3QUFA

The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from bifidobacterium longum subsp. infantis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
GGKTKISFYSYFKDNQIGEVVKGFEKKNPDITLDVQYGQDPAQYISTLQTRLAGGKPPTIFNLTMDNRTDVMKSGAALDISGEDFLDGIDDTNFALFQQDGKTYGMPVSAWVGAFFYNKDILKKAGYDKFPKTWDEFIEMGKKINSNGSTAFLEDFNTQIAGSFTGLLASYYGEQGKSGDLDADIWSGKSTFTKDWTPVFKRWEAAAKAGVIPQKSVGLSADQVKQEFVSGNLGVMRSGPWDLPDLQKSDIDFGVAPFPAYSKEDGQWINGGPDQGFAIASRASDKEKAAAKKFLAYLNSEEGLEAFTSAAGTLSLSSKYNAEPPAELKDVVDNYFKQNKFYWVNWPKSPTVMSTEGIAQQQKIVQGQISAKDAAKALDAKWATL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium longum subsp. infantis atcc 15697
publication title The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis
rcsb
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 1
total genus 133
structure length 385
sequence length 385
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA02
3FUZA 3PGFA 4NTLA 2OK2A 3OO7A 1XC1A 3KN3A 3TAJA 1GGGA 2ALUA 1B05A 4I1DA 1IXIA 3OO8A 1I6AA 1MXXA 1MQGA 2XD2A 3LSWA 4BDOA 3S4UA 1H43A 2F97A 1Y1ZA 3MVYA 3HHFA 3IO6A 2V93A 2X7QA 2RINA 1XVXA 3FGSA 3TCGA 1B1HA 1QKAA 1ZU0A 3PUYE 3H06B 5DEXA 2H99A 1B3LA 4I8CA 4O3CA 3MC2A 3ZSFA 2AL4A 1VFDA 4G68C 3MQ9A 4IO4A 1NMUA 2O84X 4ECFA 1M5BA 2BJJX 4ZDMA 1MPBA 5DVFA 3VLVA 4KYSA 2ZNUA 3Q27A 1A8EA 5JEIA 3ODBA 2G29A 3FVKA 2RCAA 3U8QA 3C36A 3B7DA 1MXVA 3O28A 1HSJA 5AA1A 1LBBA 1B40A 5ICTA 4YU0A 4OFJA 2GH9A 5B7DA 1ZKBA 3OO6A 5I58A 2H5YA 1AH5A 3KEIA 1B3HA 1MXWA 1MPDA 2H98A 3H6WA 4WKMA 1SD3A 2RC7A 3FVNA 1SI0A 4O3BA 2NOOA 1SBPA 2QMXA 4YKJA 3MPKA 5I84A 2O68A 3ILTB 1NFTA 2R6GE 3LBSA 1L5TA 1T0KA 3N26A 2F34A 3S9NC 3U72A 3TKDA 3TELA 4GOTA 3ZS6A 5JTYB 1DTZA 1GV8A 4XKRA 2OZZA 3TFLA 2F6PA 4DDDA 2PYYA 3MVWA 4KFQA 3WAFA 1FTMA 4G68A 1POTA 3KN8A 3T96B 1US4A 3IK6B 3KGCA 4HCYA 