA 1B5IA 4ELPA 5DTBA 1ATGA 3UGWA 1USYH 1II5A 1I69A 1NNPA 4DXBA 3MBPA 3VFJA 3IO6A 3RTWB 3E4RA 5H8QB 5A5XA 3MC2A 1MY0A 3TDJA 2UVIA 5I2KA 3TCFA 3TMGA 3UN6A 4F39A 2QS1A 3PPOA 4DDDA 3MVWA 1TT1A 4JDFA 3IO4A 2ZMBA 3RY3A 5H8HB 5DT6A 2V3TA 2IEEA 3MVZA 1SQYA 4R6HA 3DELB 4GQOA 2ZYOA 2RCBA 3KSJA 1AIVA 2V84A 1D4NA 1SDXA 3SESA 3IAZA 4QF9A 1MQHA 4H5GA 2O7IA 4NF6A 3C4MA 3IR1A 3Q25A 1NH8A 3H4ZA 3QK6A 2O84X 5JTYA 4POWA 3VXBA 1B05A 4FIMA 3FVOA 2H25A 3PPNA 4ZE8A 2XXRA 3RTFB 3C32A 3OENA 2R9JA 2ZNSA 3OEKA 3TKDA 4LP2B 3KBRA 2XXTA 2PBWA 1US5A 3PUYE 3CFLA 3T9VA 4F31B 1VE4A 2NXOA 3K01A 1SBPA 1FCKA 1Q35A 4YAHX 4GRKA 3B6WA 3HV1A 3UA8A 4X1DA 1BIYA 2REJA 4KFQA 4F3BA 2THIA 3RNNA 2OWSA 3TTKA 1B3HA 4NF4A 3PU5A 1IXGA 4JBZA 1N0TA 4XXUA 5AA4A 5CMMA 1D9VA 1B3GA 3TTRA 3V89B 4QFNA 1BP5A 4BLAA 2HZKA 3EQ1A 3IOWA 4EF2A 3KN7A 3QAXA 3MP6A 3H7MA 4YZZA 3T96B 4P0IA 1PB7A 1P1QA 1N3XA 4KCDA 1A40A 4R9GA 4YICA 4WEDA 5ITOA 4OESA 3WAFA 4OEUA 3H6VA 5I57A 1ZMGA 3RT8A 5I58A 1VFEA 3MP8A 3ILUB 3CVGA 1IIWA 1ZKBA 5CRYA 3CFXA 2QS4A 2F34A 4I62A 1MPDA 5KCJB 4LZ8A 2Y7PA 5CBRA 3VVFA 1DOTA 1MS7A 2NUVA 3MPLA 4N13A 1FTMA 4RNSA 1H44A 3FATA 3D4GA 4LQ2A 1AH5A 1JETA 5AE4A 1MM6A 2XX7A 1OVBA 3O6GA 2PMSA 3O66A 2F7BA 3U1OA 1B7ZA 4Q30B 1AOVA 4BDLA 4LONB 3KN8A 3K2DA 2RC9A 3E13X 4NWDA 5TP9B 5L8DA 1MQDA 3LC8A 4C0RA 1MY4A 4K3FA 4I8CA 1PB9A 1TFDA 1Q1KA 3O28A 4R73A 3UP9A 3C35A 5L9SA 2QS2A 3LR1A 4GFRA 4JXIA 2CMOA 2I6EA 4U2RA 5FHNA 1MY3A 5H8QA 5B7DA 3SEUA 4HCWA 2XXWA 3FASA 4FORA 2XX9A 1B6HA 4RA1A 2I49A 2E1SA 3EHUA 2R6GE 5H8HA 5CM6A 2VD3A 5J1DA 3FUZA 3PD8A 1B7HA 4QFOA 1USYE 5K2YA 3R7XA 2LAOA 2P0SA 3TTMA 3LSLA 1GV8A 4G68C 3S9MC 1GVCA 4OENA 2DQVA 1FQFA 3RQTA 5CBSA 2FNCA 4GWOA 2RC7A 5JTYB 1OLAA 2UYFA 2ONKE 1A8EA 3U94A 1EH3A 3FD3A 3FJMA 1I6BA 2DVZA 3FJ7A 2ZYMA 4R6KA 4FEDA 2HAVA 2OZZA 2QMXA 1LBBA 1LGBC 5HBCA 3OO8A 5HM4B 1MM7A 3RT6B 4LATA 4RXLA 1NKXA 2V93A 3S2VA 1IITA 3G3HA 3QYTA 4YB6A 4FJPA 1YCJA 4PFTA 3UIFA 5KZTA 5TU0A 2D5WA 2Z22A 1VR5A 2KLFA 3W9VA 3CG1A 1HSLA 1TWYA 4YU0A 4MLQA 3OXNA 4X1BA 1P1WA 1LCTA 3IOUA 4GXAA 3EHSA 2YLNA 1URSA 3H06B 1B9JA 4QRZA 4ELQA 5AA4B 1QULA 2I48A 4ZS9A 3O29A 3TCHA 1WODA 4H65A 4LVQA 4AB5A 3EHTA 3G3GA 4QHQA 3VLUA 4OZ9A 3SDFA 3FV1A 2DE3A 1ZBMA 1MY1A 2V25A 5CMCA 4M4GA 1MY2A 1JEUA 3RGYA 1A55A 4OHNA 4JSOA 1R1NA 4Z7EA 5EHMA 2D3IA 3HSTA 5I57B 4PFUA 1LAFE 1M5CA 1UIUA 2F6GA 4LQ5A 3ZKKA 2GHBA 3U72A 2Y7IA 1MDQA 3BKIB 4NEDA 2X7PA 3K1NA 3KSXA 4GL0A 2UYEA 4QFPA 2REGA 3H03A 1B3LA 4H67A 2PX1A 