2H25A

Solution structure of maltose binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
publication title A new strategy for structure determination of large proteins in solution without deuteration
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein
total genus 70
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A01
3MZBA 4R75A 4RJZA 1IUDA 3ODBA 4X9TA 2Q8JA 1H3DA 3H6WA 3FATA 3R26A 4DE8A 3GBAA 2PT2A 3UGWA 4BDLA 1N7XA 5H8FA 3H4ZA 3LC8A 3B6WA 4N07A 5I84A 1B5IA 3GLBA 5H8FB 1A7LA 1LAHE 4U1OA 3PU5A 4LATA 5I58A 4GQOA 5KZTA 1N3XA 2Z8EA 4MLQA 4NF4A 5L9OA 5I58B 3E4RA 5CMMA 1FW0A 2WKYA 3PPRA 3QK6A 1HSJA 2OLBA 1JVYA 4EDPA 4F3SA 4Q0CA 2OJTA 3K00A 2THIA 3IOUA 4FORA 3QAXA 4NF8A 4OESA 3SETA 4ZEDA 5EHSA 4NF8B 4H5FA 3BBRA 4POWA 1ZIUA 2QMXA 2DWAA 4M1VA 1B9JA 1PDAA 3OMBA 4TLMB 4YKPA 1MY3A 1MXWA 1XC1A 2IA4A 4GXSB 3E9XA 3R7XA 4HS7A 4GIZA 3RN8A 5I2NA 2REGA 5JEIA 3CFXA 2F6PA 4LUBA 3H6UA 2DWJA 3RUMA 1J1NA 4O3AA 2HFBA 1ATGA 1LFGA 5CMBA 2DE3A 3TCHA 3SERA 3K6XA 3S9NC 1GTKA 4U21A 3MPLA 4UACA 3TEPA 3OEMA 3TZAA 3C35A 5HPQA 4OZ9A 3PMVA 4ECFA 1I6BA 1H43A 2R71A 2D3IA 4Z0IA 4IO3A 3IO6A 3G3FA 1IEJA 4KFQA 3Q27A 1XVXA 1FQEA 2RCAA 3SEWA 3IOWA 4KYEA 1RKMA 4PP0A 3FJGA 2HCAA 3FJMA 5K2XA 3K4UA 5AA1A 1A40A 2DYXA 3MZ9A 2QS4A 1TT1A 4YICA 2F8DA 4DZ1A 1SW1A 4XXUA 3S2VA 3DP8A 3LR1A 2I6EA 3QIMA 5ITPA 2ZNSA 2QS3A 3LSLA 1M5DA 3MBPA 1GVCA 4JDFA 2HAUA 2O6AA 4BDMA 4G4PA 1LCFA 1S7YA 4ZEFA 4N6PA 1JQFA 4EQ9A 2ZXTA 3M3KA 1ZTYA 4HW8A 1B1HA 4YKJA 3FVNA 1OMPA 4WXJA 3QXMA 4R6KA 1QVSA 1LBCA 3MP6A 4N13A 2P0SA 3IK6B 3U92A 4GVOA 4ND9A 1N7WA 3OOAA 3TFLA 3RTWB 3IOTA 4NMYA 1MY2A 1XOCA 2CMOA 2I58A 2XX8A 3A09A 3CSBA 3K01A 1MPDA 2UVJA 3HN0A 1URGA 4MH5A 3CG3A 2XX9A 1IIWA 4PQJA 4IO2A 2XXHA 2VOZA 2A5TA 3UA8A 2A5TB 2ZNUA 5AA4B 2QL3A 4QRZA 4Q8RA 4XKPA 3MVWA 1DOTA 2E1SA 1R9QA 3N94A 1SDXA 3U1OA 3PUZE 3PPNA 3C36A 5FHMA 5TPAA 3TUSA 1LAGE 1BLFA 1QUIA 3V8XB 4AQ4A 5TPAB 