2O7IA

The x-ray crystal structure of a thermophilic cellobiose binding protein bound with cellobiose
Total Genus 213
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
213
sequence length
582
structure length
582
Chain Sequence
SLPREDTVYIGGALWGPATTWNLYAPQSTWGTDQFMYLPAFQYDLGRDAWIPVIAERYEFVDDKTLRIYIRPEARWSDGVPITADDFVYALELTKELGIGPGGGWDTYIEYVKAVDTKVVEFKAKEENLNYFQFLSYSLGAQPMPKHVYERIRAQMNIKDWINDKPEEQVVSGPYKLYYYDPNIVVYQRVDDWWGKDIFGLPRPKYLAHVIYKDNPSASLAFERGDIDWNGLFIPSVWELWEKKGLPVGTWYKKEPYFIPDGVGFVYVNNTKPGLSDPAVRKAIAYAIPYNEMLKKAYFGYGSQAHPSMVIDLFEPYKQYIDYELAKKTFGTEDGRIPFDLDMANKILDEAGYKKGPDGVRVGPDGTKLGPYTISVPYGWTDWMMMCEMIAKNLRSIGIDVKTEFPDFSVWADRMTKGTFDLIISWSVGPSFDHPFNIYRFVLDKRLSKPVGEVTWAGDWERYDNDEVVELLDKAVSTLDPEVRKQAYFRIQQIIYRDMPSIPAFYTAHWYEYSTKYWINWPSEDNPAWFRPSPWHADAWPTLFIISKKSDPQPVPSWLGTVDEGGIEIPTAKIFEDLQKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-bindi
publication title Structural Analysis of Semi-specific Oligosaccharide Recognition by a Cellulose-binding Protein of Thermotoga maritima Reveals Adaptations for Functional Diversification of the Oligopeptide Periplasmic Binding Protein Fold.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Sugar binding protein
total genus 213
structure length 582
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 2o7iA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o7iA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 2o7iA02
3TTRA 3EQ1A 3FJ7A 5H8QB 2UYFA 2VD3A 3SDFA 5JTYA 5I59A 1B05A 1QUKA 4C0RA 3I3VA 2RINA 2DE3A 1B3HA 3GBAA 3O9PA 4GOTA 1B51A 2XXUA 3S4UA 4QFOA 2I0CA 2I4BA 4HCYA 3THIA 4U23A 3S2VA 3BFTA 2DWHA 2Q2CA 1P1NA 4I1DA 2E0SA 4QRZA 1LBCA 4U4XA 1Y3QA 5K2YA 3N5LA 2WKYA 2F7CA 2QS4A 2QPQA 1MXXA 1IXIA 3TKDA 5J1DA 1LAXA 2XD3A 2Y7PA 3H7MA 3O66A 2FA7A 4ZZAA 3B6QA 2Y7WA 4DCYA 2V84A 1UIVA 3KG2A 2Q89A 3KOTA 4JB7A 2WOPA 3JZJA 1SBPA 4WKMA 3JV9A 1LSTA 2AL5A 4H8JA 2QS3A 3OEMA 3KZGA 