2G29A

Crystal structure of the periplasmic nitrate-binding protein nrta from synechocystis pcc 6803
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
NAPEVTTAKLGFIALTDAAPLIIAKEKGFYAKYGMPDVEVLKQASWGTTRDNLVLGSASGGIDGAHILTPMPYLITMGTVTDGKPTPMYILARLNVNGQGIQLGNNYKDLKVGTDAAPLKEAFAKVTDPKVAMTFPGGTHDMWIRYWLAAGGMEPGKDFSTIVVPPAQMVANVKVNAMESFCVGEPWPLQTVNQGVGYQALTTGQLWKDHPEKAFGMRADWVDQNPKAAKALLMAVMEAQQWCDQAENKEEMCQILSKREWFKVPFEDIIDRSKGIYNFGNGQETFEDQEIMQKYWVDNASYPYKSHDQWFLTENIRWGYLPASTDTKAIVDKVNREDLWREAAQALEVPADQIPSSPSRGIETFFDGITFDPENPQAYLDSLKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Nitrate transport protein nrtA
publication title Atomic structure of a nitrate-binding protein crucial for photosynthetic productivity
pubmed doi rcsb
source organism Synechocystis sp.
total genus 135
structure length 385
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g29A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g29A01
2DE2A 5IKBA 1ZJLA 1OVBA 1MQDA 1B1HA 4FATA 3S4UA 4U23A 4WEPA 3GBBA 4YAHX 1PEBA 2H98A 4R2BA 3CFLA 1KWHA 3G3KA 2XXTA 1D9YA 4QFOA 4O3CA 4OFOA 3FASA 3Q29A 4GXSB 1N04A 3S9MC 1YAEA 4U4XA 2Q2CA 4YKJA 2VHAA 1MM6A 3PMWA 1H43A 3KEIA 3O66A 4YB7A 3HHFA 1I6BA 3RNNA 1MY2A 3IORA 2DVZA 3TDJA 2F7CA 4OHNA 1MXUA 2O84X 3A09A 3PUWE 4R9GA 1IUDA 2QS1A 5CMKA 2I6EA 3ILTB 3ECRA 5KDTA 1FQFA 1B46A 2Q88A 2H25A 4ZE8A 4LZ5A 1QUIA 2XXQA 3TTMA 1IZ1A 2BJJX 1B51A 4RNSA 4EQ7A 1I6QA 2DWAA 5L9MA 1N3WA 1URSA 1HSJA 4BDOA 1USYE 1OQHA 2IA4A 3C36A 1QUJA 2F6PA 4H6DA 2OZZA 4OZ9A 4NF4B 3ZS6A 2RC8A 3H3GA 2XXUA 4MBPA 3TTNA 3OMBA 2CMOA 2HQ0A 3AXFA 1FTKA 5EYFA 2G93A 4KQPA 1JEVA 3MZ1A 4M4GA 4XKNA 3N6TA 1MDQA 3VVEA 4THIA 2YPNA 4KYDA 3A3CA 3OEKA 1FQAA 2R6GE 4IB2A 4QSCA 1EZPA 3N6UA 2XXIA 4NF6B 2HCAA 1O64A 3Q27A 4XTCQ 3U1OA 1B3LA 4KYSA 4BDMA 2P2AA 4OVJA 3I5OA 1P1WA 2O68A 5CBRA 4YU0A 4RK9A 3Q25A 3SEWA 4OENA 4ISUA 1M5CA 5AA4A 3IL1B 1Y4TA 2O1MA 3K00A 5L9SA 2B65A 1LAFE 4F2QA 5DYHA 1Q1KA 4JWYA 3CG1A 4X9TA 2NVUB 3MPKA 4FECA 5H8QB 1F9BA 2I4BA 3OXNA 4G8HA 2LAOA 1QKBA 3K02A 