4P8BA

Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from ralstonia eutropha h16 (h16_a1328), target efi-510189, with bound (s)-2-hydroxy-2-methyl-3-oxobutanoate ((s)-2-acetolactate)
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
YKSEYKMSLVLGPAFPWGKGGEIWADLVKQRTNGRINIKLYPGTSLVAGDQTREFSAIRQGVIDMAVGSTINWSPQVRELNLFSLPFLMPDYKALDALTQGEVGKSIFATLEKAGVVPLAWGENGFREVSNSKREIRKPEDLKGMKLRVVGSPLYIETFNALGANPTQMSWADAQPAMASGAVDGQENPQSVFAAAKLYTVGQKFVTTWGYVADPLIFVVNKQIWESWTPADREIVKQAAVDAGKQEIALARKGLAEPGAPAWKDMEAHGVKVTHLTPAEHDAFRKATAKVYDKWKKQIGTDLVTKAEGAIAKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein
source organism Cupriavidus necator
publication title Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRAP-type transporter, periplasmic component
total genus 106
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03480 DctP Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.170 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 4p8bA00
3U65A 4PAKA 4LN5A 4N17A 4MMPA 2V4CA 4PGPA 4O7MA 2XWIA 4OVQA 4OVPA 4OVTA 2WYPA 4N4UA 4PDHA 4PF8A 4PAIA 4N91A 4PFBA 4P8BA 4PFRA 4PE3A 2XWOA 2WYKA 4N8YA 4OANA 4PDDA 4NN3A 4NHBA 4MNPA 4MX6A 2HZKA 2XWKA 4N6KA 5IGAA 4N15A 4PAFA 2XWVA 4P3LA 4XEQA 4MIJA 4NF0A 4OVRA 4NAPA 4NQ8A 4MAGA 3B50A 2VPOA 4MEVA 4P56A 2XXKA 4YZZA 4NG7A 2CEYA 5I7IA 4UABA 5IM2A 5LTCA 4DI3D 4N8GA 2ZZXA 4MNCA 4MCOA 4PCDA 4PETA 4X04A 2PFYA 4XF5A 2CEXA 4OVSA 4P1EA 3GYYA 4NX1A 4MNIA 2VPNA 4OA4A 4YICA 4O94A 4P47A 4N6DA 5IZZA 4PBHA 4PFIA 2ZZWA 2ZZVA 4PGNA 2WX9A 4MHFA 4PC9A 2PFZA 4DI4B 3FXBA 4PBQA 4XFEA 2HPGA 4PF6A 5I5PA 2HZLA 2XA5A 5CM6A 4X8RA 4P1LA 4O8MA 4NGUA 4P9KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TT1A 4NWDA 3W9VA 1IUDA 1H45A 3EQ1A 2Z8EA 1TFAA 4JSOA 2Q2AA 2Y5LA 3LSWA 3EF7A 1SYIA 4G2ZA 