2O7IA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellobiose
Total Genus 213
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
213
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Sugar binding protein
molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 213
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2o7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o7iA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2o7iA02
4XXUA 2RINA 4LQ2A 1B2HA 2ZYMA 4G77A 4H8JA 2X7PA 2DWIA 3IK6B 4ZEBA 4LQ5A 3VE1B 2GH9A 3KZGA 4ELRA 1QULA 2F5XA 3E13X 2DE2A 3K6XA 3ZSFA 3KN3A 4NTLA 3MP1A 1DTGA 1NH8A 3U72A 1EZOA 3HCQA 3DRGA 1JQFA 1A99A 1MPDA 4L17A 2DQVA 2DS9A 2HEUA 1QUIA 3T9UA 1WVJA 5CBSA 4HCYA 4KI0E 2DE3A 1IUDA 1B7ZA 2XXWA 4EQ9A 4EDPA 2Q2AA 2QMXA 5DVIA 5B7DA 4F3SA 3W9VA 5I2KA 2I58A 3OO7A 1MXYA 3QXMA 4OFJA 4KQPA 5I56A 5AE4A 4R2BA 3SETA 3TUSA 3TKDA 1XOCA 3H03A 2YLNA 3C32A 2ZXTA 1MXZA 4O3CA 4LP2B 4LUBA 2VHAA 2REJA 3B7DA 1MXWA 1B3GA 1B52A 1JNFA 5DVJA 4BLAA 2UVIA 3H3GA 4F39A 3O6HA 1IZ1A 4RNSA 4IY6A 2P0SA 4Z0IA 4YB6A 2GFEA 3IB2A 3FGSA 4FATA 3LSFB 1P1QA 4ZE8A 5IAIA 3SKPA 3MVWA 3UIFA 3V89B 2RKMA 3N6TA 4ZE9A 3B6QA 5I58B 2B4MA 4F19A 1LAFE 3OEKA 2UVJA 4R6HA 1JEVA 2D21A 1Y1ZA 4Q0CA 4ELQA 3T22A 4DXCA 3A09A 3U92A 5KCJB 2YJPA 1ZLQA 1MRPA 1OQGA 1M5DA 1FTKA 4G8MA 4IY5A 2F8DA 4H1XA 4OMBA 4IO3A 1VSOA 3G3GA 3W9WA 5I84A 3CFLA 3WAEA 4KYSA 3VLUA 4PFTA 4GXSB 4ZDMA 4DXUA 4YKKA 3S4UA 1MY1A 4ESXA 4EF2A 1JVXA 4G2ZA 4DCYA 3D4CA 2ALUA 1NH7A 1GTKA 1XVXA 4ZECA 1US5A 2AIXA 1VR5A 3PUXE 1NMUA 3IB0A 3PPNA 4GFRA 1JVYA 2ZNTA 3VFJA 1EU8A 4NF6A 1N04A 1ZJLA 1YPNA 4QRZA 1ELJA 1PEBA 1N3WA 4LA9A 1OVTA 1MY3A 5TPAA 5H8QA 3PU5A 3QIMA 1TFDA 1OLAA 3GLBA 1FTOA 1S7YA 1UTHA 4N13A 2NOOA 