4XKPA

Crystal structure of nika from staphylococcus aureus in complex with ni(l-his)2 (co-crystallization with ni(ii) and bhi medium supernatant)
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
465
structure length
465
Chain Sequence
GKDLNISLPLKTKSIAPYETDVPVKIGAAESLFKTNDQGKIEKALVKSYHQPNDTTLDIELKDNIKFQNGQKLTAEKVKSSLENSMKKSDLVKYSLPISSITAKGQKLTIKTNSAYPELVSELANPFMAIYDTDAKSDVNQTPVGTGPYQIKDYKQSRKISLSNFKDYWQGKPKLDHITVTYQEDGNNRVRNLESQKDDLITDVPVNKVQDIENNQNLKVSKESGFRTSLLMYNHTNKKMTKSVREALDHIIDRQGIADHIYQGYAKPATSPFNDKIPYIKEPKLTKQNIEQAKMLLAKDGYTKEHPLKIKLITYDGRPELSKIAQVLQSDAKKANIEIDIKSVDDIEGYLKDRSAWDATMYSFGTIPRGDTGYFFNQAYKKDGAINKGDYNNSNVDDLINQLNHTVDVKERHNISNDIIKLSSRDVPNSYIAYNDQIVAANSKVKNYKVTPEGIYLIDYRTTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transport protein
source organism Staphylococcus aureus usa300-ismms1
publication title Novel insights into nickel import in Staphylococcus aureus: the positive role of free histidine and structural characterization of a new thiazolidine-type nickel chelator.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel ABC transporter substrate-binding protein
total genus 168
structure length 465
sequence length 465
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4xkpA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4xkpA01
4TQUQ 4F3PA 1I6BA 3HSTA 1SQYA 4TLLB 4EXKA 4U4XA 4TOZA 1ELJA 3IOTA 1URGA 3OSRA 3PMXA 4DXCA 4XKNA 4DDDA 2QMWA 5EHSA 4PE5B 4KYSA 3K1PA 2XXXA 4GQOA 1AOVA 4JSDA 3ECRA 4ZE9A 3G3JA 3U94A 2AL5A 1PB9A 2I0CA 1B4HA 5L8DA 4YICA 1Z7NE 4YKKA 2RF1A 2ZNTA 1TWYA 3CSBA 5DEXA 3DRIA 4U1ZA 3DP4A 2I4CA 2H4IA 4U21A 4H1XA 3T22A 1N3WA 3LSXA 2NXOA 5DEXB 1XVXA 3KN8A 4NEDA 2R9JA 3PUXE 4FEBA 3AXFA 3C32A 2XX8A 3RGYA 1XOCA 2V3QA 3MZBA 3E4RA 