1IIWA

Glur0 ligand binding core: closed-cleft ligand-free structure
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
226
structure length
221
Chain Sequence
b'GSAMALKVGVVGNPPFVFYGAFTGISLDVWRAVAESQKWNSEYVRQNSISAGITAVAEGELDILIGPISVTPERAAIEGITFTQPYFSSGIGLLIPGTATPLFRSVGDLKNKEVAVVRDTTAVDWANFYQADVRETNNLTAAITLLQKKQVEAVMFDRPALIYYTRQNPNLNLEVTEIRVSLEPYGFVLKENSPLQKTINVEMLNLLYSRVIAEFTERWLG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanisms for ligand binding to GluR0 ion channels: crystal structures of the glutamate and serine complexes and a closed apo state.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Slr1257 protein
source organism Synechocystis sp. pcc 6803 substr. kazusa
molecule tags Membrane protein
total genus 69
structure length 221
sequence length 226
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iiwA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iiwA02
4F31B 4GQOA 3FV2A 2XXUA 1MXYA 4Q5TA 3LR1A 3C32A 2B3FA 2ZMBA 1PB7A 2RKMA 1MM7A 4FORA 1M5BA 1SW2A 4U23A 1VR5A 1A99A 4U1OA 3P7IA 3TKDA 4KCCA 1A55A 3M8UA 4AQ4A 3UK4A 3DM0A 3A09A 1EZOA 3QSLA 4R72A 4G68A 3Q28A 5H8HA 1DSNA 1IQ7A 5EHSA 1Y3QA 1MXZA 2HAVA 3C36A 3ECRA 4OERA 4ELOA 1SYHA 1D4NA 2KLFA 3RTFB 1SI0A 2I3VA 2RC8A 4IO5A 4BDLA 2A5TB 4F2OA 4M1VA 3UIFA 3QUJA 3ILUB 1UIUA 2DVCA 2E1SA 2XX8A 3E9XA 3KFMA 4KI0E 5TPAB 2IA4A 1EH3A 1EZPA 1SW1A 1Z7NE 3O6GA 3OEMA 4XKQA 3R6UA 4DDDA 2E0SA 2I58A 2XXWA 4THIA 3CRBA 3FATA 3K01A 1FW0A 3O66A 4RK2A 4HS7A 4JXIA 4GLIA 2ZYNA 5L9OA 4GF8A 3G3FA 4OZ9A 3O29A 1B6HA 4G68B 1YCJA 5H8HB 4K3FA 4MLVA 4MH5A 4ZEDA 1R6ZA 1XHYA 2QRYA 3KN7A 4NF5A 3ZKLA 1DPEA 2HZKA 1TT1A 2P2AA 2Q89A 1I6QA 3AXFA 4WKMA 5ITPA 1H76A 2DWJA 4QSEA 4O3BA 1LCTA 5TU0A 1GTKA 4OEVA 4PP0A 4R6HA 3S9NC 3MVXA 2V3UA 1I6BA 4X48A 4ECFA 3MPLA 4OEUA 3TCGA 1YPNA 