2F7BA 4F3PA 3RN8A 2Z8DA 3U93A 3C33A 4M4GA 3CG1A 3CG3A 1SD3A 2RCAA 3PUVE 3DP8A 1XVXA 1FQEA 1N3WA 3TTLA 4R9FA 3G3GA 1VSOA 1AH5A 3Q29A 3TCHA 2DE4A 5I2NA 1SYHA 4IO4A 5KCJB 3ECRA 5B70A 1AMFA 3RY3A 1DPPA 5AA4A 3VE1B 3S9EA 4F2QA 2XXIA 3FIRA 3ILUB 4EQBA 1XT8A 1MXUA 3MW0A 3KN3A 3OSRA 4ONYA 2XXVA 3OOAA 3RTFB 3MVZA 2DVZA 1AIVA 2A5TB 4P0GA 3KOSA 3UP9A 4BDMA 2NOOA 4GL8A 3QAXA 4PE5B 3PUZE 1B4ZA 2O7IA 4H0WA 1NNFA 5HM4B 4R9GA 3K4UA 4YICA 5BUUA 4H5FA 5ELVA 3U92A 1GV8A 1N04A 3DP4A 2R6GE 4GF8A 5F7VA 4FIMA 2NVUB 4QFLA 3CRBA 2UYEA 4C1UA 1VE4A 1N7XA 1JEUA 4IY6A 4LZ5A 2I3VA 3SEXA 1B6HA 1PEBA 4JWOA 1LAHE 4ZE9A 1MXYA 4R2BA 2DXYA 3KBRA 2RC7A 4EXLA 3A3CA 1N84A 1BIYA 3S9LC 1JW1A 2BJJX 1MQJA 2VGQA 4TQUQ 1WDNA 4YMAA 4LZ8A 2B65A 1ZKBA 3FASA 2R71A 4Q30B 4Z7EA 3O97A 2UVIA 3TELA 4MH5A 3DRJA 4F1YA 3H6UA 3E4RA 2OCUA 5CMBA 3EN3A 3VV5A 5DT6A 4F2OA 1XHYA 4IO5A 4OFLA 2D3IA 3HHGA 3SERA 4LVQA 2XX8A 3Q26A 2DWAA 2GHBA 4QSCA 2OWSA 1A7LA 2GRVA 5KZTA 3QUJA 3DRHA 5TU0A 1MY3A 4E0XA 3LUYA 4JWXA 1MQIA 3PUXE 2ZYOA 5DVFA 1LGBC 2O68A 4X1DA 2NXOA 3WAFA 1ZMGA 4IB2A 4IY5A 3K2DA 2ZMBA 1IXGA 4OERA 3C36A 1ZLQA 1IXHA 1OIBA 3TCGA 3DM0A 5F1QA 1LFIA 3H4ZA 3T9XB 5FTHA 3RGYA 4F31B 1DTZA 3CR9A 3P7IA 3MPLA 1LFGA 1YCJA 4F39A 2DSFA 4DE8A 4XKQA 1LCFA 3IR1A 3O29A 1S7YA 2GHAA 4E0WA 2I58A 1FTMA 3PUYE 1WVJA 2F6PA 1SI0A 4KR5A 4LQ5A 5CMMA 3K02A 3U72A 3QXMA 5CC2A 4G2ZA 2H99A 4NTLA 3UN6A 4QFPA 4BDNA 1B1XA 1TFAA 4F18A 3HHFA 2QJEA 4H65A 4N07A 4FE8A 2I48A 3C35A 3LSXA 1SVXB 4QSDA 5I2KB 3OO9A 1MDQA 1SDXA 5I57A 5I84A 4RK2A 1LFHA 4FATA 1PB7A 3KSJA 4G68B 3PPRA 1M5BA 1MPBA 3TODA 3RTWB 2VD2A 1N76A 3IO6A 2HZLA 3RT6B 2ONRA 4P11A 1N3XA 4OEVA 3BBRA 1ATGA 4ELQA 2ZYMA 4NE4A 1Q35A 4BLAA 2NUVA 2DYXA 3TPAA 3KN7A 1B46A 3B6TA 1OQGA 3O28A 4H67A 1A54A 4GD5A 1N7WA 4KFQA 1I6BA 3R7XA 4GQOA 2O1LA 2AYSA 4OMBA 4GXAA 1UTBB 2H9BA 4IO7A 4BDRA 1TWYA 2HQ0A 2REJA 3KFMA 4XKRA 3VLWA 4O3BA 4NF5B 1O7TA 2ZNSA 1B4HA 3E9XA 4G68C 4JXIA 1WODA 3UK4A 3V89B 