1RYOA 1MPCA 3PGFA 2Q8JA 4JWXA 3PV0E 1R9QA 2LAOA 3K0VA 2VHAA 1XC1A 5AA2B 1L5TA 3VLVA 2DXRA 4K3FA 4KR5A 1HSJA 1D9VA 2I6EA 5ICTA 4ECFA 5I84A 3MZ9A 3GBBA 3CRBA 1FQFA 1ZIUA 2O1MA 1B3EA 4OERA 3OELA 5KCJA 4ZECA 3C33A 3FVGA 4DIGA 3SDFA 5JEIA 2I0BA 2A5SA 4NWCA 1NNPA 4ESWA 2P1SA 3PUVE 1PC3A 2F6PA 4KI0E 4F29A 2ONRA 4F3GA 5KCJB 3DRHA 2KLFA 5FHMA 5ITPA 4U4SA 3MZ1A 1IITA 4YKJA 1AH5A 2XXVA 2XXWA 3OEKA 3FJ7A 3IOVA 2O7UA 4ZEKA 1SYHA 2E1SA 2GHBA 2ONSA 2X7QA 4IY5A 3DRGA 4O3BA 3T9XB 2ABHA 4TLMB 3FZVA 1H44A 1LB9A 1YPNA 2VOZA 4LQ5A 3BKIB 3HHGA 4EXLA 2WOPA 4GLIA 3ILUB 1MH3A 1RYXA 2F5XA 3C4MA 5DYHA 3U72A 3T93B 1QVSA 5K2YA 4QFNA 4DXBA 3A3UA 3U1OA 2PT2A 2PX1A 1A8EA 4OFJA 3ODBA 3TELA 2D3IA 2I3WA 1P1UA 4ZS9A 1R1NA 3K2DA 3S9NC 1B0LA 1VSOA 2M8CA 5F7VA 3RYAA 5IKBA 2ESNA 2QS3A 2FYIA 5HPQA 3I6VA 3I5OA 2PMSA 4WEPA 3VV5A 4LVQA 3TTRA 1RKMA 3G3GA 1LFGA 5I2NA 2YJPA 4MFIA 3D4GA 3JZJA 2DVZA 1FQDA 4HW8A 1B1XA 1EZ9A 2P0SA 3C36A 4XKQA 5I2NB 3EQ1A 3M8UA 2VD3A 2O51A 3OMBA 5L9OA 3FVNA 3USDA 1B3FA 3TFLA 4OFLA 1JW1A 1UQWA 3C31A 2REJA 4MBPA 1Z7ME 5AA4B 2WOKA 3O6GA 3SEWA 4ZEBA 4M4GA 3THIA 5A5XB 4FJPA 3RY3A 5M2VA 3TTKA 1Y9UA 1B32A 1II5A 4U23A 5DVFA 3LSWA 4C1UA 1F9BA 1Y3PA 1LAXA 1D9YA 5CRYA 3ZKKA 5H8SA 3RT6B 1JVXA 1JW5A 3B6TA 2WOLA 3IX1A 1NH7A 1FQEA 4NF4A 1P1OA 4RYAA 4E0XA 1QJMA 2VGQA 2GFEA 2PYYA 4QSDA 3KEIA 1A55A 1UTHB 2XXTA 5I57A 4MF3A 4PP0A 4F1YA 1FTMA 3RNNA 4YU0A 5BUUA 1Y20A 2ZNUA 2F97A 4MLVA 1NNTA 2XXIA 3CFZA 3MP1A 1FCKA 4Q5TA 4XXUA 3Q27A 5FTHA 1QUIA 2XXHA 3K4UA 5ITOA 3TODA 3N6TA 3QAXA 4ZZEA 1PDAA 1A99A 3RYBA 3H6UA 3KOSA 3IB2A 4GF8A 4R6YA 2F78A 2PBWA 1N84A 1FQAA 4Z7EA 1MY2A 1Y3NA 4G2ZA 3CI8A 3DM0A 1P99A 1N76A 5EHMA 1ZTYA 4OEUA 3M3KA 1B58A 3SESA 4POWA 2B3FA 4GD5A 5TPAA 3S4UA 3T9HB 1IUDA 2QS1A 2R6GE 2OWTA 2DXYA 3PPOA 3CFXA 4YB6A 