1ELJA 1MY1A 2ONKE 2Y7PA 1DMBA 4ELQA 3Q26A 4F22A 1AOVA 4WEPA 3IOTA 1LFHA 1MPCA 3ODBA 4EQ7A 3OSQA 4E0XA 1MQJA 3OD7A 1H43A 3MQ9A 3K00A 1SW4A 1WVJA 3EN3A 4GRKA 4G8HA 3G3HA 1NH7A 4R9GA 4WEDA 4PFWA 3K6WA 4PETA 3ONMA 4GFRA 3VFJA 3MZ1A 2H98A 4ND9A 3C33A 2DVZA 3WAEA 4NMYA 3QYTA 2O51A 4LVQA 3FD3A 2HEUA 1N7XA 4MLQA 3W15C 1QW0A 3O9PA 4ZE8A 1PBQA 1LAXA 3OMBA 4QFNA 1B1XA 3FXQA 1HSLA 1IXIA 1LCFA 1PB8A 3O97A 2OWSA 1ZMGA 5DVJA 1Y3PA 2XX9A 4XKPA 2Y7RA 3GLBA 3QAXA 4YB7A 1B3EA 1Y4TA 5DYHA 5DEXA 4OXVA 5TP9A 3EHUA 3MW0A 2ZYMA 1N0TA 5K2XA 4JWYA 1B9JA 4QFLA 3BBRA 3VV5A 1IUDA 2ZXTA 2F78A 3PU5A 2XXXA 3KBRA 1B5JA 1N3WA 4ZEFA 2Z8FA 4KQPA 4ISUA 3B6WA 3T22A 3QK6A 3TMGA 3HHGA 4GOTA 4R6YA 5HM4B 1MXUA 3C31A 1UQWA 1URDA 4ZECA 1NNTA 1FTMA 2F36A 2I0CA 3ZS6A 5LOMA 1B4HA 2Z23A 3F11A 4H67A 2VOZA 1LAFE 3H6TA 5KZTA 1RKMA 2I6EA 3JYRA 1TXFA 1LFGA 4RPOA 3M3FA 4AB5A 1LFIA 1US5A 1S9TA 3HHFA 4OVJA 5CRYA 2REJA 3MP1A 3RT8A 3KGCA 2QS1A 5TP9B 3PPNA 2Y7WA 2PMSA 3MVYA 3N26A 5JEIA 4QHQA 5CI5A 5DT6A 5ICTA 5L8DA 1B58A 3S9LC 4LZ7A 3TTKA 1PDAA 5AA2B 2UYFA 4MBPA 2W7YA 1MH4A 1P1UA 3CFLA 1O63A 1DOTA 2O84X 4EQ9A 3U92A 3FIRA 4FEBA 1Z7ME 1B7HA 1B5HA 4KR5A 4NF8B 1GVCA 1USYE 4ESWA 3PMWA 3MPKA 3U8QA 3IB1A 4XIGQ 4F1YA 3G3KA 4EF2A 4BDNA 4GXAA 3H06B 1ATGA 4KD5A 2NVUB 3QXMA 1T0KA 3T66A 1US4A 2OCUA 3FXRA 3CG3A 4KCDA 3K6VA 1OQHA 1SQYA 4PFYA 4N6PA 2RF1A 3BFTA 2ABHA 2XD2A 1QULA 4NF4A 4LQ2A 3VDFA 4OFJA 4FIMA 2O7UA 4HCYA 4MFIA 1B4ZA 3SDFA 2UVHA 3IOVA 1MPDA 1B46A 4F3BA 5HBCA 3KJ7A 2R6GE 2DE2A 2ONRA 1P1QA 4YKPA 2O68A 3GZGA 2PT1A 3PMXA 2H25A 2XXTA 1B32A 1N76A 2QS4A 4NE4A 2HFBA 2DOJA 1ZJLA 4RPNA 3KSJA 5DTBA 1GV8A 4Z7EA 2GH9A 3IOWA 4NF4B 1MY4A 2HZLA 2ZYOA 3IL1B 4NWDA 2Q88A 1Y20A 2XHDA 3IORA 3O6IA 2Z22A 1MQDA 4DLDA 3CVGA 1LLSA 3U1OA 4OENA 3TAJA 3FXUA 1NMUA 2QPQA 4H6DA 2GHAA 3USDA 4F3PA 3PUZE 