3TQWA 4GFRA 2XXTA 2P1SA 4FEDA 3PPQA 5FHNA 4F3BA 3CHGA 1HSLA 4OESA 3TCFA 3FV1A 2DQVA 3UA8A 2HAUA 3MZ1A 4N6PA 5HBCA 3G3IA 5I2KA 2B3FA 4RPNA 3ONMA 5TP9A 2GH9A 4KCCA 2DE2A 4G68A 4ZEKA 5H8NA 3RT8A 1MY4A 3K00A 3RNNA 2XX7A 2V93A 3I6VA 2OBGA 4F1VA 4NWDA 1NNPA 4FECA 4AQ4A 2XXPA 4JWYA 3LSWA 5ICQA 3IORA 4YB7A 3C31A 1T0KA 4NF8B 4YMBA 3G3HA 3OSQA 2OK2A 3LC8A 3HPIA 2WOLA 1MY1A 4OQOA 1B40A 4OWDA 3FVKA 4U4SA 5AA1A 3F11A 1QUIA 1JETA 2H98A 3VVFA 4ZEIA 1ZTYA 4U21A 4EXKA 1YAEA 1JW4A 4IO6A 3T9HB 3IO4A 4JBZA 3T9VA 3B7DA 3N6UA 5L9MA 4NF5A 3VVEA 1MQDA 4LA9A 2H25A 4JSDA 4EQ7A 4R6KA 3RYAA 3M3LA 1MH3A 4M1VA 4XKNA 1NH8A 1B5IA 3O2AA 1ANFA 3QSLA 1MXVA 2D21A 2F7AA 2XXXA 3PMXA 1POTA 1SW5A 2Y7KA 1XOCA 2Q8JA 4DXBA 4OTEA 3SETA 4DDDA 4THIA 3GBBA 1FQCA 1EZ9A 3KGCA 4R6HA 3S9MC 1YPNA 3MBPA 3N26A 5DVJA 1FQAA 4MBPA 4NF4A 1B7HA 1IIWA 3CI8A 4HCWA 1FTOA 1A8FA 2QS2A 2ABHA 2OJTA 3A3UA 3IB0A 1NL5A 3LSLA 4GXSB 5H8QA 5JK4A 2X26A 3H03A 4KYSA 1H43A 3RPWA 4F19A 3TTKA 4YB5A 1BTJA 5CMCA 4F3SA 5B7DA 5IKBA 2ZNUA 2V25A 2O51A 3FJGA 4RJZA 2Q2AA 3CSBA 4O3AA 4IO3A 2ESNA 3LR1A 4OENA 1SW1A 5EHSA 4OFJA 5BWJA 3RLFE 2ZXTA 3KJ7A 4G8MA 3QIMA 2E1SA 4YKKA 4EDPA 4I9DA 4QFNA 4ZECA 1DSNA 3C9HA 1A99A 1LLSA 2Y7IA 1OMPA 3FVNA 3H6WA 2UVHA 1MS7A 1MXWA 1CB6A 1POY1 4XTCQ 4PFWA 1I69A 3T22A 1OVTA 3N94A 1PBPA 1OLCA 1B3GA 3C32A 2RKMA 4KQPA 3EHSA 4DLDA 4GL0A 3MPKA 1FTKA 3G7WA 3FVOA 1GVCA 3IAZA 3MUQA 1B9JA 2AIXA 3U1OA 4K3FA 5CBRA 4LATA 5FTIA 5H8FB 3DELB 1PB9A 1QUJA 1GR2A 1BLFA 1LBBA 4ZE8A 1B3EA 1VFDA 4I62A 5KDTB 4H8IA 1EZOA 3KJTA 4TLMB 2Q9TA 3N6TA 4I8CA 3MQ9A 3DRGA 4BDQA 4GWOA 3CIJA 4ZDMA 4YAHX 3SEYA 5KCJA 4PFUA 5TPAB 1QJMA 2UVGA 3D4CA 3TZAA 4XXUA 3K6WA 1M5FA 3V5AA 2G93A 1MXZA 1MG1A 3FTOA 3BFUA 4RYAA 5CM6A 4R74A 1OLAA 1BP5A 1A8EA 4RY1A 3O6GA 3TDJA 2A5TA 1URSA 5A5XB 3C4MA 4TOZA 5DYHA 4JSOA 2F5XA 3HN0A 2RCBA 1ZIUA 3IOWA 4IGRA 2ALUA 2F78A 3DRKA 5CBSA 3CVGA 4Q5TA 2I0BA 4KPTA 2F36A 2XXQA 5LOMA 3ODBA 4KCDA 4LQ2A 5H8SA 