1MXUA 3GXAA 2F6PA 2Q8JA 3IJXB 3KN3A 4OQOA 5AA2D 1URDA 4ZE9A 4G4PA 4XKNA 5KDTA 3UK4A 4KQPA 2PYYA 2XD2A 3KZGA 4X48A 3VLWA 1EZ9A 1QUKA 3CSGA 4OMBA 1S7YA 4ZEFA 3V5AA 2Z8DA 1NFTA 2QSXA 4MBPA 3MZ9A 4QSCA 1Y3QA 3TQWA 1P99A 2DXYA 4OETA 1B58A 2GHAA 3GBAA 4EUOA 1B52A 2QL3A 4F19A 5H8NA 3O97A 3PMWA 1A54A 1SYHA 4IO5A 5I59A 4OXVA 4RYAA 2BJJX 2DXRA 4I1DA 3OO6A 2DVCA 3K6XA 1MRPA 4NF8A 4GVOA 3TELA 1H45A 4M1VA 1Y4TA 1B3FA 2GFEA 2PT2A 3N94A 3IL1B 3C34A 2DE2A 5ICTA 5H8FA 4BDMA 2Q88A 1MXVA 4QFLA 3FVKA 2ZYNA 3KJTA 1IZ1A 2AL4A 1IEJA 4AQ4A 4ZEDA 4GOTA 3PUXE 2OCUA 4IGRA 4O3BA 4O3CA 4EF1A 5BUUA 3TFLA 1NH7A 4PQJA 4DE8A 3T93B 4U4XA 2I0CA 2QMWA 3FVGA 3LSWA 2RC8A 4BDOA 4OTEA 1ZIUA 4C1UA 4F3SA 2F35A 1M5BA 3K6UA 4MH5A 1B3EA 4OFOA 4ECFA 1B46A 4KYSA 1IUDA 3GBBA 3OOAA 4GLIA 1H43A 3OEMA 4BDNA 4YB7A 4OERA 4PFYA 1TXFA 4F1UA 3MWBA 1QJMA 3PD9A 2I0BA 2UVGA 4JB7A 2ABHA 3IORA 3PMXA 3G3FA 3V8XB 5IKBA 1MXZA 2OLBA 4U1ZA 4O3AA 3LSXA 4LZ5A 2ALUA 3O2AA 4GF8A 1NNKA 1OQHA 3K6VA 1MDP1 3MUQA 2F8DA 3KOSA 2I3WA 2FA7A 3LUYA 2NVUB 1QUJA 1OIBA 1VFDA 4YKKA 5I84A 4U1OA 2E0SA 4IO6A 5AA1A 3VLVA 3OSQA 1A99A 1SW4A 3S4UA 1PDAA 2QJEA 1UTBB 1DPPA 2QRYA 5FHOA 1FTLA 2WKYA 1B40A 4ELRA 1CB6A 2F5XA 3PUZE 3Q26A 1XT8A 5M2VA 3TTLA 3QIMA 3C36A 3MW0A 3OD7A 4XIGQ 3CG3A 1N3WA 2PVUA 1QKAA 4OFJA 4ND9A 3N5LA 4JSDA 2Y7KA 4OVJA 1F9BA 4YB5A 2OK2A 3FGSA 3DM0A 3JV9A 3SEYA 2B3FA 2DE4A 1MXYA 1Z7NE 2QPQA 5KDTB 1B5JA 4F1YA 3SEXA 4G8HA 2F7CA 2HZLA 3ECRA 1N7XA 4OEVA 1B51A 5DEXA 1N84A 4H8JA 2ZNUA 3MP1A 1LSTA 4IO3A 1ZJLA 1O7TA 5L9OA 2XD3A 1QKBA 5EYFA 3KG2A 1XVXA 1J1NA 2HXWA 4GL8A 1MPCA 3FXQA 1Y1ZA 2OBGA 1S9TA 1Y3NA 3PMVA 3JZJA 5H8NB 4R72A 4JWXA 3W9WA 2F7AA 2GRVA 1B7UA 5I59B 3T9UA 4EXLA 2O51A 1FQEA 2O68A 1Y3PA 2PT1A 3CSBA 3TODA 4POXA 3CI8A 5FTHA 3O6IA 4NF8B 1POTA 3MVYA 4HW8A 1MPBA 4ZEBA 2XXQA 3VVEA 1MXWA 2H4IA 1NNFA 1SVXB 2XXVA 1LAHE 3A09A 4H1XA 1MH3A 5H8FB 1EZPA 3MZBA 3ODBA 1B32A 4FAJA 3HO7A 4IY5A 2NOOA 3THIA 4AB6A 3G3JA 4KR5A 3OO9A 2F78A 1FTJA 2W7YA 3PUVE 3KEIA 2Y84A 3QUFA 2O69A 1FTKA 3IX1A 4KCCA 3DP4A 2F36A 2V3UA 3E3KA 3JYRA 3DP6A 3IOVA 1LCFA 1US4A 1DTGA 4UACA 1PC3A 2ESNA 5CMBA 4EXKA 4YMAA 1MQJA 4PFWA 4WXJA 1LAXA 3CIJA 3O6HA 4TLLB 3D4CA 3GZGA 3MVXA 1SW5A 4DIGA 3C9HA 1A8FA 3M3KA 4F1VA 1PBQA 1RYXA 5FHMA 2AYSA 4IO2A 3Q27A 4NF5B 4MLVA 5B70A 3HCQA 1N7WA 3I6VA 3IJOB 3I5OA 3AXFA 3FXUA 1TFAA 3TQLA 5L9MA 1POY1 1DPEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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