4XKPA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and bhi medium supernatant)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
molecule tags Transport protein
total genus 168
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkpA01
1DPEA 3E3KA 3MPLA 3M3FA 2F97A 1UTHA 2G29A 4YMBA 5CBSA 4I1DA 4WXJA 2I0BA 4ZECA 3KOSA 3ILTB 4G68C 3H6TA 2UVHA 3MAMA 2VD2A 4L17A 2DE4A 5DVFA 4BDOA 3PUVE 2OJTA 3IORA 4XKQA 4NF8B 3EQ1A 3OEMA 2PVUA 3G3JA 1MPCA 4JXIA 1QUKA 3PU5A 1EU8A 4G68A 3OSRA 4E0XA 3OELA 5TP9B 3V89B 1SI1A 1MM7A 1MQGA 3KGCA 3TMGA 4GL0A 4BDQA 2ZYKA 4EDPA 2Z8EA 4U22A 1TWYA 2ZNSA 4C0RA 3DELB 3A09A 1XHYA 3PD9A 2F7AA 1FTKA 1ZBMA 4ZE9A 4RY1A 1P1QA 4X1DA 2XXQA 1BIYA 3TAJA 1B32A 1XVYA 2PMSA 1Y3PA 1B51A 2A5SA 3HN0A 1MH4A 4ECFA 4P11A 3QK6A 1SD3A 3H6UA 3C4MA 4OMBA 5KDTB 4NF5A 3O29A 4ELPA 4LZ5A 4DIGA 3BFTA 1F9BA 1FCKA 1B4HA 2DQVA 4EXLA 1MPBA 2RCAA 1JW1A 2IEEA 1B3HA 3LBSA 1SW2A 1UTHB 3K1MA 2XXWA 5L9MA 5HPQA 2Y84A 4RK2A 4C1TA 4TOZA 3DP6A 3CG1A 4GXAA 1H44A 4DXCA 4H6DA 3TCFA 4YB5A 1JEVA 1POTA 1FW0A 4BDNA 1HSEA 2GRVA 2ESNA 3S9EA 1O63A 2PYYA 1B40A 4G68B 2XXRA 2DOJA 3IOVA 3MVXA 1XT8A 1FTOA 1LBCA 1YAEA 1OVTA 5ELVA 3M8UA 3FIRA 3O6GA 3Q29A 1D4NA 2VD3A 1LFHA 4Q8RA 4QHQA 3EHTA 4OETA 1B7UA 1MM6A 4EXKA 5FHMA 1LLSA 1UIVA 1N3WA 4WKMA 3DRGA 2O1MA 1AH5A 2V3QA 2XXTA 2ABHA 2DP8A 2V93A 4NF6A 2DWHA 4GD5A 1FQFA 5CBRA 1US4A 2Z8DA 3CRBA 3H4ZA 4ONYA 1IITA 1ATGA 3CI8A 3FV2A 1ZTYA 5DVIA 2NOOA 4F2OA 5H8QA 4JDFA 3KEIA 3O2AA 1OLAA 5B7DA 1FQCA 4QSEA 1B5HA 1S9TA 3H6VA 3B6QA 3OOAA 3SESA 2OWTA 3MP1A 2FNCA 1FTMA 5H8NA 4YU0A 5FHNA 3V5AA 4WEDA 3TYHA 5I2KB 4IY6A 1JW5A 5FTHA 4LATA 2M8CA 1B0HA 3M3KA 3QUJA 4G8MA 1JEUA 4DXBA 5EHMA 3IOTA 4N13A 2DYXA 2P2AA 4KYSA 2RCBA 2GHAA 1ANFA 3GLBA 3RY3A 1M5DA 3ILUB 3K2DA 1S50A 3RYBA 4N6PA 4POWA 4RYAA 1TFAA 1B3EA 1WVJA 2ZYNA 3UORA 4EQBA 4IO5A 4P0GA 5DYHA 3RQTA 1QUIA 5M2VA 1MXZA 1GV8A 4DCXA 1GVCA 3MVWA 2VOZA 3HHFA 1BP5A 3K4UA 