2G29A

Crystal structure of the periplasmic nitrate-binding protein nrta from synechocystis pcc 6803
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
NAPEVTTAKLGFIALTDAAPLIIAKEKGFYAKYGMPDVEVLKQASWGTTRDNLVLGSASGGIDGAHILTPMPYLITMGTVTDGKPTPMYILARLNVNGQGIQLGNNYKDLKVGTDAAPLKEAFAKVTDPKVAMTFPGGTHDMWIRYWLAAGGMEPGKDFSTIVVPPAQMVANVKVNAMESFCVGEPWPLQTVNQGVGYQALTTGQLWKDHPEKAFGMRADWVDQNPKAAKALLMAVMEAQQWCDQAENKEEMCQILSKREWFKVPFEDIIDRSKGIYNFGNGQETFEDQEIMQKYWVDNASYPYKSHDQWFLTENIRWGYLPASTDTKAIVDKVNREDLWREAAQALEVPADQIPSSPSRGIETFFDGITFDPENPQAYLDSLKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
publication title Atomic structure of a nitrate-binding protein crucial for photosynthetic productivity
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nitrate transport protein nrtA
total genus 135
structure length 385
sequence length 385
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g29A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2g29A01
3IAZA 3FVOA 5I2NB 1MQGA 4NWCA 1FQDA 1JNFA 3N94A 3SETA 3TCFA 1UTBA 2PVUA 3U92A 3H6VA 4GWOA 2XHDA 2B3FA 1L5TA 1USYE 5EYFA 4PFYA 4MH5A 3OO6A 1SW5A 2V93A 3MQ9A 2HCAA 4RK9A 3B7DA 1DMBA 1QULA 4KR5A 1XC1A 3UP9A 2DE4A 4LP2B 4ONYA 3PPPA 1N7XA 4DZ1A 5AA4B 1SYHA 3IK6B 1N76A 4Z0IA 5H8NA 2QS3A 1M5BA 4G2ZA 1UIUA 3ILUB 1H45A 3TQWA 3RUMA 1B3FA 4QHQA 2XD3A 3CFLA 2E0SA 1NH8A 4LZ7A 4ZEDA 3UN6A 3EHUA 3BFTA 1MXWA 3IX1A 2P2AA 2Q2CA 3SEVA 3I6VA 3TCGA 4C1TA 4FATA 2Y7KA 4FE8A 3VDFA 4GD5A 1NNTA 4PFUA 4LUBA 3SEYA 2O6AA 3OEMA 4X48A 3RTWB 4R2BA 3TUSA 3FGSA 4X1BA 4DE8A 1IUDA 4PFTA 3VLVA 5H8FA 2QL3A 3O97A 3Q26A 1VE4A 5K2XA 1JEVA 1KWHA 4RY1A 4GF8A 3VLWA 1MH4A 1WODA 4R9GA 5M2VA 3FIRA 4RNSA 1URGA 4F3GA 5KCJB 1SYIA 2W7YA 3K02A 1UTHB 4NF5A 1B0HA 3USDA 2DWHA 2CZLA 1YCJA 5I59A 1ZKBA 3IOUA 4DCYA 4QFNA 5FHMA 3HCQA 2WKYA 3GBAA 3HSTA 2NUVA 3O2AA 5AA1A 4G8HA 3FV2A 5AA2D 2UYEA 4G77A 2ZYOA 1Z7NE 4FEBA 3DM0A 4ISUA 3C34A 4IO7A 2H5YA 3EPEA 4QSDA 3QSLA 4HCYA 2H9BA 3N6UA 3O9PA 4AB6A 1MQHA 1B9JA 1DTGA 2ZYMA 2O51A 3W15C 3IOVA 3FV1A 1EU8A 