4I9DA

X-ray structure of nika in complex with fe-n,n'-bis(2-pyridylmethyl)-n-carboxymethyl-n'-methyl
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
498
structure length
498
Chain Sequence
PDEITTAWPVNVGPLNPHLYTPNQMFAQSMVYEPLVKYQADGSVIPWLAKSWTHSEDGKTWTFTLRDDVKFSNGEPFDAEAAAENFRAVLDNRQRHAWLELANQIVDVKALSKTELQITLKSAYYPFLQELALPRPFRFIAPSQFKNHETMNGIKAPIGTGPWILQESKLNQYDVFVRNENYWGEKPAIKKITFNVIPDPTTRAVAFETGDIDLLYGNEGLLPLDTFARFSQNPAYHTQLSQPIETVMLALNTAKAPTNELAVREALNYAVNKKSLIDNALYGTQQVADTLFAPSVPYANLGLKPSQYDPQKAKALLEKAGWTLPAGKDIREKNGQPLRIELSFIGTDALSKSMAEIIQADMRQIGADVSLIGEEESSIYARQRDGRFGMIFHRTWGAPYDPHAFLSSMRVPSHADFQAQQGLADKPLIDKEIGEVLATHDETQRQALYRDILTRLHDEAVYLPISYISMMVVSKPELGNIPYAPIATEIPFEQIKPV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Nickel-binding periplasmic protein
publication title An artificial oxygenase built from scratch: substrate binding site identified using a docking approach.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Metal transport
total genus 171
structure length 498
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.3.24: Transferred entry: 7.2.2.11.
pdb deposition date 2012-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 4i9dA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4i9dA01
4ESWA 4ZEDA 3GBAA 4OFOA 1JVXA 3SESA 1Y1ZA 4JBZA 1B3LA 5AA4B 3C36A 3G3KA 4YKJA 1QJMA 4HW8A 3HN0A 3KZGA 3L6HA 2P2AA 3VV5A 3VLUA 1VR5A 2DE4A 1NH8A 4YKIA 5B7DA 4IO2A 1MY0A 4PP0A 1URDA 4DXUA 1ZBMA 4IY5A 1NMUA 2H5YA 3ZSFA 5L9OA 1JNFA 2Y7IA 2IA4A 1B6HA 5CM6A 3R7XA 1Z7NE 4TLLB 4YB7A 5DTBA 1QUIA 4GWOA 3G7WA 4QSEA 1FTJA 2V84A 1H76A 1DPEA 1FCKA 3QXMA 4R6HA 3K1NA 4F39A 2I0CA 3OO6A 2CMOA 4DDDA 2OWSA 3C4MA 4WKMA 3DRJA 2A5SA 1Y3PA 2XXVA 1MH3A 4X48A 4ONYA 1N04A 3CG1A 