4GL0A 4KCCA 4JDFA 1NUXA 1PDAA 2M8CA 4LONB 4U4XA 2QPQA 1USYH 1I6BA 3KOTA 4PDHA 3T0JA 3MPKA 4ZE8A 3RT6B 2RKMA 1G0IA 4YKIA 2F6PA 1UIUA 4NF4A 3C34A 4NHBA 2D3IA 4MNPA 1YPNA 2DS9A 4HE1A 4AB5A 4OETA 4NF0A 1PC3A 2OWSA 2DVCA 1XVXA 3H6VA 1YTVA 2QS4A 3QAXA 2F3BA 1EYIA 1LSTA 3QXMA 1PB7A 4WEPA 4MBPA 2CEYA 3KZGA 1PBPA 4GOTA 1A54A 3IAZA 3SDFA 4ZEKA 2OCUA 2O69A 2FIXA 1QKAA 4F31B 3RGYA 4RPOA 4EDPA 3OOAA 4ELPA 4GQOA 5JEIA 4OA4A 5EYGA 5H8NB 5ITOA 3KN8A 5FHOA 3IOUA 2WBBA 1MQDA 1R9QA 5FTHA 1H43A 2VD3A 3BIHA 3PMVA 3SETA 3CFXA 1N3XA 5DEXB 3T9VA 4POWA 5I5PA 3MBPA 2QRYA 2UYEA 1A7LA 2Q8JA 1UTBA 5TP9A 4P1LA 5AA2D 1BTJA 1NFTA 3B7DA 1D4NA 3IFAA 2GFEA 1F9BA 2DE3A 1T0KA 4F19A 3T9HB 1Z7ME 1XT8A 5FTIA 3RN8A 3KJ7A 1VFDA 3G3IA 2DXYA 2Q9TA 2V3TA 4DLDA 1VDWA 1DMBA 3FGSA 2P0SA 3FUZA 5EHMA 3PD8A 1SQYA 1TXFA 3CVGA 4ZEIA 4NTLA 5I57B 1NKXA 3MZBA 3KC0A 4P8BA 1NV4A 4FAJA 5LOMA 2W7YA 4LZ8A 2JJKA 4ISUA 1YCJA 1FPJA 4DZ1A 2PT1A 4IB2A 1OVTA 2B4MA 3HHGA 3FXRA 1IMEA 1EU8A 2DSFA 3B50A 2VPOA 3N26A 2XXKA 4GWZA 1MRPA 5L9OA 5ISUA 4QFPA 4FJPA 4F3BA 3OEMA 3QUFA 4X04A 2XXRA 3EHTA 4Q8RA 2F3DA 4JVCA 3G7WA 1Q9DA 1FQAA 1FPLA 5TPAB 2BJIA 1MY2A 1M5EA 2I48A 3KN7A 5L9MA 2A5SA 4LZ5A 2HAVA 4MFIA 5ITPA 1JEVA 1O64A 3BKIB 2HPGA 3SEUA 4GVOA 4IO6A 3T9XB 5B7DA 3W9WA 5FBPA 4H5GA 3K1MA 1EYKA 3AXFA 2VOZA 2DWIA 3FVNA 1LAHE 1QUIA 4MH5A 4PAKA 4OTEA 4YKPA 5EQ8A 2XWIA 3ISPA 2PYYA 4AQ4A 5AA4B 3OMBA 1MXYA 4PF8A 4BDLA 4PAIA 2UYFA 1I6QA 2G93A 3QIMA 4N8YA 4R9GA 2HZKA 1CB6A 2QVVA 3CRBA 4KXPA 3KJTA 1MXWA 3LSLA 4LUBA 4FE8A 4G8HA 4RJZA 1NV6A 2I6EA 3HV1A 1NUZA 1P99A 4MAGA 2H5YA 4N81A 1SW5A 3QMFA 3JYRA 1CNQA 2HXRA 4ZEBA 3E9XA 3UN6A 4EQBA 4PP0A 3LSXA 3UORA 4F1UA 1Q35A 2OWTA 2Z23A 1FBFA 4OVSA 1QUKA 1QJMA 3MP1A 4ZE9A 3UA8A 3E13X 4O7IA 2R6GE 3SKPA 3FASA 4HE2A 1N76A 4PFIA 5K2XA 5AA3A 1DTZA 5EYHA 4MHFA 