5K2YA

Crystal structure of m. tuberculosis uspc (monoclinic crystal form)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
400
structure length
400
Chain Sequence
IVVTVRLWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNAYFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAAGVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQAIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSRNQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKHPDAVRQVLAWMGSTEGNSYLGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGPRIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC
total genus 133
structure length 400
sequence length 400
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5k2yA00
1A40A 2FNCA 1LB8A 5I2KB 5I59A 5HPQA 3SEUA 2UYFA 4FIMA 4AQ4A 3DM0A 2FA7A 4PQJA 2DE2A 4GOTA 3M8UA 2QS3A 4XKNA 3MC2A 2A5TB 5DVIA 3G7WA 3RY3A 1JNFA 3PUVE 4YMBA 1TFDA 1JVYA 3RTFB 2PX1A 4F3PA 5I2KA 1TFAA 1IITA 1FQDA 2XXRA 1Z7NE 1B1HA 1I6QA 3TEPA 1Q1KA 2H9BA 1GGGA 2QS1A 3K6XA 2D5WA 4PFTA 3IB1A 1D3KA 2A5TA 3CFLA 5DTBA 3SKPA 2I3VA 4MLVA 4YZZA 3O97A 4YKJA 4FE8A 2QSXA 1MG1A 1MM7A 1RYXA 3IJOB 3GZGA 1IEJA 4DE8A 3VV5A 2V3TA 4LATA 4LZ8A 2ZYKA 4FJPA 4JB7A 1MY3A 3IOUA 4OFLA 4ZEDA 3TAJA 1MXUA 2GFEA 1FTLA 3KN7A 1URSA 3U92A 4AB6A 2F36A 2DYXA 3FV2A 2UXAA 3K6UA 3O6HA 1D9YA 1R6ZA 4G8HA 3DP8A 2O1LA 1VFDA 4BDRA 1Q35A 5DT6A 3I5OA 1NNKA 1LLSA 3HO7A 1SI1A 3SEVA 3GBBA 3WAEA 2AYSA 3RUMA 1L5TA 4EXLA 2DOJA 4QFLA 3C33A 4MLQA 5L9SA 4JDFA 1CE2A 3UORA 2RF1A 2THIA 1EU8A 4H65A 3KJ7A 3PMWA 4FEBA 5JEIA 4F18A 1XC1A 1JVXA 1LBBA 4RYAA 2Z8FA 1NNTA 1MXZA 5ICTA 1QJMA 1D4NA 4RNSA 3MVWA 2I4BA 4YAHX 3VFJA 2DXRA 4YB5A 4OENA 3MQ9A 1A99A 3MP1A 3B6QA 2XXQA 5KZTA 1B3LA 1MPDA 4NF6B 3QK6A 3LUYA 2ESNA 3PUWE 1N0TA 3B7DA 4DXCA 3R7XA 