3I3VA 3OELA 1SDXA 3FXUA 2OWTA 4RJZA 3Q29A 5DVIA 2AL4A 1SBPA 2DWJA 3T9VA 1RYOA 4NMYA 3CG1A 2XXQA 1IEJA 3OD7A 1B32A 4YB5A 5F7VA 3LUYA 1TT1A 1US4A 2HXWA 4H1XA 1MQDA 2Y7PA 3K1NA 1MY1A 4KPTA 1I6AA 3H06B 1UTBB 3GXAA 1OQGA 3EHSA 4IY5A 3M3KA 4I9DA 3DELB 1B3HA 4I8CA 5L9MA 1SI0A 5FTIA 3FVNA 3CG3A 3KJ7A 1P1WA 5DVJA 1US5A 5TPAB 1GV8A 1Y3QA 3H6WA 4RPOA 4F3BA 4ECFA 5A5XB 3K0VA 3B6TA 5H8NB 2QPQA 2PT2A 2I49A 4F31B 1EH3A 3K1MA 3MJNA 2RC8A 1MXZA 2DS9A 3O29A 1LBBA 3LSWA 1AH5A 1NH7A 4KQPA 1GGGA 4BDRA 1BTJA 3S9MC 3LBSA 4PETA 1A55A 2I58A 4YKKA 4ZEKA 2QS2A 1OLAA 4EXLA 5AA4A 3MAMA 4IO2A 4R73A 1YTVA 1Y20A 4KFQA 4OYVA 2DWIA 4FORA 4XXUA 4R9FA 1JW5A 3OO8A 3EHTA 4G8MA 5HBCA 3N26A 4F3PA 3DLNA 4KI0E 5JTYA 4OFOA 2O84X 1OLCA 1PB7A 1LB9A 2I4BA 1VFDA 4TLMB 1A40A 1AIVA 4DXCA 4YMBA 2XD2A 3RT8A 3PPOA 4F3SA 2G29A 3N6TA 3MZ9A 2GFEA 3VVFA 5EHSA 4H67A 4QFPA 2Z8FA 1B1XA 4NF5B 1WVJA 5AA2B 1NMUA 2OZZA 3K2DA 1URDA 2RKMA 4HTGA 3HN0A 2YJPA 4ELRA 3O28A 2FNCA 1JW1A 1IIWA 3O6GA 3KGCA 3RTFB 2X7PA 4ND9A 3UGWA 4M4GA 3TTNA 3FASA 3IO4A 1FQEA 2I0BA 4ZEIA 1LFIA 1OQHA 4F39A 2DQVA 4OQOA 3FATA 1B1HA 1N3WA 4OENA 4YU0A 4DIGA 3RPWA 1P1QA 2ZNSA 3PPRA 4NF8A 2XXXA 1YAEA 2D3IA 1H44A 3R26A 3E9XA 2F6PA 2DP8A 5DVFA 3HO7A 4ZE9A 3HHGA 3PUVE 4WEDA 1VR5A 3PUWE 2AIXA 4RXLA 2QJEA 3KBRA 5HPQA 2V3TA 4GXAA 3RN8A 4H5GA 3IJXB 4IO4A 1Y3NA 1J1NA 1USYH 4IO6A 5CMBA 1IITA 5DT6A 4DDDA 3V8XB 3PMXA 3KFMA 2DE2A 3K6WA 1BLFA 3FD3A 4C0RA 1HSLA 1B52A 1WDNA 3FXQA 3L6GA 5I2KA 2VOZA 4LA9A 5CC2A 4RK2A 1NKXA 5ICQA 1H43A 4QRZA 3FVKA 4F2OA 1I6BA 4H65A 1FCKA 3K6UA 3O6HA 3TQLA 4FIMA 3TTRA 1M5CA 2E1SA 1MXYA 4F1UA 3PV0E 1A8FA 3PUXE 2VD3A 1S7YA 3M8UA 1ZIUA 2F97A 1I6QA 2IA4A 4JB7A 1MXUA 2I3VA 3RQTA 1B7HA 2Q8JA 2YLNA 3DP4A 3LR1A 3QUFA 1BIYA 1Q1KA 2F78A 5FHOA 3VFJA 3RT6B 4O3CA 3MVXA 3L6HA 3MBPA 4YKPA 4DCXA 3PPNA 3U1OA 3KEIA 4U4SA 4E0WA 2PX1A 4THIA 4TQUQ 3CRBA 5TPAA 4GL0A 3ZS6A 4LZ8A 2RC9A 3LSLA 3U72A 4EXKA 1Y4CA 1CB6A 5A5XA 2DOJA 4AB5A 2Z22A 3IB0A 4JXIA 1OVTA 3RLFE 4LVQA 1MY3A 1LLSA 2HFBA 1S9TA 1MM7A 1B7ZA 5AA3A 3C33A 1DPEA 3MP8A 1O63A 