1SDXA

Crystal structure of the zinc saturated c-terminal half of bovine lactoferrin at 2.0 a resolution reveals two additional zinc binding sites
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the zinc-saturated C-terminal lobe of bovine lactoferrin at 2.0 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Transport protein
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1sdxA02
1MY4A 1S50A 1ZLQA 1JVXA 4ELOA 1LGBC 2I4CA 1B9JA 5B7DA 2DWHA 1DPPA 2M8CA 4JSOA 2Z23A 2QS4A 1AOVA 2F8DA 4KD5A 3IK6B 1SBPA 4DIGA 2XXVA 1URSA 1NNFA 2RC8A 5H8FA 4GLIA 1B6HA 3MBPA 2V3QA 1B58A 1GV8A 2ZNTA 1B40A 3G3HA 1P1UA 1MS7A 4E0WA 1B4HA 1M5EA 3OXNA 4YB5A 1N3XA 2F36A 4XXUA 4NF8A 1R9LA 3RGYA 2XXYA 2F6PA 1XOCA 4JDFA 4YKPA 4KCDA 3B7DA 5DEXB 4YB7A 3TKDA 3K6UA 3V8XB 1B5HA 4Q5TA 3IB1A 2UVIA 3PUZE 2DP8A 4MFIA 3USDA 3ILUB 3TAJA 3MZ1A 4HS7A 3F11A 3RPWA 3S2VA 5EHSA 3PPQA 3MUQA 1I69A 4Q30B 3LR1A 1HSEA 1LSTA 2D21A 3ONMA 1P1WA 3K1PA 3FJGA 1MRPA 2I6EA 2BJJX 5H8HA 3U94A 2R9JA 4JSDA 1UIVA 3SEVA 4NMYA 1URDA 4YU0A 4G68C 3SEXA 1EH3A 3S9MC 3C32A 1Y4CA 1Y4TA 5I84A 1POY1 2QS3A 1GR2A 3KG2A 4OESA 2GHBA 5J1DA 4JB7A 2H9BA 1OMPA 5K2XA 3E9XA 1PB9A 4X1BA 3QUFA 2H98A 3RT6B 3LUYA 3S9LC 4AQ4A 2FA7A 3IB2A 3FIRA 2DWAA 3FATA 2OZZA 1B2HA 3FJMA 4H1XA 3HCQA 3TQLA 3JV9A 1PB8A 1Y3PA 2HQ0A 2X26A 3K6VA 4THIA 3OO9A 3CFZA 4LQ2A 5I2NB 1DTGA 1VE4A 1B05A 2O1LA 2Q89A 3O9PA 1PB7A 2O84X 3MAMA 1BP5A 3AXFA 3BFUA 2H25A 1NNKA 1B0LA 4C1UA 1SW4A 1RKMA 1B46A 4MF3A 4OFJA 1UQWA 1B1HA 2Z8DA 2YPNA 2I0BA 1JW1A 1MXWA 3C31A 2O69A 5ISUA 2Q2AA 2OJTA 1I6BA 1B7UA 1ZKBA 3K00A 3EPEA 2I49A 3V5AA 1IEJA 5K2YA 1B0HA 1AMFA 1MQJA 4F3SA 3O6GA 5I56A 5CBSA 3TZAA 2Q9TA 4FECA 2DE3A 3RQTA 4O3BA 1N7XA 2NUVA 2PT1A 1B4ZA 3OO7A 4ZEFA 3IOUA 3TFLA 3PMWA 4GXSB 4XKRA 4I8CA 4QFKA 4ND9A 3PMXA 2ZXTA 2RINA 2XX9A 2F34A 3CG3A 1XVXA 3DP4A 1BKAA 1P1OA 3KBRA 1MXXA 4XKPA 5TP9B 3G3KA 1FTJA 3KZGA 5KZTA 2V3TA 3UP9A 5AA4B 1QUIA 4KFQA 