3VVDA 3FGSA 3N6TA 1N84A 4RPNA 3O28A 4IGRA 3FUZA 4JBZA 4QFLA 1USYE 4F3GA 2Q2CA 4F18A 3OXNA 1MY1A 2AL5A 4NF6B 4F19A 2O68A 3A3UA 3IOUA 2ONKE 1MXWA 2OBGA 1MXYA 1Z7NE 2QMXA 1R9QA 3UP9A 4R6KA 3MZBA 1US5A 5I57B 3CR9A 5H8QB 3WAEA 2DWIA 1O7TA 3PPRA 4IO7A 2RC9A 4R73A 2RF1A 2YPNA 1B4ZA 2WKYA 3HSTA 1LAHE 3QXMA 4NWDA 1NH7A 3UGWA 1MQHA 4R2BA 3SKPA 3S9MC 4H5FA 1B3FA 2I48A 4QSCA 2H5YA 4M1VA 1FQDA 3EHUA 2D21A 3MVZA 4NF8A 4QRZA 1KWHA 1PBPA 1ZJLA 4MF3A 5FTIA 4G2ZA 1MRPA 4HS7A 5ITOA 1LAXA 3CHGA 3MZ1A 5TP9A 4PFUA 1MY3A 1EH3A 1MH3A 3FATA 3IO4A 2DWJA 4ZZAA 3O6HA 1EZOA 3RYAA 2F7CA 3FVGA 1R1NA 4EF1A 3O6IA 2OLBA 3KN3A 3PPNA 2NVUB 4KR5A 3T93B 3PMXA 3S2VA 2ZYOA 4RK9A 1IXHA 5TU0A 1RYXA 4OHNA 3USDA 4OWDA 3ECRA 5HM4B 2I4CA 1N3XA 5I59A 2I3VA 4E0WA 5H8FB 3MP8A 3AXFA 4H1XA 1T0KA 5EHSA 3I5OA 2B4LA 2Z8FA 1AIVA 1NNTA 1SDXA 2UVIA 2RINA 4PETA 4PFTA 3I3VA 3TTLA 1VSOA 1VFDA 2PT2A 3H06B 4IY5A 3MUQA 4JSDA 5K2YA 3E9XA 1M5CA 2P0SA 1LCTA 3O6PA 1B7HA 5EYFA 1QKBA 1LB8A 3F11A 5AA2A 4KYDA 2B4MA 1PBQA 3IB2A 1N76A 1OIBA 2I49A 2ONRA 1D9VA 4LZ8A 1FQBA 2HCAA 3VLVA 2H25A 2Y7IA 2FA7A 2H99A 2BJJX 2DWAA 2XX7A 1A7LA 1Y4CA 3TCGA 3SERA 4FATA 2ZNUA 4H8IA 2I0CA 1YPNA 4Q0CA 4R9FA 2GHBA 1JVYA 2NWJA 5J1DA 4NWCA 2OK2A 2GH9A 3FD3A 3IX1A 5JTYA 1GTKA 3V83A 5CMCA 3KBRA 3TEPA 1DMBA 3VXBA 2R6GE 4AQ4A 3IO6A 4UA8A 3U94A 3UA8A 1ELJA 2R9JA 3MWBA 4KCCA 1ZU0A 2HZLA 3H7MA 2THIA 4KFQA 3BBRA 4FE8A 3IAZA 1TXFA 3U72A 1VFEA 3QIMA 1P99A 3K6WA 2I3WA 4H67A 2X7PA 1OLCA 1A99A 3U93A 4PFWA 3T96B 4LQ5A 2Y7WA 5I59B 1UIUA 1MY0A 3TQWA 1P1OA 4YMAA 3ZS6A 3E13X 3G7WA 2DVCA 3QYTA 5AA2D 1URGA 3TQLA 2PBWA 1LFIA 4XKNA 3LSXA 2DXYA 2QS3A 1OQHA 4ZEKA 2XXIA 3ODBA 2I6EA 3VV5A 4PP0A 4HCYA 4XXUA 4K3FA 1IXIA 3FXRA 2O6AA 1JQFA 2DXRA 4U4XA 1ZLQA 4XIGQ 4OFJA 3FASA 1I6AA 3SEVA 3W9WA 1B58A 4MBPA 5AA2B 4H5GA 3O66A 3G3HA 4XTCQ 2I4BA 5I56B 3C34A 3PGFA 5CMMA 2H4IA 5I2KA 5HBCA 3K1PA 1MDQA 1NFTA 3PMWA 5TPAA 4IGTA 3PD8A 1QUJA 