2H25A

Solution structure of maltose binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
publication title A new strategy for structure determination of large proteins in solution without deuteration
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein
total genus 70
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A01
4DXUA 5F7VA 5I58B 3IORA 2E0SA 1I6QA 3MW0A 4U2RA 4DIGA 5DEXB 4RK2A 1NKXA 3VLVA 1USYE 5JEIA 3MPKA 3PMVA 2WKYA 4YU0A 3TELA 1LAGE 2UYEA 3I6VA 2OJTA 3R7XA 2XXYA 4IY5A 5IAIA 3VV5A 1H76A 2V93A 2DE2A 1LAXA 3SERA 4F22A 4F18A 4U23A 2RC8A 1FQAA 1B05A 2F35A 1UIUA 1A8EA 5DTBA 3FJGA 2R71A 1YPNA 4I8CA 3FV2A 4ESWA 3KJTA 1PB7A 3E4RA 4ONYA 1B0LA 3K2DA 1J1NA 3KZGA 2DVZA 1MQDA 3ZKKA 5CI5A 5JTYA 5TU0A 4IO6A 4OMBA 1FTOA 1HSEA 2F7AA 4P0GA 3MVXA 4FEDA 1A8FA 4G4PA 3TQLA 3O2AA 4R75A 4MF3A 1EU8A 1R6ZA 3SETA 1MH3A 3IOWA 1MM7A 1B58A 3G3HA 1B52A 4PFWA 2P2AA 3KN3A 3ILUB 1Y3QA 2ZNSA 4LATA 5F1QA 3OEKA 4ISUA 1Y9UA 3PPRA 1MQGA 1LCTA 3LSLA 2XXXA 3PUVE 1N84A 5L8DA 1MXXA 3VVFA 2OWTA 1US4A 1IQ7A 3U8QA 4MBPA 3H3GA 1SW1A 3U94A 4IGTA 1LCFA 4PE5B 4OENA 2GHBA 1GGGA 4XTCQ 2O1LA 1N3WA 5HBCA 3W9WA 1LLSA 1FTJA 3IO4A 2H5YA 3G3JA 3W15C 1OQGA 5H8SA 2QS4A 4FORA 1B5JA 4RK9A 3Q29A 4YMBA 2QJEA 2I58A 2FA7A 4OEUA 4IB2A 4F2OA 2Z23A 1LFGA 4F39A 2HCAA 3H7MA 1MPBA 3ZSFA 5K2YA 3CG1A 4G68A 1MY4A 4LVQA 1P1NA 2RCBA 3C33A 3PUXE 4WXJA 3S4UA 3PUWE 4QHQA 3RNNA 4Z7EA 5I59A 3T66A 4FATA 4JWYA 1Z7NE 3FXRA 2AL4A 1DTZA 4G68C 2PYYA 4HTGA 2ALUA 2I3WA 3FVGA 1HSLA 4EXLA 3Q25A 3H6TA 4F2QA 2XD2A 4DLDA 4G8HA 1MXYA 2AIXA 2XXIA 2A5SA 5I2KA 1Y3NA 1B3GA 1YAEA 5H8FA 3IJOB 1ELJA 4OWDA 1JETA 5IKBA 1MXUA 3S9MC 5J1DA 3M8UA 4QF9A 4F3BA 4M1VA 1XOCA 2A5TA 3MAMA 1OIBA 3I5OA 4FAJA 4BDRA 1SW5A 1LB9A 2H99A 4XKNA 3BKIB 3FATA 5ELVA 3TCFA 1D3KA 3IB1A 1O64A 4NF4A 2F78A 5L9MA 2ONRA 4NMYA 1UQWA 1MY0A 3BFUA 2PT2A 3T96B 5I57A 2DWIA 1EZ9A 5EHSA 2M8CA 4GIZA 1IZ1A 1GV8A 4X1DA 3D4GA 3OO8A 3SESA 1M5BA 1PDAA 3N94A 4Z0IA 2ZYOA 2XHDA 1O63A 4O3CA 4AB6A 4U1ZA 1Y20A 2QPQA 2XX8A 4KD5A 1ZKBA 1FQBA 1MQIA 3DELB 2DE3A 1YTVA 1B40A 3T93B 3OD7A 2OLBA 4MH5A 2I6EA 2VD3A 1KWHA 3GLBA 3V5AA 3T22A 