2H25A

Solution structure of maltose binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
b'KTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
publication title A new strategy for structure determination of large proteins in solution without deuteration
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein
total genus 70
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A01
3KFMA 5DVFA 3CR9A 1US5A 3IOTA 1N0TA 5CM6A 3HPIA 3RT6B 2REGA 4HTGA 3PUYE 5HBCA 3K2DA 3RPWA 4U4XA 2F34A 2ANJA 4I62A 3HHGA 3M3LA 2O69A 1B3GA 1NFTA 3R6UA 2DVCA 2GRVA 3VE1B 3CG3A 1IEJA 4NF5B 2RCAA 4G68B 1VFEA 4F2QA 5EHMA 2ZYNA 2H98A 3BFUA 4JWYA 4R75A 3KG2A 1LCTA 4U1OA 1US4A 3SEVA 5L9SA 4IY5A 4ZS9A 3OOAA 3KZGA 2XX9A 3EF7A 1MY4A 1GGGA 3LBSA 1Y3PA 3VXBA 1TFAA 3OXNA 4ZEFA 4XKNA 4WEDA 1R9QA 4N07A 1MPCA 2XXQA 2H5YA 4F3GA 5F7VA 3O6GA 5I2KB 2F5XA 1WODA 2ESNA 4L17A 3BBRA 4XKRA 1ZTYA 1N84A 5ITOA 3TTLA 3TYHA 3JZJA 3W15C 1XC1A 1YAEA 2V3UA 4ELOA 4IO5A 2ZMBA 1Y4TA 3PUZE 2I0BA 5DYHA 1SW2A 3RN8A 1N04A 2B3FA 3MVYA 2RC7A 3ILUB 3Q28A 1UQWA 5B7DA 1PC3A 2Z8EA 1UTBB 3USDA 3S9NC 3H4ZA 4GWOA 4N13A 5JTYA 2DP8A 3VDFA 3FXUA 4U1ZA 2B3BA 4NWDA 2A5TA 2YLNA 3ZSFA 3KN3A 2QL3A 4I1DA 4ELQA 1EZOA 3DLNA 2B65A 2LAOA 3KOTA 3A3CA 3OO7A 5KZTA 3U93A 2DE4A 2O6AA 3H06B 1Q1KA 4R72A 1LGBC 4ZE8A 3VVEA 3G3GA 5ISUA 4E0WA 1NNFA 5A5XB 2P0SA 1DTGA 5I57B 1MQGA 4EDPA 4JWOA 3CRBA 2XX8A 1P99A 1UTHA 3A09A 5BWJA 1H43A 2D3IA 4DDDA 3UP9A 1LAHE 3C33A 2XXUA 4IO4A 3MJNA 5AA2B 1MY1A 5M2VA 5IKBA 1UIVA 3K1PA 1URDA 4OVJA 4QF9A 1VSOA 2R71A 5CMKA 3TKDA 5K2XA 1JW4A 1IQ7A 3TUSA 3SETA 4JB7A 1MXWA 3O28A 3R26A 2VD3A 2I3WA 3TCGA 4H65A 2UYEA 3RY3A 2Y7KA 2UVGA 4OEVA 4Q5TA 5H8QA 2PYYA 3CFLA 1B0LA 4EQ9A 2HQ0A 4MF3A 3TTNA 1I6BA 4PFUA 1XHYA 1NKXA 1QKAA 4QSCA 1XT8A 2HAVA 2XXWA 1Z7NE 1S50A 4ELPA 3EHSA 4GL0A 4U21A 4LQ2A 4OHNA 3QAXA 2O7UA 2PT1A 4FE8A 5DT6A 1II5A 4XXUA 4ZEDA 5HM4B 3DELB 1B7HA 3KSJA 1O63A 3B6QA 3MZ1A 