2H25A

Solution structure of maltose binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new strategy for structure determination of large proteins in solution without deuteration
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
total genus 70
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A01
4HCYA 1OVTA 3UGWA 5IKBA 2CZLA 1GVCA 4M4GA 4F3SA 1M5EA 3K6VA 2OBGA 2HXWA 5DVIA 3ECRA 3K02A 2GHBA 1XC1A 5F1QA 4OFLA 3TYHA 4IO2A 1R9QA 5H8FB 3G3FA 5ICQA 1YPNA 3PUXE 1DSNA 3N94A 3QXMA 3LUYA 4LQ2A 2F34A 3QIMA 1B3LA 1SW5A 2F6GA 1PB8A 3KN7A 2RC8A 2P0SA 3PMXA 1FTLA 2F8DA 1B1XA 3SEWA 1FQBA 2RKMA 2REGA 1QJMA 4Z7EA 1SI0A 3SKPA 1HSLA 1XVXA 1I69A 4EDPA 1ZJLA 1LAXA 4OHNA 4GIZA 4KCDA 1OLCA 3BKIB 3UK4A 2X7PA 5H8QA 1A40A 5A5XA 2BJJX 3OMBA 3HPIA 4F29A 2RINA 2WKYA 1IXIA 1M5DA 1JEUA 4U2RA 1N84A 3L6GA 3B7DA 1LCFA 4IO6A 4NF8B 1I6BA 4KYSA 3BFTA 2P1SA 2OZZA 4N6PA 3TTRA 4JSDA 1N3WA 1S50A 4LUBA 1QW0A 4EQ7A 3EF7A 4YKJA 1MY0A 2XD3A 1B7ZA 1SYIA 3R26A 2V84A 5K2XA 3LSLA 3K6WA 1NFTA 4KYEA 2REJA 5FHMA 1B5IA 4G4PA 2DP8A 1Y20A 1B46A 4YMBA 1SW1A 4QSCA 3IR1A 3TFLA 2O7IA 3DP8A 3TEPA 3ILUB 1N7WA 4NTLA 3T93B 3GLBA 2I48A 3TUSA 1UQWA 1B6HA 1MXYA 4U23A 3OEKA 4LVQA 1YCJA 3O66A 1NNKA 3UIFA 4ZZAA 2Z22A 2X26A 1QKAA 3N26A 1A7LA 1B32A 4R73A 1IQ7A 4G77A 3PD8A 1US4A 4PFWA 3FZVA 5AE4A 3S9MC 2HFBA 4DXBA 4YB6A 4P0IA 1B3EA 3LBSA 1XHYA 2DWAA 3LSFB 1Y1ZA 2RCBA 1OQGA 1ZU0A 4X1BA 3PGFA 3Q28A 5CBRA 1ZTYA 1B52A 2H25A 4U1ZA 2X7QA 1VE4A 4ECFA 3HSTA 1D9VA 1R1NA 1SYHA 2O68A 5I2KB 2DXRA 3A09A 4BDLA 3CG1A 1MQDA 1MPCA 4YKIA 3EHUA 2NVUB 4IO4A 3LSXA 2XXUA 2R6GE 3JV9A 5H8SA 1CE2A 3RTWB 4JXIA 4QFLA 4LZ5A 2ZXTA 4MH5A 3CFLA 1D4NA 5I2KA 1DOTA 1UTHA 4NF4B 2Z8EA 3MAMA 4XKQA 1M5CA 3VV5A 2ZYKA 1GTKA 2PT1A 3G3JA 3T66A 1IIWA 1P1UA 3M3KA 3PPPA 4Q0CA 3MQ9A 5JTYB 3RN8A 4X48A 3H6VA 2UVIA 4NF4A 1D9YA 2PMSA 2ANJA 1B3HA 2Y7KA 1M5BA 4M1VA 4C1UA 1JW5A 3OO6A 5JTYA 3DELB 4PETA 1II5A 