2XHDA 3PMVA 1J1NA 1A55A 4PFUA 4NEDA 4DXCA 1S7YA 4FORA 2D21A 1B3GA 5EHSA 2V3TA 3PPOA 1POY1 2PT2A 3QUFA 4MBPA 5FHNA 3TCFA 1FTOA 3MP1A 1D3KA 4KR5A 5I2NB 1IXHA 1FQCA 1URDA 5DEXB 1CE2A 4JWOA 4ELPA 5A5XB 3E4RA 2PBWA 4TLLB 1N04A 1OIBA 1PEBA 2PX1A 3RQTA 4BDMA 3OOAA 1UIUA 4YB5A 3I6VA 1FQDA 1NKXA 4XIGQ 3FATA 4NF4B 2O1MA 4Q5TA 3S9EA 4UACA 2UVJA 1AMFA 4ND9A 3TUSA 3IORA 2HZKA 5I57A 4YKKA 1IIWA 1LB9A 3SEWA 1B5IA 4GL8A 1Y3QA 1WVJA 1YAEA 1SW2A 3MWBA 5CBRA 3IOTA 4G8NA 5AA2A 2Q2CA 4OYVA 3IAZA 3MP6A 5I2KA 2VP1A 1I69A 4E0XA 5H8NB 4H0WA 4OEUA 1MXZA 1JW1A 4BLAA 2I4BA 2QL3A 2LAOA 4PFTA 4MLVA 3HV1A 1FQBA 2XX9A 5TPAB 3OMBA 3ONMA 4GL0A 5DT6A 4GFRA 2F7AA 3IB0A 1MQHA 5JK4A 3TTNA 3FXUA 3RT6B 4FAJA 1FTJA 3THIA 4EF1A 2AIXA 5EHMA 4LP2B 3V83A 5H8SA 2ZNSA 3G3IA 4IY5A 2DWIA 2Y84A 4OERA 3TEPA 4LZ5A 3DELB 4BDRA 1B9JA 1GTKA 1LFGA 4EUOA 2UXAA 1SW5A 4U1ZA 1S50A 3ZKKA 4G8MA 3VLWA 5FTIA 1PB9A 4YMAA 4R6YA 4FATA 4PFWA 3KZGA 3LSFB 1MQJA 3TQWA 2THIA 4JSOA 3OENA 4H65A 4IO5A 4PP0A 2Y7RA 4H8IA 1PB8A 2E1SA 3T22A 2IA4A 2DE3A 3IJXB 2YJPA 2DP8A 1B4HA 1M5CA 1JW5A 3O9PA 1OLCA 3S9LC 1LFHA 5AA3A 2G93A 2XXPA 3RTWB 1DTGA 3G3KA 4U21A 2I6EA 4OEVA 5DYHA 1OLAA 3HN0A 3MUQA 4DXUA 5BWJA 3RGYA 3Q28A 3DP4A 3N5LA 2O1LA 1LSTA 4F3GA 4TQUQ 2DSFA 2QSXA 3K6WA 2M8CA 2XXHA 5K2XA 2D5WA 3KOTA 1MQDA 1Z7ME 5I57B 2Y7PA 3ZKLA 1ELJA 1H44A 3FVGA 1B6HA 3VVFA 3H6TA 4KQPA 4N6PA 3AXFA 4NF5A 2ZXTA 2XXYA 4GF8A 3USDA 3OSRA 1Z7NE 5KZTA 2QS2A 4H5FA 4ELQA 1RYXA 2DXRA 1MM7A 3CR9A 5I2KB 1MG1A 2PMSA 3CSGA 4R74A 3W9WA 3DP6A 3HO7A 3UORA 4Z0IA 3VFJA 2R71A 4Q8RA 3FJGA 2RC8A 1DPPA 2ZYKA 1DSNA 1OVTA 2OWTA 1ZIUA 2I49A 3OSQA 3CSBA 1FTKA 1Q1KA 2O69A 3GBAA 3K4UA 2ZYNA 3GBBA 4R6HA 3WAEA 1MY0A 1EH3A 3R6UA 3C35A 5H8HB 4LQ2A 1UTHA 4POXA 2HFBA 1B1XA 3FJMA 1B0LA 3SEYA 5L8DA 1NNTA 5KCJB 1IQ7A 3VV5A 1BKAA 1LAXA 3RT8A 2DWJA 