3QUFA

The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from bifidobacterium longum subsp. infantis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
GGKTKISFYSYFKDNQIGEVVKGFEKKNPDITLDVQYGQDPAQYISTLQTRLAGGKPPTIFNLTMDNRTDVMKSGAALDISGEDFLDGIDDTNFALFQQDGKTYGMPVSAWVGAFFYNKDILKKAGYDKFPKTWDEFIEMGKKINSNGSTAFLEDFNTQIAGSFTGLLASYYGEQGKSGDLDADIWSGKSTFTKDWTPVFKRWEAAAKAGVIPQKSVGLSADQVKQEFVSGNLGVMRSGPWDLPDLQKSDIDFGVAPFPAYSKEDGQWINGGPDQGFAIASRASDKEKAAAKKFLAYLNSEEGLEAFTSAAGTLSLSSKYNAEPPAELKDVVDNYFKQNKFYWVNWPKSPTVMSTEGIAQQQKIVQGQISAKDAAKALDAKWATL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 1
publication title The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis
rcsb
source organism Bifidobacterium longum subsp. infantis atcc 15697
total genus 133
structure length 385
sequence length 385
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA02
4U23A 1XVYA 1GR2A 4F31B 3M3FA 1IITA 3BFTA 3G7WA 2QSXA 2F5XA 3T93B 1N3WA 2I4CA 4BDLA 1DTZA 2OK2A 4BDMA 1TFAA 4RPNA 2A5TB 3VVFA 2ONSA 1QUKA 1MRPA 5DYHA 1FQFA 3MC2A 4NF6B 1R6ZA 2P2AA 3K4UA 2VD2A 3K6XA 4BDRA 3FIRA 4GOTA 1Y9UA 1D9VA 4EXLA 4IO7A 1OQHA 5DVFA 3BKIB 5FHOA 4LQ5A 4F3PA 2QS1A 3KGCA 4ESXA 1MG1A 1XC1A 4HCWA 1BTJA 4GIZA 2RC7A 2W7YA 4HW8A 4XIGQ 3IJXB 4TOZA 3MW0A 3SEUA 1I6BA 4G8HA 1B32A 5KCJA 1MDQA 2THIA 1JQFA 4RK2A 5F7VA 3U1OA 3B6TA 3GLBA 1ZLQA 3EHTA 1B4ZA 1P1OA 1B40A 2A5TA 5H8NA 2F34A 1BP5A 3PPQA 3FUZA 2F6GA 5A5XA 4FIMA 2HZKA 3PU5A 2O6AA 2X7QA 4QSCA 5M2VA 3OSRA 1OQGA 2P1SA 4F3SA 4I62A 3EN3A 4R2FA 3LR1A 3O6GA 3RTFB 4GXSB 1ATGA 3A3UA 4KYEA 3HN0A 4EQ9A 3HHGA 1QKBA 3FJ7A 1MH4A 1FCKA 1O64A 2B3BA 3PUZE 3Q25A 1MY4A 4U1OA 3RLFE 1B9JA 1EZ9A 4U4XA 1GVCA 4F18A 3OSQA 4YAHX 2F7BA 1NMUA 1NNFA 5I59A 1EZOA 1S50A 1IXHA 3W9WA 4E0WA 3O28A 4PFYA 4G68C 1EH3A 1MXUA 3H03A 3Q26A 1A99A 1MH3A 1LFIA 2UVJA 4OWDA 4F39A 1FW0A 2Y7KA 4ZZEA 4O3BA 1M5FA 2GFEA 1Y4CA 3LSFB 2HAUA 2XXXA 2HQ0A 5CMBA 1B3HA 2RC8A 5AE4A 3W15C 3TDJA 1AMFA 2I3WA 3U8QA 2QS2A 4DXBA 3AXFA 2DVZA 4ZEIA 2CMOA 3MUQA 1URSA 3C36A 