1FRPA 3KN3A 3MSTA 3TTNA 3NOHA 3K6XA 1LEVA 3MVZA 4XTCQ 3OO6A 3PU5A 4OXVA 1HSEA 4U2RA 2DWAA 4GXSB 5H8QB 1FTOA 1FPFA 4C1TA 1SI0A 2E1SA 3L6HA 2DOJA 1DBZA 3PMWA 5KDTB 4HXVA 1MXVA 4O7MA 4U1OA 3SERA 1NH7A 4OVQA 3RYDA 1AMFA 5I56A 1II5A 4QFOA 5AA1A 4XIGQ 3HCQA 4NF8A 3PPPA 1OIBA 2IA4A 3S9NC 2DE2A 4OANA 4JBZA 4NF5B 3N6TA 4N6KA 4LZ7A 1TFDA 1PEBA 3PUYE 1UTHB 1JVXA 2HAUA 5I58A 3DLNA 4O3CA 1OLAA 4XKQA 1P1QA 1JQFA 5CMBA 1IXIA 2R71A 4NF6A 4QSDA 4XXUA 5AA2B 5CBSA 1FBCA 1LAFE 1KZ8A 1RYXA 1AIVA 4N07A 2Q74A 3OSQA 4M1VA 3RTWB 4Q0CA 1Q1KA 4XKNA 4KHZE 3FVKA 2XXUA 1AWBA 1MXZA 1FTJA 4PFUA 4QSEA 3MUQA 1NNFA 4YMBA 2RINA 3RUMA 2I58A 1ZMGA 2GHAA 3B6TA 2A5TA 1OMPA 3QUJA 3TTLA 3RPLA 3C31A 1QULA 1S9TA 3EN3A 5CBRA 1P1NA 5T3JA 3PPQA 4TOZA 2V3QA 3OENA 2WEFA 2I3WA 3HO7A 3KC1A 2F5XA 4WXJA 1LGBC 1QGXA 3MP6A 2ZYKA 2ONRA 3TCHA 1XC1A 5I2NB 1DTGA 3EPEA 1SVXB 3ZS6A 2F78A 1ZIUA 3H06B 4BDMA 3S9EA 1GV8A 2E0SA 4R6HA 4E0WA 3R7XA 1TWYA 3IO6A 3IOVA 3K2DA 3GBBA 1N0TA 4GX3A 4I40A 3BIGA 3S9MC 1K9YA 3EHUA 4P0GA 4E0XA 1MQIA 4G68C 4UACA 4ECFA 5HM4B 3V5AA 4LATA 3TFLA 4YB5A 3MVWA 3WAFA 4UA8A 2F6GA 2H4IA 4OFOA 1IXCA 3FJ7A 4GX4A 2ZZWA 4YMAA 2ZMBA 1QW0A 1FPGA 1NV5A 2Z8FA 5JTYA 4G61A 1SBPA 4THIA 1MY1A 4GBWA 2F8DA 3W15C 2Y7PA 1JP4A 4U23A 5FHNA 4ESXA 1JW4A 1M5CA 4G8NA 4ZZEA 4LN5A 4Z0IA 1XS5A 4MMPA 4H8IA 2PX1A 3O97A 1ATGA 1JEUA 4FORA 5ET8A 2B3BA 3PGFA 1N04A 2QVUA 4X9TA 3B6WA 5H8FB 3C35A 4BLAA 3IL1B 3VXBA 3PPOA 1MDP1 5A5XB 2RC7A 1MDQA 4MX6A 4MLVA 4R9FA 4HE0A 4L17A 1LCTA 1B5JA 4HTGA 3HHFA 3RLFE 5J1DA 1IMDA 5IZ3B 3VFJA 2DWHA 1B1HA 1B52A 4OFLA 4WKMA 3VLVA 1MPDA 4UABA 2AYSA 1R9LA 1B4HA 1DPPA 2V3UA 4ESWA 1IMAA 4F18A 4NWCA 1YAEA 2P2AA 1B3FA 3GYYA 4JWOA 3VVEA 4OEUA 3MW0A 4AS5A 3PTYA 4F39A 4DDDA 3TODA 3FBPA 4QFKA 3CSGA 3TTMA 4QBAA 4GBVA 3HSTA 3QK6A 4KCDA 2OLBA 2HHMA 2Y7RA 3Q27A 