4NN3A

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from desulfovibrio salexigens (desal_2161), target efi-510109, with bound orotic acid
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
311
structure length
311
Chain Sequence
KYEARIGHLESPLQPRHQGLEKVAKLVKERTNGEVEFKIFPSSQLGNQRQMNEGVQFGTIEGTVSAAAFLGGFNPVVSIMDIPFLLPVDRAKAQELRQGKFGKALLKSFDSRGFKAIATWPNGRKNFTSNKPISTIADYKGQSFRVMDSKILIEQFAAIGASAIALPFGELYTALQNGVVDGEENPLDTIQRMKFYEVQKYLVTSEHGAMEDYVLFNPSYWESLPENYQKIIVDTFIEVMPGVEAHKEQAQKDALEVIKKAGVQVTPLQAADRAAMRELMYPKTKAAYLARAGAQGQELIKLYEEEYARIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
source organism Desulfovibrio salexigens
molecule tags Transport protein
molecule keywords TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit
total genus 123
structure length 311
sequence length 311
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4nn3A00
4O8MA 4OA4A 4N6DA 4YZZA 4OVSA 4PFRA 4P9KA 5IM2A 2VPNA 4NF0A 4MNCA 2ZZWA 4O94A 2HZKA 4NN3A 4P1EA 4MIJA 4PC9A 4DI4B 2PFZA 4PGNA 4NAPA 4LN5A 5IZZA 2XWVA 4PAKA 4O7MA 4N17A 5LTCA 4PAIA 2WX9A 4MX6A 4N4UA 4OVQA 4NHBA 2XWKA 5IGAA 4PFBA 4NGUA 4PBQA 4UABA 2CEXA 4OVRA 2XXKA 2VPOA 5CM6A 4XF5A 4OVPA 4N8YA 4MNIA 3FXBA 2PFYA 4XEQA 4MMPA 4PDHA 2XWOA 4PCDA 5I5PA 4X8RA 4MHFA 4P8BA 4MAGA 4NG7A 4MEVA 4OVTA 4PAFA 4PF6A 4OANA 4DI3D 4PBHA 3U65A 4XFEA 4X04A 2ZZVA 4N15A 4PF8A 2XWIA 3B50A 4P1LA 4P47A 4MNPA 4N8GA 4NQ8A 5I7IA 4NX1A 2XA5A 4P3LA 4PDDA 4MCOA 2WYPA 4PE3A 2CEYA 2ZZXA 4YICA 4P56A 4PGPA 2WYKA 4N6KA 2HPGA 3GYYA 4PFIA 4PETA 2V4CA 2HZLA 4N91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LP2B 2FBPA 3QK6A 3EPEA 1LEVA 5J1DA 3IX1A 1VSOA 2HAVA 4PC9A 5F7VA 2PFZA 4KYEA 4AS4A 1SYIA 2R71A 3RTFB 2ZMBA 3O66A 4GIZA 3IO4A 4R74A 1INPA 3OO6A 4QFLA 4DXBA 1DTGA 