3QUFA

The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from bifidobacterium longum subsp. infantis
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
385
structure length
385
Chain Sequence
GGKTKISFYSYFKDNQIGEVVKGFEKKNPDITLDVQYGQDPAQYISTLQTRLAGGKPPTIFNLTMDNRTDVMKSGAALDISGEDFLDGIDDTNFALFQQDGKTYGMPVSAWVGAFFYNKDILKKAGYDKFPKTWDEFIEMGKKINSNGSTAFLEDFNTQIAGSFTGLLASYYGEQGKSGDLDADIWSGKSTFTKDWTPVFKRWEAAAKAGVIPQKSVGLSADQVKQEFVSGNLGVMRSGPWDLPDLQKSDIDFGVAPFPAYSKEDGQWINGGPDQGFAIASRASDKEKAAAKKFLAYLNSEEGLEAFTSAAGTLSLSSKYNAEPPAELKDVVDNYFKQNKFYWVNWPKSPTVMSTEGIAQQQKIVQGQISAKDAAKALDAKWATL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of a family 1 extracellular solute-binding protein from Bifidobacterium longum subsp. infantis
rcsb
source organism Bifidobacterium longum subsp. infantis atcc 15697
molecule tags Transport protein
molecule keywords Extracellular solute-binding protein, family 1
total genus 133
structure length 385
sequence length 385
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3qufA02
4RK2A 2XXYA 1MY3A 3JV9A 4DIGA 1D3KA 1NNKA 1VFEA 1WODA 5FTHA 1H43A 4R6HA 4OMBA 1LAGE 3IO6A 4MLQA 5I2NA 4ZEIA 3I3VA 3Q29A 1MQGA 1MS7A 4EUOA 2VHAA 1Y9UA 1B1HA 4X1BA 2D3IA 4PFTA 3O66A 1ZKBA 5DTBA 1N7WA 4YZZA 1MDP1 3TODA 4QFLA 3SESA 4F3SA 4YKJA 1FTLA 2FYIA 3TUSA 1OQGA 2PBWA 4K3FA 3PPOA 1P1OA 3H6TA 3RTWB 3V8XB 5L9MA 4HW8A 3HHGA 3K02A 1B58A 1MM7A 5KZTA 4GOTA 4RPOA 1B40A 5DYHA 1ZU0A 5AA1A 1NH8A 2QS1A 1LLSA 3B6WA 3EN3A 3FVNA 3FVKA 1MXUA 1S7YA 1FQBA 2HCAA 2Y84A 3H03A 1EZ9A 1QULA 1VFDA 2PMSA 3H3GA 3QXMA 3ZS6A 4F29A 3C32A 4P0IA 3UA8A 4HCYA 1ZJLA 1POY1 1PBPA 1BKAA 4ZECA 3IB2A 5H8SA 2F6PA 3R6UA 4JWOA 3RGYA 4OTEA 3FV2A 4F3PA 5J1DA 2X7QA 2XD2A 1FQFA 1DPEA 2UXAA 4RXLA 3C33A 2Z8DA 3OSQA 4LZ5A 5H8HB 3U94A 3EQ1A 4KFQA 3K00A 1IXHA 4OFOA 1B05A 5H8QA 3RY3A 4N07A 3PPRA 5TP9B 3ZKLA 1URSA 5IKBA 1P99A 1XT8A 4GL0A 1URGA 1JW5A 3DP6A 1D4NA 2D21A 5I2KB 4QSDA 3FJ7A 4PE5B 2UVJA 3IOTA 2Q2CA 4YMBA 2Y7RA 3IJOB 3TCHA 1BIYA 1D9YA 2XXQA 3UN6A 4U2RA 1O7TA 1P1UA 2RC8A 3FXUA 1PC3A 