4I9DA

X-ray structure of nika in complex with fe-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n'-methyl
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Metal transport
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title An artificial oxygenase built from scratch: substrate binding site identified using a docking approach.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 171
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2012-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i9dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i9dA01
2B4LA 1QUJA 4BDLA 3VLUA 4NF6B 4GL0A 3H6WA 1B0HA 3S4UA 5H8HA 4NMYA 1S50A 1D3KA 3K01A 3W15C 1LCFA 2Q2AA 2H25A 1PBQA 1Y4CA 4IGRA 4RXLA 4Q0CA 5I2NA 2A5SA 1P1NA 3TTMA 1NNKA 3MVWA 1POTA 1XOCA 4THIA 3HPIA 4LQ5A 2XXUA 3DRJA 1BLFA 1NNTA 5DEXA 1B9JA 2I49A 4ELOA 2V25A 5FTIA 3RLFE 3LUYA 4ZEIA 4X1DA 1MY3A 3WAEA 1QULA 3ODBA 3MZBA 1SD3A 5KZTA 2DE3A 2F97A 2B3FA 2ZNSA 5FHMA 1DTZA 4E0XA 4MLVA 2XXIA 4DCXA 3TCHA 1PB8A 1M5EA 2G29A 1Y1MA 1CB6A 5ITPA 2ZNUA 3VDFA 1B5JA 1BKAA 4LQ2A 2Y84A 3VE1B 3M3FA 1B58A 1SW2A 1TFAA 3FJGA 1HSLA 5I2KB 3PUYE 4PFWA 3IB0A 3RY3A 1QUKA 3KSXA 3LSLA 2M8CA 2B65A 3IK6B 1SDXA 1B3GA 4M1VA 2OWTA 1T0KA 3SDFA 1IXIA 1CE2A 3TTLA 3W9WA 5K2XA 3B6TA 4LONB 4OERA 5BUUA 5TP9A 2WOLA 4U21A 1QKAA 3O9PA 1GTKA 5CMKA 1ZU0A 3K6WA 4Z7EA 1GV8A 2O84X 2F5XA 4FE8A 3O28A 4F39A 4ZZAA 4PFUA 4XIGQ 4H1XA 3MWBA 4XXUA 3RNNA 1P1WA 1MH4A 4ZZEA 4EDPA 2QJEA 2ALUA 2Z8EA 2NOOA 5FHNA 3KG2A 3CRBA 3V83A 1Q35A 2PBWA 4RYAA 3TMGA 4U1OA 2WKYA 4RJZA 2QPQA 3OENA 3KZGA 2F34A 4LP2B 3C35A 3I6VA 1R9QA 4NTLA 1XVYA 1WODA 2RCBA 3S2VA 5CC2A 4XKRA 2XXQA 4YMBA 4EQBA 1TXFA 3G3FA 4DZ1A 3G3JA 3MPKA 3PUXE 5CI5A 2Q9TA 3VFJA 3TQLA 4F3BA 3LSXA 3ILTB 1B2HA 1B3EA 3PU5A 3IOTA 2XD3A 1L5TA 1FQDA 4LUBA 1F9BA 2I3VA 3IAZA 2OLBA 3FVKA 2ZNTA 3PMXA 3S9NC 2HZLA 3T22A 3MJNA 4R72A 1Y3NA 2R71A 1B3HA 3VVFA 3CIJA 4H8IA 3PMWA 3UA8A 2UVIA 3E9XA 3FZVA 3B6QA 5H8NB 1LCTA 3DRGA 5I59B 3G3KA 3C31A 