4I9DA

X-ray structure of nika in complex with fe-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n'-methyl
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title An artificial oxygenase built from scratch: substrate binding site identified using a docking approach.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 171
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2012-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i9dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i9dA01
1AIVA 1MG1A 3MP6A 1EZPA 1JQFA 3O6GA 3VLVA 3H6VA 4F31B 2Q88A 1B7HA 4ELOA 4LZ7A 2ZNTA 1IIWA 4OWDA 1T0KA 5IKBA 5AA4B 4YB6A 1QKBA 2F5XA 3ZKKA 3KBRA 4ISUA 2Y7KA 1R6ZA 3G7WA 3GBBA 4DCYA 3UIFA 3HHFA 1B51A 3PPNA 4FAJA 5I2NA 2Z23A 1H45A 4PFUA 1SQYA 2QS4A 4RXLA 4KD5A 3VFJA 1UTBB 5I2KA 3C32A 1LB9A 3P7IA 3T66A 3KOTA 3TTRA 2RC9A 4XKNA 4O3BA 3QK6A 1B7ZA 4GWOA 4NTLA 3FJ7A 3T96B 1MDQA 2ESNA 1GVCA 3PUXE 5ICQA 5I58B 1LB8A 2QMWA 1ZBMA 1Y3QA 4EQBA 1AOVA 1VR5A 3H4ZA 1R1NA 3FGSA 1QVSA 2NVUB 3LVUA 4HCYA 3K0VA 1NNPA 1B0LA 4ZEBA 4EQ7A 1QUIA 1XT8A 1M5DA 4DXBA 4RNSA 3VVDA 2NUVA 3TKDA 3M8UA 1HSEA 3M3FA 1EU8A 4N13A 3ILTB 2Y7RA 3T9XB 3CFZA 1YCJA 2QS3A 3SKPA 4LONB 1LAHE 2GHBA 3PMVA 1XOCA 3LUYA 3L6GA 2ZXTA 3UA8A 2HXWA 3K1NA 4XIGQ 5H8HA 4QRZA 5I57B 4NF8A 1PBQA 1FTKA 4GRKA 3T9HB 1NNTA 1POTA 4KI0E 1EH3A 3FUZA 5B7DA 3S9NC 1P99A 5LOMA 3DP4A 1BIYA 4BDRA 2R6GE 2OJTA 2F35A 3K6WA 1ZJLA 3OSRA 1LAFE 5DVJA 3SEXA 3BFTA 4ZDMA 1QW0A 2V84A 5H8NB 4KPTA 2WOLA 2OWTA 4EF1A 4YMAA 5AA2A 4OENA 4RYAA 2QPQA 3OMBA 4ZZAA 1A99A 3TCFA 5H8SA 1MY0A 1BP5A 4RPNA 3QSLA 5I59B 4POWA 3KN3A 2DVZA 4AB5A 4R9GA 4F2QA 5JEIA 2RKMA 5HPQA 2M8CA 4TLLB 1NFTA 3U92A 4RA1A 2ZYOA 4F1YA 5I84A 1B3LA 1MY1A 3RLFE 1NH8A 4UA8A 1N04A 1Y3NA 2E1SA 4F18A 4HTGA 3W9WA 1FQEA 3O97A 1PB7A 4GL8A 2VP1A 1I6QA 3CIJA 4R2FA 3GZGA 4OZ9A 1FW0A 1B3EA 4QFPA 4YMBA 3U72A 4JDFA 1AMFA 1FQFA 3FVGA 2HZKA 4U4XA 3KGCA 3PUVE 1XC1A 1OQHA 3M3LA 3DRJA 2Q89A 4XXUA 4P11A 2ABHA 1JVXA 