1USYH 5AE4A 1DOTA 1D9VA 3I3VA 2RF1A 1VR5A 4POXA 1OLAA 3TCFA 4KCDA 4C0RA 2DSFA 1OQGA 1S7YA 5I58A 3TMGA 2DVZA 5J1DA 2FNCA 3VVDA 3C31A 1FQEA 2VP1A 1IZ1A 4LATA 1SYIA 3PUWE 1Q35A 4AB6A 1H3DA 3KEIA 4P11A 2QS3A 2Z8FA 3EN3A 1LFHA 4NTLA 3FGSA 1MDQA 4GL8A 1B3HA 5DVJA 3C35A 5I56B 3V5AA 1GV8A 1MXXA 2DYXA 3MW0A 1QVSA 1PBPA 3OENA 3T93B 3K6XA 4GLIA 3SEYA 4QSDA 1MY0A 5L9OA 5IAIA 3G3HA 1MDP1 2XXRA 3H3GA 1RYXA 2W7YA 4P0GA 3IR1A 1B32A 1N3WA 4UACA 1JVYA 2UVIA 1SW1A 3FJGA 1A7LA 5DEXB 3PPPA 3PPOA 3QUFA 3N26A 3HSTA 4G68C 3K1MA 3FUZA 1SI0A 4EQ7A 2ALUA 4DIGA 4FAJA 1LCFA 3TZAA 2XXPA 5FHOA 3PMWA 5L8DA 4RPNA 1T0KA 1ANFA 2GFEA 3B6WA 4GFRA 3IOWA 3S2VA 5AA4B 1B3EA 1QULA 3K02A 1I69A 2H99A 3UK4A 1A40A 4NWCA 2H25A 2HCAA 2QSXA 5ICQA 5HPQA 4G8MA 4GQOA 4KR5A 4MLVA 3RT8A 4IO6A 3UN6A 1LAGE 2F7CA 2UVHA 5I59A 2I48A 2XXVA 2ZYOA 1SI1A 1A99A 4R73A 1P1UA 4G8NA 3FV2A 3G3FA 3LSXA 2QS2A 4QRZA 1POTA 3MBPA 1FQAA 2DWJA 5KCJA 3ODBA 3IOUA 4GXAA 4OFLA 5TU0A 5EYFA 3SDFA 1NH8A 1SD3A 4K3FA 4XKQA 2H4IA 1FQCA 3SKPA 1PB7A 4R2FA 4YKIA 5TP9A 2DOJA 4XKPA 1LBCA 3TQLA 1HSLA 4OEUA 3CSBA 2BJJX 1IXCA 2ZNSA 1FTJA 4TLMB 3IO6A 2XXXA 1FCKA 4YB5A 5DTBA 1MS7A 1MH3A 4LZ8A 3O97A 3CVGA 3VXCA 2G29A 1JETA 2I0CA 3S9LC 3JYRA 2RCBA 2DE3A 4YZZA 1JW1A 1N76A 3V83A 1IXIA 3UGWA 3E9XA 1L5TA 4TQUQ 1F9BA 4LA9A 3KN8A 3IJXB 4ESWA 4X1DA 3E4RA 3B7DA 1OIBA 1LLSA 1HSEA 4X1BA 3UIFA 4TLLB 4EXKA 2QPQA 3A3UA 3PU5A 5CC2A 5H8HA 3KN7A 5AA1A 1M5FA 2PMSA 3MZ9A 2IEEA 1A55A 1IUDA 1RKMA 2XHDA 4R6KA 3PPQA 4RK2A 4H6DA 1Y4CA 2OBGA 1B7ZA 2NOOA 4JSOA 4X48A 3HN0A 3N6UA 3PD8A 4FATA 4RY1A 3HCQA 2UVJA 3D4CA 1EU8A 4NMYA 1CB6A 2HEUA 4BDOA 4AB5A 2F35A 2QRYA 4F31B 3FIRA 2ZYMA 3WAFA 2QS4A 4UA8A 2HZKA 3RQTA 1FTMA 3I5OA 1QKBA 3Q29A 3KJ7A 4NF6A 4RXLA 4DE8A 1MXYA 1LB8A 1ZJLA 3M3KA 1FTOA 1A54A 3VFJA 4ZECA 3FV1A 1IXHA 2OWSA 1NMUA 4RPOA 2P1SA 4AQ4A 4YMAA 4IO7A 1B1XA 4FJPA 4ND9A 3QSLA 1B7UA 4Q30B 3MPLA 2DE2A 3MPKA 4BDMA 1FW0A 2OK2A 2THIA 4Q0CA 