1LBBA 3A3UA 4XIGQ 3D4CA 4KHZE 1UTBB 4IY6A 1B3FA 2GH9A 1N7XA 1A40A 3G7WA 1MM7A 4U1ZA 1O63A 4JWOA 3S2VA 3HPIA 5H8FB 4KPTA 1II5A 3RGYA 1EH3A 4ZE9A 4R75A 4ZEDA 3MVYA 1FCKA 1ATGA 4NTLA 2QMWA 3O6HA 1RYOA 4PFWA 4DZ1A 2RCBA 5L8DA 4U2RA 3CFZA 2Z8EA 4XXUA 1ZU0A 3SKPA 1SI1A 3VE1B 5EHMA 1YCJA 1Z7NE 3CSGA 3TMGA 2DWIA 5L9OA 1PC3A 4DCYA 3TKDA 4GVOA 3LSFB 3K4UA 2DXYA 4H1XA 5I59B 3QXMA 3OO8A 1T0KA 1SI0A 3IOTA 3EN3A 4I8CA 1ZIUA 2A5TB 3KSXA 2F7BA 2PBWA 4GWOA 2OWSA 4GF8A 3IOWA 4H67A 3IJXB 3OSRA 3TCGA 5KCJA 1FTJA 3UGWA 3H4ZA 1B3GA 1VFDA 3OELA 1J1NA 2QJEA 3VVDA 3H6WA 3OOAA 2ESNA 1PB9A 3C34A 3LC8A 1WODA 3SESA 2YJPA 3LSXA 4QRZA 3U93A 1US4A 4F19A 3GBAA 4JXIA 3T96B 5I84A 4P11A 3HV1A 3H03A 3T66A 2REJA 4YMAA 5AA2B 1B4ZA 2UVIA 3BKIB 4OEVA 5A5XA 1LB9A 4YB6A 4IY5A 3O28A 3T9HB 2H9BA 2Z8FA 4LUBA 1JVXA 4RA1A 1M5DA 1ZMGA 3IB1A 5CMBA 2F78A 4UACA 1PBQA 4PETA 5JTYA 1GR2A 1SVXB 2ZYOA 4F31B 2B3FA 2UVJA 3FJGA 4FEDA 3N26A 5FHNA 3FVGA 1N3XA 3OENA 1MG1A 2AIXA 1LSTA 2NOOA 3SEXA 3CSBA 1D4NA 3QYTA 1S7YA 5TPAA 4X1DA 1Q35A 4Q8RA 2I3VA 4WKMA 4X1BA 4ZZEA 5M2VA 3KZGA 4BLAA 4ECFA 4IO3A 1GVCA 2D21A 1OVTA 5DVFA 1XT8A 3EQ1A 3TAJA 5I57B 2V3TA 2UVHA 4Z7EA 2ONRA 2IEEA 2VOZA 2FYIA 3EF7A 4XKRA 2E1SA 5I2NA 2NUVA 1ZKBA 4IO2A 3HSTA 4IO6A 1P99A 3K6XA 3W9VA 4TQUQ 4DCXA 1B7UA 3DLNA 1B3EA 2QS3A 4IO4A 4RY1A 1LAXA 1MRPA 1ZLQA 3KJTA 1YPNA 4QFPA 2XXPA 4GFRA 4OERA 2DWHA 2HZKA 5HM4B 3VLUA 1DPEA 5CC2A 2DOJA 4GD5A 4KYEA 1LFHA 2V25A 4YMBA 1M5BA 5I2KB 2X7PA 4NF8B 3RPWA 3ZSFA 3FXRA 5DVIA 4GRKA 3IOVA 4YKPA 2Y7WA 3D4GA 3T22A 4ESXA 3FXQA 2Y7RA 4G68B 1B0HA 4WEDA 2XX7A 1NNFA 4PP0A 5CI5A 2YLNA 1MQIA 2QS2A 3S9LC 1OIBA 4RPNA 5AA1A 3RT8A 4BDNA 2P1SA 5FTHA 1A7LA 3BFUA 4MLVA 3S9NC 3BBRA 3EHSA 3KGCA 1JETA 2AL5A 4H8JA 4N13A 1GV8A 3TTLA 3B6WA 4F3PA 3SEUA 5DEXA 2Z23A 2PYYA 1POTA 1DMBA 5K2YA 5AA2D 3WAEA 1JNFA 3G3IA 4ZS9A 3L6GA 4NE4A 1LGBC 5JEIA 1FTLA 1SQYA 4QFLA 3IOUA 4DDDA 2G29A 3W15C 1A99A 2KLFA 4ZEKA 5BUUA 1POY1 4LATA 3M3LA 4NF5A 3DP6A 3V89B 4OESA 3TTKA 1Y3NA 4DLDA 3RTWB 1AIVA 5HPQA 3U94A 3KJ7A 3R6UA 4DIGA 