3DP4A 5EHMA 3T93B 3RGYA 4RJZA 1HSEA 2Y7WA 4OEVA 1MY4A 4R75A 3EPEA 3Q25A 3VDFA 1UIUA 3A09A 3KN3A 1SW2A 4RK2A 4HCYA 3PPOA 4IY5A 1OQGA 3TCHA 3RPWA 1SI0A 4NF6A 3MW0A 4H8IA 3IORA 1H43A 1JW4A 3E13X 1JW5A 4NMYA 2RINA 3FASA 4HS7A 3UGWA 1P1WA 3S9MC 1NH7A 2DWAA 4O3BA 1FQFA 1DMBA 5CBSA 2BJJX 1MPCA 1MXWA 2O7IA 2DXYA 2Z22A 1B52A 4RY1A 1A7LA 3V89B 3RT6B 3K0VA 4H0WA 2GRVA 1PEBA 1I6BA 1A8EA 2AIXA 4ZZAA 1UTHA 5AA2A 4X1BA 1B40A 3O6IA 4LVQA 3E3KA 1LFIA 3C35A 3MUQA 1RKMA 2QS2A 4OQOA 1ZKBA 3OSRA 1OVTA 2XXVA 3TDJA 1XHYA 2I0BA 3VVEA 1IXGA 2Z23A 2DWIA 2UVIA 3OOAA 1LFGA 4ECFA 3O9PA 2G29A 3U8QA 4YMAA 4OETA 3PUXE 1MXVA 3CFXA 1H45A 3HHGA 2RCBA 4R2BA 4TOZA 3OXNA 1M5DA 4KCDA 1H44A 4M4GA 4OERA 1IIWA 4GXAA 4P0GA 2F6PA 2DP8A 2NWJA 2H98A 4LQ5A 1PB9A 4WKMA 4JWXA 1AIVA 1SD3A 3ODBA 1OMPA 5CMKA 2DWJA 3A3UA 4N07A 1I69A 3C4MA 5B7DA 3H4ZA 4F1VA 4KHZE 4C1TA 1TWYA 1P1OA 1LFHA 4E0WA 4NTLA 1SVXB 4JSDA 3MAMA 3G3GA 3K1MA 4R6KA 3W9WA 5LOMA 3I6VA 2V93A 4PFYA 1DOTA 2H5YA 3PPRA 1FQCA 4ZDMA 4IGRA 3OO7A 4DLDA 3BFUA 1P1NA 4BDOA 3PMXA 4FATA 1Y4TA 2I4CA 4AB5A 1VSOA 1BTJA 3BKIB 4IO3A 2CMOA 2XXPA 4F3GA 2HQ0A 5AE4A 2AL5A 3V8XB 1MM6A 3D4CA 3C32A 2HZKA 2NVUB 3RTWB 3MBPA 1CB6A 3TKDA 3UK4A 2M8CA 4MBPA 4IB2A 3K2DA 1MY0A 2QJEA 3C31A 1B0LA 3MJNA 3W9VA 3H6UA 1MQDA 2I3WA 1ZMGA 2OWTA 4QFKA 4F1YA 3DP6A 3PU5A 3Q28A 4PETA 2XX9A 4YB7A 4PFWA 2F7BA 3CG3A 3MP8A 1BP5A 1B5JA 4U4XA 4XIGQ 3QAXA 4OFJA 1FQEA 3TTLA 5I56A 1ZBMA 4RK9A 2P1SA 2DS9A 1N3WA 5L9OA 3MVXA 3IR1A 3V5AA 1B1XA 2VD2A 1N3XA 1EZOA 1IQ7A 3G3JA 3Q29A 3FGSA 2E0SA 3O28A 1AOVA 2ZXTA 4KYSA 3HN0A 5CBRA 4NEDA 4Z7EA 1ZIUA 5AA2D 1PBPA 1HSJA 4H6DA 4ND9A 1IZ1A 3HCQA 5H8FB 4O3AA 4ESXA 4DCXA 2R9JA 1XT8A 3ILTB 4FORA 1LBCA 2ZNTA 3ILUB 3LR1A 2Q2CA 3KN8A 2QL3A 3MVZA 1IXIA 3QSLA 4NWDA 2GHBA 5I58B 2R71A 2NOOA 