1ZIUA 4NF4A 1ANFA 3D4CA 5HBCA 5IKBA 2IA4A 3TTNA 1Y1MA 4YMBA 4OEUA 1LFHA 4NF5A 1B3LA 4H5GA 3B6QA 3C4MA 1LAXA 2R71A 3PGFA 3O97A 3K4UA 2PYYA 3QXMA 1P1QA 4KYSA 5H8NB 3THIA 3V83A 3UIFA 1M5CA 3HN0A 2ZMBA 4R6KA 2PVUA 2F78A 4U2RA 2I48A 4R2FA 1PEBA 4YICA 1MY3A 4G8HA 3O2AA 1A7LA 4UACA 2Z22A 4H8IA 3U93A 1MXZA 4FJPA 3TCGA 4ZZEA 5L9SA 5TPAB 1A8FA 3TDJA 3L6GA 2E0SA 4QSCA 4FIMA 4G8NA 1FTKA 3CVGA 4U1OA 4F1VA 2VD3A 3O29A 4PFWA 3G3JA 2VOZA 2GH9A 1RYXA 2QL3A 3A3CA 4KPTA 1Z7NE 4F3PA 3SEYA 3UN6A 2ZNSA 2ONKE 3MZ9A 3EQ1A 3QK6A 4H6DA 4ZEBA 3O6HA 4C1TA 3O28A 5I2KA 2RCBA 3FJ7A 4LZ5A 3CFXA 1MXVA 2X7PA 1N76A 4K3FA 4FORA 2F5XA 2A5TA 4HTGA 1NNTA 2HEUA 5F1QA 1I6AA 3ZSFA 3PPOA 5A5XB 2PX1A 1S7YA 1N04A 2UVJA 1A54A 4JBZA 1B5JA 3MVXA 3MP1A 2Z8FA 1A8EA 1B5IA 5FHOA 3T9UA 3OELA 2E1SA 1Q35A 2QS1A 2D3IA 1BLFA 3ECRA 1YCJA 3Q25A 3IOTA 3VLVA 2QJEA 3FVOA 2HZKA 2GRVA 1YPNA 4FAJA 3K6XA 2OCUA 1Q1KA 1IUDA 3G3IA 1MDP1 3CI8A 1TFAA 4G77A 4YAHX 5EHMA 4KCCA 2ESNA 2ZYNA 3FXUA 2NXOA 4EF2A 1LB9A 1SYHA 5CMBA 4HCYA 4GRKA 4ONYA 1ZMGA 4TOZA 3SKPA 3TEPA 1D9VA 1B7ZA 3VE1B 2V84A 2V3UA 4Q0CA 3C35A 2W7YA 3CFLA 4IO6A 1Y20A 3IJXB 4KQPA 1QKBA 1NKXA 2QMWA 3TELA 4ZS9A 1LFGA 4PQJA 3DLNA 1GGGA 4PETA 5IAIA 1FTMA 5CBRA 5LOMA 5H8SA 2B3FA 3QIMA 1N7WA 1A55A 4JXIA 1IQ7A 3IX1A 4IGTA 4UA8A 5ICTA 4M1VA 4EUOA 2Y7KA 1F9BA 3U1OA 3SESA 2D5WA 4P11A 2XX8A 2F7BA 3T96B 4Z7EA 1NFTA 2Q88A 5BWJA 1M5FA 5I59A 4N13A 1TWYA 4R9FA 4R72A 3HHFA 4AB5A 4U21A 1A40A 3VDFA 2O6AA 4PFYA 3OSRA 1ELJA 3SERA 4G8MA 5CMKA 1ZJLA 4TLMB 1FQCA 3LC8A 4RY1A 1MG1A 4NWCA 4LA9A 4IB2A 4H0WA 1B3EA 1II5A 4OQOA 3KN3A 5ITOA 5CMCA 4NF6B 2CMOA 2OLBA 5ITPA 1GVCA 3OD7A 2H99A 3GZGA 3IO4A 3UK4A 4F19A 3U8QA 1DSNA 3FVNA 2F7AA 3N94A 1N3WA 3BFTA 3BBRA 2DQVA 2P1SA 2XXUA 3MZBA 5CI5A 4PFUA 1POTA 4OFLA 1MY1A 1SW2A 5DTBA 3T66A 1XVYA 2I3WA 1LCFA 5KCJB 4FATA 3R26A 4PE5B 4EQ7A 1L5TA 3RTWB 1H43A 1HSLA 3O6IA 3IR1A 1GTKA 3GLBA 4P0GA 3OO8A 1MM7A 4QSDA 2Y7IA 5JTYA 