4GOTA 1Y1MA 4PETA 4R74A 1QKAA 2V3UA 2E1SA 1P99A 4WXJA 5M2VA 4R72A 2WOLA 1UTBB 2VP1A 4H5GA 4OETA 4NE4A 4ZE9A 1B1HA 1LLSA 1FQEA 4PFYA 5TP9B 4EDPA 4PFTA 2Q2CA 4GXSB 1MM7A 3SKPA 1DOTA 3K02A 1DTGA 1ANFA 3HO7A 2I6EA 2G93A 2THIA 3TDJA 3PGFA 1MH4A 3T93B 2Y7KA 2XX9A 1MY2A 4H6DA 5ELVA 3IJOB 4F3SA 4QSDA 4LATA 3ILTB 5DYHA 3SEXA 4DE8A 2B4MA 2Q89A 3IJXB 4KYDA 2I3VA 4NWDA 3T9XB 1WODA 1PB8A 3N26A 5DT6A 2Y7WA 4MLVA 3VVEA 3FATA 3MVWA 4NF8A 4YMAA 4XKRA 3GXAA 3TPAA 3MVZA 4GQOA 1SBPA 1IITA 2Q8JA 3QUJA 3LC8A 3H3GA 4U23A 3UIFA 4BLAA 1BTJA 4OYVA 4ECFA 2ESNA 2I48A 4U4XA 1NNFA 3TCHA 5CBSA 3CFZA 3PU5A 3FXUA 4XTCQ 4GIZA 1TT1A 2WKYA 3A09A 1Y3QA 2ZYKA 3VLVA 1A40A 5BUUA 3RGYA 5I59A 2PT1A 2I4BA 3V83A 4ZZEA 1PBQA 4F3BA 3D4CA 1XHYA 1N7XA 3B6TA 4E0WA 5CBRA 2R9JA 3A3UA 2Q88A 4GFRA 4IO3A 1I6QA 4NMYA 3VLWA 4N07A 1YTVA 1SD3A 4FIMA 1KWHA 4KCCA 4C1TA 1POTA 4WEPA 3TQWA 5EHSA 2OLBA 3DRIA 4MH5A 3IL1B 1LGBC 4OVJA 3MAMA 1B3GA 1MDP1 3MVXA 1B2HA 3TFLA 1IUDA 2I58A 2NWJA 1LAGE 3OOAA 4X1BA 1GTKA 2XXRA 4YB5A 3DP6A 4TQUQ 1B05A 3FVKA 3Q26A 3LSLA 3VFJA 1IQ7A 2WOPA 3VVFA 1ZMGA 5L8DA 3CR9A 1R9QA 2LAOA 3BFTA 1TXFA 4RK2A 3ZS6A 4JWOA 5FHOA 4I62A 3DP4A 4PQJA 2XXIA 1NL5A 4NF8B 3S9EA 5DVIA 3E3KA 1SYIA 3LUYA 2F97A 4KQPA 2X26A 2UVJA 2YPNA 4DCYA 2QRYA 3DRKA 4HCWA 4BDRA 4MF3A 2NUVA 1UQWA 3E4RA 2DXRA 1FQAA 4KI0E 2IEEA 3O9PA 4U2RA 2O69A 3GZGA 4G8HA 2ZYOA 3UGWA 1AOVA 3RYAA 3MP1A 2O7IA 1A55A 3N6UA 4G77A 5I59B 1D4NA 1R1NA 3MVYA 3AXFA 4HCYA 3TODA 4ND9A 3EHUA 1MXYA 2O7UA 3K01A 3VDFA 5I56A 2QS2A 4RYAA 1P1OA 4ESXA 5KDTA 3HPIA 4BDOA 3N94A 3FVGA 3USDA 1Q35A 4FECA 4C0RA 2B65A 3W9VA 4NWCA 4YKPA 3IB1A 2RINA 2DWAA 5DVJA 1UTHB 2YLNA 2QS3A 3BKIB 3ILUB 3RLFE 3F11A 1Y3NA 4F19A 3OEKA 3RN8A 1SW5A 3RT6B 4MLQA 4THIA 5CMCA 4IO5A 2F7BA 4OFLA 4H8JA 2O1LA 2UYFA 