4X48A 1NH8A 3M3FA 2HFBA 1B51A 5F1QA 4RPOA 1D9VA 4KYEA 2OK2A 2XXWA 2Y7IA 4OTEA 3TCFA 4I8CA 4Z0IA 3SETA 3LC8A 1QW0A 4F3SA 1OIBA 2XX8A 4EQ7A 4N13A 5I58A 1YTVA 2Q88A 3SEYA 5FHOA 2I58A 1S7YA 1AL3A 2NUVA 1B3GA 4H5GA 5F7VA 3RN8A 2Z8EA 1FTKA 1SDXA 3S4UA 3CR9A 3OO9A 5BUUA 4BDNA 1II5A 4C1UA 3T9VA 3HHFA 1FTMA 2P0SA 5FHNA 4F22A 2DE3A 1O64A 5CI5A 4WEDA 2PMSA 3LBSA 4Q8RA 4KCCA 4RXLA 2F35A 3FVNA 3FUZA 1Y1MA 4QSEA 2X26A 1VFEA 3OO6A 3IJXB 3RQTA 2XXIA 4OYVA 1BLFA 2DSFA 1O7TA 3PMVA 1PBQA 3FATA 1ANFA 3KOTA 3TELA 4DXBA 4KD5A 3JYRA 1B3EA 3QIMA 3VE1B 2H25A 5DEXB 3MZ9A 3TTNA 3IO4A 4JBZA 1QUJA 3W15C 5BWJA 2ZYMA 3BFTA 4F3BA 3RLFE 4G2ZA 4L17A 5ELVA 3QYTA 2I48A 1MDQA 1A55A 4F2OA 1MQGA 5ITPA 1KWHA 4U22A 5M2VA 1UIVA 4N6PA 2Y7KA 3FVGA 4MFIA 1F9BA 2UVGA 3IOTA 3C34A 3N6TA 1I6AA 3PGFA 5ITOA 2KLFA 3TCGA 1ZJLA 4FAJA 3FXUA 1B58A 3TQWA 4RA1A 1B4ZA 4M1VA 4JWYA 1MRPA 1UTBB 1DPEA 4QFNA 4DCYA 4X9TA 5DVFA 2E1SA 2XXTA 3USDA 1YCJA 2ZMBA 2XXUA 4GFRA 3FD3A 4EQBA 5ISUA 1MXYA 3OD7A 4ZEBA 4JWOA 4QSCA 3G3IA 5I57B 1TT1A 3T9UA 1DTGA 3LSLA 4G77A 1NFTA 3FXRA 2H99A 4UACA 3SERA 3Q27A 3IOVA 5J1DA 3N94A 3T22A 2ANJA 1N04A 3FXQA 1ZLQA 2O84X 1N84A 4KI0E 1EZ9A 4Q30B 3AXFA 3MWBA 4GXSB 3OEMA 4BDMA 4THIA 5HM4B 2F97A 5H8SA 4POWA 3UP9A 3CSBA 3H7MA 4ELOA 1MH4A 1Y3NA 1B3HA 3QUFA 5IAIA 4NF8B 5I57A 3IAZA 2NXOA 2HEUA 2XXXA 3BBRA 2VGQA 3TFLA 4OHNA 1QUKA 1R9QA 4P11A 4GD5A 3FV1A 3VVDA 3K1NA 3C36A 2PT1A 4GL0A 3O66A 2Y7PA 2HXWA 4NF8A 2XHDA 4F31B 3DLNA 3E9XA 3PPPA 2F5XA 2XXHA 3WAFA 3B6TA 4QSDA 3SEWA 4I62A 2ALUA 3GBAA 4GVOA 3K1PA 3OMBA 4HW8A 1GTKA 1NNPA 4OVJA 2LAOA 1DSNA 1FTJA 3OELA 2D3IA 4TLLB 4I1DA 4OMBA 4ZEFA 2GH9A 3PD8A 3ZKKA 3IL1B 4TLMB 1FTOA 4F39A 1LB9A 4GLIA 1M5EA 2ONRA 3CVGA 3Q26A 2PVUA 3MPLA 2I49A 4C0RA 1S9TA 4IO7A 4EQ9A 3U93A 3FVKA 4QF9A 