1TXFA 2GFEA 4FJPA 2UXAA 3MVXA 1AL3A 1H44A 2Y7PA 2Z22A 2CMOA 4C1TA 3MW0A 4QFNA 3IJXB 1XVYA 3SEWA 4EQ9A 1GTKA 5DYHA 2WOKA 1MQHA 1MS7A 1II5A 1VE4A 3G3KA 5I56A 4YKIA 1H3DA 4QFKA 4IGRA 4F3GA 1LAGE 3H6TA 1LLSA 3TMGA 4OERA 3LSXA 3OEKA 3AXFA 2RCBA 3U1OA 2DE4A 1N84A 2OK2A 3ILUB 4JWOA 5TU0A 2XXWA 1PB8A 4THIA 3R26A 3MPKA 1MXZA 1QJMA 4F3PA 2XD3A 3I6VA 4OFJA 2VOZA 3DRFA 2CZLA 2HFBA 3UORA 3F11A 4X9TA 4Q30B 1B0HA 4OFLA 3HHGA 3OELA 1FQCA 2F7CA 3E3KA 4NF6B 1URSA 3DP6A 1A7LA 2ZNUA 4U1OA 3SEYA 4MLQA 1IXCA 2ZNSA 1FQAA 4G68B 1IXGA 1XHYA 1FQDA 1MH3A 3IOUA 4KYDA 5TP9A 4FE8A 4BDMA 3CG3A 3KSXA 2XX9A 1EZ9A 1A8EA 1D4NA 4LZ5A 4YKJA 3C36A 4NF8B 1MPCA 3K6VA 4H8JA 3KJTA 1KWHA 5CMKA 1IQ7A 2OCUA 2XX7A 1Y1MA 3N26A 4R73A 2F7AA 3DRHA 3ZSFA 4R2BA 4R72A 2Z8EA 2XXRA 2ZYMA 4TQUQ 1S7YA 3EPEA 5FTIA 5AA3A 3G3GA 4OQOA 2I49A 3WAFA 1MM6A 2OWSA 3VLUA 4H1XA 4H5FA 1IITA 1TT1A 4TLMB 3CR9A 5IAIA 4I1DA 4H65A 1O7TA 4ECFA 4ND9A 1A54A 2PT2A 4G2ZA 3W15C 4NWCA 3DRGA 4GD5A 4F2OA 4R6KA 2PYYA 3VLWA 4F1UA 3MPLA 4WXJA 4FECA 5EHSA 2RF1A 2F36A 2AL4A 1R9LA 2R71A 2UVGA 1MM7A 4HS7A 1M5BA 1TWYA 5CBRA 3U93A 3D4GA 4QFOA 4ONYA 3OO9A 4BDQA 1HSLA 1Y9UA 4N07A 4RPOA 1SYIA 3KFMA 3A09A 1TFDA 2G29A 2AYSA 1ZMGA 4EUOA 4XKRA 3L6HA 3KSJA 2ZYNA 3FTOA 4BDLA 3E9XA 1UQWA 4R74A 1LFGA 2E0SA 3LR1A 3S4UA 3VVFA 5F1QA 5CM6A 1N7XA 3RPWA 5ITOA 1N3XA 2F97A 3TTNA 3GLBA 2FNCA 4EXLA 3MZBA 4U4SA 2ANJA 4RJZA 3VXBA 2UVHA 4YZZA 3EF7A 1A55A 1MY4A 2A5SA 1Y4CA 3IB1A 3HCQA 5TPAA 3D4CA 1CB6A 2VHAA 4BLAA 1LBCA 3EN3A 4FORA 3HV1A 2HAUA 3Q28A 1LFIA 4GVOA 4OEUA 1A40A 3EHSA 1PEBA 4OTEA 1SW4A 3OOAA 2B4LA 1IXHA 3UP9A 1MQGA 4JSOA 2UVIA 1MY3A 2AL5A 3FXQA 1B7UA 1DPPA 2RC8A 2I0CA 3OO6A 4WEDA 5BWJA 1Z7ME 4U21A 4QSDA 3B7DA 3PPQA 3IB0A 4ZE9A 3O6HA 1URGA 1B3GA 1VFEA 2UYFA 2G93A 1GGGA 2PX1A 2W7YA 3MBPA 3PMWA 2BJJX 2DSFA 2WKYA 4IB2A 3VXCA 5DEXB 3LSFB 1Q35A 4IO5A 2XXXA 3S9LC 3OXNA 3KEIA 4XKQA 5DTBA 1FTMA 5TP9B 3A3CA 3TFLA 3V83A 4ESXA 3PMXA 3MZ9A 5F7VA 3OO7A 4G8HA 1B3FA 3DRIA 3V89B 