4XKPA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and bhi medium supernatant)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
total genus 168
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkpA01
3MP8A 1YAEA 3VXBA 5ITOA 3PUZE 1Y3QA 3DP4A 3G3KA 4JSDA 2D3IA 4JWOA 3FXRA 1B1HA 4GOTA 3OEMA 5HPQA 2PT1A 5AA4A 1IZ1A 4OESA 4H5GA 4P11A 2F6GA 1FQDA 1YTVA 1AOVA 4OQOA 2OZZA 1MQDA 3ZSFA 3C4MA 5AA4B 3PU5A 1MY1A 2I4CA 1S50A 5HM4B 2ABHA 1QVSA 3GLBA 2RINA 5CMKA 4H5FA 2O1MA 4MFIA 3DLNA 4XXUA 1N7WA 2Y7RA 4H67A 3JZJA 1Q1KA 3JYRA 1B05A 3UA8A 2Y84A 3K00A 3SEYA 4QFKA 1M5DA 4MBPA 1MM7A 2HCAA 3K1PA 4R6KA 2E0SA 5L8DA 1LCTA 4PE5B 3S9LC 4WXJA 3PPQA 1NH7A 3FUZA 2F5XA 1Q35A 2DOJA 5KDTA 3O6HA 2WOLA 2XXRA 3K0VA 1JVXA 4U4SA 4AB5A 2NXOA 3IX1A 3DM0A 5KDTB 3G7WA 2F6PA 2P1SA 4H8JA 1MY4A 1Z7NE 3DRJA 5DVIA 3CI8A 3B6TA 4YICA 1AIVA 1SI0A 3K01A 4MH5A 4PFTA 3MW0A 4XKNA 1UIUA 1H44A 2QSXA 4M1VA 3F11A 1POTA 4FATA 4PFUA 3EHSA 5LOMA 2HAVA 4YKJA 4OERA 3CSGA 3KOTA 3TQLA 2P2AA 5CBSA 3THIA 4I9DA 3KN7A 2KLFA 1B5JA 2QJEA 1PDAA 3H3GA 3K1MA 4ZEBA 2M8CA 3FIRA 4YB7A 4KR5A 1PEBA 4Q30B 4BDLA 3VVDA 4NEDA 1O7TA 4TLLB 1D9VA 4IO7A 4BDNA 4QF9A 1XHYA 1QUIA 4X48A 1B3GA 1VE4A 3TZAA 1Y4TA 4ELQA 3EF7A 1B2HA 2GH9A 5I57A 3HSTA 3RNNA 4KYDA 4ISUA 2E1SA 5H8NA 4G8HA 4R74A 3IJOB 1GV8A 2XX9A 4GWOA 2DWAA 4NF8A 2RC8A 3A09A 5H8NB 1XT8A 3IO6A 1MXZA 3U93A 4NF8B 4MLQA 1TFAA 1IIWA 4FEDA 2H98A 4LZ5A 5JTYA 1B51A 3CHGA 3L6HA 3TTNA 4ZS9A 3RQTA 2XXTA 1US5A 3LUYA 1FQCA 3S9MC 3RGYA 3GXAA 3SEUA 5JTYB 3FTOA 3PD8A 3OEKA 2RC7A 1D3KA 3PMVA 3BKIB 3IK6B 3UP9A 3E3KA 1SVXB 1JEVA 5BWJA 1A7LA 1ZLQA 4AB6A 3C33A 3VXCA 1LFIA 3VDFA 4ZEFA 3QK6A 3ZKKA 3GBAA 4WEDA 1OVTA 4X1DA 4Q8RA 2UVJA 2I3WA 4R72A 3DRKA 1SW1A 2H25A 5I56A 1ANFA 1LB8A 1Y4CA 1BKAA 3FV1A 1CB6A 3AXFA 2CZLA 5H8QA 3PAMA 1A8EA 2V3TA 2GHAA 2Q89A 4LZ8A 3BFUA 5I56B 1JW5A 3OSQA 5JK4A 5JEIA 5H8QB 1FTMA 3MZ9A 3O66A 4P0IA 4ECFA 1ZKBA 3BFTA 