4XKPA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and bhi medium supernatant)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
total genus 168
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkpA01
1PB9A 4WEPA 1MQIA 5EHMA 4KHZE 1FQBA 1LGBC 1QUJA 2V3TA 4G4PA 3SEYA 4DDDA 4R6HA 1M5FA 3O6GA 4HCYA 4NWDA 4OENA 5I2NB 3A09A 4EQ7A 1D9VA 2PMSA 3TZAA 5FHNA 4DCXA 2OK2A 3MBPA 1N3WA 3TMGA 5DVJA 4EQBA 3PMXA 3K00A 2XXXA 3ZKLA 3KGCA 4H5GA 3H6VA 2R9JA 5H8NA 5L9SA 2F7CA 1B52A 3C9HA 3HHFA 1IXGA 4ZE8A 3LUYA 4NF4B 2AYSA 4F31B 1Q35A 1Y9UA 3FXQA 5AE4A 1N3XA 2O68A 1IXHA 5AA1A 3FVOA 4R6YA 4ZDMA 1NNPA 4DIGA 3CFXA 4OERA 2HZLA 1LAHE 1MY2A 2RCBA 4EUOA 1LCFA 1MXXA 1N04A 4O3CA 3H4ZA 3KBRA 2B65A 1IXIA 2WOKA 2B3BA 4QFKA 2CZLA 3KOSA 1UTHA 2V84A 1US5A 3V83A 2QS3A 2Y7PA 5DT6A 1RYOA 2XXQA 4IY6A 3G3IA 4JWYA 1A99A 4G68A 3T22A 2LAOA 3KSJA 2NUVA 4BLAA 4ELRA 1MY0A 3KG2A 2E1SA 5M2VA 2DXYA 5J1DA 1GGGA 3FVGA 5TP9B 4FE8A 4LA9A 4F3BA 1QULA 4K3FA 1SYHA 1EZPA 3RYBA 2RKMA 4ZE9A 1OVTA 3B6QA 3PGFA 4IGTA 4HTGA 4U2RA 3C35A 4GXSB 1O64A 4F29A 4ZEFA 4LONB 4ELPA 2QPQA 4IB2A 5H8HA 3TEPA 4G8HA 2ZNTA 3EHTA 1FQCA 1QUIA 4H8IA 3A3CA 4Z0IA 1IXCA 1XHYA 4RXLA 3KJTA 1LB8A 4XKRA 2DWAA 1B2HA 3FJGA 3UN6A 1SD3A 3ODBA 1SI0A 3PU5A 4KQPA 4ZZEA 1PB8A 1QW0A 5AA2A 3SKPA 1T0KA 3TCHA 3FVKA 3IO6A 3VXCA 4GQOA 4EF2A 3FUZA 3TTKA 1OMPA 1BIYA 1QKBA 2Q8JA 4KYDA 1R9QA 5CMKA 1TFAA 1B46A 3MZBA 1JVXA 2HAVA 2Y7IA 3QXMA 5H8NB 2X7PA 3RYAA 4DLDA 1R9LA 3MJNA 2IEEA 4JWOA 4F2OA 3EQ1A 4QSDA 3IOVA 2DSFA 3VXBA 2O7IA 3MVZA 2F36A 3CHGA 5JEIA 1JW5A 4XKNA 3FIRA 2I3WA 3RY3A 1DTGA 2Y7WA 4H8JA 4NF8B 1M5DA 4NF5B 1Z7ME 3FV2A 1QVSA 4P11A 5I56A 4RPNA 3H6WA 3OD7A 4I8CA 4OFJA 1MQGA 2Q2CA 3C33A 4PETA 3CFZA 1B4HA 4BDRA 3FATA 4FEBA 4NEDA 4R6KA 3IORA 1SW5A 1S9TA 4Q0CA 2RC8A 2V3QA 4N6PA 1MM6A 3I3VA 4H67A 1FTMA 4U4SA 4OMBA 1MY3A 2RINA 4LATA 2P0SA 3WAFA 1MPDA 1N84A 2F35A 4Q8RA 4BDMA 2UVGA 1B51A 3TTLA 3VLWA 