3SERA 1QUJA 1DPPA 3VE1B 3G3IA 1SVXB 1MRPA 4OMBA 1USYH 4LATA 1LCTA 4LZ5A 3IORA 1FQBA 1H43A 3K1MA 1MXUA 4G8NA 3QYTA 1IQ7A 1Y1MA 2ZYKA 3HPIA 2Y7PA 2HAVA 3FIRA 4POXA 4AB6A 2Q2AA 4YB7A 4DXUA 4RXLA 1H45A 4GOTA 3QIMA 1B1HA 4NF8A 2DS9A 4MH5A 4F1VA 3BFTA 4H8JA 3U93A 4H67A 1CE2A 2IEEA 1S50A 3VVFA 5I58A 1VE4A 4NF8B 2DE3A 4G8MA 3VXCA 2AL4A 3K6WA 4EDPA 4OEVA 1SW4A 3RN8A 5ISUA 5H8FB 3O6IA 1NFTA 3N26A 1B5JA 3WAFA 5IAIA 3IO6A 3VXBA 1NNKA 4JWYA 3QUFA 1B7HA 1QULA 2F7CA 4HCWA 3FUZA 4JXIA 2THIA 4F22A 2H99A 3H03A 4RA1A 1JEVA 4ZEDA 1IXHA 4GFRA 1EZOA 1TT1A 4R74A 2DQVA 5AA1A 3TZAA 4RK9A 5LOMA 2DWAA 1OQHA 1HSEA 4UA8A 3ZSFA 4BDNA 4E0WA 3O28A 1BIYA 2X7PA 2DWJA 2XX9A 4WKMA 4NF5B 3MC2A 3PPNA 5CMKA 1N7XA 2QSXA 4FE8A 4GL8A 5H8NB 5CBSA 4RPOA 3G3HA 3LC8A 1B5IA 3V89B 4R9FA 3UN6A 3SETA 3Q28A 1IZ1A 4LQ2A 3TCGA 3EF7A 2O6AA 4G68C 2HAUA 1SI0A 3TCHA 1LFHA 1JQFA 4BLAA 1B3HA 3IL1B 2Y7IA 5TP9A 1GV8A 1PBPA 2O7IA 1YAEA 5AA2A 3PD9A 3ONMA 4ONYA 5HBCA 4ZEIA 1NMUA 3TMGA 3Q29A 4WXJA 3BFUA 5TP9B 3V8XB 3HO7A 1JETA 4GWOA 2HFBA 3O9PA 3KFMA 4EF1A 3MVYA 2RC8A 2GHAA 2HQ0A 4ZE8A 3MP6A 4P0GA 4X9TA 4QHQA 3K6VA 3PUZE 3IJOB 1P1QA 2DWHA 1B46A 2NUVA 4YKPA 1NH8A 1OVTA 1LCFA 3FATA 4ZZAA 2ONKE 1ATGA 4FAJA 5AA3A 4C1TA 3H6VA 2Q89A 3TCFA 4Z0IA 1NNFA 5H8HB 1TXFA 2DOJA 5I56A 4KCCA 3S9MC 3KZGA 1FTLA 3N94A 1XT8A 2ZYOA 4ELQA 3WAEA 1MY0A 3TTNA 1B7ZA 4ZEFA 4H5FA 5I56B 1ZJLA 4QSCA 3RPWA 4G68B 2QMXA 3FJGA 3DRKA 1LBCA 3IOWA 5K2XA 1US5A 2I48A 1LAFE 4H0WA 3TTMA 3F11A 1VR5A 1SW1A 2UYFA 1SW5A 4IO5A 3BBRA 3KOTA 4QFOA 4F39A 3MAMA 2HEUA 1URSA 2V3TA 4THIA 3H6WA 4NMYA 1URDA 4M1VA 2GRVA 3PMWA 1MM6A 1TFAA 2NWJA 4OETA 1O7TA 3RT8A 3DELB 4F2QA 2XXPA 1US4A 2XXQA 4JSOA 4QF9A 1UIVA 4AQ4A 1OQGA 3K02A 2DWIA 3LBSA 3MUQA 3O29A 3H7MA 2O69A 4KYEA 2WKYA 2RCAA 2V93A 3OEMA 3IK6B 