1LFGA 1GR2A 3S9EA 1LGBC 3TDJA 1MM7A 4U21A 5CMCA 3U72A 3PMVA 3K6XA 4DLDA 3PD9A 1XS5A 1FQFA 4EXLA 3CIJA 4F3PA 5DVJA 3CRBA 4GL8A 4YB5A 1MM6A 1NNPA 2NXOA 2QS1A 4R6YA 2ZYNA 2VP1A 2QMXA 4H0WA 3RLFE 1QUIA 4ELRA 4FEDA 4RK2A 4YU0A 4I9DA 2VHAA 2QS4A 2I0BA 4DXUA 4FAJA 3C34A 1L5TA 5F7VA 1DPEA 3QUJA 3FUZA 4U4XA 4FIMA 4F39A 1QKBA 3FXUA 3PUVE 2ALUA 4QF9A 1ATGA 2QPQA 4OESA 4QFOA 1T0KA 5ITOA 4PFYA 2F7BA 4NF5B 4R72A 4BLAA 5H8NB 1UIVA 1WDNA 4P11A 3S9LC 5HPQA 1FTMA 3FASA 4HW8A 4H5GA 3GBAA 2CMOA 2KLFA 4HTGA 2NOOA 2UVJA 3GZGA 3CFZA 4KHZE 2FA7A 3IOVA 2UVGA 1PB9A 3MPKA 1MXZA 1JQFA 4ND9A 5TU0A 4R2FA 2F97A 1ZIUA 2PYYA 2Q2AA 1S7YA 1MG1A 3GBBA 3EPEA 1JVXA 2UYFA 1A8EA 4GVOA 1TFAA 3R7XA 1P1WA 1P1NA 2I6EA 4XKPA 1SW2A 4OETA 2Q9TA 3OO7A 4RYAA 3QYTA 3MVYA 3CR9A 1O64A 3Q27A 2F5XA 4C0RA 1Y3QA 1FCKA 2I3VA 3U94A 4LP2B 3CFXA 2PBWA 2H9BA 1URGA 2Y7RA 3F11A 5I2NA 3MP6A 4LATA 2DVCA 2E1SA 4KYDA 1FW0A 2DWHA 2HAUA 2DXYA 4KFQA 4OQOA 2G93A 1Q35A 4ZS9A 2Q89A 2I49A 1UIUA 1RKMA 4TOZA 4YMAA 1MDQA 3KGCA 1S9TA 1J1NA 1TXFA 2ONSA 2F78A 3P7IA 3ZKLA 5I58A 2DVZA 4G68C 1MY1A 4ONYA 4O3CA 1FQAA 1MS7A 2B3FA 4KPTA 1P99A 3QK6A 3D4CA 1WODA 3Q29A 2QSXA 1SW4A 3S2VA 4Q8RA 2OWTA 5I57A 1B1HA 4RNSA 3N6UA 5J1DA 1MXUA 2R9JA 3TQLA 5CMKA 3FD3A 4YZZA 2G29A 3Q26A 1D3KA 3E3KA 3FVNA 4RA1A 4EQBA 1EZPA 4K3FA 5H8QB 3C33A 3MJNA 5A5XB 2XXXA 3CSBA 3H06B 1OIBA 3C36A 1H76A 4ZEIA 3O28A 2P2AA 2VD2A 1YTVA 5TP9A 3U92A 5EHMA 1H45A 3FV1A 1BKAA 3MP8A 4XXUA 2RC7A 3B6QA 3A3UA 2W7YA 1URDA 4F1YA 3G3HA 4IY6A 3TZAA 4GL0A 1N0TA 2QRYA 4EF1A 1OLAA 3RTFB 3SEYA 4ZDMA 3H4ZA 3ZKKA 4ISUA 4F1UA 3ZSFA 1B7UA 2IA4A 4KD5A 2XXTA 1Q1KA 5L9OA 3HN0A 3UP9A 2AL4A 4U22A 1MXVA 4KQPA 4KCCA 5JEIA 2PT2A 1LLSA 3H3GA 4NF6B 4G2ZA 3RQTA 3B6TA 1AL3A 2UYEA 3V89B 1IXGA 1N7XA 4OTEA 3KN8A 5EHSA 4E0XA 1F9BA 5ISUA 1B5HA 1LAGE 3FXQA 2DE3A 3V83A 3MVWA 4QFNA 2LAOA 4NF6A 2I58A 3HV1A 3S9NC 4HS7A 3KOSA 1B3FA 1LFIA 3T9XB 5DEXB 2DOJA 3EN3A 