2F6GA 5JTYB 4BDOA 2F35A 3FUZA 2Z8EA 4G8NA 1LBCA 1AOVA 2HAUA 3PUYE 4PP0A 1B3GA 4YICA 4GFRA 2G93A 1JW4A 1A99A 4GXSB 1AMFA 4U2RA 3EF7A 5ITOA 1P99A 4OMBA 4X1DA 5ITPA 2XXVA 4LZ5A 3VXCA 1RYXA 3T9HB 3WAEA 2HZKA 3TAJA 3C32A 2XXYA 4R6KA 4P0GA 3TTLA 4YAHX 3QXMA 2REGA 1B3LA 3A3UA 1XS5A 3TZAA 1QUKA 1LCFA 3SEWA 3U94A 1M5DA 5CBSA 3IB2A 1FTJA 1QW0A 4H0WA 1B5JA 3BKIB 4R2FA 4HW8A 3N5LA 4QF9A 4JDFA 5B7DA 3TTKA 1PEBA 2QSXA 1TXFA 5CRYA 3PD9A 4NF8B 5AA2A 1ANFA 1R6ZA 1H76A 2GRVA 1IZ1A 4R6HA 1A54A 1XVYA 5H8QA 4C1UA 3K6XA 2DVZA 3VVEA 1FTMA 1DSNA 2DSFA 3ECRA 4GL8A 4DXUA 4G68C 4BDMA 4QFLA 1M5EA 2PYYA 1O7TA 4UACA 4R6YA 1GVCA 3THIA 1JQFA 2VHAA 1MY4A 3E4RA 2DXRA 3SDFA 4ZEFA 4RPNA 4OHNA 2V3UA 3IJOB 3K6VA 1SVXB 2XX8A 2OCUA 1FQFA 5I2KB 4XKRA 3B6QA 1EZOA 5K2YA 1P1NA 3IOWA 4R75A 5J1DA 2OLBA 2RCBA 1QUIA 2O69A 4LONB 4E0XA 4OZ9A 2NXOA 2XXIA 4U23A 2ZXTA 4U21A 2H25A 1B7UA 3OMBA 3FJGA 3RY3A 2ZYKA 2REJA 2H99A 1SI1A 1TFDA 3T9XB 1NL5A 3GBBA 4GLIA 4IY6A 4YZZA 2Q89A 1UIVA 3G3HA 3QK6A 3LC8A 1CE2A 4HCWA 4OEVA 5L9OA 1MQIA 2OWSA 1MH3A 4U4XA 2HEUA 3S9LC 2I6EA 2VD2A 1PBPA 3MP1A 4R74A 3P7IA 3W9WA 5KZTA 3T66A 1N04A 2PMSA 4NF6A 1F9BA 5DEXB 5H8SA 1SD3A 3H03A 5KDTA 3H6TA 2GHBA 1PDAA 2XXPA 1MXVA 2Y7WA 1XHYA 1IXGA 2ONKE 4K3FA 4U22A 3G3KA 3MPLA 5IAIA 1GR2A 4BLAA 3MZBA 4AQ4A 1FTOA 2I48A 3G3IA 5I58A 3ILTB 4JWOA 3T9UA 2O7UA 3A09A 1QKBA 1QUJA 1GTKA 4FEDA 3CFZA 3OXNA 3G3GA 4G68A 2F7BA 3IL1B 3LSXA 4FJPA 3CSBA 3PUZE 4ELQA 3VXBA 2PT1A 4KYEA 2RF1A 1ZJLA 1DOTA 1FQAA 4H8IA 1MS7A 1II5A 4OVJA 4G4PA 2HAVA 2IEEA 5FTHA 1OMPA 2Y7IA 1LCTA 1D9YA 1Y9UA 4OTEA 5H8QB 3TELA 3TEPA 1B3EA 4ELOA 1MPCA 4RA1A 3H3GA 4IGRA 3C9HA 2XXHA 3ODBA 3TFLA 4Q0CA 4OEUA 3KG2A 3Q27A 2UXAA 3R6UA 5LOMA 5BUUA 1NNKA 3OOAA 4YKJA 4JSOA 1FTKA 4KYSA 2F7AA 4ZECA 1FW0A 3MVYA 4F1VA 1BP5A 3VLUA 1LAHE 3E13X 2R6GE 4EF2A 1MY2A 3KN3A 3C36A 1H3DA 2XXUA 5ELVA 4YB7A 3B6WA 3MPKA 4JBZA 3JZJA 5ICTA 3AXFA 1LFGA 3LSFB 2O1LA 4QSCA 4NF4A 4IO5A 1D4NA 2UYFA 4GIZA 4Q30B 1B40A 4N07A 2XXTA 2HQ0A 3CR9A 3VV5A 3EN3A 2UVJA 4KYDA 1FQCA 1XOCA 3DP8A 1MM6A 1P1OA 