1B32A 1LGBC 1M5DA 4GRKA 3OO7A 1S9TA 1RYOA 2UXAA 2G29A 4PP0A 3WAEA 1WDNA 3UGWA 5I56A 3U1OA 3DLNA 1D4NA 2ZYMA 4XKPA 2Q89A 4HW8A 1PC3A 3FXUA 4XKQA 2O6AA 4H67A 3K1NA 3OSQA 4G77A 4M4GA 5JTYB 4IO7A 3FD3A 1QUKA 4ND9A 1F9BA 3MJNA 4KCDA 5FTHA 3VDFA 3KGCA 4IO2A 3N5LA 2F5XA 3FJ7A 4TOZA 1PB8A 5B7DA 1B5HA 3EF7A 5H8HA 3OXNA 4OESA 2XXRA 1S50A 2QS3A 1TFAA 3OOAA 1VFEA 1B7HA 1I69A 3CFXA 2ONKE 2UVJA 4AQ4A 5B70A 2XXHA 2G93A 3T9XB 4BDMA 1IEJA 1JW5A 3TYHA 4Q5TA 5ITOA 3S9LC 3K00A 2Q8JA 1VFDA 2NOOA 1ZBMA 4RYAA 3AXFA 3RT8A 1SVXB 1XVXA 2D21A 3CFLA 2QMWA 2AYSA 3FZVA 5L9SA 3DP8A 3O28A 2Y84A 2B3FA 4GL8A 4JBZA 4ECFA 1MY2A 3Q26A 4OVJA 4ELOA 1B7ZA 2DYXA 4UA8A 3C35A 3V83A 3ONMA 3SEYA 1OLAA 3TKDA 1GTKA 3VXCA 1NH7A 1MDP1 3EQ1A 4OZ9A 4YB6A 5AA1A 2Y7PA 4G68B 1CB6A 1AIVA 1XC1A 3H6WA 1NFTA 1XVYA 3HO7A 4AB5A 2R9JA 3ILTB 3D4CA 3PMWA 1ZJLA 3V8XB 2VD2A 3K6UA 2XXWA 4F1VA 2IA4A 2X7QA 5I2NA 4LZ5A 3TPAA 2O1MA 3EPEA 4BDNA 4U4SA 2CZLA 4I62A 4FECA 4NWDA 3ZKLA 1B0HA 2HFBA 3IR1A 4F3PA 1R9QA 3KN7A 3PD9A 4GVOA 2O84X 4RJZA 5I2KB 2ANJA 4C0RA 4OEVA 4ELRA 5H8FB 1D9YA 2I4BA 4IO4A 4IO5A 4PFUA 3TCGA 2F7CA 2DQVA 1OVTA 1PBPA 1MG1A 4QSDA 3UIFA 1T0KA 4JXIA 1VSOA 3H03A 1GVCA 3UK4A 1H43A 3O6GA 1LAHE 2A5TB 2O68A 3JV9A 2UYFA 4EQBA 4LP2B 1S7YA 3C32A 3OMBA 3LSWA 3VVEA 1OLCA 4QFOA 4NF4B 4E0XA 3EHSA 3MVYA 4THIA 3MP6A 3G3KA 2DWHA 3CG3A 3MP1A 4QSCA 3HHFA 1RYXA 1OMPA 2ABHA 1B7UA 2I48A 3JZJA 1NNPA 1JW4A 2V84A 5KCJA 4ZEDA 4FEBA 4LZ8A 1LFHA 4NWCA 4Q8RA 1JQFA 4FIMA 3FGSA 1ATGA 4Q0CA 1B4HA 3QAXA 3M3KA 2F8DA 2ONSA 2XX9A 1QUJA 4LONB 1FCKA 3FVKA 1JVXA 4GQOA 3BFTA 1SDXA 4OQOA 3RT6B 1LBCA 1MY3A 3PMXA 1Z7ME 3QUFA 5I56B 1M5CA 4WEDA 1UTHA 5FHNA 1SYHA 5AE4A 4KCCA 1M5FA 2Z8EA 4FE8A 4IGRA 1B3HA 1DPPA 1N0TA 1AL3A 2HXWA 4RA1A 1B1XA 3HHGA 3B6TA 4EUOA 1SD3A 3PPQA 4G8MA 3A09A 2HQ0A 2Y7IA 1QKBA 3TAJA 2GRVA 4R2BA 4H0WA 5H8HB 4GWOA 1FQEA 1QUIA 3FVNA 2XD3A 3UORA 3G3FA 4H5GA 4XKRA 1ZTYA 3LR1A 3N6TA 1ZLQA 2O51A 1EZPA 1RKMA 1POY1 4F1UA 2I49A 2DSFA 2HZLA 1JW1A 3U92A 3HPIA 3U72A 2F6GA 4NE4A 1MPDA 4KYDA 1MQJA 1QJMA 1SI0A 2YPNA 4ELQA 1LB8A 2DOJA 5CM6A 3TTKA 2DXRA 4YZZA 3ECRA 1IXHA 1A7LA 1SQYA 3KOTA 4OTEA 