3FJGA 1PC3A 4U21A 4NF4B 1VE4A 4F29A 1JW1A 3H6WA 2W7YA 1LAXA 3PPNA 3O6GA 4JSOA 4XKQA 2HAVA 3UN6A 1MH3A 2HAUA 1EH3A 4ISUA 4QHQA 2O1MA 3CG1A 1JEVA 1B7UA 5KCJB 2QPQA 1POTA 5TPAB 3CIJA 1QULA 2HZLA 1J1NA 3FIRA 1P99A 3TMGA 3RT8A 1YAEA 3PPQA 4YU0A 1N7XA 5KDTB 4NF4A 1LSTA 1Y4CA 2Q9TA 2V3QA 3ZKLA 1XVXA 3CSGA 4R73A 3HV1A 3PUYE 1QVSA 5CRYA 3G3HA 4EUOA 2ONKE 4HTGA 1SQYA 4G8NA 4QFPA 3KG2A 5KCJA 2DWHA 4ONYA 2O7UA 2F6GA 4U2RA 3CFZA 4F19A 1JETA 1XVYA 4ZEKA 4EF1A 3GLBA 1B46A 1B5HA 3K01A 1LCFA 1B32A 3QUJA 4BDLA 3H6TA 4U23A 3CRBA 2PT2A 4R9FA 5L8DA 4DDDA 1LAHE 1Y3PA 3H03A 2ABHA 4R72A 3KSJA 5I84A 3EN3A 1OQHA 4PE5B 2P2AA 2O6AA 2PBWA 1B7HA 4UA8A 4MF3A 2UYEA 1ZU0A 5H8HB 3G3FA 4FEDA 4GL8A 3EHSA 1PDAA 3GXAA 2G93A 2QRYA 2F78A 3S9LC 4OESA 3TUSA 4ZZEA 4KQPA 4LONB 2Y7RA 1QUIA 3PV0E 2XXYA 2FYIA 5H8FA 1TXFA 4YKPA 3IO6A 4OZ9A 3IOWA 4ELRA 1XOCA 2ZNSA 4G68C 4R2FA 3S9EA 2O68A 3VLUA 1N7WA 5FTIA 5JTYB 1US5A 2D21A 5H8HA 4BDQA 2XX7A 5EYFA 4GF8A 2YJPA 2F8DA 1MY1A 3THIA 1LCTA 5CMBA 5JK4A 3V83A 2B65A 3FJ7A 3SEXA 2R6GE 1IXCA 1ZTYA 1USYE 2VP1A 2F7AA 2ZYOA 3KBRA 4H1XA 1AMFA 4R6HA 2DVZA 3L6HA 1B05A 2Q8JA 4R74A 1SW4A 5JTYA 2X7PA 4ZS9A 4IO6A 5K2YA 5I2NB 4OXVA 2F34A 5DYHA 2B3BA 4ELPA 2REJA 3ZS6A 1WVJA 3F11A 1WDNA 3T96B 4P0IA 3M3KA 4NWCA 1FW0A 4LZ5A 2QMWA 5CMMA 5CM6A 2HCAA 3MP6A 1R1NA 3K4UA 4ZEIA 1MDP1 3MVYA 3A3CA 3QXMA 3CI8A 4G68B 1BKAA 4YICA 2REGA 4ESWA 3TZAA 2V3UA 2H4IA 3EHUA 3K02A 3N26A 1VR5A 2I6EA 2AL4A 4YKKA 4ELQA 5I2NA 3ZSFA 3LSWA 5K2XA 1ELJA 3R26A 4LZ7A 4E0XA 4TQUQ 1S50A 4GWOA 3VVFA 4QFOA 3FVOA 1H3DA 4BLAA 1PB7A 4XKPA 1NKXA 1Y3QA 4IGTA 4EDPA 4H67A 3SDFA 1US4A 2IA4A 1GVCA 2RC8A 3EQ1A 1JEUA 4G68A 3PUZE 4IO2A 4NF5B 1MS7A 4YKIA 5DEXA 4KFQA 1POY1 1O63A 3U1OA 2OZZA 2XD3A 4KPTA 3B6WA 4KR5A 5ICQA 4WEPA 2QS4A 1EZPA 4GIZA 3N5LA 