4R9GA 4R2FA 1GVCA 1BLFA 1R1NA 1XT8A 2QS1A 1MRPA 3BKIB 3OEKA 4I62A 4X1BA 4YAHX 1I6QA 5BWJA 1Y4TA 2THIA 3USDA 1Z7NE 1EZ9A 4LZ8A 3F11A 3E9XA 3PUYE 4IY5A 1B5IA 2GFEA 1A54A 5JK4A 3IB1A 4G8NA 1FQDA 2E0SA 2P2AA 4YZZA 1B7UA 3UORA 4ZEBA 2P1SA 1NMUA 3A3UA 1OVBA 5DTBA 4MLQA 3RNNA 3T96B 3S9LC 3DRHA 2VD3A 4H1XA 3LC8A 3MQ9A 1CE2A 1ZTYA 1BKAA 1QJMA 1TFDA 2QJEA 3B6TA 5B70A 1EZOA 3IL1B 4POXA 3UP9A 4F3SA 3EPEA 5DVFA 1XS5A 4OVJA 4F3PA 2ABHA 3LVUA 2DOJA 3P7IA 3PPPA 5KDTB 2HCAA 5CM6A 2Q89A 4DXUA 3E3KA 5HBCA 4RJZA 4FEDA 1MPCA 4M1VA 2F7BA 2WOLA 3DRIA 3SETA 3FXUA 2XXWA 3MW0A 1NFTA 1B0LA 2O51A 1LB9A 3LBSA 3N5LA 4C0RA 4P0IA 5I84A 4AQ4A 4F22A 3RQTA 1H45A 2OJTA 2XXUA 5H8QB 5EYFA 2H4IA 3Q28A 1ZBMA 5TPAA 4Z7EA 1DMBA 3EN3A 5H8FA 4AB5A 4FIMA 4DXBA 1UIUA 1B3GA 5CMMA 1ANFA 5L8DA 2REGA 2O7UA 2I4CA 2Q9TA 5ITOA 4C1UA 2UYFA 1URGA 5ISUA 4ISUA 4KPTA 1MS7A 4LP2B 4NF6B 3RT6B 2H5YA 3PUWE 3IAZA 1JEVA 1VR5A 3DRKA 3KN7A 4YB5A 3FTOA 4QF9A 4ZEDA 3PPOA 4DE8A 4R2BA 3HO7A 1PEBA 1UTBB 3TFLA 2HFBA 2V3UA 5B7DA 4PP0A 1A8FA 2RCAA 2OLBA 3BBRA 3R7XA 3GLBA 2KLFA 3PAMA 3E13X 5K2XA 3RPWA 3TYHA 3UIFA 4GLIA 2A5TA 3G3FA 5TP9A 1KWHA 5I59B 2OBGA 1YTVA 2ALUA 2PYYA 2M8CA 2QSXA 3QUJA 3HV1A 4GIZA 4H65A 3TTMA 1Y1MA 3R26A 1J1NA 3ECRA 4PQJA 4X1DA 1B6HA 3U92A 1P1OA 4THIA 1ZKBA 4YB6A 1MDQA 1LBBA 3OELA 4OESA 4YKJA 1OLAA 3Q26A 4MBPA 4R73A 3CIJA 3TDJA 5CC2A 1FTJA 1NKXA 2HEUA 1F9BA 4HW8A 1LFIA 2DWJA 3DP4A 2RC7A 3HN0A 4FJPA 4IO5A 4ZS9A 4F1UA 4N07A 1IITA 5KCJA 4LZ5A 3O6HA 1RYXA 1LFGA 1JQFA 1B58A 1D3KA 1WDNA 3H06B 3DRJA 1EH3A 4PFUA 4NF8A 4NE4A 3FXRA 4R75A 4OFLA 4WXJA 4YKKA 2XXHA 3TTNA 1PB7A 1MY1A 1XVXA 3KEIA 3ILTB 3KJ7A 3MP6A 1A7LA 1FQEA 2GH9A 2XD2A 3K02A 1B7HA 1HSEA 2VGQA 3W9WA 2QMXA 3GBAA 4Q5TA 4PFYA 1UQWA 1MY4A 4RPOA 3KSXA 4OXVA 1FTKA 1B3HA 3CSBA 4IO2A 1I6AA 1LLSA 1URDA 3DP6A 4JXIA 4LQ5A 3SEWA 1POTA 4YKIA 2PX1A 1B3EA 2Z22A 4DZ1A 2F7AA 4PE5B 4POWA 4R72A 3PMVA 3H6UA 3D4CA 4RK2A 