1B51A 4OWDA 2QS4A 1B4HA 1Y1ZA 4IGTA 1Y1MA 4FECA 5TU0A 3UORA 4U1ZA 1JEUA 4HS7A 1LSTA 4KCCA 3F11A 1Z7ME 1IXCA 2FYIA 3K4UA 4OFJA 2V25A 1POTA 1HSEA 3O66A 4X9TA 4LQ2A 4NF6B 3M3FA 3SEXA 1FTLA 1P1UA 3EQ1A 1MDP1 3Q25A 5KDTB 4Z7EA 4UA8A 1N7WA 1B5HA 2NWJA 1T0KA 3HV1A 2Q2AA 3SERA 3MP6A 2LAOA 1PB8A 2ZNUA 1ATGA 3O6IA 3S9EA 1IXHA 3FZVA 3MC2A 2ZMBA 2R71A 1ZMGA 5H8HB 4F29A 3IORA 4H8JA 3MVZA 3UIFA 3PMVA 5TP9B 1B05A 3WAFA 1MRPA 4XIGQ 5I58B 1OVBA 3KJTA 5DEXA 2DXYA 3IR1A 4TOZA 4N13A 3KN8A 4U1OA 3HHFA 2DVCA 2AYSA 3PD8A 1LAGE 4PQJA 4G68B 1SW1A 3C31A 4F18A 4WKMA 1B6HA 3FJMA 4OFLA 2ONSA 3MUQA 4ZEBA 4P11A 2HZLA 4MLQA 3MW0A 3U93A 1EZ9A 4EQ7A 5CMKA 1JVXA 3PU5A 1A7LA 1LFHA 4EDPA 3T93B 3CVGA 4KD5A 5CM6A 4WEPA 4ESWA 2YPNA 4IO3A 2DE3A 4BDNA 3D4GA 2A5TA 3FXRA 1A8EA 3KSJA 3KN7A 2V84A 3OO9A 2GH9A 5I84A 4XTCQ 1ZTYA 2NVUB 2UVIA 4H6DA 2F5XA 4O3AA 4F2QA 2O1MA 3OSQA 1QVSA 2RC7A 1UQWA 4GOTA 3OO7A 3K1PA 3PMWA 4POXA 3KSXA 1RKMA 4I62A 2P0SA 3ZKKA 4KCDA 2Y84A 3SESA 4JWYA 1QJMA 1JVYA 1DTZA 4ESXA 3S2VA 3DP6A 1B2HA 4P0IA 3A3CA 2H4IA 2QS1A 4I1DA 5JEIA 1B58A 3TPAA 3MVWA 1HSJA 1DPPA 1N0TA 3BFUA 3I5OA 4MBPA 4NF4B 4GRKA 1YPNA 3T22A 3QAXA 1IXIA 2Z8DA 2OK2A 1IQ7A 2XX7A 2I3WA 1Y4TA 1LAXA 3H7MA 2KLFA 2CMOA 1LB8A 1MG1A 5I57B 4FAJA 4R72A 4H5FA 3ZSFA 3M3LA 2OJTA 3KZGA 2O7IA 5ISUA 4Q8RA 3IO6A 5I56A 1TFAA 2ZYNA 1R9LA 2UVHA 3CI8A 3IOTA 2ONRA 1B5IA 2XXWA 2ABHA 4XKNA 4QFOA 3VE1B 3QYTA 1XVXA 1SW4A 4ZDMA 1ELJA 1PB9A 1M5FA 3U8QA 3ONMA 3TODA 3S9NC 2F36A 3TCHA 2XX9A 4Q5TA 4DLDA 4PFWA 3MWBA 1SQYA 3FJ7A 2M8CA 3H4ZA 3KOTA 4EF1A 4NE4A 3JYRA 5F1QA 2DWAA 1NNFA 4TLLB 3JV9A 3K01A 2F7CA 4NTLA 3OENA 3V89B 1MY0A 2P1SA 4N6PA 3W9VA 2H98A 1MPBA 3UK4A 4M1VA 3TDJA 2B65A 2DYXA 4JWXA 1D9VA 1D3KA 4F1YA 4OXVA 2XXRA 4GVOA 5DYHA 2QMXA 3CSGA 1FQBA 3C4MA 4RYAA 5I2NA 2Z23A 1TWYA 3E3KA 4IB2A 3SEUA 5DTBA 3HPIA 5H8HA 2ANJA 3G7WA 3VVDA 5TP9A 3V5AA 2RINA 2Y7RA 1ZU0A 2AL5A 1R9QA 1Y3PA 3T96B 2V3QA 2BJJX 1R1NA 2A5TB 2I4CA 4EUOA 3GZGA 1MQJA 4LATA 2I0CA 3TTMA 5AE4A 3G3JA 3PPQA 3V83A 4NEDA 1LGBC 1VFEA 2ZNTA 2A5SA 3QUJA 5CI5A 2D21A 