1JETA 2L5VA 1SW1A 1JVXA 4GX6A 4OVQA 3SESA 1XI6A 2UYFA 4JB7A 4PFBA 1B4HA 3RTWB 4HE0A 5ET5A 1LSTA 4Z0IA 2I3VA 2DXYA 2I3WA 5DW8A 2RCBA 3R6UA 1USYH 3FJGA 3VVDA 4IO5A 1MQHA 1FPFA 3LUYA 1D9QA 1URGA 4GWZA 1A8FA 3MZ1A 2E0SA 2DWJA 3OO7A 1SBPA 2ZZVA 2ZYOA 4JXIA 3H3GA 2DVZA 3CG1A 2QVVA 1TXFA 3E9XA 1GVCA 5F1QA 1FTOA 2P0SA 1H43A 1IXHA 3LSXA 1LBYA 1B3LA 5I59A 4MF3A 1B3EA 1H44A 2OWZA 3OD7A 4H46A 4X48A 1XHYA 1QJMA 4IO2A 3A29A 4R72A 1QKAA 2QMWA 1B7UA 4QSEA 3D1RA 1IMDA 3UK4A 4FIMA 4LN5A 3KJTA 3ONMA 3KEIA 4KQPA 3HHGA 1JP4A 4H8JA 3OMBA 3R7XA 4GFRA 2R8TA 4G2ZA 4U4SA 1UTBA 3EN3A 1MXYA 5IGAA 4N13A 2AYSA 3TDJA 3D4CA 3KBZA 3I6VA 3E79A 4BDQA 5H8QA 3HO7A 2PFYA 1P1QA 3FASA 1IITA 3BKIB 3M3FA 2G93A 4NG7A 1FPDA 1NNFA 2X26A 4GBVA 1QW0A 2QRYA 2F35A 4NF6B 4XFEA 4QRZA 3MWBA 1B3FA 3T66A 3BFTA 2R6GE 2G29A 2KLFA 5EYFA 2QS3A 2CMOA 4H1XA 3PUXE 3DLNA 4R73A 2OZZA 4MCOA 1JQFA 5AA3A 1AOVA 3L6GA 3QSLA 3KSJA 4N6KA 1LB8A 3EF7A 3PGFA 4YAHX 1GV8A 2QL3A 1VDWA 3K02A 4U23A 2I4BA 2I4CA 3CI8A 4JBZA 2F7AA 4RYAA 4P9KA 2ZNTA 3K6UA 1MXWA 4P1EA 4KI0E 3KFMA 4U22A 4M1VA 3TCFA 3VFJA 4GX4A 1EYJA 5IZZA 2O68A 2QPQA 2F5XA 3LSWA 4HW8A 3KOSA 4NF4B 1KA1A 3C34A 4OESA 1POY1 3RNNA 1A8EA 3F11A 3TKDA 3Q28A 2VGQA 1UQWA 4ZZEA 5ICQA 3TCGA 2XXKA 2KR0A 4Q30B 3A09A 1OVBA 4G8NA 4XTCQ 3VXBA 4TLMB 3LR1A 4F2QA 4XEQA 4IO3A 3EQ1A 3M8UA 1S50A 3H03A 4WEDA 1Q9DA 1MXZA 5H8FB 1JNFA 3GBAA 1LCFA 2RKMA 4FORA 3H06B 4OVTA 1LBXA 2BJIA 1VE4A 3M3KA 5DTBA 1LFHA 2OLBA 1NL5A 5L9SA 4EXLA 1ANFA 4HE2A 1MRPA 4RPOA 1MY3A 2THIA 4PF8A 1IUDA 4RNSA 2I6EA 4LATA 1R9LA 3FXQA 1FPKA 3RPLA 1MXXA 3OENA 3TTLA 3CSBA 4PE3A 3T96B 3KGCA 2XXXA 4FJPA 3UA8A 3B6WA 4KHZE 2ONKE 4OENA 1FPEA 3USDA 1IIWA 5L9OA 2X7PA 1RKMA 2RINA 2VPNA 4TLLB 2PYYA 4MIJA 3IR1A 1O63A 2V3QA 1SD3A 4LZ7A 2DDKA 1LFIA 3EHUA 3L6HA 1A40A 2PT2A 