1LBCA 2ALUA 1B7HA 4LONB 3SDFA 3LSFB 3TCFA 3K6WA 3OMBA 1H44A 4QFNA 3VV5A 3UA8A 5DVJA 3MVYA 1VFDA 4LATA 1UTHA 4F18A 4F2OA 1VSOA 2UXAA 3D4GA 5AA2B 4OTEA 3UORA 3FD3A 3MPLA 1Y3QA 3IO6A 2X7QA 4G68B 2XXTA 4XKQA 1D9YA 3T9XB 4TQUQ 1PDAA 4LP2B 4IO5A 4NE4A 1SYIA 1Y9UA 1H76A 2XHDA 1H3DA 4ZE9A 4OZ9A 4AB6A 3T9HB 1VR5A 1M5BA 2A5SA 4YKIA 1XHYA 4JWYA 2P2AA 2DE2A 4IGRA 1H45A 3VLUA 1FQEA 3HO7A 4GFRA 1NMUA 3FUZA 1J1NA 4DCXA 1Z7ME 2ANJA 1SQYA 3FV2A 3IL1B 4EDPA 3LBSA 4GOTA 4TLLB 2OBGA 2P0SA 3VLWA 4IO7A 3PD8A 2DSFA 1URGA 4F3BA 5I2NA 2I4BA 1SD3A 3PPRA 3K1MA 4RJZA 1SW5A 2O7IA 3H03A 5I57B 3KFMA 2IEEA 5ICQA 4X9TA 4U22A 2YLNA 4ESWA 3PD9A 3C33A 1QJMA 4QSEA 4U4SA 2DWIA 1SDXA 1WDNA 3FGSA 2ZYMA 3ZS6A 3MQ9A 1VFEA 2DVZA 1TXFA 1B3HA 2KLFA 4LZ8A 1PC3A 4R2BA 4KR5A 3C9HA 4ZE8A 4OEVA 4QHQA 2REGA 3JZJA 4DDDA 2HZLA 5KDTB 3MVWA 3RUMA 3M8UA 1UTBB 2RC9A 3RNNA 3SEUA 3MVZA 5AA3A 1B3FA 1QKAA 4MBPA 4BDRA 4ESXA 2UVGA 5DVIA 3SEWA 4BDQA 3TQWA 4BLAA 1NL5A 2B65A 4I1DA 3QAXA 3DELB 5ELVA 5H8QB 3CSBA 1ZBMA 3E4RA 2AIXA 2I0CA 1IIWA 4G4PA 4Q8RA 3I3VA 1B52A 3H6VA 2ONSA 3O66A 1JEUA 5TP9A 2NVUB 4IY5A 3VXBA 4H67A 5AA4A 2QSXA 3T22A 3EN3A 4YB6A 2XXWA 4ELRA 2UYEA 4ZEKA 1MXYA 2V25A 3QYTA 1MPCA 2XXIA 2QRYA 3DP6A 3FASA 3K1NA 3FVKA 4F31B 4R73A 5H8NA 3MWBA 4H5FA 5TU0A 4I9DA 2ABHA 1R1NA 2XX7A 4H8JA 3MC2A 4PP0A 2AL4A 3ZKLA 2VD2A 1DPEA 2FYIA 1EU8A 4KI0E 5FHMA 4ZEDA 2PBWA 3E3KA 2XD3A 1MQGA 3W15C 4KHZE 4OMBA 3UGWA 4GIZA 2O68A 4BDNA 5F7VA 3P7IA 1FQAA 5I58B 3H6UA 2RCAA 1OLCA 1T0KA 2OWSA 5CMMA 1MPDA 5FHNA 1NH8A 1XC1A 4ZECA 3GXAA 4KYEA 1FQFA 4N07A 4BDOA 1MXUA 2VP1A 3M3LA 4RK2A 1BTJA 4LZ7A 5FTIA 2XXPA 2DYXA 3C34A 1I6QA 4MLVA 1QUKA 2YJPA 4LVQA 2I58A 1CB6A 2Y7RA 2ZYKA 3DP8A 4DCYA 1AH5A 4NWDA 1JQFA 3HPIA 1IITA 4I62A 3W9VA 1MH4A 5M2VA 3VXCA 5L8DA 3ZKKA 4NEDA 5H8FB 5AE4A 2V93A 1D4NA 3JYRA 2ZNUA 1HSJA 3OSQA 1DTZA 4YKKA 3QSLA 1MY0A 2LAOA 2XXXA 3N6UA 1RYOA 1XT8A 2O1MA 1LLSA 2REJA 4NF8B 4HCWA 3IJOB 3KSJA 