4I9DA

X-ray structure of nika in complex with fe-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n'-methyl
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title An artificial oxygenase built from scratch: substrate binding site identified using a docking approach.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
molecule tags Metal transport
source organism Escherichia coli
total genus 171
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2012-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i9dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i9dA01
1MG1A 5ICTA 5H8FB 4JB7A 1ZIUA 2V3QA 2XXRA 2OBGA 2OLBA 4RPOA 1R1NA 3KOSA 2XXHA 4R72A 3LSWA 5H8FA 4EDPA 5CBRA 3TQWA 4ZE9A 4G68B 2RCBA 5I2KA 3DP4A 2ZNSA 5EHMA 3PD8A 3OXNA 1B0LA 1US4A 3VFJA 3O9PA 3FJGA 3AXFA 4JBZA 1QW0A 2QSXA 2I58A 1B3LA 5I84A 3C4MA 3OSQA 2OZZA 3CFZA 4DIGA 4G68A 3TZAA 4O3CA 4YMBA 1DOTA 2DSFA 2Q89A 3MZ9A 3PGFA 1ZLQA 1SVXB 2VOZA 1PB7A 2B4LA 4F3BA 3DLNA 3THIA 3MJNA 1LCTA 4TLMB 3LUYA 4GFRA 2ZYOA 3IOUA 1SYHA 3EN3A 2I3WA 4OTEA 2I49A 1NNTA 4N07A 4YKPA 5L9MA 3DRHA 4QFOA 4YICA 3KGCA 1ZTYA 3PMXA 4K3FA 4F22A 5TP9B 3MWBA 1CB6A 5ISUA 3DRFA 3MUQA 3CHGA 1B7HA 3T93B 2I4CA 3C36A 3GBAA 3UP9A 1EZ9A 2D21A 3MVZA 1MY4A 3K6XA 4NMYA 1JQFA 3B6QA 1O7TA 3MP1A 1XVYA 4ZZEA 1JW5A 4YAHX 1SQYA 2OWSA 3VV5A 1D4NA 4ELQA 2PVUA 4G2ZA 1N76A 1N84A 1N0TA 3BFTA 2PYYA 3PPNA 4DXUA 4JSOA 4JDFA 2DWAA 4JXIA 1N3XA 1UTBB 1QJMA 4LONB 2FYIA 5DEXB 4GXAA 1R9LA 1POTA 1PC3A 3OO7A 3FASA 3OEKA 5ELVA 2X7QA 4G68C 3Q25A 3TMGA 4HTGA 1DTZA 3SEYA 3C32A 4G8HA 1JVXA 2WOLA 1MDP1 3TAJA 3T9XB 3ODBA 1II5A 3KSJA 1QULA 3TTNA 3MVWA 3FVNA 3O66A 3EPEA 3H6WA 3GZGA 3V89B 1MH3A 1PBPA 4RJZA 3PD9A 5CMKA 2V25A 1B4ZA 3HCQA 2P2AA 1DSNA 3QUJA 3V83A 2H25A 2O68A 3TDJA 2V84A 2XX7A 3RT6B 1FW0A 2RC9A 1B7ZA 1HSLA 3FVGA 2HAVA 1LCFA 3T96B 3K6VA 4OQOA 4KD5A 2RF1A 3U72A 3PUYE 1PBQA 1D9YA 5IKBA 3TTLA 4GLIA 1YAEA 4R9GA 2GHBA 3H6UA 3TKDA 1B32A 2X7PA 3PMWA 5FHOA 4BDMA 5M2VA 3TYHA 2H5YA 