2D21A 1PBPA 4ELQA 4ZS9A 1SW2A 5K2XA 3RTWB 3O28A 3OMBA 1NFTA 5AA2B 1FTOA 1QUJA 2Z8FA 1US5A 4RJZA 3C32A 5KCJB 3U8QA 3IK6B 3U94A 1H44A 2PMSA 3HCQA 3PPPA 3MP6A 3LSXA 2F6GA 3DRHA 2OWTA 3MUQA 2DSFA 3MC2A 4F18A 5JTYA 1CB6A 5HPQA 3FV1A 1N84A 4HS7A 4R6YA 1M5BA 2F5XA 2XXQA 3IX1A 1YCJA 3OSRA 4GL0A 1B4HA 4H5FA 4R2BA 2I3WA 3K4UA 3FJ7A 2I0BA 3DRFA 2DVCA 2GHBA 1UTBA 1DMBA 5I56B 3UN6A 4F3GA 3FV2A 4JB7A 3L6GA 3I3VA 4TOZA 1MY1A 3ECRA 5TP9A 3G3IA 3IB2A 3KFMA 3IOWA 1MQJA 3FJGA 1B40A 1URGA 3A3CA 1QKBA 3KN3A 4BDLA 1N0TA 1FTKA 4RPNA 1B3HA 1XT8A 1JQFA 1NKXA 2QSXA 4IO4A 1TFAA 4R6KA 3V89B 4LZ7A 3FXRA 3TCGA 5DEXA 4G68B 2XXTA 3H03A 5F7VA 1MRPA 1OQGA 4ZE8A 1XVYA 4QRZA 3P7IA 3U72A 4R2FA 3T66A 1VE4A 1II5A 3M3FA 5ITPA 1POY1 1BP5A 2O51A 3KOTA 1EZPA 4KHZE 4ZZAA 3UORA 2DWIA 1O64A 3TTNA 1L5TA 5CMKA 4WEDA 3GLBA 5JTYB 3QIMA 1RYXA 4EXKA 2BJJX 5CC2A 4EQ7A 4I1DA 4ELRA 5H8NA 1JETA 2AYSA 4EQBA 2Z22A 4FATA 4Q8RA 5TPAB 1EH3A 3TTLA 1OVTA 4XIGQ 3O6HA 5ICQA 4EF1A 1MXXA 4IGTA 3MP8A 1N7WA 2UXAA 1B3FA 5IAIA 4R73A 4JWXA 3R6UA 3MZBA 2DE2A 4POXA 4YZZA 4JSOA 3CRBA 4RNSA 4I8CA 2AIXA 4H1XA 3BFUA 2ZYMA 5I57B 3FJMA 3N6TA 1SW4A 1JW1A 1LB9A 1B0LA 3KGCA 2ONRA 4RXLA 1B51A 4ZECA 2GFEA 2VD2A 2HZKA 5JK4A 5DEXB 1OQHA 3C35A 3RUMA 4U4SA 3M8UA 1S50A 4F31B 2PYYA 1SI0A 4H8IA 2NXOA 2ZNUA 3THIA 4EUOA 3BBRA 2XXYA 3V8XB 1WDNA 3MPLA 4NEDA 1Y4CA 1LBCA 1FQBA 4FEDA 1PB7A 1ELJA 2CZLA 4OWDA 1UIUA 5J1DA 1GVCA 4R9FA 2XD3A 3KG2A 2RF1A 3OSQA 1MPBA 1EZ9A 2PVUA 3IR1A 1NNKA 3Q27A 3CHGA 4F1YA 4ZEKA 3TUSA 1LFHA 2Z23A 2B3FA 3O97A 3HHFA 4DLDA 5FTIA 4HTGA 4DCXA 4QSCA 3PD8A 2KLFA 4IGRA 2ZNSA 3Q25A 2W7YA 5H8NB 4PFUA 2DE3A 2DWHA 3QYTA 4ZEIA 4KPTA 3S2VA 1LSTA 3IO6A 1O63A 2FYIA 1N76A 4LP2B 3TCFA 1MM6A 3M3KA 2ZMBA 5L9SA 2Y7RA 1VFDA 3K1MA 4ZEBA 3RY3A 4H67A 1QULA 2QMXA 