1B05A 4IGRA 2RC9A 3TTNA 3K0VA 1RYXA 4N07A 3ILTB 2XXVA 2FNCA 5H8HA 4GXAA 3OSQA 3U1OA 4OENA 1N76A 3OSRA 2O7UA 1B3GA 2XXIA 3O29A 3LSWA 5DEXA 2DWJA 2DE4A 5K2YA 3S4UA 2GRVA 1Y1MA 1BTJA 5CI5A 4H1XA 2Q88A 2Q8JA 3PUWE 3N5LA 4IY5A 2HAVA 4FATA 2B65A 2ZMBA 1PEBA 3PUYE 2D21A 5FHNA 1JETA 3EQ1A 3IK6B 2YLNA 4POXA 3MZ1A 4OZ9A 4JBZA 1DTZA 3R6UA 3H6TA 1FTKA 1LAFE 2A5TA 1UTHB 1P1QA 4TQUQ 3D4GA 2OK2A 2GFEA 4AB6A 4ZZEA 2I3WA 3IO4A 1H3DA 1BIYA 4O3BA 3KEIA 4DXCA 4Q30B 2ZNTA 4ELOA 4GF8A 1MXWA 4XKNA 4RXLA 2V93A 3FJ7A 5CMMA 1MQHA 3C4MA 3K2DA 1GGGA 1A8FA 1EU8A 3TAJA 5BWJA 1AOVA 3WAEA 4MLVA 4AB5A 4RY1A 3KFMA 4H65A 5JK4A 2QL3A 2DS9A 4YKPA 5AA4B 4DCXA 2O1LA 4FECA 3RUMA 3HHFA 4XKRA 3G7WA 1H43A 3TCFA 4EQ9A 4ZE8A 4F3GA 1DMBA 2I0CA 1VSOA 5AA4A 1B40A 4NMYA 1A99A 2M8CA 2O1MA 4GOTA 1FQCA 1Y4TA 2AYSA 3ONMA 1UTBA 3IB2A 2I4BA 2Z8FA 3CVGA 5CRYA 3VE1B 2GH9A 3O6GA 2QS2A 4WEPA 1LAHE 2E0SA 4XTCQ 4NE4A 3C31A 3HHGA 3TQWA 2NWJA 1NKXA 4OEUA 3VLUA 2O51A 3DP4A 3O6HA 4PFTA 5BUUA 4N13A 3G3GA 1JVYA 3RT8A 3RPWA 1B9JA 3T9UA 3CSGA 3TMGA 4G68A 2HZLA 3LC8A 4KR5A 1IXCA 2XXQA 3M3LA 4NWDA 3OO8A 1LCTA 4GQOA 1PBPA 5KZTA 4OERA 1IXHA 3E4RA 4EUOA 3T96B 4JWOA 4QSDA 3IX1A 3W9WA 1R6ZA 3RY3A 1BLFA 1JW4A 3K00A 3O9PA 3M3FA 1NNFA 2UXAA 2F7AA 4YB7A 3IB0A 3PUZE 1QUJA 4IGTA 3T9VA 3MW0A 1N04A 3I6VA 2FYIA 4F3BA 4DIGA 4F2QA 3WAFA 5FHOA 4G8MA 4PQJA 4I1DA 2Z23A 5DT6A 3JZJA 4MBPA 2ESNA 1B51A 4ZECA 4H67A 4ELQA 1H44A 1MPBA 4YAHX 1OMPA 2XHDA 3KOTA 1MPDA 3IO6A 2VD3A 3PMWA 4WEDA 3OELA 1Y9UA 2H98A 1HSJA 4ELPA 2Y7PA 2YPNA 3O2AA 3MVXA 1SBPA 2RF1A 1XOCA 1MQIA 5I59A 2XXHA 4ZEBA 3V8XB 1OQHA 4MFIA 5I2NB 3MPLA 2H99A 3K4UA 1A54A 3SESA 3T9HB 5AA2D 3VXCA 3BBRA 1RYOA 1MQJA 1LBCA 1QULA 1POY1 2F36A 4TLMB 4LONB 3FJGA 5L9SA 1ZKBA 3U93A 5ICTA 4OWDA 3VVFA 3KSJA 4BDOA 3C35A 3DP6A 3MC2A 3H7MA 1US5A 3OXNA 3U8QA 3PPQA 4XIGQ 4YICA 5I58B 1IUDA 3SDFA 4LQ5A 4IB2A 3FVKA 4BDRA 4X9TA 1LB9A 4DCYA 4OXVA 3W9VA 1ZMGA 2ABHA 