2H25A

Solution structure of maltose binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
b'KTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new strategy for structure determination of large proteins in solution without deuteration
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
source organism Escherichia coli
molecule tags Sugar binding protein
total genus 70
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A01
3KZGA 4R73A 2UVGA 1O7TA 1POY1 2P1SA 1B6HA 3G3KA 3AXFA 1N04A 4GL0A 3TTNA 4U4XA 4KD5A 3BBRA 3C34A 2NVUB 1LBCA 1P1UA 3E3KA 4YKKA 5ICQA 2XX7A 4PP0A 3IR1A 1R6ZA 1OLAA 4QF9A 1SVXB 3OO7A 1LAXA 3VLWA 5H8HB 3IL1B 3QUFA 4BDRA 4QFNA 3N94A 5AA4B 2I4CA 1PC3A 3IORA 4EF1A 1D9VA 4EXLA 5AA2D 3PD9A 3PUYE 2O7UA 2Q88A 3EF7A 2AYSA 5I2KA 3Q29A 1R9LA 1GVCA 1BP5A 3H3GA 4DLDA 4QFKA 1N7XA 4NMYA 1MS7A 2RINA 1XS5A 1CE2A 2O51A 3K4UA 4HCYA 4H0WA 1LLSA 3B6TA 3OO9A 1SD3A 2B3FA 1QKAA 2V3QA 1FTMA 4KPTA 3BFUA 4FJPA 3CG1A 3ILUB 4FIMA 1TWYA 3IOUA 4ELRA 4YU0A 3PGFA 1LCTA 3MZBA 4ZE8A 1ZBMA 3TTLA 4RK9A 1P1OA 2O1LA 4IB2A 2E0SA 4M4GA 3IJOB 4TLLB 2DWAA 4R2FA 3OELA 3H6VA 1IEJA 4U2RA 5JTYA 4OXVA 3KOTA 4ND9A 3KG2A 2OLBA 4BDNA 3R26A 1CB6A 1DOTA 2XXXA 4HS7A 1NMUA 3JV9A 5H8NB 2HQ0A 2PMSA 1ZIUA 1S9TA 4LVQA 1FQEA 2DWHA 4EQBA 1EH3A 3FV2A 2GHAA 3T9UA 1B7ZA 4XXUA 2DWJA 4LP2B 4O3CA 5KDTA 3KOSA 1QUJA 2VOZA 4FEBA 4BDOA 4PFTA 5KDTB 1Q1KA 3B6QA 4I62A 4X48A 2YJPA 1S7YA 4BDLA 2ZNUA 4YB6A 4Q5TA 3VVEA 1MQGA 2QJEA 3K6XA 3RLFE 4OESA 3PPRA 1LGBC 3TYHA 3DELB 3MUQA 3PUWE 4C0RA 1UTBB 4DE8A 1SQYA 1OQHA 3BKIB 4DIGA 1JETA 1NNTA 4LZ5A 2DP8A 5I58A 5CMBA 1N3XA 3EHSA 3FXUA 1I6QA 5I58B 4I1DA 5CMMA 5B70A 3I3VA 3O6HA 4I8CA 2QS2A 3DM0A 2OJTA 1VR5A 4H8JA 1DSNA 5K2XA 3FVGA 4Z0IA 2RCBA 2Q2AA 2DYXA 3EN3A 3RPWA 3HHGA 1SDXA 4KCCA 3KSXA 2O6AA 5ICTA 4ESWA 3MPLA 2DE2A 1B3LA 4JSDA 4XKQA 1QUKA 4N07A 4R2BA 3HPIA 4JWOA 3TCFA 1GR2A 3C4MA 3LC8A 3IAZA 3QK6A 5CBSA 2DWIA 4NF6A 1JVXA 3EPEA 