5H8HB 4POXA 4Z0IA 1F9BA 1M5CA 3TTMA 1D3KA 2PT1A 5H8FA 1B0HA 4OHNA 4KHZE 4OETA 1XVYA 3B6WA 3CSGA 3OD7A 5KDTA 2DWIA 1JVXA 2P2AA 2O1MA 2O7UA 4UA8A 4DCXA 4BDLA 1I6QA 3MC2A 2XX9A 1P1OA 1R9LA 2PVUA 1EH3A 4RXLA 3MZBA 4ESWA 3VDFA 3PAMA 3O6PA 1P1QA 5TPAA 1EZPA 3IJXB 3HO7A 4F3GA 1HSEA 3H6TA 4NF6B 3CFZA 2Z8EA 2D5WA 3PPNA 5ICTA 5DEXB 3V8XB 1NKXA 5ITOA 3L6GA 2REGA 4MLVA 2GFEA 4H1XA 1QULA 2X7PA 3TTNA 4HW8A 2CZLA 2Y84A 4YKIA 3A09A 3L6HA 2HCAA 4KYDA 3W15C 1B1HA 4OVJA 1UTHB 3AXFA 2AL4A 5M2VA 3K1PA 4OZ9A 4R75A 4ZEDA 1IXCA 2RF1A 5AA2B 1Q1KA 1PC3A 1Y20A 1FQFA 1Y4CA 3SEUA 1JEVA 3HCQA 1GGGA 3PD8A 1AL3A 2XD2A 4G8NA 5JTYB 5I59B 1GTKA 3EPEA 4ZEFA 2XXWA 1US4A 2FNCA 3M8UA 4MFIA 1DPEA 1RKMA 4R6YA 1XC1A 3OXNA 3OO8A 4G4PA 2NWJA 1FW0A 3USDA 2I3WA 2PX1A 3OMBA 4OXVA 1KWHA 5K2XA 3MAMA 1MM7A 3PUWE 2OZZA 3VLUA 2XXHA 1IITA 3R6UA 2XHDA 3W9VA 1IZ1A 3MZ9A 2QRYA 5CRYA 2ZYNA 4U2RA 2F34A 2PBWA 3ZKLA 4EQ9A 3MVWA 4NF6A 3K6XA 3ZKKA 2CMOA 4FAJA 3GZGA 3TYHA 3MP6A 3PMVA 1MRPA 1L5TA 2HFBA 3VLVA 1B7ZA 4U1ZA 4L17A 3FVGA 1Y1ZA 4KI0E 3D4GA 3FGSA 1Y3NA 3PPOA 2OLBA 3KEIA 1NNTA 5FHMA 1MH4A 1B3FA 1MM6A 5HPQA 5L9SA 2ZNTA 2RC9A 4PQJA 4ZS9A 4YB6A 5AA2A 4RNSA 1B52A 3OENA 4PP0A 3HSTA 3VVDA 3PD9A 3TFLA 1P1UA 2PT2A 3VFJA 5L8DA 1UIUA 2H5YA 1USYH 1DMBA 1SW2A 1UTBA 2QSXA 1JNFA 5I2NB 1B5JA 1FTLA 1MPDA 1Y4TA 3G3KA 3MWBA 4FORA 2A5SA 5AA4B 1B2HA 4FJPA 4F29A 5DVIA 3TMGA 1BKAA 3U8QA 1TXFA 3S9NC 4QSEA 4PFYA 3LSFB 2Q88A 1RYXA 4DXUA 4EF1A 4MF3A 3SKPA 1HSJA 2P0SA 3OO6A 1R6ZA 5AE4A 2Z22A 4O3CA 1UQWA 2DVCA 3FXUA 2O6AA 1B7UA 1M5EA 1O63A 4NWCA 4ZZEA 1O64A 3CFXA 4YZZA 2V3QA 4OYVA 2ONSA 4HS7A 5EHMA 3K6UA 1D9VA 1JQFA 3DLNA 1D9YA 2KLFA 3Q28A 4IO2A 4OEUA 3T66A 1P1WA 1NMUA 1H76A 3GXAA 1B58A 4NF8A 5CMKA 4ZEBA 1LB9A 1DOTA 4X1BA 4MLQA 5AA3A 5I58B 4DZ1A 4QHQA 1N0TA 1XS5A 3FJMA 3KN8A 5FHOA 1J1NA 1NH7A 1OQHA 3JYRA 3UORA 1JVYA 4Q0CA 2M8CA 3Q25A 1Y1MA 3IOUA 3ZSFA 1SW4A 1NNKA 1DTGA 5JEIA 1LCTA 2HAVA 3E3KA 1S9TA 1CE2A 2YJPA 