4GIZA 4F3GA 1NH7A 3B7DA 4ZEBA 2DQVA 3RN8A 3EHUA 5DTBA 2Y7IA 4O3AA 1PB8A 4DXBA 3MUQA 1VSOA 3IX1A 4ELRA 5CM6A 3N5LA 4GXAA 2ABHA 2XXHA 4BDLA 3V5AA 3MWBA 3PPPA 4F29A 3JYRA 1XVYA 4R74A 2OCUA 3K0VA 4E0WA 1URGA 1R6ZA 5I56B 2OBGA 1FQCA 2ZNTA 1UTHA 4HCYA 2QL3A 2ZNUA 4LP2B 1FQBA 1Y3QA 2H4IA 4QSEA 3HO7A 1B4HA 3KN3A 3PV0E 2QSXA 3MZ9A 4JB7A 1MXXA 1UIVA 4U4SA 1MPBA 1PBPA 2RF1A 5TU0A 3KN7A 5TP9B 3E4RA 3OD7A 3HCQA 4MH5A 2OLBA 1PDAA 1Y9UA 3PUZE 4FE8A 1MH4A 4NEDA 4E0XA 4QSDA 5KZTA 3MPLA 2RINA 1EU8A 4ELPA 3U72A 3FJ7A 3IB0A 2QRYA 3H6VA 1SW5A 5CRYA 4Q0CA 3U92A 2VP1A 4F39A 2RC7A 2B3BA 4F1UA 3KOTA 3G3FA 5H8SA 1DSNA 3RUMA 4LZ7A 3CRBA 1NH8A 4IO7A 4IGRA 4OFLA 1AL3A 3F11A 5ELVA 2PT1A 4U1OA 1DOTA 3TCHA 1B5IA 3QSLA 4ELQA 5H8NA 3U8QA 2QMXA 1TT1A 4N6PA 4OEUA 1A8FA 1XVXA 2OK2A 3TTRA 2O1LA 1ELJA 4OTEA 5HBCA 2Q2AA 4C1UA 4Z0IA 2F36A 3O6IA 3HN0A 5H8HA 1L5TA 2ZNSA 3FD3A 4OMBA 4AB5A 4LA9A 3LSWA 5FHMA 3QUFA 3KOSA 4LVQA 3FATA 4PE5B 2H99A 4KI0E 5KDTB 5K2XA 2I58A 5FTIA 1HSLA 3M3KA 3PPOA 1IXIA 1US5A 2ZYNA 3JZJA 2AL4A 4GOTA 4QF9A 1S50A 1BIYA 3Q28A 3IO4A 3GXAA 1B9JA 1MY4A 1IIWA 5I58A 3T9XB 4ELOA 2CZLA 1SDXA 5FHOA 2UXAA 4U21A 5ICTA 3FXUA 4YZZA 4G8MA 4AQ4A 3H6TA 1JW4A 2O69A 1MY1A 2I3WA 1A8EA 3QK6A 2RKMA 2F97A 2M8CA 4EF1A 5ITPA 2NXOA 1MQJA 1H76A 3FVNA 3CIJA 2I0BA 3FV1A 4AB6A 4ZEFA 3WAFA 3FGSA 3MAMA 3CG3A 4JBZA 1MDP1 4TLMB 1HSEA 4RYAA 1MXYA 3VXBA 3TEPA 1SYIA 3VXCA 2RCAA 1DTZA 3RT6B 2RC9A 1SBPA 3CI8A 4KCCA 4F3BA 1RYXA 4EDPA 3EHTA 4H5FA 1JW1A 4O3BA 2XX8A 3SERA 3VLVA 2O7IA 3O97A 4PFYA 3M8UA 3RTFB 1P1UA 3EPEA 5AA4B 3DP8A 1DPPA 4FIMA 2QPQA 3FVOA 2O7UA 3VV5A 1P1QA 1CB6A 4YKKA 2PVUA 3IK6B 4HS7A 3C32A 1MH3A 1O7TA 3CVGA 2E0SA 3TODA 4KCDA 3V83A 1MPCA 1B58A 3MW0A 4G68C 2I0CA 4R9FA 4U22A 1TWYA 1ZBMA 1XC1A 2XXRA 4NF4A 2GRVA 3C31A 3K6VA 1B40A 4H8IA 4TOZA 4OYVA 2ZYKA 1FTOA 2OWTA 3C35A 4XKQA 2DE4A 4ONYA 3H6UA 4F3SA 3G3JA 3DP4A 1EZ9A 2Y7KA 5ICQA 3K1PA 4P0IA 1B0LA 1LBCA 4NF6A 2HFBA 4RPOA 3MVZA 5BWJA 3MP6A 1NL5A 1QVSA 3K6UA 1MXZA 3MVWA 1B5JA 4TLLB 3FUZA 3VVFA 1P1NA 1I6AA 1S9TA 3DM0A 4R73A 