4ZE9A 5EYFA 4U1ZA 1ZIUA 2UVGA 4PFYA 2PT2A 3TQWA 4H6DA 1AIVA 1IZ1A 4ELQA 4ZECA 4U23A 4GF8A 3O97A 1H3DA 4N6PA 1NH8A 1N76A 3TPAA 3K4UA 4H5GA 3B6WA 2HZKA 1LGBC 4FATA 3TTRA 3DELB 4YB6A 4HTGA 3GBAA 2H9BA 3IO6A 1Y20A 4HS7A 5AE4A 2IEEA 1UTBA 1O7TA 4F1YA 4POWA 1MQIA 4QSDA 3CI8A 4LZ8A 4F18A 1R1NA 2Q8JA 4Z0IA 4ZEFA 2ZYKA 1YCJA 1O63A 3MW0A 1WVJA 1S7YA 4EF1A 3C36A 4HW8A 3RYAA 5AA4A 5A5XA 3PV0E 3IL1B 2Y7KA 1MPDA 2H98A 1SI0A 1MY0A 4BLAA 2G93A 3SEUA 3TCFA 1O64A 3RGYA 1VE4A 3MZ9A 4POXA 3HHGA 2XXTA 4H67A 3I3VA 3T9XB 4JWOA 4EQ9A 3H06B 2DXRA 1A40A 1DSNA 4F29A 5JK4A 4F2OA 2FA7A 3KSJA 1I6AA 1GR2A 3N26A 3FUZA 1FQAA 2Y7PA 1PBPA 3CFXA 3E4RA 1B7UA 3W9VA 3DP8A 4F1UA 3TCGA 3SEVA 2V84A 4OFOA 2O69A 3USDA 4RK2A 3FXQA 2O1LA 3CVGA 3ZKKA 4KCDA 3N6TA 4WKMA 2F6PA 5FTHA 2QS3A 5TPAA 4G8MA 3AXFA 4QFNA 1MPBA 1A55A 4BDRA 3UP9A 3FATA 1FTOA 3IR1A 4YICA 4GLIA 4RPNA 2YPNA 4NEDA 4OWDA 1OMPA 4ZEDA 1DTGA 5AA3A 4NF4A 1MY2A 3RTWB 1US4A 3N6UA 2DOJA 1H44A 1OVBA 5HM4B 3QYTA 3QSLA 4OXVA 3CFZA 4M4GA 1SW1A 1POY1 2D3IA 3BFUA 3D4CA 3PUZE 3DRIA 4YKIA 4PP0A 1B52A 5CBRA 3R26A 4I8CA 3OD7A 5LOMA 3RN8A 2QS4A 2XD2A 2HAUA 5H8HB 1ZJLA 1B1HA 4FAJA 1MXZA 2PYYA 1JEVA 4H8JA 1WDNA 5I2NB 4LZ7A 3QK6A 5CMMA 1VFDA 3C4MA 4KPTA 4R73A 2XXRA 1Q1KA 2QRYA 4EUOA 5ICTA 3KBRA 3T9VA 3MBPA 4PFTA 1LAXA 2A5TA 1MQGA 3MP6A 2VGQA 3M3LA 5DEXB 1NMUA 3ZSFA 3MQ9A 3Q29A 4RK9A 5DT6A 1MDP1 1A54A 1FCKA 5F1QA 3DRKA 3PD9A 3D4GA 3SEWA 3SETA 2ABHA 4OQOA 3SEXA 2ONRA 3MAMA 2B3BA 5I56A 4H5FA 4OEUA 5H8QA 3SKPA 2PT1A 3GZGA 1GGGA 3TUSA 1EH3A 3OSRA 4OTEA 3DP4A 4GWOA 1B05A 2F6GA 2THIA 2UXAA 1II5A 2QMXA 1QKBA 1XS5A 3MVXA 2O68A 2VD2A 4NF8A 1IITA 3QIMA 4WXJA 3FV1A 2QS2A 2D21A 2XX7A 4MH5A 2E1SA 3IX1A 3MVZA 2DS9A 1B4ZA 1VR5A 2F8DA 2KLFA 3KOSA 5AA2D 1MXYA 5J1DA 3IORA 3KN7A 1AH5A 4GXSB 3ZS6A 2V3UA 1MM7A 3EHUA 4EF2A 3K6XA 3OSQA 1URDA 1B3FA 4U4SA 3G7WA 1XVXA 3HV1A 2AL5A 3RYBA 4QSCA 1B5IA 3Q27A 5TP9B 3O6HA 3B7DA 4GXAA 1TT1A 4ONYA 2AYSA 1B4HA 1MG1A 2DE2A 4KCCA 5TU0A 4JB7A 1SYIA 4QFLA 1VSOA 