4WKMA 5IKBA 1MPBA 1SDXA 3FIRA 3OO9A 1US4A 3EN3A 4N07A 1LFGA 2PYYA 4ONYA 2P1SA 2ANJA 3PUWE 4HTGA 3TTLA 3ILTB 5H8HB 4BDOA 4GXAA 1A55A 4ISUA 1R9QA 4F2QA 3MPLA 4XTCQ 2A5SA 2REGA 4AB5A 1EH3A 1UTBA 2VD2A 3TAJA 1TXFA 3MZBA 3TEPA 2H5YA 2Z8EA 1PDAA 3EHUA 3N5LA 4JDFA 4EQBA 5TP9B 2HFBA 4LZ7A 1HSEA 4H67A 2PT2A 3R7XA 2Q9TA 1OQHA 3RPWA 4PE5B 4MH5A 1URDA 1B0HA 2Z22A 3FUZA 3FJGA 4PFWA 3DLNA 4YU0A 2XXRA 4IO5A 3OO8A 2QJEA 3O6IA 5CMKA 3MPKA 2OCUA 3EPEA 4OERA 3RLFE 4DXBA 1IXHA 3IO4A 3Q27A 2Q8JA 1GVCA 3K0VA 1R6ZA 4KPTA 3DRKA 4G8HA 2QS1A 4H5GA 2XXPA 3PUVE 1MQHA 3HV1A 4QSDA 5TU0A 3VLWA 2I48A 1MM7A 4F31B 1JEUA 2HCAA 3ZS6A 4ECFA 3K6UA 3S2VA 2DSFA 5H8FA 2O6AA 1FW0A 1N3XA 1IQ7A 1NNTA 2I0CA 1ATGA 3S9MC 1SYHA 1UIVA 4BDLA 4XKRA 3KSJA 4YKIA 4GF8A 1MQJA 3S9EA 4FE8A 3DRJA 3BKIB 4G8NA 1A54A 2F7BA 2UVHA 5DYHA 5A5XA 4R72A 3E3KA 2RC8A 1LAXA 4WEPA 5I57A 4ZEDA 2XX8A 3N26A 4OXVA 4R9FA 1QW0A 4FECA 2WOPA 4RK2A 4FEDA 3FVNA 4GL8A 1POY1 2Q89A 4FAJA 1NNPA 1FQAA 3HPIA 3VXBA 1YCJA 4U1ZA 3EQ1A 4P0GA 3Q25A 3RNNA 1FTMA 4PFUA 5AA4B 3DRHA 2H4IA 3DELB 3RQTA 1Y20A 4I62A 1QJMA 1IITA 1B5JA 4MF3A 2V3TA 3VVEA 4OFLA 1B4HA 5H8SA 1LGBC 3H6UA 2UXAA 2PX1A 3SEVA 4KD5A 1JETA 1O64A 2Y84A 2HQ0A 1SW1A 4POWA 1LBCA 4WXJA 3RTWB 3TZAA 3PMWA 2GHAA 1MS7A 3G3HA 2IEEA 4H5FA 1MG1A 3MW0A 1IXCA 1R1NA 1B32A 2G29A 3OMBA 1LFHA 1AMFA 4OQOA 3I5OA 4PQJA 4R74A 4GOTA 3SEUA 1ZBMA 4OHNA 5K2YA 4LZ5A 5DEXB 2GRVA 3U1OA 1LAGE 3N94A 3K6VA 3IL1B 4F1UA 3CSGA 4OEUA 3RY3A 1ANFA 1ZKBA 2AL5A 1B9JA 3B6WA 3K4UA 4MFIA 4OFOA 5F7VA 4TLLB 5I58A 3PUYE 1NKXA 2UVGA 3UORA 4F1YA 4GWOA 3O28A 4EXLA 1MY0A 4XIGQ 3MZ1A 4OTEA 4YICA 3BFUA 5KCJA 1O63A 1GV8A 1FCKA 3F11A 3JZJA 5H8NB 2M8CA 3TYHA 2IA4A 4THIA 3GBAA 3M3LA 2V93A 4GLIA 4NF5B 3CHGA 3LVUA 3O9PA 3IOTA 3K00A 