2QPQA 3DM0A 3K00A 1N76A 3PPPA 4X1BA 1AH5A 1N04A 3RT8A 4RPOA 1LLSA 4JSDA 2XX7A 2HFBA 3QK6A 2QMWA 3TODA 3HHFA 3PD8A 2KLFA 3A3CA 3MVZA 1R1NA 3G3HA 4WKMA 3VE1B 5AA1A 4QSEA 5BUUA 4NF5B 1B7HA 4R6HA 1GV8A 1Y3PA 4YKJA 3PUWE 1B7UA 4BDQA 1VR5A 3CG1A 2Y7IA 1QUJA 2ABHA 2O68A 4OEUA 4GVOA 3S9EA 1ZU0A 2Z22A 4G8NA 2UYFA 2XXIA 3H4ZA 3JZJA 2PVUA 5TP9A 3IK6B 3CIJA 3C4MA 2GHAA 3I3VA 5J1DA 3FVGA 4R75A 2ANJA 4Z0IA 2Z8FA 3RNNA 1II5A 1TWYA 4OZ9A 3Q27A 1H45A 3KBRA 5CMKA 4OVJA 3T9VA 3CSBA 1JETA 4XXUA 5AA2B 1B46A 2NWJA 1JW5A 4LVQA 1LGBC 4XKNA 1JNFA 2B3FA 3VVEA 4G8MA 4FEBA 3O6HA 1JW1A 3F11A 3LSWA 4F19A 3V5AA 3HV1A 3T9HB 1MY2A 2QRYA 2QMXA 1ZKBA 3FXQA 4Z7EA 3USDA 1XT8A 3IOVA 5FHMA 4EQ7A 3QUFA 4NF8A 3CG3A 3TKDA 2P0SA 2DWAA 2ZYMA 3MAMA 3CRBA 3GXAA 1DSNA 4LUBA 3UP9A 5HBCA 2OZZA 4OYVA 1NFTA 2DWJA 4ZDMA 5H8HB 3FGSA 2DXRA 1MQJA 3TTMA 2XHDA 3O9PA 1H44A 5AA2A 3H3GA 2F97A 3TEPA 1SW1A 2F7AA 4KQPA 3PUVE 1Y20A 1H76A 4FATA 1NH7A 3KJTA 3FASA 4WEPA 5AA2D 4DIGA 1EZPA 1OIBA 2H4IA 3DP6A 3IO4A 1PBPA 4EDPA 4MF3A 4QFLA 3MP6A 2ZMBA 3ODBA 1GGGA 1WODA 3LUYA 3UK4A 1US5A 4P0GA 1SQYA 3C35A 4OEVA 3SEVA 2V3TA 3FV2A 1IXIA 4MLQA 3HSTA 1MY1A 3M8UA 1IXGA 3FZVA 3QAXA 4GLIA 4QFNA 3IOUA 1HSLA 4BDNA 5H8HA 1LFHA 1LBCA 3G3GA 4F3BA 4GXAA 1MXVA 1CE2A 3KJ7A 1LCFA 2XXWA 2RKMA 5B70A 5H8QB 4NE4A 4XKPA 2OLBA 2HXWA 4PFTA 1OVBA 5I2NB 3PV0E 3O2AA 5I58B 4QSDA 3EQ1A 3O66A 3U93A 1B2HA 2Y7RA 2X26A 2OJTA 5K2YA 4O3CA 4R9FA 1H43A 1FQEA 4THIA 4JDFA 1PEBA 3S9NC 1VFEA 1CB6A 1I6QA 3O29A 3A09A 4LZ7A 2PT1A 4JBZA 1URGA 3ILTB 4YMAA 2HEUA 1DPEA 5I2KA 2Q89A 2XXUA 3T66A 1J1NA 1XS5A 4IO3A 4R72A 1I6AA 1Y3NA 5H8QA 1Q35A 2AYSA 1LSTA 2OBGA 5JEIA 2ESNA 2O7UA 5TPAA 4ZZAA 3K1MA 1B1XA 1P1UA 2Z8EA 1KWHA 4NEDA 5I58A 4C1TA 1S7YA 1VSOA 3VLWA 4IO5A 2F8DA 2H5YA 3QIMA 3EF7A 4OFJA 4MH5A 4QFPA 1SDXA 3QXMA 4AB5A 1SW2A 4GQOA 3TTRA 3S2VA 2REGA 1MQHA 4R9GA 5AA4B 1RYOA 2V25A 2VHAA 4R74A 5CM6A 1QVSA 4TQUQ 4QFKA 2I0CA 3KG2A 1O7TA 4OERA 1O63A 3VV5A 5KZTA 2RCAA 2Z8DA 3H7MA 1MXXA 4FORA 3IOWA 1VE4A 1IIWA 2D3IA 2YLNA 5DVJA 5JK4A 