3MUQA 4EUOA 4F3PA 1PB9A 2UVIA 3P7IA 1B7UA 1NMUA 4JWXA 3IB0A 2XXIA 2DYXA 2VD2A 1URGA 3I5OA 3HHFA 2O7UA 3PPRA 1B3EA 4ELOA 4I1DA 1S7YA 1FTJA 4OZ9A 3USDA 3KJTA 1NNKA 2I3VA 4N13A 4OXVA 1B3HA 2XXXA 2WOKA 4HTGA 1NL5A 3PV0E 1IQ7A 5DVFA 3JV9A 1MY2A 4LONB 3G3HA 2RKMA 3CFZA 4RK2A 3Q25A 4GF8A 5M2VA 4YKPA 3IOUA 4GQOA 1FW0A 2DS9A 1EH3A 2WKYA 4OFLA 3OD7A 5I58A 4ZDMA 3VFJA 4GIZA 3CG3A 3RY3A 3QUJA 3MPLA 5I58B 2VHAA 1EZPA 4OFOA 1MXYA 2CMOA 3T9HB 3BBRA 3MPKA 1QKBA 2GRVA 2QS4A 1RKMA 2XX8A 2RC9A 3IAZA 1DTZA 3O29A 4C0RA 2X7PA 2X26A 3FASA 1BIYA 1DPPA 5DTBA 1MXWA 2O68A 1JW1A 3ODBA 2ONKE 3DRHA 1D9YA 1MXVA 4F31B 2UVGA 5CMCA 2Q2AA 4XKQA 1PB8A 1Z7ME 4OTEA 1IITA 1ZMGA 2F7CA 2DVZA 1N0TA 1HSEA 1LAFE 3E13X 2XX7A 3SEXA 1XOCA 5L9SA 4U22A 1XC1A 2YLNA 1TFDA 2XXUA 4KYEA 1B46A 2A5TA 2B3BA 3M3FA 2H99A 1FQEA 5L9MA 4KPTA 3LR1A 3TFLA 3VLWA 4DXBA 2ZNTA 2Y7PA 3RLFE 1FCKA 2A5TB 1JQFA 3N5LA 5B7DA 1RYOA 3S9EA 3G3JA 4P0GA 2WOPA 3KGCA 5ICTA 1Y3NA 3VLVA 3B7DA 2XXHA 3B6QA 3C36A 1N76A 2QL3A 3M3LA 4IO5A 1QULA 5H8HA 5AA3A 2ZYKA 1F9BA 1JW4A 4GFRA 3FXQA 1FTOA 2AL4A 2V25A 5H8HB 1QW0A 4I62A 4U1OA 2DE2A 4X9TA 3UORA 3N6TA 5K2YA 2ONRA 1QUJA 4BDMA 4ELRA 2HFBA 1O63A 3EHUA 3DP8A 2VGQA 4DCXA 4NF6A 3OXNA 4FE8A 1I6BA 2RCAA 4U2RA 1SD3A 1B58A 1OLCA 3PPPA 3SKPA 3CSBA 4NF6B 1IXIA 1JETA 1QKAA 4XKRA 4XKPA 1O64A 1SYIA 3E9XA 4TOZA 1UQWA 3FV2A 4GXSB 4LA9A 2Q88A 2BJJX 1B1XA 2B4MA 2XXWA 4TQUQ 3H6UA 2B3FA 3FJGA 3KJ7A 3Q28A 2QS1A 1FQAA 3DRIA 2W7YA 5AA1A 4LVQA 4EXKA 1MH3A 3W15C 4MLVA 3H4ZA 4QSEA 1N3WA 1LFGA 1LLSA 5BUUA 4EDPA 2UYEA 4NWDA 2H9BA 5KCJA 4RPOA 3TDJA 3IL1B 2QS3A 1IXHA 3LVUA 3TCHA 3LSXA 1I69A 3LSWA 2GFEA 1Y9UA 5KCJB 4RK9A 5L9OA 1OVBA 3IOWA 4JSOA 4RYAA 1Y3PA 4GD5A 3IB2A 1LAXA 4BLAA 1SI1A 4PFWA 1H76A 4YZZA 3H7MA 3H6VA 4G68C 3WAEA 3T9XB 1B3LA 4EXLA 1B0LA 4DIGA 3QUFA 3R7XA 3LSLA 4F39A 4THIA 2XXPA 1T0KA 2B4LA 1B5HA 4OYVA 5AA2D 2Z8EA 4NMYA 3EPEA 1B0HA 1NNPA 4C1UA 4F18A 4EF2A 