3TEPA 2WEFA 3QUFA 3IFAA 2AL4A 2H25A 4F1UA 4POXA 2AIXA 3QAXA 4LVQA 1PB9A 3SERA 3G7WA 2ZYNA 1FTAA 4NF4A 4XF5A 3GBBA 5BWJA 1B1HA 4EUOA 3BBRA 3THIA 1PC3A 3B6TA 4X1BA 3RN8A 3VLVA 4F18A 3O6HA 1JEUA 5JK4A 4H6DA 2XXPA 4GRKA 5HM4B 3CVGA 5A5LA 2RCAA 2HHMA 1SW2A 3U94A 2DE3A 3JYRA 4QHQA 1DPEA 1NFTA 4OERA 5I3SA 2XWIA 1MPCA 3HV1A 4AS5A 3K2DA 4IY5A 2ABHA 1XT8A 3C9HA 3PD9A 4F3BA 1HSJA 3T93B 4OHNA 3H6VA 3IOTA 5AA4A 1LB9A 1KZ8A 2H4IA 4GXAA 5KCJA 4C1UA 1H76A 4NMYA 2Y7WA 4OFLA 1AWBA 2IA4A 3HPIA 3MZ9A 5I2NB 3IL1B 3RLFE 2WBDA 4YKPA 2D21A 3MQ9A 4OA4A 2CZIA 3TELA 2I49A 3IB2A 1ZKBA 1GGGA 3BIHA 3K01A 3QIMA 2XXIA 4PQJA 1LAHE 2MKZA 4NWDA 5LOMA 4Q8RA 4ECFA 2HCAA 1CE2A 2F7BA 5DVJA 3FVNA 1D4NA 3IJXB 4IR8A 2Q2CA 1FTKA 1LFGA 1OVTA 2H98A 5DT6A 3FV1A 4O3AA 2W7YA 1FBDA 2R9JA 3SEYA 4ZECA 3SDFA 3H6WA 4ELRA 3G3HA 1USYE 1EZPA 1QUKA 2YLNA 5EYHA 1ZIUA 1IEJA 4JVIA 1A55A 3Q25A 3KN7A 4DCXA 3FVGA 4PFYA 1FW0A 5HBCA 4N15A 5BUUA 5FHOA 1B5JA 1S9TA 3E13X 5H8NB 3B50A 2UXAA 4WEPA 4GWXA 3E3KA 4F2OA 5K2YA 1YCJA 4FAJA 2F3DA 1JEVA 3PPPA 4YICA 4AB6A 2PT1A 4MBPA 2BJJX 2FIEA 2GQ1A 3TTMA 4F19A 1O64A 2DXRA 1Z7ME 5DYHA 1R6ZA 1YXIA 1EZ9A 4NF8B 1B0LA 1TWYA 1UIUA 2HZKA 1SI1A 2Y7RA 3MVXA 4QFPA 1LAXA 1P1UA 1MY4A 1S7YA 2H99A 1QKBA 2DE2A 3FIRA 3H4ZA 4JWYA 3IK6B 1P1OA 3KC0A 2Q74A 4O7MA 2GHBA 4LQ5A 5H8HB 3CSGA 1LBZA 2Q8JA 4P0GA 2FNCA 3EKIA 4X1DA 4U1OA 4ZE8A 2GFEA 4AQ4A 4LUBA 3K4UA 4UABA 3D4GA 5ET7A 1FQFA 1CB6A 1VFDA 3OEMA 1YYZA 4NTLA 2XHDA 1B9JA 2WBBA 4IGRA 5CC2A 2I0BA 2NXOA 2VT5A 3MAMA 3RUMA 4MAGA 1M5FA 4OVJA 4YU0A 3K1NA 4JSOA 4PF6A 1URDA 1DPPA 2NUVA 4HCWA 4GL8A 2XXUA 2Z8FA 1FJ9A 3FVKA 1HSEA 4ZS9A 1QVSA 3G3FA 3KBRA 3V89B 1FCKA 3KSXA 4NEDA 1LAFE 1KWHA 3CRBA 4PDDA 2OBGA 2F7CA 1MPBA 3T0JA 1MH3A 1NV1A 1UTHB 1OLCA 5EQAA 2DVCA 1B7HA 4IB2A 2UVHA 3A3UA 4KR5A 4HS7A 