4XKPA 4F31B 3MJNA 4BDLA 5BWJA 3M3FA 2F7BA 3E3KA 3H7MA 2I49A 4F2OA 3RLFE 5CMKA 3IORA 2F97A 4H8JA 4OHNA 1MH3A 3BFTA 4H5FA 1R9LA 5TPAA 3K6UA 2PX1A 3FV1A 4H1XA 2Z8FA 4KYEA 3G3HA 4PQJA 5DVFA 4R72A 3UGWA 1BLFA 3IOVA 4DZ1A 1LB9A 4F18A 5DEXB 2DVZA 1B46A 1PBQA 2DP8A 3N6UA 3ODBA 1ATGA 2Q89A 2RCBA 3IB0A 3KSXA 3OO8A 3QUFA 3R26A 4IO7A 4LATA 4ZZEA 4EQ9A 1H45A 2O6AA 3V83A 3OO6A 4H67A 2A5TA 4LZ7A 2O68A 4RK9A 1XVYA 3VFJA 4FAJA 1JEVA 3H6UA 4MFIA 1H3DA 3EHUA 1SW5A 3EHSA 3N5LA 3SEVA 3WAEA 2QPQA 4R75A 1OIBA 3T9VA 2DSFA 1Y4CA 2CMOA 3G3KA 3PUVE 3W15C 1ELJA 2DWJA 2THIA 3HPIA 3ONMA 3IJXB 1B4ZA 2ZNUA 3U93A 1OVBA 4ZEDA 3IR1A 3PUWE 3KN7A 1T0KA 1EU8A 3IB1A 2V25A 2BJJX 4LONB 3UP9A 5DVJA 3VVDA 3HN0A 1XC1A 3O6HA 4R9GA 4XKNA 4XKQA 5AA2A 4H8IA 1A8FA 3MBPA 1NNPA 5I2NB 1GR2A 1MXWA 2I0CA 1FQAA 4FIMA 5H8FA 4XXUA 2V93A 1IITA 1R6ZA 4YKPA 4ZEKA 5CBSA 1A55A 2RCAA 3A3UA 2ZMBA 3TQLA 4U1ZA 1JW4A 2OBGA 3MP6A 4G68C 1MG1A 1B51A 4H65A 4GD5A 4KYDA 3SEYA 3USDA 1XHYA 4QSCA 1N76A 1IEJA 1MY1A 1US5A 2DWIA 3TAJA 2Q2AA 3L6GA 1B7UA 1Y1ZA 4F19A 5LOMA 4BLAA 4OQOA 2E0SA 2AYSA 3B6TA 4I1DA 4POXA 4R9FA 2O7IA 4LUBA 4ELOA 4F3GA 4QHQA 4LZ8A 1DTZA 1LAHE 3QK6A 1MY2A 3QSLA 4YICA 4OEUA 3TQWA 4C0RA 1QKBA 4JWXA 1ZTYA 1DOTA 3KOSA 2V3UA 3OO7A 2ANJA 4AB6A 1A54A 4IO6A 4IY6A 3MUQA 5F1QA 3C34A 3IK6B 3CI8A 5DT6A 3LSXA 2QL3A 1PB7A 3PD8A 5ITOA 2F36A 1I69A 1ZIUA 4KI0E 4QFOA 3LBSA 4ZS9A 5DVIA 5F7VA 1Z7ME 3FATA 2HZKA 2HXWA 3A3CA 5KCJB 1OLAA 5I57A 2DE3A 2DVCA 3G3IA 3Q28A 1MPBA 1SQYA 1SD3A 3HCQA 2I58A 3QIMA 4QFNA 3K1MA 3SDFA 3IAZA 3S9EA 1SVXB 1FQDA 2I6EA 2H25A 1DSNA 4YKKA 2PT2A 1VE4A 3CG3A 1B7ZA 4OXVA 4UACA 3U92A 1SBPA 2PYYA 3O2AA 4THIA 5AA4A 3ILUB 4KD5A 4RNSA 2LAOA 1A40A 4FEBA 1H44A 4GIZA 1Y3PA 4ONYA 4YB7A 3TFLA 3THIA 1M5BA 2DWHA 3HO7A 2O69A 5FHOA 3KSJA 4OEVA 1B5HA 5EHMA 2OWSA 3LUYA 4XKRA 3FVGA 4NF6B 1LAFE 3C4MA 3TELA 2QS2A 4OZ9A 1CE2A 3A09A 2V84A 4HS7A 1FQEA 3IX1A 3UK4A 1SI0A 1OVTA 2H99A 3QAXA 3OEMA 1MQIA 1FCKA 2F78A 2F7CA 2QJEA 2QRYA 3KN8A 4OFLA 3C36A 3FIRA 4GLIA 3PUXE 1XS5A 3F11A 3FVOA 5HPQA 1P1NA 1HSJA 2H9BA 1MXXA 