3G3KA 4KD5A 3G3FA 1B52A 1XVXA 5JTYB 4LUBA 2LAOA 2F8DA 2AL4A 3IK6B 4F3PA 5F1QA 1AOVA 3MVYA 1NNPA 3LSLA 4BLAA 1L5TA 3UN6A 1USYH 2HZKA 4R75A 1OVBA 3D4GA 2V84A 3IB0A 3FXUA 3OMBA 3MBPA 3MP6A 1ZMGA 4XKRA 3HV1A 2CZLA 4O3BA 5AA4A 3K6XA 2ONSA 1LFGA 3KFMA 1TFDA 3QAXA 4F39A 1B0LA 3TODA 4HTGA 2DE2A 1Y3NA 1B3GA 1DTGA 1AMFA 5B70A 3N5LA 3U8QA 5CRYA 5JEIA 3TTMA 2DS9A 4O3CA 4EQ7A 5I57A 4OXVA 2E0SA 3DM0A 3P7IA 2Z23A 1IQ7A 1NL5A 3U92A 1QULA 3K02A 4LONB 3FJMA 1NKXA 2WOKA 2F7BA 5L8DA 3BFUA 4PE5B 1LAFE 2XXVA 1B1XA 1D3KA 4KI0E 3THIA 3I6VA 4JB7A 4LP2B 3OSQA 1FTLA 4ELQA 1DTZA 1H45A 4R74A 1H3DA 4ZEIA 4TLLB 1LB9A 2F36A 1B3LA 3IOWA 2XX8A 4I8CA 1NNKA 5H8HB 5TPAB 4LQ2A 3ZKLA 1B5JA 2R71A 3OENA 4XKPA 3KSJA 2OWSA 1EZ9A 4NTLA 5KCJB 3DRIA 1WODA 2P1SA 3H3GA 4F3SA 4U1OA 3PPOA 2G93A 3JZJA 3K0VA 4OZ9A 3OO8A 1N7WA 4I62A 4I9DA 4DDDA 1TT1A 1H76A 5DEXB 4THIA 2Q9TA 3TUSA 2O69A 3B6TA 3N94A 1IIWA 3U1OA 1A8FA 3KSXA 4RPOA 3VVEA 4JWYA 3SEWA 3Q25A 5AA4B 1R9LA 4F1UA 5CC2A 3FJGA 5H8FA 3VFJA 1B5IA 1QKAA 3O9PA 1B05A 1QVSA 3B6WA 3SEUA 3T9UA 4OVJA 2HAVA 4Z0IA 4EF2A 1QJMA 4X48A 3IR1A 3FTOA 3TTRA 4YKPA 2REGA 1ZKBA 4F29A 4F3BA 2Q2AA 5K2XA 3JV9A 1Y1MA 3MQ9A 4IO4A 1MQDA 3C35A 4YB7A 5AA1A 3T66A 5F7VA 4GLIA 3GBBA 2QMWA 3L6GA 4H8JA 1SVXB 3E4RA 2Y7PA 3KG2A 3R7XA 1BKAA 3R6UA 4FAJA 3CG3A 4R9GA 3VLWA 1MXUA 4IO2A 3KJTA 3G3IA 4OESA 3L6HA 3RNNA 1MY4A 3IJXB 1URDA 4YKJA 2UVJA 4U4SA 2KLFA 3FVOA 3LR1A 3HO7A 3S9LC 1II5A 2XXYA 2HQ0A 3EN3A 1HSJA 1XS5A 4LZ7A 3CFXA 4P0IA 1SW1A 4O3AA 2QS4A 2DSFA 1A8EA 4OFLA 5L9OA 3PMVA 1LCFA 1OQGA 2ZMBA 2V3UA 4ZZEA 4R72A 2XD3A 3W9VA 4ZDMA 4X1BA 2F35A 3CFLA 5A5XA 1XC1A 4F2QA 4QF9A 4FORA 4GWOA 1B1HA 1IZ1A 3GBAA 4F1VA 3CSGA 4DZ1A 4KHZE 1MY2A 1Y3QA 3DP4A 4MH5A 2QRYA 2RC8A 3S4UA 4G77A 4U2RA 1O64A 1NMUA 3EF7A 3KN8A 3GXAA 3PUXE 3O97A 4ISUA 1LGBC 3TPAA 4GQOA 4PFYA 1Z7ME 1B6HA 2F6GA 2WOPA 2UVGA 1OMPA 4U1ZA 3LSWA 2QS1A 1N04A 4ESWA 3SEYA 5I56A 4IB2A 2Y7RA 3WAFA 1S7YA 