1LCTA 1MQIA 3A3UA 3RLFE 3MP8A 4HW8A 1OVBA 3PV0E 3OO6A 3PMVA 5HPQA 3OEKA 5HM4B 3PU5A 4OXVA 3I5OA 4F2QA 2XXHA 1FTLA 1TFDA 2DVCA 2AL5A 2DOJA 2VGQA 1P99A 1XS5A 2H4IA 4JWXA 3T93B 5CRYA 4YZZA 1WVJA 1QULA 1B3GA 4XKNA 4WXJA 2ONRA 4EQBA 3K0VA 4F3GA 5H8HB 4R74A 1QW0A 4WEDA 5L9MA 3RN8A 3MP6A 4R6YA 1OLAA 3IORA 3CG1A 1LFIA 4F29A 2FNCA 2NOOA 2H5YA 2HAUA 4OHNA 3Q28A 1R6ZA 3CIJA 2VHAA 2F35A 4NTLA 4P0IA 4U23A 5AA1A 1A99A 3WAFA 4RXLA 3KJTA 1QUJA 3S9EA 4FEBA 5CC2A 2O7UA 3GBBA 1USYH 2Y84A 3Q29A 4G2ZA 4Z0IA 1AIVA 4GVOA 1SI0A 5JTYB 3H6TA 1AL3A 1MQHA 3FVGA 4FEDA 4GXAA 1MH3A 3PUYE 1WODA 5CM6A 4OENA 1B51A 3LSWA 1LB8A 4ZDMA 3FZVA 3TTMA 3M3KA 2RKMA 4F39A 3LSLA 3GBAA 3CR9A 3TTRA 4IO3A 1UTHB 4GD5A 2QPQA 2DXRA 1EZPA 4C0RA 4RPOA 3V89B 3K01A 1P1NA 1JEVA 1TT1A 4EQ9A 1KWHA 3RT8A 1M5DA 3E13X 3KOSA 2F6GA 5DEXA 2B3BA 3PPNA 2DXYA 4MH5A 1JW5A 1LBBA 2THIA 4E0XA 2Y7PA 2ZYOA 4FE8A 4RNSA 3U72A 3K2DA 1JNFA 3KSXA 3EHSA 4NF6A 3G7WA 1IXIA 1LAFE 3H6WA 3MPKA 1N84A 1NNPA 4R75A 3QUJA 3HHGA 3M3FA 3PPPA 1EZOA 4RPNA 4O3AA 4XTCQ 3Q26A 5I56B 3H06B 2PMSA 1DMBA 1JETA 3IOVA 3OOAA 2Q8JA 1OVTA 3KEIA 4EXLA 4OERA 4ELPA 3KJ7A 2Z8EA 5KCJA 4RYAA 3U92A 4X48A 5JK4A 4GL0A 3EHUA 5EYFA 3OEMA 3TYHA 1MPBA 2HAVA 3TPAA 3FXQA 1OQHA 3T9VA 3H3GA 1US4A 1PBPA 4NF4B 2QS2A 2XXQA 2Q2CA 4ELQA 4N6PA 5B70A 4NF5B 5DYHA 4KYDA 1PBQA 4OWDA 3TODA 2F7CA 2Y7WA 1ZTYA 3IOWA 4RA1A 3WAEA 3VVDA 5AA2A 4QF9A 3Q27A 4O3CA 1MQDA 3C36A 4G68A 1IXCA 1MDQA 5L9OA 1JW4A 4POXA 3CSGA 4LQ5A 3S9NC 1US5A 1DOTA 3EHTA 2HFBA 3PUVE 2DWJA 3CRBA 3FV1A 3LSXA 3TUSA 4RK9A 3PUXE 1IXGA 4DE8A 5DT6A 3W9WA 2G29A 2OK2A 2WKYA 4OVJA 1ATGA 1JVYA 4BDLA 3N5LA 5BUUA 2F97A 4ECFA 4QFPA 4WKMA 3BKIB 4L17A 2XXRA 3ODBA 4GF8A 3SETA 4OETA 4GWOA 5I2KB 2RF1A 2O51A 5I57A 4DLDA 2PT2A 3MJNA 1S9TA 1N0TA 2I3VA 2HCAA 3L6HA 3VVEA 1B1XA 2NWJA 1OQGA 2A5TB 1Y3NA 3KN8A 5JEIA 3DM0A 4U4XA 3TTLA 1FW0A 1CE2A 4GQOA 4XIGQ 2RC7A 4BDMA 3PUWE 4POWA 3RY3A 1Y1ZA 2G93A 4F22A 2UVHA 