1XS5A

The crystal structure of lipoprotein tp32 from treponema pallidum
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
240
structure length
240
Chain Sequence
KDETVGVGVLSEPHARLLEIAKEEVKKQHIELRIVEFTNYVALNEAVMRGDILMNFFQHVPHMQQFNQEHNGDLVSVGNVHVEPLALYSRTYRHVSDFPAGAVIAIPNDSSNEARALRLLEAAGFIRMRAGSGLFATVEDVQQNVRNVVLQEVESALLPRVFDQVDGAVINGNYAIMAGLSARRDGLAVEPDASAYANVLVVKRGNEADARVQAVLRALCGGRVRTYLKERYKGGEVAPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Membrane lipoprotein TpN32
publication title Structural evidence that the 32-kilodalton lipoprotein (Tp32) of Treponema pallidum is an L-methionine-binding protein
pubmed doi rcsb
source organism Treponema pallidum
total genus 82
structure length 240
sequence length 240
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xs5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1xs5A02
5FHOA 1R9LA 1M5FA 4KQPA 1NH7A 3VLWA 4G68A 5FTIA 2UYEA 5I84A 2ZNTA 2V3UA 5L9OA 2ZNSA 4DE8A 4HTGA 1OLCA 4PQJA 2YPNA 2ABHA 1LAFE 2VD3A 5FHMA 3S9MC 3CI8A 1IIWA 3C31A 4OENA 1MDP1 4OWDA 3KJ7A 4NF5B 1NKXA 3N94A 1TFAA 2O6AA 4PETA 1A55A 2OZZA 4DLDA 4LATA 1H45A 3U1OA 2XD2A 4YAHX 1XHYA 5CMKA 1PEBA 1POTA 3IAZA 3KSXA 5H8SA 5CRYA 1F9BA 4POXA 3ZS6A 3E13X 2E1SA 1MXUA 3KEIA 4LZ8A 5I59B 1XVYA 2D21A 1MY2A 2VHAA 2ZYOA 1FW0A 1MY1A 3I5OA 3R26A 4MF3A 5ISUA 3TTLA 3T93B 3V89B 1Q1KA 3IX1A 3L6HA 1OQGA 1N76A 4NE4A 2DWHA 3GLBA 3I6VA 3K6WA 2X7PA 4PFUA 4RXLA 1BIYA 2XXTA 2ZNUA 3TODA 4H5FA 3A3CA 1Q35A 3ONMA 5AA4A 1B58A 2P2AA 3MP1A 5CMBA 1JVYA 1SI0A 4YKJA 4IO3A 4Q0CA 3MZBA 4RK2A 3HCQA 1R1NA 4DIGA 1O7TA 4IO5A 3B6WA 1JETA 1B4ZA 3K1MA 1FQCA 3EQ1A 2VGQA 4R9GA 4JSOA 3ZKKA 2VOZA 4F39A 1LLSA 1H44A 1ELJA 3T9UA 2I3WA 1NNTA 4PE5B 2AL5A 2R71A 2WKYA 2F35A 5KCJB 1P1QA 3TAJA 5DT6A 2LAOA 1MY3A 3CVGA 5L9SA 4KYSA 4G68B 3I3VA 1BP5A 1JQFA 3T9HB 5IAIA 3FV2A 4Q5TA 1TWYA 5AA3A 4KFQA 4C1UA 2H9BA 3TQLA 3FJMA 2ZMBA 3K02A 3FUZA 1NNFA 4KYEA 1LB9A 1AIVA 1VR5A 4DDDA 2HQ0A 1EZOA 5ELVA 3IR1A 4ESWA 4TLMB 3DP8A 1FCKA 5DEXB 4R6KA 1DMBA 4HW8A 