3T22A 4F1UA 3OEKA 4RPNA 3CFZA 3B6QA 2XX7A 3O2AA 3O66A 3SEXA 3BFTA 1TWYA 2XXWA 4QFNA 1WDNA 1AH5A 1IXHA 1BIYA 4KQPA 4ELPA 2Q88A 1VE4A 1B1XA 3W9WA 1D3KA 3EPEA 4JWXA 4YKIA 4GRKA 2NOOA 3MC2A 1GV8A 4PE5B 2GH9A 1Y20A 4KPTA 1FQCA 3AXFA 1HSLA 1B3HA 3D4CA 3IR1A 3OSRA 1B3EA 3TTRA 5HM4B 4ELQA 1A8FA 2H25A 1MM6A 4F18A 3FZVA 4JSDA 4IGRA 4Z7EA 4G68C 1DPEA 4FAJA 1B0LA 2HZKA 3KN8A 2O1LA 4YU0A 4F1YA 2NVUB 4ZE8A 2YJPA 1USYE 1MXXA 4O3CA 2ONSA 3ONMA 3H03A 4GOTA 4ISUA 1VFDA 1N3WA 2QS1A 2Y7RA 4YKKA 5CI5A 1EH3A 3RT8A 2F36A 1IQ7A 3HV1A 3I5OA 1Y3NA 3K1MA 2I48A 5HBCA 2Z8DA 4IO6A 1RYXA 4RYAA 3CI8A 4MLVA 5FHOA 2Z22A 4P11A 4FEDA 2I0BA 1O7TA 1ZBMA 5I59A 3OELA 1LLSA 4G77A 1B58A 3HHFA 1I6AA 5I59B 4G8NA 1NNFA 3L6HA 1B7HA 2F35A 3VV5A 5H8QA 2O69A 1B52A 5H8QB 2I3WA 3IO4A 4AB5A 3PUXE 4P0GA 3SEUA 2H4IA 3D4GA 3PUVE 4OWDA 4F3PA 2I3VA 4NF5A 3C9HA 1Y3PA 4I1DA 3TYHA 3S9MC 4NF5B 2NWJA 2F34A 3MWBA 4R2FA 4M4GA 3PD9A 2X7QA 2VD3A 1US4A 2O7IA 3MVXA 1B46A 4NE4A 4ESXA 2RC7A 3W9VA 4GD5A 3UIFA 3ILTB 2ONKE 1MH4A 4RK2A 3FUZA 5DVJA 3HSTA 2ONRA 4OXVA 4WKMA 4QF9A 3IB2A 4X48A 3Q29A 4OETA 4PETA 3KEIA 4DXCA 3SEYA 4FECA 1B6HA 1LFHA 3FXQA 4FIMA 4JBZA 2XD3A 4ZECA 3G3IA 1TFDA 1H44A 1MQJA 3HHGA 3FD3A 3G3KA 1O63A 4LQ2A 1PB8A 2HZLA 1P1NA 3S4UA 1SYHA 5K2YA 1D9YA 4ZEBA 4ZDMA 3O9PA 1FTLA 1D4NA 4FEBA 3KBRA 4YMBA 2I0CA 1CB6A 1LFIA 3E3KA 2ANJA 3FVOA 2H98A 1JW1A 1R6ZA 5B70A 4NF4B 4JXIA 1WODA 3E13X 1NNPA 3WAEA 1LAXA 4ELRA 4JB7A 1Q1KA 2XXUA 3FXUA 4YAHX 4PFWA 1MXVA 2O1MA 4RY1A 4G8MA 3PPOA 1B3GA 2HAVA 3O29A 5TU0A 4U1ZA 3FIRA 1B4ZA 2ZYNA 4F39A 3G3GA 4WEPA 2ZYMA 3PGFA 3ECRA 3KFMA 3FVKA 5H8HA 1Z7NE 4R9GA 5CRYA 4KD5A 1EZPA 2UVGA 4BLAA 1B3LA 5I2KA 2RC9A 5M2VA 4H0WA 4H6DA 5I2NB 3MP8A 5A5XA 3VFJA 5I2KB 1R9LA 3N5LA 5AA2D 4DCXA 5A5XB 4LZ8A 1UTBA 5L8DA 4E0WA 3M8UA 1DSNA 3JZJA 1UTBB 4ZZEA 2Y7PA 4YB6A 4EQ7A 1MQIA 4PFYA 4BDNA 4F1VA 3EHUA 2LAOA 3CFLA 1B0HA 3IAZA 1POTA 3IX1A 1MY4A 1M5FA 1FQFA 1S9TA 