1MG1A 1ZIUA 3UA8A 2HCAA 4OEUA 2I4CA 1ZKBA 4U1OA 5ICTA 3RT8A 3UP9A 1A8FA 4UACA 1US4A 2Q9TA 4QFPA 3G3GA 3H6WA 3V5AA 1PEBA 1UTHA 4XXUA 1GGGA 3I6VA 1H3DA 2HAUA 2REGA 5LOMA 4OHNA 4YB6A 3OEMA 4QHQA 3FVNA 2PT2A 4NF6A 4PE5B 3SETA 3K6UA 1SYHA 1QW0A 2R71A 2F6PA 3IB0A 5I2NA 2ONKE 4XKQA 2RCAA 1M5DA 2ONSA 3OO9A 3CIJA 3K00A 3WAFA 3DELB 5AA2A 3MBPA 4JWYA 3FUZA 5KCJA 4KYEA 1M5FA 3PMXA 1ZTYA 3S9LC 3KJ7A 2GHAA 4KYSA 3MZ1A 4POWA 1JW5A 3GBBA 1XOCA 1B4ZA 1VSOA 3JZJA 4G68C 1Z7ME 4QFNA 5H8SA 1OIBA 1RYOA 1LB8A 2RKMA 1XS5A 5B70A 1HSEA 3PMVA 4ZDMA 3PAMA 3IOTA 3LSFB 1UIVA 3O6IA 4AB6A 3ZKLA 3FGSA 5CMBA 3T9VA 4Z0IA 2QMWA 4LQ2A 4IY6A 4P11A 3TMGA 4F1UA 1MQIA 3U1OA 5I58B 4M1VA 1CE2A 1LAFE 4F1VA 3M3LA 4YU0A 1IXCA 1M5CA 1MXVA 3MJNA 1LFIA 1SQYA 4DXCA 3B6WA 1PC3A 1LAXA 4DZ1A 5BWJA 5H8FB 1S9TA 4XKPA 3T9UA 3DRGA 5K2YA 2XX8A 1B32A 1ZLQA 5HBCA 3MQ9A 3E13X 4NF4B 4ELOA 1MQGA 3C9HA 1FTMA 2RC7A 3PPOA 4G68A 3G3JA 1Y4TA 1NH7A 4NF6B 4KCDA 2M8CA 3LR1A 1B9JA 3IOVA 1F9BA 4JXIA 1MY4A 5I2NB 3FZVA 3SDFA 1DPPA 1OLAA 5AA3A 4G4PA 4LUBA 2H98A 4O3AA 3PPQA 2AL4A 4GXAA 1DSNA 2HZLA 2DVZA 4LONB 2F34A 3WAEA 3O6PA 3SERA 3H6UA 2XXWA 2XHDA 1B7HA 2OBGA 2O84X 1TFDA 5EYFA 4Q5TA 3VE1B 4E0XA 3CG3A 2E0SA 1IZ1A 1MXUA 1SDXA 5CI5A 3T9HB 2X7PA 4KFQA 5TPAA 2ANJA 1JVYA 3EHTA 3PUVE 1Q1KA 4OERA 3PUZE 4UA8A 4IB2A 3DM0A 1YPNA 4GVOA 5I2KB 3PUXE 3LVUA 1ZJLA 1FQCA 3K2DA 1B3EA 1OVBA 2O68A 3CSBA 1USYH 2I49A 2V25A 2O1MA 1R9LA 5I57A 2NVUB 5IKBA 1D3KA 3IAZA 1OMPA 2Y84A 5F1QA 3EF7A 3PUYE 3TTKA 2PBWA 1NNPA 1I6AA 4L17A 3CI8A 2A5TA 3E9XA 2R6GE 3H7MA 1Y9UA 1BIYA 3EN3A 1HSLA 2RC8A 3SEYA 3H6TA 3TTRA 2HEUA 3OO7A 1D9YA 1ZU0A 2FNCA 4R9GA 4ELPA 2HAVA 3C31A 2DXYA 3O2AA 1EZOA 2OJTA 2V3TA 3JYRA 3OENA 5A5XB 4OEVA 3KEIA 1B5JA 2OZZA 3K6XA 2UVHA 2XXPA 2GRVA 5CMMA 3OXNA 2DWJA 4U22A 