1IXGA 1FQFA 1N7WA 2XXQA 3IORA 4KHZE 4O3AA 2NXOA 1MQDA 3K1PA 1OLCA 3G3KA 4OENA 4GD5A 1FQDA 1LAGE 1NNFA 5ICQA 1MXUA 3S9MC 2UYEA 4AB5A 3WAEA 4U1OA 1DPEA 3CSGA 3SERA 4QRZA 4JWXA 4ELRA 1Y3QA 4DXBA 5I2NB 4UACA 4ECFA 1GGGA 4I62A 1IXCA 1B0HA 3VLWA 4R2FA 1JW1A 4IY6A 3A3CA 1Y4TA 3TCHA 4LQ5A 3U92A 4NF6A 4YKIA 3QYTA 5I2NA 1Z7NE 3RTWB 1OQGA 4OXVA 5JEIA 3DP6A 4F3GA 1B2HA 4HCWA 2Y7RA 4YKKA 5IAIA 1MY0A 4BDOA 1URSA 1IQ7A 2P0SA 4GOTA 3LC8A 1MH4A 4RA1A 1SBPA 5KZTA 4E0WA 4Z7EA 2NOOA 1RYOA 2UXAA 5L8DA 2DE3A 3I6VA 2OWTA 3TTRA 1P1NA 4U1ZA 2VHAA 2G93A 1SW1A 3G3GA 1ELJA 3MPLA 4I8CA 1XHYA 4L17A 3K00A 3PAMA 1POY1 5DT6A 3MZ1A 1IXHA 2UYFA 2DXRA 4ELPA 1NH7A 3H06B 3IO6A 4RK2A 4EQ9A 1P1WA 3FXRA 1MS7A 3IB1A 2DOJA 1URDA 2H9BA 1FCKA 2BJJX 3QSLA 3PUZE 1Y1ZA 3QAXA 1A8FA 5J1DA 5JTYB 4QFPA 1UIUA 1OIBA 1B05A 3U8QA 5LOMA 3IX1A 2XXIA 1MDQA 4NEDA 5AA2D 1MQGA 4ZECA 1TFDA 1B51A 2F7BA 4U23A 1P1QA 1UTHB 2DXYA 5H8HA 2B65A 2Z8FA 3O29A 4ZZAA 2D5WA 3N6TA 3MAMA 5JTYA 4R9FA 4OEUA 4MF3A 3RPWA 2Z8EA 1A7LA 1ANFA 3N26A 4AQ4A 3OO6A 4F18A 4QSCA 1UTHA 2Z22A 2OJTA 4KCDA 2XHDA 3OMBA 5DVJA 1URGA 3ZKKA 4G77A 5JK4A 3N94A 3S9EA 3TPAA 3FATA 4BDRA 4EXLA 3SETA 1Y3NA 4KI0E 3H4ZA 5H8NB 4QSEA 1DMBA 2ZNUA 5DYHA 4KYDA 4QHQA 4NWCA 3CG3A 1S7YA 2XX8A 2F34A 5AA2B 2FNCA 1DTGA 2B3BA 5A5XB 1AIVA 2DQVA 4OZ9A 1O63A 4OETA 3H03A 4XKNA 4LVQA 3KEIA 4YZZA 4YB6A 4TQUQ 1B5IA 4O3BA 4RNSA 4P0GA 5AA2A 4LZ7A 3VVEA 5AE4A 5A5XA 5I2KB 3OEMA 1MM6A 2Z8DA 1B5JA 2UVGA 2O51A 4H65A 5ITPA 1IITA 3RTFB 4NF4A 2CZLA 3PV0E 1JVYA 1LGBC 1GVCA 4G8NA 1B3GA 1LB8A 3VLVA 3A09A 5I59A 1MXYA 1N7XA 1US5A 1AOVA 1BLFA 1B40A 4TOZA 1M5DA 3U1OA 2WOPA 4ELOA 4FIMA 1FTOA 4PE5B 4IGRA 4R73A 1Q35A 1Y20A 1B9JA 3GBBA 1Z7ME 4UA8A 3DRIA 2XXVA 1NNKA 3K2DA 1Y9UA 1TFAA 2I0BA 4QFKA 4R75A 3KJ7A 1SDXA 4XIGQ 2XXTA 1DPPA 3IB0A 3HO7A 3V8XB 3RT8A 3IL1B 1MPDA 1P1UA 2QS1A 4ONYA 3CFXA 3IJOB 4N6PA 3RLFE 1NH8A 1BIYA 4F29A 1H44A 3CIJA 3H6TA 5DVIA 1EZOA 2HXWA 3F11A 1B1XA 4N13A 3LR1A 2GRVA 4F1YA 1B3EA 3I3VA 3LBSA 3G3FA 