5H8QA 3V5AA 3AXFA 4BDQA 4TLLB 3FJ7A 1R6ZA 4U1OA 3LSWA 3FJMA 2I3VA 1JVYA 3MPKA 1RKMA 4MLVA 4YB7A 5F1QA 3CG1A 3DP8A 2V93A 3O66A 5CBRA 5I57A 3UA8A 1MG1A 4KR5A 2DXRA 3HSTA 1B32A 2B4LA 4QFLA 4QFNA 2OWSA 3KOTA 3CSGA 3GZGA 3Q27A 4TQUQ 4HS7A 3B6WA 4ELQA 3H03A 3MUQA 5KDTA 1JEUA 2ESNA 4GXAA 1HSLA 4OEVA 2I58A 3M3LA 4F2QA 3DLNA 4XTCQ 4PFWA 2PT1A 4ZZAA 1P1NA 1US4A 3IJXB 4L17A 1FW0A 1NL5A 2O6AA 4OYVA 3L6GA 4BDOA 3O29A 2CMOA 2F8DA 5DEXA 3IOTA 3O6IA 4KD5A 1LAXA 3QSLA 4N13A 2O69A 2XX8A 4F1VA 3N94A 1Q1KA 3MWBA 4NF5A 3G3GA 4JWXA 2OCUA 3H7MA 3MZ9A 3RTFB 4JBZA 1JW1A 1H43A 4P0GA 3UGWA 3ZKKA 1D4NA 2RC9A 3K2DA 1I69A 5L9MA 1ELJA 4ZEKA 3HPIA 3KFMA 5ICQA 2H9BA 1LBCA 4ZEIA 3SERA 2XD3A 2D3IA 3QIMA 2HXWA 2VD2A 1L5TA 1AL3A 2XHDA 3M8UA 4ONYA 2I0CA 2XX9A 4ELOA 3V8XB 1AIVA 1S50A 1JNFA 1DOTA 2QL3A 4OZ9A 2WKYA 4NF4A 4YICA 2Y7KA 2BJJX 4IO4A 4GD5A 2PT2A 5DVIA 5JTYA 1MQJA 4UA8A 1Y1ZA 3O6PA 4KFQA 2D5WA 1MM7A 3G3JA 1ZIUA 1SDXA 1SW4A 2DE2A 2F5XA 4JDFA 4OWDA 3UK4A 5IAIA 2HAUA 3K6WA 1VFDA 2Y84A 4KCDA 3O2AA 5I2KA 4YU0A 1YAEA 3RUMA 1MXWA 4QHQA 1MXVA 2WOPA 3U72A 5AA3A 2Q88A 2HQ0A 4U22A 2R6GE 4U4XA 3V89B 4E0WA 1GTKA 2ZYKA 4LZ7A 2DP8A 3VE1B 4X48A 1MPBA 2GHAA 1S7YA 3CFLA 3K1NA 3K4UA 3PV0E 3QYTA 2XXRA 2W7YA 1VFEA 3MVXA 2YPNA 3DRGA 2HZKA 3G3KA 1B5JA 1USYE 1UTHB 3GBBA 1CB6A 3IB2A 1TXFA 1EU8A 4KI0E 3QUFA 4RK9A 3OO9A 3U93A 3TPAA 1OQGA 1FTLA 3PPNA 2F78A 3MP8A 3N6TA 3MPLA 4KCCA 2ANJA 1HSJA 2DE4A 3PUZE 2Z23A 2H98A 4LUBA 5DEXB 5KCJB 2NVUB 3MVYA 2AL5A 3I5OA 1PBQA 3K1MA 2AIXA 2Q2AA 4F39A 4XKQA 1P99A 2YJPA 3R6UA 3MP1A 1OQHA 2DWIA 3FVNA 2Y7RA 4ND9A 3K1PA 4BDNA 1B7ZA 3JYRA 3SEUA 5CMBA 5I2NA 3TTRA 5H8HB 2ZMBA 3SEVA 1LSTA 4R9FA 4DXCA 2O84X 3GXAA 4GFRA 2NOOA 4U21A 4NMYA 4WEDA 2D21A 4QSEA 5LOMA 2PBWA 5FTHA 3OXNA 1N0TA 2A5TB 1H76A 1VSOA 3B7DA 3C4MA 3QAXA 3VVEA 1MH4A 2DYXA 2FNCA 1LAFE 1DSNA 3Q25A 1MQHA 2QS2A 4G77A 3TKDA 3K0VA 4FORA 4IO7A 3E4RA 2G29A 1UTBA 3RLFE 1NNTA 2VHAA 