2BJJX 3V83A 1USYH 3RTWB 1R9LA 1IZ1A 4NTLA 2NXOA 2H99A 1DOTA 3IO6A 1N3XA 4NF6A 1HSJA 3ZKLA 1IEJA 2F78A 2FNCA 1N0TA 3FATA 3OEKA 4H0WA 3VLUA 2R9JA 3MVWA 4DLDA 4G4PA 5DEXB 3RY3A 4OTEA 1FTKA 2PBWA 4AQ4A 4Q30B 4LP2B 1B3LA 5AA4A 4GL0A 5L9MA 2REJA 2F35A 4POWA 4ZE9A 2NOOA 4OMBA 3CFXA 3M3KA 3OO8A 4EQBA 3MP1A 3U94A 4I9DA 3MBPA 2V93A 1FTJA 5ITOA 4GD5A 4P11A 1DPPA 2DS9A 3TTNA 2DWIA 3P7IA 3SEYA 2H25A 3OELA 4KYDA 3KEIA 3KSXA 3I6VA 1SD3A 4N13A 4WXJA 5ISUA 2OCUA 1SI1A 2XXPA 3IOTA 3DLNA 2ALUA 3OXNA 2H9BA 1FQAA 4M4GA 2AIXA 1FTOA 3C32A 4PP0A 3KOSA 1B3GA 1ELJA 5DEXA 1LAHE 1MQDA 2YJPA 4U21A 3S9LC 1MDP1 2DXYA 4YB5A 1IXCA 3OEMA 1MPDA 1VFDA 1NNKA 1PB7A 4GF8A 3PPOA 4YKIA 1RYXA 3WAEA 4NMYA 1LFGA 2I4BA 1BIYA 5CBRA 1ZMGA 1T0KA 3VLVA 1POTA 3RUMA 5ITPA 4RJZA 3IB1A 3C31A 1QULA 3O97A 4X1DA 2NVUB 2YPNA 2ZXTA 2I0BA 3H6VA 4H6DA 2VP1A 5L9SA 4JXIA 1FQBA 4M1VA 4IO4A 1RKMA 1LAFE 3VDFA 2XX8A 5CMMA 4IY5A 5I84A 4X48A 4L17A 1QW0A 2O84X 4RY1A 1A8EA 1Y4TA 3ONMA 4KHZE 4YMBA 3IX1A 3MWBA 3N5LA 4FE8A 3R6UA 3C9HA 2GH9A 3KN3A 4H8IA 1QUIA 3QSLA 4NF4B 2ZYNA 3RGYA 3E13X 3FVKA 3H6TA 3IB0A 1MQGA 1JEVA 1UQWA 5EHMA 3BBRA 2XXYA 3MPLA 2XXTA 3HO7A 3SKPA 3WAFA 1S9TA 4QFOA 5BWJA 3PMVA 3TCFA 3N6UA 1UIUA 4ZEDA 2O7IA 1D4NA 4NF5A 2OWTA 1R9QA 2B65A 3V8XB 3SESA 1FTMA 4RA1A 1PDAA 4NWCA 4LONB 4F1VA 4GFRA 3TQLA 1P99A 3CFLA 5EYFA 1IQ7A 1UIVA 3ZSFA 4ZEFA 4HCYA 1TFDA 3H6UA 3K2DA 1B05A 1B7ZA 1US4A 4TLMB 4C1UA 1MPBA 2UXAA 4OFOA 4NF4A 2RC9A 3K6VA 4KFQA 4IY6A 4IGRA 3OENA 3I5OA 4R73A 3ECRA 3R7XA 4KCDA 1NL5A 2Y7WA 2QL3A 1LB9A 1JVYA 2Q2AA 2Q2CA 1Y3QA 4C0RA 3ZS6A 3OO7A 1A7LA 3PGFA 4EUOA 4Q8RA 3HCQA 1YTVA 3DELB 3OO6A 1BLFA 2FYIA 4X9TA 1EU8A 1MXWA 4GL8A 1B4HA 2I49A 1QJMA 2ZNUA 3GZGA 3EHUA 1AL3A 4OENA 2HAVA 4BLAA 4H8JA 4KR5A 1DMBA 3FJMA 2ZNTA 3TCGA 2V84A 4LATA 4TLLB 4IO6A 3CSGA 4F1UA 1LAXA 1SW5A 1OMPA 4OHNA 4XKRA 1FTLA 3ZKKA 2QS4A 4PETA 2IEEA 4N6PA 1N7XA 2AL4A 1JVXA 4OQOA 1D9YA 3OMBA 1DTGA 3OOAA 1M5BA 1MPCA 3UA8A 2R71A 1Z7NE 4QRZA 5FHNA 1LB8A 4YZZA 4YKPA 3IJOB 3FD3A 3QYTA 1YCJA 5LOMA 2Q8JA 1A8FA 