2V84A 4F3PA 3ZKLA 1PEBA 2UXAA 4OERA 2H4IA 1QUIA 3KN8A 2I49A 3PMXA 3LSLA 4POXA 4IGRA 1NL5A 3CFLA 1LSTA 3OO8A 4R72A 3A09A 2PVUA 3MBPA 1H3DA 4DZ1A 3ZS6A 1Z7NE 4F31B 1MY1A 4F1VA 3QUJA 1JW1A 3S9LC 3UIFA 4IO7A 3TQWA 1YCJA 4JXIA 2F5XA 1P99A 5H8QA 4H5FA 4KI0E 2Z8FA 3TPAA 3VXBA 1B58A 3PUXE 4NF5A 1N84A 1US5A 3PUZE 5I57A 1IQ7A 2H5YA 1MH3A 3LR1A 1L5TA 4NF5B 4E0XA 4BDMA 4FECA 2QS1A 4LATA 5I57B 4WKMA 2Y7PA 2DOJA 2PX1A 1R1NA 1AOVA 4EQ7A 2HCAA 5JEIA 3SDFA 1I69A 2XHDA 1ZLQA 4ISUA 1NH7A 3KN3A 4PQJA 1EZPA 3CSBA 4GXAA 4G68A 2AIXA 4ZDMA 3FJGA 4ELQA 2LAOA 4QSCA 1SYIA 5FTIA 3MVWA 2Z23A 4F1UA 1Y9UA 3HV1A 4JDFA 1B46A 1USYE 2F7AA 5CC2A 5CMKA 3QSLA 4GIZA 1R9QA 5KCJB 3M3LA 3U93A 4F19A 4GLIA 5DTBA 4G68C 4H8IA 1B51A 3SEVA 1OVTA 2AL4A 3K6UA 4HW8A 1KWHA 3O6IA 4NWDA 1MY3A 2I0BA 2XXWA 4DCYA 2HFBA 2RC7A 3OEKA 4YMBA 2Q89A 4YKIA 1IUDA 3MP8A 3KFMA 4OFJA 3TAJA 4M1VA 1Y3NA 1MPDA 4C1UA 4FE8A 5AA2B 2D5WA 4NWCA 2P0SA 5ELVA 4DCXA 4H5GA 4EF2A 1DPPA 1URGA 3P7IA 2GRVA 3QYTA 4OVJA 3T9VA 5ISUA 4LZ8A 3DLNA 3OO6A 2Y7IA 1UIUA 4N13A 3D4GA 1LAHE 2OK2A 2X7QA 1NNFA 4DXCA 4XKPA 5AA1A 1MH4A 5A5XA 1MDP1 4LONB 3RQTA 2I3WA 3SEWA 4UA8A 5FTHA 3I5OA 1QVSA 1B5JA 4OENA 2H99A 3Q25A 2UYEA 1MXXA 1FTJA 4LZ7A 1SI0A 1O64A 2IEEA 2RC8A 3L6HA 1GV8A 3PU5A 5I56A 1URDA 1A55A 1NFTA 4H65A 2R6GE 1M5BA 1DTGA 2HZLA 1A54A 3GZGA 5I56B 2I6EA 4F3BA 2G29A 2XXVA 4R6KA 3S2VA 5I2KB 1H44A 2QPQA 3O28A 1IXGA 3M8UA 3Q26A 3RTFB 2ZYOA 1B0HA 4XKNA 2VD2A 3ODBA 1AL3A 4F3GA 3MC2A 2F34A 1NNPA 1PBQA 3K1NA 2ANJA 1LB9A 3MZ1A 1MY2A 4LUBA 5BUUA 1D4NA 3N6TA 3C9HA 1B0LA 1T0KA 5HBCA 2D3IA 2QSXA 4YMAA 4L17A 5HM4B 4JSOA 5L9MA 1USYH 2OWSA 5H8SA 3SKPA 2F6PA 3IB2A 2Z8EA 1ZU0A 5TP9A 2ONKE 3G3IA 1B3HA 5TP9B 4GF8A 3UK4A 3B6WA 3B7DA 1FTOA 1BTJA 3S9NC 5JTYB 1JNFA 3M3KA 3OEMA 1A99A 1YPNA 3BFTA 4THIA 5EYFA 2XXPA 1I6BA 4QFLA 4RPNA 3V5AA 4FEDA 3W9WA 2DQVA 3PMVA 2DVZA 4R6HA 3TDJA 2QS4A 2CZLA 3M3FA 2KLFA 3K00A 1N76A 1MQDA 3O97A 2REJA 4NTLA 3TUSA 4OFLA 