3IR1A 4HTGA 4OTEA 2ZYNA 4JDFA 4R9GA 5AA4A 1ZBMA 5KZTA 4HS7A 3PPQA 4GXSB 1POY1 1GTKA 1JEUA 5A5XA 1MPBA 1MXVA 4UACA 4LUBA 4AB5A 2DE4A 5JTYB 1I6AA 1ZMGA 2Q88A 4H8IA 1XS5A 3MP8A 3TYHA 2QS2A 3S9EA 4FORA 1P1NA 5CMMA 4P0IA 3TAJA 3O66A 1YCJA 3CR9A 1PBQA 4OWDA 2QS4A 3MW0A 3V5AA 4EQ7A 4ELPA 1PEBA 5CMCA 5CBRA 1UIUA 1AIVA 2XXUA 1R9LA 4QRZA 3OOAA 3LUYA 3RTWB 1UTHA 1A54A 4IO2A 1NKXA 1B7UA 4PQJA 1NL5A 3H4ZA 3FASA 1MS7A 1MXYA 1O63A 1Y4TA 4PFYA 1DSNA 1B0HA 3B6QA 1B3GA 1GGGA 2Z8EA 4QFKA 2QJEA 4YMBA 5CM6A 3GXAA 4WEDA 2Y7KA 4FEDA 2W7YA 2F6GA 1M5CA 2XD3A 2YPNA 3KBRA 1B40A 1LBBA 4EQBA 1MXXA 3L6HA 3FVOA 1Q1KA 3SEUA 4IO4A 5BWJA 1FW0A 2B3BA 3IAZA 3CVGA 3S2VA 4EQ9A 2Z8FA 4U22A 3RUMA 3H06B 4DCYA 3C34A 2XX7A 3DRFA 3KJTA 3N6UA 4OQOA 1IXCA 1M5FA 3M3LA 5FTIA 2DYXA 1MY3A 3H3GA 3W9VA 4LP2B 4RY1A 3KN7A 4ND9A 5H8QA 1IEJA 4I1DA 4NF6A 4F3BA 3T9VA 1M5DA 1B5HA 3KJ7A 5L9SA 5H8QB 2UVJA 1MQIA 4X1DA 3HCQA 4ZDMA 3PAMA 1EH3A 4NF6B 2ZYMA 1MDQA 1POTA 3OO6A 4LONB 2I58A 4YKIA 4FECA 3U8QA 3E9XA 4EUOA 1MDP1 1DPEA 2OK2A 4KQPA 4OESA 2E0SA 4RNSA 2UVHA 3DP8A 1MY4A 1DTGA 4PFWA 5DVJA 3FD3A 2ZMBA 2V3UA 3SEXA 1OLCA 5H8FA 2VP1A 2O84X 1M5BA 3FVKA 4EF2A 1LAHE 4Q8RA 3PUYE 3GLBA 2H25A 2Y84A 2XD2A 4KHZE 4DE8A 4LZ8A 1MQJA 2UXAA 3TUSA 2DVCA 2OBGA 3OO7A 4G8HA 3IJXB 1GVCA 3D4CA 4N07A 3S9LC 2OJTA 4KYDA 3UA8A 4RK2A 2OZZA 2ALUA 4N6PA 4R72A 2FNCA 3VDFA 1EZPA 3N5LA 4OENA 2D5WA 1M5EA 3MVWA 4FATA 1QKAA 2B65A 2A5TB 4NF5A 4YAHX 1ANFA 1SD3A 1USYE 3Q25A 1AL3A 2RINA 5H8NA 2Q2CA 4HCYA 3IB0A 2I3VA 3FV2A 4XIGQ 3EHTA 3OSQA 2V84A 3G3FA 3SEVA 1BLFA 2G93A 1Q35A 1GR2A 1LSTA 3H6TA 4NE4A 4DZ1A 1BKAA 2Z23A 4LA9A 3K6UA 4F3SA 1H76A 1FTKA 3CG3A 3CSGA 1LAGE 3KGCA 1MY1A 1P1WA 2ZXTA 2CZLA 2O68A 1XHYA 4QFLA 2RKMA 1MG1A 1R6ZA 3B7DA 1BP5A 4OFOA 4OZ9A 4OXVA 1D3KA 4GVOA 3E3KA 5AE4A 