5AA2A 1JW4A 2YJPA 1B1XA 5IAIA 1M5FA 1FQFA 1MQJA 1DOTA 5CM6A 5JTYA 3KGCA 2X7PA 4FORA 1N3XA 1QUIA 4KFQA 3FTOA 3S9EA 4GFRA 3E13X 2QS1A 1N84A 1FTKA 3RT8A 1MXVA 1I6QA 2DWAA 1SVXB 4MLQA 1SYHA 1ANFA 1Y4TA 3FGSA 4YB5A 4ZEBA 3LSWA 2ONSA 4FJPA 3CFLA 4I1DA 1B32A 4H65A 1LB9A 1N3WA 5KCJA 3H6VA 3PMVA 4KQPA 2Z8DA 4TOZA 3MVYA 4RY1A 2H5YA 2Q88A 3T66A 4R6KA 5H8FA 3FD3A 3K1NA 4BDNA 4DE8A 2V93A 4IO6A 3HN0A 5H8SA 4NF5A 1UIUA 4IGTA 5EHMA 3HCQA 2VHAA 3T93B 4R9FA 3N94A 1YAEA 1RYOA 3OEKA 3U1OA 4JDFA 3VVEA 2F78A 1Y3QA 3GBBA 1MY1A 3FIRA 3O6GA 1LBBA 2HQ0A 4KYEA 1H76A 3QUJA 1JVYA 4P0IA 5FHOA 4C1TA 5L9SA 1SBPA 4G8NA 5DVJA 2V3QA 1P1UA 2WOKA 2D5WA 2P0SA 1UTHA 4F19A 5DYHA 4ELPA 3T9HB 1B51A 2RCAA 2F7CA 3EPEA 3VVDA 3HHFA 1QW0A 4YMAA 1B0LA 3L6HA 2O6AA 1UTBB 1FQBA 2RF1A 2HAVA 3QAXA 3M3KA 2O7IA 4FECA 4O3CA 3VXCA 1N7XA 4ELRA 4X48A 3LBSA 3L6GA 4NWDA 2Y7IA 3KJ7A 5AA4B 5A5XB 1LAGE 4G77A 5M2VA 4P0GA 4G2ZA 4ESWA 1OLCA 4UACA 3Q25A 3JZJA 1B7HA 2IA4A 5CRYA 1TFDA 2I4CA 4DCYA 5L9MA 5HBCA 4QFPA 3DM0A 4F3SA 4PE5B 2R9JA 2RC8A 4QFOA 1FTJA 5CMCA 5L9OA 2ESNA 2F7BA 2PX1A 4GIZA 1GVCA 2REGA 4QFKA 4QF9A 4JXIA 3IJOB 4RA1A 1EU8A 3DRHA 2OCUA 4BDOA 3OO6A 4MFIA 1UQWA 3PD8A 3UIFA 4Q30B 3FVGA 3PPPA 1A7LA 4G68C 4IO2A 4HCYA 3V5AA 1EZ9A 3FXUA 1HSJA 4OESA 2OJTA 4H0WA 3PUVE 4F3PA 2DXYA 3TZAA 1MXWA 1JVXA 1NL5A 3K6UA 4GVOA 1NNFA 2RC9A 4LVQA 3MZ1A 4OENA 2FYIA 5TPAB 4ZDMA 3THIA 4IY6A 3O29A 4N07A 2Z8FA 2VD3A 2XX8A 2I48A 4YZZA 2XXVA 2XXHA 5F7VA 2DWIA 4KYDA 4U4XA 5DVFA 1OQGA 4NF4B 4O3AA 4YKJA 3IO4A 3C34A 1PB9A 1M5BA 4FEDA 4DDDA 4GRKA 1Y1ZA 4PETA 1VFEA 1ELJA 2OBGA 2QL3A 1LB8A 5ELVA 1ZBMA 5KDTA 3PGFA 3OOAA 4FIMA 3WAFA 4C1UA 4EXKA 1US5A 3FJMA 3TTKA 3OO8A 2OZZA 2DQVA 3CSBA 3E3KA 2PVUA 1PDAA 4OEVA 5JEIA 3EHSA 4IY5A 4R74A 1EZPA 5I57A 2CMOA 4DIGA 2Z23A 3K6VA 4GD5A 5B70A 3G3GA 4E0WA 4ND9A 2DYXA 4RNSA 4XKPA 2P2AA 1N7WA 1OVTA 2ZYNA 1JETA 5I58A 4F3GA 1ZKBA 3MP1A 1M5CA 1JW5A 2F36A 2A5TB 4MF3A 1MQHA 2RKMA 3SESA 1D9YA 1A8EA 2I0BA 1DPPA 1DPEA 4JWXA 3V89B 3K0VA 2OK2A 