2ONSA 3K02A 2ZYOA 3U92A 4F22A 4O3AA 1R6ZA 4PP0A 1M5FA 5AE4A 1DTGA 3FATA 5I84A 3OO6A 4ONYA 2G93A 3IB1A 3TYHA 2XXQA 2OWTA 3KSJA 1AL3A 2D5WA 3RPWA 3V89B 4DXUA 1UIVA 1URDA 1TXFA 1FTKA 3U94A 3UK4A 3Q26A 4WKMA 3TEPA 2OBGA 3FVKA 4YB5A 3GBBA 1SYHA 1TWYA 3FD3A 2OWSA 3FVOA 3CFLA 1EZ9A 2DXYA 3Q29A 5J1DA 3GZGA 1PC3A 4NE4A 3W9VA 3RT8A 1ZU0A 4JB7A 1A55A 2F35A 4WEPA 2ZYNA 1SW4A 3EHTA 4QRZA 3OO9A 4OEUA 3T9VA 5FHMA 4IO3A 3MVYA 4IO2A 3RTFB 3O6PA 1EZOA 4QSCA 4F3GA 3V83A 4KFQA 3KN3A 2Q2CA 3ZKLA 1B52A 2OK2A 4DZ1A 1MXXA 4OFJA 3QYTA 3O6GA 4RA1A 3OOAA 4HCYA 3T66A 2Y7KA 1B5IA 2NUVA 3PMWA 5FTHA 3RUMA 3OELA 3FGSA 4C1TA 2D21A 1MH4A 4ESWA 3L6GA 3FJMA 5CI5A 3FVNA 1XVXA 1FQBA 2AIXA 3MP6A 1H3DA 4JBZA 4R6YA 1MQJA 3LBSA 3UGWA 2X7QA 2QS2A 3CIJA 1B9JA 1Y20A 1SDXA 3EN3A 4JWYA 4O3BA 3TTLA 2O51A 2QMXA 4RPNA 2Z8FA 2YJPA 2I0CA 1R9QA 1D4NA 4KHZE 2VP1A 1R9LA 2THIA 4L17A 2ALUA 4F29A 3QXMA 4EQBA 3ECRA 5CM6A 3MWBA 4F3BA 2GHBA 4RY1A 2V84A 2I58A 1FQFA 4ZEKA 1B32A 4RNSA 4YAHX 3OMBA 3D4CA 3CFXA 3VVFA 3U8QA 3TELA 3SDFA 1IUDA 1I6AA 1ATGA 3O6IA 2QRYA 4PETA 4Z7EA 3MZ1A 1XS5A 3ONMA 3OENA 5I2KA 3V5AA 1P1OA 4G2ZA 2PMSA 4QFPA 1XVYA 1GTKA 1JVYA 3PUWE 5I2KB 2R71A 2IEEA 2F7AA 4LATA 5I2NA 1QJMA 4M4GA 5CMMA 3G3GA 2IA4A 1Y1MA 3C34A 1MM6A 3PD9A 4KQPA 5AA2A 4IY6A 5DYHA 5B70A 4FJPA 4U21A 5I2NB 3MJNA 2HXWA 3FVGA 1AH5A 4R75A 4POXA 1BLFA 1WDNA 5AA2B 3TUSA 5DEXA 3RT6B 2OCUA 1WODA 1OQGA 1IXGA 2ESNA 4EF1A 2FYIA 4U1ZA 3CVGA 4FORA 3WAFA 3VLUA 5DEXB 3QSLA 3TCFA 3UIFA 3H6WA 1NFTA 3VV5A 2O69A 2O1LA 3KZGA 4DLDA 2ZNUA 4G68A 4H65A 3HHGA 2VD3A 4BDQA 3A3UA 5K2XA 1HSJA 4G68B 2I0BA 2I6EA 3TTMA 4EQ7A 5CC2A 1J1NA 4JXIA 1MPDA 2A5SA 1WVJA 1MDP1 1MPCA 2UVHA 4F19A 4JDFA 4OWDA 4QSDA 3ILTB 3C31A 2Z22A 1R1NA 3IR1A 3TMGA 2DWJA 1B40A 4K3FA 5CBRA 2DP8A 2O7IA 3TODA 1MQHA 1DOTA 1KWHA 3KOSA 4GRKA 5A5XA 1PBPA 3ZS6A 4YKKA 3IJXB 3MC2A 5DVJA 2Z8DA 3FXUA 1OMPA 1N7XA 5A5XB 1A54A 3IO4A 1NH8A 4ZEDA 4N07A 2OLBA 