3VLUA 1Y4CA 3EHSA 2I48A 3JV9A 4OETA 1PDAA 3O9PA 2QMWA 1B9JA 2B4MA 2UVHA 1B3LA 1AOVA 3OO6A 1M5EA 2ZYNA 3LSFB 3S9MC 2DE3A 1PBPA 5KZTA 2FA7A 1DPPA 2I4BA 3I6VA 4QFPA 3KZGA 4HCWA 3U8QA 4EXKA 3S2VA 4RY1A 1DPEA 1IZ1A 1A8EA 2OZZA 4OHNA 5FHOA 4YKPA 1B5HA 4G8MA 3VDFA 3SESA 1I6BA 2XXVA 4H5FA 5A5XB 3OENA 3C32A 4RYAA 3RGYA 3OO8A 5EHSA 2O1MA 4GRKA 1N7XA 5I2KB 1P1WA 2ONRA 3ZSFA 5HPQA 5K2YA 3K01A 4EXLA 3MVWA 4OFOA 3U1OA 4F18A 5I57B 3L6HA 4GF8A 1VE4A 1QKAA 1P1QA 1QUKA 3LSXA 5CMCA 1B1HA 1AMFA 3O97A 2I6EA 5L9OA 1A55A 5FTIA 3T9XB 4F19A 3QK6A 2ZYMA 1N7WA 1ZU0A 1YCJA 1TWYA 5I59A 4U23A 5FHMA 4TOZA 1LCTA 2Z8EA 1NNKA 3EF7A 3WAEA 3OEMA 2NXOA 2O1LA 3T66A 2YLNA 2DWHA 2NWJA 4Q30B 3H3GA 3LSLA 1BTJA 3DRFA 2ONKE 4I1DA 3T9UA 1O63A 4X9TA 1WODA 1Y3NA 3C36A 3ZS6A 2I0BA 5CBSA 1OIBA 5ICTA 5ITPA 3BFUA 1POY1 3TAJA 2ZNSA 3TODA 3K6VA 3DM0A 3MZ1A 4H6DA 3C34A 3VLVA 4C1TA 1B4ZA 4O3AA 3TELA 3S9NC 5JTYB 4QFOA 3S4UA 3PD9A 4BDLA 3RT8A 2ZYOA 3H6TA 4AB6A 2H99A 4OTEA 1ATGA 1SBPA 5CRYA 2B3FA 4DCYA 2XX7A 4GOTA 2GHBA 2R71A 1IUDA 1M5BA 3D4GA 1SW1A 1SYIA 2UVIA 1FQAA 3IOWA 5AA2D 2X7QA 4QRZA 2XXYA 3MAMA 4XIGQ 1NH8A 4XXUA 3T9HB 3TQWA 4FATA 1M5CA 4GWOA 1IQ7A 4NTLA 4RNSA 3VV5A 5BUUA 4GL8A 1H3DA 1LFHA 1N76A 1P1UA 1WVJA 1Y3QA 3K6UA 2XXPA 2RF1A 3KN3A 3ONMA 2OWTA 4EQ9A 1NNFA 1MXZA 3PUVE 5I58B 1XOCA 3VFJA 3IX1A 3CG3A 4GVOA 4LVQA 5TU0A 5I56B 3PMWA 1Y3PA 2I49A 2VP1A 2ZXTA 2F34A 3Q29A 5CI5A 1FQFA 3THIA 2XXTA 4ECFA 4RA1A 3OOAA 1FTOA 2F6PA 2QS4A 3CI8A 4MF3A 4GL0A 3BFTA 2V25A 3N6UA 1PC3A 4OQOA 4NWCA 3RN8A 1O7TA 2QRYA 1JW4A 3OMBA 4UACA 3FASA 3W9VA 3T93B 1B0HA 3TCGA 2GRVA 2REJA 3PPQA 1AH5A 1MXUA 1TT1A 1YPNA 3CR9A 4IO3A 4ESXA 1B40A 5HM4B 1SW2A 5DYHA 4I9DA 3G7WA 3HHGA 1USYH 4R74A 3TQLA 3SEXA 3TUSA 5I58A 1B05A 3IJOB 4IGRA 4JSDA 5IKBA 3FZVA 3N26A 5AA2B 3MC2A 4U1ZA 2F97A 1XVYA 4F3GA 2X26A 4OEUA 1SI1A 2UYEA 3TCFA 1GR2A 4MFIA 5AA4A 4JB7A 4G68C 3S9EA 1ZJLA 2IA4A 1XC1A 2ZNUA 1II5A 