1B3HA 4ONYA 3LSLA 3DP6A 3OXNA 4U2RA 4F1UA 4OXVA 4ZEBA 3UA8A 2DVCA 1ZU0A 4UACA 3E3KA 1M5CA 5H8FA 3KN3A 1BKAA 4FIMA 2RCBA 2UVGA 3O6GA 4G77A 2RC7A 1JNFA 2E0SA 2NWJA 3R7XA 3KFMA 3N6UA 1IZ1A 3QXMA 1HSJA 3U93A 4XKRA 4EF1A 3R6UA 3G3GA 1NH8A 1RKMA 4F3BA 3BBRA 4C0RA 4BDNA 3TQWA 2UYFA 3KG2A 4Q30B 5JEIA 1ANFA 3SERA 1JVXA 4LZ7A 3LR1A 1M5DA 4GXAA 2I6EA 1NMUA 1MH4A 5L9MA 1ZMGA 5AA4B 1B6HA 4F1VA 4YKIA 5DYHA 1FTKA 4XKPA 4FAJA 4O3AA 3O28A 1UTBB 2Z8DA 2F97A 4P0GA 4IO7A 4F2OA 3H6TA 4RY1A 2XXYA 4U1ZA 3P7IA 4U23A 3RGYA 2OBGA 3DELB 3TZAA 3T9XB 2ONSA 1DTGA 1WVJA 3Q27A 3TYHA 1N7XA 1URDA 3HN0A 4LQ5A 5I58B 4ELPA 1GTKA 3GBBA 2CZLA 4MFIA 1Y3PA 2PX1A 4R73A 3O97A 2GHBA 4OFLA 4H8JA 4EQBA 1URSA 1ZIUA 1POY1 1AH5A 3M3KA 1MPCA 1S7YA 1FTOA 4RA1A 1UQWA 2HCAA 4OHNA 4ZS9A 1ZTYA 5CM6A 1SI1A 1Y3NA 3GBAA 1I6BA 1S9TA 5H8QB 3FASA 3V5AA 4F29A 5ITPA 3MVWA 4X1BA 3FATA 3D4GA 3USDA 4QSDA 4XTCQ 5AA2B 4MLVA 4QFPA 5F7VA 3V8XB 4IGTA 3OO9A 3K6UA 3IL1B 5H8FB 2RCAA 1MXZA 4IB2A 3RTFB 3KJTA 1IQ7A 4H67A 3OMBA 4GF8A 1TXFA 3Q29A 2B3FA 4FORA 4ECFA 3ZSFA 4K3FA 4NEDA 1EZPA 1DTZA 2XXVA 2DSFA 4Q8RA 1LFHA 3WAFA 2F5XA 4U4SA 4YKPA 4QFLA 2I49A 3CRBA 3QAXA 1B3FA 3QYTA 1PC3A 1LBBA 1T0KA 1OLAA 3EN3A 3SETA 4R6YA 3EPEA 4R9FA 2XXWA 3OO8A 3K0VA 3LBSA 4U22A 4BDQA 4LONB 2B3BA 1A99A 2XXXA 3UGWA 2DXRA 4QFOA 3FZVA 2UVJA 1D9VA 4IY6A 1B5HA 1GV8A 2A5SA 3MQ9A 3L6GA 1B40A 2Z8EA 1N0TA 1MRPA 2V25A 5ITOA 4LA9A 3HO7A 2I0CA 2H98A 2AYSA 5A5XA 2HAUA 2NOOA 3AXFA 1N04A 3WAEA 1QUKA 2KLFA 3MBPA 4KR5A 3MVXA 2Z23A 1XC1A 3KGCA 3K2DA 3ZKLA 4G4PA 4LP2B 5CC2A 4NF4A 4ISUA 2UXAA 1P1WA 1LBCA 3FXUA 1MG1A 3EHUA 4MLQA 3OO7A 3VVEA 4ZECA 2GH9A 3PPNA 3KN8A 4GOTA 1B4HA 2FA7A 1Y3QA 1KWHA 1VE4A 4GRKA 1B46A 4KHZE 4TQUQ 1P1OA 3OEKA 4GXSB 2D5WA 3FD3A 1MQIA 2G93A 3EHSA 3KSJA 2QMXA 3V83A 2QSXA 3IOTA 3KN7A 4PFYA 5CBRA 3CFZA 1DOTA 4XKQA 3DM0A 3T22A 2HZKA 1N84A 4OVJA 4FATA 2OWTA 3H06B 5AE4A 1PBPA 1PB8A 1B9JA 3U72A 3ECRA 3PD8A 3BFUA 4YMBA 4YB5A 4N13A 2DWAA 5H8HA 5I2NB 2H5YA 1UIVA 3G7WA 1IEJA 3IO6A 3S4UA 2W7YA 4IY5A 1CE2A 3SEYA 