2OBGA 2ZNTA 1OMPA 2F36A 1SW5A 1IXCA 1AIVA 1FQDA 4YKJA 3I6VA 1FTLA 2RCAA 1MQJA 4KYSA 1MDQA 1US4A 2F7BA 2O68A 2YLNA 1TXFA 2ZNSA 2ZYNA 4ZEDA 1LBBA 4P11A 3HN0A 5TU0A 5EHMA 4OHNA 1N0TA 4KFQA 4R75A 1URSA 2Q2CA 4KQPA 3KN7A 2RF1A 3FIRA 1H76A 2DVCA 2P2AA 4IO2A 2XX9A 2Y7WA 4Q0CA 2OWTA 1IXIA 4O3BA 3VLUA 1SYHA 3FJMA 4BLAA 4YAHX 1NH8A 2RC9A 5L8DA 1P1QA 1EU8A 1XT8A 1SW2A 3GXAA 3FVOA 4G8HA 5K2YA 4BDQA 2R9JA 4GD5A 2XX8A 4ZEBA 3WAEA 3CRBA 4EXKA 2XXQA 4Q30B 1P1NA 3KGCA 3JZJA 4ZZAA 2V25A 1B52A 3K02A 4N6PA 1IITA 2Y84A 3CFXA 1ZJLA 2VP1A 3ZSFA 3QIMA 4ECFA 5LOMA 4QFOA 3LBSA 1WODA 4X9TA 3GLBA 3ONMA 2CMOA 1FQBA 3FGSA 3DP8A 4ESXA 4DXUA 3GBAA 3VDFA 3DP4A 3UP9A 4OZ9A 2V3TA 1FCKA 2XXUA 2XXHA 1A8EA 1A7LA 2XXTA 3T66A 2QMXA 3IJXB 3MVYA 3ECRA 4G8MA 4NF6B 3OD7A 2ZYKA 4C1TA 5F1QA 2H9BA 3IOWA 4IO4A 4OETA 2A5SA 3VLVA 1Q35A 1B1XA 1MM7A 4ONYA 3V83A 1SI1A 3MW0A 5L9OA 2VGQA 3FATA 1Y1ZA 4QHQA 1UIVA 4AB5A 1B2HA 1B32A 3H6UA 4WEDA 3S4UA 5H8QB 3OENA 1GTKA 5EHSA 3TZAA 1LFHA 1XVXA 3CR9A 3L6GA 3ZKKA 2XXRA 3TKDA 2NOOA 2QMWA 1AH5A 2DSFA 3K6VA 1B40A 3OXNA 3OOAA 4FAJA 1II5A 3T9XB 3KBRA 2VHAA 4OQOA 2HAUA 4TOZA 4P0GA 5I2NA 3CSGA 1M5DA 3O6GA 4NF8A 3G3HA 5CMCA 4QRZA 1MY0A 2QS3A 1XHYA 2DXRA 3TELA 1JVYA 3T9HB 3C31A 4E0WA 3LSFB 4KCDA 4GOTA 2HXWA 4G68B 4MLVA 3PMWA 4G4PA 4PFYA 3VVFA 1JW4A 4Z7EA 3SERA 2YPNA 3PPPA 2THIA 3E4RA 3EHTA 3HHFA 1FW0A 1H43A 3R6UA 4ZZEA 5ITPA 5CRYA 2FYIA 2OCUA 1DMBA 2QL3A 5I59A 3S9EA 1I6AA 2ZYMA 5JK4A 5HPQA 3CVGA 1JEVA 1MXVA 4WEPA 1S50A 4X1DA 2REGA 5CI5A 4FATA 3LUYA 3RT6B 3MVXA 4ZE9A 3RN8A 4JWYA 3RTWB 3MVZA 3EQ1A 4F22A 4RNSA 3O9PA 1Y20A 4XTCQ 1Y3QA 5ITOA 4U21A 1N7WA 3TMGA 3MP6A 1D9YA 3E9XA 3V8XB 2WKYA 2I3VA 2F6GA 3U92A 5L9SA 1D3KA 3SETA 5FHOA 4U1OA 3JYRA 3G3JA 1UTHA 2FNCA 3K1PA 4PFWA 4OTEA 5I84A 1NKXA 1PBPA 3IOTA 1SBPA 2GHBA 4IGTA 1JW5A 3H06B 2Q9TA 4OYVA 2F35A 2H25A 2A5TA 4YB7A 1XOCA 4X1BA 2A5TB 3H6WA 1ZMGA 3QXMA 4H67A 5A5XB 4H6DA 3H4ZA 2F78A 3S9MC 2UVJA 1B1HA 