3A09A 1O64A 3R7XA 2GFEA 3TTKA 4JWOA 5KDTA 4DXUA 4EF1A 4H65A 1UTBA 1LAGE 3OENA 1QVSA 3K02A 1MM6A 1O63A 2DS9A 2DE4A 5AA2D 3ILTB 1YAEA 3RTFB 4IO4A 4ZEIA 4F1YA 1EZ9A 1MY2A 3EF7A 4ISUA 1B32A 3G3FA 4IO2A 5H8QA 3N26A 4MLQA 3VFJA 1SVXB 3S4UA 1FCKA 1LAHE 5TPAA 5DVFA 1FTOA 1YTVA 3TCHA 4IY6A 3IB0A 1IZ1A 3TMGA 1ZU0A 4X1DA 3R6UA 3B6WA 3H4ZA 4R6HA 3IAZA 4WEPA 4YMAA 3HSTA 1OIBA 1USYE 3G3GA 1R9QA 2HXWA 4QRZA 2CZLA 1FQDA 3I6VA 1UIUA 4OFOA 3HV1A 4DXCA 3KOTA 4U1ZA 4EXKA 3H7MA 1IXHA 1SI1A 3N6TA 3VVFA 5FTHA 2UYFA 4YKJA 2OWTA 4DXBA 1SW1A 3FXRA 1BIYA 1O7TA 5A5XA 5I59B 2GHAA 2AYSA 4R9GA 2R6GE 4OYVA 4PFTA 4DZ1A 4M4GA 1D3KA 4LUBA 4QFLA 4QFOA 4F1UA 4ZZAA 2XD2A 2QMXA 3B6TA 3KGCA 1NH7A 5I58A 3MW0A 3KN7A 4GL8A 1FQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MY4A 1S50A 1ZLQA 1JVXA 2WBDA 4ELOA 1LGBC 1LBZA 2I4CA 1B9JA 5B7DA 2DWHA 1DPPA 2M8CA 4JSOA 2Z23A 2QS4A 1K9YA 4IR8A 1AOVA 2F8DA 4P56A 4KD5A 4PFBA 3IK6B 1SBPA 4DIGA 2XXVA 1URSA 1NNFA 2RC8A 5H8FA 4GLIA 4NGUA 2WYPA 1B6HA 3MBPA 2V3QA 1B58A 4O7IA 1GV8A 2ZNTA 1B40A 3G3HA 1P1UA 1MS7A 1IMAA 1B4HA 4E0WA 1M5EA 3OXNA 4YB5A 1N3XA 2F36A 4XXUA 4NF8A 1R9LA 2XXKA 3RGYA 2XXYA 2F6PA 1FPKA 1XOCA 4JDFA 4YKPA 4KCDA 3B7DA 5I7IA 5DEXB 4YB7A 4JVIA 1YXIA 3TKDA 3K6UA 3V8XB 1B5HA 4Q5TA 1INPA 3IB1A 2UVIA 2P3NA 3PUZE 2DP8A 4MFIA 3USDA 3ILUB 3TAJA 3MZ1A 4HS7A 3F11A 3RPWA 3S2VA 5EHSA 3PPQA 3MUQA 1I69A 4Q30B 3HFUA 3LR1A 4MEVA 4GX4A 1HSEA 1LSTA 2D21A 3ONMA 1P1WA 3K1PA 2FBPA 3FJGA 1MRPA 2I6EA 2BJJX 5H8HA 3U94A 2R9JA 4MNIA 4JSDA 1UIVA 3SEVA 4NMYA 1URDA 4YU0A 4G68C 2Q74A 3SEXA 1EH3A 1LBWA 3S9MC 4HE0A 3C32A 2BJIA 1Y4CA 1Y4TA 5I84A 1POY1 4NAPA 2QS3A 1GR2A 3KG2A 4OESA 2GHBA 5J1DA 4JB7A 1FJ6A 2H9BA 5IM2A 1OMPA 5K2XA 3E9XA 1PB9A 4X1BA 3QUFA 2H98A 3RT6B 3LUYA 3S9LC 4AQ4A 2FA7A 3IB2A 3FIRA 1FPDA 2DWAA 3FATA 2OZZA 1B2HA 3FJMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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