2HPGA 3IORA 4PFIA 5AE4A 1JW4A 3G3IA 3LSFB 2F6GA 1D9YA 4ZDMA 1M5EA 5IM2A 4TQUQ 2ZZWA 4KXPA 1ZTYA 1MH4A 4YB6A 4GWWA 3C33A 4PGNA 3FXRA 2QFLA 1DBZA 1FPBA 1II5A 4UA8A 4EF2A 1EH3A 4NF8A 4N6PA 4YB5A 1M5DA 4G68A 1VR5A 3MVWA 1I6AA 3ZKLA 4JWOA 1B3HA 4F31B 1OQGA 3SEVA 4OMBA 4JVDA 3ILUB 3DP8A 3ZKKA 4Z7EA 1WDNA 4MH5A 4DCYA 2QS1A 3VV5A 1D3KA 5A5XA 1FPGA 2A5SA 3A3CA 1XC1A 3OO9A 2V84A 3HCQA 4FECA 2YJPA 1NUYA 3NOHA 4KPTA 3IB0A 1M5CA 3UIFA 3T1BA 4AB5A 2Q2AA 3UGWA 1MQIA 2XA5A 5I56A 1FPIA 4P3LA 3EHTA 4GD5A 1MS7A 2M8CA 4EQBA 2P3VA 1RDXA 1URSA 3C35A 1FBFA 1B40A 4OWDA 1Y9UA 4FEDA 1NV0A 1PDAA 2XXRA 5DVIA 4IGTA 3FGSA 4N91A 4GXSB 1M5BA 3RY3A 3OELA 2DS9A 2H9BA 1US5A 1XS5A 4O94A 2VOZA 1RDZA 5DEXA 4ESXA 1IZ1A 5ESYA 4PAKA 5IZ3B 2OK2A 3FD3A 4H5FA 1SW5A 1B46A 4ONYA 3V5AA 1Z7NE 2QVUA 3SEWA 4FATA 1FQEA 4E0XA 1OLAA 5EQ7A 5TPAA 1P1NA 1RDYA 3MZBA 1N3XA 1IXIA 2DP8A 1B4ZA 3KN3A 2DWIA 3LC8A 3R26A 1US4A 1N0TA 2ESNA 1PEBA 4GOTA 3VLWA 1FPLA 3FXBA 4OYVA 3C4MA 4FBPA 1NKXA 3DELB 4PDHA 1MPDA 5IZ3A 3KZGA 1H3DA 3V83A 5T3JA 3TODA 3ODBA 4MEVA 1XOCA 4XKNA 2REGA 3IFCA 3FVOA 2HAUA 3HN0A 1FQCA 2QSXA 2KQZA 4X04A 4LZ5A 3W15C 1DCUA 5I57B 3O6GA 5AA2D 3G3JA 1DMBA 1B1XA 4K3FA 2B65A 3MVYA 3Q29A 1LBVA 2QS4A 3TMGA 1B5HA 1FTMA 3JV9A 2ZZXA 3S4UA 4QF9A 3UORA 2O7IA 1B2HA 2ZNSA 1MY2A 2O1LA 4N6DA 3BIGA 1NH7A 2ZNUA 3UN6A 5JTYB 4KYDA 4NAPA 2DSFA 2GRVA 4JWXA 2O51A 5H8QB 3I3VA 3IOVA 2QMXA 3N5LA 4IO6A 2WX9A 3O28A 5CBRA 5DEXB 1WVJA 2XWKA 4I9DA 1NV5A 3W9WA 3PD8A 4F1VA 1NUZA 3TFLA 5H8NA 4GWSA 3K00A 5IZ1A 4Q0CA 2DYXA 4F39A 3QMFA 4QSDA 4R2FA 1N7XA 1L5TA 4MHFA 4P8BA 3MW0A 1PBQA 1NUXA 4ZEKA 2XX7A 4R6KA 4IO4A 1Y1ZA 1NMUA 3VE1B 1SVXB 3O29A 2X7QA 1OIBA 1FTLA 4F3PA 3C36A 1BLFA 4DDDA 4G77A 3MYUA 4XKQA 3K6VA 2FYIA 2Z23A 3PU5A 5ICTA 4PETA 2ZYMA 3I5OA 3TQLA 1R9QA 4O8MA 4PFWA 