2HAUA 1LAGE 4FECA 1QKBA 4R74A 2I3WA 4R2BA 1PBPA 1ZBMA 5AA4A 1YTVA 2Q2AA 4NF6A 4DXCA 4R75A 2VD2A 4LA9A 3UGWA 2RINA 4FEDA 4U22A 2NWJA 1CE2A 2X26A 4F3SA 3U93A 3SETA 1BKAA 2HQ0A 4JB7A 4KPTA 3PD8A 4YMAA 3H6VA 4P0IA 4G2ZA 4G4PA 4Q30B 2PBWA 3ILTB 2UVIA 3PPRA 3M3LA 1POY1 2H4IA 4I62A 2Q8JA 3T9VA 2ZNUA 2DP8A 2DWHA 1P1WA 5ELVA 4YICA 4H0WA 4IGRA 4JWOA 2I4BA 3IB0A 3FJ7A 4OESA 3H7MA 1B0HA 1MY2A 3PD9A 2Q2CA 5DVIA 2CZLA 3MP8A 2QJEA 2F7AA 3K0VA 3VLUA 1B3GA 2ZNTA 1MY3A 3Q25A 1MXXA 3PV0E 4I8CA 4N07A 4AB6A 3LSLA 4POXA 1MRPA 1BLFA 1NH8A 4JSOA 4RA1A 4FATA 1UTHA 1MPBA 3FGSA 5CBSA 1DTGA 2VD3A 2F5XA 2PYYA 3G3JA 4X1BA 4OETA 3VE1B 3Q27A 3I5OA 1ZU0A 2FNCA 5ITOA 1JETA 3B6QA 3HV1A 5IAIA 1O64A 3MVZA 1JNFA 3FVNA 5CM6A 3KZGA 1RYXA 3R26A 4NEDA 2UVGA 4PFUA 4GL0A 3B7DA 4LP2B 4OTEA 5DVFA 5FHNA 2DSFA 3OXNA 1URSA 5FTHA 1B0LA 3IO6A 4IO7A 4NF5B 5H8FA 1FQDA 2NOOA 4ZZAA 2NXOA 4TLMB 1HSEA 3BKIB 2P1SA 3VVEA 1B3HA 3MZ9A 1J1NA 3MBPA 1MXVA 4G68C 1A8EA 3FVKA 4KYEA 4YAHX 2THIA 4HCWA 2GRVA 1D9VA 2VP1A 3C34A 4N13A 1I69A 1FQAA 1JVYA 3JV9A 4OQOA 2F6GA 1N84A 1OLAA 5EHMA 3UORA 1OVBA 1IZ1A 2H99A 3CSGA 3O6HA 5AE4A 1NL5A 3PUWE 1A40A 5CMKA 2ANJA 5A5XA 5L9SA 3T9XB 1MY0A 3V8XB 5AA3A 5ICQA 4LQ5A 3A3UA 4I1DA 3PUYE 3A3CA 3OO8A 3RTWB 3PUXE 3MUQA 3KEIA 3RNNA 5H8FB 2V3QA 1SYIA 5F1QA 1H44A 3IR1A 3KJTA 2Y84A 4EXKA 3E3KA 1ANFA 3HPIA 2ONSA 4DIGA 4FAJA 3C35A 1B40A 2QS3A 1SW5A 1Y4CA 1SBPA 2FYIA 4F18A 2D3IA 4JWXA 5IKBA 2Y7KA 2D5WA 1PC3A 3IJOB 3MZBA 1LBCA 1B5IA 3GBAA 2V3TA 4YKIA 5CC2A 1BP5A 3L6HA 4H8IA 2I0BA 1MQGA 2QSXA 4LUBA 5A5XB 4R9FA 4BDQA 4BDMA 2F97A 4DXBA 1QVSA 1N04A 4LONB 3FJMA 3PPQA 1GGGA 5K2YA 5DEXB 3WAFA 1NFTA 5L9MA 2QL3A 3CFXA 4RXLA 4FE8A 4U4SA 1MXWA 3HCQA 1RYOA 3K1PA 2AYSA 1FQBA 1AH5A 4GXSB 4F29A 1B7ZA 5H8SA 4OMBA 4F3GA 3TDJA 5CMCA 4LZ8A 1AMFA 3QIMA 3K02A 1OMPA 2NUVA 5I2KA 