3K1NA 4F39A 4QFPA 3O2AA 1B9JA 4O3CA 4PP0A 2ZNTA 4HW8A 1GR2A 4KQPA 1P1QA 3G7WA 1NH7A 4N6PA 5FHMA 4H8JA 4ONYA 1ZIUA 4R2BA 3GLBA 2DWAA 4GOTA 4NF4A 4BDNA 5JK4A 2X26A 2R6GE 4WXJA 1D4NA 1IXGA 4RYAA 1MM6A 4DXUA 5KDTB 2IA4A 2XXIA 1H76A 1XS5A 3LSWA 3DP6A 1JEUA 1QUKA 1ZBMA 4KI0E 1RYOA 1P1OA 4GD5A 4F1UA 2AIXA 4DXCA 1B2HA 3IAZA 5AA2D 3T9XB 1MQJA 2V25A 4F1VA 1LAXA 3IK6B 3PMVA 5ICTA 1MRPA 3U1OA 3VV5A 2DQVA 3MP6A 3K4UA 3ZS6A 1S9TA 3MP1A 3G3IA 4YB7A 1USYE 1MQHA 2QJEA 4ISUA 3UORA 2XXHA 2I3VA 2OZZA 3C9HA 3MWBA 1R6ZA 2GH9A 5K2YA 1ATGA 5I2NB 2XXYA 4QHQA 4EF2A 1IITA 1BP5A 2PT2A 3RLFE 4PQJA 1LFIA 5CI5A 3IO4A 4HS7A 4U4SA 1SVXB 3KJTA 3K01A 4OYVA 2XD3A 2ZYKA 3G3KA 1DPEA 1XVXA 4BDLA 3R7XA 3SEXA 1HSJA 4ZZAA 1B5HA 2H9BA 3EQ1A 2Q9TA 4G68A 2UYFA 1XVYA 1P1NA 2PX1A 3PUXE 1MY2A 4WEPA 1SQYA 3L6HA 2RINA 4PE5B 5H8FB 3L6GA 3K6WA 2REJA 3HO7A 4H0WA 1EZ9A 1Y9UA 3S9EA 1Y3QA 2YPNA 3OEKA 2Q88A 3C34A 1B0HA 1MQDA 2O1LA 3E3KA 4QFNA 4GF8A 3T66A 1KWHA 4GIZA 4LONB 2Q8JA 5I2KA 2X7QA 3MUQA 1DTZA 1B05A 3BFTA 3OMBA 4QFKA 4ECFA 1MG1A 2DWHA 3I6VA 1O7TA 4IY6A 4PETA 1LSTA 3O66A 1BLFA 2XX7A 4KYEA 1VE4A 1UTBA 4R74A 5LOMA 3CSGA 4G4PA 2F8DA 1FQDA 4DLDA 3IJOB 1AH5A 1FTKA 4GVOA 1LBBA 2QMXA 2PVUA 4O3AA 1JNFA 4BDQA 1B3LA 2VGQA 3M8UA 5H8SA 4G77A 3H6UA 3MQ9A 3FVKA 4JBZA 4EQBA 5I57A 3QUJA 4F3SA 3OD7A 3T9HB 4F18A 1JVXA 4U23A 4MFIA 3H6TA 4MBPA 5L9MA 3P7IA 2FA7A 2UXAA 4OFJA 4OESA 2A5SA 1A8EA 3FVNA 1R1NA 1WDNA 3LSLA 5AA2A 3H03A 1R9LA 3RNNA 3IB1A 1N7WA 3DM0A 3O6IA 1FTLA 5JEIA 1JEVA 3FXRA 2NXOA 3RUMA 3U92A 4THIA 4KPTA 2ZNUA 3ZKKA 2DS9A 4TOZA 4LZ5A 2OCUA 1GVCA 1QW0A 3D4GA 1D9YA 3QK6A 1H45A 2VHAA 3OSRA 3FZVA 1PB8A 3C32A 2RKMA 3EHUA 2M8CA 3F11A 1NNPA 1M5EA 3S9MC 2NVUB 1SW5A 5TPAA 3IB2A 3OO9A 4PFWA 4R6HA 1ZKBA 3O29A 4HCYA 4NE4A 1YCJA 1N3XA 3FVOA 4IGTA 2HXWA 2O1MA 3Q26A 1BIYA 1BTJA 3IOVA 4LP2B 1B3FA 1M5CA 4DCYA 3CFXA 4DXBA 2GHBA 3TTKA 1P1WA 4FEDA 3VVFA 3EHTA 3DP4A 5H8NA 5JTYB 3OO8A 4GXSB 2X7PA 