5I2KA 4NE4A 3PPNA 4NF0A 1YZ0A 3FUZA 2F34A 4NN3A 2UVGA 3DP4A 3U1OA 3TQWA 3O2AA 1POTA 5DVFA 3OEKA 3KN8A 5EHSA 2NOOA 1LBCA 5L8DA 4N17A 3N26A 5LTCA 2FHYA 2QJEA 1JW5A 1B05A 1UIVA 2XXVA 1FPJA 4I62A 4O3BA 4NGUA 1JVYA 4G61A 2Y7KA 4PTKA 4OVPA 4MFIA 3CR9A 1Y20A 4OEVA 3O97A 4P11A 4MMPA 2XWOA 3W9VA 1B5IA 2XX8A 4I3YA 3S9NC 5FHMA 2FVZA 3CHGA 1MY1A 1NV7A 5I56B 1LGBC 5H8SA 3E78A 1FBCA 3OO8A 4POWA 1G0IA 3MP8A 4DI3D 4EQ9A 5TU0A 1XVYA 3U65A 4LQ2A 4XIGQ 2A5TB 4PFTA 4EF1A 2B4LA 4ZEBA 3VDFA 4EDPA 4G8HA 4KYSA 4DXUA 4F29A 3FBPA 1DK4A 4R6YA 3K1MA 4JVCA 1PB7A 3SEXA 4GLIA 4YB7A 1FSAA 4OQOA 4PGPA 4GVOA 2HQ0A 2B4MA 3K6WA 3LBSA 2DWHA 3N6UA 4BDNA 2UVIA 4OZ9A 1HSLA 1MG1A 1IQ7A 4H67A 4BDMA 3EHSA 2OCUA 3PV0E 1EYKA 1SI0A 4YZZA 1EZOA 4R75A 1GR2A 1MXUA 2QVRA 3PPRA 5CMBA 3QUJA 1AIVA 3U92A 2O6AA 3T9HB 3ILTB 3CFLA 3TYHA 2IEEA 1MY0A 1Y4CA 1NV2A 4N4UA 1DOTA 1FRPA 3PUZE 2XD3A 1P1WA 1PBPA 1FBPA 2F6PA 5CMCA 1YAEA 1NNKA 2CEXA 1AH5A 1B0HA 1I6QA 4OFJA 1ELJA 5EHMA 3T9VA 4F3SA 2RC7A 1B6HA 3T9XB 4PCDA 1KA0A 1D9VA 4QFKA 1DSNA 4G8MA 4DZ1A 3RYDA 4ELOA 4OFOA 3AXFA 3HHFA 3ECRA 4PAFA 2RC8A 3T22A 4PBHA 2Z8DA 1Q1KA 2O84X 1IMFA 4QFNA 4E0WA 4ISUA 3FXUA 3LUZA 1QGXA 3T9UA 4P1LA 4ZEDA 2HEUA 3PPOA 5ISUA 4GWYA 3H7MA 3MUQA 1VFEA 3JZJA 1N7WA 4R9FA 2REJA 3TTRA 5IAIA 3M3LA 5H8FA 1J1NA 1XVXA 5FTIA 1I6BA 4IY6A 3E4RA 2UYEA 2UVJA 3PMWA 3CFZA 2F97A 1OQHA 2V4CA 2HZLA 4EQ7A 3RPLB 3PPQA 4GWOA 5IKBA 3RGYA 4NF5A 2V3TA 3RQTA 2HFBA 4GF8A 3CIJA 3ISPA 4U1ZA 1MDP1 1CNQA 2XXWA 1BK4A 4C1TA 2DE4A 2O1MA 3S2VA 2VP1A 4FE8A 4PP0A 4ELPA 2ZYKA 4F1YA 3MBPA 1ZMGA 1EU8A 1TFAA 1FBEA 4JDFA 1ZJLA 3GLBA 4GWUA 3S9MC 2XX9A 2Q8MA 4JSDA 3KJ7A 3C32A 3O6IA 1MQGA 2CZHA 4P0IA 2H5YA 1BKAA 5KCJB 2Y5KA 1MQJA 5K2XA 3WAEA 3CFXA 1B7ZA 5I2NA 3KC1A 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