4KYSA 5F7VA 1B1XA 4ZECA 3IB0A 4H0WA 2UVJA 1JETA 3ILUB 4M4GA 1NH7A 2XXIA 5AA4B 3PPRA 4IO6A 1ZMGA 4XKPA 3OO7A 3FD3A 4FECA 4TLMB 3CVGA 3RTWB 3VVDA 2A5SA 2FYIA 4MH5A 5ELVA 4F1YA 2F6GA 5A5XA 2DQVA 4E0XA 1GV8A 4G2ZA 1SVXB 4EF1A 1ZLQA 3G3HA 2UXAA 3IR1A 3O28A 1MDP1 2ONSA 3KN8A 1Y20A 3OSQA 3VVFA 3EHUA 4EDPA 1B3FA 4O3BA 4LQ2A 2H25A 4WKMA 1URSA 3CRBA 4JSOA 4G68B 4KYEA 3PD8A 3IO4A 1FCKA 2AL4A 3OSRA 4QSCA 3SDFA 2Z8FA 3M3KA 1IIWA 1BP5A 3HCQA 3U94A 2DVCA 1H44A 4NF6A 5H8SA 3LR1A 3W15C 3IK6B 1MQDA 3PUXE 4YMBA 1MH3A 3IOUA 1DTZA 1OLCA 3C31A 3FV1A 3JZJA 2G93A 4YMAA 3FGSA 4PFTA 2DS9A 1SQYA 3T9VA 3M3FA 1IEJA 2DVZA 2PVUA 1LAGE 2Z8DA 3K6XA 5H8FB 1A40A 2VOZA 1UIVA 5TPAB 3DELB 1D9YA 1MXYA 4ESWA 4FAJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PB9A 1MQIA 5DW8A 5H8NB 3SEYA 4R6HA 4NWDA 4JVCA 5FHNA 3MBPA 5DVJA 3PMXA 4N15A 3LUYA 4NF4B 1Y9UA 1NNPA 5T3JA 1MXXA 2WOKA 2B3BA 2V84A 2Y7PA 4O7IA 1A99A 4G68A 3T22A 3KSJA 3FVGA 1FPJA 4LA9A 2WX9A 3RYBA 1DBZA 4IGTA 3VFJA 3PGFA 4F29A 3TEPA 3EHTA 4Z0IA 4O94A 4XKRA 2DWAA 3UN6A 1QW0A 3TCHA 3FVKA 2Q8MA 3VXCA 3FUZA 1OMPA 1QKBA 2Q8JA 1R9QA 2HAVA 1JVXA 3QXMA 3IOVA 2F36A 3CHGA 4NF5B 4RPNA 1MQGA 2Q2CA 4PETA 4BDRA 4R6KA 1SW5A 2RC8A 4N6PA 1MY3A 3WAFA 1N84A 3TTLA 1BLFA 1XT8A 4I62A 1FPGA 1CNQA 1EZ9A 5JK4A 4NN3A 3IB1A 4YZZA 2E0SA 3T96B 3MQ9A 1CE2A 1BKAA 3B6TA 1EZOA 3MSTA 3EPEA 2ABHA 3LVUA 1LBZA 3PPPA 3BIHA 5CM6A 4QBAA 4FEDA 4PTKA 3DRIA 3SETA 3EKIA 2OJTA 2XXUA 5ET8A 1ZBMA 4Z7EA 1FJ9A 1EYIA 2I4CA 1URGA 2GQ1A 1VR5A 4OVTA 4NHBA 3FTOA 3HO7A 3TFLA 1NV1A 5F24A 3PAMA 5I59B 4H65A 2FVZA 2QSXA 3QUJA 4OANA 1Y1MA 4THIA 4YB6A 1LBBA 3OELA 1OLAA 5CC2A 1FTJA 3DP4A 4IO5A 4ZS9A 5KCJA 1D3KA 1JQFA 4NE4A 4OFLA 3RYDA 3KJ7A 3K02A 5EQ9A 4OXVA 3CSBA 3SEWA 2PX1A 2Z22A 2F7AA 4PE5B 4R72A 3H6UA 3D4CA 3AXFA 1R6ZA 3FJMA 2I3VA 1JVYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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