1NNTA 1VFEA 2XXVA 2NWJA 1OQHA 1MG1A 1P1NA 4NTLA 4Q0CA 4KCDA 1LFHA 1MDQA 2I48A 1ZTYA 3D4GA 1MY3A 3TTRA 4F1YA 1URSA 3SESA 5TPAA 4YU0A 1YPNA 3LSFB 3PUVE 1DMBA 3SERA 4G8MA 4KD5A 4UA8A 3TAJA 3EQ1A 5TPAB 3MQ9A 3K4UA 3RTWB 3U72A 1SQYA 4ELPA 5CMBA 3OO8A 3VVEA 4QFNA 2HEUA 2V3UA 4BDOA 3I6VA 2Q8JA 3FZVA 2G29A 2FA7A 4Q5TA 2PBWA 4QHQA 2F7BA 3CR9A 3N26A 5ISUA 1H45A 4IGRA 4NWCA 4HCWA 5H8SA 1OLAA 2UYFA 3MZBA 1ZIUA 3H6TA 2I4BA 4F1VA 1ZJLA 3C9HA 5TU0A 2REGA 3I3VA 1YCJA 1N04A 5I59A 4R6HA 4YB6A 2ZYMA 4F2OA 4LP2B 1A99A 3OO7A 1PBQA 2ANJA 1NNFA 2F34A 3HO7A 5CRYA 2DE4A 2PVUA 2UXAA 2Z23A 3CRBA 5EHSA 5I59B 4DXCA 1JNFA 2QPQA 1P1QA 1CE2A 4G8NA 3V8XB 4YKIA 3T93B 2Y7IA 1AMFA 1MY0A 4MF3A 5FHNA 4KI0E 1MPBA 4LQ2A 3Q27A 4DCYA 5FHOA 1P1WA 4G4PA 2Y7WA 2I49A 1BP5A 1P1UA 4YMAA 3K1NA 3R26A 4OHNA 4UACA 3OSRA 5F7VA 1NKXA 4IO4A 4LQ5A 3KEIA 1N3XA 4NF4A 2XXYA 4ND9A 2YPNA 4ZZEA 3TKDA 4HS7A 4R9FA 2O84X 2AL5A 4Z0IA 1I6QA 4IGTA 1PB7A 4OMBA 3H03A 2RF1A 4F2QA 3T9UA 4NF4B 5ITPA 5IAIA 1ELJA 2F8DA 2XD2A 3T96B 4RXLA 2DSFA 5I57B 3MVZA 5F1QA 1P99A 4AQ4A 4F3SA 4F1UA 3RYBA 2HAUA 3LC8A 1B3FA 3SEWA 3N94A 3HCQA 3K6VA 3TTKA 3KSXA 4H8IA 4FECA 4FAJA 3SETA 3K2DA 1VSOA 1LSTA 1GR2A 5IKBA 4R73A 1TT1A 3IOTA 4H0WA 3TPAA 4E0XA 3O28A 1LGBC 2ZXTA 3PMXA 5TP9A 1USYH 2PX1A 4QFOA 3T22A 2V3QA 3PUXE 4OEVA 3S4UA 5TP9B 2DWIA 1SW2A 2Q9TA 2DQVA 4NF5A 4PQJA 4BDRA 2XHDA 3HN0A 3SEVA 2DE3A 3H06B 1H43A 3E4RA 3B6WA 4IO6A 3ILUB 4NF5B 2ZNSA 1IXCA 4ZEIA 2PYYA 1N84A 3C32A 3M3KA 1DPEA 3PPOA 4GL0A 4EQ9A 1GVCA 1LB9A 2HZLA 2DXRA 2XD3A 4HW8A 1LAHE 3IORA 4ZE8A 3K6WA 3C35A 3HPIA 2DWHA 5EYFA 3M8UA 2H4IA 4DE8A 2R9JA 4H1XA 3KBRA 4POWA 3K6XA 5ICQA 2LAOA 3MBPA 1MRPA 1LBBA 3PUYE 4IB2A 2DVCA 2F97A 1Y1ZA 1HSLA 4ZE9A 4FIMA 4OENA 4R2FA 4KYSA 1B7ZA 4KCCA 3IOVA 3MAMA 3S2VA 3R6UA 5H8FA 2PT2A 4U23A 4LUBA 1JEUA 3DRGA 4R2BA 1MXUA 1SW5A 1B6HA 2REJA 4N6PA 1LAGE 3KN8A 3W9WA 5H8FB 3DELB 1MQGA 1B4ZA 4OETA 5EHMA 2F78A 