5K2YA

Crystal structure of m. tuberculosis uspc (monoclinic crystal form)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
400
structure length
400
Chain Sequence
IVVTVRLWDEPIAAAYRQSFAAFTRSHPDIEVRTNLVAYSTYFETLRTDVAGGSADDIFWLSNAYFAAYADSGRLMKIQTDAADWEPAVVDQFTRSGVLWGVPQLTDAGIAVFYNADLLAAAGVDPTQVDNLRWSRGDDDTLRPMLARLTVDADGRTANTPGFDARRVRQWGYNAANDPQAIYLNYIGSAGGVFQRDGKFAFDNPGAIEAFRYLVGLINDDHVAPPASDTNDNGDFSRNQFLAGKMALFQSGTYSLAPVARDALFHWGVAMLPAGPAGRVSVTNGIAAAGNSASKHPDAVRQVLAWMGSTEGNSYLGRHGAAIPAVLSAQPVYFDYWSARGVDVTPFFAVLNGPRIAAPGGAGFAAGQQALEPYFDEMFLGRGDVTTTLRQAQAAANAAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Probable periplasmic sugar-binding lipoprotein UspC
publication title Structural and functional analysis of the solute-binding protein UspC from Mycobacterium tuberculosis that is specific for amino sugars.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule tags Transport protein
total genus 133
structure length 400
sequence length 400
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5k2yA00
3KSJA 5JTYA 3TTLA 1A99A 1MG1A 3U1OA 2A5TA 5HM4B 3T93B 1SBPA 3S2VA 3S9MC 1B7ZA 1DSNA 2E0SA 4KQPA 1FQDA 2NVUB 2ZXTA 3Q27A 1EZ9A 4H65A 5JTYB 2ZYNA 3FXRA 1UIUA 2A5TB 3T96B 2Z8EA 4DXUA 1MQGA 1PDAA 2DQVA 4POWA 5FHOA 3TCHA 2HQ0A 1WDNA 5IKBA 2ZMBA 2PT1A 4LZ5A 1NL5A 2XXTA 4BDMA 2G29A 4YAHX 3MZBA 2QMXA 1R9QA 2A5SA 4EQ9A 3CRBA 2Y7PA 1LCFA 3VLVA 2GHAA 3IX1A 2UYEA 3OD7A 4FE8A 3W15C 4NF6A 4ELPA 1EH3A 4H6DA 1IXCA 2XX7A 1QUIA 1URGA 2F7CA 1BP5A 5JK4A 5I59A 1D9YA 5J1DA 1LAFE 3G3HA 3SEUA 4THIA 2VD2A 2W7YA 2Y7IA 4MBPA 1SW4A 1OMPA 4F18A 1MRPA 3VVDA 1P99A 4NF6B 5CMKA 5CM6A 4I9DA 1SYIA 2DVCA 1JEUA 1LFGA 2F7AA 2VHAA 5I59B 4F29A 3RNNA 2GRVA 3R6UA 4OFOA 3OO9A 4OERA 2H98A 1Y9UA 4WEPA 5JEIA 5FTIA 4IO2A 4DLDA 4C1UA 3C34A 1TFAA 2F97A 3KSXA 3R26A 2F6PA 4YKJA 2AL5A 5HBCA 2F78A 3M8UA 3K6WA 3MC2A 3UIFA 1I6QA 2Q89A 2ONSA 1M5BA 4RK9A 2ZNTA 5TPAA 1DPPA 2I49A 1LB8A 1TWYA 4OYVA 5ITPA 1USYH 3Q28A 2UVIA 1FTLA 1B3LA 4RA1A 2PT2A 4LQ5A 1AIVA 2O68A 2LAOA 4MH5A 3VE1B 3FASA 2VOZA 