1P99A 1PBQA 4RNSA 2CMOA 4R9GA 2V3TA 1BTJA 4ZEBA 3FXQA 3S2VA 4GL0A 4N13A 4G2ZA 1HSJA 3S9NC 4I1DA 4R6YA 1IIWA 4JSDA 3RPWA 4RXLA 1A99A 4L17A 2Y7RA 3GXAA 3B6QA 2NWJA 1MH4A 3QIMA 1FTMA 2BJJX 1BP5A 2I3VA 4XXUA 3UP9A 3QXMA 4P0IA 3SEVA 4LUBA 3IOVA 1H3DA 3UN6A 5CBSA 3C31A 1UIVA 3K6VA 4QRZA 2ZYKA 5JK4A 1MS7A 3VLWA 2H9BA 1SW4A 4HCYA 4YKPA 4X9TA 2UVHA 1P1OA 4LA9A 4E0WA 2PX1A 3RN8A 1B3EA 4N6PA 3L6GA 4F29A 2ZNTA 3TZAA 4IO3A 4RPNA 3LUYA 3T9VA 1TXFA 1US5A 1LFIA 3MVWA 3R6UA 4H5FA 3O6HA 2GFEA 4UACA 4ZEKA 3K4UA 5ICQA 3ZS6A 2KLFA 1SYIA 3M3LA 3RTFB 2HAUA 2DXYA 3H4ZA 5KZTA 1ZU0A 4YKIA 5H8QA 2REJA 5TP9A 2DVCA 3PPNA 1LSTA 3CR9A 1MXWA 2I0BA 2F36A 4X1BA 4OFJA 1XT8A 5DVIA 4R74A 3CVGA 3S9EA 2Z22A 5AA3A 4JWOA 4KR5A 3C36A 3N6UA 1ANFA 4JSOA 1Q1KA 1IXIA 2QMXA 4O3BA 4GOTA 2Y7WA 3HN0A 5KCJB 2FNCA 2QRYA 4BDLA 1LAFE 3KN8A 1IITA 3DP4A 4H8JA 1Y4TA 1Q35A 2OCUA 3IOTA 3PUZE 3PUYE 1NNTA 4POWA 3T9HB 5ICTA 1TWYA 3SDFA 5M2VA 4O3AA 4NF5A 3KG2A 2DE4A 1FW0A 1FQCA 4C1TA 4ZECA 1A55A 3VLUA 4PETA 2QS2A 5H8NA 3TFLA 3H6VA 2XXTA 1UTHB 3EHUA 3F11A 3PU5A 3G3IA 3IJXB 2XX7A 2XXQA 5AA4A 4GF8A 1XHYA 3RUMA 3O29A 1FQFA 4HS7A 4NF6A 3V89B 3QUJA 4NF8A 3M3FA 5BUUA 5FHMA 1XS5A 1URSA 3G7WA 4I9DA 3MPLA 4MLVA 1OQHA 1YCJA 3IL1B 2UVGA 4WEPA 4OHNA 5ISUA 2OZZA 3TUSA 1SI1A 3USDA 4NEDA 4EF2A 2H4IA 1I6AA 4N07A 5L9OA 4PFYA 4BDQA 3SEUA 3O66A 4KHZE 4KPTA 3IAZA 4ZZAA 3GZGA 4H65A 3TDJA 3OEMA 5I59B 4K3FA 4GXSB 1IXGA 4EQ7A 3TODA 2DS9A 4TLMB 1TT1A 4LZ7A 4PFTA 3KJ7A 1CE2A 3N26A 4ZS9A 2O7UA 3CFZA 1IXCA 1N04A 1DPEA 2RC7A 1Y1MA 1P1WA 1JEUA 2RKMA 4GLIA 5KDTA 1FTLA 2B3BA 2Q88A 1FQDA 5CMKA 4H1XA 3OO9A 1B2HA 4MLQA 1WVJA 4TQUQ 3OELA 4QFNA 3A3UA 1GR2A 1DOTA 3SEXA 2AL5A 5TPAA 1N76A 3KBRA 5A5XA 5CMCA 3ODBA 1SW2A 3FASA 2FYIA 3RGYA 3H6UA 4F31B 5I57B 5EHMA 1QW0A 3IOUA 3K02A 2NUVA 2OBGA 3Q27A 3HCQA 3TTMA 4KQPA 4YAHX 3IB2A 4R6KA 3UA8A 4EF1A 5BWJA 4JB7A 1P1QA 2F97A 1MXVA 3K6WA 4KYSA 5EYFA 3MUQA 2OWSA 1QVSA 2LAOA 2F6PA 2OK2A 3IO6A 3IB0A 4G8NA 5I84A 3WAFA 1LBBA 1R9LA 3LSXA 3JYRA 4YB7A 5CC2A 1P1UA 2O7IA 4EDPA 3CI8A 5H8QB 5TP9B 4EQ9A 1UTBA 3LC8A 2XXVA 5AA2A 3KSJA 1DMBA 3TEPA 4FJPA 3MZ9A 3OENA 1BLFA 2B65A 