4ZEKA 1B3EA 2CZLA 1WDNA 3SERA 3N26A 3N6TA 3THIA 2PT2A 3D4GA 1B5JA 3QUJA 2ZNSA 4RK9A 3Q28A 4YB6A 2NUVA 3TELA 2M8CA 1XOCA 5DTBA 3L6GA 4XKQA 2DE4A 1LAGE 3PD9A 1JEUA 5KCJB 2IA4A 3TUSA 1USYE 3G3KA 4F29A 3BFUA 3PUXE 5I2NA 4H1XA 3PPNA 1A54A 3G3FA 4QF9A 1ANFA 3ILUB 1ZIUA 3EHSA 3T9UA 4JSOA 4O3AA 5H8NB 3TTLA 2GHBA 1YAEA 4ZECA 3O6IA 3K6WA 3GBBA 5A5XB 2I6EA 3G3IA 5I56B 3LC8A 2XXHA 3N94A 1PC3A 4ND9A 4JWYA 4UA8A 3LBSA 4OXVA 4DXUA 3E4RA 3RPWA 3FVOA 4YB7A 1LBBA 4KD5A 1B5IA 1MS7A 5AA3A 1PB8A 1N84A 4FJPA 3RT6B 4F1YA 1B51A 1Z7ME 1L5TA 1NNPA 2I58A 1GTKA 1UTBB 1M5CA 3B6WA 2O1MA 4WEDA 4YICA 5ICTA 1M5EA 2XXRA 5I59B 3T9XB 2DWHA 3FV1A 3SEWA 3KN7A 2Q88A 3H06B 5L8DA 5H8SA 1OLAA 4UACA 1HSEA 5H8FB 4YU0A 2R6GE 4EXKA 4PE5B 2LAOA 4IGTA 2RF1A 3T22A 4OETA 4Q5TA 3LSXA 4PFUA 5I56A 5CBSA 2PX1A 4F2QA 3S9MC 3FXRA 3MPKA 1LCTA 4KYSA 4FEDA 3TTKA 5FTHA 4HTGA 4ELRA 4FECA 5F1QA 4EF1A 5CRYA 4IO2A 5B7DA 2UVHA 3K01A 3KSJA 2Y7PA 4LZ5A 4DZ1A 4MFIA 3D4CA 3MJNA 2F7CA 1P1NA 2DP8A 4AB6A 4RYAA 1MM6A 1Q1KA 3KOTA 1SYHA 3MZBA 5K2XA 5KDTB 4POXA 1UTBA 1D3KA 2DSFA 1JW4A 2DQVA 2ONRA 4KPTA 3U72A 1P1QA 3KN8A 4GWOA 1F9BA 4H5GA 3K02A 1M5DA 1P1WA 5EHSA 5TU0A 3CFZA 5H8FA 2I3VA 1MXZA 5IAIA 4F22A 3CI8A 3FVNA 2HZLA 4I8CA 3UGWA 3TFLA 3KZGA 5I57B 2ZYKA 2O51A 2VD3A 4P0IA 2V3QA 3VXBA 4U2RA 5DVIA 4U4SA 2XXVA 4KI0E 5CMCA 2RINA 4ZS9A 5TP9B 3E3KA 1SBPA 4E0XA 3DP4A 3GBAA 5IKBA 2UVGA 4OESA 4DDDA 4QHQA 2E1SA 3W9VA 1SYIA 3OO9A 4DXCA 4R6KA 1MXYA 4ISUA 5KDTA 2XXQA 1AIVA 1ZBMA 5CC2A 2QJEA 1A40A 3RN8A 5L9OA 4K3FA 3PPRA 1SVXB 1B0HA 3K1PA 3FXUA 3Q29A 4KCCA 4H67A 2XD3A 4ECFA 2DOJA 4JB7A 1TT1A 2DVCA 2HCAA 1B1HA 3JYRA 3MZ9A 5I57A 1B6HA 2F36A 4FAJA 3RQTA 4LA9A 3S4UA 1OLCA 4NF8B 3UORA 3TAJA 2O69A 3MVYA 2H98A 4U1ZA 3TYHA 3FJGA 3PUYE 3MVXA 1N7WA 3PMXA 1PB9A 2DE3A 4DCYA 2DYXA 2FA7A 3B7DA 5JTYB 3H6WA 5ICQA 1PBQA 2RCBA 3LSLA 3IL1B 1IUDA 4MLVA 3IAZA 3K6UA 4ZE8A 3V89B 4LQ2A 1BKAA 4ELPA 3TCHA 4G77A 3T96B 2OWSA 3MP8A 1MM7A 4ELQA 4EF2A 4PQJA 2Q9TA 5HPQA 3EPEA 3VFJA 5HM4B 4IB2A 5ELVA 1UTHB 2PYYA 2ONKE 3SDFA 