2QJEA 4Z7EA 3QUJA 1PBQA 3SKPA 1NFTA 1AOVA 1EH3A 1XS5A 5TPAB 3RTWB 3U92A 2ONKE 3EHTA 4PP0A 3VXBA 2V84A 1L5TA 4RJZA 1NNKA 1LFIA 3THIA 3TFLA 3C4MA 2GFEA 2O69A 2ONRA 1P1UA 2REJA 1II5A 3S9NC 5F1QA 3UK4A 2QS4A 2RINA 2PT1A 1MQJA 4IO4A 3PPRA 2ZXTA 1H43A 3U8QA 3HHFA 3IB1A 1XOCA 1ZJLA 1USYH 2THIA 2QPQA 3RPWA 2ZYNA 3G3FA 1LFGA 5B70A 2RF1A 4PFWA 3VVFA 3PMVA 4WEPA 5J1DA 3IB0A 1J1NA 2AIXA 4YKKA 3UN6A 4H8IA 4F1YA 1UTHA 3RY3A 2O68A 4EQ7A 2Y7PA 1B52A 1OMPA 4AQ4A 4QRZA 1SW1A 1MS7A 1D4NA 1MXYA 2Y84A 3M3LA 5CBSA 1A8EA 3T96B 2RC9A 3FV1A 4QHQA 4G2ZA 3E4RA 4NF8A 2OCUA 4O3BA 5EYFA 4IO6A 4OEVA 1O64A 2DYXA 1B5IA 3TTNA 3S9EA 3RNNA 1I6AA 3MZ1A 3MW0A 2QS2A 3VXCA 4XIGQ 2DOJA 3JZJA 1I69A 5B7DA 5IKBA 1SBPA 4AB6A 3K6XA 4ZZEA 4YU0A 3PUXE 5I56A 4DCXA 2RC8A 3H6UA 3T66A 3K6VA 3UIFA 3H6VA 4P11A 3TPAA 1I6QA 1QKBA 1B32A 2O7UA 3IORA 3CFLA 5JK4A 1FTJA 5EHMA 4ZE8A 5H8HB 3FJ7A 4R2BA 4EF2A 1LCTA 4FEDA 2ZYKA 1WDNA 3U94A 4LZ5A 4KPTA 3PUVE 3VVDA 2DWIA 3TCHA 1SDXA 2YLNA 4GIZA 1M5EA 1FQBA 2I0BA 1RYOA 3JYRA 2A5TA 1RYXA 4JDFA 1US4A 1SVXB 2H25A 2F34A 2HEUA 2PYYA 1QULA 3G3JA 4NWDA 3S2VA 4GD5A 3K01A 2QL3A 1MH3A 3KBRA 3MP6A 2Q9TA 3D4CA 3LSXA 3RQTA 5I2KA 2YJPA 1B05A 4M4GA 1Y20A 4YZZA 1DPEA 3TEPA 3CG3A 2DWJA 2H4IA 1JEVA 1LAGE 2G29A 4H6DA 2XXPA 1UTHB 4E0XA 2M8CA 3MPKA 3RN8A 3OSQA 3FGSA 1A7LA 5DTBA 4FJPA 4ZZAA 4X1DA 1SQYA 2ANJA 2IA4A 4NF8B 1UIUA 4F19A 1VSOA 2IEEA 4HCYA 1Z7NE 3M8UA 4G68C 5LOMA 2Z22A 3HPIA 2R6GE 4OMBA 1IXCA 3TDJA 3TTKA 2Q89A 2I4BA 1IXHA 4L17A 1TT1A 3H7MA 4KYDA 4OETA 2REGA 4NF5A 1XT8A 2GRVA 4OEUA 3TKDA 1D3KA 3FIRA 5FHNA 1FQAA 4F18A 1PB9A 3LSWA 4DXCA 4X48A 4BDMA 2XXQA 1LSTA 4X9TA 4YB6A 4JB7A 3MJNA 2R9JA 3MZ9A 3SDFA 4F3GA 3VDFA 1D9YA 4LUBA 2H99A 4JWOA 3FJGA 3IK6B 2F6GA 1N3WA 3HSTA 3O9PA 2A5TB 2P0SA 2UVIA 2Y7RA 1B7ZA 1SW5A 4R72A 4QSCA 3MWBA 3O66A 1S50A 2DE3A 4QF9A 1VFDA 3IOUA 3F11A 1B3GA 2Y7IA 1LB8A 3QUFA 1B5JA 4ZEKA 1LGBC 3C35A 4I62A 1P1NA 4OYVA 5I2KB 3LSFB 3B7DA 3RUMA 4OFOA 1Y9UA 2O51A 5DVIA 3N5LA 1PB7A 3S9LC 2OLBA 1MY4A 5I57A 3SESA 1YCJA 5DVJA 1MPBA 