1UTBA 4DDDA 4YMBA 2ZMBA 4GL8A 2AYSA 4GVOA 3PGFA 3DP6A 4ESXA 1A8FA 4XTCQ 1LBCA 3KFMA 1USYE 5ELVA 1UTBB 3KG2A 4R9GA 1B4HA 1UTHA 4TLMB 3QAXA 3VE1B 1II5A 1MS7A 4O3CA 1M5EA 1DSNA 1UTHB 2NOOA 2RCBA 3N6UA 3TCGA 4QFLA 5FTIA 4GXAA 4ZZAA 3RN8A 4G77A 5KZTA 1ZBMA 1FTLA 1IEJA 1VFDA 1SBPA 4PFYA 2HZKA 2B65A 3UN6A 1A40A 4IY5A 4X1BA 1GGGA 2R6GE 3QIMA 4ZECA 4GLIA 3RYAA 3O2AA 4OVJA 1BTJA 1RYXA 1L5TA 1M5BA 4I8CA 3G3FA 2NVUB 2QMWA 2FNCA 2P0SA 1MQIA 1QUKA 2HQ0A 1POY1 2H5YA 3DRFA 3MVXA 1EU8A 4FEBA 1VR5A 2F36A 2O6AA 4H6DA 3HV1A 3O97A 2VOZA 3A3CA 3G3IA 3CG1A 4U4XA 3FJ7A 2V93A 3TQWA 1S9TA 1M5CA 3S9NC 4LZ7A 4E0WA 1US4A 5HBCA 3PPNA 1OIBA 1LCFA 3MVWA 5DT6A 1B7HA 2OJTA 4XIGQ 3K6UA 4RJZA 3U1OA 3O9PA 3MP1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MP8A 1YAEA 3VXBA 5ITOA 3PUZE 1Y3QA 5IZ3B 3DP4A 3G3KA 4JSDA 2D3IA 4JWOA 3FXRA 1B1HA 4GOTA 3OEMA 5HPQA 2PT1A 5AA4A 1IZ1A 4OESA 4H5GA 4P11A 1NI9A 2F6GA 1FQDA 1YTVA 1AOVA 4PDHA 4OQOA 2OZZA 1MQDA 3ZSFA 3C4MA 5AA4B 3PU5A 3U65A 4O7MA 1MY1A 2I4CA 1S50A 5HM4B 4P8BA 2ABHA 1QVSA 3GLBA 2RINA 5CMKA 4O8MA 4H5FA 2O1MA 4MFIA 3DLNA 4XXUA 1N7WA 2Y7RA 4H67A 3JZJA 1Q1KA 3JYRA 1B05A 3UA8A 2Y84A 3K00A 3SEYA 4QFKA 1M5DA 4MBPA 1MM7A 2HCAA 3K1PA 4R6KA 2E0SA 5L8DA 1LCTA 4PE5B 3S9LC 4WXJA 3PPQA 1NH7A 3FUZA 2F5XA 1Q35A 2DOJA 3EKIA 2FHYA 1LBWA 5KDTA 3O6HA 2WOLA 2XXRA 3ROJA 3K0VA 1JVXA 4U4SA 4AB5A 3T1BA 2NXOA 3IX1A 3DM0A 5KDTB 1NV5A 3G7WA 2F6PA 2P1SA 4H8JA 1MY4A 1YXIA 1Z7NE 1IMFA 3DRJA 5DVIA 4PGPA 3CI8A 1FJ9A 3B6TA 4YICA 1AIVA 1SI0A 3K01A 4MH5A 4PFTA 3MW0A 4XKNA 1UIUA 1H44A 2QSXA 4M1VA 3F11A 1POTA 4FATA 4PFUA 3EHSA 1EYJA 5LOMA 2HAVA 4YKJA 4OERA 4N6KA 3CSGA 3KOTA 1IMDA 5EQ7A 1FPFA 2P2AA 3TQLA 5CBSA 3THIA 4I9DA 3B8BA 3KN7A 2KLFA 1B5JA 1G0HA 4GWWA 3IFCA 2R8TA 2QJEA 1PDAA 3H3GA 3K1MA 4ZEBA 2M8CA 4FBPA 3FIRA 4YB7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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