3IB2A 1B3FA 3E9XA 4ZEBA 3PMWA 3C33A 4PFWA 2G29A 3VXCA 4DCXA 2G93A 3IORA 3SEXA 3TPAA 4HS7A 1YPNA 4MBPA 3SETA 1NNTA 3UIFA 4DE8A 5JTYA 1SI0A 4I1DA 1SW4A 1Y1ZA 1I69A 4YKKA 2GRVA 1FQCA 2ZYOA 3OD7A 3K0VA 1XVXA 2XD2A 4JWOA 2O1LA 4ONYA 2A5SA 3KFMA 4GRKA 1A55A 3B6QA 4LZ8A 5FTIA 3K1NA 3C34A 4G68B 3L6HA 3MQ9A 1NKXA 1MY3A 1WVJA 2Z23A 4BDOA 1ZJLA 1UTHA 1FQDA 1MQIA 2I48A 2AL5A 2VOZA 2Y84A 4R2BA 4XTCQ 1URDA 2E0SA 3DP8A 3JV9A 4OFLA 4F3GA 1ZTYA 2PMSA 3HPIA 3MZ1A 3R26A 2WKYA 3U92A 4Q0CA 4ELOA 4RXLA 1NH8A 3CR9A 3TMGA 2D21A 2F6PA 5I2KB 2UVIA 1B52A 1B5HA 2QS3A 1XHYA 2V3UA 1QKAA 4G2ZA 4JWXA 2D5WA 1TXFA 5DT6A 3M3LA 4RNSA 4R6YA 1OVTA 1Y1MA 2DE2A 1B0LA 3TQWA 5TPAB 4H65A 4N07A 5CI5A 3CVGA 1B58A 1MY0A 2UYEA 2VGQA 4U22A 3G3JA 1POY1 4F2OA 4H5FA 3IR1A 1AOVA 2X7PA 3VVDA 4G68A 3UN6A 1H3DA 2XX9A 4NWDA 3TZAA 4ESWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U23A 2QVVA 1XVYA 4OVPA 2HXRA 2MKZA 1GR2A 4F31B 3M3FA 1IITA 3BFTA 3G7WA 2QSXA 2F5XA 3T93B 1N3WA 4NGUA 2I4CA 4BDLA 1DTZA 5LTCA 4MCOA 1NV5A 2OK2A 4BDMA 1TFAA 4RPNA 2A5TB 3VVFA 2ONSA 1QUKA 1MRPA 5DYHA 1FQFA 3MC2A 4NF6B 1R6ZA 2P2AA 3K4UA 2VD2A 3K6XA 4BDRA 3FXBA 3FIRA 4GOTA 1FJ9A 1D9VA 1Y9UA 4EXLA 4IO7A 1OQHA 5DVFA 3BKIB 5FHOA 4LQ5A 4F3PA 2QS1A 3KGCA 4ESXA 4O8MA 1MG1A 1XC1A 4HCWA 1BTJA 4GIZA 1G0HA 2RC7A 2W7YA 2L5VA 2CZIA 1FRPA 4HW8A 4XIGQ 3IJXB 4TOZA 3MW0A 3SEUA 1I6BA 1KA1A 4G8HA 1B32A 5KCJA 1MDQA 2THIA 1JQFA 4RK2A 5F7VA 3U1OA 5IZ3B 3B6TA 3GLBA 1ZLQA 3EHTA 1IMEA 1B4ZA 1P1OA 4PAKA 5ET8A 4GWXA 2HPGA 1B40A 2A5TA 5H8NA 1K9ZA 2F34A 1BP5A 3PPQA 3FUZA 2F6GA 5A5XA 4FIMA 2HZKA 3PU5A 2O6AA 2X7QA 4QSCA 5M2VA 3OSRA 1OQGA 2P1SA 4F3SA 4I62A 3EN3A 4R2FA 1AWBA 4PF6A 3LR1A 3O6GA 3RTFB 4GXSB 4PE3A 1ATGA 3A3UA 4KYEA 3HN0A 4EQ9A 3HHGA 1QKBA 4PAIA 1NV4A 3FJ7A 1LBWA 1MH4A 1FCKA 1O64A 2B3BA 3PUZE 3Q25A 1MY4A 4U1OA 3RLFE 4JVDA 1B9JA 1EZ9A 4U4XA 1GVCA 4F18A 3OSQA 4YAHX 2F7BA 2VPNA 1NMUA 1NNFA 5I59A 1EZOA 1S50A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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