3TMGA 3N6TA 3IJXB 5CMCA 2F78A 3CFXA 5KZTA 5H8NA 4H5GA 4ELQA 3RT6B 1R9QA 1GGGA 3JV9A 3K4UA 3GXAA 4YB7A 1LAXA 5KCJA 2ZYMA 3ILUB 1LCFA 2O1LA 1YAEA 1QVSA 3UORA 3PUZE 2Y7KA 4R74A 1B3LA 3KZGA 3H6WA 3PMWA 4KCCA 1QUJA 3ILTB 3OOAA 2I3VA 3PUYE 4YMAA 1B3EA 4JXIA 1YTVA 4OTEA 4FEBA 4F22A 4EDPA 1AL3A 1CB6A 3CSBA 2Q2CA 1ZLQA 3C36A 1GVCA 5DEXA 3MPLA 4EXKA 1Y4CA 4F3SA 2BJJX 4UA8A 4IO2A 1FTMA 4ZE9A 1N3XA 4BDRA 2PMSA 1OVBA 4NF6A 2V3QA 4I9DA 1SYIA 1MXVA 3IOVA 2O1MA 5TP9A 4EXLA 3Q25A 1QKAA 4NMYA 2NXOA 1B1XA 2O84X 2NUVA 2XXRA 1B7HA 5EHSA 2F7CA 1B51A 4OERA 3O6HA 3SEUA 1ATGA 1QJMA 3Q26A 2OJTA 3PPPA 3FXQA 3DLNA 2DP8A 4EUOA 4OQOA 3PMXA 3LUYA 3W9WA 4I8CA 3OEMA 5ICTA 1Y1MA 3TCGA 3G3IA 1JW1A 4NWCA 1OIBA 4ZEFA 3PU5A 3VLVA 2XX9A 2GHAA 1FQFA 4GWOA 2UVHA 4PFTA 2X7QA 3IJOB 1AMFA 4R75A 1NNPA 2XXIA 1SW2A 1DSNA 3FVNA 4POWA 1OQHA 4U21A 1R6ZA 1UTBA 2XD3A 3H4ZA 5A5XB 1MY0A 1FQDA 3N26A 2DS9A 1O63A 1B0LA 4H65A 5CI5A 4OFJA 2B65A 2ESNA 2OK2A 1TFDA 4FE8A 4RNSA 5I57B 1BTJA 2CMOA 2DE4A 3KOSA 5BUUA 3VLUA 4GLIA 3GZGA 1N7WA 5H8NB 4NF4B 1WODA 3QK6A 3MC2A 3A3UA 4MH5A 3CSGA 1B2HA 5DVFA 5I58A 4P0IA 3HV1A 4WEDA 1A40A 5KDTA 4KD5A 3OENA 2O7IA 2Q88A 5AA1A 2F7AA 2DXYA 4AB5A 2V3TA 5FTHA 1MM6A 1MXXA 2HAVA 4H0WA 3TTMA 1JW5A 1ZBMA 3C32A 2VP1A 3FVKA 5JTYA 3C9HA 3VE1B 2QS1A 3CIJA 3K1NA 4JBZA 1H3DA 5H8QA 3MUQA 4XXUA 2QMWA 1H76A 1A8FA 1Z7ME 2XXUA 4N07A 2XX7A 4DCYA 5BWJA 4WXJA 2ALUA 1HSLA 5AA2A 4GL0A 4NF6B 3TTRA 1P99A 1PDAA 1SYHA 4LQ2A 1MM7A 3VV5A 5TP9B 1VFEA 3EF7A 2PVUA 2FYIA 2XHDA 3PPOA 4C1TA 1MQGA 1YPNA 4ZEDA 2I4CA 3OSRA 2NVUB 4TLLB 4GFRA 4N6PA 1USYE 3LC8A 1HSEA 3BFTA 2DVZA 2Q8JA 3FXRA 3FVOA 2QS3A 4O3CA 5ICQA 1B1HA 3E9XA 2VD2A 2Y7WA 1B7UA 3W9VA 4ELOA 3W15C 2F6PA 3ODBA 1Y4TA 1EZ9A 1QUIA 5K2YA 3PUWE 3QSLA 2Q2AA 3CG1A 1IITA 2I58A 3PPQA 3MVYA 2HFBA 1JW4A 2FNCA 1URGA 2V93A 1QW0A 3UP9A 1IXGA 4DZ1A 5HBCA 3RT8A 3OELA 2HXWA 2XX8A 1Y1ZA 1M5BA 2OWSA 3MP8A 4RK9A 4GVOA 3O29A 4NTLA 3SEWA 4RPOA 4TOZA 3O2AA 3TELA 3MAMA 1ZKBA 3DP4A 4G8HA 1DPPA 3G3HA 4HCWA 4BLAA 1FQEA 1IUDA 3OD7A 2F36A 