5K2XA 3TELA 4Q8RA 2O69A 3B6WA 4FE8A 3U94A 4HS7A 3BKIB 4OWDA 1OVBA 1ZBMA 3EHUA 3Q26A 1Q1KA 4F1UA 2VD2A 1ATGA 4NE4A 2Q88A 4OHNA 3PUXE 1OLAA 3O6PA 5CMBA 4NF5B 1NL5A 3CR9A 5CI5A 3FVKA 4OEVA 3PPPA 4XXUA 2UVHA 5I58B 4E0XA 3KN7A 4F2OA 4EQBA 2PT2A 3LSXA 3B6TA 4F39A 3JYRA 2Q2AA 3U93A 1HSEA 5F7VA 2I3VA 4NF5A 3Q28A 3ILUB 1WVJA 5TPAB 2DE4A 1QKAA 1YTVA 5I58A 4M4GA 1QUIA 4H6DA 3A3UA 2THIA 4WXJA 1FTKA 4EUOA 2B4MA 5TPAA 3M8UA 3H3GA 4KR5A 1B1HA 3FV1A 3C35A 3SEVA 1XC1A 1JNFA 1SYIA 2XXYA 4ESWA 1LSTA 1VFEA 3M3FA 4LZ5A 3O28A 1Y3PA 3DELB 3IOVA 1MQIA 2GH9A 3VXCA 3SEXA 1RYXA 4MFIA 3IK6B 2HCAA 3ZKLA 2O7IA 1TT1A 1B58A 4YU0A 2M8CA 1H45A 3WAFA 2RINA 1GR2A 2QJEA 3FVOA 2HQ0A 3K6WA 3SKPA 3PUWE 3QK6A 1EH3A 4IGTA 2H99A 1EZPA 3CVGA 3T66A 4LZ8A 3VVDA 4PFUA 1OVTA 4HW8A 2QRYA 4EXKA 4NF6B 3DRKA 3IB2A 1NFTA 2I4BA 3UK4A 2Y84A 2D3IA 1AL3A 4U22A 3DRJA 3PMVA 4LA9A 4PQJA 3PU5A 3C34A 3CRBA 2DWHA 2OCUA 1MXVA 2F7CA 2R6GE 1B3FA 1LB9A 4OFLA 4LP2B 1H3DA 4IO7A 1USYE 4EQ7A 3UN6A 4MBPA 1RKMA 2RC8A 3IR1A 1UQWA 3TCFA 1R6ZA 2ZYMA 2ABHA 2DP8A 4ZEFA 4U2RA 3KFMA 2GFEA 4F3SA 3TTKA 3VE1B 1A55A 2XD2A 5I57B 3TODA 2XX9A 3BBRA 3HPIA 4RXLA 3FIRA 4ZS9A 3T9VA 1A54A 3K1MA 3PUVE 1IXIA 4LQ2A 4C0RA 1XT8A 2O1LA 3OELA 3SEWA 5I57A 2PT1A 1I6AA 3L6GA 2ZYKA 3KBRA 3MZBA 3CSBA 3G3JA 3V5AA 4R6HA 2E0SA 4H1XA 3PPOA 1ZU0A 5AA3A 1D3KA 1MPBA 4JWYA 5H8HB 2V93A 1LBBA 5FHMA 2Q8JA 2Y7IA 3GLBA 5ITOA 3L6HA 1XVXA 4JWOA 3T9HB 1LLSA 3G3HA 2ZXTA 4U4SA 3IO4A 4H8JA 2H4IA 2P1SA 5BWJA 3CG1A 4ZEKA 5H8QA 3IJXB 4DE8A 1MRPA 3HSTA 3RYAA 2R9JA 3FV2A 3CI8A 1FQEA 3KN3A 3KSXA 1B4HA 4GL8A 3ZS6A 3MVYA 5BUUA 1FTMA 3OD7A 4FATA 1XS5A 2Q9TA 3H6VA 4BDLA 2Q2CA 2PX1A 2CMOA 3BFUA 1KWHA 2QMXA 1MXWA 4JSDA 2HFBA 2RC7A 3B7DA 4MLVA 1MY1A 3KZGA 4KFQA 1B7UA 1UIVA 4ZEDA 1YCJA 4KYEA 4IO2A 1HSJA 4YMAA 4YKJA 4QFLA 3K0VA 1LAFE 2REGA 1SW2A 4NWDA 2DWIA 4NF8B 4G8MA 1QUJA 1A99A 2QMWA 2XD3A 2REJA 2I6EA 3EF7A 4OYVA 2LAOA 2HZLA 1ZKBA 3M3LA 4DZ1A 1OQHA 5CMMA 3MPKA 2YLNA 5EHSA 3ECRA 3I5OA 4GRKA 4NF8A 4NF4B 3DP8A 