4ND9A 4YB6A 2XXWA 1B46A 1MM7A 3FJMA 1B3EA 1DSNA 5JK4A 4PTKA 4WEDA 4F29A 5TU0A 1US5A 1GGGA 3A29A 5I57A 1OQGA 2FVZA 2XHDA 3N5LA 4OVTA 1VSOA 3RQTA 4IO4A 4X1DA 2YLNA 4N91A 4QXDA 4PFRA 4PE3A 4Q30B 2PVUA 1LFHA 4G68B 2F35A 2VHAA 1B1XA 5IAIA 4EUOA 4XKPA 1N3WA 1M5DA 2NUVA 1FBGA 4GL8A 4YU0A 4OYVA 4P3LA 1D9YA 3K6WA 3IB1A 4OVRA 3BBRA 5I84A 1QKBA 4R6YA 3OO8A 3VVDA 1B3HA 4NG7A 1FBEA 5KCJB 3IB2A 4EXKA 1NV2A 1NL5A 2WKYA 2IEEA 4OWDA 5TPAA 3FD3A 4H8JA 5CRYA 1JW5A 2X26A 4PETA 2UXAA 1RDZA 4ONYA 4R73A 4QRZA 2REJA 4H46A 4JVIA 3SZPA 2ONKE 2THIA 4RPNA 2ZYNA 3S9LC 1B3LA 1B5IA 3CFZA 2YPNA 4GD5A 2UVGA 3G3GA 1BK4A 2DE4A 5DVJA 3MZ1A 4OEVA 3A3UA 1MY3A 4M4GA 4JWYA 2NVUB 3TELA 2GQ1A 5AA4A 2I4BA 2P3VA 4X1BA 2V4CA 3C9HA 4GWYA 1GR2A 1J1NA 3U93A 1YYZA 2G29A 4FECA 5CMKA 2AL5A 4GWWA 1BLFA 1B6HA 4GXAA 3MC2A 5H8HB 4EF2A 3M3FA 4G8MA 4PFBA 3PV0E 5I2KB 4AB6A 3O66A 4I1DA 2XXXA 1ZBMA 4N15A 1LBYA 3O28A 3ECRA 4DCXA 1B9JA 1MY4A 2Z22A 3PPNA 5BUUA 2CMOA 3C33A 4NAPA 3LV0A 1DK4A 4GIZA 5FHMA 3U72A 1O63A 4IY6A 5EHSA 3S4UA 1EZPA 4OERA 2XXVA 3SEWA 4NX1A 1VFEA 3T9UA 1PB8A 1L5TA 1NV1A 3IJXB 1YZ0A 2O1MA 5IKBA 5F1QA 2CZKA 4DE8A 5H8SA 3IX1A 4PE5B 4KFQA 5H8QA 4XFEA 2CZHA 5AE4A 2H99A 5ET5A 1MS7A 3T93B 3TDJA 5KDTA 4R72A 3G3FA 4Z7EA 4IO2A 3IFCA 2DWJA 4KYSA 1FQCA 5DT6A 4IO3A 2AL4A 1POTA 4DXBA 3IK6B 1IXHA 2I0BA 3PPRA 2OWZA 3ZSFA 4ELQA 2O68A 4NF5A 3UGWA 4N4UA 3PUVE 4HW8A 3H6UA 4TLMB 2ESNA 1EH3A 1HSJA 1UTHA 4PQJA 2HFBA 4OMBA 2HEUA 1FPEA 1BIYA 4RYAA 4KR5A 2XWVA 2XX7A 2KQZA 5AA2A 2XXYA 4P11A 4NQ8A 4KI0E 3LUZA 2FBPA 1IIWA 2Q8MA 2H98A 5HPQA 2DP8A 3U92A 1MH3A 2XXIA 5DYHA 1B0HA 1SD3A 2UVHA 3I5OA 4F3PA 3TCFA 4MCOA 1FJ6A 1LBWA 3U8QA 4F2OA 1K9ZA 1XVYA 2VGQA 2Y84A 5DW8A 3WAEA 4C0RA 4HS7A 3OD7A 4JWXA 2NWJA 3V83A 3TZAA 2I4CA 4PBQA 2XD2A 3ODBA 3M3LA 4FBPA 4R74A 1JETA 4NEDA 1MXUA 1NH8A 