1JNFA 1MPCA 3O2AA 1LLSA 1R9LA 1LFHA 4G68A 5ITOA 2VP1A 2XXYA 3EQ1A 2UYEA 2XHDA 3A09A 4ZS9A 5I56B 3U94A 3TTNA 4KI0E 2NXOA 1PC3A 5H8QB 2NVUB 4OFLA 3TFLA 1IXCA 1P1OA 4K3FA 2HEUA 4XKNA 3CG1A 4X1BA 4XKQA 1LBCA 2WOPA 2I3WA 4WEPA 3EN3A 2P1SA 2HFBA 4NF8B 4YAHX 3T9UA 1AL3A 3F11A 4RPOA 3QXMA 3PPQA 2GFEA 3K00A 1SQYA 1TWYA 2VOZA 3JV9A 4NF6A 1OQHA 3O6PA 2XXXA 1XHYA 4DXBA 4IO4A 2ONKE 3FV2A 3BKIB 3PAMA 1ZTYA 3MP8A 4OETA 3U72A 3LVUA 1BP5A 1MS7A 1DMBA 2REJA 1UIVA 1P1QA 5I84A 5ISUA 3H7MA 3PUWE 3FASA 3GLBA 3JYRA 5DVIA 3UK4A 4F2QA 1JW1A 1D9VA 2O1MA 5AA2B 4R2BA 5JTYB 2X7QA 2B4MA 2QSXA 3O66A 3KN3A 4FEBA 1MXUA 3Q26A 3CHGA 1A8FA 1JQFA 4R9GA 1Z7NE 3OMBA 4YU0A 2Y7WA 3A3UA 1OIBA 1NH7A 1ATGA 4OYVA 3SERA 4AB5A 3KEIA 4WEDA 3MC2A 3RUMA 4Q5TA 3U93A 1MH3A 4IO3A 2RINA 3KOTA 3O6IA 1Z7ME 2AL4A 4AQ4A 3HSTA 2F35A 5I2KA 5KCJB 4YKKA 1FQCA 4L17A 3LSFB 1LFGA 5K2YA 2PMSA 2UVHA 3RPWA 4F31B 3IOWA 3H6UA 1MRPA 4F22A 3C32A 1H43A 3TEPA 1IUDA 1IXHA 2I0CA 2OWSA 3H3GA 2DWJA 3LC8A 5H8FB 3TAJA 1ZLQA 1B3LA 4JBZA 2HXWA 2HCAA 1SW4A 1YTVA 2ANJA 5HPQA 4YB7A 4NF5B 3K2DA 4LATA 2GH9A 1Y3PA 3TDJA 3RT6B 2NWJA 3GXAA 1FTLA 4C0RA 3T96B 4LZ5A 3DP6A 3V8XB 3EF7A 2H4IA 3FVNA 3PPOA 1UTHB 3HO7A 4X9TA 1M5DA 2ZXTA 4JWYA 3H4ZA 1USYE 4NE4A 1AOVA 1MQDA 3PPNA 5IKBA 3C9HA 2AIXA 1B40A 3I5OA 1MM6A 2DSFA 3K1MA 3KFMA 3FVOA 2XX9A 1JEUA 2DWHA 2Y7RA 3TKDA 1NFTA 3CR9A 3PPRA 1IQ7A 1EZOA 2GRVA 3UORA 4IO5A 2F7AA 1OLAA 1IXGA 4NWCA 3OELA 3FXRA 4OVJA 3VV5A 4U2RA 4TQUQ 4R6YA 2LAOA 3A3CA 4KD5A 2ZMBA 3N5LA 1QJMA 4R75A 4R2FA 4IO7A 4U22A 2O7UA 4ISUA 1J1NA 4JSOA 1USYH 1FQEA 4IB2A 3R6UA 3CSGA 1AMFA 1URSA 4TLLB 2Z22A 1A99A 3UGWA 2DP8A 1PEBA 3ONMA 4GQOA 4ECFA 4P11A 5ICQA 1IIWA 2I6EA 3G3HA 1P99A 5H8NA 3VLWA 1N04A 3H6TA 1FW0A 4I62A 1BIYA 1LAHE 5I59A 1NKXA 3H03A 2ZYOA 4MBPA 1XT8A 4KHZE 3KJTA 3BBRA 2DVZA 3ILUB 4N13A 1NNPA 3VXBA 1LFIA 3QUFA 1HSEA 4YKPA 4O3BA 2H99A 1S9TA 3C33A 3MUQA 3U92A 1URGA 2DE4A 1PB7A 1MDQA 4OMBA 4EXLA 3MPLA 3IOVA 4AB6A 4QSEA 4I9DA 1LSTA 2Q89A 3S9LC 2NUVA 