4X1BA 3TQWA 3S9EA 4OEUA 1TXFA 2QJEA 4BDQA 3OO7A 1P1UA 4X1DA 5EYFA 4H8IA 5IAIA 1Y4TA 4HTGA 1MQGA 4MF3A 1XT8A 5I57A 2FYIA 1YCJA 3K1PA 3VLUA 2ZYKA 5I57B 2OK2A 4LP2B 3FGSA 1PB7A 1D9VA 3Q26A 3O6GA 3SDFA 4IY6A 2F7CA 1OQGA 2DE2A 1A99A 1MY1A 3IJOB 1LGBC 1PEBA 4OHNA 3RQTA 2QSXA 3RPWA 1PB9A 2NXOA 3P7IA 2V84A 4RPOA 1B5JA 5TP9A 2XXTA 4QFLA 1QW0A 5TP9B 4R6YA 2UYEA 2HQ0A 1I6QA 2RF1A 3MP1A 3U72A 4G2ZA 2OZZA 1QUJA 1SI1A 2OWTA 4R9FA 3VVEA 2V93A 3OO8A 5CBRA 4EXLA 1B2HA 4JSOA 3M3LA 2R6GE 1IXIA 2B3BA 4YZZA 3LSWA 4K3FA 4EF1A 3HO7A 5CMCA 3KZGA 2F7BA 4F31B 2F78A 2F97A 3GXAA 4THIA 2V3TA 2ZMBA 4IO7A 1MG1A 3TKDA 2BJJX 3C34A 3KN7A 3LUYA 2ESNA 3TODA 2XXIA 2D5WA 3G3JA 4KYSA 3H6VA 3UK4A 1R1NA 2O7UA 3T9UA 2DP8A 1MM7A 1SW4A 4HCWA 4EQBA 3TPAA 1JVXA 1USYH 4R2BA 1LCTA 1URSA 4OENA 5F1QA 1POY1 1BKAA 1XHYA 4F2OA 2XXQA 4F3BA 4F22A 3ZKLA 3T9VA 4F19A 3EF7A 4POXA 2OWSA 1B3FA 3O6HA 4HCYA 4OTEA 3USDA 1MPCA 2V25A 3V89B 4QSEA 3PPQA 2A5SA 3KSXA 2Z23A 3IB1A 3IOVA 4BDRA 4WEDA 4C1TA 1Y1ZA 3IB0A 1JEVA 4OFLA 1B40A 1MDP1 4AB6A 3U93A 3T9HB 3EQ1A 4LZ7A 1N0TA 4C1UA 4L17A 2DXYA 1I69A 4R73A 1II5A 5DT6A 1H45A 3MZ1A 4TQUQ 5ITOA 1LB9A 1P1WA 4RA1A 1FQDA 1M5BA 4LZ5A 3KOTA 1XS5A 1ZJLA 5JK4A 1AL3A 2XD2A 3KJTA 1PBPA 2F5XA 1S50A 4IY5A 4DXUA 1Q35A 2X7PA 3MVZA 1B05A 2X26A 1L5TA 1SI0A 5L9MA 1VR5A 3H6TA 4ZEIA 5KDTA 2XXXA 4G68A 4NF6A 5EHMA 4G68B 5CM6A 3OSQA 2Q2AA 3OO6A 3DELB 2GHAA 1TFAA 4FE8A 3O28A 4OQOA 3OENA 2RINA 2O68A 3C33A 3QUFA 2O51A 4ELOA 3FJ7A 1N84A 4PFUA 1B7UA 4GWOA 4LONB 3LSFB 1OLAA 4IB2A 4DDDA 2XXYA 4OMBA 4EF2A 1YTVA 3PMWA 3EHSA 3K1NA 3BFUA 4FATA 4U4XA 3C31A 2B65A 2RKMA 4YB7A 3CG1A 3SEVA 2UVHA 3GBBA 3TMGA 3V5AA 1FTMA 5ICQA 4Q5TA 5AA2A 2VHAA 1ZKBA 1A8EA 3HCQA 3U8QA 5AA2B 1UTHA 3RT6B 3KOSA 3B6TA 2PYYA 2H5YA 5H8NA 1UTHB 1T0KA 4Q30B 1N04A 4KCDA 3JYRA 3R6UA 3TQLA 3QSLA 2PBWA 1SQYA 4I8CA 3PUWE 4I9DA 3VXCA 1OQHA 4U23A 4R74A 3PMXA 1ZU0A 3K2DA 5DVIA 3TTMA 2H9BA 1YPNA 4U2RA 