1SW1A 1GV8A 3MWBA 3W15C 4KR5A 3KOSA 3VXCA 1JEVA 3PMWA 1MXZA 1S7YA 2DOJA 5ISUA 3DLNA 3KJTA 4XKNA 2Z8DA 3K1PA 3MW0A 1IEJA 3CFLA 3KSXA 2DP8A 1LAHE 4R75A 4EXLA 2REJA 2F8DA 4LA9A 3QUFA 2RCBA 1TWYA 4GRKA 2QS4A 2Q2AA 4QFOA 4QFLA 3G3FA 2V3QA 3PPNA 1JW4A 1H45A 2XD2A 5H8HB 2GH9A 4K3FA 5H8QA 2HXWA 5TU0A 1EU8A 4NF5A 4GL8A 2QL3A 4OTEA 2XX7A 2PX1A 2XXUA 3G3HA 1MS7A 2H25A 4MBPA 1FW0A 2A5TB 4LZ8A 1MXWA 2DS9A 4FE8A 1MPDA 1B7UA 2ZYNA 1SVXB 3K6VA 3Q28A 2D3IA 3HHGA 3HV1A 3CVGA 5DVFA 1XVXA 3ZKKA 4LVQA 1MQHA 1USYE 1FTLA 3ONMA 1WVJA 4H65A 2ABHA 2F36A 1LCFA 4FORA 3SEVA 3RPWA 4BDMA 3KSJA 4IO6A 3EPEA 3RQTA 4Z7EA 5FHNA 3FTOA 1A8EA 2ALUA 4NTLA 1A54A 5AA1A 4EQ9A 1QVSA 2OK2A 3B6QA 1XC1A 1P1NA 2H4IA 4X1DA 3S4UA 4Q0CA 3MPKA 4JDFA 4F29A 3JV9A 3PV0E 3QK6A 5FTHA 5L9MA 4M4GA 4RPOA 1B0HA 4X9TA 2DQVA 5ITOA 1DTZA 5I58A 1B46A 3FIRA 3K0VA 4DIGA 4C1UA 1T0KA 3O6GA 2F7CA 1RKMA 5H8FA 2RC9A 1AH5A 1AMFA 3PUWE 1LBBA 1IXGA 3T22A 5H8QB 3U92A 1MQDA 4G2ZA 4FEBA 1A99A 4NF5B 1A7LA 1I69A 3FXQA 2P0SA 4NF4A 4P0IA 3I5OA 4RA1A 4O3BA 3OO8A 3D4GA 3K6WA 2DYXA 3SEUA 3OD7A 2O6AA 1IIWA 2H99A 2XXXA 1MY3A 3RYBA 3CSGA 4Q30B 4OFJA 3KN8A 4OZ9A 1H43A 3EQ1A 1SI1A 4ISUA 4N6PA 4O3CA 3IORA 4N13A 2WOKA 2QJEA 1BLFA 4AB5A 4ZEFA 1P1WA 4YICA 5JEIA 4YAHX 3TAJA 3H06B 3QSLA 3HSTA 1GR2A 2Y7PA 1YAEA 4DXBA 3FD3A 4YKKA 2XXHA 5AE4A 4OQOA 2HQ0A 2H9BA 2D5WA 1Y20A 4PFWA 2V93A 3KBRA 1B5IA 3R26A 3PPRA 2B3BA 1AL3A 4QF9A 5I2KA 3KN7A 4RK9A 3TTMA 3H6VA 3ODBA 3UK4A 3TEPA 1PB9A 1B52A 4RY1A 4QFKA 4YMBA 3FASA 4LZ5A 2Z8EA 4H0WA 3TZAA 4F2QA 3S9MC 1O7TA 3IO4A 4BDQA 3PD9A 4OESA 1VFEA 3H4ZA 2F78A 3VVDA 1P1QA 2ZXTA 1M5EA 3LBSA 4F22A 1QUKA 1J1NA 4F3PA 2G29A 2ZNTA 2X7QA 3TELA 2VOZA 1FQFA 2F7AA 3SEWA 4FAJA 5FHMA 5KZTA 1JEUA 3C33A 2UYEA 1D9VA 3O66A 1URSA 2B4LA 1R6ZA 2UVIA 5AA4A 