1AL3A 4LA9A 4KD5A 4DXBA 5ICTA 1DOTA 3O2AA 1VR5A 4OQOA 1BKAA 2R71A 5TPAB 1Q1KA 4GL8A 1AMFA 1SI1A 2CMOA 4H8JA 4LATA 1M5DA 4HTGA 2XXWA 5L9MA 5H8SA 4EQ7A 4ESXA 1A8FA 5LOMA 1EZOA 3FIRA 3VVEA 2F35A 4UA8A 4IB2A 3VLUA 4LVQA 4OENA 4MLQA 4NF4A 1YCJA 3IOUA 2ANJA 3QUJA 4GF8A 5AA3A 5EHMA 3OEMA 1Y4TA 1B52A 1ZJLA 1I6AA 1IITA 3JZJA 3KOTA 5KZTA 5F7VA 3Q25A 4NEDA 4RJZA 1JNFA 4R6YA 1FTOA 1DMBA 3PUZE 1N3WA 4NF4B 1DTGA 2QSXA 4WKMA 1TFDA 4LQ2A 4ELOA 3N6TA 3KJTA 3PUXE 5CBSA 3LSFB 4U21A 3EQ1A 1B40A 3UP9A 3E4RA 2XXYA 4ZEDA 2QS1A 4WEDA 1P1NA 3FATA 3TYHA 3RGYA 5I56A 3O97A 3SEWA 1LAGE 1BIYA 1Y20A 4GXSB 4NF5A 5DTBA 4R2BA 4I62A 1J1NA 1OQGA 1BLFA 3OENA 4ZEIA 2QS4A 5L8DA 2H5YA 1B32A 3O29A 4X1BA 4HCYA 3GBAA 5I56B 1ZMGA 1MPDA 3MVYA 3MVXA 3VV5A 3CSBA 4U2RA 4ZECA 1ANFA 3SETA 2O69A 1MQDA 4NF5B 4N6PA 1F9BA 3Q29A 4RK2A 1LLSA 1URSA 3HO7A 4ECFA 3PUWE 4YMBA 4U4SA 1QULA 2OBGA 4H0WA 3IR1A 2DP8A 3MP8A 4QSCA 1LSTA 4IY5A 1WVJA 1IXIA 3LSLA 3C9HA 4G77A 4Z7EA 3PMWA 4TOZA 5CMCA 2UVJA 2ONKE 1JETA 1R1NA 1KWHA 2CZLA 1CE2A 3FZVA 3K0VA 1AOVA 5KDTA 1CB6A 5DVFA 2ZNUA 3FVGA 3PPQA 3CFLA 4YB7A 1Y4CA 1JVXA 3HCQA 3MVWA 2HZLA 2V93A 2O84X 3KN7A 4OMBA 4XKRA 3UN6A 1JVYA 3IL1B 3JYRA 4LZ8A 2DVZA 5KDTB 5AA4A 1B7UA 1NNFA 4OEUA 3MZ1A 3TFLA 1SW2A 1R9LA 3I3VA 4U22A 3MPKA 3E13X 3MPLA 3FXUA 5DT6A 4GQOA 4RNSA 4GXAA 5I84A 2OLBA 3PU5A 1QJMA 3IK6B 5AA4B 4M4GA 1A40A 2O1LA 1LGBC 4AB6A 3MUQA 3ILTB 4F3PA 4ZEFA 3B6QA 1MH3A 4GLIA 1B51A 1L5TA 2RINA 3A09A 1S7YA 1II5A 2G93A 3BKIB 1B1HA 3EN3A 5TU0A 3OMBA 4F1UA 5I58A 2P1SA 3FV1A 4BDOA 3U8QA 3ZSFA 2REGA 4ND9A 5CI5A 1I6BA 1PB9A 1B3EA 3FGSA 1FCKA 1EZPA 1IXGA 5F1QA 1B4HA 4QFKA 3S9EA 4IY6A 4F22A 3QYTA 4QFPA 1JEVA 2QJEA 3UORA 4DCXA 2D3IA 2V3TA 4JSOA 3I5OA 5CC2A 5I58B 2O6AA 3OSRA 3KN8A 2I6EA 1OVTA 4O3CA 3KG2A 2ALUA 3MQ9A 5B70A 2I58A 5A5XA 2GFEA 5FHMA 1USYE 4G4PA 1FQCA 4GRKA 3TPAA 5ICQA 3KFMA 3R7XA 3TMGA 5I2KA 3WAFA 1B5HA 4Q5TA 3MZ9A 1NNTA 4G2ZA 3RPWA 4XKQA 3IOTA 5A5XB 2Q2AA 4FEBA 3RY3A 4L17A 4R72A 2DWHA 2DE4A 3C4MA 3QUFA 2ABHA 4YKIA 2V84A 1RYXA 1H44A 5I2KB 3DP8A 4G8MA 3CSGA 5B7DA 4KYSA 