4KR5A 4PQJA 3IOUA 1R6ZA 3CG3A 3G3IA 3VLVA 4GL8A 2QMWA 3Q28A 4ZE8A 4KYSA 3KN8A 2YLNA 4DXUA 4TLMB 3P7IA 4G4PA 2DVCA 4OZ9A 5EHSA 2BJJX 3OO9A 1B7ZA 5BWJA 1IEJA 5DTBA 4BDQA 1B46A 3RQTA 5KDTB 2UYFA 3TELA 4OFJA 4R6HA 3TODA 5CMBA 1RYXA 3OEMA 3OO7A 4UA8A 5CBSA 4F1VA 3RTFB 5I57B 1LAFE 5L8DA 1I6BA 2ZYMA 4QHQA 3OXNA 4XTCQ 1ZMGA 2V3TA 4DLDA 5I58B 4HCWA 4EQ7A 4G8HA 2UVJA 2XXPA 3K1PA 1H45A 2X26A 4BDMA 1QVSA 3TYHA 2I4BA 3IB1A 3U8QA 1SI1A 3SEYA 2W7YA 2Q2CA 2RC7A 2XXWA 1I69A 4ZEKA 1Y9UA 1B5HA 4JSDA 3LR1A 3DRFA 3IJXB 4Q8RA 4G68B 3BFTA 5AA1A 2CZLA 3ZKLA 4GOTA 3IB2A 4DXCA 1RKMA 3ECRA 1MY4A 3K02A 1B6HA 2GHBA 1FTMA 2E0SA 2O51A 1YPNA 1D4NA 1SW5A 3R7XA 1XC1A 4LA9A 3EHTA 4OHNA 4QRZA 1MXXA 5B7DA 3UN6A 1BTJA 2GHAA 3DLNA 3FJ7A 2R6GE 2I58A 1KWHA 4ESXA 1N0TA 3S9MC 3M8UA 2FNCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YXIA 5ET7A 2B4LA 1QUJA 4BDLA 3VLUA 4NF6B 4GL0A 3H6WA 1B0HA 3S4UA 5H8HA 4NMYA 1S50A 1D3KA 3K01A 3W15C 4KXPA 1LCFA 2Q2AA 2H25A 1PBQA 1Y4CA 4IGRA 4RXLA 4Q0CA 5I2NA 4GWWA 2A5SA 1P1NA 4PBQA 5T3JA 3TTMA 1NNKA 3MVWA 4N6DA 1POTA 1G0HA 1XOCA 4THIA 3HPIA 4LQ5A 2XXUA 3DRJA 1BLFA 1NNTA 5DEXA 1B9JA 2I49A 4ELOA 2V25A 5FTIA 3RLFE 3LUYA 4ZEIA 4X1DA 1MY3A 3WAEA 1QULA 3ODBA 3MZBA 3FXBA 1SD3A 5KZTA 2DE3A 2F97A 2B3FA 2ZNSA 5FHMA 1DTZA 4E0XA 1BK4A 4MLVA 3BIHA 2XXIA 4DCXA 3TCHA 2GQ1A 1PB8A 1NV3A 1M5EA 2G29A 1Y1MA 1CB6A 2ZZXA 5ITPA 2ZNUA 3VDFA 1B5JA 1BKAA 4LQ2A 1IMDA 2Y84A 4QXDA 3VE1B 4OANA 3M3FA 1B58A 2Q8MA 1SW2A 1TFAA 3FJGA 1HSLA 5I2KB 3PUYE 4PFWA 3IB0A 3IFAA 2XWOA 3RY3A 1QUKA 3KSXA 3LSLA 2M8CA 2B65A 3IK6B 1SDXA 1B3GA 4M1VA 2OWTA 1T0KA 3SDFA 1IXIA 1CE2A 1IMBA 3TTLA 4NF0A 3W9WA 5K2XA 3B6TA 4LONB 4OERA 4O7IA 5BUUA 5TP9A 2WOLA 4U21A 5ET5A 1QKAA 3O9PA 1GTKA 5CMKA 1ZU0A 4MMPA 3K6WA 4Z7EA 1GV8A 2O84X 2F5XA 4FE8A 3O28A 4F39A 1LBWA 4ZZAA 4PFUA 4XIGQ 4H1XA 3MWBA 4XXUA 2XWKA 2F3BA 3RNNA 5A5LA 1P1WA 1MH4A 4ZZEA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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