4OYVA 1OIBA 1OVBA 2E0SA 1QKAA 3K0VA 2VP1A 3VLVA 3TDJA 5B7DA 3TTKA 1SW5A 3FXRA 2OBGA 4H5GA 3N26A 1O64A 3VLWA 2OCUA 2Q9TA 3VE1B 4O3BA 4OERA 3RTFB 4H1XA 4GL0A 3UORA 3K02A 3THIA 1NFTA 2B3FA 3H06B 2QRYA 4IO4A 2GFEA 1BP5A 3S9LC 1JW4A 3IJXB 1AIVA 3A3UA 3EHTA 4RK9A 3FV1A 4C0RA 1B7ZA 5CMKA 4OEVA 1FTJA 4FJPA 2XHDA 1RYOA 2NUVA 1MPBA 4PFTA 2RC8A 3KG2A 4R6HA 5H8HB 1SVXB 4I62A 4KI0E 1CE2A 2ZYOA 2CZLA 2F7AA 3F11A 1N76A 1AOVA 2PMSA 1Y3QA 3ZSFA 3PV0E 1NKXA 2DXRA 3LBSA 2GRVA 5ICTA 4U22A 4GXAA 1SBPA 3O97A 3DP4A 1Y4CA 1Z7ME 3DM0A 3DLNA 1ZLQA 4BDOA 5L9SA 2W7YA 5H8SA 2I4CA 2REJA 2FA7A 3Q25A 2M8CA 3RLFE 5CBSA 5BWJA 2G29A 3VDFA 1MXUA 4ZZAA 4JWYA 1IITA 1MXYA 5CC2A 4QFOA 2UYFA 4DIGA 2AIXA 4NTLA 4XKQA 2R9JA 1FTKA 3ILUB 3Q28A 3KJ7A 1IXCA 4UA8A 1MQHA 3K6WA 4EXKA 2G93A 2XXRA 1FQAA 4IO5A 3TTLA 1MQDA 1DMBA 3TAJA 3TCGA 5DEXA 4MBPA 4MFIA 5DTBA 1SW2A 3EN3A 5DEXB 4GFRA 1LSTA 3QUJA 1NNTA 2DS9A 4H65A 1SYIA 1DPPA 4TLLB 1MS7A 2PVUA 1MXZA 3UN6A 1JETA 2DVCA 3H7MA 4F2QA 2D21A 3N6TA 2DWIA 2V3UA 2VGQA 3BKIB 2QPQA 3TELA 2GHBA 2KLFA 4ONYA 1URDA 4OFOA 1AMFA 3ZS6A 3I3VA 1H76A 2AL5A 3K6UA 1UQWA 2QMWA 4EUOA 2IEEA 1LB8A 1JEUA 3MVYA 4KR5A 1PC3A 1B32A 3IL1B 4JWOA 4RXLA 1DTGA 3MW0A 4OVJA 3MUQA 3CRBA 1B5HA 2Y84A 2DWHA 1IXGA 4YB5A 3GZGA 1EZOA 5F7VA 4KCCA 1UIVA 2Y7IA 3QYTA 2O84X 3CR9A 3CSGA 5AA4A 4H67A 5FTIA 5DVFA 3C4MA 2RCBA 5ISUA 1VFEA 4LVQA 2ZNTA 2YPNA 5KCJA 3TTNA 4RNSA 1M5CA 4DXBA 1BTJA 3SESA 5KCJB 1HSEA 1P1QA 3MJNA 2Z8FA 5I56A 2XXPA 4XKNA 2YLNA 1GR2A 4LQ5A 5I56B 4DCYA 2DQVA 1QKBA 5AA3A 3B7DA 5JTYA 4ZE9A 5JTYB 2DOJA 4NWDA 4GF8A 1A54A 4E0XA 1A55A 3MAMA 4KHZE 2P1SA 1MH3A 1LAFE 1ELJA 2I49A 3MQ9A 4LA9A 1B4HA 4XIGQ 3FVGA 3WAFA 4GLIA 1DTZA 2H99A 3FASA 3O6IA 3H3GA 2DVZA 3SKPA 2HXWA 1JW5A 3JV9A 3T66A 3ZKKA 5BUUA 2P2AA 2AL4A 1ANFA 3OXNA 3KSJA 2PT1A 1IZ1A 1P99A 1XVYA 2FNCA 2Q2CA 5J1DA 1FCKA 2QS2A 1US5A 4F29A 4ESWA 1NL5A 2UVIA 5LOMA 2DE4A 2I4BA 3VXBA 2ABHA 4GL8A 3HPIA 