4OFJA 4AQ4A 3D4CA 3K02A 4NF8A 1NMUA 1D9VA 1HSEA 3H4ZA 4O3AA 5I57A 2QRYA 5H8NA 4FORA 1IEJA 2RC7A 3WAEA 1LB9A 1NH7A 2OWTA 4FJPA 3H6UA 4GVOA 1B3HA 1HSLA 3D4GA 1MPBA 2P0SA 4GD5A 3T9VA 2ZYOA 4E0WA 4DCYA 1FQAA 4GOTA 1OVBA 3JV9A 4GWOA 4LP2B 4NF8B 3DLNA 5CMMA 1QUKA 5I57B 4ZS9A 2HZKA 4F39A 3TTRA 5H8NB 1SI0A 1ZIUA 4H5FA 1B58A 2PVUA 4BDLA 1QVSA 1B5IA 1MS7A 4C1TA 1HSJA 4F2OA 3H7MA 4IGRA 2THIA 3IO4A 4LUBA 3G3IA 4ZDMA 3KBRA 3PMVA 4R73A 1NKXA 1P1QA 4PFWA 1VE4A 3AXFA 5DVJA 3RTWB 3T22A 4MF3A 5FHNA 3O6HA 3GBBA 2O51A 4FEDA 2XX8A 4KCCA 3DELB 4EXLA 4P11A 2I4BA 2FYIA 4DZ1A 3IJOB 3O6IA 4YU0A 3PUYE 1SD3A 4EUOA 1GTKA 3ZKKA 2ESNA 1EU8A 3SESA 3H03A 1MY0A 1PC3A 4H5GA 2GHBA 3K01A 4RY1A 4PFYA 1MXXA 3U72A 2AIXA 2XXUA 2XXIA 4GL0A 3RQTA 1MXZA 2DOJA 4NWCA 3IB1A 1TT1A 2FA7A 3B6WA 3U92A 3E3KA 3TQWA 3VVFA 4BDNA 3N26A 3TTKA 4BDRA 2OCUA 4O3BA 3K1PA 4G8NA 3KEIA 2O7UA 3S4UA 4X1DA 4EQBA 3PD9A 4I8CA 4FECA 4OXVA 2DYXA 1MXVA 4N07A 2H99A 4U4XA 3PPOA 2OWSA 2F5XA 1IUDA 3SEXA 2F6GA 3OO7A 4PFTA 4H8IA 1JW1A 1MDP1 1S9TA 2H4IA 1SYHA 4F1VA 3TCFA 3BFTA 3TDJA 1Y3PA 1N84A 2Z22A 2UVHA 4YZZA 4Q30B 4JWYA 2Q88A 1MXUA 3M3FA 3H06B 5ITOA 4OZ9A 1LBBA 3A3UA 5K2XA 2Q8JA 2HFBA 2KLFA 2NXOA 3MAMA 1XC1A 2YLNA 1D3KA 1NNPA 1FQEA 1ZLQA 3O28A 2AL4A 3GLBA 4KI0E 4R74A 1JW5A 3FD3A 4OEVA 1H76A 1FTKA 3PV0E 1AH5A 1Y1MA 3W9WA 1LFIA 1PBQA 3HPIA 3QSLA 3HHFA 3MVZA 1B0LA 3B6TA 3OOAA 4DIGA 1OLCA 3S9NC 3LSWA 3TUSA 3GXAA 3THIA 2IA4A 2DWIA 2PMSA 4PQJA 3SDFA 3PPRA 4KYEA 3T66A 3BFUA 2NOOA 2RF1A 1ZU0A 2IEEA 4Q0CA 5CMBA 4QSEA 4KYDA 2FNCA 1UQWA 4C0RA 4R6HA 3PMXA 5H8QA 2I3WA 2ZYMA 1VFEA 2Z8FA 4JBZA 4JWOA 1DPEA 2D21A 3PPNA 2OJTA 4OHNA 1N7WA 1UTHA 2X26A 4XXUA 3O9PA 1RYOA 3K4UA 5HPQA 4QHQA 1OLAA 2HXWA 3DP6A 4GIZA 2R9JA 2DE3A 5ELVA 1OIBA 2XHDA 2QS3A 3FV2A 1O63A 5IAIA 2Y7KA 3ONMA 4FIMA 3G3GA 3H3GA 5H8QB 4HCWA 2H9BA 3C35A 5M2VA 4G8HA 1FQBA 3KJ7A 1YAEA 4N13A 3QAXA 3IOVA 4OETA 2VD3A 2RCAA 3KN3A 3ZS6A 4QSDA 4OFLA 1UTHB 4H67A 2ONRA 2HAVA 2DE2A 2I0BA 4JWXA 1T0KA 5BWJA 3TQLA 2DWAA 1IIWA 1ZTYA 2Y7RA 4YKPA 4XKNA 3L6HA 3H6WA 2XXHA 3VXBA 3O6GA 3B7DA 