3MC2A 1ZIUA 1USYE 2DXYA 3O28A 4JBZA 4LZ8A 4U22A 3K4UA 3CSBA 1O63A 5A5XA 5CBSA 1B1HA 3EHUA 4H6DA 3CFLA 1FTJA 4K3FA 1P1OA 2AIXA 4DE8A 3OSQA 5H8FA 1MY2A 4NWDA 2YJPA 3PAMA 5H8QB 1S9TA 3IOWA 4R9FA 2DE3A 4F39A 4NF5A 2REJA 1LCTA 4GF8A 3DLNA 1SW5A 4GOTA 1B05A 1H43A 4M1VA 4ELRA 1IEJA 3IO6A 2A5TB 3M3KA 3IX1A 2XXTA 1XVXA 3PD9A 1MXWA 3KN8A 3Q25A 3ODBA 3S2VA 4NF4A 4P0GA 3TQWA 3FV2A 4YU0A 1QKAA 1VSOA 3KZGA 4OETA 4LP2B 4R75A 3RN8A 2F8DA 2RINA 1JW1A 3VV5A 1Y20A 3K6UA 4Q5TA 1H76A 3N94A 4ZZEA 2HQ0A 4AB6A 1MQDA 1ZLQA 1ZKBA 3TEPA 3PU5A 1MXUA 2HEUA 3RT8A 3T9UA 3LSLA 2D5WA 5KDTA 1B4HA 3GBAA 4I8CA 3O66A 3PUWE 5ITPA 1TFAA 3RY3A 3C33A 2V3QA 2DWHA 2DWAA 1OVBA 4OHNA 2ONKE 4YKPA 2DWIA 4G4PA 1B46A 1US5A 3K00A 1O64A 3TAJA 5JTYA 4F19A 2V3TA 4XKPA 4GL0A 5L9MA 4LUBA 3FD3A 3TDJA 2DWJA 4DZ1A 4LQ2A 2V3UA 3V8XB 1N7WA 1B9JA 2HCAA 3TQLA 4H0WA 2DYXA 4H5GA 3PGFA 5I2NB 3CHGA 4RY1A 1LGBC 2O69A 5FHMA 1SW1A 4PFYA 4GQOA 1NH7A 5I2KB 3FIRA 3SDFA 5AA4A 5CRYA 2THIA 1UIUA 3BBRA 2D21A 1OLAA 1JEUA 4PE5B 2V25A 1EZOA 1IZ1A 1SI0A 4PP0A 3V5AA 1PB9A 1PC3A 3QYTA 1ATGA 1WDNA 1N76A 2XXQA 3CI8A 4FIMA 3I5OA 5KCJA 1URDA 3TTKA 1UTBA 3H03A 1N3WA 1HSJA 2NOOA 4YB5A 3UGWA 3C9HA 2QL3A 4FEBA 3C35A 3HPIA 4ZEDA 4DDDA 2DXRA 5I58A 1A8FA 3SESA 3IB2A 4OMBA 4G8MA 4TOZA 3JYRA 3JZJA 2O7UA 1QUJA 3RYBA 2HAVA 1OQGA 5CI5A 1DSNA 1MH4A 2DP8A 3KOSA 3PPOA 3MVWA 2XHDA 1D3KA 4WKMA 5H8HB 4GXAA 1YTVA 2UVJA 2OBGA 1FTLA 4IO4A 3O2AA 5H8FB 4IY6A 1SYHA 3E4RA 5AA1A 4GIZA 1B2HA 1ZU0A 1UIVA 2QJEA 2ZYKA 3DM0A 1IUDA 4JWXA 3FVKA 1US4A 3EHTA 5FHNA 3LSWA 3H3GA 1SVXB 5AA2B 5I57A 4JSDA 1NL5A 5B70A 1RYOA 5AE4A 4G77A 3H6WA 1LBBA 2ONSA 1RKMA 1SW2A 3TZAA 5KZTA 4BDNA 1R9QA 4YB7A 1QULA 4F29A 3G3IA 3FASA 3MP8A 3IR1A 5H8NA 1NNKA 1UTHA 4AQ4A 1ZTYA 4F22A 3G3HA 1MQJA 2I4CA 4ELQA 4KYSA 5DVFA 1Z7NE 4DLDA 3RTFB 1JEVA 1MPDA 5EYFA 4GFRA 2P0SA 1NMUA 2QS1A 3MVYA 4ZE8A 1YPNA 3MJNA 5I59A 3O6PA 4IO2A 4M4GA 4EXKA 3PUYE 2XXHA 1F9BA 1L5TA 3K6XA 2I4BA 2F6PA 3TYHA 4X1DA 3QXMA 3PUZE 3U94A 