2A5TB 2I6EA 4F19A 1MY3A 1IIWA 3TDJA 3UA8A 1NL5A 1TWYA 1JQFA 2DXRA 2XD2A 5I56A 1Y1MA 3K6VA 4F2OA 3B6TA 3E13X 5F1QA 1M5BA 1QUIA 4LQ5A 4H5GA 1NNTA 3V89B 3FXQA 1JW5A 2O68A 1AL3A 1MH4A 1ELJA 1UTHB 4YB6A 4Z0IA 1MPBA 5DEXA 2RC8A 3IL1B 5CBSA 3N94A 1WVJA 5CMCA 1MXVA 1YTVA 3ZKLA 3C36A 3H6VA 3U94A 1NNKA 3PD9A 2AL4A 5CRYA 4H1XA 2NUVA 4NF8A 1OQHA 1M5DA 4RA1A 2O84X 2I4CA 2KLFA 4EF1A 4IB2A 1B4HA 5AA4A 4GRKA 2AL5A 2Y7RA 2G93A 4Z7EA 1AIVA 1POY1 2I4BA 5FTHA 3W9WA 2XXTA 1MXZA 4H67A 4YMBA 3G3JA 5H8QB 3FJMA 4MH5A 2Y7IA 1B46A 3LC8A 1H44A 2OJTA 3OELA 3K6UA 4YU0A 3PV0E 3TEPA 5CMBA 1B58A 1TFDA 4RK9A 4NEDA 2QS1A 3SESA 4C1UA 4IO3A 1B52A 1TT1A 4I9DA 4OFOA 4PFTA 4KHZE 2HZLA 2ZXTA 4JDFA 3OO6A 4F3PA 2AYSA 5I58B 3MVWA 4ZZEA 3THIA 3MZBA 4JWXA 3MC2A 1OMPA 4LUBA 2FYIA 3IORA 4LZ7A 3DP8A 3HV1A 1OLCA 3Q25A 4FORA 3ONMA 3TFLA 3W9VA 5I84A 2V3TA 3VLVA 5FTIA 1D3KA 3GXAA 1FQFA 1B6HA 3GZGA 4YICA 4P0IA 3FASA 4R9FA 3KBRA 3MAMA 3K00A 3SERA 4Q8RA 3T9VA 1YPNA 4F29A 1LFGA 3TELA 1FQBA 3MVZA 4ZDMA 1B51A 4BLAA 2Q2CA 3S4UA 2WKYA 3QYTA 4FECA 2Y7WA 1VFDA 1LB9A 4OWDA 4ZEIA 1EZPA 4I8CA 3PUVE 4OERA 2F7BA 2HFBA 3LR1A 4PFYA 3PGFA 2QMWA 3RGYA 1DMBA 4X9TA 2V3QA 4ZE9A 1UIUA 4QSEA 3QXMA 1LAFE 1DSNA 5B70A 2ABHA 4M1VA 1URSA 4DZ1A 4M4GA 4RJZA 3T9UA 1GTKA 1SBPA 2GHAA 1SDXA 5EHSA 3U72A 4NF5A 2V93A 3U8QA 4OENA 2O51A 2VOZA 2DWIA 2ONRA 1MXUA 3AXFA 3IB0A 3ILTB 5I59B 3CI8A 1B4ZA 2O7IA 1QUJA 4KYDA 2Z23A 2HAUA 5CMMA 3KOSA 3ECRA 4F3BA 1Y1ZA 5KCJB 3MP8A 4U2RA 5TPAB 3FJ7A 2F6PA 1AOVA 4IGRA 4YAHX 1B5IA 4C1TA 4KFQA 2E0SA 3VLUA 1TXFA 5TP9B 4OMBA 5DVIA 2OWTA 4KD5A 2DXYA 4XIGQ 3CG1A 2Z22A 1B1HA 3C4MA 4DCXA 3N5LA 4YKJA 4OETA 5ELVA 4G8HA 3CFZA 3KSXA 1O64A 2F97A 2F6GA 5H8NB 4RNSA 1PEBA 3RTWB 3VLWA 5AA3A 4POWA 4R6YA 3Q27A 5KDTA 1MQIA 1SW4A 3FVGA 1DPPA 3SEWA 2ONSA 3SEUA 1ZU0A 2E1SA 4MLQA 4JXIA 2CMOA 4HCWA 1A8FA 3OSQA 3H7MA 3TCHA 4ZEKA 1Y20A 3K0VA 3TTMA 4ELRA 4OXVA 4QFLA 1I6AA 5H8HB 1ZMGA 2F7AA 5A5XA 4WKMA 