3PD8A 4QRZA 4F3SA 4LZ7A 3CG1A 3T9XB 4M1VA 1B2HA 1MM7A 4DDDA 5DEXA 3P7IA 3RN8A 1JQFA 4OTEA 4ZE9A 2DXRA 4G68C 1B7HA 4RPOA 3V8XB 2NWJA 1IQ7A 1US5A 3T9HB 3K00A 4HS7A 2RC8A 3LUYA 3RUMA 1MM6A 1PEBA 1POY1 1FTMA 2AYSA 3LR1A 2PBWA 2Y84A 3G3KA 1XHYA 4NTLA 5DEXB 2RC9A 1JW4A 2I4CA 1N7XA 4U1ZA 3K1MA 1URDA 2B65A 3V83A 2V3UA 1ZBMA 5K2YA 1P1UA 3EHSA 1ATGA 1D4NA 4EF2A 3FJMA 5L9SA 5FTHA 4I1DA 3IO6A 3HN0A 2O1MA 4EF1A 3BBRA 1N3XA 1MY3A 1VFDA 4R2FA 3RTFB 1QUJA 3S9LC 4PE5B 3MBPA 2I0CA 3RLFE 2Q2CA 5AA2A 3DM0A 4F1YA 1N76A 1LAXA 1H3DA 4PP0A 1O7TA 4H1XA 4EDPA 5DYHA 2QL3A 4JXIA 3IOWA 1R6ZA 1MY2A 1XT8A 2UVGA 1B6HA 3N94A 4ZZEA 3TCGA 3G3JA 2UYFA 4MFIA 4ZEKA 3TTNA 1B05A 1NFTA 3QK6A 3HSTA 5AA2D 2H25A 1H43A 1SVXB 1SW1A 4KFQA 3TKDA 1B0HA 5AA2B 2DWJA 2VP1A 5EYFA 4BLAA 1MXYA 3F11A 1OQHA 4IO5A 4JSDA 3C31A 3Q26A 2QMWA 1A8EA 4ZEBA 4DXCA 1WODA 4RYAA 3K1NA 2Z23A 5KCJA 4P0GA 4R6KA 3H6VA 2F8DA 1XOCA 2YPNA 1XVXA 1M5FA 2B3BA 3KGCA 5DVIA 1XVYA 5BUUA 3CI8A 4TLLB 4RPNA 3SEVA 4QFNA 4ELQA 1IXHA 2ZNSA 4ZZAA 4DE8A 4GFRA 5AE4A 4WXJA 3C33A 4ELRA 1BTJA 3EHUA 1A54A 4YB5A 5KCJB 4MLVA 3CFZA 4RXLA 3OELA 3IJXB 2M8CA 2OK2A 5I2NA 2QS2A 2O7IA 3CG3A 3K6VA 4IO6A 4X48A 1O64A 2QPQA 1IZ1A 1M5CA 3OXNA 3IB2A 1MY4A 4NWDA 1FQFA 3MP1A 3TELA 4PFUA 1LCTA 1SQYA 1Z7NE 2R6GE 1XS5A 1SW5A 4U1OA 3M3KA 4JB7A 4BDQA 5I2NB 4Z0IA 3UK4A 3SEYA 3USDA 2GH9A 4POXA 5AA1A 1PB8A 3TTMA 5CRYA 3FXQA 4R75A 1Y3NA 3SERA 1H45A 1FW0A 3EF7A 1SDXA 3OSQA 1US4A 4X9TA 3OO8A 3CFXA 3VDFA 1B3FA 4P0IA 1MQIA 5ISUA 3CVGA 3IAZA 4YB6A 3T9UA 4ONYA 1MPCA 3ILUB 3G7WA 1M5EA 1MXWA 4IO4A 4AB5A 1NNKA 2I3VA 5EHSA 1Y3QA 2WKYA 4F31B 1PB7A 4F3GA 4TQUQ 4F3BA 3FUZA 4R9GA 3LBSA 5CBRA 1YPNA 2RKMA 3W9VA 1B3GA 3FJ7A 3HV1A 2Q9TA 3FVNA 4XKPA 4YMAA 2F7BA 3HHGA 2XD2A 3G3FA 3PUVE 1B1XA 4YICA 5L9OA 1MDQA 1P1WA 1QW0A 3E9XA 4YKKA 4PETA 3K6UA 3VFJA 3MW0A 4TLMB 4ISUA 1GGGA 4JDFA 3ECRA 3A3CA 3VXCA 3TZAA 3LSXA 4U23A 1GVCA 1GV8A 3TAJA 1FTJA 3MWBA 2DSFA 4IO3A 4UACA 4OWDA 1UIVA 2OZZA 3K6XA 3L6GA 2YJPA 3I6VA 2P2AA 1MQJA 1GR2A 3KZGA 3RT8A 1A7LA 2PX1A 3QXMA 1I69A 1PBPA 5H8HA 3O66A 1UTBA 