3IAZA 2V3TA 1JW1A 5CM6A 4MF3A 4FORA 5I57B 2A5SA 3MVZA 1EH3A 1FTOA 4BDNA 1BP5A 1VFEA 2OJTA 3SEVA 2QMWA 4P0GA 4FE8A 1Y3NA 4LZ8A 5M2VA 2ONKE 1O63A 1NMUA 4GRKA 1QUKA 1KWHA 4H5FA 5FTHA 5TP9B 4E0WA 4R74A 3A3CA 3IB1A 3PV0E 3M8UA 3G3IA 1FQDA 2F7CA 3FXRA 3TTMA 3I5OA 1NH8A 1AIVA 4F31B 4F18A 4ZE9A 4OVJA 4RPNA 1MRPA 3UA8A 3N6TA 3SEXA 3TTLA 3FGSA 2O84X 4G8HA 5H8FA 2QS3A 3UN6A 4GD5A 4GXSB 2AIXA 1DPPA 4F2OA 3TCHA 2V3UA 1Z7NE 5CC2A 2XX9A 4FEBA 4JWXA 3VLWA 1P1OA 3K1MA 3GXAA 3MBPA 3KJTA 1Z7ME 5KCJB 1IZ1A 3KZGA 4BDQA 5B7DA 2AL5A 3TODA 4IO7A 3G3KA 3IOUA 1PBQA 3PPOA 1SQYA 4R75A 3B6WA 3VFJA 5DYHA 4YKKA 3ZS6A 4MLQA 5KCJA 1NH7A 1TWYA 2IEEA 1USYE 4NF8A 1TT1A 4DE8A 3OO9A 3QUFA 4IO3A 5HM4B 3IJXB 1MY3A 1HSEA 5H8HB 2O69A 1MY4A 1CB6A 3H6UA 1A55A 4JSOA 4ESWA 1I6QA 3UORA 5EYFA 4QFKA 3H03A 3VLVA 4OEVA 1NNTA 1ANFA 4Q5TA 1B7HA 4RPOA 3K1NA 1PC3A 5IAIA 4DDDA 4QHQA 1B4ZA 3K1PA 3SETA 4R2BA 3QAXA 2ZNUA 3IL1B 4GWOA 4O3AA 3VDFA 3IORA 3FVGA 1ELJA 3OD7A 2D5WA 2THIA 2I4CA 3I3VA 4LZ7A 2A5TB 4IO5A 5B70A 2VGQA 3KBRA 1MXXA 4OFJA 5LOMA 1FTJA 1AMFA 4ZEKA 5AA3A 2DSFA 4R6HA 1OVBA 1LFHA 4QSEA 3KN3A 1POTA 1Y3PA 3TCGA 2XX7A 4UACA 4JDFA 2Q2CA 5AA1A 3MP1A 1GV8A 1SD3A 3SERA 2DQVA 1QVSA 3BFUA 1B5JA 3IOWA 4EXKA 3TELA 3MZ9A 1JNFA 2V25A 5DTBA 1NL5A 4PFUA 2D3IA 4KI0E 4R9FA 3RNNA 3T22A 5CMBA 3DM0A 2NUVA 3H6WA 4H8JA 4R6KA 3OENA 5KDTB 4WKMA 5CBSA 3KJ7A 2F35A 1B0LA 4TLLB 5FTIA 1B58A 1Y4CA 4I8CA 2H5YA 1ZLQA 1URSA 1SVXB 3CG3A 3JYRA 3E9XA 1LB8A 2ZYMA 3ODBA 4THIA 5L8DA 4POWA 1LSTA 2PVUA 5HBCA 5KDTA 3IJOB 3LR1A 3MWBA 2RCAA 4Z0IA 1N3XA 3K01A 2H4IA 1UTBB 2DYXA 3KSXA 1JEVA 2Z8DA 3KG2A 4RJZA 3VVEA 3PU5A 1VR5A 4ZEFA 4NEDA 2HCAA 3HCQA 1USYH 4GFRA 3MZBA 3AXFA 5DVFA 2OLBA 1SI1A 3MUQA 4AQ4A 4C1TA 4JB7A 4G68B 3VVDA 3W15C 2DWIA 2DE2A 2XX8A 2XXWA 3RT6B 3TPAA 2Y84A 2YJPA 3RGYA 2HQ0A 3O6IA 5I56B 4EF2A 3C32A 3FJMA 2R71A 2O6AA 3QSLA 1TFDA 1MQGA 3V5AA 1MY2A 2XD2A 4I62A 3PPRA 4GLIA 3FIRA 