4PFYA 5M2VA 4BDRA 1YCJA 5ICTA 3E9XA 3FJGA 5EHSA 1NKXA 1PB9A 2YLNA 4G8NA 4NWCA 1FTOA 3TCFA 3RPWA 3PUYE 5L8DA 3TTMA 4IO2A 4ECFA 2NVUB 1Y3QA 1XVXA 2H5YA 2DQVA 4ESWA 1MDQA 2F6GA 2VD3A 3CRBA 5I58A 2ONKE 4JB7A 1SDXA 3OOAA 4RYAA 1AH5A 4OERA 1QKAA 4QSEA 2UVIA 2ZNTA 4QFPA 3LSFB 3OSRA 4TLMB 3VVEA 1PEBA 2O1MA 3QYTA 3TTLA 4O3CA 3CFZA 2Q8JA 1OLCA 4NWDA 3PPNA 2P0SA 2Y7IA 4MBPA 2H4IA 1UTHB 2QSXA 4NTLA 4PETA 4QFKA 3PV0E 4XTCQ 4F1VA 2ZYNA 1I6BA 1R1NA 3LC8A 4PFWA 5FTIA 3M3KA 1IXGA 4X9TA 2Y7WA 3HHFA 4FE8A 1M5CA 1UIVA 1B1XA 2HFBA 2Z23A 1MXVA 1WDNA 2VGQA 3E13X 3GBBA 1POTA 2Y7KA 1QW0A 3KBRA 3Q26A 4R6KA 4U4SA 3C35A 1YTVA 2UVGA 4BDMA 1MRPA 1NH7A 1Q1KA 4X48A 5EYFA 3TEPA 3M8UA 3MC2A 4KYSA 2NWJA 3CIJA 2OJTA 4R2BA 3VLWA 3FUZA 1B3LA 4NEDA 4OFJA 1GVCA 2V3QA 3PMXA 3VXCA 3GZGA 3C9HA 5KCJA 4JWYA 4DE8A 3CFLA 3JZJA 2F8DA 2XXUA 4P0GA 3PGFA 4DCXA 2F5XA 3O6GA 5KDTA 3CFXA 2DOJA 4ZE8A 2GRVA 3U8QA 2GFEA 5CMCA 3CG1A 1B3HA 2XX9A 4IGRA 1B0HA 3TCGA 2REJA 3KOTA 3KZGA 4JDFA 3K01A 3P7IA 4RY1A 3RQTA 1NNTA 4GQOA 4H5GA 2ZXTA 1M5FA 4GXSB 4PFUA 3AXFA 4M4GA 3RN8A 3FJMA 4ESXA 1CB6A 5K2XA 4LQ2A 1FQCA 5JK4A 3TTRA 2XHDA 3EF7A 2R9JA 3I6VA 1M5EA 1SW2A 1VSOA 2NUVA 1D9VA 3BKIB 3K1PA 3MP8A 2V3TA 3CR9A 5TU0A 3SEXA 4NF4B 2OCUA 2Y7PA 4JBZA 3CVGA 1B3FA 5AA2D 4ZDMA 4DXCA 3R7XA 1IIWA 2ALUA 3PMVA 3TMGA 4U4XA 3D4CA 1GGGA 2Z22A 5I59A 1LBCA 2A5SA 2I3VA 3T22A 2F35A 1MQJA 5H8FB 4WXJA 3SEUA 2KLFA 3I5OA 1JEUA 2XXHA 4IY5A 3CSGA 3PU5A 1JVYA 2NXOA 1NL5A 3SETA 2E1SA 3O97A 2NOOA 3MZ9A 3VVFA 1B5IA 1TWYA 4DCYA 1LGBC 1NFTA 2QMXA 3OMBA 4EDPA 5DEXA 4Q8RA 1B3EA 3G3GA 4DXUA 4FECA 3UIFA 3W9VA 4EXLA 1LFGA 4I62A 1P1WA 2O51A 2X26A 1USYH 2RINA 5TPAB 1M5DA 3S9MC 3IOUA 4GRKA 5AE4A 5FHNA 5FHMA 3G7WA 4GL8A 4KR5A 1MY4A 1VR5A 2YPNA 3B7DA 3TPAA 2QS4A 4KCCA 5CRYA 4U21A 4YB5A 4ZEFA 2ABHA 3U72A 1KWHA 2O84X 3RT6B 5IAIA 4ELRA 1P1QA 3TTNA 4C1UA 3K4UA 1N3XA 4ZZAA 3GLBA 3H6WA 2P2AA 3V5AA 2FNCA 3E4RA 4F1YA 3W9WA 1AOVA 4JSDA 1XOCA 1B32A 2VD2A 1H76A 4OENA 4ELPA 1AL3A 1B7HA 1MPDA 3H4ZA 1JETA 4P11A 4R2FA 4U23A 3KG2A 4Z0IA 2QMWA 3N6TA 5CI5A 4BDNA 4GXAA 