2VOZA 5H8FA 5KDTA 2CMOA 2ZMBA 1O63A 1XOCA 2REJA 2ONSA 4QHQA 3KG2A 1P1QA 2DS9A 4HTGA 1JEUA 4KCCA 4PE5B 1A54A 4F1YA 4G77A 4ESWA 3KBRA 4WEPA 2H4IA 3K1PA 1TWYA 4H8JA 4R9GA 3T9UA 4GD5A 2HXWA 4FIMA 3CFLA 3SDFA 5L9OA 1P99A 4NMYA 1P1NA 4RPOA 3T93B 2UYEA 5FHOA 3QK6A 4I62A 1YTVA 3PPRA 1LAHE 3B6WA 3VXCA 3C34A 1D4NA 4DLDA 3VVDA 1DMBA 3G3GA 3O97A 1LBCA 3MPLA 2W7YA 1MH3A 1SYHA 1MY1A 4AB6A 5CM6A 1URGA 1SQYA 3O2AA 3PUZE 4IGRA 1A40A 3IOVA 2Y7IA 4IO2A 1PBPA 4ZZAA 3D4CA 3KJTA 1USYE 4TLMB 4NF5B 2UVIA 4F22A 3W9VA 4U4SA 1EU8A 2B3FA 4F31B 5F1QA 1XHYA 2QPQA 2AYSA 4OVJA 5I56B 1ANFA 4NWCA 3H6VA 1IXCA 1Y3PA 1N7XA 2NXOA 3P7IA 3GZGA 4RXLA 5DTBA 4PFYA 2I3VA 3K2DA 4L17A 4I9DA 1R9LA 3B6QA 2VD3A 3QAXA 3TTKA 3E3KA 4DXBA 4H6DA 4QF9A 3M3LA 3OEKA 1IXGA 4NWDA 4DCXA 1Y20A 2A5TA 2B3BA 2V3UA 2Q88A 1UTHB 1F9BA 3BFTA 4H1XA 4FE8A 1MDQA 1BLFA 4ZEFA 1UIVA 2ZNTA 1AOVA 4RY1A 1B32A 2VGQA 3T9VA 4DZ1A 1QUJA 4KI0E 4WEDA 3VXBA 3QSLA 1TXFA 1UTBA 4YICA 1B2HA 3Q25A 3U93A 1YCJA 5H8FB 4BDNA 4OQOA 1QW0A 1IZ1A 2XXUA 4QSDA 2Z23A 1OMPA 5ITOA 2X26A 5CC2A 3PMWA 2RC9A 4EQ7A 4KCDA 1QJMA 1H76A 4YAHX 4KD5A 1NNKA 4JWXA 4DIGA 5HPQA 4WXJA 1MRPA 3M3KA 4C1UA 2RCBA 2QS3A 1ZTYA 3PD9A 3MZ9A 1OQGA 3PPPA 4ELOA 5FHMA 4LQ5A 4RA1A 1N0TA 3TODA 3UA8A 1FQEA 3L6GA 4LZ8A 4OMBA 3TTMA 1M5FA 2Q8JA 3RN8A 3G3HA 2I58A 4THIA 4F1UA 5I58B 5BUUA 4F3SA 3FZVA 1B52A 5TU0A 1B58A 1MY3A 4H5GA 3GXAA 1XS5A 5L9SA 1JNFA 3T9XB 4RNSA 1N84A 5CRYA 3E9XA 1LB8A 4QSCA 1FQAA 2XXWA 4OFLA 2VHAA 1PDAA 3DM0A 2F5XA 4PETA 4GXSB 2Q2AA 4GVOA 4LATA 4JBZA 4X1DA 3OD7A 2RF1A 5M2VA 1P1UA 3R7XA 3RPWA 3L6HA 3FD3A 5IAIA 2XXIA 4GWOA 3G3FA 5ITPA 1I6QA 2F7CA 2FA7A 1FCKA 1B5JA 4OWDA 3EHTA 3PU5A 5HBCA 5TP9A 3RUMA 4G68B 3CIJA 1HSLA 3R26A 2NWJA 1N76A 1VR5A 4F1VA 3H7MA 2Y7WA 4OFOA 1LLSA 2O7IA 4G4PA 4F3PA 3SEUA 2A5TB 3OXNA 2ABHA 3HHGA 2GFEA 