4H6DA 3T93B 3K1MA 4YKPA 1R9QA 1SQYA 5CI5A 3MVYA 3O6HA 2F6GA 5ISUA 4LUBA 4ND9A 3UGWA 4KD5A 3FXRA 1QKBA 5IAIA 2DXRA 3K6VA 4U22A 3T96B 1JW5A 3GLBA 3V83A 1PBQA 2Y7RA 2PYYA 1B32A 3IK6B 4NMYA 3QYTA 1ZU0A 2VP1A 3LVUA 1PDAA 3DRIA 1A40A 4F22A 4RA1A 3RQTA 4ELPA 2WOKA 2OWTA 4RK9A 4X48A 1LAFE 3IX1A 3K1NA 2QL3A 4AB6A 4IGTA 3QK6A 1MQHA 3C34A 3M3FA 1B3LA 3OELA 3PV0E 3FV2A 2YLNA 3CFLA 5I58A 3G3FA 3FATA 3TQLA 3M3KA 2R9JA 2X7QA 1SYIA 1QVSA 3I5OA 3VXCA 1RYOA 2F8DA 4N13A 2VHAA 1A55A 1Z7NE 2IEEA 1FQDA 3U94A 2RC8A 3IL1B 1USYE 3R26A 1TFDA 2O84X 5I57B 3IB2A 4ELOA 4LZ7A 4F1UA 4JDFA 1R1NA 4WEDA 1I6AA 2DOJA 1IEJA 1EU8A 4G8HA 3H6VA 1MDP1 3FXQA 2Z23A 1ELJA 4NEDA 4PETA 2Z8FA 4WXJA 4G77A 2DS9A 1YTVA 4QF9A 1MY2A 4POWA 3OO7A 2HZKA 3SESA 3DP6A 4EUOA 4LONB 3LBSA 3SEVA 3OEKA 3PMWA 1B0LA 5AA2D 4ISUA 3SEWA 4GVOA 3MVXA 1VFEA 3MP8A 3RUMA 2F97A 2I6EA 1OVBA 4FEBA 1QW0A 3MP1A 2G29A 4R2FA 2ANJA 2I4CA 3Q27A 4UACA 1B5HA 4GLIA 3KSXA 3PPPA 3T9UA 4ECFA 4XIGQ 3W9WA 3HV1A 1S50A 1LAGE 1FCKA 2DWJA 4P0IA 4KYEA 4OFOA 3RYBA 2IA4A 5ITPA 4C1TA 4GIZA 1H45A 5I56B 3K0VA 4RPOA 3PU5A 3H3GA 1PB8A 3VXBA 4DXCA 5TP9B 2V3UA 2XXRA 1MY0A 2F35A 5H8NB 4EF2A 2YPNA 1H44A 5A5XA 4BDOA 3QUFA 3MJNA 1VR5A 1ZJLA 1II5A 2HXWA 2PMSA 3PGFA 4TLLB 2VOZA 1SI1A 2I49A 4DIGA 1FQBA 4YU0A 1Y9UA 3FZVA 1IUDA 3ILTB 3WAEA 1QKAA 3TUSA 1US5A 4Q8RA 2XXYA 4HTGA 3K01A 3FUZA 4R73A 4X9TA 3TEPA 2B4LA 1MPCA 5H8HA 2B3BA 2B4MA 4AB5A 4ESXA 3EHTA 1H3DA 2O69A 3G3JA 2ONKE 2QS1A 3FD3A 2QMXA 4PFTA 3IB1A 3IJOB 3EF7A 3IOTA 5DTBA 4R72A 1TT1A 2UVJA 3TAJA 1P99A 4YKJA 2FYIA 2W7YA 5L9OA 4GRKA 2H4IA 3ZS6A 1Y3PA 3DRFA 3E13X 2UXAA 1AOVA 4LP2B 4WEPA 4XKPA 2V3TA 1URDA 3UIFA 4ELRA 1NFTA 1LB8A 5I56A 3O6IA 1M5DA 5DEXA 5EYFA 3EHUA 3H06B 4U1OA 3BKIB 1ZBMA 2ZYKA 1URGA 2QMWA 1IQ7A 3IOVA 2HEUA 1UTHA 4QFKA 1D4NA 1MQGA 4NF4B 2THIA 4H5GA 2DP8A 1FTJA 1Z7ME 2LAOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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