2IEEA 4P0IA 4U1ZA 4Q0CA 2F34A 3QIMA 1JVYA 3PPPA 4ZEFA 1B4ZA 3U8QA 3R7XA 5ELVA 4R6YA 4OEVA 3FATA 2H25A 2ZMBA 3MQ9A 4OVJA 3TCGA 3N6TA 1GV8A 4LA9A 3HO7A 5JTYB 1XS5A 3KG2A 4UACA 3TPAA 3BFUA 1RYXA 1B6HA 5I56B 4QF9A 3QUFA 2OZZA 2DS9A 3K1MA 1SI1A 2UYEA 1M5FA 4X48A 1MRPA 5ISUA 3SETA 1WVJA 1I69A 3N6UA 1QUKA 4R6HA 3K2DA 1GR2A 4X1BA 1Q1KA 4Z7EA 3OD7A 1MDP1 3R6UA 2RCAA 3FJGA 4IO7A 3HN0A 4I62A 5BUUA 3IOVA 2ALUA 4H67A 3K02A 2H99A 2GH9A 4I9DA 4ZS9A 2P1SA 3VDFA 1B5HA 2RC7A 2Q2AA 4DCXA 1BLFA 3IJOB 4KFQA 1Y4TA 5KCJB 1DTZA 3ECRA 3TODA 5L9OA 2Z8FA 1SBPA 1B5JA 4ZECA 1P1UA 3VE1B 1VFDA 1LFHA 4QSEA 3RYAA 3LBSA 4PQJA 1P1QA 2FA7A 4YAHX 4RK2A 4IO6A 4KHZE 1P1WA 4NMYA 3WAEA 3FVNA 2PBWA 2H98A 3JV9A 4QFLA 1P1NA 3C31A 2H4IA 2XXUA 4NF6A 3LC8A 4C1UA 3IO4A 3UK4A 3O9PA 4G68A 1FQBA 4OYVA 2O51A 3T22A 4POXA 4PETA 4LATA 3H06B 3S9EA 2ONRA 3QUJA 2X7QA 5HM4B 4MBPA 4HCWA 3FV1A 4F3BA 3DP8A 3K1PA 3VVEA 2DVCA 1M5EA 2LAOA 1FCKA 2F7BA 5FTHA 2WOPA 1Y3PA 3ONMA 4ESWA 2OLBA 1MPBA 1B5IA 3I3VA 3B6WA 5L9SA 3DRKA 1MXYA 4LQ5A 1J1NA 2DQVA 3DELB 1UTHB 5CMMA 4E0XA 1B1XA 1JNFA 1Y1ZA 1I6AA 2DE2A 1JW5A 1OLCA 4OXVA 3IOTA 1DOTA 1JW4A 2PT1A 4JWYA 2VD2A 4KYEA 1LCFA 1PBPA 2REGA 3G3JA 3RGYA 2PMSA 3EQ1A 2VGQA 1B40A 1FTOA 3MAMA 3G3FA 1ANFA 2D3IA 1I6BA 3TTLA 2XXPA 3TELA 5DT6A 3T9VA 4JXIA 3BKIB 3IL1B 3MZ1A 4N6PA 2F6GA 2P2AA 1D9YA 5CMCA 2XX8A 2B3BA 2B4MA 3C34A 2XD2A 1ELJA 2O7IA 2YLNA 4G8NA 4U23A 4Z0IA 5TPAB 3SEUA 3Q27A 1M5CA 2GHAA 4OESA 2FYIA 3TTMA 3K01A 4BDOA 3N5LA 1WODA 4HW8A 2Y7IA 4KR5A 2Q2CA 3B6QA 2I58A 1OMPA 4IO3A 4L17A 1DPEA 2I0BA 1D9VA 4MLVA 1N0TA 2Q8JA 4RK9A 2B3FA 4NE4A 4U2RA 3MUQA 3MVZA 4KCDA 2XXIA 3CSGA 3CVGA 5CC2A 3IK6B 2NXOA 4MH5A 2O68A 3Q29A 1DTGA 5HBCA 4FEDA 1B32A 2NWJA 3PPRA 5K2YA 4PFWA 4GLIA 3UN6A 2I3WA 2DOJA 1S50A 2Y7WA 3OENA 4E0WA 2VD3A 3FXRA 4QHQA 2I48A 3MWBA 1YAEA 2I6EA 2O84X 3FXUA 2QS2A 3E13X 1MXVA 2GRVA 1NKXA 2KLFA 5DEXA 4F3SA 1BTJA 2V93A 2O1LA 3RUMA 1LAXA 2QMXA 4F1VA 3RTWB 5A5XB 2XXYA 4EDPA 1PDAA 4ELPA 3RQTA 