5KDTB 3IOWA 4G8MA 1IXIA 4QFKA 2HZLA 3IO4A 4HS7A 3HHGA 3FVGA 3TUSA 4ZEIA 4RPNA 4DXUA 4FECA 2QRYA 3T9VA 1A54A 5JTYB 2F7BA 4F3PA 4JWXA 1EU8A 4F31B 1FTLA 3OO6A 3B6TA 3IB2A 3QIMA 5CMMA 4BDOA 3TCFA 2DE2A 2DQVA 4OZ9A 4ZDMA 3M3FA 4QSEA 5HPQA 5I56B 3MVZA 5AA2D 4QFNA 1US5A 3KOTA 4M1VA 1LAHE 5L8DA 2X26A 1MXWA 3B6QA 4THIA 4I1DA 4G8NA 4KI0E 1SD3A 4MBPA 4Z0IA 3A09A 3PD9A 4R6HA 2F8DA 4JWYA 2P1SA 3BKIB 1XVXA 3CR9A 5I59A 4WKMA 1MQDA 4IGRA 3PGFA 5I2NA 4BDLA 2RKMA 3Q28A 3H03A 3H3GA 1JEUA 4E0WA 4EQ9A 1B0HA 2I48A 4KCDA 1SW4A 4LVQA 1MPDA 4XKNA 5TPAA 4F2QA 4YICA 2PT2A 3C34A 3RLFE 4RYAA 1OVTA 4OESA 2XXHA 3K00A 5HM4B 4H1XA 3VFJA 2AL4A 2D3IA 4GL8A 4ELRA 3O6IA 3C33A 4DXBA 4ND9A 1NL5A 1MDQA 5M2VA 3SEXA 4GQOA 1MQHA 3SEVA 5K2XA 5TU0A 2PBWA 4JSDA 4R2FA 3PV0E 2Z8FA 3G3KA 4U4XA 4ESXA 3K1PA 4U1OA 1GR2A 1BLFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FHOA 1R9LA 2FHYA 1M5FA 4MHFA 4KQPA 1NH7A 3VLWA 4G68A 5FTIA 2UYEA 5I84A 2ZNTA 2V3UA 5L9OA 2ZNSA 4DE8A 4HTGA 1OLCA 4P3LA 4PQJA 2YPNA 2ABHA 1LAFE 4PGPA 5ET5A 1K9YA 2VD3A 5FHMA 3S9MC 3CI8A 4NQ8A 1IIWA 3C31A 4OENA 1MDP1 2XWVA 2XWKA 4OWDA 3KJ7A 4MX6A 4NF5B 3E79A 3IFAA 1NKXA 4MCOA 3N94A 1TFAA 2O6AA 4PETA 1A55A 2OZZA 4DLDA 4LATA 1H45A 4NX1A 3U1OA 2XD2A 4YAHX 1FJ6A 1XHYA 5CMKA 3D1RA 1PEBA 1POTA 3IAZA 3KSXA 4I3YA 5H8SA 5CRYA 1F9BA 5J16A 4POXA 3ZS6A 3E13X 2E1SA 4PFRA 1MXUA 2FIEA 3KEIA 4LZ8A 5I59B 1XVYA 2VPOA 1EYKA 2D21A 1MY2A 2VHAA 2ZYOA 1FW0A 3KBZA 1MY1A 3I5OA 3R26A 4MF3A 5ISUA 3TTLA 2FIXA 3T93B 3V89B 1Q1KA 3IX1A 3L6HA 1OQGA 1N76A 4NE4A 2DWHA 3GLBA 3I6VA 3K6WA 1NUXA 2X7PA 4PFUA 4RXLA 1BIYA 1NUWA 2XXTA 1NUYA 5I7IA 2ZNUA 3TODA 4H5FA 3A3CA 1Q35A 3ONMA 5AA4A 1B58A 2P2AA 3MP1A 5CMBA 1JVYA 1SI0A 4YKJA 4IO3A 4Q0CA 3MZBA 4RK2A 3HCQA 4PFIA 1R1NA 4DIGA 4MIJA 4OVRA 1O7TA 4IO5A 3B6WA 1JETA 1B4ZA 3K1MA 1FQCA 3EQ1A 2VGQA 4R9GA 4JSOA 2HPGA 3ZKKA 3E78A 2VOZA 4F39A 1LLSA 1H44A 1ELJA 2ZZWA 3T9UA 2I3WA 1NNTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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