4KPTA 4QFLA 2XXXA 3DP4A 2REJA 1B5JA 3U94A 4G68A 4KHZE 3V5AA 5H8FA 2B3FA 3C32A 2NUVA 2D5WA 3V89B 4XTCQ 4EXKA 4NE4A 3OEKA 5H8HB 2UXAA 1UTBB 3FJGA 3GZGA 3CIJA 3LC8A 1A55A 3FVKA 3RT6B 1LFHA 4G68B 3UGWA 4FAJA 1Q35A 4OESA 2BJJX 4R9FA 2HAUA 2DXYA 5H8FB 2I48A 1DTZA 4FATA 1P1OA 4ZE8A 1LAHE 4NMYA 2V3QA 2XX9A 4QFOA 1QKBA 2DS9A 1S50A 1Z7ME 1ZKBA 2XXPA 2F34A 3K2DA 3PGFA 1VSOA 4K3FA 4ESWA 3MJNA 3UA8A 1N04A 3VLWA 3TEPA 3M3LA 2Y7WA 2X7PA 1Y1ZA 3MP6A 4HW8A 1MQHA 3KOSA 2XXVA 3PPPA 2ZYKA 3IB0A 1ELJA 3U93A 4F2QA 4LONB 2HCAA 3EHTA 3TODA 3H6TA 1YTVA 4Q8RA 4OVJA 1NH8A 3FVOA 5TP9A 1LBCA 4IO7A 1B9JA 1POTA 1N0TA 2X7QA 3ODBA 3N5LA 2XD3A 4F19A 3OO6A 4XIGQ 2Z8DA 1QKAA 3EPEA 2PYYA 3C36A 4QF9A 1B4ZA 4E0XA 2HEUA 1TXFA 2RCBA 3QIMA 3SKPA 3IORA 2XXQA 3CR9A 2V25A 3ZKLA 1B46A 5TP9B 2E1SA 2F36A 3N6UA 1RKMA 4KR5A 1MH4A 4IGTA 4KCDA 1MY1A 2XXRA 2VGQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KSJA 5JTYA 3TTLA 1FBEA 1A99A 1MG1A 3U1OA 2A5TA 4PGPA 5HM4B 3T93B 1SBPA 3S2VA 3S9MC 1B7ZA 1DSNA 2E0SA 4KQPA 1FQDA 2NVUB 2ZXTA 3Q27A 4PFBA 4NAPA 1EZ9A 4H65A 2WBBA 5JTYB 1IMFA 2ZYNA 3FXRA 2XWOA 1UIUA 2A5TB 3T96B 2Z8EA 4MJOA 4OVSA 4DXUA 1MQGA 4OVRA 1PDAA 2DQVA 2FHYA 4POWA 4NG7A 5FHOA 3TCHA 2HQ0A 1WDNA 5IKBA 4PFIA 2ZMBA 2PT1A 4LZ5A 1NL5A 1JP4A 4P9KA 2XXTA 4BDMA 2G29A 4YAHX 3MZBA 2QMXA 1R9QA 2A5SA 4EQ9A 3CRBA 2Y7PA 1LCFA 3VLVA 2GHAA 3IX1A 2UYEA 3OD7A 4FE8A 4MX6A 3W15C 4NF6A 4ELPA 4PE3A 1EH3A 4H6DA 1IXCA 2XX7A 1QUIA 4GWXA 1URGA 2F7CA 1BP5A 5JK4A 5I59A 1D9YA 5J1DA 1LAFE 2ZZXA 3G3HA 3SEUA 4THIA 2VD2A 2W7YA 2Y7IA 4MBPA 1SW4A 1OMPA 4F18A 1MRPA 3VVDA 2R8TA 4OANA 1P99A 4NF6B 4OVPA 5CMKA 3LUZA 1Q9DA 5CM6A 4I9DA 1SYIA 2DVCA 4PDHA 1JEUA 1LFGA 2F7AA 2VHAA 5I59B 4F29A 3RNNA 2GRVA 3R6UA 2ZZVA 4OFOA 3OO9A 4OERA 2H98A 1Y9UA 1CNQA 3PTYA 4WEPA 2WX9A 5JEIA 5FTIA 5FBPA 4IO2A 2CZIA 4DLDA 4C1UA 3C34A 1TFAA 2F97A 3KSXA 3R26A 2F6PA 4YKJA 2AL5A 5HBCA 2F78A 3M8UA 3K6WA 2XXKA 3MC2A 3FXBA 1FPDA 3UIFA 1I6QA 2Q89A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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