2VP1A 4EQ7A 2B65A 2VD2A 4OENA 4X8RA 4G77A 4GFRA 3JV9A 4NGUA 2P3NA 3CG1A 4DXCA 4TQUQ 4ZDMA 4GLIA 4ELOA 3UP9A 2I3VA 1M5BA 1RDYA 1B7UA 2F97A 3IR1A 4IO7A 1KA0A 3DP8A 1MY0A 3LR1A 4HCWA 4OVPA 3O6IA 4H0WA 3V89B 2P1SA 1LB9A 3RTFB 1FPDA 1SW1A 3K02A 5I2NA 1ELJA 3VLUA 2UVIA 3N6UA 5DVIA 2RCAA 2WBDA 1LCFA 3B6QA 3GBAA 4GWOA 4N6PA 4LA9A 1MG1A 3H3GA 2OX3A 1LBXA 2XWKA 3LBSA 1MQGA 3TTKA 1IXGA 3U1OA 4NF6B 3FZVA 1IQ7A 3R26A 1FQFA 4FIMA 1H3DA 4BDQA 1GVCA 3EHSA 1A99A 3MVXA 4GWSA 3IB0A 3OXNA 4RNSA 3TAJA 5IM2A 3CHGA 2OZZA 1SPIA 1G0HA 3C4MA 2RC8A 1JNFA 3UIFA 1MXXA 3KOSA 1FPIA 1POY1 2D5WA 3PUZE 5ELVA 2ANJA 2Q89A 3E78A 4PBHA 2Q2CA 1OVBA 4YAHX 3A09A 4H67A 2XX8A 4X48A 3LSFB 3DELB 5ET6A 3ILTB 1PB9A 4ELRA 3RPLB 5F7VA 1P1WA 1FJ9A 3Q29A 4JXIA 1AL3A 1Z7NE 1N7WA 2V84A 1KWHA 2HCAA 1A55A 3CSBA 3U65A 4ZEFA 5DVFA 2CZIA 3VV5A 4JSDA 4EQ9A 4GF8A 5H8FA 3MWBA 5K2YA 3LUYA 5A5XA 3FXUA 5CC2A 2H25A 3TPAA 4PFWA 2FHYA 2NXOA 1H76A 3T1BA 5J16A 2XXQA 5IZ3A 2GRVA 4C1UA 2B4LA 3JZJA 3TKDA 3PMXA 4IGRA 2PBWA 3CR9A 3CI8A 1D9VA 4I3YA 2O6AA 4MEVA 3VXCA 3A3CA 4O3AA 4ZEDA 3K1NA 2F7CA 1LBVA 1MQJA 1LBZA 3G3HA 3H7MA 5IZ1A 3OELA 1DPEA 5F24A 4QSCA 2MKZA 2R8TA 4I8CA 4MNIA 4P0IA 3ZKKA 4P47A 1JVYA 5IZZA 1FBDA 1D9QA 3M3KA 4R2FA 4IY5A 2QMXA 4O3BA 5ET7A 5H8NA 1QVSA 4OESA 4ZS9A 1NNPA 2ALUA 4OHNA 1LLSA 2ZYOA 4O8MA 1FTMA 4P9KA 1B05A 1RYOA 5DEXA 1P1OA 5EYFA 4NMYA 5A5LA 4N17A 3ONMA 1WVJA 2QFLA 1FPKA 1FW0A 1LBBA 5I59B 4GWUA 4U22A 4F2QA 4IR8A 1FTAA 1VE4A 3F11A 3TMGA 2LAOA 2Y7WA 4G68A 2WYPA 2L5VA 4BDRA 1I69A 3SEYA 1NNKA 3I3VA 4PDDA 1LB8A 4EXLA 4U1ZA 3M8UA 3EKIA 5HBCA 5I3SA 4NF4B 1B58A 5KCJA 3K1PA 5B70A 1LAGE 3O6HA 3RNNA 1Y4TA 3B8BA 3I6VA 3FXQA 1OQHA 2RF1A 4I9DA 1MPCA 4XF5A 4MJOA 1DOTA 3TQLA 2DQVA 1NV7A 3HN0A 4YICA 3MAMA 3OSRA 1FQEA 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