3M3FA 2V84A 5B70A 2QJEA 2O51A 1SVXB 4ELRA 4R75A 3BKIB 5DVIA 3BBRA 3QUJA 4R6KA 2V3QA 3CFZA 1EZPA 2XXTA 3TTLA 4EF2A 1VFEA 3CFXA 4NF6A 2B65A 4ZS9A 3EF7A 4OESA 2NVUB 1SYIA 3KJ7A 4ZEIA 4C1TA 3K1NA 3O6GA 1JW4A 2O6AA 3MVXA 4P0GA 3ILUB 2UVGA 1USYH 3RTFB 3UP9A 2OCUA 3FIRA 4ESXA 3HSTA 3EPEA 2XXVA 2Z8EA 4Q30B 1CB6A 4RK9A 3UGWA 1URSA 4OETA 1XVYA 1LCTA 4M1VA 3A09A 3OELA 2FYIA 4POWA 3M8UA 3H3GA 2F78A 4TOZA 4BDQA 3SESA 1ZLQA 2ONRA 1GR2A 3CG1A 2QRYA 3VLUA 3I3VA 1AIVA 4GXAA 2E0SA 2UVHA 1VSOA 4DCYA 4IO6A 1N3WA 4XKPA 5AA2B 3SEVA 4QFPA 4X48A 1XT8A 1B51A 1WDNA 3IOWA 4E0WA 1Y4TA 2ONKE 1LAFE 2DE4A 3Q26A 4MF3A 3U94A 3TYHA 1TFDA 1R6ZA 3DP8A 3VDFA 4Z7EA 1PC3A 4XTCQ 5JTYA 4QFLA 5J1DA 5AA4A 1MXYA 1QULA 2XXRA 1O64A 4R72A 1P1WA 3RNNA 2HZLA 3HPIA 3MP8A 3E13X 4HCWA 2DOJA 4EXLA 3JYRA 1MPCA 2I0BA 2O7UA 4ISUA 1B3EA 3K02A 1MQIA 2KLFA 4U4XA 5IKBA 4LONB 4OENA 1YPNA 4F39A 1EZ9A 4G8HA 2YLNA 3K00A 4N07A 1ATGA 3IJOB 4NF6B 3SEXA 2Z8FA 2NUVA 3C4MA 3H4ZA 3K6VA 4C0RA 4U1OA 4KYEA 5I2NA 3C31A 2DWHA 3F11A 4JSDA 1GVCA 4JWYA 1NNPA 4M4GA 4IB2A 2REGA 3I5OA 5A5XA 1II5A 4F19A 4U23A 5CMCA 3SERA 3K0VA 2GHBA 3A3CA 3EHUA 3UN6A 3FV2A 4OZ9A 1JEVA 1LCFA 2WKYA 1OVBA 4NF4A 4GIZA 4R9FA 3S2VA 2OLBA 2OWSA 2HEUA 1MY4A 2H25A 2CZLA 3MBPA 1LFIA 2Y7KA 2DE2A 3IB2A 4F29A 2AL5A 3PPNA 4ZZEA 2V25A 2XX8A 4NF8A 1B0HA 3KFMA 2IEEA 1MH4A 2ESNA 3MVZA 4X9TA 1QUIA 5LOMA 2DWAA 5ISUA 1IUDA 1DOTA 4MLQA 2HAVA 3FJ7A 4F2OA 3MZ1A 3PUXE 1Y9UA 2PT1A 1EZOA 4LZ7A 5H8NA 2I0CA 4Q0CA 4GLIA 3MAMA 2D3IA 1H45A 2UYFA 4YKPA 3JV9A 2QMWA 4FECA 4IY6A 1QVSA 3IB1A 3JZJA 1BIYA 4UA8A 5EYFA 4GQOA 4AQ4A 3IL1B 2XXQA 1UQWA 5TPAA 4YB7A 5F7VA 5HM4B 4QFOA 2HAUA 5AE4A 2F7BA 4HS7A 2P0SA 3QYTA 3N6UA 3OO9A 5AA4B 3C33A 1QKBA 1PBQA 2XD3A 1A99A 4IO3A 4K3FA 3W15C 3LSLA 4XXUA 2A5SA 4AB5A 3O66A 4LVQA 2P1SA 2R9JA 4HW8A 3LC8A 1A7LA 2QS4A 