2B3BA 2FA7A 1AL3A 2UVGA 4WXJA 5H8FB 1XT8A 5L9SA 1B4ZA 3FVGA 4ZZAA 3TKDA 5L8DA 2NOOA 4YMAA 1B46A 2GHAA 3RNNA 2QMWA 4BDLA 3TYHA 4POWA 5CBRA 4F19A 4LQ5A 1EZPA 2X7QA 1NNPA 4ZE8A 1N3XA 4O3BA 1MXXA 1SW2A 1MPDA 5I59B 4YB6A 2Q88A 1MDQA 2OBGA 5FHNA 4EQ9A 2VP1A 3C35A 4YKIA 2ESNA 4QSEA 4XKQA 2ALUA 3S4UA 4OERA 1QKAA 1VSOA 4ELPA 4EQBA 4OESA 4OETA 3TMGA 2D5WA 3Q28A 2O68A 4XKPA 1ZBMA 3K00A 3ZKLA 4ZS9A 5KCJA 1UTHA 3CFXA 1JETA 1S50A 4BDQA 5B70A 1B0LA 5I56B 1BKAA 1Q35A 3H6UA 1OIBA 4DXBA 5CMCA 1I69A 3QIMA 4ZZEA 3UA8A 3OEKA 5BWJA 4JSDA 2RCAA 4KHZE 4MFIA 3D4CA 4F22A 5I57A 3G3FA 5HM4B 2Q9TA 3CIJA 3KOSA 4QFKA 1ZLQA 2F34A 2F8DA 5JK4A 2THIA 2QRYA 1URSA 1POY1 3GLBA 3BBRA 2PBWA 1O64A 5CMMA 4PE5B 5IKBA 3R7XA 2X26A 5EHMA 3OSRA 3SKPA 4MF3A 4NWDA 4MLVA 3IB1A 2VGQA 1N84A 1PC3A 1NFTA 3PGFA 3RGYA 2R9JA 4GQOA 1LAFE 4L17A 3MZ1A 1PBQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IAZA 3FVOA 5I2NB 1MQGA 4NWCA 1FQDA 1JNFA 3N94A 3SETA 3TCFA 1UTBA 2PVUA 3GYYA 2VPOA 3U92A 1YYZA 3H6VA 4GWOA 2XHDA 2B3FA 1L5TA 1USYE 5EYFA 4PFYA 5IZ3B 4MH5A 3OO6A 1SW5A 2V93A 3MQ9A 2HCAA 4P9KA 4RK9A 3B7DA 1DMBA 1QULA 4KR5A 1XC1A 1NUYA 3UP9A 2DE4A 4LP2B 4ONYA 3PPPA 1N7XA 4DZ1A 5AA4B 1SYHA 3IK6B 1N76A 4OANA 4Z0IA 2B4MA 5H8NA 2QS3A 3MYUA 1M5BA 2OWZA 4G2ZA 1UIUA 3ILUB 1H45A 4PDDA 3TQWA 3RUMA 1B3FA 4QHQA 1LBWA 2XD3A 3CFLA 2E0SA 1NH8A 4LZ7A 4ZEDA 3UN6A 3EHUA 3BFTA 1MXWA 3IX1A 2P2AA 2Q2CA 3SEVA 3I6VA 1NV6A 3TCGA 4C1TA 2GQ1A 1FBCA 1NV0A 4FATA 2Y7KA 4FE8A 2PCRA 3VDFA 4O7IA 4GD5A 1NNTA 4PFUA 4LUBA 3SEYA 2O6AA 3FBPA 3OEMA 4X48A 3RTWB 4R2BA 3TUSA 3FGSA 4X1BA 4DE8A 1IUDA 4PFTA 3VLVA 4HXVA 5H8FA 2QL3A 3O97A 3Q26A 1VE4A 5K2XA 4P47A 1JEVA 1KWHA 4RY1A 4GF8A 3VLWA 1MH4A 1WODA 4R9GA 5M2VA 5I7IA 3FIRA 4RNSA 1URGA 2Y5LA 2Q8MA 4F3GA 5KCJB 1SYIA 2W7YA 1FBPA 3K02A 1UTHB 4NF5A 4OVSA 1B0HA 3USDA 2DWHA 2CZLA 1YCJA 5I59A 1ZKBA 4N8GA 3IOUA 4DCYA 3EKIA 4QFNA 5FHMA 3HCQA 2WKYA 3GBAA 3HSTA 1XI6A 2NUVA 3O2AA 5AA1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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