3TCFA 3LR1A 4ZEFA 4O3BA 1B3LA 3O29A 3VVFA 4IO7A 1N7WA 2V25A 3C35A 1B51A 1JW1A 3FASA 3FV1A 3RN8A 4G4PA 4C0RA 3T9XB 2DWJA 2FA7A 3JV9A 4E0WA 3PUZE 3C34A 3T9HB 4Z7EA 1OVBA 1Y1MA 4YAHX 1B40A 5BUUA 4ZEKA 2I49A 2H9BA 4QSEA 3PD9A 4JB7A 3QUFA 4R6YA 4RXLA 4GRKA 2NUVA 5KZTA 5CC2A 2ONRA 4H65A 4F3BA 4OESA 5ISUA 1B3FA 3TDJA 1XT8A 3C31A 1MQIA 3PMVA 4H0WA 4IGRA 3FVOA 5I59B 4BDQA 3I6VA 4RPOA 1Q1KA 5KDTB 4G68B 3ZKLA 4QHQA 3FJMA 2O1LA 3IJOB 5JTYB 3TCHA 3KOSA 4F18A 1B3HA 2NWJA 3TQLA 3LUYA 1SD3A 2ZYNA 5FHOA 3UN6A 5ITPA 2VD3A 3I3VA 5AA2B 2O7UA 3OXNA 2RF1A 3T96B 3O2AA 1B3EA 1JW5A 1RKMA 1VE4A 3KJTA 1FQFA 2F34A 4OENA 1LLSA 5ITOA 4NF4A 4C1TA 1EZ9A 5FHMA 2I6EA 3KN7A 4ZS9A 2RC9A 4IO4A 2Y7RA 3A3CA 5CM6A 3MBPA 3S9NC 3PPPA 1MXUA 3B6TA 3PGFA 1NNKA 1NL5A 3FXRA 4ZZAA 3O97A 3K1NA 2QS2A 2XX9A 1PB8A 1ZU0A 2XHDA 1CE2A 2D5WA 3IJXB 2H25A 1AH5A 4EQ7A 2F97A 4NEDA 2XXUA 3M3KA 5I56B 4WEDA 1N76A 2PMSA 3S9LC 3MWBA 4PFYA 4HW8A 4R73A 1A8FA 4UA8A 4BDRA 1A8EA 3ZKKA 1B1XA 4YZZA 3QYTA 4YMAA 3TODA 2I4BA 5K2XA 4M1VA 1QUKA 2ZYKA 3UGWA 3R26A 4LONB 2DVCA 3RTFB 2OLBA 3JYRA 4NE4A 4U21A 4IO6A 2FNCA 4BDNA 1O7TA 3VVDA 3OD7A 2AYSA 4JWOA 1IEJA 1MY4A 3BBRA 3H4ZA 3CSBA 2YPNA 3KG2A 4YB5A 4X1BA 1A40A 4ELPA 3DP4A 2ZNSA 4DZ1A 2OJTA 4TLMB 3SEXA 1DSNA 3Q28A 1PB9A 3PAMA 1MDP1 4QFLA 3MP8A 2OWTA 3IX1A 1YTVA 2A5TB 4MLVA 4GIZA 3TTMA 4GQOA 1B0LA 2FYIA 1BIYA 1DTZA 1B05A 3K02A 1P1WA 1MPCA 1VFEA 5DTBA 4QFKA 1BP5A 3U93A 3Q26A 2B3FA 1N0TA 3FTOA 1URSA 2KLFA 3V8XB 4GVOA 3W15C 3KJ7A 4U4SA 1DPPA 2OBGA 4KYDA 1KWHA 4NF6B 4YMBA 3V5AA 1II5A 2VGQA 2ABHA 1FQEA 4XKNA 5L9MA 2UYFA 3L6GA 3G3KA 3T93B 2F7AA 4Q8RA 5TPAB 1Y9UA 5FHNA 2GHBA 4ND9A 2V84A 4I8CA 4QSCA 3ECRA 5AA3A 3CIJA 3O6PA 5CMCA 5FTHA 1URGA 3C4MA 3EHTA 3V83A 3QK6A 2F6GA 1PC3A 