2ONRA 5H8HA 2ESNA 3T93B 2XXIA 2Y7KA 1LFIA 3FXQA 1WVJA 1MXYA 5AA4A 1IXHA 3TTMA 1QULA 3KJTA 2V93A 4ZEIA 4RK2A 2Z22A 1TT1A 4XIGQ 4QSDA 3R7XA 5J1DA 3K1MA 5CBRA 5DYHA 3IB0A 3KJ7A 2XD2A 1OIBA 2FA7A 4R6YA 2I58A 4JWXA 3FVKA 4PETA 2Z8DA 2UVHA 4G2ZA 3RY3A 1ZKBA 4QSEA 3FXRA 2DE3A 5CM6A 4WXJA 4KR5A 3TCGA 1OQGA 1IIWA 4NE4A 4U4SA 5IKBA 1LB8A 2VD3A 1FQCA 4XKRA 4IO5A 3K01A 1MQHA 3LSXA 3TODA 1BKAA 2HZKA 3VXCA 3CIJA 3SEYA 1QW0A 3VV5A 4YICA 5DVIA 3C32A 4GVOA 1JQFA 3U72A 3FD3A 3A3CA 1RYOA 4QFPA 1JEUA 4MF3A 1XVYA 2HAVA 1VFDA 2F97A 1UQWA 1B3GA 3T22A 1VFEA 1A8FA 3SEUA 1Y3PA 1B4HA 2UYFA 3OSQA 3MPKA 3UN6A 4RXLA 5DEXA 4EQ9A 4LQ5A 4ELPA 1M5EA 5H8NA 2Y7RA 5DEXB 3THIA 2W7YA 4K3FA 4PE5B 1Y4TA 4OMBA 3FJ7A 4F2OA 3RGYA 1N3WA 3FASA 2BJJX 4JB7A 3PUVE 1LAGE 3PV0E 3QAXA 1LAFE 3G7WA 4HCWA 2G93A 4HTGA 3H03A 5KZTA 4RJZA 4KYDA 5BWJA 2O69A 3SESA 3EHUA 4RPOA 1IZ1A 4RYAA 1MQIA 3O66A 3SEXA 4YKPA 3DP6A 1HSLA 2F7CA 4GQOA 4F18A 3E13X 1B9JA 2ABHA 3WAFA 4AB6A 2X7PA 3MJNA 2B65A 3RNNA 1EZOA 4GFRA 3U1OA 3PD8A 4YZZA 4ZEKA 1UTBA 3CG3A 4G77A 3PPNA 5B7DA 5FHNA 4LA9A 3T96B 1PB8A 4F1YA 2E1SA 5TPAA 1SW1A 5FHMA 3FVNA 5TPAB 1QJMA 4Q8RA 3TFLA 4IY6A 1FQFA 2Q8JA 2OZZA 4MLQA 5DVFA 3USDA 1BIYA 3UA8A 1MXWA 4JBZA 2O1MA 2GH9A 4PFUA 4FORA 2GFEA 3MAMA 2NWJA 2H98A 4H1XA 2I48A 2M8CA 3IOVA 4R9FA 4NF4A 2X26A 4O3AA 4F3SA 1ANFA 2PBWA 5IAIA 5DT6A 3W9VA 4NF4B 4NEDA 3V89B 4U23A 4LQ2A 3Q27A 1LCFA 4EUOA 4MFIA 4POWA 3N26A 1SW4A 3C36A 2O7IA 1P1WA 1HSEA 1MM6A 1POTA 1VE4A 1Y1MA 1DPEA 4OEVA 3KSJA 4GRKA 3N5LA 1Y4CA 1YTVA 3Q28A 3H7MA 2D21A 3O2AA 2ONSA 4UACA 1TFAA 4GXSB 4IY5A 3H6TA 4YB5A 3G3GA 2DS9A 5H8FA 4ELOA 1RKMA 3IK6B 5H8FB 2NXOA 2PT2A 4KYEA 4ZEFA 2O84X 1MRPA 1OLCA 3U8QA 3IB1A 4OWDA 5AA3A 1O63A 4F29A 1MXUA 4DXBA 4IO6A 3PPOA 1B5IA 5AE4A 4ZS9A 1B05A 2DXYA 2IA4A 3HCQA 1B4ZA 3VVDA 3N6UA 1M5CA 3UGWA 2UVIA 1MG1A 5M2VA 4F2QA 1OVBA 4R9GA 3OSRA 4U22A 1NNKA 3TTRA 4R74A 2F8DA 2V3UA 3MQ9A 3TEPA 1RYXA 1ZTYA 1AMFA 4GL8A 