2XXPA 3IO4A 1IXHA 3U72A 3FZVA 1R9QA 4ELRA 1B3FA 1LGBC 4Z0IA 3SESA 1LAHE 4POWA 3SEXA 1WODA 1CB6A 4H5FA 2I48A 4EXLA 5I58A 4UACA 5CMMA 3TFLA 1M5EA 3RQTA 1ZLQA 3OO9A 2G29A 4XXUA 5AA1A 2UXAA 4G8NA 1II5A 3IJXB 3D4GA 1XOCA 4EUOA 3KG2A 1TFDA 4HTGA 4X1DA 3I3VA 4NWCA 5CMBA 2F7CA 3BFUA 4C1UA 4RNSA 3TCHA 3PMVA 3KOSA 3VLVA 3C4MA 5I2KB 1I6AA 1NNPA 3T9UA 1MM6A 1UIVA 1QJMA 4TOZA 4LZ5A 3RUMA 3SERA 1USYH 1QUKA 2QMWA 4DZ1A 2M8CA 3V89B 2X7QA 4OFLA 4ZZEA 5I58B 3FVOA 3TEPA 3SEVA 2DE4A 1BIYA 3CIJA 4F19A 2ALUA 3U94A 1H3DA 4XTCQ 4GVOA 2XD3A 1OVTA 3TYHA 3CR9A 4EQBA 3LSXA 5B7DA 2A5SA 4L17A 4RY1A 3LUYA 4QFKA 1MH3A 3RPWA 4IGTA 3T93B 1MDQA 4QFOA 3SEWA 1VFDA 3TELA 1Y3NA 3H6UA 4OWDA 1M5CA 5H8QA 4UA8A 3VLWA 3OEKA 4ZDMA 1Q35A 3OELA 1QUIA 1DTZA 3S9EA 4ZEKA 2F35A 1D9YA 4YKKA 4H65A 3DP8A 1VFEA 1O7TA 2GFEA 1JQFA 2Q9TA 4XKNA 3K4UA 3K1MA 5M2VA 3IB2A 3KN8A 4QFPA 5HPQA 1TWYA 3H4ZA 1Y1ZA 3RGYA 5TPAA 2OWTA 3B6TA 3TTNA 4H8JA 1OIBA 2PVUA 3S4UA 2O1MA 3CSBA 3GBBA 4KYDA 4QSCA 3LSFB 4DCXA 3VXCA 1BTJA 4DXUA 1YAEA 1AIVA 5H8QB 3R7XA 3V5AA 5B70A 3OO7A 3VVDA 3DP4A 4ELPA 3L6GA 3EHSA 2IEEA 5ISUA 3MAMA 5FHMA 4QRZA 1FQFA 2O69A 1XVXA 3E13X 3EQ1A 3UN6A 2DYXA 4P11A 2XXYA 2AL5A 1L5TA 1JVXA 3IK6B 5CBRA 4BDOA 4YU0A 4TQUQ 5H8NA 4RJZA 1ZKBA 4H1XA 4IO4A 1P1OA 5I57A 3K6UA 3TUSA 3TPAA 2HCAA 3KOTA 4IO3A 1PEBA 1A7LA 1URGA 2DXYA 5AA4B 1QUJA 4GL8A 2H9BA 1SVXB 4MF3A 4G77A 3TQLA 1QKAA 1XVYA 4I9DA 1PB9A 3MC2A 4ZS9A 3QUFA 4GIZA 4NF6B 1JW4A 1UTBA 4JBZA 1MS7A 4QF9A 4ZEIA 1FTKA 4BLAA 5JK4A 3HO7A 5I56A 2Z8DA 3D4CA 2XXIA 2DWAA 2P0SA 2BJJX 4YZZA 3N6UA 3OOAA 3SEYA 3FASA 2DWIA 3DELB 2F34A 3EPEA 4KHZE 4JDFA 5J1DA 1AL3A 1LB8A 4Q0CA 1XT8A 1MG1A 3VVFA 4JSDA 2OZZA 4YB5A 1JW5A 3FVGA 4OFOA 1N3XA 5AA2D 3JZJA 5I84A 1NNKA 2OJTA 5H8NB 1S7YA 3CG1A 5I57B 2OBGA 3CFZA 2R71A 4KFQA 4IY6A 3ZKKA 5I59A 2REGA 