3KSJA 5FTHA 3IX1A 5CMKA 1US5A 3VE1B 5KDTB 3GLBA 4YKIA 3UK4A 2XX7A 3CG3A 2XXXA 3CVGA 4X1BA 2HQ0A 3S9MC 4FEDA 3KN7A 4MH5A 2I4CA 1D9VA 3CRBA 2X7PA 3H03A 4JDFA 2ZYOA 1FW0A 1R1NA 1JVYA 1IITA 1ZJLA 1TFAA 4QFNA 5DVJA 2RKMA 4EXKA 1M5EA 1VE4A 1S9TA 4R73A 2DVZA 4QFKA 1LAGE 2I3WA 4EDPA 5H8QA 3H6UA 3U1OA 2VD2A 1Y1MA 1NH8A 4YMBA 2QS1A 3C9HA 3TPAA 4NF8B 3TZAA 1Y3NA 1A8FA 4MFIA 4KYDA 2H9BA 3T9HB 4OHNA 1B4ZA 1B7ZA 2OBGA 5I59A 3TQLA 3N6TA 4ZEKA 3KOSA 4F3BA 1HSEA 1SW4A 4BDLA 1BP5A 4KPTA 3IR1A 4XKNA 1LGBC 4LUBA 5L9MA 3U92A 2F8DA 1N7WA 3N94A 1FTLA 1ZBMA 2DQVA 1N3XA 3PPQA 3LSXA 3V5AA 3EHSA 1MS7A 4FJPA 4U2RA 1Y4CA 3IO4A 3LUYA 4RYAA 3BFUA 4JXIA 3IOUA 3SETA 1TT1A 1B3FA 3UIFA 3ECRA 5H8HA 1MXUA 3OEMA 1NH7A 4N13A 4OXVA 1BTJA 3PD8A 3PV0E 4YZZA 4PQJA 4DE8A 4P11A 3FXRA 1MY2A 3T66A 1SDXA 4ONYA 5KCJA 4RK2A 3KSXA 2YPNA 3CI8A 3O6IA 1R9QA 4EQBA 1UTBB 4FEBA 3MZBA 2PVUA 3V89B 1JVXA 4P0IA 3B6TA 1H3DA 2Z22A 4ZECA 1P1OA 3K01A 3C32A 2DYXA 5ICQA 4OTEA 4IO7A 2OJTA 1ZMGA 1Q35A 1SW1A 3MJNA 3FASA 5CMMA 5CBSA 4QRZA 4U22A 3K1MA 1D9YA 3TCHA 3SKPA 4IGTA 4H67A 3TMGA 4ZEBA 3K6XA 5CI5A 2HCAA 2ANJA 3V8XB 4EQ9A 1IEJA 3O6HA 3PUWE 3FV1A 1M5DA 3Q29A 5AA2D 5K2YA 3G7WA 3TTRA 5H8QB 4NE4A 3LR1A 2Q9TA 3QXMA 1OQHA 1SI1A 3HCQA 4GRKA 2DVCA 2Z8DA 2ZYMA 4F18A 4RPNA 1B7UA 3O29A 4YB6A 1MDP1 1QUKA 2F35A 2P2AA 1JQFA 4ZE8A 5I59B 2F36A 3EQ1A 4ZEDA 1WODA 3PUVE 4R2FA 3PMXA 3QIMA 4RJZA 1DPEA 4R2BA 3MW0A 1B5HA 2I48A 2DXYA 3VVEA 4ZE9A 1RYOA 3FXQA 5I56A 3G3JA 2GHAA 3TDJA 3RY3A 1MM6A 1NL5A 4LA9A 2FNCA 1B7HA 3RLFE 2GRVA 1RKMA 3D4GA 2Q89A 3DLNA 1JETA 1I6BA 3EN3A 1B46A 4O3AA 3FVOA 1O7TA 4F2QA 4KHZE 1FQFA 1AL3A 5TP9B 3A3UA 4XKQA 1NNFA 5CMBA 4QSEA 4G2ZA 1PB7A 2F6GA 3K6UA 4JB7A 1KWHA 5ELVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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