2QPQA 3GXAA 4IB2A 4P0IA 1PB9A 3E4RA 5I59B 3Q27A 2OK2A 3TQLA 4U21A 3RYBA 2G29A 3HHGA 1FQBA 4H0WA 3UA8A 3S2VA 4I1DA 5FTHA 2YPNA 2F78A 4R74A 1IEJA 4ZDMA 4MLQA 2XXPA 3FZVA 3C33A 3FXUA 1T0KA 3UGWA 4FEBA 1CE2A 1LAHE 2ZYNA 4RY1A 2UVIA 4PFWA 4ZEIA 2HAUA 2ONKE 1IZ1A 2Z23A 2VD3A 4KQPA 3ILTB 3HN0A 3OSRA 4GVOA 4PFYA 4DDDA 4RPNA 4TLLB 2DE2A 1MQJA 4GF8A 3D4GA 3N6UA 4QFNA 5CBSA 3IOWA 4KPTA 2Y7KA 4GL0A 5CC2A 2V3UA 1M5BA 2YJPA 4KCCA 5CM6A 2VP1A 1VE4A 1L5TA 2IA4A 1VR5A 1NMUA 3HV1A 1A40A 4H8IA 4F19A 3PPQA 3LSLA 4OVJA 3OOAA 1P99A 1TWYA 1JEUA 1LFHA 2HZKA 3H7MA 3HHFA 2VGQA 4NTLA 3PPRA 1IIWA 1SD3A 2Y7PA 3ONMA 3MBPA 5TP9A 3RY3A 3MVXA 1A8EA 2F6GA 1Y1MA 3JV9A 2QS2A 2NUVA 2KLFA 4R2BA 1MXXA 3FJMA 2V3TA 3R7XA 1LFGA 4EF1A 1QVSA 4ZE8A 2F36A 3W9WA 5DVFA 4ISUA 3FXQA 5L9SA 2PBWA 2AL5A 1MY3A 4IY5A 4Q5TA 4X48A 1AH5A 3MW0A 1PB8A 1H76A 3SEUA 1LAXA 4G4PA 2ZMBA 1NNPA 3CFLA 2R71A 4FAJA 4U4XA 4Q30B 2O1MA 3UIFA 4XKRA 1NKXA 1MPCA 4OERA 1UTBA 3G3IA 5DEXA 5EYFA 2ONRA 4XKPA 2ONSA 1BTJA 4OFOA 1Y4CA 4PP0A 4X1BA 3S9LC 4FORA 3FGSA 4R6KA 3FD3A 3IOTA 4LATA 2E1SA 2FA7A 2O6AA 2ANJA 1SI0A 4X9TA 3T9UA 1F9BA 4F31B 2WKYA 4THIA 3K01A 4OESA 3DM0A 3G7WA 2F5XA 2Y7WA 3VXBA 2RKMA 4WKMA 2AIXA 2X26A 3OO9A 3O97A 3W9VA 3K02A 3OENA 2AL4A 3D4CA 4OMBA 1M5CA 3O6GA 4IO3A 1SW5A 4F1VA 4BDQA 4DCYA 4LUBA 2DVZA 1JETA 3MP6A 2QL3A 4R6YA 4F3PA 1LFIA 3R26A 1I6QA 3RN8A 4C1TA 5KCJB 1FQAA 1QKBA 3Q29A 4P11A 2XXXA 1B6HA 1M5FA 5L9OA 2RCAA 3TCGA 2IEEA 3O6IA 3RNNA 2O84X 4GWOA 3TTMA 1B5HA 4QF9A 5KCJA 5DTBA 1S9TA 4FJPA 1YPNA 2DVCA 2ESNA 3C9HA 1B46A 5AA1A 2HEUA 4Z0IA 5KDTB 3UORA 5K2YA 5B70A 1I6BA 4EF2A 2GHAA 3EQ1A 4PFTA 4Q0CA 1PDAA 1S50A 3KN8A 4GXSB 3QUFA 5KDTA 4XKQA 4PETA 3FUZA 2DYXA 2DS9A 3FJ7A 2W7YA 4ND9A 4FEDA 2I48A 1XOCA 1QUKA 3MQ9A 2F7AA 4HCYA 1R9QA 4F2QA 4OFJA 3VVFA 5AA4B 3RUMA 3P7IA 3DRGA 1ZMGA 2F8DA 3O6HA 5CRYA 3SDFA 1VSOA 3VLUA 1WODA 3KG2A 1J1NA 2H98A 3TUSA 1OMPA 5I56B 1FQCA 5AA4A 5H8SA 4IO6A 3R6UA 2QS4A 4MH5A 4ZEBA 1BKAA 4GQOA 2ZNTA 5I56A 1I69A 3O2AA 3SESA 