2PX1A 4OWDA 3IAZA 3LSLA 3PPQA 3TPAA 1SD3A 2PT2A 3PU5A 1YTVA 4MLQA 1QUKA 4RK2A 3L6HA 3MZBA 4FJPA 4MFIA 3OO7A 2VGQA 3E9XA 1N84A 5H8QA 4X48A 2XXYA 5KCJB 3R7XA 1RKMA 2Q9TA 1UTBA 1JQFA 1FTMA 4LQ2A 3CFXA 1TFDA 4QHQA 4UA8A 2F5XA 1N7WA 4POXA 4I62A 1IXHA 4PFUA 1DTGA 3ILUB 5H8FA 3FVKA 1BTJA 2XXVA 1M5EA 2Q8JA 2FNCA 2ALUA 3C33A 3OO9A 2ONKE 2HXWA 4DE8A 3GZGA 5CMCA 2UVGA 2Y7PA 3GLBA 5A5XB 4OFJA 4Q30B 2THIA 3SEVA 3MVXA 2UYEA 1TXFA 5JTYB 3UN6A 3O2AA 3JV9A 3W9WA 4XKPA 1UIUA 1ZTYA 3PUYE 2DVCA 3S9EA 3TQWA 4IO5A 3PD9A 1B3HA 3MP8A 2XD2A 5I59A 4G2ZA 1P1OA 1JEUA 1OQGA 3TFLA 4EXKA 4JSOA 1OLCA 2A5TA 4C0RA 3SEYA 4KFQA 1SYHA 3MJNA 2NWJA 5TPAB 2R9JA 2A5SA 3QIMA 1WVJA 2AYSA 2Y84A 3TQLA 2GFEA 1FQEA 1H3DA 2VD3A 3R26A 4FORA 5EHSA 4NWDA 1QW0A 3PGFA 4RJZA 4JDFA 1XHYA 3I3VA 3VDFA 4R6HA 4PFTA 1AH5A 3RQTA 3C9HA 4JSDA 4BDQA 1FQDA 4IGTA 3PUVE 3RY3A 3MQ9A 1Y4CA 5I2NB 2GHBA 3Q26A 3K1NA 4K3FA 2Z22A 1LB8A 3IO6A 3O29A 4KD5A 3K2DA 3P7IA 5AA2A 2X7QA 1LCTA 1R9QA 1Y1ZA 4ND9A 1Y20A 4G4PA 3DELB 4YB5A 4F1YA 1MS7A 1PB7A 1Y3PA 1B6HA 1NNKA 4YICA 3UA8A 2F35A 3UK4A 5B70A 1NKXA 2V3UA 2DYXA 5I58B 3UP9A 3KFMA 4BDRA 4JWXA 1SW4A 2HAUA 3IR1A 3KG2A 4ESWA 3V8XB 5CMMA 1LAGE 1IEJA 1BKAA 3HHGA 4C1TA 4ZZAA 3USDA 3KN8A 4WXJA 1AMFA 3ZKLA 4EQ9A 3RLFE 1IXCA 1A55A 4ZECA 3UORA 2XD3A 3K01A 1NNPA 4OETA 5DT6A 1XOCA 5I57A 5DEXB 4I9DA 1MY3A 1FW0A 3ONMA 4POWA 3TYHA 1B2HA 1B7ZA 3T9VA 3SDFA 1MQGA 2OJTA 4NWCA 2X26A 1MXWA 3MC2A 4GLIA 3TCFA 3OSQA 2DSFA 1IITA 4L17A 2W7YA 1NNTA 2P0SA 3SETA 3LUYA 5B7DA 4I1DA 2XXXA 3PD8A 1R1NA 4F1VA 2REGA 4NF5B 2XXWA 2HEUA 2F6GA 5I2KA 4NF8A 1OMPA 4QFKA 1H44A 2Q89A 3B6TA 1QJMA 1UQWA 3K6WA 3K1MA 4LZ8A 3FJMA 2I4CA 1B32A 5ITOA 4G8NA 2ONSA 4G68A 3BFTA 3ZKKA 3E3KA 4FEBA 1MXVA 1OLAA 4F18A 2Z8DA 3MP1A 1USYH 4EUOA 1VR5A 1GGGA 1IXGA 1WDNA 1TFAA 2ZYMA 5AA3A 1Z7ME 2ANJA 2V3QA 1LCFA 1VFEA 3TZAA 5AE4A 1QKAA 1LLSA 1GTKA 3LR1A 3QUJA 1I69A 4EF2A 1URDA 4QFNA 3FIRA 2WKYA 4GL8A 1CE2A 1UTHB 5CBSA 2DS9A 2UYFA 4EQBA 3G3HA 1ANFA 1B1XA 2DE3A 1D9VA 3PUXE 3KBRA 3FV2A 3T9UA 2O6AA 4R6KA 4M1VA 3I6VA 2DP8A 