2F78A 4H6DA 2BJJX 2HZKA 5DEXA 1JW4A 1S9TA 3FV2A 2O68A 1MQDA 3LC8A 2Z8FA 3TPAA 3CFXA 3G3FA 3PPQA 1IXGA 4EF1A 1MH3A 5JEIA 3IOWA 3MJNA 3E4RA 3OOAA 5CMMA 3TCGA 1LAHE 1AOVA 4RY1A 1ZMGA 3DM0A 3DP8A 2XD3A 3GZGA 4G68C 4IB2A 3HHFA 1FQCA 1I6QA 3RYBA 4MBPA 3MUQA 2B3BA 2I4CA 4JWXA 1WODA 1SVXB 3SDFA 3RT6B 3RUMA 1H76A 1MY2A 3C36A 1FQDA 3IORA 2Q2CA 1LFIA 2X26A 5H8NA 4GD5A 2O51A 1H45A 1MH4A 2Y7PA 1MQGA 2I0BA 2Q88A 3TQWA 4R9GA 3TTKA 2ONSA 3MVXA 2XXTA 5CMBA 2DXRA 4OEVA 3RYAA 4NF5A 2XXHA 4RA1A 3FXUA 2DWAA 2CMOA 3C9HA 4NF8B 4F3PA 3PPOA 2HAUA 1VFDA 3AXFA 4NWCA 1P1NA 1H44A 3CRBA 3DRFA 3SEYA 1RYXA 2DWHA 1DPEA 2DVZA 1HSJA 4F2OA 1LCTA 3IAZA 2NXOA 4QFPA 2E1SA 5A5XB 3SESA 3CI8A 2ZNUA 1M5EA 3SEWA 3OELA 4G68A 3N6UA 1TWYA 4F3GA 1Y3NA 2E0SA 2UYEA 5JTYA 4RK9A 4AB6A 1Z7NE 4YKPA 3LBSA 4EXKA 1B5IA 3RGYA 2LAOA 3FVGA 4HS7A 4KR5A 4U2RA 4X9TA 2CZLA 2DE4A 4FORA 5AA2A 3PV0E 4DLDA 2VP1A 3PD8A 1P1UA 5J1DA 2R9JA 3TTRA 3HSTA 3H6WA 2VOZA 4QF9A 5HBCA 3QAXA 4TQUQ 1SW5A 2RC7A 3E9XA 3FD3A 3RT8A 1HSLA 1D9VA 1PBQA 1FQBA 2XXXA 4FIMA 3OSRA 5B70A 5FTIA 1GGGA 3LSLA 2RCAA 3G3IA 1OLCA 2F6PA 4TOZA 5JK4A 2Y7WA 3U8QA 4Q5TA 4R2FA 2XXYA 2HXWA 3TMGA 3OSQA 1PB7A 2O7IA 3KSXA 3CG1A 1EZPA 3L6HA 1Z7ME 3IOVA 2XX7A 1XVYA 1UIUA 5L9OA 1LCFA 3M8UA 3FJ7A 1BLFA 3DP6A 3MC2A 4POXA 1MXXA 3GXAA 4XKPA 2O69A 4U23A 1Y3PA 1H3DA 2QSXA 4KFQA 2WOKA 2O1MA 4RYAA 2HAVA 5I2NB 2Z8DA 3H06B 3TELA 3VLVA 1QKAA 3MQ9A 3O66A 2WKYA 5H8HA 4H8IA 4FEBA 4XKQA 1OIBA 1B5HA 3IO6A 1Y3QA 3DRIA 4R6KA 4OWDA 1LSTA 3CFZA 2X7QA 1YAEA 1B46A 3T9VA 3OEMA 3MAMA 4MLQA 3KN8A 2F35A 4DE8A 2ESNA 1LB9A 2OK2A 1DOTA 5L8DA 4I1DA 5TP9A 4X48A 2ZYOA 4E0XA 2ZMBA 1SYIA 1SI0A 4AQ4A 4KCCA 2Y7KA 4P0IA 2PBWA 2XXQA 1I6AA 1IIWA 3UP9A 1I6BA 1QKBA 5LOMA 3KGCA 5DT6A 2DP8A 3H6TA 1USYH 