2XXYA 5I56A 4L17A 1ZBMA 1WVJA 5I84A 1SDXA 3CI8A 1FQEA 1MH3A 3USDA 3OOAA 4LA9A 4QFPA 4R9GA 3O97A 2OCUA 1VFDA 3OEMA 1MDP1 4F1VA 4HCWA 4NWCA 3VXBA 4PE5B 3IOTA 4FJPA 4BDMA 1YAEA 1XVYA 4PP0A 3PPNA 4U4SA 5TPAB 4H6DA 1B2HA 3C9HA 4OFOA 1EZOA 1B4HA 2PX1A 2V3QA 1AH5A 2OWSA 1R9LA 1M5FA 1XT8A 5I59B 4RK9A 5AA2B 5ITPA 1PB7A 3HO7A 3FVOA 4NF5A 5TPAA 3TKDA 3TTKA 4ESXA 1IEJA 1IITA 4X1DA 5H8NA 3L6HA 4ZEDA 5ELVA 2ONRA 2F6PA 5AA2A 2QJEA 3THIA 4DZ1A 1PDAA 2VOZA 1LBBA 4G8NA 1O7TA 2Y7IA 2ZNSA 3DLNA 1B0HA 4U1OA 1MH4A 1DTGA 3EHSA 3K6UA 3Q25A 4F22A 2UVHA 2HEUA 4F19A 2B3BA 3FATA 2XXPA 2Y7WA 4OYVA 4WXJA 1EZ9A 2ZYOA 1I6AA 2GHAA 4OMBA 2HZKA 4QRZA 4JWYA 2XXRA 3FV2A 3SEUA 3E13X 4H8IA 3EHTA 5L9MA 4UA8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HCYA 1OVTA 3UGWA 5IKBA 2CZLA 1GVCA 4GX3A 4NN3A 4N8GA 4M4GA 5I7IA 4F3SA 1M5EA 1VDWA 3K6VA 2OBGA 3PTYA 4N6DA 5I3SA 2HXWA 5DVIA 3ECRA 3K02A 1YZ0A 1NV0A 2GHBA 1XC1A 5F1QA 4OFLA 3TYHA 4IO2A 1R9QA 5H8FB 3G3FA 5ICQA 1YPNA 3PUXE 1DSNA 3N94A 3QXMA 3LUYA 4LQ2A 2F34A 3QIMA 1B3LA 1SW5A 2F6GA 1PB8A 3KN7A 2RC8A 1D9QA 2P0SA 3PMXA 1FTLA 2F8DA 1B1XA 3SEWA 1FJ9A 1FQBA 2RKMA 2REGA 1QJMA 4Z7EA 5T3JA 4JVIA 1SI0A 3SKPA 1HSLA 1XVXA 1I69A 4EDPA 1ZJLA 1LAXA 4OHNA 4GIZA 4KCDA 4UABA 1OLCA 3BKIB 3UK4A 2X7PA 5H8QA 1A40A 5A5XA 2BJJX 3OMBA 3HPIA 4F29A 2RINA 2WKYA 1IXIA 1M5DA 1JEUA 4U2RA 1N84A 3L6GA 3B7DA 1LCFA 4IO6A 4NF8B 1I6BA 4KYSA 3BFTA 2P1SA 2OZZA 2R8TA 4N6PA 4GWXA 3TTRA 4JSDA 1N3WA 1S50A 4LUBA 4PF6A 1QW0A 4EQ7A 3EF7A 4YKJA 1MY0A 2XD3A 1B7ZA 1DCUA 1SYIA 2XXKA 3R26A 1FPBA 2V84A 5K2XA 3LSLA 4PDDA 3K6WA 1NFTA 4KYEA 5ESYA 2REJA 5FHMA 1B5IA 4G4PA 2DP8A 1Y20A 1B46A 4YMBA 1SW1A 4QSCA 3IR1A 3TFLA 2O7IA 3DP8A 3TEPA 4G61A 3ILUB 1N7WA 4NTLA 3T93B 3GLBA 2I48A 4GWWA 3TUSA 4O8MA 1UQWA 1B6HA 1MXYA 4LN5A 4U23A 3OEKA 1FPKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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