3PAMA 3RT6B 4WEPA 3K6VA 1YTVA 4IO6A 1SBPA 3HPIA 4GVOA 4BDRA 3T9HB 1JVXA 4TLMB 3TCHA 3A3CA 2H9BA 1POY1 2W7YA 2YJPA 4EQ9A 1P1UA 3Q28A 3QSLA 1GGGA 1R6ZA 4ZEFA 1CB6A 2A5TA 4RNSA 4G8HA 5DTBA 3RT8A 1SYHA 3OO9A 2NUVA 5CI5A 3FVKA 1PC3A 2Q88A 2B3FA 1A54A 4NF4B 1P1WA 4FJPA 1Q1KA 5KZTA 4OERA 4RJZA 4KQPA 4G8NA 3VDFA 2CMOA 1GR2A 3DRHA 3T9VA 4OFOA 3ONMA 1RYOA 1DOTA 4G4PA 2DVZA 5A5XB 3K1NA 2F5XA 4GF8A 2O7UA 4JWXA 1MXVA 5CMKA 2ZXTA 4F31B 1Y4TA 2PT1A 3Q27A 4AB5A 1SW4A 3C33A 3FVNA 1JNFA 4GFRA 3HCQA 1Y9UA 4ELOA 5ISUA 3TTNA 4QFNA 4QSDA 2O7IA 3EPEA 2PX1A 2QSXA 4YZZA 2GFEA 4OENA 1M5EA 3S9NC 4N07A 3H6WA 2RC7A 1Y20A 3MW0A 3W15C 1PEBA 1M5BA 1BLFA 2B3BA 1MQIA 4RA1A 5BWJA 2D5WA 2H98A 2VGQA 1I6BA 3PPQA 4DXUA 3DRFA 1DPPA 3T9XB 3PUZE 5ICTA 4YKIA 5H8HA 2QL3A 2XD2A 4FEDA 1SYIA 2XXUA 4DE8A 3RGYA 5H8SA 4BDLA 5KCJA 1I6QA 4OQOA 4QFKA 5I2NA 1D9YA 1B2HA 2Q89A 4FIMA 3PUWE 2Y7KA 3BKIB 4OYVA 2A5TB 3KZGA 1N7XA 3UIFA 5DEXA 4C1UA 3QUFA 2F6PA 4ZE8A 3TZAA 2DE3A 4ZEBA 1UQWA 2V25A 1MG1A 2UYFA 3FJ7A 5JK4A 1B7ZA 1MDP1 1MPDA 5DT6A 3N26A 2X7QA 4R2FA 4HCWA 2HFBA 4EUOA 3H03A 3OEKA 2ZNTA 4ND9A 1NNFA 2REJA 1ZIUA 3PPPA 2F78A 1UTBA 3RN8A 5I84A 4H0WA 2O1LA 5CMBA 1SW5A 2OCUA 4JWOA 1PB9A 4KYEA 5IKBA 4LVQA 4LA9A 3D4CA 4MLVA 1LSTA 4NF5B 1AL3A 1BTJA 2AYSA 3KJ7A 1LBBA 3C32A 3LUYA 3FZVA 1Y1ZA 4Q30B 2O51A 3DRKA 5ICQA 3SDFA 1MXXA 1HSLA 1CE2A 3K00A 1Q35A 3OD7A 4Z7EA 3RLFE 4KCDA 2UYEA 2B65A 1PB7A 1URSA 3CIJA 3K01A 2NXOA 4KPTA 1LAGE 3C31A 3VLUA 3CSBA 2V3TA 5I2NB 2VP1A 3TDJA 5ITPA 3SEXA 4HW8A 3IJOB 2FYIA 4POXA 3IB1A 5FHOA 1WDNA 4F22A 4OEUA 1VR5A 1FQEA 3MJNA 3MC2A 5CM6A 3IL1B 3PUYE 3TKDA 1VE4A 5BUUA 4GOTA 1FTJA 1I69A 3ZSFA 2ALUA 3LVUA 1SQYA 1B9JA 4RXLA 5I58A 4NEDA 3DRJA 4ZEDA 1RKMA 1M5FA 2XXPA 4Q5TA 3RPWA 2HXWA 4JSOA 1PB8A 2ZYMA 3DLNA 1P1NA 3R26A 1DSNA 1UTBB 1YCJA 3OO6A 4BDMA 3T22A 3LC8A 2WOLA 3OO7A 4GL8A 4OTEA 1IEJA 2F34A 2AIXA 1B46A 4ESXA 1XOCA 1QW0A 5AE4A 3MPKA 1J1NA 4H65A 