1AMFA 3RTFB 4YU0A 1MM6A 2Z8EA 4JSOA 3RUMA 5AA3A 2AIXA 4GVOA 1A7LA 3OENA 2Q88A 2UYFA 3ZSFA 3GXAA 4OWDA 4EXKA 5CM6A 2Q9TA 2WKYA 3IO4A 4NF8B 1J1NA 1MPCA 4IO3A 1TFAA 3TZAA 5TP9A 3KGCA 4H0WA 4YB6A 4TLLB 2XX8A 2GH9A 3PUZE 2H98A 5ICQA 1JQFA 3OEKA 2DXYA 1N04A 2O1LA 3K1NA 4LP2B 5JEIA 3O9PA 1N3WA 1RYXA 4AB5A 1DMBA 1IQ7A 4OYVA 4H6DA 4TQUQ 2D5WA 2UYEA 2ZYKA 3B6QA 3MP1A 4WKMA 3T9HB 4G77A 4E0WA 1B2HA 1USYE 2VP1A 3LR1A 3H6VA 3MPLA 3PPPA 1L5TA 3H06B 5I59B 4N13A 2DS9A 1II5A 4FJPA 4YKIA 2PVUA 3MPKA 5ELVA 1SI1A 4ISUA 4NF6A 1N0TA 4BDQA 3BFUA 1IUDA 2AL4A 2RC7A 1EH3A 1MXZA 3G3JA 4NF4A 5AA4B 1US4A 3MAMA 1Q35A 1GTKA 4G8MA 3S2VA 3UORA 1QVSA 4G2ZA 2XXIA 3MW0A 3T9XB 4AQ4A 3KFMA 1LSTA 3MVXA 3M3LA 1GV8A 3OO9A 3K6XA 5L9OA 3KJ7A 1LBBA 4F22A 3FD3A 1A8EA 2DYXA 3N94A 1MXYA 4TOZA 4ELQA 1SW4A 2R71A 3D4GA 3S9LC 3TTKA 4N6PA 4F39A 4M1VA 3T93B 3IL1B 3VE1B 4XIGQ 2B3BA 2DXRA 1I6AA 1Y4TA 4G8HA 4G68A 3C31A 4DXBA 3Q25A 2G29A 4IO4A 2AL5A 2XD3A 3EPEA 2RF1A 3FXRA 2XXXA 3PPQA 1S50A 4NMYA 4UA8A 1AIVA 1N7XA 4Q5TA 4U22A 5JTYA 1SYIA 3V89B 3T96B 1OMPA 4G68B 4C1TA 1Z7NE 4QRZA 1B5JA 1DPPA 1O64A 2DWAA 2VOZA 2CZLA 3KN3A 2GHAA 1LFIA 1Y1MA 1IXIA 4KHZE 4KQPA 3S4UA 1EZPA 1R9QA 1Y3NA 5CMBA 1YPNA 1B3GA 1DTGA 1PDAA 1UIUA 2XXPA 3K2DA 4Z7EA 3VLVA 4QF9A 5AA2B 1UQWA 4I8CA 3VLUA 4BDOA 1TXFA 1I6QA 1HSEA 2I0BA 4HCWA 4MLVA 1NNFA 1ANFA 1YAEA 2I4CA 4EQ7A 5KDTB 1RYOA 3OELA 2QS3A 5JTYB 1UTBA 5CC2A 1LFHA 4GFRA 3MQ9A 4KPTA 1SYHA 3L6HA 3TDJA 4RA1A 1LB8A 4IB2A 2XXRA 1EZOA 5B70A 1WVJA 2ONSA 5K2YA 4F1UA 1RKMA 3S9NC 1B0LA 3MZBA 3FASA 4NF5B 4E0XA 1OQHA 1B4HA 1JVXA 4LVQA 5A5XB 1B52A 2I4BA 2DE2A 3TKDA 1LCFA 5H8NB 2I48A 3PD9A 4X1DA 2GHBA 4OESA 1HSLA 3T9UA 4R74A 3WAFA 1QUIA 1URDA 2UVHA 2B3FA 2XX7A 3ZKKA 4EF2A 2F7AA 3VXBA 1Y20A 2OWTA 1UTHA 2PT1A 2OLBA 2ESNA 4RJZA 2RC9A 2XXTA 3FGSA 3K6WA 4JXIA 4WEDA 4FATA 5I56A 4WEPA 4NF8A 4PP0A 4LA9A 5CBRA 3JYRA 4OETA 4DLDA 4FEDA 4O3AA 4F3BA 5ITPA 2P1SA 1FTJA 1NMUA 3O6IA 1LCTA 2XXWA 5I58B 3N26A 5L9SA 1PB8A 3HSTA 1TT1A 2A5TB 3EHTA 3LSWA 2G93A 5BUUA 3ECRA 4EQBA 1MH4A 4ND9A 1ZMGA 4ZEBA 3TYHA 4GF8A 