1YAEA 3W15C 1B51A 1OLCA 1MRPA 1EU8A 3T9XB 3KN3A 3G7WA 3N6UA 2HEUA 3KGCA 2PX1A 5ELVA 4P0IA 1LBBA 3T93B 1MDQA 3MPKA 4G8HA 1MY0A 5KDTB 2ALUA 3LSXA 1ZMGA 4TOZA 4ZEKA 2F6GA 1QUKA 4NF6B 4YMAA 4OFJA 2V3QA 3DP6A 3PPPA 1QULA 4QSCA 3RNNA 3FV2A 3G3HA 1KWHA 1EZ9A 3UP9A 1FTOA 4XKRA 4F3GA 1F9BA 3U94A 2DSFA 3C32A 3IORA 3M3FA 2Y7WA 2Q89A 4QFKA 3VVDA 1GGGA 4KYDA 3PD8A 3TCFA 3V83A 3CVGA 1NH7A 3K6VA 5DYHA 4QHQA 1SD3A 3T96B 2XXVA 4R72A 1OVTA 1NMUA 4ZS9A 1WVJA 2VD2A 2Y7KA 3RY3A 4IGTA 1PBQA 5H8NB 1Y9UA 1VSOA 5IKBA 2UXAA 1M5EA 3CIJA 4NEDA 4DLDA 3I6VA 3A3CA 1JNFA 1P1OA 1UIUA 3OD7A 5AE4A 4QSDA 3VVFA 3RGYA 2AYSA 1Y1MA 1NH8A 4NWCA 4XTCQ 1QJMA 3PUYE 5FTHA 5FHNA 4U4SA 1FQBA 4H8JA 1NNKA 3L6GA 3OO9A 4QFPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MZBA 4R75A 4RJZA 1IUDA 3ODBA 4X9TA 2Q8JA 1FPEA 1D9QA 1H3DA 3H6WA 3FATA 3R26A 4DE8A 3GBAA 2PT2A 3UGWA 4BDLA 1N7XA 1FPFA 5H8FA 3H4ZA 3LC8A 3B6WA 2QVRA 4N07A 4OVTA 1XI6A 5I84A 1B5IA 3GLBA 5H8FB 1A7LA 4GWUA 1LAHE 3EKIA 4U1OA 3PU5A 4LATA 5I58A 4GQOA 5KZTA 1N3XA 4N8GA 2Z8EA 4MLQA 4NF4A 5L9OA 5I58B 3E4RA 5CMMA 1FW0A 2WKYA 3PPRA 4GWYA 4UABA 4H46A 3QK6A 1HSJA 2OLBA 4P1EA 1JVYA 4EDPA 4F3SA 4Q0CA 2OJTA 3K00A 2THIA 3IOUA 4FORA 3QAXA 4NF8A 4OESA 1LBXA 3SETA 4ZEDA 5EHSA 4NF8B 4H5FA 3BBRA 4POWA 1ZIUA 2QMXA 2DWAA 4M1VA 3U65A 1B9JA 1PDAA 3OMBA 4TLMB 4YKPA 1MY3A 1MXWA 1XC1A 2IA4A 4GXSB 3E9XA 3R7XA 4HS7A 4GIZA 3RN8A 5I2NA 2REGA 5JEIA 3CFXA 2F6PA 4LUBA 3H6UA 2DWJA 3RUMA 1J1NA 4O3AA 2HFBA 1ATGA 1LFGA 5CMBA 2DE3A 3TCHA 3SERA 3K6XA 3S9NC 1GTKA 4U21A 3MPLA 4UACA 3TEPA 3OEMA 3TZAA 3D1RA 3C35A 5HPQA 4OZ9A 3PMVA 4ECFA 1I6BA 1H43A 2R71A 2D3IA 4Z0IA 3QMFA 4IO3A 3IO6A 3G3FA 1IEJA 4KFQA 3Q27A 1EYKA 1NV6A 1XVXA 1FQEA 2RCAA 1DBZA 3SEWA 3IOWA 4KYEA 1RKMA 4PP0A 3FJGA 2HCAA 3FJMA 3T0JA 5K2XA 4N91A 3K4UA 5AA1A 1A40A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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