1FQDA 4G8MA 4LQ5A 4GF8A 3QAXA 1NNTA 4OMBA 4KD5A 1LCTA 3O29A 3B7DA 4FJPA 3TYHA 5A5XA 1AIVA 2UVGA 1B58A 2QS1A 3RNNA 3N5LA 3CFXA 1BKAA 3TQLA 4TLMB 4AQ4A 5HM4B 1LFGA 4OENA 1IXIA 1B1XA 3U93A 3OELA 4GLIA 3FVOA 3MZ9A 2HFBA 4P0GA 1IXHA 3C34A 5I84A 2VHAA 1ATGA 2NOOA 4IO7A 4U1ZA 2AL5A 5CRYA 4F2OA 4U21A 2YJPA 4G8NA 2OCUA 3TKDA 2VD3A 4I9DA 1HSJA 2QPQA 4OXVA 1N3WA 1OLCA 4MFIA 3S9NC 3Q29A 3EHSA 1MDQA 1I6BA 5H8HA 3RTFB 4JSDA 4GD5A 1PDAA 3T96B 2P1SA 3IOUA 5KDTB 3LSWA 1B7ZA 1N3XA 3W9WA 2FA7A 1B5HA 2VGQA 3DP8A 4EF2A 3VXBA 4BDNA 2F35A 1MPCA 5EHMA 1P1UA 5AA2D
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ESWA 4ZEDA 3GBAA 4OFOA 5IZ1A 1JVXA 2Q8MA 3SESA 1Y1ZA 4JBZA 1B3LA 5J16A 5AA4B 1RDZA 2F3BA 3C36A 3G3KA 4YKJA 1QJMA 4HW8A 2QFLA 3HN0A 3KZGA 3L6HA 2P2AA 3VV5A 3VLUA 1VR5A 1NUXA 2DE4A 1NH8A 4YKIA 5B7DA 4IO2A 1MY0A 4PP0A 1URDA 4DXUA 1ZBMA 4IY5A 1NMUA 2H5YA 3ZSFA 5L9OA 1JNFA 2Y7IA 2IA4A 1B6HA 5CM6A 3R7XA 1Z7NE 4TLLB 5EYGA 1IMBA 2OX3A 4YB7A 5DTBA 1EYJA 1QUIA 4GWOA 3G7WA 4QSEA 1FTJA 3GYYA 2V84A 1H76A 1DPEA 1FCKA 3QXMA 4R6HA 3K1NA 4F39A 2I0CA 1AWBA 3OO6A 2GQ1A 2FHYA 2CMOA 4DDDA 2OWSA 3C4MA 4WKMA 3DRJA 2A5SA 1Y3PA 1KA0A 2XXVA 1MH3A 4X48A 4ONYA 1N04A 1LBVA 3CG1A 4GOTA 1Y1MA 4PETA 4R74A 1QKAA 2XA5A 2V3UA 4GBWA 2E1SA 1P99A 4WXJA 5M2VA 4R72A 2WOLA 1UTBB 2VP1A 4H5GA 4OETA 4NE4A 4ZE9A 1B1HA 1IMEA 1LLSA 1FQEA 4PFYA 5TP9B 4EDPA 4PFTA 2Q2CA 4GXSB 1MM7A 1INPA 3SKPA 1DOTA 3K02A 1DTGA 1ANFA 3HO7A 4GWUA 2I6EA 2G93A 2THIA 3TDJA 1NV2A 3PGFA 1MH4A 4OVPA 3T93B 2Y7KA 2XX9A 1MY2A 4H6DA 5ELVA 2XWKA 3IJOB 4F3SA 4QSDA 4LATA 3ILTB 3MYUA 5DYHA 3SEXA 4DE8A 2B4MA 2Q89A 2HHMA 3IJXB 4KYDA 2I3VA 1FBGA 4NWDA 3T9XB 1WODA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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