4IO3A 3KOTA 4F1YA 3PV0E 4DCYA 3EHSA 2XXXA 2QJEA 4R6YA 1NH8A 1A55A 3LSFB 4NMYA 3B7DA 3TTKA 1PDAA 3M3LA 3GZGA 4U21A 2HEUA 2XHDA 4TQUQ 4YKKA 3C36A 4MLQA 5H8NB 3MZ9A 1IXCA 1EZPA 1H43A 3KN7A 3N6UA 3K6UA 1MS7A 4MFIA 5DVJA 2XXHA 2E1SA 4FEBA 3TFLA 2HAUA 2RKMA 2OZZA 2QPQA 4GXSB 1SI0A 2ANJA 2YLNA 5IAIA 3VE1B 3RTWB 3Q26A 2O84X 4QFPA 1IXGA 3ZKKA 2QS2A 3CVGA 4NF4A 2X26A 3RUMA 4ELRA 3HHGA 1N0TA 4U23A 3V8XB 3TELA 4QFOA 4X9TA 3DP8A 3JYRA 3CFZA 2Z22A 4NE4A 4M4GA 5L9SA 5I58B 1FQAA 4R6HA 5AA3A 3SETA 4AB6A 4GRKA 3RTFB 3C9HA 1A40A 2XX9A 3FV1A 3G3GA 1JW4A 3FXQA 4DLDA 2VHAA 2IA4A 3UK4A 1MQJA 4UACA 4GIZA 2I58A 4PQJA 3VVFA 1JETA 4YB6A 5KDTA 4ZS9A 2Q8JA 2D3IA 2UXAA 4YICA 1IUDA 4YAHX 4OEVA 5LOMA 4FECA 3VXCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DPEA 3E3KA 3MPLA 3M3FA 4OVSA 2F97A 1UTHA 2G29A 4YMBA 5CBSA 4I1DA 4N17A 4WXJA 2I0BA 4ZECA 3KOSA 3ILTB 4G68C 1D9QA 3H6TA 2UVHA 4MEVA 3MAMA 2VD2A 4PE3A 4L17A 2DE4A 4GWUA 3B8BA 5DVFA 4BDOA 3PUVE 2OJTA 1NV1A 3IORA 4XKQA 4NF8B 2F3DA 2JJKA 4GX4A 3EQ1A 3OEMA 2PVUA 3G3JA 1MPCA 4JXIA 1QUKA 3PU5A 1EU8A 4G68A 3OSRA 4E0XA 3OELA 5TP9B 3V89B 1SI1A 1MM7A 1G0HA 1MQGA 3KGCA 3TMGA 4GL0A 1KA1A 4BDQA 2ZYKA 4EDPA 2Z8EA 2DDKA 4U22A 3KBZA 1TWYA 3MYUA 2ZZVA 2ZNSA 4C0RA 3DELB 3A09A 1XHYA 3PD9A 2F7AA 4NAPA 1FTKA 2FIEA 1ZBMA 4ZE9A 2XWVA 4RY1A 1P1QA 4X1DA 2XXQA 1BIYA 3QMFA 4JVIA 3TAJA 1B32A 1XVYA 2PMSA 1Y3PA 1B51A 2A5SA 3HN0A 1MH4A 4ECFA 4KXPA 4P11A 3QK6A 4OA4A 5IZ3B 1SD3A 2ZZWA 3H6UA 3C4MA 4OMBA 5KDTB 4NF5A 3O29A 4ELPA 4LZ5A 4PF8A 4DIGA 3BFTA 1F9BA 1FCKA 2PFYA 1B4HA 3RYDA 2DQVA 4I40A 4EXLA 4I3EA 4N6KA 4NG7A 1MPBA 2RCAA 1JW1A 4JVCA 2IEEA 1B3HA 3LBSA 1SW2A 1UTHB 3K1MA 2XXWA 3ISPA 5L9MA 5HPQA 1IMDA 4PDHA 2Y84A 4GWSA 4RK2A 4C1TA 4TOZA 3DP6A 3B50A 3CG1A 4GXAA 1H44A 1RDZA 1RDYA 4DXCA 4H6DA 3TCFA 3T1BA 4YB5A 3BIGA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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