2VGQA 4U4XA 1SDXA 1VE4A 4IO2A 4DCYA 2O6AA 3KSXA 4C0RA 1GR2A 3TTLA 1DPPA 1UTBB 1WDNA 4E0WA 1LB9A 1R1NA 3TODA 3KN3A 3ZSFA 2GHBA 5I56B 2O7IA 4C1TA 3LBSA 2V84A 3UP9A 4HW8A 4YMBA 3RLFE 1JEVA 4PQJA 1D3KA 4YB6A 5BWJA 3IAZA 4ZEBA 1EU8A 1UTHB 1TFAA 1MQHA 1IITA 1SI1A 3K2DA 3EHTA 2UVJA 2CMOA 3C9HA 2ZNSA 4TLLB 3FV1A 3UA8A 1F9BA 5BUUA 1M5FA 5KCJA 3CI8A 4F2QA 3S9MC 5I59B 4F39A 1NKXA 2QMXA 2UYEA 5JTYA 2LAOA 2XX7A 3FUZA 3SKPA 3I6VA 1ZTYA 2FA7A 3N5LA 4GWOA 2F7BA 3G3IA 2DE3A 4KYSA 4F1UA 1M5DA 4ONYA 4Q8RA 3N6TA 4OHNA 2I49A 2I4CA 3LSWA 4RYAA 2XXQA 1FQCA 4O3CA 4O3AA 4DE8A 4U21A 3K1NA 1POTA 2O1LA 2AIXA 3N94A 1FTJA 5KCJB 4ZE9A 3H6WA 4IB2A 4U2RA 3H03A 2DS9A 5AA2A 4PE5B 1HSJA 3DP6A 4WXJA 1FQEA 4PFTA 5JTYB 4X9TA 3TQWA 2F8DA 3IOUA 2V93A 2OK2A 1EZ9A 2H5YA 2B3BA 4YKJA 1IEJA 3TTMA 3THIA 4NF8A 3T96B 3PUVE 1JW1A 2AL4A 4QSDA 1MDP1 2PX1A 4IO6A 2YLNA 1B51A 4U1ZA 2F6PA 1A54A 2X7PA 3W9WA 3GXAA 1B7UA 4R73A 4M4GA 4ESXA 3S2VA 2D21A 5FTIA 2G93A 1P1NA 1P99A 4BDRA 5I2NA 3G7WA 3G3GA 3VXBA 1A8FA 1VSOA 2WKYA 1Q1KA 2Z8EA 1R9LA 2B65A 2XXVA 3RY3A 3W9VA 2QS2A 2YJPA 3MP6A 4OYVA 3V83A 3T9HB 3SEUA 2YPNA 1NNFA 4RK9A 2R9JA 3FJGA 1B3LA 1KWHA 2RCBA 1ZIUA 1Y1MA 4R2FA 2ZYKA 4H5GA 1B52A 1SD3A 3HN0A 4F1VA 4P0GA 3O28A 4XKRA 1FTLA 3PGFA 2ESNA 5I2NB 3TZAA 1N7WA 3M3KA 2PT2A 2XXHA 2OLBA 5KDTA 3MJNA 2Y7IA 2RC9A 4G8MA 2VHAA 1IXCA 2V25A 4EF1A 4FJPA 3RN8A 1LBBA 5EYFA 2RC7A 4IY5A 1FCKA 3LC8A 2RCAA 1H45A 5FHOA 4LATA 1B05A 5F7VA 1B2HA 3TCFA 3RT6B 1XS5A 3MWBA 3Q29A 2XXRA 3K6XA 3OO6A 1IIWA 1IXGA 3PPOA 3PPPA 1OQGA 3O2AA 4EDPA 1LSTA 2HXWA 3H3GA 3EF7A 1XC1A 3HSTA 3DLNA 4R6KA 3IX1A 3E4RA 4GD5A 3OENA 1JEUA 3MVWA 1Y9UA 1MQIA 3OSRA 2DQVA 5KDTB 2DXRA 1S50A 1B1HA 1FTOA 4NTLA 2A5TA 3TTRA 1OLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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