4IO5A 1MQHA 2DE4A 2HEUA 3LSLA 3MVWA 5I2KA 4L17A 3O28A 1FTMA 1FW0A 2HAUA 1S9TA 2ZYOA 3K0VA 3OD7A 4POWA 5I57B 3T66A 1LAXA 3O29A 4Q0CA 4R73A 4U1OA 5H8NA 1BP5A 3GBAA 2R6GE 1IXCA 3IOWA 3VDFA 1QJMA 4O3BA 5ISUA 5HBCA 1MY0A 3DELB 3PMWA 5A5XA 2REGA 4KCDA 2OZZA 4OVJA 5H8QB 1JW1A 3BBRA 2HQ0A 4NF5A 1O63A 2O7UA 4DDDA 1BTJA 1ZBMA 5H8HA 2HZLA 3SKPA 1B9JA 2RKMA 3CSBA 3DP8A 5I56B 1B6HA 1MQDA 3K6VA 1F9BA 4Q30B 4YMAA 4ZE9A 1QUKA 3MZ1A 3SEWA 3ILTB 5HM4B 2XXVA 2W7YA 3DLNA 2FA7A 4HTGA 4YAHX 4LQ5A 2YJPA 4FORA 4MF3A 3Q27A 1SW1A 1A99A 4NE4A 4I9DA 3HV1A 3RNNA 4RPNA 5I84A 3FXQA 3KEIA 3QUJA 3DP4A 2ONRA 3FZVA 3VV5A 4EF1A 5B7DA 1ZLQA 4G4PA 4MH5A 1IZ1A 1N84A 1QUJA 3U1OA 2HAVA 3RT8A 1JNFA 2X7PA 2F34A 3OXNA 4R6YA 2OK2A 3G3FA 3KJTA 2I3WA 2ZNSA 1TFDA 2B65A 2M8CA 2ZYMA 3MWBA 1FTKA 3MVZA 3DM0A 4GWOA 1UTBB 2IEEA 3MVYA 4IGTA 2IA4A 3SERA 4F2QA 5CMMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LN5A 1MY3A 1D3KA 3A29A 1RDZA 2P3VA 1MS7A 4EUOA 1B1HA 4PFTA 1MDP1 2WBBA 4O94A 4QFLA 1FTLA 3RTWB 4HW8A 3K02A 5DYHA 1ZU0A 1NH8A 3FVNA 3QIMA 4LQ5A 3S9EA 3FVKA 1MXUA 1FQBA 2Y84A 3H03A 4F29A 1QULA 2PMSA 3H3GA 3C32A 1ZJLA 3IB2A 2F6PA 3RGYA 3FV2A 3OSQA 4LZ5A 3U94A 2V4CA 3LUZA 5TP9B 3ZKLA 3DP6A 5I2KB 3FJ7A 1IMFA 2Q2CA 3IJOB 3TCHA 1D9YA 4F31B 2F7BA 4EQ7A 2F97A 4OHNA 4ZE9A 4PQJA 1VDWA 1BLFA 5EQ8A 4F18A 1B46A 1PBQA 4QRZA 1ATGA 1H45A 4RK9A 3VFJA 4MFIA 4N6DA 1SW5A 3WAEA 2QPQA 5ET8A 1Y4CA 1NUXA 3HPIA 2THIA 3IJXB 5ESYA 3U93A 1EU8A 4FBPA 5DVJA 4R9GA 4XKNA 2I0CA 1K9YA 4XXUA 1R6ZA 3A3UA 2Q8MA 4KYDA 4X8RA 1FPKA 1IEJA 1MY1A 3U65A 4BLAA 2AYSA 3B6TA 4R9FA 4LZ8A 3MSTA 3QK6A 1MY2A 3TQWA 4C0RA 4OEUA 1ZTYA 1DOTA 2V3UA 1A54A 5F1QA 3C34A 5ITOA 1SD3A 2I58A 3K1MA 2I6EA 1LBYA 4UACA 4OXVA 3ILUB 4KD5A 2LAOA 1A40A 4FEBA 3TFLA 4YB7A 5FHOA 2OWSA 1EYKA 3MYUA 4NF6B 4HXVA 1CE2A 3A09A 2V84A 4HS7A 3B8BA 3UK4A 1SI0A 3QAXA 3OEMA 1FCKA 4E0WA 2H9BA 1MXXA 3E9XA 3FBPA 4G8NA 3TCFA 3PUYE 4ECFA 2VD3A 2ONKE 1QKAA 2ZNTA 3BIGA 1OLCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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