4X1DA 3IAZA 1JEVA 2A5TB 1M5EA 3RQTA 5H8QB 4ESXA 1BP5A 1P1OA 1MXZA 1SI1A 4DXCA 4IO4A 3TEPA 4POWA 2B3FA 4XTCQ 3MP8A 1LBCA 4FECA 1FTJA 3LSFB 3S9NC 5FTIA 4QSDA 1N3WA 4C1UA 2A5TA 2PMSA 1WDNA 2WOKA 4DLDA 2DWJA 3T22A 2I0CA 3KJTA 5HBCA 5CMCA 2NWJA 3QIMA 3FTOA 3W15C 3USDA 1O64A 3VDFA 3OO8A 2F35A 3MC2A 3E9XA 4M1VA 3K6UA 2A5SA 1H43A 4AB6A 1B52A 5HM4B 1EU8A 3TFLA 1MM7A 3JZJA 1SW4A 4YB7A 5TU0A 2XXUA 2NVUB 1D9VA 3QXMA 3E3KA 4POXA 3KOTA 3EHTA 4YB5A 4H5GA 1AMFA 1USYH 3K1NA 2AYSA 1ZJLA 1B3HA 2ALUA 1GV8A 3E13X 1N04A 5FHNA 3C31A 4IO5A 4H67A 1FTLA 3LVUA 4WEPA 4RYAA 2XXWA 1IUDA 1MY2A 1TXFA 1JW4A 2F6PA 2F97A 3N5LA 4WEDA 4KYSA 5F1QA 3EHSA 4DCXA 3ZSFA 1GTKA 3RGYA 1PEBA 2O7UA 4GIZA 3K4UA 2UVJA 3S4UA 5H8NA 4H5FA 3M3KA 4BLAA 1MQHA 2QS3A 5B7DA 4BDNA 4I9DA 1VFDA 4RK9A 5HPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4P1EA 1MG1A 5ICTA 5H8FB 4JB7A 1ZIUA 2V3QA 2XXRA 1FBHA 3B8BA 2OBGA 2OLBA 4RPOA 2WYKA 1R1NA 3KOSA 2XXHA 4R72A 3LSWA 5H8FA 4EDPA 5CBRA 1NV1A 3FBPA 3TQWA 4ZE9A 4G68B 2RCBA 5I2KA 3DP4A 4N15A 1LEVA 4MHFA 2ZNSA 5EHMA 3PD8A 3OXNA 1B0LA 1US4A 3VFJA 3O9PA 3FJGA 3AXFA 4JBZA 1QW0A 2QSXA 2I58A 1B3LA 5I84A 3C4MA 3OSQA 2OZZA 4PGNA 1FBFA 3CFZA 4DIGA 4G68A 3TZAA 4O3CA 4YMBA 1DOTA 2DSFA 2Q89A 3MZ9A 3PGFA 1ZLQA 1SVXB 4G61A 2VOZA 1PB7A 2B4LA 4F3BA 2WBDA 4PCDA 3DLNA 3THIA 3MJNA 1LCTA 4TLMB 3LUYA 4GFRA 2PFYA 4PGPA 5IZZA 2ZYOA 3IOUA 1SYHA 3EN3A 2I3WA 4OTEA 2I49A 1NNTA 4N07A 4YKPA 5L9MA 3DRHA 4QFOA 4YICA 3KGCA 1ZTYA 3PMXA 4K3FA 2DDKA 4F22A 5TP9B 3MWBA 1CB6A 5ISUA 4P1LA 3DRFA 3MUQA 3CHGA 1B7HA 3T93B 2I4CA 4PBHA 3C36A 3GBAA 2GQ1A 3UP9A 1FPBA 1EZ9A 2D21A 3MVZA 1MY4A 3K6XA 4NMYA 1JQFA 3B6QA 1O7TA 3MP1A 1XVYA 2CZKA 4ZZEA 1JW5A 4YAHX 1SQYA 2OWSA 5J16A 3LUZA 3VV5A 1D4NA 4ELQA 2PVUA 4G2ZA 1N76A 5ESYA 1N84A 1N0TA 3BFTA 1KA0A 2PYYA 3PPNA 4DXUA 4JSOA 3D1RA 4JDFA 2DWAA 4JXIA 1N3XA 1UTBB 1QJMA 4LONB 2FYIA 5DEXB 1K9ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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