2Y84A 1SDXA 3T93B 2XXVA 4GXSB 1BKAA 3TUSA 1LSTA 1MQIA 1SD3A 4ZEIA 3RNNA 4JB7A 4LVQA 2I3VA 2O1MA 3IAZA 3THIA 4NF5B 2QSXA 5K2XA 4YKKA 5DVIA 1USYH 3ZKLA 3O29A 3S9MC 3CRBA 1IXIA 5L8DA 1B58A 3QAXA 5M2VA 4G68C 5H8QA 3PV0E 2X7PA 3KJ7A 5EHMA 4NF4B 2Z8DA 1OIBA 1MXXA 1OVTA 3SERA 4EF2A 4Q8RA 3H6UA 2YPNA 3OO8A 5FHOA 1CE2A 4H8IA 2O6AA 2A5TA 4PFTA 5J1DA 3ZS6A 2R9JA 4DXCA 2B65A 5JK4A 1DMBA 3RT6B 3C4MA 4WEPA 3H7MA 4DIGA 2X26A 3HSTA 3TCHA 4MF3A 4ZEKA 4MFIA 3A3UA 3W9VA 3KN7A 3OEMA 3Q26A 4NEDA 3CG1A 1NNFA 1B52A 5ICTA 4DXUA 3FVOA 3B6TA 5CMBA 5KDTB 3FZVA 4KQPA 3USDA 3O6IA 4O3AA 1B3HA 4OFOA 2H5YA 4FATA 4XTCQ 4IGTA 1JETA 3PD8A 3IORA 3GXAA 1POY1 2PVUA 5AA2D 3FJMA 4IY5A 3MP1A 2F78A 1AH5A 4YICA 3CFXA 4C0RA 2QRYA 2Q9TA 2HZLA 2H9BA 3SEVA 4QSCA 4O3CA 4KCCA 2IA4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AIVA 1MG1A 3MP6A 1EZPA 1JQFA 3O6GA 4GWUA 3VLVA 5ET5A 3H6VA 4JVDA 1FJ9A 4F31B 2Q88A 1B7HA 4ELOA 4LZ7A 2ZNTA 1IIWA 4OWDA 1T0KA 5IKBA 5AA4B 4YB6A 1QKBA 2F5XA 3ZKKA 3D1RA 3KBRA 4ISUA 2WYKA 2Y7KA 1R6ZA 3G7WA 3GBBA 4DCYA 3UIFA 3RPLB 3HHFA 1B51A 2R8TA 3PPNA 4FAJA 5I2NA 5DW8A 2Z23A 1H45A 4PFUA 1SQYA 2QS4A 4RXLA 4KD5A 3VFJA 1UTBB 5I2KA 2XA5A 3C32A 1LB9A 3P7IA 3T66A 5I7IA 3KOTA 4NGUA 3TTRA 2RC9A 4XKNA 4O3BA 3QK6A 1B7ZA 4GWOA 2Q74A 4NTLA 3FJ7A 3T96B 1MDQA 2ESNA 1GVCA 3PUXE 5ICQA 5I58B 1LBWA 1LB8A 2QMWA 1ZBMA 1Y3QA 4EQBA 1AOVA 1VR5A 2FHYA 3H4ZA 1R1NA 1D9QA 3FGSA 1QVSA 2NVUB 1FTAA 3LVUA 4HCYA 3K0VA 3B50A 1NNPA 1B0LA 4ZEBA 4EQ7A 1QUIA 1XT8A 1M5DA 4DXBA 4RNSA 3VVDA 2NUVA 3TKDA 3M8UA 1HSEA 2L5VA 3M3FA 5EQAA 2WYPA 1EU8A 4N13A 3ILTB 2Y7RA 3T9XB 3CFZA 1YCJA 2QS3A 3SKPA 4LONB 1LAHE 5IZ3A 2GHBA 3PMVA 1XOCA 3LUYA 2DDKA 3L6GA 2ZXTA 3UA8A 2HXWA 4NQ8A 1YYZA 1FPDA 3K1NA 4XIGQ 5H8HA 4QRZA 5I57B 4NF8A 1PBQA 1FTKA 4GRKA 3T9HB 1NNTA 1POTA 4KI0E 1EH3A 3FUZA 5B7DA 3S9NC 1P99A 5LOMA 3DP4A 1BIYA 4BDRA 2R6GE 2OJTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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