2F7AA 4EXLA 5ISUA 1B52A 3UIFA 4P0GA 1B7HA 1Y1MA 4N07A 4HW8A 3H7MA 3O6GA 3PMXA 3PPNA 3E13X 4R6YA 3CR9A 4H0WA 1D3KA 5J1DA 2I49A 3PMVA 2DXRA 4H65A 1LFIA 3TUSA 4R72A 2FA7A 4HTGA 1MQHA 3T93B 4NMYA 4H5GA 2PMSA 4ZDMA 3PPRA 1NMUA 1LAHE 1EZOA 3IB2A 1JVYA 2D3IA 1N0TA 3B6QA 1IQ7A 4GL0A 5F7VA 2DWJA 2XHDA 2H5YA 3G3GA 2QS4A 4HCWA 1MY0A 4LQ5A 1B05A 1BP5A 5IAIA 1A54A 2F8DA 4PQJA 1QULA 3IJOB 3LBSA 5I56A 1VE4A 1AOVA 3OO6A 2HAVA 1MPDA 2HZLA 1JW5A 3O9PA 2V84A 5H8NB 2V93A 1R9LA 2ZXTA 1N76A 3KSJA 4MF3A 4OQOA 3VLWA 1BLFA 3OEMA 3VFJA 1H45A 4GQOA 5LOMA 1LFGA 3QAXA 2D5WA 1SW1A 4OXVA 5TP9A 5DVJA 5H8HB 3ODBA 4YKIA 2ZMBA 4RXLA 5JK4A 1SW2A 4LONB 4Q5TA 4DXUA 4F2OA 3N94A 4FAJA 2XX9A 1B5HA 4R2FA 2I48A 3MBPA 5F1QA 3C4MA 1NFTA 2R71A 1M5FA 2F34A 2VD2A 2O51A 3TELA 4F22A 2GHAA 1XS5A 4DXCA 4ZEIA 4KR5A 3THIA 3FZVA 3M3FA 4G77A 3H06B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DE2A 1AWBA 5IKBA 1ZJLA 1OVBA 1MQDA 1B1HA 3GYYA 4FATA 3S4UA 1QGXA 4U23A 4WEPA 3GBBA 4YAHX 1PEBA 4PGPA 2H98A 4R2BA 3CFLA 1NV6A 1KWHA 3G3KA 2XXTA 1D9YA 4N6DA 4QFOA 4O3CA 4OFOA 3FASA 3Q29A 4GXSB 1N04A 3S9MC 1YAEA 4U4XA 3SZPA 2Q2CA 4YKJA 2VHAA 1MM6A 3PMWA 1H43A 3KEIA 3O66A 1LBWA 4YB7A 3HHFA 1I6BA 3RNNA 1MY2A 4PFIA 3IORA 2DVZA 4MNIA 3TDJA 2F7CA 3FBPA 1JP4A 4OHNA 1MXUA 2O84X 3A09A 3PUWE 4R9GA 1IUDA 2QS1A 5CMKA 2I6EA 3ILTB 3ECRA 5KDTA 5F24A 4AS4A 1FQFA 1B46A 2Q88A 2H25A 4ZE8A 4LZ5A 1QUIA 2XXQA 3TTMA 1IZ1A 2BJJX 1B51A 4NN3A 4RNSA 4EQ7A 1I6QA 2DWAA 5L9MA 1N3WA 1URSA 1HSJA 4BDOA 1USYE 1OQHA 2IA4A 4PAKA 3C36A 1QUJA 2F6PA 3B50A 3IFAA 4H6DA 2OZZA 5ET7A 4OZ9A 4NF4B 3ZS6A 2PFZA 2RC8A 3H3GA 1FPLA 2XXUA 4MBPA 3TTNA 3OMBA 2CMOA 2HQ0A 3AXFA 1FTKA 5EYFA 2G93A 4KQPA 1JEVA 3MZ1A 4M4GA 4XKNA 3N6TA 1MDQA 1FPIA 3VVEA 4THIA 2YPNA 4KYDA 3A3CA 3OEKA 4P1LA 1FQAA 2ZZVA 2R6GE 4IB2A 4QSCA 1EZPA 3N6UA 4JVDA 2XXIA 4NF6B 2HCAA 1O64A 3Q27A 4XTCQ 3U1OA 1FPGA 1B3LA 1NUZA 4KYSA 4BDMA 2XXKA 2P2AA 4OVJA 3I5OA 1P1WA 2O68A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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