2WKYA 4QRZA 3TQLA 2VD3A 4U1ZA 5H8QB 1Z7ME 3JZJA 5TP9B 5CMCA 5FTHA 4XXUA 4KYDA 4XKRA 2RC9A 1Y1ZA 4NF5A 3OO8A 3KFMA 1SW1A 1SW5A 3OEKA 2DQVA 2ZYNA 2YLNA 3IB2A 5AA1A 1MY2A 1LAFE 1NMUA 2XD2A 5B70A 4FECA 2A5SA 3T9XB 1UTBA 1UTHB 2ZNUA 4Q5TA 2QMXA 4O3CA 5AA2B 1PB8A 5H8QA 1BIYA 2UVHA 3OENA 3T66A 5TP9A 3MPKA 1B5IA 3L6GA 4GRKA 3RNNA 2OCUA 4G8MA 3C9HA 3S9NC 5L9MA 2Q89A 5HBCA 2GHAA 4JXIA 2Z8DA 1M5CA 2B3FA 5AA4B 1USYH 4PFUA 1A8FA 3VLWA 5IKBA 4NE4A 4EF2A 3N6UA 3VXCA 1B3FA 1FQBA 4PP0A 1URDA 2VOZA 3S2VA 3U94A 4ZE8A 5H8NB 4DIGA 1OVBA 4XTCQ 3KSXA 1UQWA 3P7IA 3TYHA 1P1UA 1FCKA 4IO4A 3TTMA 4U1OA 1B4HA 5AA4A 3H06B 4R9GA 2OBGA 3R6UA 5FHMA 4U4SA 3IB0A 1JQFA 3K6WA 1Y20A 2RKMA 3MZ1A 4EXKA 1MQJA 1LGBC 2DE4A 1B6HA 3UIFA 3ECRA 5H8NA 3HSTA 1XS5A 3JV9A 3TTRA 3UA8A 2PYYA 3FZVA 4K3FA 3IX1A 3KEIA 4H8JA 3H6VA 2O51A 4F1UA 4ZE9A 3KGCA 2VHAA 3IK6B 4OFOA 4LUBA 4WXJA 3M3LA 1T0KA 3VLVA 2RCAA 2F7CA 1DPPA 1RYOA 3K6VA 4LP2B 4POXA 3U72A 1MPBA 1H76A 3TPAA 3KZGA 4GQOA 1SYHA 3KJTA 1IUDA 1URGA 1LAGE 1WODA 2RC7A 2OWSA 3K00A 5A5XB 2Y84A 3E4RA 1IXHA 5TU0A 1B0HA 1FQAA 1YPNA 1DTZA 1NL5A 3LSXA 3ONMA 4Q0CA 4IY6A 4OEUA 2I0CA 1M5BA 1R9LA 3TTKA 3EHTA 1B2HA 4H5FA 2Q2AA 2CZLA 2O69A 5EHSA 2V25A 3TODA 3FJMA 3O2AA 3EF7A 4LA9A 2OLBA 4I9DA 1MQHA 1ATGA 4MH5A 1MXXA 1NNFA 3PD9A 5A5XA 1HSLA 2ONSA 1B7ZA 3OSQA 1QKBA 4OWDA 4IO5A 4ZECA 5DVJA 3H3GA 4RPNA 3T9HB 3DELB 5AA3A 2V84A 3LSFB 5I56B 2DVCA 3D4GA 1OLCA 1AH5A 3KOSA 2X7QA 4G4PA 3SESA 1A54A 4DZ1A 1SYIA 3I3VA 4YB6A 3VXBA 4R6YA 3HPIA 1OLAA 4HCWA 3O29A 1P1QA 5TPAA 5I59B 3MZBA 4DXUA 1M5FA 1SBPA 2UVJA 5KDTA 1B9JA 1N76A 2YPNA 1Y9UA 2OJTA 4X1DA 1GV8A 1MQIA 1QKAA 4LQ2A 5CC2A 2IEEA 3G3KA 1GR2A 4F2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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