4H8IA 3THIA 1URGA 2I0CA 1DSNA 3O97A 1MDQA 2ZNUA 5DT6A 4OERA 4YKKA 4GXAA 1IUDA 4YICA 1B46A 4KYEA 2Q2CA 4U4XA 1B5IA 4BDOA 4YKJA 3A3CA 2I4CA 3C9HA 3E3KA 4R6HA 1Y3PA 1JEVA 1MY1A 2W7YA 3FVOA 1MPCA 4ELPA 3OSRA 4OFLA 4QSEA 2F34A 4IY6A 5ITPA 3RY3A 4NF5B 5CMBA 3T9UA 4POXA 5CBRA 4DDDA 1USYH 4U21A 4ZE8A 3GBBA 5H8NB 3MZBA 3LBSA 4DXBA 3L6HA 1N7XA 1B3FA 1N3XA 5AA4B 1NNKA 3DP6A 3MC2A 5I58A 2RCAA 3HSTA 2ZXTA 3BBRA 4NF6B 1AMFA 2Y7KA 4NF8B 2UVIA 4Q30B 5LOMA 3Q28A 4DCYA 4DZ1A 2V25A 3B6WA 1O7TA 5DEXA 3K0VA 3C34A 1TFDA 2Q2AA 1B51A 4R9FA 3K1MA 2QL3A 3PGFA 3MBPA 5CRYA 4X48A 2ZMBA 4JWXA 2P1SA 3VE1B 3R26A 2NXOA 2VOZA 4RPOA 2QSXA 1NNFA 3RQTA 3QYTA 4DE8A 5HPQA 2R6GE 3O9PA 3FV1A 3U93A 1II5A 4MFIA 2ZYNA 1Y4CA 3TTLA 1URDA 2DWAA 4RY1A 5I2NB 2REGA 2F7BA 4C1UA 4TLLB 3EHTA 4PQJA 1H45A 2H98A 2PVUA 2GH9A 1A54A 3C4MA 3G3GA 4BLAA 1R1NA 4WKMA 1B1HA 4XIGQ 3CSBA 3EN3A 3I3VA 1B6HA 5HM4B 4OFOA 4ZDMA 4OXVA 1POTA 3MQ9A 1EZOA 3RLFE 3W9VA 5AA2D 5KDTB 1JVYA 4ZZEA 3O6IA 1ZMGA 4NTLA 3VVDA 2YJPA 3KOSA 3SKPA 4ZEIA 2HZKA 3QK6A 1M5EA 3PD8A 3E9XA 1EH3A 3MWBA 1L5TA 1I6BA 4H6DA 2NVUB 5TPAB 2PMSA 1B9JA 3K1PA 4LQ5A 5A5XB 2DWJA 3TTRA 3E13X 1WODA 1BIYA 3MVZA 1N7WA 1FTKA 2O69A 1B3LA 4R2FA 3KFMA 4YB5A 4LQ2A 4QFLA 2DP8A 2D5WA 1NMUA 2D3IA 1B4ZA 3KEIA 1JNFA 2X26A 2IEEA 4P11A 1PEBA 3OO6A 3IK6B 2Z8DA 1Y1ZA 3LSFB 2THIA 3P7IA 1NL5A 1DTGA 3RTWB 3K6XA 2HAVA 1SBPA 2VGQA 3HV1A 3FIRA 3CIJA 5DYHA 3TCHA 1VE4A 2Q9TA 2RC9A 3TTNA 5CMMA 4DXCA 2XXPA 3PV0E 4ESXA 4R73A 1MRPA 2V3QA 1OVBA 4F3GA 4R72A 5DVFA 3K01A 3VFJA 2H25A 3TQWA 3FUZA 1AH5A 1A40A 4HCWA 4U1OA 1UTBB 5AA2B 1VR5A 2XXUA 2E1SA 1PB9A 1AOVA 4EXKA 2RF1A 5FTIA 1BKAA 2VP1A 4DCXA 3TMGA 2VHAA 3PPPA 2P0SA 4JDFA 3CSGA 4YMAA 2GHAA 1NH8A 3FJMA 3GBAA 4F19A 2PT1A 4KFQA 2HEUA 4OETA 2Z8FA 1MM6A 2V3UA 3DM0A 3B7DA 4F1YA 1MQHA 2QS1A 4GD5A 4U22A 3QSLA 2RINA 1D9VA 3H06B 4KI0E 1QULA 4QFPA 3VXBA 4F3SA 2YLNA 3SEWA 4ZEFA 3KSXA 3MZ1A 1H44A 4GFRA 2PBWA 1ZIUA 4OYVA 4ZE9A 3PPOA 2ESNA 3MP8A 5K2XA 5DVJA 5FHOA 3CRBA 1QKAA 2X7PA 3IX1A 4QFKA 1MXZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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