2G29A 3MVXA 1Y1ZA 3I3VA 2P2AA 4XTCQ 4BDLA 3L6GA 3C35A 1CB6A 4BDOA 3LVUA 4PFTA 3UORA 5FHOA 5B70A 4PFUA 1N04A 1WODA 4H5GA 3LSFB 2O1LA 1OVBA 4BDQA 2Y7RA 4JBZA 5H8HA 5ICQA 3O6HA 3CIJA 2UVIA 3MJNA 1N3XA 4R73A 3IOUA 4GXAA 3HV1A 5CC2A 3EHUA 4R75A 3UK4A 4NTLA 1J1NA 3MWBA 4OYVA 2BJJX 1UTBA 2UVGA 3RLFE 3K1NA 5DTBA 3TQLA 4ELOA 3UP9A 4MLQA 2H9BA 2OWSA 3K00A 1A8FA 2CMOA 3ZKLA 4G68A 2DP8A 3VLWA 3GZGA 4G4PA 1UTBB 3CG1A 3P7IA 2RC7A 1MQHA 4U1OA 2I49A 4O3AA 3U92A 3EHSA 1OMPA 3CFLA 1IIWA 3PUWE 3QXMA 4YZZA 4PETA 3OO9A 1ZKBA 4IB2A 2NVUB 4KD5A 1T0KA 1JW4A 1FTJA 1I69A 1LB8A 1HSLA 2I4BA 5FHNA 3QK6A 1WDNA 4DCXA 2DSFA 3O97A 1B52A 4I62A 3VFJA 4JWOA 3TTLA 3G7WA 2XXRA 4KFQA 2B4MA 5DT6A 3MPKA 4R2FA 1DOTA 3EPEA 3QSLA 3DLNA 4U2RA 2X26A 2VD2A 2AIXA 1B05A 2F34A 4P11A 3VLUA 1MXWA 4QSEA 4NWDA 1FTOA 1N7WA 5I2KA 1LFIA 5EYFA 3TEPA 3MPLA 4R6KA 2REGA 3T66A 1S9TA 3PPPA 3FXRA 4JB7A 3OXNA 2ANJA 3UIFA 5I2KB 4RPNA 2PT1A 1JNFA 3W15C 5KDTA 2Z22A 3MVZA 5B7DA 3HHFA 5CMBA 4O3CA 3A3CA 2XHDA 3MQ9A 4YMAA 4Q0CA 2HCAA 5JTYA 2QPQA 5F1QA 5KDTB 4IY6A 1ZU0A 2D21A 5DVIA 3VVEA 1KWHA 1A7LA 1SI1A 5TU0A 4F18A 1Y3QA 3Q26A 3E13X 4N13A 4GIZA 4ELRA 1AMFA 3SKPA 4LZ7A 3RQTA 2HXWA 2Z8DA 3RTFB 1PB7A 3KSJA 3DP6A 3K6XA 3PPRA 4H6DA 3OO8A 5L9MA 1TFDA 1OLAA 2YLNA 1FQCA 3FV1A 1SW2A 4FIMA 4GL0A 3FGSA 2HZLA 1YTVA 1XVYA 1PB8A 1MXZA 2Y7WA 4BDRA 4KCDA 3GBAA 1B6HA 4H65A 4L17A 4RJZA 4KPTA 4XKRA 3MBPA 5HM4B 1DTZA 3FXQA 2F8DA 4IGTA 2RC9A 1MM7A 2QL3A 4F19A 4I9DA 2PVUA 4NF4B 2IA4A 3VVDA 1H3DA 1LGBC 4I8CA 5AA2D 1MPDA 4ISUA 3FTOA 3PU5A 2GH9A 5I57B 3R7XA 1DMBA 2AYSA 2F7BA 3W9WA 4Q30B 3R26A 3O6PA 1N0TA 4BDMA 3K01A 1A40A 2NOOA 5CI5A 1O64A 3KN3A 3JV9A 3LSLA 3G3KA 2FA7A 3HN0A 2B4LA 1B3LA 1B9JA 3IO4A 1I6QA 1QKBA 2OCUA 1IXIA 3KSXA 3TKDA 2F35A 3ILTB 2F36A 4C0RA 1B4ZA 1VFEA 