1QKBA 3K6WA 5I2NB 3A3UA 4NF8B 3K2DA 4P0IA 3RUMA 1BLFA 4U1ZA 2NUVA 1M5FA 4OFOA 3FZVA 3HSTA 3TTKA 3F11A 3U94A 4RA1A 3HO7A 3G3FA 2R71A 1F9BA 4KHZE 4MBPA 1B3FA 1PB7A 1MY4A 1DTZA 3TCHA 4I9DA 1HSJA 3KEIA 4IO3A 1YAEA 4GWOA 4EDPA 3C35A 3IX1A 1B7HA 1MPCA 1LFGA 4TQUQ 1MXZA 1PB9A 5F7VA 5KCJA 2HEUA 1H45A 3RT8A 1Z7ME 4RY1A 3UORA 3PPQA 4G8NA 3W15C 3K0VA 2XXYA 1XC1A 3FV1A 3CI8A 2ZMBA 3GBBA 3LSWA 2XD3A 1MPBA 3TQLA 4F39A 5I59B 4MH5A 3IO6A 1EZ9A 1ATGA 1FQAA 4AQ4A 2ZXTA 1A40A 4DDDA 1FTKA 1B7UA 2I0CA 1GGGA 3O29A 3ILTB 3VE1B 1VSOA 2PT1A 1J1NA 3VFJA 1B5HA 4TLMB 4ZECA 1ELJA 2ALUA 2B3BA 1WDNA 5DVJA 3MP1A 3D4CA 3FUZA 2I4BA 2RKMA 2QRYA 2PYYA 3C33A 4OEUA 5AA2A 1TFDA 1B3EA 3OMBA 3CFZA 1UTHB 1PDAA 3MWBA 3IO4A 3MZ9A 2DE4A 2AL5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KZGA 4R73A 2UVGA 1O7TA 1POY1 2P1SA 1B6HA 3G3KA 3AXFA 1N04A 4GL0A 3TTNA 4U4XA 1IMAA 4X8RA 4KD5A 3BBRA 1IMBA 3C34A 2NVUB 1LBCA 3FBPA 1P1UA 1RDXA 3E3KA 4YKKA 5ICQA 2XX7A 4PP0A 3IR1A 1R6ZA 2B4LA 1OLAA 4QF9A 1SVXB 3OO7A 1LAXA 3ISPA 3VLWA 5H8HB 3IL1B 3QUFA 4BDRA 4QFNA 3N94A 5AA4B 2I4CA 2PFZA 5IZ3A 1PC3A 3IORA 4EF1A 1D9VA 4EXLA 5AA2D 3PD9A 3PUYE 2O7UA 2Q88A 4OVRA 2WX9A 3EF7A 2AYSA 5I2KA 3Q29A 1R9LA 1GVCA 1BP5A 3H3GA 4DLDA 4QFKA 4P56A 1N7XA 4NMYA 1MS7A 2RINA 1XS5A 1CE2A 2O51A 3K4UA 4HCYA 4H0WA 1LLSA 3B6TA 3OO9A 1SD3A 2B3FA 4NHBA 1QKAA 1YXIA 4GX6A 2V3QA 1FTMA 4KPTA 3BFUA 4N81A 4FJPA 2P3NA 3CG1A 3ILUB 4FIMA 1TWYA 3BIGA 3IOUA 4ELRA 1NV3A 4YU0A 3PGFA 4P3LA 1LCTA 3MZBA 4ZE8A 1ZBMA 3TTLA 4RK9A 1P1OA 2O1LA 4IB2A 2E0SA 4M4GA 3IJOB 4TLLB 2DWAA 4OA4A 4R2FA 3OELA 4GWUA 3H6VA 4U2RA 1IEJA 5JTYA 4OXVA 3KOTA 4ND9A 3KG2A 2OLBA 4BDNA 2OWZA 1YYZA 3R26A 4GWYA 5ET5A 1CB6A 1DOTA 2XXXA 4HS7A 1NMUA 3JV9A 5H8NB 2WBDA 2HQ0A 2PMSA 3KBZA 1ZIUA 4O7IA 1S9TA 1EYJA 3ROJA 4LVQA 4MX6A 1FQEA 2DWHA 4EQBA 1EH3A 3FV2A 2GHAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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