5FHNA 2F78A 3O9PA 4BDRA 2I58A 4F1YA 1SYHA 4R9GA 1OVTA 1ZLQA 4ZEBA 2F36A 1BKAA 3O6HA 4IO2A 4H5FA 3PMXA 1PB9A 3JV9A 3T96B 2VD2A 5ITPA 1B40A 4YKKA 5I2NA 4NF8B 3RTFB 3TTRA 1QJMA 2CZLA 2P2AA 3H6WA 1MM7A 4KCCA 2RC9A 4NF6B 3LSFB 2Q89A 5CBRA 2YJPA 3MVXA 1AMFA 3TODA 4ESXA 3T22A 4E0XA 5H8FA 3N6TA 3TAJA 3LUYA 1XOCA 1I6QA 1B5JA 4OTEA 4KYSA 1MPDA 3PPRA 3EPEA 3GBAA 2Z8DA 4FIMA 3GBBA 4H8IA 2I49A 2D21A 3FD3A 3BKIB 4F22A 3QIMA 4LVQA 4YKPA 3V8XB 1N7XA 4FEBA 4G2ZA 5BUUA 2PBWA 3WAEA 4NF4B 4EXLA 1OVBA 4XTCQ 2R9JA 3FATA 2NWJA 3TPAA 4EUOA 1EH3A 1J1NA 3M3FA 2ONKE 1PBQA 2V84A 3KGCA 1PDAA 1CE2A 3CIJA 4QFOA 3OEMA 3HHFA 2Y7PA 2Q2AA 4O3BA 4OZ9A 1Y3NA 1URGA 2Y84A 1Z7ME 4OQOA 3TQWA 4U22A 3IX1A 3PPNA 2D5WA 4JSDA 2OLBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KFMA 5DVFA 4OVRA 3CR9A 1US5A 3IOTA 1N0TA 5CM6A 3HPIA 2QVUA 3RT6B 2REGA 4HTGA 3PUYE 5HBCA 3K2DA 3RPWA 4U4XA 2F34A 2ANJA 4P1EA 4I62A 3HHGA 3M3LA 2O69A 1B3GA 1NFTA 3R6UA 2DVCA 2GRVA 3VE1B 3CG3A 1IEJA 1FSAA 2PFZA 3GYYA 4PBQA 4NF5B 2RCAA 4G68B 1VFEA 4O7MA 4F2QA 5EHMA 2ZYNA 2H98A 3BFUA 4JWYA 2BJIA 4R75A 1EYIA 3KG2A 1LCTA 1FPJA 4U1OA 1US4A 3SEVA 5L9SA 1IMCA 4IY5A 5EQAA 4ZS9A 3OOAA 3KZGA 2XX9A 5T3JA 3EF7A 4P9KA 1MY4A 1GGGA 3LBSA 1Y3PA 3VXBA 5ET5A 1TFAA 3OXNA 4ZEFA 4XKNA 2XWOA 5IZ1A 4WEDA 1R9QA 2FVZA 4N07A 1MPCA 3HFUA 2XXQA 2H5YA 4F3GA 5F7VA 3O6GA 5I2KB 2F5XA 1WODA 2ESNA 4L17A 3BBRA 4XKRA 1ZTYA 1N84A 5ITOA 3TTLA 3TYHA 3JZJA 3W15C 4I40A 3QMFA 1XC1A 1YAEA 2V3UA 3FBPA 4ELOA 5IZZA 4IO5A 2ZMBA 1Y4TA 3PUZE 4PGNA 2I0BA 5DYHA 1SW2A 3RN8A 1N04A 2B3FA 3MVYA 2RC7A 3ILUB 3Q28A 1UQWA 5B7DA 1PC3A 2Z8EA 1UTBB 3ROJA 3USDA 3S9NC 3H4ZA 4GWOA 4N13A 5JTYA 2DP8A 3VDFA 3FXUA 4U1ZA 2B3BA 4NWDA 2A5TA 2YLNA 1FBCA 3ZSFA 3KN3A 2QL3A 4I1DA 4ELQA 4MNCA 1EZOA 3DLNA 2B65A 2LAOA 3KOTA 3A3CA 3OO7A 5DW8A 5KZTA 4PAKA 3U93A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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