1AIVA 1OMPA 1H43A 4PP0A 1IXIA 1UQWA 1LB8A 2A5TA 3QSLA 2I3VA 1POTA 4JXIA 4OZ9A 5I2KB 1MDQA 4IGTA 3EHSA 5ICQA 4RJZA 2QRYA 2PT1A 5EHMA 2QS3A 1B1HA 4O3AA 2AL4A 1N7XA 5CI5A 3TFLA 4OETA 2B4LA 4JWYA 1BKAA 4OYVA 5DVFA 5HM4B 2DYXA 3UK4A 1F9BA 5AA1A 3LSXA 4M4GA 1J1NA 3H7MA 3HHGA 2I3WA 1L5TA 2Y7IA 3G3JA 1SBPA 4U1OA 4ESWA 1M5FA 1SW4A 3U94A 1DMBA 4R75A 1RYOA 1SQYA 1XC1A 3KBRA 4F29A 2B65A 1B6HA 3OENA 3PMXA 3OO6A 5M2VA 2XXVA 1B58A 4KCDA 4KHZE 3UA8A 5BWJA 4ELOA 2OWSA 1MXVA 2XXIA 3CG3A 3FXQA 3KEIA 5AA4A 2DXYA 4NF4B 3VDFA 4PETA 4ZEIA 4QFOA 3EF7A 2QMWA 1USYE 2OZZA 4F22A 5CRYA 2QPQA 1QVSA 3VXCA 3K6WA 2W7YA 2DOJA 4OVJA 2QL3A 3THIA 3MZ9A 4U4XA 5HPQA 1NFTA 3D4GA 1WDNA 2HZLA 1Q35A 4EUOA 4JSOA 1N84A 2THIA 1D9YA 2D3IA 3VV5A 3TTNA 1XHYA 3K2DA 1AL3A 5CBRA 4LATA 4ZZEA 4NF8A 3GBBA 3M3FA 1Y4TA 5H8QB 3MP6A 3MVYA 2WOLA 5ELVA 1SI1A 3FATA 4IO2A 4X1DA 1UTHB 3H6VA 4LZ8A 1LBBA 4DDDA 2O84X 3USDA 1NNFA 5AA2D 4KYEA 3QUJA 4JBZA 3KFMA 3MVZA 1Y4CA 3Q29A 2PVUA 1PBPA 3BFTA 4LVQA 1B4ZA 2P2AA 2G93A 3WAFA 5ICTA 1UTBB 1TFAA 1ZTYA 2F36A 3A3UA 3P7IA 1TT1A 3CVGA 2V3UA 3IB1A 4DCXA 5L9SA 1A7LA 4RPNA 2QS4A 3FZVA 2XD2A 1M5BA 1D3KA 3LSWA 3HO7A 1GR2A 2F7CA 4C1UA 4YB7A 1B7UA 1P1OA 4F1VA 5EHSA 2V3QA 3T66A 4YKJA 4HCWA 3G7WA 1BTJA 3CR9A 3ODBA 1FTLA 3K1PA 4DIGA 1T0KA 1ZIUA 4NWDA 3R6UA 1QUJA 4Q30B 4UACA 1S50A 4N6PA 3K1MA 1M5CA 3K01A 4QFNA 1D4NA 1XS5A 3O6GA 3SERA 5EYFA 1B7HA 4I9DA 5H8FB 2ONKE 1SW2A 2R71A 4BDMA 1MM6A 1FTJA 4P11A 4JSDA 2H98A 3PPRA 1R9LA 2H99A 3IR1A 3C33A 3HN0A 4U22A 4NMYA 2Z23A 1CB6A 2R6GE 4FJPA 3FVKA 3KOTA 2NVUB 4GL0A 1I69A 2RCBA 3ONMA 5I59A 3ILUB 5F1QA 1P99A 5KDTA 5I57B 5I2NA 3IOUA 4K3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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