1EU8A 1B2HA 3TPAA 3ZS6A 4YB5A 3FJMA 3T9UA 3T96B 5ELVA 5J1DA 2RCBA 4IO7A 1SYIA 5TPAB 1ZLQA 3SEYA 3IB1A 4XKPA 1B51A 1D4NA 4GRKA 4X48A 1LLSA 1MQGA 1VFDA 2XXYA 3TQWA 1WVJA 4R2BA 3PMVA 3PD8A 1BTJA 1SDXA 3M3FA 1OIBA 3LR1A 1QW0A 4F1UA 2DE2A 3R6UA 1IXGA 3KG2A 4OHNA 4OVJA 3QUJA 3TDJA 5JK4A 5I59A 2F7AA 3V83A 4IO6A 2V25A 1QUKA 3OENA 4IO3A 4DLDA 2ZNSA 3JYRA 5I59B 3B6WA 4X1BA 3O2AA 2A5TA 3DRJA 4F2OA 3C9HA 4ESXA 1MH4A 3A09A 2Q9TA 3CHGA 4R6HA 3UGWA 2UYEA 2HZKA 3EN3A 1Y4CA 5I58B 3OD7A 2OLBA 1SBPA 2H5YA 4IGRA 1JVYA 4G77A 4F31B 1S7YA 2R71A 2QRYA 2H98A 4QFPA 3FXUA 1MQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TQUQ 4F3PA 1I6BA 3HSTA 1SQYA 4TLLB 4EXKA 3RYDA 4PE3A 4U4XA 4TOZA 1ELJA 3IOTA 1URGA 3OSRA 3PMXA 4DXCA 4XKNA 4DDDA 2QMWA 5EHSA 4PE5B 4KYSA 4N81A 3K1PA 2XXXA 4GQOA 1AOVA 4JSDA 1SPIA 3ECRA 4ZE9A 2FIEA 3G3JA 3U94A 2AL5A 1PB9A 2I0CA 1B4HA 5L8DA 4YICA 1Z7NE 2CZKA 4YKKA 2RF1A 2ZNTA 1TWYA 3CSBA 4JVCA 1JP4A 2WEFA 5DEXA 3DRIA 4U1ZA 3DP4A 2I4CA 2H4IA 4U21A 4H1XA 3T22A 1N3WA 3LSXA 5EQ8A 2NXOA 5DEXB 1XVXA 3KN8A 4NEDA 2R9JA 3PUXE 4FEBA 3AXFA 3C32A 2XX8A 4QXDA 3RGYA 1XOCA 2V3QA 3MZBA 3E4RA 1RYOA 4MAGA 1MPCA 3PGFA 1QGXA 2Q8JA 4JWXA 1LBWA 3PV0E 1R9QA 2LAOA 3K0VA 4QBAA 2VHAA 1XC1A 5AA2B 1L5TA 3VLVA 2DXRA 4K3FA 4KR5A 4OVQA 1HSJA 1D9VA 2I6EA 5ICTA 4ECFA 5I84A 3MZ9A 5LDZA 4N6DA 3GBBA 3CRBA 1FQFA 1ZIUA 2O1MA 1B3EA 4OERA 1NV3A 3OELA 5KCJA 4ZECA 3C33A 3FVGA 4DIGA 3SDFA 5JEIA 4OA4A 2I0BA 2A5SA 4NWCA 2XWKA 1NNPA 4GWUA 4ESWA 2P1SA 3PUVE 1PC3A 2F6PA 4KI0E 4F29A 2ONRA 4F3GA 5KCJB 3DRHA 2KLFA 4N15A 1XI6A 2HHMA 5FHMA 5ITPA 1D9QA 4U4SA 3MZ1A 4JVIA 1IITA 4YKJA 1AH5A 2XXVA 2XXWA 3OEKA 3FJ7A 2P3VA 3IOVA 4NN3A 2OX3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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